<div dir="auto">I am away right now and can't investigate before two weeks.<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Looks Cython related from a first look.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Ghis</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">Le ven. 29 juin 2018 à 11:17, Andreas Tille <<a href="mailto:andreas@fam-tille.de">andreas@fam-tille.de</a>> a écrit :<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Ghislain,<br>
<br>
since one of the Debian Med packages seems to be affected I tried to<br>
upgrade h5py (see Git repository).  Unfortunately it does not build:<br>
<br>
...<br>
running build_ext<br>
Traceback (most recent call last):<br>
  File "setup.py", line 168, in <module><br>
    cmdclass = CMDCLASS,<br>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/__init__.py", line 129, in setup<br>
    return distutils.core.setup(**attrs)<br>
  File "/usr/lib/python2.7/distutils/core.py", line 151, in setup<br>
    dist.run_commands()<br>
  File "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 953, in run_commands<br>
    self.run_command(cmd)<br>
  File "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 972, in run_command<br>
    cmd_obj.run()<br>
  File "/usr/lib/python2.7/distutils/command/build.py", line 128, in run<br>
    self.run_command(cmd_name)<br>
  File "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", line 326, in run_command<br>
    self.distribution.run_command(command)<br>
  File "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 972, in run_command<br>
    cmd_obj.run()<br>
  File "/build/h5py-2.8.0/setup_build.py", line 156, in run<br>
    from Cython.Build import cythonize<br>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Cython/Build/__init__.py", line 1, in <module><br>
    from .Dependencies import cythonize<br>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Cython/Build/Dependencies.py", line 36, in <module><br>
    from ..Compiler.Main import Context, CompilationOptions, default_options<br>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Cython/Compiler/Main.py", line 30, in <module><br>
    from .Symtab import ModuleScope<br>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Cython/Compiler/Symtab.py", line 19, in <module><br>
    from . import PyrexTypes<br>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Cython/Compiler/PyrexTypes.py", line 17, in <module><br>
    from .Code import UtilityCode, LazyUtilityCode, TempitaUtilityCode<br>
  File "Cython/Compiler/Code.py", line 38, in init Cython.Compiler.Code<br>
ImportError: /usr/lib/python2.7/dist-packages/Cython/<a href="http://StringIOTree.x86_64-linux-gnu.so" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">StringIOTree.x86_64-linux-gnu.so</a>: undefined symbol: Py_InitModule4_64<br>
E: pybuild pybuild:336: build: plugin distutils failed with: exit code=1: /usr/bin/python-dbg setup.py build <br>
dh_auto_build: pybuild --build -i python{version}-dbg -p 2.7 returned exit code 13<br>
make[1]: *** [debian/rules:22: override_dh_auto_build] Error 25<br>
make[1]: Leaving directory '/build/h5py-2.8.0'<br>
make: *** [debian/rules:10: build] Error 2<br>
dpkg-buildpackage: error: debian/rules build gave error exit status 2<br>
<br>
<br>
Can you please have a look?<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
        Andreas.<br>
<br>
-- <br>
<a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
</blockquote></div>