<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
</head>
<body>
<p>Hi guys,</p>
<p>Just to mention, I've added the apptainer Debian package (1.2.5)
into our Debian repo:</p>
<ul>
<li><a class="moz-txt-link-freetext" href="https://data-analysis.synchrotron-soleil.fr/tmp/debian/">https://data-analysis.synchrotron-soleil.fr/tmp/debian/</a></li>
</ul>
<p>Once installed, just do:</p>
<ul>
<li>apt install apptainer</li>
</ul>
<p><br>
</p>
<p>regarding the GPU suppport, it seems indeed that the apptainer
may need some in-depth tuning. </p>
<p>A simple VM does the job still...<br>
</p>
<p>E.<br>
</p>
<div class="moz-cite-prefix">On 24/01/2024 15:48, PICCA
Frederic-Emmanuel wrote:<br>
</div>
<blockquote type="cite"
cite="mid:1753994523.30400376.1706107703564.JavaMail.zimbra@synchrotron-soleil.fr">
<pre class="moz-quote-pre" wrap="">A ce propos... apptainer n'est pas packagé dans Debian si ?
Je n'arrive pas à trouver le bon paquet...
Sinon le problème observé est quand même embétant car cela prouve que ce n'est pas complètement indépendant du système...
Je sens que nous allons nous amuser...
On pourrait avoir cette discussion sur la mailing list pan comme ça nous aurions une trace pour envoyer les "décideurs pressés" qui nous expliquent que c'est la bonne solution et pas les vm..., sachant que nous n'avons pas encore abordé la partie GPU...
----- Le 24 Jan 24, à 10:42, Emmanuel Farhi <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:emmanuel.farhi@synchrotron-soleil.fr">emmanuel.farhi@synchrotron-soleil.fr</a> a écrit :
</pre>
<blockquote type="cite">
<pre class="moz-quote-pre" wrap="">Salut Jerome,
j'ai aussi vu ca quand je crée un apptainer 'meshlab'.
Si je lance le build sur une bullseye Debian 11.
bin/deb2apptainer meshlab libglew2.1
apptainer exec /tmp/deb2apptainer-chAuISMl/libglew2.1-meshlab.sif
meshlab
Et on obtient le meme message: no /etc/machine-id
QStandardPaths: error creating runtime directory '/run/user/23601'
(No such file or directory)
QStandardPaths: error creating runtime directory '/run/user/23601'
(No such file or directory)
dbus[282360]: D-Bus library appears to be incorrectly set up: see
the manual page for dbus-uuidgen to correct this issue. (Failed to
open "/var/lib/dbus/machine-id": No such file or directory; Failed
to open "/etc/machine-id": No such file or directory)
D-Bus not built with -rdynamic so unable to print a backtrace
Abandon
Ensuite je passe sur une bookworm, avec la meme version de apptainer
(1.2.5), et là tout passe sans pb.
Quel est ton système de build ?
Emmanuel.
Le 24/01/2024 à 10:16, Jerome Kieffer a écrit :
</pre>
<blockquote type="cite">
<pre class="moz-quote-pre" wrap="">Salut Emmanuel,
Tu as une idée de ce qui peut poser probleme:
```
lintaillefer:~/workspace-400/pyFAI/applications % apptainer exec
/tmp/deb2apptainer-kEInW3AM/pyfai-pyfai-doc-python3-pyfai-python3-pyfai-dbgsym.sif
/usr/bin/pyFAI-calib2
<a class="moz-txt-link-freetext" href="INFO:numexpr.utils:Note">INFO:numexpr.utils:Note</a>: NumExpr detected 12 cores but "NUMEXPR_MAX_THREADS" not
set, so enforcing safe limit of 8.
<a class="moz-txt-link-freetext" href="INFO:numexpr.utils:NumExpr">INFO:numexpr.utils:NumExpr</a> defaulting to 8 threads.
QStandardPaths: error creating runtime directory '/run/user/7246' (No such file
or directory)
QStandardPaths: error creating runtime directory '/run/user/7246' (No such file
or directory)
dbus[1107957]: D-Bus library appears to be incorrectly set up: see the manual
page for dbus-uuidgen to correct this issue. (Failed to open
"/var/lib/dbus/machine-id": No such file or directory; Failed to open
"/etc/machine-id": No such file or directory)
D-Bus not built with -rdynamic so unable to print a backtrace
Aborted
```
J'ai essayé d'inclure dbus-bin pour qu'il puisse generer le machine-id
du conteneur ... ca devrait être fait a l'installation je pense.
Tu as deja vu ce genre de bugs ?
A++
Jerome
On Tue, 23 Jan 2024 17:32:29 +0100
Emmanuel FARHI<a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:emmanuel.farhi@synchrotron-soleil.fr"><emmanuel.farhi@synchrotron-soleil.fr></a> wrote:
</pre>
<blockquote type="cite">
<pre class="moz-quote-pre" wrap="">Bonsoir Jérôme,
je viens de finir de stabiliser notre outil deb2container
*<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://salsa.debian.org/science-team/deb2container">https://salsa.debian.org/science-team/deb2container</a>
Il permet de générer des conteneurs docker et apptainer automatiquement
a partir d'une liste de paquets Debian. Ca extrait aussi les 'desktop
launchers' et les modifie pour être lancé directement (et récupère aussi
les icones qui vont bien).
Il reste juste à le pousser dans Debian Science. On va le backporter
vers Bullseye et Bookworm afin de pouvoir l'utiliser sur la plupart des
machines Debian/Ubuntu. De toute façon, c'est des simples scripts bash.
"Keep it simple, stupid !".
Emmanuel.
--
signature
/ ___|__/\_| | | ____|_ _| | FARHI Emmanuel
\___ \\ | | | _| | || | Div Exp/Data Reduction and Analysis Team
___) /_ _| |___| |___ | || |___ Tel : +33 (1) 69 35 96 04
<callto:+33%20%281%29%2069%2035%2096%2004>
|____/ \/ |_____|_____|___|_____| Saint-Aubin BP 48 - 91192 GIF/YVETTE
CEDEX
SYNCHROTRONhttp://www.synchrotron-soleil.fr
</pre>
</blockquote>
<pre class="moz-quote-pre" wrap="">
</pre>
</blockquote>
<pre class="moz-quote-pre" wrap="">--
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</pre>
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</blockquote>
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<div
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12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
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style="font-family: courier new, courier, monaco,
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Analysis Team</span><br>
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