<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>For sure there is a better approach, but I also had the same issue. What I ended up doing is pretending that each beta map was a volume of a raw fMRI acquisition. So I calculated the beta maps and then used the FSL command fslmerge to concatenate every beta map to analyze. Then I put the resulting 4D in a folder following the structure required for PyMVPA and loaded the file as if it were a raw fMRI. Then proceeded with my searchlight script just skipping the preprocessing.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div><br></div><div>Raul</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, May 23, 2019 at 10:09 PM Alireza Karami <<a href="mailto:alireza.kr@gmail.com">alireza.kr@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi</div><div><br></div><div>I have a dataset of an fMRI experiment and I have preprocessed the data and done first level analysis. Now, I want to do searchlight SVM on the <u>beta values</u> like the <a href="http://www.cosmomvpa.org/matlab/demo_fmri_searchlight_lda.html" target="_blank">demo fmri searchlight lda</a> [1] in CoSMoMVPA. I want to do this with PyMVPA. I know how to do searchlight SVM on raw fMRI data in <a href="http://www.pymvpa.org/examples/searchlight.html" target="_blank">PyMVPA</a> [2] but I do not know how to import beta values as a dataset in PyMVPA and do searchlight SVM on them.</div><div>Would someone help me to do this?</div><div><br></div><div>[1] <a href="http://www.cosmomvpa.org/matlab/demo_fmri_searchlight_lda.html" target="_blank">http://www.cosmomvpa.org/matlab/demo_fmri_searchlight_lda.html</a></div><div>[2] <a href="http://www.pymvpa.org/examples/searchlight.html" target="_blank">http://www.pymvpa.org/examples/searchlight.html</a></div><div><br></div><div>Thanks<br></div></div>
_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@alioth-lists.debian.net" target="_blank">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@alioth-lists.debian.net</a><br>
<a href="https://alioth-lists.debian.net/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" rel="noreferrer" target="_blank">https://alioth-lists.debian.net/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a></blockquote></div>