<div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, 26 May 2019 at 11:17, Alireza Karami <<a href="mailto:alireza.kr@gmail.com">alireza.kr@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><br></div><div><br></div><div>I have done it! I loaded beta values and did searchlight SVM based on the <a href="http://www.pymvpa.org/examples/searchlight.html" target="_blank">example</a> on PyMVPA site. The following is my code:</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">[...]</blockquote><div><br></div><div>but when I run my code, I get the following message:</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>[SLC] DBG:                        +0:04:48 _______[0%]_______ -347+16:07:18  ROI 2 (2/208302), 57 features</div></blockquote><div><br></div><div>I think it takes time more than usual and I think something is wrong in my code, but I do not know what is wrong with it.</div></div></blockquote><div><br></div><div>Did you already run a similar analysis in CoSMoMVPA before?</div><div><br></div><div>I noticed that you have 320 samples, that's quite a lot if these are beta estimates (I assume from running a GLM?). </div><div><br></div><div>Some reasons why the analysis takes long:</div><div><br></div><div>- many chunks, thus many folds. How many chunks do you have?</div><div>- the SVM classifier may take long to converge.</div><div><br></div><div>If you run the analysis with a HalfPartitioner and another classifier (e.g. nearest neighbour) does it still take a long time?</div><div><br></div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"></blockquote></div></div>