<div dir="ltr"><div>Hi Andreas and Andrius,</div><div><br></div><div>I guess we got stalled when the OpenMM guys declined to support debian packages. At the time it was against my religion to fork supported packages, but I have had a change of heart. I really only use the neighborlisting function of OpenMM, and anyway I can always update the local fork. So what I decided to do is just add the entire OpenMM repository to the 3rdparty directory of my MMB git repo.  Also I put MMB on the MIT license to comply with Debian's guidelines. Were these the main stumbling blocks?</div><div><br></div><div>In the many months since we last spoke, I have also created a docker container (samuelflores/mmb-ubuntu). I just set this  to compile MMB from the 3rdparty directory -- a simple change which hopefully will build soon on dockerhub. Assuming that goes well the Dockerfile should be a good model for compiling with apt-get. There are a couple of people in Prague contributing new code, and I have also taken on a couple of MS students so there should be advances this summer on the code. So in short -- the project has advanced substantially in the past few months and I think it is in a good place for packaging.</div><div><br></div><div>I wonder if we can pick up the packaging project again?  Hopefully this will go smoothly now that things have been worked on for a while.<br></div><div><br></div><div>With kind regards,</div><div><br></div><div>Sam<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Mar 4, 2019 at 1:59 PM Samuel Flores <<a href="mailto:samuelfloresc@gmail.com">samuelfloresc@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="overflow-wrap: break-word;">Hej Andreas,<div><br></div><div>Sure, sounds great!  Thanks very much for offering to help. Sorry I have been so slow -- I have lots of administrative and pedagogical responsibility, and no students that might compile c++. </div><div><br></div><div>I thought I saw OpenMM is already packaged. If not it should have an MIT license so might not even require permission from Simbios to package up. Molmodel is likewise also on MIT license, and I believe as maintainer I should have the authority to give permission to package that anyway. In any case Michael Sherman (former software architect at Simbios) or Joy Ku (current dissemination director) could clarify any permissions issue.</div><div><br></div><div>With kind regards,</div><div><br></div><div>Sam</div><div><br><div><blockquote type="cite"><div>On 4 Mar 2019, at 13:15, Andreas Tille <<a href="mailto:tille@debian.org" target="_blank">tille@debian.org</a>> wrote:</div><br><div><div>Hi,<br><br>On Wed, Feb 27, 2019 at 10:02:32AM +0200, Andrius Merkys wrote:<br><blockquote type="cite">Hi Samuel,<br><br>On 2019-02-26 18:27, Samuel Flores wrote:<br><blockquote type="cite">I would like some help packaging MacroMoleculeBuilder (MMB) for distribution in Debian or Ubuntu. It is a mature piece of code, used to publish many scientific articles in structural bioinformatics and structural and molecular biology. It has been downloaded thousands of times.<br></blockquote><br>I would gladly help with the packaging of this modeling tool.<br><br><blockquote type="cite">I would be happy to change MMB's license to be compatible with this process.<br></blockquote><br>You are absolutely right to start with the license check. Debian accepts<br>only those licenses that are compatible with Debian Free Software Guides<br>[1]. You can find (incomplete) list of DFSG-compatible licenses here [2].<br><br>[1] <a href="http://www.debian.org/social_contract#guidelines" target="_blank">http://www.debian.org/social_contract#guidelines</a><br>[2] <a href="https://wiki.debian.org/DFSGLicenses" target="_blank">https://wiki.debian.org/DFSGLicenses</a><br><br><blockquote type="cite">MMB requires OpenMM, simbody, and SeqAn, I believe all of these are already packaged. It also requires SimTK molmodel which is not packaged -- I am the maintainer of molmodel and would like to package this as well. Molmodel is not hard to compile, but it does use cmake. <br></blockquote><br>OpenMM and molmodel are not yet in Debian, AFAIK. Thus they have to be<br>packaged before the MMB. To start with, I would suggest reading the<br>introduction to packaging [3], as Andrey has advised.<br></blockquote><br>I'd recommend to discuss this with DebiChem team (list in CC)<br><br><blockquote type="cite">Andrius Merkys<br>Vilnius University Institute of Biotechnology, Saulėtekio al. 7, room V325<br>LT-10257 Vilnius, Lithuania<br></blockquote><br>See you soon at Debian Med sprint<br><br>      Andreas. <br><br>-- <br><a href="http://fam-tille.de" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br></div></div></blockquote></div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><div><div dir="auto" style="overflow-wrap: break-word;"><div dir="auto" style="overflow-wrap: break-word;"><div dir="auto" style="overflow-wrap: break-word;"><div dir="auto" style="overflow-wrap: break-word;"><div><b>Samuel Coulbourn Flores, Docent<br></b>Dean of the Swedish National Graduate School in Medical Bioinformatics<br><i>Studierektor för den nationella forskarskolan inom medicinsk bioinformatik</i></div><div><br>Department of Biochemistry and Biophysics<br>Stockholm University<br><br>Visiting:<br>SciLifeLab A6220 (Alpha Tr. 6)<br><br>Deliveries:<br>Samuel Flores<br>Stockholms Universitet, Org # 202100-3062<br>Tomtebodavägen 23a<br>171 65 Solna<br>SWEDEN<br><br>Mobil: +46.706000464</div><div>Mexank: 0816-3949<br>skype: samuelfloresc<br>QQ: 3236579471</div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></blockquote></div>