
<html><head><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body dir="auto">Hi Morgan,<div><br></div><div>Here’re what I have.</div><div>1. topup without arguments returns the usage output without problems.</div><div>2. input text file and the file paths should all be good because the same command works fine in a different Linux system which installed the FSL without using neurodebian.</div><div><br></div><div>So, I’m wondering if it’s a installation problem, how to uninstall fsl and reinstall fsl with neurodebian?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Nan</div><div><br></div><div><br></div><div><div dir="ltr"><blockquote type="cite">On Feb 2, 2020, at 11:27 PM, Morgan Hough <morgan.hough@gmail.com> wrote:<br><br></blockquote></div><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div><div dir="auto">Ok. So try topup without arguments. You should get the usage output. If that works for you, check your input text file the acquisition parameters. Make sure it’s UNIX text friendly. Then check the paths are OK? </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">You can test your install with FEEDS. Hope this helps.</div></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Cheers,</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">-Morgan</div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Feb 2, 2020 at 13:11 Nan Xu <<a href="mailto:nxu@u.rochester.edu">nxu@u.rochester.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Morgan,<div><br></div><div>Yes, "which fslinfo" returns /user/bin/fslinfo</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Nan</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jan 31, 2020 at 2:41 PM Morgan Hough <<a href="mailto:morgan.hough@gmail.com" target="_blank">morgan.hough@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div dir="auto">Hi Nan,</div></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Did you add the install directory to your shell’s path? What about “which fslinfo”?</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Cheers,</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">-Morgan</div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jan 31, 2020 at 11:37 Nan Xu <<a href="mailto:nxu@u.rochester.edu" target="_blank">nxu@u.rochester.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><p class="MsoNormal"><a name="m_-4635091858041979071_m_5004809198632023978_m_-6046226554258725372_m_7116741943697188252_m_7143552538376495530__olk_signature">Hi,</a></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">I have a ubuntu 18.04 WSL system. I installed the neurodebian before install the fsl by using the command "sudo apt-get install fsl”. However, I received the following error message when running fsl topup:</p><p class="MsoNormal">$ topup --imain=EPI_fsl_swap --config=EPI_topup_HLL_fix.cnf --datain=datain_topup.txt --out=tu_g --iout=tus_g -v</p><p class="MsoNormal">Segmentation fault (core dumped)</p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">Does anyone know how to fix this problem?<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">Thanks,<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">Nan</p></div>

_______________________________________________<br>

Neurodebian-users mailing list<br>

<a href="mailto:Neurodebian-users@alioth-lists.debian.net" target="_blank">Neurodebian-users@alioth-lists.debian.net</a><br>

<a href="https://alioth-lists.debian.net/cgi-bin/mailman/listinfo/neurodebian-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://alioth-lists.debian.net/cgi-bin/mailman/listinfo/neurodebian-users</a></blockquote></div></div>

</blockquote></div>

</blockquote></div></div>

</div></blockquote></div></body></html>