[med-svn] [plast] 01/04: Imported Upstream version 2.3.1+dfsg
Andreas Tille
tille at debian.org
Tue Feb 9 17:30:46 UTC 2016
This is an automated email from the git hooks/post-receive script.
tille pushed a commit to branch master
in repository plast.
commit d771cceb6893a4b07b6e7d6ca5d88b6b35a7821b
Author: Andreas Tille <tille at debian.org>
Date: Tue Feb 9 14:54:56 2016 +0100
Imported Upstream version 2.3.1+dfsg
---
CMakeLists.txt | 86 +
LICENSE | 14 +
README | 83 +
db/query.fa | 767 +
db/sapiens_1Mo.fa | 14083 ++
db/tursiops.fa | 183354 ++++++++++++++++++
scripts/plast.sh | 231 +
scripts/test-plast.sh | 37 +
src/CMakeLists.txt | 44 +
src/algo/core/api/IAlgoConfig.hpp | 310 +
src/algo/core/api/IAlgoEnvironment.hpp | 206 +
src/algo/core/api/IAlgoEvents.hpp | 379 +
src/algo/core/api/IAlgoIndexator.hpp | 116 +
src/algo/core/api/IAlgoParameters.hpp | 224 +
src/algo/core/api/IAlgorithm.hpp | 220 +
src/algo/core/api/IDatabasesProvider.hpp | 74 +
src/algo/core/api/IScoreMatrix.hpp | 126 +
src/algo/core/impl/AbstractAlgorithm.cpp | 654 +
src/algo/core/impl/AbstractAlgorithm.hpp | 443 +
src/algo/core/impl/AlgoIndexatorNucleotide.cpp | 216 +
src/algo/core/impl/AlgoIndexatorNucleotide.hpp | 160 +
src/algo/core/impl/AlgorithmPlastn.cpp | 494 +
src/algo/core/impl/AlgorithmPlastn.hpp | 139 +
src/algo/core/impl/BasicAlgoIndexator.cpp | 328 +
src/algo/core/impl/BasicAlgoIndexator.hpp | 176 +
src/algo/core/impl/DatabasesProvider.cpp | 370 +
src/algo/core/impl/DatabasesProvider.hpp | 218 +
src/algo/core/impl/DefaultAlgoConfig.cpp | 1137 +
src/algo/core/impl/DefaultAlgoConfig.hpp | 223 +
src/algo/core/impl/DefaultAlgoEnvironment.cpp | 680 +
src/algo/core/impl/DefaultAlgoEnvironment.hpp | 158 +
src/algo/core/impl/PlastnAlgoConfig.cpp | 396 +
src/algo/core/impl/PlastnAlgoConfig.hpp | 102 +
src/algo/core/impl/ScoreMatrix.cpp | 326 +
src/algo/core/impl/ScoreMatrix.hpp | 113 +
src/algo/hits/api/IHitIterator.hpp | 269 +
src/algo/hits/common/AbstractHitIterator.cpp | 175 +
src/algo/hits/common/AbstractHitIterator.hpp | 116 +
src/algo/hits/common/AbstractPipeHitIterator.cpp | 152 +
src/algo/hits/common/AbstractPipeHitIterator.hpp | 168 +
src/algo/hits/gap/CompositionHitIterator.cpp | 278 +
src/algo/hits/gap/CompositionHitIterator.hpp | 147 +
src/algo/hits/gap/FullGapHitIterator.cpp | 280 +
src/algo/hits/gap/FullGapHitIterator.hpp | 183 +
src/algo/hits/gap/SmallGapHitIterator.cpp | 270 +
src/algo/hits/gap/SmallGapHitIterator.hpp | 102 +
src/algo/hits/gap/SmallGapHitIteratorNull.cpp | 66 +
src/algo/hits/gap/SmallGapHitIteratorNull.hpp | 82 +
src/algo/hits/gap/SmallGapHitIteratorSSE8.cpp | 496 +
src/algo/hits/gap/SmallGapHitIteratorSSE8.hpp | 137 +
src/algo/hits/hsp/AlignmentGeneratorCmd.cpp | 184 +
src/algo/hits/hsp/AlignmentGeneratorCmd.hpp | 103 +
src/algo/hits/hsp/HspExtensionCmd.cpp | 210 +
src/algo/hits/hsp/HspExtensionCmd.hpp | 98 +
src/algo/hits/hsp/HspGeneratorCmd.cpp | 625 +
src/algo/hits/hsp/HspGeneratorCmd.hpp | 138 +
src/algo/hits/seed/SeedHitIterator.cpp | 450 +
src/algo/hits/seed/SeedHitIterator.hpp | 179 +
src/algo/hits/seed/SeedHitIteratorCached.cpp | 316 +
src/algo/hits/seed/SeedHitIteratorCached.hpp | 158 +
src/algo/hits/ungap/UngapExtendHitIterator.cpp | 231 +
src/algo/hits/ungap/UngapExtendHitIterator.hpp | 104 +
src/algo/hits/ungap/UngapHitIterator.cpp | 143 +
src/algo/hits/ungap/UngapHitIterator.hpp | 93 +
src/algo/hits/ungap/UngapHitIteratorNull.cpp | 50 +
src/algo/hits/ungap/UngapHitIteratorNull.hpp | 80 +
src/algo/hits/ungap/UngapHitIteratorSSE16.cpp | 301 +
src/algo/hits/ungap/UngapHitIteratorSSE16.hpp | 105 +
src/algo/hits/ungap/UngapHitIteratorSSE8.cpp | 234 +
src/algo/hits/ungap/UngapHitIteratorSSE8.hpp | 91 +
src/algo/stats/api/IStatistics.hpp | 187 +
src/algo/stats/impl/Statistics.cpp | 590 +
src/algo/stats/impl/Statistics.hpp | 213 +
src/algo/stats/impl/StatisticsPlastn.cpp | 685 +
src/algo/stats/impl/StatisticsPlastn.hpp | 110 +
src/algo/stats/impl/StatisticsSpouge.cpp | 317 +
src/algo/stats/impl/StatisticsSpouge.hpp | 99 +
src/alignment/core/api/Alignment.hpp | 509 +
src/alignment/core/api/IAlignmentContainer.hpp | 153 +
.../core/api/IAlignmentContainerFactory.hpp | 71 +
.../core/api/IAlignmentContainerModel.hpp | 73 +
.../core/api/IAlignmentContainerVisitor.hpp | 128 +
src/alignment/core/api/IHspContainer.hpp | 186 +
.../core/impl/AbstractAlignmentContainer.cpp | 83 +
.../core/impl/AbstractAlignmentContainer.hpp | 102 +
src/alignment/core/impl/Alignment.cpp | 95 +
.../core/impl/AlignmentContainerFactory.cpp | 226 +
.../core/impl/AlignmentContainerFactory.hpp | 72 +
.../core/impl/BasicAlignmentContainer.cpp | 607 +
.../core/impl/BasicAlignmentContainer.hpp | 218 +
src/alignment/core/impl/HspContainer.cpp | 501 +
src/alignment/core/impl/HspContainer.hpp | 157 +
src/alignment/core/impl/NullAlignmentContainer.hpp | 107 +
.../core/impl/ReaderAlignmentContainer.cpp | 97 +
.../core/impl/ReaderAlignmentContainer.hpp | 74 +
.../core/impl/UngapAlignmentContainer.cpp | 363 +
.../core/impl/UngapAlignmentContainer.hpp | 134 +
src/alignment/filter/api/IAlignmentFilter.hpp | 74 +
.../filter/impl/AbstractAlignmentFilterFactory.cpp | 150 +
.../filter/impl/AbstractAlignmentFilterFactory.hpp | 66 +
.../filter/impl/AlignmentFilterFactory.cpp | 67 +
.../filter/impl/AlignmentFilterFactory.hpp | 59 +
.../filter/impl/AlignmentFilterOperator.cpp | 193 +
.../filter/impl/AlignmentFilterOperator.hpp | 323 +
src/alignment/filter/impl/AlignmentFilterXML.cpp | 268 +
src/alignment/filter/impl/AlignmentFilterXML.hpp | 117 +
src/alignment/tools/api/IAlignmentSplitter.hpp | 104 +
src/alignment/tools/api/ISemiGappedAlign.hpp | 61 +
.../tools/impl/AlignmentContainerShrinkCmd.cpp | 166 +
.../tools/impl/AlignmentContainerShrinkCmd.hpp | 66 +
src/alignment/tools/impl/AlignmentOverlapCmd.cpp | 253 +
src/alignment/tools/impl/AlignmentOverlapCmd.hpp | 140 +
src/alignment/tools/impl/AlignmentSplitter.cpp | 517 +
src/alignment/tools/impl/AlignmentSplitter.hpp | 103 +
.../tools/impl/AlignmentSplitterBanded.cpp | 439 +
.../tools/impl/AlignmentSplitterBanded.hpp | 78 +
src/alignment/tools/impl/SemiGappedAlign.cpp | 299 +
src/alignment/tools/impl/SemiGappedAlign.hpp | 83 +
.../tools/impl/SemiGappedAlignTraceback.cpp | 598 +
.../tools/impl/SemiGappedAlignTraceback.hpp | 121 +
.../visitors/impl/AdapterAlignmentVisitor.hpp | 64 +
.../visitors/impl/CompareContainerVisitor.cpp | 66 +
.../visitors/impl/CompareContainerVisitor.hpp | 126 +
.../visitors/impl/CompareResultQryVisitor.hpp | 109 +
.../visitors/impl/CompareResultVisitor.cpp | 48 +
.../visitors/impl/CompareResultVisitor.hpp | 112 +
.../visitors/impl/FilterContainerVisitor.cpp | 66 +
.../visitors/impl/FilterContainerVisitor.hpp | 84 +
.../visitors/impl/HierarchyAlignmentVisitor.hpp | 70 +
.../visitors/impl/MaxHitsPerQueryVisitor.cpp | 92 +
.../visitors/impl/MaxHitsPerQueryVisitor.hpp | 104 +
.../visitors/impl/ModelBuilderVisitor.cpp | 220 +
.../visitors/impl/ModelBuilderVisitor.hpp | 87 +
.../visitors/impl/ModifierContainerVisitor.hpp | 62 +
.../visitors/impl/NucleotidConversionVisitor.cpp | 146 +
.../visitors/impl/NucleotidConversionVisitor.hpp | 92 +
src/alignment/visitors/impl/OstreamVisitor.hpp | 155 +
src/alignment/visitors/impl/ProxyVisitor.hpp | 90 +
.../visitors/impl/QueryReorderVisitor.cpp | 653 +
.../visitors/impl/QueryReorderVisitor.hpp | 127 +
src/alignment/visitors/impl/RawOutputVisitor.hpp | 104 +
.../visitors/impl/ReverseStrandVisitor.cpp | 82 +
.../visitors/impl/ReverseStrandVisitor.hpp | 67 +
.../visitors/impl/ShrinkContainerVisitor.cpp | 63 +
.../visitors/impl/ShrinkContainerVisitor.hpp | 74 +
.../visitors/impl/SortContainerVisitor.cpp | 83 +
.../visitors/impl/SortContainerVisitor.hpp | 72 +
.../visitors/impl/TabulatedOutputVisitor.cpp | 162 +
.../visitors/impl/TabulatedOutputVisitor.hpp | 127 +
src/alignment/visitors/impl/XmlOutputVisitor.cpp | 275 +
src/alignment/visitors/impl/XmlOutputVisitor.hpp | 81 +
src/database/api/IAlphabet.hpp | 175 +
src/database/api/IDatabaseQuickReader.hpp | 130 +
src/database/api/ISequence.hpp | 308 +
src/database/api/ISequenceBuilder.hpp | 107 +
src/database/api/ISequenceCache.hpp | 141 +
src/database/api/ISequenceDatabase.hpp | 179 +
src/database/api/ISequenceIterator.hpp | 115 +
src/database/api/IWord.hpp | 147 +
src/database/impl/AbstractSequenceIterator.cpp | 79 +
src/database/impl/AbstractSequenceIterator.hpp | 102 +
src/database/impl/AminoAcidDatabaseQuickReader.hpp | 109 +
src/database/impl/BasicSequenceBuilder.cpp | 344 +
src/database/impl/BasicSequenceBuilder.hpp | 105 +
src/database/impl/BlastdbAsn1HeaderDecoder.cpp | 628 +
src/database/impl/BlastdbAsn1HeaderDecoder.hpp | 124 +
src/database/impl/BlastdbDatabaseQuickReader.cpp | 224 +
src/database/impl/BlastdbDatabaseQuickReader.hpp | 160 +
src/database/impl/BlastdbFileIndexReader.cpp | 143 +
src/database/impl/BlastdbFileIndexReader.hpp | 215 +
src/database/impl/BlastdbSequenceIterator.cpp | 469 +
src/database/impl/BlastdbSequenceIterator.hpp | 195 +
.../impl/BufferedCachedSequenceDatabase.cpp | 101 +
.../impl/BufferedCachedSequenceDatabase.hpp | 154 +
src/database/impl/BufferedSequenceDatabase.cpp | 794 +
src/database/impl/BufferedSequenceDatabase.hpp | 585 +
src/database/impl/CompositeSequenceDatabase.cpp | 384 +
src/database/impl/CompositeSequenceDatabase.hpp | 210 +
src/database/impl/DatabaseUtility.hpp | 92 +
src/database/impl/DatabaseVisitorComment.hpp | 51 +
src/database/impl/DefaultAlphabet.cpp | 317 +
src/database/impl/FastaDatabaseQuickReader.cpp | 415 +
src/database/impl/FastaDatabaseQuickReader.hpp | 175 +
src/database/impl/FastaSequenceIterator.cpp | 159 +
src/database/impl/FastaSequenceIterator.hpp | 130 +
src/database/impl/FastaSequenceOutput.cpp | 149 +
src/database/impl/FastaSequenceOutput.hpp | 105 +
src/database/impl/ReadingFrameSequenceDatabase.cpp | 85 +
src/database/impl/ReadingFrameSequenceDatabase.hpp | 220 +
src/database/impl/ReadingFrameSequenceIterator.cpp | 277 +
src/database/impl/ReadingFrameSequenceIterator.hpp | 139 +
.../impl/ReverseStrandSequenceIterator.cpp | 165 +
.../impl/ReverseStrandSequenceIterator.hpp | 145 +
src/database/impl/Sequence.cpp | 37 +
src/database/impl/SequenceTokenizer.cpp | 106 +
src/database/impl/SequenceTokenizer.hpp | 93 +
src/database/impl/StringSequenceIterator.cpp | 148 +
src/database/impl/StringSequenceIterator.hpp | 121 +
src/database/impl/TruncatedSequenceIterator.hpp | 90 +
src/designpattern/api/ICommand.hpp | 258 +
src/designpattern/api/IObserver.hpp | 209 +
src/designpattern/api/IProperty.hpp | 223 +
src/designpattern/api/Iterator.hpp | 272 +
src/designpattern/api/SmartPointer.hpp | 221 +
src/designpattern/impl/CommandDispatcher.cpp | 227 +
src/designpattern/impl/CommandDispatcher.hpp | 172 +
src/designpattern/impl/ConfigFileProperties.cpp | 50 +
src/designpattern/impl/ConfigFileProperties.hpp | 54 +
src/designpattern/impl/DirectoryIterator.cpp | 143 +
src/designpattern/impl/DirectoryIterator.hpp | 107 +
src/designpattern/impl/EventCatch.hpp | 101 +
src/designpattern/impl/FileLineIterator.cpp | 193 +
src/designpattern/impl/FileLineIterator.hpp | 238 +
src/designpattern/impl/IteratorGet.hpp | 247 +
src/designpattern/impl/ListIterator.hpp | 92 +
src/designpattern/impl/Observer.cpp | 140 +
src/designpattern/impl/Observer.hpp | 92 +
src/designpattern/impl/ProductIterator.hpp | 241 +
src/designpattern/impl/Property.cpp | 761 +
src/designpattern/impl/Property.hpp | 247 +
src/designpattern/impl/RangeIterator.hpp | 138 +
src/designpattern/impl/SystemCommand.cpp | 158 +
src/designpattern/impl/SystemCommand.hpp | 113 +
src/designpattern/impl/TokenizerIterator.cpp | 151 +
src/designpattern/impl/TokenizerIterator.hpp | 108 +
src/designpattern/impl/Vectorterator.hpp | 100 +
src/designpattern/impl/WrapperIterator.cpp | 105 +
src/designpattern/impl/WrapperIterator.hpp | 104 +
src/designpattern/impl/XmlReader.cpp | 296 +
src/designpattern/impl/XmlReader.hpp | 201 +
src/index/api/IDatabaseIndex.hpp | 234 +
src/index/api/IOccurrenceIterator.hpp | 170 +
src/index/impl/AbstractDatabaseIndex.cpp | 183 +
src/index/impl/AbstractDatabaseIndex.hpp | 98 +
src/index/impl/DatabaseIndex.cpp | 712 +
src/index/impl/DatabaseIndex.hpp | 321 +
src/index/impl/DatabaseIndexHash.cpp | 326 +
src/index/impl/DatabaseIndexHash.hpp | 143 +
src/index/impl/DatabaseNucleotidIndex.cpp | 451 +
src/index/impl/DatabaseNucleotidIndex.hpp | 198 +
src/index/impl/DatabaseNucleotidIndexOptim.cpp | 585 +
src/index/impl/DatabaseNucleotidIndexOptim.hpp | 192 +
src/index/impl/retrievall.c | 1262 +
src/index/impl/retrievall.h | 205 +
src/launcher/core/PlastCmd.cpp | 413 +
src/launcher/core/PlastCmd.hpp | 155 +
src/launcher/core/PlastOptionsParser.cpp | 137 +
src/launcher/core/PlastOptionsParser.hpp | 56 +
src/launcher/jni/Helper.cpp | 31 +
src/launcher/jni/Helper.hpp | 106 +
src/launcher/jni/JniObsfucation.h | 141 +
src/launcher/jni/Wrapper.cpp | 68 +
src/launcher/jni/Wrapper.hpp | 67 +
.../org_inria_genscale_dbscan_impl_plast_Hit.cpp | 124 +
.../jni/org_inria_genscale_dbscan_impl_plast_Hit.h | 21 +
...nria_genscale_dbscan_impl_plast_QueryResult.cpp | 124 +
..._inria_genscale_dbscan_impl_plast_QueryResult.h | 21 +
...rg_inria_genscale_dbscan_impl_plast_Request.cpp | 387 +
.../org_inria_genscale_dbscan_impl_plast_Request.h | 45 +
...enscale_dbscan_impl_plast_RequestController.cpp | 64 +
..._genscale_dbscan_impl_plast_RequestController.h | 21 +
...a_genscale_dbscan_impl_plast_RequestManager.cpp | 317 +
...ria_genscale_dbscan_impl_plast_RequestManager.h | 29 +
...ia_genscale_dbscan_impl_plast_RequestResult.cpp | 124 +
...nria_genscale_dbscan_impl_plast_RequestResult.h | 21 +
src/launcher/observers/AbstractObserver.hpp | 57 +
.../observers/AbstractProgressionObserver.cpp | 208 +
.../observers/AbstractProgressionObserver.hpp | 184 +
src/launcher/observers/AlgoExecutionObserver.cpp | 77 +
src/launcher/observers/AlgoExecutionObserver.hpp | 67 +
src/launcher/observers/AlgoHitsResultObserver.cpp | 362 +
src/launcher/observers/AlgoHitsResultObserver.hpp | 130 +
src/launcher/observers/AlgoResultObserver.cpp | 152 +
src/launcher/observers/AlgoResultObserver.hpp | 80 +
src/launcher/observers/BargraphObserver.cpp | 156 +
src/launcher/observers/BargraphObserver.hpp | 86 +
src/launcher/observers/FileProgressionObserver.cpp | 284 +
src/launcher/observers/FileProgressionObserver.hpp | 168 +
src/misc/api/CompleteSubjectDatabaseStats.cpp | 51 +
src/misc/api/CompleteSubjectDatabaseStats.hpp | 56 +
src/misc/api/PlastStrings.hpp | 511 +
src/misc/api/PlastStringsRepository.hpp | 418 +
src/misc/api/RangeTree.hpp | 285 +
src/misc/api/Vector.hpp | 217 +
src/misc/api/macros.hpp | 89 +
src/misc/api/obsfucation.h | 797 +
src/misc/api/types.hpp | 274 +
src/misc/api/version.hpp | 49 +
src/misc/api/version.hpp.in | 49 +
src/misc/impl/ObsfucatedString.cpp | 173 +
src/misc/impl/ObsfucatedString.hpp | 91 +
src/misc/impl/Option.hpp | 218 +
src/misc/impl/OptionsParser.cpp | 554 +
src/misc/impl/OptionsParser.hpp | 218 +
src/misc/impl/RangeTree.cpp | 454 +
src/os/api/IFile.hpp | 145 +
src/os/api/IMemory.hpp | 121 +
src/os/api/IMemoryFile.hpp | 102 +
src/os/api/IOsFactory.hpp | 98 +
src/os/api/IResource.hpp | 53 +
src/os/api/IThread.hpp | 161 +
src/os/api/ITime.hpp | 62 +
src/os/impl/CommonOsImpl.hpp | 290 +
src/os/impl/DefaultOsFactory.cpp | 95 +
src/os/impl/DefaultOsFactory.hpp | 132 +
src/os/impl/LinuxFile.cpp | 68 +
src/os/impl/LinuxFile.hpp | 55 +
src/os/impl/LinuxMemory.cpp | 76 +
src/os/impl/LinuxMemory.hpp | 55 +
src/os/impl/LinuxMemoryFile.cpp | 133 +
src/os/impl/LinuxMemoryFile.hpp | 55 +
src/os/impl/LinuxThread.cpp | 155 +
src/os/impl/LinuxThread.hpp | 64 +
src/os/impl/LinuxTime.cpp | 74 +
src/os/impl/LinuxTime.hpp | 56 +
src/os/impl/MacOsFile.cpp | 59 +
src/os/impl/MacOsFile.hpp | 55 +
src/os/impl/MacOsMemory.cpp | 58 +
src/os/impl/MacOsMemory.hpp | 50 +
src/os/impl/MacOsMemoryFile.cpp | 130 +
src/os/impl/MacOsMemoryFile.hpp | 55 +
src/os/impl/MacOsThread.cpp | 161 +
src/os/impl/MacOsThread.hpp | 64 +
src/os/impl/MacOsTime.cpp | 72 +
src/os/impl/MacOsTime.hpp | 56 +
src/os/impl/TimeTools.hpp | 148 +
src/os/impl/WindowsFile.cpp | 55 +
src/os/impl/WindowsFile.hpp | 55 +
src/os/impl/WindowsMemory.cpp | 47 +
src/os/impl/WindowsMemory.hpp | 50 +
src/os/impl/WindowsMemoryFile.cpp | 126 +
src/os/impl/WindowsMemoryFile.hpp | 55 +
src/os/impl/WindowsThread.cpp | 181 +
src/os/impl/WindowsThread.hpp | 67 +
src/os/impl/WindowsTime.cpp | 58 +
src/os/impl/WindowsTime.hpp | 56 +
src/os/impl/ZlibFile.cpp | 135 +
src/os/impl/ZlibFile.hpp | 61 +
src/seed/api/ISeed.hpp | 104 +
src/seed/api/ISeedIterator.hpp | 107 +
src/seed/api/ISeedModel.hpp | 129 +
src/seed/impl/AbstractSeedIterator.cpp | 151 +
src/seed/impl/AbstractSeedIterator.hpp | 186 +
src/seed/impl/AbstractSeedModel.cpp | 124 +
src/seed/impl/AbstractSeedModel.hpp | 104 +
src/seed/impl/BasicSeedModel.cpp | 336 +
src/seed/impl/BasicSeedModel.hpp | 142 +
src/seed/impl/SubSeedModel.cpp | 645 +
src/seed/impl/SubSeedModel.hpp | 291 +
src/seg/api/genwin.h | 196 +
src/seg/api/seg.h | 60 +
src/seg/impl/DustMasker.cpp | 351 +
src/seg/impl/DustMasker.hpp | 147 +
src/seg/impl/dust.c | 276 +
src/seg/impl/genwin.c | 462 +
src/seg/impl/lnfac.pri | 1270 +
src/seg/impl/seg.c | 563 +
src/tools/PlastCmd.cpp | 166 +
358 files changed, 266955 insertions(+)
diff --git a/CMakeLists.txt b/CMakeLists.txt
new file mode 100644
index 0000000..cee7b76
--- /dev/null
+++ b/CMakeLists.txt
@@ -0,0 +1,86 @@
+project(PlastLibrary)
+
+################################################################################
+# CMake required
+################################################################################
+cmake_minimum_required (VERSION 2.6)
+
+find_package (JNI REQUIRED)
+
+################################################################################
+# PLAST release number
+################################################################################
+set (plast_VERSION_MAJOR 2)
+set (plast_VERSION_MINOR 3)
+set (plast_VERSION_PATCH 1)
+set (plast-version ${plast_VERSION_MAJOR}.${plast_VERSION_MINOR}.${plast_VERSION_PATCH})
+set (plast-date "xxxx-xx-xx")
+
+################################################################################
+# update date pattern with real value
+################################################################################
+INCLUDE(FindPerl)
+
+# We execute a command that retrieves the current date.
+IF (PERL_FOUND)
+ EXECUTE_PROCESS (
+ COMMAND "${PERL_EXECUTABLE}" "-le" "@T=localtime; printf (\"%04d-%02d-%02d %02d:%02d:%02d\",$T[5]+1900,$T[4]+1,$T[3],$T[2],$T[1],$T[0])"
+ OUTPUT_VARIABLE plast-date
+ )
+ENDIF (PERL_FOUND)
+
+################################################################################
+# set files
+################################################################################
+set (LIBRARY_OUTPUT_PATH lib/${CMAKE_BUILD_TYPE})
+set (EXECUTABLE_OUTPUT_PATH bin/${CMAKE_BUILD_TYPE})
+file (GLOB_RECURSE PlastLibraryFiles src/*)
+file (GLOB_RECURSE PlastCmdFiles src/*)
+
+################################################################################
+# prepare targets
+################################################################################
+add_definitions (-O3 -funroll-loops -fomit-frame-pointer -msse3)
+include_directories (${PROJECT_BINARY_DIR}/include ${JAVA_INCLUDE_PATH} ${JAVA_INCLUDE_PATH2})
+add_library (PlastLibrary SHARED ${PlastLibraryFiles} )
+add_executable (plast ${PlastCmdFiles})
+target_link_libraries (plast pthread)
+
+################################################################################
+# OS specific stuffs
+################################################################################
+IF(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Darwin")
+ add_definitions(-D__DARWIN__)
+ENDIF(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Darwin")
+
+IF(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
+ add_definitions(-D__LINUX__)
+ENDIF(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
+
+IF(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Windows")
+ add_definitions(-D__WINDOWS__)
+ # IMPORTANT ! we have to add this flag for getting correct methods names in the library
+ # otherwise the Java JVM won't find the native JNI methods.
+ set_target_properties (PlastLibrary PROPERTIES LINK_FLAGS -Wl,--kill-at)
+ set_target_properties (PlastLibrary PROPERTIES PREFIX "")
+ENDIF(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Windows")
+
+################################################################################
+# HEADERS COPY
+################################################################################
+file (COPY ${PROJECT_SOURCE_DIR}/src/
+ DESTINATION ${PROJECT_BINARY_DIR}/include
+ FILES_MATCHING PATTERN "*.hpp" PATTERN "*.h" PATTERN "*.pri"
+)
+
+install (DIRECTORY ${PROJECT_SOURCE_DIR}/src/ DESTINATION include FILES_MATCHING PATTERN "*.hpp" PATTERN "*.h" PATTERN "*.pri")
+
+################################################################################
+# CONFIGURATION FILE
+################################################################################
+configure_file (
+ ${PROJECT_SOURCE_DIR}/src/misc/api/version.hpp.in
+ ${PROJECT_BINARY_DIR}/include/misc/api/version.hpp
+)
+
+
diff --git a/LICENSE b/LICENSE
new file mode 100644
index 0000000..de70fbe
--- /dev/null
+++ b/LICENSE
@@ -0,0 +1,14 @@
+ *****************************************************************************
+ * *
+ * PLAST : Parallel Local Alignment Search Tool *
+ * Copyright (c) 2009-2015 Inria *
+ * *
+ * PLAST is free software; you can redistribute it and/or modify it under *
+ * the Affero GPL v3 License *
+ * *
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful, *
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of *
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the *
+ * Affero GPL v3 License for more details. *
+ *****************************************************************************
+
diff --git a/README b/README
new file mode 100644
index 0000000..f18f85d
--- /dev/null
+++ b/README
@@ -0,0 +1,83 @@
+PLAST - c++ project
+===================
+
+This project contains:
+----------------------
+
+1. C++/11 source code ('src' directory);
+
+2. sample Fasta files to test software ('db' directory);
+
+3. cmake file to compile the project.
+
+
+Requirements
+------------
+
+1. cmake 2.6 or above;
+2. gcc 4.4+ (Linux), gcc/Mingw64 (Windows) or clang (MacOSX) compiler.
+
+
+Compiling PLAST
+---------------
+
+The PLAST library can be compiled in a terminal with the cmake tool.
+
+As a result of source code compilation, one should get a dynamic library (in 'build/lib'
+directory) and a commend-line tool (in 'build/bin' directory). You can test resulting
+binary using the 'test-plast.sh' script provided in 'scripts' directory.
+
+Requirements:
+
+ * Linux:
+ kernel 2.6+
+ gcc 4.4+
+ cmake 2.8+
+
+ * MacOS:
+ OS 10.7+
+ cmake 2.8+
+ XCode 4+ and its command-line development tools
+
+ * Windows:
+ Seven+
+ cmake 2.8+
+ MinGW-64 environment (since gcc is required to compile PLAST)
+
+Be aware that the more recent OS version you use, the more faster PLAST will be.
+
+Once the source archive has been retrieved and unzipped, one just has to do:
+
+Linux:
+ mkdir build
+ cd build
+ cmake ..
+ make
+
+MacOS:
+ set CC=gcc
+ set CXX=g++
+ mkdir build
+ cd build
+ cmake ..
+ make
+
+Windows: (use MinGW-MSYS to run a real Unix shell)
+ mkdir build
+ cd build
+ cmake -G "MSYS Makefiles" ..
+ make
+
+
+Developer documentation
+-----------------------
+
+See https://project.inria.fr/plast/developer-guide/
+
+
+License
+-------
+
+PLAST is free software; you can redistribute it and/or modify it under the Affero GPL v3
+license. See http://www.gnu.org/licenses/agpl-3.0.en.html
+
diff --git a/db/query.fa b/db/query.fa
new file mode 100755
index 0000000..803ac7c
--- /dev/null
+++ b/db/query.fa
@@ -0,0 +1,767 @@
+>ENSTTRP00000007202 pep:novel scaffold:turTru1:scaffold_113855:32105:37173:1 gene:ENSTTRG00000007615 transcript:ENSTTRT00000007614
+MTMDKSELVQKAKLAEQAERYDDMAAAMKAVTEQGHELSNEERNLLSVAYKNVVGARRSS
+WRVISSIEQKTERNEKKQQMGKEYREKIEAELQDICNDVLELLDKYLIPNATQPESKVFY
+LKMKGDYFRYLSEVASGDNKQTTVSNSQQAYQEAFEISKKEMQPTHPIRLGLALNFSVFY
+YEILNSPEKACSLAKTAFDEAIAELDTLNEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSENQGDEGD
+AGEGEN
+>ENSTTRP00000007204 pep:novel scaffold:turTru1:scaffold_113855:40787:62938:1 gene:ENSTTRG00000007618 transcript:ENSTTRT00000007616
+MNSSGPGYPLASLYAGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDVATRRSLGYAYINFQ
+QPADAERALDTMNFEVIKGQPIRIMWSQRDPGLRKSGVGNIFIKNLEDSIDNKALYDTFS
+TFGNILSCKVVCDDHGSRGFGFVHFETHEAAQNAISTMNGMLLNDRKVFVGHFKPRRERD
+AELGARAMEFTNIYVKNLHVDVDEQCLQDLFSQFGKILSVKVMDDSHPRFGFVNFETHEA
+QAVTDMNGREVSGRLLYVGRAQKRVERQNELKRRFEQMKQDRLTRYQGVNLYVKNLDDSI
+DDEKLRKEFSPYGVITSAKVMTEGGHSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVGTKPLYV
+ALAQRKEERKAILTNQYMQRLSTMRALGSPLLGSFQQPASYFLPATPQPPAQAPYYGSGP
+PVQPASRWTAQLPRPSSASVVQPAAVSRRPSFPIGSARQISTHVPRLVPHAQGVANIGTQ
+TTGPGMAGCSSPRGPLLTHRCSLATHNTHRVQEPAVRVPGQEPLTASMLAAAPLHEQKQM
+IGERLYPLIYNVHTQLAGKITGMLLEIDNSELLLLLESPESLSAK
+>ENSTTRP00000007206 pep:novel scaffold:turTru1:scaffold_113855:72268:86716:-1 gene:ENSTTRG00000007619 transcript:ENSTTRT00000007618
+MAPKLPDSVEELRAAGNLSFRNGQFAEAATLYSRALRMLQAQGSSDPEKESVLYSNRAAC
+HLKDGNCIDCIKDCTSALALVPFGMKPLLRRASAYEALEKYTLAYMDYLTVLQIDDRVTS
+ALEGSSRMTRALMDSFGPEWRQKLPSIPLVPVSAQKRWECLPSGDCKETAKSKSKETTAT
+KSRVPSAGDVERARVLKEEGNELVKKGNHKQAIEKYNESLWFSNLESATYSN
+>ENSTTRP00000007207 pep:novel scaffold:turTru1:scaffold_113855:91611:143259:1 gene:ENSTTRG00000007620 transcript:ENSTTRT00000007619
+METVQLRNPPRRQLKKLDEDSLTKQPEEVFDVLEKLGEGSYGSVYKAIHKETGQIVAIKQ
+VPVESDLQEIIKEISIMQQCDSPHVVKYYGSYFKNTDLWIVMEYCGAGSVSDIIRLRNKT
+LTEDEIATILQSTLKGLEYLHFMRKIHRDIKAGNILLNTEGHAKLADFGVAGQLTDTMAK
+RNTVIGTPFWMAPEVIQEIGYNCVADIWSLGITAIEMAEGKPPYADIHPMRAIFMIPTNP
+PPTFRKPELWSDSFMDFVKQCLIKSPEQRATATQLLQHPFVKSAKGVSILRDLINEAMDV
+KLKRQEAQQREVDQDDEENSEEDEMDSGTMVRAAGDEMGTVRVASTMSDGANTMIEHDDT
+LPSQLGTMVINSEEEEEEGTMKRRDETMQPARPSFLEYFEQKEKENQINSFGKSVPGPLK
+NSSDWKVPQDGDYEF
+>ENSTTRP00000007208 pep:novel scaffold:turTru1:scaffold_113855:187589:191897:-1 gene:ENSTTRG00000007621 transcript:ENSTTRT00000007620
+TVKLLIQGTHLKNFWSRRILSTTLDSQRAAAMVSECPGPGARVPWRRSDEALRVNVGGVR
+RRLSARALARFPGTRLGRLQAAASEEQARRLCDDYDAAAREFYFDRHPGFFLSLLHFYRT
+GRLHVLDEQCVFAFGQEADYWGLGESALATCCRARYLERRVARPRVWDEDSDTLSSVGPC
+PEEISDVQRELAHYRAVRCGRLRRRLWLTMENPGYSLPSKLFSCVSIGVVLASIAAMCIH
+SLPEYQAREAAAAVAAVAAGRRAEGLRDDPVLRHLEYFCIAWFSFEVSSRLLLAPSTRNF
+FCHPLNLIDIVSVLPFYLTLLAGVALQDRGGAGGEELGDLGKVVQVFRLMRIFRVLKLAR
+HSTGLRSLGATLKHSYREVGILLLYLAVGVSVFSCVAYTAEKEEDVGFDTIPACWWWGTV
+SMTTVGYGDVVPVTVAGKLAASGCILGGILVVALPITIIFNKFSHFYRRQKALEAAVRNS
+DHWEFEDLLSSVDGVSEASLETSRETSQEGRSEDLEAQATSGPPNSQVY
+>ENSTTRP00000000008 pep:novel genescaffold:turTru1:GeneScaffold_102:21248:103915:-1 gene:ENSTTRG00000000009 transcript:ENSTTRT00000000009
+MEHRIVGPGPYRATRLWNETVELFRTKMPLRKHRCRFKSYERCFTAAEAVDWLHELLRRS
+QNFGPEVTRKQTVQLLKKFLKNHVIEDIKGKWGQEDFEDNRHLYRFPPSSPLRPYPKRPP
+YQKDVIKFPEWDDPLPGTSQENIPVRPVVMNSEMWYKRHSIAIGEVPACRLVHRRQLTEA
+NVEELWKTMTLSYLQKILGLDSLEEVLDVNLVNSKFIIHNVYSVSNQGVVILDDKSKELP
+HWVLSAMKCLANWPNCSDLKQPMYLGFEKDVFKTIADYYGHLKEPLLTFHLFDAFVSVLG
+LLQKEKMAIEAFQVCCLLLPPENRRKLQLLMRMMARICLNKEMPPLCDGFGTRTLMVQTF
+SHCILCSKDEVDLDDLLAARLVTFLMDNYQEILKVPLALQTSIEERVAHLRRVQIKYPGA
+DMDITLSAPSFCRQISPEEFEYQRVYGSQEPLAALLEEVITDAKLSSKEKKKKLKQFQKS
+YPEVYQERFPTPESEALLFPEKPKAKPQLLMWTLKNPFQPFQRTRSFRM
+>ENSTTRP00000000009 pep:novel genescaffold:turTru1:GeneScaffold_102:137736:159361:-1 gene:ENSTTRG00000000010 transcript:ENSTTRT00000000010
+MAFSDLTSRTVRLYGNWIKDADPRVEDWLLMSSPLPQTVILGLYVYFVTSLGPKLMENRK
+PFELKKAMITYNFFIVLFSVYMCYEFVMSGWGTGYSFRCEIVDYSRSPTALRMARTCWLY
+YFSKFIELLDTIFFVLRKKNSQVTFLHVFHHTIMPWTWWFGVKFAAGGLGTFHAFLNTAV
+HVVMYSYYGLCALGPAYQKYLWWKKYLTSLQLVQFVIVTIHIGQFFFMEDCKYQFPVFLY
+IIMSYGCIFLLLFLHFWYRAYTKGQRLPKTVKNGICKNKDHNS
+>ENSTTRP00000001033 pep:novel genescaffold:turTru1:GeneScaffold_2278:60769:65122:-1 gene:ENSTTRG00000001100 transcript:ENSTTRT00000001100
+MEEQQPEPKSQRDSGLGAAAAVAAAAAPGSLSLSLSPGASGSSGSDGDSVPVSPQPAPPS
+PPAAPCLPPLAHHPHLPPHPPPPPPQHLAAPAHQPQPAAQLHRTTNFFIDNILRPDFGCK
+KEQPPPQLLVAAAAAAGGGAGGGRVERDRGQTGAGRDPVHPLGTRAPGAASLLCAPDANC
+GPPDGSPPATAGGAGASKAGNPAAAAAAAAAAAAAAVAAAAAAAAAAKPSDSGGGSGGGV
+GSPGAQGAKYPEHSNPAILLMGSANGGPVVKTDSQQPLVWPAWVYCTRYSDRPSSGPRTR
+KLKKKKNEKEDKRPRTAFTAEQLQRLKAEFQANRYITEQRRQTLAQELSLNESQIKIWFQ
+NKRAKIKKATGIKNGLALHLMAQGLYNHSTTTVQDKDESE
+>ENSTTRP00000001034 pep:novel genescaffold:turTru1:GeneScaffold_2278:165049:198106:1 gene:ENSTTRG00000001101 transcript:ENSTTRT00000001101
+MENEEILKEKELSASARERTTLDQTMLSTMETFELNDPKPKKRNGINCFTVLLFIYLILL
+TAGAGLLVVQVLNLQKRLQALETPYNNQTLVPALQAQLIRVRTRQEHLLRLVDNFTRIPX
+XXXXXXXXXXXXLGKGTRLPRLPGPPAETGTGRDGAAGPPGPQGPPGIKGEAGRKGDIGM
+KGDMGVMGPPGARGQKGDSGMPGSPGVAGIPGLKGDQGQPGAKGLPGFPGAAGSPGAKGE
+PGSAGPTGPIGPSGRPGSPGAEGVKGSKGDTGLQGQKGTKGESGVPGPAGMKGEMGSPGL
+VGLKGAPGPDGRKGEPGAKGSSGTKGAKGEKGQKGESMVSVRIAGSRNRGRAEIYYNGAW
+GTICDDDWDNSDATVFCRMLGFSSGTAVFNVEAGTGTIWLDNVACQGSESSLWSCSKNSW
+GSHNCNHSEDAGVDCR
+>ENSTTRP00000001035 pep:novel genescaffold:turTru1:GeneScaffold_2278:334924:336201:-1 gene:ENSTTRG00000001102 transcript:ENSTTRT00000001102
+IQGTTRDHGRPWQAGPPRIPEEKQQSPGRSKPRGKKGDSRPTRSHGLQMTAGAADGVGGG
+EGGTGGGGDSEGEVTGALNAAFSGPKISFYVGVKSPYEGYEEIRLAEVVTNLDNHYDPHT
+GKISCQVRGIYFFTYHILMRGGDGTSMWADLCKNGQVRASAIAQDADQNYDYASNSVVLH
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+>ENSTTRP00000000046 pep:novel genescaffold:turTru1:GeneScaffold_1119:67956:108970:1 gene:ENSTTRG00000000051 transcript:ENSTTRT00000000051
+DSSGFIFDLQSNTVLAQGGVFENMKEKINAVRAIVPNKSNNEIILVLQHFDNCVDKTVQA
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+RPLTVHSAQNSQQNRNAAKSLSRPAIGPQLSNLGMEGVPLSSTNKKLGSNIEKSVKDLQR
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+TTANSSGRPYQPHREVLPGNRRGGQGYRPQGPKSNDPTNQGRHDSGGRYRNSSWYSSGSR
+YQSAPSQAPGNTSERGQTHSAGTNGIGASMEPGPPKPSFKKGLPQRKPRTSQPEAVNS
+>ENSTTRP00000000047 pep:novel genescaffold:turTru1:GeneScaffold_1119:119091:139301:1 gene:ENSTTRG00000000052 transcript:ENSTTRT00000000052
+MPAMRGLLAPQNFLDTIVTRFDGTHSNFVLGNAQVAGLFPVVYCSDGFCDLTGFSRAEVM
+QRGCACSFLYGPDTSELVRQQIRKALDEHKEFKAELILYRKSGLPFWCLLDVIPIKNEKG
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+VPYSVCVSTAREPSAARGPPSVCDLAVEVLFILXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
+XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
+XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXWLQELARRLETPYYLVGRSPAIGN
+SSGQSDNCSSSSSEANRTGPELLGGPSLRSAYITSLYFALSSLTSVGFGNVSANTDTEKI
+FSICTMLIGXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXRIPKPLKQRMLE
+YFQATWAVNNGIDTTELLQSLPDELRADIAMHLHKEVLQLPLFEAASRGCLRALSLALRP
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+GV
+>ENSTTRP00000000048 pep:novel genescaffold:turTru1:GeneScaffold_1119:140015:148043:-1 gene:ENSTTRG00000000053 transcript:ENSTTRT00000000053
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+TCTCTGGGCCTTGAGGAAACCAAGGCTTGGGGCCGGCCAGAAGCTTTGTGGTTTTGGAAGGAAAAGGAGG
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+AAGGCACTCCGTCAATCATGAATGGGCAGGCAGATGTTCATGCATATAAGCACCTACATCCACACACACT
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