<div dir="ltr">This is a cython bug; cython-dbg fails to ship the StringIOTree extension module, so the regular non-debug module is found when doing a debug build but fails to load.</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Fri, 29 Jun 2018 at 13:18 Andreas Tille <<a href="mailto:andreas@fam-tille.de">andreas@fam-tille.de</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Control: tags -1 help<br>
<br>
I agree with Ghislain that the issue below might be caused by Cython.<br>
Any idea how to fix this?<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
      Andreas.<br>
<br>
On Fri, Jun 29, 2018 at 12:23:52PM +0200, Ghislain Vaillant wrote:<br>
> I am away right now and can't investigate before two weeks.<br>
> <br>
> Looks Cython related from a first look.<br>
> <br>
> Ghis<br>
> <br>
> Le ven. 29 juin 2018 à 11:17, Andreas Tille <<a href="mailto:andreas@fam-tille.de" target="_blank">andreas@fam-tille.de</a>> a écrit :<br>
> <br>
> > Hi Ghislain,<br>
> ><br>
> > since one of the Debian Med packages seems to be affected I tried to<br>
> > upgrade h5py (see Git repository).  Unfortunately it does not build:<br>
> ><br>
> > ...<br>
> > running build_ext<br>
> > Traceback (most recent call last):<br>
> >   File "setup.py", line 168, in <module><br>
> >     cmdclass = CMDCLASS,<br>
> >   File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/__init__.py", line<br>
> > 129, in setup<br>
> >     return distutils.core.setup(**attrs)<br>
> >   File "/usr/lib/python2.7/distutils/core.py", line 151, in setup<br>
> >     dist.run_commands()<br>
> >   File "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 953, in run_commands<br>
> >     self.run_command(cmd)<br>
> >   File "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 972, in run_command<br>
> >     cmd_obj.run()<br>
> >   File "/usr/lib/python2.7/distutils/command/build.py", line 128, in run<br>
> >     self.run_command(cmd_name)<br>
> >   File "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", line 326, in run_command<br>
> >     self.distribution.run_command(command)<br>
> >   File "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 972, in run_command<br>
> >     cmd_obj.run()<br>
> >   File "/build/h5py-2.8.0/setup_build.py", line 156, in run<br>
> >     from Cython.Build import cythonize<br>
> >   File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Cython/Build/__init__.py", line<br>
> > 1, in <module><br>
> >     from .Dependencies import cythonize<br>
> >   File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Cython/Build/Dependencies.py",<br>
> > line 36, in <module><br>
> >     from ..Compiler.Main import Context, CompilationOptions,<br>
> > default_options<br>
> >   File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Cython/Compiler/Main.py", line<br>
> > 30, in <module><br>
> >     from .Symtab import ModuleScope<br>
> >   File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Cython/Compiler/Symtab.py", line<br>
> > 19, in <module><br>
> >     from . import PyrexTypes<br>
> >   File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Cython/Compiler/PyrexTypes.py",<br>
> > line 17, in <module><br>
> >     from .Code import UtilityCode, LazyUtilityCode, TempitaUtilityCode<br>
> >   File "Cython/Compiler/Code.py", line 38, in init Cython.Compiler.Code<br>
> > ImportError: /usr/lib/python2.7/dist-packages/Cython/<br>
> > <a href="http://StringIOTree.x86_64-linux-gnu.so" rel="noreferrer" target="_blank">StringIOTree.x86_64-linux-gnu.so</a>: undefined symbol: Py_InitModule4_64<br>
> > E: pybuild pybuild:336: build: plugin distutils failed with: exit code=1:<br>
> > /usr/bin/python-dbg setup.py build<br>
> > dh_auto_build: pybuild --build -i python{version}-dbg -p 2.7 returned exit<br>
> > code 13<br>
> > make[1]: *** [debian/rules:22: override_dh_auto_build] Error 25<br>
> > make[1]: Leaving directory '/build/h5py-2.8.0'<br>
> > make: *** [debian/rules:10: build] Error 2<br>
> > dpkg-buildpackage: error: debian/rules build gave error exit status 2<br>
> ><br>
> ><br>
> > Can you please have a look?<br>
> ><br>
> > Kind regards<br>
> ><br>
> >         Andreas.<br>
> ><br>
> > --<br>
> > <a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
> ><br>
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> _______________________________________________<br>
> Debian-med-packaging mailing list<br>
> <a href="mailto:Debian-med-packaging@alioth-lists.debian.net" target="_blank">Debian-med-packaging@alioth-lists.debian.net</a><br>
> <a href="https://alioth-lists.debian.net/cgi-bin/mailman/listinfo/debian-med-packaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://alioth-lists.debian.net/cgi-bin/mailman/listinfo/debian-med-packaging</a><br>
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