<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en">
<head>
<meta content="text/html; charset=US-ASCII" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: 0.875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Pierre Gruet pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/java-team/jalview" style="color: #1068bf;">Debian Java Maintainers / jalview</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/java-team/jalview/-/commit/5e8304505fba63bed0a3ce183280c5c9c6ab122f" style="color: #1068bf;">5e830450</a></strong>
<div>
<span> by Pierre Gruet </span> <i> at 2022-11-18T22:47:34+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>New upstream version 2.11.2.5+dfsg</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/java-team/jalview/-/commit/feee45685a4a4f3e6607515492f5d3f3a04764a1" style="color: #1068bf;">feee4568</a></strong>
<div>
<span> by Pierre Gruet </span> <i> at 2022-11-18T22:49:20+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Update upstream source from tag 'upstream/2.11.2.5+dfsg'

Update to upstream version '2.11.2.5+dfsg'
with Debian dir b2031322606e900bf36cf41525c6e8f393d021c8</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/java-team/jalview/-/commit/ad1c9ef5c3ba4595ce40a79e8ef700caa8c06fb7" style="color: #1068bf;">ad1c9ef5</a></strong>
<div>
<span> by Pierre Gruet </span> <i> at 2022-11-18T23:03:18+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Honouring Build-Depends-Indep
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/java-team/jalview/-/commit/3652d06918b056f6cbd5f542f85010a4c955c6d4" style="color: #1068bf;">3652d069</a></strong>
<div>
<span> by Pierre Gruet </span> <i> at 2022-11-18T23:07:26+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Updating changelog
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/java-team/jalview/-/commit/d91ab2da4bb154dad8b3790f6e6a20b9ef686fb4" style="color: #1068bf;">d91ab2da</a></strong>
<div>
<span> by Pierre Gruet </span> <i> at 2022-11-18T23:14:50+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Reworking autopkgtests so that they use a temporary HOME directory
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/java-team/jalview/-/commit/7f1fb50eaf35bb94341c92e1bab16075bf657261" style="color: #1068bf;">7f1fb50e</a></strong>
<div>
<span> by Pierre Gruet </span> <i> at 2022-11-19T00:18:24+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Adding a Lintian override for a file with very-long-lines
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/java-team/jalview/-/commit/6ac58fc92d47fe37ea4edb4be339b87a6b0c2f82" style="color: #1068bf;">6ac58fc9</a></strong>
<div>
<span> by Pierre Gruet </span> <i> at 2022-11-19T00:18:39+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Upload to unstable
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
30 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#28e4a2e57ea1412e35cd955351520c20c1e52c43" style="color: #1068bf;">
.settings/org.eclipse.jdt.core.prefs
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f73b278fdabab028fe5f65c62197e4b5634529e5" style="color: #1068bf;">
RELEASE
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1a8a89bb95ebca5f0f6e687ea3d1f744eb9eb046" style="color: #1068bf;">
build_properties
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1" style="color: #1068bf;">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2" style="color: #1068bf;">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#85ccdeeb03055211183e48520592d9a93592b330" style="color: #1068bf;">
debian/source/lintian-overrides
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8c77cc51b09ef1f7b294222180bcdb53ebb70e2f" style="color: #1068bf;">
debian/tests/run-unit-test
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2a31b0a94e805a755f4a1379daba9ec2ac54a0e1" style="color: #1068bf;">
debian/tests/someCommandLineInvocations
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1ad41a3da9db5824e26a9bf4852a3b4b748defa9" style="color: #1068bf;">
doc/AddingGroovySupport.html
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3d3a9779a404cdc30f87a6f27787f9e91e0a228d" style="color: #1068bf;">
doc/JalviewRNASupport.html
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c4ef4636b11f572503dbde6bcdd8fabeb692400f" style="color: #1068bf;">
doc/UnitTesting.html
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2731ee363d50c420e9d8c7115f64bd226248f9f7" style="color: #1068bf;">
doc/biojsmsa-templates.html
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e9f34c6fe5c28caa59f872cb2f54d4a3bbdd7dcf" style="color: #1068bf;">
doc/developing.html
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#baf1bee556816a2aa75a3d12f225fb373fbcf0f7" style="color: #1068bf;">
doc/i18n.html
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#54b5e214b447551b0e0c8c11a04a296ef88222e4" style="color: #1068bf;">
doc/index.html
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#502e0a54560c0fc33c5d96a9bc24c142459cc3ca" style="color: #1068bf;">
doc/newdmobj.html
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f4a18af286bdd45cb104d0f8df37581c785edff5" style="color: #1068bf;">
examples/appletDeployment.html
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#738f9a2ebc7d08ed5ab3cdfd30f811a8d37755bd" style="color: #1068bf;">
examples/appletParameters.html
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2535a1ab9e69135853a1bf0603891983d144473f" style="color: #1068bf;">
examples/applets.html
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8386d4066d7a6a6f3299ca96ef8416c95487fa41" style="color: #1068bf;">
examples/embedded.html
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#44ae1eaf2b2644d4aa343f0e7867204f6ca4ecca" style="color: #1068bf;">
examples/formComplete.html
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#703fa7c842e4af0891e0cff495e03bb9dfcc09ef" style="color: #1068bf;">
examples/groovy/JvLoadTestHarness.groovy
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c880cc7ffb34a2b2fbeaa59d7f9b5d593e6ff0d2" style="color: #1068bf;">
examples/groovy/JvLoadTester.groovy
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6cf7672a0ec3536e107c9a3d2674b3dac35e2e97" style="color: #1068bf;">
examples/groovy/PIDmatrix.groovy
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#66e8f93c4f4d209ab7c8c441e5ca78064de4526d" style="color: #1068bf;">
examples/groovy/alignLoadedFile.groovy
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#649935e72a42be5f9bdced29aee455ec26e92daf" style="color: #1068bf;">
examples/groovy/annotationForSelectedSequence.groovy
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#78516ac3cfba0f0a798f289fb83f5858f245d744" style="color: #1068bf;">
examples/groovy/annotationsascsv.groovy
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#677a22e456bde47899a2e8d4fbc3c75d9d1aa327" style="color: #1068bf;">
examples/groovy/closures.groovy
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f07ef9032792a0bd11672b2f1a144feaea94117e" style="color: #1068bf;">
examples/groovy/colourConserved.groovy
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5f6a8d4abdcee10f00ce28873a202c31bc4a0407" style="color: #1068bf;">
examples/groovy/colourUnconserved.groovy
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: 0.875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #666;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/java-team/jalview/-/compare/17b9f00f6caf089deccd48e88cd651e5eedac5a8...6ac58fc92d47fe37ea4edb4be339b87a6b0c2f82" style="color: #1068bf;">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org" style="color: #1068bf;">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link" style="color: #1068bf;">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link" style="color: #1068bf;">Help</a>



</p>
</div>
</body>
</html>