<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/xhtml; charset=utf-8">
<style>
div.markdown { white-space: normal; }
body { font-family: sans-serif; }
h1 { font-size: 1.4em; }
h2 { font-size: 1.2em; }
h3 { font-size: 1.1em; }
pre { margin-left: 15px; margin-right: 15px; padding: 5px; background-color: #F7F7F7; border-radius: 5px 5px 5px 5px; overflow-x: auto; max-width: 90vw; }
code { margin: 0; padding: 0 0.4em; border-radius: 3px; background-color: #F7F7F7; }
pre > code { padding: 0px; }
math[display="inline"] > mrow { padding:5px; }
div.footnotes li p { margin: 0.2em 0; }
</style>
</head>
<body>
<div class="markdown">
<p dir="auto">My data were previously processed with fmriprep.<br>
I’ve used the participant_prep on my subjects, resampled my masks, both successful. However, when I attempt participant_test, I receive an error that the chnk[sic] length is incorrect. If I select individual participants, the number can change (despite the protocol being the same for everyone). Each subject has one session of four runs of 238 volumes each, for a total of 952 volumes. The chnk length is always a multiple of 238, but not 952 as it should be (I think). It is sometimes 1904, or 2856, etc.</p>

<p dir="auto">For each subject I ran<br>
<code>./mvpa 01</code> etc. for each subject 01-15, which ran the script:<br>
<code><br>
docker run -i --rm \<br>
    -v /Users/john/CloudStation/School/Research/fmri/aim1:/data:ro \<br>
    -v /Users/john/CloudStation/School/Research/fmri/aim1/derivatives/pymvpa:/outputs \<br>
    bids/pymvpa \<br>
    --skip_bids_validator \<br>
    /data /outputs participant_prep -k ao -p $*<br>
</code></p>

<p dir="auto">Then ran:<br>
<code>./mvpa2 -c altdev famsalt famssame intalt intsame</code> which calls the following script:</p>

<pre><code>#!/bin/bash

docker run -i --rm \
    -v /Users/john/CloudStation/School/Research/fmri/aim1:/data:ro \
    -v /Users/john/CloudStation/School/Research/fmri/aim1/derivatives/pymvpa:/outputs \
    bids/pymvpa \
    --skip_bids_validator \
    /data /outputs participant_test -k ao $*
</code></pre>

<p dir="auto">Which produced deprecation warnings and the following error:</p>

<pre><code>WARNING: Detected incorrect (nan) scl_ fields. Resetting to scl_slope=1.0 and scl_inter=0.0
 * Please note: warnings are printed only once, but underlying problem might occur many times *
Traceback (most recent call last):
  File "/code/run.py", line 281, in <module>
    fds.sa['chnks'] = chunks_labels  # we call this sample attribute 'chnks' so later it won't be mistaken for
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/mvpa2/base/collections.py", line 599, in __setitem__
    str(self)))
ValueError: Collectable 'chnks' with length [2856] does not match the required length [952] of collection '<SampleAttributesCollection: time_coords,time_indices>'.
</code></pre>

<p dir="auto">I would greatly appreciate any help or pointers to online info.</p>

<p dir="auto">John T. Johnson<br>
PhD Candidate - Cognitive Motor Control Laboratory<br>
Lab TA NEURO 4001 Capstone<br>
School of Biological Sciences<br>
Georgia Institute of Technology</p>
</div>

</body>
</html>