[med-svn] [parsnp] 01/02: Imported Upstream version 1.2+dfsg
Andreas Tille
tille at debian.org
Wed Apr 20 08:36:31 UTC 2016
This is an automated email from the git hooks/post-receive script.
tille pushed a commit to branch master
in repository parsnp.
commit 36f2f2bc9f8a05a80c94cd718cba25b24c8179e6
Author: Andreas Tille <tille at debian.org>
Date: Wed Apr 20 10:35:30 2016 +0200
Imported Upstream version 1.2+dfsg
---
.travis.yml | 13 +
CITATION | 29 +
INSTALL | 4 +
LICENSE | 27 +
Makefile.am | 3 +
Parsnp.py | 1299 ++++++++
README.md | 12 +
autogen.sh | 4 +
bootstrap.sh | 4 +
build_parsnp_linux.sh | 8 +
build_parsnp_osx.sh | 10 +
configure.ac | 23 +
examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_12_2013.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_15_2013.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_16_2013.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_17_2013.fna | 432 +++
examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_18_2013.fna | 432 +++
examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_19_2013.fna | 432 +++
examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_1_2013.fna | 432 +++
examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_21_2013.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_25_2013.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_2_2013.fna | 432 +++
examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_3_2013.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_4_2013.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/Bisha_1_2012.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/Buraidah_1_2013.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/EMC_2012.fna | 432 +++
examples/mers_virus/genomes/England-Qatar_2012.fna | 432 +++
examples/mers_virus/genomes/England1.fna | 432 +++
examples/mers_virus/genomes/FRA-UAE.fna | 429 +++
.../mers_virus/genomes/Hafr-Al-Batin_1_2013.fna | 432 +++
.../mers_virus/genomes/Hafr-Al-Batin_2_2013.fna | 431 +++
.../mers_virus/genomes/Hafr-Al_Batin_6_2013.fna | 431 +++
.../genomes/Indiana-USA-1_Saudi_Arabia_2014.fna | 433 +++
examples/mers_virus/genomes/Jeddah_1_2013.fna | 428 +++
examples/mers_virus/genomes/Jeddah_2014_C7149.fna | 501 +++
examples/mers_virus/genomes/Jeddah_2014_C7569.fna | 501 +++
examples/mers_virus/genomes/Jeddah_2014_C7770.fna | 498 +++
examples/mers_virus/genomes/Jordan-N3_2012.fna | 430 +++
examples/mers_virus/genomes/KF192507.1.fna | 432 +++
examples/mers_virus/genomes/KFU-HKU_1.fna | 432 +++
examples/mers_virus/genomes/KFU-HKU_13.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/KFU-HKU_19Dam.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/KJ477102.1.fna | 429 +++
examples/mers_virus/genomes/KSA-CAMEL-363.fna | 432 +++
examples/mers_virus/genomes/KSA-CAMEL-376.fna | 433 +++
examples/mers_virus/genomes/KSA-CAMEL-378.fna | 433 +++
examples/mers_virus/genomes/KSA-CAMEL-503.fna | 433 +++
examples/mers_virus/genomes/KSA-CAMEL-505.fna | 433 +++
examples/mers_virus/genomes/NC_019843.2.fna | 432 +++
examples/mers_virus/genomes/Qatar3.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/Qatar4.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/Riyadh_14_2013.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/Riyadh_1_2012.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/Riyadh_2_2012.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/Riyadh_3_2013.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/Riyadh_4_2013.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/Riyadh_5_2013.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/Riyadh_9_2013.fna | 431 +++
examples/mers_virus/genomes/Taif_1_2013.fna | 431 +++
.../mers_virus/genomes/Wadi-Ad-Dawasir_1_2013.fna | 431 +++
examples/mers_virus/ref/England1.fna | 432 +++
examples/mers_virus/ref/England1.gbk | 871 ++++++
install.py | 19 +
script/shuffle.py | 145 +
setup.py | 27 +
src/Converter.cpp | 287 ++
src/Converter.h | 19 +
src/LCB.cpp | 59 +
src/LCB.hh | 46 +
src/LCR.cpp | 100 +
src/LCR.hh | 40 +
src/Makefile.am | 7 +
src/MuscleInterface.cpp | 80 +
src/MuscleInterface.h | 22 +
src/Stack.h | 164 +
src/TMum.cpp | 167 +
src/TMum.hh | 42 +
src/csgmum/README | 1 +
src/csgmum/csg.c | 575 ++++
src/csgmum/csg.h | 77 +
src/csgmum/fastaread.c | 163 +
src/csgmum/fastaread.h | 11 +
src/csgmum/mum.c | 252 ++
src/csgmum/mum.h | 70 +
src/csgmum/types.h | 20 +
src/ext/README | 2 +
src/ext/iniFile.cpp | 483 +++
src/ext/iniFile.h | 174 ++
src/parsnp.cpp | 3242 ++++++++++++++++++++
src/parsnp.hh | 134 +
template.ini | 33 +
92 files changed, 30541 insertions(+)
diff --git a/.travis.yml b/.travis.yml
new file mode 100644
index 0000000..845d62b
--- /dev/null
+++ b/.travis.yml
@@ -0,0 +1,13 @@
+language: cpp
+compiler:
+- gcc
+script:
+- if [ $TRAVIS_OS_NAME == linux ]; then ./build_parsnp_linux.sh; fi
+notifications:
+ email:
+ recipients:
+ - treangent at nbacc.net
+ on_success: change
+ on_failure: change
+os:
+- linux
diff --git a/CITATION b/CITATION
new file mode 100644
index 0000000..ea3ff8b
--- /dev/null
+++ b/CITATION
@@ -0,0 +1,29 @@
+[Parsnp]
+
+ Treangen TJ*, Ondov BD*, Koren S, Phillippy AM:
+ Rapid Core-Genome Alignment and Visualization for Thousands of Microbial Genomes.
+ bioRxiv (2014). doi: http://dx.doi.org/10.1101/007351
+
+* These authors contributed equally to this work
+
+External software (please also cite if you find Parsnp useful):
+
+ [FastTree2]
+
+ Price MN, Dehal PS, Arkin AP:
+ FastTree 2--approximately maximum-likelihood trees for large alignments.
+ PLoS One 2010, 5:e9490.
+
+ [Muscle]
+
+ Edgar RC:
+ MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput.
+ Nucleic Acids Research 2004, 32:1792-1797.
+
+ [PhiPack]
+
+ Bruen TC, Philippe H, Bryant D:
+ A simple and robust statistical test for detecting the presence of recombination.
+ Genetics 2006, 172:2665-2681.
+
+
diff --git a/INSTALL b/INSTALL
new file mode 100644
index 0000000..7b5e93f
--- /dev/null
+++ b/INSTALL
@@ -0,0 +1,4 @@
+./bootstrap
+./configure
+make install
+
diff --git a/LICENSE b/LICENSE
new file mode 100644
index 0000000..b527189
--- /dev/null
+++ b/LICENSE
@@ -0,0 +1,27 @@
+Copyright (c) 2014, MarBL
+All rights reserved.
+
+Redistribution and use in source and binary forms, with or without
+modification, are permitted provided that the following conditions are met:
+
+* Redistributions of source code must retain the above copyright notice, this
+ list of conditions and the following disclaimer.
+
+* Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
+ this list of conditions and the following disclaimer in the documentation
+ and/or other materials provided with the distribution.
+
+* Neither the name of the {organization} nor the names of its
+ contributors may be used to endorse or promote products derived from
+ this software without specific prior written permission.
+
+THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS"
+AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
+IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
+DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT HOLDER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE
+FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL
+DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR
+SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER
+CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY,
+OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
+OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
\ No newline at end of file
diff --git a/Makefile.am b/Makefile.am
new file mode 100644
index 0000000..19bb57f
--- /dev/null
+++ b/Makefile.am
@@ -0,0 +1,3 @@
+AUTOMAKE_OPTIONS = foreign
+SUBDIRS = src
+AM_CXXFLAGS = -O3 -m64 -fopenmp -funroll-all-loops -fomit-frame-pointer -ftree-vectorize
diff --git a/Parsnp.py b/Parsnp.py
new file mode 100755
index 0000000..4263ad4
--- /dev/null
+++ b/Parsnp.py
@@ -0,0 +1,1299 @@
+# See the LICENSE file included with this software for license information.
+
+import os, sys, string, getopt, random,subprocess, time, glob,operator, math, datetime,numpy #pysam
+import signal
+import inspect
+from multiprocessing import *
+
+reroot_tree = True #use --midpoint-reroot
+
+try:
+ import dendropy
+except ImportError:
+ reroot_tree = False
+
+#check for sane file names
+special_chars = [",","[","]","{","}","(",")","!","\'","\"","*","\%","\<" ,"\>", "|", " ", "`"]
+CSI=""#"\x1B["
+reset=""#CSI+"m"
+BOLDME = ""#CSI+'\033[1m'
+STATUS_BLUE = ""#CSI+'\033[94m'
+OK_GREEN = ""#CSI+'\033[92m'#'32m'
+SKIP_GRAY = ""#CSI+'\033[37m'
+WARNING_YELLOW = ""#CSI+'\033[93m'
+ERROR_RED = ""#CSI+'\033[91m'
+ENDC = ""#CSI+'0m'
+VERSION="v1.2"
+PARSNP_DIR = sys.path[0]
+try:
+ os.environ["PARSNPDIR"]
+ PARSNP_DIR = os.environ["PARSNPDIR"]
+except KeyError:
+ PARSNP_DIR = sys.path[0]
+SIGINT = False
+
+try:
+ os.environ["PYTHONPATH"] = PARSNP_DIR+os.pathsep+os.environ["PYTHONPATH"]
+except KeyError:
+ os.environ["PYTHONPATH"] = PARSNP_DIR+os.pathsep
+
+frozenbinary = True
+application_path = ""
+if getattr(sys, 'frozen', False):
+ application_path = os.path.dirname(sys.executable)
+elif __file__:
+ application_path = os.path.dirname(__file__)
+ frozenbinary = False
+
+if frozenbinary:
+ utilPath = PARSNP_DIR
+ libPath = os.path.abspath(utilPath + os.sep + ".." + os.sep + "lib")
+ if os.path.exists(libPath):
+ oldLDPath = ""
+ needToAdd = True
+ if "LD_LIBRARY_PATH" in os.environ:
+ oldLDPath = os.environ["LD_LIBRARY_PATH"]
+ if libPath in oldLDPath:
+ needToAdd = False
+ elif "DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH" in os.environ:
+ oldLDPath = os.environ["DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH"]
+ if libPath in oldLDPath:
+ needToAdd = False
+ if needToAdd:
+ os.environ["DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH"] = libPath + os.pathsep + oldLDPath
+ os.environ["LD_LIBRARY_PATH"] = libPath + os.pathsep + oldLDPath
+
+VERBOSE = 0
+VERSION = "v1.2"
+PHI_WINDOWSIZE = 1000
+TOTSEQS=0
+
+
+#template
+#read input
+#0) init
+## Get start time
+t1 = time.time()
+OSTYPE="linux"
+
+p = subprocess.Popen("echo `uname`", shell=True, stdin=None, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
+(checkStdout, checkStderr) = p.communicate()
+if checkStderr != "":
+ sys.stderr.write(WARNING_YELLOW+"Warning: Cannot determine OS, defaulting to %s\n"%(OSTYPE)+ENDC)
+else:
+ OSTYPE = checkStdout.strip()
+
+
+binary_type = "linux"
+if OSTYPE == "Darwin":
+ binary_type = "osx"
+else:
+ binary_type = "linux"
+
+def handler(signum, frame):
+ global SIGINT
+ SIGINT = True
+ print 'Caught request to terminate by user (CTRL+C), exiting now, bye'
+ sys.exit(128)
+
+signal.signal(signal.SIGINT, handler)
+
+def run_phipack(query,seqlen,workingdir):
+ currdir = os.getcwd()
+ os.chdir(workingdir)
+ command = "%s/phiprofile -o -v -n %d -w 100 -m 100 -f %s > %s.out"%(PARSNP_DIR,seqlen,query,query)
+ run_command(command,1)
+ os.chdir(currdir)
+
+def run_fasttree(query,workingdir,recombination_sites):
+ currdir = os.getcwd()
+ os.chdir(workingdir)
+ command = "%s/ft -nt -quote -gamma -slow -boot 100 seq.fna > out.tree"%(PARSNP_DIR)
+ run_command(command,1)
+ os.chdir(currdir)
+
+
+def run_bng(query,workingdir):
+ currdir = os.getcwd()
+ os.chdir(workingdir)
+ command = "%s/run_fasta"%()
+ run_command(command,1)
+ command = "%s/run_fasta"%()
+ run_command(command,1)
+ command = "%s/run_fasta"%()
+ run_command(command,1)
+ os.chdir(currdir)
+
+def parallelWrapper(params):
+ try:
+ jobID = params["jobID"]
+ result = {}
+ result["jobID"] = jobID
+ result["status"] = 0
+ run_mummer(params["ref"], params["query"], params["prefix"])
+ result["status"] = 1
+ return result
+ except KeyboardInterrupt:
+ result["status"] = 0
+ sys.stderr.write("Keyboard error in thread %d, quitting\n"%(jobID))
+ return result
+ except Exception:
+ result["status"] = 0
+ sys.stderr.write( "Other error in thread %d, quitting\n"%(jobID))
+ return result
+
+def parallelFtWrapper(params):
+ try:
+ jobID = params["jobID"]
+ result = {}
+ result["jobID"] = jobID
+ result["status"] = 0
+ run_fasttree(params["query"], params["dir"], params["recombination"])
+ result["status"] = 1
+ return result
+ except KeyboardInterrupt:
+ result["status"] = 0
+ sys.stderr.write( "Keyboard error in thread %d, quitting\n"%(jobID))
+ return result
+ except Exception:
+ result["status"] = 0
+ sys.stderr.write( "Other error in thread %d, quitting\n"%(jobID))
+ return result
+
+def parallelPhiWrapper(params):
+ try:
+ jobID = params["jobID"]
+ result = {}
+ result["jobID"] = jobID
+ result["status"] = 0
+ if params["seqlen"] >= 1000:
+ run_phipack(params["query"],params["seqlen"],params["dir"])
+ result["status"] = 1
+ else:
+ result["status"] = 2
+ return result
+ except KeyboardInterrupt:
+ result["status"] = 0
+ sys.stderr.write( "Keyboard error in thread %d, quitting\n"%(jobID))
+ return result
+ except Exception:
+ result["status"] = 0
+ sys.stderr.write( "Other error in thread %d, quitting\n"%(jobID))
+ return result
+
+
+
+
+def run_command(command,ignorerc=0):
+ global SIGINT
+ p = subprocess.Popen(command, shell=True, stdin=None, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE,close_fds=True,executable="/bin/bash")
+ fstdout,fstderr = p.communicate()
+ rc = p.returncode
+ if VERBOSE:
+ sys.stderr.write( fstderr)
+
+ if rc != 0 and not SIGINT and not ignorerc and "rm " not in command and "ls " not in command and "unlink " not in command and "ln " not in command and "mkdir " not in command and "mv " not in command:
+ sys.stderr.write(ERROR_RED+"**ERROR**"+ENDC+"\n")
+ sys.stderr.write( "The following command failed:\n")
+ sys.stderr.write( ">>%s\n"%(command))
+ sys.stderr.write( "Please veryify input data and restart Parsnp. If the problem persists please contact the Parsnp development team.\n")
+ sys.stderr.write(ERROR_RED+"**ERROR**"+ENDC+"\n")
+ sys.stderr.write( "\n")
+ sys.stderr.write( "\n")
+ sys.exit(rc)
+
+sys.stderr.write( BOLDME+"|--Parsnp %s--|\n"%(VERSION)+ENDC)
+sys.stderr.write( BOLDME+"For detailed documentation please see --> http://harvest.readthedocs.org/en/latest\n"+ENDC)
+
+
+if not os.path.lexists("%s/parsnp"%(PARSNP_DIR)):
+ os.system("ln -s %s/bin/parsnp %s/parsnp"%(PARSNP_DIR, PARSNP_DIR))
+if not os.path.lexists("%s/harvest"%(PARSNP_DIR)):
+ os.system("ln -s %s/bin/harvest_%s %s/harvest"%(PARSNP_DIR,binary_type,PARSNP_DIR))
+if not os.path.lexists("%s/ft"%(PARSNP_DIR)):
+ os.system("ln -s %s/bin/fasttree_%s %s/ft"%(PARSNP_DIR,binary_type,PARSNP_DIR))
+if not os.path.lexists("%s/phiprofile"%(PARSNP_DIR)):
+ os.system("ln -s %s/bin/Profile_%s %s/phiprofile"%(PARSNP_DIR,binary_type,PARSNP_DIR))
+
+if not os.path.lexists("%s/nucmer"%(PARSNP_DIR)):
+ os.system("ln -s %s/MUMmer/nucmer %s/nucmer"%(PARSNP_DIR,PARSNP_DIR))
+if not os.path.lexists("%s/show-coords"%(PARSNP_DIR)):
+ os.system("ln -s %s/MUMmer/show-coords %s/show-coords"%(PARSNP_DIR,PARSNP_DIR))
+
+#set MUMmer paths
+if os.path.exists("%s/MUMmer/nucmer_run"%(PARSNP_DIR)):
+ ff = open("%s/MUMmer/nucmer_run"%(PARSNP_DIR))
+ ffd = ff.read()
+ ff.close()
+ ffd = ffd.replace("$MUMMERPATH1",PARSNP_DIR)
+ ff = open("%s/MUMmer/nucmer"%(PARSNP_DIR),'w')
+ ff.write(ffd)
+ ff.close()
+
+def version():
+ print VERSION
+
+def usage():
+ print "usage: parsnp [options] [-g|-r|-q](see below) -d <genome_dir> -p <threads>"
+ print ""
+ print "Parsnp quick start for three example scenarios: "
+ print "1) With reference & genbank file: "
+ print " >parsnp -g <reference_genbank_file1,reference_genbank_file2,..> -d <genome_dir> -p <threads> "
+ print ""
+ print "2) With reference but without genbank file:"
+ print " >parsnp -r <reference_genome> -d <genome_dir> -p <threads> "
+ print ""
+ print "3) Autorecruit reference to a draft assembly:"
+ print " >parsnp -q <draft_assembly> -d <genome_db> -p <threads> "
+ print ""
+ print "[Input parameters]"
+ print "<<input/output>>"
+ print " -c = <flag>: (c)urated genome directory, use all genomes in dir and ignore MUMi? (default = NO)"
+ print " -d = <path>: (d)irectory containing genomes/contigs/scaffolds"
+ print " -r = <path>: (r)eference genome (set to ! to pick random one from genome dir)"
+ print " -g = <string>: Gen(b)ank file(s) (gbk), comma separated list (default = None)"
+ print " -o = <string>: output directory? default [./P_CURRDATE_CURRTIME]"
+ print " -q = <path>: (optional) specify (assembled) query genome to use, in addition to genomes found in genome dir (default = NONE)"
+ print ""
+ print "<<MUMi>>"
+ print " -U = <float>: max MUMi distance value for MUMi distribution "
+ print " -M = <flag>: calculate MUMi and exit? overrides all other choices! (default: NO)"
+ #new, mutually exclusive
+ print " -i = <float>: max MUM(i) distance (default: autocutoff based on distribution of MUMi values)"
+ print ""
+ print "<<MUM search>>"
+ #new, default to lower, 12-17
+ print " -a = <int>: min (a)NCHOR length (default = 1.1*Log(S))"
+ print " -C = <int>: maximal cluster D value? (default=100)"
+ print " -z = <path>: min LCB si(z)e? (default = 25)"
+ print ""
+ print "<<LCB alignment>>"
+ print " -D = <float>: maximal diagonal difference? Either percentage (e.g. 0.2) or bp (e.g. 100bp) (default = 0.12)"
+ print " -e = <flag> greedily extend LCBs? experimental! (default = NO)"
+ print " -n = <string>: alignment program (default: libMUSCLE)"
+ print " -u = <flag>: output unaligned regions? .unaligned (default: NO)"
+ print ""
+ print "<<Recombination filtration>>"
+ #new, default is OFF
+ print " -x = <flag>: enable filtering of SNPs located in PhiPack identified regions of recombination? (default: NO)"
+ print ""
+ print "<<Misc>>"
+ print " -h = <flag>: (h)elp: print this message and exit"
+ print " -p = <int>: number of threads to use? (default= 1)"
+ print " -P = <int>: max partition size? limits memory usage (default= 15000000)"
+ print " -v = <flag>: (v)erbose output? (default = NO)"
+ print " -V = <flag>: output (V)ersion and exit"
+ print ""
+
+#hidden, not yet supported options
+#print "-q = <path>: (optional) specify (assembled) query genome to use, in addition to genomes found in genome dir (default = NONE)"
+#print "-s = <flag>: (s)plit genomes by n's (default = NO)"
+#print "-z = <path>: min cluster si(z)e? (default = 10)"
+#print "-F = <flag>: fast MUMi calc? (default=NO)"
+#print "-g = <bool>: auto-launch (g)ingr? (default = NO)"
+
+
+if __name__ == "__main__":
+ parsnp_dir= sys.path[0]
+ #print parsnp_dir
+ #PARSNP_DIR = parsnp_dir
+ opts = []
+ args = []
+ try:
+ opts, args = getopt.getopt(sys.argv[1:], "hxved:C:F:D:i:g:m:MU:o:a:cln:p:P:q:r:Rsz:uV", ["help","xtrafast","verbose","extend","sequencedir","clusterD","DiagonalDiff","iniFile","genbank","mumlength","onlymumi","MUMi","outputDir","anchorlength","curated","layout","aligNmentprog","threads","max-partition-size","query","reference","nofiltreps","split","minclustersiZe","unaligned","version"])
+ except getopt.GetoptError, err:
+ # print help information and exit:
+ print str(err)
+ usage()
+ sys.exit(2)
+
+ ref = ""
+ currdir = os.getcwd()
+ seqdir = "./genomes"
+ anchor = "1.0*(Log(S))"
+ mum = "1.1*(Log(S))"
+ maxpartition = 15000000
+ fastmum = True
+ cluster = "300"
+ curated = False
+ aligner = "2"
+ threads = "32"
+ unaligned = "0"
+ mincluster = "21"
+ diagdiff = "0.12"
+ splitseq = False
+ extend = False
+ layout = False
+ xtrafast = False
+ inifile=""
+ mumi_only = False
+ mumidistance = 0.5
+ genbank_file = ""
+ genbank_files = []
+ genbank_files_str = ""
+ genbank_files_cat = ""
+ genbank_ref = ""
+ outputDir = ""
+ query = ""
+ reflen = 0
+ use_gingr = ""
+ inifile_exists = False
+ req_params = {}
+ req_params["genbank"] = 0
+ req_params["refgenome"] = 0
+ req_params["genomedir"] = 0
+ filtreps = False
+
+
+ repfile = ""
+ multifasta = False
+ ref_seqs = {}
+
+ for o, a in opts:
+ if o in ("-v","--verbose"):
+ VERBOSE = True
+ if o in ("-V","--version"):
+ version()
+ sys.exit(0)
+ elif o in ("-h", "--help"):
+ usage()
+ sys.exit(0)
+ elif o in ("-R","--filtreps"):
+ print "WARNING: -R option is no longer supported, ignoring. Please see harvest.readthedocs.org for bed filtering w/ harvesttools"
+ filtreps = False
+ elif o in ("-r","--reference"):
+ ref = a
+ if a != "!":
+ try:
+ rf = open(ref,'r')
+ rfd = rf.read()
+ refseqs = rfd.split(">")[1:]
+ currpos = 0
+ seqnum = 1
+ if len(refseqs) > 1:
+ multifasta = True
+ for seq in refseqs:
+ fastalen = len(seq.split("\n",1)[-1].replace("\n",""))
+ ref_seqs[currpos+fastalen] = seqnum
+ currpos = currpos+fastalen
+ seqnum+=1
+
+ rf.close()
+ except IOError:
+ sys.stderr.write( "ERROR: Reference genome file %s not found\n"%(ref))
+ sys.exit(1)
+ req_params["refgenome"] = 1
+
+ elif o in ("-d","--sequenceDir"):
+ seqdir = a
+ if not os.path.exists(seqdir):
+ sys.stderr.write( "ERROR: genome dir %s does not exist\n"%(seqdir))
+ sys.exit(1)
+ if len(glob.glob("%s/*"%(seqdir))) == 0:
+ sys.stderr.write( "ERROR: genome dir %s is empty\n"%(seqdir))
+ sys.exit(1)
+
+ req_params["genomedir"] = 1
+
+ elif o in ("-q","--query"):
+ query= a
+ try:
+ rf = open(query,'r')
+ rf.close()
+ except IOError:
+ sys.stderr.write( "ERROR: optional Query file %s provided but not found\n"%(query))
+ sys.exit(1)
+ elif o in ("-g","--genbank"):
+ genbank_files_str = a
+ genbank_files = genbank_files_str.split(",")
+ ctcmd = "cat "
+
+ first = True
+ #genbank_ref = ""
+ for genbank_file in genbank_files_str.split(","):
+ if len(genbank_file) <= 1:
+ continue
+ ctcmd += genbank_file + " "
+ try:
+ #parse out reference, starts at ORIGIN ends at //, remove numbers,
+ rf = open(genbank_file,'r')
+ if first:
+ genbank_ref = genbank_file+".fna"
+ genbank_ref1 = open(genbank_ref,'w')
+ giline = ""
+ while 1:
+ giline = rf.readline()
+ if "VERSION" and "GI" in giline:
+ break
+ elif giline == None or giline == "":
+ sys.stderr.write( "ERROR: Genbank file %s malformatted \n"%(genbank_file))
+ sys.exit(1)
+ if len(giline) <= 2:
+ sys.stderr.write( "ERROR: Genbank file %s malformatted \n"%(genbank_file))
+ sys.exit(1)
+ genbank_ref1.write(">gi|"+giline.split("GI:")[-1])
+ first = False
+ else:
+ genbank_ref1 = open(genbank_ref,'a')
+ giline = ""
+ while 1:
+ giline = rf.readline()
+ if "VERSION" and "GI" in giline:
+ break
+ elif giline == None or giline == "":
+ sys.stderr.write( "ERROR: Genbank file %s malformatted \n"%(genbank_file))
+ sys.exit(1)
+ if len(giline) <= 2:
+ sys.stderr.write( "ERROR: Genbank file %s malformatted \n"%(genbank_file))
+ sys.exit(1)
+ genbank_ref1.write(">gi|"+giline.split("GI:")[-1])
+ ntdata = False
+ data = ""
+ for line in rf.xreadlines():
+ if ntdata:
+ if "//" in line:
+ ntdata = False
+ break
+ data += line[9:].replace(" ","")
+ if "ORIGIN" in line:
+ ntdata = True
+
+ rf.close()
+ if len(data) < 10:
+ sys.stderr.write( "ERROR: Genbank file %s contains no sequence data\n"%(genbank_file))
+ sys.exit(1)
+ genbank_ref1.write(data.upper())
+ genbank_ref1.close()
+ except IOError:
+ sys.stderr.write( "ERROR: Genbank file %s not found\n"%(genbank_file))
+ sys.exit(1)
+
+ genbank_files_cat = "%s.cat"%(genbank_files[0])
+ os.system(ctcmd+"> "+genbank_files_cat)
+ req_params["genbank"] = 1
+
+ elif o in ("-a","--anchorlength"):
+ anchor = a
+ elif o in ("-m","--mumlength"):
+ mum = a
+ elif o in ("-D","--DiagonalDiff"):
+ diagdiff = a
+ elif o in ("-o","--outputDir"):
+ outputDir = a
+ elif o in ("-e","--extend"):
+ extend = True
+ elif o in ("-M","--onlymumi"):
+ mumi_only = True
+ elif o in ("-U","--MUMi"):
+ mumidistance = a
+ elif o in ("-x","--xtrafast"):
+ xtrafast = True
+ elif o in ("-i","--iniFile"):
+ inifile = a
+ inifile_exists = True
+ elif o in ("-c","--curated"):
+ curated = True
+ elif o in ("-n","--alignmentprog"):
+ aligner = a
+ if aligner == "muscle":
+ aligner = "2"
+ elif aligner == "mafft":
+ aligner = "1"
+ elif aligner == "fsa":
+ aligner = "3"
+ elif aligner == "prank":
+ aligner = "4"
+ else:
+ aligner = "2"
+ elif o in ("-p","--threads"):
+ threads = a
+ elif o in ("-P","--max-partition-size"):
+ maxpartition = a
+ elif o in ("-F","--fastmum"):
+ fastmum = True
+ elif o in ("-C","--clusterD"):
+ cluster = a
+ elif o in ("-u","--unaligned"):
+ unaligned = "1"
+ elif o in ("-s","--split"):
+ splitseq = True
+ elif o in ("-l","--layout"):
+ layout = True
+ elif o in ("-z","--minclustersize"):
+ mincluster = a
+
+ if outputDir != "":
+ today = datetime.datetime.now()
+ timestamp = "P_"+today.isoformat().replace("-","_").replace(".","").replace(":","").replace("T","_")
+ outputDir2 = timestamp#outputDir+os.sep+timestamp
+ if outputDir == "." or outputDir == "./" or outputDir == "/":
+ sys.stderr.write( WARNING_YELLOW+"Warning: specified output dir is current working dir! will clobber any parsnp.* results"+ENDC)
+ outputDir = ""
+
+ elif os.path.exists("%s"%(outputDir)):
+ pass
+ else:
+ os.mkdir("%s"%(outputDir))
+ else:
+ today = datetime.datetime.now()
+ timestamp = "P_"+today.isoformat().replace("-","_").replace(".","").replace(":","").replace("T","_")
+ outputDir = os.getcwd()+os.sep+timestamp
+ os.mkdir("%s"%(outputDir))
+
+ if len(opts) < 2:
+ usage()
+ sys.exit(2)
+
+ sortem = True
+ if len(ref) == 0 and len(genbank_ref) != 0:
+ #we are parsing from genbank, set ref to genbank_ref && turn off sorting
+ ref = genbank_ref
+ sortem = False
+
+
+
+ autopick_ref = False
+ if (len(ref) == 0 and len(query) == 0) or len(seqdir) == "":
+ sys.stderr.write( ERROR_RED+"ERROR: no seqs provided, yet required. exit!\n"+ENDC)
+ sys.exit(0)
+ elif len(ref) == 0 and len(query) != 0:
+ sys.stderr.write( WARNING_YELLOW+"WARNING: no reference genome specified, going to autopick from %s as closest to %s\n"%(seqdir, query)+ENDC)
+ autopick_ref = True
+ ref = query
+
+ if 1:
+ print (len(outputDir)+17)*"*"
+ print BOLDME+"SETTINGS:"+ENDC
+ if ref != "!":
+ print "|-"+BOLDME+"refgenome:\t%s"%(ref)+ENDC
+ else:
+ print "|-"+BOLDME+"refgenome:\t%s"%("autopick")+ENDC
+ print "|-"+BOLDME+"aligner:\tlibMUSCLE"+ENDC
+ print "|-"+BOLDME+"seqdir:\t%s"%(seqdir)+ENDC
+ print "|-"+BOLDME+"outdir:\t%s"%(outputDir)+ENDC
+ print "|-"+BOLDME+"OS:\t\t%s"%(OSTYPE)+ENDC
+ print "|-"+BOLDME+"threads:\t%s"%(threads)+ENDC
+ print (len(outputDir)+17)*"*"
+
+ print "\n<<Parsnp started>>\n"
+
+ #1)read fasta files (contigs/scaffolds/finished/DBs/dirs)
+ sys.stderr.write( "-->Reading Genome (asm, fasta) files from %s..\n"%(seqdir))
+ files = []
+ try:
+ files1 = os.listdir(seqdir)
+ files = []
+ for f1 in files1:
+ if not os.path.isdir(seqdir+os.sep+f1):
+ files.append(f1)
+
+ sys.stderr.write( " |->["+OK_GREEN+"OK"+ENDC+"]\n")
+ except IOError:
+ sys.stderr.write( ERROR_RED+"ERROR: problem reading files from %s\n"%(seqdir)+ENDC)
+ sys.exit(1)
+ sys.stderr.write( "-->Reading Genbank file(s) for reference (.gbk) %s..\n"%(genbank_files_str))
+ if len(genbank_file) == 0:
+ sys.stderr.write( " |->["+WARNING_YELLOW+"WARNING"+ENDC+"]"+": no genbank file provided for reference annotations, skipping..\n"+ENDC)
+ elif not os.path.exists(genbank_file):
+ sys.stderr.write( " |->["+ERROR_RED+"ERROR"+ENDC+"]"+": provided genbank file does not exist, skipping..\n"+ENDC)
+ else:
+ sys.stderr.write( " |->["+OK_GREEN+"OK"+ENDC+"]\n")
+
+ fnafiles = []
+ allfiles = []
+ fnaf_sizes = {}
+
+ allfile_dict = {}
+ reflen = 0
+ fnafiles1 = []
+ for file in files:
+
+ #any file in genome dir will be added..
+ if file[0] != "." and file[-1] != "~" and len(file) > 1 and not os.path.isdir(seqdir+os.sep+file):
+ ff = open(seqdir+os.sep+file,'r')
+ hdr = ff.readline()
+ seq = ff.readline()
+ if len(seq) > 1 and ("A" in seq.upper() or "G" in seq.upper() or "C" in seq.upper() or "T" in seq.upper() or "N" in seq.upper()) and hdr[0] == ">":
+ nameok = True
+ for char in special_chars:
+ if char in file:
+
+ print "WARNING: File %s contains a non-supported special character (\'%s\') in file name. Please remove if you'd like to include. For best practices see: http://support.apple.com/en-us/HT202808"%(file,char)
+ nameok = False
+ break
+ if nameok:
+ fnafiles1.append(file)
+
+
+ if ref == "!":
+ ref = random.choice(fnafiles1)
+ ref = seqdir+os.sep+ref
+ if 1:
+ ff = open(ref,'r')
+ hdr = ff.readline()
+ if hdr[0] == ">":
+
+ data = ff.read()
+ data = data.replace("\n","")
+ if "-" in data:
+ sys.stderr.write( "ERROR: ref genome sequence %s seems to aligned! remove and restart \n"%(ref))
+ sys.exit(1)
+ reflen = len(data)
+ ff.close()
+ for file in files:
+ nameok = True
+
+ for char in special_chars:
+ if char in file:
+ #print "WARNING: File %s contains a non-supported special character (%s) in file name. Please remove if you'd like to include. For best practices see: http://support.apple.com/en-us/HT202808"%(file,char)
+ nameok = False
+ break
+ if not nameok:
+ continue
+ if file[0] != "." and file[-1] != "~":
+ ff = open(seqdir+os.sep+file,'r')
+ hdr = ff.readline()
+ if hdr[0] == ">":
+
+ data = []
+ totlen = 0
+ for line in ff.xreadlines():
+ if line[0] != ">":
+ data.append(line.replace("\n",""))
+ if "-" in line:
+ sys.stderr.write( "ERROR: genome sequence %s seems to aligned! remove and restart \n"%(file))
+ sys.exit(1)
+
+ totlen += len(line.replace("\n",""))
+
+ if ref in file or file in ref:
+ reflen = totlen#len(data)
+ continue
+ #sorry too small
+ if totlen <= 20:
+ continue
+ sizediff = float(reflen)/float(totlen)
+ if sizediff <= 0.6 or sizediff >= 1.4:
+ continue
+
+ fnafiles.append(file)
+ fnaf_sizes[file] = totlen#len(data)
+ ff.close()
+
+
+ if ref in fnafiles:
+ sys.stderr.write( "ERROR: reference genome %s also in genome directory, restart and select different reference genome\n"%(ref))
+ sys.exit(1)
+
+ if ref == "!":
+ fnafiles.remove(ref)
+
+ #sort reference by largest replicon to smallest
+ if sortem and os.path.exists(ref) and not autopick_ref:
+ ff = open(ref,'r')
+ seqs = ff.read().split(">")[1:]
+ seq_dict = {}
+ seq_len = {}
+ for seq in seqs:
+ hdr = ""
+ nt = ""
+ try:
+ hdr,nt = seq.split("\n",1)
+ except ValueError:
+ continue
+ seq_dict[hdr] = nt
+ seq_len[hdr] = len(nt.replace("\n",""))
+ seq_len_sort = sorted(seq_len.iteritems(), key=operator.itemgetter(1))
+ seq_len_sort.reverse()
+ ffo = open("%s"%(outputDir+os.sep+ref.split(os.sep)[-1]+".ref"),'w')
+ for item in seq_len_sort:
+ ffo.write(">%s\n"%(item[0]))
+ ffo.write("%s"%(seq_dict[item[0]]))
+ ff.close()
+ ffo.close()
+ ref = outputDir+os.sep+ref.split(os.sep)[-1]+".ref"
+ else:
+ ref = genbank_ref
+
+ #remove any query sequences 30% diff in length
+ allfiles = [ref.rsplit(os.sep,1)[-1]]
+ #write INI file
+ if xtrafast or 1:
+ extend = False
+
+ inifile1 = open("%s/template.ini"%(PARSNP_DIR),'r')
+ inifiled = inifile1.read()
+ inifiled = inifiled.replace("$REF",ref)
+ inifiled = inifiled.replace("$EXTEND","%d"%(extend))
+ inifiled = inifiled.replace("$ANCHORS",anchor)
+ inifiled = inifiled.replace("$MUMS",mum)
+ inifiled = inifiled.replace("$MINCLUSTER",mincluster)
+ inifiled = inifiled.replace("$CLUSTERD",cluster)
+ inifiled = inifiled.replace("$THREADS",threads)
+ inifiled = inifiled.replace("$ALIGNER",aligner)
+ inifiled = inifiled.replace("$DIAGDIFF",diagdiff)
+ inifiled = inifiled.replace("$RECOMBFILT","%d"%(xtrafast))
+ inifiled = inifiled.replace("$OUTDIR",outputDir)
+ if fastmum:
+ inifiled = inifiled.replace("$PARTPOS","%d"%(0.2*reflen))
+ else:
+ inifiled = inifiled.replace("$PARTPOS","%s"%(maxpartition))
+
+ finalfiles = []
+ #2)get near neighbors (mumi distance)
+ if os.path.exists(outputDir+os.sep+"alltogether.fasta"):
+ os.system("rm " + outputDir+os.sep+"alltogether.fasta")
+ if os.path.exists(outputDir+os.sep+"blocks/b1"):
+ ftrm = glob.glob(outputDir+os.sep+"blocks/b*")
+ for file in ftrm:
+ os.system("rm -rf "+file)
+ #processed = []
+ #fnafiles = processed
+ fileidx = -1
+
+ hit_dict = {}
+ qry_hit_dict = {}
+ hdr_dict = {}
+ length_dict = {}
+
+ TOTSEQS=len(fnafiles)+1
+ seqids_list = []
+ use_mummer_mumi = False
+ use_parsnp_mumi = True
+ if not inifile_exists:
+ if len(fnafiles) < 1 or ref == "":
+ sys.stderr.write( "Parsnp requires 2 or more genomes to run, exiting\n")
+ print fnafiles, ref
+ sys.exit(0)
+
+ file_string = ""
+ cnt = 1
+ for file in fnafiles:
+
+ file_string+="file%d=%s\n"%(cnt,seqdir+os.sep+file)
+ file_string+="reverse%d=0\n"%(cnt)
+ cnt +=1
+ inifiled2 = inifiled.replace("$FILES\n",file_string)
+ inifiled_mumi = inifiled2
+ inifiled_mumi = inifiled_mumi.replace("calcmumi=0","calcmumi=1")
+ inifile_mumi = open(outputDir+os.sep+"all_mumi.ini",'w')
+ inifile_mumi.write(inifiled_mumi)
+ inifile_mumi.close()
+ mumi_dict = {}
+ if use_parsnp_mumi and not curated:
+ sys.stderr.write( "-->Calculating MUMi..\n")
+ if not inifile_exists:
+ command = "%s/parsnp %sall_mumi.ini"%(PARSNP_DIR,outputDir+os.sep)
+ else:
+ if not os.path.exists(inifile):
+ sys.stderr.write( "Error: ini file %s does not exist!\n"%(inifile))
+ sys.exit(1)
+ command = "%s/parsnp %s"%(PARSNP_DIR,inifile.replace(".ini","_mumi.ini"))
+ run_command(command)
+ try:
+ mumif = open(outputDir+os.sep+"all.mumi",'r')
+ for line in mumif.xreadlines():
+ line = line.replace("\n","")
+ try:
+ idx,mi = line.split(":")
+ mumi_dict[int(idx)-1] = float(mi)
+ except ValueError:
+ pass
+ except IOError:
+ #mumi file generation failed, skip.. use all?
+ i = 0
+ for file in fnafiles:
+ mumi_dict[i] = 1
+ print " |->["+OK_GREEN+"OK"+ENDC+"]"
+ finalfiles = []
+ lowest_mumi = 100
+ auto_ref = ""
+
+ if autopick_ref:
+ for idx in mumi_dict.keys():
+ if mumi_dict[idx] < lowest_mumi:
+ auto_ref = seqdir+os.sep+fnafiles[idx]
+ ref = auto_ref
+ lowest_mumi = mumi_dict[idx]
+
+ mumi_f = ""
+ if mumi_only and not curated:
+ if not os.path.exists(outputDir):
+ sys.stderr.write("Output directory does not exist! writing to cwd\n")
+ outputDir = ""
+ mumi_f = open("recruited_genomes.lst",'w')
+ else:
+ mumi_f = open(outputDir+os.sep+"recruited_genomes.lst",'w')
+
+ if VERBOSE:
+ print "RECRUITED GENOMES:\n"
+
+ sorted_x = sorted(mumi_dict.iteritems(), key=operator.itemgetter(1))
+ scnt = 0
+ mumivals = []
+ for item in sorted_x:
+ if scnt > 100 or scnt >= len(sorted_x):
+ break
+ if float(item[1]) < float(mumidistance):
+ mumivals.append(float(item[1]))
+ scnt +=1
+ minv=1.0
+ if len(mumivals) > 0:
+ minv = numpy.percentile(mumivals,0)
+
+ dvals = mumivals
+
+
+ stdv = 0
+ hpv = 0
+ if len(dvals) > 0:
+ stdv = numpy.std(dvals)
+ hpv = minv+(3*stdv)
+
+
+ for idx in mumi_dict.keys():
+ if mumi_dict[idx] < (float(mumidistance)) or curated:
+ if fastmum and mumi_dict[idx] > hpv:
+ continue
+ if 1 or auto_ref != fnafiles[idx]:
+ if mumi_only:
+ mumi_f.write(os.path.abspath(seqdir+os.sep+fnafiles[idx])+",%f"%(mumi_dict[idx])+"\n")
+ if VERBOSE:
+ print "\t"+fnafiles[idx]
+ finalfiles.append(fnafiles[idx])
+ allfiles.append(fnafiles[idx])
+ if VERBOSE:
+ print
+
+ if curated:
+ for file in fnafiles:
+ if file not in finalfiles:
+ finalfiles.append(file)
+ if file not in allfiles:
+ allfiles.append(file)
+
+ if mumi_only:
+ mumi_f.close()
+ sys.exit(1)
+
+ orig_auto_ref = auto_ref
+ if os.path.exists(auto_ref) and autopick_ref:
+ ff = open(auto_ref,'r')
+ seqs = ff.read().split(">")[1:]
+ seq_dict = {}
+ seq_len = {}
+ for seq in seqs:
+ hdr = ""
+ nt = ""
+ try:
+ hdr,nt = seq.split("\n",1)
+ except ValueError:
+ continue
+ seq_dict[hdr] = nt
+ seq_len[hdr] = len(nt.replace("\n",""))
+ seq_len_sort = sorted(seq_len.iteritems(), key=operator.itemgetter(1))
+ seq_len_sort.reverse()
+ ffo = open("%s"%(outputDir+os.sep+auto_ref.split(os.sep)[-1]+".ref"),'w')
+ for item in seq_len_sort:
+ ffo.write(">%s\n"%(item[0]))
+ ffo.write("%s"%(seq_dict[item[0]]))
+ ff.close()
+ ffo.close()
+ auto_ref = outputDir+os.sep+auto_ref.split(os.sep)[-1]+".ref"
+ ref = auto_ref
+ #print ref
+ #print ref
+ inifiled_closest = inifiled
+ if not inifile_exists:
+ if len(finalfiles) < 1 or ref == "":
+ sys.stderr.write( "ERROR: Parsnp requires 2 or more genomes to run, exiting\n")
+ sys.exit(0)
+
+ file_string = ""
+ cnt = 1
+ file_string_closest = ""
+ for file in finalfiles[0:1]:
+ file_string_closest+="file%d=%s\n"%(cnt,seqdir+os.sep+file)
+ file_string_closest+="reverse%d=0\n"%(cnt)
+ cnt +=1
+ cnt = 1
+ for file in finalfiles:
+ file_string+="file%d=%s\n"%(cnt,seqdir+os.sep+file)
+ file_string+="reverse%d=0\n"%(cnt)
+ cnt +=1
+ inifiled = inifiled.replace("$FILES\n",file_string)
+ #new, output unaligned regions
+ inifiled = inifiled.replace("$UNALIGNED",unaligned)
+ inifiled_closest = inifiled.replace("$FILES\n",file_string_closest)
+
+ if fastmum:
+ inifiled = inifiled.replace("p=%d"%(0.2*reflen),"p=%s"%(maxpartition))
+ inifiled_closest = inifiled.replace("p=%d"%(0.2*reflen),"p=%s"%(maxpartition))
+ if autopick_ref:
+ inifiled = inifiled.replace(orig_auto_ref,auto_ref)
+ inifiled = inifiled.replace(auto_ref,"tmp_"+auto_ref)
+ inifiled = inifiled.replace(query,auto_ref)
+ inifiled = inifiled.replace("tmp_"+auto_ref,query)
+ inifiled_closest = inifiled_closest.replace(auto_ref,"tmp_"+auto_ref)
+ inifiled_closest = inifiled_closest.replace(query,auto_ref)
+ inifiled_closest = inifiled_closest.replace("tmp_"+auto_ref,query)
+
+ inifile = open(outputDir+os.sep+"parsnpAligner.ini",'w')
+ inifile.write(inifiled)
+ inifile.close()
+ inifile_closest = open(outputDir+os.sep+"psnn.ini",'w')
+ inifile_closest.write(inifiled_closest)
+ inifile_closest.close()
+
+
+ #3)run parsnp (cores, grid?)
+ print "-->Running Parsnp multi-MUM search and libMUSCLE aligner.."
+ if not os.path.exists(outputDir+os.sep+"blocks"):
+ os.mkdir(outputDir+os.sep+"blocks")
+ command = ""
+ run_parsnp = 1
+ if run_parsnp:
+ successful_run = False
+ maxruns = 2
+ runcnt = 0
+ while not successful_run:
+ if not inifile_exists:
+ if command == "" and xtrafast and 0:
+ command = "%s/parsnpA_fast %sparsnpAligner.ini"%(PARSNP_DIR,outputDir+os.sep)
+ elif command == "":
+ command = "%s/parsnp %sparsnpAligner.ini"%(PARSNP_DIR,outputDir+os.sep)
+ else:
+ command = "%s/parsnp %spsnn.ini"%(PARSNP_DIR,outputDir+os.sep)
+ else:
+ if not os.path.exists(inifile):
+ sys.stderr.write("Error: ini file %s does not exist!\n"%(inifile))
+ sys.exit(1)
+ command = "%s/parsnp %s"%(PARSNP_DIR,inifile)
+ run_command(command)
+
+
+ if not os.path.exists(outputDir+os.sep+"parsnpAligner.xmfa"):
+
+ successful_run = False
+ runcnt +=1
+ if runcnt >= 2:
+ sys.stderr.write("Error: set of recruited genomes are too divergent for parsnp, please reduce MUMi (%f) and relaunch\n"%(float(mumidistance)))
+ sys.exit(1)
+ else:
+ successful_run = True
+ runcnt +=1
+ break
+ os.system("mv "+outputDir+os.sep+"parsnpAligner.xmfa "+outputDir+os.sep+"parsnp.xmfa")
+ xmfafile = open(outputDir+os.sep+"parsnp.xmfa",'r')
+
+ file2hdr_dict = {}
+ fileid = ""
+ blockfiles = []
+
+ #get coverage
+ coverage = 0
+ totlength = 0
+ totseqs = 0
+ try:
+ cf = open("%sparsnpAligner.log"%(outputDir+os.sep))
+ for line in cf.xreadlines():
+ if "Total coverage among all sequences:" in line:
+ coverage = line.split(":",1)[-1].replace("\n","")
+ coverage = float(coverage.replace("%",""))/100.0
+ elif "Length:" in line:
+ totlength += int(line.split(":",1)[-1].replace("\n","").split("bps")[0])
+ totseqs +=1
+ except IOError:
+ print ERROR_RED+"parsnpAligner.log missing, parsnpAligner failed, exiting.."+ENDC
+ sys.exit(1)
+
+ #update thresholds
+ if coverage <= 0.01:
+ sys.stderr.write( " |->["+ERROR_RED+"ERROR"+ENDC+"]"+": aligned regions cover less than 1% of reference genome, something is not right.. please adjust params and rerun. If problem persists please contact developers (treangen at gmail.com)"+ENDC)
+ sys.exit(1)
+ elif coverage < 0.1:
+ sys.stderr.write( " |->["+WARNING_YELLOW+"WARNING"+ENDC+"]"+": aligned regions cover less than 10% of reference genome! please verify recruited genomes are all strain of interest"+ENDC)
+ else:
+ pass
+ print " |->["+OK_GREEN+"OK"+ENDC+"]"
+ t2 = time.time()
+ elapsed = float(t2)-float(t1)
+ #print "-->Getting list of LCBs.."
+ allbfiles = glob.glob(outputDir+os.sep+"blocks/b*/*")
+ blockfiles = []
+ icnt = 0
+ block_startpos = []
+ block_dict = {}
+ for file in allbfiles:
+ if os.path.isfile(file):
+ if "seq.fna" in file:
+ blockfiles.append(file)
+ lf = open(file,'r')
+ header = lf.readline()
+ if header[0] != ">":
+ sys.stderr.write( "Error with LCB: %s\n"%(file))
+ continue
+
+ inf = header.split("+",1)[0]
+
+ rseq = ""
+ while 1:
+ lff = lf.readline()
+ if lff[0] == ">":
+ break
+ rseq += lff.replace("\n","")
+
+ spos,epos = inf.split(":",1)[-1].split("-",1)
+ block_startpos.append(int(spos))
+ block_dict[file] = [int(spos),int(epos), rseq]
+ lf.close()
+ run_repeat_filter = filtreps
+
+ #initiate parallelPhiPack tasks
+ run_recomb_filter = 0
+
+ if xtrafast:
+ run_recomb_filter = 1
+ else:
+ run_recomb_filter = 0
+
+ recombination_sites = {}
+ bedfile = ""
+ bedfile_dict = {}
+ print "-->Running PhiPack on LCBs to detect recombination.."
+ if run_recomb_filter and len(blockfiles) > 0:
+
+ bedfile = open("%s/parsnp.rec"%(outputDir),'w')
+ tasks = []
+ processed = []
+ icnt = 0
+ for file in blockfiles:
+ seq1 = ""
+ try:
+ bf = open(file,'r')
+ seq1 = bf.read().split(">")[1].split("\n",1)[-1]
+ seq1 = seq1.replace("\n","")
+ bf.close()
+ except IOError:
+ pass
+
+ processed.append(file)
+ params = {}
+ path,file = file.rsplit(os.sep,1)
+ params["jobID"] = len(tasks)
+ params["query"] = "%s"%(file)
+ params["seqlen"] = len(seq1)
+ params["spos"] = block_startpos[icnt]
+ params["dir"] = "%s"%(path)
+ params["output"] = "%sProfile.csv"%(path+os.sep)#(path+os.sep+file+".out")
+ tasks.append(params)
+ icnt +=1
+
+ #run parallelPhiPack
+ pool = Pool(processes=int(threads))
+ result = pool.map_async(parallelPhiWrapper,tasks).get(sys.maxint)
+
+ for i in result:
+ if (i["status"] == 1):
+ #process output
+ recregions = ""
+ block_spos = tasks[i["jobID"]]["spos"]
+ try:
+ recregions = open(tasks[i["jobID"]]["output"],'r').read()
+ except IOError:
+ if VERBOSE:
+ sys.stderr.write( "File %s doesn't exist, no rec regions or error in PhiPack\n"%(tasks[i["jobID"]]["output"]))
+ continue
+ reclines = recregions.split("\n")
+ prevpos = 0
+
+ for line in reclines:
+ try:
+ pos,eval = line.split(",")
+ except ValueError:
+ continue
+ pos = int(pos)
+ eval = float("%.5f"%(float(eval)))
+ if eval < 0.01 and eval >= 0:
+ idx = 0
+ srpos = 0
+ if pos-50 > 0:
+ srpos = (pos-50)+block_spos
+ else:
+ srpos = block_spos
+ eval = abs(eval)
+ if not multifasta:
+ bedfile_dict[srpos] = "1\t%s\t%s\tREC\t%.3f\t+\n"%(srpos,pos+50+block_spos,eval)
+ else:
+ chrnum = 1
+ chr_spos = ref_seqs.keys()
+ for cs in chr_spos:
+ if block_spos < chr_spos:
+ chrnum = ref_seqs[cs]
+ bedfile_dict[srpos] = "%d\t%s\t%s\tREC\t%.3f\t+\n"%(chrnum,srpos,pos+50+block_spos,eval)
+
+
+
+ qfile = tasks[i["jobID"]]["query"]
+
+ elif i["status"] != 2:
+ sys.stderr.write( "Error: parallel phipack job %d failed\n"%(i["jobID"]))
+ raise IOError
+
+ pool.close()
+ pool.join()
+ brkeys = bedfile_dict.keys()
+ brkeys.sort()
+ for key in brkeys:
+ bedfile.write(bedfile_dict[key])
+ bedfile.close()
+
+ if run_recomb_filter:
+ sys.stderr.write(" |->["+OK_GREEN+"OK"+ENDC+"]\n")
+ else:
+ sys.stderr.write(" |->["+SKIP_GRAY+"SKIP"+ENDC+"]\n")
+ run_lcb_trees = 0
+
+ annotation_dict = {}
+ if xtrafast or 1:
+ #add genbank here, if present
+ if len(genbank_ref) != 0:
+ rnc = "%s/harvest -q -o %s/parsnp.ggr -x "%(PARSNP_DIR,outputDir)+outputDir+os.sep+"parsnp.xmfa"
+ for file in genbank_files:
+ rnc += " -g %s " %(file)
+ run_command(rnc)
+ else:
+ run_command("%s/harvest -q -o %s/parsnp.ggr -f %s -x "%(PARSNP_DIR,outputDir,ref)+outputDir+os.sep+"parsnp.xmfa")
+
+ if run_recomb_filter:
+ run_command("%s/harvest -q -b %s/parsnp.rec,REC,\"PhiPack\" -o %s/parsnp.ggr -i %s/parsnp.ggr"%(PARSNP_DIR,outputDir,outputDir,outputDir))
+ if run_repeat_filter:
+ run_command("%s/harvest -q -b %s,REP,\"Intragenomic repeats > 100bp\" -o %s/parsnp.ggr -i %s/parsnp.ggr"%(PARSNP_DIR,repfile,outputDir,outputDir))
+
+ run_command("%s/harvest -q -i %s/parsnp.ggr -S "%(PARSNP_DIR,outputDir)+outputDir+os.sep+"parsnp.snps.mblocks")
+
+ command = "%s/ft -nt -quote -gamma -slow -boot 100 "%(PARSNP_DIR)+outputDir+os.sep+"parsnp.snps.mblocks > "+outputDir+os.sep+"parsnp.tree"
+ print "-->Reconstructing core genome phylogeny.."
+ run_command(command)
+ #7)reroot to midpoint
+ if os.path.exists("outtree"):
+ os.system("rm outtree")
+
+ if reroot_tree and len(finalfiles) > 1:
+ #print "-->Midpoint reroot.."
+ try:
+ mtree = open("%sparsnp.tree"%(outputDir+os.sep), 'r')
+ mtreedata = mtree.read()
+ mtreedata.replace("\n","")
+ tree = dendropy.Tree.get_from_string(mtreedata,"newick")
+ tree.reroot_at_midpoint(update_splits=False)
+ mftreef = tree.as_string('newick').split(" ",1)[1]
+ #print mftreef
+ mtreef = open(outputDir+os.sep+"parsnp.final.tree",'w')
+ mtreef.write(mftreef)
+ mtreef.close()
+ os.system("mv %s %s"%(outputDir+os.sep+"parsnp.final.tree",outputDir+os.sep+"parsnp.tree"))
+ except IOError:
+ sys.stderr.write( "ERROR: cannot process fasttree output, skipping midpoint reroot..\n")
+ print " |->["+OK_GREEN+"OK"+ENDC+"]"
+
+
+ if 1 or len(use_gingr) > 0:
+ print "-->Creating Gingr input file.."
+ if xtrafast or 1:
+ #if newick available, add
+ #new flag to update branch lengths
+ run_command("%s/harvest --midpoint-reroot -u -q -i "%(PARSNP_DIR)+outputDir+os.sep+"parsnp.ggr -o "+outputDir+os.sep+"parsnp.ggr -n %s"%(outputDir+os.sep+"parsnp.tree "))
+
+ print " |->["+OK_GREEN+"OK"+ENDC+"]"
+
+ print "-->Calculating wall clock time.. "
+ if float(elapsed)/float(60.0) > 60:
+ print " |->"+BOLDME+"Aligned %d genomes in %.2f hours"%(totseqs,float(elapsed)/float(3600.0))+ENDC
+ elif float(elapsed) > 60:
+ print " |->"+BOLDME+"Aligned %d genomes in %.2f minutes"%(totseqs,float(elapsed)/float(60.0))+ENDC
+ else:
+ print " |->"+BOLDME+"Aligned %d genomes in %.2f seconds"%(totseqs,float(elapsed))+ENDC
+ #cleanup
+ rmfiles = glob.glob(outputDir+os.sep+"*.aln")
+ #rmfiles2 = glob.glob(outputDir+os.sep+"blocks/b*/*")
+ rmfiles3 = glob.glob(outputDir+os.sep+"blocks/b*")
+ for file in rmfiles:
+ os.system("rm %s"%(file))
+ for file in rmfiles3:
+ os.system("rm -rf %s"%(file))
+
+ filepres = 0
+ print BOLDME+"\n<<Parsnp finished! All output available in %s>>"%(outputDir)+ENDC
+ print
+ print BOLDME+"Validating output directory contents..."+ENDC
+ print BOLDME+"\t1)parsnp.tree:\t\tnewick format tree"+ENDC,
+ if os.path.exists("%sparsnp.tree"%(outputDir+os.sep)) and os.path.getsize("%sparsnp.tree"%(outputDir+os.sep)) > 0:
+ print "\t\t\t["+OK_GREEN+"OK"+ENDC+"]"
+ filepres+=1
+ else:
+ print "\t|->"+ERROR_RED+"MISSING"+ENDC
+ print BOLDME+"\t2)parsnp.ggr:\t\tharvest input file for gingr (GUI)"+ENDC,
+ if os.path.exists("%sparsnp.ggr"%(outputDir+os.sep)) and os.path.getsize("%sparsnp.ggr"%(outputDir+os.sep)) > 0:
+ print "\t["+OK_GREEN+"OK"+ENDC+"]"
+ filepres+=1
+ else:
+ print "\t|->"+ERROR_RED+"MISSING"+ENDC
+ print BOLDME+"\t3)parsnp.xmfa:\t\tXMFA formatted multi-alignment"+ENDC,
+ if os.path.exists("%sparsnp.xmfa"%(outputDir+os.sep)) and os.path.getsize("%sparsnp.xmfa"%(outputDir+os.sep)) > 0:
+ print "\t\t["+OK_GREEN+"OK"+ENDC+"]"
+ filepres+=1
+ else:
+ print "\t|->"+ERROR_RED+"MISSING"+ENDC
+ if filepres == 3:
+ pass
+
+ else:
+ print "\t\t["+ERROR_RED+"Output files missing, something went wrong. Check logs and relaunch or contact developers for assistance"+ENDC+"]"
+ print
+ if os.path.exists("%sblocks"%(outputDir+os.sep)):
+ os.rmdir("%sblocks"%(outputDir+os.sep))
+ if os.path.exists("allmums.out"):
+ os.remove("allmums.out")
+
+ if not VERBOSE and os.path.exists("parsnpAligner.ini"):
+ os.remove("parsnpAligner.ini")
+
+ prefix = outputDir+os.sep+ref.rsplit(".",1)[0].rsplit(os.sep)[-1]
+ if not VERBOSE and os.path.exists("%s.coords"%(prefix)):
+ os.remove("%s.coords"%(prefix))
+
+ if not VERBOSE and os.path.exists("%s.delta"%(prefix)):
+ os.remove("%s.delta"%(prefix))
+
+ files = glob.glob("%s/*.reps"%(outputDir))
+ for file in files:
+ if not VERBOSE and os.path.exists(file):
+ os.remove(file)
+
+
+ files = glob.glob("%s/*.ref"%(outputDir))
+ for file in files:
+ if not VERBOSE and os.path.exists(file):
+ os.remove(file)
+
+ if not VERBOSE and os.path.exists("%s/psnn.ini"%(outputDir)):
+ os.remove("%s/psnn.ini"%(outputDir))
+
+ if not VERBOSE and os.path.exists("%s/all_mumi.ini"%(outputDir)):
+ os.remove("%s/all_mumi.ini"%(outputDir))
+
+
+ if os.path.exists("%s/parsnp.snps.mblocks"%(outputDir)):
+ os.remove("%s/parsnp.snps.mblocks"%(outputDir))
+
+ if not VERBOSE and os.path.exists("%s/all.mumi"%(outputDir)):
+ os.remove("%s/all.mumi"%(outputDir))
+
+ if os.path.exists(use_gingr):
+ #check if available first
+ rc = 0
+ if binary_type == "osx":
+ print ">>Launching gingr.."
+ os.system("open -n %s --args %s/parsnp.ggr"%(use_gingr,outputDir))
+
diff --git a/README.md b/README.md
new file mode 100644
index 0000000..4667e67
--- /dev/null
+++ b/README.md
@@ -0,0 +1,12 @@
+Parsnp is a command-line-tool for efficient microbial core genome alignment and SNP detection. Parsnp was designed to work in tandem with Gingr, a flexible platform for visualizing genome alignments and phylogenetic trees; both Parsnp and Gingr form part of the Harvest suite :
+
+- [Harvest project page](http://harvest.readthedocs.org)
+ - url: http://harvest.readthedocs.org
+
+Parsnp is primarily distributed as a binary for Linux or OS X (see Parsnp link above ). However, the source and build scripts are provided for incompatible platforms or for development purposes.
+
+CITATION provides details on how to cite Parsnp.
+
+INSTALL provides instructions for building from source and installing.
+
+LICENSE provides licensing information.
diff --git a/autogen.sh b/autogen.sh
new file mode 100755
index 0000000..f73a1f6
--- /dev/null
+++ b/autogen.sh
@@ -0,0 +1,4 @@
+aclocal
+automake --add-missing
+autoconf
+
diff --git a/bootstrap.sh b/bootstrap.sh
new file mode 100755
index 0000000..f73a1f6
--- /dev/null
+++ b/bootstrap.sh
@@ -0,0 +1,4 @@
+aclocal
+automake --add-missing
+autoconf
+
diff --git a/build_parsnp_linux.sh b/build_parsnp_linux.sh
new file mode 100755
index 0000000..616deed
--- /dev/null
+++ b/build_parsnp_linux.sh
@@ -0,0 +1,8 @@
+cd muscle
+./autogen.sh
+./configure --prefix=`pwd`
+make install
+cd ..
+./autogen.sh
+./configure
+make install
diff --git a/build_parsnp_osx.sh b/build_parsnp_osx.sh
new file mode 100755
index 0000000..d5f279a
--- /dev/null
+++ b/build_parsnp_osx.sh
@@ -0,0 +1,10 @@
+export CC="/usr/local/Cellar/gcc49/4.9.2/bin/gcc"
+export CXX="/usr/local/Cellar/gcc49/4.9.2/bin/g++"
+cd muscle
+./autogen.sh
+./configure --prefix=`pwd`
+make install
+cd ..
+./autogen.sh
+./configure
+make install
diff --git a/configure.ac b/configure.ac
new file mode 100644
index 0000000..0ccd882
--- /dev/null
+++ b/configure.ac
@@ -0,0 +1,23 @@
+AC_INIT(parsnp,1.0)
+AM_INIT_AUTOMAKE(parsnp,1.0)
+AC_PROG_CC(gcc)
+
+AC_ARG_WITH(libmuscle, [ --with-libmuscle=<path/to/libmuscle> libMUSCLE install dir (default: `pwd`/muscle)])
+
+if test "$with_libmuscle" == ""
+then
+ with_libmuscle=`pwd`/muscle
+fi
+
+AC_LANG(C++)
+
+CPPFLAGS="-I$with_libmuscle"
+AC_CHECK_HEADER(libMUSCLE/muscle.h, [result=1], [result=0])
+
+if test $result == 0
+then
+ AC_MSG_ERROR([libMUSCLE headers not found.])
+fi
+
+AC_SUBST(libmuscle, $with_libmuscle)
+AC_OUTPUT(Makefile src/Makefile)
\ No newline at end of file
diff --git a/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_12_2013.fna b/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_12_2013.fna
new file mode 100644
index 0000000..3545ab6
--- /dev/null
+++ b/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_12_2013.fna
@@ -0,0 +1,431 @@
+>gi|540362655|gb|KF600627.1| Middle East respiratory syndrome coronavirus isolate Al-Hasa_12_2013, complete genome
+TCTTGCAGAACTTTGATTTTAACGAACTTAAATAAAAGCCCTGTTGTTTAGCGTATTGTTGCACTTGTCT
+GGTGGGATTGTGGCATTAATTTGCCTGCTCATCTAGGCAGTGGACATATGCTCAACACTGGGTATAATTC
+TAATTGAATACTATTTTTCAGTTAGAGCGTCGTGTCTCTTGTACGTCTCGGTCACAATACACGGTTTCGT
+CCGGTGCGTGGCAATTCGGGGCACATCATGTCTTTCGTGGCTGGTGTGACCGCGCAAGGTGCGCGCGGTA
+CGTATCGAGCAGCGCTCAACTCTGAAAAACATCAAGACCATGTGTCTCTAACTGTGCCACTCTGTGGTTC
+AGGAAACCTGGTTGAAAAACTTTCACCATGGTTCATGGATGGCGAAAATGCCTATGAAGTGGTGAAGGCC
+ATGTTACTTAAAAAGGAGCCACTTCTCTATGTGCCCATCCGGCTGGCTGGACACACTAGACACCTCCCAG
+GTCCTCGTGTATACCTGGTTGAGAGGCTCATTGCTTGTGAAAATCCATTCATGGTTAACCAATTGGCTTA
+TAGCTCTAGTGCAAATGGCAGCTTGGTTGGCACAACTTTGCAGGGCAAGCCTATTGGTATGTTCTTCCCT
+TATGACATCGAACTTGTCACAGGAAAGCAAAATATTCTCCTGCGCAAGTATGGCCGTGGTGGTTATCACT
+ACACCCCATTCCACTATGAGCGAGACAACACCTCTTGCCCTGAGTGGATGGACGATTTTGAGGCGGATCC
+TAAAGGCAAATATGCCCAGAATCTGCTTAAGAAGTTGATTGGCGGTGATGTCACTCCAGTTGACCAATAC
+ATGTGTGGCGTTGATGGAAAACCCATTAGTGCCTACGCATTTTTAATGGCCAAGGATGGAATAACCAAAC
+TGGCTGATGTTGAAGCGGACGTCGCAGCACGTGCTGATGACGAAGGCTTCATCACATTAAAGAACAATCT
+ATATAGATTGGTTTGGCATGTTGAGCGTAAAGACGTTCCATATCCTAAGCAATCTATTTTTACTATTAAT
+AGTGTGGTCCAAAAGGATGGTGTTGAAAACACTCCTCCTCACTATTTTACTCTTGGATGCAAAATTTTAA
+CGCTCACCCCACGCAACAAGTGGAGTGGCGTTTCTGACTTGTCCCTCAAACAAAAACTCCTTTACACCTT
+CTATGGTAAGGAGTCACTTGAGAACCCAACCTACATTTACCACTCCGCATTCATTGAGTGTGGAAGTTGT
+GGTAATGATTCCTGGCTTACAGGGAATGCTATCCAAGGGTTTGCCTGTGGATGTGGGGCATCATATACAG
+CTAATGATGTCGAAGTCCAATCATCTGGCATGATTAAGCCAAATGCTCTTCTTTGTGCTACTTGCCCCTT
+TGCTAAGGGTGATAGCTGTTCTTCTAATTGCAAACATTCAGTTGCTCAGTTGGTTAGTTACCTTTCTGAA
+CGTTGTAATGTTATTGCTGATTCTAAGTCCTTCACACTTATCTTTGGTGGCGTAGCTTACGCCTACTTTG
+GATGTGAGGAAGGTACTATGTACTTTGTGCCTAGAGCTAAGTCTGTTGTCTCAAGGATTGGAGACTCCAT
+CTTTACAGGCTGTACTGGCTCTTGGAACAAGGTCACTCAAATTGCTAACATGTTCTTGGAACAGACTCAG
+CATTCCCTTAACTTTGTGGGAGAGTTCGTTGTCAACGATGTTGTCCTCGCAATTCTCTCTGGAACCACAA
+CTAATGTTGACAAAATACGCCAGCTTCTCAAAGGTGTCACCCTTGACAAGTTGCGTGATTATTTAGCTGA
+CTATGACGTAGCAGTCACTGCCGGCCCATTCATGGATAATGCTATTAATGTTGGTGGTACAGGATTACAG
+TATGCCGCCATTACTGCACCTTATGTAGTTCTCACTGGCTTAGGTGAGTCCTTTAAGAAAGTTGCAACCA
+TACCGTACAAGGTTTGCAACTCTGTTAAGGATACTCTGACTTATTATGCTCACAGCGTGTTGTACAGAGT
+TTTTCCTTATGACATGGATTCTGGTGTGTCATCCTTTAGTGAACTACTTTTTGATTGCGTTGATCTTTCA
+GTAGCTTCTACCTATTTTTTAGTCCGCCTCTTGCAAGATAAGACTGGCGACTTTATGTCTACAATTATTA
+CTTCCTGCCAAACTGCTGTTAGTAAGCTTCTAGATACATGTTTTGAAGCTACAGAAGCAACATTTAACTT
+CTTGTTAGATTTGGCAGGATTGTTCAGAATCTTTCTTCGCAATGCCTATGTGTACACTTCACAAGGGTTT
+GTGGTGGTCAATGGCAAAGTTTCTACACTTGTCAAACAAGTGTTAGACTTGCTTAATAAGGGTATGCAAC
+TTTTGCATACAAAGGTCTCCTGGGCTGGTTCTAATATCAGTGCTGTTATCTACAGCGGCAGGGAGTCTCT
+AATATTCCCATCGGGAACCTATTACTGTGTCACCACTAAGGCTAAGTCCGTTCAACAAGATCTTGACGTT
+ATTTTGCCTGGTGAGTTTTCCAAGAAGCAGTTAGGACTGCTCCAACCTACTGACAATTCTACAACTGTTA
+GTGTTACTGTATCCAGTAACATGGTTGAAACTGTTGTGGGTCAACTTGAGCAAACTAATATGCATAGTCC
+TGATGTTATAGTAGGTGACTATGTCATTATTAGTGAAAAATTGTTTGTGCGTAGTAAGGAAGAAGACGGA
+TTTGCCTTCTACCCTGCTTGCACTAATGGTCATGCTGTACCGACTCTCTTTAGACTTAAGGGAGGTGCAC
+CTGTAAAAAAAGTAGCCTTTGGCGGTGATCAAGTACATGAGGTTGCTGCTGTAAGAAGTGTTACTGTCGA
+GTACAACATTCATGCTGTATTAGACACACTACTTGCTTCTTCTAGTCTTAGAACCTTTGTTGTAGATAAG
+TCTTTGTCAATTGAGGAGTTTGCTGACGTAGTAAAGGAACAAGTCTCAGACTTGCTTGTTAAATTACTGC
+GTGGAATGCCGATTCCAGATTTTGATTTAGACGATTTTATTGACGCACCATGCTATTGCTTTAACGCTGA
+GGGTGATGCATCTTGGTCTTCTACTATGATCTTCTCTCTTCACCCCGTCGAGTGTGACGAGGAGTGTTCT
+GAAGTAGAGGCTTCAGATTTAGAAGAAGGTGAATCAGAGTGCATTTCTGAGACTTCAACTGAACAAGTTG
+ACGTTTCTCATGAGGTTTCTGACGACGAGTGGGCTGCTGCAGTTGATGAAGCGTTCCCCCTCGATGAAGC
+AGAAGATGTTACTGAATCTGTGCAAGAAGAAGCACAACCAGTAGAAGTACCTGTTGAAGATATTGCGCAG
+GTTGTCATAGCTGACACCTTACAGGAAACTCCTGTTGTGTCTGATACTGTTGAAGTCCCACCGCAAGTGG
+TGAAACTTCCGTCTGAACCTCAGACTATCCAGCCCGAGGTAAAAGAAGTTGCACCTGTCTATGAGGCTGA
+TACCGAACAGACACAGAGTGTTACTGTTAAACCTAAGAGGTTACGCAAAAAGCGTAATGTTGACCCTTTG
+TCCAATTTTGAACATAAGGTTATTACAGAGTGCGTTACCATAGTTTTAGGTGACGCAATTCAAGTAGCCA
+AGTGCTATGGGGAGTCTGTGTTAGTTAATGCTGCTAACACACATCTTAAGCATGGCGGTGGTATCGCTGG
+TGCTATTAATGCGGCTTCAAAAGGGGCTGTCCAAAAAGAGTCAGATGAGTATATTCTGGCTAAAGGGCCG
+TTACAAGTAGGAGATTCAGTTCTCTTGCAAGGCCATTCTCTAGCTAAGAATATCCTGCATGTCGTAGGCC
+CAGATGCCCGCGCTAAACAGGATGTTTCTCTCCTTAGTAAGTGCTATAAGGCTATGAATGCATATCCTCT
+TGTAGTCACTCCTCTTGTTTCAGCAGGCATATTTGGTGTAAAACCAGCTGTGTCTTTTGATTATCTTATT
+AGAGAGGCTAAGACTAGAGTTTTAGTCGTCGTTAATTCCCAAGATGTCTATAAGAGTCTTACCATAGTTG
+ACATTCCACAGAGTTTGACTTTTTCATATGATGGGTTACGTGGCGCAATACGTAAAGCTAAAGATTATGG
+TTTTACTGTTTTTGTGTGCACAGACAACTCTGCTAACACTAAAGTTCTTAGGAACAAGGGTGTTGATTAT
+ACTAAGAAGTTTCTTACAGTTGACGGTGTGCAATATTATTGCTACACGTCTAAGGACACTTTAGATGATA
+TCTTACAACAGGCTAATAAGTCTGTTGGTATTATATCTATGCCTTTGGGATATGTGTCTCATGGTTTAGA
+CTTAATTCAAGCAGGTAGTGTCGTGCGTAGAGTTAACGTGCCCTACGTGTGTCTCCTAGCTAATAAAGAG
+CAAGAAGCTATTTTGATGTCTGAAGACGTTAAGTTAAACCCTTCAGAAGATTTTATAAAGCACGTCCGCA
+CTAATGGTGGTTACAATTCTTGGCATTTAGTCGAGGGTGAACTATTGGTGCAAGACTTACGCTTAAATAA
+GCTCCTGCATTGGTCTGATCAAACCATATGCTACAAGGATAGTGTGTTTTATGTTGTAAAGAATAGTACA
+GCTTTTCCATTTGAAACACTTTCAGCATGTCGTGCGTATTTGGATTCACGCACGACACAGCAGTTAACAA
+TCGAAGTCTTAGTGACTGTCGATGGTGTAAATTTTAGAACAGTCGTTCTAAATAATAAGAACACTTATAG
+ATCACAGCTTGGATGCGTTTTCTTTAATGGTGCTGATATTTCTGATACCATTCCTGATGAGAAACAGAAT
+GGTCACAGTTTATATCTAGCAGACAATTTGACTGCTGATGAAACAAAGGCGCTTAAAGAGTTATATGGCC
+CCGTTGATCCTACTTTCTTACACAGATTCTATTCACTTAAGGCTGCAGTCCATAAGTGGAAGATGGTTGT
+GTGTGATAAGGTACGTTCTCTCAAATTGAGTGATAATAATTGTTATCTTAATGCAGTTATTATGACACTT
+GATTTATTGAAGGACATTAAATTTGTTATACCTGCTCTACAGCATGCATTTATGAAACATAAGGGCGGTG
+ATTCAACTGACTTCATAGCCCTCATTATGGCTTATGGCAATTGCACATTTGGTTCTCCAGATGATGCCTC
+TCGGTTACTTCATACCGTGCTTGCAAAGGCTGAGTTATGCTGTTCTGCACGCATGGTTTGGAGAGAGTGG
+TGCAATGTCTGTGGCATAAAAGATGTTGTTCTACAAGGCTTAAAAGCTTGTTGTTACGTGGGTGTGCAAA
+CTGTTGAAGATCTGCGTGCTCGCATGACATATGTATGCCAGTGTGGTGGTGAACGTCATCGGCAAATAGT
+CGAACACACCACCCCCTGGTTGCTGCTCTCAGGCACACCAAATGAAAAATTGGTGACAACCTCCACGGCG
+CCTGATTTTGTAGCGTTTAATGTCTTTCAGGGCATTGAAACGGCTGTTGGCCATTATGTTCATGCTCGCC
+TGAAGGGTGGTCTTATTTTAAAGTTTGACTCTGGCACCGTTAGCAAGACTTCAGACTGGAAGTGCAAGGT
+GACAGATGTACTTTTCCCCGGCCAAAAATACAGTAGCGATTGTAATGTCGTACGGTATTCTTTGGACGGT
+AATTTCAGAACAGAGGTTGATCCCGACCTATCTGCTTTCTATGTTAAGGATGGTAAATACTTTACAAGTG
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new file mode 100644
index 0000000..1846e32
--- /dev/null
+++ b/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_17_2013.fna
@@ -0,0 +1,432 @@
+>gi|540362789|gb|KF600647.1| Middle East respiratory syndrome coronavirus isolate Al-Hasa_17_2013, complete genome
+AAGTGAATAGCTTGGCTATCTCACTTCCCCTCGTTCTCTTGCAGAACTTTGATTTTAACGAACTTAAATA
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@@ -0,0 +1,432 @@
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index 0000000..525e312
--- /dev/null
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+++ b/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_1_2013.fna
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index 0000000..b33f45d
--- /dev/null
+++ b/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_21_2013.fna
@@ -0,0 +1,431 @@
+>gi|540362710|gb|KF600634.1| Middle East respiratory syndrome coronavirus isolate Al-Hasa_21_2013, complete genome
+CTTGCAGAACTTTGATTTTAACGAACTTAAATAAAAGCCCTGTTGTTTAGCGTATTGTTGCACTTGTCTG
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index 0000000..ab25420
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@@ -0,0 +1,431 @@
+>gi|582986797|gb|KJ156866.1| Middle East respiratory syndrome coronavirus isolate Al-Hasa_25_2013, complete genome
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index 0000000..140594b
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+++ b/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_3_2013.fna
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+++ b/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_4_2013.fna
@@ -0,0 +1,431 @@
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@@ -0,0 +1,431 @@
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+>gi|582986845|gb|KJ156910.1| Middle East respiratory syndrome coronavirus isolate Hafr-Al-Batin_2_2013, complete genome
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@@ -0,0 +1,431 @@
+>gi|582986821|gb|KJ156874.1| Middle East respiratory syndrome coronavirus isolate Hafr-Al-Batin_6_2013, complete genome
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index 0000000..91f39b1
--- /dev/null
+++ b/examples/mers_virus/genomes/Jordan-N3_2012.fna
@@ -0,0 +1,430 @@
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+ Betacoronavirus.
+REFERENCE 1 (bases 1 to 30111)
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+ Agency, 61 Colindale Avenue, London NW9 5EQ, United Kingdom
+REFERENCE 2 (bases 1 to 30111)
+ AUTHORS Galiano,M., Myers,R., Bermingham,A., Gopal,R. and Zambon,M.
+ TITLE Direct Submission
+ JOURNAL Submitted (26-MAR-2013) Microbiological Services, Health Protection
+ Agency, 61 Colindale Avenue, London NW9 5EQ, United Kingdom
+ REMARK Sequence update by submitter
+COMMENT On Mar 26, 2013 this sequence version replaced gi:426205765.
+FEATURES Location/Qualifiers
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+ 19801 gcagacattt gctacaagtt cgtcctttgg gattatgaac gtagcaatat ttatggtact
+ 19861 gctactattg gtgtatgtaa gtacactgat attgatgtta attcagcttt gaatatatgt
+ 19921 tttgacatac gcgataatgg ttcattggag aagttcatgt ctactcccaa tgccatcttt
+ 19981 atttctgata gaaaaatcaa gaaataccct tgtatggtag gtcctgatta tgcttacttc
+ 20041 aatggtgcta tcatccgtga tagtgatgtt gttaaacaac cagtgaagtt ctacttgtat
+ 20101 aagaaagtca ataatgagtt tattgatcct actgagtgta tttacactca gagtcgctct
+ 20161 tgtagtgact tcctacccct gtctgacatg gagaaagact ttctatcttt tgatagtgat
+ 20221 gttttcatta agaagtatgg cttggaaaac tatgcttttg agcacgtagt ctatggagac
+ 20281 ttctctcata ctacgttagg cggtcttcac ttgcttattg gtttatacaa gaagcaacag
+ 20341 gaaggtcata ttattatgga agaaatgcta aaaggtagct caactattca taactatttt
+ 20401 attactgaga ctaacacagc ggcttttaag gcggtgtgtt ctgttataga tttaaagctt
+ 20461 gacgactttg ttatgatttt aaagagtcaa gaccttggcg tagtatccaa ggttgtcaag
+ 20521 gttcctattg acttaacaat gattgagttt atgttatggt gtaaggatgg acaggttcaa
+ 20581 accttctacc ctcgactcca ggcttctgca gattggaaac ctggtcatgc aatgccatcc
+ 20641 ctctttaaag ttcaaaatgt aaaccttgaa cgttgtgagc ttgctaatta caagcaatct
+ 20701 attcctatgc ctcgcggtgt gcacatgaac atcgctaaat atatgcaatt gtgccagtat
+ 20761 ttaaatactt gcacattagc cgtgcctgcc aatatgcgtg ttatacattt tggcgctggt
+ 20821 tctgataaag gtatcgctcc tggtacatca gttttacgac agtggcttcc tacagatgcc
+ 20881 attattatag ataatgattt aaatgagttc gtgtcagatg ctgacataac tttatttgga
+ 20941 gattgtgtaa ctgtacgtgt cggccaacaa gtggatcttg ttatttccga catgtatgat
+ 21001 cctactacta agaatgtaac aggtagtaat gagtcaaagg ctttattctt tacttacctg
+ 21061 tgtaacctca ttaataataa tcttgctctt ggtgggtctg ttgctattaa aataacagaa
+ 21121 cactcttgga gcgttgaact ttatgaactt atgggaaaat ttgcttggtg gactgttttc
+ 21181 tgcaccaatg caaatgcatc ctcatctgaa ggattcctct taggtattaa ttacttgggt
+ 21241 actattaaag aaaatataga tggtggtgct atgcacgcca actatatatt ttggagaaat
+ 21301 tccactccta tgaatctgag tacttactca ctttttgatt tatccaagtt tcaattaaaa
+ 21361 ttaaaaggaa caccagttct tcaattaaag gagagtcaaa ttaacgaact cgtaatatct
+ 21421 ctcctgtcgc agggtaagtt acttatccgt gacaatgata cactcagtgt ttctactgat
+ 21481 gttcttgtta acacctacag aaagttacgt tgatgtaggg ccagattctg ttaagtctgc
+ 21541 ttgtattgag gttgatatac aacagacttt ctttgataaa acttggccta ggccaattga
+ 21601 tgtttctaag gctgacggta ttatataccc tcaaggccgt acatattcta acataactat
+ 21661 cacttatcaa ggtctttttc cctatcaggg agaccatggt gatatgtatg tttactctgc
+ 21721 aggacatgct acaggcacaa ctccacaaaa gttgtttgta gctaactatt ctcaggacgt
+ 21781 caaacagttt gctaatgggt ttgtcgtccg tataggagca gctgccaatt ccactggcac
+ 21841 tgttattatt agcccatcta ccagcgctac tatacgaaaa atttaccctg cttttatgct
+ 21901 gggttcttca gttggtaatt tctcagatgg taaaatgggc cgcttcttca atcatactct
+ 21961 agttcttttg cccgatggat gtggcacttt acttagagct ttttattgta ttctagagcc
+ 22021 tcgctctgga aatcattgtc ctgctggcaa ttcctatact tcttttgcca cttatcacac
+ 22081 tcctgcaaca gattgttctg atggcaatta caatcgtaat gccagtctga actcttttaa
+ 22141 ggagtatttt aatttacgta actgcacctt tatgtacact tataacatta ccgaagatga
+ 22201 gattttagag tggtttggca ttacacaaac tgctcaaggt gttcacctct tctcatctcg
+ 22261 gtatgttgat ttgtacggcg gcaatatgtt tcaatttgcc accttgcctg tttatgatac
+ 22321 tattaagtat tattctatca ttcctcacag tattcgttct atccaaagtg atagaaaagc
+ 22381 ttgggctgcc ttctacgtat ataaacttca accgttaact ttcctgttgg atttttctgt
+ 22441 tgatggttat atacgcagag ctatagactg tggttttaat gatttgtcac aactccactg
+ 22501 ctcatatgaa tccttcgatg ttgaatctgg agtttattca gtttcgtctt tcgaagcaaa
+ 22561 accttctggc tcagttgtgg aacaggctga aggtgttgaa tgtgattttt cacctcttct
+ 22621 gtctggcaca cctcctcagg tttataattt caagcgtttg gtttttacca attgcaatta
+ 22681 taatcttacc aaattgcttt cacttttttc tgtgaatgat tttacttgta gtcaaatatc
+ 22741 tccagcagca attgctagta actgttattc ttcactgatt ttggattatt tttcataccc
+ 22801 acttagtatg aaatccgatc tcagtgttag ttctgctggt ccaatatccc agtttaatta
+ 22861 taaacagtcc ttttctaatc ccacatgttt gattttagcg actgttcctc ataaccttac
+ 22921 tactattact aagcctctta agtacagcta tattaacaag tgctctcgtt ttctttctga
+ 22981 tgatcgtact gaagtacctc agttagtgaa cgctaatcaa tactcaccct gtgtatccat
+ 23041 tgtcccatcc actgtgtggg aagacggtga ttattatagg aaacaactat ctccacttga
+ 23101 aggtggtggc tggcttgttg ctagtggctc aactgttgcc atgactgagc aattacagat
+ 23161 gggctttggt attacagttc aatatggtac agacaccaat agtgtttgcc ccaagcttga
+ 23221 atttgctaat gacacaaaaa ttgcctctca attaggcaat tgcgtggaat attccctcta
+ 23281 tggtgtttcg ggccgtggtg tttttcagaa ttgcacagct gtaggtgttc gacagcagcg
+ 23341 ctttgtttat gatgcgtacc agaatttagt tggctattat tctgatgatg gcaactacta
+ 23401 ctgtttgcgt gcttgtgtta gtgttcctgt ttctgtcatc tatgataaag aaactaaaac
+ 23461 ccacgctact ctatttggta gtgttgcatg tgaacacatt tcctctacca tgtctcaata
+ 23521 ctcccgttct acgcgatcaa tgcttaaacg gcgagattct acatatggcc cccttcagac
+ 23581 acctgttggt tgtgtcctag gacttgttaa ttcctctttg ttcgtagagg actgcaagtt
+ 23641 gcctcttggt caatctctct gtgctcttcc tgacacacct agtactctca cacctcgcag
+ 23701 tgtgcgctct gttccaggtg aaatgcgctt ggcatccatt gcttttaatc atcctattca
+ 23761 ggttgatcaa cttaatagta gttattttaa attaagtata cccactaatt tttcctttgg
+ 23821 tgtgactcag gagtacattc agacaaccat tcagaaagtt actgttgatt gtaaacagta
+ 23881 cgtttgcaat ggtttccaga agtgtgagca attactgcgc gagtatggcc agttttgttc
+ 23941 caaaataaac caggctctcc atggtgccaa tttacgccag gatgattctg tacgtaattt
+ 24001 gtttgcgagc gtgaaaagct ctcaatcatc tcctatcata ccaggttttg gaggtgactt
+ 24061 taatttgaca cttctagaac ctgtttctat atctactggc agtcgtagtg cacgtagtgc
+ 24121 tattgaggat ttgctatttg acaaagtcac tatagctgat cctggttata tgcaaggtta
+ 24181 cgatgattgc atgcagcaag gtccagcatc agctcgtgat cttatttgtg ctcaatatgt
+ 24241 ggctggttac aaagtattac ctcctcttat ggatgttaat atggaagccg cgtatacctc
+ 24301 atctttgctt ggcagcatag caggtgttgg ctggactgct ggcttatcct cctttgctgc
+ 24361 tattccattt gcacagagta tcttttatag gttaaacggt gttggcatta ctcaacaggt
+ 24421 tctttcagag aaccaaaagc ttattgccaa taagtttaat caggctctgg gagctatgca
+ 24481 aacaggcttc actacaacta atgaagcttt tcacaaggtt caggatgctg tgaacaacaa
+ 24541 tgcacaggct ctatccaaat tagctagcga gctatctaat acttttggtg ctatttccgc
+ 24601 ctctattgga gacatcatac aacgtcttga tgttctcgaa caggacgccc aaatagacag
+ 24661 acttattaat ggccgtttga caacactaaa tgcttttgtt gcacagcagc ttgttcgttc
+ 24721 cgaatcagct gctctttcgg ctcaattggc taaagataaa gtcaatgagt gtgtcaaggc
+ 24781 acaatccaag cgttctggat tttgcggtca aggcacacat atagtgtcct ttgttgtaaa
+ 24841 tgcccctaat ggcctttact tcatgcatgt tggttattac cctagcaacc acattgaggt
+ 24901 tgtttctgct tatggtcttt gcgatgcagc taaccctact aattgtatag cccctgttaa
+ 24961 tggctacttt attaaaacta ataacactag gattgttgat gagtggtcat atactggctc
+ 25021 gtccttctat gcacctgagc ccatcacctc tcttaatact aagtatgttg caccacaggt
+ 25081 gacataccaa aacatttcta ctaacctccc tcctcctctt ctcggcaatt ccaccgggat
+ 25141 tgacttccaa gatgagttgg atgagttttt caaaaatgtt agcaccagta tacctaattt
+ 25201 tggttctcta acacagatta atactacatt actcgatctt acctacgaga tgttgtctct
+ 25261 tcaacaagtt gttaaagccc ttaatgagtc ttacatagac cttaaagagc ttggcaatta
+ 25321 tacttattac aacaaatggc cgtggtacat ttggcttggt ttcattgctg ggcttgttgc
+ 25381 cttagctcta tgcgtcttct tcatactgtg ctgcactggt tgtggcacaa actgtatggg
+ 25441 aaaacttaag tgtaatcgtt gttgtgatag atacgaggaa tacgacctcg agccgcataa
+ 25501 ggttcatgtt cactaattaa cgaactatca atgagagttc aaagaccacc cactctcttg
+ 25561 ttagtgttct cactctctct tttggtcact gcattttcaa aacctctcta tgtacctgag
+ 25621 cattgtcaga attattctgg ttgcatgctt agggcttgta ttaaaactgc ccaagctgat
+ 25681 acagctggtc tttatacaaa ttttcgaatt gacgtcccat ctgcagaatc aactggtact
+ 25741 caatcagttt ctgtcgatcg tgagtcaact tcaactcatg atggtcctac cgaacatgtt
+ 25801 actagtgtga atctttttga cgttggttac tcagttaatt aacgaactct atggattacg
+ 25861 tgtctctgct taatcaaatt tggcagaagt accttaattc accgtatact acttgtttgt
+ 25921 atatccctaa acccacagct aagtatacac ctttagttgg cacttcattg caccctgtgc
+ 25981 tgtggaactg tcagctatcc tttgctggtt atactgaatc tgctgttaat tctacaaaag
+ 26041 ctttggccaa acaggacgca gctcagcgaa tcgcttggtt gctacataag gatggaggaa
+ 26101 tccctgatgg atgttccctc tacctccggc actcaagttt attcgcgcaa agcgaggaag
+ 26161 aggagtcatt ctccaactaa gaaactgcgc tacgttaagc gtagattttc tcttctgcgc
+ 26221 cctgaagacc ttagtgttat tgtccaacca acacactatg tcagggttac attttcagac
+ 26281 cccaacatgt ggtatctacg ttcgggtcat catttacact cagttcacaa ttggcttaaa
+ 26341 ccttatggcg gccaacctgt ttctgagtac catattactc tagctttgct aaatctcact
+ 26401 gatgaagatt tagctagaga tttttcaccc attgcgctct ttttgcgcaa tgtcagattt
+ 26461 gagctacatg agttcgcctt gctgcgcaaa actcttgttc ttaatgcatc agagatctac
+ 26521 tgtgctaaca tacatagatt taagcctgtg tatagagtta acacggcaat ccctactatt
+ 26581 aaggattggc ttctcgttca gggattttcc ctttaccata gtggcctccc tttacatatg
+ 26641 tcaatctcta aattgcatgc actggatgat gttactcgca attacatcat tacaatgcca
+ 26701 tgctttagaa cttatcctca acaaatgttt gttactcctt tggccgtaga tgttgtctcc
+ 26761 atacggtctt ccaatcaggg taataaacaa attgttcatt cttaccccat tttacatcat
+ 26821 ccaggatttt aacgaactat ggctttctcg gcgtctttat ttaaacccgt ccagctagtc
+ 26881 ccagtttctc ctgcatttca tcgcattgag tctactgact ctattgtttt cacatacatt
+ 26941 cctgctagcg gctatgtagc tgctttagct gtcaatgtgt gtctcattcc cctattatta
+ 27001 ctgctacgtc aagatacttg tcgtcgcagc attatcagaa ctatggttct ctatttcctt
+ 27061 gttctgtata actttttatt agccattgta ctagtcaatg gtgtacatta tccaactgga
+ 27121 agttgcctga tagccttctt agttatcctc ataatacttt ggtttgtaga tagaattcgt
+ 27181 ttctgtctca tgctgaattc ctacattcca ctgtttgaca tgcgttctca ctttattcgt
+ 27241 gttagtacag tttcttctca tggtatggtc cctgtcatac acaccaaacc attatttatt
+ 27301 agaaacttcg atcagcgttg cagctgttct cgttgttttt atttgcactc ttccacttat
+ 27361 atagagtgca cttatattag ccgttttagt aagattagcc tagtttctgt aactgacttc
+ 27421 tccttaaacg gcaatgtttc cactgttttc gtgcctgcaa cgcgcgattc agttcctctt
+ 27481 cacataatcg ccccgagctc gcttatcgtt taagcagctc tgcgctacta tgggtcccgt
+ 27541 gtagaggcta atccattagt ctctctttgg acatatggaa aacgaactat gttacccttt
+ 27601 gtccaagaac gaatagggtt gttcatagta aactttttca tttttaccgt agtatgtgct
+ 27661 ataacactct tggtgtgtat ggctttcctt acggctacta gattatgtgt gcaatgtatg
+ 27721 acaggcttca ataccctgtt agttcagccc gcattatact tgtataatac tggacgttca
+ 27781 gtctatgtaa aattccagga tagtaaaccc cctctaccac ctgacgagtg ggtttaacga
+ 27841 actccttcat aatgtctaat atgacgcaac tcactgaggc gcagattatt gccattatta
+ 27901 aagactggaa ctttgcatgg tccctgatct ttctcttaat tactatcgta ctacagtatg
+ 27961 gatacccatc ccgtagtatg actgtctatg tctttaaaat gtttgtttta tggctcctat
+ 28021 ggccatcttc catggcgcta tcaatattta gcgccgttta tccaattgat ctagcttccc
+ 28081 agataatctc tggcattgta gcagctgttt cagctatgat gtggatttcc tactttgtgc
+ 28141 agagtatccg gctgtttatg agaactggat catggtggtc attcaatcct gagactaatt
+ 28201 gccttttgaa cgttccattt ggtggtacaa ctgtcgtacg tccactcgta gaggactcta
+ 28261 ccagtgtaac tgctgttgta accaatggcc acctcaaaat ggctggcatg catttcggtg
+ 28321 cttgtgacta cgacagactt cctaatgaag tcaccgtggc caaacccaat gtgctgattg
+ 28381 ctttaaaaat ggtgaagcgg caaagctacg gaactaattc cggcgttgcc atttaccata
+ 28441 gatataaggc aggtaattac aggagtccgc ctattacggc ggatattgaa cttgcattgc
+ 28501 ttcgagctta ggctctttag taagagtatc ttaattgatt ttaacgaatc tcaatttcat
+ 28561 tgttatggca tcccctgctg cacctcgtgc tgtttccttt gccgataaca atgatataac
+ 28621 aaatacaaac ctgtctcgag gtagaggacg taatccaaaa ccacgagctg caccaaataa
+ 28681 cactgtctct tggtacactg ggcttaccca acacgggaaa gtccctctta cctttccacc
+ 28741 tgggcagggt gtacctctta atgccaattc cacccctgcg caaaatgctg ggtattggcg
+ 28801 gagacaggac agaaaaatta ataccgggaa tggaattaag caactggctc ccaggtggta
+ 28861 cttctactac actggaactg gacccgaagc agcactccca ttccgggctg ttaaggatgg
+ 28921 catcgtttgg gtccatgaag atggcgccac tgatgctcct tcaacttttg ggacgcggaa
+ 28981 ccctaacaat gattcagcta ttgttacaca attcgcgccc ggtactaagc ttcctaaaaa
+ 29041 cttccacatt gaggggactg gaggcaatag tcaatcatct tcaagagcct ctagcgtaag
+ 29101 cagaaactct tccagatcta gttcacaagg ttcaagatca ggaaactcta cccgcggcac
+ 29161 ttctccaggt ccatctggaa tcggagcagt aggaggtgat ctactttacc ttgatcttct
+ 29221 gaacagacta caagcccttg agtctggcaa agtaaagcaa tcgcagccaa aagtaatcac
+ 29281 taagaaagat gctgctgctg ctaaaaataa gatgcgccac aagcgcactt ccaccaaaag
+ 29341 tttcaacatg gtgcaagctt ttggtcttcg cggaccagga gacctccagg gaaactttgg
+ 29401 tgatcttcaa ttgaataaac tcggcactga ggacccacgt tggccccaaa ttgctgagct
+ 29461 tgctcctaca gccagtgctt ttatgggtat gtcgcaattt aaacttaccc atcagaacaa
+ 29521 tgatgatcat ggcaaccctg tgtacttcct tcggtacagt ggagccatta aacttgaccc
+ 29581 aaagaatccc aactacaata agtggttgga gcttcttgag caaaatattg atgcctacaa
+ 29641 aaccttccct aagaaggaaa agaaacaaaa ggcaccaaaa gaagaatcaa cagaccaaat
+ 29701 gtctgaacct cctaaggagc atcgtgtgca aggtactcag cgcactcgca cccgtccaag
+ 29761 tgttcagcct ggtccaatga ttgatgttaa cactgattag tgtcactcaa agtaacaaga
+ 29821 tcgcggcaat cgtttgtgtt tggtaacccc atctcaccat cgcttgtcca ctcttgcaca
+ 29881 gaatggaatc atgttgtaat tacagtgcaa taaggtaatt ataacccatt taattgatag
+ 29941 ctatgcttta ttaaagtgtg tagctgtaga gagaatgtta aagactgtca cctctgcgtg
+ 30001 attgcaagtg aacagtgccc cccgggaaga gctctacagt gtgaaatgta aataaaaata
+ 30061 gctattattc aattagatta ggctaattag atgatttgca aaaaaaaaaa a
+//
+
diff --git a/install.py b/install.py
new file mode 100644
index 0000000..b3093dd
--- /dev/null
+++ b/install.py
@@ -0,0 +1,19 @@
+import os,sys,string
+#parsnp basic INSTALL script
+user_home = os.environ["HOME"]
+print "<<Welcome to Parsnp utility script install>>"
+
+#check for python version
+if (sys.version_info[0] < 2) or (sys.version_info[0] == 2 and sys.version_info[1] < 6):
+
+ print "Python version is %s. Parsnp requires at least 2.6"%(sys.version)
+ sys.exit(1)
+
+#complete shebang
+os.system("python setup.py install_scripts --install-dir=`pwd` build")
+
+scripts = ["parsnp.py"]
+#copy to currdir
+files = os.listdir(".")
+for script in scripts:
+ os.system("mv %s %s"%(script,script.replace(".py","")))
\ No newline at end of file
diff --git a/script/shuffle.py b/script/shuffle.py
new file mode 100644
index 0000000..cd2d81c
--- /dev/null
+++ b/script/shuffle.py
@@ -0,0 +1,145 @@
+import string
+import sys
+import random
+import os
+
+#RC
+def invertSeq(sseq):
+ #print sseq
+ rseq = ""
+ count = 0
+ tseq = sseq
+ tseq = tseq.replace('\n','')
+ tseq = tseq[::-1]
+ for base in tseq:
+
+
+ base = string.upper(base)
+ if base == 'A':
+ base = 'T'
+ rseq+=base
+ elif base == 'T':
+ base = 'A'
+ rseq+=base
+ elif base == 'C':
+ base = 'G'
+ rseq+=base
+ elif base == 'G':
+ base = 'C'
+ rseq+=base
+ else:
+
+ #continue
+ rseq+=base
+ count+=1
+ if count == 60:
+ rseq+="\n"
+ count = 0
+
+
+ return rseq
+
+if __name__ == "__main__":
+
+
+
+ random.seed()
+
+ infileName = ""
+ outfileName = ""
+ rsize = 0
+ rnumber = 0
+ shuffleperseq = 1
+ if len(sys.argv) < 6:
+ print "\nUsage: shuffleGenome <FastA input file> <output file> <Rearrangement size> <Number of rearrangements> <Shuffled sequences per seq>"
+ sys.exit(1)
+ else:
+ infileName = sys.argv[1]
+ outfileName = sys.argv[2]
+ rsize = int(sys.argv[3])
+ rnumber = int(sys.argv[4])
+ shuffleperseq = int(sys.argv[5])
+
+
+
+ filelist = []
+ if infileName == ".":
+ tempfiles = os.listdir(".")
+ for filen in tempfiles:
+ if filen.find("fna") != -1:
+ filelist.append(filen)
+
+ else:
+ filelist.append(infileName)
+
+ for seqfile in filelist:
+ infile = open(seqfile,'r')
+ header = infile.readline()
+ infiled = infile.read()
+ filelen = len(infiled)
+ print "\nInput sequence:%s"%seqfile
+ print "Input sequence length: %d\n"%filelen
+
+ #split genome into filelen/rsize parts
+ partlist = []
+ pos = 0
+ if rsize > filelen:
+ rsize = filelen
+ for part in xrange(0,filelen/rsize):
+ partlist.append(infiled[pos:(part+1)*rsize])
+ pos +=rsize
+
+ partlist.append(infiled[pos:])
+
+
+ for shuffleit in xrange(0,shuffleperseq):
+ count = 0
+ seq = ""
+ parttemp = ""
+ while count < rnumber:
+ #choose the 1st part
+ part1 = random.randint(0,len(partlist)-1)
+ #choose the 2nd
+ part2 = part1
+ while part2 == part1:
+ part2 = random.randint(0,len(partlist)-1)
+
+ #now choose:
+ #1)transposition,
+ #2)inversion,
+
+ operation = random.randint(1,2)
+ if operation == 1:
+ #transposition, translocation
+ parttemp = partlist[part1]
+ partlist[part1] = partlist[part2]
+ partlist[part2] = parttemp
+ print "Transposition"
+ print " Positions %d and %d swapped"%(part1,part2)
+ elif operation == 2:
+ #inversion
+ partlist[part1] = invertSeq(partlist[part1])
+ print "Inversion"
+ print " Position %d"%part1
+
+
+
+ count +=1
+
+ #create output
+ output = header
+ output = ">Shuffled-%d-"%(shuffleit+1) + header[1:]
+
+ partstring = string.upper(string.join(partlist))
+ partstring = partstring.replace(' ', '')
+ output += string.strip(partstring)
+
+ #write output to file
+ fname = seqfile[:-4]
+ fname+= "_Shuffled_%d.fna"%(shuffleit+1)
+ print "output: %s"%(fname)
+
+ fout = open(fname,'w')
+ fout.write(output)
+ fout.close()
+
diff --git a/setup.py b/setup.py
new file mode 100644
index 0000000..fe5bf8f
--- /dev/null
+++ b/setup.py
@@ -0,0 +1,27 @@
+import sys
+import os
+from setuptools import setup
+from distutils.core import setup
+from distutils.extension import Extension
+from Cython.Distutils import build_ext
+
+def read(fname):
+ return open(os.path.join(os.path.dirname(__file__), fname)).read()
+
+setup(
+ name = "ParSNP",
+ version = "1.0",
+ author = "Todd J. Treangen, Brian Ondov & Adam Phillippy",
+ author_email = "treangen+ParSNP at gmail.com",
+ description = ("Rapid bacterial core genome alignment and WGST"),
+ license = "BSD",
+ keywords = "multialignment snps bionformatics",
+ url = "http://github.com/marbl/parsnp",
+ long_description=read('README'),
+ classifiers=[
+ "Development Status :: 1 - Release"
+ ],
+ scripts=['src/parsnp.py'],
+ # ext_modules = ext_modules,
+ cmdclass = {'build_ext': build_ext}
+ )
\ No newline at end of file
diff --git a/src/Converter.cpp b/src/Converter.cpp
new file mode 100644
index 0000000..3cbd338
--- /dev/null
+++ b/src/Converter.cpp
@@ -0,0 +1,287 @@
+/////////////////////////////////////////
+// Converter.cpp
+// simple calculator for min MUM length
+/////////////////////////////////////////
+
+// See the LICENSE file included with this software for license information.
+
+//Converter.cpp
+#include "Converter.h"
+using namespace std;
+int Converter( string infix, string &output, int size)
+{
+ Stack<char> convert;
+ //instantiation of char Stack convert
+ char b = 'b';
+ int c = 0;
+ infix = infix + ")";
+ convert.push('(');
+ int i = 0;
+ int len = infix.length();
+ while(!(convert.empty()) && i < len)
+ {
+ c = 0;
+ //reset '(' flag
+ //char to compare cases
+ switch(infix[i])
+ {
+ //if '(', place it onto the stack
+ case '(':
+ convert.push('(');
+ break;
+ case ')':
+ while(c != 1)//testing for '('
+ {
+ b = convert.pop();
+ if( b != '(')
+ //if not '(', output
+ output = output + b;
+ else
+ c = 1;
+ //else note in c that element was '('
+ }
+ break;
+
+ case '+':
+ while(convert.peek() != '(')
+ {
+ b = convert.pop();
+ output = output + b;
+ }
+ convert.push('+');
+ break;
+ //if '-', first pop all other operators from stack
+ //then push it onto the stack
+ case '-':
+ if((i == 0) && (infix[0] == '-'))
+ {
+ //cout << '-';
+ output = output + "-";
+ break;
+ }
+ while(convert.peek() != '(')
+ {
+ //cout << convert.pop();
+ b = convert.pop();
+ output = output + b;
+ }
+ convert.push('-');
+ break;
+ //if '*', first pop all other operators, except
+ // + or -, from stack
+ //then push it onto the stack
+ case '*':
+ while( convert.peek() != '(' )
+ {
+ if((convert.peek() != '+')&&(convert.peek() != '-'))
+ {
+ //cout << convert.pop();
+ b = convert.pop();
+ output = output + b;
+ }
+ else
+ break;
+ }
+ convert.push('*');
+ break;
+ //if '/', first pop all other operators, except
+ // + or -, from stack
+ //then push it onto the stack
+ case '/':
+ while(convert.peek() != '(')
+ {
+ if((convert.peek() != '+')&&(convert.peek() != '-'))
+ {
+ //cout << convert.pop();
+ b = convert.pop();
+ output = output + b;
+ }
+ else
+ break;
+ }
+ convert.push('/');
+ break;
+ case '^':
+ while(convert.peek() != '(')
+ {
+ if(convert.peek() == '^')
+ {
+ b = convert.pop();
+ output = output + b;
+ }
+ else
+ break;
+ }
+ convert.push('^');
+ break;
+ case 'L':
+ while(convert.peek() != '(')
+ {
+ convert.pop();
+ convert.pop();
+ }
+
+ convert.push('L');
+ break;
+ //ignore tabs, spaces from input
+ case '\t':
+ case ' ':
+ break;
+
+ default:
+ if(!(convert.empty()))
+ {
+ if(isdigit(infix[i]) || isalpha(infix[i]) )
+ {
+ output = output + infix[i];
+ if(infix[i+1] != '.' && !(isdigit(infix[i+1])))
+ {
+ output = output + " ";
+ }
+ }
+ }
+ //to allow for floats
+ if(infix[i] == '.')
+ {
+ output = output + ".";
+ }
+ break;
+ }
+ i++;
+ }
+ //cout << output << endl;
+ return 0;
+}
+float Calculator(string input, int size,float seqlen)
+{
+ Stack<float> calc;
+ //Stack calc of type float
+ char a;
+ //a to hold 1 char of input
+ float x, y, z;
+ int checkfornegative = 0;
+ int i = 0;
+ //while (cin >> a)//while there is still input to be read
+ while (i<=size)//while there is still input to be read
+ {
+ a = input[i];
+ //this is necessary if the first
+ //number in the expression is negative
+ //otherwise too many pops would be
+ //performed
+ while(checkfornegative == 0)
+ {
+ if(a == '-')
+ {
+ --i;
+ float n;
+ n = input[i++];
+ //cin >> n;
+ calc.push(n);
+ }
+ checkfornegative = 1;
+ //i++;
+ }
+ //determine if the first char is a digit
+ //or if it is a '.' to allow for use of floats
+ //in expression
+ if((isdigit(a)) || (a == '.'))
+ {
+ //if so, putback the digit and store the
+ //whole number into float b
+ //then push it into the stack
+ float b;
+ string s;
+ int start = i;
+ //cin.putback(a);
+ while ( isdigit (input[i] ) )
+ { //cout << input[i] << endl;
+ i++;
+ if ( input[i] == '.' )
+ i++;
+ }
+ s = input.substr(start,i-start);
+ //cin >> b;
+ //cout << s << endl;
+ b = atof(s.c_str());
+ calc.push(b);
+ }
+ else //if it is not a digit
+ //figure out which operator it is
+
+ switch(a)
+ {
+ case 'S':
+ case 's':
+ calc.push(seqlen);
+ break;
+ case 'N':
+ case 'n':
+
+ break;
+ case 'M':
+ case 'm':
+ break;
+ case '+':
+ x = calc.pop();
+ //right hand of expression
+ y = calc.pop();
+ z = y + x;
+ calc.push(z);
+ //push value back onto stack
+ break;
+ case '-':
+ x = calc.pop();
+ y = calc.pop();
+ z = y - x;
+ calc.push(z);
+ break;
+ case '*':
+ x = calc.pop();
+ y = calc.pop();
+ z = y * x;
+ calc.push(z);
+ break;
+ case '/':
+ x = calc.pop();
+ y = calc.pop();
+ //testing for division by 0
+ if(x == 0)
+ {
+ //cout << "Cant divide by 0!" << endl;
+ exit(1);
+ }
+ else
+ {
+ z = y / x;
+ calc.push(z);
+ }
+ break;
+ case '^':
+ x = calc.pop();
+ y = calc.pop();
+ z = pow(y,x);
+ calc.push(z);
+ break;
+ case 'L':
+
+ x = calc.pop();
+ z = log(x)/log(2.0);
+ calc.push(z);
+ break;
+ //ignore tabs and spaces
+ case '\t':
+ case ' ':
+ case 'o':
+ case 'g':
+ break;
+ default:
+ break;
+ }
+ //end of switch statement
+ i++;
+}
+float out = calc.pop();
+out = ceil(out);
+return out; }
+
diff --git a/src/Converter.h b/src/Converter.h
new file mode 100644
index 0000000..a3eaa1d
--- /dev/null
+++ b/src/Converter.h
@@ -0,0 +1,19 @@
+/////////////////////////////////////////
+// Converter.h
+// simple calculator for min MUM length
+/////////////////////////////////////////
+// See the LICENSE file included with this software for license information.
+
+#ifndef CONVERTER_H
+#define CONVERTER_H
+
+
+#include <string>
+#include <math.h>
+#include "Stack.h"
+
+using namespace std;
+int Converter ( string, string &, int );
+float Calculator ( string, int, float);
+
+#endif
diff --git a/src/LCB.cpp b/src/LCB.cpp
new file mode 100644
index 0000000..5e41275
--- /dev/null
+++ b/src/LCB.cpp
@@ -0,0 +1,59 @@
+// See the LICENSE file included with this software for license information.
+
+#include "LCB.hh"
+#include <iostream>
+#include <fstream>
+
+
+long Cluster::counter = 1;
+
+Cluster::Cluster()
+{
+ this->id = counter++;
+ type = 1;
+}
+
+long Cluster::getId(void)
+{
+ return this->id;
+}
+
+Cluster::Cluster( TMum mum, int type)
+: start(mum.start), end(mum.end), length(mum.length)
+{
+ this->mums.push_back(mum);
+ this->id = counter++;
+ this->type = type;
+
+}
+
+void Cluster::addMum ( TMum mum )
+{
+ this->end = mum.end;
+ this->length += mum.length;
+ this->mums.push_back(mum);
+
+}
+
+
+void Cluster::clear ( void )
+{
+ this->mums.clear();
+ this->end.clear();
+ this->length = 0;
+ this->start.clear();
+
+
+}
+void Cluster::print (void)
+{
+
+
+}
+int operator<( const Cluster &c1, const Cluster &c2)
+{
+ return c1.start.at(0) < c2.start.at(0);
+
+}
+Cluster::~Cluster()
+{}
diff --git a/src/LCB.hh b/src/LCB.hh
new file mode 100644
index 0000000..1f2d6fd
--- /dev/null
+++ b/src/LCB.hh
@@ -0,0 +1,46 @@
+/////////////////////////////////////////
+// LCR.cpp
+// IntraMUM region class
+// If collinear across all genomes, will be aligned
+/////////////////////////////////////////
+
+// See the LICENSE file included with this software for license information.
+
+#ifndef LCB_H
+#define LCB_H
+
+#include "LCR.hh"
+#include "TMum.hh"
+
+class Cluster{
+
+
+ static long counter;
+ long id;
+
+public:
+ int type;
+ vector<TRegion> regions;
+ vector<TMum> mums;
+ vector<long> start;
+ vector<long> end;
+ vector<string> alignment;
+ long length;
+ Cluster();
+ Cluster( TMum, int type=1);
+
+ ~Cluster();
+ void addMum ( TMum);
+
+ void clear ( void );
+ long getId ( void );
+ void print();
+ friend int operator<(const Cluster &c1, const Cluster &c2);
+
+
+private:
+
+
+};
+
+#endif // LCB_H
diff --git a/src/LCR.cpp b/src/LCR.cpp
new file mode 100644
index 0000000..3beb429
--- /dev/null
+++ b/src/LCR.cpp
@@ -0,0 +1,100 @@
+/////////////////////////////////////////
+// LCR.cpp
+// IntraMUM region class
+// If collinear across all genomes, will be aligned
+/////////////////////////////////////////
+
+// See the LICENSE file included with this software for license information.
+
+#include "LCR.hh"
+
+long TRegion::counter = 1;
+TRegion::TRegion()
+{
+ this->id = counter++;
+}
+TRegion::TRegion( vector<long>& start, vector<long>& end)
+{
+ long slength = 500000000;
+ long llength = 0;
+
+ this->id = counter++;
+ for( vector<long>::iterator it = start.begin(); it != start.end(); it++)
+ this->start.push_back(*it);
+ for( vector<long>::iterator it = end.begin(); it != end.end(); it++)
+ this->end.push_back(*it);
+
+ for ( int i = 0; i < int(start.size()); i ++)
+ {
+ this->length.push_back( end.at(i) - start.at(i) );
+ if ( this->length.at(i) < slength )
+ slength = this->length.at(i);
+ if ( this->length.at(i) > llength )
+ llength = this->length.at(i);
+ }
+ this->slength = slength;
+ this->llength = llength;
+}
+
+TRegion::~TRegion()
+{}
+
+int operator<( const TRegion &r1, const TRegion &r2)
+{
+ return r1.start.at(0) < r2.start.at(0);
+
+}
+
+int operator==( const TRegion &r1, const TRegion &r2)
+{
+ for ( int i = 0; i < int(r1.start.size()); i++)
+ {
+ if ( r1.start.at(i) != r2.start.at(i) || r1.end.at(i) != r2.end.at(i) )
+ return 0;
+
+ }
+ return 1;
+
+}
+int TRegion::getId( void )
+{
+ return this->id;
+}// end TRegion::getId
+
+void TRegion::getLength( void )
+{
+ //return this->length;
+}// end TRegion::getLength
+
+void TRegion::setLength( long l )
+{
+ //this->length = l;
+
+}// end TRegion::setLength
+
+void TRegion::getStart( vector<long>& start )
+{
+ start = this->start;
+}// end TRegion::getStart
+
+void TRegion::setStart( vector<long> start )
+{
+ for( vector<long>::iterator it = start.begin(); it != start.end(); it++)
+ this->start.push_back(*it);
+
+ //this->start = start;
+
+}// end TRegion::setStart
+
+void TRegion::getEnd( vector<long>& end )
+{
+ end = this->end;
+}// end TRegion::getEnd
+
+void TRegion::setEnd( vector<long> end )
+{
+ //this->end = end;
+ for( vector<long>::iterator it = end.begin(); it != end.end(); it++)
+ this->end.push_back(*it);
+}// end TRegion::setEnd
+
diff --git a/src/LCR.hh b/src/LCR.hh
new file mode 100644
index 0000000..5774689
--- /dev/null
+++ b/src/LCR.hh
@@ -0,0 +1,40 @@
+// See the LICENSE file included with this software for license information.
+
+
+#ifndef LCR_H
+#define LCR_H
+
+#include <vector>
+#include <string>
+
+using namespace std;
+
+
+class TRegion{
+ static long counter;
+ long id;
+public:
+ long slength, llength;
+
+ vector<long> start,end, length;
+ TRegion();
+ TRegion ( vector<long>& , vector<long>&) ;
+ ~TRegion();
+ int getId ( void );
+ void getLength ( void );
+ void getStart ( vector<long>& );
+ void getEnd ( vector<long>& );
+ void getRanking ( vector<long>& );
+
+ friend int operator<(const TRegion &r1, const TRegion &r2);
+ friend int operator==(const TRegion &r1, const TRegion &r2);
+
+private:
+
+ void setStart ( vector<long> );
+ void setEnd ( vector<long> );
+ void setLength ( long );
+ void setRanking ( vector<long> );
+};
+
+#endif // LCR_H
diff --git a/src/Makefile.am b/src/Makefile.am
new file mode 100644
index 0000000..72bfc3c
--- /dev/null
+++ b/src/Makefile.am
@@ -0,0 +1,7 @@
+parsnp_CXXFLAGS = -O3 -m64 -fopenmp -funroll-all-loops -fomit-frame-pointer -ftree-vectorize
+parsnp_LDFLAGS = -lgomp -lstdc++ -lpthread -std=gnu++0x -Wl,-rpath,$(libmuscle)/lib -L$(libmuscle)/lib -lMUSCLE-3.7
+bin_PROGRAMS = parsnp
+parsnp_SOURCES = MuscleInterface.cpp MuscleInterface.h parsnp.cpp parsnp.hh LCB.cpp LCB.hh LCR.cpp LCR.hh TMum.cpp TMum.hh Converter.cpp Converter.hh ./ext/iniFile.cpp ./ext/iniFile.h
+bindir = $(top_srcdir)/bin
+libdir = $(top_srcdir)/lib
+
diff --git a/src/MuscleInterface.cpp b/src/MuscleInterface.cpp
new file mode 100755
index 0000000..dd70d3d
--- /dev/null
+++ b/src/MuscleInterface.cpp
@@ -0,0 +1,80 @@
+//Fork of libMUSCLE code from http://sourceforge.net/p/mauve/code/HEAD/tree/muscle/
+
+#include "MuscleInterface.h"
+#include "../muscle/libMUSCLE/muscle.h"
+#include "../muscle/libMUSCLE/params.h"
+#include "../muscle/libMUSCLE/seq.h"
+#include "../muscle/libMUSCLE/seqvect.h"
+#include "../muscle/libMUSCLE/msa.h"
+#include "../muscle/libMUSCLE/tree.h"
+#include "../muscle/libMUSCLE/clust.h"
+#include "../muscle/libMUSCLE/profile.h"
+#include "../muscle/libMUSCLE/distfunc.h"
+#include "../muscle/libMUSCLE/clustsetdf.h"
+#include "../muscle/libMUSCLE/textfile.h"
+#include "../muscle/libMUSCLE/types.h"
+#include "../muscle/libMUSCLE/threadstorage.h"
+
+
+namespace muscle {
+extern void MUSCLE(SeqVect &v, MSA &msaOut);
+//extern void RefineW(const MSA &msaIn, MSA &msaOut);
+}
+
+using namespace muscle;
+
+MuscleInterface& MuscleInterface::getMuscleInterface()
+{
+ static MuscleInterface m_ci;
+ return m_ci;
+}
+
+MuscleInterface::MuscleInterface()
+{
+
+}
+
+bool MuscleInterface::CallMuscleFast ( vector< string >& aln_matrix, const vector< string >& seq2aln)
+{
+
+
+//#pragma omp threadprivate (g_SeqType,g_uMaxIters,g_bStable,g_bQuiet,g_SeqWeight1,g_ulMaxSecs, g_bDiags1, g_bDiags2, g_bAnchors,g_bRefine,g_bVerbose)
+// {
+ g_SeqType.get() = SEQTYPE_DNA;
+ g_uMaxIters.get() = 1;
+ g_bStable.get() = true;
+ g_bVerbose.get() = false;
+ g_bQuiet.get() = true;
+ g_SeqWeight1.get() = SEQWEIGHT_ClustalW;
+ SetMaxIters(g_uMaxIters.get());
+ SetSeqWeightMethod(g_SeqWeight1.get());
+ g_ulMaxSecs.get() = 0;
+ SeqVect sv;
+ const char* seqname = "seq00000";
+ for(size_t seqI = 0; seqI < seq2aln.size(); seqI++)
+ {
+ Seq curseq;
+ curseq.SetId(seqI);
+ curseq.SetName(seqname);
+ curseq.resize(seq2aln.at(seqI).size());
+ std::copy(seq2aln[seqI].begin(), seq2aln[seqI].end(), curseq.begin());
+ //cout << curseq << endl;
+ sv.AppendSeq(curseq);
+ }
+
+ MSA msaTmp;
+ MUSCLE(sv,msaTmp);
+
+ aln_matrix.clear();
+ aln_matrix.resize(msaTmp.GetSeqCount());
+ for(size_t seqI = 0; seqI < msaTmp.GetSeqCount(); seqI++)
+ {
+ unsigned indie = msaTmp.GetSeqIndex(seqI);
+ const char* buf = msaTmp.GetSeqBuffer(indie);
+ string curseq(buf,msaTmp.GetColCount());
+ swap(aln_matrix[seqI],curseq);
+ }
+// }
+ return true;
+
+}
diff --git a/src/MuscleInterface.h b/src/MuscleInterface.h
new file mode 100755
index 0000000..cf5a81e
--- /dev/null
+++ b/src/MuscleInterface.h
@@ -0,0 +1,22 @@
+//Fork of libMUSCLE code from http://sourceforge.net/p/mauve/code/HEAD/tree/muscle/
+
+#ifndef _MuscleInterface_h_
+#define _MuscleInterface_h_
+#include <iostream>
+#include <fstream>
+#include <bitset>
+#include <string>
+#include <vector>
+#include <map>
+#include <omp.h>
+using namespace std;
+
+class MuscleInterface
+{
+public:
+ static MuscleInterface& getMuscleInterface();
+ MuscleInterface();
+ bool CallMuscleFast( vector< string > & aln_matrix, const vector< string >& seq_table);
+};
+
+#endif // _MuscleInterface_h_
diff --git a/src/Stack.h b/src/Stack.h
new file mode 100644
index 0000000..317b6ea
--- /dev/null
+++ b/src/Stack.h
@@ -0,0 +1,164 @@
+/////////////////////////////////////////
+// Converter.h
+// simple Stack for MUM calculator
+/////////////////////////////////////////
+
+// See the LICENSE file included with this software for license information.
+
+#ifndef STACK_H
+#define STACK_H
+
+
+#include <stdlib.h>
+#include <assert.h>
+#include <iostream>
+
+//the following 2 lines are necessary for
+//templating the stack
+template <class T>
+
+
+class Stack
+{
+
+public:
+ Stack(void);
+ ~Stack(void);
+ void push(T);
+ T pop(void);
+ //this is const since we dont change
+ //anything in the stack w/ peek
+ T peek(void) const;
+ bool full(void)const;//test if stack is full
+ bool empty(void)const;//test is stack is empty
+
+private:
+
+ T *arr; //templated pointer to stack
+ int top; //holds position of element to be popped
+ int size; //size of stack
+
+
+};
+
+template <class T>
+Stack<T>::Stack(void)
+{
+ size = 80;
+ arr = new T[size];
+ assert(arr);
+ top = 0;
+
+}
+
+//bool Stack<T>::full(void)const
+//determines if stack is empty
+//input: top
+//output: nothing
+//returns: true if empty, false otherwise
+//
+template <class T>
+bool Stack<T>::empty(void)const
+{
+ return(top <= 0);
+}
+
+//bool Stack<T>::full(void)const
+//determines if stack is full
+//input: top, size
+//output: nothing
+//returns: true if full, false otherwise
+//
+template <class T>
+bool Stack<T>::full(void)const
+{
+ return(top >= size);
+}
+
+
+//void Stack<T>::push(T toma)
+//pushes an element of type T onto the stack
+//increases the size of the stack if full
+//increase the top by 1
+//input: arr, size, toma, top
+//output: the new values of arr, size, top
+//returns: nothing
+//
+template <class T>
+void Stack<T>::push(T toma)
+{
+ if(full())
+ {
+ int nsize = size + 5;
+ T *narr = new T[nsize];
+ assert(narr);
+ for(int i = 0; i < size; i++)
+ {
+ narr[i] = arr[i];
+ }
+ delete [] arr;
+ arr = narr;
+ size = nsize;
+ }
+ arr[top] = toma;
+ top++;
+}
+
+//T Stack<T>::pop(void)
+//pops an element of type T from the stack
+//gives an error message if stack is empty
+//decreases the top by 1
+//input: arr, top
+//output: arr & top modified
+//returns: the element of type T from the Stack
+//
+template <class T>
+T Stack<T>::pop(void)
+{
+ if(empty())
+ {
+ //cerr << "Can't pop an empty stack!" << endl;
+ exit(1);
+ }
+ return arr[--top];
+}
+
+//T Stack<T>::peek(void)const
+//peeks at an element of type T from the stack
+//gives an error message if stack is empty
+//does not decrease the top by 1, peek simply
+//looks at the element, doesnt modify the stack
+//in any way
+//input: arr, top
+//output: nothing
+//returns; the element of type T from the Stack
+//
+template <class T>
+T Stack<T>::peek(void)const
+{
+ if(empty())
+ {
+ //cerr << "Can't peek at an empty stack!" << endl;
+ exit(1);
+ }
+
+ //peek doesnt delete the element looked at
+ return arr[top-1];
+}
+
+//Stack<T>::~Stack(void)
+//destructor for Class Stack
+//deletes the memory for the stack to
+//avoid a memory leak
+//input: arr
+//output: arr deleted
+//returns: nothing
+//
+template <class T>
+Stack<T>::~Stack(void)
+{
+ delete [] arr;
+}
+
+#endif
+
diff --git a/src/TMum.cpp b/src/TMum.cpp
new file mode 100644
index 0000000..06672de
--- /dev/null
+++ b/src/TMum.cpp
@@ -0,0 +1,167 @@
+// See the LICENSE file included with this software for license information.
+
+#include "TMum.hh"
+#include "csgmum/types.h"
+#include <iostream>
+long TMum::counter = 1;
+
+TMum::TMum()
+{
+ this->id = counter++;
+ this->hasregion = false;
+}
+TMum::TMum( vector<long>& start, long length, vector<int>& forward, vector<string> &r, bool &ok, bool adjust)
+ :length(length)
+
+{
+
+ //need to convert (r-startpos)-length=startpos
+ // endpos = length+startpos
+ // ----> <----
+ // ---->
+ // ---->
+
+ int j = 0;
+ for( vector<int>::iterator bt = forward.begin(); bt != forward.end(); bt++)
+ {
+ this->isforward.push_back(*bt);
+
+ if ( *bt or !adjust)
+ {
+ this->start.push_back(start.at(j));
+ }
+ else
+ {
+ this->start.push_back(r.at(j).size() - (start.at(j)+length));
+ }
+ j++;
+ }
+
+ this->hasregion = false;
+
+ slength = 0;
+ int size = this->start.size();
+
+ for (int i = 0; i < size; i++)
+ {
+ if ( this->start.at(i) + length > r.at(i).size() )
+ {
+
+ ok = 0;
+
+ }
+ else if ( this->start.at(i) < 0 )
+ {
+ ok = 0;
+ }
+
+ else
+ {
+
+ if(this->isforward.at(i) || 1)
+ this->end.push_back(this->start[i] + length);
+ else
+ this->end.push_back(this->start[i] - length);
+ ok = 1;
+
+ }
+
+ }
+ this->id = counter++;
+
+}
+
+TMum::TMum( vector<long>& start, long length)
+ :length(length)
+
+{
+
+ for( vector<long>::iterator it = start.begin(); it != start.end(); it++)
+ this->start.push_back(*it);
+
+ for( int i =0; i < int(start.size()) ; i++)
+ this->isforward.push_back(true);
+
+ this->hasregion = false;
+ slength = 0;
+ int size = this->start.size();
+
+ for (int i = 0; i < size; i++)
+ {
+ this->end.push_back(this->start[i] + length);
+
+ }
+ this->id = counter++;
+}
+
+TMum::~TMum()
+{}
+
+long TMum::getid( void )
+{
+ return this->id;
+}
+void TMum::trimleft( void )
+{
+ bool nforward = false;
+ for (uint i = 0; i < this->start.size(); i++)
+ {
+ this->start.at(i) += 1;
+ if ( 0 && !this->isforward.at(i) )
+ {
+ nforward = true;
+ }
+
+ }
+ if ( 0 && nforward )
+ {
+
+ for (uint i = 0; i < this->start.size(); i++)
+ {
+ this->end.at(i) -=1;
+
+ }
+ this->length-=1;
+ this->slength-=1;
+ }
+ this->length -=1;
+ this->slength -=1;
+}
+
+void TMum::trimright( void)
+{
+ bool nforward = false;
+ for (uint i = 0; i < this->start.size(); i++)
+ {
+
+ this->end.at(i) -= 1;
+ if ( 0 && !this->isforward.at(i) )
+ {
+ nforward = true;
+
+ }
+
+ }
+
+ this->length -=1;
+ this->slength -=1;
+}
+
+
+int operator<( const TMum &m1, const TMum &m2)
+{
+ return m1.start.at(0) < m2.start.at(0);
+
+}
+
+int operator==( const TMum &m1, const TMum &m2)
+{
+ for ( int i = 0; i < int(m1.start.size()); i++)
+ {
+
+ return (m1.id == m2.id);
+
+ }
+ return 1;
+
+}
diff --git a/src/TMum.hh b/src/TMum.hh
new file mode 100644
index 0000000..83dca1e
--- /dev/null
+++ b/src/TMum.hh
@@ -0,0 +1,42 @@
+// See the LICENSE file included with this software for license information.
+
+#ifndef TMUM_H
+#define TMUM_H
+
+#include <vector>
+#include <string>
+#include "LCR.hh"
+
+using namespace std;
+class TMum{
+
+
+ static long counter;
+ long id;
+
+
+public:
+ vector<long> start;
+ vector<long> end;
+ vector<int> isforward;
+ //vector<string> bps;
+ long length;
+ bool hasregion;
+ //smallest length of the parent region where the mum was
+ //originally found, used to determine later on if mum is random
+ long slength;
+
+ TMum();
+ TMum(vector<long>&, long );
+ TMum(vector<long>&, long, vector<int>& , vector<string> &, bool &, bool adjust=true);
+ long getid(void);
+ void trimleft();
+ void trimright();
+ ~TMum();
+
+ friend int operator<(const TMum &m1, const TMum &m2);
+ friend int operator==(const TMum &m1, const TMum &m2);
+ // isRandom, checkRandom, determineRandom
+};
+
+#endif // MUM_H
diff --git a/src/csgmum/README b/src/csgmum/README
new file mode 100644
index 0000000..26319a5
--- /dev/null
+++ b/src/csgmum/README
@@ -0,0 +1 @@
+See CSG_mum.pdf for algorithm details
\ No newline at end of file
diff --git a/src/csgmum/csg.c b/src/csgmum/csg.c
new file mode 100644
index 0000000..3bd71d0
--- /dev/null
+++ b/src/csgmum/csg.c
@@ -0,0 +1,575 @@
+/////////////////////////////////////////
+// csg.c
+// compressed suffix graph structure
+/////////////////////////////////////////
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include <stdio.h>
+#include <errno.h>
+
+#include "csg.h"
+#include "fastaread.h"
+
+#define CLONE_EDGES(original, clon) \
+do { \
+ if (NEXT(csg, nextState, 71) != NINDEF) \
+ INS_EDGE(csg, clon, NEXT(csg, nextState, 71)); \
+ if (NEXT(csg, nextState, 67) != NINDEF) \
+ INS_EDGE(csg, clon, NEXT(csg, nextState, 67)); \
+ if (NEXT(csg, nextState, 84) != NINDEF) \
+ INS_EDGE(csg, clon, NEXT(csg, nextState, 84)); \
+ if (NEXT(csg, nextState, 65) != NINDEF) \
+ INS_EDGE(csg, clon, NEXT(csg, nextState, 65)); \
+ if (NEXT(csg, nextState, 78) != NINDEF) \
+ INS_EDGE(csg, clon, NEXT(csg, nextState, 78)); \
+} while (0)
+
+#define CLEAR_EDGES(source) \
+do { \
+ if (OUT(source) > 1) \
+ free(source->arc); \
+ OUT(source) = 0; \
+} while (0)
+
+
+void SWAP_EDGE(CSG *csg, CSG_Node *source, CSG_Node *old, CSG_Node *nnew)
+{
+ int nout = OUT(source);
+
+ if (nout == 1) {
+ source->arc = (CSG_Node **)nnew;
+ nnew->lg = old->lg;
+ } else while (nout--) {
+ if (old == source->arc[nout]) {
+ source->arc[nout] = nnew;
+ nnew->lg = old->lg;
+ return;
+ }
+ }
+
+}
+
+CSG_Node *NEXT(CSG *csg, CSG_Node *source, int target)
+{
+ int nout = OUT(source);
+ //printf("target %i\n",target);
+ if (nout == 1 && target == *LABEL((CSG_Node *)source->arc))
+ return (CSG_Node *)source->arc;
+ else if (nout == 1)
+ return NINDEF;
+ while (nout--) {
+ if (target == *LABEL(source->arc[nout]))
+ return source->arc[nout];
+ }
+ return NINDEF;
+}
+
+void INS_EDGE(CSG *csg, CSG_Node *source, CSG_Node *target)
+{
+ CSG_Node **bucket;
+
+ if (*(LABEL(target)) == LAST_SYMBOL)
+ SET_FINAL(source);
+ else {
+ if (OUT(source) == 0) {
+ source->arc = (CSG_Node **)target;
+ } else {
+ if (OUT(source) == 1) {
+ bucket = (CSG_Node **)malloc(sizeof(CSG_Node *)
+ * 2);
+ bucket[0] = (CSG_Node *)source->arc;
+ source->arc = bucket;
+ } else if (OUT(source) == 2) {
+ source->arc = (CSG_Node **)realloc(source->arc
+ , sizeof(CSG_Node *) * 5);
+ }
+ source->arc[OUT(source)] = target;
+ }
+ OUT(source)++;
+ LG(target) = MAX(LG(target), (IS_INITIAL(source)
+ ? 0 : LG(source) + LEN_L(source)));
+ }
+};
+
+
+int GET_SOLID(CSG *csg, CSG_Node *source, CSG_Node *node_t)
+{
+ int res = (LG(node_t) == (IS_INITIAL(source) ? 0
+ : LG(source) + LEN_L(source) ));
+
+ return res;
+}
+
+int emsurto = 0;
+
+CSG *new_CSG(CSG *csg_clone, ulong node_ini, const char *seq, ulong size, int setmem)
+{
+ CSG *csg;
+
+ if(setmem)
+ csg = csg_clone;
+ else
+ csg = (CSG *) malloc(sizeof(CSG));
+
+ csg->seq = seq;
+ csg->size = size;
+ csg->ini_node = size;
+
+ if (setmem)
+ {
+ csg->node = (CSG_Node *) memset(csg->node,0, sizeof(CSG_Node)*node_ini);
+
+ }
+ else
+ {
+ csg->node = (CSG_Node *) calloc(node_ini,sizeof(CSG_Node));
+
+ }
+
+ CLINK(INITIAL) = INITIAL;
+ LEN_L(INITIAL) = 1;
+ csg->last_state = 0;
+ csg->num_nodes = 1;
+ csg->num_leafs = 0;
+
+ return csg;
+}
+
+
+void free_CSG(CSG *csg)
+{
+ int i = 0;
+ //int t = 0;
+ int j = 0;
+ int nout = 0;
+ CSG_Node *actual;
+ CSG_Node *base = csg->node;
+
+ for (i = 0; i < csg->last_state; i++) {
+ actual = base + i;
+ nout = OUT(actual);
+
+ if (0 && nout==1) {
+ if (((CSG_Node *)actual->arc <= base)
+ ||((CSG_Node *)actual->arc >= (base + csg->last_state))) {
+ if(actual != NULL)
+ free(actual);
+ //printf("%s \n","uo");
+ }
+ }
+ else {
+ for(j=0;j<nout;j++) {
+ CSG_Node *act = actual->arc[j];
+ if (0 && ((act <= base) || (act >= (base + csg->last_state)))) {
+ if(act != NULL)
+ free(act);
+ }
+
+ }
+ if(nout>2)
+ {
+ if (csg->node[i].arc != NULL)
+ free(csg->node[i].arc);
+ }
+ }
+ }
+ if (csg->node != NULL)
+ free((void *)csg->node);
+ if (csg != NULL)
+ free((void *)csg);
+}
+
+
+int _conv(char c) {
+ switch (c) {
+ case 'a': case 'A': return 0;
+ case 'c': case 'C': return 1;
+ case 'g': case 'G': return 2;
+ case 't': case 'T': return 3;
+ case 'n': case 'N': return 4;
+ case '$': return 5;
+ default : printf("error\n"); exit(-1);
+ }
+}
+
+char conv_(int c) {
+ switch (c) {
+ case 0: return 'a';
+ case 1: return 'c';
+ case 2: return 'g';
+ case 3: return 't';
+ case 4: return 'n';
+ case 5: return '$';
+ default : return (char)c;
+ }
+}
+
+int prefix_comu(CSG *csg, CSG_Node *state, const char *pendent)
+{
+ const char *seq = csg->seq;
+ int n = csg->size;
+
+ const char *s = LABEL(state);
+ int l = (IS_LEAF(state) ? (n - (s - seq)) : LEN_L(state));
+ int p = 0;
+
+ while (*s == *pendent && p < l) {
+ s++;
+ pendent++;
+ p++;
+ }
+ return p;
+}
+
+int class_link(CSG *csg, CSG_Node **state, CSG_Node **parent, int *lprefix)
+{
+ /* go to position with the class_link*/
+ /* return true if the last position is the end of a node */
+ const char *pendent = LABEL(*state);
+
+ *state = CLINK(*state);
+ while (*lprefix > LEN_L(*state) && !IS_LEAF(*state)) {
+ *lprefix -= LEN_L(*state);
+ pendent += LEN_L(*state);
+ *parent = *state;
+ *state = NEXT(csg, *state, *pendent);
+ }
+ return *lprefix == LEN_L(*state);
+}
+
+CSG_Node *insert_leaf(CSG *csg, const char *pendent, int split_lprefix)
+{
+
+ CSG_Node *newState = INITIAL + ++csg->last_state;
+
+ CLINK(newState) = NINDEF;
+ LABEL(newState) = pendent;
+ LEN_L(newState) = split_lprefix;
+ return newState;
+}
+
+CSG_Node *to_clone(CSG *csg, CSG_Node *state, CSG_Node *nextState)
+/* state: actual state; nextState: state to clone */
+{
+
+ CSG_Node *clon = INITIAL + ++csg->last_state;
+ CSG_Node *candidat = state;
+ CSG_Node *parent_state = state;
+ int lprefix = LEN_L(state);
+ const char *prefix = LABEL(nextState);
+ int trobat = TRUE;
+ uint lg_clon = (IS_INITIAL(state)? 0 : LG(state) + LEN_L(state));
+
+ if (!IS_LEAF(nextState)) {
+ INC_NNODES;
+ CLONE_EDGES(nextState, clon);
+ } else {
+ INC_NLEAFS;
+ }
+ LABEL(clon) = LABEL(nextState);
+ LEN_L(clon) = LEN_L(nextState);
+ CLINK(clon) = CLINK(nextState);
+ CLINK(nextState) = clon;
+ do {
+ if (NEXT(csg, candidat, *prefix) == nextState) {
+ SWAP_EDGE(csg, candidat, nextState, clon);
+ } else {
+ trobat = FALSE;
+ }
+ state = candidat;
+ class_link(csg, &candidat, &parent_state, &lprefix);
+ } while (trobat && candidat != state);
+ LG(clon) = lg_clon;
+
+ return clon;
+}
+
+
+CSG_Node *divide(CSG *csg, CSG_Node *state, int lprefix, CSG_Node *target)
+{
+ CSG_Node *waiting = target;
+ int waiting_lprefix = LEN_L(state) - lprefix;
+ int is_leaf = IS_LEAF(state);
+ //int j;
+
+ /* delete */
+ LEN_L(state) = lprefix;
+ if (is_leaf) {
+ /* the leaf is converted to a node and is created a new leaf */
+ DEC_NLEAFS;
+ INC_NNODES;
+ if (target == NINDEF || LABEL(target)!=(LABEL(state) + lprefix))
+ {
+ INC_NLEAFS;
+ waiting = insert_leaf(csg, LABEL(state) + lprefix, LINDEF);
+ }
+ } else {
+ INC_NNODES;
+ if (target == NINDEF) {
+ waiting = insert_leaf(csg, LABEL(state) + lprefix, waiting_lprefix);
+ }
+ LG(waiting) = (IS_INITIAL(state) ? 0
+ : LG(state) + LEN_L(state));
+ waiting->arc = state->arc;
+ OUT(waiting) = OUT(state);
+ OUT(state) = 0;
+ }
+ INS_EDGE(csg, state, waiting);
+ return waiting;
+}
+
+CSG_Node *compres_leaf(CSG *csg, CSG_Node *source, CSG_Node *parent_state
+, CSG_Node *state, CSG_Node *waiting, int lprefix)
+{
+ //const char *prefix = LABEL(state);
+
+ LEN_L(source) = LEN_L(source) - lprefix;
+ /* update actual state*/
+ LEN_L(state) = lprefix;
+ /* clear old edge */
+ /* insert edge betwen the compress node and split node */
+ SWAP_EDGE(csg, source, waiting, state);
+ LG(state) = (IS_INITIAL(source)? 0 : LG(source) + LEN_L(source));
+ /* insert waiting edge */
+ DEC_NLEAFS;
+ INC_NNODES;
+ INS_EDGE(csg, state, waiting);
+ return state;
+}
+
+
+CSG_Node *arrange_link(CSG *csg, CSG_Node *state, CSG_Node *waiting, int go_sl)
+{
+ int lprefix = LEN_L(state);
+ int is_end = TRUE;
+ CSG_Node *source = state;
+ CSG_Node *parent_state = state;
+ const char *wprefix = LABEL(waiting);
+ CSG_Node *next;
+ CSG_Node *split;
+ CSG_Node *node_act = state;
+
+ if (go_sl && waiting != NINDEF)
+ is_end = class_link(csg, &state, &parent_state, &lprefix);
+ while (!is_end) {
+ if (IS_LEAF(state)) {
+ state = compres_leaf(csg, source, parent_state, state
+ , waiting, lprefix);
+ source = state;
+ node_act = state;
+ } else {
+ split = divide(csg, state, lprefix, NINDEF);
+ CLINK(waiting) = split;
+ waiting = split;
+ if (state == node_act)
+ node_act = waiting;
+ }
+ is_end = class_link(csg, &state, &parent_state, &lprefix);
+ }
+ /* search for another leaf in the same t-path */
+ next = NEXT(csg, state, *wprefix);
+ while (CLINK(waiting) == NINDEF) {
+ if (state != source && IS_LEAF(next)) {
+ if (!GET_SOLID(csg, state, next)) {
+ SWAP_EDGE(csg, state, next, waiting);
+ is_end = class_link(csg, &state
+ , &parent_state, &lprefix);
+ next = NEXT(csg, state, *wprefix);
+ } else {
+ SWAP_EDGE(csg, source, waiting, next);
+ waiting = next;
+ csg->last_state--;
+ DEC_NLEAFS;
+ }
+ } else {
+ CLINK(waiting) = (next == NINDEF) || (next == waiting)
+ ? INITIAL : next;
+ }
+ }
+ return node_act;
+}
+
+CSG_Node *add_suffixes(CSG *csg, CSG_Node *state, CSG_Node *waiting
+, const char **pendent)
+{
+ /* return a actual state (the last state after do the operations */
+ CSG_Node *parent = state;
+ CSG_Node *source = state;
+ int lprefix = LEN_L(state);
+ const char *wprefix = LABEL(waiting);
+ int is_end;
+ CSG_Node *next;
+ CSG_Node *split;
+
+ is_end = class_link(csg, &state, &parent, &lprefix) ;
+ next = NEXT(csg, state, *wprefix);
+
+ while (!(is_end && (next != NINDEF || HAS_FINAL(state)))) {
+ if (!is_end) {
+ split = divide(csg, state, lprefix, NINDEF);
+ arrange_link(csg, state, split, FALSE);
+ }
+ INS_EDGE(csg, state, waiting);
+ source = state;
+ is_end = class_link(csg, &state, &parent, &lprefix) ;
+ next = NEXT(csg, state, *wprefix);
+ }
+ if (source == INITIAL && **pendent != LAST_SYMBOL) {
+ CLINK(waiting) = INITIAL;
+ (*pendent)++;
+ } else if (**pendent != LAST_SYMBOL) {
+ if (GET_SOLID(csg, state, next))
+ state = next;
+ else
+ state = to_clone(csg, state, next);
+ CLINK(waiting) = state;
+ }
+ return state;
+}
+
+
+CSG_Node *divide_and_compress(CSG *csg, CSG_Node *state, CSG_Node *cloned
+, int lprefix)
+{
+ CSG_Node *waiting = NINDEF;
+ //int j;
+
+ if (!IS_LEAF(cloned)) {
+ waiting = divide(csg, cloned, lprefix, NINDEF);
+ LEN_L(state) = lprefix;
+ CLEAR_EDGES(state);
+ INS_EDGE(csg, state, waiting);
+ } else {
+ waiting = divide(csg, state, lprefix, NINDEF);
+ }
+ return waiting;
+}
+
+void build_CSG(CSG *csg, const char *s, long int size, int debug)
+{
+ CSG_Node *state = INITIAL;
+ int lprefix = 1;
+ const char *pendent = s;
+ CSG_Node *nextState;
+ int offset;
+ int cloned = FALSE;
+ CSG_Node *node_cloned = NINDEF;
+
+ int go;
+ CSG_Node *waiting;
+
+ while (*pendent != LAST_SYMBOL) {
+ lprefix = state == INITIAL ? 1
+ : prefix_comu(csg, state, pendent);
+ offset = state == INITIAL ? 0 : lprefix;
+ if (lprefix == LEN_L(state)) {
+ go = *(pendent + offset);
+ nextState = NEXT(csg, state, go);
+ pendent += offset;
+ cloned = FALSE;
+ if (nextState == NINDEF) {
+ /* INSERT SUFIXES */
+ INC_NLEAFS;
+ waiting = insert_leaf(csg, pendent, LINDEF);
+ INS_EDGE(csg, state, waiting);
+ nextState = add_suffixes(csg, state, waiting, &pendent);
+ } else if (!GET_SOLID(csg, state, nextState)
+ || cloned) {
+ node_cloned = nextState;
+ nextState = to_clone(csg, state, nextState);
+ cloned = TRUE;
+ }
+ } else {
+ if (!cloned)
+ waiting = divide(csg, state, lprefix, NINDEF);
+ else {
+ waiting = divide_and_compress(csg, state
+ , node_cloned, lprefix);
+ cloned = FALSE;
+ }
+ state = arrange_link(csg, state, waiting, TRUE);
+ offset = state == INITIAL ? 0 : lprefix;
+ pendent += offset;
+ INC_NLEAFS;
+ waiting = insert_leaf(csg, pendent, LINDEF);
+ INS_EDGE(csg, state, waiting);
+ nextState = add_suffixes(csg, state, waiting, &pendent);
+ }
+ state = nextState;
+
+ }
+ // eliminate the last leaf "$"
+ DEC_NLEAFS;
+
+}
+
+
+void find_leaves(CSG *csg)
+{
+ const char *seq = csg->seq;
+ ulong size = csg->size;
+ const char *pendent = seq;
+ CSG_Node *state = INITIAL;
+ int nleaf = -1;
+ CSG_Node *last_leaf = NINDEF;
+ CSG_Node *next;
+ int shucount = 0;
+ int smallest = 0;
+
+ while (*pendent != LAST_SYMBOL)
+ {
+ if (IS_LEAF(state))
+ {
+ if (++nleaf)
+ SET_NEXT_LEAF(last_leaf, state);
+ last_leaf = state;
+
+
+ if (smallest == 0 || state->lg < smallest )
+ {
+ shucount = 0;
+ smallest = state->lg;
+ shucount+=1;
+ }
+ else if( smallest == state->lg)
+ {
+ shucount+=1;
+ }
+
+ state = CLINK(state);
+ if (state == INITIAL)
+ pendent++;
+
+ }
+ else if(1)
+ {
+ if (smallest == 0 || state->lg < smallest )
+ {
+ shucount = 0;
+ smallest = state->lg;
+ shucount+=1;
+ }
+ else if( smallest == state->lg)
+ {
+ shucount+=1;
+ }
+
+ }
+ if (state != INITIAL)
+ {
+ pendent += LEN_L(state);
+ }
+
+ next = NEXT(csg, state, *pendent);
+ state = next;
+ }
+
+ state = (CSG_Node *)malloc(sizeof(CSG_Node));
+ state->prefix = seq + size;
+ state->lprefix = -1;
+ state->s = INITIAL;
+
+ SET_NEXT_LEAF(last_leaf, state);
+ SET_NEXT_LEAF(state, INITIAL);
+
+}
diff --git a/src/csgmum/csg.h b/src/csgmum/csg.h
new file mode 100644
index 0000000..c111b77
--- /dev/null
+++ b/src/csgmum/csg.h
@@ -0,0 +1,77 @@
+/////////////////////////////////////////
+// csg.c
+// compressed suffix graph structure
+/////////////////////////////////////////
+
+#ifndef _CSG_H_
+#define _CSG_H_
+
+#include "types.h"
+
+/* constants */
+#define NINDEF NULL
+#define LINDEF -1
+#define MAXALPHA 5
+#define INITIAL csg->node
+#define FINAL 2
+#define FALSE 0
+#define TRUE 1
+#define LAST_SYMBOL 5
+
+#define MAX(x,y) ((x) > (y) ? (x) : (y))
+
+#define LG(state) ((state)->lg)
+#define OUT(state) (state)->nout
+#define HAS_FINAL(state) ((state)->is_final)
+#define SET_FINAL(state) ((state)->is_final = 1)
+#define SET_NOFINAL(state) ((state)->is_final = 0)
+
+#define LABEL(state) ((state)->prefix)
+#define LEN_L(state) ((state)->lprefix)
+#define CLINK(source) (source)->s
+#define IS_LEAF(state) (LEN_L(state) == LINDEF)
+#define NSOLID(source) (source)->in_solid
+#define INC_NNODES csg->num_nodes++
+#define INC_NLEAFS csg->num_leafs++
+#define DEC_NLEAFS csg->num_leafs--
+
+#define IS_INITIAL(state) (state == INITIAL)
+#define NEXT_LEAF(source) (IS_LEAF(source)?(CSG_Node *)source->arc : NINDEF)
+#define SET_NEXT_LEAF(source, next) (source->arc = (CSG_Node **)next)
+
+typedef struct CSG_Node CSG_Node;
+struct CSG_Node {
+ CSG_Node **arc; /* Transition Vector */
+ CSG_Node *s; /* suffix link */
+ const char *prefix;
+ int lprefix;
+ uint nout : 3;
+ uint is_final: 1;
+ uint lg;
+};
+
+typedef struct struct_csg CSG;
+struct struct_csg {
+ CSG_Node *node;
+ int last_state;
+ ulong ini_node;
+ int num_nodes;
+ int num_leafs;
+ const char *seq;
+ ulong size;
+};
+
+CSG_Node *NEXT(CSG *csg, CSG_Node *source, int target) ;
+int GET_SOLID(CSG *csg, CSG_Node *source, CSG_Node *node_t);
+
+int _conv(char c);
+char conv_(int c);
+
+CSG *new_CSG(CSG * csg_clone,ulong node_ini, const char *seq, ulong size, int setmem);
+void free_CSG(CSG *);
+void build_CSG(CSG *csg, const char *s, long int size, int out);
+int prefix_comu(CSG *csg, CSG_Node *state, const char *pendent);
+void find_leaves(CSG *csg);
+
+#endif
+
diff --git a/src/csgmum/fastaread.c b/src/csgmum/fastaread.c
new file mode 100644
index 0000000..f1b0f5b
--- /dev/null
+++ b/src/csgmum/fastaread.c
@@ -0,0 +1,163 @@
+//#include <malloc.h>
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <time.h>
+
+//#include <sys/types.h>
+#include <fcntl.h>
+
+#if defined(_WIN32)
+#include <io.h>
+#include <share.h>
+# pragma warning(disable : 4996)
+#endif
+#include <sys/stat.h>
+#include "fastaread.h"
+
+#define READBUFF(c) \
+ do { \
+ if (!reads) { \
+ reads = read(fpin, buf, sizeof(buf)); \
+ bufp = buf; \
+ } \
+ if (--reads < 0) \
+ *c = 0; \
+ else \
+ *c = (unsigned char) *bufp++; \
+} while (0)
+
+char Sf(char c) {
+ switch (c) {
+ case 'a': case 'A': return 0; break;
+ case 'c': case 'C': return 1; break;
+ case 'g': case 'G': return 2; break;
+ case 'n': case 'N': return 4; break;
+ case 't': case 'T': case 'u': case 'U': return 3; break;
+ default: return LAST_SYMBOL;
+ }
+}
+
+char _Sf(char c) {
+ switch (c) {
+ case 0: return 'a'; break;
+ case 1: return 'c'; break;
+ case 2: return 'g'; break;
+ case 3: return 't'; break;
+ case 4: return 'n'; break;
+ default: return '$';
+ }
+}
+
+char *to_string(char *str, int len)
+{
+ char *result = (char *)calloc(sizeof(char), len + 1);
+ int i = 0;
+
+ for (i = 0; i < len; i++)
+ result[i] = _Sf(str[i]);
+ return result;
+}
+
+char *to_code(char *str, int len)
+{
+ char *result = (char *)calloc(sizeof(char), len + 1);
+ int i = 0;
+
+ for (i = 0; i < len; i++)
+ result[i] = Sf(str[i]);
+ return result;
+}
+
+/*
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+// FILTER(C):
+// We read the input file in BUFSIZ blocks, and when we have
+// read the block then load another from the disk.
+// The BUFSIZ is maximal optimum.
+// This function process the actual char and filter any non bp
+// char.
+// return only a know char or 5 if is the end.
+//////////////////////////////////////////////////////////////////
+*/
+void
+filter(char *c, int ini, int fpin)
+{
+ static char buf[BUFSIZ];
+ static char *bufp = buf;
+ static int reads = 0;
+ char stop = 0;
+
+ if (ini)
+ reads = 0;
+
+ while (!stop) {
+ READBUFF(c);
+ if (!*c) {
+ stop = 1;
+ break;
+ }
+ switch (*c) {
+ case 'a': case 'A':
+ case 'c': case 'C':
+ case 'g': case 'G':
+ case 'n': case 'N':
+ case 't': case 'T':
+ case 'u': case 'U':
+ stop = 1;
+ break;
+ case '\n': case '\t': case ' ':
+ break;
+ case '>':
+ do {
+ READBUFF(c);
+ } while (*c && (*c != '\n'));
+ break;
+ default:
+ break;
+ }
+ }
+ if (stop && *c) {
+ if (*c == 'A') *c = 'a';
+ else if (*c == 'C') *c = 'c';
+ else if (*c == 'G') *c = 'g';
+ else if (*c == 'T') *c = 't';
+ else if (*c == 'N') *c = 'n';
+ }
+}
+
+
+/* llegim la sequencia */
+unsigned char *get_seq(char *name,long int *size) {
+ long i_b = 0;
+ char c;
+ unsigned char *seq;
+ struct stat atbuf;
+ int fpin;
+
+ stat(name, &atbuf);
+ //*size = atbuf.st_size - 1;
+ *size = atbuf.st_size;
+
+ /* inicialitza taula char2int */
+ if ((fpin = open(name, O_RDONLY)) == -1) {
+ printf("I can't open the input file\n");
+ exit(-1);
+ }
+
+ if (!(seq = (unsigned char *)malloc(*size + 2))) {
+ printf("size NOK \n");
+ exit(0);
+ }
+
+ filter(&c, 1, fpin);
+ while (c) {
+ seq[i_b++] = Sf(c);
+ filter(&c, 0, fpin);
+ }
+ seq[i_b] = Sf('$');
+ seq[i_b+1] = '\0';
+ close(fpin);
+ *size = i_b;
+ return seq;
+}
+
diff --git a/src/csgmum/fastaread.h b/src/csgmum/fastaread.h
new file mode 100644
index 0000000..f590b4d
--- /dev/null
+++ b/src/csgmum/fastaread.h
@@ -0,0 +1,11 @@
+
+#ifndef _FASTA_READ_H_
+#define _FASTA_READ_H_
+
+#define LAST_SYMBOL 5
+
+unsigned char *get_seq(char *name,long int *size);
+char *to_string(char *str, int len);
+char *to_code(char *str, int len);
+
+#endif
diff --git a/src/csgmum/mum.c b/src/csgmum/mum.c
new file mode 100644
index 0000000..c7e3fe7
--- /dev/null
+++ b/src/csgmum/mum.c
@@ -0,0 +1,252 @@
+/////////////////////////////////////////
+// mum.c
+// MUM suffix tree search code
+/////////////////////////////////////////
+
+//#include <malloc.h>
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include "types.h"
+
+#include "mum.h"
+#include "fastaread.h"
+#include "csg.h"
+
+
+#define Min(a, b) ((a) <= (b) ? (a) : (b))
+#define Max(a, b) ((a) >= (b) ? (a) : (b))
+
+
+/*
+ ////////////////////////////////////////////////////////////////////
+ // MUM search
+ //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+ */
+
+void
+Test_UM(UM *Pair, int k, int l, int MMP, ulong *SP, int pos_label) {
+ if (Pair[l].EP == 0) {
+ Pair[l].EP = MMP;
+ Pair[l].UP = pos_label;
+ SP[l] = k - MMP + l;
+ return;
+ }
+
+ if (MMP > Pair[l].UP) {
+ if (MMP > Pair[l].EP) {
+ Pair[l].UP = Pair[l].EP;
+ Pair[l].EP = MMP;
+ SP[l] = k - MMP + l;
+ } else {
+ Pair[l].UP = MMP;
+ }
+ }
+}
+
+void print_state(UM *Pair, int size)
+{
+ int i;
+ printf(" ");
+ for (i = 0; i < size; i++) {
+ printf("%.2d ", i);
+ }
+ printf("\nUP ");
+ for (i = 0; i < size; i++) {
+ printf("%.2d ", Pair[i].UP);
+ }
+ printf("\nEP ");
+ for (i = 0; i < size; i++) {
+ printf("%.2d ", Pair[i].EP);
+ }
+ printf("\n");
+}
+void Merge_Pair(UM *Pair, UM *PairRC, int size, int length,SP *SPF, SP *SPR, int pos )
+{
+ int i = 0;
+ int k = 0;
+
+ while (k < size)
+ {
+
+
+ if ( Pair[k].EP > PairRC[k].EP )
+ {
+
+ SPF[pos].forward[k] = 1;
+ SPR[pos].forward[k] = 0;
+ }
+ else
+ {
+ //both false, ties go to forward for now, grab reverse
+ Pair[k].EP = PairRC[k].EP;
+ Pair[k].UP = PairRC[k].UP;
+ SPF[pos].MSP[k] = SPR[pos].MSP[k];
+ SPF[pos].forward[k] = 0;
+ SPR[pos].forward[k] = 1;
+ }
+ k++;
+ }
+
+}
+void Merge_Master(UM *Master, UM *MasterRC, int size, int length, SP *SPF, SP *SPR, ulong* MSP, int pos )
+{
+ int i = 0;
+ int k = 0;
+
+
+ while (k < size)
+ {
+
+ if ( Master[k].EP > MasterRC[k].EP )
+ {
+ MasterRC[k].EP = Master[k].EP;
+ MasterRC[k].UP = Master[k].UP;
+ MSP[k] = SPF[pos].MSP[k];
+ SPF[pos].forward[k] = 1;
+ }
+ else
+ {
+ //both false, ties go to forward for now, grab reverse
+ Master[k].EP = MasterRC[k].EP;
+ //need to update MergedMaster to refect RC position?
+ Master[k].UP = MasterRC[k].UP;
+
+ // SP-------UP-------EP> <EP-------UP-------SP <SP------UP--------EP
+ SPF[pos].MSP[k] = MSP[k];
+ SPF[pos].forward[k] = 0;
+ }
+
+ k++;
+ }
+
+}
+
+void Intersect_UM(CSG *csg, UM *Master, UM *Pair, int size, ulong *SP)
+{
+ int k = 1;
+ int MMP;
+
+ Master[0].UP = Max(Master[0].UP, Pair[0].UP);
+ //if doesn't exist, EP gets set to 0?
+ Master[0].EP = Min(Master[0].EP, Pair[0].EP);
+
+ while (k < size) {
+ if (Pair[k - 1].UP > Pair[k].UP) {
+ Pair[k].UP = Pair[k - 1].UP;
+ if (0 && Pair[k].EP == 0)
+ {
+ Pair[k].EP = Pair[k].UP;
+ SP[k] = 0;
+ }
+ else if (Pair[k].EP < Pair[k].UP) {
+ Pair[k].EP = Pair[k].UP;
+ SP[k] = SP[k-1] + 1;
+ }
+ }
+
+ MMP = Pair[k - 1].EP;
+ if (MMP > Pair[k].UP ){
+ if (MMP >= Pair[k].EP) {
+ Pair[k].UP = Pair[k].EP;
+ Pair[k].EP = MMP;
+ SP[k] = SP[k-1] + 1;
+ } else {
+ Pair[k].UP = MMP;
+ }
+ }
+ //update UP,EP positions
+
+ if (Pair[k].EP != 0 || 1)
+ {
+ Master[k].UP = Max(Master[k].UP, Pair[k].UP);
+ Master[k].EP = Min(Master[k].EP, Pair[k].EP);
+ }
+ else
+ {
+ //NO UM/MUM in this genome, conserve previous end position
+ Master[k].EP = Master[k].EP;
+ Master[k].UP = Max(Master[k].UP, Pair[k].UP);
+ }
+ Pair[k - 1].EP = Pair[k - 1].UP = 0;
+ k++;
+ }
+ Pair[k - 1].EP = Pair[k - 1].UP = 0;
+}
+
+void Find_UM(CSG *csg, const char *s,ulong *SP, UM *Pair)
+{
+ char *pendent = (char *)s;
+ int lprefix = 0;
+ CSG_Node *state;
+ int lg = 0;
+
+ int pos_seq_pivot;
+ int pos_seq_act;
+ int MMP;
+ int num_leaf;
+ CSG_Node *next;
+ int len_to_next;
+ int pos_label;
+ int len;
+
+ state = NEXT(csg, INITIAL, *pendent);
+ while (state == NINDEF)
+ {
+ pendent++;
+ state = NEXT(csg, INITIAL, *pendent);
+ }
+ len = LEN_L(state);
+
+ while ( *pendent != LAST_SYMBOL )
+ {
+ if (!lprefix)
+ {
+ lprefix = (state == INITIAL ? 1 : prefix_comu(csg, state, (char *) pendent));
+ }
+ next = NEXT(csg, state, *(pendent + len));
+ if ((lprefix > len && !IS_LEAF(state)) || (lprefix == len && next != NINDEF))
+ {
+ lprefix -= len;
+ pendent += len;
+ lg += len;
+
+ }
+ else
+ {
+ if (IS_LEAF(state))
+ {
+ pos_seq_pivot = LABEL(state) - csg->seq;
+ pos_seq_act = pendent - s + lprefix;
+ MMP = pos_seq_pivot + lprefix;
+ num_leaf = pos_seq_pivot - lg;
+ pos_label = MMP - lprefix;
+ Test_UM(Pair, pos_seq_act, num_leaf, MMP, SP, pos_label);
+ len_to_next = LABEL(NEXT_LEAF(state)) - LABEL(state) + 1;
+ while (lprefix >= len_to_next)
+ {
+ state = NEXT_LEAF(state);
+
+ pendent += len_to_next - 1;
+ lprefix -= len_to_next - 1;
+ len_to_next = LABEL(NEXT_LEAF(state)) - LABEL(state) + 1;
+ }
+ }
+
+ next = CLINK(state);
+
+ lg = next == INITIAL ? -1 : LG(next);
+ }
+
+ if (state == next)
+ {
+ pendent++;
+ }
+ state = next;
+
+ len = LEN_L(state);
+
+ }
+}
+
+
diff --git a/src/csgmum/mum.h b/src/csgmum/mum.h
new file mode 100644
index 0000000..2c1b6aa
--- /dev/null
+++ b/src/csgmum/mum.h
@@ -0,0 +1,70 @@
+/////////////////////////////////////////
+// mum.h
+// MUM suffix tree search code
+/////////////////////////////////////////
+
+#ifndef _MMUM_H_
+#define _MMUM_H_
+
+#include "csg.h"
+
+typedef struct UM UM;
+struct UM {
+ int UP;
+ int EP;
+};
+
+typedef struct Mum Mum;
+
+typedef struct SP SP;
+struct SP
+{
+ ulong *MSP;
+ char *forward;
+};
+struct Mum {
+ ulong *DSP;
+ int LON;
+ char *forward;
+};
+
+typedef struct IRegion IRegion;
+struct IRegion {
+ ulong len_region;
+ ulong ini_region;
+ char *sequence;
+ char *rc;
+};
+
+void Search_MUM(
+ ulong *num_mums,
+ Mum *list_mums,
+ UM *Master,
+ int size,
+ int min_lenght_of_mum,
+ IRegion *regions,
+ int number_of_regions,
+ ulong **SP);
+
+void Find_UM(CSG *csg, const char *s,ulong *SP, UM *Pair);
+
+void Intersect_UM(CSG *csg, UM *Master, UM *Pair, int size, ulong *SP);
+
+void Merge_Pair(UM *Pair, UM *PairRC, int size, int length, SP *SPF, SP *SPR, int pos);
+void Merge_Master( UM *Master, UM *MasterRC, int size, int length, SP *SPF, SP *SPR, ulong * MSP, int pos);
+
+int
+Find_MUM(
+ ulong *num_mums
+ , Mum **list_mums
+ , int number_of_regions /* the number of sequences to align */
+ , IRegion *regions
+ , int min_lenght_of_mum
+ , float factor
+ , CSG **csg
+ , UM ** Master
+ , UM ** Pair
+); // return the status
+
+#endif
+
diff --git a/src/csgmum/types.h b/src/csgmum/types.h
new file mode 100644
index 0000000..75adb78
--- /dev/null
+++ b/src/csgmum/types.h
@@ -0,0 +1,20 @@
+#ifndef _TYPES_H_
+#define _TYPES_H_
+
+#ifndef AIX
+typedef unsigned char uchar;
+#endif
+
+#ifndef AIX
+typedef unsigned short ushort;
+#endif
+
+#ifndef AIX
+typedef unsigned long ulong;
+#endif
+
+#ifndef AIX
+typedef unsigned int uint;
+#endif
+
+#endif
diff --git a/src/ext/README b/src/ext/README
new file mode 100644
index 0000000..b75d1fc
--- /dev/null
+++ b/src/ext/README
@@ -0,0 +1,2 @@
+iniFile code for parsing configuration files, external dependency
+
diff --git a/src/ext/iniFile.cpp b/src/ext/iniFile.cpp
new file mode 100644
index 0000000..366106b
--- /dev/null
+++ b/src/ext/iniFile.cpp
@@ -0,0 +1,483 @@
+// IniFile.cpp: Implementation of the CIniFile class.
+// Written by: Adam Clauss
+// Email: cabadam at houston.rr.com
+// You may use this class/code as you wish in your programs. Feel free to distribute it, and
+// email suggested changes to me.
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+// C++ Includes
+#include <iostream>
+#include <fstream>
+#include <sstream>
+# pragma warning(disable : 4996)
+using namespace std;
+
+// C Includes
+#include <stdio.h>
+#include <stdarg.h>
+#include <ctype.h>
+
+// Local Includes
+#include "iniFile.h"
+
+#if defined(WIN32)
+#define iniEOL endl
+#else
+#define iniEOL '\r' << endl
+#endif
+
+CIniFile::CIniFile( string const iniPath)
+{
+ Path( iniPath);
+ caseInsensitive = true;
+}
+
+bool CIniFile::ReadFile()
+{
+ // Normally you would use ifstream, but the SGI CC compiler has
+ // a few bugs with ifstream. So ... fstream used.
+ fstream f;
+ string line ="";
+ string keyname="", valuename="", value="";
+ string::size_type pLeft, pRight;
+
+ f.open( path.c_str(), ios::in);
+ if ( f.fail())
+ return false;
+
+ while( getline( f, line)) {
+ // To be compatible with Win32, check for existence of '\r'.
+ // Win32 files have the '\r' and Unix files don't at the end of a line.
+ // Note that the '\r' will be written to INI files from
+ // Unix so that the created INI file can be read under Win32
+ // without change.
+ if ( line[line.length() - 1] == '\r')
+ line = line.substr( 0, line.length() - 1);
+
+ if ( line.length()) {
+ // Check that the user hasn't openned a binary file by checking the first
+ // character of each line!
+ if ( !isprint( line[0])) {
+ printf( "Failing on char %d\n", line[0]);
+ f.close();
+ return false;
+ }
+ if (( pLeft = line.find_first_of(";#[=")) != string::npos) {
+ switch ( line[pLeft]) {
+ case '[':
+ if ((pRight = line.find_last_of("]")) != string::npos &&
+ pRight > pLeft) {
+ keyname = line.substr( pLeft + 1, pRight - pLeft - 1);
+ AddKeyName( keyname);
+ }
+ break;
+
+ case '=':
+ valuename = line.substr( 0, pLeft);
+ value = line.substr( pLeft + 1);
+ SetValue( keyname, valuename, value);
+ break;
+
+ case ';':
+ case '#':
+ if ( !names.size())
+ HeaderComment( line.substr( pLeft + 1));
+ else
+ KeyComment( keyname, line.substr( pLeft + 1));
+ break;
+ }
+ }
+ }
+ }
+
+ f.close();
+ if ( names.size())
+ return true;
+ return false;
+}
+
+bool CIniFile::WriteFile()
+{
+ unsigned commentID, keyID, valueID;
+ // Normally you would use ofstream, but the SGI CC compiler has
+ // a few bugs with ofstream. So ... fstream used.
+ fstream f;
+
+ f.open( path.c_str(), ios::out);
+ if ( f.fail())
+ return false;
+
+ // Write header comments.
+ for ( commentID = 0; commentID < comments.size(); ++commentID)
+ f << ';' << comments[commentID] << iniEOL;
+ if ( comments.size())
+ f << iniEOL;
+
+ // Write keys and values.
+ for ( keyID = 0; keyID < keys.size(); ++keyID) {
+ f << '[' << names[keyID] << ']' << iniEOL;
+ // Comments.
+ for ( commentID = 0; commentID < keys[keyID].comments.size(); ++commentID)
+ f << ';' << keys[keyID].comments[commentID] << iniEOL;
+ // Values.
+ for ( valueID = 0; valueID < keys[keyID].names.size(); ++valueID)
+ f << keys[keyID].names[valueID] << '=' << keys[keyID].values[valueID] << iniEOL;
+ f << iniEOL;
+ }
+ f.close();
+
+ return true;
+}
+
+long CIniFile::FindKey( string const keyname) const
+{
+ for ( unsigned keyID = 0; keyID < names.size(); ++keyID)
+ if ( CheckCase( names[keyID]) == CheckCase( keyname))
+ return long(keyID);
+ return noID;
+}
+
+long CIniFile::FindValue( unsigned const keyID, string const valuename) const
+{
+ if ( !keys.size() || keyID >= keys.size())
+ return noID;
+
+ for ( unsigned valueID = 0; valueID < keys[keyID].names.size(); ++valueID)
+ if ( CheckCase( keys[keyID].names[valueID]) == CheckCase( valuename))
+ return long(valueID);
+ return noID;
+}
+
+unsigned CIniFile::AddKeyName( string const keyname)
+{
+ names.resize( names.size() + 1, keyname);
+ keys.resize( keys.size() + 1);
+ return names.size() - 1;
+}
+
+string CIniFile::KeyName( unsigned const keyID) const
+{
+ if ( keyID < names.size())
+ return names[keyID];
+ else
+ return "";
+}
+
+unsigned CIniFile::NumValues( unsigned const keyID)
+{
+ if ( keyID < keys.size())
+ return keys[keyID].names.size();
+ return 0;
+}
+
+unsigned CIniFile::NumValues( string const keyname)
+{
+ long keyID = FindKey( keyname);
+ if ( keyID == noID)
+ return 0;
+ return keys[keyID].names.size();
+}
+
+string CIniFile::ValueName( unsigned const keyID, unsigned const valueID) const
+{
+ if ( keyID < keys.size() && valueID < keys[keyID].names.size())
+ return keys[keyID].names[valueID];
+ return "";
+}
+
+string CIniFile::ValueName( string const keyname, unsigned const valueID) const
+{
+ long keyID = FindKey( keyname);
+ if ( keyID == noID)
+ return "";
+ return ValueName( keyID, valueID);
+}
+
+bool CIniFile::SetValue( unsigned const keyID, unsigned const valueID, string const value)
+{
+ if ( keyID < keys.size() && valueID < keys[keyID].names.size())
+ keys[keyID].values[valueID] = value;
+
+ return false;
+}
+
+bool CIniFile::SetValue( string const keyname, string const valuename, string const value, bool const create)
+{
+ long keyID = FindKey( keyname);
+ if ( keyID == noID) {
+ if ( create)
+ keyID = long( AddKeyName( keyname));
+ else
+ return false;
+ }
+
+ long valueID = FindValue( unsigned(keyID), valuename);
+ if ( valueID == noID) {
+ if ( !create)
+ return false;
+ keys[keyID].names.resize( keys[keyID].names.size() + 1, valuename);
+ keys[keyID].values.resize( keys[keyID].values.size() + 1, value);
+ } else
+ keys[keyID].values[valueID] = value;
+
+ return true;
+}
+
+bool CIniFile::SetValueI( string const keyname, string const valuename, int const value, bool const create)
+{
+ char svalue[MAX_VALUEDATA]={'\0'};
+
+ sprintf( svalue, "%d", value);
+ return SetValue( keyname, valuename, svalue);
+}
+
+bool CIniFile::SetValueF( string const keyname, string const valuename, double const value, bool const create)
+{
+
+ char svalue[MAX_VALUEDATA]={'\0'};
+
+ sprintf( svalue, "%f", value);
+ return SetValue( keyname, valuename, svalue);
+}
+
+bool CIniFile::SetValueV( string const keyname, string const valuename, char *format, ...)
+{
+ va_list args;
+ char value[MAX_VALUEDATA];
+
+ va_start( args, format);
+ vsprintf( value, format, args);
+ va_end( args);
+ return SetValue( keyname, valuename, value);
+}
+
+string CIniFile::GetValue( unsigned const keyID, unsigned const valueID, string const defValue) const
+{
+ if ( keyID < keys.size() && valueID < keys[keyID].names.size())
+ return keys[keyID].values[valueID];
+ return defValue;
+}
+
+string CIniFile::GetValue( string const keyname, string const valuename, string const defValue) const
+{
+ long keyID = FindKey( keyname);
+ if ( keyID == noID)
+ return defValue;
+
+ long valueID = FindValue( unsigned(keyID), valuename);
+ if ( valueID == noID)
+ return defValue;
+
+ return keys[keyID].values[valueID];
+}
+
+int CIniFile::GetValueI(string const keyname, string const valuename, int const defValue) const
+{
+ char svalue[MAX_VALUEDATA]={'\0'};
+
+ sprintf( svalue, "%d", defValue);
+ return atoi( GetValue( keyname, valuename, svalue).c_str());
+}
+
+double CIniFile::GetValueF(string const keyname, string const valuename, double const defValue) const
+{
+ char svalue[MAX_VALUEDATA]={'\0'};
+
+ sprintf( svalue, "%f", defValue);
+ return atof( GetValue( keyname, valuename, svalue).c_str());
+}
+
+// 16 variables may be a bit of over kill, but hey, it's only code.
+unsigned CIniFile::GetValueV( string const keyname, string const valuename, char *format,
+ void *v1, void *v2, void *v3, void *v4,
+ void *v5, void *v6, void *v7, void *v8,
+ void *v9, void *v10, void *v11, void *v12,
+ void *v13, void *v14, void *v15, void *v16)
+{
+ string value;
+ // va_list args;
+ unsigned nVals;
+
+
+ value = GetValue( keyname, valuename);
+ if ( !value.length())
+ return false;
+ // Why is there not vsscanf() function. Linux man pages say that there is
+ // but no compiler I've seen has it defined. Bummer!
+ //
+ // va_start( args, format);
+ // nVals = vsscanf( value.c_str(), format, args);
+ // va_end( args);
+
+ nVals = sscanf( value.c_str(), format,
+ v1, v2, v3, v4, v5, v6, v7, v8,
+ v9, v10, v11, v12, v13, v14, v15, v16);
+
+ return nVals;
+}
+
+bool CIniFile::DeleteValue( string const keyname, string const valuename)
+{
+ long keyID = FindKey( keyname);
+ if ( keyID == noID)
+ return false;
+
+ long valueID = FindValue( unsigned(keyID), valuename);
+ if ( valueID == noID)
+ return false;
+
+ // This looks strange, but is neccessary.
+ vector<string>::iterator npos = keys[keyID].names.begin() + valueID;
+ vector<string>::iterator vpos = keys[keyID].values.begin() + valueID;
+ keys[keyID].names.erase( npos, npos + 1);
+ keys[keyID].values.erase( vpos, vpos + 1);
+
+ return true;
+}
+
+bool CIniFile::DeleteKey( string const keyname)
+{
+ long keyID = FindKey( keyname);
+ if ( keyID == noID)
+ return false;
+
+ // Now hopefully this destroys the vector lists within keys.
+ // Looking at <vector> source, this should be the case using the destructor.
+ // If not, I may have to do it explicitly. Memory leak check should tell.
+ // memleak_test.cpp shows that the following not required.
+ //keys[keyID].names.clear();
+ //keys[keyID].values.clear();
+
+ vector<string>::iterator npos = names.begin() + keyID;
+ vector<key>::iterator kpos = keys.begin() + keyID;
+ names.erase( npos, npos + 1);
+ keys.erase( kpos, kpos + 1);
+
+ return true;
+}
+
+void CIniFile::Erase()
+{
+ // This loop not needed. The vector<> destructor seems to do
+ // all the work itself. memleak_test.cpp shows this.
+ //for ( unsigned i = 0; i < keys.size(); ++i) {
+ // keys[i].names.clear();
+ // keys[i].values.clear();
+ //}
+ names.clear();
+ keys.clear();
+ comments.clear();
+}
+
+void CIniFile::HeaderComment( string const comment)
+{
+ comments.resize( comments.size() + 1, comment);
+}
+
+string CIniFile::HeaderComment( unsigned const commentID) const
+{
+ if ( commentID < comments.size())
+ return comments[commentID];
+ return "";
+}
+
+bool CIniFile::DeleteHeaderComment( unsigned commentID)
+{
+ if ( commentID < comments.size()) {
+ vector<string>::iterator cpos = comments.begin() + commentID;
+ comments.erase( cpos, cpos + 1);
+ return true;
+ }
+ return false;
+}
+
+unsigned CIniFile::NumKeyComments( unsigned const keyID) const
+{
+ if ( keyID < keys.size())
+ return keys[keyID].comments.size();
+ return 0;
+}
+
+unsigned CIniFile::NumKeyComments( string const keyname) const
+{
+ long keyID = FindKey( keyname);
+ if ( keyID == noID)
+ return 0;
+ return keys[keyID].comments.size();
+}
+
+bool CIniFile::KeyComment( unsigned const keyID, string const comment)
+{
+ if ( keyID < keys.size()) {
+ keys[keyID].comments.resize( keys[keyID].comments.size() + 1, comment);
+ return true;
+ }
+ return false;
+}
+
+bool CIniFile::KeyComment( string const keyname, string const comment)
+{
+ long keyID = FindKey( keyname);
+ if ( keyID == noID)
+ return false;
+ return KeyComment( unsigned(keyID), comment);
+}
+
+string CIniFile::KeyComment( unsigned const keyID, unsigned const commentID) const
+{
+ if ( keyID < keys.size() && commentID < keys[keyID].comments.size())
+ return keys[keyID].comments[commentID];
+ return "";
+}
+
+string CIniFile::KeyComment( string const keyname, unsigned const commentID) const
+{
+ long keyID = FindKey( keyname);
+ if ( keyID == noID)
+ return "";
+ return KeyComment( unsigned(keyID), commentID);
+}
+
+bool CIniFile::DeleteKeyComment( unsigned const keyID, unsigned const commentID)
+{
+ if ( keyID < keys.size() && commentID < keys[keyID].comments.size()) {
+ vector<string>::iterator cpos = keys[keyID].comments.begin() + commentID;
+ keys[keyID].comments.erase( cpos, cpos + 1);
+ return true;
+ }
+ return false;
+}
+
+bool CIniFile::DeleteKeyComment( string const keyname, unsigned const commentID)
+{
+ long keyID = FindKey( keyname);
+ if ( keyID == noID)
+ return false;
+ return DeleteKeyComment( unsigned(keyID), commentID);
+}
+
+bool CIniFile::DeleteKeyComments( unsigned const keyID)
+{
+ if ( keyID < keys.size()) {
+ keys[keyID].comments.clear();
+ return true;
+ }
+ return false;
+}
+
+bool CIniFile::DeleteKeyComments( string const keyname)
+{
+ long keyID = FindKey( keyname);
+ if ( keyID == noID)
+ return false;
+ return DeleteKeyComments( unsigned(keyID));
+}
+
+string CIniFile::CheckCase( string s) const
+{
+ if ( caseInsensitive)
+ for ( string::size_type i = 0; i < s.length(); ++i)
+ s[i] = tolower(s[i]);
+ return s;
+}
+
diff --git a/src/ext/iniFile.h b/src/ext/iniFile.h
new file mode 100644
index 0000000..c3061c0
--- /dev/null
+++ b/src/ext/iniFile.h
@@ -0,0 +1,174 @@
+// IniFile.cpp: Implementation of the CIniFile class.
+// Written by: Adam Clauss
+// Email: cabadam at tamu.edu
+// You may use this class/code as you wish in your programs. Feel free to distribute it, and
+// email suggested changes to me.
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+#ifndef CIniFile_H
+#define CIniFile_H
+
+// C++ Includes
+#include <string>
+#include <vector>
+
+// C Includes
+#include <stdlib.h>
+
+#define MAX_KEYNAME 128
+#define MAX_VALUENAME 128
+#define MAX_VALUEDATA 2048
+
+class CIniFile
+{
+private:
+ bool caseInsensitive;
+ string path;
+ struct key {
+ vector<string> names;
+ vector<string> values;
+ vector<string> comments;
+ };
+ vector<key> keys;
+ vector<string> names;
+ vector<string> comments;
+ string CheckCase( string s) const;
+
+public:
+ enum errors{ noID = -1};
+ CIniFile( string const iniPath = "");
+ virtual ~CIniFile() {}
+
+ // Sets whether or not keynames and valuenames should be case sensitive.
+ // The default is case insensitive.
+ void CaseSensitive() {caseInsensitive = false;}
+ void CaseInsensitive() {caseInsensitive = true;}
+
+ // Sets path of ini file to read and write from.
+ void Path(string const newPath) {path = newPath;}
+ string Path() const {return path;}
+ void SetPath(string const newPath) {Path( newPath);}
+
+ // Reads ini file specified using path.
+ // Returns true if successful, false otherwise.
+ bool ReadFile();
+
+ // Writes data stored in class to ini file.
+ bool WriteFile();
+
+ // Deletes all stored ini data.
+ void Erase();
+ void Clear() {Erase();}
+ void Reset() {Erase();}
+
+ // Returns index of specified key, or noID if not found.
+ long FindKey( string const keyname) const;
+
+ // Returns index of specified value, in the specified key, or noID if not found.
+ long FindValue( unsigned const keyID, string const valuename) const;
+
+ // Returns number of keys currently in the ini.
+ unsigned NumKeys() const {return names.size();}
+ unsigned GetNumKeys() const {return NumKeys();}
+
+ // Add a key name.
+ unsigned AddKeyName( string const keyname);
+
+ // Returns key names by index.
+ string KeyName( unsigned const keyID) const;
+ string GetKeyName( unsigned const keyID) const {return KeyName(keyID);}
+
+ // Returns number of values stored for specified key.
+ unsigned NumValues( unsigned const keyID);
+ unsigned GetNumValues( unsigned const keyID) {return NumValues( keyID);}
+ unsigned NumValues( string const keyname);
+ unsigned GetNumValues( string const keyname) {return NumValues( keyname);}
+
+ // Returns value name by index for a given keyname or keyID.
+ string ValueName( unsigned const keyID, unsigned const valueID) const;
+ string GetValueName( unsigned const keyID, unsigned const valueID) const {
+ return ValueName( keyID, valueID);
+ }
+ string ValueName( string const keyname, unsigned const valueID) const;
+ string GetValueName( string const keyname, unsigned const valueID) const {
+ return ValueName( keyname, valueID);
+ }
+
+ // Gets value of [keyname] valuename =.
+ // Overloaded to return string, int, and double.
+ // Returns defValue if key/value not found.
+ string GetValue( unsigned const keyID, unsigned const valueID, string const defValue = "") const;
+ string GetValue(string const keyname, string const valuename, string const defValue = "") const;
+ int GetValueI(string const keyname, string const valuename, int const defValue = 0) const;
+ bool GetValueB(string const keyname, string const valuename, bool const defValue = false) const {
+ return bool( GetValueI( keyname, valuename, int( defValue)));
+ }
+ double GetValueF(string const keyname, string const valuename, double const defValue = 0.0) const;
+ // This is a variable length formatted GetValue routine. All these voids
+ // are required because there is no vsscanf() like there is a vsprintf().
+ // Only a maximum of 8 variable can be read.
+ unsigned GetValueV( string const keyname, string const valuename, char *format,
+ void *v1 = 0, void *v2 = 0, void *v3 = 0, void *v4 = 0,
+ void *v5 = 0, void *v6 = 0, void *v7 = 0, void *v8 = 0,
+ void *v9 = 0, void *v10 = 0, void *v11 = 0, void *v12 = 0,
+ void *v13 = 0, void *v14 = 0, void *v15 = 0, void *v16 = 0);
+
+ // Sets value of [keyname] valuename =.
+ // Specify the optional paramter as false (0) if you do not want it to create
+ // the key if it doesn't exist. Returns true if data entered, false otherwise.
+ // Overloaded to accept string, int, and double.
+ bool SetValue( unsigned const keyID, unsigned const valueID, string const value);
+ bool SetValue( string const keyname, string const valuename, string const value, bool const create = true);
+ bool SetValueI( string const keyname, string const valuename, int const value, bool const create = true);
+ bool SetValueB( string const keyname, string const valuename, bool const value, bool const create = true) {
+ return SetValueI( keyname, valuename, int(value), create);
+ }
+ bool SetValueF( string const keyname, string const valuename, double const value, bool const create = true);
+ bool SetValueV( string const keyname, string const valuename, char *format, ...);
+
+ // Deletes specified value.
+ // Returns true if value existed and deleted, false otherwise.
+ bool DeleteValue( string const keyname, string const valuename);
+
+ // Deletes specified key and all values contained within.
+ // Returns true if key existed and deleted, false otherwise.
+ bool DeleteKey(string keyname);
+
+ // Header comment functions.
+ // Header comments are those comments before the first key.
+ //
+ // Number of header comments.
+ unsigned NumHeaderComments() {return comments.size();}
+ // Add a header comment.
+ void HeaderComment( string const comment);
+ // Return a header comment.
+ string HeaderComment( unsigned const commentID) const;
+ // Delete a header comment.
+ bool DeleteHeaderComment( unsigned commentID);
+ // Delete all header comments.
+ void DeleteHeaderComments() {comments.clear();}
+
+ // Key comment functions.
+ // Key comments are those comments within a key. Any comments
+ // defined within value names will be added to this list. Therefore,
+ // these comments will be moved to the top of the key definition when
+ // the CIniFile::WriteFile() is called.
+ //
+ // Number of key comments.
+ unsigned NumKeyComments( unsigned const keyID) const;
+ unsigned NumKeyComments( string const keyname) const;
+ // Add a key comment.
+ bool KeyComment( unsigned const keyID, string const comment);
+ bool KeyComment( string const keyname, string const comment);
+ // Return a key comment.
+ string KeyComment( unsigned const keyID, unsigned const commentID) const;
+ string KeyComment( string const keyname, unsigned const commentID) const;
+ // Delete a key comment.
+ bool DeleteKeyComment( unsigned const keyID, unsigned const commentID);
+ bool DeleteKeyComment( string const keyname, unsigned const commentID);
+ // Delete all comments for a key.
+ bool DeleteKeyComments( unsigned const keyID);
+ bool DeleteKeyComments( string const keyname);
+};
+
+#endif
diff --git a/src/parsnp.cpp b/src/parsnp.cpp
new file mode 100755
index 0000000..794d26e
--- /dev/null
+++ b/src/parsnp.cpp
@@ -0,0 +1,3242 @@
+/////////////////////////////////////////
+// parsnp.cpp
+// main module for parsnp Aligner
+// takes a single configuration file as input, output is XMFA
+//
+// COPYRIGHT LICENSE
+//
+// Copyright (c) 2014, Battelle National Biodefense Institute (BNBI);
+// all rights reserved. Authored by: Todd J Treangen
+//
+// This Software was prepared for the Department of Homeland Security
+// (DHS) by the Battelle National Biodefense Institute, LLC (BNBI) as
+// part of contract HSHQDC-07-C-00020 to manage and operate the National
+// Biodefense Analysis and Countermeasures Center (NBACC), a Federally
+// Funded Research and Development Center.
+//
+// Redistribution and use in source and binary forms, with or without
+// modification, are permitted provided that the following conditions are
+// met:
+//
+// * Redistributions of source code must retain the above copyright
+// notice, this list of conditions and the following disclaimer.
+//
+// * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
+// notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
+// documentation and/or other materials provided with the distribution.
+//
+// * Neither the name of the Battelle National Biodefense Institute nor
+// the names of its contributors may be used to endorse or promote
+// products derived from this software without specific prior written
+// permission.
+//
+// THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
+// "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
+// LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
+// A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
+// HOLDER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
+// SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
+// LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
+// DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
+// THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
+// (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
+// OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
+//
+/////////////////////////////////////////
+
+// See the LICENSE file included with this software for license information.
+
+
+
+#include <cstdlib>
+#include <omp.h>
+#include <algorithm>
+#include "parsnp.hh"
+#include "ext/iniFile.h"
+#include "Converter.h"
+#include "MuscleInterface.h"
+
+#include <cstring>
+#include <cmath>
+#include <cstdlib>
+#include <time.h>
+#include <algorithm>
+#include <sstream>
+#include <iomanip>
+#include <map>
+#include <sstream>
+
+#define OMP_NUM_THREADS 36
+
+// }}}
+// {{{ extern C
+extern "C"
+{
+#include "csgmum/csg.c"
+#include "csgmum/mum.c"
+}
+// }}}
+
+typedef unsigned char uchar;
+
+
+// {{{ Aligner::Aligner()
+Aligner::Aligner()
+{
+}
+// }}}
+
+
+// {{{ Aligner::Aligner( vector<string> genomes, vector<string> files, int d, int q,
+Aligner::Aligner( vector<string>& genomes , vector<string>& files, int c, int d, int q, int p, string anchors, \
+ string mums, bool filter, vector<char *>& clustalparams,\
+ vector<string>& fasta, float factor ,bool harsh,vector<float>& gcCount,vector<float>& atCount, bool shustring, int doAlign, bool gridRun, int cores, bool extendmums,map<string, int>& header_to_index, vector < map<int,string> > & pos_to_header, vector<string>& headers, bool calc_mumi, float diag_diff, string prefix, string outdir, bool recomb_filter, bool doUnalign)
+: d(d), q(q),p(p)
+{
+
+
+ // {{{ variables
+ this->doUnalign = doUnalign;
+ this->diag_diff = diag_diff;
+ this->calc_mumi = calc_mumi;
+ this->hdr2idx = header_to_index;
+ this->recomb_filter = recomb_filter;
+ this->doAlign = doAlign;
+ this->gridRun = gridRun;
+ this->cores = cores;
+ this->outdir = outdir;
+ this->prefix = prefix;
+ this->extendmums = extendmums;
+ this->l = 0;
+ this->filtered = 0;
+ this->filtered_clusters = 0;
+ this->m0 = 0;
+ this->aligned = 0;
+ this->random = 0;
+ this->n = genomes.size();
+ this->shustring = shustring;
+ for( vector<string>::iterator it = genomes.begin(); it != genomes.end(); it++)
+ this->genomes.push_back(*it);
+ genomes.clear();
+ for( vector<string>::iterator it = files.begin(); it != files.end(); it++)
+ this->files.push_back(*it);
+ files.clear();
+ for( vector<char *>::iterator it = clustalparams.begin(); it != clustalparams.end(); it++)
+ this->clustalp.push_back(*it);
+ clustalparams.clear();
+ for( vector<string>::iterator it = fasta.begin(); it != fasta.end(); it++)
+ this->fasta.push_back(*it);
+ fasta.clear();
+ for( vector<string>::iterator it = headers.begin(); it != headers.end(); it++)
+ this->headers.push_back(*it);
+ headers.clear();
+ for( vector<float>::iterator it = gcCount.begin(); it != gcCount.end(); it++)
+ this->gcCount.push_back(*it);
+ gcCount.clear();
+ for( vector<float>::iterator it = atCount.begin(); it != atCount.end(); it++)
+ this->atCount.push_back(*it);
+ atCount.clear();
+ for( vector<map<int,string> >::iterator it = pos_to_header.begin(); it != pos_to_header.end(); it++)
+ this->pos2hdr.push_back(*it);
+ pos_to_header.clear();
+ this->filter = filter;
+ this->factor = factor;
+ this->harsh = harsh;
+ this->anchorTime = 0.0;
+ this->coarsenTime = 0.0;
+ this->randomTime = 0.0;
+ this->clustersTime = 0.0;
+ this->iclustersTime = 0.0;
+ this->c = c;
+ this->d = d;
+ this->q = q;
+ this->p = p;
+ this->minanchor = anchors;
+ this->minmum = mums;
+
+ // }}}
+}
+// }}}
+// {{{ Constructor Aligner::~Aligner()
+Aligner::~Aligner()
+{
+}
+
+/////////////////////////////////////////
+// Aligner::doWork
+// Recursive MUM search
+// Initial region is entire genome length unless partition length set. These initial MUMs are used as anchors for LCBS
+// Recursively searches in smaller regions until the min region size is hit
+// Final MUMs are used to anchor alignments within LCBs
+/////////////////////////////////////////
+bool Aligner::doWork(void)
+{
+
+ // {{{ variables
+ int minsize,ppmumcount;
+ vector<TMum> mums;
+ vector<TMum>::iterator it;
+ vector<TMum>::iterator mt;
+ vector<TRegion>::iterator rt;
+ vector<Cluster>::iterator ct;
+
+ TRegion currRegion, aRegion;
+ TRegion lRegion, rRegion;
+
+ // consider alternative using regions
+ vector<TRegion>::iterator front;
+
+ ppmumcount = 0;
+
+ while ( ! this->regions.empty() )
+ {
+ currRegion = this->regions.front();
+ this->regions.erase(this->regions.begin());
+ mums.clear();
+
+ this->setMums1(currRegion, mums, false, false);
+ ppmumcount++;
+ int mumcount = int(mums.size());
+ front = this->regions.begin();
+
+ bool adjacentLeft = false;
+ bool adjacentRight = false;
+ bool pushedBackLeft = false;
+ bool pushedBackRight = false;
+
+ // {{{ for (int i = 0; i < mumcount; i++)
+
+ for ( int i = 0; i < mumcount; i++)
+ {
+
+ adjacentLeft = true;
+ adjacentRight = true;
+ pushedBackLeft = false;
+ pushedBackRight = false;
+
+ // left
+ if ( i == 0 )
+ {
+ lRegion = this->determineRegion( mums.at(i), 1 );
+ adjacentLeft = true;
+ }
+
+ else if ( lRegion == rRegion )
+ {
+ adjacentLeft = true;
+ }
+
+ // right
+ rRegion = this->determineRegion( mums.at(i), 0 );
+
+ if ( lRegion.slength > this->q )
+ {
+ this->regions.push_back(lRegion);
+ pushedBackLeft = true;
+ }
+ if ( rRegion.slength > this->q )
+ {
+ this->regions.push_back(rRegion);
+ pushedBackRight = true;
+ }
+
+ if ( i+1 == mumcount )
+ adjacentRight = true;
+ else
+ {
+ // left of next mum
+ lRegion = this->determineRegion( mums.at(i+1), 1 );
+
+ if ( lRegion == rRegion )
+ {
+ adjacentRight = true;
+ }
+ }
+ if ( ! (adjacentLeft) && !( adjacentRight)&& 0 )
+ {
+ // mum not adjacent to either side
+ // if size is deemed to be small, consider random and delete
+ minsize = int(0.5*log10(double( mums.at(i).slength))/log10(2.0));
+ if ( mums.at(i).length <= minsize )
+ {
+
+ //update mum layout
+ for ( ssize k = 0; k < n; k++)
+ {
+ //punt last change here, <= to <
+ for ( int m = mums.at(i).start[k]; m < mums.at(i).end[k]; m++)
+ this->mumlayout[k][m] = 0;
+ }
+
+
+ i--;
+ //update mumcount
+ mumcount -=1;
+
+ //remove mum region
+ if ( pushedBackLeft )
+ this->regions.pop_back();
+ if ( pushedBackRight)
+ this->regions.pop_back();
+ }
+ }
+
+ else
+ this->mums.push_back(mums.at(i));
+
+ }
+ // }}}
+
+ if ( !(this->regions.empty()) )
+ sort ( this->regions.begin(), this->regions.end() );
+
+ ulong rsize = this->regions.size();
+ if ( rsize )
+ {
+ for ( ulong mregion = 0; mregion < rsize-1; mregion++)
+ {
+ if( this->regions.at(mregion) == this->regions.at(mregion+1))
+ {
+ this->regions.erase(this->regions.begin()+mregion);
+ mregion-=1;
+ rsize -=1;
+ }
+ }
+ }
+
+ }
+
+ // }}}
+
+ bool empty = true;
+ if (this->mums.empty() || this->mums.size() == 0 )
+ empty = false;
+ return ( empty );
+
+}
+// }}}
+
+/////////////////////////////////////////
+// Aligner::filterRandom1
+// Simple MUM filter
+// MUMs <= minsize and not collinear to adjacent MUMs are removed
+// helps filter out spurious matches
+/////////////////////////////////////////
+// {{{ void Aligner::filterRandom(int rvalue)
+void Aligner::filterRandom1(int rvalue )
+{
+ vector<long> start, end;
+ vector<TMum> mums;
+ TMum mt, nt, prev_mum;
+ string sOutput;
+ bool adjacentR = true;
+
+ sort( this->mums.begin(), this->mums.end());
+
+ ulong numums = this->mums.size();
+ for ( ulong msize = 0; msize < numums-1; msize++)
+ {
+
+ //for all clusters, select those that have size < minsize
+ // then check to see for those IF they have atleast 1 adjacent mum to them that is <= d
+ // if not, delete
+ adjacentR = true;
+ if(msize>0)
+ prev_mum = this->mums.at(msize-1);
+ mt = this->mums.at(msize);
+
+ if ( mt.length <= rvalue )
+ {
+ // nt = mt+1;
+ nt = this->mums.at(msize+1);
+ if ( nt.start.size() < this->n )
+ {
+ adjacentR = false;
+ //break;
+ }
+ if ( msize == this->mums.size() )
+ {
+ adjacentR = false;
+ //break;
+ }
+ if( adjacentR )
+ {
+ for ( int k = 0; k < this->n; k++)
+ {
+
+ if ( abs(nt.start.at(k)) - abs(mt.end.at(k)) < 0 || abs(nt.start.at(k)) - abs(mt.end.at(k)) > 5000 )
+ {
+ adjacentR = false;
+ break;
+ }
+ //for ( int m = mt->end.at(k)+1; m < mt->end.at(k)+1000; m++)
+ for ( int m = mt.end.at(k)+1; m < nt.start.at(k); m++)
+ {
+ if(this->mumlayout[k][m])
+ {
+ adjacentR = false;
+ break;
+ }
+ }
+ if ( msize != 0 )
+ {
+ if ( abs(mt.start.at(k)) - abs(prev_mum.end.at(k)) < 0 || abs(mt.start.at(k)) - abs(prev_mum.end.at(k)) > 5000 )
+ {
+ adjacentR = false;
+ break;
+ }
+ //for ( int m = mt->end.at(k)+1; m < mt->end.at(k)+1000; m++)
+ for ( int m = prev_mum.end.at(k)+1; m < mt.start.at(k); m++)
+ {
+ if(this->mumlayout[k][m])
+ {
+ adjacentR = false;
+ break;
+ }
+ }
+ }
+ if ( ! adjacentR )
+ break;
+ }
+ }
+ if ( ! adjacentR )
+ {
+ // mum is not adjacent to any other mum and has small size, delete
+ this->filtered+=1;
+ this->rndmums.push_back(mt);
+
+ for ( ssize k = 0; k < this->n; k++)
+ {
+ for ( int m = mt.start.at(k); m < mt.end.at(k); m++)
+ {
+ this->mumlayout[k][m] = 0;
+ }
+
+ }
+ this->mums.erase(this->mums.begin()+msize);
+
+ msize-=1;
+ numums-=1;
+
+ }
+ }
+ }
+}
+// }}}
+
+/////////////////////////////////////////
+// Aligner::filterRandomClustersSimple1
+// Simple LCB filter
+// Similar to MUM filter, but operates on LCBs
+/////////////////////////////////////////
+void Aligner::filterRandomClustersSimple1( void )
+{
+ vector<long> start, end;
+
+ Cluster ct;
+ string sOutput;
+ bool adjacentR = true;
+
+ sort( this->clusters.begin(), this->clusters.end());
+ TMum mt;
+ ulong nsize = 0;
+ ulong numclusters = this->clusters.size();
+
+ vector<long> clustersToDelete;
+ for ( ulong csize = 0; csize < numclusters-1; csize++)
+ {
+ if ( this->clusters.at(csize).length <= this->c )
+ {
+ this->filtered_clusters+=1;
+
+ this->rndclusters.push_back(this->clusters.at(csize));
+ ulong mumid = 0;
+ ulong numums = this->clusters.at(csize).mums.size();
+ for ( ulong msize = 0; msize < numums; msize++)
+ {
+
+ mt = this->clusters.at(csize).mums.at(msize);
+ this->filtered+=1;
+
+ this->rndmums.push_back(mt);
+
+ for ( ssize k = 0; k < this->n; k++)
+ {
+ for ( int m = mt.start.at(k); m < mt.end.at(k); m++)
+ {
+ this->mumlayout[k][m] = 0;
+ }
+
+ }
+ mumid = this->clusters.at(csize).mums.at(msize).getid();
+ ulong nummums = this->mums.size();
+ for ( ulong mmsize = 0; mmsize < nummums; mmsize++)
+ {
+ if( this->mums.at(mmsize).getid() == mumid )
+ {
+ this->mums.erase(this->mums.begin()+mmsize);
+ mmsize-=1;
+ nummums-=1;
+ if(mmsize < 0 )
+ mmsize = 0;
+ break;
+ }
+ }
+ }
+ this->clusters.erase(this->clusters.begin()+csize);
+ csize-=1;
+ if(csize < 0 )
+ csize = 0;
+ numclusters-=1;
+
+ }
+
+ }
+
+}
+/////////////////////////////////////////
+// Aligner::writeOutput
+// description: runs libMUSCLE on all LCBs and produces main output
+// input: prefix
+// output: XMFA file, alignment coverages per genome
+/////////////////////////////////////////
+// {{{ void Aligner::writeOutput(string psnp, vector<float>& coveragerow)
+void Aligner::writeOutput(string psnp,vector<float>& coveragerow)
+{
+
+ if (this->doAlign)
+ cerr << "Writing output files & aligning LCBs..." << endl;
+ //string psnp = "psnp";
+ string prefix = this->outdir;
+ prefix.append("/");
+
+
+ string test =this->outdir;
+ string lcbprefix = this->outdir;
+ string lcbdir = this->outdir;
+ test.append("/parsnpAligner.log");
+ lcbdir.append("/blocks/");
+ lcbprefix.append("/blocks/b");
+ try
+ {
+ ofstream testfile ( test.c_str() );
+ if (! testfile.good() )
+ throw "ParSNP:: output directory does not exist, creating...";
+ }
+ catch ( char const * str )
+ {
+ string command = "mkdir ";
+ command.append(this->outdir);
+ int result = system(command.c_str());
+ if ( result )
+ {
+ cerr << "ParSNP:: error creating output directory, exiting.." << endl;
+ exit(1);
+ }
+ }
+ if (this->recomb_filter)
+ {
+ string command = "mkdir ";
+ command.append(lcbdir);
+ int result = system(command.c_str());
+ }
+ string xmfasfile = prefix+ psnp + ".xmfa";
+ ofstream xmfafile ( xmfasfile.c_str());
+
+ string logfile = prefix+ psnp + ".log";
+ ofstream log ( logfile.c_str());
+
+ //determine the largest file
+ long largest = 0;
+ long cur = 0;
+ for ( ssize i = 0; i < this->n; i++)
+ {
+ cur = this->genomes[i].size();
+
+ if ( cur > largest )
+ largest = cur;
+ }
+
+ string s1;
+ long l1, l2;
+ uint cluster_number = 0;
+ vector<string> concatalign(this->n,"");
+ int chunk = 1;
+ int tt = 0;
+ int pfilenum = 0;
+ int filenum = 0;
+ char b[9];
+ int nnum = this->n;
+ int doalign = this->doAlign;
+ bool dounalign = this->doUnalign;
+ bool extendmums = this->extendmums;
+ vector<Cluster> allclusters = this->clusters;
+ vector<string> allgenomes = this->genomes;
+ vector<string> allfasta = this->fasta;
+ int total_clusters = 0;
+ map <string,int> hdr2idx = this->hdr2idx;
+ vector <map <int,string> > pos2hdr = this->pos2hdr;
+ for (int zz = 0; zz < allclusters.size(); zz++)
+ {
+ Cluster ct = allclusters.at(zz);
+ if(ct.type==1)
+ total_clusters++;
+ }
+ xmfafile << "#FormatVersion Parsnp v1.1" << endl;
+ xmfafile << "#SequenceCount " << nnum << endl;
+ for (int zz = 0; zz < nnum; zz++)
+ {
+ if ( 1)
+ {
+ xmfafile << "##SequenceIndex " << zz+1 << endl;
+ xmfafile << "##SequenceFile " << allfasta.at(zz) << endl;
+ xmfafile << "##SequenceHeader " << this->headers.at(zz) << endl;
+ xmfafile << "##SequenceLength " << this->genomes.at(zz).size() << "bp" << endl;
+ }
+ }
+ xmfafile << "#IntervalCount " << total_clusters << endl;
+
+ string mumfile2 = "allmums.out";
+ ofstream mumfile(mumfile2.c_str());
+ std::vector< vector<string> > tempalign2(allclusters.size(),std::vector<string>(nnum));//[allclusters.size()][nnum];
+ int numt = this->cores;
+ int z = 0;
+#pragma omp parallel num_threads(numt)
+ {
+#pragma omp for schedule(dynamic)
+ for ( z = 0; z < allclusters.size(); z++)
+ {
+ Cluster ct = allclusters.at(z);
+ if (ct.type == 1 && ct.mums.size() > 0 && doalign != 0)
+ {
+ for (ssize i = 0; i < nnum; i++)
+ {
+ tempalign2[z][i] = "";
+ }
+ if (recomb_filter)
+ {
+ char bb[9];
+ sprintf(bb,"%d",z+1);// C-style string formed without null
+
+ string lcbdir = lcbprefix + bb;
+ string lcbfile = lcbdir +"/"+"seq.fna";
+ if (1)
+ {
+ ofstream testfile ( lcbfile.c_str() );
+ if (! testfile.good() )
+ {
+ string command = "mkdir "+lcbdir;
+ int result = system(command.c_str());
+ if ( result )
+ {
+ cout << "ParSNP:: error creating LCB directory: " << lcbdir << endl;
+ exit(1);
+ }
+ }
+ testfile.close();
+ }
+ }
+ }
+ else
+ continue;
+ }
+ }
+
+#pragma omp parallel num_threads(numt) shared(tempalign2) private(pfilenum,b)
+ {
+#pragma omp for schedule(dynamic)//(static, 1)
+ for ( tt = 0; tt < allclusters.size(); tt++)
+ {
+ string s1;
+ long l1,l2;
+ Cluster ct = allclusters.at(tt);
+ if (ct.type == 1 && ct.mums.size() > 0 && doalign != 0 )
+ {
+ //pass
+ }
+ else
+ {
+ continue;
+ }
+
+ vector<string> tmpalign(nnum,"");
+
+ for ( vector<TMum>::iterator dt = ct.mums.begin(); dt != ct.mums.end(); dt++)
+ {
+ ::std::vector<string> regalign(nnum,"");
+ for (ssize i = 0; i < nnum; i++)
+ {
+ regalign[i] = "";
+ }
+ if (ct.mums.size() == 1 && ct.type)
+ {
+ vector<TMum>::iterator et = ct.mums.end()-1;
+ //only one MUM, alignment is done!
+ for ( ssize i = 0; i < nnum; i++)
+ {
+ if ( 1)
+ {
+ string s1;
+ if ( !ct.mums.at(0).isforward.at(i) )
+ {
+
+ string n1 = reversec(allgenomes[i].substr(dt->start.at(i),dt->length));
+ transform(n1.begin(), n1.end(), n1.begin(), ::tolower);
+ tempalign2[tt][i].append(n1);
+ }
+ else
+ {
+ string n1 = allgenomes[i].substr(dt->start.at(i),dt->length);
+ transform(n1.begin(),n1.end(), n1.begin(), ::tolower);
+ tempalign2[tt][i].append(n1);
+ }
+ }
+
+ //}
+ }
+ //cout << endl;
+ }
+ // }
+ //}
+ else if ( dt+1 != ct.mums.end() )
+ {
+
+ for ( ssize i = 0; i < nnum; i++)
+ {
+ if (1)
+ {
+ if ( !ct.mums.at(0).isforward.at(i) )
+ {
+ if (i == 0)
+ {
+ cout << "Error!! MUM in - orientation for ref genome**" << endl;
+ }
+ if ( ct.type)
+ {
+
+ string n1 = reversec(allgenomes[i].substr(dt->start.at(i),dt->length));
+ transform(n1.begin(), n1.end(), n1.begin(), ::tolower);
+ tempalign2[tt][i].append(n1);
+
+ if (dt->start.at(i)-(dt+1)->end.at(i) >= 1)
+ {
+ s1 = reversec(allgenomes[i].substr((dt+1)->end.at(i),(dt->start.at(i)-(dt+1)->end.at(i))));
+ if (s1.size() >= 1)
+ {
+ transform(s1.begin(), s1.end(), s1.begin(), ::toupper);
+ regalign[i] = s1;
+ }
+ else
+ {
+ regalign[i] = "";
+ }
+ }
+ else
+ {
+ regalign[i] = "";
+ }
+ //}
+ }
+ }
+ else
+ {
+ if (ct.type)
+ {
+ string n1 = allgenomes[i].substr(dt->start.at(i),dt->length);
+ transform(n1.begin(), n1.end(), n1.begin(), ::tolower);
+ tempalign2[tt][i].append(n1);
+ string s1 = allgenomes[i].substr(dt->end.at(i),((dt+1)->start.at(i) - dt->end.at(i)));
+ if (s1.size() >= 1)
+ {
+ transform(s1.begin(), s1.end(), s1.begin(), ::toupper);
+ regalign[i] = s1;
+ }
+ else
+ {
+ regalign[i] = "";
+ }
+ }
+ }
+ }
+ }
+
+ } //END if dt+1 != ct->mums.end
+
+ uint max_length_region = 0;
+ uint min_length_region = 1000000;
+ vector<bool> skipped(nnum,0);
+ uint total_skipped = 0;
+ if (ct.type && dt+1 != ct.mums.end() && doalign)
+ {
+ vector<string> seq2aln;
+
+ for (ssize k = 0; k < nnum; k++)
+ {
+
+ seq2aln.push_back("");
+ if ( 1)
+ {
+ if (regalign[k].size() > max_length_region)
+ {
+ max_length_region = regalign[k].size();
+ }
+ if (regalign[k].size() < min_length_region)
+ {
+ min_length_region = regalign[k].size();
+ }
+ }
+ }
+ if (max_length_region>1 and min_length_region >0)
+ {
+ for ( ssize w = 0; w < nnum; w++)
+ {
+ if ( 1)
+ {
+ int width = 80;
+ ssize t = 0;
+ string s1 = regalign[w];
+
+ if (s1.size() == 0)
+ {
+ seq2aln[w] = "N";
+ }
+ else
+ {
+ seq2aln[w] = s1;
+ for( t = 0; t+width < s1.size();)
+ {
+ t+= width;
+ }
+
+ }
+ }
+ }
+ if (total_skipped >= nnum-1)
+ {
+ for ( ssize j = 0; j < nnum; j++)
+ {
+
+ if (1)
+ {
+ if (skipped.at(j))
+ {
+ string ss(max_length_region,'-');
+ tempalign2[tt][j].append(ss);
+ }
+ else
+ {
+ tempalign2[tt][j].append(regalign[j]);
+ }
+ }
+ // }
+ }
+ }
+ else
+ {
+
+ vector<string> alignment_result;
+ bool ok = true;
+ if (seq2aln.size() > 1)
+ {
+ for (int eze = 0; eze < seq2aln.size(); eze++)
+ {
+ if (seq2aln[eze].size() < 1 || seq2aln[eze] == "")
+ {
+ ok = false;
+ break;
+ }
+ }
+ if (ok)
+ {
+
+ bool align_success = false;
+ MuscleInterface gmi = MuscleInterface();
+ align_success = gmi.CallMuscleFast(alignment_result,seq2aln);
+
+ }
+ }
+
+ for (int izi =0; izi < alignment_result.size(); izi++)
+ {
+ tempalign2[tt][izi].append(alignment_result[izi]);
+ }
+ }
+ }
+ else if (max_length_region>0 and min_length_region >=0)
+ {
+ for ( ssize p = 0; p < nnum; p++)
+ {
+ if ( 1)
+ {
+ if (regalign[p].size() > 0)
+ {
+ transform(regalign[p].begin(),regalign[p].end(), regalign[p].begin(), ::toupper);
+ tempalign2[tt][p].append(regalign[p]);
+ }
+ if (regalign[p].size() < max_length_region)
+ {
+ int gap_len = max_length_region - regalign[p].size();
+ for (int ize = 0; ize < gap_len; ize++)
+ {
+ tempalign2[tt][p].append("-");
+ }
+ }
+ }
+ //}
+ }
+ }
+ } // END if (ct->type)
+ if (dt+1 == ct.mums.end() && ct.mums.size() > 1 && ct.type)
+ {
+ //add last MUM!
+ //vector<TMum>::iterator et = ct->mums.end()-1;
+ //only one MUM, alignment is done!
+ for ( ssize i = 0; i < nnum; i++)
+ {
+ if ( 1)
+ {
+
+ if ( !ct.mums.at(0).isforward.at(i) )
+ {
+ string n1 = reversec(allgenomes[i].substr(dt->start.at(i),dt->length));
+ transform(n1.begin(),n1.end(), n1.begin(), ::tolower);
+ tempalign2[tt][i].append(n1);
+ }
+ else
+ {
+ string n1 = allgenomes[i].substr(dt->start.at(i),dt->length);
+ transform(n1.begin(),n1.end(), n1.begin(), ::tolower);
+ tempalign2[tt][i].append(n1);
+ }
+ }
+ //}
+ }
+ }
+ }// END for ( vector<TMum>::iterator dt = ct->mums.begin(); dt != ct->mums.end(); dt++)
+
+ }// end for ( vector<Cluster>::iterator ct = this->clusters.begin(); ct != this->clusters.end(); ct++)
+ }
+
+ for ( ssize z = 0; z < allclusters.size(); z++)
+ {
+ Cluster ct = allclusters.at(z);
+ if (ct.type == 1 && ct.mums.size() > 0 && doalign != 0 && tempalign2[z][0].size() > (this->c * 1))
+ {
+ sprintf(b,"%d",(int)z+1);// C-style string formed without null
+ ofstream clcbfile;
+ if (recomb_filter)
+ {
+ string lcbdir = lcbprefix + b;
+ string lcbfile = lcbdir +"/"+"seq.fna";
+ clcbfile.open( lcbfile.c_str());
+ }
+ for ( ssize i = 0; i < nnum; i++)
+ {
+ if ( 1)
+ {
+ int width = 80;
+
+ ssize k = 0;
+ string s1s = tempalign2[z][i];
+ concatalign.at(i) += s1s;
+ while ( s1s.find('\n') != string::npos )
+ {
+ s1s.erase( s1s.find('\n'), s1s.find('\n')+1 );
+ }
+
+ if ( ct.mums.at(0).isforward.at(i) )
+ {
+ xmfafile << ">" << i+1 << ":" << ct.start.at(i) << "-" << ct.end.at(i)-1 << " ";
+ if (recomb_filter)
+ {
+ clcbfile << ">" << i+1 << ":" << ct.start.at(i) << "-" << ct.end.at(i)-1 << " ";
+ }
+ }
+ else
+ {
+ xmfafile << ">" << i+1 << ":" << ct.mums.back().start.at(i) << "-" << ct.mums.front().end.at(i)-1 << " ";
+ if (recomb_filter)
+ {
+ clcbfile << ">" << i+1 << ":" << ct.mums.back().start.at(i) << "-" << ct.mums.front().end.at(i)-1 << " ";
+ }
+ }
+ bool hit1 = false;
+ bool hit2 = false;
+ string hdr1 = "";
+ string lasthdr1 = "";
+ int seqstart = 0;
+ int laststart = 0;
+ for(map<int,string>::iterator ctt = pos2hdr[i].begin(); ctt != pos2hdr[i].end(); ctt++)
+ {
+ if (hit1 && (ct.start.at(i) < (*ctt).first))
+ {
+ hit2 = true;
+ hdr1 = lasthdr1;//(*ctt).second;
+ seqstart = laststart;//(*ctt).first;
+ break;
+ }
+ else if (ct.start.at(i) >= (*ctt).first && !hit2)
+ {
+ hit1 = true;
+ laststart = (*ctt).first;
+ lasthdr1 = (*ctt).second;
+ continue;
+ }
+ else if (hit1 & hit2)
+ {
+ hdr1 = lasthdr1;
+ seqstart = laststart;
+ break;
+ }
+
+ }
+ if (hit1 && !hit2)
+ {
+ hdr1 = lasthdr1;
+ seqstart = laststart;
+ }
+ if ( !ct.mums.at(0).isforward.at(i) )
+ {
+ xmfafile << "- cluster" << b << " " << hdr1 << ":p" << (ct.start.at(i)-seqstart)+1 << endl;
+ if(recomb_filter)
+ {
+ clcbfile << "- cluster" << b << " " << hdr1 << ":p" << (ct.start.at(i)-seqstart)+1 << endl;
+ }
+ }
+ else
+ {
+ xmfafile << "+ cluster" << b << " " << hdr1 << ":p" << (ct.start.at(i)-seqstart)+1 << endl;
+ if(recomb_filter)
+ {
+ clcbfile << "+ cluster" << b << " " << hdr1 << ":p" << (ct.start.at(i)-seqstart)+1 << endl;
+ }
+ }
+ for( k = 0; k+width < s1s.size();)
+ {
+ if(recomb_filter)
+ {
+ clcbfile << s1s.substr(k,width) << endl;
+ }
+ xmfafile << s1s.substr(k,width) << endl;
+ k+= width;
+ }
+ if (recomb_filter)
+ {
+ clcbfile << s1s.substr(k,s1s.size()-k) << endl;
+ }
+ xmfafile << s1s.substr(k,s1s.size()-k) << endl;
+ }
+ }
+ xmfafile << "=" << endl;
+ }
+ else
+ continue;
+ }
+
+
+ float percent;
+ //cout << this->aligned << " " << this->genomes.at(0).size() << endl;
+
+ log << "Number of sequences analyzed:" << setiosflags(ios::fixed) << setprecision(1) << setw(10) << this->n << endl << endl;
+ for ( ssize i = 0; i < this->n; i ++)
+ {
+ if ( 1)
+ {
+ log << "Sequence "<< i+1 << " : " << this->files.at(i) << endl;
+ log << this->fasta.at(i) << endl;
+ log << "Length:"<< setw(10) << this->genomes.at(i).size() << " bps" <<endl;
+ log << " GC:"<< setw(10) << setiosflags(ios::fixed) << setprecision(1) << this->gcCount.at(i) << endl;
+ log << " AT:"<< setw(10) << setiosflags(ios::fixed) << setprecision(1) << this->atCount.at(i) << endl;
+ }
+ }
+
+ log << setw(2) << setiosflags(ios::left) << "d value: " << setw(2) << this->d << endl;
+ log << setw(2) << "q value: " << setw(2) << this->q << endl << endl;
+ log << setw(2) << "Mum anchor size: " << setw(2) << this->l << endl;
+ log << setw(2) <<"Number of MUM anchors found: "<< setw(2) << this->m0 << endl;
+ if((this->mums.size()+this->filtered)>=this->m0)
+ log << setw(2) << "Number of MUMs found: " << setw(2) << (this->mums.size()+this->filtered)-(this->m0) << endl;
+ else
+ log << setw(2) << "Number of MUMs found: " << setw(2) << 0 << endl;
+ log << setw(2) << "Total MUMs found((Anchors+MUMs)-filtered): " << setw(2) <<this->mums.size() << endl << endl;
+ log << setw(2) << "Random MUM length: "<< setw(2) << this->random << endl;
+ log << setw(2) << "Minimum Cluster length: "<< setw(2) << this->c << endl;
+ log << setw(2) << "Number of MUMs filtered: "<< setw(2) << this->filtered << endl;
+ log << setw(2) << "Number of Clusters filtered: "<< setw(2) << this->filtered_clusters << endl << endl;
+
+
+ percent = (float)(this->aligned)/(float)(this->genomes.at(0).size());
+ //count number of actual clusters
+ long ccount = 0;
+ for(vector<Cluster>::iterator ct = this->clusters.begin(); ct != this->clusters.end(); ct++)
+ {
+ if (ct->type && ct->mums.size()>0)
+ ccount++;
+
+
+ }
+ log << setw(2) << "Number of clusters created: "<< setw(2) << ccount << endl;
+ if( this->clusters.size() == 0)
+ log << setw(2) << "Number of clusters created: " << setw(2) << "NONE" << endl;
+ log << setw(2) << "Average number of MUMs per cluster: "<< setw(2) << this->mums.size()/ccount << endl;
+
+
+ long avg = 0;
+ vector<long> coverage;
+ long totcoverage =0;
+ long totsize = 0;
+
+
+ for ( ssize i = 0; i < n; i ++ )
+ {
+ coverage.push_back(0);
+ }
+
+
+ for ( ssize i = 0; i < n; i ++ )
+ {
+ if ( 1)
+ {
+ for ( vector<Cluster>::iterator ct = this->clusters.begin(); ct != this->clusters.end(); ct++)
+ {
+ if (!ct->type || ct->mums.size()<=0)
+ continue;
+
+ if(ct->mums.at(0).isforward.at(i))
+ {
+ coverage.at(i) += abs((ct->mums.back().start.at(i)+ct->mums.back().length)-ct->mums.front().start.at(i));
+ if (i == 0)
+ {
+ avg += abs((ct->mums.back().start.at(i)+ct->mums.back().length)-ct->mums.front().start.at(i));
+ }
+ }
+ else
+ {
+ coverage.at(i) += abs((ct->mums.front().start.at(i)+ct->mums.front().length)-ct->mums.back().start.at(i));
+ if (i == 0)
+ {
+ avg += abs((ct->mums.front().start.at(i)+ct->mums.front().length)-ct->mums.back().start.at(i));
+ }
+ }
+
+ }
+ }
+ }
+
+ log << setw(2) << "Average cluster length: "<< avg/ccount << " bps" << endl;
+ for ( ssize i = 0; i < n; i ++ )
+ {
+ if (1)
+ {
+ percent = (float)coverage.at(i)/((float)this->gcCount.at(i)+(float)this->atCount.at(i));
+ log << setw(2) << "Cluster coverage in sequence " << i+1 << ": " << setiosflags(ios::fixed) << setprecision(1) << 100.00 * percent << "%" << endl;
+ totcoverage += coverage.at(i);
+ totsize += this->genomes.at(i).size();
+ }
+ }
+ percent = (float)totcoverage/(float)totsize;
+ log << setw(2) << "Total coverage among all sequences: " << setiosflags(ios::fixed) << setprecision(1) << 100.00 * percent << "%" << endl << endl;
+ log << setw(2) << " MUM anchor search elapsed time: " << this->anchorTime << "s " << endl;
+ log << setw(2) << " MUM coarsening elapsed time: " << this->coarsenTime << "s " << endl;
+ if( this->filter )
+ log << setw(2) << " MUM filtering elapsed time: " << this->randomTime << "s " << endl;
+ log << setw(2) << " MUM clustering elapsed time: " << this->clustersTime << "s " << endl;
+ log << setw(2) << " Inter-clustering elapsed time: " << this->iclustersTime << "s " << endl;
+ log << setw(2) << " Total running time: " << this->anchorTime + this->coarsenTime+this->randomTime+this->clustersTime + this->iclustersTime << "s " << endl;
+ this->coverage.push_back(100.00 * percent);
+ coveragerow.push_back(100.00 * percent);
+ log.close();
+}
+// }}}
+// {{{ TRegion Aligner::determineRegion( Clustet c1, bool LEFT)
+
+/////////////////////////////////////////
+// Aligner::determineRegion
+// Identify collinear regions to the left & right of initial LCB
+/////////////////////////////////////////
+TRegion Aligner::determineRegion( Cluster c1, bool LEFT )
+{
+
+ int mumfound = 0;
+ long currpos = 0;
+ vector<long> start;
+ vector<long> end;
+ vector<string> bps;
+
+ // calculate leftmost positions
+ if ( LEFT )
+ {
+ for( ssize i = 0; i < this->n; i++)
+ {
+
+ if (1)
+ {
+ mumfound = 0;
+ currpos = c1.start[i];
+ while ( ! mumfound )
+ {
+ currpos -= 1;
+ // no mums found, at beginning of genome
+ if ( currpos < 0 )
+ {
+ mumfound = 1;
+ currpos = 0;
+ }
+ else
+ mumfound = this->mumlayout[i][currpos];
+ }
+ start.push_back(currpos+1);
+ end.push_back(c1.start[i]-1);
+ }
+ else
+ {
+ start.push_back(c1.start[i]+1);
+ end.push_back(c1.start[i]-1);
+ }
+ }
+
+ TRegion r(start, end );
+ start.clear();
+ end.clear();
+
+ return r;
+
+ }
+ else
+ {
+ // calculate rightmost positions
+ for( ssize i = 0; i < this->n; i++)
+ {
+ if ( 1)
+ {
+ mumfound = 0;
+ currpos = c1.end[i];
+ while ( ! mumfound )
+ {
+ currpos += 1;
+ // no mums found, at end of genome
+ if ( currpos >= long(genomes.at(i).size()) )
+ {
+ mumfound = 1;
+ }
+ else
+ mumfound = this->mumlayout[i][currpos];
+ }
+ start.push_back(c1.end[i]+1);
+ end.push_back(currpos-1);
+ }
+ else
+ {
+ start.push_back(c1.end[i]+1);
+ end.push_back(genomes.at(i).size()-1);
+ }
+ if ( currpos > c1.end[i]+1 )
+ {
+ //pass
+ }
+ }
+
+ TRegion r(start, end );
+ start.clear();
+ end.clear();
+ return r;
+ }
+
+ //return r;
+ // if no mums found between this cluster and any adjacent
+ //return mumfound;
+}
+
+// }}}
+
+string Aligner::reversec( string seq )
+{
+ //test
+ string genome;
+ for( string::iterator start = seq.begin(); start != seq.end(); start++ )
+ {
+ switch(toupper(*start))
+ {
+
+ case 'A':
+
+ genome.append("T");
+ break;
+ case 'G':
+
+ genome.append("C");
+ break;
+ case 'C':
+
+ genome.append("G");
+ break;
+ case 'T':
+
+ genome.append("A");
+ break;
+
+ case 'N':
+ genome.append("N");
+ break;
+ case '$':
+ genome.append("N");
+ break;
+
+ case 'n':
+ genome.append("N");//
+ break;
+ case 'x':
+ genome.append("N");//
+ break;
+ case 'X':
+ genome.append("N");//
+ break;
+ case 'Y':
+ genome.append("N");//
+ break;
+ case 'R':
+ genome.append("N");//
+ break;
+ case 'W':
+ genome.append("N");//
+ break;
+ case 'S':
+ genome.append("N");//
+ break;
+ case 'K':
+ genome.append("N");//
+ break;
+ case 'V':
+ genome.append("N");//
+ break;
+ case 'H':
+ genome.append("N");//
+ break;
+ case 'D':
+ genome.append("N");//
+ break;
+ case 'B':
+ genome.append("N");//
+ break;
+ case 'M':
+ genome.append("N");//
+ break;
+ case 'U':
+ genome.append("T");//
+ break;
+ case '\r':
+ break;
+ case '\n':
+ break;
+ case '\t':
+ break;
+ case ' ':
+ break;
+ case '>':
+ break;
+ case '.':
+ break;
+
+ default:
+ genome.append("N");
+ continue;
+ }
+
+ }
+ // }}}
+
+
+ std::reverse(genome.begin(),genome.end());
+ return genome;
+}
+
+/////////////////////////////////////////
+// Aligner::trim
+// Trim MUM overlaps
+/////////////////////////////////////////
+void Aligner::trim( TMum& mum )
+{
+
+ for (ssize j = 0; j < this->n; j++)
+ {
+ if ( 1)
+ {
+ if ( mum.isforward.at(j) || 1 )
+ {
+ //punt last change <= to <
+ for ( long m = mum.start.at(j); m < mum.end.at(j); m++)
+ {
+ //remove overlaps, if existing mum overlaps with current mum, trim
+ if (this->mumlayout[j][m] != 0)
+ {
+ mum.trimleft();
+
+ }
+ else
+ {
+ //cant trim mum in middle, try from right
+ break;
+ }
+ }
+ }
+ else
+ {
+ // punt last change none to -1
+ for ( long m = mum.end.at(j)-1; m >= mum.start.at(j); m--)
+ {
+ //remove overlaps, if existing mum overlaps with current mum, trim
+ if (this->mumlayout[j][m] != 0)
+ {
+ mum.trimright();
+ }
+ else
+ {
+ //cant trim mum any further
+ break;
+ }
+ }
+ }
+ if ( mum.isforward.at(j) || 1 )
+ {
+ for ( long m = mum.end.at(j)-1; m >= mum.start.at(j); m--)
+ {
+ //remove overlaps, if existing mum overlaps with current mum, trim
+ if (this->mumlayout[j][m] != 0)
+ {
+ mum.trimright();
+ }
+ else
+ {
+ //cant trim mum any further
+ break;
+ }
+ }
+ }
+ else
+ {
+ for ( long m = mum.start.at(j); m < mum.end.at(j); m++)
+ {
+ //remove overlaps, if existing mum overlaps with current mum, trim
+ if (this->mumlayout[j][m] != 0)
+ {
+ mum.trimleft();
+ }
+ else
+ {
+ //cant trim mum any further
+ break;
+
+ }
+ }
+ }
+ }
+ }
+
+}
+/////////////////////////////////////////
+// Aligner::setMums1
+// description: For a given region r1, build CSG and identify MUMs
+// input: region r1, bool anchors, bool first
+// output: a list o MUMs
+/////////////////////////////////////////
+void Aligner::setMums1(TRegion r1, vector<TMum>& mums, bool anchors = true, bool first = false)
+{
+ vector<long> mumdata;
+ ssize p = 0;
+ ssize j = 0;
+ float limit = 0;
+ int minsize =0;
+ vector<string> bps;
+ string tbps;
+ ulong num_mums = 0;
+ SP *SPF,*SPR;
+ UM *Master, *MasterRC, *Pair, *PairRC;
+ bool extendmums = this->extendmums;
+ string sOutput;
+ bool firstrun = true;
+
+ // the minsize applies to the genome region with the longest length
+ // so that minsize has statistical importance w.r.t llength
+ if (anchors)
+ {
+ Converter(this->minanchor,sOutput,80);
+ limit = Calculator(sOutput,sOutput.length(),r1.slength);
+ minsize = int(ceil(limit));
+ this->l = minsize;
+ }
+ else
+ {
+ Converter(this->minmum,sOutput,80);
+ limit = Calculator(sOutput,sOutput.length(),r1.slength);
+ minsize = int(ceil(limit));
+ }
+
+ IRegion* rs = new IRegion[this->n];
+
+ //record current position
+ ssize partpos = 0;
+ if ( this->p > r1.length.at(0) )
+ p = r1.length.at(0);
+ else
+ p = this->p;
+
+ while ( partpos < (ssize)r1.length.at(0) )
+ {
+ if ( partpos + p > (ssize)r1.length.at(0) )
+ {
+
+ p = r1.length.at(0)-partpos;
+
+ if ( p < 50 )
+ {
+ p = 50+p;
+ partpos = partpos -50;
+ //}
+ }
+ }
+
+ rs[0].sequence = (char *)calloc( p+10, sizeof(char));
+ rs[0].rc = (char *)calloc( p+10, sizeof(char));
+ strcpy(rs[0].sequence,(char *)this->genomes.at(0).substr(r1.start.at(0) + partpos,p).append(1,(char)5).c_str());
+ strcpy(rs[0].rc, (char *)reversec(this->genomes.at(0).substr(r1.start.at(0) + partpos,p)).append(1,(char)5).c_str());
+
+ rs[0].len_region = p;
+ rs[0].ini_region = r1.start.at(0)+partpos;
+ partpos += p;
+
+ if ( firstrun )
+ {
+ for ( ssize a = 1; a < this->n; a++)
+ {
+ rs[a].sequence = (char *)calloc( r1.length.at(a)+10, sizeof(char));
+ rs[a].rc = (char *)calloc( r1.length.at(a)+10, sizeof(char));
+ strcpy(rs[a].sequence,(char *)this->genomes.at(a).substr(r1.start.at(a),r1.length.at(a)).append(1,(char)5).c_str());
+
+ strcpy(rs[a].rc,(char *)reversec(this->genomes.at(a).substr(r1.start.at(a),r1.length.at(a))).append(1,(char)5).c_str());
+ rs[a].len_region = r1.length.at(a);
+ rs[a].ini_region = r1.start.at(a);
+ }
+ }
+
+ CSG * csg = 0;
+ time_t start,end;
+ double dif = 0;
+ time ( &start);
+
+ if(anchors)
+ cerr << endl << " Constructing compressed suffix graph...\n";
+ csg = new_CSG(csg,int(factor)*rs[0].len_region,rs[0].sequence,rs[0].len_region,0);
+ build_CSG(csg, rs[0].sequence, rs[0].len_region, 0);
+ find_leaves(csg);
+
+ time ( &end);
+ dif = difftime(end,start);
+ if(anchors)
+ printf(" compressed suffix graph construction elapsed time: %.0lf seconds\n\n",dif);
+
+ Master = new UM[rs[0].len_region];
+ MasterRC = new UM[rs[0].len_region];
+ Pair = new UM[rs[0].len_region];
+ PairRC = new UM[rs[0].len_region];
+ SPF = new SP[this->n-1];
+ SPR = new SP[this->n-1];
+
+
+ time ( &start);
+ if(anchors)
+ cerr << " Performing initial search for exact matches in the sequences...\n";
+
+ for (int i = 0; i < int(rs[0].len_region); i++)
+ {
+ Pair[i].UP = Pair[i].EP = Master[i].UP = 0;
+ PairRC[i].UP = PairRC[i].EP = 0;
+ Master[i].EP = rs[0].len_region;
+ MasterRC[i].EP = rs[0].len_region;
+ }
+ ulong *tempMSP;
+ tempMSP = new ulong[rs[0].len_region];
+ for (ssize i = 0; i < this->n-1; i++)
+ {
+
+ SPF[i].MSP = new ulong[rs[0].len_region];
+ SPR[i].MSP = new ulong[2];
+ SPF[i].forward = new char[rs[0].len_region];
+ SPR[i].forward = new char[rs[0].len_region];
+ for ( j = 0; j < rs[0].len_region;j++)
+ {
+ SPF[i].forward[j] = (char)1;
+ SPR[i].forward[j] = (char)0;
+ tempMSP[j] = 0;
+ }
+
+ Find_UM(csg, rs[i+1].sequence, SPF[i].MSP, Pair);
+ Find_UM(csg, rs[i+1].rc, tempMSP, PairRC);
+ Intersect_UM(csg, Master, Pair, rs[0].len_region, SPF[i].MSP);
+ Intersect_UM(csg, MasterRC, PairRC, rs[0].len_region, tempMSP);
+ Merge_Master( Master, MasterRC, rs[0].len_region, rs[i+1].len_region, SPF, SPR, tempMSP,i);
+ }
+
+ vector<Mum> list_mums;
+ vector<Mum> list_shus;
+ num_mums = 0;
+ int M_EP = 0;
+ int M_UP = 0;
+ int next_UP = 0,next_EP=0;
+ int M_LON = 0;
+ int curr_EP = 1, curr_UP = 0;
+ //int S_EP = 0;
+ int k_SP = 0;
+ int smallest_shu = rs[0].len_region;
+
+ for ( ssize k = 0; k < rs[0].len_region; k++)
+ {
+
+
+ //SP can be >= when in UM part of MUM
+ //SP--UP--------EP
+ // SP-UP--------EP
+ // SPUP--------EP
+ // ...
+ //need to compare with next UP, not previous(M_UP)
+ if ( k < rs[0].len_region -1 )
+ {
+ next_UP = Master[k+1].UP;
+ next_EP = Master[k+1].EP;
+ }
+ else
+ {
+ next_EP = k + 1+rs[0].len_region;
+ next_UP = k + 1+rs[0].len_region;
+ }
+
+ curr_EP = Master[k].EP;
+ curr_UP = Master[k].UP;
+ k_SP = k;
+ if ((Master[k].EP > M_EP) && (Master[k].UP < Master[k].EP))
+ {
+
+ M_EP = Master[k].EP;
+
+ M_LON = M_EP-k;
+ if (M_LON >= minsize)
+ {
+ Mum tmum;
+ tmum.forward = (char *)malloc(sizeof(char) * this->n);
+ tmum.DSP = (ulong *)malloc(sizeof(ulong) * this->n);
+ tmum.forward[0] = 1;
+
+ if ( tmum.forward[0] )
+ tmum.DSP[0] = k + 1 + rs[0].ini_region;
+ else
+ tmum.DSP[0] = (k + 1 + rs[0].ini_region);
+
+
+ for (ssize j = 1; j < this->n; j++)
+ {
+ tmum.forward[j] = SPF[j-1].forward[k];
+
+ if ( tmum.forward[j] )
+ tmum.DSP[j] = SPF[j-1].MSP[k] + 1 + rs[j].ini_region;
+ else
+ {
+ tmum.DSP[j] = SPF[j-1].MSP[k] + 1 + rs[j].ini_region;
+ }
+ }
+ tmum.LON = M_LON;
+ num_mums++;
+
+ list_mums.push_back(tmum);
+ }
+ }
+ M_UP = Master[k].UP;
+ M_EP = Master[k].EP;
+ }
+
+
+ delete[] Master;
+ delete [] MasterRC;
+ delete[] Pair;
+ for ( ssize i = 0; i < this->n-1; i++)
+ {
+ delete SPF[i].MSP;
+ delete SPR[i].MSP;
+ delete SPF[i].forward;
+ delete SPR[i].forward;
+ }
+ delete [] tempMSP;
+ delete [] SPF;
+ delete [] SPR;
+
+
+ if (1)
+ {
+ vector<TMum> unext_mums;
+ vector<TMum> unext_mums2;
+ for (unsigned int i = 0; i < num_mums; i++)
+ {
+ vector<long> startpos;
+ bool badmum = false;
+ for (j = 0; j < this->n; j++)
+ {
+ if ( (list_mums[i].DSP[j]-r1.start.at(j) > (unsigned int)r1.length[j] ) )
+ {
+ badmum = true;
+ }
+ else if(0)
+ {
+ //existing mum with this startpos, dont add this mum
+ //since this mum is either not unique or not maximal
+ badmum = true;
+ }
+ else
+ {
+ //check again to see if this mum is not maximal
+ int start = 0;
+ bool maximal = false;
+
+ for ( ssize k = n-1; k < n; k++)
+ {
+ start = this->mumlayout[j][list_mums[i].DSP[j]-1];
+ for ( unsigned int m = list_mums[i].DSP[j]-1; m <= list_mums[i].DSP[j]-1+list_mums[i].LON; m++)
+ {
+ if (this->mumlayout[j][m] != start || this->mumlayout[j][m] == 0 || 1)
+ {
+ maximal = true;
+ break;
+ }
+ }
+ if ( maximal )
+ {
+ //for the current sequence this mum is maximal, continue
+ maximal = false;
+ }
+ else
+ {
+ //else this mum is non-maximal, consider it a bad mum and exit loop
+ badmum = true;
+
+ break;
+ }
+ }
+
+ }
+ startpos.push_back(list_mums[i].DSP[j]-1);
+ }
+ if ( badmum )
+ continue;
+ else
+ {
+
+ vector<int> isforward;
+ for ( int t = 0 ; t < this->n; t++)
+ {
+ isforward.push_back(list_mums[i].forward[t]);
+ }
+ bool ok = 1;
+ int extend_window = 3*list_mums[i].LON;
+ TMum mum(startpos,list_mums[i].LON,isforward,this->genomes,ok );
+
+ if ( !ok || mum.length < 5)
+ continue;
+
+ trim(mum);
+
+ if ( mum.length < 2 || mum.start.size() <= 1)
+ {
+ continue;
+ }
+
+ string prevs1 = genomes[0].substr(mum.start.at(0),mum.length);
+ if (!mum.isforward.at(0))
+ {
+
+ continue;
+ }
+ string s1;
+ long l1, l2;
+ badmum = false;
+ for ( int k = 0; k < this->n; k++)
+ {
+ l1 = mum.start.at(k);
+ if ( !mum.isforward.at(k) && 0 )
+ {
+ l1-=1;
+ }
+ l2 = mum.length;
+ s1 = genomes[k].substr(l1, l2);
+
+
+ if ( !mum.isforward.at(k) )
+ {
+ s1 = reversec(s1);
+ if ( prevs1 != s1 )
+ {
+ badmum = true;
+ }
+ }
+ if ( badmum )
+ break;
+
+
+ }
+ if ( badmum && 1)
+ continue;
+
+ for ( ssize k = 0; k < n; k++)
+ {
+ for ( int m = mum.start[k]; m < mum.end[k]; m++)
+ this->mumlayout[k][m] =1;//+= 1;
+ }
+
+ mum.slength = r1.slength;
+
+ for( int l = 0; l < 1; l++)
+ {
+ mums.push_back(mum);
+ }
+
+ }
+ }
+ }
+
+ firstrun = false;
+ time ( &end);
+ dif = difftime(end,start);
+ if(anchors)
+ printf(" MUM anchor search elapsed time: %.0lf seconds\n\n",dif);
+ free_CSG(csg);
+
+ }
+ //} //end omp parallel for on partpos
+
+ for ( ssize a = 0; a < n; a++)
+ {
+ delete rs[a].sequence;
+ delete rs[a].rc;
+ }
+
+ delete[] rs;
+
+}
+/////////////////////////////////////////
+// Aligner::setMumi
+// description: For set of genomes, build CSG and calculate MUMi
+// input: entire genomic region r1, bool anchors, bool first
+// output: MUMi values per genome
+/////////////////////////////////////////
+void Aligner::setMumi(TRegion r1, vector<TMum>& mums, bool anchors = true, bool first = false)
+{
+ vector<long> mumdata;
+ ssize p = 0;
+ ssize j = 0;
+ float limit = 0;
+ int minsize =0;
+ vector<string> bps;
+ string tbps;
+ ulong num_mums = 0;
+ bool extendmums = this->extendmums;
+ string sOutput;
+ bool firstrun = true;
+
+ // the minsize applies to the genome region with the longest length
+ // so that minsize has statistical importance w.r.t llength
+ if (anchors)
+ {
+ Converter(this->minanchor,sOutput,80);
+ limit = Calculator(sOutput,sOutput.length(),r1.slength);
+ minsize = int(ceil(limit));
+ this->l = minsize;
+ }
+ else
+ {
+ //minsize = int(this->minmum*log10(double(r1.slength))/log10(2.0));
+ Converter(this->minmum,sOutput,80);
+ limit = Calculator(sOutput,sOutput.length(),r1.slength);
+ minsize = int(ceil(limit));
+ }
+ IRegion* rs = new IRegion[this->n];
+ //record current position
+ ssize partpos = 0;
+
+ //check if genome is larger than partition
+ if ( this->p > r1.length.at(0) )
+ p = r1.length.at(0);
+ else
+ p = this->p;
+
+ while ( partpos < (ssize)r1.length.at(0) && partpos < p)
+ {
+ if ( partpos + p > (ssize)r1.length.at(0) )
+ {
+ // if this is true, we have some partition at
+ // the end of the sequence which is less than p,
+ // assign the following value:
+ p = r1.length.at(0)-partpos;
+ if ( p < 50 )
+ {
+ p = 50+p;
+ partpos = partpos -50;
+ }
+ }
+
+ rs[0].sequence = (char *)calloc( p+10, sizeof(char));
+ rs[0].rc = (char *)calloc( p+10, sizeof(char));
+
+ strcpy(rs[0].sequence,(char *)this->genomes.at(0).substr(r1.start.at(0) + partpos,p).append(1,(char)5).c_str());
+ strcpy(rs[0].rc, (char *)reversec(this->genomes.at(0).substr(r1.start.at(0) + partpos,p)).append(1,(char)5).c_str());
+ rs[0].len_region = p;
+ rs[0].ini_region = r1.start.at(0)+partpos;
+ partpos += p;
+ //window overlap in attempt to avoid losing mums at the partition
+ if ( firstrun )
+ {
+ for ( ssize a = 1; a < this->n; a++)
+ {
+ rs[a].sequence = (char *)calloc( r1.length.at(a)+10, sizeof(char));
+ rs[a].rc = (char *)calloc( r1.length.at(a)+10, sizeof(char));
+ strcpy(rs[a].sequence,(char *)this->genomes.at(a).substr(r1.start.at(a),r1.length.at(a)).append(1,(char)5).c_str());
+ strcpy(rs[a].rc,(char *)reversec(this->genomes.at(a).substr(r1.start.at(a),r1.length.at(a))).append(1,(char)5).c_str());
+ rs[a].len_region = r1.length.at(a);
+ rs[a].ini_region = r1.start.at(a);
+ }
+ }
+
+ time_t start,end;
+ double dif = 0;
+ time ( &start);
+
+ if(anchors)
+ cerr << endl << " Constructing compressed suffix graph...\n";
+
+
+ time ( &end);
+ dif = difftime(end,start);
+ if(anchors)
+ printf(" Compressed suffix graph construction elapsed time: %.0lf seconds\n\n",dif);
+
+ time ( &start);
+ if(anchors)
+ cerr << " Calculting pairwise MUMi distances...\n";
+
+
+ FILE* mumifile;
+ string mmf = this->outdir;
+ cout << mmf << endl;
+ mmf.append("/all.mumi");
+ cout << mmf << endl;
+ mumifile = fopen(mmf.c_str(),"w");
+ int numt = this->cores;
+ int iix = 0;
+
+ CSG * csg = 0;// = new CSG;
+ csg = new_CSG(csg,int(factor)*rs[0].len_region,rs[0].sequence,rs[0].len_region,0);
+ build_CSG(csg, rs[0].sequence, rs[0].len_region, 0);
+ find_leaves(csg);
+#pragma omp parallel shared(rs,csg) num_threads(numt)
+ {
+#pragma omp for schedule(dynamic) //static, 1)
+ for (iix = 0; iix < this->n-1; iix++)
+ {
+ map<int, int> amums;
+
+
+
+ int total_M_LON = 0;
+ UM* Master = new UM[rs[0].len_region];
+ UM* MasterRC = new UM[rs[0].len_region];
+ UM* Pair = new UM[rs[0].len_region];
+ UM* PairRC = new UM[rs[0].len_region];
+ SP* SPF = new SP[1];
+ SP* SPR = new SP[1];
+ SPF[0].MSP = new ulong[rs[0].len_region];
+ SPR[0].MSP = new ulong[2];
+ SPF[0].forward = new char[rs[0].len_region];
+ SPR[0].forward = new char[rs[0].len_region];
+ ulong* tempMSP = new ulong[rs[0].len_region];
+
+ for ( int j = 0; j < rs[0].len_region;j++)
+ {
+ SPF[0].forward[j] = (char)1;
+ SPR[0].forward[j] = (char)0;
+ tempMSP[j] = 0;
+ amums[j] = 0;
+ }
+ int tid = omp_get_thread_num();
+
+ for (int ix = 0; ix < int(rs[0].len_region); ix++)
+ {
+ Pair[ix].UP = Pair[ix].EP = Master[ix].UP = 0;
+ PairRC[ix].UP = PairRC[ix].EP = 0;
+ Master[ix].EP = rs[0].len_region;
+ MasterRC[ix].EP = rs[0].len_region;
+ }
+
+ Find_UM(csg, rs[iix+1].sequence, SPF[0].MSP,Pair);
+ Find_UM(csg, rs[iix+1].rc, tempMSP, PairRC);
+ Intersect_UM(csg, Master, Pair, rs[0].len_region, SPF[0].MSP);
+ Intersect_UM(csg, MasterRC, PairRC, rs[0].len_region, tempMSP);
+ Merge_Master( Master, MasterRC, rs[0].len_region, rs[iix+1].len_region, SPF, SPR, tempMSP, 0);
+ int M_EP1 = 0;
+ int M_UP1 = 0;
+ int next_UP1 = 0,next_EP1=0;
+ int M_LON1 = 0;
+ int curr_EP1 = 1, curr_UP1 = 0;
+ int k_SP1 = 0;
+ int totsize = 0;
+ for ( ssize k = 0; k < rs[0].len_region; k++)
+ {
+ if ( k < rs[0].len_region -1 )
+ {
+ next_UP1 = Master[k+1].UP;
+ next_EP1 = Master[k+1].EP;
+ }
+ else
+ {
+ next_EP1 = k + 1+rs[0].len_region;
+ next_UP1 = k + 1+rs[0].len_region;
+ }
+
+ curr_EP1 = Master[k].EP;
+ curr_UP1 = Master[k].UP;
+ k_SP1 = k;
+
+ if ((Master[k].EP > M_EP1) && (Master[k].UP < Master[k].EP) && (Master[k].EP-k < rs[0].len_region))
+ {
+ totsize +=1;
+ M_EP1 = Master[k].EP;
+
+ M_LON1 = M_EP1-k;
+ int ii = 0;
+ if (M_LON1 >= 15)
+ {
+ while (ii < M_LON1)
+ {
+ amums[k+ii] = 1;
+ ii++;
+ }
+ }
+ if (M_LON1 >= 15)
+ {
+ total_M_LON += M_LON1;
+ }
+ }
+ }
+ std::map<int,int>::iterator ip;
+ total_M_LON = 0;
+ for (ip = amums.begin(); ip != amums.end(); ++ip)
+ {
+ total_M_LON += ip->second;
+ }
+
+ float avg_region_len = float(rs[0].len_region+rs[iix+1].len_region)/2.0;
+ int minlen = std::min(rs[0].len_region,rs[iix+1].len_region);
+ minlen = rs[0].len_region;
+ if (float(r1.length.at(0))/float(rs[iix+1].len_region) > 1.3 || float(r1.length.at(0))/float(rs[iix+1].len_region) < 0.7)
+ total_M_LON = 0;
+ if (total_M_LON > minlen)
+ total_M_LON = minlen;
+#pragma omp critical
+ fprintf(mumifile,"%d:%f\n",iix+1,1.0-(float(total_M_LON)/float(minlen)));
+ delete [] Master;
+ delete [] MasterRC;
+ delete [] Pair;
+ delete [] PairRC;
+ delete [] tempMSP;
+ delete [] SPF[0].forward;
+ delete [] SPF[0].MSP;
+ delete [] SPR[0].forward;
+ delete [] SPR[0].MSP;
+ delete SPF;
+ delete SPR;
+
+ }
+ }
+
+ //mumifile.close();
+ fclose(mumifile);
+ free_CSG(csg);
+ time ( &end);
+ dif = difftime(end,start);
+ if(anchors)
+ printf(" MUMi pairwise distance calculation finished: %.0lf seconds\n\n",dif);
+
+ }
+
+ for ( ssize a = 0; a < n; a++)
+ {
+ delete rs[a].sequence;
+ delete rs[a].rc;
+ }
+
+ delete[] rs;
+ return;
+
+}
+// {{{ bool Aligner::setInitialClusters(void)
+/////////////////////////////////////////
+// Aligner::setInitialClusters
+// description: Initialize LCBs based on MUMs found
+/////////////////////////////////////////
+bool Aligner::setInitialClusters(void)
+{
+
+ vector<long> start, end;
+ vector<TMum> mums;
+ ssize i = 0;
+ while (i < this->n)
+ {
+ start.push_back(0);
+ end.push_back(this->genomes.at(i).length());
+ i++;
+ }
+
+ TRegion sRegion( start, end );
+ if (!this->calc_mumi)
+ this->setMums1( sRegion, mums, true, true);
+ else
+ {
+ this->setMumi( sRegion, mums, true, true);
+ return -1;
+ }
+ this->mums = mums;
+ this->anchors = mums;
+ for ( i = 0; i < mums.size(); i++)
+ {
+ Cluster cluster(this->mums.at(i));
+ this->clusters.push_back(cluster);
+ }
+
+ TRegion lRegion;
+ TRegion rRegion;
+ this->m0 = int(mums.size());
+ for ( i = 0; i < this->clusters.size(); i ++ )
+ {
+ lRegion = this->determineRegion(this->clusters.at(i), 1 );
+ if ( lRegion.slength > this->q && i == 0 )
+ {
+ this->regions.push_back(lRegion);
+ this->r110.push_back(lRegion);
+ }
+ else if ( lRegion.slength > this->q && !(lRegion == rRegion))
+ {
+ this->regions.push_back(lRegion);
+ this->r110.push_back(lRegion);
+ }
+ rRegion = this->determineRegion(this->clusters.at(i), 0 );
+ if ( rRegion.slength > this->q && !(rRegion == lRegion) )
+ {
+ this->regions.push_back(rRegion);
+ this->r110.push_back(rRegion);
+ }
+ }
+ return this->m0;
+}
+
+// }}}
+/////////////////////////////////////////
+// Aligner::setInitialClusters
+// description: Initialize LCBs based matches contained in anchoFileName
+/////////////////////////////////////////
+// {{{ bool Alinger::setInitialClusters( string anchorFileName )
+bool Aligner::setInitialClusters( string anchorFileName )
+{
+
+ vector<TMum> mums;
+ vector<string> rawmums;
+ vector<long> startpos;
+ long mumlength;
+ char header[80];
+ int length;
+ char * buffer ;
+ int i = 0;
+
+ //parse anchorFile
+ ifstream is(anchorFileName.c_str());
+ is.seekg (0, ios::end);
+ length = is.tellg();
+ is.seekg (0, ios::beg);
+
+ // get length of file:
+ // allocate memory:
+ buffer = new char [length-2];
+
+ is.getline(header,80);
+ is.getline(header,80);
+ // read data as a block:
+ is.read (buffer,length);
+
+ string data(buffer);
+ int pos = 0;
+ int oldpos = 0;
+ int mpos = 0;
+ int oldmpos = 0;
+ long start = 0;
+ pos = data.find("\n",0);
+ while( pos != int(string::npos) )
+ {
+ string tempmum( data.substr(oldpos , pos-oldpos ));
+ oldpos = pos+1;
+ pos = data.find("\n",pos+1);
+ rawmums.push_back(tempmum);
+
+ }
+
+ for( ssize i = 0; i < rawmums.size(); i++)
+ {
+ string tempmum;
+ if ( i % (this->n + 1) )// i % 3
+ {
+ continue;
+ }
+ tempmum = rawmums.at(i);
+ mpos = tempmum.find(" ",0);
+ oldmpos = 0;
+
+ while( mpos != int(string::npos) )
+ {
+ string mstart = tempmum.substr( oldmpos, mpos-oldmpos );
+ start = atol(mstart.c_str());
+ if( ! start )
+ {
+ start = 0;
+ }
+ startpos.push_back( start );
+ oldmpos = mpos+1;
+ mpos = tempmum.find(" ",mpos+1);
+
+ }
+
+ mpos = tempmum.find(" ",oldmpos+1);
+ string mlength = tempmum.substr( oldmpos, mpos-oldmpos );
+ mumlength = atol(mlength.c_str());
+ TMum mum(startpos,mumlength);
+ mum.slength = 10000;
+ mums.push_back(mum);
+ startpos.clear();
+ mumlength = 0;
+
+ }
+
+ is.close();
+
+ for(int i =0; i < int(mums.size());i++)
+ {
+ for ( ssize k = 0; k < this->n; k++)
+ {
+ for ( int m = mums.at(i).start[k]; m < mums.at(i).end[k]; m++)
+ this->mumlayout[k][m] =1;//+= 1;
+ }
+ this->anchors.push_back(mums.at(i));
+ this->mums.push_back(mums.at(i));
+ Cluster cluster(mums.at(i));
+ this->clusters.push_back(cluster);
+ }
+
+ this->m0 = int(mums.size());
+
+ TRegion lRegion;
+ TRegion rRegion;
+
+ for ( i = 0; i < int(this->clusters.size()); i ++ )
+ {
+ lRegion = this->determineRegion(this->clusters.at(i), 1 );
+ if ( lRegion.slength > this->q && i == 0 )
+ {
+ this->regions.push_back(lRegion);
+ this->r110.push_back(lRegion);
+ }
+ else if ( lRegion.slength > this->q && !(lRegion == rRegion))
+ {
+ this->regions.push_back(lRegion);
+ this->r110.push_back(lRegion);
+ }
+ rRegion = this->determineRegion(this->clusters.at(i), 0 );
+ if ( rRegion.slength > this->q && !(rRegion == lRegion) )
+ {
+ this->regions.push_back(rRegion);
+ this->r110.push_back(rRegion);
+ }
+ }
+
+ return this->m0;
+}
+
+// }}}
+/////////////////////////////////////////
+// Aligner::setUnalignableRegions
+// description: Output all non-collinear regions and subsets unable to be aligned
+/////////////////////////////////////////
+bool Aligner::setUnalignableRegions( void )
+{
+ string unalignfile = this->outdir+"/parsnp.unalign";
+ ofstream unalnfile ( unalignfile.c_str());
+
+ bool stop = 0;
+
+ vector<long> lastpos(this->mumlayout.size(),0);
+ while ( !stop )
+ {
+
+ for ( ssize k = 0; k < this->n; k++)
+ {
+ long startpos = -1;
+ long endpos = -1;
+
+
+ for( long m = lastpos.at(k); m < this->mumlayout[k].size(); m++)
+ {
+ if ( this->mumlayout[k][m] == 0 )
+ {
+
+ this->mumlayout[k][m] = 1;
+ if (startpos < 0)
+ {
+ startpos = m;
+ endpos = m;
+ }
+ else
+ endpos +=1;
+
+ }
+ else
+ {
+ if (startpos >= 0)
+ {
+ lastpos.at(k) = endpos+1;
+ break;
+ }
+ else
+ continue;
+ }
+ }
+ if (startpos != endpos)
+ {
+ unalnfile << ">" << k+1 << ":" << startpos << "-" << endpos << " + " << this->fasta.at(k).substr(0,this->fasta.at(k).size()) << endl;
+ string s1 = this->genomes[k].substr(startpos, endpos-startpos);
+
+ long pos = 0;
+ while ( pos+80 < s1.size() )
+ {
+
+ unalnfile << s1.substr(pos,80) << endl;
+ pos = pos + 80;
+ }
+ if ( pos + 1 < s1.size() )
+ unalnfile << s1.substr(pos,s1.size()) << endl;
+ if (s1.size() == 0)
+ {
+ unalnfile << "-" << endl;
+ }
+ unalnfile << "=" << endl;
+
+ }
+ else if (startpos == -1 && k == this->n-1)
+ stop = 1;
+
+ }
+ }
+
+ unalnfile.close();
+ return 0;
+}
+/////////////////////////////////////////
+// Aligner::setInterClusterRegions
+// need to sort clusters wrt each genome
+// only add collinear intercluster regions.. regions that are left out
+// due to the d value
+/////////////////////////////////////////
+bool Aligner::setInterClusterRegions( void )
+{
+ vector<Cluster> interclusters;
+ sort( this->clusters.begin(), this->clusters.end() );
+
+
+ for( vector<Cluster>::iterator ct = this->clusters.begin(); ct+1 < this->clusters.end(); ct++)
+ {
+ bool add = true;
+ vector<long> start;
+ vector<long> end;
+ long length = 1;
+ //initialize "start mum" with end of current cluster
+ int flag = 0;
+ for( ssize a = 0; a < this->n; a++)
+ {
+
+ vector<Cluster>::iterator nt = ct+1;
+
+ // if current cluster is not at end, and the start in each sequence is greater than the end of the previous cluster
+ if (( nt != this->clusters.end() && nt->start.at(a) - ct->end.at(a) <=0 )&&(1))
+ {
+ add = false;
+ break;
+ }
+ long stop = this->genomes.at(a).length();
+ if (!ct->mums.at(0).isforward.at(a) && 0 )
+ start.push_back(ct->end.at(a)-ct->mums.back().length);
+ else
+ start.push_back(ct->end.at(a));
+ for ( long m = ct->end.at(a)+1; m <= stop; m++)
+ {
+ flag = this->mumlayout[a][m];
+ if (flag)
+ {
+ end.push_back(m-1);
+ break;
+ }
+ else
+ continue;
+
+ }
+ //no mums found, reached end of genome
+ if (! flag)
+ end.push_back(stop-1);
+
+ }
+
+ if ( !add )
+ continue;
+ TMum bmum(start,length);
+ TMum emum(end,length);
+ Cluster acluster(bmum,0);
+ acluster.addMum(emum);
+
+ for( ssize a = 0; a < this->n; a++)
+ {
+ if ((acluster.end.at(a) - acluster.start.at(a)) < 5)
+ {
+ add = false;
+ break;
+ }
+ }
+ if (add)
+ interclusters.push_back(acluster);
+
+
+ }
+
+ this->clusters.insert(this->clusters.begin(), interclusters.begin(),interclusters.end());
+ return 1;
+}
+// {{{ void Aligner::setFinalClusters(string mumFileName)
+/////////////////////////////////////////
+// Aligner::setFinalClusters
+// set final LCBs from match file mumFileName
+/////////////////////////////////////////
+void Aligner::setFinalClusters(string mumFileName)
+{
+ vector<TMum> mums;
+ vector<string> rawmums;
+ vector<long> startpos;
+ long mumlength;
+ char header[80];
+ int length;
+ char * buffer ;
+
+ ifstream is(mumFileName.c_str());
+ is.seekg (0, ios::end);
+ length = is.tellg();
+ is.seekg (0, ios::beg);
+
+ // allocate memory:
+ buffer = new char [length-2];
+
+ is.getline(header,80);
+ is.getline(header,80);
+
+ // read data as a block:
+ is.read (buffer,length);
+
+ string data(buffer);
+ int pos = 0;
+ int oldpos = 0;
+ int mpos = 0;
+ int oldmpos = 0;
+ long start = 0;
+ pos = data.find("\n",0);
+
+ while( pos != int(string::npos) )
+ {
+ string tempmum( data.substr(oldpos , pos-oldpos ));
+ oldpos = pos+1;
+ pos = data.find("\n",pos+1);
+ rawmums.push_back(tempmum);
+
+ }
+
+ for( int i = 0; i < int(rawmums.size()); i++)
+ {
+ string tempmum;
+ if ( i % (this->n + 1) )// i % 3
+ {
+ continue;
+ }
+ tempmum = rawmums.at(i);
+ mpos = tempmum.find(" ",0);
+ oldmpos = 0;
+
+ while( mpos != int(string::npos) )
+ {
+ string mstart = tempmum.substr( oldmpos, mpos-oldmpos );
+ start = atol(mstart.c_str());
+ startpos.push_back( start );
+ oldmpos = mpos+1;
+ mpos = tempmum.find(" ",mpos+1);
+
+ }
+
+ mpos = tempmum.find(" ",oldmpos+1);
+ string mlength = tempmum.substr( oldmpos, mpos-oldmpos );
+ mumlength = atol(mlength.c_str());
+ TMum mum(startpos,mumlength);
+ mum.slength = 10000;
+ mums.push_back(mum);
+ startpos.clear();
+ mumlength = 0;
+
+ }
+
+ is.close();
+ for(int i =0; i < int(mums.size());i++)
+ {
+ for ( ssize k = 0; k < this->n; k++)
+ {
+ for ( int m = mums.at(i).start[k]; m < mums.at(i).end[k]; m++)
+ this->mumlayout[k][m] = 1;
+ }
+ this->anchors.push_back(mums.at(i));
+ this->mums.push_back(mums.at(i));
+ Cluster cluster(mums.at(i));
+ this->clusters.push_back(cluster);
+ }
+
+ this->m0 = int(mums.size());
+ this->setFinalClusters();
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////
+// Aligner::setFinalClusters
+// set final LCBs from found MUMs
+/////////////////////////////////////////
+// {{{ void Aligner::setFinalClusters(void)
+void Aligner::setFinalClusters(void)
+{
+ vector<long> start, end;
+ vector<TMum> mums;
+ vector<TMum>::iterator mt, nt;
+ bool addmum = true;
+ long mumcount = 0;
+
+ this->clusters.clear();
+ // converting old to new clusters
+ sort( this->mums.begin(), this->mums.end() );
+ mt = this->mums.begin();
+ Cluster cluster(*(mt));
+ for ( nt = this->mums.begin()+1; nt < this->mums.end(); nt++)
+ {
+
+ if (nt->length < this->random)
+ {
+ addmum = true;
+ continue;
+ }
+ if ( ! addmum )
+ {
+ Cluster newcluster( *(nt-1) );
+ cluster = newcluster;
+ }
+
+ mumcount = 0;
+ addmum = true;
+ float max_length_region = 0;
+ float min_length_region= this->d+10;
+ float avg_length_region = 0;
+ for ( ssize k = 0; k < this->n; k ++ )
+ {
+ if ( 1)
+ {
+ if (nt->isforward.at(k))
+ avg_length_region += nt->start.at(k) - cluster.end.at(k);
+ else
+ avg_length_region += nt->start.at(k) - cluster.end.at(k);
+
+ if ( nt->isforward.at(k) && (nt->start.at(k) - cluster.end.at(k)) > max_length_region)
+ {
+ max_length_region = nt->start.at(k) - cluster.end.at(k);
+ }
+ else if ( !nt->isforward.at(k) && (cluster.mums.back().start.at(k) - nt->end.at(k)) > max_length_region)
+ {
+ max_length_region = nt->start.at(k) - cluster.end.at(k);
+ }
+
+ if ( nt->isforward.at(k) && (nt->start.at(k) - cluster.end.at(k)) < min_length_region)
+ {
+ min_length_region = nt->start.at(k) - cluster.end.at(k);
+ }
+ else if ( !nt->isforward.at(k) && (cluster.mums.back().start.at(k) - nt->end.at(k)) < min_length_region)
+ {
+ min_length_region = cluster.mums.back().start.at(k) - nt->end.at(k);
+ }
+ if (1 && ( nt->isforward.at(k) != cluster.mums.back().isforward.at(k)) || (nt->isforward.at(k) != cluster.mums.front().isforward.at(k)) )
+ {
+ //the overlap is with 2 inverted MUMs, JOIN!
+ addmum = false;
+
+ }
+ else if (1 && (nt->isforward.at(k)) && (nt->start.at(k) - cluster.end.at(k) <0))
+ {
+ addmum = false;
+ }
+ else if (1 && (!nt->isforward.at(k)) && ((nt->start.at(k) - cluster.end.at(k)) >= 0 ))
+ {
+ addmum = false;
+ }
+ else if (1 && nt->isforward.at(k) && (nt->start.at(k) - cluster.end.at(k)) > this->d )
+ {
+ addmum = false;
+ }
+ else if (1 && !nt->isforward.at(k) && (cluster.mums.back().start.at(k) - nt->end.at(k)) > this->d )
+ {
+ addmum = false;
+ }
+ if ( addmum )
+ {
+ // check if there exists a mum between the two mums attempting to join into a cluster
+ if (nt->isforward.at(k))
+ {
+ for ( int m = nt->start.at(k)-1; m > cluster.mums.back().start.at(k)+cluster.mums.back().length; m--)
+ {
+ // if a mum is found, dont add mum to cluster
+ if ( this->mumlayout[k][m] && 0)
+ {
+ addmum = false;
+ break;
+ }
+ }
+ }
+ else
+ {
+ for ( int m = cluster.mums.back().start.at(k)-1; m > nt->end.at(k); m--)
+ {
+ if ( this->mumlayout[k][m] && 0)
+ {
+ addmum = false;
+ break;
+ }
+
+ }
+ }
+ }
+
+ if ( ! addmum )
+ break;
+ }
+ }
+ if ( addmum )
+ {
+
+ if (min_length_region == 0)
+ min_length_region = 1;
+ if (max_length_region == 0)
+ max_length_region = 1;
+ avg_length_region /= float(this->n);
+ if (this->diag_diff > 1.0)
+ {
+ if (max_length_region-min_length_region < this->diag_diff)
+ {
+ cluster.addMum( *(nt) );
+ mumcount++;
+ }
+
+ }
+ else if (min_length_region/max_length_region >= 1.0-diag_diff)
+ {
+ //overlapping inverted mums
+ cluster.addMum( *(nt) );
+ mumcount++;
+ }
+ else
+ {
+ addmum = false;
+ this->clusters.push_back(cluster);
+ }
+ }
+ else
+ {
+ this->clusters.push_back(cluster);
+ }
+
+ }
+ if ( ! addmum )
+ {
+ Cluster newcluster( *(nt-1) );
+ cluster = newcluster;
+ this->clusters.push_back(cluster);
+ }
+ else
+ this->clusters.push_back(cluster);
+}
+// {{{ void Aligner::shuffleSeq(string &seq, ind diff)
+void Aligner::shuffleSeq(string &seq, int diff)
+{
+ string bases = "AGCT";
+ long len = seq.size();
+ time_t seconds;
+ time(&seconds);
+ srand((unsigned int) seconds);
+ for(int i = 0; i < len; i ++)
+ {
+ //1%,5%,10%,20%,50%,100%
+ if( rand()%300 <= diff )
+ {
+ seq.at(i) = bases.at(rand()%3);
+ }
+ }
+}
+// }}}
+// {{{ void Aligner::getSubseq(string seq, int start, int end)
+void Aligner::getSubseq(string seq,int start,int end)
+{
+ string bases = "AGCT";
+ string ssfile = "./output/subseq.fna";
+
+ ofstream sfile ( ssfile.c_str());
+ sfile << ">subseq " << start <<":" << end << endl;
+ for(int i = start; i < end; i++)
+ {
+ sfile << seq.at(i);
+ }
+}
+// }}}
+// {{{ char Aligner::shuffleChar(char b, bool enabled, bool &ft, int i, int diff)
+char Aligner::shuffleChar(char b, bool enabled, bool &ft,int i,int diff)
+{
+ string bases = "AGCT";
+ char rvalue = b;
+ time_t seconds;
+ time(&seconds);
+ if(ft)
+ {
+ srand((unsigned int) seconds);
+ ft = false;
+ }
+ if ( b != 'A' && b != 'G' && b != 'C' && b != 'T')
+ return rvalue;
+ if( enabled && i )
+ {
+ if( rand()%300 <= diff )
+ {
+ rvalue = char(bases.at(rand()%3));
+ }
+
+ }
+
+ return rvalue;
+}
+// }}}
+
+/////////////////////////////////////////
+// Aligner::main
+// 1) Instantiate parsnp from configuration file
+// 2) Set initial region
+// 3) Find anchors
+// 4) Determine collinear regions, recursive MUM search
+// 5) Set initial LCBs
+// 5) Filter spurious matches/LCB
+// 6) Set final LCBs
+// 7) Align final LCBs
+// 8) write output
+/////////////////////////////////////////
+// {{{ int main(int argc, char* argv[])
+int main ( int argc, char* argv[] )
+{
+
+ string pversion = "v1.0.1";
+ // {{{ variables
+ //task_scheduler_init init;
+ vector<string> genomes,pwgenomes,files,pwfiles,fasta,headers;
+ vector<char *> clustalparams;
+ vector<bool> mumrow;
+ vector< vector<float> > coverages;
+ vector< vector<uint> > contig_intervals;
+ unsigned int nparams;
+ string genome, ref,query;
+ vector<float> gcCount;
+ vector<float> atCount;
+ char buffer[320], header[2520];
+ int i = 0;
+ int qfiles = 1 ;
+ int c=0, d=0,q=0,p=0,doAlign=0,cores=2;
+ bool doUnalign = false;
+ bool gridRun = false;
+ bool extendmums = false;
+ bool calc_mumi = false;
+ bool recomb_filter = false;
+ float diag_diff = 1.0;
+ int random=0;
+ float factor;
+ string mums,anchors,anchorfile,mumfile,prefix,outdir;
+ bool reverseRef=false,reverse=false,anchorsOnly=false;
+ bool reverseQuery=false;
+ bool shustring = false;
+ time_t start,end, tstart,tend;
+ double dif;
+ long long acount=0,aloc=0,nloc=0,ncount=0,gcount=0,gloc=0,ccount=0,cloc=0,tcount=0,tloc=0;
+ map< string, int> header_to_index;
+ vector< map < int, string> > pos_to_header;
+
+ string out1("-");
+ bool version = false;
+ bool help = false;
+ for ( int i = 0; i < argc; i++ )
+ {
+ if ( argv[i][0] == '-' )
+ {
+ switch ( argv[i][1] )
+ {
+ case 'h': help = true; break;
+ case 'v': version = true; break;
+
+ }
+ }
+ }
+
+ if (help )
+ {
+ cout << "parsnp options:" << endl;
+ cout << " -h <display this message>" << endl;
+ cout << " -v <display the version>" << endl;
+ cout << " <parameter file with options>" << endl;
+ exit(0);
+ }
+ if (version)
+ {
+ cout << "Parsnp " << pversion << endl;
+ exit(0);
+ }
+ if ( argc < 2)
+ {
+ cout << "ERROR: No parameter file specified!" << endl;
+ exit(1);
+ }
+
+ time (&tstart);
+ CIniFile iniFile( argv[1] );
+ iniFile.ReadFile();
+ string cparams = "LCB";
+ string cval = "c";
+ c = iniFile.GetValueI( cparams, cval);
+ d = iniFile.GetValueI( "LCB", "d");
+ diag_diff = iniFile.GetValueF( "LCB", "diagdiff");
+ if (diag_diff < 0.0 || diag_diff > 10000000)
+ {
+ diag_diff = 1.0;
+ }
+ q = iniFile.GetValueI( "LCB", "q");
+ p = iniFile.GetValueI( "LCB","p");
+ doAlign = iniFile.GetValueI( "LCB","doalign");
+ doUnalign = iniFile.GetValueB( "LCB","unaligned");
+ cout << doUnalign << endl;
+ cores = iniFile.GetValueI( "LCB","cores");
+ gridRun = iniFile.GetValueB( "LCB","gridRun");
+ recomb_filter = iniFile.GetValueB( "LCB","recombfilter");
+ anchors = iniFile.GetValue( "MUM", "anchors");
+ anchorfile = iniFile.GetValue( "MUM", "anchorfile");
+ anchorsOnly = iniFile.GetValueB( "MUM","anchorsonly");
+ calc_mumi = iniFile.GetValueB( "MUM","calcmumi");
+ extendmums = iniFile.GetValueB( "MUM","extendmums");
+ mums = iniFile.GetValue( "MUM","mums");
+ mumfile = iniFile.GetValue( "MUM","mumfile");
+ random = iniFile.GetValueI( "MUM","filter");
+ factor = iniFile.GetValueF( "MUM","factor");
+ //factor = 1.5;
+ prefix = iniFile.GetValue( "Output","prefix","parsnp");
+ outdir = iniFile.GetValue( "Output","outdir","output");
+
+ reverseRef = iniFile.GetValueB( "Reference", "reverse");
+ reverseQuery = iniFile.GetValueB( "Query","reverse");
+
+ qfiles = iniFile.NumValues("Query")/2;
+
+ bool harsh=false;
+ vector<string> allfiles;
+
+ string mumatom;
+
+ string fname;
+ int loc,len;
+ time (&start);
+
+ pos_to_header.resize(qfiles+1);
+ while ( i <= qfiles )
+ {
+ vector< uint > intervals;
+
+ contig_intervals.push_back(intervals);
+ reverse = false;
+ if ( i == 0 )
+ {
+ pos_to_header.at(i)[1] = "s1";
+ ref = iniFile.GetValue( "Reference", "file");
+ reverse = reverseRef;
+ ifstream file(ref.c_str());
+ loc = ref.rfind("/")+1;
+ len = ((ref.size())-loc);
+ fname.clear();
+ if (loc == int(string::npos))
+ fname.append(ref);
+ else
+ fname.append(ref.c_str(),loc,len);
+ allfiles.push_back(fname);
+ if ( ! file )
+ {
+ cout << " Cannot open reference file ! " << endl;
+ exit(1);
+ }
+ else
+ {
+ file.close();
+ }
+ files.push_back(ref);
+ }
+ else
+ {
+ //Aligner::shuffleSeq(genomes.at(0),4);
+ pos_to_header.at(i)[1] = "s1";//header;
+ sprintf( buffer, "file%d",i);
+ query = iniFile.GetValue("Query", buffer );
+ sprintf( buffer, "reverse%d",i);
+ reverseQuery = iniFile.GetValueB("Query", buffer );
+ reverse = reverseQuery;
+ ifstream file( query.c_str() );
+ loc = query.rfind("/")+1;
+ len = (query.size())-loc;
+ fname.clear();
+ if (loc == int(string::npos))
+ fname.append(query);
+ else
+ fname.append(query.c_str(),loc,len);
+ allfiles.push_back(fname);
+ if ( ! file )
+ {
+ cout << " Cannot open query file: " << query << endl;
+ exit(1);
+ }
+ else
+ {
+ file.close();
+ }
+ files.push_back(query);
+ }
+ ifstream file( files.at(i).c_str());
+ char ch;
+
+ file.seekg(0,ios_base::end);
+ file.seekg(0, ios_base::beg);
+ file.getline( header, 2500 );
+ header_to_index[fname] = i;
+ headers.push_back(header);
+ fasta.push_back( fname);//header );
+ unsigned int seqcount = 1;
+ acount = 0;
+ aloc = 0;
+ gcount = 0;
+ gloc = 0;
+ ccount = 0;
+ cloc = 0;
+ tcount = 0;
+ tloc = 0;
+ ncount = 0;
+ nloc = 0;
+
+
+ long long counter = 0;
+ bool stopimport = false;
+ std::stringstream sstm2;
+ while ( file.get(ch) and !stopimport)
+ {
+ counter +=1;
+
+ switch(toupper(ch))
+ {
+
+ case 'A':
+ acount +=1;
+ aloc += counter;
+ if ( reverse )
+ genome.append("T");//84
+ else
+ genome.append("A");
+
+ break;
+
+ case 'G':
+ gcount +=1;
+ gloc += counter;
+ if ( reverse )
+ genome.append("C");//67
+ else
+ genome.append("G");
+ break;
+
+ case 'C':
+ ccount +=1;
+ cloc += counter;
+ if ( reverse )
+ genome.append("G");
+ else
+ genome.append("C");//67
+ break;
+
+ case 'T':
+ tcount+=1;
+ tloc += counter;
+ if ( reverse )
+ genome.append("A");
+ else
+ genome.append("T");//84
+ break;
+ case 'X':
+ genome.append("N");
+ break;
+ case 'Y':
+ genome.append("N");//
+ break;
+ case 'S':
+ genome.append("N");//
+ break;
+ case 'W':
+ genome.append("N");//
+ break;
+ case 'K':
+ genome.append("N");//
+ break;
+ case 'H':
+ genome.append("N");//
+ break;
+ case 'U':
+ genome.append("T");
+ break;
+ case 'R':
+ genome.append("N");
+ break;
+ case 'M':
+ genome.append("N");
+ break;
+ case 'V':
+ genome.append("N");
+ break;
+ case 'D':
+ genome.append("N");
+ break;
+ case 'B':
+ genome.append("N");
+ break;
+ case '-':
+ genome.append("N");
+ break;
+ case '\n':
+ break;
+ case 'n':
+ ncount += 1;
+ cloc += counter;
+ genome.append("N");
+ break;
+ case 'N':
+ ncount += 1;
+ cloc += counter;
+ genome.append("N");
+ break;
+ case '>':
+ char tmpbuf[2520];
+ file.getline( tmpbuf, 2500 );
+ sstm2.str("");
+ sstm2.clear();
+ if (ncount+ccount+tcount+acount+gcount < 1000)
+ continue;
+ seqcount += 1;
+ sstm2 << "s" << seqcount;
+ pos_to_header.at(i)[ncount+ccount+tcount+acount+gcount] = sstm2.str();//header;
+ contig_intervals[i].push_back(ncount+ccount+tcount+acount+gcount);
+
+ if (i > 0)
+ {
+ genome.append(d+10,'N');
+ ncount += d+10;
+ }
+
+ break;
+ case '\t':
+ case ' ':
+ break;
+ default:
+ continue;
+ }
+
+ }
+ // }}}
+
+ if(reverse)
+ std::reverse(genome.begin(),genome.end());
+
+ contig_intervals[i].push_back(ncount+ccount+tcount+acount+gcount);
+ genomes.push_back(genome);
+
+ if(1)
+ {
+ float percent = 0.0;
+ percent = float(gcount)/float(genome.size())*100;
+ percent = float(ccount)/float(genome.size())*100;
+ percent = float(tcount)/float(genome.size())*100;
+ percent = float(acount)/float(genome.size())*100;
+
+ gcCount.push_back(float(gcount)+float(ccount));
+ atCount.push_back(float(acount)+float(tcount));
+ cout << fname << ",Len:" << genome.size() << ",GC:" << ((float(gcount)+float(ccount))/float(genome.size()-ncount))*100 << endl;
+ }
+
+ genome.erase();
+ file.close();
+ i++;
+ }
+
+ // }}}
+
+
+
+ string mfiled =outdir;
+ mfiled+="/parsnpAligner.log";
+ ofstream mfile ( mfiled.c_str());
+
+
+ cerr << "\n*****************************************************" << endl;
+ cerr << "\nparsnpAligner:: rapid whole genome SNP typing" << endl;
+ cerr << "\n*****************************************************\n" << endl;
+ time (&end);
+ cerr << "ParSNP: Preparing to construct global multiple alignment framework"<< endl;
+ cerr << "\nPreparing to verify and process input sequences..." << endl;
+ dif = difftime (end,start);
+ printf(" Finished processing input sequences, elapsed time: %.0lf seconds\n\n", dif );
+
+ Aligner align( genomes, files, c, d, q, p, anchors, mums, random, clustalparams, fasta,factor,harsh,gcCount,atCount,shustring,doAlign,gridRun,cores,extendmums, header_to_index,pos_to_header,headers,calc_mumi,diag_diff,prefix,outdir,recomb_filter,doUnalign);
+ for ( ssize i = 0; i < align.n; i ++ )
+ {
+ align.mumlayout.push_back(mumrow);
+ align.mumlayout[i].assign(align.genomes.at(i).size()+1,false);
+ align.mumlayout[i][align.genomes.at(i).size()] = true;
+ }
+ time ( &start);
+ if (! calc_mumi)
+ cerr << "Searching for initial MUM anchors..." << endl;
+ else
+ cerr << "Calculating mumi distances.." << endl;
+
+ bool mumsfound = 0;
+
+ if( anchorfile.size() )
+ {
+ cerr << "*Status: MUM anchor file found " << anchorfile << endl;
+ mumsfound = align.setInitialClusters(anchorfile);
+ if (mumsfound < 0)
+ {
+ //returning from calc_mumi
+ return 0;
+ }
+ }
+ else if ( ! mumfile.size() )
+ mumsfound = align.setInitialClusters();
+
+ if (calc_mumi)
+ exit(0);
+
+ time ( &end );
+
+ dif = difftime (end,start);
+ align.anchorTime = dif;
+ time ( &start);
+ if ( ! anchorsOnly && ! mumfile.size() && ! shustring)
+ {
+ cerr << "Performing recursive MUM search between MUM anchors..." << endl;
+ mumsfound = align.doWork();
+ }
+ time ( &end);
+
+ if ( !mumsfound && !mumfile.size())
+ {
+
+ mfile << "NO MUMS FOUND" << endl;
+ mfile.close();
+ return 0;
+ }
+ else
+ {
+ mfile << "MUMS FOUND" << endl;
+ mfile.close();
+ }
+
+ dif = difftime (end,start);
+ printf(" Finished recursive MUM search, elapsed time: %.0lf seconds\n\n", dif );
+ align.coarsenTime = dif;
+
+ if ( random && ! mumfile.size() )
+ {
+ cerr << "Filtering spurious matches..." << endl;
+ time ( &start);
+ align.random = random;
+ align.filterRandom1(random);
+
+ //align.filterRandom();
+ time ( &end);
+ dif = difftime(end,start);
+ printf(" Finished filtering spurious matches, elapsed time: %.0lf seconds\n\n",dif);
+ align.randomTime = dif;
+ }
+
+
+ time ( &start);
+
+ cerr << "Creating and verifying final LCBs..." << endl;
+ if( mumfile.size())
+ align.setFinalClusters(mumfile);
+ else
+ align.setFinalClusters();
+
+ align.filterRandomClustersSimple1();
+
+ if( mumfile.size())
+ align.setFinalClusters(mumfile);
+ else
+ align.setFinalClusters();
+
+ align.setInterClusterRegions();
+ time ( &end);
+ dif = difftime(end,start);
+ align.iclustersTime = dif;
+ printf(" LCBs created, elapsed time: %.0lf seconds\n\n",dif);
+ /**/
+ vector < float> coverager;
+
+ if (!doAlign)
+ cerr << "Writing output files..." << endl;
+ time ( &start);
+ align.writeOutput("parsnpAligner",coverager);
+ time ( &end);
+ if (doUnalign)
+ {
+ //#add Unaligned regions to output
+ align.setUnalignableRegions();
+ }
+
+ dif = difftime (end,start);
+ printf(" Output files updated, elapsed time: %.0lf seconds\n\n", dif );
+
+
+ time ( &tend);
+ dif = difftime (tend,tstart);
+
+ cerr << "Parsnp: Finished core genome alignment" << endl;
+ printf(" See log file for futher details. Total processing time: %.0lf seconds \n\n", dif );
+ exit(0);
+}
+
+// }}}
diff --git a/src/parsnp.hh b/src/parsnp.hh
new file mode 100755
index 0000000..f7338a2
--- /dev/null
+++ b/src/parsnp.hh
@@ -0,0 +1,134 @@
+/////////////////////////////////////////
+// parsnp.hh
+// main module for parsnp Aligner
+// takes a single configuration file as input, output is XMFA
+/////////////////////////////////////////
+
+// See the LICENSE file included with this software for license information.
+
+#ifndef ALIGNER_H
+#define ALIGNER_H
+#define _CRT_SECURE_NO_DEPRECATE 1
+
+// {{{ includes
+#include <iostream>
+#include <fstream>
+#include <bitset>
+#include <string>
+#include <vector>
+#include <map>
+#include "LCR.hh"
+#include "LCB.hh"
+#include "TMum.hh"
+// }}}
+
+using namespace std;
+typedef string::size_type ssize;
+// {{{ class Aligner
+class Aligner
+{
+ // {{{ member variables
+ long aligned;
+ long m0;
+ long filtered;
+ long filtered_clusters;
+ float l;
+ vector<float> gcCount;
+ vector<float> atCount;
+ bool calc_mumi;
+ bool recomb_filter;
+ bool filter;
+ bool harsh;
+ string prefix;
+ float factor;
+ float diag_diff;
+ string outdir;
+ //float minmum,minanchor,factor;
+ string minmum,minanchor;
+ vector<char *> clustalp;
+ vector<long> startpos;
+ vector<Cluster> clusters;
+ vector<TMum> mums;
+ vector<TMum> rndmums;
+ vector<Cluster> rndclusters;
+ vector<TMum> anchors;
+ vector<TRegion> regions;
+ vector<TRegion> r110;
+ // }}}
+
+ // {{{ public
+public:
+ int c, d, q, p, doAlign,cores;
+ ssize n;
+ bool gridRun;
+ bool extendmums;
+ bool doUnalign;
+ map<string, int> hdr2idx;
+ vector< map<int, string> > pos2hdr;
+ vector<float> coverage;
+ vector<vector<bool> > mumlayout;
+ vector<string> genomes;
+ vector<string> files;
+ vector<string> fasta;
+ vector<string> headers;
+ bool shustring;
+ float anchorTime,coarsenTime,randomTime,clustersTime,iclustersTime;
+ int random;
+
+ Aligner();
+ ~Aligner();
+
+ /**
+ * parsnp Aligner class constructor.
+ * @see testMe()
+ * @param genomes string vector containing seq data.
+ * @param files genome file paths.
+ * @param c min cluster length.
+ * @param c min cluster length.
+ * @return The test results
+ */
+ Aligner( vector<string>& ,vector<string>&, int, int , int, int, string, string, bool, vector<char *>&, vector<string>&
+ , float, bool , vector<float>&, vector<float>& ,bool,int,bool,int,bool,map<string, int>&, vector< map <int,string> > &, vector<string>&, bool calc_mumi, float diag_diff, string prefix, string outdir, bool recomb_filter, bool doUnalign);
+ /**
+ * parsnp Aligner class destructor
+ */
+
+ //test
+ void alignClusters( void );
+ bool doWork(void );
+ /**
+ * A pure virtual member.
+ * @see testMe()
+ * @param c1 the first argument.
+ * @param c2 the second argument.
+ * @return The test results
+ */
+ TRegion determineRegion(Cluster, bool );
+
+ void filterRandom1( int );
+ void filterRandomClustersSimple1( void );
+ void draw(void);
+ void expandCluster(Cluster );
+
+ string reversec( string seq );
+ void trim( TMum &);
+ void setMumi( TRegion, vector<TMum>&, bool, bool );
+ void setMums1( TRegion, vector<TMum>&, bool, bool );
+ bool setUnalignableRegions( void );
+ bool setInitialClusters(void);
+ bool setInitialClusters(string);
+ void setFinalClusters(void);
+ void setFinalClusters(string);
+ bool setInterClusterRegions(void);
+ static void shuffleSeq(string &seq,int diff);
+ static void getSubseq(string seq,int start,int end);
+ static char shuffleChar(char b,bool enabled,bool &ft, int i,int diff);
+ void formatPpmumInput( vector<long>, vector<long>, char [] );
+ void writeOutput(string psnp, vector<float>& coveragerow);
+
+
+ // }}}
+};
+// }}}
+
+#endif // ALIGNER_H
diff --git a/template.ini b/template.ini
new file mode 100755
index 0000000..506a349
--- /dev/null
+++ b/template.ini
@@ -0,0 +1,33 @@
+;Parsnp configuration File
+;
+[Reference]
+file=$REF
+reverse=0
+[Query]
+$FILES
+[MUM]
+anchors=$ANCHORS
+anchorfile=
+anchorsonly=0
+calcmumi=0
+mums=$MUMS
+mumfile=
+filter=1
+factor=2.0
+extendmums=$EXTEND
+[LCB]
+recombfilter=$RECOMBFILT
+cores=$THREADS
+diagdiff=$DIAGDIFF
+doalign=$ALIGNER
+c=$MINCLUSTER
+d=$CLUSTERD
+q=30
+p=$PARTPOS
+icr=0
+unaligned=$UNALIGNED
+[Output]
+outdir=$OUTDIR
+prefix=parsnp
+showbps=1
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