[med-svn] [art-nextgen-simulation-tools] 01/03: Imported Upstream version 3.19.15+dfsg

[Andreas Tille]

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tille pushed a commit to branch master
in repository art-nextgen-simulation-tools.

commit 1423ac0f5b4bc2df07da1ad8bab95172c0b0b73c
Author: Andreas Tille <tille at debian.org>
Date:   Tue Feb 16 17:02:46 2016 +0100

    Imported Upstream version 3.19.15+dfsg
---
 .../GS_FLX_Titanium_profile/indel_error_profile    |     5 +
 454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/length_dist   |     8 +
 .../GS_FLX_Titanium_profile/qual_1st_profile       |   104 +
 .../GS_FLX_Titanium_profile/qual_mc_profile        | 28264 ++++++++++
 454_profiles/GS_FLX_profile/indel_error_profile    |     5 +
 454_profiles/GS_FLX_profile/length_dist            |     8 +
 454_profiles/GS_FLX_profile/qual_1st_profile       |   106 +
 454_profiles/GS_FLX_profile/qual_mc_profile        | 29138 +++++++++++
 ART_profiler_454/README                            |    30 +
 ART_profiler_454/art_profiler_454                  |   190 +
 ART_profiler_illumina/README                       |    33 +
 ART_profiler_illumina/art_profiler_illumina        |   119 +
 ART_profiler_illumina/combinedAvg.pl               |   109 +
 ART_profiler_illumina/empDist.pl                   |   224 +
 ART_profiler_illumina/fastqReadAvg.pl              |   252 +
 ART_profiler_illumina/summation.pl                 |   167 +
 AUTHORS                                            |     1 +
 COPYING                                            |     0
 ChangeLog                                          |    11 +
 Illumina_profiles/Emp100R1.txt                     |  1201 +
 Illumina_profiles/Emp100R2.txt                     |  1201 +
 Illumina_profiles/Emp36R1.txt                      |   361 +
 Illumina_profiles/Emp36R2.txt                      |   432 +
 Illumina_profiles/Emp44R1.txt                      |   528 +
 Illumina_profiles/Emp44R2.txt                      |   528 +
 Illumina_profiles/Emp50R1.txt                      |   636 +
 Illumina_profiles/Emp50R2.txt                      |   600 +
 Illumina_profiles/Emp75R1.txt                      |   900 +
 Illumina_profiles/Emp75R2.txt                      |   900 +
 Illumina_profiles/EmpMiSeq250R1.txt                |  3000 ++
 Illumina_profiles/EmpMiSeq250R2.txt                |  3000 ++
 Illumina_profiles/EmpR36R1.txt                     |   432 +
 Illumina_profiles/EmpR36R2.txt                     |   432 +
 Illumina_profiles/EmpR44R1.txt                     |   528 +
 Illumina_profiles/EmpR44R2.txt                     |   528 +
 Illumina_profiles/EmpR50R1.txt                     |   600 +
 Illumina_profiles/EmpR50R2.txt                     |   600 +
 Illumina_profiles/EmpR75R1.txt                     |   900 +
 Illumina_profiles/EmpR75R2.txt                     |   900 +
 Illumina_profiles/HiSeq2500L125R1.txt              |  1512 +
 Illumina_profiles/HiSeq2500L125R2.txt              |  1512 +
 Illumina_profiles/HiSeq2500L150R1.txt              |  1800 +
 Illumina_profiles/HiSeq2500L150R2.txt              |  1800 +
 Illumina_profiles/HiSeq2kL100R1.txt                |  1200 +
 Illumina_profiles/HiSeq2kL100R2.txt                |  1200 +
 Makefile.am                                        |    17 +
 NEWS                                               |     2 +
 README                                             |    30 +
 SOLiD_profiles/getPsuedoProfile.pl                 |    11 +
 SOLiD_profiles/profile_default                     |   435 +
 SOLiD_profiles/profile_pseudo                      |   915 +
 aclocal.m4                                         |  1149 +
 aln2bed.pl                                         |    66 +
 art_454_README                                     |   217 +
 art_454_src/art.cpp                                |   212 +
 art_454_src/art.h                                  |   164 +
 art_454_src/art_454.cpp                            |   667 +
 art_454_src/readSeqFile.cpp                        |   136 +
 art_454_src/readSeqFile.h                          |    29 +
 art_454_src/read_profile.cpp                       |   609 +
 art_454_src/read_profile.h                         |   111 +
 art_454_src/samRead.cpp                            |   138 +
 art_454_src/samRead.h                              |    73 +
 art_454_src/seqRead.cpp                            |    76 +
 art_454_src/seqRead.h                              |   132 +
 art_SOLiD_README                                   |   184 +
 art_SOLiD_src/art.cpp                              |   210 +
 art_SOLiD_src/art.h                                |   226 +
 art_SOLiD_src/art_SOLiD.cpp                        |   905 +
 art_SOLiD_src/art_SOLiD_jason.cpp                  |   731 +
 art_SOLiD_src/readSeqFile.cpp                      |   134 +
 art_SOLiD_src/readSeqFile.h                        |    29 +
 art_SOLiD_src/read_SOLiD.cpp                       |   530 +
 art_SOLiD_src/read_SOLiD.h                         |   124 +
 art_SOLiD_src/samRead.cpp                          |   138 +
 art_SOLiD_src/samRead.h                            |    73 +
 art_SOLiD_src/utility.hpp                          |    22 +
 art_illumina_README                                |   325 +
 art_illumina_src/art.h                             |   226 +
 art_illumina_src/art_illumina.cpp                  |  1025 +
 art_illumina_src/art_qual_scale.cpp                |   474 +
 art_illumina_src/empdist.cpp                       |   502 +
 art_illumina_src/empdist.h                         |   102 +
 art_illumina_src/readSeqFile.cpp                   |   136 +
 art_illumina_src/readSeqFile.h                     |    29 +
 art_illumina_src/samRead.cpp                       |   138 +
 art_illumina_src/samRead.h                         |    73 +
 art_illumina_src/seqRead.cpp                       |    76 +
 art_illumina_src/seqRead.h                         |   290 +
 config.h.in                                        |    82 +
 configure                                          |  6463 +++
 configure.ac                                       |    25 +
 examples/amplicon_reference.fa                     | 50997 +++++++++++++++++++
 examples/run_test_examples_454.sh                  |    36 +
 examples/run_test_examples_SOLiD.sh                |    40 +
 examples/run_test_examples_illumina.sh             |    57 +
 examples/testSeq.fa                                |   209 +
 map2bed.pl                                         |    58 +
 98 files changed, 155863 insertions(+)

diff --git a/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/indel_error_profile b/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/indel_error_profile
new file mode 100644
index 0000000..bb7d85c
--- /dev/null
+++ b/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/indel_error_profile
@@ -0,0 +1,5 @@
+#the error rate profile of under-call and over-call of a homopolyer run
+#call_error_type	error_rate_len_1_homopolyer error_rate_len_2_homopolyer	error_rate_len_3_homopolyer ...
+UNDERCALL	0.0000000000	0.001096668	0.004562394	0.01875503	0.05466385	0.14088050	0.26817640	0.44392523	0.54782609	0.69696970
+OVERCALL	0.0005165388	0.000858758	0.003219707	0.01025744	0.01770155	0.01677149	0.02264601	0.01401869	0.02608696	0.03030303
+*this is the end of the profile
diff --git a/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/length_dist b/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/length_dist
new file mode 100644
index 0000000..e8298ac
--- /dev/null
+++ b/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/length_dist
@@ -0,0 +1,8 @@
+##454 read profile for ART 454 simulator
+##the empirical distribution of 454 read length 
+##FORMAT
+##leng_1	leng_2	leng_3	...
+##freq_1	freq_2	freq_3	...
+30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40	41	42	43	44	45	46	47	48	49	50	51	52	53	54	55	56	57	58	59	60	61	62	63	64	65	66	67	68	69	70	71	72	73	74	75	76	77	78	79	80	81	82	83	84	85	86	87	88	89	90	91	92	93	94	95	96	97	98	99	100	101	102	103	104	105	106	107	108	109	110	111	112	113	114	115	116	117	118	119	120	121	122	123	124	125	126	127	128	129	130	131	132	133	134	135	136	137	138	139	140	141	142	143	144	145	146	147	148	149	150	151	152	153	154	155	156	157	158	159	160	161	162	163	164	165	166	167	168	169	17 [...]
+700	912	1137	1351	1734	2128	2838	3821	5467	8007	11377	16193	22304	30225	39114	50103	60237	72153	82645	91673	101450	109305	116492	122119	127048	130193	132255	136020	136697	138179	139121	138594	138702	139265	138171	137302	137154	136353	136483	134967	134466	133672	133136	132402	131295	129383	128719	128514	127828	126528	125582	124647	124330	123256	122844	121008	119377	119213	117719	116997	115759	115031	113035	112862	111755	110406	110077	108773	107250	106843	105149	105077	104138	103365	102013 [...]
+*this is the end of the profile
\ No newline at end of file
diff --git a/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/qual_1st_profile b/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/qual_1st_profile
new file mode 100644
index 0000000..96b80d1
--- /dev/null
+++ b/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/qual_1st_profile
@@ -0,0 +1,104 @@
+##454 read profile for ART 454 simulator
+##homopolymer-length dependent quality score distribution of the 1st-base of homopolymer runs 
+##FORMAT
+##lenth_of_homopolymer	quality_score_1	quality_score_2 ... 
+##lenth_of_homopolymer	freq_of_score_1	freq_of_score_2 ...
+1	0	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40
+1	13010306	2202021	7457525	15429792	18264482	9921629	191545877	111688000	162567909	72231795	159598023	190036017	141905720	396100091	284914063	305016014	470333795	508496661	248783531	230527272	715592102	404842670	614045782	501523489	377729745	753550762	337098614	1649401335	316409388	1150631053	942395691	289247245	928414970	190626815	271911767	1800952348
+2	0	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40
+2	48788	1237619	3636845	6603856	8340026	4508782	86622632	53063586	87666781	23063561	63742348	75956545	63596834	100446987	81786118	86562180	139360458	118832282	87477934	54665360	177686959	113486820	150986704	124257681	108961378	167140920	93342327	405778610	88212442	286706668	239926292	71148154	217780514	53387466	66181159	411494631
+3	0	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40
+3	7143	713773	1995340	3431461	4913890	2801891	56829328	25523650	59554662	23946196	39194589	41605835	33980125	36754872	33071349	28153119	54755214	33495990	33492262	17873271	48577465	46792120	35660022	38532641	29545256	56543314	25545667	78533653	28599130	70334269	46922561	16797205	54908490	10989576	100401937	14747695
+4	0	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40
+4	1813	451810	1054157	1767214	2708572	1406959	28424339	13065176	33659207	12192355	13875089	16214154	14861857	14913303	13290538	13693669	20879161	10071383	6986519	10001301	12302577	16215767	8614663	14233349	9265271	17302314	11400438	20095575	8289110	29786593	11711436	2961940	3741183	907672	359509	3183360
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+47	11	12
+47	1	2
+48	12	15
+48	2	2
+49	15
+49	1
+*this is the end of the profile
diff --git a/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/qual_mc_profile b/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/qual_mc_profile
new file mode 100644
index 0000000..be7596b
--- /dev/null
+++ b/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/qual_mc_profile
@@ -0,0 +1,28264 @@
+##454 read profile for ART 454 simulator
+##the empirical transition distribution of the homopolymer-length dependent 1st order Markov model of quality scores
+##FORMAT
+##homopolymer_length	previous_base_position	previous_base_quality_score	next_base_quality_score_1	next_base_quality_score_2	...
+##homopolymer_length	previous_base_position	previous_base_quality_score	freq_next_base_qual_score_1	freq_next_base_qual_score_2	...
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+2	1	0	48788
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+48	17	12	1
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+48	18	10	10
+48	18	10	2
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+48	22	6	1
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+48	22	15	1
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+48	23	6	1
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+48	23	10	2
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+48	23	15	1
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+48	24	6	1
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+48	24	10	2
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+48	24	15	1
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+48	25	6	1
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+48	25	10	2
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+48	25	15	1
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+48	26	15	1
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+48	29	6	2
+48	29	10	10
+48	29	10	2
+48	30	6	6
+48	30	6	2
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+48	33	10	1	1
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+48	34	6	2
+48	34	10	10
+48	34	10	1
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+48	34	12	1
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+48	38	12	1
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+48	43	10	1
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+48	45	10	1
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+48	45	12	1
+48	46	6	6
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+48	46	10	1
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+48	46	12	1
+48	47	6	6
+48	47	6	2
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+48	47	10	1
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+48	47	12	1
+49	1	15	15
+49	1	15	1
+49	2	15	15
+49	2	15	1
+49	3	15	15
+49	3	15	1
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+49	4	15	1
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+49	5	15	1
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+49	6	15	1
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+49	7	15	1
+49	8	15	15
+49	8	15	1
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+49	22	6	1
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+49	23	6	1
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+49	24	6	1
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+49	25	6	1
+49	26	6	6
+49	26	6	1
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+49	27	6	1
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+49	28	6	1
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+49	29	6	1
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+49	31	6	6
+49	31	6	1
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+49	32	6	1
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+49	39	6	1
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+49	40	6	1
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+49	41	6	1
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+49	42	6	1
+49	43	6	6
+49	43	6	1
+49	44	6	6
+49	44	6	1
+49	45	6	6
+49	45	6	1
+49	46	6	6
+49	46	6	1
+49	47	6	6
+49	47	6	1
+49	48	6	6
+49	48	6	1
+*this is the end of the profile
diff --git a/454_profiles/GS_FLX_profile/indel_error_profile b/454_profiles/GS_FLX_profile/indel_error_profile
new file mode 100644
index 0000000..bb7d85c
--- /dev/null
+++ b/454_profiles/GS_FLX_profile/indel_error_profile
@@ -0,0 +1,5 @@
+#the error rate profile of under-call and over-call of a homopolyer run
+#call_error_type	error_rate_len_1_homopolyer error_rate_len_2_homopolyer	error_rate_len_3_homopolyer ...
+UNDERCALL	0.0000000000	0.001096668	0.004562394	0.01875503	0.05466385	0.14088050	0.26817640	0.44392523	0.54782609	0.69696970
+OVERCALL	0.0005165388	0.000858758	0.003219707	0.01025744	0.01770155	0.01677149	0.02264601	0.01401869	0.02608696	0.03030303
+*this is the end of the profile
diff --git a/454_profiles/GS_FLX_profile/length_dist b/454_profiles/GS_FLX_profile/length_dist
new file mode 100644
index 0000000..20c5dd5
--- /dev/null
+++ b/454_profiles/GS_FLX_profile/length_dist
@@ -0,0 +1,8 @@
+##454 read profile for ART 454 simulator
+##the empirical distribution of 454 read length 
+##FORMAT
+##leng_1	leng_2	leng_3	...
+##freq_1	freq_2	freq_3	...
+30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40	41	42	43	44	45	46	47	48	49	50	51	52	53	54	55	56	57	58	59	60	61	62	63	64	65	66	67	68	69	70	71	72	73	74	75	76	77	78	79	80	81	82	83	84	85	86	87	88	89	90	91	92	93	94	95	96	97	98	99	100	101	102	103	104	105	106	107	108	109	110	111	112	113	114	115	116	117	118	119	120	121	122	123	124	125	126	127	128	129	130	131	132	133	134	135	136	137	138	139	140	141	142	143	144	145	146	147	148	149	150	151	152	153	154	155	156	157	158	159	160	161	162	163	164	165	166	167	168	169	17 [...]
+301	356	388	447	532	725	997	1713	2888	5425	9587	16385	25875	37604	53211	69216	86832	103910	119680	133922	146714	157163	166344	173146	176666	180274	182592	184987	185711	186293	185138	185043	184661	182124	181045	180121	179069	176761	174350	172942	171871	169697	167853	165613	163594	161023	158780	157919	154281	153108	150722	148782	145914	143627	141882	139088	137067	135637	134825	132546	131945	130159	128551	128266	126896	127427	125725	125747	125807	126222	126305	126663	126277	126282	127600	12 [...]
+*this is the end of the profile
\ No newline at end of file
diff --git a/454_profiles/GS_FLX_profile/qual_1st_profile b/454_profiles/GS_FLX_profile/qual_1st_profile
new file mode 100644
index 0000000..cab2aea
--- /dev/null
+++ b/454_profiles/GS_FLX_profile/qual_1st_profile
@@ -0,0 +1,106 @@
+##454 read profile for ART 454 simulator
+##homopolymer-length dependent quality score distribution of the 1st-base of homopolymer runs 
+##FORMAT
+##lenth_of_homopolymer	quality_score_1	quality_score_2 ... 
+##lenth_of_homopolymer	freq_of_score_1	freq_of_score_2 ...
+1	0	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40
+1	11689246	1276516	3703034	7516682	10871020	6539842	102210424	73949791	108823539	60805916	104723650	114396380	107935410	251902802	214547676	186373847	297009042	315627399	196048526	217274586	476950371	257276609	453292291	402734594	269577304	596908406	332062327	1074973725	352219073	978107263	1235403596	509661119	1738987281	230222943	254146179	1573060404
+2	0	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40
+2	58970	774030	1829749	3387711	5147083	3152979	47377966	39671920	61988782	19584477	45144268	56802658	55818747	59944316	69475791	60677891	95078132	74797090	76000598	53346905	121661797	79530611	116653706	103893075	86121412	131877523	94817980	272466803	101597801	247313469	311431484	131928954	428355491	68870544	65677841	389745636
+3	0	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40
+3	7474	456631	968983	1769357	3024407	1963485	36076087	15425293	40373983	18579178	32438423	32900434	24761575	26239564	26902344	22024645	41611806	21913939	28611170	16603900	32240867	37018857	25287293	34276171	20865687	45030897	25556612	45687884	28047527	59979865	64996744	32989302	99359770	17875895	67382710	15127566
+4	0	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40
+4	1842	289930	498128	888138	1629892	964786	17244834	7666840	23847150	11128064	11669623	12144899	10920197	10214114	10878995	10392312	14625308	7995250	5195219	8492224	8045919	12403815	5874901	12267157	6479429	11658169	9361680	12325072	8201758	21447095	16488231	7970134	18344792	3651055	617994	3403963
+5	0	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40
+5	667	189768	254552	446512	784173	485615	9354853	7446605	8596740	9457241	3789508	5395076	3215842	3902886	2456817	5534805	2751597	3827199	2634035	1263993	3951887	5207839	1334867	4233325	1739037	2004038	2107832	698620	1282280	651930	4219983	2515930	4746309	521828	184704	987702
+6	0	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40
+6	316	125295	125679	208060	356452	244174	4593915	3107288	3314695	3931216	1732215	1158121	1412784	831417	1774032	1081135	1697761	1377186	527781	547875	631423	697603	411161	272376	272630	311908	762727	303218	227389	43565	359117	81742	33363	229140	9	212335
+7	0	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	39	40
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+8	0	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38	40
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+47	5
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+48	1	1	1	2
+49	13	14
+49	1	1
+50	13
+50	1
+*this is the end of the profile
diff --git a/454_profiles/GS_FLX_profile/qual_mc_profile b/454_profiles/GS_FLX_profile/qual_mc_profile
new file mode 100644
index 0000000..100b58f
--- /dev/null
+++ b/454_profiles/GS_FLX_profile/qual_mc_profile
@@ -0,0 +1,29138 @@
+##454 read profile for ART 454 simulator
+##the empirical transition distribution of the homopolymer-length dependent 1st order Markov model of quality scores
+##FORMAT
+##homopolymer_length	previous_base_position	previous_base_quality_score	next_base_quality_score_1	next_base_quality_score_2	...
+##homopolymer_length	previous_base_position	previous_base_quality_score	freq_next_base_qual_score_1	freq_next_base_qual_score_2	...
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+50	47	6	1
+50	48	6	6
+50	48	6	1
+50	49	6	6
+50	49	6	1
+*this is the end of the profile
diff --git a/ART_profiler_454/README b/ART_profiler_454/README
new file mode 100644
index 0000000..61a5463
--- /dev/null
+++ b/ART_profiler_454/README
@@ -0,0 +1,30 @@
+art_profiler_454 
+
+DESCRIPTION
+
+	art_profiler_454 is the tool to generate a 454 read profile from 454 sequencing data in the fastq format.
+
+USAGE:
+       	./art_profiler_454 input_fastq_files_dir output_profile_dir [fastq_filename_extension]
+      		
+	PARAMETERS 
+
+	input_fastq_files_dir - directory containing all 454 read data files in the fastq format 
+
+	output_profile_dir - directory to put read profile files generated by the program
+
+	fastq_filename_extension - the filename extension of input fastq files
+
+
+EXAMPLES:
+       	perl art_profiler_454 454_dat_dir 454_profile_dir
+
+	perl art_profiler_454 454_dat_dir 454_profile_dir fastq
+		       
+NOTES:
+       	1) the default filename extension for fastq files is fq
+
+	2) the program can read gzipped fastq data files with filename extension fq.gz
+
+CONTACT:
+	Weichun Huang at whduke at gmail.com
diff --git a/ART_profiler_454/art_profiler_454 b/ART_profiler_454/art_profiler_454
new file mode 100755
index 0000000..b28566f
--- /dev/null
+++ b/ART_profiler_454/art_profiler_454
@@ -0,0 +1,190 @@
+#!/usr/bin/perl
+##-----------------------------------------------------------------------------
+## PROGRAM: art_profiler_454
+## VERSION: 0.9.1
+## AUTHOR: Weichun Huang (whduke at gmail.com)
+## DATE: last updated on  08/09/2012
+## DESCRIPTION:
+##	the program generates empirical 454 read profiles for ART 454 simulator
+##	from 454 read data files in the fastq format 
+##-----------------------------------------------------------------------------
+
+use strict;
+my $version="0.9.1";
+if(@ARGV!=2 and @ARGV!=3){
+       	print "DESCRIPTION:\n\tart_profiler_454 is a program for generating empirical 454 read profiles\n";
+	print "\tfor ART 454 simulator from 454 read data files\n";
+       	print "\tVersion: $version, Copyright (c) Weichun Huang 2012 (whduke\@gamil.com)\n"; 
+	print "USAGE:\n\t$0 input_fastq_files_dir output_profile_dir [fastq_filename_extension]\n";
+       	print "Examples:\n";
+       	print "\t$0 454_dat_dir 454_profile_dir\n";
+       	print "\t$0 454_dat_dir 454_profile_dir fastq\n";
+       	print "NOTES:\n";
+       	print "\t1)the default filename extension for fastq files is fq\n";
+       	print "\t2)the program can read gzipped fastq data files with filename extension fq.gz\n";
+       	exit;
+}
+my ($inDIR, $outDIR, $ext)=@ARGV;
+if(@ARGV==2) { $ext="fq"; }
+
+my %read_length;
+my $with_fidx=0;
+my (%qdist, %qdiff,%qall);
+
+#foreach my $inDIR(@dirlst){
+    opendir(DIR, $inDIR) or die "cannot open dir $inDIR\n";
+    my @allf=readdir(DIR);
+    my @fs=grep { /\.$ext$/ } @allf;
+    if(@fs==0){
+      @fs=grep { /\.$ext\.gz$/ } @allf;
+    }
+    foreach my $ff(@fs){
+       $ff=~/(\S+)\.$ext/;
+       my $name=$1; 
+
+       open(FQ, "zcat  $inDIR/$ff|") if ($ff=~/\.gz$/);# or die "can't open $inDIR/$ff\n";
+       open(FQ, "$inDIR/$ff") if ($ff=~/\.$ext$/);# or die "can't open $inDIR/$ff\n";
+       my $fidx=$ff; $fidx=~s/\.gz$//;$fidx=~s/\.$ext$/\.idx/;
+       open(FIDX, "$inDIR/$fidx") or die "can't open $inDIR/$fidx\n" if($with_fidx);
+
+       while (<FQ>) {
+           chomp;
+	   my ($id, $ss, $qq, $len);
+	   if (/^\@(\S+)/) {
+	       $id = $1;
+	       $_= <FQ>;
+	       $_=~s/\s+$//;
+	       $len = length;
+	       $read_length{$len}+=1;
+	       $ss = $_;
+
+	       $_ = <FQ>;
+	       $_ = <FQ>;
+	       $_=~s/\s+$//;
+	       my $qlen = length;
+	       die("The number of bases != the number of quals.") if($len!=$qlen);
+	       my @base=split //,$ss;
+               my @qv;
+	       my $i=0;
+	       while (/(\S)/g) {
+	          push @qv,ord($1)-33;
+	       }
+	       my @idx;
+	       if($with_fidx){
+		       my $fid=<FIDX>; $fid=~/^>(\S+)/; $fid=$1;
+		       die "$fid!=$id not matched " if($fid ne  $id); 
+		       $fid=<FIDX>; $fid=~s/\s+$//g; @idx=split /\t/,$fid;
+	       }
+	       else{
+		       my $N=$base[0];
+		       my $c=1;
+		       foreach my $n (@base){
+			       if($N eq $n){
+				       push @idx, $c; 
+			       }
+			       else{
+				       $N = $n;
+				       $c++;
+				       push @idx, $c; 
+			       }
+		       }
+	       }
+	       my $i=0;
+	       while($i<@idx){
+		       my $k=$idx[$i];
+		       my @q;
+		       my $cc=0;
+		       while (($i<@idx) and ($k==$idx[$i])){
+			       $cc+=1;
+			       $i++;
+		       }
+		       $qdist{$cc}{$qv[$i-$cc]}+=1;
+		       $qall{$cc}{0}{$qv[$i-$cc]}+=1;
+		       foreach my $x(1..$cc-1){
+			       my $d=$i-$cc+$x;
+			       my @aa=@qv[$d-1,$d];
+			       $qdiff{$cc}{$x}{$aa[0]}{$aa[1]}+=1;
+			       $qall{$cc}{$x}{$aa[1]}+=1;
+		       }
+	       }
+           }
+       }
+    }
+#}
+
+#the qual distribution of first postion for different len 
+open (QPROFILE, ">$outDIR/qual_1st_profile") or die "Can't open $outDIR/qual_1st_profile\n";
+print QPROFILE <<QPROFFORMAT;
+##454 read profile for ART 454 simulator
+##homopolymer-length dependent quality score distribution of the 1st-base of homopolymer runs 
+##FORMAT
+##lenth_of_homopolymer	quality_score_1	quality_score_2 ... 
+##lenth_of_homopolymer	freq_of_score_1	freq_of_score_2 ...
+QPROFFORMAT
+my $p=0;
+foreach my $len (sort {$a<=>$b} keys %qdist){
+	#ensure no break in length
+       	last if($len!=$p+1); $p=$len;
+       	print QPROFILE $len;
+       	my $count="";
+       	foreach my $q (sort {$a<=>$b} keys %{$qdist{$len}}){
+	       	print QPROFILE "\t$q";
+	       	$count.=sprintf "\t%d", $qdist{$len}{$q};
+       	}
+       	printf QPROFILE "\n%d%s\n",$len,$count;
+}
+print QPROFILE "*this is the end of the profile";
+close(QPROFILE);
+
+#1st order Markov model of qual distribution for different len 
+open (QMC, ">$outDIR/qual_mc_profile") or die "Can't open $outDIR/qual_mc_profile\n";
+print QMC <<QMCFORMAT;
+##454 read profile for ART 454 simulator
+##the empirical transition distribution of the homopolymer-length dependent 1st order Markov model of quality scores
+##FORMAT
+##homopolymer_length	previous_base_position	previous_base_quality_score	next_base_quality_score_1	next_base_quality_score_2	...
+##homopolymer_length	previous_base_position	previous_base_quality_score	freq_next_base_qual_score_1	freq_next_base_qual_score_2	...
+QMCFORMAT
+foreach my $len (sort {$a<=>$b} keys %qdiff){
+	#ensure no break in length
+       	last if($len>$p); 
+  foreach my $x (sort {$a<=>$b} keys %{$qdiff{$len}}){
+    foreach my $q (sort {$a<=>$b} keys %{$qdiff{$len}{$x}}){
+      print QMC "$len\t$x\t$q";
+      my $count="";
+        foreach my $q2 (sort {$a<=>$b} keys %{$qdiff{$len}{$x}{$q}}){
+          print QMC "\t$q2";
+          $count.=sprintf "\t%d", $qdiff{$len}{$x}{$q}{$q2};
+        }
+      printf QMC "\n%d\t%d\t%d%s\n",$len,$x,$q,$count;
+    }
+  }
+}
+print QMC "*this is the end of the profile";
+close(QMC);
+
+#empirical distribution of read length  
+open (FLEN, ">$outDIR/length_dist") or die "Can't open file $outDIR/length_dist\n";
+print FLEN <<FLENFORMAT;
+##454 read profile for ART 454 simulator
+##the empirical distribution of 454 read length 
+##FORMAT
+##leng_1	leng_2	leng_3	...
+##freq_1	freq_2	freq_3	...
+FLENFORMAT
+my $cc;
+my $i=0;
+foreach my $L (sort {$a<=>$b} keys %read_length){
+       	if($i==0){
+	       	print FLEN $L;
+	       	$cc=$read_length{$L};
+	       	$i=1;
+	       	next;
+       	}
+       	print FLEN "\t$L";
+       	$cc.="\t".$read_length{$L};
+}
+print FLEN "\n$cc\n";
+print FLEN "*this is the end of the profile";
+close(FLEN);
+
diff --git a/ART_profiler_illumina/README b/ART_profiler_illumina/README
new file mode 100644
index 0000000..fcc2e7e
--- /dev/null
+++ b/ART_profiler_illumina/README
@@ -0,0 +1,33 @@
+ART_PROFILER_ILLUMINA, Weichun Huang @ whduke at gmail.com
+ABOUT 
+
+	This tool is to create an ART illumina read quality profile from Illumina sequencing data
+	in multiple fastq or gzipped fastq files
+	
+USAGE:
+       ./art_profiler_illumina out_profile_name input_fastq_dir [fastq_filename_extention (default: fq)]
+
+	or
+
+	bash art_profiler_illumina out_profile_name input_fastq_dir [fastq_filename_extention (default: fq)]
+	
+PARAMETERS:
+
+       out_profile_name:  the name of read quality profile  
+       input_fastq_dir:   the directory of input fastq or zipped fastq files  
+       fastq_filename_extension: fastq or gzipped fastq filename extension (default: fq)
+	
+EXAMPLES:
+
+	1) create hiseq2k profiles from all *.fq.gz in the directory fastq_dat_dir
+	./art_profiler_illumina hiseq2k fastq_dat_dir fq.gz
+
+	2) create miseq2500 profiles from all *.fq in the directory fastq_dat_dir
+	./art_profiler_illumina miseq250 fastq_dat_dir fq
+
+	3) create hiseq1k profiles from all *.fq in the directory fastq_dat_dir
+	./art_profiler_illumina hiseq1k fastq_dat_dir
+       	       
+NOTES: 
+	For paired-end fastq files, e.g., *.fq or *.fq.gz, the filenames of the 1st reads must be *_1.fq/*_1.fq.gz,
+	or *.1.fq/*.1.fq.gz, and those of the 2nd reads must be *_2.fq/*_2.fq.gz, or *.2.fq/*.2.fq.gz
diff --git a/ART_profiler_illumina/art_profiler_illumina b/ART_profiler_illumina/art_profiler_illumina
new file mode 100755
index 0000000..3ba62e5
--- /dev/null
+++ b/ART_profiler_illumina/art_profiler_illumina
@@ -0,0 +1,119 @@
+#!/bin/bash
+# this script is to create illumina read profile from multiple fastq or gzipped
+# fastq files
+#Weichun Huang at whduke at gmail.com
+
+pDIR=`dirname $0`
+ext=fq
+if [[ $# -eq 2 ]]; then
+       	outFile=$1
+	iDIR=$2
+elif [[ $# -eq 3 ]];then
+       	outFile=$1
+	iDIR=$2
+	ext=$3
+else
+        echo "This tool is to create an illumina read quality profile from multiple fastq or gzipped fastq files"
+	echo ""
+	echo "USAGE:"
+	echo "	./art_profiler_illumina out_profile_name input_fastq_dir [fastq_filename_extension (default: fq)]"
+	echo ""
+	echo "PARAMETERS:"
+       	echo "	out_profile_name:  the name of read quality profile"  
+       	echo "	input_fastq_dir:   the directory of input fastq or zipped fastq files"  
+       	echo "	fastq_filename_extension: fastq or gzipped fastq filename extension (default: fq)"
+	echo ""
+	echo "EXAMPLES:"
+	echo "	1) create hiseq2k profiles from all *.fq.gz in the directory fastq_dat_dir"
+	echo "		./art_profiler_illumina hiseq2k fastq_dat_dir fq.gz"
+	echo "	2) create miseq2500 profiles from all *.fq in the directory fastq_dat_dir"
+	echo "		./art_profiler_illumina miseq250 fastq_dat_dir fq"
+	echo "	3) create hiseq1k profiles from all *.fq in the directory fastq_dat_dir"
+	echo "		./art_profiler_illumina hiseq1k fastq_dat_dir"
+       	echo ""       
+	echo "NOTES: For paired-end fastq files, e.g., *.fq or *.fq.gz,"
+       	echo "       the filenames of the 1st reads must be *_1.fq/*_1.fq.gz, or *.1.fq/*.1.fq.gz"
+       	echo "       and those of the 2nd reads must be *_2.fq./*_2.fq.gz, or *.2.fq or *.2.fq.gz"
+       	echo ""       
+	echo "CONTACT: Weichun Huang at whduke at gmail.com"
+	exit
+fi
+
+oList=
+of1st=
+of2nd=
+i=0
+k1=0
+k2=0
+for fq in $iDIR/*.$ext 
+do
+       	$pDIR/fastqReadAvg.pl $fq & 
+        t1=${fq%_1.$ext}	
+        t1=${t1%.1.$ext}	
+        t2=${fq%_2.$ext}	
+        t2=${t2%.2.$ext}	
+
+	if [[ $t1 != $fq ]];then 
+		of1st="$of1st ${fq#$iDIR\/}.txt"
+	       	k1=$((k1+1))
+	elif [[ $t2 != $fq ]];then 
+		of2nd="$of2nd ${fq#$iDIR\/}.txt"
+	       	k2=$((k2+1))
+	else
+	       	oList="$oList ${fq#$iDIR\/}.txt"
+	       	i=$((i+1))
+	fi
+done
+
+pid=$(ps -opid -C fastqReadAvg.pl)
+pid=${pid/PID}
+echo $pid
+for id in $pid
+do
+   while ps -p $id >/dev/null 
+   do 
+       	sleep 30;
+   done 
+done
+
+if [[ $i -ge 1 ]]; then
+       	if [[ $i -eq 1 ]]; then
+	       	mv $oList $outFile.freq.txt
+       	else 
+		$pDIR/summation.pl $oList $outFile.freq.txt
+       	fi
+       	$pDIR/combinedAvg.pl $outFile.freq.txt
+       	$pDIR/empDist.pl $outFile.freq.txt $outFile.txt
+       	if [[ $? == 0 ]]; then
+	       	echo "The read profile file $outFile.txt has been created"
+       	fi
+       	rm -fr $oList $outFile.freq.txt
+fi	
+
+if [[ $k1 -ge 1 ]]; then
+       	if [[ $k1 -eq 1 ]]; then
+	       	mv $of1st ${outFile}R1.freq.txt
+       	else 
+		$pDIR/summation.pl $of1st ${outFile}R1.freq.txt
+       	fi
+       	$pDIR/combinedAvg.pl ${outFile}R1.freq.txt
+       	$pDIR/empDist.pl ${outFile}R1.freq.txt ${outFile}R1.txt
+       	if [[ $? == 0 ]]; then
+	       	echo "The read profile file ${outFile}R1.txt has been created"
+       	fi
+       	rm -fr $of1st ${outFile}R1.freq.txt
+fi
+
+if [[ $k2 -ge 1 ]]; then
+       	if [[ $k2 -eq 1 ]]; then
+	       	mv $of2nd ${outFile}R2.freq.txt
+       	else 
+		$pDIR/summation.pl $of2nd ${outFile}R2.freq.txt
+       	fi
+       	$pDIR/combinedAvg.pl ${outFile}R2.freq.txt
+       	$pDIR/empDist.pl ${outFile}R2.freq.txt ${outFile}R2.txt
+       	if [[ $? == 0 ]]; then
+	       	echo "The read profile file ${outFile}R2.txt has been created"
+       	fi
+       	rm -fr $of1st ${outFile}R2.freq.txt
+fi
diff --git a/ART_profiler_illumina/combinedAvg.pl b/ART_profiler_illumina/combinedAvg.pl
new file mode 100755
index 0000000..b0810e0
--- /dev/null
+++ b/ART_profiler_illumina/combinedAvg.pl
@@ -0,0 +1,109 @@
+#!/usr/bin/perl
+# A perl program to compute the average from the frequencies generated by summation.pl amongst 
+# multiple files for each position.
+# @author Jason Myers
+use strict;
+
+# Print an error message unless the a frequency file is specified
+my $numArgs = $#ARGV + 1;
+
+unless( $numArgs == 1){
+    print "Usage: perl combinedAvg.pl FreqFile\n";
+    exit;
+}
+
+# Open the input file
+my $infile = $ARGV[0];
+
+open INFILE, "$infile", or die $!;
+
+# deal with the header line
+my $header = <INFILE>;
+
+# An array to hold the average scores
+my @AVG_SCORE = ();
+
+# An array to temporarily hold the elements of a given line
+my @TEMP = ();
+
+# The variable that temporarily holds each line as a string
+my $line = '';
+
+# the number of all possible quality scores
+my $numScores = 71;
+
+# An array holding all of the possible quality scores
+my @ALL_SCORES = ();
+
+# Fill the possible quality scores array
+for(my $i = 0; $i < $numScores; $i++){
+	$ALL_SCORES[$i] = $i;
+}
+
+# a count variable to keep track of the line number being deal with
+my $count = 0;
+
+# Loop over the files contents
+while(<INFILE>){
+		
+	# capture the line as a string
+	$line = $_;
+
+	# Store the elements of the line in the temp array
+	@TEMP = split('\t', $line);
+
+	# Loop over the elements of the line
+	foreach my $pos(0 .. $#TEMP){
+		# Aggregate the products of the frequency and quality score
+		$AVG_SCORE[0][$pos] += ($TEMP[$pos] * $ALL_SCORES[$count]);
+		# Sum all of the frequencies		
+		$AVG_SCORE[1][$pos] += $TEMP[$pos];
+	}
+	
+	# Increase the line number counter
+	$count++;
+
+}
+
+# close the infile
+close(INFILE);
+
+# open the output file
+my $outfile = $infile;
+
+# by appending
+open OUTFILE, ">>$outfile", or die $!;
+
+# Write out the numerators
+foreach my $pos1(0 .. ($#TEMP - 1)){
+	print OUTFILE $AVG_SCORE[0][$pos1], "\t";
+}
+
+print OUTFILE "\n";
+
+# Write out the denominators
+foreach my $pos2(0 .. ($#TEMP - 1)){
+	print OUTFILE $AVG_SCORE[1][$pos2], "\t";
+}
+
+print OUTFILE "\n";
+
+# Write out the average quality score for each position
+foreach my $pos3(0 .. ($#TEMP - 1)){
+	
+	# If the numerator or the denominator is 0, avg quality is 0
+	if(($AVG_SCORE[0][$pos3] == 0) || ($AVG_SCORE[1][$pos3] == 0)){
+		print OUTFILE 0, "\t";
+	} else {
+		# If not, calculate the average quality score and write it
+		print OUTFILE ($AVG_SCORE[0][$pos3] / $AVG_SCORE[1][$pos3]), "\t";
+	}
+}
+
+print OUTFILE "\n";
+
+# close the output file
+close(OUTFILE);
+
+# end the program
+exit;
diff --git a/ART_profiler_illumina/empDist.pl b/ART_profiler_illumina/empDist.pl
new file mode 100755
index 0000000..da9c9ff
--- /dev/null
+++ b/ART_profiler_illumina/empDist.pl
@@ -0,0 +1,224 @@
+#!/usr/bin/perl
+# A perl program to create an empirical distribution from a frequency file
+# generated by the summation.pl program and modified by the combinedAvg.pl 
+# program.
+# 
+# @author Jason Myers
+# Date: July 2, 2010
+
+
+use strict;
+
+# Print an error message unless the atleast two fastqReadAvg files and an output file are specified
+my $numArgs = $#ARGV + 1;
+
+unless( $numArgs == 2){
+    print "Usage: perl empDist.pl freqFile outputFile \n";
+    exit;
+}
+
+# Possible nucleotidees
+my @NUCLEO = ('.', 'A', 'T', 'G', 'C', 'N');
+
+# Arrays specific to each nucleotide
+my @DATA_ALL = ();
+my @DATA_A = ();
+my @DATA_T = ();
+my @DATA_G = ();
+my @DATA_C = ();
+my @DATA_N = ();
+
+# Total variables associated to each nucleotide 
+my $allTot = 0;
+my $aTot = 0;
+my $tTot = 0;
+my $gTot = 0;
+my $cTot = 0;
+my $nTot = 0;
+
+# Open the file in question
+my $infile = $ARGV[0];
+
+open INFILE, "$infile", or die $!;
+
+my $count = 0;
+
+# An array to temporarily store each files frequency lines
+my @TEMP = ();
+	
+# A variable to hold the initial grab of the current line
+my $line = '';
+
+# variable corresponding to the current length
+my $curLength;
+
+# all possible quality scores
+my @SCORES = ();
+
+for(my $t = 0; $t < 71; $t++){
+	$SCORES[$t] = $t;
+}
+
+
+# Set the line counter to 0
+# Loop over each line of the file
+while(<INFILE>){
+
+	if( $count >= 1 && $count <= 72 ){
+		# get the line
+		$line = $_;
+
+		# split the line up into its elements
+		@TEMP = split('\t', $line);
+
+		# determine the current length being dealt with
+		$curLength = $#TEMP / 5;
+		
+		# which nucleotide is being dealt with
+		my $flag = 0;
+		# which position of the read is being dealt with
+		my $position = 0;
+
+		# loop over the current line
+		foreach my $pos(0 .. $#TEMP){
+
+			# Distribute the frequency values to their respective arrays
+			if($flag == 0){
+				$DATA_ALL[$count - 1][$position] += $TEMP[$pos];	
+				$DATA_A[$count - 1][$position] = $TEMP[$pos];	
+			} elsif($flag == 1){
+				$DATA_ALL[$count - 1][$position] += $TEMP[$pos];	
+				$DATA_T[$count - 1][$position] = $TEMP[$pos];	
+			} elsif($flag == 2){
+				$DATA_ALL[$count - 1][$position] += $TEMP[$pos];	
+				$DATA_G[$count - 1][$position] = $TEMP[$pos];	
+			} elsif($flag == 3){
+				$DATA_ALL[$count - 1][$position] += $TEMP[$pos];	
+				$DATA_C[$count - 1][$position] = $TEMP[$pos];	
+			} elsif($flag == 4){
+				$DATA_ALL[$count - 1][$position] += $TEMP[$pos];	
+				$DATA_N[$count - 1][$position] = $TEMP[$pos];	
+			}
+
+			$position++;
+
+			# if the position being dealt with is the length of the read 
+			if($position == $curLength){
+				# move to the next possible nucleotide
+				$flag++;
+
+				# reset the position to 0
+				$position = 0;
+			}
+		}
+
+		# set the temp variable back to null
+		@TEMP = ();
+		}
+
+		# increase the line counter
+		$count++;
+}
+
+# close the current infile
+close(INFILE);
+
+# open the outfile
+my $outfile = $ARGV[$numArgs - 1];
+
+open OUTFILE, ">>$outfile", or die $!;
+
+# loop over the possible nucleotides
+for(my $nuc = 0; $nuc < 6; $nuc++){
+	#loop over the possible positions 
+	for(my $pos = 0; $pos < $curLength; $pos++){
+		
+		print OUTFILE $NUCLEO[$nuc], "\t", $pos, "\t";
+		# loop over the possible quality scores
+		for(my $qual = 0; $qual < 71; $qual++){
+			
+			# determine the quality scores that have non-zero frequencies
+			if($nuc == 0){
+				unless($DATA_ALL[$qual][$pos] == 0){
+						print OUTFILE $SCORES[$qual], "\t";
+				}
+			} elsif($nuc == 1){
+				unless($DATA_A[$qual][$pos] == 0){
+						print OUTFILE $SCORES[$qual], "\t";
+				}
+			} elsif($nuc == 2){
+				unless($DATA_T[$qual][$pos] == 0){
+						print OUTFILE $SCORES[$qual], "\t";
+				}
+			} elsif($nuc == 3){
+				unless($DATA_G[$qual][$pos] == 0){
+						print OUTFILE $SCORES[$qual], "\t";
+				}
+			} elsif($nuc == 4){
+				unless($DATA_C[$qual][$pos] == 0){
+						print OUTFILE $SCORES[$qual], "\t";
+				}
+			} elsif($nuc == 5){
+				unless($DATA_N[$qual][$pos] == 0){
+						print OUTFILE $SCORES[$qual], "\t";
+				}
+			}
+		}
+
+		print OUTFILE "\n", $NUCLEO[$nuc], "\t", $pos, "\t";
+	
+		# loop over the quality scores again
+		for(my $qual = 0; $qual < 71; $qual++){
+	
+			# display the cumulative frequency for each quality score
+			if($nuc == 0){
+				unless($DATA_ALL[$qual][$pos] == 0){
+						$allTot += $DATA_ALL[$qual][$pos];
+						print OUTFILE $allTot, "\t";
+				}
+			} elsif($nuc == 1){
+				unless($DATA_A[$qual][$pos] == 0){
+						$aTot += $DATA_A[$qual][$pos];
+						print OUTFILE $aTot, "\t";
+				}
+			} elsif($nuc == 2){
+				unless($DATA_T[$qual][$pos] == 0){
+						$tTot += $DATA_T[$qual][$pos];
+						print OUTFILE $tTot, "\t";
+				}
+			} elsif($nuc == 3){
+				unless($DATA_G[$qual][$pos] == 0){
+						$gTot += $DATA_G[$qual][$pos];
+						print OUTFILE $gTot, "\t";
+				}
+			} elsif($nuc == 4){
+				unless($DATA_C[$qual][$pos] == 0){
+						$cTot += $DATA_C[$qual][$pos];
+						print OUTFILE $cTot, "\t";
+				}
+			} elsif($nuc == 5){
+				unless($DATA_N[$qual][$pos] == 0){
+						$nTot += $DATA_N[$qual][$pos];
+						print OUTFILE $nTot, "\t";
+				}
+			}
+
+		}
+
+		print OUTFILE "\n";
+
+		# re-set all totals to 0
+		$allTot = 0;
+		$aTot = 0;
+		$tTot = 0;
+		$gTot = 0;
+		$cTot = 0;
+		$nTot = 0;
+	}
+}
+
+# close the output file
+close(OUTFILE);
+
+# end  summation.pl
+exit;
diff --git a/ART_profiler_illumina/fastqReadAvg.pl b/ART_profiler_illumina/fastqReadAvg.pl
new file mode 100755
index 0000000..a0022d7
--- /dev/null
+++ b/ART_profiler_illumina/fastqReadAvg.pl
@@ -0,0 +1,252 @@
+#!/usr/bin/perl
+# A perl program to retrieve quality scores for each base at a given position
+# from a fastq file denoted by the user as a command-line argument.
+# @author Jason Myers
+
+use FileHandle;
+use strict;
+#use warnings;
+
+# Making sure that the correct number of arguments are given by the user and 
+# that the program displays an accurate message in case the user does not.
+
+my $numArgs = $#ARGV + 1;
+
+unless( $numArgs == 1) {
+    
+    print "Usage: perl fastqReadAvg.pl FastqFile\n";
+    exit;
+}
+
+
+# Getting the filename to the file of interest
+my $infile = $ARGV[0];
+my $fh = FileHandle->new;
+# Opening the file to be read into and the file to hold the programs output.
+#open INFILE, "$infile", or die $!;
+if($infile!~/\.gz$/){
+       	$fh->open ("<$infile") or die $!;
+}	
+else{ 
+	$fh->open("zcat $infile|") or die $!;
+}
+
+my $outFile = $infile . ".txt";
+$outFile =~s/^.*\///; 
+
+open OUTFILE, ">>$outFile", or die $!;
+
+
+# Iterator to determine which line to take from the file.
+my $iter = 0;
+
+# variable to switch between the operations associated with the called bases and the quality scores
+my $whichLine = 1;
+
+# array to store the current line of called bases
+my @BASES = ();
+
+# array to store the current line of quality scores
+my @SCORES = ();
+
+# variable to hold initial read of the called bases
+my $line1 = '';
+
+# variable to hold initial read of quality scores
+my $line2 = '';
+
+# Initializing the main data array that is to be base call at a specific position
+# by quality score.
+my @data = ();
+
+# Variable holding the number of scores possible (0-39)
+my $numScores = 71;
+
+# Variable signifying the number of possible bases (ATGC)
+my $numBases = 5;
+
+# Variable holding the largest length of read that is in the file
+# initialy 0
+my $maxLength = 0;
+
+# The ascII value of '!' in decimal format. Used to normalize quality scores
+my $normal = 33;
+
+# Variable associated with the position of 'TGC' base scores in the output file
+my $Tpos = 1;
+my $Gpos = 2;
+my $Cpos = 3;
+my $Npos = 4;
+
+# Final data matrix
+my @finDat = ();
+
+# Matrix to hold the average scores 
+my @avgScore = ();
+
+# Array holding the different quality scores
+my @allScores = ();
+
+# Fill the array.
+for(my $r = 0; $r < $numScores; $r++){
+	$allScores[$r] = $r;
+}
+
+# Main while loop that iterates over the fastq file	
+#while(<INFILE>) {
+while(<$fh>) {
+    
+    # The lines of interest are the odd lines
+    if( ($iter % 2) != 0 ) {
+	# If the current line is a called bases line
+	if($whichLine){
+	    # read in the line
+	    $line1 = $_;
+	    
+	    # remove the new-line character
+	    chomp $line1;
+	    
+	    # split the string up into its individual characters
+	    @BASES = split(//, $line1);				
+
+		# record the longest read length to determine how large the data 
+		# matrix has grown later
+		if($#BASES > $maxLength) {
+			# $maxLength = $#BASES; 
+			$maxLength = scalar @BASES; # Thanks Thomas Hack for the bug fix  02/09/2014 //weichun
+		}
+	    
+	    # Set the which flag to false because the next odd line will be a score line
+	    $whichLine--;
+	    
+	} else {
+	    # read in the line
+	    $line2 = $_;
+	    
+	    # remove the new-line character
+	    chomp $line2;
+	    
+	    # split the line up into individual characters
+	    @SCORES = split(//, $line2);
+	    
+	    # Iterate over the posiions in the score line
+	    foreach my $pos1 (0 .. $#SCORES) {
+		# Determine which base has been called and it to determine which column of the data
+		# matrix needs to be manipulated. The ascII value of the score line associated with
+		# this base minus 32 is then used to determine which row of the data matrix needs
+		# manipulation. Finally the count is increased for that position in the matrix.
+			if( $BASES[$pos1] eq 'A'){
+		    	$data[(ord($SCORES[$pos1])-$normal)][($pos1*$numBases)] += 1;			
+		    
+			} elsif( $BASES[$pos1] eq 'T'){
+		   		$data[(ord($SCORES[$pos1])-$normal)][(($pos1*$numBases)+$Tpos)] += 1;			
+		    
+			} elsif( $BASES[$pos1] eq 'G'){
+		    	$data[(ord($SCORES[$pos1])-$normal)][(($pos1*$numBases)+$Gpos)] += 1;			
+		    
+			} elsif( $BASES[$pos1] eq 'C'){
+		   		$data[(ord($SCORES[$pos1])-$normal)][(($pos1*$numBases)+$Cpos)] += 1;			
+		    
+			} else {
+		   		$data[(ord($SCORES[$pos1])-$normal)][(($pos1*$numBases)+$Npos)] += 1;			
+			
+			}
+	    }
+	    
+	    
+	    # the next odd line will be a called bases line so set the which flag back to true
+	    $whichLine++;
+	}
+    }
+    
+    
+    # Increment the iterator
+    $iter++;
+    
+}
+
+# Write the longest length of read to the output file.
+print OUTFILE "Longest Length Read: $maxLength\n";
+
+# Put column headings on the file tab delimited
+foreach my $pos2 (0 .. ($maxLength - 1)) {
+    print OUTFILE "A$pos2\t";
+
+}
+
+foreach my $pos3(0 .. ($maxLength - 1)){
+	print OUTFILE "T$pos3\t";
+
+}
+
+foreach my $pos4(0 .. ($maxLength - 1)){
+	print OUTFILE "G$pos4\t";
+
+}
+
+foreach my $pos5(0 .. ($maxLength - 1)){
+	print OUTFILE "C$pos5\t";
+
+}
+
+foreach my $pos6(0 .. ($maxLength - 1)){
+	print OUTFILE "N$pos6\t";
+}
+		
+print OUTFILE "\n";
+
+# Re-arrange the elements of the matrix and calculate the average quality score per position.
+for(my $h = 0; $h < $numBases; $h++){
+	for(my $t = 0; $t < $numScores; $t++) {
+	    for(my $g = 0; $g < ($maxLength); $g++) {
+		
+			# Set null elements to 0
+			if($data[$t][(($g*$numBases)+$h)] < 1){
+				$data[$t][(($g*$numBases)+$h)] = 0;
+			}			
+
+			# Do the re-arranging 
+			$finDat[$t][($g+(($maxLength)*$h))] = $data[$t][(($g*$numBases)+$h)];
+
+			# Do the summations needed to find avg quality scores
+			$avgScore[0][($g+(($maxLength)*$h))] += $allScores[$t]*$finDat[$t][($g+(($maxLength)*$h))];
+			$avgScore[1][($g+(($maxLength)*$h))] += $finDat[$t][($g+(($maxLength)*$h))];
+		
+		}
+	}
+}
+	
+
+# Write the data matrix to the output file tab delimited 
+for(my $o = 0; $o < ($numScores + 1); $o++) {
+    for(my $p = 0; $p < ($maxLength * $numBases); $p++) {
+
+		if($o == $numScores){
+			# Make sure the numerators and denominators are not 0.
+			if(($avgScore[0][$p] != 0) && ($avgScore[1][$p] != 0)){
+				print OUTFILE ($avgScore[0][$p] / $avgScore[1][$p]), "\t"; 
+			} else {
+				print OUTFILE "0\t";
+			}
+		} else {
+			print OUTFILE "$finDat[$o][$p]\t";
+		}
+
+    }
+    print OUTFILE "\n";
+}	
+
+# Write the average quality score information to the file
+for( my $n = 0; $n < 2; $n++){
+	for( my $m = 0; $m < ($maxLength *$numBases); $m++){
+		print OUTFILE $avgScore[$n][$m], "\t";
+	}
+	print OUTFILE "\n";
+}
+
+# Close the open files.
+close(OUTFILE);
+close(INFILE);
+
+# Exit the program
+exit;
diff --git a/ART_profiler_illumina/summation.pl b/ART_profiler_illumina/summation.pl
new file mode 100755
index 0000000..e7226f1
--- /dev/null
+++ b/ART_profiler_illumina/summation.pl
@@ -0,0 +1,167 @@
+#!/usr/bin/perl
+# A perl program to compute the summation of frequency amongst multiple files for each  
+# quality score.
+# @author Jason Myers
+
+use strict;
+
+# Print an error message unless the atleast two fastqReadAvg files and an output file are specified
+my $numArgs = $#ARGV + 1;
+
+unless( $numArgs >= 3){
+    print "Usage: perl summation.pl fastqReadAvg_file1 fastqReadAvg_file2 [fastReadqAvg_fileN] outputFile \n";
+    exit;
+}
+
+
+# Arrays to hold the different quality score frequencies by base 
+my @COMB_FREQA = ();
+my @COMB_FREQT = ();
+my @COMB_FREQG = ();
+my @COMB_FREQC = ();
+my @COMB_FREQN = ();
+
+# A variable to track the maximum length read seen
+my $maxLength = 0;
+
+# Loop over the input files
+for(my $iter = 0; $iter < ($numArgs - 1); $iter++){
+
+	# Open the file in question
+	my $infile = $ARGV[$iter];
+
+	open INFILE, "$infile", or die $!;
+
+	# Set the line counter to 0
+	my $count = 0;
+
+	# An array to temporarily store each files frequency lines
+	my @TEMP = ();
+	
+	# A variable to hold the initial grab of the current line
+	my $line = '';
+
+	# variable corresponding to the current length
+	my $curLength;
+
+	# Loop over each line of the file
+	while(<INFILE>){
+
+		if( $count >= 2 && $count <= 73 ){
+
+			# get the line
+			$line = $_;
+	
+			# set the current length to 0.
+			$curLength = 0;
+
+
+			# split the line up into its elements
+			@TEMP = split('\t', $line);
+
+			# calculate the current length of read being seen
+			$curLength = $#TEMP / 5;
+			
+			# if the current length is longer than the current maximum length seen
+			# set the max length to the current length
+			if($curLength > $maxLength){
+				$maxLength = $curLength;
+				}
+
+			# iterate over the elements of the current line and add them to their corresponging positions
+			for(my $iter = 0; $iter < 5; $iter++){
+				for(my $k = 0; $k < $curLength; $k++){
+					if( $iter == 0){
+						$COMB_FREQA[($count - 2)][$k] += $TEMP[(($iter * $curLength) + $k)];
+
+					} elsif( $iter == 1){
+						$COMB_FREQT[($count - 2)][$k] += $TEMP[(($iter * $curLength) + $k)];
+
+					} elsif( $iter == 2){
+						$COMB_FREQG[($count - 2)][$k] += $TEMP[(($iter * $curLength) + $k)];
+
+					} elsif( $iter == 3){
+						$COMB_FREQC[($count - 2)][$k] += $TEMP[(($iter * $curLength) + $k)];
+
+					} else{
+						$COMB_FREQN[($count - 2)][$k] += $TEMP[(($iter * $curLength) + $k)];
+						
+					}
+				}
+			}
+
+			# set the temp variable back to null
+			@TEMP = ();
+		}
+
+		# increase the line counter
+		$count++;
+	}
+
+	# close the current infile
+	close(INFILE);
+}
+
+# open the outfile
+my $outfile = $ARGV[$numArgs - 1];
+
+open OUTFILE, ">>$outfile", or die $!;
+
+
+# set the first base to 'A'
+my $base = 'A';
+
+# write the header out to the output file
+for( my $iter = 0; $iter < 5; $iter++){
+
+	if( $iter == 0){
+	} elsif( $iter == 1 ){
+		$base = 'T';
+	} elsif( $iter == 2 ){
+		$base = 'G';
+	} elsif( $iter == 3 ){
+		$base = 'C';
+	} else {
+		$base = 'N';
+	}
+
+	foreach my $pos1 (0 .. ($maxLength - 1)){
+
+		print OUTFILE $base, $pos1, "\t";
+	
+	}
+}
+
+print OUTFILE "\n";
+
+# write the contents of each combined frequency array out to the output
+# file in the correct order
+for(my $i = 0; $i < 71; $i++){
+	for(my $u = 0; $u  < 5; $u++){
+		for(my $j = 0; $j < $maxLength; $j++){
+			if($u == 0){
+				print OUTFILE $COMB_FREQA[$i][$j], "\t"
+
+			} elsif($u == 1){
+				print OUTFILE $COMB_FREQT[$i][$j], "\t"
+
+			} elsif($u == 2){
+				print OUTFILE $COMB_FREQG[$i][$j], "\t"
+
+			} elsif($u == 3){
+				print OUTFILE $COMB_FREQC[$i][$j], "\t"
+
+			} else{
+				print OUTFILE $COMB_FREQN[$i][$j], "\t"
+			}			
+		}
+	}
+	
+	print OUTFILE "\n";
+}
+
+# close the output file
+close(OUTFILE);
+
+# end  summation.pl
+exit;
diff --git a/AUTHORS b/AUTHORS
new file mode 100644
index 0000000..86b7911
--- /dev/null
+++ b/AUTHORS
@@ -0,0 +1 @@
+Weichun Huang at whduke at gmail.com
diff --git a/COPYING b/COPYING
new file mode 100644
index 0000000..e69de29
diff --git a/ChangeLog b/ChangeLog
new file mode 100644
index 0000000..667a513
--- /dev/null
+++ b/ChangeLog
@@ -0,0 +1,11 @@
+The list of changes for Chocolate Cherries release are given below. 
+
+art_illumina version 2.3.7
+	1) corrected a typo of "SO" in the HQ tag of the SAM file generated   
+	2) added an option to use 'M' instead of '=/X' for alignment match/mismatch CIGAR in the SAM file generated
+art_454 version 2.6.0
+	1) corrected a typo of "SO" in the HQ tag of the SAM file generated   
+	2) added an option to use 'M' instead of '=/X' for alignment match/mismatch CIGAR in the SAM file generated
+art_SOLiD version 1.3.3
+	1) corrected a typo of "SO" in the HQ tag of the SAM file generated   
+	2) added an option to use 'M' instead of '=/X' for alignment match/mismatch CIGAR in the SAM file generated
diff --git a/Illumina_profiles/Emp100R1.txt b/Illumina_profiles/Emp100R1.txt
new file mode 100644
index 0000000..131dda2
--- /dev/null
+++ b/Illumina_profiles/Emp100R1.txt
@@ -0,0 +1,1201 @@
+.	0	0	2	7	10	12	15	16	18	19	20	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	33	34
+.	0	3905743	45345497	49158122	57009821	59025108	61049836	73186593	74775249	74919293	77067802	83794125	92125932	94625060	109130534	152157667	173621700	228617928	235434409	360506841	924229100	1050788673	1572984495
+.	1	0	2	7	10	12	15	16	18	19	20	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	33	34
+.	1	656238	42553987	46270739	59523316	60829670	63811399	85685424	87500618	87849582	90541237	98878279	107130755	109949995	122776265	161380042	203451500	250205648	255989649	353899708	831992900	886666997	1572984495
+.	2	0	2	7	10	12	15	16	18	19	20	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	33	34
+.	2	398051	42198059	46081160	69030791	70124368	72241217	102005717	103764268	103935340	106764469	116815033	126127923	128986547	144909255	182601025	232783825	279646973	284761753	374832749	802551304	837186800	1572984495
+.	3	0	2	7	10	12	16	17	18	19	20	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	35	37
+.	3	233992	42186073	45031477	59891489	60738132	68385901	73532113	74935981	90435769	92842607	98900996	101105449	103589380	111590841	125891324	136619749	165387764	167258376	202683922	215977480	282165857	332490950	664305828	1572984495
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+N	33	2
+N	33	10060893
+N	34	2
+N	34	10033598
+N	35	2
+N	35	9926663
+N	36	2
+N	36	10156806
+N	37	2
+N	37	9942728
+N	38	2
+N	38	9858090
+N	39	2
+N	39	9694851
+N	40	2
+N	40	9865471
+N	41	2
+N	41	9716195
+N	42	2
+N	42	9649557
+N	43	2
+N	43	9635372
+N	44	2
+N	44	9920478
+N	45	2
+N	45	9935980
+N	46	2
+N	46	9694923
+N	47	2
+N	47	9682548
+N	48	2
+N	48	9771226
+N	49	2
+N	49	9809473
+N	50	2
+N	50	9501523
+N	51	2
+N	51	8818314
+N	52	2
+N	52	8982891
+N	53	2
+N	53	9268945
+N	54	2
+N	54	8898519
+N	55	2
+N	55	7796215
+N	56	2
+N	56	8014907
+N	57	2
+N	57	8730973
+N	58	2
+N	58	8967658
+N	59	2
+N	59	9069373
+N	60	2
+N	60	9021558
+N	61	2
+N	61	8875237
+N	62	2
+N	62	9027537
+N	63	2
+N	63	8995299
+N	64	2
+N	64	8925887
+N	65	2
+N	65	8736887
+N	66	2
+N	66	8823028
+N	67	2
+N	67	9220157
+N	68	2
+N	68	8364937
+N	69	2
+N	69	7984468
+N	70	2
+N	70	8865907
+N	71	2
+N	71	9029360
+N	72	2
+N	72	8143873
+N	73	2
+N	73	7840703
+N	74	2
+N	74	8820116
+N	75	2
+N	75	9133917
+N	76	2
+N	76	9493016
+N	77	2
+N	77	9467696
+N	78	2
+N	78	9350931
+N	79	2
+N	79	8969346
+N	80	2
+N	80	9593880
+N	81	2
+N	81	9636082
+N	82	2
+N	82	9878118
+N	83	2
+N	83	9903323
+N	84	2
+N	84	9632117
+N	85	2
+N	85	9759898
+N	86	2
+N	86	9936169
+N	87	2
+N	87	9773950
+N	88	2
+N	88	9427736
+N	89	2
+N	89	8924034
+N	90	2
+N	90	9292332
+N	91	2
+N	91	9459141
+N	92	2
+N	92	9458027
+N	93	2
+N	93	9383053
+N	94	2
+N	94	9483395
+N	95	2
+N	95	9473271
+N	96	2
+N	96	9113777
+N	97	2
+N	97	9138649
+N	98	2
+N	98	9475385
+N	99	2
+N	99	9900234
diff --git a/Makefile.am b/Makefile.am
new file mode 100644
index 0000000..a8336b9
--- /dev/null
+++ b/Makefile.am
@@ -0,0 +1,17 @@
+AUTOMAKE_OPTIONS = subdir-objects
+ACLOCAL_AMFLAGS = ${ACLOCAL_FLAGS}
+
+AM_CPPFLAGS = -O3
+
+bin_PROGRAMS = art_illumina art_454 art_SOLiD
+
+art_illumina_SOURCES = art_illumina_src/art.h art_illumina_src/empdist.h art_illumina_src/readSeqFile.h art_illumina_src/seqRead.h art_illumina_src/samRead.h \
+		       art_illumina_src/art_illumina.cpp art_illumina_src/art_qual_scale.cpp art_illumina_src/empdist.cpp art_illumina_src/readSeqFile.cpp art_illumina_src/seqRead.cpp art_illumina_src/samRead.cpp
+art_454_SOURCES = art_454_src/art.h art_454_src/read_profile.h art_454_src/readSeqFile.h art_454_src/seqRead.h art_454_src/samRead.h \
+		  art_454_src/art_454.cpp art_454_src/art.cpp art_454_src/read_profile.cpp art_454_src/readSeqFile.cpp art_454_src/seqRead.cpp  art_454_src/samRead.cpp
+
+art_SOLiD_SOURCES= art_SOLiD_src/art.h art_SOLiD_src/readSeqFile.h art_SOLiD_src/read_SOLiD.h art_SOLiD_src/samRead.h art_SOLiD_src/utility.hpp \
+	    art_SOLiD_src/art_SOLiD.cpp art_SOLiD_src/art.cpp art_SOLiD_src/readSeqFile.cpp art_SOLiD_src/read_SOLiD.cpp art_SOLiD_src/samRead.cpp
+
+dist_bin_SCRIPTS = aln2bed.pl map2bed.pl ART_profiler_454/art_profiler_454 ART_profiler_illumina/combinedAvg.pl ART_profiler_illumina/fastqReadAvg.pl ART_profiler_illumina/art_profiler_illumina ART_profiler_illumina/empDist.pl ART_profiler_illumina/summation.pl
+#dist_noinst_SCRIPTS = autogen.sh
diff --git a/NEWS b/NEWS
new file mode 100644
index 0000000..b0b5433
--- /dev/null
+++ b/NEWS
@@ -0,0 +1,2 @@
+1) corrected a typo of "SO" in the HQ tag of the SAM file generated   
+2) added an option to use 'M' instead of '=/X' for alignment match/mismatch CIGAR in the SAM file generated
diff --git a/README b/README
new file mode 100644
index 0000000..5ad931d
--- /dev/null
+++ b/README
@@ -0,0 +1,30 @@
+README FILES
+
+ 1) art_illumina_README for art_illumina 
+ 2) art_454_README for art_454 
+ 3) art_SOLiD_README for art_SOLiD 
+
+COMPILATION AND INSTALLATION
+
+	PREREQUISITES: 
+
+		1) GNU g++ 4.0 or above (http://gcc.gnu.org/install) 
+		2) GNU gsl library (http://www.gnu.org/s/gsl/)
+
+	COMPILATION & INSTALLATION
+		1) add gsl library installation directory to compiler's search path
+
+	       	If your GSL library is not installed in system standard search path, your GSL installation 
+		directory need to be added to gcc/g++ complier FLAGS. For example, gsl is typically installed
+	       	in /opt/local or /usr/local directory in MacOS X. You can add the directory to the search path
+		 of gcc/g++ complier by run the following command: 
+		
+		export CFLAGS="$CFLAGS -I/opt/local/include" CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I/opt/local/include" LDFLAGS="$LDFLAGS -L/opt/local/lib"
+		export CFLAGS="$CFLAGS -I/usr/local/include" CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I/usr/local/include" LDFLAGS="$LDFLAGS -L/usr/local/lib"
+
+		2) compile and install 
+
+		./configure --prefix=$HOME
+	       	make
+	       	make install
+
diff --git a/SOLiD_profiles/getPsuedoProfile.pl b/SOLiD_profiles/getPsuedoProfile.pl
new file mode 100644
index 0000000..7462a12
--- /dev/null
+++ b/SOLiD_profiles/getPsuedoProfile.pl
@@ -0,0 +1,11 @@
+open(F1, $ARGV[0]) or die $!;
+open(F2, $ARGV[1]) or die $!;
+while(<F1>){
+     	chomp;
+       	@aa=split /\s+/;
+       	$aa[0]=($aa[0]-1)*2;
+       	printf "%s\n", join "\t", @aa;
+	my $bf=<F2>;
+     	chomp;
+       	@aa=split /\s+/,$bf; $aa[0]=($aa[0]-1)*2+1; printf "%s\n", join "\t", @aa;
+}
diff --git a/SOLiD_profiles/profile_default b/SOLiD_profiles/profile_default
new file mode 100644
index 0000000..47c9ba1
--- /dev/null
+++ b/SOLiD_profiles/profile_default
@@ -0,0 +1,435 @@
+#abSOLiD_PROFILE
+#pos	correct_base	wrong_base	error_rate_1st_read	error_rate_2nd_read
+1	A	C	0.001491472	0.003540099
+1	A	G	0.0005228	0.001881661
+1	A	T	0.003993545	0.001631635
+1	C	A	0.00084175	0.001688864
+1	C	G	0.00017073	0.001217646
+1	C	T	0.001824878	0.001543672
+1	G	A	0.011333555	0.018190343
+1	G	C	0.014223573	0.00469467
+1	G	T	0.041205956	0.004096364
+1	T	A	0.000668773	0.001219377
+1	T	C	0.000637655	0.00193854
+1	T	G	0.000275589	0.000919703
+2	0	1	0.001041867	0.002030822
+2	0	2	0.013801504	0.007512114
+2	0	3	0.001716858	0.001620399
+2	1	0	0.001025594	0.001012225
+2	1	2	0.001958103	0.001926673
+2	1	3	0.002200878	0.000974162
+2	2	0	0.001186617	0.000826307
+2	2	1	0.001085001	0.00039359
+2	2	3	0.001379582	0.00027003
+2	3	0	0.001729502	0.001292348
+2	3	1	0.001947007	0.001208428
+2	3	2	0.002128902	0.001270821
+3	0	1	0.003767178	0.002369064
+3	0	2	0.008919924	0.005369102
+3	0	3	0.004002545	0.002143616
+3	1	0	0.002373642	0.001597904
+3	1	2	0.004043065	0.001959935
+3	1	3	0.003609029	0.001729237
+3	2	0	0.001638943	0.000773814
+3	2	1	0.001637496	0.000521091
+3	2	3	0.001722405	0.000415616
+3	3	0	0.00249707	0.001570381
+3	3	1	0.003223629	0.001747692
+3	3	2	0.002890741	0.00170472
+4	0	1	0.00242206	0.003091706
+4	0	2	0.008067071	0.010273032
+4	0	3	0.002305464	0.002419914
+4	1	0	0.002504384	0.003148652
+4	1	2	0.001224028	0.006520672
+4	1	3	0.001466355	0.002254776
+4	2	0	0.000906381	0.001734116
+4	2	1	0.000350519	0.001541696
+4	2	3	0.000305353	0.000933823
+4	3	0	0.003291258	0.002458903
+4	3	1	0.00175541	0.002347683
+4	3	2	0.000980982	0.003270988
+5	0	1	0.017850833	0.004637653
+5	0	2	0.026849994	0.013930076
+5	0	3	0.029268381	0.009409501
+5	1	0	0.015127277	0.000962739
+5	1	2	0.01739913	0.002763772
+5	1	3	0.024516513	0.006816143
+5	2	0	0.008188461	0.000626974
+5	2	1	0.007466146	0.000706229
+5	2	3	0.007082475	0.004595995
+5	3	0	0.01533887	0.002200836
+5	3	1	0.012920585	0.003033724
+5	3	2	0.013135876	0.01697158
+6	0	1	0.003788152	0.001344167
+6	0	2	0.017630872	0.006932129
+6	0	3	0.005370983	0.001574082
+6	1	0	0.007373256	0.00153208
+6	1	2	0.013704973	0.002124211
+6	1	3	0.005365139	0.00187296
+6	2	0	0.002400316	0.000739044
+6	2	1	0.000881295	0.000364362
+6	2	3	0.001901427	0.000538072
+6	3	0	0.007776124	0.001649305
+6	3	1	0.004594187	0.001563404
+6	3	2	0.014063692	0.002045306
+7	0	1	0.001865178	0.002333462
+7	0	2	0.007967004	0.007697349
+7	0	3	0.001853949	0.003304675
+7	1	0	0.002794012	0.002006424
+7	1	2	0.003260585	0.003151322
+7	1	3	0.002117373	0.002972201
+7	2	0	0.000731691	0.001049387
+7	2	1	0.000370263	0.000939867
+7	2	3	0.000574499	0.001585481
+7	3	0	0.002762492	0.002274554
+7	3	1	0.002032964	0.002494916
+7	3	2	0.002919379	0.004120229
+8	0	1	0.005930142	0.005623066
+8	0	2	0.01010612	0.014570263
+8	0	3	0.003455308	0.011459001
+8	1	0	0.005143442	0.004252315
+8	1	2	0.004929423	0.011475494
+8	1	3	0.003190774	0.010933003
+8	2	0	0.001954044	0.002792807
+8	2	1	0.002541183	0.003931656
+8	2	3	0.001093041	0.008027325
+8	3	0	0.005231296	0.006961648
+8	3	1	0.006426889	0.007784497
+8	3	2	0.004444038	0.017499418
+9	0	1	0.001559526	0.003717635
+9	0	2	0.005621092	0.006588571
+9	0	3	0.001161194	0.003271256
+9	1	0	0.003560365	0.003647662
+9	1	2	0.001677121	0.006641461
+9	1	3	0.001724583	0.003900949
+9	2	0	0.001216171	0.001795173
+9	2	1	0.000494798	0.002256553
+9	2	3	0.000357264	0.001943742
+9	3	0	0.003506091	0.00437619
+9	3	1	0.002098906	0.004236828
+9	3	2	0.00129883	0.003592505
+10	0	1	0.01044776	0.004734385
+10	0	2	0.023244366	0.010666868
+10	0	3	0.013030207	0.003081192
+10	1	0	0.013022946	0.002933192
+10	1	2	0.01234467	0.005751805
+10	1	3	0.012991932	0.002577506
+10	2	0	0.005268218	0.001253209
+10	2	1	0.0069256	0.002025459
+10	2	3	0.005069904	0.000884881
+10	3	0	0.012535258	0.003570298
+10	3	1	0.008369101	0.004937548
+10	3	2	0.017109833	0.005106681
+11	0	1	0.006698851	0.003955686
+11	0	2	0.014669725	0.01419508
+11	0	3	0.00636327	0.004574377
+11	1	0	0.004553384	0.00296863
+11	1	2	0.006899407	0.007200749
+11	1	3	0.005118771	0.004664393
+11	2	0	0.003009345	0.001066787
+11	2	1	0.003748755	0.001911522
+11	2	3	0.003183283	0.002191965
+11	3	0	0.004204934	0.004468819
+11	3	1	0.005030286	0.005356573
+11	3	2	0.006866735	0.011971879
+12	0	1	0.002623753	0.005925951
+12	0	2	0.010007541	0.013423631
+12	0	3	0.004243786	0.007558296
+12	1	0	0.003165271	0.003331065
+12	1	2	0.004632612	0.006387148
+12	1	3	0.003988635	0.006270652
+12	2	0	0.001372999	0.002508614
+12	2	1	0.000796815	0.004411665
+12	2	3	0.001556615	0.004840051
+12	3	0	0.002330431	0.004358167
+12	3	1	0.001984378	0.006118324
+12	3	2	0.003659672	0.008834898
+13	0	1	0.007898238	0.003823175
+13	0	2	0.011800027	0.012682789
+13	0	3	0.011077442	0.004995007
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+61	2	3	0.00842883	0.014536539
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+63	3	1	0.063083717	0.030081533
+63	3	2	0.068734859	0.08222006
+64	0	1	0.10011229	0.02257356
+64	0	2	0.11323839	0.08066579
+64	0	3	0.08882710	0.02211399
+64	1	0	0.08660070	0.04151958
+64	1	2	0.12020038	0.08292800
+64	1	3	0.08382342	0.01897563
+64	2	0	0.06291398	0.02716390
+64	2	1	0.09315125	0.01113954
+64	2	3	0.07255879	0.00674765
+64	3	0	0.09096955	0.04171335
+64	3	1	0.10329630	0.02320284
+64	3	2	0.11418309	0.08095648
+65	0	1	0.100112294	0.02257356
+65	0	2	0.113238397	0.080665794
+65	0	3	0.088827102	0.022113997
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+65	1	2	0.120200387	0.082928002
+65	1	3	0.083823424	0.018975636
+65	2	0	0.062913983	0.027163907
+65	2	1	0.093151256	0.011139543
+65	2	3	0.072558799	0.006747657
+65	3	0	0.090969551	0.041713352
+65	3	1	0.103296306	0.023202841
+65	3	2	0.11418309	0.080956489
+66	0	1	0.07107510	0.03051406
+66	0	2	0.07993595	0.08820733
+66	0	3	0.04088982	0.02451757
+66	1	0	0.03616155	0.03599495
+66	1	2	0.07413758	0.07172901
+66	1	3	0.03823059	0.02055788
+66	2	0	0.02482911	0.02851258
+66	2	1	0.04861861	0.02100989
+66	2	3	0.02615505	0.01200733
+66	3	0	0.04429404	0.04698350
+66	3	1	0.07261405	0.03932368
+66	3	2	0.07956130	0.10128651
+67	0	1	0.071075103	0.030514068
+67	0	2	0.079935956	0.088207334
+67	0	3	0.040889823	0.024517577
+67	1	0	0.036161556	0.035994955
+67	1	2	0.074137586	0.07172901
+67	1	3	0.038230596	0.02055788
+67	2	0	0.024829114	0.028512589
+67	2	1	0.048618619	0.021009897
+67	2	3	0.026155055	0.012007338
+67	3	0	0.044294048	0.046983506
+67	3	1	0.072614052	0.039323687
+67	3	2	0.079561304	0.10128651
+68	0	1	0.11159166	0.03040903
+68	0	2	0.13715948	0.08079773
+68	0	3	0.08507329	0.02162578
+68	1	0	0.09990246	0.03840348
+68	1	2	0.12375496	0.07190002
+68	1	3	0.07293125	0.01709070
+68	2	0	0.05962979	0.03470116
+68	2	1	0.07903131	0.02098971
+68	2	3	0.05894819	0.00970379
+68	3	0	0.09796394	0.05029246
+68	3	1	0.10651909	0.03874874
+68	3	2	0.13598815	0.08715701
+69	0	1	0.111591665	0.030409034
+69	0	2	0.137159484	0.080797736
+69	0	3	0.085073292	0.021625781
+69	1	0	0.099902469	0.03840348
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+69	1	3	0.072931258	0.017090703
+69	2	0	0.05962979	0.03470116
+69	2	1	0.079031315	0.02098971
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+69	3	1	0.106519093	0.038748743
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+70	0	1	0.111591665	0.030409034
+70	0	2	0.137159484	0.080797736
+70	0	3	0.085073292	0.021625781
+70	1	0	0.099902469	0.03840348
+70	1	2	0.123754967	0.071900028
+70	1	3	0.072931258	0.017090703
+70	2	0	0.05962979	0.03470116
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+70	3	2	0.135988156	0.087157018
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+71	1	2	0.123754967	0.071900028
+71	1	3	0.072931258	0.017090703
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+71	3	1	0.106519093	0.038748743
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+72	0	2	0.137159484	0.080797736
+72	0	3	0.085073292	0.021625781
+72	1	0	0.099902469	0.03840348
+72	1	2	0.123754967	0.071900028
+72	1	3	0.072931258	0.017090703
+72	2	0	0.05962979	0.03470116
+72	2	1	0.079031315	0.02098971
+72	2	3	0.058948194	0.009703795
+72	3	0	0.097963949	0.050292462
+72	3	1	0.106519093	0.038748743
+72	3	2	0.135988156	0.087157018
+73	0	1	0.111591665	0.030409034
+73	0	2	0.137159484	0.080797736
+73	0	3	0.085073292	0.021625781
+73	1	0	0.099902469	0.03840348
+73	1	2	0.123754967	0.071900028
+73	1	3	0.072931258	0.017090703
+73	2	0	0.05962979	0.03470116
+73	2	1	0.079031315	0.02098971
+73	2	3	0.058948194	0.009703795
+73	3	0	0.097963949	0.050292462
+73	3	1	0.106519093	0.038748743
+73	3	2	0.135988156	0.087157018
+74	0	1	0.111591665	0.030409034
+74	0	2	0.137159484	0.080797736
+74	0	3	0.085073292	0.021625781
+74	1	0	0.099902469	0.03840348
+74	1	2	0.123754967	0.071900028
+74	1	3	0.072931258	0.017090703
+74	2	0	0.05962979	0.03470116
+74	2	1	0.079031315	0.02098971
+74	2	3	0.058948194	0.009703795
+74	3	0	0.097963949	0.050292462
+74	3	1	0.106519093	0.038748743
+74	3	2	0.135988156	0.087157018
+75	0	1	0.111591665	0.030409034
+75	0	2	0.137159484	0.080797736
+75	0	3	0.085073292	0.021625781
+75	1	0	0.099902469	0.03840348
+75	1	2	0.123754967	0.071900028
+75	1	3	0.072931258	0.017090703
+75	2	0	0.05962979	0.03470116
+75	2	1	0.079031315	0.02098971
+75	2	3	0.058948194	0.009703795
+75	3	0	0.097963949	0.050292462
+75	3	1	0.106519093	0.038748743
+75	3	2	0.135988156	0.087157018
+76	0	1	0.111591666	0.030409035
+76	0	2	0.137159485	0.080797737
+76	0	3	0.085073293	0.021625782
+76	1	0	0.099902470	0.03840349
+76	1	2	0.123754968	0.071900029
+76	1	3	0.072931259	0.017090704
+76	2	0	0.059629800	0.03470117
+76	2	1	0.079031316	0.02098972
+76	2	3	0.058948195	0.009703796
+76	3	0	0.097963950	0.050292463
+76	3	1	0.106519094	0.038748744
+76	3	2	0.135988157	0.087157019
+*end_of_profile
diff --git a/aclocal.m4 b/aclocal.m4
new file mode 100644
index 0000000..3a9a040
--- /dev/null
+++ b/aclocal.m4
@@ -0,0 +1,1149 @@
+# generated automatically by aclocal 1.14.1 -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 1996-2013 Free Software Foundation, Inc.
+
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# This program is distributed in the hope that it will be useful,
+# but WITHOUT ANY WARRANTY, to the extent permitted by law; without
+# even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
+# PARTICULAR PURPOSE.
+
+m4_ifndef([AC_CONFIG_MACRO_DIRS], [m4_defun([_AM_CONFIG_MACRO_DIRS], [])m4_defun([AC_CONFIG_MACRO_DIRS], [_AM_CONFIG_MACRO_DIRS($@)])])
+m4_ifndef([AC_AUTOCONF_VERSION],
+  [m4_copy([m4_PACKAGE_VERSION], [AC_AUTOCONF_VERSION])])dnl
+m4_if(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]), [2.69],,
+[m4_warning([this file was generated for autoconf 2.69.
+You have another version of autoconf.  It may work, but is not guaranteed to.
+If you have problems, you may need to regenerate the build system entirely.
+To do so, use the procedure documented by the package, typically 'autoreconf'.])])
+
+# Copyright (C) 2002-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_AUTOMAKE_VERSION(VERSION)
+# ----------------------------
+# Automake X.Y traces this macro to ensure aclocal.m4 has been
+# generated from the m4 files accompanying Automake X.Y.
+# (This private macro should not be called outside this file.)
+AC_DEFUN([AM_AUTOMAKE_VERSION],
+[am__api_version='1.14'
+dnl Some users find AM_AUTOMAKE_VERSION and mistake it for a way to
+dnl require some minimum version.  Point them to the right macro.
+m4_if([$1], [1.14.1], [],
+      [AC_FATAL([Do not call $0, use AM_INIT_AUTOMAKE([$1]).])])dnl
+])
+
+# _AM_AUTOCONF_VERSION(VERSION)
+# -----------------------------
+# aclocal traces this macro to find the Autoconf version.
+# This is a private macro too.  Using m4_define simplifies
+# the logic in aclocal, which can simply ignore this definition.
+m4_define([_AM_AUTOCONF_VERSION], [])
+
+# AM_SET_CURRENT_AUTOMAKE_VERSION
+# -------------------------------
+# Call AM_AUTOMAKE_VERSION and AM_AUTOMAKE_VERSION so they can be traced.
+# This function is AC_REQUIREd by AM_INIT_AUTOMAKE.
+AC_DEFUN([AM_SET_CURRENT_AUTOMAKE_VERSION],
+[AM_AUTOMAKE_VERSION([1.14.1])dnl
+m4_ifndef([AC_AUTOCONF_VERSION],
+  [m4_copy([m4_PACKAGE_VERSION], [AC_AUTOCONF_VERSION])])dnl
+_AM_AUTOCONF_VERSION(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]))])
+
+# AM_AUX_DIR_EXPAND                                         -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# For projects using AC_CONFIG_AUX_DIR([foo]), Autoconf sets
+# $ac_aux_dir to '$srcdir/foo'.  In other projects, it is set to
+# '$srcdir', '$srcdir/..', or '$srcdir/../..'.
+#
+# Of course, Automake must honor this variable whenever it calls a
+# tool from the auxiliary directory.  The problem is that $srcdir (and
+# therefore $ac_aux_dir as well) can be either absolute or relative,
+# depending on how configure is run.  This is pretty annoying, since
+# it makes $ac_aux_dir quite unusable in subdirectories: in the top
+# source directory, any form will work fine, but in subdirectories a
+# relative path needs to be adjusted first.
+#
+# $ac_aux_dir/missing
+#    fails when called from a subdirectory if $ac_aux_dir is relative
+# $top_srcdir/$ac_aux_dir/missing
+#    fails if $ac_aux_dir is absolute,
+#    fails when called from a subdirectory in a VPATH build with
+#          a relative $ac_aux_dir
+#
+# The reason of the latter failure is that $top_srcdir and $ac_aux_dir
+# are both prefixed by $srcdir.  In an in-source build this is usually
+# harmless because $srcdir is '.', but things will broke when you
+# start a VPATH build or use an absolute $srcdir.
+#
+# So we could use something similar to $top_srcdir/$ac_aux_dir/missing,
+# iff we strip the leading $srcdir from $ac_aux_dir.  That would be:
+#   am_aux_dir='\$(top_srcdir)/'`expr "$ac_aux_dir" : "$srcdir//*\(.*\)"`
+# and then we would define $MISSING as
+#   MISSING="\${SHELL} $am_aux_dir/missing"
+# This will work as long as MISSING is not called from configure, because
+# unfortunately $(top_srcdir) has no meaning in configure.
+# However there are other variables, like CC, which are often used in
+# configure, and could therefore not use this "fixed" $ac_aux_dir.
+#
+# Another solution, used here, is to always expand $ac_aux_dir to an
+# absolute PATH.  The drawback is that using absolute paths prevent a
+# configured tree to be moved without reconfiguration.
+
+AC_DEFUN([AM_AUX_DIR_EXPAND],
+[dnl Rely on autoconf to set up CDPATH properly.
+AC_PREREQ([2.50])dnl
+# expand $ac_aux_dir to an absolute path
+am_aux_dir=`cd $ac_aux_dir && pwd`
+])
+
+# AM_CONDITIONAL                                            -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 1997-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_CONDITIONAL(NAME, SHELL-CONDITION)
+# -------------------------------------
+# Define a conditional.
+AC_DEFUN([AM_CONDITIONAL],
+[AC_PREREQ([2.52])dnl
+ m4_if([$1], [TRUE],  [AC_FATAL([$0: invalid condition: $1])],
+       [$1], [FALSE], [AC_FATAL([$0: invalid condition: $1])])dnl
+AC_SUBST([$1_TRUE])dnl
+AC_SUBST([$1_FALSE])dnl
+_AM_SUBST_NOTMAKE([$1_TRUE])dnl
+_AM_SUBST_NOTMAKE([$1_FALSE])dnl
+m4_define([_AM_COND_VALUE_$1], [$2])dnl
+if $2; then
+  $1_TRUE=
+  $1_FALSE='#'
+else
+  $1_TRUE='#'
+  $1_FALSE=
+fi
+AC_CONFIG_COMMANDS_PRE(
+[if test -z "${$1_TRUE}" && test -z "${$1_FALSE}"; then
+  AC_MSG_ERROR([[conditional "$1" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally.]])
+fi])])
+
+# Copyright (C) 1999-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+
+# There are a few dirty hacks below to avoid letting 'AC_PROG_CC' be
+# written in clear, in which case automake, when reading aclocal.m4,
+# will think it sees a *use*, and therefore will trigger all it's
+# C support machinery.  Also note that it means that autoscan, seeing
+# CC etc. in the Makefile, will ask for an AC_PROG_CC use...
+
+
+# _AM_DEPENDENCIES(NAME)
+# ----------------------
+# See how the compiler implements dependency checking.
+# NAME is "CC", "CXX", "OBJC", "OBJCXX", "UPC", or "GJC".
+# We try a few techniques and use that to set a single cache variable.
+#
+# We don't AC_REQUIRE the corresponding AC_PROG_CC since the latter was
+# modified to invoke _AM_DEPENDENCIES(CC); we would have a circular
+# dependency, and given that the user is not expected to run this macro,
+# just rely on AC_PROG_CC.
+AC_DEFUN([_AM_DEPENDENCIES],
+[AC_REQUIRE([AM_SET_DEPDIR])dnl
+AC_REQUIRE([AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS])dnl
+AC_REQUIRE([AM_MAKE_INCLUDE])dnl
+AC_REQUIRE([AM_DEP_TRACK])dnl
+
+m4_if([$1], [CC],   [depcc="$CC"   am_compiler_list=],
+      [$1], [CXX],  [depcc="$CXX"  am_compiler_list=],
+      [$1], [OBJC], [depcc="$OBJC" am_compiler_list='gcc3 gcc'],
+      [$1], [OBJCXX], [depcc="$OBJCXX" am_compiler_list='gcc3 gcc'],
+      [$1], [UPC],  [depcc="$UPC"  am_compiler_list=],
+      [$1], [GCJ],  [depcc="$GCJ"  am_compiler_list='gcc3 gcc'],
+                    [depcc="$$1"   am_compiler_list=])
+
+AC_CACHE_CHECK([dependency style of $depcc],
+               [am_cv_$1_dependencies_compiler_type],
+[if test -z "$AMDEP_TRUE" && test -f "$am_depcomp"; then
+  # We make a subdir and do the tests there.  Otherwise we can end up
+  # making bogus files that we don't know about and never remove.  For
+  # instance it was reported that on HP-UX the gcc test will end up
+  # making a dummy file named 'D' -- because '-MD' means "put the output
+  # in D".
+  rm -rf conftest.dir
+  mkdir conftest.dir
+  # Copy depcomp to subdir because otherwise we won't find it if we're
+  # using a relative directory.
+  cp "$am_depcomp" conftest.dir
+  cd conftest.dir
+  # We will build objects and dependencies in a subdirectory because
+  # it helps to detect inapplicable dependency modes.  For instance
+  # both Tru64's cc and ICC support -MD to output dependencies as a
+  # side effect of compilation, but ICC will put the dependencies in
+  # the current directory while Tru64 will put them in the object
+  # directory.
+  mkdir sub
+
+  am_cv_$1_dependencies_compiler_type=none
+  if test "$am_compiler_list" = ""; then
+     am_compiler_list=`sed -n ['s/^#*\([a-zA-Z0-9]*\))$/\1/p'] < ./depcomp`
+  fi
+  am__universal=false
+  m4_case([$1], [CC],
+    [case " $depcc " in #(
+     *\ -arch\ *\ -arch\ *) am__universal=true ;;
+     esac],
+    [CXX],
+    [case " $depcc " in #(
+     *\ -arch\ *\ -arch\ *) am__universal=true ;;
+     esac])
+
+  for depmode in $am_compiler_list; do
+    # Setup a source with many dependencies, because some compilers
+    # like to wrap large dependency lists on column 80 (with \), and
+    # we should not choose a depcomp mode which is confused by this.
+    #
+    # We need to recreate these files for each test, as the compiler may
+    # overwrite some of them when testing with obscure command lines.
+    # This happens at least with the AIX C compiler.
+    : > sub/conftest.c
+    for i in 1 2 3 4 5 6; do
+      echo '#include "conftst'$i'.h"' >> sub/conftest.c
+      # Using ": > sub/conftst$i.h" creates only sub/conftst1.h with
+      # Solaris 10 /bin/sh.
+      echo '/* dummy */' > sub/conftst$i.h
+    done
+    echo "${am__include} ${am__quote}sub/conftest.Po${am__quote}" > confmf
+
+    # We check with '-c' and '-o' for the sake of the "dashmstdout"
+    # mode.  It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
+    # handle '-M -o', and we need to detect this.  Also, some Intel
+    # versions had trouble with output in subdirs.
+    am__obj=sub/conftest.${OBJEXT-o}
+    am__minus_obj="-o $am__obj"
+    case $depmode in
+    gcc)
+      # This depmode causes a compiler race in universal mode.
+      test "$am__universal" = false || continue
+      ;;
+    nosideeffect)
+      # After this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
+      # only be used when explicitly requested.
+      if test "x$enable_dependency_tracking" = xyes; then
+	continue
+      else
+	break
+      fi
+      ;;
+    msvc7 | msvc7msys | msvisualcpp | msvcmsys)
+      # This compiler won't grok '-c -o', but also, the minuso test has
+      # not run yet.  These depmodes are late enough in the game, and
+      # so weak that their functioning should not be impacted.
+      am__obj=conftest.${OBJEXT-o}
+      am__minus_obj=
+      ;;
+    none) break ;;
+    esac
+    if depmode=$depmode \
+       source=sub/conftest.c object=$am__obj \
+       depfile=sub/conftest.Po tmpdepfile=sub/conftest.TPo \
+       $SHELL ./depcomp $depcc -c $am__minus_obj sub/conftest.c \
+         >/dev/null 2>conftest.err &&
+       grep sub/conftst1.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       grep sub/conftst6.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       grep $am__obj sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       ${MAKE-make} -s -f confmf > /dev/null 2>&1; then
+      # icc doesn't choke on unknown options, it will just issue warnings
+      # or remarks (even with -Werror).  So we grep stderr for any message
+      # that says an option was ignored or not supported.
+      # When given -MP, icc 7.0 and 7.1 complain thusly:
+      #   icc: Command line warning: ignoring option '-M'; no argument required
+      # The diagnosis changed in icc 8.0:
+      #   icc: Command line remark: option '-MP' not supported
+      if (grep 'ignoring option' conftest.err ||
+          grep 'not supported' conftest.err) >/dev/null 2>&1; then :; else
+        am_cv_$1_dependencies_compiler_type=$depmode
+        break
+      fi
+    fi
+  done
+
+  cd ..
+  rm -rf conftest.dir
+else
+  am_cv_$1_dependencies_compiler_type=none
+fi
+])
+AC_SUBST([$1DEPMODE], [depmode=$am_cv_$1_dependencies_compiler_type])
+AM_CONDITIONAL([am__fastdep$1], [
+  test "x$enable_dependency_tracking" != xno \
+  && test "$am_cv_$1_dependencies_compiler_type" = gcc3])
+])
+
+
+# AM_SET_DEPDIR
+# -------------
+# Choose a directory name for dependency files.
+# This macro is AC_REQUIREd in _AM_DEPENDENCIES.
+AC_DEFUN([AM_SET_DEPDIR],
+[AC_REQUIRE([AM_SET_LEADING_DOT])dnl
+AC_SUBST([DEPDIR], ["${am__leading_dot}deps"])dnl
+])
+
+
+# AM_DEP_TRACK
+# ------------
+AC_DEFUN([AM_DEP_TRACK],
+[AC_ARG_ENABLE([dependency-tracking], [dnl
+AS_HELP_STRING(
+  [--enable-dependency-tracking],
+  [do not reject slow dependency extractors])
+AS_HELP_STRING(
+  [--disable-dependency-tracking],
+  [speeds up one-time build])])
+if test "x$enable_dependency_tracking" != xno; then
+  am_depcomp="$ac_aux_dir/depcomp"
+  AMDEPBACKSLASH='\'
+  am__nodep='_no'
+fi
+AM_CONDITIONAL([AMDEP], [test "x$enable_dependency_tracking" != xno])
+AC_SUBST([AMDEPBACKSLASH])dnl
+_AM_SUBST_NOTMAKE([AMDEPBACKSLASH])dnl
+AC_SUBST([am__nodep])dnl
+_AM_SUBST_NOTMAKE([am__nodep])dnl
+])
+
+# Generate code to set up dependency tracking.              -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 1999-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+
+# _AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS
+# ------------------------------
+AC_DEFUN([_AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS],
+[{
+  # Older Autoconf quotes --file arguments for eval, but not when files
+  # are listed without --file.  Let's play safe and only enable the eval
+  # if we detect the quoting.
+  case $CONFIG_FILES in
+  *\'*) eval set x "$CONFIG_FILES" ;;
+  *)   set x $CONFIG_FILES ;;
+  esac
+  shift
+  for mf
+  do
+    # Strip MF so we end up with the name of the file.
+    mf=`echo "$mf" | sed -e 's/:.*$//'`
+    # Check whether this is an Automake generated Makefile or not.
+    # We used to match only the files named 'Makefile.in', but
+    # some people rename them; so instead we look at the file content.
+    # Grep'ing the first line is not enough: some people post-process
+    # each Makefile.in and add a new line on top of each file to say so.
+    # Grep'ing the whole file is not good either: AIX grep has a line
+    # limit of 2048, but all sed's we know have understand at least 4000.
+    if sed -n 's,^#.*generated by automake.*,X,p' "$mf" | grep X >/dev/null 2>&1; then
+      dirpart=`AS_DIRNAME("$mf")`
+    else
+      continue
+    fi
+    # Extract the definition of DEPDIR, am__include, and am__quote
+    # from the Makefile without running 'make'.
+    DEPDIR=`sed -n 's/^DEPDIR = //p' < "$mf"`
+    test -z "$DEPDIR" && continue
+    am__include=`sed -n 's/^am__include = //p' < "$mf"`
+    test -z "$am__include" && continue
+    am__quote=`sed -n 's/^am__quote = //p' < "$mf"`
+    # Find all dependency output files, they are included files with
+    # $(DEPDIR) in their names.  We invoke sed twice because it is the
+    # simplest approach to changing $(DEPDIR) to its actual value in the
+    # expansion.
+    for file in `sed -n "
+      s/^$am__include $am__quote\(.*(DEPDIR).*\)$am__quote"'$/\1/p' <"$mf" | \
+	 sed -e 's/\$(DEPDIR)/'"$DEPDIR"'/g'`; do
+      # Make sure the directory exists.
+      test -f "$dirpart/$file" && continue
+      fdir=`AS_DIRNAME(["$file"])`
+      AS_MKDIR_P([$dirpart/$fdir])
+      # echo "creating $dirpart/$file"
+      echo '# dummy' > "$dirpart/$file"
+    done
+  done
+}
+])# _AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS
+
+
+# AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS
+# -----------------------------
+# This macro should only be invoked once -- use via AC_REQUIRE.
+#
+# This code is only required when automatic dependency tracking
+# is enabled.  FIXME.  This creates each '.P' file that we will
+# need in order to bootstrap the dependency handling code.
+AC_DEFUN([AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS],
+[AC_CONFIG_COMMANDS([depfiles],
+     [test x"$AMDEP_TRUE" != x"" || _AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS],
+     [AMDEP_TRUE="$AMDEP_TRUE" ac_aux_dir="$ac_aux_dir"])
+])
+
+# Do all the work for Automake.                             -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 1996-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# This macro actually does too much.  Some checks are only needed if
+# your package does certain things.  But this isn't really a big deal.
+
+dnl Redefine AC_PROG_CC to automatically invoke _AM_PROG_CC_C_O.
+m4_define([AC_PROG_CC],
+m4_defn([AC_PROG_CC])
+[_AM_PROG_CC_C_O
+])
+
+# AM_INIT_AUTOMAKE(PACKAGE, VERSION, [NO-DEFINE])
+# AM_INIT_AUTOMAKE([OPTIONS])
+# -----------------------------------------------
+# The call with PACKAGE and VERSION arguments is the old style
+# call (pre autoconf-2.50), which is being phased out.  PACKAGE
+# and VERSION should now be passed to AC_INIT and removed from
+# the call to AM_INIT_AUTOMAKE.
+# We support both call styles for the transition.  After
+# the next Automake release, Autoconf can make the AC_INIT
+# arguments mandatory, and then we can depend on a new Autoconf
+# release and drop the old call support.
+AC_DEFUN([AM_INIT_AUTOMAKE],
+[AC_PREREQ([2.65])dnl
+dnl Autoconf wants to disallow AM_ names.  We explicitly allow
+dnl the ones we care about.
+m4_pattern_allow([^AM_[A-Z]+FLAGS$])dnl
+AC_REQUIRE([AM_SET_CURRENT_AUTOMAKE_VERSION])dnl
+AC_REQUIRE([AC_PROG_INSTALL])dnl
+if test "`cd $srcdir && pwd`" != "`pwd`"; then
+  # Use -I$(srcdir) only when $(srcdir) != ., so that make's output
+  # is not polluted with repeated "-I."
+  AC_SUBST([am__isrc], [' -I$(srcdir)'])_AM_SUBST_NOTMAKE([am__isrc])dnl
+  # test to see if srcdir already configured
+  if test -f $srcdir/config.status; then
+    AC_MSG_ERROR([source directory already configured; run "make distclean" there first])
+  fi
+fi
+
+# test whether we have cygpath
+if test -z "$CYGPATH_W"; then
+  if (cygpath --version) >/dev/null 2>/dev/null; then
+    CYGPATH_W='cygpath -w'
+  else
+    CYGPATH_W=echo
+  fi
+fi
+AC_SUBST([CYGPATH_W])
+
+# Define the identity of the package.
+dnl Distinguish between old-style and new-style calls.
+m4_ifval([$2],
+[AC_DIAGNOSE([obsolete],
+             [$0: two- and three-arguments forms are deprecated.])
+m4_ifval([$3], [_AM_SET_OPTION([no-define])])dnl
+ AC_SUBST([PACKAGE], [$1])dnl
+ AC_SUBST([VERSION], [$2])],
+[_AM_SET_OPTIONS([$1])dnl
+dnl Diagnose old-style AC_INIT with new-style AM_AUTOMAKE_INIT.
+m4_if(
+  m4_ifdef([AC_PACKAGE_NAME], [ok]):m4_ifdef([AC_PACKAGE_VERSION], [ok]),
+  [ok:ok],,
+  [m4_fatal([AC_INIT should be called with package and version arguments])])dnl
+ AC_SUBST([PACKAGE], ['AC_PACKAGE_TARNAME'])dnl
+ AC_SUBST([VERSION], ['AC_PACKAGE_VERSION'])])dnl
+
+_AM_IF_OPTION([no-define],,
+[AC_DEFINE_UNQUOTED([PACKAGE], ["$PACKAGE"], [Name of package])
+ AC_DEFINE_UNQUOTED([VERSION], ["$VERSION"], [Version number of package])])dnl
+
+# Some tools Automake needs.
+AC_REQUIRE([AM_SANITY_CHECK])dnl
+AC_REQUIRE([AC_ARG_PROGRAM])dnl
+AM_MISSING_PROG([ACLOCAL], [aclocal-${am__api_version}])
+AM_MISSING_PROG([AUTOCONF], [autoconf])
+AM_MISSING_PROG([AUTOMAKE], [automake-${am__api_version}])
+AM_MISSING_PROG([AUTOHEADER], [autoheader])
+AM_MISSING_PROG([MAKEINFO], [makeinfo])
+AC_REQUIRE([AM_PROG_INSTALL_SH])dnl
+AC_REQUIRE([AM_PROG_INSTALL_STRIP])dnl
+AC_REQUIRE([AC_PROG_MKDIR_P])dnl
+# For better backward compatibility.  To be removed once Automake 1.9.x
+# dies out for good.  For more background, see:
+# <http://lists.gnu.org/archive/html/automake/2012-07/msg00001.html>
+# <http://lists.gnu.org/archive/html/automake/2012-07/msg00014.html>
+AC_SUBST([mkdir_p], ['$(MKDIR_P)'])
+# We need awk for the "check" target.  The system "awk" is bad on
+# some platforms.
+AC_REQUIRE([AC_PROG_AWK])dnl
+AC_REQUIRE([AC_PROG_MAKE_SET])dnl
+AC_REQUIRE([AM_SET_LEADING_DOT])dnl
+_AM_IF_OPTION([tar-ustar], [_AM_PROG_TAR([ustar])],
+	      [_AM_IF_OPTION([tar-pax], [_AM_PROG_TAR([pax])],
+			     [_AM_PROG_TAR([v7])])])
+_AM_IF_OPTION([no-dependencies],,
+[AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_CC],
+		  [_AM_DEPENDENCIES([CC])],
+		  [m4_define([AC_PROG_CC],
+			     m4_defn([AC_PROG_CC])[_AM_DEPENDENCIES([CC])])])dnl
+AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_CXX],
+		  [_AM_DEPENDENCIES([CXX])],
+		  [m4_define([AC_PROG_CXX],
+			     m4_defn([AC_PROG_CXX])[_AM_DEPENDENCIES([CXX])])])dnl
+AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_OBJC],
+		  [_AM_DEPENDENCIES([OBJC])],
+		  [m4_define([AC_PROG_OBJC],
+			     m4_defn([AC_PROG_OBJC])[_AM_DEPENDENCIES([OBJC])])])dnl
+AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_OBJCXX],
+		  [_AM_DEPENDENCIES([OBJCXX])],
+		  [m4_define([AC_PROG_OBJCXX],
+			     m4_defn([AC_PROG_OBJCXX])[_AM_DEPENDENCIES([OBJCXX])])])dnl
+])
+AC_REQUIRE([AM_SILENT_RULES])dnl
+dnl The testsuite driver may need to know about EXEEXT, so add the
+dnl 'am__EXEEXT' conditional if _AM_COMPILER_EXEEXT was seen.  This
+dnl macro is hooked onto _AC_COMPILER_EXEEXT early, see below.
+AC_CONFIG_COMMANDS_PRE(dnl
+[m4_provide_if([_AM_COMPILER_EXEEXT],
+  [AM_CONDITIONAL([am__EXEEXT], [test -n "$EXEEXT"])])])dnl
+
+# POSIX will say in a future version that running "rm -f" with no argument
+# is OK; and we want to be able to make that assumption in our Makefile
+# recipes.  So use an aggressive probe to check that the usage we want is
+# actually supported "in the wild" to an acceptable degree.
+# See automake bug#10828.
+# To make any issue more visible, cause the running configure to be aborted
+# by default if the 'rm' program in use doesn't match our expectations; the
+# user can still override this though.
+if rm -f && rm -fr && rm -rf; then : OK; else
+  cat >&2 <<'END'
+Oops!
+
+Your 'rm' program seems unable to run without file operands specified
+on the command line, even when the '-f' option is present.  This is contrary
+to the behaviour of most rm programs out there, and not conforming with
+the upcoming POSIX standard: <http://austingroupbugs.net/view.php?id=542>
+
+Please tell bug-automake at gnu.org about your system, including the value
+of your $PATH and any error possibly output before this message.  This
+can help us improve future automake versions.
+
+END
+  if test x"$ACCEPT_INFERIOR_RM_PROGRAM" = x"yes"; then
+    echo 'Configuration will proceed anyway, since you have set the' >&2
+    echo 'ACCEPT_INFERIOR_RM_PROGRAM variable to "yes"' >&2
+    echo >&2
+  else
+    cat >&2 <<'END'
+Aborting the configuration process, to ensure you take notice of the issue.
+
+You can download and install GNU coreutils to get an 'rm' implementation
+that behaves properly: <http://www.gnu.org/software/coreutils/>.
+
+If you want to complete the configuration process using your problematic
+'rm' anyway, export the environment variable ACCEPT_INFERIOR_RM_PROGRAM
+to "yes", and re-run configure.
+
+END
+    AC_MSG_ERROR([Your 'rm' program is bad, sorry.])
+  fi
+fi])
+
+dnl Hook into '_AC_COMPILER_EXEEXT' early to learn its expansion.  Do not
+dnl add the conditional right here, as _AC_COMPILER_EXEEXT may be further
+dnl mangled by Autoconf and run in a shell conditional statement.
+m4_define([_AC_COMPILER_EXEEXT],
+m4_defn([_AC_COMPILER_EXEEXT])[m4_provide([_AM_COMPILER_EXEEXT])])
+
+# When config.status generates a header, we must update the stamp-h file.
+# This file resides in the same directory as the config header
+# that is generated.  The stamp files are numbered to have different names.
+
+# Autoconf calls _AC_AM_CONFIG_HEADER_HOOK (when defined) in the
+# loop where config.status creates the headers, so we can generate
+# our stamp files there.
+AC_DEFUN([_AC_AM_CONFIG_HEADER_HOOK],
+[# Compute $1's index in $config_headers.
+_am_arg=$1
+_am_stamp_count=1
+for _am_header in $config_headers :; do
+  case $_am_header in
+    $_am_arg | $_am_arg:* )
+      break ;;
+    * )
+      _am_stamp_count=`expr $_am_stamp_count + 1` ;;
+  esac
+done
+echo "timestamp for $_am_arg" >`AS_DIRNAME(["$_am_arg"])`/stamp-h[]$_am_stamp_count])
+
+# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_PROG_INSTALL_SH
+# ------------------
+# Define $install_sh.
+AC_DEFUN([AM_PROG_INSTALL_SH],
+[AC_REQUIRE([AM_AUX_DIR_EXPAND])dnl
+if test x"${install_sh}" != xset; then
+  case $am_aux_dir in
+  *\ * | *\	*)
+    install_sh="\${SHELL} '$am_aux_dir/install-sh'" ;;
+  *)
+    install_sh="\${SHELL} $am_aux_dir/install-sh"
+  esac
+fi
+AC_SUBST([install_sh])])
+
+# Copyright (C) 2003-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# Check whether the underlying file-system supports filenames
+# with a leading dot.  For instance MS-DOS doesn't.
+AC_DEFUN([AM_SET_LEADING_DOT],
+[rm -rf .tst 2>/dev/null
+mkdir .tst 2>/dev/null
+if test -d .tst; then
+  am__leading_dot=.
+else
+  am__leading_dot=_
+fi
+rmdir .tst 2>/dev/null
+AC_SUBST([am__leading_dot])])
+
+# Check to see how 'make' treats includes.	            -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_MAKE_INCLUDE()
+# -----------------
+# Check to see how make treats includes.
+AC_DEFUN([AM_MAKE_INCLUDE],
+[am_make=${MAKE-make}
+cat > confinc << 'END'
+am__doit:
+	@echo this is the am__doit target
+.PHONY: am__doit
+END
+# If we don't find an include directive, just comment out the code.
+AC_MSG_CHECKING([for style of include used by $am_make])
+am__include="#"
+am__quote=
+_am_result=none
+# First try GNU make style include.
+echo "include confinc" > confmf
+# Ignore all kinds of additional output from 'make'.
+case `$am_make -s -f confmf 2> /dev/null` in #(
+*the\ am__doit\ target*)
+  am__include=include
+  am__quote=
+  _am_result=GNU
+  ;;
+esac
+# Now try BSD make style include.
+if test "$am__include" = "#"; then
+   echo '.include "confinc"' > confmf
+   case `$am_make -s -f confmf 2> /dev/null` in #(
+   *the\ am__doit\ target*)
+     am__include=.include
+     am__quote="\""
+     _am_result=BSD
+     ;;
+   esac
+fi
+AC_SUBST([am__include])
+AC_SUBST([am__quote])
+AC_MSG_RESULT([$_am_result])
+rm -f confinc confmf
+])
+
+# Fake the existence of programs that GNU maintainers use.  -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 1997-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_MISSING_PROG(NAME, PROGRAM)
+# ------------------------------
+AC_DEFUN([AM_MISSING_PROG],
+[AC_REQUIRE([AM_MISSING_HAS_RUN])
+$1=${$1-"${am_missing_run}$2"}
+AC_SUBST($1)])
+
+# AM_MISSING_HAS_RUN
+# ------------------
+# Define MISSING if not defined so far and test if it is modern enough.
+# If it is, set am_missing_run to use it, otherwise, to nothing.
+AC_DEFUN([AM_MISSING_HAS_RUN],
+[AC_REQUIRE([AM_AUX_DIR_EXPAND])dnl
+AC_REQUIRE_AUX_FILE([missing])dnl
+if test x"${MISSING+set}" != xset; then
+  case $am_aux_dir in
+  *\ * | *\	*)
+    MISSING="\${SHELL} \"$am_aux_dir/missing\"" ;;
+  *)
+    MISSING="\${SHELL} $am_aux_dir/missing" ;;
+  esac
+fi
+# Use eval to expand $SHELL
+if eval "$MISSING --is-lightweight"; then
+  am_missing_run="$MISSING "
+else
+  am_missing_run=
+  AC_MSG_WARN(['missing' script is too old or missing])
+fi
+])
+
+# Helper functions for option handling.                     -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# _AM_MANGLE_OPTION(NAME)
+# -----------------------
+AC_DEFUN([_AM_MANGLE_OPTION],
+[[_AM_OPTION_]m4_bpatsubst($1, [[^a-zA-Z0-9_]], [_])])
+
+# _AM_SET_OPTION(NAME)
+# --------------------
+# Set option NAME.  Presently that only means defining a flag for this option.
+AC_DEFUN([_AM_SET_OPTION],
+[m4_define(_AM_MANGLE_OPTION([$1]), [1])])
+
+# _AM_SET_OPTIONS(OPTIONS)
+# ------------------------
+# OPTIONS is a space-separated list of Automake options.
+AC_DEFUN([_AM_SET_OPTIONS],
+[m4_foreach_w([_AM_Option], [$1], [_AM_SET_OPTION(_AM_Option)])])
+
+# _AM_IF_OPTION(OPTION, IF-SET, [IF-NOT-SET])
+# -------------------------------------------
+# Execute IF-SET if OPTION is set, IF-NOT-SET otherwise.
+AC_DEFUN([_AM_IF_OPTION],
+[m4_ifset(_AM_MANGLE_OPTION([$1]), [$2], [$3])])
+
+# Copyright (C) 1999-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# _AM_PROG_CC_C_O
+# ---------------
+# Like AC_PROG_CC_C_O, but changed for automake.  We rewrite AC_PROG_CC
+# to automatically call this.
+AC_DEFUN([_AM_PROG_CC_C_O],
+[AC_REQUIRE([AM_AUX_DIR_EXPAND])dnl
+AC_REQUIRE_AUX_FILE([compile])dnl
+AC_LANG_PUSH([C])dnl
+AC_CACHE_CHECK(
+  [whether $CC understands -c and -o together],
+  [am_cv_prog_cc_c_o],
+  [AC_LANG_CONFTEST([AC_LANG_PROGRAM([])])
+  # Make sure it works both with $CC and with simple cc.
+  # Following AC_PROG_CC_C_O, we do the test twice because some
+  # compilers refuse to overwrite an existing .o file with -o,
+  # though they will create one.
+  am_cv_prog_cc_c_o=yes
+  for am_i in 1 2; do
+    if AM_RUN_LOG([$CC -c conftest.$ac_ext -o conftest2.$ac_objext]) \
+         && test -f conftest2.$ac_objext; then
+      : OK
+    else
+      am_cv_prog_cc_c_o=no
+      break
+    fi
+  done
+  rm -f core conftest*
+  unset am_i])
+if test "$am_cv_prog_cc_c_o" != yes; then
+   # Losing compiler, so override with the script.
+   # FIXME: It is wrong to rewrite CC.
+   # But if we don't then we get into trouble of one sort or another.
+   # A longer-term fix would be to have automake use am__CC in this case,
+   # and then we could set am__CC="\$(top_srcdir)/compile \$(CC)"
+   CC="$am_aux_dir/compile $CC"
+fi
+AC_LANG_POP([C])])
+
+# For backward compatibility.
+AC_DEFUN_ONCE([AM_PROG_CC_C_O], [AC_REQUIRE([AC_PROG_CC])])
+
+# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_RUN_LOG(COMMAND)
+# -------------------
+# Run COMMAND, save the exit status in ac_status, and log it.
+# (This has been adapted from Autoconf's _AC_RUN_LOG macro.)
+AC_DEFUN([AM_RUN_LOG],
+[{ echo "$as_me:$LINENO: $1" >&AS_MESSAGE_LOG_FD
+   ($1) >&AS_MESSAGE_LOG_FD 2>&AS_MESSAGE_LOG_FD
+   ac_status=$?
+   echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&AS_MESSAGE_LOG_FD
+   (exit $ac_status); }])
+
+# Check to make sure that the build environment is sane.    -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 1996-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_SANITY_CHECK
+# ---------------
+AC_DEFUN([AM_SANITY_CHECK],
+[AC_MSG_CHECKING([whether build environment is sane])
+# Reject unsafe characters in $srcdir or the absolute working directory
+# name.  Accept space and tab only in the latter.
+am_lf='
+'
+case `pwd` in
+  *[[\\\"\#\$\&\'\`$am_lf]]*)
+    AC_MSG_ERROR([unsafe absolute working directory name]);;
+esac
+case $srcdir in
+  *[[\\\"\#\$\&\'\`$am_lf\ \	]]*)
+    AC_MSG_ERROR([unsafe srcdir value: '$srcdir']);;
+esac
+
+# Do 'set' in a subshell so we don't clobber the current shell's
+# arguments.  Must try -L first in case configure is actually a
+# symlink; some systems play weird games with the mod time of symlinks
+# (eg FreeBSD returns the mod time of the symlink's containing
+# directory).
+if (
+   am_has_slept=no
+   for am_try in 1 2; do
+     echo "timestamp, slept: $am_has_slept" > conftest.file
+     set X `ls -Lt "$srcdir/configure" conftest.file 2> /dev/null`
+     if test "$[*]" = "X"; then
+	# -L didn't work.
+	set X `ls -t "$srcdir/configure" conftest.file`
+     fi
+     if test "$[*]" != "X $srcdir/configure conftest.file" \
+	&& test "$[*]" != "X conftest.file $srcdir/configure"; then
+
+	# If neither matched, then we have a broken ls.  This can happen
+	# if, for instance, CONFIG_SHELL is bash and it inherits a
+	# broken ls alias from the environment.  This has actually
+	# happened.  Such a system could not be considered "sane".
+	AC_MSG_ERROR([ls -t appears to fail.  Make sure there is not a broken
+  alias in your environment])
+     fi
+     if test "$[2]" = conftest.file || test $am_try -eq 2; then
+       break
+     fi
+     # Just in case.
+     sleep 1
+     am_has_slept=yes
+   done
+   test "$[2]" = conftest.file
+   )
+then
+   # Ok.
+   :
+else
+   AC_MSG_ERROR([newly created file is older than distributed files!
+Check your system clock])
+fi
+AC_MSG_RESULT([yes])
+# If we didn't sleep, we still need to ensure time stamps of config.status and
+# generated files are strictly newer.
+am_sleep_pid=
+if grep 'slept: no' conftest.file >/dev/null 2>&1; then
+  ( sleep 1 ) &
+  am_sleep_pid=$!
+fi
+AC_CONFIG_COMMANDS_PRE(
+  [AC_MSG_CHECKING([that generated files are newer than configure])
+   if test -n "$am_sleep_pid"; then
+     # Hide warnings about reused PIDs.
+     wait $am_sleep_pid 2>/dev/null
+   fi
+   AC_MSG_RESULT([done])])
+rm -f conftest.file
+])
+
+# Copyright (C) 2009-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_SILENT_RULES([DEFAULT])
+# --------------------------
+# Enable less verbose build rules; with the default set to DEFAULT
+# ("yes" being less verbose, "no" or empty being verbose).
+AC_DEFUN([AM_SILENT_RULES],
+[AC_ARG_ENABLE([silent-rules], [dnl
+AS_HELP_STRING(
+  [--enable-silent-rules],
+  [less verbose build output (undo: "make V=1")])
+AS_HELP_STRING(
+  [--disable-silent-rules],
+  [verbose build output (undo: "make V=0")])dnl
+])
+case $enable_silent_rules in @%:@ (((
+  yes) AM_DEFAULT_VERBOSITY=0;;
+   no) AM_DEFAULT_VERBOSITY=1;;
+    *) AM_DEFAULT_VERBOSITY=m4_if([$1], [yes], [0], [1]);;
+esac
+dnl
+dnl A few 'make' implementations (e.g., NonStop OS and NextStep)
+dnl do not support nested variable expansions.
+dnl See automake bug#9928 and bug#10237.
+am_make=${MAKE-make}
+AC_CACHE_CHECK([whether $am_make supports nested variables],
+   [am_cv_make_support_nested_variables],
+   [if AS_ECHO([['TRUE=$(BAR$(V))
+BAR0=false
+BAR1=true
+V=1
+am__doit:
+	@$(TRUE)
+.PHONY: am__doit']]) | $am_make -f - >/dev/null 2>&1; then
+  am_cv_make_support_nested_variables=yes
+else
+  am_cv_make_support_nested_variables=no
+fi])
+if test $am_cv_make_support_nested_variables = yes; then
+  dnl Using '$V' instead of '$(V)' breaks IRIX make.
+  AM_V='$(V)'
+  AM_DEFAULT_V='$(AM_DEFAULT_VERBOSITY)'
+else
+  AM_V=$AM_DEFAULT_VERBOSITY
+  AM_DEFAULT_V=$AM_DEFAULT_VERBOSITY
+fi
+AC_SUBST([AM_V])dnl
+AM_SUBST_NOTMAKE([AM_V])dnl
+AC_SUBST([AM_DEFAULT_V])dnl
+AM_SUBST_NOTMAKE([AM_DEFAULT_V])dnl
+AC_SUBST([AM_DEFAULT_VERBOSITY])dnl
+AM_BACKSLASH='\'
+AC_SUBST([AM_BACKSLASH])dnl
+_AM_SUBST_NOTMAKE([AM_BACKSLASH])dnl
+])
+
+# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_PROG_INSTALL_STRIP
+# ---------------------
+# One issue with vendor 'install' (even GNU) is that you can't
+# specify the program used to strip binaries.  This is especially
+# annoying in cross-compiling environments, where the build's strip
+# is unlikely to handle the host's binaries.
+# Fortunately install-sh will honor a STRIPPROG variable, so we
+# always use install-sh in "make install-strip", and initialize
+# STRIPPROG with the value of the STRIP variable (set by the user).
+AC_DEFUN([AM_PROG_INSTALL_STRIP],
+[AC_REQUIRE([AM_PROG_INSTALL_SH])dnl
+# Installed binaries are usually stripped using 'strip' when the user
+# run "make install-strip".  However 'strip' might not be the right
+# tool to use in cross-compilation environments, therefore Automake
+# will honor the 'STRIP' environment variable to overrule this program.
+dnl Don't test for $cross_compiling = yes, because it might be 'maybe'.
+if test "$cross_compiling" != no; then
+  AC_CHECK_TOOL([STRIP], [strip], :)
+fi
+INSTALL_STRIP_PROGRAM="\$(install_sh) -c -s"
+AC_SUBST([INSTALL_STRIP_PROGRAM])])
+
+# Copyright (C) 2006-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# _AM_SUBST_NOTMAKE(VARIABLE)
+# ---------------------------
+# Prevent Automake from outputting VARIABLE = @VARIABLE@ in Makefile.in.
+# This macro is traced by Automake.
+AC_DEFUN([_AM_SUBST_NOTMAKE])
+
+# AM_SUBST_NOTMAKE(VARIABLE)
+# --------------------------
+# Public sister of _AM_SUBST_NOTMAKE.
+AC_DEFUN([AM_SUBST_NOTMAKE], [_AM_SUBST_NOTMAKE($@)])
+
+# Check how to create a tarball.                            -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 2004-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# _AM_PROG_TAR(FORMAT)
+# --------------------
+# Check how to create a tarball in format FORMAT.
+# FORMAT should be one of 'v7', 'ustar', or 'pax'.
+#
+# Substitute a variable $(am__tar) that is a command
+# writing to stdout a FORMAT-tarball containing the directory
+# $tardir.
+#     tardir=directory && $(am__tar) > result.tar
+#
+# Substitute a variable $(am__untar) that extract such
+# a tarball read from stdin.
+#     $(am__untar) < result.tar
+#
+AC_DEFUN([_AM_PROG_TAR],
+[# Always define AMTAR for backward compatibility.  Yes, it's still used
+# in the wild :-(  We should find a proper way to deprecate it ...
+AC_SUBST([AMTAR], ['$${TAR-tar}'])
+
+# We'll loop over all known methods to create a tar archive until one works.
+_am_tools='gnutar m4_if([$1], [ustar], [plaintar]) pax cpio none'
+
+m4_if([$1], [v7],
+  [am__tar='$${TAR-tar} chof - "$$tardir"' am__untar='$${TAR-tar} xf -'],
+
+  [m4_case([$1],
+    [ustar],
+     [# The POSIX 1988 'ustar' format is defined with fixed-size fields.
+      # There is notably a 21 bits limit for the UID and the GID.  In fact,
+      # the 'pax' utility can hang on bigger UID/GID (see automake bug#8343
+      # and bug#13588).
+      am_max_uid=2097151 # 2^21 - 1
+      am_max_gid=$am_max_uid
+      # The $UID and $GID variables are not portable, so we need to resort
+      # to the POSIX-mandated id(1) utility.  Errors in the 'id' calls
+      # below are definitely unexpected, so allow the users to see them
+      # (that is, avoid stderr redirection).
+      am_uid=`id -u || echo unknown`
+      am_gid=`id -g || echo unknown`
+      AC_MSG_CHECKING([whether UID '$am_uid' is supported by ustar format])
+      if test $am_uid -le $am_max_uid; then
+         AC_MSG_RESULT([yes])
+      else
+         AC_MSG_RESULT([no])
+         _am_tools=none
+      fi
+      AC_MSG_CHECKING([whether GID '$am_gid' is supported by ustar format])
+      if test $am_gid -le $am_max_gid; then
+         AC_MSG_RESULT([yes])
+      else
+        AC_MSG_RESULT([no])
+        _am_tools=none
+      fi],
+
+  [pax],
+    [],
+
+  [m4_fatal([Unknown tar format])])
+
+  AC_MSG_CHECKING([how to create a $1 tar archive])
+
+  # Go ahead even if we have the value already cached.  We do so because we
+  # need to set the values for the 'am__tar' and 'am__untar' variables.
+  _am_tools=${am_cv_prog_tar_$1-$_am_tools}
+
+  for _am_tool in $_am_tools; do
+    case $_am_tool in
+    gnutar)
+      for _am_tar in tar gnutar gtar; do
+        AM_RUN_LOG([$_am_tar --version]) && break
+      done
+      am__tar="$_am_tar --format=m4_if([$1], [pax], [posix], [$1]) -chf - "'"$$tardir"'
+      am__tar_="$_am_tar --format=m4_if([$1], [pax], [posix], [$1]) -chf - "'"$tardir"'
+      am__untar="$_am_tar -xf -"
+      ;;
+    plaintar)
+      # Must skip GNU tar: if it does not support --format= it doesn't create
+      # ustar tarball either.
+      (tar --version) >/dev/null 2>&1 && continue
+      am__tar='tar chf - "$$tardir"'
+      am__tar_='tar chf - "$tardir"'
+      am__untar='tar xf -'
+      ;;
+    pax)
+      am__tar='pax -L -x $1 -w "$$tardir"'
+      am__tar_='pax -L -x $1 -w "$tardir"'
+      am__untar='pax -r'
+      ;;
+    cpio)
+      am__tar='find "$$tardir" -print | cpio -o -H $1 -L'
+      am__tar_='find "$tardir" -print | cpio -o -H $1 -L'
+      am__untar='cpio -i -H $1 -d'
+      ;;
+    none)
+      am__tar=false
+      am__tar_=false
+      am__untar=false
+      ;;
+    esac
+
+    # If the value was cached, stop now.  We just wanted to have am__tar
+    # and am__untar set.
+    test -n "${am_cv_prog_tar_$1}" && break
+
+    # tar/untar a dummy directory, and stop if the command works.
+    rm -rf conftest.dir
+    mkdir conftest.dir
+    echo GrepMe > conftest.dir/file
+    AM_RUN_LOG([tardir=conftest.dir && eval $am__tar_ >conftest.tar])
+    rm -rf conftest.dir
+    if test -s conftest.tar; then
+      AM_RUN_LOG([$am__untar <conftest.tar])
+      AM_RUN_LOG([cat conftest.dir/file])
+      grep GrepMe conftest.dir/file >/dev/null 2>&1 && break
+    fi
+  done
+  rm -rf conftest.dir
+
+  AC_CACHE_VAL([am_cv_prog_tar_$1], [am_cv_prog_tar_$1=$_am_tool])
+  AC_MSG_RESULT([$am_cv_prog_tar_$1])])
+
+AC_SUBST([am__tar])
+AC_SUBST([am__untar])
+]) # _AM_PROG_TAR
+
diff --git a/aln2bed.pl b/aln2bed.pl
new file mode 100755
index 0000000..63f491c
--- /dev/null
+++ b/aln2bed.pl
@@ -0,0 +1,66 @@
+#!/usr/bin/perl
+#convert Aln format to the UCSC BED format
+#weichun huang at whduke at gmail.com
+use strict;
+my @alnFile=@ARGV;
+if(@ARGV<2){
+	print "aln2bed converts ALN files to a BED file\n\n";
+	print "USAGE: ";
+	print "aln2bed out_bed_file.bed in_aln_file_1 [ in_aln_file_2 ...]\n\n";
+	exit(1);
+}
+
+my $score=500; #all scores are 500.
+#bed file: ref_id st_pos end_pos read_id 500 strand
+my $bedFile=shift @alnFile;
+open(BED, ">$bedFile") or die $!;
+my %reflen;
+foreach my $af (@alnFile){
+	open(ALN, "<$af") or die $!;
+	my $i=0;
+	#read header
+	while (<ALN>){
+		chomp;
+		if($i==0){
+			if(!/^##ART/){
+				print STDERR "File $af is not an ART ALN file.\n Exit ...\n";
+				exit(1);
+			}
+			$i=1;
+		}
+		elsif(/^\@SQ\t(\S+)\t(\d+)/){
+			$reflen{"$1"}=$2;
+		}
+		elsif(/^\@CM/){
+			next;
+		}
+		elsif(/^##Header\s+End/){
+			last;
+		}
+	}
+
+	#read aln records 
+	while (<ALN>){
+		chomp;
+		if(s/^>//){
+		       	my ($ref_id, $read_id, $st_pos, $strand)=split /\t/;
+		       	my $len=0;
+		       	while (<ALN>){
+				chomp;
+			       	if(/^\w/){
+				       	s/-//g;
+				       	$len=length; #lenth of reference part
+			       	}
+			       	last;
+		       	}
+			if($strand eq "+"){
+			       	printf BED "%s\t%d\t%d\t%s\t%d\t%s\n", ($ref_id,  $st_pos, $st_pos+$len, $read_id, $score, $strand); 
+			}
+			else{
+				my $stop=$reflen{$ref_id}-$st_pos;	
+			       	printf BED "%s\t%d\t%d\t%s\t%d\t%s\n", ($ref_id,  $stop-$len, $stop, $read_id, $score, $strand); 
+			}
+		}
+       	} 
+}
+
diff --git a/art_454_README b/art_454_README
new file mode 100644
index 0000000..8e946fc
--- /dev/null
+++ b/art_454_README
@@ -0,0 +1,217 @@
+ART_454 Version 2.6.0 README, last updated on 03/18/2015, Weichun Huang at whduke at gmail.com                              
+
+DESCRIPTION
+
+	ART_454 is a simulation program to generate sequence read data of Roche 454
+      	Pyrosequencing sequencers. ART generates reads according to the empirical read quality profile
+       	and the calibrated error profile of uncall/overcall homopolymers from real 454 read data. ART 
+	has been using for testing or benchmarking a variety of method or tools for next-generation 
+	sequencing data analysis, including read alignment, de novo assembly, detection of SNP, CNV, or
+       	other structure variation.
+
+	art_454 can generate both single-end and paired-end of 454 sequencing platform. Besides for regular
+	genome DNA and cDNA sequencing simulation, art_454 also supports amplicon sequencing. The reference
+	sequences can be either DNA or RNA.  ART outputs include FASTQ read, ALN alignment, STAT read coverage,
+       	and optional SAM alignment files.  ALN files can also be converted to UCSC BED files by using 
+	aln2bed.pl program included. 
+
+	art_454 comes with art_profiler_454, the tool for generating a art_454 read profile from 454 sequencing
+       	data in the fastq format. The tool in the folder ART_profiler_454. Please see the README under in the
+       	folder for details 
+       	
+COMPILATION AND INSTALLATION:
+
+	PREREQUISITES: 
+			1) GNU g++ 4.0 or above (http://gcc.gnu.org/install) 
+			2) GNU gsl library (http://www.gnu.org/s/gsl/) 
+
+	COMPILATION & INSTALLATION
+
+		1) add gsl library installation directory to compiler's search path
+
+	       	If your GSL library is not installed in system standard search path, your GSL installation 
+		directory need to be added to gcc/g++ complier FLAGS. For example, gsl is typically installed
+	       	in /opt/local directory in MacOS X. You can add the directory to the search path of gcc/g++ 
+		complier by run the following command: 
+		
+		export CFLAGS="$CFLAGS -I/opt/local/include" CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I/opt/local/include" LDFLAGS="$LDFLAGS -L/opt/local/lib"
+
+		2) compile and install 
+
+		./configure --prefix=$HOME
+	       	make
+	       	make install
+
+EXAMPLES
+
+	In the "examples" subdirectory, the shell script "run_test_examples_454.sh" gives two examples of using
+       	art_454 for read simulation.  To test these two examples, just run the script "run_test_examples_454.sh"
+
+USAGES
+
+	SINGLE-END SIMULATION
+		art_454 [-s] [-a ] [-t] [-r rand_seed] [ -p read_profile ] [ -c num_flow_cycles ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <FOLD_COVERAGE>
+	
+	PAIRED-END SIMULATION
+		art_454 [-s] [-a ] [-t] [-r rand_seed] [ -p read_profile ] [ -c num_flow_cycles ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <FOLD_COVERAGE> <MEAN_FRAG_LEN> <STD_DEV>
+	
+	AMPLICON SEQUENCING SIMULATION
+		art_454 [-s] [-a ] [-t] [-r rand_seed] [ -p read_profile ] [ -c num_flow_cycles ] <-A|-B> <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <#_READS/#_READ_PAIRS_PER_AMPLICON>
+	
+	===== PARAMETERS =====
+	
+	INPUT_SEQ_FILE           -  the filename of DNA/RNA reference sequences in FASTA format
+	OUTPUT_FILE_PREFIX       -  the prefix or directory of output read data file (*.fq) and read alignment file (*.aln)
+	FOLD_COVERAGE            -  the fold of read coverage over the reference sequences
+	MEAN_FRAG_LEN            -  the average DNA fragment size for paired-end read simulation
+	STD_DEV                  -  the standard deviation of the DNA fragment size for paired-end read simulation
+	#READS_PER_AMPLICON      -  number of reads per amplicon (for 5'end amplicon sequencing)
+	#READ_PAIRS_PER_AMPLICON -  number of read pairs per amplicon (for two-end amplicon sequencing)
+	
+	===== OPTIONAL PARAMETERS =====
+	
+	-A indicate to perform single-end amplicon sequencing simulation
+	-B indicate to perform paired-end amplicon sequencing simulation
+	-M indicate to use CIGAR 'M' instead of '=/X' for alignment match/mismatch
+	-a indicate to output the ALN alignment file
+	-s indicate to output the SAM alignment file
+	-d print out warning messages for debugging
+	-t indicate to simulate reads from the built-in GS FLX Titanium profile [default: GS FLX profile]
+	-r specify a fixed random seed for the simulation (to generate two identical datasets from two different runs)
+	-c specify the number of flow cycles by the sequencer [ default: 100 for GS-FLX, and 200 for GS-FLX Titanium ] 
+	-p specify user's own read profile for simulation
+	   NOTE: the name of a read profile is the directory containing read profile data files.
+	         please read the REAME file about the format of 454 read profile data files and.
+	         and the default filenames of these data files.
+	
+	===== EXAMPLES =====
+	
+	 1) singl-end simulation with 20X coverage
+		art_454 -s seq_reference.fa ./outdir/single_dat 20
+	 2) paired-end simulation with the mean fragment size 500 and STD 20 using GS FLX Titanium platform
+		art_454 -s -t seq_reference.fa ./outdir/paired_dat 10 1500 20
+	 3) paired-end simulation with a fixed random seed
+		art_454 -s -r 777 seq_reference.fa ./outdir/paired_fxSeed 10 2500 50
+	 4) single-end amplicon sequencing with 10 reads per amplicon
+		art_454 -A -s amplicon_ref.fa ./outdir/amp_single 10
+	 5) paired-end amplicon sequencing with 10 read pairs per amplicon
+		art_454 -B -s amplicon_ref.fa ./outdir/amp_paired 10
+	 
+READ PROFILE FILES 
+
+	CREATE A NEW PROFILE
+		Please use the tool art_profiler_454 included in the distribution to generate new art_454 read profiles
+	       	from new 454 sequencing data in the fastq format. The tool in the folder ART_profiler_454. Please see 
+		the README under in the folder for usage. 
+
+	454 READ PROFILE
+	    The name of a read profile is the filename of directory containing read profile data files. a read profile
+	    should consist of the three required profile files, and one optional profile file.  
+
+	    The three REQUIRED profiles are: qual_1st_profile, qual_mc_profile, length_dist. 
+
+	    	1) qual_1st_profile   - the empirical homopolymer-length dependent quality distribution of the 1st base of DNA homopolymers 
+
+	    	2) qual_mc_profile    - 1st order Markov Chain-based empirical quality distribution of the remaining bases of DNA homopolymers 
+
+	    	3) length_dist        - the empirical distribution of 454 read length 
+	    
+	    The OPTIONAL profile is indel_erro_profile. When the profile is not given, the built-in indel_erro_profile will be used. 
+
+	  	  indel_erro_profile - undercall or overcall error profiles of DNA homopolymers 
+
+	FILE FORMATS
+
+       		all read profile files are tab-delimited text files. For detailed formats, please see the real examples the under
+	       	the folder "454_profiles/GS_FLX_profile" or "454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile" for file formats of these four files. 
+	
+CREATION OF YOUR OWN 454 READ PROFILE 
+
+	Users can use the program "454_readprofile_art" that comes with the software package to generate 454 read profile from
+       	454 sequencing data in the fastq format.
+
+	USAGE:
+       		./454_readprofile_art input_fastq_files_dir output_profile_dir [fastq_filename_extension]
+      		
+	PARAMETERS 
+
+		1) input_fastq_files_dir - directory containing all 454 read data files in the fastq format 
+
+		2) output_profile_dir - directory to put read profile files generated by the program
+
+	EXAMPLES:
+       		perl 454_readprofile_art 454_dat_dir 454_profile_dir
+
+	       	perl 454_readprofile_art 454_dat_dir 454_profile_dir fastq
+		       
+	NOTES:
+       		1)the default filename extension for fastq files is fq
+
+	       	2)the program can read gzipped fastq data files with filename extension fq.gz
+
+
+OUTPUT FILES
+
+	*.fq   - FASTQ read data files. For paired-end read simulation, *1.fq contains data of the first reads, and *2.fq for the second reads.
+	*.aln  - read alignment files. For paired-end read simulation, *1.aln has read alignments for the first reads and *2.aln for the second reads.
+	*.sam  - SAM alignment file. 
+	*.stat - read coverage files with the following three tab-delimited fields per lines:
+		 (1)reference position  
+		 (2)number of reads starting at the position  
+		 (3)number of reads covering the position  
+
+	FASTQ FILE format 
+		A FASTQ file contains both sequence bases and quality scores of sequencing reads and is in the following format:  
+			@read_id 
+			sequence_read 
+			+ 
+			base_quality_scores 
+	
+		A base quality score is coded by the ASCII code of a single character, where the quality score is equal to ASCII code of the
+       		character minus 33.    
+
+		Example: 
+		@refid-4028550-1 
+		caacgccactcagcaatgatcggtttattcacgat...
+		+ 
+		????????????7?????<??>??=&?<<?-<?0?...
+
+	ALN format 
+		An ALN file has a Header and main Body parts. The header part includes the command used to generate this file and reference
+	       	sequence id and length. The header @CM tag for command line, and @SQ for reference sequence.  A header always starts with 
+		"##ART" and ends with  "##Header End".
+
+		HEADER EXAMPLE
+
+		##ART_454
+       		@CM     ../../bin/MacOS64/art_454 -s ./testSeq.fa ./single_454_test 10 
+		@SQ     seq1    7207
+	       	@SQ     seq2    3056
+		##Header End
+
+		The body part contains all alignments in the following format 
+
+		>ref_seq_id	read_id	aln_start_pos	ref_seq_strand
+	       	ref_seq_aligned
+	       	read_seq_aligned 
+	
+		aln_start_pos is the alignment start position of reference sequence. aln_start_pos is always relative to the strand of reference
+       		sequence. That is, aln_start_pos 10 in the plus (+) strand is different from aln_start_pos 10 in the minus (‐) stand.  
+	
+		ref_seq_aligned is the aligned region of reference sequence, which can be from plus strand or minus strand of the reference sequence.  
+		read_seq_aligned is the aligned sequence read, which always in the same orientation of the same read in the corresponding fastq file. 
+
+	SAM format
+
+       		SAM is a standard format for next-gen sequencing read alignments. The details of the format and examples are available at the links below:	
+		1) http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf
+	       	2) http://genome.sph.umich.edu/wiki/SAM		
+
+
+	BED format
+
+		See the format at UCSC http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1
+
+		NOTE: both ALN and BED format files use 0-based coordinate system while SAM format uses 1-based coordinate system.
+
+
diff --git a/art_454_src/art.cpp b/art_454_src/art.cpp
new file mode 100644
index 0000000..a51aebb
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/art.cpp
@@ -0,0 +1,212 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART -- Artificial Read Transcriber  
+Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+*/
+#include <iostream>
+#include <sstream>
+#include <string>
+#include <time.h>
+#include <algorithm>
+#include <iomanip>
+#include <ctime>
+#include "art.h"
+#include "read_profile.h"
+
+gsl_rng* art::gsl_R;
+int art::gaussain_mean;
+double art::gaussain_sigma;
+double read_profile::prob_err[HIGHEST_QUAL];
+
+bool art::next_read_indel(seqRead& a_read){
+    long pos=(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]   
+    int slen =a_read.get_indel(read_len);            
+    a_read.is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        a_read.is_plus_strand=false;
+    }
+    if(a_read.is_plus_strand){
+        a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len-slen);
+    }
+    else{
+        a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len-slen);
+    }
+    a_read.bpos=pos;
+    a_read.ref2read();
+    return true;
+}
+
+bool art::next_read(seqRead& a_read){
+    if(read_len>ref_seq.size()){
+	    read_len=ref_seq.size()-10;
+	    if(read_len<0) read_len=ref_seq.size();
+	    valid_region=ref_seq.size()-read_len;
+    }
+   
+    long pos=(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]           
+    //string seq_ref;
+    a_read.is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        a_read.is_plus_strand=false;
+    }
+    if(a_read.is_plus_strand){
+        a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len);
+    }
+    else{
+        a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len);
+    }
+    a_read.bpos=pos;
+    //a_read.seq_read=a_read.seq_ref;
+    return true;
+}
+
+//454 paired-end reads
+//bool art::next_pair_read(seqRead& read_1, seqRead& read_2, int len_of_read){
+/*
+bool art::next_pair_read_old(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+    if(read_len <2*min_read_len) read_len=2*min_read_len; 
+
+    int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    if (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()) return false;
+    int len_1st=(int) floor((read_len-2*min_read_len)*r_prob())+min_read_len;
+    int len_2nd=read_len-len_1st;
+    long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+    long pos_2=pos_1+fragment_len-len_2nd;
+    bool is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        is_plus_strand=false;
+    }
+    if(is_plus_strand){
+        read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, len_1st);
+        read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, len_2nd);
+    }
+    else{
+        read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, len_1st);
+        read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, len_2nd);
+    }
+    read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+    read_1.bpos=pos_1;
+    read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+    read_2.bpos=pos_2;
+    //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+    return true;
+}
+*/
+
+//454 paired-end reads
+bool art::next_pair_read(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+//  read_len=len_of_read;
+    //make sure each read has the minimum length 
+    if(read_len <2*min_read_len) read_len=2*min_read_len; 
+
+    int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    if (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()) return false;
+/*    while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+        fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    }
+ */
+    int len_1st=(int) floor((read_len-2*min_read_len)*r_prob())+min_read_len;
+    int len_2nd=read_len-len_1st;
+    long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+    long pos_2=ref_seq.length()-pos_1-fragment_len;
+    bool is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        is_plus_strand=false;
+    }
+    if(is_plus_strand){
+        read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, len_1st);
+       	read_1.is_plus_strand=true;
+        read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, len_2nd);
+       	read_2.is_plus_strand=false;
+    }
+    else{
+        read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, len_1st);
+        read_1.is_plus_strand=false;
+        read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, len_2nd);
+        read_2.is_plus_strand=true;
+    }
+    read_1.bpos=pos_1;
+    read_2.bpos=pos_2;
+    //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+    return true;
+}
+
+bool art::next_pair_read_indel(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+    int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+        fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    }
+
+    long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+    long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+    int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+    int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);   
+    bool is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        is_plus_strand=false;
+    }
+    if(is_plus_strand){
+        read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+        read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    else{
+        read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+        read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+    read_1.bpos=pos_1;
+    read_1.ref2read();
+    read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+    read_2.bpos=pos_2;
+    read_2.ref2read();
+    //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+    return true;
+}
+
+//amplicon reads
+bool art::amp_read(seqRead& a_read){
+    if(read_len>ref_seq.size()){
+	    read_len=ref_seq.size()-10;
+	    if(read_len<0) read_len=ref_seq.size();
+	    valid_region=ref_seq.size()-read_len;
+    }
+   
+    long pos=(long) 0; 
+    //string seq_ref;
+    a_read.is_plus_strand=true;
+        a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len);
+    a_read.bpos=pos;
+    //a_read.seq_read=a_read.seq_ref;
+    return true;
+}
+
+//454 amplicon paired-end reads
+//bool art::next_pair_read(seqRead& read_1, seqRead& read_2, int len_of_read){
+bool art::amp_pair_read(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+//  read_len=len_of_read;
+    //make sure each read has the minimum length 
+    if(read_len <2*min_read_len) read_len=2*min_read_len; 
+    if (read_len>ref_seq.length()){
+	    read_len=ref_seq.length();
+	    if(read_len <2*min_read_len){
+		    return false;
+	    }
+    }
+
+    int len_1st=(int) floor((read_len-2*min_read_len)*r_prob())+min_read_len;
+    int len_2nd=read_len-len_1st;
+    long pos_1=(long) 0;
+    long pos_2=(long) 0; 
+    bool is_plus_strand=true;
+    if(is_plus_strand){
+        read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, len_1st);
+       	read_1.is_plus_strand=true;
+        read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, len_2nd);
+       	read_2.is_plus_strand=false;
+    }
+    read_1.bpos=pos_1;
+    read_2.bpos=pos_2;
+    //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+    return true;
+}
diff --git a/art_454_src/art.h b/art_454_src/art.h
new file mode 100644
index 0000000..43a15f8
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/art.h
@@ -0,0 +1,164 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_454 -- Artificial Read Transcriber 
+//Copyright(c) 2008-2014 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#pragma once
+#include <gsl/gsl_rng.h>
+#include <gsl/gsl_randist.h>
+#include <gsl/gsl_sys.h>
+#include <gsl/gsl_machine.h>
+#include <gsl/gsl_precision.h>
+#include <gsl/gsl_nan.h>
+#include <gsl/gsl_pow_int.h>
+
+#include <cmath>
+#include <string>
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <iterator>
+#include <map>
+#include <cstdio>
+#include <set>
+
+
+#include "seqRead.h"
+
+
+using namespace std;
+
+class art{
+public:
+    //art();
+    static const int min_read_len=20;
+    string ref_seq;
+    string ref_seq_cmp;
+    vector<int> homo_plus; 
+    vector<int> homo_minus; 
+
+    int read_len;
+    long valid_region;
+    void ini_set(int readLen){
+        read_len=readLen;
+        valid_region=ref_seq.size()-readLen;
+    };
+    void init(){
+        ref_seq_cmp.resize(ref_seq.size());
+        size_t size=ref_seq.size();
+        for(size_t i=0; i<size; i++){
+            ref_seq[i]=toupper(ref_seq[i]);
+            size_t k=size-i-1;
+            switch(ref_seq[i]){
+                case 'A':
+                    ref_seq_cmp[k]='T'; break;
+                case 'C':
+                    ref_seq_cmp[k]='G'; break;
+                case 'G':
+                    ref_seq_cmp[k]='C'; break;
+                case 'T':
+                    ref_seq_cmp[k]='A'; break;
+                default:
+                    ref_seq_cmp[k]='N';
+            }
+        }
+    };
+
+    //add initial homopolymer length vector
+    void init_fast(){
+        size_t size=ref_seq.size();
+        ref_seq_cmp.resize(size);
+	if (size==0) return;
+       	homo_plus.resize(size);
+       	homo_minus.resize(size);
+        ref_seq[0]=toupper(ref_seq[0]);
+        char aBase=ref_seq[0];
+	int polymer_len=1;
+        for(size_t i=1; i<=size; i++){
+		if(i==size){
+		       	int idx=0;
+		       	while(polymer_len>0){
+			       	homo_plus[i-polymer_len]=polymer_len;
+			       	homo_minus[size-i+idx]=polymer_len;
+			       	idx++;
+			       	polymer_len--;
+		       	}
+		}
+		else{
+		       	ref_seq[i]=toupper(ref_seq[i]); 
+			if(aBase!=ref_seq[i]){
+			       	int idx=0;
+			       	while(polymer_len>0){
+				       	homo_plus[i-polymer_len]=polymer_len;
+				       	homo_minus[size-i+idx]=polymer_len;
+				       	idx++;
+				       	polymer_len--;
+			       	}
+			       	aBase=ref_seq[i]; 
+				polymer_len=1;
+		       	}
+		       	else{
+			       	polymer_len++;
+		       	}
+
+		}
+	}
+
+        for(size_t i=0; i<size; i++){
+            size_t k=size-i-1;
+            switch(ref_seq[i]){
+                case 'A':
+                    ref_seq_cmp[k]='T'; break;
+                case 'C':
+                    ref_seq_cmp[k]='G'; break;
+                case 'G':
+                    ref_seq_cmp[k]='C'; break;
+                case 'T':
+                    ref_seq_cmp[k]='A'; break;
+                default:
+                    ref_seq_cmp[k]='N';
+            }
+        }
+/*
+cerr<<ref_seq<<endl;
+for(int kk=0; kk<homo_plus.size(); kk++){
+	cerr<<ref_seq[kk]<<"\t"<<homo_plus[kk]<<endl;
+}
+cerr<<ref_seq_cmp<<endl;
+for(int kk=0; kk<homo_minus.size(); kk++){
+	cerr<<ref_seq_cmp[kk]<<"\t"<<homo_minus[kk]<<endl;
+}
+*/
+
+    };
+
+    bool next_read_indel(seqRead& a_read);
+    bool next_pair_read_indel(seqRead& read_1, seqRead& read_2);
+    bool next_read(seqRead& a_read);
+    //bool next_pair_read(seqRead& read_1, seqRead& read_2, int full_len);
+    bool next_pair_read(seqRead& read_1, seqRead& read_2);
+
+    //amplicon sequencing
+    bool amp_read(seqRead& a_read);
+    bool amp_pair_read(seqRead& read_1, seqRead& read_2);
+
+    static gsl_rng* gsl_R;
+    static int gaussain_mean;
+    static double gaussain_sigma;
+
+    static void ini_read_pair_rand(int mean, double sigma){
+        gsl_rng_default_seed=(unsigned int)time(NULL);
+        const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+        gsl_R=gsl_rng_alloc(rndT);
+        gaussain_mean=mean;
+        gaussain_sigma=sigma;
+    };
+
+    static void ini_read_pair_rand(int mean, double sigma, unsigned int gseed){
+        gsl_rng_default_seed=gseed;
+        const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+        gsl_R=gsl_rng_alloc(rndT);
+        gaussain_mean=mean;
+        gaussain_sigma=sigma;
+    }; 
+};
+
+
diff --git a/art_454_src/art_454.cpp b/art_454_src/art_454.cpp
new file mode 100644
index 0000000..2c2e899
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/art_454.cpp
@@ -0,0 +1,667 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART_454 -- Artificial Read Transcriber 
+Copyright(c) 2008-2014 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+_____________________________________________________________________________________________________________
+*/
+#include <iostream>
+#include <sstream>
+#include <string>
+#include <time.h>
+#include <algorithm>
+#include <iomanip>
+#include <ctime>
+#include "art.h"
+#include "samRead.h"
+#include "readSeqFile.h"
+
+using namespace std;
+
+#define PRGNAME "art_454"
+#define MINIMUM_FLAGMENT_SIZE 100
+
+int main(int argc, char* argv[]){
+    cout <<"==================================================================="<<endl;
+    cout <<"                      ART_454 (Version 2.6.0)                      "<<endl; 
+    cout <<"                   Simulation of 454 Pyrosequencing                "<<endl; 
+    cout <<"     Copyright (c) 2008-2015, Weichun Huang. All Rights Reserved.  "<<endl; 
+    cout <<"==================================================================="<<endl<<endl;
+
+    bool amplicon=false;
+    bool amplicon_pair=false;
+    bool debug=false;
+    bool fixed_seed = false;
+    unsigned int rand_seed = 0;
+    bool sam_out=false;
+    bool aln_out=false;
+    bool titanium=false;
+    bool user_cycle=false;
+    bool use_cigarM = false;
+    string profile_name = "";
+    int num_flow_cycles = 100;
+    int i=1;
+    for(;i<argc;++i){
+	    char* pch = argv[i];
+	    if( *pch != '-' || *(pch+1) == '\0') break;
+	    while(*++pch){
+		    switch(*pch){
+			    case 'p':
+			    case 'P':
+				    if(i<argc) profile_name=argv[++i]; 
+				    break;
+			    case 'd':
+				    debug=true;
+				    break;
+			    case 'a':
+				    aln_out=true;
+				    break;
+			    case 'A':
+				    amplicon=true;
+				    break;
+			    case 'B':
+				    amplicon=true;
+				    amplicon_pair=true;
+				    break;
+			    case 'M':
+				    use_cigarM=true;
+				    break;
+			    case 's':
+				    sam_out=true;
+				    break;
+			    case 't':
+			    case 'T':
+				    titanium=true;
+				    break;
+			    case 'c':
+			    case 'C':
+				    if(i<argc) num_flow_cycles = atoi(argv[++i]);
+				    user_cycle=true;
+				    break;
+			    case 'r':
+				    if(i<argc){
+					    rand_seed =atoi(argv[++i]);
+					    fixed_seed = true;
+				    }
+				    else {
+					    cerr<<"Error: no random seed provided"<<endl;
+					    exit(1);
+				    }
+				    break;
+			    default:
+				   cerr<<"Error: unreconized option \""<<*pch<< "\""<<endl;
+				   break;
+		    }
+	    }
+    }
+
+    if(!user_cycle && titanium){
+	   num_flow_cycles=200;
+    }
+
+    int k=argc-i+1;
+    if(k !=4 &&  k !=6){
+        cout<<"===== USAGE ===== "<<endl<<endl;
+        cout<<"SINGLE-END SIMULATION"<<endl;
+        cout<<"\t"<< PRGNAME <<" [-s] [-a ] [-t] [-r rand_seed] [ -p read_profile ] [ -c num_flow_cycles ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <FOLD_COVERAGE>"<<endl<<endl;
+        cout<<"PAIRED-END SIMULATION"<<endl;
+        cout<<"\t"<< PRGNAME <<" [-s] [-a ] [-t] [-r rand_seed] [ -p read_profile ] [ -c num_flow_cycles ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <FOLD_COVERAGE> <MEAN_FRAG_LEN> <STD_DEV>"<<endl<<endl;
+        cout<<"AMPLICON SEQUENCING SIMULATION"<<endl;
+        cout<<"\t"<< PRGNAME <<" [-s] [-a ] [-t] [-r rand_seed] [ -p read_profile ] [ -c num_flow_cycles ] <-A|-B> <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <#_READS/#_READ_PAIRS_PER_AMPLICON>"<<endl<<endl;
+        cout<<"===== PARAMETERS ====="<< endl<<endl;
+        cout<<"INPUT_SEQ_FILE           -  the filename of DNA/RNA reference sequences in FASTA format"<<endl;
+        cout<<"OUTPUT_FILE_PREFIX       -  the prefix or directory of output read data file (*.fq) and read alignment file (*.aln)"<<endl;
+	cout<<"FOLD_COVERAGE            -  the fold of read coverage over the reference sequences"<<endl; 
+	cout<<"MEAN_FRAG_LEN            -  the average DNA fragment size for paired-end read simulation"<<endl; 
+	cout<<"STD_DEV                  -  the standard deviation of the DNA fragment size for paired-end read simulation"<<endl; 
+        cout<<"#READS_PER_AMPLICON      -  number of reads per amplicon (for 5'end amplicon sequencing)"<<endl;
+	cout<<"#READ_PAIRS_PER_AMPLICON -  number of read pairs per amplicon (for two-end amplicon sequencing)"<<endl<<endl; 
+        cout<<"===== OPTIONAL PARAMETERS ====="<< endl<<endl;
+        cout<<"-A indicate to perform single-end amplicon sequencing simulation"<<endl;
+        cout<<"-B indicate to perform paired-end amplicon sequencing simulation"<<endl;
+        cout<<"-M indicate to use CIGAR 'M' instead of '=/X' for alignment match/mismatch"<<endl;
+        cout<<"-a indicate to output the ALN alignment file"<<endl;
+        cout<<"-s indicate to output the SAM alignment file"<<endl;
+        cout<<"-d print out warning messages for debugging"<<endl;
+        cout<<"-t indicate to simulate reads from the built-in GS FLX Titanium profile [default: GS FLX profile]"<<endl;
+        cout<<"-r specify a fixed random seed for the simulation (to generate two identical datasets from two different runs)"<<endl;
+        cout<<"-c specify the number of flow cycles by the sequencer [ default: 100 for GS-FLX, and 200 for GS-FLX Titanium ] "<<endl;
+        cout<<"-p specify user's own read profile for simulation"<<endl;
+       	cout<<"   NOTE: the name of a read profile is the directory containing read profile data files."<<endl;
+        cout<<"         please read the REAME file about the format of 454 read profile data files and."<<endl;
+        cout<<"         and the default filenames of these data files." <<endl<<endl; 
+        cout<<"===== EXAMPLES ====="<< endl<<endl;
+        cout<<" 1) singl-end simulation with 20X coverage"<<endl;
+       	cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -s seq_reference.fa ./outdir/single_dat 20"<<endl;
+        cout<<" 2) paired-end simulation with the mean fragment size 1500 and STD 20 using GS FLX Titanium platform"<<endl;
+       	cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -s -t seq_reference.fa ./outdir/paired_dat 10 1500 20"<<endl;
+        cout<<" 3) paired-end simulation with a fixed random seed"<<endl;
+       	cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -s -r 777 seq_reference.fa ./outdir/paired_fxSeed 10 2500 50"<<endl;
+        cout<<" 4) single-end amplicon sequencing with 10 reads per amplicon"<<endl;
+       	cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -A -s amplicon_ref.fa ./outdir/amp_single 10"<<endl;
+        cout<<" 5) paired-end amplicon sequencing with 10 read pairs per amplicon"<<endl;
+       	cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -B -s amplicon_ref.fa ./outdir/amp_paired 10"<<endl<<endl;
+
+        exit(0);
+    }
+
+    if(!fixed_seed){
+	    rand_seed=(unsigned int) time(NULL); 
+    }
+    srand(rand_seed);
+
+    bool is_pairend_read=false;
+    char* seq_file= argv[i]; //"w:/vmLinux/vsProjects/art/art/release/test.fa";
+    string out_file_prefix=argv[i+1];//"w:/vmLinux/vsProjects/art/art/release/test454";
+    double x_fold  = atof(argv[i+2]);
+    string num="";
+    int fsize_mean=0;
+    double fsize_std=0;
+
+    if (k==6){
+        num="1";
+        is_pairend_read=true;
+//        art::ini_read_pair_rand(abs(atoi(argv[i+3])),fabs(atof(argv[i+4])));
+
+	fsize_mean=abs(atoi(argv[i+3]));
+       	fsize_std=fabs(atof(argv[i+4]));
+        art::ini_read_pair_rand(fsize_mean,fsize_std,rand_seed);
+
+        if(art::gaussain_mean <= MINIMUM_FLAGMENT_SIZE){
+            cerr<<"Error: the mean fragment length is shorter than the minimum fragment size defined ("<< MINIMUM_FLAGMENT_SIZE <<")"<<endl;
+            exit(1);
+        }
+    }
+
+    if(amplicon_pair){
+        is_pairend_read=true;
+//        art::ini_read_pair_rand(500,20,rand_seed);
+    }
+
+    string alnfasta=out_file_prefix+num+".aln";
+    string fqfile=out_file_prefix+num+".fq";
+    string statfile=out_file_prefix+".stat";
+
+    string samfile=out_file_prefix+".sam";
+    ofstream SAMFILE;
+    if(sam_out) {
+	    SAMFILE.open(samfile.c_str(),ios::binary); 
+	    if(!SAMFILE.is_open()) { cerr<<"Can not open output file: "<<samfile<<endl; exit(0); }
+    }
+
+    ofstream FQFILE(fqfile.c_str(),ios::binary);
+    if(!FQFILE.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<fqfile<<endl; exit(0); }
+
+    ofstream ALNFILE;
+    if(aln_out) {
+	    ALNFILE.open(alnfasta.c_str(),ios::binary);
+	    if(!ALNFILE.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<alnfasta<<endl; exit(0); }
+	    ALNFILE<<"##ART_454"<<endl;
+    }
+
+    ofstream STATFILE(statfile.c_str(),ios::binary);
+    if(!STATFILE.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<statfile<<endl; exit(0); }
+
+    read_profile::set_err_prob();
+    read_profile qdist; 
+    if(profile_name.empty()){
+	    qdist.default_profile(titanium); 
+    }
+    else{
+	    qdist.user_profile(profile_name+"/qual_1st_profile", profile_name+"/qual_mc_profile", profile_name+"/indel_error_profile", profile_name+"/length_dist");
+    }
+
+
+    //caluate CPUT time
+    clock_t start, end;
+    double cpu_time_used;
+    start = clock();
+
+    samHeader sH;
+    sH.getRefseqID(seq_file);
+    sH.ID="02";
+    sH.PN="ART_454"; 
+    for(int j=0;j < argc; ++j) { sH.CL.append(argv[j]);sH.CL.append(" "); }
+    if(aln_out){
+	    sH.printAlnHeader(ALNFILE);
+    }
+
+    if(sam_out){
+	    sH.printHeader(SAMFILE);
+    }
+
+    samRead sR;
+    string srID;
+
+    int read_len  = 0;
+    vector<short> qual;
+    readSeqFile seq_reader(seq_file);
+    string id;
+    art a_art; 
+    seqRead a_read;
+    string aln_read,aln_ref;
+    ostringstream osID;
+    int num_seq=0;
+    string read_id;
+
+    unsigned long total_read_count=0;
+
+    string alnfasta2=out_file_prefix+"2.aln";
+    string fqfile2=out_file_prefix+"2.fq";
+
+    //paired-end reads simulaiton
+    if(is_pairend_read){
+	samRead sR2; 
+	sR.rNext="=";
+	sR2.rNext="=";
+
+
+        ofstream FQFILE2(fqfile2.c_str(),ios::binary);
+        if(!FQFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<fqfile2<<endl; exit(0); }
+
+	ofstream ALNFILE2;
+	if(aln_out) {
+	       	ALNFILE2.open(alnfasta2.c_str(),ios::binary);
+	       	if(!ALNFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<alnfasta2<<endl; exit(0); }
+	       	ALNFILE2<<"##ART_454"<<endl;
+	       	sH.printAlnHeader(ALNFILE2);
+       	}
+
+        seqRead a_read_2;
+        vector<short> qual_2;
+        string read_id_2;
+        string aln_read_2,aln_ref_2;
+       
+        while(seq_reader.next_seq(id,a_art.ref_seq)){
+	    std::replace( a_art.ref_seq.begin(), a_art.ref_seq.end(), 'U', 'T'); //replace U with T
+            num_seq++;
+            long t_num_base=(long) a_art.ref_seq.size();
+            vector<int> depth_coverage(t_num_base,0);
+            vector<int> start_coverage(t_num_base,0); //#read starting on the same position 
+
+            long base_count=t_num_base; 
+            int the_fold=x_fold;
+            a_art.init_fast();
+            while(the_fold>0){
+                a_read.clear();
+
+	    	int cc_try=0; //debug info
+	       	if(amplicon){
+		       	read_len=qdist.get_ran_read_len();
+		       	a_art.ini_set(read_len); 
+			if(!a_art.amp_pair_read(a_read, a_read_2)){
+				cerr<<"Warning: skip the amplicon "<<id<<" as it is too short"<<endl; 
+				break;
+			}
+	       	}
+	       	else{
+		       	do {
+			       	read_len=qdist.get_ran_read_len();
+			       	a_art.ini_set(read_len);
+			       	//debug info
+				if(cc_try>=100){
+				       	cerr<<" was failed"<<endl;
+			       	}
+			       	cc_try++;
+			       	if(cc_try>=100){ cerr<<"try "<<cc_try;}
+
+			}while(!a_art.next_pair_read(a_read, a_read_2));
+	       	}
+
+		if(a_read.seq_ref.find('n',0)!=string::npos || a_read_2.seq_ref.find('n',0)!=string::npos) { 
+			base_count-=read_len;
+		       	continue;
+	       	}
+
+		//debug info
+		if(cc_try>=100){ cerr<<" was successed"<<endl; }
+
+                qual.clear();
+                qual_2.clear();
+                vector<string> aln, aln2;
+
+		short start_cyc=0; //reset start_cyc to zero 
+		bool ok=true;
+                if(a_read.is_plus_strand){ 
+                  qdist.get_read_qual_fast(a_art.homo_plus, a_read.bpos, a_read.seq_ref, a_read.seq_read, aln, qual, start_cyc, num_flow_cycles);
+                  ok=qdist.get_read_qual_fast(a_art.homo_minus, a_read_2.bpos, a_read_2.seq_ref, a_read_2.seq_read, aln2, qual_2, start_cyc, num_flow_cycles);
+                }
+                else{
+                  qdist.get_read_qual_fast(a_art.homo_minus, a_read.bpos, a_read.seq_ref, a_read.seq_read, aln, qual, start_cyc, num_flow_cycles);
+                  ok=qdist.get_read_qual_fast(a_art.homo_plus, a_read_2.bpos, a_read_2.seq_ref, a_read_2.seq_read, aln2, qual_2, start_cyc, num_flow_cycles);
+                }
+		if(!ok) {
+
+			if(debug){
+			       	cerr <<"Info: "<<id<<", 1st read used all flowcycles, retry ..."<<endl;
+			}
+			continue;
+		}
+
+                //statistics
+                start_coverage[a_read.bpos]+=1;
+                start_coverage[a_read_2.bpos]+=1;
+                for(int k=0; k<a_read.seq_ref.length(); k++){
+                    depth_coverage[a_read.bpos+k]+=1;
+                }
+                for(int k=0; k<a_read_2.seq_ref.length(); k++){
+                    depth_coverage[a_read_2.bpos+k]+=1;
+                }
+
+                //output
+		total_read_count++;
+                osID.str("");
+                osID<<id<<'_'<<total_read_count; 
+                read_id = osID.str();
+
+		srID=read_id;
+                read_id_2=read_id+"-2";
+                read_id+="-1";
+                //print first read
+
+                FQFILE<<"@"<<read_id<<endl<<a_read.seq_read<<endl<<"+"<<endl;
+                for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+                    FQFILE<<(char)(qual[k]+33);
+                }
+                FQFILE<<endl;
+
+		if(aln_out){
+		       	ALNFILE<<">"<<id<<"\t"<<read_id<<"\t"<<a_read.bpos;
+		       	if(a_read.is_plus_strand) ALNFILE<<"\t+\n";
+		       	else ALNFILE<<"\t-\n";
+		       	ALNFILE<<aln[0]<<endl<<aln[1]<<endl;
+		}	
+                //print second read
+                FQFILE2<<"@"<<read_id_2<<endl<<a_read_2.seq_read<<endl<<"+"<<endl;
+                for(size_t k=0; k<qual_2.size(); k++){
+                    FQFILE2<<(char)(qual_2[k]+33);
+                }
+                FQFILE2<<endl;
+    
+		if(aln_out) {
+		       	ALNFILE2<<">"<<id<<"\t"<<read_id_2<<"\t"<<a_read_2.bpos;
+		       	if(a_read_2.is_plus_strand) ALNFILE2<<"\t+\n";
+		       	else ALNFILE2<<"\t-\n";
+		       	ALNFILE2<<aln2[0]<<endl<<aln2[1]<<endl;
+		}
+
+		if(sam_out){
+		       	sR.qname=srID;
+		       	sR.rname=id;
+
+		       	sR2.qname=srID;
+		       	sR2.rname=id;
+
+			sR.seq=a_read.seq_read;
+		       	sR.qual.resize(qual.size());
+		       	for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+			       	sR.qual[k]=(char)(qual[k]+33);
+		       	}
+		
+			sR2.seq=a_read_2.seq_read;
+		       	sR2.qual.resize(qual_2.size());
+		       	for(size_t k=0; k<qual_2.size(); k++){
+			       	sR2.qual[k]=(char)(qual_2[k]+33);
+		       	}
+
+
+			sR.flag=0x01 | 0x02 | 0x40;
+		       	sR2.flag=0x01 | 0x02 | 0x80;
+
+		       	if(a_read.is_plus_strand){
+				       	sR.pos=a_read.bpos+1;
+				       	sR.flag =sR.flag | 0x20;
+				       	sR2.flag =sR2.flag |0x10;
+				       	sR2.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read_2.bpos+a_read_2.seq_read.size()-1);
+					sR2.reverse_comp();
+		       	}
+		       	else{
+				       	sR.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read.bpos+a_read.seq_read.size()-1);
+				       	sR.reverse_comp();
+				       	sR2.pos=a_read_2.bpos+1;
+				       	sR.flag = sR.flag | 0x10;
+				       	sR2.flag = sR2.flag | 0x20;
+		       	}
+
+/*
+		       	if(a_read.is_plus_strand){
+			       	sR.pos=a_read.bpos+1;
+			}
+			else{
+			       	sR.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read.bpos+a_read.seq_read.size()-1);
+			       	sR.flag =sR.flag | 0x10;
+			       	sR.reverse_comp();
+			       	sR2.flag =sR2.flag |0x20;
+			}
+
+		       	if(a_read_2.is_plus_strand){
+			       	sR2.pos=a_read_2.bpos+1;
+			}
+			else{
+				sR2.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read_2.bpos+a_read_2.seq_read.size()-1);
+			       	sR2.flag =sR2.flag |0x10;
+			       	sR2.reverse_comp();
+			       	sR.flag =sR.flag | 0x20;
+			}
+*/
+		       	sR.getCigar(aln[0],aln[1],use_cigarM);
+			sR2.getCigar(aln2[0],aln2[1],use_cigarM);
+
+		       	sR.pNext=sR2.pos;
+		       	sR2.pNext=sR.pos;
+		       	if(sR2.pos>sR.pos){
+			       	sR.tLen=sR2.pos+a_read_2.seq_read.size()-sR.pos;
+			       	sR2.tLen=-sR.tLen;
+		       	}
+		       	else{
+			       	sR2.tLen=sR.pos+a_read.seq_read.size()-sR2.pos;
+			       	sR.tLen=-sR2.tLen;
+		       	} 
+			sR.printRead(SAMFILE);
+			sR2.printRead(SAMFILE);
+		}
+
+		if(amplicon){
+                    the_fold-=1;
+		}
+		else{
+		       	base_count-=a_art.read_len;
+		       	if(base_count<=0){
+			       	the_fold-=1;
+			       	base_count=t_num_base;
+		       	}
+		}
+            }
+            //output stat
+            for (long k=0; k<t_num_base; k++){
+                STATFILE<<k<<"\t"<<start_coverage[k]<<"\t"<<depth_coverage[k]<<endl;
+            }
+        }
+        FQFILE2.close();
+       	if(aln_out) { ALNFILE2.close();}
+    }
+    else{
+	    //single-end reads simulaiton
+        while(seq_reader.next_seq(id,a_art.ref_seq)){
+	    std::replace( a_art.ref_seq.begin(), a_art.ref_seq.end(), 'U', 'T'); //replace U with T
+            num_seq++;
+            long t_num_base=(long) a_art.ref_seq.size();
+            vector<int> depth_coverage(t_num_base,0);
+            vector<int> start_coverage(t_num_base,0); //#read starting on the same position 
+            long base_count=t_num_base; 
+            int the_fold=x_fold;
+            a_art.init_fast();
+
+            while(the_fold>0){
+                a_read.clear();
+                read_len=qdist.get_ran_read_len();
+                a_art.ini_set(read_len);
+		if(amplicon) a_art.amp_read(a_read);
+		else a_art.next_read(a_read);
+		read_len=a_read.seq_ref.size();
+                qual.clear();
+
+                vector<string> aln;
+		short start_cyc=0; //alway start with flow cycle zero for single-end reads
+
+		if(a_read.seq_ref.find('n',0)!=string::npos) { 
+			base_count-=read_len;
+		       	continue;
+	       	}
+                
+                if(a_read.is_plus_strand){ 
+                  qdist.get_read_qual_fast(a_art.homo_plus, a_read.bpos, a_read.seq_ref, a_read.seq_read, aln, qual,start_cyc, num_flow_cycles);
+                }
+                else{
+                  qdist.get_read_qual_fast(a_art.homo_minus, a_read.bpos, a_read.seq_ref, a_read.seq_read, aln, qual,start_cyc, num_flow_cycles);
+                }
+
+                //statistics
+                start_coverage[a_read.bpos]+=1;
+                for(int k=0; k<read_len; k++){
+                    depth_coverage[a_read.bpos+k]+=1;
+                }
+
+                //output
+                osID.str("");
+                osID<<id<<'-'<<a_read.bpos<<'-'<<start_coverage[a_read.bpos]; 
+                read_id = osID.str();
+
+                FQFILE<<"@"<<read_id<<endl<<a_read.seq_read<<endl<<"+"<<endl;
+                for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+                    FQFILE<<(char)(qual[k]+33);
+                }
+                FQFILE<<endl;
+	
+		if(aln_out){
+		       	ALNFILE<<">"<<id<<"\t"<<read_id<<"\t"<<a_read.bpos;
+		       	if(a_read.is_plus_strand) ALNFILE<<"\t+\n";
+		       	else ALNFILE<<"\t-\n";
+		       	ALNFILE<<aln[0]<<endl<<aln[1]<<endl;
+		}
+
+		if(sam_out){
+		       	sR.qname=read_id;
+		       	sR.rname=id;
+		       	sR.flag =0;
+
+			sR.seq=a_read.seq_read;
+		       	sR.qual.resize(qual.size());
+		       	for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+			       	sR.qual[k]=(char)(qual[k]+33);
+		       	}
+
+		       	if(a_read.is_plus_strand){
+			       	sR.pos=a_read.bpos+1;
+		       	}
+		       	else{
+			       	sR.flag = 0x10;
+			       	sR.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read.bpos+a_read.seq_read.size()-1);
+			       	sR.reverse_comp();
+		       	}
+
+		       	sR.getCigar(aln[0],aln[1],use_cigarM);
+			sR.printRead(SAMFILE);
+		}
+
+		if(amplicon){
+                    the_fold-=1;
+		}
+		else{
+		       	base_count-=read_len;
+		       	if(base_count<=0){
+			       	the_fold-=1;
+			       	base_count=t_num_base;
+		       	}
+	       	}
+            }
+            //output stat
+            for (long k=0; k<t_num_base; k++){
+                STATFILE<<k<<"\t"<<start_coverage[k]<<"\t"<<depth_coverage[k]<<endl;
+            }
+        }
+    }
+
+    FQFILE.close();
+    if(aln_out){ ALNFILE.close(); }
+    STATFILE.close();
+
+    if(sam_out){ SAMFILE.close(); }
+
+    end = clock();
+    cpu_time_used = ((double) (end - start)) / CLOCKS_PER_SEC;
+    
+    if(!is_pairend_read){
+	    if(amplicon){
+		    cout << "            Amplicon 5'-end sequencing with single-end reads" << endl << endl;
+	    }
+	    else{
+		    cout << "                          Single-end simulation" << endl << endl;
+	    }
+    } else {
+	    if(amplicon){
+		    cout << "           Amplicon two-end sequencing with paired-end reads" << endl << endl;
+	    }
+	    else{
+		    cout << "                          Paired-end simulation" << endl << endl;
+	    }
+    }
+    cout<<"Total CPU time used: "<<cpu_time_used<<endl<<endl;
+    cout<<"The random seed for the run:   "<<rand_seed<<endl<<endl;
+
+    cout << "Parameters Settings" << endl; 
+    cout << "\tnumber of flow cycles:            " <<num_flow_cycles << endl;
+    if(amplicon_pair){
+	    cout << "\t# read pairs per amplion:         " << x_fold << endl;
+    }
+    else if (amplicon){
+	    cout << "\t# reads per amplion:              " << x_fold << endl;
+    }
+    else{
+	    cout << "\tfold of read coverage:            " << x_fold << "X" << endl;
+    }
+    if(is_pairend_read && !amplicon){
+	    cout << "\tfragment length"<<endl;
+	    cout << "\t\tmean:     " << fsize_mean << endl;
+	    cout << "\t\tstd:      " << fsize_std << endl;
+    }
+    cout <<endl<<"454 Profile for Simulation" << endl; 
+    if(profile_name.empty()){
+	    if(titanium) cout << "\tthe built-in GS-FLX Titanium profile"<<endl; 
+	    else cout << "\tthe built-in GS-FLX profile"<<endl; 
+    }
+    else{
+	    cout << "\tthe profile provided: "<<profile_name<<endl; 
+	    cout<<"\t\t"<<profile_name+"/qual_1st_profile"<<endl;
+	    cout<<"\t\t"<<profile_name+"/qual_mc_profile"<<endl;
+	    cout<<"\t\t"<<profile_name+"/indel_error_profile"<<endl;
+	    cout<<"\t\t"<<profile_name+"/length_dist"<<endl;
+    }
+    cout <<endl<<"Output Files" << endl << endl;
+
+    if(is_pairend_read){
+	    cout << "  FASTQ Sequence Files:" << endl; 
+	    cout << "\t the 1st reads: " << fqfile << endl;
+	    cout << "\t the 2nd reads: " << fqfile2 << endl << endl;
+	    if(aln_out){
+		    cout << "  ALN Alignment Files:" << endl; 
+		    cout << "\t the 1st reads: " << alnfasta << endl;
+		    cout << "\t the 2nd reads: " << alnfasta2 << endl << endl;;
+	    }
+    } else {
+	    cout << "  FASTQ Sequence File:" << endl; 
+	    cout << "\t" << fqfile << endl << endl;
+	    if (aln_out){
+		    cout << "  ALN Alignment File:" << endl; 
+		    cout << "\t" << alnfasta << endl << endl;
+	    }
+    }
+    if(sam_out){
+	    cout << "  SAM Alignment File:" << endl; 
+	    cout << "\t" << samfile << endl << endl;
+    }
+
+	    cout << "  Read Coverage File:" << endl; 
+	    cout << "\t" << statfile<< endl << endl;
+}
+
+
diff --git a/art_454_src/readSeqFile.cpp b/art_454_src/readSeqFile.cpp
new file mode 100644
index 0000000..73dc429
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/readSeqFile.cpp
@@ -0,0 +1,136 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART -- Artificial Read Transcription 
+//Copyright(c) 2008-2012 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <time.h>
+#include <math.h>
+#include <string>
+#include <vector>
+#include <algorithm>
+#include <functional>
+#include <iostream>
+#include <fstream>
+#include <sstream>
+
+using namespace std;
+
+
+#include "readSeqFile.h"
+
+readSeqFile::readSeqFile(){
+    fileName = (char*) "";
+}
+readSeqFile::readSeqFile(char* file_name){
+    fileName = file_name;
+    infile.open(fileName);
+    if(! infile.is_open()){
+        cerr<<"the file: "<<file_name<<" can not be opened"<<endl;
+        exit(0);
+    }
+}
+
+readSeqFile::~readSeqFile(){
+    if(infile.is_open()){
+        infile.close();
+    }
+}
+
+//read next num_next seq in fast format 
+int readSeqFile::next_seq(vector<string>& nextid, vector<string>& nextseq, int num_next)
+{
+    if(!infile.is_open()){
+        cerr<<"There is not open file"<<endl;
+        return 0;
+    }
+    string geneID="";
+    string geneSEQ="",tmpString="";
+    char tempChar;
+    int numSeq=0;
+    while(!infile.eof() && numSeq<num_next){
+        tempChar = 'a'; 
+        while(tempChar!='>' && !infile.eof() ){
+            infile.get(tempChar);
+        }
+        if(tempChar!='>'){
+            continue;
+        }
+        getline(infile,geneID);	
+        if(geneID.length()<1){
+            continue;
+        }
+        while((!infile.eof()) && (infile.peek()!='>')){ 
+            tmpString.clear();
+            getline(infile,tmpString);
+	    if ((tmpString.size() > 0) && (tmpString[tmpString.size() - 1] == '\r')){ tmpString.resize(tmpString.size() - 1); }
+            geneSEQ.append(tmpString);
+        }
+        nextseq.push_back(geneSEQ);
+        nextid.push_back(geneID);
+        geneSEQ.clear();
+        geneID.clear();
+        numSeq++;
+    }
+    return numSeq;	
+}
+
+int readSeqFile::next_seq(vector<string>& nextid,vector<string>& nextseq)
+{
+    return next_seq(nextid, nextseq,1);
+}
+//read in one seq
+int readSeqFile::next_seq(string& geneID,string& geneSEQ){
+    if(!infile.is_open()){
+        cerr<<"There is not open file"<<endl;
+        return 0;
+    }
+    geneSEQ.clear();
+    string tmpString="";
+    char tempChar;
+    int numSeq=0;
+    //stringstream tmpseq;
+    while(!infile.eof() && numSeq==0){
+        tempChar = 'a'; //tempChar is not '>'
+        while(tempChar!='>' && !infile.eof() ){
+            infile.get(tempChar);
+        }
+        if(tempChar!='>'){
+            continue;
+        }
+        getline(infile,geneID);	
+        if(geneID.length()<1){
+            continue;
+        }
+        while((!infile.eof()) && (infile.peek()!='>')){ 
+            tmpString.clear();
+            getline(infile,tmpString);
+	    if ((tmpString.size() > 0) && (tmpString[tmpString.size() - 1] == '\r')){ tmpString.resize(tmpString.size() - 1); }
+            geneSEQ.append(tmpString);//v1.1 change from "geneSEQ.append(tmpString)":
+        }
+        numSeq++;
+    }
+    return numSeq;
+}
+
+//close opened file and open another file
+bool readSeqFile::reSetFile(char* file_name){
+    if(infile.is_open()){
+        infile.close();
+    }
+    infile.open(file_name);
+    if(! infile.is_open()){
+        cerr<<"the file: "<<file_name<<" can not be opened";
+        return false;
+    }
+    return true;
+
+}
+
+//set pointer to begining
+bool readSeqFile::restart(){
+    infile.clear();
+    infile.seekg(0, ios::beg);
+    return true;
+}
diff --git a/art_454_src/readSeqFile.h b/art_454_src/readSeqFile.h
new file mode 100644
index 0000000..43621e6
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/readSeqFile.h
@@ -0,0 +1,29 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription 
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+#pragma once
+
+#include <vector>
+#include <fstream>
+#include <string>
+using namespace std;
+
+class readSeqFile{
+  private:
+      char* fileName;
+      ifstream infile;
+  public:
+      readSeqFile(char* file_name);
+      readSeqFile();
+      ~readSeqFile();
+      //close opened file and open another file
+      bool reSetFile(char* file_name);
+  	  //read next num_next seq in fasta format
+      int next_seq(vector<string>& nextid,vector<string>& nextseq, int num_next);
+      int next_seq(vector<string>& nextid,vector<string>& nextseq);
+      int next_seq(string& geneID,string& geneSEQ);
+      //set pointer to begining
+      bool restart();
+ 
+};
diff --git a/art_454_src/read_profile.cpp b/art_454_src/read_profile.cpp
new file mode 100644
index 0000000..5f0e73b
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/read_profile.cpp
@@ -0,0 +1,609 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_454 -- Artificial Read Transcriber 
+//Copyright(c) 2008-2012 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#include <cmath>
+#include <cstdlib>
+#include <ctime>
+#include "read_profile.h"
+
+void read_profile::default_profile(bool is_titanium){
+    istringstream  distss;
+    if(is_titanium){
+	    distss.str(t_QUAL_DIST_1BASE);
+	    read_emp_dist(distss,qual_1stbase_dist);
+	    distss.clear();
+	    distss.str(t_QUAL_DIST_MC);
+	    read_emp_dist(distss,qual_dist_mc, 3);
+	    distss.clear();
+	    distss.str(t_READ_LEN_DIST);
+	    read_emp_dist(distss,read_len_dist);
+    }
+    else{
+	    distss.str(QUAL_DIST_1BASE);
+	    read_emp_dist(distss,qual_1stbase_dist);
+	    distss.clear();
+	    distss.str(QUAL_DIST_MC);
+	    read_emp_dist(distss,qual_dist_mc, 3);
+	    distss.clear();
+	    distss.str(READ_LEN_DIST);
+	    read_emp_dist(distss,read_len_dist);
+    }
+    const int NUM=10;
+    double Undercall[10]={0.0000000000, 0.001096668, 0.004562394, 0.01875503, 0.05466385, 0.14088050, 0.26817640, 0.44392523, 0.54782609, 0.69696970};
+    double Overcall[]={0.0005165388, 0.000858758, 0.003219707, 0.01025744, 0.01770155, 0.01677149, 0.02264601, 0.01401869, 0.02608696, 0.03030303};
+    double OverErroRate[]={0.0005165388, 0.001955426, 0.007782101, 0.02901247, 0.07236540, 0.15765199, 0.29082241, 0.45794393, 0.57391304, 0.72727273};
+    under_call_error.assign(Undercall,Undercall+NUM);
+    over_call_error.assign(Overcall,Overcall+NUM);
+    total_error.assign(OverErroRate,OverErroRate+NUM);
+    cyc_base[0]='T'; cyc_base[1]='A'; cyc_base[2]='C'; cyc_base[3]='G';
+}
+
+void read_profile::user_profile(string qual_profile, string mc_qual_profile, string indel_erro_profile, string length_profile){
+    read_emp_dist(qual_profile,qual_1stbase_dist);
+    read_emp_dist(mc_qual_profile,qual_dist_mc, 3);
+    read_indel_error(indel_erro_profile);
+    read_emp_dist(length_profile,read_len_dist);
+    size_t k=under_call_error.size();
+    if(k>over_call_error.size()) k=over_call_error.size();
+    total_error.resize(k);
+    for(size_t i=0; i<k; i++){
+	    total_error[i]=over_call_error[i]+under_call_error[i];
+    }
+    cyc_base[0]='T'; cyc_base[1]='A'; cyc_base[2]='C'; cyc_base[3]='G';
+}
+
+void read_profile::read_indel_error(string error_profile_file){
+	//if file is blank, use the default error profile
+    ifstream input(error_profile_file.c_str());
+    if(!input){
+		const int NUM=10;
+	       	double Undercall[10]={0.0000000000, 0.001096668, 0.004562394, 0.01875503, 0.05466385, 0.14088050, 0.26817640, 0.44392523, 0.54782609, 0.69696970};
+	       	double Overcall[]={0.0005165388, 0.000858758, 0.003219707, 0.01025744, 0.01770155, 0.01677149, 0.02264601, 0.01401869, 0.02608696, 0.03030303};
+	       	double OverErroRate[]={0.0005165388, 0.001955426, 0.007782101, 0.02901247, 0.07236540, 0.15765199, 0.29082241, 0.45794393, 0.57391304, 0.72727273};
+	       	under_call_error.assign(Undercall,Undercall+NUM);
+	       	over_call_error.assign(Overcall,Overcall+NUM);
+	       	total_error.assign(OverErroRate,OverErroRate+NUM);
+//	       	cerr<<"Note: "<<error_profile_file<<" does not exist. The default built-in indel_error_profile is used for the simulation"<<endl;
+		return;
+    }
+    bool is_UC_profile=false;
+    bool is_OC_profile=false;
+    while(!input.eof()){
+	string profile;
+        string aLine;
+        getline(input, aLine);
+        if(aLine.length()==0) continue;
+        if(aLine[0]=='#') continue;
+        if(aLine[0]=='*') break;
+        istringstream ss(aLine);
+        ss>>profile;
+        if(profile=="UNDERCALL"){
+	       	double t_double;
+	       	while (ss >> t_double){ under_call_error.push_back(t_double); }
+		if(under_call_error.size()>0){ is_UC_profile=true; }
+        }
+	else if(profile =="OVERCALL"){
+	       	double t_double;
+	       	while (ss >> t_double){ over_call_error.push_back(t_double); }
+		if(over_call_error.size()>0){ is_OC_profile=true;}
+	}
+	
+    }
+    if(!is_UC_profile){
+	    cerr<<"Error: there is no the under-call error profile in the input file:"<<error_profile_file<<endl;
+	    exit(1);
+    }
+    if(!is_OC_profile){
+	    cerr<<"Error: there is no the over-call error profile in the input file:"<<error_profile_file<<endl;
+	    exit(1);
+    }
+
+}
+
+bool read_profile::get_read_qual_fast(vector<int>& lenVec, unsigned long b_pos, string& read_seq, string& seq, vector<string>&aln, vector<short>& qual, short& cyc, short cycle){
+    if(cyc>=cycle){
+	    //cerr<<"initial flow cycle number is larger than maximum cycle number"<<endl;
+	    return false;
+	    //exit(1);
+    }
+    if(read_seq.length()==0){
+	    //cerr<<"len of read ==0"<<endl;
+	    return false;
+    }
+    if(qual_1stbase_dist.size()==0) return false;
+    aln.clear();
+    aln.resize(2);
+    aln[0].reserve(read_seq.size()+10);
+    aln[1].reserve(read_seq.size()+10);
+    seq.clear();
+    seq.reserve(read_seq.size()+10);
+    qual.reserve(read_seq.size()+10);
+    size_t len=read_seq.length();
+    char aBase, orgBase, cycB;
+    short polymer_len;
+    for(size_t i=0, k=0; i<len; k++){
+	    if(k>3){ k=0; cyc++; } 
+	    //stop if max_cycle reached
+	    if(cyc>cycle){
+		    read_seq=read_seq.substr(0,i);
+		    break;
+	    }
+	    cycB=cyc_base[k];
+	    aBase=read_seq[i];
+	    if(cycB!=aBase){ continue; }
+
+	    orgBase=aBase;
+        polymer_len=lenVec[b_pos+i];
+        i+=polymer_len;
+       	//last homolymer (trucated)
+	if(i>len){
+	    int kk=i-len; i=len; 
+	    polymer_len-=kk;
+       	} 
+        //polymer length >that defined in distribution
+        short qvalue=60;
+        if(polymer_len>qual_1stbase_dist.size()){
+            short min_qvalue=30;
+            int org_len=polymer_len; 
+            while(polymer_len>qual_1stbase_dist.size()){
+                qual.push_back(qvalue);
+                qvalue-=2;
+                if(qvalue<=min_qvalue) qvalue=min_qvalue;
+                polymer_len--;
+            }
+            aln[0].append(org_len-polymer_len, orgBase);
+            aln[1].append(org_len-polymer_len, aBase);
+            seq.append(org_len-polymer_len,aBase);
+        }
+
+        //assign qual of first base
+        unsigned int cumCC;
+        map <unsigned int, unsigned short>::iterator it;
+        cumCC=(unsigned int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+        it=qual_1stbase_dist[polymer_len-1].lower_bound(cumCC);
+        //qual.push_back(it->second);
+        qvalue=it->second;
+
+        //add substitution error for single base only
+        if(polymer_len==1){
+            if(r_prob()<prob_err[qvalue]){
+                char achar=aBase;
+                while(aBase==achar){ achar=rand_base(); }
+                aBase=achar;
+            }
+        }
+
+        //add indel error
+        short ins_len=0, del_len=0; //
+        double p_ran=r_prob();
+        if(polymer_len>total_error.size()){ //deal with undefined in error distribution 
+            double p_del=total_error[total_error.size()-1];
+            p_del=p_del+(1-p_del)*polymer_len/(polymer_len+100); //p deletion p_del->1 as ploymer len ->larger
+            double p_ins=(1-p_del)/10; //p insetion  
+            if(p_ran<(p_del+p_ins)){
+                if(p_ran<p_ins){
+                    do{
+                        ins_len+=1;
+                        p_ins=p_ins*exp((double) -2*ins_len); //exponetial decay 
+                    } while(polymer_len>ins_len && r_prob()<p_ins);
+                }
+                else{
+                    do{
+                        del_len+=1;
+                        p_del=p_del*exp((double) -2*del_len); //exponetial decay 
+                    } while(polymer_len>del_len && r_prob()<p_del);
+                }
+            }
+        }
+        else if(p_ran<total_error[polymer_len-1]){
+            double p_ins=under_call_error[polymer_len-1];
+            double p_del=over_call_error[polymer_len-1];
+            if(p_ran<p_ins){//insertion
+                do{
+                    ins_len+=1;
+                    p_ins=p_ins*exp((double) -2*ins_len); //exponetial decay 
+                } while(polymer_len>ins_len && r_prob()<p_ins);
+            }
+            else{ //deletion
+                do{
+                    del_len+=1;
+                    p_del=p_del*exp((double) -2*del_len); //exponetial decay 
+                } while(polymer_len>del_len && r_prob()<p_del);
+            }
+        }
+
+        if(ins_len>0){
+            aln[0].append(polymer_len, orgBase);
+            aln[0].append(ins_len, '-');
+            aln[1].append(polymer_len+ins_len, aBase);
+            seq.append(polymer_len+ins_len,aBase);
+        }
+        else if(del_len>0){
+            aln[0].append(polymer_len, orgBase);
+            aln[1].append(polymer_len-del_len, aBase);
+            aln[1].append(del_len, '-');
+            seq.append(polymer_len-del_len,aBase);
+        }
+        else{
+            aln[0].append(polymer_len, orgBase);
+            aln[1].append(polymer_len, aBase);
+            seq.append(polymer_len, aBase);
+        }
+
+        //the polymer_len after indel
+        polymer_len+=ins_len-del_len;
+        //check whether it is delete completely, otherwise add base quality 
+        if(polymer_len>0) qual.push_back(qvalue);
+        for(short k=1; k<polymer_len; k++){
+            ostringstream osID;
+            osID<<polymer_len<<"-"<<k<<"-"<<qvalue;
+            string idd=osID.str();
+            cumCC=(unsigned int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+            if(qual_dist_mc.count(idd)>0){
+                it=qual_dist_mc[idd].lower_bound(cumCC);
+                //if(it!=qual_dist[i].end()){
+                qvalue=it->second;
+            }
+            else qvalue=1;
+            qual.push_back(qvalue);
+        }
+
+    }
+       	return true;
+}
+
+
+
+bool read_profile::get_read_qual(string& read_seq, string& seq, vector<string>&aln, vector<short>& qual, short cycle){
+    if(read_seq.length()==0) return false;
+    if(qual_1stbase_dist.size()==0) return false;
+    aln.clear();
+    aln.resize(2);
+    aln[0].reserve(read_seq.size()+10);
+    aln[1].reserve(read_seq.size()+10);
+    seq.clear();
+    seq.reserve(read_seq.size()+10);
+    qual.reserve(read_seq.size()+10);
+    short cyc=0;
+    size_t len=read_seq.length();
+    char aBase, orgBase, cycB;
+    short polymer_len;
+    for(size_t i=0, k=0; i<len; k++){
+	    if(k>3){ k=0; cyc++; } 
+	    //stop if max_cycle reached
+	    if(cyc>cycle){
+		    read_seq=read_seq.substr(0,i);
+		    break;
+	    }
+	    cycB=cyc_base[k];
+	    aBase=read_seq[i];
+	    if(cycB!=aBase){ continue; }
+        orgBase=aBase;
+        polymer_len=0;
+        while(i<len && aBase==read_seq[i]){
+            i++;
+            polymer_len++;
+        }
+
+        //polymer length >that defined in distribution
+        short qvalue=60;
+        if(polymer_len>qual_1stbase_dist.size()){
+            short min_qvalue=30;
+            int org_len=polymer_len; 
+            while(polymer_len>qual_1stbase_dist.size()){
+                qual.push_back(qvalue);
+                qvalue-=2;
+                if(qvalue<=min_qvalue) qvalue=min_qvalue;
+                polymer_len--;
+            }
+            aln[0].append(org_len-polymer_len, orgBase);
+            aln[1].append(org_len-polymer_len, aBase);
+        }
+
+        //assign qual of first base
+        unsigned int cumCC;
+        map <unsigned int, unsigned short>::iterator it;
+        cumCC=(unsigned int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+        it=qual_1stbase_dist[polymer_len-1].lower_bound(cumCC);
+        //qual.push_back(it->second);
+        qvalue=it->second;
+
+        //add substitution error for signal base only
+        if(polymer_len==1){
+            if(r_prob()<prob_err[qvalue]){
+                char achar=aBase;
+                while(aBase==achar){ achar=rand_base(); }
+                aBase=achar;
+            }
+        }
+
+        //add indel error
+        short ins_len=0, del_len=0; //
+        double p_ran=r_prob();
+        if(polymer_len>total_error.size()){ //deal with undefined in error distribution 
+            double p_del=total_error[total_error.size()-1];
+            p_del=p_del+(1-p_del)*polymer_len/(polymer_len+100); //p deletion p_del->1 as ploymer len ->larger
+            double p_ins=(1-p_del)/10; //p insetion  
+            if(p_ran<(p_del+p_ins)){
+                if(p_ran<p_ins){
+                    do{
+                        ins_len+=1;
+                        p_ins=p_ins*exp((double) -2*ins_len); //exponetial decay 
+                    } while(polymer_len>ins_len && r_prob()<p_ins);
+                }
+                else{
+                    do{
+                        del_len+=1;
+                        p_del=p_del*exp((double) -2*del_len); //exponetial decay 
+                    } while(polymer_len>del_len && r_prob()<p_del);
+                }
+            }
+        }
+        else if(p_ran<total_error[polymer_len-1]){
+            double p_ins=under_call_error[polymer_len-1];
+            double p_del=over_call_error[polymer_len-1];
+            if(p_ran<p_ins){//insertion
+                do{
+                    ins_len+=1;
+                    p_ins=p_ins*exp((double) -2*ins_len); //exponetial decay 
+                } while(polymer_len>ins_len && r_prob()<p_ins);
+            }
+            else{ //deletion
+                do{
+                    del_len+=1;
+                    p_del=p_del*exp((double) -2*del_len); //exponetial decay 
+                } while(polymer_len>del_len && r_prob()<p_del);
+            }
+        }
+
+        if(ins_len>0){
+            aln[0].append(polymer_len, orgBase);
+            aln[0].append(ins_len, '-');
+            aln[1].append(polymer_len+ins_len, aBase);
+            seq.append(polymer_len+ins_len,aBase);
+        }
+        else if(del_len>0){
+            aln[0].append(polymer_len, orgBase);
+            aln[1].append(polymer_len-del_len, aBase);
+            aln[1].append(del_len, '-');
+            seq.append(polymer_len-del_len,aBase);
+        }
+        else{
+            aln[0].append(polymer_len, orgBase);
+            aln[1].append(polymer_len, aBase);
+            seq.append(polymer_len, aBase);
+        }
+
+        //the polymer_len after indel
+        polymer_len+=ins_len-del_len;
+        //check whether it is delete completely, otherwise add base quality 
+        if(polymer_len>0) qual.push_back(qvalue);
+        for(short k=1; k<polymer_len; k++){
+            ostringstream osID;
+            osID<<polymer_len<<"-"<<k<<"-"<<qvalue;
+            string idd=osID.str();
+            cumCC=(unsigned int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+            if(qual_dist_mc.count(idd)>0){
+                it=qual_dist_mc[idd].lower_bound(cumCC);
+                //if(it!=qual_dist[i].end()){
+                qvalue=it->second;
+            }
+            else qvalue=1;
+            qual.push_back(qvalue);
+        }
+
+    }
+       	return true;
+}
+
+
+bool read_profile::get_read_qual(vector< map <unsigned int, unsigned short> >&qual_dist, vector<short>& read_qual, int len){
+    if((int)qual_dist.size()<len) return false;
+    unsigned int cumCC;
+    map <unsigned int, unsigned short>::iterator it;
+    for(int i=0; i<len; i++){
+        cumCC=(unsigned int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+        it=qual_dist[i].lower_bound(cumCC);
+        //if(it!=qual_dist[i].end()){
+        read_qual.push_back(it->second);
+        //}
+    }
+    return true;
+}
+
+read_profile::~read_profile(){
+    qual_1stbase_dist.clear();
+    qual_dist_mc.clear();
+}
+
+bool read_profile::read_emp_dist(string infile, vector< map <unsigned int, unsigned short> >& qual_dist){
+    ifstream distss(infile.c_str());
+    if(!distss){
+        cerr<<"Error: cannot open the profile file "<<infile<<endl;
+        exit(1);
+    }
+    return read_emp_dist(distss, qual_dist);
+}
+
+
+bool read_profile::read_emp_dist(istream& input, vector< map <unsigned int, unsigned short> >& qual_dist){
+    int linenum=1; //one-based index
+    int read_pos;
+    while(!input.eof()){
+        string aLine;
+        getline(input, aLine);
+        if(aLine.length()==0) continue;
+        if(aLine[0]=='#') continue;
+        if(aLine[0]=='*') break;
+        istringstream ss(aLine);
+        ss>>read_pos;
+        if(read_pos!=linenum){
+            cerr<<read_pos<<"\t"<<linenum<<endl;
+            cerr<<"Fatal error (1): wrong format of input distribution at: "<<endl;
+            cerr<<aLine<<endl;
+            exit(1);
+        }
+        unsigned short t_int;
+        vector<unsigned short> qual;
+        while (ss >> t_int){ qual.push_back(t_int); }
+        getline(input, aLine);
+        ss.clear();ss.str(aLine);
+        ss>>read_pos;
+        if(read_pos!=linenum){
+            cerr<<"Fatal error (2): wrong format of input distribution"<<endl;
+            exit(2);
+        }
+        unsigned long t_uint;
+        vector<unsigned long> count;
+        if(IS_CUM_DIST){  while (ss >> t_uint){  count.push_back(t_uint); } }
+        else {
+            int index=0;
+            while (ss >> t_uint){
+                count.push_back(t_uint);
+                if(index>0) count[index]+=count[index-1];
+                index++;
+            }
+        }
+        if(count.size()!=qual.size()){
+            cerr<<"Fatal error (3): wrong format of input distribution"<<endl;
+            exit(3);
+        }
+        double denom=count[count.size()-1]/(double)max_dist_number;
+        map<unsigned int, unsigned short> dist;
+        for(size_t i=0; i<count.size(); i++){
+            unsigned int cc=(unsigned int)ceil(count[i]/denom);           
+            dist[cc]=qual[i];
+        }
+        if(dist.size()>0){
+            linenum++;
+            qual_dist.push_back(dist);
+        }
+    }
+    //max_len_read=linenum;
+    if(linenum==0) return false;
+    return true;
+}
+
+
+bool read_profile::read_emp_dist(string infile, map<string, map <unsigned int, unsigned short> >& qual_dist, short num_id_field){
+    ifstream distss(infile.c_str());
+    if(!distss){
+        cerr<<"Error: cannot open the distribution file "<<infile<<endl;
+        exit(1); 
+    }
+    return read_emp_dist(distss, qual_dist, num_id_field);
+}
+
+bool read_profile::read_emp_dist(istream& input, map<string, map <unsigned int, unsigned short> >& qual_dist, short num_id_field){
+    int linenum=0;
+    if(num_id_field<=0) return false;
+    while(!input.eof()){
+        string aLine;
+        string pos_id;
+        getline(input, aLine);
+        if(aLine.length()==0) continue;
+        if(aLine[0]=='#') continue;
+        if(aLine[0]=='*') break;
+        istringstream ss(aLine);
+        string tmp_id;
+        for(short cc=0; cc<num_id_field; cc++){
+            ss>>tmp_id; 
+            if(cc==0) pos_id=tmp_id;
+            else pos_id+="-"+tmp_id;
+        }
+        //if(pos_id!=linenum){
+        //    cerr<<"Fatal error (1): wrong format of input distribution"<<endl;
+        //    exit(1);
+        //}
+        unsigned short t_int;
+        vector<unsigned short> qual;
+        while (ss >> t_int){ qual.push_back(t_int); }
+        getline(input, aLine);
+        ss.clear();ss.str(aLine);
+        string id2;
+        for(short cc=0; cc<num_id_field; cc++){
+            ss>>tmp_id;
+            if(cc==0) id2=tmp_id;
+            else id2+="-"+tmp_id;
+        }
+        if(id2!=pos_id){
+            cerr<<"Fatal error (2): wrong format of input distribution"<<endl;
+            exit(2);
+        }
+        unsigned long t_uint;
+        vector<unsigned long> count;
+        if(IS_CUM_DIST){  while (ss >> t_uint){  count.push_back(t_uint); } }
+        else {
+            int index=0;
+            while (ss >> t_uint){
+                count.push_back(t_uint);
+                if(index>0) count[index]+=count[index-1];
+                index++;
+            }
+        }
+        if(count.size()!=qual.size()){
+            cerr<<"Fatal error (3): wrong format of input distribution"<<endl;
+            exit(3);
+        }
+        double denom=count[count.size()-1]/(double)max_dist_number;
+        map<unsigned int, unsigned short> dist;
+        for(size_t i=0; i<count.size(); i++){
+            unsigned int cc=(unsigned int)ceil(count[i]/denom);           
+            dist[cc]=qual[i];
+        }
+        if(dist.size()>0){
+            linenum++;
+            qual_dist[pos_id]=dist;
+        }
+    }
+    //max_len_read=linenum;
+    if(linenum==0) return false;
+    return true;
+}
+
+bool read_profile::read_emp_dist(istream& input, map <unsigned int, unsigned int>& dist){
+    while(!input.eof()){
+        string aLine;
+        getline(input, aLine);
+        if(aLine.length()==0) continue;
+        if(aLine[0]=='#') continue;
+        istringstream ss(aLine);
+        unsigned int t_int;
+        vector<unsigned int> value;
+        while (ss >> t_int){ value.push_back(t_int); }
+        getline(input, aLine);
+        ss.clear();ss.str(aLine);
+        vector<unsigned int> count;
+        if(IS_CUM_DIST){  while (ss >> t_int){  count.push_back(t_int); } }
+        else {
+            int index=0;
+            while (ss >> t_int){
+                count.push_back(t_int);
+                if(index>0) count[index]+=count[index-1];
+                index++;
+            }
+        }
+        if(count.size()!=value.size()){
+            cerr<<"Fatal error (3): wrong format of input distribution"<<endl;
+            exit(3);
+        }
+        double denom=count[count.size()-1]/(double)max_dist_number;
+        for(size_t i=0; i<count.size(); i++){
+            unsigned int cc=(unsigned int)ceil(count[i]/denom); 
+            dist[cc]=value[i];
+        }
+        break;
+    }
+    if(dist.size()==0) return false;
+    return true;
+}
+
+bool read_profile::read_emp_dist(string infile, map <unsigned int, unsigned int>& dist){
+    ifstream distss(infile.c_str());
+    if(!distss){
+        cerr<<"Error: cannot open the distribution file "<<infile<<endl;
+        exit(1); 
+    }
+    return read_emp_dist(distss, dist);
+}
diff --git a/art_454_src/read_profile.h b/art_454_src/read_profile.h
new file mode 100644
index 0000000..4de0b0b
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/read_profile.h
@@ -0,0 +1,111 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_454 -- Artificial Read Transcriber 
+//Copyright(c) 2008-2012 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#pragma once
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <sstream>
+#include <fstream>
+#include <string>
+#include <map>
+#include <cstdlib>
+#include <climits>
+
+#define IS_CUM_DIST false
+#define HIGHEST_QUAL 80
+//QUAL_DIST_ONE len
+//QUAL_DIST_TWO len pos pre_qual
+
+#define QUAL_DIST_1BASE "1	0	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40\n1	11689246	1276516	3703034	7516682	10871020	6539842	102210424	73949791	108823539	60805916	104723650	114396380	107935410	251902802	214547676	186373847	297009042	315627399	196048526	217274586	476950371	257276609	453292291	402734594	269577304	596908406	332062327	1074973725	352219073	978107263	1235403596	509661119	1738987281	230222943	254146179	1573060404\n2	0	6	 [...]
+#define QUAL_DIST_MC "2	1	0	0\n2	1	0	58970\n2	1	6	6	9	11	12	13	15	16	17	18	20	22	24	26	30\n2	1	6	724672	49323	2	1	3	7	2	1	9	2	4	2	1	1\n2	1	7	7	8	9	10	11	12	13	15	18	20	21	22	23	24	25	26	28\n2	1	7	1661828	91071	68096	6760	19	1648	209	93	11	2	4	2	1	1	2	1	1\n2	1	8	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	25\n2	1	8	64706	3010648	68231	18128	125016	60947	32464	11	7500	9	2	33	9	3	2	1	1\n2	1	9	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	28	29	32	34	39	40\n2	1	9	17482	21622	40 [...]
+#define READ_LEN_DIST "30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40	41	42	43	44	45	46	47	48	49	50	51	52	53	54	55	56	57	58	59	60	61	62	63	64	65	66	67	68	69	70	71	72	73	74	75	76	77	78	79	80	81	82	83	84	85	86	87	88	89	90	91	92	93	94	95	96	97	98	99	100	101	102	103	104	105	106	107	108	109	110	111	112	113	114	115	116	117	118	119	120	121	122	123	124	125	126	127	128	129	130	131	132	133	134	135	136	137	138	139	140	141	142	143	144	145	146	147	148	149	150	151	152	153	154	155	156	157	158	159	160	161	162	163	164 [...]
+
+#define t_QUAL_DIST_1BASE "1	0	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40\n1	13010306	2202021	7457525	15429792	18264482	9921629	191545877	111688000	162567909	72231795	159598023	190036017	141905720	396100091	284914063	305016014	470333795	508496661	248783531	230527272	715592102	404842670	614045782	501523489	377729745	753550762	337098614	1649401335	316409388	1150631053	942395691	289247245	928414970	190626815	271911767	1800952348\n2	0 [...]
+#define t_QUAL_DIST_MC "2	1	0	0\n2	1	0	48788\n2	1	6	6	9	11	12	13	15	17	18	19	20	21	23	24	25	26	27	30	40\n2	1	6	1149377	88179	8	1	4	13	2	15	1	2	8	2	2	1	1	1	1	1\n2	1	7	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	26	27	30\n2	1	7	3290693	206617	122778	11793	39	4195	398	2	279	1	7	21	2	5	7	1	3	1	2	1\n2	1	8	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	27	28\n2	1	8	134979	5843591	111962	24314	259493	145729	63775	30	19831	48	3	52	35	2	3	1	3	2	2	1\n2	1	9	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	1 [...]
+#define t_READ_LEN_DIST "30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40	41	42	43	44	45	46	47	48	49	50	51	52	53	54	55	56	57	58	59	60	61	62	63	64	65	66	67	68	69	70	71	72	73	74	75	76	77	78	79	80	81	82	83	84	85	86	87	88	89	90	91	92	93	94	95	96	97	98	99	100	101	102	103	104	105	106	107	108	109	110	111	112	113	114	115	116	117	118	119	120	121	122	123	124	125	126	127	128	129	130	131	132	133	134	135	136	137	138	139	140	141	142	143	144	145	146	147	148	149	150	151	152	153	154	155	156	157	158	159	160	161	162	163	1 [...]
+
+#define FLX_CYCLE_NUM 100
+using namespace std;
+
+inline double r_prob(){
+    return rand()/(double)RAND_MAX;
+};
+
+inline char rand_base(){
+    short base=(short)ceil(r_prob()*5);
+    switch(base){
+            case 1:
+                return 'a';
+            case 2:
+                return 'c';
+            case 3:
+                return 'g';
+            case 4:
+                return 't'; 
+	    default:
+                return 'n'; 
+    }
+};
+
+class read_profile{
+public:
+    void default_profile(bool is_titanium=false);
+    void user_profile(string qual_profile, string mc_qual_profile, string indel_erro_profile, string length_profile);
+    static double prob_err[HIGHEST_QUAL];
+    static void set_err_prob(){
+        for(int i=0; i<HIGHEST_QUAL; i++){
+            prob_err[i]=pow(10,-i/(double)10);
+        }
+    };
+
+
+    static const unsigned int max_dist_number=1000000; //need >100000
+    bool read_emp_dist(string infile, vector< map <unsigned int, unsigned short> >& qual_dist);
+    bool read_emp_dist(istream& input,vector< map <unsigned int, unsigned short> >& qual_dist);
+    bool read_emp_dist(string infile, map <unsigned int, unsigned int>& dist);
+    bool read_emp_dist(istream& input, map <unsigned int, unsigned int> & dist);
+    
+    bool read_emp_dist(string infile, map<string, map <unsigned int, unsigned short> >& qual_dist, short num_id_field);
+    bool read_emp_dist(istream& input, map<string, map<unsigned int, unsigned short> >& qual_dist, short num_id_field);
+
+    void read_indel_error(string error_profile_file);
+
+    //assign 454 read qual. the read_seq may change imposed by maxnum cycle FLX_CYCLE_NUM
+    bool get_read_qual(string& read_seq, string& seq, vector<string>&aln, vector<short>& qual, short cycle=FLX_CYCLE_NUM); 
+    bool get_read_qual_fast(vector<int>& lenVec, unsigned long b_pos, string& read_seq, string& seq, vector<string>&aln, vector<short>& qual, short& start_cyc, short cycle=FLX_CYCLE_NUM);
+
+    bool get_read_qual(vector<short>& read_qual, bool first=true);
+    bool get_read_qual(vector<short>& read_qual, int len, bool first=true);
+    //TODO
+    //bool read_conti_dist(); 
+    ~read_profile();
+    vector< map <unsigned int, unsigned short> > qual_1stbase_dist; //first postion
+    map<string, map <unsigned int, unsigned short> > qual_dist_mc; //remaining positon in Markov chain
+    map<unsigned int, unsigned int> read_len_dist;
+    map<unsigned int, unsigned int> fragment_length;
+    int get_ran_flagment_len(){
+        if(fragment_length.size()==0) return 0;
+        int cc=(int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+        map<unsigned int, unsigned int>::iterator it=fragment_length.lower_bound(cc);
+        if(it==fragment_length.end()) return 0;
+        return it->second; 
+    };
+    int get_ran_read_len(){
+        if(read_len_dist.size()==0) return 0;
+        int cc=(int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+        map<unsigned int, unsigned int>::iterator it=read_len_dist.lower_bound(cc);
+        if(it==read_len_dist.end()) return 0;
+        return it->second; 
+    };
+    vector<double> under_call_error;
+    vector<double> over_call_error;
+    vector<double> total_error;
+    char cyc_base[4];
+//    vector<double> under2total_ratio;
+private:
+    //int max_len_pair_first;
+    //int max_len_pair_second;
+    bool get_read_qual(vector< map <unsigned int, unsigned short> >&qual_dist, vector<short>& read_qual, int len);
+
+};
diff --git a/art_454_src/samRead.cpp b/art_454_src/samRead.cpp
new file mode 100644
index 0000000..9d94895
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/samRead.cpp
@@ -0,0 +1,138 @@
+/*
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+ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription 
+Copyright(c) 2011-2015 Weichun Huang, All Rights Reserved.
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+*/
+
+#include <sstream>
+#include "samRead.h"
+
+
+void samHeader::getRefseqID(char* seqfile){
+       	SN.clear();
+       	LN.clear();
+       	readSeqFile seq_reader(seqfile); 
+	string id, seq;
+       	while(seq_reader.next_seq(id,seq)){ 
+		SN.push_back(id);
+	       	LN.push_back(seq.size());
+	       	seq.clear();
+       	}
+       	//     seq_reader.~readSeqFile();
+}
+
+void samHeader::printHeader(ostream& fout){
+       	if(SN.size()!=LN.size()){
+	       	cerr<<"fatal error in determining the number of sequences"<<endl;
+	       	exit(1);
+       	}
+       	fout<<"@HD\t"<<"VN:"<<VN<<"\tSO:"<<SO<<endl;
+       	for(size_t i=0; i<SN.size(); i++){
+	       	fout<<"@SQ\t"<<"SN:"<<SN[i]<<"\tLN:"<<LN[i]<<endl;
+       	}
+       	fout<<"@PG\t"<<"ID:"<<ID<<"\tPN:"<<PN<<"\tCL:"<<CL<<endl;
+}
+
+void samHeader::printAlnHeader(ostream& fout){
+       	if(SN.size()!=LN.size()){
+	       	cerr<<"fatal error in determining the number of sequences"<<endl;
+	       	exit(1);
+       	}
+       	fout<<"@CM\t"<<CL<<endl;
+       	for(size_t i=0; i<SN.size(); i++){
+	       	fout<<"@SQ\t"<<SN[i]<<"\t"<<LN[i]<<endl;
+       	}
+       	fout<<"##Header End"<<endl;
+}
+
+//make sure flag set before call getCigar
+void samRead::getCigar(string & aln_ref, string& aln_read, bool use_M){
+	if(aln_ref.length()!=aln_read.length()){
+		cerr<<"fatal error: wrong alignment"<<endl;
+		exit(1);
+	}
+//	vector<char> cType; 
+//	vector<int> len; 
+	cigar="";
+	
+	char t, t2;
+	int k=0;
+	if(flag & 0x10){ //reverse complement SEQ 
+		int ins_len=0, del_len=0;
+		for(int i=aln_ref.length()-1; i>=0; i--){
+		       	if(aln_ref[i]==aln_read[i]){
+			       	t='=';
+				if (use_M) t='M';
+		       	}
+		       	else if(aln_ref[i]=='-'){
+			       	t='I';
+				ins_len++;
+		       	}
+		       	else if(aln_read[i]=='-'){
+			       	t='D';
+				del_len++;
+		       	}
+		       	else{
+			       	t='X';
+				if (use_M) t='M';
+		       	}
+		       	if(t!=t2 && k>0){
+			       	//			cType.push_back(t2);
+				//			len.push_back(k);
+				ostringstream oss;
+			       	oss<<k<<t2;
+			       	cigar.append(oss.str());
+			       	k=0;
+		       	}
+		       	k++; t2=t;
+	       	}
+		pos-=del_len-ins_len; //adjust start position
+	}
+	else{ 
+		for(int i=0; i<aln_ref.length(); i++){
+		       	if(aln_ref[i]==aln_read[i]){
+			       	t='=';
+				if (use_M) t='M';
+		       	}
+		       	else if(aln_ref[i]=='-'){
+			       	t='I';
+		       	}
+		       	else if(aln_read[i]=='-'){
+			       	t='D';
+		       	}
+		       	else{
+			       	t='X';
+				if (use_M) t='M';
+		       	}
+		       	if(t!=t2 && k>0){
+			       	//			cType.push_back(t2);
+				//			len.push_back(k);
+				ostringstream oss;
+			       	oss<<k<<t2;
+			       	cigar.append(oss.str());
+			       	k=0;
+		       	}
+		       	k++; t2=t;
+	       	}
+	}
+       	ostringstream oss;
+       	oss<<k<<t2;
+	cigar.append(oss.str());
+}
+
+void samRead::reverse_comp(){
+       	reverse(seq.begin(), seq.end());  
+	reverse(qual.begin(), qual.end());  
+	for(int i=0; i<seq.length(); i++){
+	       	if (seq[i] == 'A') seq[i] = 'T';
+	       	else if(seq[i] == 'T') seq[i] = 'A';
+	       	else if(seq[i] == 'C') seq[i] = 'G';
+	       	else if(seq[i] == 'G') seq[i] = 'C';
+	       	else seq[i] = 'N';
+       	}
+}
+
+void samRead::printRead(ostream& fout){
+       	fout<<qname<<"\t"<<flag<<"\t"<<rname<<"\t"<<pos<<"\t"<<mapQ<<"\t"<<cigar<<"\t"<<rNext<<"\t"<<pNext<<"\t"<<tLen<<"\t"<<seq<<"\t"<<qual<<endl;
+}
diff --git a/art_454_src/samRead.h b/art_454_src/samRead.h
new file mode 100644
index 0000000..09c59df
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/samRead.h
@@ -0,0 +1,73 @@
+/*
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+ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription 
+Copyright(c) 2011 Weichun Huang All Rights Reserved.
+_____________________________________________________________________________________________________________
+*/
+#pragma once
+
+#include <cmath>
+#include <string>
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <iterator>
+#include <map>
+#include <cstdio>
+#include <set>
+#include <algorithm>
+#include "readSeqFile.h"
+
+using namespace std;
+
+
+
+class samHeader{
+	public:
+		samHeader(){ 
+			VN="1.4";
+		       	SO="unsorted";	
+		}
+
+	       	//@HD
+		string VN; //=1.4
+	       	string SO; //=unsorted	
+
+		//@SQ
+		vector<string> SN;
+	       	vector<long> LN;
+		
+	       	//@PG
+		string ID;
+	       	string PN;
+	       	string CL;
+
+		void getRefseqID(char* seqfile);
+		void printHeader(ostream& fout);
+		void printAlnHeader(ostream& fout);
+};
+
+class samRead{
+
+	public:
+		samRead(){
+			flag=0;
+			mapQ=99;
+		       	rNext="*";
+		       	pNext=0;
+			tLen=0;
+		};
+		string qname;
+		int flag;
+		string rname;
+		long pos;
+		short mapQ;
+		string cigar;
+		string rNext;
+		long pNext;
+		int tLen;
+		string seq;
+		string qual;
+	       	void reverse_comp();
+		void getCigar(string & aln_ref, string& aln_read, bool use_M=false);
+		void printRead(ostream& fout);
+};
diff --git a/art_454_src/seqRead.cpp b/art_454_src/seqRead.cpp
new file mode 100644
index 0000000..d433534
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/seqRead.cpp
@@ -0,0 +1,76 @@
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+//ART_454 -- Artificial Read Transcriber 
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#include "seqRead.h"
+
+int seqRead::get_indel(int read_len){
+    //if(ins_rate.size()>=read_len) {cerr<<"fatal error\n";  exit(1)};
+    int ins_len=0, del_len=0;
+    //deletion
+    for(int i=(int)del_rate.size()-1; i>=0; i--){
+        if(del_rate[i]>=r_prob()){
+            del_len=i+1;
+            for(int j=i; j>=0;){
+                int pos=(int) floor((read_len-1)*r_prob()); //invalid deletion positions: 0 or read_len-1
+                if(pos==0) continue;
+                if(indel.count(pos)==0){
+                    indel[pos]='-';
+                    j--;
+                }
+            }
+            break;
+        }
+    }
+
+    for(int i=ins_rate.size()-1; i>=0; i--){
+        if(ins_rate[i]>=r_prob()){
+            ins_len=i+1;
+            for(int j=i; j>=0;){
+                int pos=(int) floor(r_prob()*read_len);
+                if(indel.count(pos)==0){
+                    short base=(short)ceil(r_prob()*4);
+                    switch(base){
+                                case 1:
+                                    indel[pos]='a';   break;
+                                case 2:
+                                    indel[pos]='c';   break;
+                                case 3:
+                                    indel[pos]='g';   break;
+                                case 4:
+                                    indel[pos]='t';  
+                    }
+                    j--;
+                }
+            }
+            break;
+        }
+    }
+    return (ins_len-del_len);
+};
+
+void seqRead::ref2read(){
+    if(indel.size()==0){
+        seq_read=seq_ref;
+        return;
+    }
+    seq_read.clear();
+    int k=0;
+    for(size_t i=0; i<seq_ref.size();){
+        //cout<<i<<"\t"<<k<<endl;
+        if(indel.count(k)==0){
+            seq_read.push_back(seq_ref[i]); i++; k++; 
+        }
+        else if(indel[k]=='-'){
+            i++;k++;
+        }
+        else{
+            seq_read.push_back(indel[k]); k++;
+        }
+    }
+    while(indel.count(k)>0){
+        seq_read.push_back(indel[k]);
+        k++;
+    }
+}
+
diff --git a/art_454_src/seqRead.h b/art_454_src/seqRead.h
new file mode 100644
index 0000000..7429fa5
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/seqRead.h
@@ -0,0 +1,132 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_454 -- Artificial Read Transcriber 
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#pragma once
+
+#include <cmath>
+#include <string>
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <iterator>
+#include <map>
+#include <cstdio>
+#include <set>
+//#include <gsl/gsl_rng.h>
+//#include <gsl/gsl_randist.h>
+//#include <gsl/gsl_sys.h>
+//#include <gsl/gsl_machine.h>
+//#include <gsl/gsl_precision.h>
+//#include <gsl/gsl_nan.h>
+//#include <gsl/gsl_pow_int.h>
+#include <gsl/gsl_cdf.h>
+
+#include "read_profile.h"
+
+using namespace std;
+
+class seqRead{
+public:
+    vector <double> ins_rate; //Bionomial cum_prob gsl_cdf_binomial_Q(unsigned int k, double p, unsigned int n) 
+    vector <double> del_rate; //Binomial
+    vector<double> sub_rate; //Binomial
+    void set_rate(int read_len, double p, int max_num, vector <double>& rate){
+        rate.resize(max_num);
+        for(size_t i=1; i<=max_num; i++){
+            rate[i-1]= gsl_cdf_binomial_Q(i, p, read_len);
+        }
+    };
+    static char rand_base(){
+        short base=(short)ceil(r_prob()*4);
+        switch(base){
+            case 1:
+                return 'a';
+            case 2:
+                return 'c';
+            case 3:
+                return 'g';
+            case 4:
+                return 't';  
+	    default:
+                return 'a';  
+        }
+    };
+    //static bool with_indel;
+
+    int get_indel(int read_len);
+    map<int,char,less<int> > indel;
+    map<int,char> substitution;
+    bool is_plus_strand;
+    unsigned long bpos; //parent
+    string seq_read;
+    string seq_ref;
+    void clear(){
+        indel.clear();
+        substitution.clear();
+        seq_read.clear();
+        seq_ref.clear();
+    }
+    //string aln_read;
+    //string aln_ref;
+    bool get_aln(string& aln_read, string& aln_ref){
+        if(indel.size()==0) return false;
+        map<int,char,less<int> >::iterator it;
+        aln_read=seq_read; aln_ref=seq_ref;
+        for(it=indel.begin(); it!=indel.end(); it++){
+            if(it->second!='-'){
+                aln_ref.insert(it->first,1,'-');
+            }
+            else{
+                aln_read.insert(it->first,1,'-');
+            }
+        }
+        return true;
+    };
+
+    void ref2read();
+    
+    //based on empirical dist of quali scores
+    int add_error(vector<short>&qual){
+        if(qual.size()!=seq_read.size()){
+            cerr<<"error call in adding substitution\n";
+            //cerr<<qual.size()<<"\t"<<seq_read.size()<<endl;
+            return 0;
+        }
+        int num=0;
+        for(size_t i=0; i<qual.size(); i++){
+            if(r_prob()<read_profile::prob_err[qual[i]]){
+                char achar=seq_read[i];
+                while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+                seq_read[i]=achar;
+                substitution[i]=achar;
+                num++;
+            }
+        }
+        return num;
+    };
+
+    //base on bionomial error substitution rate
+    int add_error(int read_len){
+        int sub_num=0;
+        for(int i=(int)sub_rate.size()-1; i>=0; i--){
+            if(sub_rate[i]>=r_prob()){
+                sub_num=i+1;
+                for(int j=i; j>=0;){
+                    int pos=(int) floor(read_len*r_prob());
+                    if(substitution.count(pos)==0){
+                        char achar=seq_read[pos];
+                        while(seq_read[pos]==achar){ achar=rand_base(); }
+                        substitution[pos]=achar;
+                        seq_read[pos]=achar;
+                        j--;
+                    }
+                }
+                break;
+            }
+        }
+        return sub_num;
+    };
+
+    //vector<char> aln_read;
+    //vector<char> aln_ref;
+};
diff --git a/art_SOLiD_README b/art_SOLiD_README
new file mode 100644
index 0000000..3ea23b4
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_README
@@ -0,0 +1,184 @@
+ART_SOLiD (version 1.3.3) README (last updated on 03/19/2015) Weichun Huang at whduke at gmail.com                              
+
+DESCRIPTION:
+
+	ART_SOLiD  is a simulation program to generate sequence read data of SOLiD sequencing reads.
+       	ART generates reads according to a SOLiD read error profile. The built-in error profile is an
+       	empiricial error profile summarized from large SOLiD sequencing data. ART has been using for 
+	testing or benchmarking a variety of method or tools for next-generation sequencing data analysis,
+       	including read alignment, de novo assembly, detection of SNP, CNV, or other structure variation.
+       	
+	art_SOLiD can generate both single-end, matepair, and paired-end of SOLiD sequencing platform.
+       	art_SOLiD also support amplicon sequencing simulation with RNA references. Its outputs include 
+	FASTQ read, MAP alignment, and optional SAM alignment files. The map2bed.pl tool included can
+       	convert ART MAP alignment files to a UCSC BED file 	
+
+COMPILATION AND INSTALLATION:
+
+	PREREQUISITES: 
+			1) GNU g++ 4.0 or above (http://gcc.gnu.org/install) 
+			2) GNU gsl library (http://www.gnu.org/s/gsl/) 
+
+	COMPILATION & INSTALLATION
+
+		1) add gsl library installation directory to compiler's search path
+
+	       	If your GSL library is not installed in system standard search path, your GSL installation 
+		directory need to be added to gcc/g++ complier FLAGS. For example, gsl is typically installed
+	       	in /opt/local directory in MacOS X. You can add the directory to the search path of gcc/g++ 
+		complier by run the following command: 
+		
+		export CFLAGS="$CFLAGS -I/opt/local/include" CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I/opt/local/include" LDFLAGS="$LDFLAGS -L/opt/local/lib"
+
+		2) compile and install 
+
+		./configure --prefix=$HOME
+	       	make
+	       	make install
+
+EXAMPLES
+
+	In the "examples" subdirectory, the shell script "run_test_examples_SOLiD.sh" gives examples of using
+       	art_SOLiD for read simulation.  To test these two examples, just run the script "run_test_examples_SOLiD.sh"
+
+USAGES
+
+	SINGLE-END (F3 READ) SIMULATION
+		art_SOLiD [ options ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ> <FOLD_COVERAGE>
+	
+	MATE-PAIR READS (F3-R3 PAIR) SIMULATION
+		art_SOLiD [ options ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ> <FOLD_COVERAGE> <MEAN_FRAG_LEN> <STD_DEV>
+	
+	PAIRED-END READS (F3-F5 PAIR) SIMULATION
+		art_SOLiD [ options ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ_F3> <LEN_READ_F5> <FOLD_COVERAGE> <MEAN_FRAG_LEN> <STD_DEV>
+	
+	AMPLICON SEQUENCING SIMULATION
+		art_SOLiD [ options ] -A s <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ> <READS_PER_AMPLICON>
+		art_SOLiD [ options ] -A m <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ> <READ_PAIRS_PER_AMPLICON>
+		art_SOLiD [ options ] -A p <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ_F3> <LEN_READ_F5> <READ_PAIRS_PER_AMPLICON>
+	
+	===== PARAMETERS =====
+	
+	INPUT_SEQ_FILE            -  filename of DNA/RNA reference sequences in FASTA format
+	OUTPUT_FILE_PREFIX        -  prefix or directory for all output data files
+	FOLD_COVERAGE             -  fold of read coverage over the reference sequences 
+	LEN_READ                  -  length of F3/R3 reads
+	LEN_READ_F3               -  length of F3 reads for paired-end read simulation
+	LEN_READ_F5               -  length of F5 reads for paired-end read simulation
+	READS_PER_AMPLICON        -  number of reads per amplicon
+	READ_PAIRS_PER_AMPLICON   -  number of read pairs per amplicon
+	MEAN_FRAG_LEN             -  mean DNA/RNA fragment size for matepair/paired-end read simulation
+	STD_DEV                   -  standard deviation of the DNA/RNA fragment sizes for matepair/paired-end read simulation
+	
+	===== OPTIONAL PARAMETERS =====
+	
+	-A specify the read type for amplicon sequencing simulation (s:single-end, m: matepair, p: paired-end)
+	-M indicate to use CIGAR 'M' instead of '=/X' for alignment match/mismatch
+	-s indicate to generate a SAM alignment file
+	-r specify the random seed for the simulation
+	-f specify the scale factor adjusting error rate (e.g., -f 0 for zero-error rate simulation)
+	-p specify user's own read profile for simulation
+	
+	===== EXAMPLES =====
+       	1) singl-end 25bp reads simulation at 10X coverage
+		art_SOLiD -s seq_reference.fa ./outdir/single_dat 25 10
+        2) singl-end 75bp reads simulation at 20X coverage with users' error profile
+       		art_SOLiD -s -p ../SOLiD_profiles/pseudo_profile ./seq_reference.fa ./dat_userProfile 75 20
+	3) matepair 35bp (F3-R3) reads simulation at 20X coverage with DNA MEAN fragment size 2000bp and STD 50
+		art_SOLiD -s seq_reference.fa ./outdir/matepair_dat 35 20 2000 50
+        4) matepair reads simulation with a fixed random seed
+		art_SOLiD -r 777 -s seq_reference.fa ./outdir/matepair_fs 50 10 1500 50
+	5) paired-end reads (75bp F3, 35bp F5) simulation with the MEAN fragment size 250 and STD 10 at 20X coverage
+		art_SOLiD -s seq_reference.fa ./outdir/paired_dat 75 35 50 250 10
+        6) amplicon sequencing with 25bp single-end reads at 100 reads per amplicon
+		art_SOLiD -A s -s amp_reference.fa ./outdir/amp_single 25 100
+	7) amplicon sequencing with 50bp matepair reads at 80 read pairs per amplicon
+		art_SOLiD -A m -s amp_reference.fa ./outdir/amp_matepair 50 80
+        8) amplicon sequencing with paired-end reads (35bp F3, 25bp F5 reads) at 50 pairs per amplicon
+		art_SOLiD -A p -s amp_reference.fa ./outdir/amp_pair 35 25 50
+	 
+OUTPUT DATA FILES
+
+	*.fq   - FASTQ read data files. For matepair/paired-end read simulation, *_R3.fq/*_F5.fq contains data of the first reads, and *_F3.fq for the second reads.
+	*.map  - read alignment files. For matepair read simulation, *_R3/*_F5.map has read alignments for the first reads and *_F3.map for the second reads.
+	*.sam  - SAM read alignment files 
+
+	FASTQ file format 
+
+		A FASTQ file contains both sequence bases and quality scores of sequencing reads and is in the following format:  
+
+			@read_id 
+			sequence_read 
+			+ 
+			base_quality_scores 
+	
+		A base quality score is coded by the ASCII code of a single character, where the quality score is equal to ASCII code of the
+       		character minus 33.    
+
+		Example: 
+		@1_1_1_F3
+	       	T10121011322000311302213102311132
+	       	+
+	       	163=+48./48<347//,=/84-4)77(''-)
+	       	@1_1_2_F3
+	       	T01213000012110232021321303011332
+	       	+
+	       	1>7<-653?01:55./.%3+'61-+40(*)#'
+
+	MAP file format 
+		A MAP file has a Header and main Body parts. The header part includes the command used to generate this file and reference
+	       	sequence id and length. The header @CM tag for command line, and @SQ for reference sequence.  A header always starts with 
+		"##ART" and ends with  "##Header End".  ART MAP alignment files can be converted to a UCSC BED file by the map2bed.pl tool.
+
+		HEADER EXAMPLE
+
+		##ART_SOLiD     read_length     32
+		@CM     ../../bin/MacOS64/art_SOLiD -s ./testSeq.fa ./single_SOLiD_test 32 10 
+		@SQ     seq1    7207
+	       	@SQ     seq2    3056
+		##Header End
+
+		The body part of a MAP file is a tab-delimited text alignment data where each line is the mapping information record of a read. The format of each line
+		is below:
+		
+		ref_seq_id	read_id		ref_map_pos	ref_seq_strand	num_sequencing_errors	err_pos_1  WrongCorrectColor_1	err_pos_2  WrongCorrectColor_2	...	
+	
+		ref_map_pos - the alignment start position of reference sequence. ref_map_pos is always relative to the strand of reference
+       		sequence. That is, ref_map_pos 10 in the plus (+) strand is different from ref_map_pos 10 in the minus (‐) stand.  
+
+		num_sequencing_errors - number of sequencing call errors
+
+		err_pos_n - the zero-indexed read position of the n_th call error
+		WrongCorrectColor_n  - the n_th call error representing by two digits number with the 1st number the wrong called color and the 2nd the correct color
+
+		Example: 
+		
+		seq1	1_1_1_F3	6028	+	4	18	31	22	03	25	32	27	23
+
+	SAM format
+
+       		SAM is a standard format for next-gen sequencing read alignments. The details of the format and examples are available at the links below:	
+		1) http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf
+	       	2) http://genome.sph.umich.edu/wiki/SAM	
+
+		Read sequences in a SAM file are in the regular DNA base space. As one change in SOLiD reads in the color space can result multiple changes in base space,
+	        so not all mismatches in base space between reads and its reference sequence are of SOLiD sequencing errors.
+
+	BED format
+
+		See the format at UCSC http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1
+
+		NOTE: both MAP and BED format files use 0-based coordinate system while SAM format uses 1-based coordinate system.
+
+ERROR PROFILE FILE FORMAT
+
+	An ART SOLiD read error profile has the following five columns:
+		1) read position
+	       	2) correct base
+	       	3) wrong base called 
+		4) probability of calling the wrong base in the 1st read
+	       	5) probability of calling the wrong base in the 2nd read
+
+	and an error profile end with "*end_of_profile".
+
+	Please see "profile_default" in the folder SOLiD_profiles for a real example 
diff --git a/art_SOLiD_src/art.cpp b/art_SOLiD_src/art.cpp
new file mode 100644
index 0000000..d65f347
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/art.cpp
@@ -0,0 +1,210 @@
+// >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+// ART_SOLiD -- Artificial Read Transcriber
+// Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+// ________________________________________________________________________________
+#include "art.h"
+using namespace std;
+bool art::next_read_indel(SOLiDread& a_read){
+    long pos=(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]   
+    int slen =a_read.get_indel(read_len);            
+    a_read.is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        a_read.is_plus_strand=false;
+    }
+    if(a_read.is_plus_strand){
+        a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len-slen);
+    }
+    else{
+        a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len-slen);
+    }
+    a_read.bpos=pos;
+    a_read.ref2read();
+    return true;
+}
+//amplicon reads
+bool art::amp_read(SOLiDread& a_read){
+    long pos=(long)0; // floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]           
+    //string seq_ref;
+    a_read.is_plus_strand=true;
+//    if(r_prob()>0.5){
+//        a_read.is_plus_strand=false;
+//    }
+//    if(a_read.is_plus_strand){
+        a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len);
+//    }
+//    else{
+//        a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len);
+//    }
+    a_read.bpos=pos;
+    a_read.seq_read=a_read.seq_ref;
+    return true;
+}
+
+//amplicon matepair-end read: the 1st and 2nd reads are the same strand 
+bool art::amp_mate_read(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2){
+    long pos_1=(long) 0; 
+    long pos_2=ref_seq.length()-read_len;
+    bool is_plus_strand=true;
+    read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len);
+    read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len);
+    read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+    read_1.bpos=pos_1;
+    read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+    read_2.bpos=pos_2;
+    return true;
+}
+
+//amplicon pair-end read: the second read is the reverse complemenaty strand 
+bool art::amp_PE_read(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2){
+    long pos_1=(long)0;
+    long pos_2=0;
+    bool is_plus_strand=true;
+    read_1.is_plus_strand=false;
+    read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len_F5); 
+    read_2.is_plus_strand=true;
+    read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len);
+    read_1.bpos=pos_1;
+    read_2.bpos=pos_2;
+    return true;
+}
+
+bool art::next_read(SOLiDread& a_read){
+    long pos=(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]           
+    //string seq_ref;
+    a_read.is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        a_read.is_plus_strand=false;
+    }
+    if(a_read.is_plus_strand){
+        a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len);
+    }
+    else{
+        a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len);
+    }
+    a_read.bpos=pos;
+    a_read.seq_read=a_read.seq_ref;
+    return true;
+}
+
+//matepair-end read: the 1st and 2nd reads are the same strand 
+bool art::next_pair_read(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2){
+    int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+        fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    }
+    long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+    long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+    bool is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        is_plus_strand=false;
+    }
+    if(is_plus_strand){
+        read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len);
+        read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len);
+    }
+    else{
+        read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len);
+        read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len);
+    }
+    read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+    read_1.bpos=pos_1;
+    read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+    read_2.bpos=pos_2;
+    return true;
+}
+
+//pair-end read: the second read is the reverse complemenaty strand 
+bool art::next_PE_read(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2){
+    int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+        fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    }
+    long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob())+fragment_len-read_len_F5;
+    long pos_2=ref_seq.length()-(pos_1+read_len+read_len_F5-fragment_len);
+    bool is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        is_plus_strand=false;
+    }
+    if(is_plus_strand){
+        read_1.is_plus_strand=false;
+        read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len_F5); 
+        read_2.is_plus_strand=true;
+        read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len);
+    }
+    else{
+        read_1.is_plus_strand=true;
+        read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len_F5);
+        read_2.is_plus_strand=false;
+        read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len);
+    }
+    read_1.bpos=pos_1;
+    read_2.bpos=pos_2;
+    return true;
+}
+
+bool art::next_pair_read_indel(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2){
+    int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+        fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    }
+    long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+    long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+    int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+    int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);   
+    bool is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        is_plus_strand=false;
+    }
+    if(is_plus_strand){
+        read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+        read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    else{
+        read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+        read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+    read_1.bpos=pos_1;
+    read_1.ref2read();
+    read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+    read_2.bpos=pos_2;
+    read_2.ref2read();
+    //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+    return true;
+}
+//second read is reverse complemenaty strand 
+bool art::next_pair_read_indel_cmp(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2){
+    int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+        fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    }
+    long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+    //long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+    long pos_2=ref_seq.length()-pos_1-fragment_len;
+    int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+    int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);   
+    bool is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        is_plus_strand=false;
+    }
+    if(is_plus_strand){
+        read_1.is_plus_strand=true;
+        read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1); 
+        read_2.is_plus_strand=false;
+//      pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+        read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    else{
+        read_1.is_plus_strand=false;
+        read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+//      pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+        read_2.is_plus_strand=true;
+        read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    read_1.bpos=pos_1;
+    read_1.ref2read();
+    read_2.bpos=pos_2;
+    read_2.ref2read();
+    //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+    return true;
+}
diff --git a/art_SOLiD_src/art.h b/art_SOLiD_src/art.h
new file mode 100644
index 0000000..56d49a7
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/art.h
@@ -0,0 +1,226 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_SOLiD -- Assembly Read Transcriber 
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#pragma once
+#include <gsl/gsl_rng.h>
+#include <gsl/gsl_randist.h>
+#include <gsl/gsl_sys.h>
+#include <gsl/gsl_machine.h>
+#include <gsl/gsl_precision.h>
+#include <gsl/gsl_nan.h>
+#include <gsl/gsl_pow_int.h>
+
+#include <cmath>
+#include <string>
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <iterator>
+#include <map>
+#include <cstdio>
+#include <set>
+
+
+#include "read_SOLiD.h"
+
+
+using namespace std;
+
+class art{
+public:
+    //art();
+    string ref_seq;
+    string ref_seq_cmp;
+    int read_len;
+    int read_len_F5;
+    long valid_region;
+    void ini_set(int readLen, int len_F5=0){
+        read_len=readLen;
+        read_len_F5=len_F5;
+        valid_region=ref_seq.size()-readLen;
+        ref_seq_cmp.resize(ref_seq.size());
+        size_t size=ref_seq.size();
+        for(size_t i=0; i<size; i++){
+            ref_seq[i]=tolower(ref_seq[i]);
+            size_t k=size-i-1;
+            switch(ref_seq[i]){
+                case 'a':
+                    ref_seq_cmp[k]='t'; break;
+                case 'c':
+                    ref_seq_cmp[k]='g'; break;
+                case 'g':
+                    ref_seq_cmp[k]='c'; break;
+                case 't':
+                    ref_seq_cmp[k]='a'; break;
+                default:
+                    ref_seq_cmp[k]='n';
+            }
+        }
+    }
+
+    bool next_PE_read(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2);
+    bool next_read_indel(SOLiDread& a_read);
+    bool next_pair_read(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2);
+    bool next_pair_read_indel(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2);
+    bool next_pair_read_indel_cmp(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2);
+    bool next_read(SOLiDread& a_read);
+    bool amp_read(SOLiDread& a_read);
+    bool amp_mate_read(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2);
+    bool amp_PE_read(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2);
+
+    set <size_t> masked_pos;
+    //region with n
+    void mask_n_region(int max_num_n){
+      masked_pos.clear(); //reset mask position
+      if(ref_seq.size()<read_len) return;
+      int num_n=0;
+      for(int i=0; i<read_len-1; i++){
+        if(ref_seq[i]=='n') num_n++;
+      }
+      for(size_t i=0; i<=ref_seq.size()-read_len; i++){
+        if(ref_seq[i+read_len-1]=='n') num_n++;
+        if(num_n>=max_num_n){ masked_pos.insert(i); 
+        }
+        if(ref_seq[i]=='n') num_n--;
+      }
+    }
+    
+    static gsl_rng* gsl_R;
+    static int gaussain_mean;
+    static double gaussain_sigma;
+
+    static void ini_read_pair_rand(int mean, double sigma){
+        gsl_rng_default_seed=(unsigned int)time(NULL);
+        const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+        gsl_R=gsl_rng_alloc(rndT);
+        gaussain_mean=mean;
+        gaussain_sigma=sigma;
+    }; 
+
+    static void ini_read_pair_rand(int mean, double sigma, unsigned int gseed){
+        gsl_rng_default_seed=gseed;
+        const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+        gsl_R=gsl_rng_alloc(rndT);
+        gaussain_mean=mean;
+        gaussain_sigma=sigma;
+    }; 
+  
+    static gsl_rng* gsl_g;
+    static gsl_rng* gsl_p;
+    static void ini_bias_model(){
+        gsl_rng_default_seed=(unsigned int)time(NULL);
+        const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+        gsl_g=gsl_rng_alloc(rndT);
+        const gsl_rng_type *rndT2=gsl_rng_default;
+        gsl_p=gsl_rng_alloc(rndT2);
+    }; 
+ 
+    double ave_depth;
+    double para_x1; 
+
+    int get_depth_cov(){ 
+      double depth_rate=ave_depth+para_x1*ave_depth*gsl_ran_gaussian(gsl_g,1);
+      if(depth_rate<0){ depth_rate=0; return 0; }
+      return gsl_ran_poisson (gsl_p, depth_rate);
+    };
+
+    static void free_gsl(){
+      gsl_rng_free(gsl_R);
+      gsl_rng_free(gsl_g);
+      gsl_rng_free(gsl_p);
+    };
+    
+
+    bool next_read_indel_bias(SOLiDread& a_read){
+      long pos=a_read.bpos;//(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]   
+      int slen=a_read.get_indel(read_len);            
+      a_read.is_plus_strand=true;
+      if(pos+read_len>ref_seq.length()){ 
+        a_read.is_plus_strand=false;
+        pos=ref_seq.length()-pos-1;
+      }
+      else if(r_prob()>0.5){
+        a_read.is_plus_strand=false;
+        pos=ref_seq.length()-pos-read_len;
+      }
+
+      if(a_read.is_plus_strand){
+        a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len-slen);
+      }
+      else{
+        a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len-slen);
+      }
+      a_read.bpos=pos;
+      a_read.ref2read();
+      return true;
+    };
+
+
+    bool next_pair_read_indel_bias(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2){
+      int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+      while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+        fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+      } 
+      long pos_1=read_1.bpos; //(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+      long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+      bool is_plus_strand=true;
+      int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+      int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);   
+
+      if(pos_1+fragment_len>ref_seq.length()){ 
+        pos_2=pos_1-fragment_len+read_len;
+        pos_1=ref_seq.length()-pos_1-1;
+        pos_2=ref_seq.length()-pos_2-1;
+        is_plus_strand=false;
+      }
+      else if(r_prob()>0.5){
+        is_plus_strand=false;
+        pos_1=ref_seq.length()-pos_1-read_len;
+        pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+        long tm_pos=pos_1;
+        pos_1=pos_2;
+        pos_2=tm_pos;
+      }
+
+      if(is_plus_strand){
+        read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+        read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+      }
+      else{
+        read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+        read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+      }
+      read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+      read_1.bpos=pos_1;
+      read_1.ref2read();
+      read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+      read_2.bpos=pos_2;
+      read_2.ref2read();
+      //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+      return true;
+    };
+
+};
+//
+//class ngrs{
+//private:
+//    static const unsigned int LargeNumber=10000;
+//    unsigned int max_branch;
+//    vector < node > tree;
+//    unsigned int depth;
+//    unsigned int time_lambda; //the mean time of between special event in thousand year
+//    unsigned int branch_lambda;
+//    double real_aveRate;
+//    map <int, string> subtree;
+//public:
+//    ngrs(int level, unsigned int tm, double rate, unsigned int branch);
+//    ngrs(int level, unsigned int tm, double rate, unsigned int mean_bch, unsigned int max_bch); 
+//    string getTree();
+//    string getSubTree(int root);
+//    size_t node_count(){ return tree.size(); };
+//    //~ngrs();
+//    //void print(ostream& OUT);
+//    //void addLevel(int );
+//};
+
+
diff --git a/art_SOLiD_src/art_SOLiD.cpp b/art_SOLiD_src/art_SOLiD.cpp
new file mode 100644
index 0000000..752637b
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/art_SOLiD.cpp
@@ -0,0 +1,905 @@
+// >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+// ART_SOLiD -- Artificial Read Transcriber 
+// Copyright(c) 2008-2014 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+// ________________________________________________________________________________
+//
+#include <iostream>
+#include <sstream>
+#include <string>
+#include <time.h>
+#include <algorithm>
+#include <iomanip>
+#include <ctime>
+#include "readSeqFile.h"
+#include "samRead.h"
+#include "art.h"
+
+using namespace std;
+#define VERSION "1.3.2"
+#define PRGNAME "art_SOLiD"
+double SOLiDread::prob_err[max_qual_value];
+//bool parse_arg(int num, char* arg);
+//vector<double> SOLiDread::ins_rate;
+//vector<double> SOLiDread::del_rate;
+//vector<double> SOLiDread::sub_rate;
+gsl_rng* art::gsl_R;
+int art::gaussain_mean;
+double art::gaussain_sigma;
+
+int main(int argc, char* argv[]){
+    cout << "================================================================="<<endl;
+    cout << "                    ART_SOLiD (Version 1.3.3)                    "<<endl; 
+    cout <<"         Simulation of Applied Biosystems' SOLiD Sequencing       "<<endl; 
+    cout << "   Copyright (c) 2008-2015, Weichun Huang. All Rights Reserved.  "<<endl; 
+    cout << "================================================================="<<endl<<endl;
+
+    bool amplicon=false;
+    char amp_read_type='s'; //type s:single-end, m:matepair, p: paired-end 
+    bool is_pairend_read=false;
+    bool is_mate_pair=false;
+    bool use_cigarM = false;
+    bool sam_out=false;
+
+    long masked_reads_count=0;
+    bool fixed_seed = false;
+    unsigned int rand_seed = 0;
+
+    string profile_name = "";
+    double error_scale_factor=1;
+    int i=1;
+    for(;i<argc;++i){
+	    char* pch = argv[i];
+	    if( *pch != '-' || *(pch+1) == '\0') break;
+	    while(*++pch){
+		    switch(*pch){
+/*
+			    case 'v':
+			    case 'V':
+				    cout << "================================================================="<<endl;
+				    cout << "                    ART_SOLiD (Version 1.3.2)                    "<<endl; 
+				    cout <<"         Simulation of Applied Biosystems' SOLiD Sequencing       "<<endl; 
+				    cout << "   Copyright (c) 2008-2014, Weichun Huang. All Rights Reserved.  "<<endl; 
+				    cout << "================================================================="<<endl<<endl;
+				    exit(1);
+				    break;
+*/
+			    case 'p':
+			    case 'P':
+				    if(i<argc) profile_name=argv[++i]; 
+				    else {
+					    cerr<<"Error: no profile provided"<<endl;
+					    exit(1);
+				    }
+				    break;
+			    case 'A':
+				    amplicon=true;
+				    if(i<argc) amp_read_type=argv[++i][0];
+				    else {
+					    cerr<<"Error: no amplicon sequencing read type provided "<<endl;
+					    exit(1);
+				    } 
+				    switch(amp_read_type){
+					    case 's':
+					    case 'm':
+					    case 'p':
+						    break;
+					    default:
+						    cerr<<"Error: undefined amplicon read type: "<<amp_read_type<<endl;
+						    cerr<<"       Read type must be: s (single-end), m (matepair), or p (paired-end)"<<endl;
+						    exit(1);
+
+				    }
+				    break;
+			    case 'M':
+				    use_cigarM=true;
+				    break;
+			    case 's':
+			    case 'S':
+				    sam_out=true;
+				    break;
+			    case 'f':
+			    case 'F': 
+				    if(i<argc) error_scale_factor=atof(argv[++i]);
+				    else {
+					    cerr<<"Error: no scaling factor provided"<<endl;
+					    exit(1);
+				    }
+				    break;
+			    case 'r':
+				    if(i<argc){
+					    rand_seed =atoi(argv[++i]);
+					    fixed_seed = true;
+				    }
+				    else {
+					    cerr<<"Error: no random seed provided"<<endl;
+					    exit(1);
+				    }
+				    break;
+
+			    default:
+				   cerr<<"Error: unreconized option \""<<*pch<< "\""<<endl;
+				   break;
+		    }
+	    }
+    }
+
+    int k=argc-i+1;
+    if(k !=5 && k !=6 && k !=7 &&  k !=8){
+        cout<<"===== USAGES ====="<<endl<<endl;
+        cout<<"SINGLE-END (F3 READ) SIMULATION"<<endl;
+        cout<<"\t"<< PRGNAME <<" [ options ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ> <FOLD_COVERAGE>"<<endl<<endl;
+//       	cout<<"     Example:"<<endl;
+//       	cout<<"             "<<PRGNAME <<" -s seq_reference.fa ./outdir/single_dat 25 10"<<endl<<endl;
+        cout<<"MATE-PAIR READS (F3-R3 PAIR) SIMULATION"<<endl;
+        cout<<"\t"<< PRGNAME <<" [ options ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ> <FOLD_COVERAGE> <MEAN_FRAG_LEN> <STD_DEV>"<<endl<<endl;
+//        cout<<"     Example:"<<endl;
+//       	cout<<"             1) simulation of matepair reads"<<endl;
+//       	cout<<"             "<<PRGNAME <<" -s seq_reference.fa ./outdir/matepair_dat 32 10 1000 50"<<endl<<endl;
+//       	cout<<"             2) simulation of matepair reads with a fixed random seed"<<endl;
+//       	cout<<"             "<<PRGNAME <<" -r 777 -s seq_reference.fa ./outdir/matepair_fs 50 10 1000 50"<<endl<<endl;
+        cout<<"PAIRED-END READS (F3-F5 PAIR) SIMULATION"<<endl;
+        cout<<"\t"<< PRGNAME <<" [ options ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ_F3> <LEN_READ_F5> <FOLD_COVERAGE> <MEAN_FRAG_LEN> <STD_DEV>"<<endl<<endl;
+//       cout<<"     Example:"<<endl;
+//       	cout<<"             "<<PRGNAME <<" -s seq_reference.fa ./outdir/paired_dat 33 25 10 250 10"<<endl<<endl;
+        cout<<"AMPLICON SEQUENCING SIMULATION"<<endl;
+        cout<<"\t"<< PRGNAME <<" [ options ] -A s <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ> <READS_PER_AMPLICON>"<<endl;
+        cout<<"\t"<< PRGNAME <<" [ options ] -A m <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ> <READ_PAIRS_PER_AMPLICON>"<<endl;
+        cout<<"\t"<< PRGNAME <<" [ options ] -A p <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ_F3> <LEN_READ_F5> <READ_PAIRS_PER_AMPLICON>"<<endl<<endl;
+//       	cout<<"     Examples:"<<endl;
+//       	cout<<"             1) amplicon sequencing with single-end reads"<<endl;
+//       	cout<<"             "<<PRGNAME <<" -A s -s amp_reference.fa ./outdir/amp_single_end_dat 25 100"<<endl<<endl;
+//       	cout<<"             2) amplicon sequencing with matepair reads"<<endl;
+//       	cout<<"             "<<PRGNAME <<" -A m -s amp_reference.fa ./outdir/amp_single_end_dat 50 50"<<endl<<endl;
+//       	cout<<"             3) amplicon sequencing with paired-end reads"<<endl;
+//       	cout<<"             "<<PRGNAME <<" -A p -s amp_reference.fa ./outdir/amp_single_end_dat 35 25 50"<<endl<<endl;
+        cout<<"===== PARAMETERS ====="<<endl<<endl;
+       	cout<<"INPUT_SEQ_FILE            -  filename of DNA/RNA reference sequences in FASTA format"<<endl;
+       	cout<<"OUTPUT_FILE_PREFIX        -  prefix or directory for all output read data files"<<endl;
+       	cout<<"FOLD_COVERAGE             -  fold of read coverage over the reference sequences "<<endl;
+       	cout<<"LEN_READ                  -  length of F3/R3 reads"<<endl;
+       	cout<<"LEN_READ_F3               -  length of F3 reads for paired-end read simulation"<<endl;
+       	cout<<"LEN_READ_F5               -  length of F5 reads for paired-end read simulation"<<endl;
+       	cout<<"READS_PER_AMPLICON        -  number of reads per amplicon"<<endl;
+       	cout<<"READ_PAIRS_PER_AMPLICON   -  number of read pairs per amplicon"<<endl;
+       	cout<<"MEAN_FRAG_LEN             -  mean DNA/RNA fragment size for matepair/paired-end read simulation"<<endl; 
+	cout<<"STD_DEV                   -  standard deviation of the DNA/RNA fragment sizes for matepair/paired-end read simulation"<<endl<<endl; 
+
+        cout<<"===== OPTIONAL PARAMETERS ====="<< endl<<endl;
+        cout<<"-A specify the read type for amplicon sequencing simulation (s:single-end, m: matepair, p: paired-end)"<<endl;
+        cout<<"-M indicate to use CIGAR 'M' instead of '=/X' for alignment match/mismatch"<<endl;
+        cout<<"-s indicate to generate a SAM alignment file"<<endl;
+        cout<<"-r specify the random seed for the simulation"<<endl;
+        cout<<"-f specify the scale factor adjusting error rate (e.g., -f 0 for zero-error rate simulation)"<<endl;
+        cout<<"-p specify user's own read profile for simulation"<<endl<<endl;
+        cout<<"===== EXAMPLES ====="<< endl<<endl;
+        cout<<" 1) singl-end 25bp reads simulation at 10X coverage"<<endl;
+       	cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -s seq_reference.fa ./outdir/single_dat 25 10"<<endl;
+        cout<<" 2) singl-end 75bp reads simulation at 20X coverage with user's error profile"<<endl;
+       	cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -s -p ../SOLiD_profiles/profile_pseudo ./seq_reference.fa ./dat_userProfile 75 20"<<endl;
+       	cout<<" 3) matepair 35bp (F3-R3) reads simulation at 20X coverage with DNA/RNA MEAN fragment size 2000bp and STD 50"<<endl;
+       	cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -s seq_reference.fa ./outdir/matepair_dat 35 20 2000 50"<<endl;
+       	cout<<" 4) matepair reads simulation with a fixed random seed"<<endl;
+       	cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -r 777 -s seq_reference.fa ./outdir/matepair_fs 50 10 1500 50"<<endl;
+        cout<<" 5) paired-end reads (75bp F3, 35bp F5) simulation with the MEAN fragment size 250 and STD 10 at 20X coverage"<<endl;
+       	cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -s seq_reference.fa ./outdir/paired_dat 75 35 50 250 10"<<endl;
+       	cout<<" 6) amplicon sequencing with 25bp single-end reads at 100 reads per amplicon"<<endl;
+       	cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -A s -s amp_reference.fa ./outdir/amp_single 25 100"<<endl;
+       	cout<<" 7) amplicon sequencing with 50bp matepair reads at 80 read pairs per amplicon"<<endl;
+       	cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -A m -s amp_reference.fa ./outdir/amp_matepair 50 80"<<endl;
+       	cout<<" 8) amplicon sequencing with paired-end reads (35bp F3, 25bp F5 reads) at 50 pairs per amplicon"<<endl;
+       	cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -A p -s amp_reference.fa ./outdir/amp_pair 35 25 50"<<endl<<endl;
+//        cout<<"-v print out version information"<<endl;
+
+        exit(1);
+    }
+
+    if(!fixed_seed){
+	    rand_seed=(unsigned int) time(NULL); 
+    }
+    srand(rand_seed);
+
+    bool mask_n=true; 
+    short max_num_n=1; 
+    int len_ref_id=250;
+
+    //caluate CPUT time
+     clock_t start, end;
+     double cpu_time_used;
+     start = clock();
+
+    char* seq_file= argv[i];
+    string out_file_prefix=argv[i+1];
+    int read_len  = atoi(argv[i+2]);
+    if(read_len<=0){ cerr<<"Error: read length must be > 0"<<endl; exit(1); }
+    int read_len_R3F5  =0;
+    double x_fold  =0;
+    int fsize_mean=0;
+    double fsize_std=0;
+    string num="";
+
+    if (k==7 || k==8){
+        is_pairend_read=true;
+	if(k==7){
+	       	num="_R3";
+	       	is_mate_pair=true;
+	       	read_len_R3F5 =read_len;
+	       	x_fold  = atof(argv[i+3]);
+	       	fsize_mean=abs(atoi(argv[i+4]));
+	       	fsize_std=fabs(atof(argv[i+5]));
+       	}
+	else{
+	       	num="_F5";
+	       	is_mate_pair=false;
+	       	read_len_R3F5 =atoi(argv[i+3]);
+		if(read_len_R3F5<=0){
+			cerr<<"Error: read lenght must be > 0"<<endl; exit(1);
+		}
+	       	x_fold  = atof(argv[i+4]);
+	       	fsize_mean=abs(atoi(argv[i+5]));
+	       	fsize_std=fabs(atof(argv[i+6]));
+       	}
+//        if(fixed_seed){
+	       	art::ini_read_pair_rand(fsize_mean,fsize_std, rand_seed);
+//	}
+//	else{
+//		art::ini_read_pair_rand(abs(atoi(argv[i+4])),fabs(atof(argv[i+5])));
+//	}
+        if(art::gaussain_mean<=read_len){
+            cerr<<"Error: the read length must be shorter than the mean flagment length specified"<<endl;
+            exit(1);
+        }
+    }
+    else{
+        is_pairend_read=false;
+        is_mate_pair=false;
+	if(k==6){
+	       	read_len_R3F5 =atoi(argv[i+3]);
+	       	x_fold  = atof(argv[i+4]);
+	       	if(!amplicon){
+		       	cerr<<"Error: wrong usage"<<endl;
+			exit(1);
+		}
+	}
+	else{
+	       	x_fold  = atof(argv[i+3]);
+	}
+       	if(amplicon){
+	       	if(amp_read_type=='m'){
+		       	is_pairend_read=true;
+		       	is_mate_pair=true;
+		       	num="_R3";
+		       	read_len_R3F5 =read_len;
+	       	}
+	       	else if(amp_read_type=='p'){
+		       	num="_F5";
+		       	is_pairend_read=true;
+	       	}
+       	}
+    }
+
+    if(read_len >35 || read_len_R3F5 >35){
+	    if(profile_name.empty()){
+		    if(read_len<=75 && read_len_R3F5 <=75){
+			    profile_name="pseudo";
+			    cerr<<"Warning: you are using the 75bp error profile for testing only."<<endl<<endl;  
+		    }
+		    else{
+			    cerr<<"Error: the read length exceeds the max length (75bp) with the built-in error profile"<<endl;
+			    exit(1);
+		    }
+	    }
+    }
+
+    string seqfasta=out_file_prefix+num+".fa";
+    string qualfasta=out_file_prefix+num+".qual";
+    string alnfasta=out_file_prefix+num+".map";
+    string fqfile=out_file_prefix+num+".fq";
+
+    string samfile=out_file_prefix+".sam";
+    ofstream SAMFILE;
+    if(sam_out) {
+	    SAMFILE.open(samfile.c_str(),ios::binary); 
+	    if(!SAMFILE.is_open()) { cerr<<"Can not open output file: "<<samfile<<endl; exit(0); }
+    }
+
+    ofstream FQFILE(fqfile.c_str(),ios::binary);
+    if(!FQFILE.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<fqfile<<endl; exit(0); }
+
+    ofstream ALNFILE(alnfasta.c_str(),ios::binary);
+    if(!ALNFILE.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<alnfasta<<endl; exit(0); }
+    ALNFILE<<"##ART_SOLiD\tread_length\t"<<read_len<<endl;
+
+    samHeader sH;
+    sH.getRefseqID(seq_file);
+    sH.ID="03";
+    sH.PN="ART_SOLiD"; 
+    for(int i=0;i < argc; ++i) { sH.CL.append(argv[i]);sH.CL.append(" "); }
+    sH.printAlnHeader(ALNFILE);
+
+    if(sam_out){
+	    sH.printHeader(SAMFILE);
+    }
+
+    samRead sR;
+    string srID;
+
+    SOLiDread::set_err_prob();
+
+    vector<short> qual;
+    readSeqFile seq_reader(seq_file);
+    string id;
+    art a_art; 
+    SOLiDread a_read(profile_name);
+    a_read.ini_ran_qual(rand_seed);
+
+    if(read_len>a_read.error_profile.size()){
+        cerr<<"Error: the read length "<<read_len<<" exceeds the max length "<<a_read.error_profile.size()<<endl;
+//        cerr<<"Error: the read length "<<read_len<<" exceeds the max length "<<qdist.qual_dist_first.size()<<endl<<endl;
+        exit(1);
+    }
+
+    for(size_t i=0; i<a_read.cal_err_rate_1st.size(); i++){
+      a_read.cal_err_rate_1st[i]*=error_scale_factor;
+    }
+    for(size_t i=0; i<a_read.cal_err_rate_2nd.size(); i++){
+      a_read.cal_err_rate_2nd[i]*=error_scale_factor;
+    }
+
+/*
+    a_read.set_rate(read_len,0.0001,2,a_read.ins_rate);
+    a_read.set_rate(read_len,0.0001,2,a_read.del_rate);
+    a_read.set_rate(read_len,0.028,2,a_read.sub_rate);
+*/
+    string aln_read,aln_ref;
+    ostringstream osID;
+    int num_seq=0;
+    string read_id;
+   
+    string seqfasta2=out_file_prefix+"_F3.fa";
+    string qualfasta2=out_file_prefix+"_F3.qual";
+    string alnfasta2=out_file_prefix+"_F3.map";
+    string fqfile2=out_file_prefix+"_F3.fq";
+   
+    unsigned long cc_num_read=1;
+    if(is_pairend_read){
+	samRead sR2; 
+	sR.rNext="=";
+	sR2.rNext="=";
+//        ofstream SEQFILE2(seqfasta2.c_str(),ios::binary);
+//        if(!SEQFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<seqfasta2<<endl; exit(0); }
+
+//        ofstream QUALFILE2(qualfasta2.c_str(),ios::binary);
+//        if(!QUALFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<qualfasta2<<endl; exit(0); }
+
+        ofstream FQFILE2(fqfile2.c_str(),ios::binary);
+        if(!FQFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<fqfile2<<endl; exit(0); }
+
+        ofstream ALNFILE2(alnfasta2.c_str(),ios::binary);
+        if(!ALNFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<alnfasta2<<endl; exit(0); }
+       	ALNFILE2<<"##ART_SOLiD\tread_length\t"<<read_len<<endl;
+       	sH.printAlnHeader(ALNFILE2);
+
+        SOLiDread a_read_2(profile_name);
+        a_read_2.ini_ran_qual(rand_seed);
+
+        for(size_t i=0; i<a_read_2.cal_err_rate_1st.size(); i++){
+          a_read_2.cal_err_rate_1st[i]*=error_scale_factor;
+        }
+        for(size_t i=0; i<a_read_2.cal_err_rate_2nd.size(); i++){
+          a_read_2.cal_err_rate_2nd[i]*=error_scale_factor;
+        }
+/*
+   	a_read_2.set_rate(read_len,0.0001,2,a_read.ins_rate);
+        a_read_2.set_rate(read_len,0.0001,2,a_read.del_rate);
+        a_read_2.set_rate(read_len,0.036,2,a_read.sub_rate);
+*/
+        vector<short> qual_2;
+        string read_id_2;
+        string aln_read_2,aln_ref_2;
+        while(seq_reader.next_seq(id,a_art.ref_seq)){ 
+//            size_t p1=id.find_first_of(' '); if(p1==string::npos) p1=10; size_t p2=id.find_first_of('\t'); if(p2==string::npos) p2=10;            p1=p1<p2?p1:p2; id=id.substr(0,p1); 
+	    std::replace(a_art.ref_seq.begin(), a_art.ref_seq.end(), 'U', 'T'); //replace U with T
+
+            istringstream isID; isID.str(id); isID>>id; id=id.substr(0,len_ref_id); 
+            num_seq++;
+            a_art.ini_set(read_len,read_len_R3F5);
+            if(mask_n){ 
+              a_art.mask_n_region(max_num_n);
+            }
+            long t_num_read=(long) a_art.ref_seq.size()/read_len*x_fold;
+            while(t_num_read>0){
+//generate SOLiD-like id
+		int num_3rd=cc_num_read / 1000000 + 1;
+		unsigned int num_3rd_rem=cc_num_read % 1000000;
+		int num_1st=num_3rd_rem % 1000;
+		int num_2nd=num_3rd_rem / 1000 + 1;
+                osID<<num_3rd<<'_'<<num_2nd<<'_'<<num_1st;
+                read_id = osID.str();
+                osID.str("");
+
+                a_read.clear();
+                a_read_2.clear();
+                //a_art.next_pair_read_indel(a_read, a_read_2); //need SOLiD profile with indel error rate 
+		
+		if(amplicon){
+		       	if(is_mate_pair){
+			       	a_art.amp_mate_read(a_read, a_read_2); 
+			}
+		       	else{
+			       	a_art.amp_PE_read(a_read, a_read_2); 
+			}
+		}
+		else{
+		       	if(is_mate_pair){
+			       	a_art.next_pair_read(a_read, a_read_2); 
+			}
+		       	else{
+			       	a_art.next_PE_read(a_read, a_read_2); 
+			}
+		}
+                if(mask_n){ 
+                  if(a_read.is_plus_strand){
+                    if(a_art.masked_pos.count(a_read.bpos)>0){
+                      t_num_read-=2;
+		      masked_reads_count+=1;
+                      continue;
+                    }
+                  }
+                  else{
+                    size_t bpos1=a_art.ref_seq.size()-a_read.bpos-read_len_R3F5;
+                    if(a_art.masked_pos.count(bpos1)>0){
+		      masked_reads_count+=1;
+                      t_num_read-=2;
+                      continue;
+                    }
+                  }
+
+                  if(a_read_2.is_plus_strand){
+                    if(a_art.masked_pos.count(a_read_2.bpos)>0){
+                      t_num_read-=2;
+		      masked_reads_count+=1;
+                      continue;
+                    }
+                  }
+                  else{
+                    size_t bpos2=a_art.ref_seq.size()-a_read_2.bpos-read_len;
+                    if(a_art.masked_pos.count(bpos2)>0){
+		      masked_reads_count+=1;
+                      t_num_read-=2;
+                      continue;
+                    }
+                  }
+                }
+
+		string cs_seq_1st, cs_seq_2nd;
+		map<int,char> error_pos_1st, error_pos_2nd;
+		map<int,char>::iterator it; 
+		//convert base-space to color space, and incorporate sequencing errors
+                //qual.clear();
+                //qual_2.clear();
+	    	a_read.convert_seq2cs(cs_seq_1st, qual, error_pos_1st, false) ; //the 1st is R3 
+	    	a_read_2.convert_seq2cs(cs_seq_2nd, qual_2, error_pos_2nd) ;  //the 2nd is F3 
+//                read_id_2=read_id+"-2";
+//                read_id+="-1";
+		srID=read_id;
+                read_id_2=read_id+"_F3";
+	       	read_id+=num;
+//print first read
+//                SEQFILE<<">"<<read_id<<endl<<a_read.seq_read<<endl; //<<a_read.seq_ref<<endl;
+//                QUALFILE<<">"<<read_id<<endl;
+//                copy(qual.begin(),qual.end(), ostream_iterator<short>(QUALFILE,"\t"));
+//                QUALFILE<<endl;
+
+                FQFILE<<"@"<<read_id<<endl<<'G'<<cs_seq_1st<<endl<<"+"<<endl;
+                for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+                    FQFILE<<(char)(qual[k]+33);
+                }
+                FQFILE<<endl;
+
+                ALNFILE<<id<<"\t"<<read_id<<"\t"<<a_read.bpos;
+                if(a_read.is_plus_strand) ALNFILE<<"\t+";
+                else ALNFILE<<"\t-";
+		ALNFILE<<"\t"<<error_pos_1st.size();
+		for(it=error_pos_1st.begin(); it!=error_pos_1st.end(); it++){
+			ALNFILE<<"\t"<<it->first<<"\t"<<it->second<<cs_seq_1st[it->first];
+		}
+		ALNFILE<<endl;
+
+		/*
+                if(a_read.get_aln(aln_read,aln_ref)){
+                    ALNFILE<<aln_ref<<endl<<aln_read<<endl;
+                }
+                else{
+                    ALNFILE<<a_read.seq_ref<<endl<<a_read.seq_read<<endl;
+                }
+		*/
+//print second read
+//                SEQFILE2<<">"<<read_id_2<<endl<<a_read_2.seq_read<<endl; //<<a_read.seq_ref<<endl;
+//                QUALFILE2<<">"<<read_id_2<<endl;
+//                copy(qual_2.begin(),qual_2.end(), ostream_iterator<short>(QUALFILE2,"\t"));
+//                QUALFILE2<<endl;
+
+                FQFILE2<<"@"<<read_id_2<<endl<<'T'<<cs_seq_2nd<<endl<<"+"<<endl;
+                for(size_t k=0; k<qual_2.size(); k++){
+                    FQFILE2<<(char)(qual_2[k]+33);
+                }
+                FQFILE2<<endl;
+
+                ALNFILE2<<id<<"\t"<<read_id_2<<"\t"<<a_read_2.bpos;
+                if(a_read_2.is_plus_strand) ALNFILE2<<"\t+";
+                else ALNFILE2<<"\t-";
+		ALNFILE2<<"\t"<<error_pos_2nd.size();
+		for(it=error_pos_2nd.begin(); it!=error_pos_2nd.end(); it++){
+			ALNFILE2<<"\t"<<it->first<<"\t"<<it->second<<cs_seq_2nd[it->first];
+		}
+		ALNFILE2<<endl;
+/*
+                if(a_read_2.get_aln(aln_read_2,aln_ref_2)){
+                    ALNFILE2<<aln_ref_2<<endl<<aln_read_2<<endl;
+                }
+                else{
+                    ALNFILE2<<a_read_2.seq_ref<<endl<<a_read_2.seq_read<<endl;
+                }
+*/
+                t_num_read-=2;
+                cc_num_read+=1;
+
+		if(sam_out){
+		       	sR.qname=srID;
+		       	sR.rname=id;
+
+		       	sR2.qname=srID;
+		       	sR2.rname=id;
+//			sR.seq=a_read.seq_read;
+		       	a_read.convert_cs2seq(cs_seq_1st, aln_read, 'g');
+			sR.seq=aln_read;
+		       	sR.qual.resize(qual.size());
+		       	for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+			       	sR.qual[k]=(char)(qual[k]+33);
+		       	}
+		
+//			sR2.seq=a_read_2.seq_read;
+		       	a_read_2.convert_cs2seq(cs_seq_2nd, aln_read_2, 't');
+			sR2.seq=aln_read_2;
+		       	sR2.qual.resize(qual_2.size());
+		       	for(size_t k=0; k<qual_2.size(); k++){
+			       	sR2.qual[k]=(char)(qual_2[k]+33);
+		       	}
+			
+			aln_ref=a_read.seq_ref;
+			aln_ref_2=a_read_2.seq_ref;
+
+			sR.flag=0x01 | 0x02 | 0x40;
+		       	sR2.flag=0x01 | 0x02 | 0x80;
+
+			if(is_mate_pair){
+			       	if(a_read.is_plus_strand){
+				       	sR.pos=a_read.bpos+1;
+			       	}
+			       	else{
+				       	sR.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read.bpos+read_len-1);
+				       	sR.flag =sR.flag | 0x10;
+				       	sR.reverse_comp();
+				       	sR2.flag =sR2.flag |0x20;
+			       	} 
+				if(a_read_2.is_plus_strand){
+				       	sR2.pos=a_read_2.bpos+1;
+			       	}
+			       	else{
+				       	sR2.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read_2.bpos+read_len-1);
+				       	sR2.flag =sR2.flag |0x10;
+				       	sR2.reverse_comp();
+				       	sR.flag =sR.flag | 0x20;
+			       	}
+			}
+			else{
+			       	if(a_read.is_plus_strand){
+				       	sR.pos=a_read.bpos+1;
+				       	sR2.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read_2.bpos+read_len-1);
+				       	sR2.flag =sR2.flag |0x10;
+				       	sR2.reverse_comp();
+				       	sR.flag =sR.flag | 0x20;
+			       	}
+			       	else{
+				       	sR2.pos=a_read_2.bpos+1;
+				       	sR.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read.bpos+read_len_R3F5-1);
+				       	sR.flag =sR.flag | 0x10;
+				       	sR.reverse_comp();
+				       	sR2.flag =sR2.flag |0x20;
+			       	} 
+			}
+
+		       	sR.getCigar(aln_ref,aln_read,use_cigarM);
+			sR2.getCigar(aln_ref_2,aln_read_2,use_cigarM);
+
+		       	sR.pNext=sR2.pos;
+		       	sR2.pNext=sR.pos;
+		       	if(sR2.pos>sR.pos){
+			       	sR.tLen=sR2.pos+a_read_2.seq_read.size()-sR.pos;
+			       	sR2.tLen=-sR.tLen;
+		       	}
+		       	else{
+			       	sR2.tLen=sR.pos+a_read.seq_read.size()-sR2.pos;
+			       	sR.tLen=-sR2.tLen;
+		       	} 
+			sR.printRead(SAMFILE);
+			sR2.printRead(SAMFILE);
+		}
+
+            }
+        }
+        FQFILE2.close();
+        ALNFILE2.close();
+    }
+    else{
+        while(seq_reader.next_seq(id,a_art.ref_seq)){
+	    std::replace(a_art.ref_seq.begin(), a_art.ref_seq.end(), 'U', 'T'); //replace U with T
+            istringstream isID; isID.str(id); isID>>id; id=id.substr(0,len_ref_id); 
+            num_seq++;
+            a_art.ini_set(read_len);
+            if(mask_n){ 
+              a_art.mask_n_region(max_num_n);
+            }
+            long t_num_read=(long) a_art.ref_seq.size()/read_len*x_fold;
+            while(t_num_read>0){
+//              osID<<num_seq<<fixed<<setfill('0')<< setw(10)<< t_num_read;
+/*
+                osID<<id<<'-'<<t_num_read;
+                read_id = osID.str();
+                osID.str("");
+*/
+
+//generate SOLiD-like id
+		int num_3rd=cc_num_read / 1000000 + 1;
+		unsigned int num_3rd_rem=cc_num_read % 1000000;
+		int num_1st=num_3rd_rem % 1000;
+		int num_2nd=num_3rd_rem / 1000 + 1;
+
+                osID<<num_3rd<<'_'<<num_2nd<<'_'<<num_1st;
+                read_id = osID.str();
+                osID.str("");
+		read_id +="_F3";
+
+                a_read.clear();
+                //a_art.next_read(a_read);
+		if(amplicon) a_art.amp_read(a_read);
+		else a_art.next_read(a_read);
+
+                if(mask_n){ 
+                  if(a_read.is_plus_strand){
+                    if(a_art.masked_pos.count(a_read.bpos)>0){
+                      t_num_read-=1;
+		      masked_reads_count+=1;
+                      continue;
+                    }
+                  }
+                  else{
+                    size_t bpos=a_art.ref_seq.size()-a_read.bpos-read_len;
+                    if(a_art.masked_pos.count(bpos)>0){
+                      t_num_read-=1;
+		      masked_reads_count+=1;
+                      continue;
+                    }
+                  }
+                }
+
+ 		string cs_seq_1st;
+		map<int,char> error_pos_1st;
+		map<int,char>::iterator it; 
+                //qua.clear();
+	    	a_read.convert_seq2cs(cs_seq_1st, qual, error_pos_1st) ;
+                FQFILE<<"@"<<read_id<<endl<<'T'<<cs_seq_1st<<endl<<"+"<<endl;
+                for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+                    FQFILE<<(char)(qual[k]+33);
+                }
+                FQFILE<<endl;
+
+                ALNFILE<<id<<"\t"<<read_id<<"\t"<<a_read.bpos;
+                if(a_read.is_plus_strand) ALNFILE<<"\t+";
+                else ALNFILE<<"\t-";
+		ALNFILE<<"\t"<<error_pos_1st.size();
+		for(it=error_pos_1st.begin(); it!=error_pos_1st.end(); it++){
+			ALNFILE<<"\t"<<it->first<<"\t"<<it->second<<cs_seq_1st[it->first];
+		}
+		ALNFILE<<endl;
+
+                t_num_read--;
+                cc_num_read+=1;
+
+		if(sam_out){
+		       	sR.qname=read_id;
+		       	sR.rname=id;
+
+		       	a_read.convert_cs2seq(cs_seq_1st, aln_read, 't'); 
+			aln_ref=a_read.seq_ref;
+			sR.seq=aln_read;
+		       	sR.qual.resize(qual.size());
+		       	for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+			       	sR.qual[k]=(char)(qual[k]+33);
+		       	}
+		
+			sR.flag=0;
+
+		       	if(a_read.is_plus_strand){
+			       	sR.pos=a_read.bpos+1;
+			}
+			else{
+			       	sR.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read.bpos+read_len-1);
+			       	sR.flag =0x10;
+			       	sR.reverse_comp();
+			}
+
+		       	sR.getCigar(aln_ref,aln_read,use_cigarM);
+			sR.printRead(SAMFILE);
+		}
+            }
+        }
+    }
+
+    FQFILE.close();
+    ALNFILE.close();
+    if(sam_out){ SAMFILE.close(); }
+    end = clock();
+    cpu_time_used = ((double) (end - start)) / CLOCKS_PER_SEC;
+
+    if(amplicon){
+	    if(!is_pairend_read){
+		    cout << "          Amplicon single-end sequencing simulation" << endl << endl;
+	    }
+	    else if(is_mate_pair){
+		    cout << "          Amplicon matepair sequencing simulation" << endl << endl;
+	    }
+	    else{
+		    cout << "          Amplicon paired-end sequencing simulation" << endl << endl;
+	    }
+    }
+    else{
+	    if(!is_pairend_read){
+		    cout << "                    Single-end simulation" << endl << endl;
+	    }
+	    else if(is_mate_pair){
+		    cout << "                    Mate-Pair (F3-R3) simulation" << endl << endl;
+	    }
+	    else{
+		    cout << "                    Paired-end (F3-F5) simulation" << endl << endl;
+	    }
+    }
+    cout<<"Total CPU time used: "<<cpu_time_used<<endl<<endl;
+    cout<<"The random seed for the run:   "<<rand_seed<<endl<<endl;
+
+    cout << "Parameters Settings" << endl; 
+    if (amplicon){
+	    if(is_pairend_read)
+		    cout << "\t# read pairs per amplion:\t" << x_fold << endl;
+	    else
+		    cout << "\t# reads per amplion:\t" << x_fold << endl;
+    }
+    else{
+	    cout << "\tfold of read coverage:\t" << x_fold << "X" << endl;
+    }
+    if(is_pairend_read){
+	    cout << "\tF3 read length:\t"<<read_len<<endl;
+	    if(is_mate_pair) cout << "\tR3 read length:\t"<<read_len_R3F5<<endl;
+	    else cout << "\tF5 read length:\t"<<read_len_R3F5<<endl;
+	    if(!amplicon){
+		    cout << "\tfragment length"<<endl;
+		    cout << "\t\tmean:\t" << fsize_mean << endl;
+		    cout << "\t\tstd:\t" << fsize_std << endl;
+	    }
+    }
+    else{
+	    cout << "\tread length:\t"<<read_len<<endl;
+    }
+    cout <<endl<<"SOLiD Error Profile for Simulation" << endl; 
+    if(profile_name.empty()){
+	    cout << "\tthe built-in 35bp error profile"<<endl; 
+    }
+    else if(profile_name=="pseudo"){
+	    cout << "\tthe 75bp error profile for testing only"<<endl; 
+    }
+    else{
+	    cout << "\tthe profile provided: "<<profile_name<<endl; 
+    }
+    cout <<endl<<"Output Files" << endl << endl;
+
+    if(is_pairend_read){
+	    cout << "  FASTQ Sequence Files:" << endl; 
+	    cout << "\t the 1st reads: " << fqfile << endl;
+	    cout << "\t the 2nd reads: " << fqfile2 << endl << endl;
+//	    if(aln_out){
+		    cout << "  MAP Alignment Files:" << endl; 
+		    cout << "\t the 1st reads: " << alnfasta << endl;
+		    cout << "\t the 2nd reads: " << alnfasta2 << endl << endl;;
+//	    }
+    } else {
+	    cout << "  FASTQ Sequence File:" << endl; 
+	    cout << "\t" << fqfile << endl << endl;
+//	    if (aln_out){
+		    cout << "  MAP Alignment File:" << endl; 
+		    cout << "\t" << alnfasta << endl << endl;
+//	    }
+    }
+    if(sam_out){
+	    cout << "  SAM Alignment File:" << endl; 
+	    cout << "\t" << samfile << endl << endl;
+    }
+
+    if(masked_reads_count){
+	    cout << "NOTE: all genomic regions with 'N' were masked" << endl; 
+	    if(is_pairend_read){
+		    cout << "# discarded pairs of reads mapped to the masked regions:\t" <<masked_reads_count<<endl<<endl; 
+	    }
+	    else{
+		    cout << "# discarded reads mapped to the masked regions:\t" <<masked_reads_count<<endl<<endl; 
+	    }
+    }
+
+}
+
+    //      ofstream outGlobal(outFile.c_str());
+    //      if(!outGlobal.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<outFile<<endl; exit(0); }
+    //      ostream_iterator <char, char, char_traits <char> > os(outGlobal,"");		
+
+//
+//bool parse_arg(int num, char* arg){
+//    bool success=true;
+//    int i=1;
+//    for(;i<ARGC;++i){
+//       	char* pch = ARGV[i];
+//       	if( *pch != '-' || *(pch+1) == '\0') break;
+//       	while(*++pch && success){
+//            switch(*pch){
+//                // Version Information
+//            case 'v':
+//            case 'V':
+//                prtVersion = true;
+//                break;
+//                // Help Information
+//            case 'h':
+//            case 'H':
+//                prtVersion = true;
+//                prtUsage = true;
+//                break;
+//                // Unbuffered Output
+//            case 't':
+//            case 'T':
+//                html_out=false;
+//                break;
+//            case 'b':
+//            case 'B':
+//                if(i<ARGC) browser=ARGV[++i]; 
+//                else success=PrintErr("Invalid value for option: \"%c\"", *pch);
+//                break;
+//            case 'o':
+//            case 'O':
+//                if(i<ARGC) outFile=ARGV[++i]; 
+//                else success=PrintErr("Invalid value for option: \"%c\"", *pch);
+//                break;
+//            case 'c':
+//            case 'C':
+//                if(i<ARGC) cfgFile=ARGV[++i]; 
+//                else success=PrintErr("Invalid value for option: \"%c\"", *pch);
+//                break;
+//                // Error Reporting
+//            default:
+//                success=PrintErr("Unreconized switch, \"%c\"", *pch);
+//                prtUsage = true;
+//                prtVersion = true;
+//                break;
+//            }
+//       	}
+//    }
+//
+//    // Print Version and/or Usage Information and exit
+//    if(prtVersion || prtUsage){
+//       	if(prtUsage) printUsage();
+//       	if(prtVersion) printVer();
+//       	return false;
+//    }
+//
+//    if(i>ARGC){ printUsage(); return false;}
+//
+//    aceFile=ARGV[i];
+//    return success;;
+//}
+
diff --git a/art_SOLiD_src/art_SOLiD_jason.cpp b/art_SOLiD_src/art_SOLiD_jason.cpp
new file mode 100644
index 0000000..b81ab89
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/art_SOLiD_jason.cpp
@@ -0,0 +1,731 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART_SOLiD -- Assembly Read Transcriber
+Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+*/
+#include <iostream>
+#include <sstream>
+#include <string>
+#include <time.h>
+#include <algorithm>
+#include <iomanip>
+#include <ctime>
+#include "readSeqFile.h"
+#include "empdist.h"
+#include "art.h"
+
+using namespace std;
+#define MAJOR_VERSION "0.5"
+#define MINOR_VERSION "0"
+//bool parse_arg(int num, char* arg);
+double empdist::prob_err[HIGHEST_QUAL];
+//vector<double> seqRead::ins_rate;
+//vector<double> seqRead::del_rate;
+//vector<double> seqRead::sub_rate;
+gsl_rng* art::gsl_R;
+int art::gaussain_mean;
+double art::gaussain_sigma;
+
+int main(int argc, char* argv[]){
+    wcout << L"==========================================================================="<<endl;
+    wcout << L"                           ART (SOLiD version 0.6.2)                       "<<endl; 
+    wcout << L" Copyright (c) 2008-2010, Weichun Huang, Jason Myers. All Rights Reserved. "<<endl; 
+    wcout << L"==========================================================================="<<endl<<endl;
+
+    bool mask_n=true; 
+    short max_num_n=5; 
+    int len_ref_id=250;
+
+    //caluate CPUT time
+     clock_t start, end;
+     double cpu_time_used;
+     start = clock();
+    
+    // Boolean flags showing the state of the run
+    bool arg_success = true;
+    bool is_pairend_read=false;
+    bool mean_flag = false;
+    bool sDev_flag = false;
+    bool in_flag = false;
+    bool out_flag = false;
+    bool len_flag = false;
+    bool fold_flag = false;
+    bool help_flag = false;
+    bool show_flag = false;
+    bool rate_flag = false;
+    bool first_qual = false;
+    bool second_qual = false;
+
+    // Command-line Arguments
+    string qual_file1 = "";
+    string qual_file2 = "";
+    char* seq_file = "";
+    string out_file_prefix = "";
+    int read_len  = 0;
+    double x_fold  = 0;
+    string num= "";
+    int mean = 0;
+    double std_dev = 0.0;
+    double insRate=0.0001;
+    double delRate=0.0001;
+    double subRate=0.028;
+    double insRate2 = 0.0001;
+    double delRate2 = 0.0001;
+    double subRate2 = 0.036;
+
+    // Get Command-line arguments
+    for(int i=1;i < argc;++i){
+        char* arg = argv[i];
+            if(!strcmp(arg, "--paired") || !strcmp(arg, "-p") ){
+                num="1";
+                is_pairend_read=true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--help") || !strcmp(arg, "-h")){
+                arg_success = false;
+                help_flag = true;
+                break;
+            } else if(!strcmp(arg, "--quiet") || !strcmp(arg, "-q")){
+                show_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--in") || !strcmp(arg, "-i")){
+                i++;
+                seq_file = argv[i];
+                in_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--out") || !strcmp(arg, "-o")){
+                i++;
+                out_file_prefix = argv[i];
+                out_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--len") || !strcmp(arg, "-l")){
+                i++;
+                read_len = atoi(argv[i]);
+                len_flag = true;
+                if(read_len < 0){
+                   cerr << "Fatal Error: The read length must be a positive integer." << endl;
+                   arg_success = false;
+                }
+            } else if(!strcmp(arg, "--insRate") || !strcmp(arg, "-ir")){
+                i++;
+                insRate = atof(argv[i]);
+                rate_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--delRate") || !strcmp(arg, "-dr")){
+                i++;
+                delRate = atof(argv[i]);
+                rate_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--subRate") || !strcmp(arg, "-sr")){
+                i++;
+                subRate = atof(argv[i]);
+                rate_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--insRate2") || !strcmp(arg, "-ir2")){
+                i++;
+                insRate2 = atof(argv[i]);
+                rate_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--delRate2") || !strcmp(arg, "-dr2")){
+                i++;
+                delRate2 = atof(argv[i]);
+                rate_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--subRate2") || !strcmp(arg, "-sr2")){
+                i++;
+                subRate2 = atof(argv[i]);
+                rate_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--fcov") || !strcmp(arg, "-f")){
+                i++;
+                x_fold = atof(argv[i]);
+                fold_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--mflen") || !strcmp(arg, "-m")){
+                i++;
+                mean = atoi(argv[i]);
+                mean_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--sdev") || !strcmp(arg, "-s")){
+                i++;
+                std_dev = atof(argv[i]);
+                sDev_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--qprof1") || !strcmp(arg, "-1")){
+                i++;
+                qual_file1 = argv[i];
+		first_qual = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--qprof2") || !strcmp(arg, "-2")){
+                i++;
+                qual_file2 = argv[i];
+		second_qual = true;
+            } else {
+                arg_success = false;
+                cerr << "Fatal Error: " << arg << ", is not a valid parameter." << endl;
+                break;
+            }
+
+    }
+
+
+    // Make sure the minimum requirements to run were met if the help tag was not given
+    if(help_flag){
+    } else if(!in_flag || !out_flag || !len_flag || !fold_flag){
+        arg_success = false;
+        cerr << "Fatal Error: An input-file, output-file prefix, read length, and fold coverage must be"
+             << " specified." << endl << endl;
+    }
+
+    if(mean_flag && sDev_flag){
+        is_pairend_read = true;
+        num = "1";
+    }
+
+    // Make sure the minimum requirements to run were given for a paired end simulation
+    if (is_pairend_read){
+        if(mean_flag && sDev_flag){
+            art::ini_read_pair_rand(abs(mean),fabs(std_dev));
+            if(art::gaussain_mean<=read_len){
+                cerr<<"Fatal Error: The read length must be shorter than the mean fragment length specified."
+                    <<endl;
+                exit(1);
+            }
+        } else {
+            arg_success = false;
+            cerr << "Fatal Error: A mean fragment length and a standard deviation must be specified."
+                 << endl << endl;
+        }
+    }
+
+    if(!arg_success){
+        wcout << L"------------------------------------USAGE------------------------------------" << endl << endl;
+        wcout << L"  -p, --paired       Specify a paired-end read simulation." << endl;
+        wcout << L"  -q, --quiet        Turn off end of run summary." << endl;
+        wcout << L"  -h, --help         Print out usage information for ART." << endl << endl;
+        wcout << L"Parameters should be entered preceeded by the following tags" << endl;
+        wcout << L"in any order." << endl << endl;
+        wcout << L"  -i, --in           Specify the input file name." << endl;
+        wcout << L"  -o, --out          Specify the output file prefix." << endl;
+        wcout << L"  -l, --len          Specify the read length to be simulated." << endl;
+        wcout << L"  -f, --fcov         Specify the fold coverage to be simulated." << endl;
+        wcout << L"  -m, --mflen        Specify the mean fragment length." << endl;
+        wcout << L"                     * Only for paired-end simulations." << endl;
+        wcout << L"  -s, --sdev         Specify the standard deviation." << endl;
+        wcout << L"                     * Only for paired-end simulations." << endl;
+        wcout << L"  -ir, --insRate     Specify the first-read insertion rate to be used." << endl;
+        wcout << L"                     * The default value is 0.0001." << endl;
+        wcout << L"  -dr, --delRate     Specify the first-read deletion rate to be used." << endl;
+        wcout << L"                     * The default value is 0.0001." << endl;
+        wcout << L"  -sr, --subRate     Specify the first-read substitution rate to be used." << endl;
+        wcout << L"                     * The default value is 0.028." << endl;
+        wcout << L"  -ir2, --insRate2   Specify the second-read insertion rate to be used." << endl;
+        wcout << L"                     * The default value is 0.0001." << endl;
+        wcout << L"  -dr2, --delRate2   Specify the second-read deletion rate to be used." << endl;
+        wcout << L"                     * The default value is 0.0001." << endl;
+        wcout << L"  -sr2, --subRate2   Specify the second-read substitution rate to be used." << endl;
+        wcout << L"                     * The default value is 0.036." << endl;
+        wcout << L"  -1, --qprof1       Specify the first-read quality profile to be used." << endl;
+        wcout << L"                     * If not specified a default profile will be used." << endl;
+        wcout << L"  -2, --qprof2       Specify the second-read quality profile to be used." << endl;
+        wcout << L"                     * If not specified a default profile will be used." << endl;
+        wcout << L"****NOTES****" << endl;
+        wcout << L"* To simulate single-end reads one must provide the ART program" << endl;
+        wcout << L"  with atleast an input file, output file prefix, the read length," << endl;
+        wcout << L"  and the fold coverage." << endl << endl;;
+        wcout << L"  Example: art --in reference_DNA.fa --out sim1 --len 35 --fcov 2" << endl << endl;;
+        wcout << L"* To simulate paired-end reads one must use the parameters above as" << endl;
+        wcout << L"  well as the mean fragment length, standard deviation, and --paired tag." << endl << endl;
+        wcout << L"  Example: art --paired --in reference_DNA.fa --out sim2 --len 35 --fcov 2" << endl;
+        wcout << L"               --mflen 200 --sdev 3.5" << endl << endl;
+
+        exit(0);
+    }
+        string seqfasta=out_file_prefix;
+        string qualfasta=out_file_prefix;
+        string alnfasta=out_file_prefix;
+        string fqfile=out_file_prefix;
+
+    if(is_pairend_read){
+        seqfasta += "_R3.fa";
+        qualfasta += "_R3.qual";
+        alnfasta += "_R3.aln";
+        fqfile += "_R3.fq";
+    } else {
+        seqfasta += "_F3.fa";
+        qualfasta += "_F3.qual";
+        alnfasta += "_F3.aln";
+        fqfile += "_F3.fq";
+    }
+
+//    ofstream SEQFILE(seqfasta.c_str(),ios::binary);
+//    if(!SEQFILE.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<seqfasta<<endl; exit(0); }
+
+//    ofstream QUALFILE(qualfasta.c_str(),ios::binary);
+//    if(!QUALFILE.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<qualfasta<<endl; exit(0); }
+
+    ofstream FQFILE(fqfile.c_str(),ios::binary);
+    if(!FQFILE.is_open()) { cerr<<"Fatal Error: Can not open output file: "<<fqfile<<endl; exit(0); }
+
+    ofstream ALNFILE(alnfasta.c_str(),ios::binary);
+    if(!ALNFILE.is_open()) { cerr<<"Fatal Error: Can not open output file: "<<alnfasta<<endl; exit(0); }
+
+    empdist::set_err_prob();
+    empdist qdist;
+
+
+    vector<short> qual;
+    readSeqFile seq_reader(seq_file);
+    string id;
+    art a_art; 
+    seqRead a_read(qual_file1, true);
+    a_read.ini_ran_qual();
+
+    if(read_len>a_read.error_profile.size()){
+        cerr<<"Error: The read length "<<read_len<<" exceeds the maximum read length:"<<a_read.error_profile.size()<<endl;
+        exit(1);
+    }
+/*
+    for(size_t i=0; i<a_read.cal_err_rate_1st.size(); i++){
+      a_read.cal_err_rate_1st[i]*=error_scale_factor;
+    }
+    for(size_t i=0; i<a_read.cal_err_rate_2nd.size(); i++){
+      a_read.cal_err_rate_2nd[i]*=error_scale_factor;
+    }
+*/
+    a_read.set_rate(read_len,insRate,2,a_read.ins_rate);
+    a_read.set_rate(read_len,delRate,2,a_read.del_rate);
+    a_read.set_rate(read_len,subRate,2,a_read.sub_rate);
+    string aln_read,aln_ref;
+    ostringstream osID;
+    int num_seq=0;
+    string read_id;
+
+    unsigned long cc_num_read=1;
+
+	string seqfasta2="";
+	string qualfasta2="";
+	string alnfasta2="";
+	string fqfile2="";
+    if(is_pairend_read){
+        seqfasta2=out_file_prefix+"_F3.fa";
+        qualfasta2=out_file_prefix+"_F3.qual";
+        alnfasta2=out_file_prefix+"_F3.aln";
+        fqfile2=out_file_prefix+"_F3.fq";
+//        ofstream SEQFILE2(seqfasta2.c_str(),ios::binary);
+//        if(!SEQFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<seqfasta2<<endl; exit(0); }
+
+//        ofstream QUALFILE2(qualfasta2.c_str(),ios::binary);
+//        if(!QUALFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<qualfasta2<<endl; exit(0); }
+
+        ofstream FQFILE2(fqfile2.c_str(),ios::binary);
+        if(!FQFILE2.is_open()) { cerr<<"Fatal Error: Can not open output file: "<<fqfile2<<endl; exit(0); }
+
+        ofstream ALNFILE2(alnfasta2.c_str(),ios::binary);
+        if(!ALNFILE2.is_open()) { cerr<<"Fatal Error: Can not open output file: "<<alnfasta2<<endl; exit(0); }
+        seqRead a_read_2(qual_file2, false); 
+        a_read_2.ini_ran_qual();
+/*
+        for(size_t i=0; i<a_read_2.cal_err_rate_1st.size(); i++){
+          a_read_2.cal_err_rate_1st[i]*=error_scale_factor;
+        }
+        for(size_t i=0; i<a_read_2.cal_err_rate_2nd.size(); i++){
+          a_read_2.cal_err_rate_2nd[i]*=error_scale_factor;
+        }
+*/
+        a_read_2.set_rate(read_len,insRate2,2,a_read.ins_rate);
+        a_read_2.set_rate(read_len,delRate2,2,a_read.del_rate);
+        a_read_2.set_rate(read_len,subRate2,2,a_read.sub_rate);
+        vector<short> qual_2;
+        string read_id_2;
+        string aln_read_2,aln_ref_2;
+        while(seq_reader.next_seq(id,a_art.ref_seq)){ 
+//            size_t p1=id.find_first_of(' '); if(p1==string::npos) p1=10; size_t p2=id.find_first_of('\t'); if(p2==string::npos) p2=10;            p1=p1<p2?p1:p2; id=id.substr(0,p1); 
+            istringstream isID; isID.str(id); isID>>id; id=id.substr(0,len_ref_id); 
+            num_seq++;
+            a_art.ini_set(read_len);
+            if(mask_n){ 
+              a_art.mask_n_region(max_num_n);
+            }
+            long t_num_read=static_cast<unsigned long>(a_art.ref_seq.size()/read_len*x_fold);
+            while(t_num_read>0){
+//              osID<<num_seq<<fixed<<setfill('0')<< setw(10)<< t_num_read;
+/*
+                osID<<id<<'-'<<t_num_read;
+                read_id = osID.str();
+                osID.str("");
+*/
+
+//generate SOLiD-like id
+		int num_3rd=cc_num_read / 1000000 + 1;
+		unsigned int num_3rd_rem=cc_num_read % 1000000;
+		int num_1st=num_3rd_rem % 1000;
+		int num_2nd=num_3rd_rem / 1000 + 1;
+                osID<<num_3rd<<'_'<<num_2nd<<'_'<<num_1st;
+                read_id = osID.str();
+                osID.str("");
+
+                a_read.clear();
+                a_read_2.clear();
+                //a_art.next_read(a_read);
+                //a_art.next_pair_read_indel(a_read, a_read_2); 
+                a_art.next_pair_read(a_read, a_read_2); 
+                if(mask_n){ 
+                  if(a_read.is_plus_strand){
+                    if(a_art.masked_pos.count(a_read.bpos)>0 || a_art.masked_pos.count(a_read_2.bpos)>0){
+                      t_num_read-=2;
+                      continue;
+                    }
+                  }
+                  else{
+                    size_t bpos1=a_art.ref_seq.size()-a_read.bpos-read_len;
+                    size_t bpos2=a_art.ref_seq.size()-a_read_2.bpos-read_len;
+                    if(a_art.masked_pos.count(bpos1)>0 || a_art.masked_pos.count(bpos2)>0){
+                      t_num_read-=2;
+                      continue;
+                    }
+                  }
+                }
+
+		string cs_seq_1st, cs_seq_2nd;
+		map<int,char> error_pos_1st, error_pos_2nd;
+		map<int,char>::iterator it; 
+		//convert base-space to color space, and incorporate sequencing errors
+                //qual.clear();
+                //qual_2.clear();
+	    	a_read.convert_seq2cs(cs_seq_1st, qual, error_pos_1st, false) ; //the 1st is R3 
+	    	a_read_2.convert_seq2cs(cs_seq_2nd, qual_2, error_pos_2nd) ;  //the 2nd is F3 
+//                read_id_2=read_id+"-2";
+//                read_id+="-1";
+                read_id_2=read_id+"_F3";
+                read_id+="_R3";
+//print first read
+//                SEQFILE<<">"<<read_id<<endl<<a_read.seq_read<<endl; //<<a_read.seq_ref<<endl;
+//                QUALFILE<<">"<<read_id<<endl;
+//                copy(qual.begin(),qual.end(), ostream_iterator<short>(QUALFILE,"\t"));
+//                QUALFILE<<endl;
+
+                FQFILE<<"@"<<read_id<<endl<<'G'<<cs_seq_1st<<endl<<"+"<<endl;
+		FQFILE<<"!";
+                for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+                    FQFILE<<(char)(qual[k]+33);
+                }
+                FQFILE<<endl;
+
+                ALNFILE<<id<<"\t"<<read_id<<"\t"<<a_read.bpos;
+                if(a_read.is_plus_strand) ALNFILE<<"\t+";
+                else ALNFILE<<"\t-";
+		ALNFILE<<"\t"<<error_pos_1st.size();
+		for(it=error_pos_1st.begin(); it!=error_pos_1st.end(); it++){
+			ALNFILE<<"\t"<<it->first<<"\t"<<it->second<<cs_seq_1st[it->first];
+		}
+		ALNFILE<<endl;
+
+		/*
+                if(a_read.get_aln(aln_read,aln_ref)){
+                    ALNFILE<<aln_ref<<endl<<aln_read<<endl;
+                }
+                else{
+                    ALNFILE<<a_read.seq_ref<<endl<<a_read.seq_read<<endl;
+                }
+		*/
+//print second read
+//                SEQFILE2<<">"<<read_id_2<<endl<<a_read_2.seq_read<<endl; //<<a_read.seq_ref<<endl;
+//                QUALFILE2<<">"<<read_id_2<<endl;
+//                copy(qual_2.begin(),qual_2.end(), ostream_iterator<short>(QUALFILE2,"\t"));
+//                QUALFILE2<<endl;
+
+                FQFILE2<<"@"<<read_id_2<<endl<<'T'<<cs_seq_2nd<<endl<<"+"<<endl;
+		FQFILE2<<"!";
+                for(size_t k=0; k<qual_2.size(); k++){
+                    FQFILE2<<(char)(qual_2[k]+33);
+                }
+                FQFILE2<<endl;
+
+                ALNFILE2<<id<<"\t"<<read_id_2<<"\t"<<a_read_2.bpos;
+                if(a_read_2.is_plus_strand) ALNFILE2<<"\t+";
+                else ALNFILE2<<"\t-";
+		ALNFILE2<<"\t"<<error_pos_2nd.size();
+		for(it=error_pos_2nd.begin(); it!=error_pos_2nd.end(); it++){
+			ALNFILE2<<"\t"<<it->first<<"\t"<<it->second<<cs_seq_2nd[it->first];
+		}
+		ALNFILE2<<endl;
+/*
+                if(a_read_2.get_aln(aln_read_2,aln_ref_2)){
+                    ALNFILE2<<aln_ref_2<<endl<<aln_read_2<<endl;
+                }
+                else{
+                    ALNFILE2<<a_read_2.seq_ref<<endl<<a_read_2.seq_read<<endl;
+                }
+*/
+                t_num_read-=2;
+                cc_num_read+=1;
+            }
+        }
+//        SEQFILE2.close();
+//        QUALFILE2.close();
+        FQFILE2.close();
+        ALNFILE2.close();
+    }
+    else{
+        while(seq_reader.next_seq(id,a_art.ref_seq)){
+            istringstream isID; isID.str(id); isID>>id; id=id.substr(0,len_ref_id); 
+            num_seq++;
+            a_art.ini_set(read_len);
+            long t_num_read=static_cast<unsigned long>(a_art.ref_seq.size()/read_len*x_fold);
+            while(t_num_read>0){
+//              osID<<num_seq<<fixed<<setfill('0')<< setw(10)<< t_num_read;
+/*
+                osID<<id<<'-'<<t_num_read;
+                read_id = osID.str();
+                osID.str("");
+*/
+
+//generate SOLiD-like id
+		int num_3rd=cc_num_read / 1000000 + 1;
+		unsigned int num_3rd_rem=cc_num_read % 1000000;
+		int num_1st=num_3rd_rem % 1000;
+		int num_2nd=num_3rd_rem / 1000 + 1;
+
+                osID<<num_3rd<<'_'<<num_2nd<<'_'<<num_1st;
+                read_id = osID.str();
+                osID.str("");
+		read_id +="_F3";
+
+                a_read.clear();
+                //a_art.next_read(a_read);
+                a_art.next_read(a_read);
+                if(mask_n){ 
+                  if(a_read.is_plus_strand){
+                    if(a_art.masked_pos.count(a_read.bpos)>0){
+                      t_num_read-=1;
+                      continue;
+                    }
+                  }
+                  else{
+                    size_t bpos=a_art.ref_seq.size()-a_read.bpos-read_len;
+                    if(a_art.masked_pos.count(bpos)>0){
+                      t_num_read-=1;
+                      continue;
+                    }
+                  }
+                }
+
+ 		string cs_seq_1st;
+		map<int,char> error_pos_1st;
+		map<int,char>::iterator it; 
+                //qua.clear();
+	    	a_read.convert_seq2cs(cs_seq_1st, qual, error_pos_1st) ;
+                FQFILE<<"@"<<read_id<<endl<<'T'<<cs_seq_1st<<endl<<"+"<<endl;
+		FQFILE<<"!";
+                for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+                    FQFILE<<(char)(qual[k]+33);
+                }
+                FQFILE<<endl;
+
+                ALNFILE<<id<<"\t"<<read_id<<"\t"<<a_read.bpos;
+                if(a_read.is_plus_strand) ALNFILE<<"\t+";
+                else ALNFILE<<"\t-";
+		ALNFILE<<"\t"<<error_pos_1st.size();
+		for(it=error_pos_1st.begin(); it!=error_pos_1st.end(); it++){
+			ALNFILE<<"\t"<<it->first<<"\t"<<it->second<<cs_seq_1st[it->first];
+		}
+		ALNFILE<<endl;
+
+                t_num_read--;
+                cc_num_read+=1;
+            }
+        }
+    }
+
+//    SEQFILE.close();
+//    QUALFILE.close();
+    FQFILE.close();
+    ALNFILE.close();
+
+    if(!is_pairend_read){
+        wcout << L"                        Single-end Simulation Complete" << endl << endl;
+    } else {
+        wcout << L"                        Paired-end Simulation Complete" << endl << endl;
+    }
+
+
+    end = clock();
+    cpu_time_used = ((double) (end - start)) / CLOCKS_PER_SEC;
+    wcout<< L"Total CPU time used: "<<cpu_time_used<<endl << endl;
+
+    if(!show_flag){
+
+        wcout << L"Parameters used during run:" << endl << endl;
+        wcout << L"\tRead Length:              " << read_len << endl;
+        wcout << L"\tFold Coverage:            " << x_fold << "X" << endl;
+        if(is_pairend_read){
+            wcout << L"\tMean Fragment Length:     " << mean << endl;
+            wcout << L"\tStandard Deviation:       " << std_dev << endl;
+        }
+        if(rate_flag){
+            wcout << L"\tFirst Insertion Rate:     " << insRate << endl;
+            wcout << L"\tSecond Insertion Rate:    " << insRate2 << endl;
+            wcout << L"\tFirst Deletion Rate:      " << delRate << endl;
+            wcout << L"\tSecond Deletion Rate:     " << delRate2 << endl;
+            wcout << L"\tFirst Substitution Rate:  " << subRate << endl;
+            wcout << L"\tSecond Substitution Rate: " << subRate2 << endl;
+        }
+
+        wcout << endl << L"Quality Profile(s) Used:" << endl << endl;
+        if(is_pairend_read){
+            if(first_qual){
+                wcout << L"\tFirst Read:  " << qual_file1.c_str()<< endl;
+            } else {
+                wcout << L"\tFirst Read:  " << "DEFAULT" << endl;
+            }
+            if(second_qual){
+                wcout << L"\tSecond Read: " << qual_file2.c_str()<< endl<< endl;
+            } else {
+                wcout << L"\tSecond Read: " << "DEFAULT" << endl << endl;
+            }
+        } else {
+            if(first_qual){
+                wcout << L"\t" << qual_file1.c_str()<< endl << endl;
+            } else {
+                wcout << L"\tDEFAULT" << endl << endl;
+            }
+        }
+
+        wcout << L"Output files created:" << endl << endl;
+
+        if(is_pairend_read){
+            wcout << L"  Sequence Files:" << endl;
+            wcout << L"\t" << fqfile.c_str() << endl;
+            wcout << L"\t" << fqfile2.c_str() << endl << endl;
+            wcout << L"  Alignment Files:" << endl;
+            wcout << L"\t" << alnfasta.c_str() << endl;
+            wcout << L"\t" << alnfasta2.c_str() << endl << endl;;
+        } else {
+            wcout << L"  Sequence File:" << endl;
+            wcout << L"\t" << fqfile.c_str() << endl << endl;
+            wcout << L"  Alignment File:" << endl;
+            wcout << L"\t" << alnfasta.c_str() << endl << endl;
+        }
+    }
+
+   return 0;
+
+}
+
+bool art::next_read_indel(seqRead& a_read){
+    long pos=(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]   
+    int slen =a_read.get_indel(read_len);            
+    a_read.is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        a_read.is_plus_strand=false;
+    }
+    if(a_read.is_plus_strand){
+        a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len-slen);
+    }
+    else{
+        a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len-slen);
+    }
+    a_read.bpos=pos;
+    a_read.ref2read();
+    return true;
+}
+
+bool art::next_read(seqRead& a_read){
+    long pos=(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]           
+    //string seq_ref;
+    a_read.is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        a_read.is_plus_strand=false;
+    }
+    if(a_read.is_plus_strand){
+        a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len);
+    }
+    else{
+        a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len);
+    }
+    a_read.bpos=pos;
+    a_read.seq_read=a_read.seq_ref;
+    return true;
+}
+
+bool art::next_pair_read(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+    int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+        fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    }
+    long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+    long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+    bool is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        is_plus_strand=false;
+    }
+    if(is_plus_strand){
+        read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len);
+        read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len);
+    }
+    else{
+        read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len);
+        read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len);
+    }
+    read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+    read_1.bpos=pos_1;
+    read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+    read_2.bpos=pos_2;
+    return true;
+}
+
+bool art::next_pair_read_indel(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+    int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+        fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    }
+    long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+    long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+    int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+    int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);   
+    bool is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        is_plus_strand=false;
+    }
+    if(is_plus_strand){
+        read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+        read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    else{
+        read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+        read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+    read_1.bpos=pos_1;
+    read_1.ref2read();
+    read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+    read_2.bpos=pos_2;
+    read_2.ref2read();
+    //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+    return true;
+}
+//second read is reverse complemenaty strand 
+bool art::next_pair_read_indel_cmp(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+    int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+        fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    }
+    long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+    //long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+    long pos_2=ref_seq.length()-pos_1-fragment_len;
+    int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+    int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);   
+    bool is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        is_plus_strand=false;
+    }
+    if(is_plus_strand){
+        read_1.is_plus_strand=true;
+        read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1); 
+        read_2.is_plus_strand=false;
+//      pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+        read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    else{
+        read_1.is_plus_strand=false;
+        read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+//      pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+        read_2.is_plus_strand=true;
+        read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    read_1.bpos=pos_1;
+    read_1.ref2read();
+    read_2.bpos=pos_2;
+    read_2.ref2read();
+    //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+    return true;
+}
+//
+
diff --git a/art_SOLiD_src/readSeqFile.cpp b/art_SOLiD_src/readSeqFile.cpp
new file mode 100644
index 0000000..b6d018b
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/readSeqFile.cpp
@@ -0,0 +1,134 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_SOLiD -- Artificial Read Transcriber 
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <time.h>
+#include <math.h>
+#include <string>
+#include <vector>
+#include <algorithm>
+#include <functional>
+#include <iostream>
+#include <fstream>
+#include <sstream>
+
+using namespace std;
+
+
+#include "readSeqFile.h"
+
+readSeqFile::readSeqFile(){
+    fileName = (char*) "";
+}
+readSeqFile::readSeqFile(char* file_name){
+    fileName = file_name;
+    infile.open(fileName);
+    if(! infile.is_open()){
+        cerr<<"the file: "<<file_name<<" can not be opened"<<endl;
+        exit(0);
+    }
+}
+
+readSeqFile::~readSeqFile(){
+    if(infile.is_open()){
+        infile.close();
+    }
+}
+
+//read next num_next seq in fast format 
+int readSeqFile::next_seq(vector<string>& nextid, vector<string>& nextseq, int num_next)
+{
+    if(!infile.is_open()){
+        cerr<<"There is not open file"<<endl;
+        return 0;
+    }
+    string geneID="";
+    string geneSEQ="",tmpString="";
+    char tempChar;
+    int numSeq=0;
+    while(!infile.eof() && numSeq<num_next){
+        tempChar = 'a'; 
+        while(tempChar!='>' && !infile.eof() ){
+            infile.get(tempChar);
+        }
+        if(tempChar!='>'){
+            continue;
+        }
+        getline(infile,geneID);	
+        if(geneID.length()<1){
+            continue;
+        }
+        while((!infile.eof()) && (infile.peek()!='>')){ 
+            tmpString.clear();
+            getline(infile,tmpString);
+            geneSEQ.append(tmpString);
+        }
+        nextseq.push_back(geneSEQ);
+        nextid.push_back(geneID);
+        geneSEQ.clear();
+        geneID.clear();
+        numSeq++;
+    }
+    return numSeq;	
+}
+
+int readSeqFile::next_seq(vector<string>& nextid,vector<string>& nextseq)
+{
+    return next_seq(nextid, nextseq,1);
+}
+//read in one seq
+int readSeqFile::next_seq(string& geneID,string& geneSEQ){
+    if(!infile.is_open()){
+        cerr<<"There is not open file"<<endl;
+        return 0;
+    }
+    geneSEQ.clear();
+    string tmpString="";
+    char tempChar;
+    int numSeq=0;
+    //stringstream tmpseq;
+    while(!infile.eof() && numSeq==0){
+        tempChar = 'a'; //tempChar is not '>'
+        while(tempChar!='>' && !infile.eof() ){
+            infile.get(tempChar);
+        }
+        if(tempChar!='>'){
+            continue;
+        }
+        getline(infile,geneID);	
+        if(geneID.length()<1){
+            continue;
+        }
+        while((!infile.eof()) && (infile.peek()!='>')){ 
+            tmpString.clear();
+            getline(infile,tmpString);
+            geneSEQ.append(tmpString);//v1.1 change from "geneSEQ.append(tmpString)":
+        }
+        numSeq++;
+    }
+    return numSeq;
+}
+
+//close opened file and open another file
+bool readSeqFile::reSetFile(char* file_name){
+    if(infile.is_open()){
+        infile.close();
+    }
+    infile.open(file_name);
+    if(! infile.is_open()){
+        cerr<<"the file: "<<file_name<<" can not be opened";
+        return false;
+    }
+    return true;
+
+}
+
+//set pointer to begining
+bool readSeqFile::restart(){
+    infile.clear();
+    infile.seekg(0, ios::beg);
+    return true;
+}
diff --git a/art_SOLiD_src/readSeqFile.h b/art_SOLiD_src/readSeqFile.h
new file mode 100644
index 0000000..398613f
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/readSeqFile.h
@@ -0,0 +1,29 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_SOLiD -- Artificial Read Transcription 
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+#pragma once
+
+#include <vector>
+#include <fstream>
+#include <string>
+using namespace std;
+
+class readSeqFile{
+  private:
+      char* fileName;
+      ifstream infile;
+  public:
+      readSeqFile(char* file_name);
+      readSeqFile();
+      ~readSeqFile();
+      //close opened file and open another file
+      bool reSetFile(char* file_name);
+  	  //read next num_next seq in fasta format
+      int next_seq(vector<string>& nextid,vector<string>& nextseq, int num_next);
+      int next_seq(vector<string>& nextid,vector<string>& nextseq);
+      int next_seq(string& geneID,string& geneSEQ);
+      //set pointer to begining
+      bool restart();
+ 
+};
diff --git a/art_SOLiD_src/read_SOLiD.cpp b/art_SOLiD_src/read_SOLiD.cpp
new file mode 100644
index 0000000..b4a3144
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/read_SOLiD.cpp
@@ -0,0 +1,530 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART -- Assembly Read Transcriber  
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#include <algorithm>
+#include "read_SOLiD.h"
+
+SOLiDread::SOLiDread(string profile_file){
+       	double error_1st []={};
+       	double error_2nd[]={};
+       	//color space to sequence
+	cs2seq['a']['0'] = 'a';
+       	cs2seq['a']['1'] = 'c';
+       	cs2seq['a']['2'] = 'g';
+       	cs2seq['a']['3'] = 't';
+        cs2seq['c']['0'] = 'c';
+        cs2seq['c']['1'] = 'a';
+        cs2seq['c']['2'] = 't';
+        cs2seq['c']['3'] = 'g';
+        cs2seq['g']['0'] = 'g';
+        cs2seq['g']['1'] = 't';
+        cs2seq['g']['2'] = 'a';
+        cs2seq['g']['3'] = 'c';
+        cs2seq['t']['0'] = 't';
+        cs2seq['t']['1'] = 'g';
+        cs2seq['t']['2'] = 'c';
+        cs2seq['t']['3'] = 'a';
+        //sequence to color space
+        seq2cs['a']['a'] = '0';
+        seq2cs['a']['c'] = '1';
+        seq2cs['a']['g'] = '2';
+        seq2cs['a']['t'] = '3';
+        seq2cs['c']['c'] = '0';
+        seq2cs['c']['a'] = '1';
+        seq2cs['c']['t'] = '2';
+        seq2cs['c']['g'] = '3';
+        seq2cs['g']['g'] = '0';
+        seq2cs['g']['t'] = '1';
+        seq2cs['g']['a'] = '2';
+        seq2cs['g']['c'] = '3';
+        seq2cs['t']['t'] = '0';
+        seq2cs['t']['g'] = '1';
+        seq2cs['t']['c'] = '2';
+        seq2cs['t']['a'] = '3';
+	if(profile_file.empty()){
+	       	istringstream  in_profile;
+	       	in_profile.str(abSOLiD_PROFILE);
+	       	read_error_profile(in_profile);
+	       	in_profile.clear();
+	}
+	else if(profile_file=="pseudo"){
+	       	istringstream  in_profile;
+	       	in_profile.str(pseudo_PROFILE);
+	       	read_error_profile(in_profile);
+	       	in_profile.clear();
+	}
+	else{
+	       	read_error_profile(profile_file);
+	}
+};
+
+
+int SOLiDread::get_indel(int read_len){
+    //if(ins_rate.size()>=read_len) {cerr<<"fatal error\n";  exit(1)};
+    int ins_len=0, del_len=0;
+    //deletion
+//  char base_type[4]={'a','c','g','t'};
+    char base_type[4]={'0','1','2','3'}; //color space
+    for(int i=(int)del_rate.size()-1; i>=0; i--){
+        if(del_rate[i]>=r_prob()){
+            del_len=i+1;
+            for(int j=i; j>=0;){
+                int pos=(int) floor((read_len-1)*r_prob()); //invalid deletion positions: 0 or read_len-1 as these deletions are not shown in reads
+                if(pos==0) continue;
+                if(indel.count(pos)==0){
+                    indel[pos]='-';
+                    j--;
+                }
+            }
+            break;
+        }
+    }
+
+    for(int i=ins_rate.size()-1; i>=0; i--){
+        if(ins_rate[i]>=r_prob()){
+            ins_len=i+1;
+            for(int j=i; j>=0;){
+                int pos=(int) floor(r_prob()*read_len);
+                if(indel.count(pos)==0){
+                    short base=(short)ceil(r_prob()*4);
+		    indel[pos]=base_type[base-1];
+//                    switch(base){
+//                                case 1:
+//                                    indel[pos]='a';   break;
+//                                case 2:
+//                                    indel[pos]='c';   break;
+//                                case 3:
+//                                    indel[pos]='g';   break;
+//                                case 4:
+//                                    indel[pos]='t';  
+//                    }
+                    j--;
+                }
+            }
+            break;
+        }
+    }
+    return (ins_len-del_len);
+};
+
+void SOLiDread::ref2read(){
+    if(indel.size()==0){
+        seq_read=seq_ref;
+        return;
+    }
+    seq_read.clear();
+    int k=0;
+    for(size_t i=0; i<seq_ref.size();){
+        //cout<<i<<"\t"<<k<<endl;
+        if(indel.count(k)==0){
+            seq_read.push_back(seq_ref[i]); i++; k++; 
+        }
+        else if(indel[k]=='-'){
+            i++;k++;
+        }
+        else{
+            seq_read.push_back(indel[k]); k++;
+        }
+    }
+    while(indel.count(k)>0){
+        seq_read.push_back(indel[k]);
+        k++;
+    }
+}
+
+bool SOLiDread::read_error_profile(string infile_profile){
+       	ifstream input(infile_profile.c_str(), ifstream::in);
+       	if(!input) { cerr<<"can not open error profile file: "<<infile_profile<<endl; exit(1); }
+	else{
+	       	read_error_profile(input);
+	}
+       	return false;
+};
+
+//read position and color dependent error profile for paired-end reads
+bool SOLiDread::read_error_profile(istream& input){
+       	//1	A	C	0.001491472	0.003540099
+	int last_read_pos=1;
+       	int read_pos;
+       	map <char, base_quality> aMAP;
+       	short k=0;
+       	base_quality bq;
+       	char cur_base;
+       	while(!input.eof()){
+	       	string aLine;
+	       	getline(input, aLine);
+	       	if(aLine.length()==0) continue;
+	       	if(aLine[0]=='#') continue;
+	       	if(aLine[0]=='*') break;
+	       	istringstream ss(aLine);
+	       	ss>>read_pos;
+	       	if(last_read_pos<read_pos){
+		       	error_profile.push_back(aMAP);
+		       	aMAP.clear();
+		       	last_read_pos=read_pos;
+	       	}
+//cerr<<read_pos<<"\t"<<error_profile.size()<<endl; 
+	       	if(read_pos!=error_profile.size() && (read_pos-1)!=(int)error_profile.size()){
+		       	cerr<<"Fatal error (1): wrong format of error profile"<<endl;
+		       	cerr<<aLine<<endl;
+		       	exit(1);
+	       	} 
+		char right_b, wrong_b; 
+		double error_rate[2]={0, 0}; //prob_error_1st,  prob_error_2nd,  quality_1st,  quality_2nd,  
+		ss >> right_b; right_b=tolower(right_b);
+	       	ss >> wrong_b; wrong_b=tolower(wrong_b);
+	       	ss >> error_rate[0];
+	       	if (! (ss >> error_rate[1])){
+		       	cerr<<"Fatal error (2): wrong format of error profile"<<endl;
+		       	cerr<<aLine<<endl;
+		       	exit(1);
+	       	}
+		if(right_b == wrong_b){
+		       	cerr<<"Fatal error (3): wrong format input color base (correct color=wrong color)"<<endl;
+		       	cerr<<"\t"<<aLine<<endl;
+		       	exit(1);
+	       	}
+	       	if(k==0){
+		       	cur_base=right_b;
+	       	}
+	       	else{
+		       	if(cur_base!=right_b){
+			       	cerr<<"Fatal error (3): number of error type is wrong"<<endl;
+			       	cerr<<"\t"<<aLine<<endl;
+			       	exit(1);
+		       	} 
+			//cumulative error rate;
+			error_rate[0]+=bq.error_prob[0][k-1];
+			error_rate[1]+=bq.error_prob[1][k-1];
+		}
+
+		bq.error_color[k] = wrong_b;
+		bq.error_prob[0][k]=error_rate[0];
+		bq.error_prob[1][k]=error_rate[1];
+
+		if(k==2){
+		       	aMAP[right_b]=bq;
+			aMAP[right_b].qual[0]=-10*log10(bq.error_prob[0][2]);
+			//aMAP[right_b][1].prob=bq[1].error_prob[2];
+			aMAP[right_b].qual[1]=-10*log10(bq.error_prob[1][2]);
+		       	k=0;
+	       	}
+	       	else{
+		       	k++;
+	       	}
+       	}
+       	if(error_profile.size()>0) return true;
+       	else return false;
+}
+
+void SOLiDread::ini_ran_qual(unsigned int r_seed){
+       	gsl_rng_default_seed=r_seed;
+       	const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+       	gsl_p_1st.push_back(gsl_rng_alloc(rndT));
+       	gsl_p_1st.push_back(gsl_rng_alloc(rndT));
+}
+
+void SOLiDread::ini_ran_qual(){
+       	gsl_rng_default_seed=(unsigned int)time(NULL);
+       	const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+       	gsl_p_1st.push_back(gsl_rng_alloc(rndT));
+       	gsl_p_1st.push_back(gsl_rng_alloc(rndT));
+} 
+
+void SOLiDread::set_rate(int read_len, double p, int max_num, vector <double>& rate){
+       	rate.resize(max_num);
+       	for(size_t i=1; i<=max_num; i++){
+	       	rate[i-1]= gsl_cdf_binomial_Q(i, p, read_len);
+       	}
+}
+
+//convert base-space to color space, and incorporate sequencing errors
+void SOLiDread::convert_seq2cs(string& c_space, vector<short>& qual, map<int,char>& error_pos, bool is_F3){ 
+	int len=seq_ref.length();
+	if(len==0) return;
+	error_pos.clear();
+	short n=0;
+	if(!is_F3) n=1;
+	c_space.resize(len);
+	qual.resize(len);
+	//first reads always start with 'T', while 2nd reads start with 'G'
+	char lastchar='t';
+	if(!is_F3) lastchar='g';
+	char achar=tolower(seq_ref[0]); 
+	char nchar=seq2cs[lastchar][achar];
+       	qual[0]=gsl_ran_poisson(gsl_p_1st[n], error_profile[0][achar].qual[n]);
+       	if(qual[0]>max_qual_value) qual[0]=max_qual_value;
+       	double p=r_prob();
+       	if(p < prob_err[qual[0]]){ 
+		p *= prob_err[qual[0]]/error_profile[0][achar].error_prob[n][2]; //scale p to match orignial error probability 
+		if(p <error_profile[0][achar].error_prob[n][0]){
+		       	c_space[0]=error_profile[0][achar].error_color[0];
+	       	}
+	       	else if(p < error_profile[0][achar].error_prob[n][1]){
+		       	c_space[0]=error_profile[0][achar].error_color[1];
+	       	}
+	       	else{
+		       	c_space[0]=error_profile[0][achar].error_color[2];
+	       	}
+	       	c_space[0]=seq2cs[lastchar][c_space[0]];
+	       	error_pos[0]=nchar;
+       	}
+       	else{
+	       	c_space[0]=nchar;
+       	}
+
+	for(int i=1; i<len; i++){ 
+		achar=tolower(seq_ref[i]); 
+		//if(i>0) lastchar=tolower(seq_ref[i-1]);
+		lastchar=tolower(seq_ref[i-1]);
+		nchar=seq2cs[lastchar][achar];
+		qual[i]=gsl_ran_poisson(gsl_p_1st[n], error_profile[i][nchar].qual[n]);
+		if(qual[i]>max_qual_value) qual[i]=max_qual_value;
+		double p=r_prob();
+	       	if(p < prob_err[qual[i]]){ 
+			p *= prob_err[qual[i]]/error_profile[i][nchar].error_prob[n][2]; //scale p to match orignial error probability 
+			if(p <error_profile[i][nchar].error_prob[n][0]){
+			      	c_space[i]=error_profile[i][nchar].error_color[0];
+			}
+			else if(p < error_profile[i][nchar].error_prob[n][1]){
+			       	c_space[i]=error_profile[i][nchar].error_color[1];
+			}
+			else{
+			       	c_space[i]=error_profile[i][nchar].error_color[2];
+			}
+		       	error_pos[i]=nchar;
+		}
+		else{
+		       	c_space[i]=nchar;
+		}
+	}
+}
+
+//convert base-space to color space
+void SOLiDread::convert_seq2cs(string& b_space, string& c_space){ 
+	int len=b_space.length();
+	if(len==0) return;
+	c_space.resize(len);
+	c_space[0]=seq2cs['t'][tolower(b_space[0])];
+       	for(int i=1; i<len; i++){
+		c_space[i]=seq2cs[tolower(b_space[i-1])][tolower(b_space[i])];
+       	}
+}
+
+//convert color space to base space
+void SOLiDread::convert_cs2seq(string& c_space,  string& b_space, char base1st){ 
+	int len=c_space.length();
+	if(len==0) return;
+	b_space.resize(len);
+	b_space[0]=cs2seq[base1st][c_space[0]];
+       	for(int i=1; i<len; i++){
+		b_space[i]=cs2seq[b_space[i-1]][c_space[i]];
+       	}
+}
+
+char SOLiDread::rand_base(){
+       	short base=(short)ceil(r_prob()*4);
+        switch(base){
+            case 1:
+                return 'a';
+            case 2:
+                return 'c';
+            case 3:
+                return 'g';
+            case 4:
+                return 't';  
+            default:
+		cerr<<"system error.";
+                exit(1); 
+        }
+}
+
+bool SOLiDread::get_aln(string& aln_read, string& aln_ref){
+       	if(indel.size()==0) return false;
+        map<int,char,less<int> >::iterator it;
+        aln_read=seq_read; aln_ref=seq_ref;
+        for(it=indel.begin(); it!=indel.end(); it++){
+            if(it->second!='-'){
+                aln_ref.insert(it->first,1,'-');
+            }
+            else{
+                aln_read.insert(it->first,1,'-');
+            }
+        }
+        return true;
+}
+
+//based on based on calibrated position-depended error rates
+int SOLiDread::add_calib_error_1st(){
+       	int num=0;
+        for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+            if(r_prob()<cal_err_rate_1st[i]){
+                char achar=seq_read[i];
+                while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+                seq_read[i]=achar;
+                substitution[i]=achar;
+                num++;
+            }
+        }
+        return num;
+}
+
+int SOLiDread::add_calib_error_2nd(){
+        int num=0;
+        for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+            if(r_prob()<cal_err_rate_2nd[i]){
+                char achar=seq_read[i];
+                while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+                seq_read[i]=achar;
+                substitution[i]=achar;
+                num++;
+            }
+        }
+        return num;
+}
+
+//based on calibrated position-depended error rates
+int SOLiDread::add_calib_error_1st(vector<short>&qual){
+        int num=0;
+        if(qual.size()<seq_read.size()) qual.resize(seq_read.size());
+        for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+          int q=gsl_ran_poisson(gsl_p_1st[i],cal_qual_1st[i]);
+          qual[i]=q;
+          if(r_prob()<prob_err[q]){
+                char achar=seq_read[i];
+                while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+                seq_read[i]=achar;
+                substitution[i]=achar;
+                num++;
+            }
+        }
+        return num;
+}
+
+int SOLiDread::add_calib_error_2nd(vector<short>&qual){
+       	int num=0;
+        if(qual.size()<seq_read.size()) qual.resize(seq_read.size());
+        for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+          int q=gsl_ran_poisson(gsl_p_2nd[i],cal_qual_2nd[i]);
+          qual[i]=q;
+          if(r_prob()<prob_err[q]){
+                char achar=seq_read[i];
+                while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+                seq_read[i]=achar;
+                substitution[i]=achar;
+                num++;
+            }
+        }
+        return num;
+}
+
+
+int SOLiDread::add_calib_error_1st_stat(vector<short>&err_pos){
+        int num=0;
+        for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+            if(r_prob()<cal_err_rate_1st[i]){
+              err_pos[i]=1;
+                char achar=seq_read[i];
+                while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+                seq_read[i]=achar;
+                substitution[i]=achar;
+                num++;
+            }
+        }
+        return num;
+};
+
+int SOLiDread::add_calib_error_2nd_stat(vector<short>&err_pos){
+        int num=0;
+        for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+            if(r_prob()<cal_err_rate_2nd[i]){
+              err_pos[i]=1;
+                char achar=seq_read[i];
+                while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+                seq_read[i]=achar;
+                substitution[i]=achar;
+                num++;
+            }
+        }
+        return num;
+};
+
+
+//based on empirical dist of quali scores
+int SOLiDread::add_error(vector<short>&qual){
+       	if(qual.size()!=seq_read.size()){
+            cerr<<"error call in adding substitution\n";
+            //cerr<<qual.size()<<"\t"<<seq_read.size()<<endl;
+            return 0;
+        }
+        int num=0;
+        for(size_t i=0; i<qual.size(); i++){
+            if(r_prob()<prob_err[qual[i]]){
+                char achar=seq_read[i];
+                while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+                seq_read[i]=achar;
+                substitution[i]=achar;
+                num++;
+            }
+        }
+        return num;
+};
+
+//based on empirical dist of quali scores
+int SOLiDread::add_error_stat(vector<short>&qual, vector<long>&err_pos){
+        if(qual.size()!=seq_read.size()){
+            cerr<<"error call in adding substitution\n";
+            //cerr<<qual.size()<<"\t"<<seq_read.size()<<endl;
+            return 0;
+        }
+        int num=0;
+        for(size_t i=0; i<qual.size(); i++){
+            if(r_prob()<prob_err[qual[i]]){
+              err_pos[i]+=1;
+                char achar=seq_read[i];
+                while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+                seq_read[i]=achar;
+                substitution[i]=achar;
+                num++;
+            }
+        }
+        return num;
+}
+
+//base on bionomial error substitution rate
+int SOLiDread::add_error(int read_len){
+       	int sub_num=0;
+        for(int i=(int)sub_rate.size()-1; i>=0; i--){
+            if(sub_rate[i]>=r_prob()){
+                sub_num=i+1;
+                for(int j=i; j>=0;){
+                    int pos=(int) floor(read_len*r_prob());
+                    if(substitution.count(pos)==0){
+                        char achar=seq_read[pos];
+                        while(seq_read[pos]==achar){ achar=rand_base(); }
+                        substitution[pos]=achar;
+                        seq_read[pos]=achar;
+                        j--;
+                    }
+                }
+                break;
+            }
+        }
+        return sub_num;
+}
+
+
+string SOLiDread::reverse_comp(){
+       	string seq=seq_ref;
+       	reverse(seq.begin(), seq.end());  
+	for(int i=0; i<seq.length(); i++){
+	       	if (seq[i] == 'a') seq[i] = 't';
+	       	else if(seq[i] == 't') seq[i] = 'a';
+	       	else if(seq[i] == 'c') seq[i] = 'g';
+	       	else if(seq[i] == 'g') seq[i] = 'c';
+	       	else seq[i] = 'n';
+       	}
+       	return seq;
+}
+
diff --git a/art_SOLiD_src/read_SOLiD.h b/art_SOLiD_src/read_SOLiD.h
new file mode 100644
index 0000000..f05ba19
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/read_SOLiD.h
@@ -0,0 +1,124 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_SOLiD -- Artificial Read Transcription 
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#pragma once
+
+#include <cmath>
+#include <ctime>
+#include <string>
+#include <iostream>
+#include <fstream>
+#include <sstream>
+#include <vector>
+#include <iterator>
+#include <map>
+#include <cstdio>
+#include <set>
+#include <gsl/gsl_rng.h>
+#include <gsl/gsl_randist.h>
+//#include <gsl/gsl_sys.h>
+//#include <gsl/gsl_machine.h>
+//#include <gsl/gsl_precision.h>
+//#include <gsl/gsl_nan.h>
+//#include <gsl/gsl_pow_int.h>
+#include <gsl/gsl_cdf.h>
+
+//#include "empdist.h"
+#include "utility.hpp"
+
+using namespace std;
+#define max_qual_value 80
+
+class SOLiDread{
+public:
+    static char rand_base();
+    static double prob_err[max_qual_value];
+    static void set_err_prob(){
+        for(int i=0; i<max_qual_value; i++){
+            prob_err[i]=pow(10,-i/(double)10);
+        }
+    };
+ 
+    vector <double> cal_qual_1st;
+    vector <double> cal_qual_2nd;
+    vector<gsl_rng*> gsl_p_1st;
+    vector<gsl_rng*> gsl_p_2nd;
+
+    vector <double> cal_err_rate_1st;
+    vector <double> cal_err_rate_2nd;
+    vector <double> ins_rate; //Bionomial cum_prob gsl_cdf_binomial_Q(unsigned int k, double p, unsigned int n) 
+    vector <double> del_rate; //Binomial
+    vector<double> sub_rate; //Binomial
+
+    //static bool with_indel;
+    int get_indel(int read_len);
+    map<int,char,less<int> > indel;
+    map<int,char> substitution;
+    bool is_plus_strand;
+    unsigned long bpos; //parent
+    string seq_read;
+    string seq_ref;
+
+    map<char, map<char, char> > cs2seq;
+    map<char, map<char, char> > seq2cs;
+    vector< map <char, base_quality> > error_profile;
+
+
+//    SOLiDread();
+    SOLiDread(string profile);
+
+    bool read_error_profile(string infile_profile);
+
+    //read position and color dependent error profile for paired-end reads
+    bool read_error_profile(istream& input);
+    void ini_ran_qual();
+    void ini_ran_qual(unsigned int r_seed);
+    void set_rate(int read_len, double p, int max_num, vector <double>& rate);
+
+    //convert base-space to color space, and incorporate sequencing errors
+    void convert_seq2cs(string& c_space, vector<short>& qual, map<int,char>& error_pos, bool is_F3=true);
+
+    //convert base-space to color space
+    void convert_seq2cs(string& b_space, string& c_space);
+
+    //convert color space to base space
+//    void convert_cs2seq(string& c_space, string& b_space);
+    void convert_cs2seq(string& c_space,  string& b_space, char base1st);
+
+    //string aln_read;
+    //string aln_ref;
+    bool get_aln(string& aln_read, string& aln_ref);
+
+    void ref2read();
+    
+    //based on based on calibrated position-depended error rates
+    int add_calib_error_1st();
+
+    int add_calib_error_2nd();
+
+    //based on calibrated position-depended error rates
+    int add_calib_error_1st(vector<short>&qual);
+    int add_calib_error_2nd(vector<short>&qual);
+
+    int add_calib_error_1st_stat(vector<short>&err_pos);
+    int add_calib_error_2nd_stat(vector<short>&err_pos);
+
+    //based on empirical dist of quali scores
+    int add_error(vector<short>&qual);
+
+    //based on empirical dist of quali scores
+    int add_error_stat(vector<short>&qual, vector<long>&err_pos);
+
+    //base on bionomial error substitution rate
+    int add_error(int read_len);
+    void clear(){
+        indel.clear();
+        substitution.clear();
+        seq_read.clear();
+        seq_ref.clear();
+    };
+
+    string reverse_comp();
+
+};
diff --git a/art_SOLiD_src/samRead.cpp b/art_SOLiD_src/samRead.cpp
new file mode 100644
index 0000000..501094c
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/samRead.cpp
@@ -0,0 +1,138 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription 
+Copyright(c) 2015 Weichun Huang All Rights Reserved.
+_____________________________________________________________________________________________________________
+*/
+
+#include <sstream>
+#include "samRead.h"
+
+
+void samHeader::getRefseqID(char* seqfile){
+       	SN.clear();
+       	LN.clear();
+       	readSeqFile seq_reader(seqfile); 
+	string id, seq;
+       	while(seq_reader.next_seq(id,seq)){ 
+		SN.push_back(id);
+	       	LN.push_back(seq.size());
+	       	seq.clear();
+       	}
+//       	seq_reader.~readSeqFile();
+}
+
+void samHeader::printHeader(ostream& fout){
+       	if(SN.size()!=LN.size()){
+	       	cerr<<"fatal error in determining the number of sequences"<<endl;
+	       	exit(1);
+       	}
+       	fout<<"@HD\t"<<"VN:"<<VN<<"\tSO:"<<SO<<endl;
+       	for(size_t i=0; i<SN.size(); i++){
+	       	fout<<"@SQ\t"<<"SN:"<<SN[i]<<"\tLN:"<<LN[i]<<endl;
+       	}
+       	fout<<"@PG\t"<<"ID:"<<ID<<"\tPN:"<<PN<<"\tCL:"<<CL<<endl;
+}
+
+void samHeader::printAlnHeader(ostream& fout){
+       	if(SN.size()!=LN.size()){
+	       	cerr<<"fatal error in determining the number of sequences"<<endl;
+	       	exit(1);
+       	}
+       	fout<<"@CM\t"<<CL<<endl;
+       	for(size_t i=0; i<SN.size(); i++){
+	       	fout<<"@SQ\t"<<SN[i]<<"\t"<<LN[i]<<endl;
+       	}
+       	fout<<"##Header End"<<endl;
+}
+
+//make sure flag set before call getCigar
+void samRead::getCigar(string & aln_ref, string& aln_read, bool use_M){
+	if(aln_ref.length()!=aln_read.length()){
+		cerr<<"fatal error: wrong alignment"<<endl;
+		exit(1);
+	}
+//	vector<char> cType; 
+//	vector<int> len; 
+	cigar="";
+	
+	char t, t2;
+	int k=0;
+	if(flag & 0x10){ //reverse complement SEQ 
+		int ins_len=0, del_len=0;
+		for(int i=aln_ref.length()-1; i>=0; i--){
+		       	if(aln_ref[i]==aln_read[i]){
+			       	t='=';
+				if (use_M) t='M';
+		       	}
+		       	else if(aln_ref[i]=='-'){
+			       	t='I';
+				ins_len++;
+		       	}
+		       	else if(aln_read[i]=='-'){
+			       	t='D';
+				del_len++;
+		       	}
+		       	else{
+			       	t='X';
+				if (use_M) t='M';
+		       	}
+		       	if(t!=t2 && k>0){
+			       	//			cType.push_back(t2);
+				//			len.push_back(k);
+				ostringstream oss;
+			       	oss<<k<<t2;
+			       	cigar.append(oss.str());
+			       	k=0;
+		       	}
+		       	k++; t2=t;
+	       	}
+		pos-=del_len-ins_len; //adjust start position
+	}
+	else{ 
+		for(int i=0; i<aln_ref.length(); i++){
+		       	if(aln_ref[i]==aln_read[i]){
+			       	t='=';
+				if (use_M) t='M';
+		       	}
+		       	else if(aln_ref[i]=='-'){
+			       	t='I';
+		       	}
+		       	else if(aln_read[i]=='-'){
+			       	t='D';
+		       	}
+		       	else{
+			       	t='X';
+				if (use_M) t='M';
+		       	}
+		       	if(t!=t2 && k>0){
+			       	//			cType.push_back(t2);
+				//			len.push_back(k);
+				ostringstream oss;
+			       	oss<<k<<t2;
+			       	cigar.append(oss.str());
+			       	k=0;
+		       	}
+		       	k++; t2=t;
+	       	}
+	}
+       	ostringstream oss;
+       	oss<<k<<t2;
+	cigar.append(oss.str());
+}
+
+void samRead::reverse_comp(){
+       	reverse(seq.begin(), seq.end());  
+	reverse(qual.begin(), qual.end());  
+	for(int i=0; i<seq.length(); i++){
+	       	if (seq[i] == 'a') seq[i] = 't';
+	       	else if(seq[i] == 't') seq[i] = 'a';
+	       	else if(seq[i] == 'c') seq[i] = 'g';
+	       	else if(seq[i] == 'g') seq[i] = 'c';
+	       	else seq[i] = 'n';
+       	}
+}
+
+void samRead::printRead(ostream& fout){
+       	fout<<qname<<"\t"<<flag<<"\t"<<rname<<"\t"<<pos<<"\t"<<mapQ<<"\t"<<cigar<<"\t"<<rNext<<"\t"<<pNext<<"\t"<<tLen<<"\t"<<seq<<"\t"<<qual<<endl;
+}
diff --git a/art_SOLiD_src/samRead.h b/art_SOLiD_src/samRead.h
new file mode 100644
index 0000000..86bd8fb
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/samRead.h
@@ -0,0 +1,73 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription 
+Copyright(c) 2015 Weichun Huang All Rights Reserved.
+_____________________________________________________________________________________________________________
+*/
+#pragma once
+
+#include <cmath>
+#include <string>
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <iterator>
+#include <map>
+#include <cstdio>
+#include <set>
+#include <algorithm>
+#include "readSeqFile.h"
+
+using namespace std;
+
+
+
+class samHeader{
+	public:
+		samHeader(){ 
+			VN="1.4";
+		       	SO="unsorted";	
+		}
+
+	       	//@HD
+		string VN; //=1.4
+	       	string SO; //=unsorted	
+
+		//@SQ
+		vector<string> SN;
+	       	vector<long> LN;
+		
+	       	//@PG
+		string ID;
+	       	string PN;
+	       	string CL;
+
+		void getRefseqID(char* seqfile);
+		void printHeader(ostream& fout);
+		void printAlnHeader(ostream& fout);
+};
+
+class samRead{
+
+	public:
+		samRead(){
+			flag=0;
+			mapQ=99;
+		       	rNext="*";
+		       	pNext=0;
+			tLen=0;
+		};
+		string qname;
+		int flag;
+		string rname;
+		long pos;
+		short mapQ;
+		string cigar;
+		string rNext;
+		long pNext;
+		int tLen;
+		string seq;
+		string qual;
+	       	void reverse_comp();
+		void getCigar(string & aln_ref, string& aln_read, bool use_M=false);
+		void printRead(ostream& fout);
+};
diff --git a/art_SOLiD_src/utility.hpp b/art_SOLiD_src/utility.hpp
new file mode 100644
index 0000000..5c7da4f
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/utility.hpp
@@ -0,0 +1,22 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_SOLiD -- Assembly Read Transcriber 
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#include <cmath>
+#include <ctime>
+using namespace std;
+
+#define abSOLiD_PROFILE "1	A	C	0.001491472	0.003540099\n1	A	G	0.0005228	0.001881661\n1	A	T	0.003993545	0.001631635\n1	C	A	0.00084175	0.001688864\n1	C	G	0.00017073	0.001217646\n1	C	T	0.001824878	0.001543672\n1	G	A	0.011333555	0.018190343\n1	G	C	0.014223573	0.00469467\n1	G	T	0.041205956	0.004096364\n1	T	A	0.000668773	0.001219377\n1	T	C	0.000637655	0.00193854\n1	T	G	0.000275589	0.000919703\n2	0	1	0.001041867	0.002030822\n2	0	2	0.013801504	0.007512114\n2	0	3	0.001716858	0.001620399\n2	1	0	0. [...]
+#define pseudo_PROFILE "1	A	C	0.001491472	0.003540099\n1	A	G	0.0005228	0.001881661\n1	A	T	0.003993545	0.001631635\n1	C	A	0.00084175	0.001688864\n1	C	G	0.00017073	0.001217646\n1	C	T	0.001824878	0.001543672\n1	G	A	0.011333555	0.018190343\n1	G	C	0.014223573	0.00469467\n1	G	T	0.041205956	0.004096364\n1	T	A	0.000668773	0.001219377\n1	T	C	0.000637655	0.00193854\n1	T	G	0.000275589	0.000919703\n2	0	1	0.00104186	0.00203082\n2	0	2	0.01380150	0.00751211\n2	0	3	0.00171685	0.00162039\n2	1	0	0.0010255 [...]
+
+inline double r_prob(){
+    return rand()/(double)RAND_MAX;
+};
+
+struct base_quality{
+	double qual[2]; //quality score =-10log10(error_prob[2]) =-10log10(prob)
+	char error_color[3]; //error color 	
+	double error_prob[2][3]; //cumulative error probability	
+};
+
+
diff --git a/art_illumina_README b/art_illumina_README
new file mode 100644
index 0000000..22dd725
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_README
@@ -0,0 +1,325 @@
+ART_ILLUMINA  README (updated on 03/09/2015) Weichun Huang at whduke at gmail.com                              
+ART_Illumina (2008-2015), Q Version 2.3.6 (Mar 9, 2015)                      
+
+DESCRIPTION
+
+	ART (art_Illumina Q version) is a simulation program to generate sequence read data of Illumina
+       	sequencers. ART generates reads according to the empirical read quality profile summarized from
+       	large real read data. ART has been using for testing or benchmarking a variety of methods or tools
+       	for next-generation sequencing data analysis, including read alignment, de novo assembly, detection
+        of SNP, CNV, or other structure variation.
+
+	art_Illumina can generate single-end, paired-end,  mate-pair reads, and amplicon sequencing simulation
+       	of Illumina sequencing platform. Its outputs include FASTQ read, ALN and/or SAM alignment files. ALN
+       	files can also be converted to UCSC BED files by using aln2bed.pl program included. 
+
+	art_Illumina comes with the tool art_profiler_illumina that can generate quality profiles from Illumina
+        sequencing data in the fastq format. The tool is in the folder ART_profiler_illumina. Please see README
+       	in the folder for the details and usage.
+
+COMPILATION AND INSTALLATION
+
+	PREREQUISITES: 
+
+		1) GNU g++ 4.0 or above (http://gcc.gnu.org/install) 
+		2) GNU gsl library (http://www.gnu.org/s/gsl/)
+
+	COMPILATION & INSTALLATION
+		1) add gsl library installation directory to compiler's search path
+
+	       	If your GSL library is not installed in system standard search path, your GSL installation 
+		directory need to be added to gcc/g++ complier FLAGS. You can find your gsl installation path by
+	       	running the command "gsl-config —prefix” in your terminal window. gsl is typically installed under
+		path /usr/local or /opt/local in MacOS X. You can add your gsl installation path to g++ searching
+	       	path by running the following command:
+
+		export CFLAGS="$CFLAGS -I/opt/local/include" CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I/opt/local/include" LDFLAGS="$LDFLAGS -L/opt/local/lib"
+		export CFLAGS="$CFLAGS -I/usr/local/include" CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I/usr/local/include" LDFLAGS="$LDFLAGS -L/usr/local/lib"
+
+		2) compile and install 
+
+		./configure --prefix=$HOME
+	       	make
+	       	make install
+
+EXAMPLES
+
+	In the "examples" subdirectory, the shell script "run_test_examples_illumina.sh" gives four examples of using
+       	ART for read simulation.  To test these four examples, just run the script "run_test_examples_illumina.sh"
+
+USAGE
+	RECOMMENDED USAGES (specifying a sequencing system, a new feature)
+	art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -f <fold_coverage> -ss <sequencing_system> -o <outfile_prefix>
+	art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -f <fold_coverage> -ss <sequencing_system> -m <mean_fragsize> -s <std_fragsize> -o <outfile_prefix>
+
+	OTHER USAGES
+	art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -f <fold_coverage> -o <outfile_prefix>
+	art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -c <total_num_reads> -o <outfile_prefix>
+	art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -f <fold_coverage> -m <mean_fragsize> -s <std_fragsize> -o <outfile_prefix>
+	art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -c <total_num_reads> -m <mean_fragsize> -s <std_fragsize> -o <outfile_prefix>
+	
+	===== PARAMETERS =====
+	
+	  -1   --qprof1   the first-read quality profile
+	  -2   --qprof2   the second-read quality profile
+	  -amp --amplicon amplicon sequencing simulation
+	  -c   --rcount   total number of reads/read pairs to be generated [per amplicon if for amplicon simulation](not be used together with -f/--fcov)
+	  -d   --id       the prefix identification tag for read ID
+	  -ef  --errfree  indicate to generate the zero sequencing errors SAM file as well the regular one
+	                  NOTE: the reads in the zero-error SAM file have the same alignment positions
+	                  as those in the regular SAM file, but have no sequencing errors
+	  -f   --fcov     the fold of read coverage to be simulated or number of reads/read pairs generated for each amplicon
+	  -h   --help     print out usage information
+	  -i   --in       the filename of input DNA/RNA reference
+	  -ir  --insRate  the first-read insertion rate (default: 0.00009)
+	  -ir2 --insRate2 the second-read insertion rate (default: 0.00015)
+	  -dr  --delRate  the first-read deletion rate (default:  0.00011)
+	  -dr2 --delRate2 the second-read deletion rate (default: 0.00023)
+	  -l   --len      the length of reads to be simulated
+	  -m   --mflen    the mean size of DNA/RNA fragments for paired-end simulations
+	  -mp  --matepair indicate a mate-pair read simulation
+	  -nf  --maskN    the cutoff frequency of 'N' in a window size of the read length for masking genomic regions
+	                  NOTE: default: '-nf 1' to mask all regions with 'N'. Use '-nf 0' to turn off masking
+	  -na  --noALN    do not output ALN alignment file
+	  -o   --out      the prefix of output filename
+	  -p   --paired   indicate a paired-end read simulation or to generate reads from both ends of amplicons
+	                  NOTE: art will automatically switch to a mate-pair simulation if the given mean fragment size >= 2000
+	
+	  -q   --quiet    turn off end of run summary
+	  -qs  --qShift   the amount to shift every first-read quality score by 
+	  -qs2 --qShift2  the amount to shift every second-read quality score by
+	                  NOTE: For -qs/-qs2 option, a positive number will shift up quality scores (the max is 93) 
+	                  that reduce substitution sequencing errors and a negative number will shift down 
+	                  quality scores that increase sequencing errors. If shifting scores by x, the error
+	                  rate will be 1/(10^(x/10)) of the default profile.
+	  -rs  --rndSeed  the seed for random number generator (default: system time in second)
+	                  NOTE: using a fixed seed to generate two identical datasets from different runs
+	  -s   --sdev     the standard deviation of DNA/RNA fragment size for paired-end simulations.
+	  -sam --samout   indicate to generate SAM alignment file
+	  -sp  --sepProf  indicate to use separate quality profiles for different bases (ATGC)
+	  -ss  --seqSys   The name of Illumina sequencing system of the built-in profile used for simulation
+	  		  NOTE: sequencing system id names are: 
+			  	GA1  - Genome Analyzer I
+			  	GA2  - Genome Analyzer II
+			  	HS10 - HiSeq 1000
+			  	HS20 - HiSeq 2000
+			  	HS25 - HiSeq 2500 
+			  	MS   - MiSeq
+
+	===== NOTES =====
+	
+	* ART by default selects a built-in quality score profile according to the read length specified for the run.
+	
+	* For single-end simulation, ART requires input sequence file, outputfile prefix, read length, and read count/fold coverage.
+	
+	* For paired-end simulation (except for amplicon sequencing), ART also requires the parameter values of
+	  the mean and standard deviation of DNA/RNA fragment lengths
+	
+	===== EXAMPLES =====
+	
+	 1) single-end read simulation
+	 	art_illumina -sam -i reference.fa -l 150 -ss HS25 -f 10 -o single_dat
+	
+	 2) paired-end read simulation
+	       art_illumina -sam -i reference.fa -p -l 150 -ss HS25 -f 20 -m 200 -s 10 -o paired_dat
+	
+	 3) mate-pair read simulation
+	       art_illumina -sam -i reference.fa -mp -l 50 -f 20 -m 2500 -s 50 -o matepair_dat
+	
+	 4) amplicon sequencing simulation with 5' end single-end reads 
+	 	art_illumina -amp -sam -na -i amp_reference.fa -l 50 -f 10 -o amplicon_5end_dat
+	
+	 5) amplicon sequencing simulation with paired-end reads
+	       art_illumina -amp -p -sam -na -i amp_reference.fa -l 50 -f 10 -o amplicon_pair_dat
+	
+	 6) amplicon sequencing simulation with matepair reads
+	       art_illumina -amp -mp -sam -na -i amp_reference.fa -l 50 -f 10 -o amplicon_mate_dat
+	
+	 7) generate an extra SAM file with zero-sequencing errors for a paired-end read simulation
+	       art_illumina -ef -i reference.fa -p -l 50 -f 20 -m 200 -s 10 -o paired_twosam_dat
+	
+	 8) reduce the substitution error rate to one 10th of the default profile
+	       art_illumina -i reference.fa -qs 10 -qs2 10 -l 50 -f 10 -p -m 500 -s 10 -sam -o reduce_error
+	
+	 9) turn off the masking of genomic regions with unknown nucleotides 'N'
+	       art_illumina -nf 0 -sam -i reference.fa -p -l 50 -f 20 -m 200 -s 10 -o paired_nomask
+	
+	 10) masking genomic regions with >=5 'N's within the read length 50
+	       art_illumina -nf 5 -sam -i reference.fa -p -l 50 -f 20 -m 200 -s 10 -o paired_maskN5
+
+READ QUALITY PROFILE
+
+	TOOL FOR CREATING A NEW QUALITY PROFILE
+
+        art_profiler_illumina in the folder ART_profiler_illumina can generate quality profiles from Illumina
+	fastq data. Please see README in the folder for the usage.
+
+	FORMAT 
+	A valid quality score profile is tab-delimited and has no specific header line. Headers can be included
+       	if each line of extraneous information begins with a number sign(#). Each line of actual quality profile
+       	information must begin with an identifier that indicates where the data comes from for the remainder of
+       	the line. Identifiers include:
+
+		.	The identifier for the combination of all base information.
+		
+		A	The identifier for quality scores associated with A calls only.
+
+		T	The identifier for quality scores associated with T calls only.
+
+		G	The identifier for quality scores associated with G calls only.
+
+		C	The identifier for quality scores associated with C calls only.
+
+
+	Following the identifier on a given line must be the position number indicating where the rest of the
+       	information on that line applies within a given fragment. The data must be arrayed in pairs such that each
+       	line in the pair has the same identifier and position number.  The first line in a pair is a list of quality
+       	scores in ascending order and the second line are the corresponding cumulative frequencies of the quality scores. 
+
+
+	EXAMPLE:
+
+
+	.       0       3       6       7       8       9       10      11      12	13      14      15
+	.       0       39375   355755  395136  415685  1227131 1338634 1522001	1851208 2165909 2436839 2608538
+	...
+	.       35      4       5       6       7       8       9       10      11	12      13      14
+	.       35      434262  1341151 1725690 2979293 3478620 3592624 3672807	3873754 4096922 4983957 6111261
+	A       0       3       6       7       8       9       10      11      12	13      14      15
+	A       0       560     99637   111485  119727  389899  412150  458066  572958	665153  745916  793532
+
+	BUILT-IN PROFILES 
+
+	Under subfolder "Illumina_Profiles" are the read profiles of Illumina GAII sequencers including all
+	ART's built-in profiles as indicated below. 
+      
+	1) Raw quality profiles
+		GA1 36bp reads
+			Emp36R1.txt
+	       		Emp36R2.txt
+
+		GA1 44bp reads
+			Emp44R1.txt
+		       	Emp44R2.txt
+
+		GA2 50bp reads
+	       		Emp50R1.txt
+		       	Emp50R2.txt
+
+		GA2 75bp reads
+	       		Emp75R1.txt
+		       	Emp75R2.txt
+
+		MiSeq 250bp reads (250bp reads)
+       			EmpMiSeq250R1.txt 
+       			EmpMiSeq250R2.txt 
+
+		HiSeq1000 100bp reads 
+	       		Emp100R1.txt
+		       	Emp100R2.txt
+
+		HiSeq2000 100bp reads (the new default profile for 100bp reads)
+		       	HiSeq2kL100R1.txt
+		     	HiSeq2kL100R2.txt
+
+		HiSeq2500 125bp reads 
+			HiSeq2500L125R1.txt
+		       	HiSeq2500L125R2.txt
+
+		HiSeq2500 150bp reads 
+		       	HiSeq2500L150R1.txt
+		       	HiSeq2500L150R2.txt
+
+	2) Recalibrated quality profiles (all these are ART's built-in profiles) 
+
+		36bp reads
+	       		1st: EmpR36R1
+		       	2nd: EmpR36R2
+
+		44bp reads
+	       		1st: EmpR44R1
+		       	2nd: EmpR44R2
+
+	    	50bp reads
+	       		1st: EmpR50R1
+			2nd: EmpR50R2
+
+	    	75 reads
+			1st: EmpR75R1
+			2nd: EmpR75R2
+
+OUTPUT FILES
+
+	*.fq   - FASTQ read data files. For paired‐read simulation, *1.fq contains data of the first reads, and *2.fq for the second reads.
+	*.aln  - read alignment files. For paired‐read simulation, *1.aln has read alignments for the first reads and *2.aln for the second reads.
+
+	FASTQ FILE format 
+		A FASTQ file contains both sequence bases and quality scores of sequencing reads and is in the following format:  
+			@read_id 
+			sequence_read 
+			+ 
+			base_quality_scores 
+	
+		A base quality score is coded by the ASCII code of a single character, where the quality score is equal to ASCII code of the
+       		character minus 33.    
+
+		Example: 
+		@refid-4028550-1 
+		caacgccactcagcaatgatcggtttattcacgat...
+		+ 
+		????????????7?????<??>??=&?<<?-<?0?...
+
+	ALN format 
+		An ALN file has a Header and main Body parts. The header part includes the command used to generate this file and reference
+	       	sequence id and length. The header @CM tag for command line, and @SQ for reference sequence.  A header always starts with 
+		"##ART" and ends with  "##Header End".
+
+		HEADER EXAMPLE
+
+		##ART_Illumina  read_length     35
+		@CM     ../art_illumina -i ./testSeq.fa -o ./single_end_com -l 35 -f 10 -sam -rs 177
+		@SQ     seq1    7207
+	       	@SQ     seq2    3056
+		##Header End
+
+		The body part contains all alignments in the following format 
+
+		>ref_seq_id	read_id	aln_start_pos	ref_seq_strand
+	       	ref_seq_aligned
+	       	read_seq_aligned 
+	
+		aln_start_pos is the alignment start position of reference sequence. aln_start_pos is always relative to the strand of reference
+       		sequence. That is, aln_start_pos 10 in the plus (+) strand is different from aln_start_pos 10 in the minus (‐) stand.  
+	
+		ref_seq_aligned is the aligned region of reference sequence, which can be from plus strand or minus strand of the reference sequence.  
+		read_seq_aligned is the aligned sequence read, which always in the same orientation of the same read in the corresponding fastq file. 
+
+
+	SAM format
+
+       		SAM is a standard format for next-gen sequencing read alignments. The details of the format and examples are available at the links below:	
+		1) http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf
+	       	2) http://genome.sph.umich.edu/wiki/SAM		
+
+	BED format
+
+		See the format at UCSC http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1 
+		
+		NOTE: both ALN and BED format files use 0-based coordinate system while SAM format uses 1-based coordinate system.
+
+ACKNOWLEDGEMENTS
+	I would like to thanks all ART users for their feedback and contributions, especially the users listed below.
+      	Richard Nielson,  DNASTAR
+	Bruno Nevado, CRAG in UAB  
+
+
+
+=======================================ART======================================
+                            ART_Illumina (2008-2015)                            
+                            Q Version 2.3.6 (Mar 5, 2015)                      
+                     Contact: Weichun Huang at whduke at gmail.com                 
+================================================================================
+
+===== USAGE =====
+
+
diff --git a/art_illumina_src/art.h b/art_illumina_src/art.h
new file mode 100644
index 0000000..3b2a006
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/art.h
@@ -0,0 +1,226 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART -- Assembly Read Tagger (Artificial Read Truncator)  
+//Copyright(c) 2008-2014 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#pragma once
+#include <gsl/gsl_rng.h>
+#include <gsl/gsl_randist.h>
+#include <gsl/gsl_sys.h>
+#include <gsl/gsl_machine.h>
+#include <gsl/gsl_precision.h>
+#include <gsl/gsl_nan.h>
+#include <gsl/gsl_pow_int.h>
+
+#include <cmath>
+#include <string>
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <iterator>
+#include <map>
+#include <cstdio>
+#include <set>
+
+
+#include "seqRead.h"
+
+
+using namespace std;
+
+class art{
+public:
+    //art();
+    string ref_seq;
+    string ref_seq_cmp;
+    int read_len;
+    long valid_region;
+    void ini_set(int readLen){
+        read_len=readLen;
+        valid_region=ref_seq.size()-readLen;
+        ref_seq_cmp.resize(ref_seq.size());
+        size_t size=ref_seq.size();
+        for(size_t i=0; i<size; i++){
+//            ref_seq[i]=tolower(ref_seq[i]);
+            ref_seq[i]=toupper(ref_seq[i]);
+            size_t k=size-i-1;
+            switch(ref_seq[i]){
+                case 'A':
+                    ref_seq_cmp[k]='T'; break;
+                case 'C':
+                    ref_seq_cmp[k]='G'; break;
+                case 'G':
+                    ref_seq_cmp[k]='C'; break;
+                case 'T':
+                    ref_seq_cmp[k]='A'; break;
+                default:
+                    ref_seq_cmp[k]='N';
+            }
+        }
+    }
+    bool next_read_indel(seqRead& a_read);
+    bool next_pair_read_indel(seqRead& read_1, seqRead& read_2);
+    bool next_pair_read_indel_cmp(seqRead& read_1, seqRead& read_2);
+    bool next_pair_read_indel_mate(seqRead& read_1, seqRead& read_2);
+    bool next_read(seqRead& a_read);
+
+    bool next_ampread_indel(seqRead& a_read);
+    bool next_pair_ampread_indel_cmp(seqRead& read_1, seqRead& read_2);
+    bool next_matepair_ampread_indel_cmp(seqRead& read_1, seqRead& read_2);
+
+    set <size_t> masked_pos;
+    //region with n
+    void mask_n_region(int max_num_n){
+      masked_pos.clear(); //reset mask position
+      if(ref_seq.size()<read_len) return;
+      int num_n=0;
+      for(int i=0; i<read_len-1; i++){
+        if(ref_seq[i]=='N') num_n++;
+      }
+      for(size_t i=0; i<=ref_seq.size()-read_len; i++){
+        if(ref_seq[i+read_len-1]=='N') num_n++;
+        if(num_n>=max_num_n){ masked_pos.insert(i); 
+        }
+        if(ref_seq[i]=='N') num_n--;
+      }
+    }
+    
+    static gsl_rng* gsl_R;
+    static int gaussain_mean;
+    static double gaussain_sigma;
+
+    static void ini_read_pair_rand(int mean, double sigma){
+        gsl_rng_default_seed=(unsigned int)time(NULL);
+        const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+        gsl_R=gsl_rng_alloc(rndT);
+        gaussain_mean=mean;
+        gaussain_sigma=sigma;
+    }; 
+
+    static void ini_read_pair_rand(int mean, double sigma, unsigned int gseed){
+        gsl_rng_default_seed=gseed;
+        const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+        gsl_R=gsl_rng_alloc(rndT);
+        gaussain_mean=mean;
+        gaussain_sigma=sigma;
+    }; 
+
+
+  
+    static gsl_rng* gsl_g;
+    static gsl_rng* gsl_p;
+    static void ini_bias_model(){
+        gsl_rng_default_seed=(unsigned int)time(NULL);
+        const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+        gsl_g=gsl_rng_alloc(rndT);
+        const gsl_rng_type *rndT2=gsl_rng_default;
+        gsl_p=gsl_rng_alloc(rndT2);
+    }; 
+ 
+    double ave_depth;
+    double para_x1; 
+
+    int get_depth_cov(){ 
+      double depth_rate=ave_depth+para_x1*ave_depth*gsl_ran_gaussian(gsl_g,1);
+      if(depth_rate<0){ depth_rate=0; return 0; }
+      return gsl_ran_poisson (gsl_p, depth_rate);
+    };
+
+    static void free_gsl(){
+      gsl_rng_free(gsl_R);
+      gsl_rng_free(gsl_g);
+      gsl_rng_free(gsl_p);
+    };
+    
+
+    bool next_read_indel_bias(seqRead& a_read){
+      long pos=a_read.bpos;//(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]   
+      int slen=a_read.get_indel(read_len);            
+      a_read.is_plus_strand=true;
+      if(pos+read_len>ref_seq.length()){ 
+        a_read.is_plus_strand=false;
+        pos=ref_seq.length()-pos-1;
+      }
+      else if(r_prob()>0.5){
+        a_read.is_plus_strand=false;
+        pos=ref_seq.length()-pos-read_len;
+      }
+
+      if(a_read.is_plus_strand){
+        a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len-slen);
+      }
+      else{
+        a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len-slen);
+      }
+      a_read.bpos=pos;
+      a_read.ref2read();
+      return true;
+    };
+
+
+    bool next_pair_read_indel_bias(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+      int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+      while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+        fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+      } 
+      long pos_1=read_1.bpos; //(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+      long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+      bool is_plus_strand=true;
+      int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+      int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);   
+
+      if(pos_1+fragment_len>ref_seq.length()){ 
+        pos_2=pos_1-fragment_len+read_len;
+        pos_1=ref_seq.length()-pos_1-1;
+        pos_2=ref_seq.length()-pos_2-1;
+        is_plus_strand=false;
+      }
+      else if(r_prob()>0.5){
+        is_plus_strand=false;
+        pos_1=ref_seq.length()-pos_1-read_len;
+        pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+        long tm_pos=pos_1;
+        pos_1=pos_2;
+        pos_2=tm_pos;
+      }
+
+      if(is_plus_strand){
+        read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+        read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+      }
+      else{
+        read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+        read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+      }
+      read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+      read_1.bpos=pos_1;
+      read_1.ref2read();
+      read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+      read_2.bpos=pos_2;
+      read_2.ref2read();
+      //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+      return true;
+    };
+
+};
+//
+//class ngrs{
+//private:
+//    static const unsigned int LargeNumber=10000;
+//    unsigned int max_branch;
+//    vector < node > tree;
+//    unsigned int depth;
+//    unsigned int time_lambda; //the mean time of between special event in thousand year
+//    unsigned int branch_lambda;
+//    double real_aveRate;
+//    map <int, string> subtree;
+//public:
+//    ngrs(int level, unsigned int tm, double rate, unsigned int branch);
+//    ngrs(int level, unsigned int tm, double rate, unsigned int mean_bch, unsigned int max_bch); 
+//    string getTree();
+//    string getSubTree(int root);
+//    size_t node_count(){ return tree.size(); };
+//    //~ngrs();
+//    //void print(ostream& OUT);
+//    //void addLevel(int );
+//};
+
+
diff --git a/art_illumina_src/art_illumina.cpp b/art_illumina_src/art_illumina.cpp
new file mode 100644
index 0000000..644c5fc
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/art_illumina.cpp
@@ -0,0 +1,1025 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription 
+ at Copyright 2008-2015, All Rights Reserved.
+Authors: Weichun Huang
+Contributors: Jason Myers (2011) 
+_____________________________________________________________________________________________________________
+*/
+#include <iostream>
+#include <sstream>
+#include <string>
+#include <cstring>
+#include <time.h>
+#include <algorithm>
+#include <iomanip>
+#include <ctime>
+#include "art.h"
+#include "empdist.h"
+#include "readSeqFile.h"
+#include "samRead.h"
+
+
+using namespace std;
+double empdist::prob_err[HIGHEST_QUAL];
+gsl_rng* art::gsl_R;
+int art::gaussain_mean;
+double art::gaussain_sigma;
+
+int main(int argc, char* argv[]){
+    cout << "=======================================ART======================================"<<endl;
+    cout << "                            ART_Illumina (2008-2015)                            "<<endl;
+    cout << "                            Q Version 2.3.7 (Mar 19, 2015)                      "<<endl;
+    cout << "                     Contact: Weichun Huang at whduke at gmail.com                 "<<endl; 
+    cout << "================================================================================"<<endl<<endl;
+
+    short max_qual_s=93; 
+    char max_q_c = (char)(max_qual_s+33);
+    bool mask_n=true; 
+    short max_num_n=1; 
+    long mask_read_count=0;
+    int len_ref_id=250;
+
+    //caluate CPUT time
+    clock_t start, end;
+    double cpu_time_used;
+    start = clock();
+
+    // Boolean flags showing the state of the run
+    bool err_free_sam=false;
+    bool sam_out=false;
+    bool is_matepair=false;
+    bool arg_success = true;
+    bool is_pairend_read=false;
+    bool sep_flag = false;
+    bool mean_flag = false;
+    bool sDev_flag = false;
+    bool in_flag = false;
+    bool out_flag = false;
+    bool len_flag = false;
+    bool fold_flag = false;
+    bool cc_flag = false;
+    bool help_flag = false;
+    bool show_flag = false;
+    bool qs_flag = false;
+    bool rate_flag = false;
+    bool first_qual = false;
+    bool second_qual = false;
+    bool no_ALN = false;
+    bool fixed_seed = false;
+    unsigned int rand_seed = 0;
+    bool amplicon = false;
+    bool use_cigarM = false;
+//    bool use_org_qscore = false;
+
+    // Command-line Arguments
+    string suffID=""; 
+    string qual_file1 = "";
+    string qual_file2 = "";
+    string seqsys="";
+    char* seq_file = (char*) "";
+    string out_file_prefix = "";
+    int read_len  = 0;
+    string p_cigar="";
+    double x_fold  = 0;
+    long read_count = 0;
+    string num= "";
+    int mean = 0;
+    short q_shift_up=0;//2;
+    short q_shift_up_2=0;//4;
+    double std_dev = 0.0;
+    double insRate=0.00009;
+    double delRate=0.00011;
+    double insRate2 = 0.00015;
+    double delRate2 = 0.00023;
+
+    // Get Command-line arguments
+    for(int i=1;i < argc;++i){
+        char* arg = argv[i];
+            if(!strcmp(arg, "--matepair") || !strcmp(arg, "-mp") ){
+        	num="1";
+        	is_pairend_read=true;
+        	is_matepair=true;
+	    }
+	    else if(!strcmp(arg, "--samout") || !strcmp(arg, "-sam") ){
+        	sam_out=true;
+	    }
+	    else if(!strcmp(arg, "--cigarM") || !strcmp(arg, "-M") ){
+        	use_cigarM=true;
+	    }
+	    else if(!strcmp(arg, "--errfree") || !strcmp(arg, "-ef") ){
+        	err_free_sam=true;
+        	sam_out=true;
+	    }
+	    else if(!strcmp(arg, "--maskN") || !strcmp(arg, "-nf") ){ 
+		i++;
+		max_num_n = atoi(argv[i]);
+		if(max_num_n>0){ mask_n=true; }
+		else{ mask_n=false; }
+	    }
+	    else if(!strcmp(arg, "--amplicon") || !strcmp(arg, "-amp") ){
+        	amplicon=true;
+	    }
+	    else if(!strcmp(arg, "--paired") || !strcmp(arg, "-p") ){
+        	num="1";
+        	is_pairend_read=true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--help") || !strcmp(arg, "-h")){
+		arg_success = false;
+		help_flag = true;
+		break;
+            } else if(!strcmp(arg, "--quiet") || !strcmp(arg, "-q")){
+		show_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--in") || !strcmp(arg, "-i")){
+		i++;
+		seq_file = argv[i];
+		in_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--out") || !strcmp(arg, "-o")){
+		i++;
+		out_file_prefix = argv[i];
+		out_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--len") || !strcmp(arg, "-l")){
+		i++;
+		read_len = atoi(argv[i]);
+		p_cigar.append(argv[i]).append("=");
+		len_flag = true;
+		if(read_len <= 0){
+		   cerr << "Fatal Error: The read length must be a positive integer." << endl;
+		   arg_success = false;
+		}
+            } else if(!strcmp(arg, "--insRate") || !strcmp(arg, "-ir")){
+		i++;
+		insRate = atof(argv[i]);
+		rate_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--delRate") || !strcmp(arg, "-dr")){
+		i++;
+		delRate = atof(argv[i]);
+		rate_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--insRate2") || !strcmp(arg, "-ir2")){
+		i++;
+		insRate2 = atof(argv[i]);
+		rate_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--delRate2") || !strcmp(arg, "-dr2")){
+		i++;
+		delRate2 = atof(argv[i]);
+		rate_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--fcov") || !strcmp(arg, "-f")){
+		i++;
+		x_fold = atof(argv[i]);
+		fold_flag = true;
+		if(x_fold < 0){
+		   cerr << "Fatal Error: The fold coverage must be a positive." << endl;
+		   arg_success = false;
+		}
+            } else if(!strcmp(arg, "--rcount") || !strcmp(arg, "-c")){
+		i++;
+		read_count= atoi(argv[i]);
+		cc_flag = true;
+		if(read_count< 0){
+		   cerr << "Fatal Error: the read count must be a positive integer." << endl;
+		   arg_success = false;
+		}
+            } else if(!strcmp(arg, "--mflen") || !strcmp(arg, "-m")){
+		i++;
+		mean = atoi(argv[i]);
+		mean_flag = true;
+		if(mean < 0){
+		   cerr << "Fatal Error: The mean fragment length must be a positive." << endl;
+		   arg_success = false;
+		}
+            } else if(!strcmp(arg, "--qShift") || !strcmp(arg, "-qs")){
+		i++;
+		q_shift_up = atoi(argv[i]);
+		qs_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--qShift2") || !strcmp(arg, "-qs2")){
+		i++;
+		q_shift_up_2 = atoi(argv[i]);
+		qs_flag = true;
+//            } else if(!strcmp(arg, "--qOrig") || !strcmp(arg, "-qo")){ 
+//		use_org_qscore = true;
+	    } else if(!strcmp(arg, "--sdev") || !strcmp(arg, "-s")){
+		i++;
+		std_dev = atof(argv[i]);
+		sDev_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--seqSys") || !strcmp(arg, "-ss")){
+		i++;
+		seqsys = argv[i];
+            } else if(!strcmp(arg, "--qprof1") || !strcmp(arg, "-1")){
+		i++;
+		qual_file1 = argv[i];
+		first_qual = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--qprof2") || !strcmp(arg, "-2")){
+		i++;
+		qual_file2 = argv[i];
+		second_qual = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--sepProf") || !strcmp(arg, "-sp")){
+//		i++;
+		sep_flag = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--id") || !strcmp(arg, "-d")){
+		i++;
+		suffID = argv[i];
+            } else if(!strcmp(arg, "--noALN") || !strcmp(arg, "-na")){ 
+		no_ALN = true;
+            } else if(!strcmp(arg, "--rndSeed") || !strcmp(arg, "-rs")){
+		i++;
+		rand_seed = abs(atoi(argv[i]));
+		fixed_seed=true;
+            } else {
+		arg_success = false;
+		cerr << "Fatal Error: " << arg << ", is not a valid parameter." << endl;
+		break;
+            }
+	
+    }
+
+    if(no_ALN && !sam_out){
+		cerr << "Warning: your simulation will not output any ALN or SAM file with your parameter settings!" << endl;
+    }
+	
+    // Make sure the minimum requirements to run were met if the help tag was not given
+    if(help_flag){
+	arg_success = false;
+    }
+    else if (fold_flag && cc_flag){
+	cerr << "Error: please use only one of the two parameters: read count (-c) or fold coverage (-f)." << endl << endl;
+	exit(1);
+    }
+    else if(!in_flag || !out_flag || !len_flag || !(fold_flag || cc_flag)){
+	arg_success = false;
+//	cerr << "Fatal Error: An input-file, output-file prefix, read length, and fold coverage must be specified." << endl << endl;
+    }
+
+    if(mean_flag && sDev_flag){
+	is_pairend_read = true;
+	if(mean>=2000){
+	       	is_matepair = true;
+	}
+	else if(is_matepair){
+		cerr<<"Warning: a mate-pair simulation may be not appropriate for DNA fragment size < 2000bp"<<endl;
+	}
+	num = "1";
+    }
+
+    // Make sure the minimum requirements to run were given for a paired end simulation
+    if (is_pairend_read){ 
+	    //use the both default profiles or provide both profiles
+	    if(qual_file1.empty() && !qual_file2.empty() ){
+		    cerr<<"Please provide the quality profile of the first read" <<endl;
+		    exit(1);
+	    }
+	    else if(!qual_file1.empty() && qual_file2.empty() ){
+		    cerr<<"Please provide the quality profile of the second read" <<endl;
+		    exit(1);
+	    }
+	   
+	    if(mean_flag && sDev_flag){
+//		    art::ini_read_pair_rand(abs(mean),fabs(std_dev));
+		    art::ini_read_pair_rand(abs(mean),fabs(std_dev),rand_seed);
+		    if(art::gaussain_mean<=read_len){
+			    cerr<<"Fatal Error: The read length must be shorter than the mean fragment length specified." <<endl;
+			    exit(1);
+		    }
+	    } else if (!amplicon){
+		    cerr << "Fatal Error: A mean fragment length and a standard deviation must be specified." << endl << endl;
+		    exit(1);
+	    }
+    }
+
+    if(!arg_success){
+	cout << "===== USAGE ====="<<endl << endl;
+	cout << "art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -f <fold_coverage> -ss <sequencing_system> -o <outfile_prefix>"<<endl;
+	cout << "art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -f <fold_coverage> -o <outfile_prefix>"<<endl;
+	cout << "art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -c <total_num_reads> -o <outfile_prefix>"<<endl;
+	cout << "art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -f <fold_coverage> -m <mean_fragsize> -s <std_fragsize> -o <outfile_prefix>"<<endl;
+	cout << "art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -c <total_num_reads> -m <mean_fragsize> -s <std_fragsize> -o <outfile_prefix>"<<endl<<endl;
+	cout << "===== PARAMETERS =====" << endl << endl;
+	cout << "  -1   --qprof1   the first-read quality profile" << endl;
+	cout << "  -2   --qprof2   the second-read quality profile" << endl;
+	cout << "  -amp --amplicon amplicon sequencing simulation" << endl;
+	cout << "  -c   --rcount   total number of reads/read pairs to be generated [per amplicon if for amplicon simulation](not be used together with -f/--fcov)" << endl;
+	cout << "  -d   --id       the prefix identification tag for read ID" << endl;
+	cout << "  -ef  --errfree  indicate to generate the zero sequencing errors SAM file as well the regular one" << endl;
+       	cout << "                  NOTE: the reads in the zero-error SAM file have the same alignment positions"<<endl;
+       	cout << "                  as those in the regular SAM file, but have no sequencing errors"<<endl;
+	cout << "  -f   --fcov     the fold of read coverage to be simulated or number of reads/read pairs generated for each amplicon" << endl;
+	cout << "  -h   --help     print out usage information"<<endl;
+	cout << "  -i   --in       the filename of input DNA/RNA reference" << endl;
+	cout << "  -ir  --insRate  the first-read insertion rate (default: 0.00009)"<< endl;
+	cout << "  -ir2 --insRate2 the second-read insertion rate (default: 0.00015)" << endl;
+	cout << "  -dr  --delRate  the first-read deletion rate (default:  0.00011)" << endl;
+	cout << "  -dr2 --delRate2 the second-read deletion rate (default: 0.00023)" << endl;
+	cout << "  -l   --len      the length of reads to be simulated" << endl;
+	cout << "  -m   --mflen    the mean size of DNA/RNA fragments for paired-end simulations" << endl;
+	cout << "  -mp  --matepair indicate a mate-pair read simulation" << endl;
+	cout << "  -nf  --maskN    the cutoff frequency of 'N' in a window size of the read length for masking genomic regions"<<endl;
+       	cout << "                  NOTE: default: '-nf 1' to mask all regions with 'N'. Use '-nf 0' to turn off masking" <<endl;
+	cout << "  -na  --noALN    do not output ALN alignment file" << endl;
+	cout << "  -o   --out      the prefix of output filename" << endl;
+	cout << "  -p   --paired   indicate a paired-end read simulation or to generate reads from both ends of amplicons" << endl;
+       	cout << "                  NOTE: art will automatically switch to a mate-pair simulation if the given mean fragment size >= 2000"<<endl<<endl;
+	cout << "  -q   --quiet    turn off end of run summary" << endl;
+	cout << "  -qs  --qShift   the amount to shift every first-read quality score by " << endl;
+	cout << "  -qs2 --qShift2  the amount to shift every second-read quality score by" << endl;
+       	cout << "                  NOTE: For -qs/-qs2 option, a positive number will shift up quality scores (the max is 93) " <<endl;
+       	cout << "                  that reduce substitution sequencing errors and a negative number will shift down " <<endl;
+       	cout << "                  quality scores that increase sequencing errors. If shifting scores by x, the error"<<endl;
+       	cout << "                  rate will be 1/(10^(x/10)) of the default profile." <<endl;
+//	cout << "  -qo  --qOrig    indicate to output the originial quality scores regardless the original scores were shifted or not" << endl;
+	cout << "  -rs  --rndSeed  the seed for random number generator (default: system time in second)"  << endl;
+       	cout << "                  NOTE: using a fixed seed to generate two identical datasets from different runs"<<endl;
+	cout << "  -s   --sdev     the standard deviation of DNA/RNA fragment size for paired-end simulations." << endl;
+	cout << "  -sam --samout   indicate to generate SAM alignment file" << endl;
+	cout << "  -sp  --sepProf  indicate to use separate quality profiles for different bases (ATGC)" << endl;
+	cout << "  -ss  --seqSys   The name of Illumina sequencing system of the built-in profile used for simulation" << endl;
+       	cout << "                  NOTE: sequencing system id names are:"<<endl;
+        cout << "                        GA1 - Genome Analyzer I, GA2 - Genome Analyzer II"<<endl;
+	cout << "                  	 HS10 - HiSeq 1000, HS20 - HiSeq 2000, HS25 - HiSeq 2500, MS - MiSeq"<<endl;
+	cout << "  -M  --cigarM    indicate to use CIGAR 'M' instead of '=/X' for alignment match/mismatch" << endl;
+
+	cout << "===== NOTES ====="<< endl<< endl;
+	cout << "* ART by default selects a built-in quality score profile according to the read length specified for the run." << endl << endl;
+	cout << "* For single-end simulation, ART requires input sequence file, outputfile prefix, read length, and read count/fold coverage." << endl << endl;;
+//	cout << "  Example: art --in reference_DNA.fa --out sim1 --len 35 --fcov 2 -sam" << endl << endl;;
+	cout << "* For paired-end simulation (except for amplicon sequencing), ART also requires the parameter values of" << endl;
+	cout << "  the mean and standard deviation of DNA/RNA fragment lengths" << endl << endl;
+//	cout << "  Example: art --paired --in reference_DNA.fa --out sim2 --len 35 --fcov 2 --mflen 200 --sdev 3.5 -sam" << endl << endl;
+
+	cout << "===== EXAMPLES ====="<< endl <<endl;
+	cout << " 1) single-end read simulation" <<endl;
+	cout << " 	art_illumina -sam -i reference.fa -l 150 -ss HS25 -f 10 -o single_dat" <<endl<<endl;
+	cout << " 2) paired-end read simulation" <<endl;
+	cout << "       art_illumina -sam -i reference.fa -p -l 150 -ss HS25 -f 20 -m 200 -s 10 -o paired_dat" <<endl<<endl;
+	cout << " 3) mate-pair read simulation" <<endl;
+	cout << "       art_illumina -sam -i reference.fa -mp -l 50 -f 20 -m 2500 -s 50 -o matepair_dat" <<endl<<endl;
+	cout << " 4) amplicon sequencing simulation with 5' end single-end reads " <<endl;
+	cout << " 	art_illumina -amp -sam -na -i amp_reference.fa -l 50 -f 10 -o amplicon_5end_dat" <<endl<<endl;
+	cout << " 5) amplicon sequencing simulation with paired-end reads" <<endl;
+	cout << "       art_illumina -amp -p -sam -na -i amp_reference.fa -l 50 -f 10 -o amplicon_pair_dat" <<endl<<endl;
+	cout << " 6) amplicon sequencing simulation with matepair reads" <<endl;
+	cout << "       art_illumina -amp -mp -sam -na -i amp_reference.fa -l 50 -f 10 -o amplicon_mate_dat" <<endl<<endl;
+	cout << " 7) generate an extra SAM file with zero-sequencing errors for a paired-end read simulation" <<endl;
+	cout << "       art_illumina -ef -i reference.fa -p -l 50 -f 20 -m 200 -s 10 -o paired_twosam_dat" <<endl<<endl;
+	cout << " 8) reduce the substitution error rate to one 10th of the default profile"<<endl;
+       	cout << "       art_illumina -i reference.fa -qs 10 -qs2 10 -l 50 -f 10 -p -m 500 -s 10 -sam -o reduce_error"<<endl<<endl;
+	cout << " 9) turn off the masking of genomic regions with unknown nucleotides 'N'"<<endl;
+	cout << "       art_illumina -nf 0 -sam -i reference.fa -p -l 50 -f 20 -m 200 -s 10 -o paired_nomask" <<endl<<endl;
+	cout << " 10) masking genomic regions with >=5 'N's within the read length 50"<<endl;
+	cout << "       art_illumina -nf 5 -sam -i reference.fa -p -l 50 -f 20 -m 200 -s 10 -o paired_maskN5" <<endl<<endl;
+
+	exit(1);
+    }
+
+    if(max_num_n>read_len){
+		cerr << "Error: the cutoff frequency of 'N' for maksing genome region: "<<max_num_n<<" > the read length (" <<read_len<<")"<<endl;
+		exit(1);
+    }
+    if(!fixed_seed){
+	    rand_seed=(unsigned int) time(NULL); 
+    }
+    srand (rand_seed);
+
+    string seqfasta=out_file_prefix+num+".fa";
+    string qualfasta=out_file_prefix+num+".qual";
+    string alnfasta=out_file_prefix+num+".aln";
+    string fqfile=out_file_prefix+num+".fq";
+
+    string samfile=out_file_prefix+".sam";
+    ofstream SAMFILE;
+    string samfile_ef=out_file_prefix+"_errFree.sam";
+    ofstream SAMFILE_EF;
+    if(sam_out) {
+	    SAMFILE.open(samfile.c_str(),ios::binary); 
+	    if(!SAMFILE.is_open()) { cerr<<"Can not open output file: "<<samfile<<endl; exit(0); }
+	    if(err_free_sam){
+		    SAMFILE_EF.open(samfile_ef.c_str(),ios::binary); 
+		    if(!SAMFILE_EF.is_open()) { cerr<<"Can not open output file: "<<samfile_ef<<endl; exit(0); }
+	    }
+    }
+
+    ofstream FQFILE(fqfile.c_str(),ios::binary);
+    if(!FQFILE.is_open()) { cerr<<"Can not open output file: "<<fqfile<<endl; exit(0); }
+	ofstream ALNFILE;	
+	if (!no_ALN) {
+	       	ALNFILE.open(alnfasta.c_str(),ios::binary);
+	       	if(!ALNFILE.is_open()) { cerr<<"Can not open output file: "<<alnfasta<<endl; exit(0); }
+	       	ALNFILE<<"##ART_Illumina\tread_length\t"<<read_len<<endl;
+	}	
+    empdist::set_err_prob();
+    empdist qdist;
+
+    if(qual_file1.empty() && !seqsys.empty()){
+	    qdist.setdist(seqsys, sep_flag, read_len);
+    }
+    else {
+	    qdist.setdist(qual_file1, qual_file2, sep_flag, read_len);
+	    if (!seqsys.empty()){
+		    cout<<"Warnning: ART ignores the specified sequencing system as a customized quality profile provided.";
+	    }
+    }
+
+    int profile_size=qdist.qual_dist_first.size();
+    int profile_size_2=qdist.qual_dist_second.size();
+    if(sep_flag){
+	    profile_size=qdist.a_qual_dist_first.size();
+	    profile_size_2=qdist.a_qual_dist_second.size();
+    }
+
+    if(read_len > profile_size){
+	if(profile_size == 0){
+	    cerr << "Fatal Error: " <<  qual_file1 << ", is not a valid profile." << endl << endl;
+	} else {
+            cerr<<"Fatal Error: The read length, "<<read_len<<", exceeds the maximum first read profile length, "<<profile_size<< "." <<endl<<endl;
+	}
+        exit(1);
+    }
+
+    if((read_len > profile_size_2)  && is_pairend_read){
+	if(profile_size_2 == 0){
+	    cerr << "Fatal Error: " <<  qual_file2 << ", is not a valid profile." << endl << endl;
+	} else {
+            cerr<<"Fatal Error: The read length, "<<read_len<<", exceeds the maximum second read profile length, " <<profile_size_2 <<"." <<endl<<endl;
+	}
+        exit(1);
+    }
+
+    if(is_pairend_read && profile_size != profile_size_2){
+        cerr<<"Fatal Error: The first profile read length, " << qdist.qual_dist_first.size()
+	<< ", does not match the second profile read length, " << qdist.qual_dist_second.size() << "."
+	<< endl << endl;
+	exit(1);
+    }
+
+    //increase overal base quality value
+    if(!sep_flag){
+	    for(size_t i=0; i<qdist.qual_dist_first.size(); i++){
+		    for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.qual_dist_first[i].begin(); it!=qdist.qual_dist_first[i].end(); it++){
+			    if(q_shift_up<0 && (-q_shift_up>it->second)){ it->second=0; }
+//			    else{ it->second+=q_shift_up; }
+			    else{ it->second+=q_shift_up; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+		    }
+	    }
+	    for(size_t i=0; i<qdist.qual_dist_second.size(); i++){
+		    for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.qual_dist_second[i].begin(); it!=qdist.qual_dist_second[i].end(); it++){
+			    if(q_shift_up_2<0 && (-q_shift_up_2>it->second)){ it->second=0; }
+//			    else{ it->second+=q_shift_up_2; }
+			    else{ it->second+=q_shift_up_2; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+		    }
+	    }
+
+    } else{
+	    for(size_t i=0; i<qdist.a_qual_dist_first.size(); i++){
+		    for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.a_qual_dist_first[i].begin(); it!=qdist.a_qual_dist_first[i].end(); it++){
+			    if(q_shift_up<0 && (-q_shift_up>it->second)){ it->second=0; }
+//			    else{ it->second+=q_shift_up; }
+			    else{ it->second+=q_shift_up; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+		    }
+	    }
+	    for(size_t i=0; i<qdist.a_qual_dist_second.size(); i++){
+		    for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.a_qual_dist_second[i].begin(); it!=qdist.a_qual_dist_second[i].end(); it++){
+			    if(q_shift_up_2<0 && (-q_shift_up_2>it->second)){ it->second=0; }
+//			    else{ it->second+=q_shift_up_2; }
+			    else{ it->second+=q_shift_up_2; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+		    }
+	    }
+
+	    for(size_t i=0; i<qdist.c_qual_dist_first.size(); i++){
+		    for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.c_qual_dist_first[i].begin(); it!=qdist.c_qual_dist_first[i].end(); it++){
+			    if(q_shift_up<0 && (-q_shift_up>it->second)){ it->second=0; }
+//			    else{ it->second+=q_shift_up; }
+			    else{ it->second+=q_shift_up; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+		    }
+	    }
+	    for(size_t i=0; i<qdist.c_qual_dist_second.size(); i++){
+		    for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.c_qual_dist_second[i].begin(); it!=qdist.c_qual_dist_second[i].end(); it++){
+			    if(q_shift_up_2<0 && (-q_shift_up_2>it->second)){ it->second=0; }
+//			    else{ it->second+=q_shift_up_2; }
+			    else{ it->second+=q_shift_up_2; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+		    }
+	    }
+
+	    for(size_t i=0; i<qdist.g_qual_dist_first.size(); i++){
+		    for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.g_qual_dist_first[i].begin(); it!=qdist.g_qual_dist_first[i].end(); it++){
+			    if(q_shift_up<0 && (-q_shift_up>it->second)){ it->second=0; }
+//			    else{ it->second+=q_shift_up; }
+			    else{ it->second+=q_shift_up; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+		    }
+	    }
+	    for(size_t i=0; i<qdist.g_qual_dist_second.size(); i++){
+		    for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.g_qual_dist_second[i].begin(); it!=qdist.g_qual_dist_second[i].end(); it++){
+			    if(q_shift_up_2<0 && (-q_shift_up_2>it->second)){ it->second=0; }
+//			    else{ it->second+=q_shift_up_2; }
+			    else{ it->second+=q_shift_up_2; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+		    }
+	    }
+
+	    for(size_t i=0; i<qdist.t_qual_dist_first.size(); i++){
+		    for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.t_qual_dist_first[i].begin(); it!=qdist.t_qual_dist_first[i].end(); it++){
+			    if(q_shift_up<0 && (-q_shift_up>it->second)){ it->second=0; }
+//			    else{ it->second+=q_shift_up; }
+			    else{ it->second+=q_shift_up; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+		    }
+	    }
+	    for(size_t i=0; i<qdist.t_qual_dist_second.size(); i++){
+		    for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.t_qual_dist_second[i].begin(); it!=qdist.t_qual_dist_second[i].end(); it++){
+			    if(q_shift_up_2<0 && (-q_shift_up_2>it->second)){ it->second=0; }
+//			    else{ it->second+=q_shift_up_2; }
+			    else{ it->second+=q_shift_up_2; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+		    }
+	    }
+   }
+
+    samHeader sH;
+    sH.getRefseqID(seq_file);
+    sH.ID="01";
+    sH.PN="ART_Illumina"; 
+    for(int i=0;i < argc; ++i) { sH.CL.append(argv[i]);sH.CL.append(" "); }
+    if(!fixed_seed){
+	    stringstream tss;
+	    tss<<"-rs "<<rand_seed;
+	    sH.CL.append(tss.str());
+    }
+    if (!no_ALN){
+	    sH.printAlnHeader(ALNFILE);
+    }
+
+    if(sam_out){
+	    sH.printHeader(SAMFILE);
+	    if(err_free_sam) sH.printHeader(SAMFILE_EF);
+    }
+
+    samRead sR;
+    string srID;
+
+    vector<short> qual;
+    readSeqFile seq_reader(seq_file);
+    string id;
+    art a_art; 
+    seqRead a_read;
+
+    a_read.set_rate(read_len,insRate,2,a_read.ins_rate);
+    a_read.set_rate(read_len,delRate,2,a_read.del_rate);
+    string aln_read,aln_ref;
+    ostringstream osID;
+    int num_seq=0;
+    string read_id;
+    string seqfasta2="";
+    string qualfasta2="";
+    string alnfasta2="";
+    string fqfile2="";
+    if(is_pairend_read){
+	samRead sR2; 
+	sR.rNext="=";
+	sR2.rNext="=";
+
+        seqfasta2=out_file_prefix+"2.fa";
+        qualfasta2=out_file_prefix+"2.qual";
+        alnfasta2=out_file_prefix+"2.aln";
+        fqfile2=out_file_prefix+"2.fq";
+//        ofstream SEQFILE2(seqfasta2.c_str(),ios::binary);
+//        if(!SEQFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<seqfasta2<<endl; exit(0); }
+
+//        ofstream QUALFILE2(qualfasta2.c_str(),ios::binary);
+//        if(!QUALFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<qualfasta2<<endl; exit(0); }
+
+        ofstream FQFILE2(fqfile2.c_str(),ios::binary);
+        if(!FQFILE2.is_open()) { cerr<<"Can not open output file: "<<fqfile2<<endl; exit(0); }
+       	ofstream ALNFILE2;
+       	if (!no_ALN) {
+	       	ALNFILE2.open(alnfasta2.c_str(),ios::binary);
+	       	if(!ALNFILE2.is_open()) { cerr<<"Can not open output file: "<<alnfasta2<<endl; exit(0); }
+	       	ALNFILE2<<"##ART_Illumina\tread_length\t"<<read_len<<endl;
+	       	sH.printAlnHeader(ALNFILE2);
+       	}
+
+        seqRead a_read_2;
+        a_read_2.set_rate(read_len,insRate2,2,a_read.ins_rate);
+        a_read_2.set_rate(read_len,delRate2,2,a_read.del_rate);
+        vector<short> qual_2;
+        string read_id_2;
+        string aln_read_2,aln_ref_2;
+        while(seq_reader.next_seq(id,a_art.ref_seq)){ 
+	    std::replace(a_art.ref_seq.begin(), a_art.ref_seq.end(), 'U', 'T'); //replace U with T
+//            size_t p1=id.find_first_of(' '); if(p1==string::npos) p1=10; size_t p2=id.find_first_of('\t'); if(p2==string::npos) p2=10;            p1=p1<p2?p1:p2; id=id.substr(0,p1); 
+            istringstream isID; isID.str(id); isID>>id; id=id.substr(0,len_ref_id); 
+            num_seq++;
+            a_art.ini_set(read_len);
+            if(mask_n){ 
+              a_art.mask_n_region(max_num_n);
+            }
+            //long t_num_read=(unsigned long) a_art.ref_seq.size()/read_len*x_fold;
+            long t_num_read= 0;
+	    if(cc_flag){
+		     t_num_read= 2*read_count;
+	    }
+	    else{
+		    t_num_read= static_cast<unsigned long>(a_art.ref_seq.size()/read_len*x_fold);
+		    if(amplicon){ t_num_read = 2*(long) x_fold; }
+	    }
+            while(t_num_read>0){
+//              osID<<num_seq<<fixed<<setfill('0')<< setw(10)<< t_num_read;
+                osID<<id<<'-'<<suffID<<t_num_read;
+                read_id = osID.str();
+                osID.str("");
+                a_read.clear();
+                a_read_2.clear();
+                //a_art.next_read(a_read);
+		bool has_reads=true;
+		if(is_matepair){
+		       	if(amplicon) has_reads=a_art.next_matepair_ampread_indel_cmp(a_read, a_read_2);
+		       	else has_reads=a_art.next_pair_read_indel_mate(a_read, a_read_2); 
+		}
+	       	else{
+		       	if(amplicon) has_reads=a_art.next_pair_ampread_indel_cmp(a_read, a_read_2); 
+			else has_reads=a_art.next_pair_read_indel_cmp(a_read, a_read_2); 
+		}
+		if (!has_reads){
+			cerr<<"Warning: the reference sequence "<<id<< " (length "<<a_art.ref_seq.size()<<"bps ) is skipped as it < the defined read length ("<< read_len<<" bps)"<<endl;
+			break;
+		}
+                if(mask_n){ 
+                  if(a_read.is_plus_strand){
+                    size_t bpos2=a_art.ref_seq.size()-a_read_2.bpos-read_len;
+                    if(a_art.masked_pos.count(a_read.bpos)>0 || a_art.masked_pos.count(bpos2)>0){
+                      t_num_read-=2;
+                      continue;
+                    }
+                  }
+                  else{
+                    size_t bpos1=a_art.ref_seq.size()-a_read.bpos-read_len;
+                    if(a_art.masked_pos.count(bpos1)>0 || a_art.masked_pos.count(a_read_2.bpos)>0){
+                      t_num_read-=2;
+                      continue;
+                    }
+                  }
+                }
+                qual.clear();
+                qual_2.clear();
+
+		if(!sep_flag){
+		       	qdist.get_read_qual(qual, read_len, true);
+		       	qdist.get_read_qual(qual_2,read_len, false);
+	       	}
+	       	else{
+		       	qdist.get_read_qual_1st(a_read.seq_read, qual);
+		       	qdist.get_read_qual_2nd(a_read_2.seq_read, qual_2);
+	       	}
+
+                a_read.add_error(qual);
+                a_read_2.add_error(qual_2);
+		srID=read_id;
+                read_id_2=read_id+"/2";
+                read_id+="/1";
+
+                FQFILE<<"@"<<read_id<<endl<<a_read.seq_read<<endl<<"+"<<endl;
+                for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+                    FQFILE<<(char)(qual[k]+33);
+                }
+                FQFILE<<endl;
+
+		if(! a_read.get_aln(aln_read,aln_ref)){
+		       	aln_ref=a_read.seq_ref;
+		       	aln_read=a_read.seq_read;
+	       	}
+		if (!no_ALN) {
+		       	ALNFILE<<">"<<id<<"\t"<<read_id<<"-1\t"<<a_read.bpos;
+		       	if(a_read.is_plus_strand) ALNFILE<<"\t+\n";
+		       	else ALNFILE<<"\t-\n";
+		       	ALNFILE<<aln_ref<<endl<<aln_read<<endl;
+	       	}
+
+                FQFILE2<<"@"<<read_id_2<<endl<<a_read_2.seq_read<<endl<<"+"<<endl;
+                for(size_t k=0; k<qual_2.size(); k++){
+                    FQFILE2<<(char)(qual_2[k]+33);
+                }
+                FQFILE2<<endl;
+	       	if(! a_read_2.get_aln(aln_read_2,aln_ref_2)){
+		       	aln_ref_2=a_read_2.seq_ref;
+		       	aln_read_2=a_read_2.seq_read;
+	       	}
+	       	if (!no_ALN) { 
+			ALNFILE2<<">"<<id<<"\t"<<read_id_2<<"\t"<<a_read_2.bpos;
+		       	if(a_read_2.is_plus_strand) ALNFILE2<<"\t+\n";
+		       	else ALNFILE2<<"\t-\n";
+		       	ALNFILE2<<aln_ref_2<<endl<<aln_read_2<<endl;
+	       	}
+
+		if(sam_out){
+		       	sR.qname=srID;
+		       	sR.rname=id;
+
+		       	sR2.qname=srID;
+		       	sR2.rname=id;
+
+			sR.seq=a_read.seq_read;
+		       	sR.qual.resize(qual.size());
+		       	for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+			       	sR.qual[k]=(char)(qual[k]+33);
+		       	}
+		
+			sR2.seq=a_read_2.seq_read;
+		       	sR2.qual.resize(qual_2.size());
+		       	for(size_t k=0; k<qual_2.size(); k++){
+			       	sR2.qual[k]=(char)(qual_2[k]+33);
+		       	}
+
+			sR.flag=0x01 | 0x02 | 0x40;
+		       	sR2.flag=0x01 | 0x02 | 0x80;
+		       	if(a_read.is_plus_strand){
+				       	sR.pos=a_read.bpos+1;
+				       	sR.flag =sR.flag | 0x20;
+				       	sR2.flag =sR2.flag |0x10;
+				       	sR2.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read_2.bpos+read_len-1);
+					sR2.reverse_comp();
+		       	}
+		       	else{
+				       	sR.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read.bpos+read_len-1);
+				       	sR.reverse_comp();
+				       	sR2.pos=a_read_2.bpos+1;
+				       	sR.flag = sR.flag | 0x10;
+				       	sR2.flag = sR2.flag | 0x20;
+		       	}
+		       	sR.getCigar(aln_ref,aln_read,use_cigarM);
+			sR2.getCigar(aln_ref_2,aln_read_2,use_cigarM);
+		       	sR.pNext=sR2.pos;
+		       	sR2.pNext=sR.pos;
+		       	if(sR2.pos>sR.pos){
+			       	sR.tLen=sR2.pos+a_read_2.seq_read.size()-sR.pos;
+			       	sR2.tLen=-sR.tLen;
+		       	}
+		       	else{
+			       	sR2.tLen=sR.pos+a_read.seq_read.size()-sR2.pos;
+			       	sR.tLen=-sR2.tLen;
+		       	} 
+			sR.printRead(SAMFILE);
+			sR2.printRead(SAMFILE);
+			if(err_free_sam){
+			       	sR.seq=a_read.seq_ref;
+				sR.cigar=p_cigar;
+			       	for(size_t k=0; k<sR.qual.size(); k++) sR.qual[k]=max_q_c;
+			       	sR2.seq=a_read_2.seq_ref;
+				sR2.cigar=p_cigar;
+			       	for(size_t k=0; k<sR2.qual.size(); k++) sR2.qual[k]=max_q_c;
+			       	if(a_read.is_plus_strand) sR2.reverse_comp();
+				else sR.reverse_comp();
+			
+				//get new error free reads when the original reads having indels 
+				if (sR.seq.length()!=read_len){
+					sR.seq=a_art.ref_seq.substr(sR.pos-1, read_len);
+				}
+				if (sR2.seq.length()!=read_len){
+					sR2.seq=a_art.ref_seq.substr(sR2.pos-1, read_len);
+				}
+
+			       	sR.printRead(SAMFILE_EF);
+			       	sR2.printRead(SAMFILE_EF);
+			}
+		}
+
+                t_num_read-=2;
+            }
+        }
+        FQFILE2.close();
+       	if (!no_ALN) ALNFILE2.close();
+    }
+    else{
+        while(seq_reader.next_seq(id,a_art.ref_seq)){
+	    std::replace(a_art.ref_seq.begin(), a_art.ref_seq.end(), 'U', 'T'); //replace U with T
+            istringstream isID; isID.str(id); isID>>id; id=id.substr(0,len_ref_id); 
+            num_seq++;
+            a_art.ini_set(read_len);
+            long t_num_read= 0;
+	    if(cc_flag){
+		     t_num_read= read_count;
+	    }
+	    else{
+		    t_num_read= static_cast<unsigned long>(a_art.ref_seq.size()/read_len*x_fold);
+		    if(amplicon){ t_num_read = (long) x_fold; }
+	    }
+            if(mask_n){ 
+              a_art.mask_n_region(max_num_n);
+            }
+            while(t_num_read>0){
+                osID<<id<<'-'<<suffID<<t_num_read;
+                read_id = osID.str();
+                osID.str("");
+                a_read.clear();
+		if(amplicon){
+			a_art.next_ampread_indel(a_read);
+		}
+		else{ 
+			a_art.next_read_indel(a_read);
+		}
+                if(mask_n){ 
+                  if(a_read.is_plus_strand){
+                    if(a_art.masked_pos.count(a_read.bpos)>0){
+                      t_num_read-=1;
+                      continue;
+                    }
+                  }
+                  else{
+                    size_t bpos=a_art.ref_seq.size()-a_read.bpos-read_len;
+                    if(a_art.masked_pos.count(bpos)>0){
+                      t_num_read-=1;
+                      continue;
+                    }
+                  }
+                }
+ 
+                qual.clear();
+		if(!sep_flag){
+		       	qdist.get_read_qual(qual, read_len, true);
+	       	}
+	       	else{
+		       	qdist.get_read_qual_1st(a_read.seq_read, qual);
+	       	}
+                a_read.add_error(qual);
+
+                FQFILE<<"@"<<read_id<<endl<<a_read.seq_read<<endl<<"+"<<endl;
+                for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+                    FQFILE<<(char)(qual[k]+33);
+                }
+                FQFILE<<endl;
+	       	if(! a_read.get_aln(aln_read,aln_ref)){
+		       	aln_ref=a_read.seq_ref;
+		       	aln_read=a_read.seq_read;
+	       	}
+	       	if (!no_ALN) {
+		       	ALNFILE<<">"<<id<<"\t"<<read_id<<"\t"<<a_read.bpos;
+		       	if(a_read.is_plus_strand) ALNFILE<<"\t+\n";
+		       	else ALNFILE<<"\t-\n";
+
+		       	ALNFILE<<aln_ref<<endl<<aln_read<<endl;
+	       	}
+
+		if(sam_out){
+		       	sR.qname=read_id;
+		       	sR.rname=id;
+		       	sR.flag =0;
+
+			sR.seq=a_read.seq_read;
+		       	sR.qual.resize(qual.size());
+		       	for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+			       	sR.qual[k]=(char)(qual[k]+33);
+		       	}
+
+		       	if(a_read.is_plus_strand){
+			       	sR.pos=a_read.bpos+1;
+		       	}
+		       	else{
+			       	sR.flag = 0x10;
+			       	sR.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read.bpos+a_read.seq_read.size()-1);
+			       	sR.reverse_comp();
+		       	}
+		       	sR.getCigar(aln_ref,aln_read,use_cigarM);
+			sR.printRead(SAMFILE);
+
+			if(err_free_sam){
+			       	sR.seq=a_read.seq_ref;
+			       	if(!a_read.is_plus_strand) sR.reverse_comp();
+				sR.cigar=p_cigar;
+			       	for(size_t k=0; k<sR.qual.size(); k++) sR.qual[k]=max_q_c;
+				//get new error free reads when the original reads having indels 
+				if (sR.seq.length()!=read_len){
+					sR.seq=a_art.ref_seq.substr(sR.pos-1, read_len);
+				}
+			       	sR.printRead(SAMFILE_EF);
+			}
+		}
+
+
+                t_num_read--;
+            }
+        }
+    }
+
+    FQFILE.close();
+    if (!no_ALN) { ALNFILE.close(); }
+    if(sam_out){ SAMFILE.close(); }
+    if(err_free_sam){ SAMFILE_EF.close(); }
+
+    if(!is_pairend_read){
+	if(amplicon){
+	       	cout << "                      Amplicon 5'-end sequencing simulation" << endl << endl;
+	}
+	else{
+	       	cout << "                          Single-end Simulation" << endl << endl;
+	}
+    } else if(is_matepair) {
+	if(amplicon){
+	       	cout << "                     Amplicon matepair sequencing simulation" << endl << endl;
+	}
+	else{
+	       	cout << "                          Matepair-end sequencing simulation" << endl << endl;
+	}
+    } else {
+	if(amplicon){
+	       	cout << "                     Amplicon paired-end sequencing simulation" << endl << endl;
+	}
+	else{
+	       	cout << "                          Paired-end sequencing simulation" << endl << endl;
+	}
+    }
+
+    end = clock();
+    cpu_time_used = ((double) (end - start)) / CLOCKS_PER_SEC;
+    cout<< "Total CPU time used: "<< cpu_time_used<<endl<<endl;
+    cout<< "The random seed for the run: "<< rand_seed<<endl<<endl;
+
+    if(!show_flag){
+
+	cout << "Parameters used during run" << endl; 
+	cout << "\tRead Length:\t" << read_len << endl;
+	if(mask_n){
+	       	cout << "\tGenome masking 'N' cutoff frequency: \t" <<max_num_n<<" in "<< read_len<<endl;
+	}
+	else{
+	       	cout << "\t'N' genomic regions masking turned off"<< endl;
+	}
+       	if (amplicon){
+	       	if(is_pairend_read)
+		       	cout << "\t# Read Pairs per Amplion:  " << x_fold << endl;
+	       	else 
+			cout << "\t# Reads per Amplion:       " << x_fold << endl;
+       	}
+       	else{
+	       	cout << "\tFold Coverage:            " << x_fold << "X" << endl;
+       	}
+	if(is_pairend_read && !amplicon){
+	    cout << "\tMean Fragment Length:     " << mean << endl;
+	    cout << "\tStandard Deviation:       " << std_dev << endl;
+	}
+	if(rate_flag){
+            cout << "\tFirst Insertion Rate:     " << insRate << endl;
+	    cout << "\tSecond Insertion Rate:    " << insRate2 << endl;
+	    cout << "\tFirst Deletion Rate:      " << delRate << endl;
+	    cout << "\tSecond Deletion Rate:     " << delRate2 << endl;
+	}
+	if(qs_flag){
+	    cout << "\tFirst quality shift:      " << q_shift_up << endl;
+	    cout << "\tSecond quality shift:     " << q_shift_up_2 << endl;
+	}
+	if(!sep_flag){
+	    cout << "\tProfile Type:             Combined" << endl;
+	} else {
+	    cout << "\tProfile Type:             Separated" << endl;
+	}
+	cout << "\tID Tag:                   " << suffID.c_str() << endl << endl;;
+	cout << "Quality Profile(s)" << endl; 
+
+	if(is_pairend_read){
+	    if(first_qual){
+		cout << "\tFirst Read:   " << qual_file1.c_str() <<" (user's profile)" << endl;
+	    } else if(!qdist.ssystem.empty()){
+		cout << "\tFirst Read:   " <<qdist.ssystem<<" Length "<< profile_size <<" R1"<<" (built-in profile) "<<endl;
+	    } else {
+		cout << "\tFirst Read:   " <<" EMP" << profile_size <<"R1"<<" (built-in profile) "<<endl;
+	    }
+	    if(second_qual){
+		cout << "\tSecond Read:  " << qual_file2.c_str()<<" (user's profile)"<< endl<< endl;
+	    } else if(!qdist.ssystem.empty()){
+		cout << "\tFirst Read:   " <<qdist.ssystem<<" Length "<< profile_size <<" R2"<<" (built-in profile) "<<endl;
+	    } else {
+		cout << "\tSecond Read:  " <<" EMP" << profile_size_2 <<"R2"<<" (built-in profile) "<<endl<<endl;
+	    }
+	} else {
+	    if(first_qual){
+		cout << "\t" << qual_file1.c_str()<<" (user's profile)"<< endl << endl;
+	    } else if(!qdist.ssystem.empty()){
+		cout << "\tFirst Read:   " <<qdist.ssystem<<" Length "<< profile_size <<" R1"<<" (built-in profile) "<<endl;
+	    } else {
+		cout << "\t " <<" EMP" << profile_size <<"R1"<<" (built-in profile) "<<endl<<endl;
+	    }
+	}
+	
+	cout << "Output files" << endl << endl;
+
+	if(is_pairend_read){
+	    cout << "  FASTQ Sequence Files:" << endl; 
+	    cout << "\t the 1st reads: " << fqfile << endl;
+	    cout << "\t the 2nd reads: " << fqfile2 << endl << endl;
+	    if(!no_ALN){
+		    cout << "  ALN Alignment Files:" << endl; 
+		    cout << "\t the 1st reads: " << alnfasta << endl;
+		    cout << "\t the 2nd reads: " << alnfasta2 << endl << endl;;
+	    }
+	} else {
+	    cout << "  FASTQ Sequence File:" << endl; 
+	    cout << "\t" << fqfile << endl << endl;
+	    if (!no_ALN){
+		    cout << "  ALN Alignment File:" << endl; 
+		    cout << "\t" << alnfasta << endl << endl;
+	    }
+	}
+	if(sam_out){
+	    cout << "  SAM Alignment File:" << endl; 
+	    cout << "\t" << samfile << endl << endl;
+	}
+
+	if(err_free_sam){
+	    cout << "  Error Free SAM Alignment File:" << endl; 
+	    cout << "\t" << samfile_ef << endl << endl;
+	}
+    }    
+
+   return 0;
+}
+
diff --git a/art_illumina_src/art_qual_scale.cpp b/art_illumina_src/art_qual_scale.cpp
new file mode 100644
index 0000000..b32b845
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/art_qual_scale.cpp
@@ -0,0 +1,474 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription 
+Copyright(c) 2008-2014 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+_____________________________________________________________________________________________________________
+*/
+#include <iostream>
+#include <sstream>
+#include <string>
+#include <time.h>
+#include <algorithm>
+#include <iomanip>
+#include <ctime>
+#include "art.h"
+#include "empdist.h"
+#include "readSeqFile.h"
+
+
+using namespace std;
+
+bool art::next_read_indel(seqRead& a_read){
+    long pos=(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]   
+    int slen =a_read.get_indel(read_len);            
+    a_read.is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        a_read.is_plus_strand=false;
+    }
+    if(a_read.is_plus_strand){
+        a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len-slen);
+    }
+    else{
+        a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len-slen);
+    }
+    a_read.bpos=pos;
+    a_read.ref2read();
+    return true;
+}
+
+bool art::next_read(seqRead& a_read){
+    long pos=(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]           
+    //string seq_ref;
+    a_read.is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        a_read.is_plus_strand=false;
+    }
+    if(a_read.is_plus_strand){
+        a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len);
+    }
+    else{
+        a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len);
+    }
+    a_read.bpos=pos;
+    a_read.seq_read=a_read.seq_ref;
+    return true;
+}
+
+//on the same strand of two reads
+bool art::next_pair_read_indel(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+    int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+        fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+    }
+    long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+    long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+    int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+    int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);   
+    bool is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        is_plus_strand=false;
+    }
+    if(is_plus_strand){
+        read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+        read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    else{
+        read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+        read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+    read_1.bpos=pos_1;
+    read_1.ref2read();
+    read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+    read_2.bpos=pos_2;
+    read_2.ref2read();
+    return true;
+}
+
+//matepair-end read: the second read is reverse complemenaty strand 
+bool art::next_pair_read_indel_mate(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+    if(read_len>ref_seq.length()){
+	    return false; //ref_seq is too short.
+    }
+    int fragment_len=1;
+    if(gaussain_mean-2*gaussain_sigma>ref_seq.length()){
+	    //when reference length < mean-2*std, fragment_len sets to be reference length
+	   fragment_len=ref_seq.length();
+    }
+    else{
+	    fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+	    while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+		    fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+	    }
+    }
+
+    long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob())+fragment_len-read_len;
+    long pos_2=ref_seq.length()-(pos_1+2*read_len-fragment_len);
+    int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+    int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);   
+    bool is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        is_plus_strand=false;
+    }
+    if(is_plus_strand){
+        read_1.is_plus_strand=true;
+        read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1); 
+        read_2.is_plus_strand=false;
+        read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    else{
+        read_1.is_plus_strand=false;
+        read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+        read_2.is_plus_strand=true;
+        read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    read_1.bpos=pos_1;
+    read_1.ref2read();
+    read_2.bpos=pos_2;
+    read_2.ref2read();
+    return true;
+}
+
+
+//paired-end read: the second read is reverse complemenaty strand 
+bool art::next_pair_read_indel_cmp(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+    if(read_len>ref_seq.length()){
+	    return false; //ref_seq is too short.
+    }
+    int fragment_len=1;
+    if(gaussain_mean-2*gaussain_sigma>ref_seq.length()){
+	    //when reference length < mean-2*std, fragment_len sets to be reference length
+	   fragment_len=ref_seq.length();
+    }
+    else{
+	    fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+	    while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+		    fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+	    }
+    }
+    long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+    //long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+    long pos_2=ref_seq.length()-pos_1-fragment_len;
+    int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+    int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);   
+    bool is_plus_strand=true;
+    if(r_prob()>0.5){
+        is_plus_strand=false;
+    }
+    if(is_plus_strand){
+        read_1.is_plus_strand=true;
+        read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1); 
+        read_2.is_plus_strand=false;
+//      pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+        read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    else{
+        read_1.is_plus_strand=false;
+        read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+//      pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+        read_2.is_plus_strand=true;
+        read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    read_1.bpos=pos_1;
+    read_1.ref2read();
+    read_2.bpos=pos_2;
+    read_2.ref2read();
+    //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+    return true;
+}
+
+
+//for amplicon sequencing simulation
+// amplicon single end sequencing
+bool art::next_ampread_indel(seqRead& a_read){
+    if(read_len>ref_seq.length()){
+	    return false; //ref_seq is too short.
+    }
+    long pos=(long) 0; 
+    int slen =a_read.get_indel(read_len);            
+    a_read.is_plus_strand=true;
+//    if(r_prob()>0.5){
+//        a_read.is_plus_strand=false;
+//    }
+//    if(a_read.is_plus_strand){
+        a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len-slen);
+//    }
+//    else{
+//       a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len-slen);
+//    }
+    a_read.bpos=pos;
+    a_read.ref2read();
+    return true;
+}
+
+//amplicon paired-end reads: the second read is reverse complemenaty strand 
+bool art::next_pair_ampread_indel_cmp(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+    if(read_len>ref_seq.length()){
+	    return false; //ref_seq is too short.
+    }
+    long pos_1=(long) 0;
+    long pos_2=pos_1;
+    int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+    int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);   
+    bool is_plus_strand=true;
+//    if(r_prob()>0.5){
+//        is_plus_strand=false;
+//    }
+    if(is_plus_strand){
+        read_1.is_plus_strand=true;
+        read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1); 
+        read_2.is_plus_strand=false;
+//      pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+        read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    else{
+        read_1.is_plus_strand=false;
+        read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+//      pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+        read_2.is_plus_strand=true;
+        read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    read_1.bpos=pos_1;
+    read_1.ref2read();
+    read_2.bpos=pos_2;
+    read_2.ref2read();
+    //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+    return true;
+}
+
+//amplicon matepaired reads: the second read is reverse complemenaty strand 
+bool art::next_matepair_ampread_indel_cmp(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+    if(read_len>ref_seq.length()){
+	    return false; //ref_seq is too short.
+    }
+    long pos_1=(long) ref_seq.length()-read_len;
+    long pos_2=pos_1;
+    int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+    int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);   
+
+    pos_1=pos_1+slen_1;
+    pos_2=pos_2+slen_2;
+
+    bool is_plus_strand=true;
+//    if(r_prob()>0.5){
+//        is_plus_strand=false;
+//    }
+    if(is_plus_strand){
+        read_1.is_plus_strand=true;
+        read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1); 
+        read_2.is_plus_strand=false;
+//      pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+        read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    else{
+        read_1.is_plus_strand=false;
+        read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+//      pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+        read_2.is_plus_strand=true;
+        read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+    }
+    read_1.bpos=pos_1;
+    read_1.ref2read();
+    read_2.bpos=pos_2;
+    read_2.ref2read();
+    //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+    return true;
+}
+
+
+
+
+
+//bool parse_arg(int num, char* arg){
+//    bool success=true;
+//    int i=1;
+//    for(;i<ARGC;++i){
+//       	char* pch = ARGV[i];
+//       	if( *pch != '-' || *(pch+1) == '\0') break;
+//       	while(*++pch && success){
+//            switch(*pch){
+//                // Version Information
+//            case 'v':
+//            case 'V':
+//                prtVersion = true;
+//                break;
+//                // Help Information
+//            case 'h':
+//            case 'H':
+//                prtVersion = true;
+//                prtUsage = true;
+//                break;
+//                // Unbuffered Output
+//            case 't':
+//            case 'T':
+//                html_out=false;
+//                break;
+//            case 'b':
+//            case 'B':
+//                if(i<ARGC) browser=ARGV[++i]; 
+//                else success=PrintErr("Invalid value for option: \"%c\"", *pch);
+//                break;
+//            case 'o':
+//            case 'O':
+//                if(i<ARGC) outFile=ARGV[++i]; 
+//                else success=PrintErr("Invalid value for option: \"%c\"", *pch);
+//                break;
+//            case 'c':
+//            case 'C':
+//                if(i<ARGC) cfgFile=ARGV[++i]; 
+//                else success=PrintErr("Invalid value for option: \"%c\"", *pch);
+//                break;
+//                // Error Reporting
+//            default:
+//                success=PrintErr("Unreconized switch, \"%c\"", *pch);
+//                prtUsage = true;
+//                prtVersion = true;
+//                break;
+//            }
+//       	}
+//    }
+//
+//    // Print Version and/or Usage Information and exit
+//    if(prtVersion || prtUsage){
+//       	if(prtUsage) printUsage();
+//       	if(prtVersion) printVer();
+//       	return false;
+//    }
+//
+//    if(i>ARGC){ printUsage(); return false;}
+//
+//    aceFile=ARGV[i];
+//    return success;;
+//}
+
+//
+//ngrs::ngrs(int level, unsigned int tm, double rate, unsigned int branch){
+//	const gsl_rng_type *T1, *T2;
+//	gsl_rng *r1, *r2;
+//	gsl_rng_default_seed=(unsigned int) time(NULL);
+////	gsl_rng_env_setup();
+//	T1 = gsl_rng_default;
+//	T2 = gsl_rng_default;
+//	r1 = gsl_rng_alloc(T1);
+//	r2 = gsl_rng_alloc(T2);
+//
+//	depth = level;
+//	time_lambda= tm;
+//	branch_lambda = branch;
+//	max_branch = branch;;
+//	real_aveRate = rate;
+//
+//	node root(0,1,0,0);
+//	tree.push_back(root);
+//	size_t i = 0;
+//	for (; i < tree.size(); i++) {
+//		if(tree[i].level>=depth) break;
+//		 node newNode=tree[i];
+//		 newNode.parent = i;
+//		 newNode.level += 1;
+//		 double timepass = gsl_ran_exponential(r1, time_lambda);
+//		 newNode.time = timepass; 
+//		 //gsl_ran_gaussian(const gsl_rng * r, double sigma);
+//		 for(size_t num=0; num<branch; num++){
+//			 double substitution = gsl_ran_poisson(r2, real_aveRate);
+//			 newNode.rate = substitution*timepass/time_lambda/LargeNumber;
+////			 cout<<substitution<<"\t"<<timepass<<"\t"<<time_lambda<<endl;
+//			 tree.push_back(newNode);
+//		 }
+//	}
+//	gsl_rng_free (r1);
+//	gsl_rng_free (r2);
+//}
+//
+//ngrs::ngrs(int level, unsigned int tm, double rate, unsigned int mean_bch, unsigned int max_bch) {
+//	const gsl_rng_type *T1, *T2, *T3;
+//	gsl_rng *r1, *r2, *r3;
+//	gsl_rng_default_seed=(unsigned int)time(NULL);
+////	gsl_rng_env_setup();
+//
+//	T1 = gsl_rng_default;
+//	T2 = gsl_rng_default;
+//	T3 = gsl_rng_default;
+//	r1 = gsl_rng_alloc(T1);
+//	r2 = gsl_rng_alloc(T2);
+//	r3 = gsl_rng_alloc(T3);
+//
+//	depth = level;
+//	time_lambda= tm;
+//	branch_lambda = mean_bch;
+//	max_branch = max_bch;
+//	real_aveRate = rate;
+//
+//	size_t k = gsl_ran_poisson(r3, branch_lambda);
+//	double timepass = gsl_ran_exponential(r1, time_lambda);
+//	double substitution = gsl_ran_poisson(r2, real_aveRate);
+//
+//	node root(0,1,0,0);
+//	tree.push_back(root);
+//	size_t i = 0;
+//	for (; i < tree.size(); i++) {
+//		if(tree[i].level>=depth) break;
+//		 size_t k = gsl_ran_poisson(r3, branch_lambda);
+//		 if(k==0) continue;
+//		 if(k>max_branch) k = max_branch;
+//		 node newNode=tree[i];
+//		 newNode.parent = i;
+//		 newNode.level += 1;
+//		 double timepass = gsl_ran_exponential(r1, time_lambda);
+//		 newNode.time = timepass; 
+//		 //gsl_ran_gaussian(const gsl_rng * r, double sigma);
+//		 for(size_t num=0; num<k; num++){
+//			 double substitution = gsl_ran_poisson(r2, real_aveRate);
+//			 newNode.rate = substitution*timepass/time_lambda/LargeNumber;
+//			 tree.push_back(newNode);
+//		 }
+//	}
+//	gsl_rng_free (r1);
+//	gsl_rng_free (r2);
+//	gsl_rng_free (r3);
+//}
+
+//bool art::next_read_indel(seqRead& a_read){
+//    long pos=(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]
+//    map<int,char,less<int> > indel;    
+//    int slen =a_read.get_indel(read_len, indel);            
+//    string seq_ref;
+//    a_read.is_plus_strand=true;
+//    if(r_prob()>0.5){
+//        a_read.is_plus_strand=false;
+//    }
+//    if(is_plus_strand){
+//        seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len-slen);
+//    }
+//    else{
+//        seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len-slen);
+//    }
+//
+//    a_read.bpos=pos;
+//
+//    //int del_len=(indel.size()-slen)/2;
+//    int ins_len=(indel.size()+slen)/2;
+//    int aln_len=seq_ref.size()+ins_len;
+//
+//    string seq_read; seq_read.resize(read_len); 
+//    a_read.aln_ref.resize(aln_len);
+//    a_read.aln_read.resize(aln_len);
+//
+//    for(int i=0,j=0, k=0; i<aln_len; i++){
+//        if(indel.count(i)==0){
+//            a_read.aln_read[i]=seq_ref[k];
+//            a_read.aln_ref[i]=seq_ref[k];
+//            seq_read[j]=seq_ref[k]; j++; k++; 
+//        }
+//        else if(indel[i]!='-'){
+//            a_read.aln_ref[i]='-';
+//            a_read.aln_read[i]=indel[i];
+//            seq_read[j]=indel[i]; j++;
+//        }
+//        else {
+//            a_read.aln_ref[i]=seq_ref[k]; k++;
+//            a_read.aln_read[i]='-';
+//        }
+//    }
+//
+//}
diff --git a/art_illumina_src/empdist.cpp b/art_illumina_src/empdist.cpp
new file mode 100644
index 0000000..88e8f93
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/empdist.cpp
@@ -0,0 +1,502 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription 
+//Copyright(c) 2008-2015 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+#include <cmath>
+#include <cstdlib>
+#include <ctime>
+#include "empdist.h"
+
+empdist::empdist(){
+       	//map <string,string> mid2name;
+	mid2name["GA1"]="Genome Analyzer I";
+	mid2name["GA2"]="Genome Analyzer II";
+	mid2name["HS10"]="HiSeq 1000";
+	mid2name["HS20"]="HiSeq 2000";
+	mid2name["HS25"]="HiSeq 2500"; 
+	mid2name["MS"]="MiSeq";
+};
+
+bool empdist::setdist(string sequencer,  bool sep_qual, int length){
+       	map <string, map<int, string> > m2q1, m2q2;
+       	map <string, map<int, string> >::iterator it1, it2;
+       	map<int, string>::iterator qt1,qt2;
+
+	m2q1["GA1"][36]=QUAL_DIST_ONE36;
+	m2q2["GA1"][36]=QUAL_DIST_TWO36;
+	m2q1["GA1"][44]=QUAL_DIST_ONE44;
+	m2q2["GA1"][44]=QUAL_DIST_TWO44;
+	m2q1["GA2"][50]=QUAL_DIST_ONE50;
+	m2q2["GA2"][50]=QUAL_DIST_TWO50;
+	m2q1["GA2"][75]=QUAL_DIST_ONE75;
+	m2q2["GA2"][75]=QUAL_DIST_TWO75;
+	m2q1["HS10"][100]=QUAL_DIST_ONE100;
+	m2q2["HS10"][100]=QUAL_DIST_TWO100;
+	m2q1["MS"][250]=QUAL_DIST_ONE250;
+	m2q2["MS"][250]=QUAL_DIST_TWO250;
+	m2q1["HS20"][100]=HiSeq2000L100R1;
+	m2q2["HS20"][100]=HiSeq2000L100R2;
+	m2q1["HS25"][125]=HiSeq2500L125R1;
+	m2q2["HS25"][125]=HiSeq2500L125R2;
+	m2q1["HS25"][150]=HiSeq2500L150R1;
+	m2q2["HS25"][150]=HiSeq2500L150R2; 
+	comb_sym = ".";
+       	a_sym = "A";
+       	t_sym = "T";
+       	g_sym = "G";
+       	c_sym = "C";
+       	n_sym = "N"; 
+	sep_qual_flag = sep_qual;
+	it1=m2q1.find(sequencer);
+	it2=m2q2.find(sequencer);
+	if(it1==m2q1.end()){
+	       	cerr<<"ART has no built-in profile for the sequencing machine: "<<sequencer<<endl; 
+	       	cerr<<"List of the built-in profiles are:"<<sequencer<<endl; 
+		short i=0;
+		for (it1=m2q1.begin(); it1!=m2q1.end(); ++it1){
+		       	for (qt1=it1->second.begin(); qt1!=it1->second.end(); ++qt1){
+			       	i++;
+			       	cerr <<i<<") "<<it1->first<<":"<< mid2name[it1->first] <<" length: "<<qt1->first<<endl;
+			}
+		}
+		cerr<<endl;
+		exit(1);
+	}
+	else if (it1->second.rbegin()->first < length){
+	       	cerr<<"Error: the requested read length > the max length ("<<it1->second.rbegin()->first<<"bp) of any built-in profile for "<<sequencer; 
+		exit(1);
+	}
+	ssystem=mid2name[it1->first];
+
+       	qt1=it1->second.lower_bound(length); 
+       	qt2=it2->second.lower_bound(length); 
+
+        istringstream  distss;
+       	distss.str(qt1->second);
+       	read_emp_dist(distss, true);
+       	distss.clear();
+       	distss.str(qt2->second);
+       	read_emp_dist(distss, false);
+	return true;
+}
+
+bool empdist::setdist(string file_name, string file_name1, bool sep_qual, int length){
+
+    comb_sym = ".";
+    a_sym = "A";
+    t_sym = "T";
+    g_sym = "G";
+    c_sym = "C";
+    n_sym = "N";
+
+    sep_qual_flag = sep_qual;
+
+    if(file_name.empty() && file_name1.empty()){
+        istringstream  distss;
+	if(length <= 36){
+            distss.str(QUAL_DIST_ONE36);
+            read_emp_dist(distss, true);
+            distss.clear();
+            distss.str(QUAL_DIST_TWO36);
+            read_emp_dist(distss, false); 
+	    ssystem=mid2name["GA1"];
+	} else if(length <= 44){
+            distss.str(QUAL_DIST_ONE44);
+            read_emp_dist(distss, true);
+            distss.clear();
+            distss.str(QUAL_DIST_TWO44);
+            read_emp_dist(distss, false);
+	    ssystem=mid2name["GA1"];
+	} else if(length <= 50){
+            distss.str(QUAL_DIST_ONE50);
+            read_emp_dist(distss, true);
+            distss.clear();
+            distss.str(QUAL_DIST_TWO50);
+            read_emp_dist(distss, false);
+	    ssystem=mid2name["GA2"];
+	} else if(length <= 75){
+            distss.str(QUAL_DIST_ONE75);
+            read_emp_dist(distss, true);
+            distss.clear();
+            distss.str(QUAL_DIST_TWO75);
+            read_emp_dist(distss, false);
+	    ssystem=mid2name["GA2"];
+	} else if(length <= 100){
+            distss.str(HiSeq2000L100R1);
+            read_emp_dist(distss, true);
+            distss.clear();
+            distss.str(HiSeq2000L100R2);
+            read_emp_dist(distss, false);
+	    ssystem=mid2name["HS20"];
+	} else if(length <= 125){
+            distss.str(HiSeq2500L125R1);
+            read_emp_dist(distss, true);
+            distss.clear();
+            distss.str(HiSeq2500L125R2);
+            read_emp_dist(distss, false);
+	    ssystem=mid2name["HS25"];
+	} else if(length <= 150){
+            distss.str(HiSeq2500L150R1);
+            read_emp_dist(distss, true);
+            distss.clear();
+            distss.str(HiSeq2500L150R2);
+            read_emp_dist(distss, false);
+	    ssystem=mid2name["HS25"];
+	} else if(length <= 250){
+            distss.str(QUAL_DIST_ONE250);
+            read_emp_dist(distss, true);
+            distss.clear();
+            distss.str(QUAL_DIST_TWO250);
+            read_emp_dist(distss, false);
+	    ssystem=mid2name["MS"];
+	}else {
+		cerr<<"No read quality profile can generate "<< length << "bp reads!"<<endl; 
+		exit(1);
+	}
+    } else if(file_name.empty()){
+        istringstream  distss;
+	if(length <= 36){
+            distss.str(QUAL_DIST_ONE36);
+            read_emp_dist(distss, true);
+	} else if(length <= 44){
+            distss.str(QUAL_DIST_ONE44);
+            read_emp_dist(distss, true);
+	} else if(length <= 50){
+            distss.str(QUAL_DIST_ONE50);
+            read_emp_dist(distss, true);
+	} else if(length <= 75){
+            distss.str(QUAL_DIST_ONE75);
+            read_emp_dist(distss, true);
+	} else if(length <= 100){
+            distss.str(HiSeq2000L100R1);
+            read_emp_dist(distss, true);
+	} else if(length <= 125){
+            distss.str(HiSeq2500L125R1);
+            read_emp_dist(distss, true);
+            distss.clear();
+            distss.str(HiSeq2500L125R2);
+            read_emp_dist(distss, false);
+	} else if(length <= 150){
+            distss.str(HiSeq2500L150R1);
+            read_emp_dist(distss, true);
+            distss.clear();
+            distss.str(HiSeq2500L150R2);
+            read_emp_dist(distss, false);
+	} else {
+            distss.str(QUAL_DIST_ONE250);
+            read_emp_dist(distss, true);
+	}
+
+        read_emp_dist(file_name1, false);
+    } else if(file_name1.empty()){
+        read_emp_dist(file_name, true);
+
+        istringstream  distss;
+	if(length <= 36){
+            distss.str(QUAL_DIST_TWO36);
+            read_emp_dist(distss, false);
+	} else if(length <= 44){
+            distss.str(QUAL_DIST_TWO44);
+            read_emp_dist(distss, false);
+	} else if(length <= 50){
+            distss.str(QUAL_DIST_TWO50);
+            read_emp_dist(distss, false);
+	} else if(length <= 75){
+            distss.str(QUAL_DIST_TWO75);
+            read_emp_dist(distss, false);
+	} else if(length <= 100){
+            distss.str(HiSeq2000L100R2);
+            read_emp_dist(distss, false);
+	} else if(length <= 125){
+            distss.str(HiSeq2500L125R2);
+            read_emp_dist(distss, false);
+	} else if(length <= 150){
+            distss.str(HiSeq2500L150R2);
+            read_emp_dist(distss, false);
+	} else {
+            distss.str(QUAL_DIST_TWO250);
+            read_emp_dist(distss, false);
+	}
+    } else {
+        read_emp_dist(file_name, true);
+        read_emp_dist(file_name1, false);
+    }
+//    srand ( (unsigned int)time(NULL) );
+   return true;
+}
+
+//generate quali vector from dist of one read from pair-end [default first read]
+bool empdist::get_read_qual(vector<short>& read_qual, int len, bool first){
+    if(first){
+        if(len>(int)qual_dist_first.size()){
+            cerr<<"Fatal Error: Maximum read length allowed is:"<<qual_dist_first.size() << endl; 
+            return false;
+        }
+        return get_read_qual(qual_dist_first, read_qual, len);
+    }
+    else{
+        if(len>(int)qual_dist_second.size()){
+            cerr<<"Fatal Error: Maximum length allowed for second read is:"<<qual_dist_first.size() << endl; 
+            return false;
+        }
+        return get_read_qual(qual_dist_second, read_qual, len);
+    }
+}
+
+//generate quali vector from dist of first read from pair-end
+bool empdist::get_read_qual(vector<short>& read_qual, bool first){
+    if(first){
+        return get_read_qual(qual_dist_first, read_qual, (int)qual_dist_first.size());
+    }
+    else{
+        return get_read_qual(qual_dist_second, read_qual, (int)qual_dist_second.size());
+    }
+}
+
+bool empdist::get_read_qual(vector< map <unsigned int, unsigned short> >&qual_dist, vector<short>& read_qual, int len){
+    if((int)qual_dist.size()<len) return false;
+    unsigned int cumCC;
+    map <unsigned int, unsigned short>::iterator it;
+    for(int i=0; i<len; i++){
+        cumCC=(unsigned int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+        it=qual_dist[i].lower_bound(cumCC);
+        //if(it!=qual_dist[i].end()){
+        read_qual.push_back(it->second);
+        //}
+    }
+    return true;
+}
+
+bool empdist::get_read_qual_1st(string seq, vector<short>& read_qual){
+    int len=seq.size();
+    if(len==0) return false;
+    if(a_qual_dist_first.size()<len || t_qual_dist_first.size()<len || g_qual_dist_first.size()<len || c_qual_dist_first.size()<len ){
+	    cerr<<"Error: The required read length exceeds the length of the read quality profile"<<endl;
+	    exit(1);
+    }
+
+    unsigned int cumCC;
+    map <unsigned int, unsigned short>::iterator it;
+    for(int i=0; i<len; i++){
+        cumCC=(unsigned int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+	if(seq[i]=='A'){
+	       	it=a_qual_dist_first[i].lower_bound(cumCC);
+	       	read_qual.push_back(it->second);
+	}
+	else if(seq[i]=='C'){
+	       	it=c_qual_dist_first[i].lower_bound(cumCC);
+	       	read_qual.push_back(it->second);
+	}
+	else if(seq[i]=='G'){
+	       	it=g_qual_dist_first[i].lower_bound(cumCC);
+	       	read_qual.push_back(it->second);
+	}
+	else if(seq[i]=='T'){
+	       	it=g_qual_dist_first[i].lower_bound(cumCC);
+	       	read_qual.push_back(it->second);
+	}
+	else{
+		//return random quality less than 10 
+	       	read_qual.push_back((short) r_prob()*10); 
+	}
+    }
+    return true;
+}
+
+bool empdist::get_read_qual_2nd(string seq, vector<short>& read_qual){
+    int len=seq.size();
+    if(len==0) return false;
+    if(a_qual_dist_second.size()<len || t_qual_dist_second.size()<len || g_qual_dist_second.size()<len || c_qual_dist_second.size()<len ){
+	    cerr<<"Error: The required read length exceeds the length of the read quality profile"<<endl;
+	    exit(1);
+    }
+
+    unsigned int cumCC;
+    map <unsigned int, unsigned short>::iterator it;
+    for(int i=0; i<len; i++){
+        cumCC=(unsigned int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+	if(seq[i]=='A'){
+	       	it=a_qual_dist_second[i].lower_bound(cumCC);
+	       	read_qual.push_back(it->second);
+	}
+	else if(seq[i]=='C'){
+	       	it=c_qual_dist_second[i].lower_bound(cumCC);
+	       	read_qual.push_back(it->second);
+	}
+	else if(seq[i]=='G'){
+	       	it=g_qual_dist_second[i].lower_bound(cumCC);
+	       	read_qual.push_back(it->second);
+	}
+	else if(seq[i]=='T'){
+	       	it=g_qual_dist_second[i].lower_bound(cumCC);
+	       	read_qual.push_back(it->second);
+	}
+	else{
+		//return random quality less than 10 
+	       	read_qual.push_back((short) r_prob()*10); 
+	}
+    }
+    return true;
+}
+
+empdist::~empdist(){
+    qual_dist_first.clear();
+    qual_dist_second.clear();
+}
+
+bool empdist::read_emp_dist(string infile, bool is_first){
+    ifstream distss(infile.c_str());
+    if(!distss){
+        cerr<<"Fatal Error: Cannot open the distribution file: "<<infile<< endl;
+        return false;
+    }
+    return read_emp_dist(distss, is_first);
+}
+
+bool empdist::read_emp_dist(istream& input, bool is_first){
+    int linenum=0;
+    int read_pos;
+    char alt_read_pos;
+
+    while(!input.eof()){
+        bool a_flag = false;
+        bool t_flag = false;
+        bool g_flag = false;
+        bool c_flag = false;
+
+        string aLine;
+        getline(input, aLine);
+        if(aLine.length()==0) continue;
+        if(aLine[0]=='#') continue;
+		
+	if( !sep_qual_flag && (aLine[0] != comb_sym[0])){ 
+	    continue;
+	} else if( sep_qual_flag && (aLine[0] == a_sym[0])){ 
+	    a_flag = true;
+	} else if( sep_qual_flag && (aLine[0] == t_sym[0])){ 
+	    t_flag = true;
+	} else if( sep_qual_flag && (aLine[0] == g_sym[0])){ 
+	    g_flag = true;
+	} else if( sep_qual_flag && (aLine[0] == c_sym[0])){ 
+	    c_flag = true;
+	} else if( sep_qual_flag && (aLine[0] == n_sym[0])){
+	   continue;
+	} else if( sep_qual_flag && (aLine[0] == comb_sym[0])){
+	   continue;
+	} 
+
+        istringstream ss(aLine);
+	ss>>alt_read_pos;
+	ss>>read_pos;
+
+        if(read_pos!=linenum){
+	    linenum = 0;
+	    if(read_pos!=linenum){
+                cerr<<"Fatal error (1): Wrong format of input distribution."<<endl;
+                exit(1);
+	    }
+        }
+
+        unsigned short t_int;
+        vector<unsigned short> qual;
+
+        while (ss >> t_int){ qual.push_back(t_int); }
+
+        getline(input, aLine);
+        ss.clear();ss.str(aLine);
+	ss>>alt_read_pos;
+	ss>>read_pos;
+
+        if(read_pos!=linenum){
+            cerr<<"Fatal error (2): Wrong format of input distribution."<<endl;
+            exit(2);
+        }
+
+        unsigned long t_uint;
+        vector<unsigned long> count;
+
+        while (ss >> t_uint){  count.push_back(t_uint); }
+
+        if(count.size()!=qual.size()){
+            cerr<<"Fatal error (3): Wrong format of input distribution."<<endl;
+            exit(3);
+        }
+
+        double denom=count[count.size()-1]/(double)max_dist_number;
+        map<unsigned int, unsigned short> dist;
+
+        for(size_t i=0; i<count.size(); i++){
+            unsigned int cc=(unsigned int)ceil(count[i]/denom);           
+            dist[cc]=qual[i];
+        }
+        if(dist.size()>0){
+            linenum++;
+
+	    if(!sep_qual_flag && is_first){
+		qual_dist_first.push_back(dist);
+	    } else if(!sep_qual_flag && !is_first){
+		qual_dist_second.push_back(dist);
+	    } else if(a_flag && is_first){
+		a_qual_dist_first.push_back(dist);
+	    } else if(a_flag && !is_first){
+		a_qual_dist_second.push_back(dist);
+	    } else if(t_flag && is_first){
+		t_qual_dist_first.push_back(dist);
+	    } else if(t_flag && !is_first){
+		t_qual_dist_second.push_back(dist);
+	    } else if(g_flag && is_first){
+		g_qual_dist_first.push_back(dist);
+	    } else if(g_flag && !is_first){
+		g_qual_dist_second.push_back(dist);
+	    } else if(c_flag && is_first){
+		c_qual_dist_first.push_back(dist);
+	    } else if(c_flag && !is_first){
+		c_qual_dist_second.push_back(dist);
+	    } else {
+		cerr << "Unexpected Error: Profile was not read in correctly." << endl;
+		exit(5);	
+	    }
+        }
+    }
+    //max_len_read=linenum;
+    if(linenum==0) return false;
+    return true;
+}
+
+bool empdist::read_emp_dist(istream& input, map <unsigned int, unsigned int>& dist){
+    while(!input.eof()){
+        string aLine;
+        getline(input, aLine);
+        if(aLine.length()==0) continue;
+        if(aLine[0]=='#') continue;
+        istringstream ss(aLine);
+        unsigned int t_int;
+        vector<unsigned int> value;
+        while (ss >> t_int){ value.push_back(t_int); }
+        getline(input, aLine);
+        ss.clear();ss.str(aLine);
+        vector<unsigned int> count;
+        while (ss >> t_int){  count.push_back(t_int); }
+        if(count.size()!=value.size()){
+            cerr<<"Fatal error (4): Wrong format of input distribution."<<endl;
+            exit(4);
+        }
+        double denom=count[count.size()-1]/(double)max_dist_number;
+        for(size_t i=0; i<count.size(); i++){
+            unsigned int cc=(unsigned int)ceil(count[i]/denom);           
+            dist[cc]=value[i];
+        }
+        break;
+    }
+    if(dist.size()==0) return false;
+    return true;
+}
+
+bool empdist::read_emp_dist(string infile, map <unsigned int, unsigned int>& dist){
+    ifstream distss(infile.c_str());
+    if(!distss){
+        cerr<<"Cannot open the distribution file "<<infile<<endl;
+        return false;
+    }
+    return read_emp_dist(distss, dist);
+}
diff --git a/art_illumina_src/empdist.h b/art_illumina_src/empdist.h
new file mode 100644
index 0000000..65d04d6
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/empdist.h
@@ -0,0 +1,102 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription 
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+#pragma once
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <sstream>
+#include <fstream>
+#include <string>
+#include <map>
+#include <cmath>
+
+
+#define HIGHEST_QUAL 80
+
+#define QUAL_DIST_ONE36 ".	0	3	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38	40\n.	0	39375	355755	395136	415685	1227131	1338634	1522001	1851208	2165909	2436839	2608538	3151544	3638628	4218935	4552017	4936868	6093912	6810203	7762413	8336676	9740769	11066722	13282828	16958345	28105900	72514851	93003507	107259823	112268937	122560993	138449311	148388962	183462055	192213544	212042638\n.	1	2	3	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	 [...]
+#define QUAL_DIST_TWO36 ".	0	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35\n.	0	24169	108679	230878	432989	531637	687985	724072	757448	827457	1045400	1182089	1284825	1364606	1444283	1592857	1765902	2020367	2511428	3007139	3455841	4698345	6564440	7237939	26839079	54160047	75144180	75682608	82040869	82063067	82204505	82254207\n.	1	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35\n.	1	111162	206396	401928	63211 [...]
+#define QUAL_DIST_ONE44 ".	0	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36\n.	0	142168	225190	337248	610393	758015	1064016	1194136	1310320	1440508	1659231	1819983	1843960	1929737	2089621	2249375	2392228	2597911	2896726	3140627	3330665	3567790	3869834	4058388	4251364	4695430	4912779	5379557	23180714	33282826	43682286	62663081	71719322	72048535	72127610	72288600\n.	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	 [...]
+#define QUAL_DIST_TWO44 ".	0	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	26	27	28	29	30	31	32	34	35\n.	0	77034	90389	156882	216994	369038	421292	554772	561283	659949	729973	758421	880149	1103459	1122957	1165256	1190910	1281622	1361618	1621770	1657792	1923995	2049928	2143423	2432383	2538265	2852646	3230695	12876012	21669241	29964189	30096345	30226613\n.	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	26	27	28	29	30	31	32	34	35\n.	1	74110	86563	156072	218376 [...]
+#define QUAL_DIST_ONE50 ".	0	7	8	12	14	15	16	19	20	22	25	26	27	28	29	31	33	34	36\n.	0	69185	652059	1060003	1270010	1534276	1755038	2458510	2468885	2724930	2974082	3554732	3862344	4412767	5570179	14766465	17123570	17724519	18909340\n.	1	7	8	12	14	15	16	19	20	22	25	26	27	28	29	31	33	34	36\n.	1	111009	931279	1502559	1792951	2151483	2451174	3379974	3393360	3718812	4040145	4693789	5034460	5707291	6971379	14570647	17050064	17647962	18909340\n.	2	5	8	9	11	13	15	16	20	21	24	26	27	29	30	31	33	34	 [...]
+#define QUAL_DIST_TWO50 ".	0	2	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40\n.	0	760694	783617	1485449	1600097	1662316	1971976	2034444	2445582	2508624	2539770	3109145	3141712	3174655	3241687	3807595	3841661	9006619	9290988	11840973	14379434	17584568	18283898	18641549	18712479	19209942	19996643	20793620	22795440	23471373	34368792	34916488	35931130	37064566	37710799	37732732	37751977	37879391\n.	1	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	 [...]
+#define QUAL_DIST_ONE75 ".	0	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	34\n.	0	150623	207501	514720	1898368	1934972	2866832	2899437	3573586	4098956	4739589	5004492	5518069	6459433	6721628	7053672	7592206	7952822	9240440	10116858	10410781	11220699	11871980	13597237	14982599	31972672	33118685	42285605	57915567	58204858	59144583	59576517\n.	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	34\n.	1	191746	267031	682094 [...]
+#define QUAL_DIST_TWO75 ".	0	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36\n.	0	543307	818625	2509308	4992808	8438377	11672192	13296448	13736670	15917998	17676703	19592490	20442857	22430803	24139678	26624739	29745196	31244672	32704493	35166263	39642628	41752267	45293233	49605769	64252493	77494158	87717704	120721976	146901483	149393136	151625348	153347693	154937276	155953843	156397714	156913174\n.	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17 [...]
+#define QUAL_DIST_ONE100 ".	0	0	2	7	10	12	15	16	18	19	20	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	33	34\n.	0	3905743	45345497	49158122	57009821	59025108	61049836	73186593	74775249	74919293	77067802	83794125	92125932	94625060	109130534	152157667	173621700	228617928	235434409	360506841	924229100	1050788673	1572984495\n.	1	0	2	7	10	12	15	16	18	19	20	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	33	34\n.	1	656238	42553987	46270739	59523316	60829670	63811399	85685424	87500618	87849582	90541237	98878279	107130755	109949 [...]
+#define QUAL_DIST_TWO100 ".	0	0	2	10	16	19	22	23	25	26	27	28	30	31	33	34\n.	0	5726942	50897586	106615781	162540329	162873272	164608663	184363026	260851397	289604631	311827150	452561980	620808242	1038520111	1362591642	1572984495\n.	1	0	2	10	16	19	22	23	25	26	27	28	30	31	33	34\n.	1	9532963	51976520	96635108	145027167	145461997	148610729	167190515	208252097	240747149	271453040	332598623	474292066	972789484	1236406188	1572984495\n.	2	0	2	10	16	19	22	23	25	26	27	28	30	31	33	34\n.	2	17831088	6 [...]
+#define QUAL_DIST_ONE250 ".	0	2	11	20	24	27	28	30	32\n.	0	13217	326029	587055	708792	1381041	1845106	13112484	14888071\n.	1	2	11	20	24	27	28	30	32\n.	1	93	229789	451665	580153	1115716	1620727	12491490	14888071\n.	2	11	20	24	27	28	30	32\n.	2	198041	375236	502607	972605	1501297	12107561	14888071\n.	3	11	20	24	27	28	30	32\n.	3	158609	293540	405919	810973	1365260	11812381	14888071\n.	4	11	20	24	27	28	30	32\n.	4	220749	359387	506224	919813	1423088	11830897	14888071\n.	5	9	10	11	12	13	14	20	22 [...]
+#define QUAL_DIST_TWO250 ".	0	2	11	20	24	27	28	30	32\n.	0	3313	1156414	1827396	2059431	3121261	3818244	13834005	14888071\n.	1	2	11	20	24	27	28	30	32\n.	1	88	998973	1624742	1852098	2759930	3543128	13510174	14888071\n.	2	2	11	20	24	27	28	30	32\n.	2	1671	852737	1391294	1586856	2388532	3236153	13196381	14888071\n.	3	2	11	20	24	27	28	30	32\n.	3	183	874855	1330444	1558039	2285629	3148059	13032051	14888071\n.	4	2	11	20	24	27	28	30	32\n.	4	1	881496	1327755	1563973	2293341	3162832	13076266	148880 [...]
+#define HiSeq2000L100R1 ".	0	2	7	10	12	15	16	18	19	20	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	33	34\n.	0	2137709	9838260	25618196	30056408	46452641	87817886	89405617	90818663	93036650	101245685	111136694	113335648	138988235	180507123	203731089	255978114	261865733	371628676	895552331	1066899468	1729896175\n.	1	2	7	10	12	15	16	18	19	20	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	33	34\n.	1	297709	9841379	17922659	22333815	34094711	60443221	62746508	63830880	66853752	74476913	82484877	85573865	110307590	145308368	 [...]
+#define HiSeq2000L100R2 ".	0	2	10	16	19	22	23	25	26	27	28	30	31	33	34\n.	0	10941304	61244299	114406586	114614601	115469561	130882307	173986676	200248235	224488282	285795240	399141889	912411817	1189580581	1729896175\n.	1	2	10	16	19	22	23	25	26	27	28	30	31	33	34\n.	1	9438355	54125988	99875129	100217282	102543772	117482677	155681551	181983973	211178295	261775379	362819480	851632029	1029488755	1729896175\n.	2	2	10	16	19	22	23	25	26	27	28	30	31	33	34\n.	2	9408189	54558743	96303206	96478634	99 [...]
+#define HiSeq2500L125R1 ".	0	2	18	25	27	28	30	31	32	33	34\n.	0	501540	14528493	21512178	27892666	30462569	34933739	39589167	76712990	205029125	499660772\n.	1	18	25	27	28	30	31	32	33	34\n.	1	14942133	20570845	26698655	30553444	35551769	43332862	74856672	188084794	499660772\n.	2	18	25	27	28	30	31	32	33	34\n.	2	15333830	20770770	26229231	30238008	35425235	44100550	74198843	182503127	499660772\n.	3	15	25	27	28	30	31	32	33	34\n.	3	14534463	19772180	24871325	28881657	34011574	43008899	73167369 [...]
+#define HiSeq2500L125R2 ".	0	2	18	25	27	28	30	31	32	33	34\n.	0	177451	20810026	27898809	36771253	40525806	44907069	53159377	95273993	297844157	499660772\n.	1	2	18	25	27	28	30	31	32	33	34\n.	1	216220	22399536	28311182	35913571	40229877	44623985	55493966	88427941	263707835	499660772\n.	2	2	18	25	27	28	30	31	32	33	34\n.	2	222710	22118233	27782533	34791403	39427222	43855338	55621347	86116153	249484110	499660772\n.	3	2	15	25	27	28	30	31	32	33	34\n.	3	228342	23116594	28669421	35250514	40358854 [...]
+#define HiSeq2500L150R1 ".	0	3	7	16	23	28	34\n.	0	40020	46153	309325	361402	1522200	12276056\n.	1	3	7	16	23	28	34\n.	1	30805	36524	201972	264270	1044420	12276056\n.	2	3	7	16	23	28	34\n.	2	31734	43659	1055152	1327317	2613680	12276056\n.	3	3	7	16	23	28	34	38\n.	3	34030	44415	914207	989928	1713012	3237441	12276056\n.	4	3	7	16	23	28	34	38\n.	4	36613	40611	294112	322927	747099	2146348	12276056\n.	5	3	7	16	23	28	34	38\n.	5	54984	77187	250614	301283	586618	1627879	12276056\n.	6	3	7	16	23	28	34	 [...]
+#define HiSeq2500L150R2 ".	0	3	7	16	23	28	34\n.	0	149647	171970	547387	652225	1628189	12276056\n.	1	3	7	16	23	28	34\n.	1	148999	171919	524632	639547	1539986	12276056\n.	2	3	7	16	23	28	34\n.	2	149328	172293	498582	615981	1454218	12276056\n.	3	3	7	16	23	28	34	38\n.	3	149328	169720	477360	532732	874790	1815709	12276056\n.	4	3	7	16	23	28	34	38\n.	4	157402	175624	468025	522016	854779	1767380	12276056\n.	5	3	7	16	23	28	34	38\n.	5	166133	212701	475664	544700	872803	1814806	12276056\n.	6	3	7	16	 [...]
+
+using namespace std;
+
+inline double r_prob(){
+    return rand()/(double)RAND_MAX;
+};
+
+class empdist{
+public:
+    empdist();
+    bool setdist(string file_name, string file_name1, bool sep_qual, int length);
+    bool setdist(string sequencer,  bool sep_qual, int length);
+    static double prob_err[HIGHEST_QUAL];
+    static void set_err_prob(){
+        for(int i=0; i<HIGHEST_QUAL; i++){
+//          prob_err[i]=10^(-i/10);
+            prob_err[i]=pow(10,-i/(double)10);
+        }
+    };
+    static const unsigned int max_dist_number=1000000; //need >100000
+    bool read_emp_dist(string infile, bool is_first);
+    bool read_emp_dist(istream& input, bool is_first);
+    bool read_emp_dist(string infile, map <unsigned int, unsigned int>& dist);
+    bool read_emp_dist(istream& input, map <unsigned int, unsigned int> & dist);
+
+    bool get_read_qual(vector<short>& read_qual, bool first=true);
+    bool get_read_qual(vector<short>& read_qual, int len, bool first=true);
+    bool get_read_qual_1st(string seq, vector<short>& read_qual);
+    bool get_read_qual_2nd(string seq, vector<short>& read_qual);
+    //TODO
+    //bool read_conti_dist(); 
+    ~empdist();
+
+    string ssystem;
+    map <string,string> mid2name;
+    vector< map <unsigned int, unsigned short> > qual_dist_first;
+    vector< map <unsigned int, unsigned short> > a_qual_dist_first;
+    vector< map <unsigned int, unsigned short> > t_qual_dist_first;
+    vector< map <unsigned int, unsigned short> > g_qual_dist_first;
+    vector< map <unsigned int, unsigned short> > c_qual_dist_first;
+    vector< map <unsigned int, unsigned short> > qual_dist_second;
+    vector< map <unsigned int, unsigned short> > a_qual_dist_second;
+    vector< map <unsigned int, unsigned short> > t_qual_dist_second;
+    vector< map <unsigned int, unsigned short> > g_qual_dist_second;
+    vector< map <unsigned int, unsigned short> > c_qual_dist_second;
+
+    map<unsigned int, unsigned int> fragment_length;
+    int get_ran_flagment_len(){
+        if(fragment_length.size()==0) return -1;
+        int cc=(int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+        map<unsigned int, unsigned int>::iterator it=fragment_length.lower_bound(cc);
+        if(it==fragment_length.end()) return -1;
+        return it->second; 
+    };
+private:
+    //int max_len_pair_first;
+    //int max_len_pair_second;
+    bool get_read_qual(vector< map <unsigned int, unsigned short> >&qual_dist, vector<short>& read_qual, int len);
+
+    string machinetype;
+    string comb_sym;
+    string a_sym;
+    string t_sym;
+    string g_sym;
+    string c_sym;
+    string n_sym;
+    bool sep_qual_flag;
+};
diff --git a/art_illumina_src/readSeqFile.cpp b/art_illumina_src/readSeqFile.cpp
new file mode 100644
index 0000000..73dc429
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/readSeqFile.cpp
@@ -0,0 +1,136 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART -- Artificial Read Transcription 
+//Copyright(c) 2008-2012 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <time.h>
+#include <math.h>
+#include <string>
+#include <vector>
+#include <algorithm>
+#include <functional>
+#include <iostream>
+#include <fstream>
+#include <sstream>
+
+using namespace std;
+
+
+#include "readSeqFile.h"
+
+readSeqFile::readSeqFile(){
+    fileName = (char*) "";
+}
+readSeqFile::readSeqFile(char* file_name){
+    fileName = file_name;
+    infile.open(fileName);
+    if(! infile.is_open()){
+        cerr<<"the file: "<<file_name<<" can not be opened"<<endl;
+        exit(0);
+    }
+}
+
+readSeqFile::~readSeqFile(){
+    if(infile.is_open()){
+        infile.close();
+    }
+}
+
+//read next num_next seq in fast format 
+int readSeqFile::next_seq(vector<string>& nextid, vector<string>& nextseq, int num_next)
+{
+    if(!infile.is_open()){
+        cerr<<"There is not open file"<<endl;
+        return 0;
+    }
+    string geneID="";
+    string geneSEQ="",tmpString="";
+    char tempChar;
+    int numSeq=0;
+    while(!infile.eof() && numSeq<num_next){
+        tempChar = 'a'; 
+        while(tempChar!='>' && !infile.eof() ){
+            infile.get(tempChar);
+        }
+        if(tempChar!='>'){
+            continue;
+        }
+        getline(infile,geneID);	
+        if(geneID.length()<1){
+            continue;
+        }
+        while((!infile.eof()) && (infile.peek()!='>')){ 
+            tmpString.clear();
+            getline(infile,tmpString);
+	    if ((tmpString.size() > 0) && (tmpString[tmpString.size() - 1] == '\r')){ tmpString.resize(tmpString.size() - 1); }
+            geneSEQ.append(tmpString);
+        }
+        nextseq.push_back(geneSEQ);
+        nextid.push_back(geneID);
+        geneSEQ.clear();
+        geneID.clear();
+        numSeq++;
+    }
+    return numSeq;	
+}
+
+int readSeqFile::next_seq(vector<string>& nextid,vector<string>& nextseq)
+{
+    return next_seq(nextid, nextseq,1);
+}
+//read in one seq
+int readSeqFile::next_seq(string& geneID,string& geneSEQ){
+    if(!infile.is_open()){
+        cerr<<"There is not open file"<<endl;
+        return 0;
+    }
+    geneSEQ.clear();
+    string tmpString="";
+    char tempChar;
+    int numSeq=0;
+    //stringstream tmpseq;
+    while(!infile.eof() && numSeq==0){
+        tempChar = 'a'; //tempChar is not '>'
+        while(tempChar!='>' && !infile.eof() ){
+            infile.get(tempChar);
+        }
+        if(tempChar!='>'){
+            continue;
+        }
+        getline(infile,geneID);	
+        if(geneID.length()<1){
+            continue;
+        }
+        while((!infile.eof()) && (infile.peek()!='>')){ 
+            tmpString.clear();
+            getline(infile,tmpString);
+	    if ((tmpString.size() > 0) && (tmpString[tmpString.size() - 1] == '\r')){ tmpString.resize(tmpString.size() - 1); }
+            geneSEQ.append(tmpString);//v1.1 change from "geneSEQ.append(tmpString)":
+        }
+        numSeq++;
+    }
+    return numSeq;
+}
+
+//close opened file and open another file
+bool readSeqFile::reSetFile(char* file_name){
+    if(infile.is_open()){
+        infile.close();
+    }
+    infile.open(file_name);
+    if(! infile.is_open()){
+        cerr<<"the file: "<<file_name<<" can not be opened";
+        return false;
+    }
+    return true;
+
+}
+
+//set pointer to begining
+bool readSeqFile::restart(){
+    infile.clear();
+    infile.seekg(0, ios::beg);
+    return true;
+}
diff --git a/art_illumina_src/readSeqFile.h b/art_illumina_src/readSeqFile.h
new file mode 100644
index 0000000..43621e6
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/readSeqFile.h
@@ -0,0 +1,29 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription 
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+#pragma once
+
+#include <vector>
+#include <fstream>
+#include <string>
+using namespace std;
+
+class readSeqFile{
+  private:
+      char* fileName;
+      ifstream infile;
+  public:
+      readSeqFile(char* file_name);
+      readSeqFile();
+      ~readSeqFile();
+      //close opened file and open another file
+      bool reSetFile(char* file_name);
+  	  //read next num_next seq in fasta format
+      int next_seq(vector<string>& nextid,vector<string>& nextseq, int num_next);
+      int next_seq(vector<string>& nextid,vector<string>& nextseq);
+      int next_seq(string& geneID,string& geneSEQ);
+      //set pointer to begining
+      bool restart();
+ 
+};
diff --git a/art_illumina_src/samRead.cpp b/art_illumina_src/samRead.cpp
new file mode 100644
index 0000000..d769a14
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/samRead.cpp
@@ -0,0 +1,138 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription 
+Copyright(c) 2011 Weichun Huang All Rights Reserved.
+_____________________________________________________________________________________________________________
+*/
+
+#include <sstream>
+#include "samRead.h"
+
+
+void samHeader::getRefseqID(char* seqfile){
+       	SN.clear();
+       	LN.clear();
+       	readSeqFile seq_reader(seqfile); 
+	string id, seq;
+       	while(seq_reader.next_seq(id,seq)){ 
+		SN.push_back(id);
+	       	LN.push_back(seq.size());
+	       	seq.clear();
+       	}
+//       	seq_reader.~readSeqFile();
+}
+
+void samHeader::printHeader(ostream& fout){
+       	if(SN.size()!=LN.size()){
+	       	cerr<<"fatal error in determining the number of sequences"<<endl;
+	       	exit(1);
+       	}
+       	fout<<"@HD\t"<<"VN:"<<VN<<"\tSO:"<<SO<<endl;
+       	for(size_t i=0; i<SN.size(); i++){
+	       	fout<<"@SQ\t"<<"SN:"<<SN[i]<<"\tLN:"<<LN[i]<<endl;
+       	}
+       	fout<<"@PG\t"<<"ID:"<<ID<<"\tPN:"<<PN<<"\tCL:"<<CL<<endl;
+}
+
+void samHeader::printAlnHeader(ostream& fout){
+       	if(SN.size()!=LN.size()){
+	       	cerr<<"fatal error in determining the number of sequences"<<endl;
+	       	exit(1);
+       	}
+       	fout<<"@CM\t"<<CL<<endl;
+       	for(size_t i=0; i<SN.size(); i++){
+	       	fout<<"@SQ\t"<<SN[i]<<"\t"<<LN[i]<<endl;
+       	}
+       	fout<<"##Header End"<<endl;
+}
+
+//make sure flag set before call getCigar
+void samRead::getCigar(string & aln_ref, string& aln_read, bool use_M){
+	if(aln_ref.length()!=aln_read.length()){
+		cerr<<"fatal error: wrong alignment"<<endl;
+		exit(1);
+	}
+//	vector<char> cType; 
+//	vector<int> len; 
+	cigar="";
+	
+	char t, t2;
+	int k=0;
+	if(flag & 0x10){ //reverse complement SEQ 
+		int ins_len=0, del_len=0;
+		for(int i=aln_ref.length()-1; i>=0; i--){
+		       	if(aln_ref[i]==aln_read[i]){
+			       	t='=';
+				if (use_M) t='M';
+		       	}
+		       	else if(aln_ref[i]=='-'){
+			       	t='I';
+				ins_len++;
+		       	}
+		       	else if(aln_read[i]=='-'){
+			       	t='D';
+				del_len++;
+		       	}
+		       	else{
+			       	t='X';
+				if (use_M) t='M';
+		       	}
+		       	if(t!=t2 && k>0){
+			       	//			cType.push_back(t2);
+				//			len.push_back(k);
+				ostringstream oss;
+			       	oss<<k<<t2;
+			       	cigar.append(oss.str());
+			       	k=0;
+		       	}
+		       	k++; t2=t;
+	       	}
+		pos-=del_len-ins_len; //adjust start position
+	}
+	else{ 
+		for(int i=0; i<aln_ref.length(); i++){
+		       	if(aln_ref[i]==aln_read[i]){
+			       	t='=';
+				if (use_M) t='M';
+		       	}
+		       	else if(aln_ref[i]=='-'){
+			       	t='I';
+		       	}
+		       	else if(aln_read[i]=='-'){
+			       	t='D';
+		       	}
+		       	else{
+			       	t='X';
+				if (use_M) t='M';
+		       	}
+		       	if(t!=t2 && k>0){
+			       	//			cType.push_back(t2);
+				//			len.push_back(k);
+				ostringstream oss;
+			       	oss<<k<<t2;
+			       	cigar.append(oss.str());
+			       	k=0;
+		       	}
+		       	k++; t2=t;
+	       	}
+	}
+       	ostringstream oss;
+       	oss<<k<<t2;
+	cigar.append(oss.str());
+}
+
+void samRead::reverse_comp(){
+       	reverse(seq.begin(), seq.end());  
+	reverse(qual.begin(), qual.end());  
+	for(int i=0; i<seq.length(); i++){
+	       	if (seq[i] == 'A') seq[i] = 'T';
+	       	else if(seq[i] == 'T') seq[i] = 'A';
+	       	else if(seq[i] == 'C') seq[i] = 'G';
+	       	else if(seq[i] == 'G') seq[i] = 'C';
+	       	else seq[i] = 'N';
+       	}
+}
+
+void samRead::printRead(ostream& fout){
+       	fout<<qname<<"\t"<<flag<<"\t"<<rname<<"\t"<<pos<<"\t"<<mapQ<<"\t"<<cigar<<"\t"<<rNext<<"\t"<<pNext<<"\t"<<tLen<<"\t"<<seq<<"\t"<<qual<<endl;
+}
diff --git a/art_illumina_src/samRead.h b/art_illumina_src/samRead.h
new file mode 100644
index 0000000..09c59df
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/samRead.h
@@ -0,0 +1,73 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription 
+Copyright(c) 2011 Weichun Huang All Rights Reserved.
+_____________________________________________________________________________________________________________
+*/
+#pragma once
+
+#include <cmath>
+#include <string>
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <iterator>
+#include <map>
+#include <cstdio>
+#include <set>
+#include <algorithm>
+#include "readSeqFile.h"
+
+using namespace std;
+
+
+
+class samHeader{
+	public:
+		samHeader(){ 
+			VN="1.4";
+		       	SO="unsorted";	
+		}
+
+	       	//@HD
+		string VN; //=1.4
+	       	string SO; //=unsorted	
+
+		//@SQ
+		vector<string> SN;
+	       	vector<long> LN;
+		
+	       	//@PG
+		string ID;
+	       	string PN;
+	       	string CL;
+
+		void getRefseqID(char* seqfile);
+		void printHeader(ostream& fout);
+		void printAlnHeader(ostream& fout);
+};
+
+class samRead{
+
+	public:
+		samRead(){
+			flag=0;
+			mapQ=99;
+		       	rNext="*";
+		       	pNext=0;
+			tLen=0;
+		};
+		string qname;
+		int flag;
+		string rname;
+		long pos;
+		short mapQ;
+		string cigar;
+		string rNext;
+		long pNext;
+		int tLen;
+		string seq;
+		string qual;
+	       	void reverse_comp();
+		void getCigar(string & aln_ref, string& aln_read, bool use_M=false);
+		void printRead(ostream& fout);
+};
diff --git a/art_illumina_src/seqRead.cpp b/art_illumina_src/seqRead.cpp
new file mode 100644
index 0000000..9bf5bb0
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/seqRead.cpp
@@ -0,0 +1,76 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription 
+//Copyright(c) 2008-2014 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+#include "seqRead.h"
+
+int seqRead::get_indel(int read_len){
+    //if(ins_rate.size()>=read_len) {cerr<<"fatal error\n";  exit(1)};
+    int ins_len=0, del_len=0;
+    //deletion
+    for(int i=(int)del_rate.size()-1; i>=0; i--){
+        if(del_rate[i]>=r_prob()){
+            del_len=i+1;
+            for(int j=i; j>=0;){
+                int pos=(int) floor((read_len-1)*r_prob()); //invalid deletion positions: 0 or read_len-1
+                if(pos==0) continue;
+                if(indel.count(pos)==0){
+                    indel[pos]='-';
+                    j--;
+                }
+            }
+            break;
+        }
+    }
+
+    for(int i=ins_rate.size()-1; i>=0; i--){
+        if(ins_rate[i]>=r_prob()){
+            ins_len=i+1;
+            for(int j=i; j>=0;){
+                int pos=(int) floor(r_prob()*read_len);
+                if(indel.count(pos)==0){
+                    short base=(short)ceil(r_prob()*4);
+                    switch(base){
+                                case 1:
+                                    indel[pos]='A';   break;
+                                case 2:
+                                    indel[pos]='C';   break;
+                                case 3:
+                                    indel[pos]='G';   break;
+                                case 4:
+                                    indel[pos]='T';  
+                    }
+                    j--;
+                }
+            }
+            break;
+        }
+    }
+    return (ins_len-del_len);
+};
+
+void seqRead::ref2read(){
+    if(indel.size()==0){
+        seq_read=seq_ref;
+        return;
+    }
+    seq_read.clear();
+    int k=0;
+    for(size_t i=0; i<seq_ref.size();){
+        //cout<<i<<"\t"<<k<<endl;
+        if(indel.count(k)==0){
+            seq_read.push_back(seq_ref[i]); i++; k++; 
+        }
+        else if(indel[k]=='-'){
+            i++;k++;
+        }
+        else{
+            seq_read.push_back(indel[k]); k++;
+        }
+    }
+    while(indel.count(k)>0){
+        seq_read.push_back(indel[k]);
+        k++;
+    }
+}
+
diff --git a/art_illumina_src/seqRead.h b/art_illumina_src/seqRead.h
new file mode 100644
index 0000000..41e6e91
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/seqRead.h
@@ -0,0 +1,290 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription 
+//Copyright(c) 2008-2014 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+#pragma once
+
+#include <cmath>
+#include <ctime>
+#include <string>
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <iterator>
+#include <map>
+#include <cstdio>
+#include <set>
+#include <gsl/gsl_rng.h>
+#include <gsl/gsl_randist.h>
+//#include <gsl/gsl_sys.h>
+//#include <gsl/gsl_machine.h>
+//#include <gsl/gsl_precision.h>
+//#include <gsl/gsl_nan.h>
+//#include <gsl/gsl_pow_int.h>
+#include <gsl/gsl_cdf.h>
+
+#include "empdist.h"
+
+using namespace std;
+
+class seqRead{
+public:
+    seqRead(){
+	    int len=35;
+//	    double error_1st []={0.0021933, 0.0022350, 0.0022800, 0.0023540, 0.0023960, 0.0024700, 0.0024540, 0.0024000, 0.0022900, 0.0023000, 0.0029220, 0.0049160, 0.0070740, 0.0091220, 0.0119580, 0.0166400, 0.0223840, 0.0244940, 0.0266900, 0.0307500, 0.0325920, 0.0349900, 0.0380880, 0.0430380, 0.0470620, 0.0481820, 0.0505380, 0.0562680, 0.0572500, 0.0564340, 0.0599940, 0.0614700, 0.0733940, 0.0785200, 0.0870333};
+	    //qual_1st=27, 27, 26, 26, 26, 26, 26, 26, 26, 26, 25, 23, 22, 20, 19, 18, 17, 16, 16, 15, 15, 15, 14, 14, 13, 13, 13, 12, 12, 12, 12, 12, 11, 11, 11
+//	    double error_2nd[]={0.00763, 0.0077725, 0.007898, 0.00779, 0.007644, 0.008728, 0.008476, 0.01096, 0.010886, 0.011398, 0.01085, 0.011326, 0.01012, 0.011252, 0.011654, 0.012712, 0.013806, 0.013734, 0.016438, 0.035104, 0.035396, 0.037918, 0.039818, 0.041352, 0.027216, 0.04486, 0.047014, 0.054538, 0.067542, 0.092088, 0.092308, 0.10725, 0.113132, 0.116895, 0.103563333};
+            //qual_2nd=21, 21, 21, 21, 21, 21, 21, 20, 20, 19, 20, 19, 20, 19, 19, 19, 19, 19, 18, 15, 15, 14, 14, 14, 16, 13, 13, 13, 12, 10, 10, 10, 9, 9, 10
+
+            double error_1st []={0.001195, 0.001195, 0.001235, 0.0013425, 0.00146, 0.0014975, 0.001485, 0.0014525, 0.0013275, 0.0011675, 0.0011675, 0.00215, 0.0055125, 0.0097875, 0.011615, 0.01253, 0.0176525, 0.0279425, 0.0326375, 0.026815, 0.0257325, 0.03285, 0.04062, 0.0448075, 0.043745, 0.04701, 0.0504975, 0.051395, 0.05926, 0.0622425, 0.0556075, 0.054135, 0.06112, 0.082305, 0.1124975};
+           //qual_1st=29, 29, 29, 29, 28, 28, 28, 28, 29, 29, 29, 27, 23, 20, 19, 19, 18, 16, 15, 16, 16, 15, 14, 13, 14, 13, 13, 13, 12, 12, 13, 13, 12, 11, 9
+            double error_2nd[]={0.006395, 0.00664, 0.0070175, 0.007225, 0.006895, 0.006125, 0.007495, 0.00923, 0.011055, 0.0126975, 0.009685, 0.0079975, 0.009095, 0.0100525, 0.0116925, 0.01151, 0.01174, 0.01361, 0.01402, 0.01626, 0.0415125, 0.06215, 0.040825, 0.023065, 0.02608, 0.0300525, 0.0507825, 0.0699575, 0.05991, 0.0638375, 0.10265, 0.1286775, 0.1198675, 0.1104025, 0.11194};
+           //qual_2nd=22, 22, 22, 21, 22, 22, 21, 20, 20, 19, 20, 21, 20, 20, 19, 19, 19, 19, 19, 18, 14, 12, 14, 16, 16, 15, 13, 12, 12, 12, 10, 9, 9, 10, 10
+
+	    cal_err_rate_1st.assign(error_1st,error_1st+len);
+	    cal_err_rate_2nd.assign(error_2nd,error_2nd+len);
+    }
+
+    vector <double> cal_qual_1st;
+    vector <double> cal_qual_2nd;
+    vector<gsl_rng*> gsl_p_1st;
+    vector<gsl_rng*> gsl_p_2nd;
+    void ini_ran_qual(){
+      gsl_rng_default_seed=(unsigned int)time(NULL);
+      const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+      for(size_t k=0; k<cal_err_rate_1st.size(); k++){
+        cal_qual_1st.push_back(-10*log10(cal_err_rate_1st[k]));
+        cal_qual_2nd.push_back(-10*log10(cal_err_rate_2nd[k]));
+        gsl_p_1st.push_back(gsl_rng_alloc(rndT));
+        gsl_p_2nd.push_back(gsl_rng_alloc(rndT));
+      }
+    };
+
+    static const int max_N_qual=10;
+    vector <double> cal_err_rate_1st;
+    vector <double> cal_err_rate_2nd;
+    vector <double> ins_rate; //Bionomial cum_prob gsl_cdf_binomial_Q(unsigned int k, double p, unsigned int n) 
+    vector <double> del_rate; //Binomial
+    vector<double> sub_rate; //Binomial
+    void set_rate(int read_len, double p, int max_num, vector <double>& rate){
+        rate.resize(max_num);
+        for(size_t i=1; i<=max_num; i++){
+            rate[i-1]= gsl_cdf_binomial_Q(i, p, read_len);
+        }
+    };
+    static char rand_base(){
+        short base=(short)ceil(r_prob()*4);
+        switch(base){
+            case 1:
+                return 'A';
+            case 2:
+                return 'C';
+            case 3:
+                return 'G';
+            case 4:
+                return 'T';  
+	    default:
+                return 'N';  
+        }
+    };
+
+    //static bool with_indel;
+    int get_indel(int read_len);
+    map<int,char,less<int> > indel;
+    map<int,char> substitution;
+    bool is_plus_strand;
+    unsigned long bpos; //parent
+    string seq_read;
+    string seq_ref;
+    void clear(){
+        indel.clear();
+        substitution.clear();
+        seq_read.clear();
+        seq_ref.clear();
+    }
+    //string aln_read;
+    //string aln_ref;
+    bool get_aln(string& aln_read, string& aln_ref){
+        if(indel.size()==0) return false;
+        map<int,char,less<int> >::iterator it;
+        aln_read=seq_read; aln_ref=seq_ref;
+        for(it=indel.begin(); it!=indel.end(); it++){
+            if(it->second!='-'){
+                aln_ref.insert(it->first,1,'-');
+            }
+            else{
+                aln_read.insert(it->first,1,'-');
+            }
+        }
+        return true;
+    };
+
+    void ref2read();
+    
+    //based on based on calibrated position-depended error rates
+    int add_calib_error_1st(){
+        int num=0;
+        for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+            if(r_prob()<cal_err_rate_1st[i]){
+                char achar=seq_read[i];
+                while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+                seq_read[i]=achar;
+                substitution[i]=achar;
+                num++;
+            }
+        }
+        return num;
+    };
+
+   int add_calib_error_2nd(){
+        int num=0;
+        for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+            if(r_prob()<cal_err_rate_2nd[i]){
+                char achar=seq_read[i];
+                while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+                seq_read[i]=achar;
+                substitution[i]=achar;
+                num++;
+            }
+        }
+        return num;
+    };
+
+    //based on calibrated position-depended error rates
+    int add_calib_error_1st(vector<short>&qual){
+        int num=0;
+        if(qual.size()<seq_read.size()) qual.resize(seq_read.size());
+        for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+          int q=gsl_ran_poisson(gsl_p_1st[i],cal_qual_1st[i]);
+          qual[i]=q;
+          if(r_prob()<empdist::prob_err[q]){
+                char achar=seq_read[i];
+                while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+                seq_read[i]=achar;
+                substitution[i]=achar;
+                num++;
+            }
+        }
+        return num;
+    };
+
+   int add_calib_error_2nd(vector<short>&qual){
+        int num=0;
+        if(qual.size()<seq_read.size()) qual.resize(seq_read.size());
+        for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+          int q=gsl_ran_poisson(gsl_p_2nd[i],cal_qual_2nd[i]);
+          qual[i]=q;
+          if(r_prob()<empdist::prob_err[q]){
+                char achar=seq_read[i];
+                while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+                seq_read[i]=achar;
+                substitution[i]=achar;
+                num++;
+            }
+        }
+        return num;
+    };
+
+
+    int add_calib_error_1st_stat(vector<short>&err_pos){
+        int num=0;
+        for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+            if(r_prob()<cal_err_rate_1st[i]){
+              err_pos[i]=1;
+                char achar=seq_read[i];
+                while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+                seq_read[i]=achar;
+                substitution[i]=achar;
+                num++;
+            }
+        }
+        return num;
+    };
+
+   int add_calib_error_2nd_stat(vector<short>&err_pos){
+        int num=0;
+        for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+            if(r_prob()<cal_err_rate_2nd[i]){
+              err_pos[i]=1;
+                char achar=seq_read[i];
+                while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+                seq_read[i]=achar;
+                substitution[i]=achar;
+                num++;
+            }
+        }
+        return num;
+    };
+
+
+    //based on empirical dist of quali scores
+    int add_error(vector<short>&qual){
+        if(qual.size()!=seq_read.size()){
+            cerr<<"Error: the number of bases is not equal to the number of quality scores!\n";
+	    cerr<< "qual size: " << qual.size() << ",  read len: " << seq_read.size() << endl;
+	    exit(1);
+            return 0;
+        }
+        int num=0;
+        for(size_t i=0; i<qual.size(); i++){
+	    if(seq_read[i]=='N'){
+		    //qual[i]=(short) floor(max_N_qual*r_prob()); //reassign N base quality score < max_N_qual   
+		    qual[i]=(short)1;
+		    continue;
+	    }
+            if(r_prob()<empdist::prob_err[qual[i]]){
+                char achar=seq_read[i];
+                while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+                seq_read[i]=achar;
+                substitution[i]=achar;
+                num++;
+            }
+        }
+        return num;
+    };
+
+    //based on empirical dist of quali scores
+    int add_error_stat(vector<short>&qual, vector<long>&err_pos){
+        if(qual.size()!=seq_read.size()){
+            cerr<<qual.size()<<"\t"<<seq_read.size()<<endl;
+            cerr<<"Error: the number of bases is not equal to the number of quality score!\n";
+	    exit(1);
+        }
+        int num=0;
+        for(size_t i=0; i<qual.size(); i++){
+            if(r_prob()<empdist::prob_err[qual[i]]){
+              err_pos[i]+=1;
+                char achar=seq_read[i];
+                while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+                seq_read[i]=achar;
+                substitution[i]=achar;
+                num++;
+            }
+        }
+        return num;
+    };
+
+    //base on bionomial error substitution rate
+    int add_error(int read_len){
+        int sub_num=0;
+        for(int i=(int)sub_rate.size()-1; i>=0; i--){
+            if(sub_rate[i]>=r_prob()){
+                sub_num=i+1;
+                for(int j=i; j>=0;){
+                    int pos=(int) floor(read_len*r_prob());
+                    if(substitution.count(pos)==0){
+                        char achar=seq_read[pos];
+                        while(seq_read[pos]==achar){ achar=rand_base(); }
+                        substitution[pos]=achar;
+                        seq_read[pos]=achar;
+                        j--;
+                    }
+                }
+                break;
+            }
+        }
+        return sub_num;
+    };
+
+    //vector<char> aln_read;
+    //vector<char> aln_ref;
+};
diff --git a/config.h.in b/config.h.in
new file mode 100644
index 0000000..d662d66
--- /dev/null
+++ b/config.h.in
@@ -0,0 +1,82 @@
+/* config.h.in.  Generated from configure.ac by autoheader.  */
+
+/* Define to 1 if you have the `floor' function. */
+#undef HAVE_FLOOR
+
+/* Define to 1 if you have the <inttypes.h> header file. */
+#undef HAVE_INTTYPES_H
+
+/* Define to 1 if you have the `gsl' library (-lgsl). */
+#undef HAVE_LIBGSL
+
+/* Define to 1 if you have the `gslcblas' library (-lgslcblas). */
+#undef HAVE_LIBGSLCBLAS
+
+/* Define to 1 if you have the `m' library (-lm). */
+#undef HAVE_LIBM
+
+/* Define to 1 if you have the <memory.h> header file. */
+#undef HAVE_MEMORY_H
+
+/* Define to 1 if you have the `pow' function. */
+#undef HAVE_POW
+
+/* Define to 1 if you have the <stdint.h> header file. */
+#undef HAVE_STDINT_H
+
+/* Define to 1 if you have the <stdlib.h> header file. */
+#undef HAVE_STDLIB_H
+
+/* Define to 1 if you have the <strings.h> header file. */
+#undef HAVE_STRINGS_H
+
+/* Define to 1 if you have the <string.h> header file. */
+#undef HAVE_STRING_H
+
+/* Define to 1 if you have the <sys/stat.h> header file. */
+#undef HAVE_SYS_STAT_H
+
+/* Define to 1 if you have the <sys/types.h> header file. */
+#undef HAVE_SYS_TYPES_H
+
+/* Define to 1 if you have the <unistd.h> header file. */
+#undef HAVE_UNISTD_H
+
+/* Define to 1 if the system has the type `_Bool'. */
+#undef HAVE__BOOL
+
+/* Name of package */
+#undef PACKAGE
+
+/* Define to the address where bug reports for this package should be sent. */
+#undef PACKAGE_BUGREPORT
+
+/* Define to the full name of this package. */
+#undef PACKAGE_NAME
+
+/* Define to the full name and version of this package. */
+#undef PACKAGE_STRING
+
+/* Define to the one symbol short name of this package. */
+#undef PACKAGE_TARNAME
+
+/* Define to the home page for this package. */
+#undef PACKAGE_URL
+
+/* Define to the version of this package. */
+#undef PACKAGE_VERSION
+
+/* Define to 1 if you have the ANSI C header files. */
+#undef STDC_HEADERS
+
+/* Version number of package */
+#undef VERSION
+
+/* Define to `__inline__' or `__inline' if that's what the C compiler
+   calls it, or to nothing if 'inline' is not supported under any name.  */
+#ifndef __cplusplus
+#undef inline
+#endif
+
+/* Define to `unsigned int' if <sys/types.h> does not define. */
+#undef size_t
diff --git a/configure b/configure
new file mode 100755
index 0000000..910bae9
--- /dev/null
+++ b/configure
@@ -0,0 +1,6463 @@
+#! /bin/sh
+# Guess values for system-dependent variables and create Makefiles.
+# Generated by GNU Autoconf 2.69 for art C++ VIC.03.09.2015.
+#
+# Report bugs to <whduke at gmail.com>.
+#
+#
+# Copyright (C) 1992-1996, 1998-2012 Free Software Foundation, Inc.
+#
+#
+# This configure script is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy, distribute and modify it.
+## -------------------- ##
+## M4sh Initialization. ##
+## -------------------- ##
+
+# Be more Bourne compatible
+DUALCASE=1; export DUALCASE # for MKS sh
+if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then :
+  emulate sh
+  NULLCMD=:
+  # Pre-4.2 versions of Zsh do word splitting on ${1+"$@"}, which
+  # is contrary to our usage.  Disable this feature.
+  alias -g '${1+"$@"}'='"$@"'
+  setopt NO_GLOB_SUBST
+else
+  case `(set -o) 2>/dev/null` in #(
+  *posix*) :
+    set -o posix ;; #(
+  *) :
+     ;;
+esac
+fi
+
+
+as_nl='
+'
+export as_nl
+# Printing a long string crashes Solaris 7 /usr/bin/printf.
+as_echo='\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\'
+as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
+as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
+# Prefer a ksh shell builtin over an external printf program on Solaris,
+# but without wasting forks for bash or zsh.
+if test -z "$BASH_VERSION$ZSH_VERSION" \
+    && (test "X`print -r -- $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
+  as_echo='print -r --'
+  as_echo_n='print -rn --'
+elif (test "X`printf %s $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
+  as_echo='printf %s\n'
+  as_echo_n='printf %s'
+else
+  if test "X`(/usr/ucb/echo -n -n $as_echo) 2>/dev/null`" = "X-n $as_echo"; then
+    as_echo_body='eval /usr/ucb/echo -n "$1$as_nl"'
+    as_echo_n='/usr/ucb/echo -n'
+  else
+    as_echo_body='eval expr "X$1" : "X\\(.*\\)"'
+    as_echo_n_body='eval
+      arg=$1;
+      case $arg in #(
+      *"$as_nl"*)
+	expr "X$arg" : "X\\(.*\\)$as_nl";
+	arg=`expr "X$arg" : ".*$as_nl\\(.*\\)"`;;
+      esac;
+      expr "X$arg" : "X\\(.*\\)" | tr -d "$as_nl"
+    '
+    export as_echo_n_body
+    as_echo_n='sh -c $as_echo_n_body as_echo'
+  fi
+  export as_echo_body
+  as_echo='sh -c $as_echo_body as_echo'
+fi
+
+# The user is always right.
+if test "${PATH_SEPARATOR+set}" != set; then
+  PATH_SEPARATOR=:
+  (PATH='/bin;/bin'; FPATH=$PATH; sh -c :) >/dev/null 2>&1 && {
+    (PATH='/bin:/bin'; FPATH=$PATH; sh -c :) >/dev/null 2>&1 ||
+      PATH_SEPARATOR=';'
+  }
+fi
+
+
+# IFS
+# We need space, tab and new line, in precisely that order.  Quoting is
+# there to prevent editors from complaining about space-tab.
+# (If _AS_PATH_WALK were called with IFS unset, it would disable word
+# splitting by setting IFS to empty value.)
+IFS=" ""	$as_nl"
+
+# Find who we are.  Look in the path if we contain no directory separator.
+as_myself=
+case $0 in #((
+  *[\\/]* ) as_myself=$0 ;;
+  *) as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    test -r "$as_dir/$0" && as_myself=$as_dir/$0 && break
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+
+     ;;
+esac
+# We did not find ourselves, most probably we were run as `sh COMMAND'
+# in which case we are not to be found in the path.
+if test "x$as_myself" = x; then
+  as_myself=$0
+fi
+if test ! -f "$as_myself"; then
+  $as_echo "$as_myself: error: cannot find myself; rerun with an absolute file name" >&2
+  exit 1
+fi
+
+# Unset variables that we do not need and which cause bugs (e.g. in
+# pre-3.0 UWIN ksh).  But do not cause bugs in bash 2.01; the "|| exit 1"
+# suppresses any "Segmentation fault" message there.  '((' could
+# trigger a bug in pdksh 5.2.14.
+for as_var in BASH_ENV ENV MAIL MAILPATH
+do eval test x\${$as_var+set} = xset \
+  && ( (unset $as_var) || exit 1) >/dev/null 2>&1 && unset $as_var || :
+done
+PS1='$ '
+PS2='> '
+PS4='+ '
+
+# NLS nuisances.
+LC_ALL=C
+export LC_ALL
+LANGUAGE=C
+export LANGUAGE
+
+# CDPATH.
+(unset CDPATH) >/dev/null 2>&1 && unset CDPATH
+
+# Use a proper internal environment variable to ensure we don't fall
+  # into an infinite loop, continuously re-executing ourselves.
+  if test x"${_as_can_reexec}" != xno && test "x$CONFIG_SHELL" != x; then
+    _as_can_reexec=no; export _as_can_reexec;
+    # We cannot yet assume a decent shell, so we have to provide a
+# neutralization value for shells without unset; and this also
+# works around shells that cannot unset nonexistent variables.
+# Preserve -v and -x to the replacement shell.
+BASH_ENV=/dev/null
+ENV=/dev/null
+(unset BASH_ENV) >/dev/null 2>&1 && unset BASH_ENV ENV
+case $- in # ((((
+  *v*x* | *x*v* ) as_opts=-vx ;;
+  *v* ) as_opts=-v ;;
+  *x* ) as_opts=-x ;;
+  * ) as_opts= ;;
+esac
+exec $CONFIG_SHELL $as_opts "$as_myself" ${1+"$@"}
+# Admittedly, this is quite paranoid, since all the known shells bail
+# out after a failed `exec'.
+$as_echo "$0: could not re-execute with $CONFIG_SHELL" >&2
+as_fn_exit 255
+  fi
+  # We don't want this to propagate to other subprocesses.
+          { _as_can_reexec=; unset _as_can_reexec;}
+if test "x$CONFIG_SHELL" = x; then
+  as_bourne_compatible="if test -n \"\${ZSH_VERSION+set}\" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then :
+  emulate sh
+  NULLCMD=:
+  # Pre-4.2 versions of Zsh do word splitting on \${1+\"\$@\"}, which
+  # is contrary to our usage.  Disable this feature.
+  alias -g '\${1+\"\$@\"}'='\"\$@\"'
+  setopt NO_GLOB_SUBST
+else
+  case \`(set -o) 2>/dev/null\` in #(
+  *posix*) :
+    set -o posix ;; #(
+  *) :
+     ;;
+esac
+fi
+"
+  as_required="as_fn_return () { (exit \$1); }
+as_fn_success () { as_fn_return 0; }
+as_fn_failure () { as_fn_return 1; }
+as_fn_ret_success () { return 0; }
+as_fn_ret_failure () { return 1; }
+
+exitcode=0
+as_fn_success || { exitcode=1; echo as_fn_success failed.; }
+as_fn_failure && { exitcode=1; echo as_fn_failure succeeded.; }
+as_fn_ret_success || { exitcode=1; echo as_fn_ret_success failed.; }
+as_fn_ret_failure && { exitcode=1; echo as_fn_ret_failure succeeded.; }
+if ( set x; as_fn_ret_success y && test x = \"\$1\" ); then :
+
+else
+  exitcode=1; echo positional parameters were not saved.
+fi
+test x\$exitcode = x0 || exit 1
+test -x / || exit 1"
+  as_suggested="  as_lineno_1=";as_suggested=$as_suggested$LINENO;as_suggested=$as_suggested" as_lineno_1a=\$LINENO
+  as_lineno_2=";as_suggested=$as_suggested$LINENO;as_suggested=$as_suggested" as_lineno_2a=\$LINENO
+  eval 'test \"x\$as_lineno_1'\$as_run'\" != \"x\$as_lineno_2'\$as_run'\" &&
+  test \"x\`expr \$as_lineno_1'\$as_run' + 1\`\" = \"x\$as_lineno_2'\$as_run'\"' || exit 1
+test \$(( 1 + 1 )) = 2 || exit 1"
+  if (eval "$as_required") 2>/dev/null; then :
+  as_have_required=yes
+else
+  as_have_required=no
+fi
+  if test x$as_have_required = xyes && (eval "$as_suggested") 2>/dev/null; then :
+
+else
+  as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+as_found=false
+for as_dir in /bin$PATH_SEPARATOR/usr/bin$PATH_SEPARATOR$PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+  as_found=:
+  case $as_dir in #(
+	 /*)
+	   for as_base in sh bash ksh sh5; do
+	     # Try only shells that exist, to save several forks.
+	     as_shell=$as_dir/$as_base
+	     if { test -f "$as_shell" || test -f "$as_shell.exe"; } &&
+		    { $as_echo "$as_bourne_compatible""$as_required" | as_run=a "$as_shell"; } 2>/dev/null; then :
+  CONFIG_SHELL=$as_shell as_have_required=yes
+		   if { $as_echo "$as_bourne_compatible""$as_suggested" | as_run=a "$as_shell"; } 2>/dev/null; then :
+  break 2
+fi
+fi
+	   done;;
+       esac
+  as_found=false
+done
+$as_found || { if { test -f "$SHELL" || test -f "$SHELL.exe"; } &&
+	      { $as_echo "$as_bourne_compatible""$as_required" | as_run=a "$SHELL"; } 2>/dev/null; then :
+  CONFIG_SHELL=$SHELL as_have_required=yes
+fi; }
+IFS=$as_save_IFS
+
+
+      if test "x$CONFIG_SHELL" != x; then :
+  export CONFIG_SHELL
+             # We cannot yet assume a decent shell, so we have to provide a
+# neutralization value for shells without unset; and this also
+# works around shells that cannot unset nonexistent variables.
+# Preserve -v and -x to the replacement shell.
+BASH_ENV=/dev/null
+ENV=/dev/null
+(unset BASH_ENV) >/dev/null 2>&1 && unset BASH_ENV ENV
+case $- in # ((((
+  *v*x* | *x*v* ) as_opts=-vx ;;
+  *v* ) as_opts=-v ;;
+  *x* ) as_opts=-x ;;
+  * ) as_opts= ;;
+esac
+exec $CONFIG_SHELL $as_opts "$as_myself" ${1+"$@"}
+# Admittedly, this is quite paranoid, since all the known shells bail
+# out after a failed `exec'.
+$as_echo "$0: could not re-execute with $CONFIG_SHELL" >&2
+exit 255
+fi
+
+    if test x$as_have_required = xno; then :
+  $as_echo "$0: This script requires a shell more modern than all"
+  $as_echo "$0: the shells that I found on your system."
+  if test x${ZSH_VERSION+set} = xset ; then
+    $as_echo "$0: In particular, zsh $ZSH_VERSION has bugs and should"
+    $as_echo "$0: be upgraded to zsh 4.3.4 or later."
+  else
+    $as_echo "$0: Please tell bug-autoconf at gnu.org and whduke at gmail.com
+$0: about your system, including any error possibly output
+$0: before this message. Then install a modern shell, or
+$0: manually run the script under such a shell if you do
+$0: have one."
+  fi
+  exit 1
+fi
+fi
+fi
+SHELL=${CONFIG_SHELL-/bin/sh}
+export SHELL
+# Unset more variables known to interfere with behavior of common tools.
+CLICOLOR_FORCE= GREP_OPTIONS=
+unset CLICOLOR_FORCE GREP_OPTIONS
+
+## --------------------- ##
+## M4sh Shell Functions. ##
+## --------------------- ##
+# as_fn_unset VAR
+# ---------------
+# Portably unset VAR.
+as_fn_unset ()
+{
+  { eval $1=; unset $1;}
+}
+as_unset=as_fn_unset
+
+# as_fn_set_status STATUS
+# -----------------------
+# Set $? to STATUS, without forking.
+as_fn_set_status ()
+{
+  return $1
+} # as_fn_set_status
+
+# as_fn_exit STATUS
+# -----------------
+# Exit the shell with STATUS, even in a "trap 0" or "set -e" context.
+as_fn_exit ()
+{
+  set +e
+  as_fn_set_status $1
+  exit $1
+} # as_fn_exit
+
+# as_fn_mkdir_p
+# -------------
+# Create "$as_dir" as a directory, including parents if necessary.
+as_fn_mkdir_p ()
+{
+
+  case $as_dir in #(
+  -*) as_dir=./$as_dir;;
+  esac
+  test -d "$as_dir" || eval $as_mkdir_p || {
+    as_dirs=
+    while :; do
+      case $as_dir in #(
+      *\'*) as_qdir=`$as_echo "$as_dir" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; #'(
+      *) as_qdir=$as_dir;;
+      esac
+      as_dirs="'$as_qdir' $as_dirs"
+      as_dir=`$as_dirname -- "$as_dir" ||
+$as_expr X"$as_dir" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+	 X"$as_dir" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+	 X"$as_dir" : 'X\(//\)$' \| \
+	 X"$as_dir" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$as_dir" |
+    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\/\)$/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\).*/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  s/.*/./; q'`
+      test -d "$as_dir" && break
+    done
+    test -z "$as_dirs" || eval "mkdir $as_dirs"
+  } || test -d "$as_dir" || as_fn_error $? "cannot create directory $as_dir"
+
+
+} # as_fn_mkdir_p
+
+# as_fn_executable_p FILE
+# -----------------------
+# Test if FILE is an executable regular file.
+as_fn_executable_p ()
+{
+  test -f "$1" && test -x "$1"
+} # as_fn_executable_p
+# as_fn_append VAR VALUE
+# ----------------------
+# Append the text in VALUE to the end of the definition contained in VAR. Take
+# advantage of any shell optimizations that allow amortized linear growth over
+# repeated appends, instead of the typical quadratic growth present in naive
+# implementations.
+if (eval "as_var=1; as_var+=2; test x\$as_var = x12") 2>/dev/null; then :
+  eval 'as_fn_append ()
+  {
+    eval $1+=\$2
+  }'
+else
+  as_fn_append ()
+  {
+    eval $1=\$$1\$2
+  }
+fi # as_fn_append
+
+# as_fn_arith ARG...
+# ------------------
+# Perform arithmetic evaluation on the ARGs, and store the result in the
+# global $as_val. Take advantage of shells that can avoid forks. The arguments
+# must be portable across $(()) and expr.
+if (eval "test \$(( 1 + 1 )) = 2") 2>/dev/null; then :
+  eval 'as_fn_arith ()
+  {
+    as_val=$(( $* ))
+  }'
+else
+  as_fn_arith ()
+  {
+    as_val=`expr "$@" || test $? -eq 1`
+  }
+fi # as_fn_arith
+
+
+# as_fn_error STATUS ERROR [LINENO LOG_FD]
+# ----------------------------------------
+# Output "`basename $0`: error: ERROR" to stderr. If LINENO and LOG_FD are
+# provided, also output the error to LOG_FD, referencing LINENO. Then exit the
+# script with STATUS, using 1 if that was 0.
+as_fn_error ()
+{
+  as_status=$1; test $as_status -eq 0 && as_status=1
+  if test "$4"; then
+    as_lineno=${as_lineno-"$3"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: $2" >&$4
+  fi
+  $as_echo "$as_me: error: $2" >&2
+  as_fn_exit $as_status
+} # as_fn_error
+
+if expr a : '\(a\)' >/dev/null 2>&1 &&
+   test "X`expr 00001 : '.*\(...\)'`" = X001; then
+  as_expr=expr
+else
+  as_expr=false
+fi
+
+if (basename -- /) >/dev/null 2>&1 && test "X`basename -- / 2>&1`" = "X/"; then
+  as_basename=basename
+else
+  as_basename=false
+fi
+
+if (as_dir=`dirname -- /` && test "X$as_dir" = X/) >/dev/null 2>&1; then
+  as_dirname=dirname
+else
+  as_dirname=false
+fi
+
+as_me=`$as_basename -- "$0" ||
+$as_expr X/"$0" : '.*/\([^/][^/]*\)/*$' \| \
+	 X"$0" : 'X\(//\)$' \| \
+	 X"$0" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X/"$0" |
+    sed '/^.*\/\([^/][^/]*\)\/*$/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\/\(\/\/\)$/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\/\(\/\).*/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  s/.*/./; q'`
+
+# Avoid depending upon Character Ranges.
+as_cr_letters='abcdefghijklmnopqrstuvwxyz'
+as_cr_LETTERS='ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'
+as_cr_Letters=$as_cr_letters$as_cr_LETTERS
+as_cr_digits='0123456789'
+as_cr_alnum=$as_cr_Letters$as_cr_digits
+
+
+  as_lineno_1=$LINENO as_lineno_1a=$LINENO
+  as_lineno_2=$LINENO as_lineno_2a=$LINENO
+  eval 'test "x$as_lineno_1'$as_run'" != "x$as_lineno_2'$as_run'" &&
+  test "x`expr $as_lineno_1'$as_run' + 1`" = "x$as_lineno_2'$as_run'"' || {
+  # Blame Lee E. McMahon (1931-1989) for sed's syntax.  :-)
+  sed -n '
+    p
+    /[$]LINENO/=
+  ' <$as_myself |
+    sed '
+      s/[$]LINENO.*/&-/
+      t lineno
+      b
+      :lineno
+      N
+      :loop
+      s/[$]LINENO\([^'$as_cr_alnum'_].*\n\)\(.*\)/\2\1\2/
+      t loop
+      s/-\n.*//
+    ' >$as_me.lineno &&
+  chmod +x "$as_me.lineno" ||
+    { $as_echo "$as_me: error: cannot create $as_me.lineno; rerun with a POSIX shell" >&2; as_fn_exit 1; }
+
+  # If we had to re-execute with $CONFIG_SHELL, we're ensured to have
+  # already done that, so ensure we don't try to do so again and fall
+  # in an infinite loop.  This has already happened in practice.
+  _as_can_reexec=no; export _as_can_reexec
+  # Don't try to exec as it changes $[0], causing all sort of problems
+  # (the dirname of $[0] is not the place where we might find the
+  # original and so on.  Autoconf is especially sensitive to this).
+  . "./$as_me.lineno"
+  # Exit status is that of the last command.
+  exit
+}
+
+ECHO_C= ECHO_N= ECHO_T=
+case `echo -n x` in #(((((
+-n*)
+  case `echo 'xy\c'` in
+  *c*) ECHO_T='	';;	# ECHO_T is single tab character.
+  xy)  ECHO_C='\c';;
+  *)   echo `echo ksh88 bug on AIX 6.1` > /dev/null
+       ECHO_T='	';;
+  esac;;
+*)
+  ECHO_N='-n';;
+esac
+
+rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.file
+if test -d conf$$.dir; then
+  rm -f conf$$.dir/conf$$.file
+else
+  rm -f conf$$.dir
+  mkdir conf$$.dir 2>/dev/null
+fi
+if (echo >conf$$.file) 2>/dev/null; then
+  if ln -s conf$$.file conf$$ 2>/dev/null; then
+    as_ln_s='ln -s'
+    # ... but there are two gotchas:
+    # 1) On MSYS, both `ln -s file dir' and `ln file dir' fail.
+    # 2) DJGPP < 2.04 has no symlinks; `ln -s' creates a wrapper executable.
+    # In both cases, we have to default to `cp -pR'.
+    ln -s conf$$.file conf$$.dir 2>/dev/null && test ! -f conf$$.exe ||
+      as_ln_s='cp -pR'
+  elif ln conf$$.file conf$$ 2>/dev/null; then
+    as_ln_s=ln
+  else
+    as_ln_s='cp -pR'
+  fi
+else
+  as_ln_s='cp -pR'
+fi
+rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.dir/conf$$.file conf$$.file
+rmdir conf$$.dir 2>/dev/null
+
+if mkdir -p . 2>/dev/null; then
+  as_mkdir_p='mkdir -p "$as_dir"'
+else
+  test -d ./-p && rmdir ./-p
+  as_mkdir_p=false
+fi
+
+as_test_x='test -x'
+as_executable_p=as_fn_executable_p
+
+# Sed expression to map a string onto a valid CPP name.
+as_tr_cpp="eval sed 'y%*$as_cr_letters%P$as_cr_LETTERS%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
+
+# Sed expression to map a string onto a valid variable name.
+as_tr_sh="eval sed 'y%*+%pp%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
+
+
+test -n "$DJDIR" || exec 7<&0 </dev/null
+exec 6>&1
+
+# Name of the host.
+# hostname on some systems (SVR3.2, old GNU/Linux) returns a bogus exit status,
+# so uname gets run too.
+ac_hostname=`(hostname || uname -n) 2>/dev/null | sed 1q`
+
+#
+# Initializations.
+#
+ac_default_prefix=/usr/local
+ac_clean_files=
+ac_config_libobj_dir=.
+LIBOBJS=
+cross_compiling=no
+subdirs=
+MFLAGS=
+MAKEFLAGS=
+
+# Identity of this package.
+PACKAGE_NAME='art C++'
+PACKAGE_TARNAME='art'
+PACKAGE_VERSION='VIC.03.09.2015'
+PACKAGE_STRING='art C++ VIC.03.09.2015'
+PACKAGE_BUGREPORT='whduke at gmail.com'
+PACKAGE_URL='http://http://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art'
+
+ac_unique_file="config.h.in"
+# Factoring default headers for most tests.
+ac_includes_default="\
+#include <stdio.h>
+#ifdef HAVE_SYS_TYPES_H
+# include <sys/types.h>
+#endif
+#ifdef HAVE_SYS_STAT_H
+# include <sys/stat.h>
+#endif
+#ifdef STDC_HEADERS
+# include <stdlib.h>
+# include <stddef.h>
+#else
+# ifdef HAVE_STDLIB_H
+#  include <stdlib.h>
+# endif
+#endif
+#ifdef HAVE_STRING_H
+# if !defined STDC_HEADERS && defined HAVE_MEMORY_H
+#  include <memory.h>
+# endif
+# include <string.h>
+#endif
+#ifdef HAVE_STRINGS_H
+# include <strings.h>
+#endif
+#ifdef HAVE_INTTYPES_H
+# include <inttypes.h>
+#endif
+#ifdef HAVE_STDINT_H
+# include <stdint.h>
+#endif
+#ifdef HAVE_UNISTD_H
+# include <unistd.h>
+#endif"
+
+ac_subst_vars='am__EXEEXT_FALSE
+am__EXEEXT_TRUE
+LTLIBOBJS
+LIBOBJS
+EGREP
+GREP
+CPP
+am__fastdepCC_FALSE
+am__fastdepCC_TRUE
+CCDEPMODE
+ac_ct_CC
+CFLAGS
+CC
+am__fastdepCXX_FALSE
+am__fastdepCXX_TRUE
+CXXDEPMODE
+am__nodep
+AMDEPBACKSLASH
+AMDEP_FALSE
+AMDEP_TRUE
+am__quote
+am__include
+DEPDIR
+OBJEXT
+EXEEXT
+ac_ct_CXX
+CPPFLAGS
+LDFLAGS
+CXXFLAGS
+CXX
+AM_BACKSLASH
+AM_DEFAULT_VERBOSITY
+AM_DEFAULT_V
+AM_V
+am__untar
+am__tar
+AMTAR
+am__leading_dot
+SET_MAKE
+AWK
+mkdir_p
+MKDIR_P
+INSTALL_STRIP_PROGRAM
+STRIP
+install_sh
+MAKEINFO
+AUTOHEADER
+AUTOMAKE
+AUTOCONF
+ACLOCAL
+VERSION
+PACKAGE
+CYGPATH_W
+am__isrc
+INSTALL_DATA
+INSTALL_SCRIPT
+INSTALL_PROGRAM
+target_alias
+host_alias
+build_alias
+LIBS
+ECHO_T
+ECHO_N
+ECHO_C
+DEFS
+mandir
+localedir
+libdir
+psdir
+pdfdir
+dvidir
+htmldir
+infodir
+docdir
+oldincludedir
+includedir
+localstatedir
+sharedstatedir
+sysconfdir
+datadir
+datarootdir
+libexecdir
+sbindir
+bindir
+program_transform_name
+prefix
+exec_prefix
+PACKAGE_URL
+PACKAGE_BUGREPORT
+PACKAGE_STRING
+PACKAGE_VERSION
+PACKAGE_TARNAME
+PACKAGE_NAME
+PATH_SEPARATOR
+SHELL'
+ac_subst_files=''
+ac_user_opts='
+enable_option_checking
+enable_silent_rules
+enable_dependency_tracking
+'
+      ac_precious_vars='build_alias
+host_alias
+target_alias
+CXX
+CXXFLAGS
+LDFLAGS
+LIBS
+CPPFLAGS
+CCC
+CC
+CFLAGS
+CPP'
+
+
+# Initialize some variables set by options.
+ac_init_help=
+ac_init_version=false
+ac_unrecognized_opts=
+ac_unrecognized_sep=
+# The variables have the same names as the options, with
+# dashes changed to underlines.
+cache_file=/dev/null
+exec_prefix=NONE
+no_create=
+no_recursion=
+prefix=NONE
+program_prefix=NONE
+program_suffix=NONE
+program_transform_name=s,x,x,
+silent=
+site=
+srcdir=
+verbose=
+x_includes=NONE
+x_libraries=NONE
+
+# Installation directory options.
+# These are left unexpanded so users can "make install exec_prefix=/foo"
+# and all the variables that are supposed to be based on exec_prefix
+# by default will actually change.
+# Use braces instead of parens because sh, perl, etc. also accept them.
+# (The list follows the same order as the GNU Coding Standards.)
+bindir='${exec_prefix}/bin'
+sbindir='${exec_prefix}/sbin'
+libexecdir='${exec_prefix}/libexec'
+datarootdir='${prefix}/share'
+datadir='${datarootdir}'
+sysconfdir='${prefix}/etc'
+sharedstatedir='${prefix}/com'
+localstatedir='${prefix}/var'
+includedir='${prefix}/include'
+oldincludedir='/usr/include'
+docdir='${datarootdir}/doc/${PACKAGE_TARNAME}'
+infodir='${datarootdir}/info'
+htmldir='${docdir}'
+dvidir='${docdir}'
+pdfdir='${docdir}'
+psdir='${docdir}'
+libdir='${exec_prefix}/lib'
+localedir='${datarootdir}/locale'
+mandir='${datarootdir}/man'
+
+ac_prev=
+ac_dashdash=
+for ac_option
+do
+  # If the previous option needs an argument, assign it.
+  if test -n "$ac_prev"; then
+    eval $ac_prev=\$ac_option
+    ac_prev=
+    continue
+  fi
+
+  case $ac_option in
+  *=?*) ac_optarg=`expr "X$ac_option" : '[^=]*=\(.*\)'` ;;
+  *=)   ac_optarg= ;;
+  *)    ac_optarg=yes ;;
+  esac
+
+  # Accept the important Cygnus configure options, so we can diagnose typos.
+
+  case $ac_dashdash$ac_option in
+  --)
+    ac_dashdash=yes ;;
+
+  -bindir | --bindir | --bindi | --bind | --bin | --bi)
+    ac_prev=bindir ;;
+  -bindir=* | --bindir=* | --bindi=* | --bind=* | --bin=* | --bi=*)
+    bindir=$ac_optarg ;;
+
+  -build | --build | --buil | --bui | --bu)
+    ac_prev=build_alias ;;
+  -build=* | --build=* | --buil=* | --bui=* | --bu=*)
+    build_alias=$ac_optarg ;;
+
+  -cache-file | --cache-file | --cache-fil | --cache-fi \
+  | --cache-f | --cache- | --cache | --cach | --cac | --ca | --c)
+    ac_prev=cache_file ;;
+  -cache-file=* | --cache-file=* | --cache-fil=* | --cache-fi=* \
+  | --cache-f=* | --cache-=* | --cache=* | --cach=* | --cac=* | --ca=* | --c=*)
+    cache_file=$ac_optarg ;;
+
+  --config-cache | -C)
+    cache_file=config.cache ;;
+
+  -datadir | --datadir | --datadi | --datad)
+    ac_prev=datadir ;;
+  -datadir=* | --datadir=* | --datadi=* | --datad=*)
+    datadir=$ac_optarg ;;
+
+  -datarootdir | --datarootdir | --datarootdi | --datarootd | --dataroot \
+  | --dataroo | --dataro | --datar)
+    ac_prev=datarootdir ;;
+  -datarootdir=* | --datarootdir=* | --datarootdi=* | --datarootd=* \
+  | --dataroot=* | --dataroo=* | --dataro=* | --datar=*)
+    datarootdir=$ac_optarg ;;
+
+  -disable-* | --disable-*)
+    ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*disable-\(.*\)'`
+    # Reject names that are not valid shell variable names.
+    expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
+      as_fn_error $? "invalid feature name: $ac_useropt"
+    ac_useropt_orig=$ac_useropt
+    ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
+    case $ac_user_opts in
+      *"
+"enable_$ac_useropt"
+"*) ;;
+      *) ac_unrecognized_opts="$ac_unrecognized_opts$ac_unrecognized_sep--disable-$ac_useropt_orig"
+	 ac_unrecognized_sep=', ';;
+    esac
+    eval enable_$ac_useropt=no ;;
+
+  -docdir | --docdir | --docdi | --doc | --do)
+    ac_prev=docdir ;;
+  -docdir=* | --docdir=* | --docdi=* | --doc=* | --do=*)
+    docdir=$ac_optarg ;;
+
+  -dvidir | --dvidir | --dvidi | --dvid | --dvi | --dv)
+    ac_prev=dvidir ;;
+  -dvidir=* | --dvidir=* | --dvidi=* | --dvid=* | --dvi=* | --dv=*)
+    dvidir=$ac_optarg ;;
+
+  -enable-* | --enable-*)
+    ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*enable-\([^=]*\)'`
+    # Reject names that are not valid shell variable names.
+    expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
+      as_fn_error $? "invalid feature name: $ac_useropt"
+    ac_useropt_orig=$ac_useropt
+    ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
+    case $ac_user_opts in
+      *"
+"enable_$ac_useropt"
+"*) ;;
+      *) ac_unrecognized_opts="$ac_unrecognized_opts$ac_unrecognized_sep--enable-$ac_useropt_orig"
+	 ac_unrecognized_sep=', ';;
+    esac
+    eval enable_$ac_useropt=\$ac_optarg ;;
+
+  -exec-prefix | --exec_prefix | --exec-prefix | --exec-prefi \
+  | --exec-pref | --exec-pre | --exec-pr | --exec-p | --exec- \
+  | --exec | --exe | --ex)
+    ac_prev=exec_prefix ;;
+  -exec-prefix=* | --exec_prefix=* | --exec-prefix=* | --exec-prefi=* \
+  | --exec-pref=* | --exec-pre=* | --exec-pr=* | --exec-p=* | --exec-=* \
+  | --exec=* | --exe=* | --ex=*)
+    exec_prefix=$ac_optarg ;;
+
+  -gas | --gas | --ga | --g)
+    # Obsolete; use --with-gas.
+    with_gas=yes ;;
+
+  -help | --help | --hel | --he | -h)
+    ac_init_help=long ;;
+  -help=r* | --help=r* | --hel=r* | --he=r* | -hr*)
+    ac_init_help=recursive ;;
+  -help=s* | --help=s* | --hel=s* | --he=s* | -hs*)
+    ac_init_help=short ;;
+
+  -host | --host | --hos | --ho)
+    ac_prev=host_alias ;;
+  -host=* | --host=* | --hos=* | --ho=*)
+    host_alias=$ac_optarg ;;
+
+  -htmldir | --htmldir | --htmldi | --htmld | --html | --htm | --ht)
+    ac_prev=htmldir ;;
+  -htmldir=* | --htmldir=* | --htmldi=* | --htmld=* | --html=* | --htm=* \
+  | --ht=*)
+    htmldir=$ac_optarg ;;
+
+  -includedir | --includedir | --includedi | --included | --include \
+  | --includ | --inclu | --incl | --inc)
+    ac_prev=includedir ;;
+  -includedir=* | --includedir=* | --includedi=* | --included=* | --include=* \
+  | --includ=* | --inclu=* | --incl=* | --inc=*)
+    includedir=$ac_optarg ;;
+
+  -infodir | --infodir | --infodi | --infod | --info | --inf)
+    ac_prev=infodir ;;
+  -infodir=* | --infodir=* | --infodi=* | --infod=* | --info=* | --inf=*)
+    infodir=$ac_optarg ;;
+
+  -libdir | --libdir | --libdi | --libd)
+    ac_prev=libdir ;;
+  -libdir=* | --libdir=* | --libdi=* | --libd=*)
+    libdir=$ac_optarg ;;
+
+  -libexecdir | --libexecdir | --libexecdi | --libexecd | --libexec \
+  | --libexe | --libex | --libe)
+    ac_prev=libexecdir ;;
+  -libexecdir=* | --libexecdir=* | --libexecdi=* | --libexecd=* | --libexec=* \
+  | --libexe=* | --libex=* | --libe=*)
+    libexecdir=$ac_optarg ;;
+
+  -localedir | --localedir | --localedi | --localed | --locale)
+    ac_prev=localedir ;;
+  -localedir=* | --localedir=* | --localedi=* | --localed=* | --locale=*)
+    localedir=$ac_optarg ;;
+
+  -localstatedir | --localstatedir | --localstatedi | --localstated \
+  | --localstate | --localstat | --localsta | --localst | --locals)
+    ac_prev=localstatedir ;;
+  -localstatedir=* | --localstatedir=* | --localstatedi=* | --localstated=* \
+  | --localstate=* | --localstat=* | --localsta=* | --localst=* | --locals=*)
+    localstatedir=$ac_optarg ;;
+
+  -mandir | --mandir | --mandi | --mand | --man | --ma | --m)
+    ac_prev=mandir ;;
+  -mandir=* | --mandir=* | --mandi=* | --mand=* | --man=* | --ma=* | --m=*)
+    mandir=$ac_optarg ;;
+
+  -nfp | --nfp | --nf)
+    # Obsolete; use --without-fp.
+    with_fp=no ;;
+
+  -no-create | --no-create | --no-creat | --no-crea | --no-cre \
+  | --no-cr | --no-c | -n)
+    no_create=yes ;;
+
+  -no-recursion | --no-recursion | --no-recursio | --no-recursi \
+  | --no-recurs | --no-recur | --no-recu | --no-rec | --no-re | --no-r)
+    no_recursion=yes ;;
+
+  -oldincludedir | --oldincludedir | --oldincludedi | --oldincluded \
+  | --oldinclude | --oldinclud | --oldinclu | --oldincl | --oldinc \
+  | --oldin | --oldi | --old | --ol | --o)
+    ac_prev=oldincludedir ;;
+  -oldincludedir=* | --oldincludedir=* | --oldincludedi=* | --oldincluded=* \
+  | --oldinclude=* | --oldinclud=* | --oldinclu=* | --oldincl=* | --oldinc=* \
+  | --oldin=* | --oldi=* | --old=* | --ol=* | --o=*)
+    oldincludedir=$ac_optarg ;;
+
+  -prefix | --prefix | --prefi | --pref | --pre | --pr | --p)
+    ac_prev=prefix ;;
+  -prefix=* | --prefix=* | --prefi=* | --pref=* | --pre=* | --pr=* | --p=*)
+    prefix=$ac_optarg ;;
+
+  -program-prefix | --program-prefix | --program-prefi | --program-pref \
+  | --program-pre | --program-pr | --program-p)
+    ac_prev=program_prefix ;;
+  -program-prefix=* | --program-prefix=* | --program-prefi=* \
+  | --program-pref=* | --program-pre=* | --program-pr=* | --program-p=*)
+    program_prefix=$ac_optarg ;;
+
+  -program-suffix | --program-suffix | --program-suffi | --program-suff \
+  | --program-suf | --program-su | --program-s)
+    ac_prev=program_suffix ;;
+  -program-suffix=* | --program-suffix=* | --program-suffi=* \
+  | --program-suff=* | --program-suf=* | --program-su=* | --program-s=*)
+    program_suffix=$ac_optarg ;;
+
+  -program-transform-name | --program-transform-name \
+  | --program-transform-nam | --program-transform-na \
+  | --program-transform-n | --program-transform- \
+  | --program-transform | --program-transfor \
+  | --program-transfo | --program-transf \
+  | --program-trans | --program-tran \
+  | --progr-tra | --program-tr | --program-t)
+    ac_prev=program_transform_name ;;
+  -program-transform-name=* | --program-transform-name=* \
+  | --program-transform-nam=* | --program-transform-na=* \
+  | --program-transform-n=* | --program-transform-=* \
+  | --program-transform=* | --program-transfor=* \
+  | --program-transfo=* | --program-transf=* \
+  | --program-trans=* | --program-tran=* \
+  | --progr-tra=* | --program-tr=* | --program-t=*)
+    program_transform_name=$ac_optarg ;;
+
+  -pdfdir | --pdfdir | --pdfdi | --pdfd | --pdf | --pd)
+    ac_prev=pdfdir ;;
+  -pdfdir=* | --pdfdir=* | --pdfdi=* | --pdfd=* | --pdf=* | --pd=*)
+    pdfdir=$ac_optarg ;;
+
+  -psdir | --psdir | --psdi | --psd | --ps)
+    ac_prev=psdir ;;
+  -psdir=* | --psdir=* | --psdi=* | --psd=* | --ps=*)
+    psdir=$ac_optarg ;;
+
+  -q | -quiet | --quiet | --quie | --qui | --qu | --q \
+  | -silent | --silent | --silen | --sile | --sil)
+    silent=yes ;;
+
+  -sbindir | --sbindir | --sbindi | --sbind | --sbin | --sbi | --sb)
+    ac_prev=sbindir ;;
+  -sbindir=* | --sbindir=* | --sbindi=* | --sbind=* | --sbin=* \
+  | --sbi=* | --sb=*)
+    sbindir=$ac_optarg ;;
+
+  -sharedstatedir | --sharedstatedir | --sharedstatedi \
+  | --sharedstated | --sharedstate | --sharedstat | --sharedsta \
+  | --sharedst | --shareds | --shared | --share | --shar \
+  | --sha | --sh)
+    ac_prev=sharedstatedir ;;
+  -sharedstatedir=* | --sharedstatedir=* | --sharedstatedi=* \
+  | --sharedstated=* | --sharedstate=* | --sharedstat=* | --sharedsta=* \
+  | --sharedst=* | --shareds=* | --shared=* | --share=* | --shar=* \
+  | --sha=* | --sh=*)
+    sharedstatedir=$ac_optarg ;;
+
+  -site | --site | --sit)
+    ac_prev=site ;;
+  -site=* | --site=* | --sit=*)
+    site=$ac_optarg ;;
+
+  -srcdir | --srcdir | --srcdi | --srcd | --src | --sr)
+    ac_prev=srcdir ;;
+  -srcdir=* | --srcdir=* | --srcdi=* | --srcd=* | --src=* | --sr=*)
+    srcdir=$ac_optarg ;;
+
+  -sysconfdir | --sysconfdir | --sysconfdi | --sysconfd | --sysconf \
+  | --syscon | --sysco | --sysc | --sys | --sy)
+    ac_prev=sysconfdir ;;
+  -sysconfdir=* | --sysconfdir=* | --sysconfdi=* | --sysconfd=* | --sysconf=* \
+  | --syscon=* | --sysco=* | --sysc=* | --sys=* | --sy=*)
+    sysconfdir=$ac_optarg ;;
+
+  -target | --target | --targe | --targ | --tar | --ta | --t)
+    ac_prev=target_alias ;;
+  -target=* | --target=* | --targe=* | --targ=* | --tar=* | --ta=* | --t=*)
+    target_alias=$ac_optarg ;;
+
+  -v | -verbose | --verbose | --verbos | --verbo | --verb)
+    verbose=yes ;;
+
+  -version | --version | --versio | --versi | --vers | -V)
+    ac_init_version=: ;;
+
+  -with-* | --with-*)
+    ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*with-\([^=]*\)'`
+    # Reject names that are not valid shell variable names.
+    expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
+      as_fn_error $? "invalid package name: $ac_useropt"
+    ac_useropt_orig=$ac_useropt
+    ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
+    case $ac_user_opts in
+      *"
+"with_$ac_useropt"
+"*) ;;
+      *) ac_unrecognized_opts="$ac_unrecognized_opts$ac_unrecognized_sep--with-$ac_useropt_orig"
+	 ac_unrecognized_sep=', ';;
+    esac
+    eval with_$ac_useropt=\$ac_optarg ;;
+
+  -without-* | --without-*)
+    ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*without-\(.*\)'`
+    # Reject names that are not valid shell variable names.
+    expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
+      as_fn_error $? "invalid package name: $ac_useropt"
+    ac_useropt_orig=$ac_useropt
+    ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
+    case $ac_user_opts in
+      *"
+"with_$ac_useropt"
+"*) ;;
+      *) ac_unrecognized_opts="$ac_unrecognized_opts$ac_unrecognized_sep--without-$ac_useropt_orig"
+	 ac_unrecognized_sep=', ';;
+    esac
+    eval with_$ac_useropt=no ;;
+
+  --x)
+    # Obsolete; use --with-x.
+    with_x=yes ;;
+
+  -x-includes | --x-includes | --x-include | --x-includ | --x-inclu \
+  | --x-incl | --x-inc | --x-in | --x-i)
+    ac_prev=x_includes ;;
+  -x-includes=* | --x-includes=* | --x-include=* | --x-includ=* | --x-inclu=* \
+  | --x-incl=* | --x-inc=* | --x-in=* | --x-i=*)
+    x_includes=$ac_optarg ;;
+
+  -x-libraries | --x-libraries | --x-librarie | --x-librari \
+  | --x-librar | --x-libra | --x-libr | --x-lib | --x-li | --x-l)
+    ac_prev=x_libraries ;;
+  -x-libraries=* | --x-libraries=* | --x-librarie=* | --x-librari=* \
+  | --x-librar=* | --x-libra=* | --x-libr=* | --x-lib=* | --x-li=* | --x-l=*)
+    x_libraries=$ac_optarg ;;
+
+  -*) as_fn_error $? "unrecognized option: \`$ac_option'
+Try \`$0 --help' for more information"
+    ;;
+
+  *=*)
+    ac_envvar=`expr "x$ac_option" : 'x\([^=]*\)='`
+    # Reject names that are not valid shell variable names.
+    case $ac_envvar in #(
+      '' | [0-9]* | *[!_$as_cr_alnum]* )
+      as_fn_error $? "invalid variable name: \`$ac_envvar'" ;;
+    esac
+    eval $ac_envvar=\$ac_optarg
+    export $ac_envvar ;;
+
+  *)
+    # FIXME: should be removed in autoconf 3.0.
+    $as_echo "$as_me: WARNING: you should use --build, --host, --target" >&2
+    expr "x$ac_option" : ".*[^-._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
+      $as_echo "$as_me: WARNING: invalid host type: $ac_option" >&2
+    : "${build_alias=$ac_option} ${host_alias=$ac_option} ${target_alias=$ac_option}"
+    ;;
+
+  esac
+done
+
+if test -n "$ac_prev"; then
+  ac_option=--`echo $ac_prev | sed 's/_/-/g'`
+  as_fn_error $? "missing argument to $ac_option"
+fi
+
+if test -n "$ac_unrecognized_opts"; then
+  case $enable_option_checking in
+    no) ;;
+    fatal) as_fn_error $? "unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" ;;
+    *)     $as_echo "$as_me: WARNING: unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" >&2 ;;
+  esac
+fi
+
+# Check all directory arguments for consistency.
+for ac_var in	exec_prefix prefix bindir sbindir libexecdir datarootdir \
+		datadir sysconfdir sharedstatedir localstatedir includedir \
+		oldincludedir docdir infodir htmldir dvidir pdfdir psdir \
+		libdir localedir mandir
+do
+  eval ac_val=\$$ac_var
+  # Remove trailing slashes.
+  case $ac_val in
+    */ )
+      ac_val=`expr "X$ac_val" : 'X\(.*[^/]\)' \| "X$ac_val" : 'X\(.*\)'`
+      eval $ac_var=\$ac_val;;
+  esac
+  # Be sure to have absolute directory names.
+  case $ac_val in
+    [\\/$]* | ?:[\\/]* )  continue;;
+    NONE | '' ) case $ac_var in *prefix ) continue;; esac;;
+  esac
+  as_fn_error $? "expected an absolute directory name for --$ac_var: $ac_val"
+done
+
+# There might be people who depend on the old broken behavior: `$host'
+# used to hold the argument of --host etc.
+# FIXME: To remove some day.
+build=$build_alias
+host=$host_alias
+target=$target_alias
+
+# FIXME: To remove some day.
+if test "x$host_alias" != x; then
+  if test "x$build_alias" = x; then
+    cross_compiling=maybe
+  elif test "x$build_alias" != "x$host_alias"; then
+    cross_compiling=yes
+  fi
+fi
+
+ac_tool_prefix=
+test -n "$host_alias" && ac_tool_prefix=$host_alias-
+
+test "$silent" = yes && exec 6>/dev/null
+
+
+ac_pwd=`pwd` && test -n "$ac_pwd" &&
+ac_ls_di=`ls -di .` &&
+ac_pwd_ls_di=`cd "$ac_pwd" && ls -di .` ||
+  as_fn_error $? "working directory cannot be determined"
+test "X$ac_ls_di" = "X$ac_pwd_ls_di" ||
+  as_fn_error $? "pwd does not report name of working directory"
+
+
+# Find the source files, if location was not specified.
+if test -z "$srcdir"; then
+  ac_srcdir_defaulted=yes
+  # Try the directory containing this script, then the parent directory.
+  ac_confdir=`$as_dirname -- "$as_myself" ||
+$as_expr X"$as_myself" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+	 X"$as_myself" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+	 X"$as_myself" : 'X\(//\)$' \| \
+	 X"$as_myself" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$as_myself" |
+    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\/\)$/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\).*/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  s/.*/./; q'`
+  srcdir=$ac_confdir
+  if test ! -r "$srcdir/$ac_unique_file"; then
+    srcdir=..
+  fi
+else
+  ac_srcdir_defaulted=no
+fi
+if test ! -r "$srcdir/$ac_unique_file"; then
+  test "$ac_srcdir_defaulted" = yes && srcdir="$ac_confdir or .."
+  as_fn_error $? "cannot find sources ($ac_unique_file) in $srcdir"
+fi
+ac_msg="sources are in $srcdir, but \`cd $srcdir' does not work"
+ac_abs_confdir=`(
+	cd "$srcdir" && test -r "./$ac_unique_file" || as_fn_error $? "$ac_msg"
+	pwd)`
+# When building in place, set srcdir=.
+if test "$ac_abs_confdir" = "$ac_pwd"; then
+  srcdir=.
+fi
+# Remove unnecessary trailing slashes from srcdir.
+# Double slashes in file names in object file debugging info
+# mess up M-x gdb in Emacs.
+case $srcdir in
+*/) srcdir=`expr "X$srcdir" : 'X\(.*[^/]\)' \| "X$srcdir" : 'X\(.*\)'`;;
+esac
+for ac_var in $ac_precious_vars; do
+  eval ac_env_${ac_var}_set=\${${ac_var}+set}
+  eval ac_env_${ac_var}_value=\$${ac_var}
+  eval ac_cv_env_${ac_var}_set=\${${ac_var}+set}
+  eval ac_cv_env_${ac_var}_value=\$${ac_var}
+done
+
+#
+# Report the --help message.
+#
+if test "$ac_init_help" = "long"; then
+  # Omit some internal or obsolete options to make the list less imposing.
+  # This message is too long to be a string in the A/UX 3.1 sh.
+  cat <<_ACEOF
+\`configure' configures art C++ VIC.03.09.2015 to adapt to many kinds of systems.
+
+Usage: $0 [OPTION]... [VAR=VALUE]...
+
+To assign environment variables (e.g., CC, CFLAGS...), specify them as
+VAR=VALUE.  See below for descriptions of some of the useful variables.
+
+Defaults for the options are specified in brackets.
+
+Configuration:
+  -h, --help              display this help and exit
+      --help=short        display options specific to this package
+      --help=recursive    display the short help of all the included packages
+  -V, --version           display version information and exit
+  -q, --quiet, --silent   do not print \`checking ...' messages
+      --cache-file=FILE   cache test results in FILE [disabled]
+  -C, --config-cache      alias for \`--cache-file=config.cache'
+  -n, --no-create         do not create output files
+      --srcdir=DIR        find the sources in DIR [configure dir or \`..']
+
+Installation directories:
+  --prefix=PREFIX         install architecture-independent files in PREFIX
+                          [$ac_default_prefix]
+  --exec-prefix=EPREFIX   install architecture-dependent files in EPREFIX
+                          [PREFIX]
+
+By default, \`make install' will install all the files in
+\`$ac_default_prefix/bin', \`$ac_default_prefix/lib' etc.  You can specify
+an installation prefix other than \`$ac_default_prefix' using \`--prefix',
+for instance \`--prefix=\$HOME'.
+
+For better control, use the options below.
+
+Fine tuning of the installation directories:
+  --bindir=DIR            user executables [EPREFIX/bin]
+  --sbindir=DIR           system admin executables [EPREFIX/sbin]
+  --libexecdir=DIR        program executables [EPREFIX/libexec]
+  --sysconfdir=DIR        read-only single-machine data [PREFIX/etc]
+  --sharedstatedir=DIR    modifiable architecture-independent data [PREFIX/com]
+  --localstatedir=DIR     modifiable single-machine data [PREFIX/var]
+  --libdir=DIR            object code libraries [EPREFIX/lib]
+  --includedir=DIR        C header files [PREFIX/include]
+  --oldincludedir=DIR     C header files for non-gcc [/usr/include]
+  --datarootdir=DIR       read-only arch.-independent data root [PREFIX/share]
+  --datadir=DIR           read-only architecture-independent data [DATAROOTDIR]
+  --infodir=DIR           info documentation [DATAROOTDIR/info]
+  --localedir=DIR         locale-dependent data [DATAROOTDIR/locale]
+  --mandir=DIR            man documentation [DATAROOTDIR/man]
+  --docdir=DIR            documentation root [DATAROOTDIR/doc/art]
+  --htmldir=DIR           html documentation [DOCDIR]
+  --dvidir=DIR            dvi documentation [DOCDIR]
+  --pdfdir=DIR            pdf documentation [DOCDIR]
+  --psdir=DIR             ps documentation [DOCDIR]
+_ACEOF
+
+  cat <<\_ACEOF
+
+Program names:
+  --program-prefix=PREFIX            prepend PREFIX to installed program names
+  --program-suffix=SUFFIX            append SUFFIX to installed program names
+  --program-transform-name=PROGRAM   run sed PROGRAM on installed program names
+_ACEOF
+fi
+
+if test -n "$ac_init_help"; then
+  case $ac_init_help in
+     short | recursive ) echo "Configuration of art C++ VIC.03.09.2015:";;
+   esac
+  cat <<\_ACEOF
+
+Optional Features:
+  --disable-option-checking  ignore unrecognized --enable/--with options
+  --disable-FEATURE       do not include FEATURE (same as --enable-FEATURE=no)
+  --enable-FEATURE[=ARG]  include FEATURE [ARG=yes]
+  --enable-silent-rules   less verbose build output (undo: "make V=1")
+  --disable-silent-rules  verbose build output (undo: "make V=0")
+  --enable-dependency-tracking
+                          do not reject slow dependency extractors
+  --disable-dependency-tracking
+                          speeds up one-time build
+
+Some influential environment variables:
+  CXX         C++ compiler command
+  CXXFLAGS    C++ compiler flags
+  LDFLAGS     linker flags, e.g. -L<lib dir> if you have libraries in a
+              nonstandard directory <lib dir>
+  LIBS        libraries to pass to the linker, e.g. -l<library>
+  CPPFLAGS    (Objective) C/C++ preprocessor flags, e.g. -I<include dir> if
+              you have headers in a nonstandard directory <include dir>
+  CC          C compiler command
+  CFLAGS      C compiler flags
+  CPP         C preprocessor
+
+Use these variables to override the choices made by `configure' or to help
+it to find libraries and programs with nonstandard names/locations.
+
+Report bugs to <whduke at gmail.com>.
+art C++ home page: <http://http://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art>.
+_ACEOF
+ac_status=$?
+fi
+
+if test "$ac_init_help" = "recursive"; then
+  # If there are subdirs, report their specific --help.
+  for ac_dir in : $ac_subdirs_all; do test "x$ac_dir" = x: && continue
+    test -d "$ac_dir" ||
+      { cd "$srcdir" && ac_pwd=`pwd` && srcdir=. && test -d "$ac_dir"; } ||
+      continue
+    ac_builddir=.
+
+case "$ac_dir" in
+.) ac_dir_suffix= ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
+*)
+  ac_dir_suffix=/`$as_echo "$ac_dir" | sed 's|^\.[\\/]||'`
+  # A ".." for each directory in $ac_dir_suffix.
+  ac_top_builddir_sub=`$as_echo "$ac_dir_suffix" | sed 's|/[^\\/]*|/..|g;s|/||'`
+  case $ac_top_builddir_sub in
+  "") ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
+  *)  ac_top_build_prefix=$ac_top_builddir_sub/ ;;
+  esac ;;
+esac
+ac_abs_top_builddir=$ac_pwd
+ac_abs_builddir=$ac_pwd$ac_dir_suffix
+# for backward compatibility:
+ac_top_builddir=$ac_top_build_prefix
+
+case $srcdir in
+  .)  # We are building in place.
+    ac_srcdir=.
+    ac_top_srcdir=$ac_top_builddir_sub
+    ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd ;;
+  [\\/]* | ?:[\\/]* )  # Absolute name.
+    ac_srcdir=$srcdir$ac_dir_suffix;
+    ac_top_srcdir=$srcdir
+    ac_abs_top_srcdir=$srcdir ;;
+  *) # Relative name.
+    ac_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir$ac_dir_suffix
+    ac_top_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir
+    ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd/$srcdir ;;
+esac
+ac_abs_srcdir=$ac_abs_top_srcdir$ac_dir_suffix
+
+    cd "$ac_dir" || { ac_status=$?; continue; }
+    # Check for guested configure.
+    if test -f "$ac_srcdir/configure.gnu"; then
+      echo &&
+      $SHELL "$ac_srcdir/configure.gnu" --help=recursive
+    elif test -f "$ac_srcdir/configure"; then
+      echo &&
+      $SHELL "$ac_srcdir/configure" --help=recursive
+    else
+      $as_echo "$as_me: WARNING: no configuration information is in $ac_dir" >&2
+    fi || ac_status=$?
+    cd "$ac_pwd" || { ac_status=$?; break; }
+  done
+fi
+
+test -n "$ac_init_help" && exit $ac_status
+if $ac_init_version; then
+  cat <<\_ACEOF
+art C++ configure VIC.03.09.2015
+generated by GNU Autoconf 2.69
+
+Copyright (C) 2012 Free Software Foundation, Inc.
+This configure script is free software; the Free Software Foundation
+gives unlimited permission to copy, distribute and modify it.
+_ACEOF
+  exit
+fi
+
+## ------------------------ ##
+## Autoconf initialization. ##
+## ------------------------ ##
+
+# ac_fn_cxx_try_compile LINENO
+# ----------------------------
+# Try to compile conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded.
+ac_fn_cxx_try_compile ()
+{
+  as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+  rm -f conftest.$ac_objext
+  if { { ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.err
+  ac_status=$?
+  if test -s conftest.err; then
+    grep -v '^ *+' conftest.err >conftest.er1
+    cat conftest.er1 >&5
+    mv -f conftest.er1 conftest.err
+  fi
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; } && {
+	 test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
+	 test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then :
+  ac_retval=0
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+	ac_retval=1
+fi
+  eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
+  as_fn_set_status $ac_retval
+
+} # ac_fn_cxx_try_compile
+
+# ac_fn_c_try_compile LINENO
+# --------------------------
+# Try to compile conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded.
+ac_fn_c_try_compile ()
+{
+  as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+  rm -f conftest.$ac_objext
+  if { { ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>conftest.err
+  ac_status=$?
+  if test -s conftest.err; then
+    grep -v '^ *+' conftest.err >conftest.er1
+    cat conftest.er1 >&5
+    mv -f conftest.er1 conftest.err
+  fi
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; } && {
+	 test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+	 test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest.$ac_objext; then :
+  ac_retval=0
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+	ac_retval=1
+fi
+  eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
+  as_fn_set_status $ac_retval
+
+} # ac_fn_c_try_compile
+
+# ac_fn_c_try_cpp LINENO
+# ----------------------
+# Try to preprocess conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded.
+ac_fn_c_try_cpp ()
+{
+  as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+  if { { ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.err
+  ac_status=$?
+  if test -s conftest.err; then
+    grep -v '^ *+' conftest.err >conftest.er1
+    cat conftest.er1 >&5
+    mv -f conftest.er1 conftest.err
+  fi
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; } > conftest.i && {
+	 test -z "$ac_c_preproc_warn_flag$ac_c_werror_flag" ||
+	 test ! -s conftest.err
+       }; then :
+  ac_retval=0
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+    ac_retval=1
+fi
+  eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
+  as_fn_set_status $ac_retval
+
+} # ac_fn_c_try_cpp
+
+# ac_fn_c_check_header_mongrel LINENO HEADER VAR INCLUDES
+# -------------------------------------------------------
+# Tests whether HEADER exists, giving a warning if it cannot be compiled using
+# the include files in INCLUDES and setting the cache variable VAR
+# accordingly.
+ac_fn_c_check_header_mongrel ()
+{
+  as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+  if eval \${$3+:} false; then :
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
+$as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
+if eval \${$3+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+fi
+eval ac_res=\$$3
+	       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+else
+  # Is the header compilable?
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking $2 usability" >&5
+$as_echo_n "checking $2 usability... " >&6; }
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+$4
+#include <$2>
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+  ac_header_compiler=yes
+else
+  ac_header_compiler=no
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_header_compiler" >&5
+$as_echo "$ac_header_compiler" >&6; }
+
+# Is the header present?
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking $2 presence" >&5
+$as_echo_n "checking $2 presence... " >&6; }
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+#include <$2>
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_cpp "$LINENO"; then :
+  ac_header_preproc=yes
+else
+  ac_header_preproc=no
+fi
+rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_header_preproc" >&5
+$as_echo "$ac_header_preproc" >&6; }
+
+# So?  What about this header?
+case $ac_header_compiler:$ac_header_preproc:$ac_c_preproc_warn_flag in #((
+  yes:no: )
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: accepted by the compiler, rejected by the preprocessor!" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2: accepted by the compiler, rejected by the preprocessor!" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: proceeding with the compiler's result" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2: proceeding with the compiler's result" >&2;}
+    ;;
+  no:yes:* )
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: present but cannot be compiled" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2: present but cannot be compiled" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2:     check for missing prerequisite headers?" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2:     check for missing prerequisite headers?" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: see the Autoconf documentation" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2: see the Autoconf documentation" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2:     section \"Present But Cannot Be Compiled\"" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2:     section \"Present But Cannot Be Compiled\"" >&2;}
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: proceeding with the compiler's result" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2: proceeding with the compiler's result" >&2;}
+( $as_echo "## ------------------------------- ##
+## Report this to whduke at gmail.com ##
+## ------------------------------- ##"
+     ) | sed "s/^/$as_me: WARNING:     /" >&2
+    ;;
+esac
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
+$as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
+if eval \${$3+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  eval "$3=\$ac_header_compiler"
+fi
+eval ac_res=\$$3
+	       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+fi
+  eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
+
+} # ac_fn_c_check_header_mongrel
+
+# ac_fn_c_try_run LINENO
+# ----------------------
+# Try to link conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded. Assumes
+# that executables *can* be run.
+ac_fn_c_try_run ()
+{
+  as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+  if { { ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_link") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; } && { ac_try='./conftest$ac_exeext'
+  { { case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_try") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; }; }; then :
+  ac_retval=0
+else
+  $as_echo "$as_me: program exited with status $ac_status" >&5
+       $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+       ac_retval=$ac_status
+fi
+  rm -rf conftest.dSYM conftest_ipa8_conftest.oo
+  eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
+  as_fn_set_status $ac_retval
+
+} # ac_fn_c_try_run
+
+# ac_fn_c_check_header_compile LINENO HEADER VAR INCLUDES
+# -------------------------------------------------------
+# Tests whether HEADER exists and can be compiled using the include files in
+# INCLUDES, setting the cache variable VAR accordingly.
+ac_fn_c_check_header_compile ()
+{
+  as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
+$as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
+if eval \${$3+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+$4
+#include <$2>
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+  eval "$3=yes"
+else
+  eval "$3=no"
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+eval ac_res=\$$3
+	       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+  eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
+
+} # ac_fn_c_check_header_compile
+
+# ac_fn_c_try_link LINENO
+# -----------------------
+# Try to link conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded.
+ac_fn_c_try_link ()
+{
+  as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+  rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+  if { { ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_link") 2>conftest.err
+  ac_status=$?
+  if test -s conftest.err; then
+    grep -v '^ *+' conftest.err >conftest.er1
+    cat conftest.er1 >&5
+    mv -f conftest.er1 conftest.err
+  fi
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; } && {
+	 test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+	 test ! -s conftest.err
+       } && test -s conftest$ac_exeext && {
+	 test "$cross_compiling" = yes ||
+	 test -x conftest$ac_exeext
+       }; then :
+  ac_retval=0
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+	ac_retval=1
+fi
+  # Delete the IPA/IPO (Inter Procedural Analysis/Optimization) information
+  # created by the PGI compiler (conftest_ipa8_conftest.oo), as it would
+  # interfere with the next link command; also delete a directory that is
+  # left behind by Apple's compiler.  We do this before executing the actions.
+  rm -rf conftest.dSYM conftest_ipa8_conftest.oo
+  eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
+  as_fn_set_status $ac_retval
+
+} # ac_fn_c_try_link
+
+# ac_fn_c_check_type LINENO TYPE VAR INCLUDES
+# -------------------------------------------
+# Tests whether TYPE exists after having included INCLUDES, setting cache
+# variable VAR accordingly.
+ac_fn_c_check_type ()
+{
+  as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
+$as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
+if eval \${$3+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  eval "$3=no"
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+$4
+int
+main ()
+{
+if (sizeof ($2))
+	 return 0;
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+$4
+int
+main ()
+{
+if (sizeof (($2)))
+	    return 0;
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+
+else
+  eval "$3=yes"
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+eval ac_res=\$$3
+	       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+  eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
+
+} # ac_fn_c_check_type
+
+# ac_fn_c_check_func LINENO FUNC VAR
+# ----------------------------------
+# Tests whether FUNC exists, setting the cache variable VAR accordingly
+ac_fn_c_check_func ()
+{
+  as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
+$as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
+if eval \${$3+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+/* Define $2 to an innocuous variant, in case <limits.h> declares $2.
+   For example, HP-UX 11i <limits.h> declares gettimeofday.  */
+#define $2 innocuous_$2
+
+/* System header to define __stub macros and hopefully few prototypes,
+    which can conflict with char $2 (); below.
+    Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+    <limits.h> exists even on freestanding compilers.  */
+
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+
+#undef $2
+
+/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
+   Use char because int might match the return type of a GCC
+   builtin and then its argument prototype would still apply.  */
+#ifdef __cplusplus
+extern "C"
+#endif
+char $2 ();
+/* The GNU C library defines this for functions which it implements
+    to always fail with ENOSYS.  Some functions are actually named
+    something starting with __ and the normal name is an alias.  */
+#if defined __stub_$2 || defined __stub___$2
+choke me
+#endif
+
+int
+main ()
+{
+return $2 ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_link "$LINENO"; then :
+  eval "$3=yes"
+else
+  eval "$3=no"
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext \
+    conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+fi
+eval ac_res=\$$3
+	       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+  eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
+
+} # ac_fn_c_check_func
+cat >config.log <<_ACEOF
+This file contains any messages produced by compilers while
+running configure, to aid debugging if configure makes a mistake.
+
+It was created by art C++ $as_me VIC.03.09.2015, which was
+generated by GNU Autoconf 2.69.  Invocation command line was
+
+  $ $0 $@
+
+_ACEOF
+exec 5>>config.log
+{
+cat <<_ASUNAME
+## --------- ##
+## Platform. ##
+## --------- ##
+
+hostname = `(hostname || uname -n) 2>/dev/null | sed 1q`
+uname -m = `(uname -m) 2>/dev/null || echo unknown`
+uname -r = `(uname -r) 2>/dev/null || echo unknown`
+uname -s = `(uname -s) 2>/dev/null || echo unknown`
+uname -v = `(uname -v) 2>/dev/null || echo unknown`
+
+/usr/bin/uname -p = `(/usr/bin/uname -p) 2>/dev/null || echo unknown`
+/bin/uname -X     = `(/bin/uname -X) 2>/dev/null     || echo unknown`
+
+/bin/arch              = `(/bin/arch) 2>/dev/null              || echo unknown`
+/usr/bin/arch -k       = `(/usr/bin/arch -k) 2>/dev/null       || echo unknown`
+/usr/convex/getsysinfo = `(/usr/convex/getsysinfo) 2>/dev/null || echo unknown`
+/usr/bin/hostinfo      = `(/usr/bin/hostinfo) 2>/dev/null      || echo unknown`
+/bin/machine           = `(/bin/machine) 2>/dev/null           || echo unknown`
+/usr/bin/oslevel       = `(/usr/bin/oslevel) 2>/dev/null       || echo unknown`
+/bin/universe          = `(/bin/universe) 2>/dev/null          || echo unknown`
+
+_ASUNAME
+
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    $as_echo "PATH: $as_dir"
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+
+} >&5
+
+cat >&5 <<_ACEOF
+
+
+## ----------- ##
+## Core tests. ##
+## ----------- ##
+
+_ACEOF
+
+
+# Keep a trace of the command line.
+# Strip out --no-create and --no-recursion so they do not pile up.
+# Strip out --silent because we don't want to record it for future runs.
+# Also quote any args containing shell meta-characters.
+# Make two passes to allow for proper duplicate-argument suppression.
+ac_configure_args=
+ac_configure_args0=
+ac_configure_args1=
+ac_must_keep_next=false
+for ac_pass in 1 2
+do
+  for ac_arg
+  do
+    case $ac_arg in
+    -no-create | --no-c* | -n | -no-recursion | --no-r*) continue ;;
+    -q | -quiet | --quiet | --quie | --qui | --qu | --q \
+    | -silent | --silent | --silen | --sile | --sil)
+      continue ;;
+    *\'*)
+      ac_arg=`$as_echo "$ac_arg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
+    esac
+    case $ac_pass in
+    1) as_fn_append ac_configure_args0 " '$ac_arg'" ;;
+    2)
+      as_fn_append ac_configure_args1 " '$ac_arg'"
+      if test $ac_must_keep_next = true; then
+	ac_must_keep_next=false # Got value, back to normal.
+      else
+	case $ac_arg in
+	  *=* | --config-cache | -C | -disable-* | --disable-* \
+	  | -enable-* | --enable-* | -gas | --g* | -nfp | --nf* \
+	  | -q | -quiet | --q* | -silent | --sil* | -v | -verb* \
+	  | -with-* | --with-* | -without-* | --without-* | --x)
+	    case "$ac_configure_args0 " in
+	      "$ac_configure_args1"*" '$ac_arg' "* ) continue ;;
+	    esac
+	    ;;
+	  -* ) ac_must_keep_next=true ;;
+	esac
+      fi
+      as_fn_append ac_configure_args " '$ac_arg'"
+      ;;
+    esac
+  done
+done
+{ ac_configure_args0=; unset ac_configure_args0;}
+{ ac_configure_args1=; unset ac_configure_args1;}
+
+# When interrupted or exit'd, cleanup temporary files, and complete
+# config.log.  We remove comments because anyway the quotes in there
+# would cause problems or look ugly.
+# WARNING: Use '\'' to represent an apostrophe within the trap.
+# WARNING: Do not start the trap code with a newline, due to a FreeBSD 4.0 bug.
+trap 'exit_status=$?
+  # Save into config.log some information that might help in debugging.
+  {
+    echo
+
+    $as_echo "## ---------------- ##
+## Cache variables. ##
+## ---------------- ##"
+    echo
+    # The following way of writing the cache mishandles newlines in values,
+(
+  for ac_var in `(set) 2>&1 | sed -n '\''s/^\([a-zA-Z_][a-zA-Z0-9_]*\)=.*/\1/p'\''`; do
+    eval ac_val=\$$ac_var
+    case $ac_val in #(
+    *${as_nl}*)
+      case $ac_var in #(
+      *_cv_*) { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&2;} ;;
+      esac
+      case $ac_var in #(
+      _ | IFS | as_nl) ;; #(
+      BASH_ARGV | BASH_SOURCE) eval $ac_var= ;; #(
+      *) { eval $ac_var=; unset $ac_var;} ;;
+      esac ;;
+    esac
+  done
+  (set) 2>&1 |
+    case $as_nl`(ac_space='\'' '\''; set) 2>&1` in #(
+    *${as_nl}ac_space=\ *)
+      sed -n \
+	"s/'\''/'\''\\\\'\'''\''/g;
+	  s/^\\([_$as_cr_alnum]*_cv_[_$as_cr_alnum]*\\)=\\(.*\\)/\\1='\''\\2'\''/p"
+      ;; #(
+    *)
+      sed -n "/^[_$as_cr_alnum]*_cv_[_$as_cr_alnum]*=/p"
+      ;;
+    esac |
+    sort
+)
+    echo
+
+    $as_echo "## ----------------- ##
+## Output variables. ##
+## ----------------- ##"
+    echo
+    for ac_var in $ac_subst_vars
+    do
+      eval ac_val=\$$ac_var
+      case $ac_val in
+      *\'\''*) ac_val=`$as_echo "$ac_val" | sed "s/'\''/'\''\\\\\\\\'\'''\''/g"`;;
+      esac
+      $as_echo "$ac_var='\''$ac_val'\''"
+    done | sort
+    echo
+
+    if test -n "$ac_subst_files"; then
+      $as_echo "## ------------------- ##
+## File substitutions. ##
+## ------------------- ##"
+      echo
+      for ac_var in $ac_subst_files
+      do
+	eval ac_val=\$$ac_var
+	case $ac_val in
+	*\'\''*) ac_val=`$as_echo "$ac_val" | sed "s/'\''/'\''\\\\\\\\'\'''\''/g"`;;
+	esac
+	$as_echo "$ac_var='\''$ac_val'\''"
+      done | sort
+      echo
+    fi
+
+    if test -s confdefs.h; then
+      $as_echo "## ----------- ##
+## confdefs.h. ##
+## ----------- ##"
+      echo
+      cat confdefs.h
+      echo
+    fi
+    test "$ac_signal" != 0 &&
+      $as_echo "$as_me: caught signal $ac_signal"
+    $as_echo "$as_me: exit $exit_status"
+  } >&5
+  rm -f core *.core core.conftest.* &&
+    rm -f -r conftest* confdefs* conf$$* $ac_clean_files &&
+    exit $exit_status
+' 0
+for ac_signal in 1 2 13 15; do
+  trap 'ac_signal='$ac_signal'; as_fn_exit 1' $ac_signal
+done
+ac_signal=0
+
+# confdefs.h avoids OS command line length limits that DEFS can exceed.
+rm -f -r conftest* confdefs.h
+
+$as_echo "/* confdefs.h */" > confdefs.h
+
+# Predefined preprocessor variables.
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_NAME "$PACKAGE_NAME"
+_ACEOF
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_TARNAME "$PACKAGE_TARNAME"
+_ACEOF
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_VERSION "$PACKAGE_VERSION"
+_ACEOF
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_STRING "$PACKAGE_STRING"
+_ACEOF
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_BUGREPORT "$PACKAGE_BUGREPORT"
+_ACEOF
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_URL "$PACKAGE_URL"
+_ACEOF
+
+
+# Let the site file select an alternate cache file if it wants to.
+# Prefer an explicitly selected file to automatically selected ones.
+ac_site_file1=NONE
+ac_site_file2=NONE
+if test -n "$CONFIG_SITE"; then
+  # We do not want a PATH search for config.site.
+  case $CONFIG_SITE in #((
+    -*)  ac_site_file1=./$CONFIG_SITE;;
+    */*) ac_site_file1=$CONFIG_SITE;;
+    *)   ac_site_file1=./$CONFIG_SITE;;
+  esac
+elif test "x$prefix" != xNONE; then
+  ac_site_file1=$prefix/share/config.site
+  ac_site_file2=$prefix/etc/config.site
+else
+  ac_site_file1=$ac_default_prefix/share/config.site
+  ac_site_file2=$ac_default_prefix/etc/config.site
+fi
+for ac_site_file in "$ac_site_file1" "$ac_site_file2"
+do
+  test "x$ac_site_file" = xNONE && continue
+  if test /dev/null != "$ac_site_file" && test -r "$ac_site_file"; then
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: loading site script $ac_site_file" >&5
+$as_echo "$as_me: loading site script $ac_site_file" >&6;}
+    sed 's/^/| /' "$ac_site_file" >&5
+    . "$ac_site_file" \
+      || { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+as_fn_error $? "failed to load site script $ac_site_file
+See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
+  fi
+done
+
+if test -r "$cache_file"; then
+  # Some versions of bash will fail to source /dev/null (special files
+  # actually), so we avoid doing that.  DJGPP emulates it as a regular file.
+  if test /dev/null != "$cache_file" && test -f "$cache_file"; then
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: loading cache $cache_file" >&5
+$as_echo "$as_me: loading cache $cache_file" >&6;}
+    case $cache_file in
+      [\\/]* | ?:[\\/]* ) . "$cache_file";;
+      *)                      . "./$cache_file";;
+    esac
+  fi
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: creating cache $cache_file" >&5
+$as_echo "$as_me: creating cache $cache_file" >&6;}
+  >$cache_file
+fi
+
+# Check that the precious variables saved in the cache have kept the same
+# value.
+ac_cache_corrupted=false
+for ac_var in $ac_precious_vars; do
+  eval ac_old_set=\$ac_cv_env_${ac_var}_set
+  eval ac_new_set=\$ac_env_${ac_var}_set
+  eval ac_old_val=\$ac_cv_env_${ac_var}_value
+  eval ac_new_val=\$ac_env_${ac_var}_value
+  case $ac_old_set,$ac_new_set in
+    set,)
+      { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: \`$ac_var' was set to \`$ac_old_val' in the previous run" >&5
+$as_echo "$as_me: error: \`$ac_var' was set to \`$ac_old_val' in the previous run" >&2;}
+      ac_cache_corrupted=: ;;
+    ,set)
+      { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: \`$ac_var' was not set in the previous run" >&5
+$as_echo "$as_me: error: \`$ac_var' was not set in the previous run" >&2;}
+      ac_cache_corrupted=: ;;
+    ,);;
+    *)
+      if test "x$ac_old_val" != "x$ac_new_val"; then
+	# differences in whitespace do not lead to failure.
+	ac_old_val_w=`echo x $ac_old_val`
+	ac_new_val_w=`echo x $ac_new_val`
+	if test "$ac_old_val_w" != "$ac_new_val_w"; then
+	  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: \`$ac_var' has changed since the previous run:" >&5
+$as_echo "$as_me: error: \`$ac_var' has changed since the previous run:" >&2;}
+	  ac_cache_corrupted=:
+	else
+	  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: warning: ignoring whitespace changes in \`$ac_var' since the previous run:" >&5
+$as_echo "$as_me: warning: ignoring whitespace changes in \`$ac_var' since the previous run:" >&2;}
+	  eval $ac_var=\$ac_old_val
+	fi
+	{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}:   former value:  \`$ac_old_val'" >&5
+$as_echo "$as_me:   former value:  \`$ac_old_val'" >&2;}
+	{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}:   current value: \`$ac_new_val'" >&5
+$as_echo "$as_me:   current value: \`$ac_new_val'" >&2;}
+      fi;;
+  esac
+  # Pass precious variables to config.status.
+  if test "$ac_new_set" = set; then
+    case $ac_new_val in
+    *\'*) ac_arg=$ac_var=`$as_echo "$ac_new_val" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
+    *) ac_arg=$ac_var=$ac_new_val ;;
+    esac
+    case " $ac_configure_args " in
+      *" '$ac_arg' "*) ;; # Avoid dups.  Use of quotes ensures accuracy.
+      *) as_fn_append ac_configure_args " '$ac_arg'" ;;
+    esac
+  fi
+done
+if $ac_cache_corrupted; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: changes in the environment can compromise the build" >&5
+$as_echo "$as_me: error: changes in the environment can compromise the build" >&2;}
+  as_fn_error $? "run \`make distclean' and/or \`rm $cache_file' and start over" "$LINENO" 5
+fi
+## -------------------- ##
+## Main body of script. ##
+## -------------------- ##
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+
+
+
+ac_config_headers="$ac_config_headers config.h"
+
+am__api_version='1.14'
+
+ac_aux_dir=
+for ac_dir in "$srcdir" "$srcdir/.." "$srcdir/../.."; do
+  if test -f "$ac_dir/install-sh"; then
+    ac_aux_dir=$ac_dir
+    ac_install_sh="$ac_aux_dir/install-sh -c"
+    break
+  elif test -f "$ac_dir/install.sh"; then
+    ac_aux_dir=$ac_dir
+    ac_install_sh="$ac_aux_dir/install.sh -c"
+    break
+  elif test -f "$ac_dir/shtool"; then
+    ac_aux_dir=$ac_dir
+    ac_install_sh="$ac_aux_dir/shtool install -c"
+    break
+  fi
+done
+if test -z "$ac_aux_dir"; then
+  as_fn_error $? "cannot find install-sh, install.sh, or shtool in \"$srcdir\" \"$srcdir/..\" \"$srcdir/../..\"" "$LINENO" 5
+fi
+
+# These three variables are undocumented and unsupported,
+# and are intended to be withdrawn in a future Autoconf release.
+# They can cause serious problems if a builder's source tree is in a directory
+# whose full name contains unusual characters.
+ac_config_guess="$SHELL $ac_aux_dir/config.guess"  # Please don't use this var.
+ac_config_sub="$SHELL $ac_aux_dir/config.sub"  # Please don't use this var.
+ac_configure="$SHELL $ac_aux_dir/configure"  # Please don't use this var.
+
+
+# Find a good install program.  We prefer a C program (faster),
+# so one script is as good as another.  But avoid the broken or
+# incompatible versions:
+# SysV /etc/install, /usr/sbin/install
+# SunOS /usr/etc/install
+# IRIX /sbin/install
+# AIX /bin/install
+# AmigaOS /C/install, which installs bootblocks on floppy discs
+# AIX 4 /usr/bin/installbsd, which doesn't work without a -g flag
+# AFS /usr/afsws/bin/install, which mishandles nonexistent args
+# SVR4 /usr/ucb/install, which tries to use the nonexistent group "staff"
+# OS/2's system install, which has a completely different semantic
+# ./install, which can be erroneously created by make from ./install.sh.
+# Reject install programs that cannot install multiple files.
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for a BSD-compatible install" >&5
+$as_echo_n "checking for a BSD-compatible install... " >&6; }
+if test -z "$INSTALL"; then
+if ${ac_cv_path_install+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    # Account for people who put trailing slashes in PATH elements.
+case $as_dir/ in #((
+  ./ | .// | /[cC]/* | \
+  /etc/* | /usr/sbin/* | /usr/etc/* | /sbin/* | /usr/afsws/bin/* | \
+  ?:[\\/]os2[\\/]install[\\/]* | ?:[\\/]OS2[\\/]INSTALL[\\/]* | \
+  /usr/ucb/* ) ;;
+  *)
+    # OSF1 and SCO ODT 3.0 have their own names for install.
+    # Don't use installbsd from OSF since it installs stuff as root
+    # by default.
+    for ac_prog in ginstall scoinst install; do
+      for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+	if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"; then
+	  if test $ac_prog = install &&
+	    grep dspmsg "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" >/dev/null 2>&1; then
+	    # AIX install.  It has an incompatible calling convention.
+	    :
+	  elif test $ac_prog = install &&
+	    grep pwplus "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" >/dev/null 2>&1; then
+	    # program-specific install script used by HP pwplus--don't use.
+	    :
+	  else
+	    rm -rf conftest.one conftest.two conftest.dir
+	    echo one > conftest.one
+	    echo two > conftest.two
+	    mkdir conftest.dir
+	    if "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" -c conftest.one conftest.two "`pwd`/conftest.dir" &&
+	      test -s conftest.one && test -s conftest.two &&
+	      test -s conftest.dir/conftest.one &&
+	      test -s conftest.dir/conftest.two
+	    then
+	      ac_cv_path_install="$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext -c"
+	      break 3
+	    fi
+	  fi
+	fi
+      done
+    done
+    ;;
+esac
+
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+
+rm -rf conftest.one conftest.two conftest.dir
+
+fi
+  if test "${ac_cv_path_install+set}" = set; then
+    INSTALL=$ac_cv_path_install
+  else
+    # As a last resort, use the slow shell script.  Don't cache a
+    # value for INSTALL within a source directory, because that will
+    # break other packages using the cache if that directory is
+    # removed, or if the value is a relative name.
+    INSTALL=$ac_install_sh
+  fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $INSTALL" >&5
+$as_echo "$INSTALL" >&6; }
+
+# Use test -z because SunOS4 sh mishandles braces in ${var-val}.
+# It thinks the first close brace ends the variable substitution.
+test -z "$INSTALL_PROGRAM" && INSTALL_PROGRAM='${INSTALL}'
+
+test -z "$INSTALL_SCRIPT" && INSTALL_SCRIPT='${INSTALL}'
+
+test -z "$INSTALL_DATA" && INSTALL_DATA='${INSTALL} -m 644'
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether build environment is sane" >&5
+$as_echo_n "checking whether build environment is sane... " >&6; }
+# Reject unsafe characters in $srcdir or the absolute working directory
+# name.  Accept space and tab only in the latter.
+am_lf='
+'
+case `pwd` in
+  *[\\\"\#\$\&\'\`$am_lf]*)
+    as_fn_error $? "unsafe absolute working directory name" "$LINENO" 5;;
+esac
+case $srcdir in
+  *[\\\"\#\$\&\'\`$am_lf\ \	]*)
+    as_fn_error $? "unsafe srcdir value: '$srcdir'" "$LINENO" 5;;
+esac
+
+# Do 'set' in a subshell so we don't clobber the current shell's
+# arguments.  Must try -L first in case configure is actually a
+# symlink; some systems play weird games with the mod time of symlinks
+# (eg FreeBSD returns the mod time of the symlink's containing
+# directory).
+if (
+   am_has_slept=no
+   for am_try in 1 2; do
+     echo "timestamp, slept: $am_has_slept" > conftest.file
+     set X `ls -Lt "$srcdir/configure" conftest.file 2> /dev/null`
+     if test "$*" = "X"; then
+	# -L didn't work.
+	set X `ls -t "$srcdir/configure" conftest.file`
+     fi
+     if test "$*" != "X $srcdir/configure conftest.file" \
+	&& test "$*" != "X conftest.file $srcdir/configure"; then
+
+	# If neither matched, then we have a broken ls.  This can happen
+	# if, for instance, CONFIG_SHELL is bash and it inherits a
+	# broken ls alias from the environment.  This has actually
+	# happened.  Such a system could not be considered "sane".
+	as_fn_error $? "ls -t appears to fail.  Make sure there is not a broken
+  alias in your environment" "$LINENO" 5
+     fi
+     if test "$2" = conftest.file || test $am_try -eq 2; then
+       break
+     fi
+     # Just in case.
+     sleep 1
+     am_has_slept=yes
+   done
+   test "$2" = conftest.file
+   )
+then
+   # Ok.
+   :
+else
+   as_fn_error $? "newly created file is older than distributed files!
+Check your system clock" "$LINENO" 5
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
+$as_echo "yes" >&6; }
+# If we didn't sleep, we still need to ensure time stamps of config.status and
+# generated files are strictly newer.
+am_sleep_pid=
+if grep 'slept: no' conftest.file >/dev/null 2>&1; then
+  ( sleep 1 ) &
+  am_sleep_pid=$!
+fi
+
+rm -f conftest.file
+
+test "$program_prefix" != NONE &&
+  program_transform_name="s&^&$program_prefix&;$program_transform_name"
+# Use a double $ so make ignores it.
+test "$program_suffix" != NONE &&
+  program_transform_name="s&\$&$program_suffix&;$program_transform_name"
+# Double any \ or $.
+# By default was `s,x,x', remove it if useless.
+ac_script='s/[\\$]/&&/g;s/;s,x,x,$//'
+program_transform_name=`$as_echo "$program_transform_name" | sed "$ac_script"`
+
+# expand $ac_aux_dir to an absolute path
+am_aux_dir=`cd $ac_aux_dir && pwd`
+
+if test x"${MISSING+set}" != xset; then
+  case $am_aux_dir in
+  *\ * | *\	*)
+    MISSING="\${SHELL} \"$am_aux_dir/missing\"" ;;
+  *)
+    MISSING="\${SHELL} $am_aux_dir/missing" ;;
+  esac
+fi
+# Use eval to expand $SHELL
+if eval "$MISSING --is-lightweight"; then
+  am_missing_run="$MISSING "
+else
+  am_missing_run=
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: 'missing' script is too old or missing" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: 'missing' script is too old or missing" >&2;}
+fi
+
+if test x"${install_sh}" != xset; then
+  case $am_aux_dir in
+  *\ * | *\	*)
+    install_sh="\${SHELL} '$am_aux_dir/install-sh'" ;;
+  *)
+    install_sh="\${SHELL} $am_aux_dir/install-sh"
+  esac
+fi
+
+# Installed binaries are usually stripped using 'strip' when the user
+# run "make install-strip".  However 'strip' might not be the right
+# tool to use in cross-compilation environments, therefore Automake
+# will honor the 'STRIP' environment variable to overrule this program.
+if test "$cross_compiling" != no; then
+  if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}strip", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}strip; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_STRIP+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$STRIP"; then
+  ac_cv_prog_STRIP="$STRIP" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+    ac_cv_prog_STRIP="${ac_tool_prefix}strip"
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+STRIP=$ac_cv_prog_STRIP
+if test -n "$STRIP"; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $STRIP" >&5
+$as_echo "$STRIP" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$ac_cv_prog_STRIP"; then
+  ac_ct_STRIP=$STRIP
+  # Extract the first word of "strip", so it can be a program name with args.
+set dummy strip; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_ac_ct_STRIP+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_STRIP"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_STRIP="$ac_ct_STRIP" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_STRIP="strip"
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_STRIP=$ac_cv_prog_ac_ct_STRIP
+if test -n "$ac_ct_STRIP"; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_ct_STRIP" >&5
+$as_echo "$ac_ct_STRIP" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+  if test "x$ac_ct_STRIP" = x; then
+    STRIP=":"
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    STRIP=$ac_ct_STRIP
+  fi
+else
+  STRIP="$ac_cv_prog_STRIP"
+fi
+
+fi
+INSTALL_STRIP_PROGRAM="\$(install_sh) -c -s"
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for a thread-safe mkdir -p" >&5
+$as_echo_n "checking for a thread-safe mkdir -p... " >&6; }
+if test -z "$MKDIR_P"; then
+  if ${ac_cv_path_mkdir+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH$PATH_SEPARATOR/opt/sfw/bin
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    for ac_prog in mkdir gmkdir; do
+	 for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+	   as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" || continue
+	   case `"$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" --version 2>&1` in #(
+	     'mkdir (GNU coreutils) '* | \
+	     'mkdir (coreutils) '* | \
+	     'mkdir (fileutils) '4.1*)
+	       ac_cv_path_mkdir=$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext
+	       break 3;;
+	   esac
+	 done
+       done
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+
+  test -d ./--version && rmdir ./--version
+  if test "${ac_cv_path_mkdir+set}" = set; then
+    MKDIR_P="$ac_cv_path_mkdir -p"
+  else
+    # As a last resort, use the slow shell script.  Don't cache a
+    # value for MKDIR_P within a source directory, because that will
+    # break other packages using the cache if that directory is
+    # removed, or if the value is a relative name.
+    MKDIR_P="$ac_install_sh -d"
+  fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $MKDIR_P" >&5
+$as_echo "$MKDIR_P" >&6; }
+
+for ac_prog in gawk mawk nawk awk
+do
+  # Extract the first word of "$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_AWK+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$AWK"; then
+  ac_cv_prog_AWK="$AWK" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+    ac_cv_prog_AWK="$ac_prog"
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+AWK=$ac_cv_prog_AWK
+if test -n "$AWK"; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $AWK" >&5
+$as_echo "$AWK" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+  test -n "$AWK" && break
+done
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)" >&5
+$as_echo_n "checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)... " >&6; }
+set x ${MAKE-make}
+ac_make=`$as_echo "$2" | sed 's/+/p/g; s/[^a-zA-Z0-9_]/_/g'`
+if eval \${ac_cv_prog_make_${ac_make}_set+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.make <<\_ACEOF
+SHELL = /bin/sh
+all:
+	@echo '@@@%%%=$(MAKE)=@@@%%%'
+_ACEOF
+# GNU make sometimes prints "make[1]: Entering ...", which would confuse us.
+case `${MAKE-make} -f conftest.make 2>/dev/null` in
+  *@@@%%%=?*=@@@%%%*)
+    eval ac_cv_prog_make_${ac_make}_set=yes;;
+  *)
+    eval ac_cv_prog_make_${ac_make}_set=no;;
+esac
+rm -f conftest.make
+fi
+if eval test \$ac_cv_prog_make_${ac_make}_set = yes; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
+$as_echo "yes" >&6; }
+  SET_MAKE=
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+  SET_MAKE="MAKE=${MAKE-make}"
+fi
+
+rm -rf .tst 2>/dev/null
+mkdir .tst 2>/dev/null
+if test -d .tst; then
+  am__leading_dot=.
+else
+  am__leading_dot=_
+fi
+rmdir .tst 2>/dev/null
+
+# Check whether --enable-silent-rules was given.
+if test "${enable_silent_rules+set}" = set; then :
+  enableval=$enable_silent_rules;
+fi
+
+case $enable_silent_rules in # (((
+  yes) AM_DEFAULT_VERBOSITY=0;;
+   no) AM_DEFAULT_VERBOSITY=1;;
+    *) AM_DEFAULT_VERBOSITY=1;;
+esac
+am_make=${MAKE-make}
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether $am_make supports nested variables" >&5
+$as_echo_n "checking whether $am_make supports nested variables... " >&6; }
+if ${am_cv_make_support_nested_variables+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if $as_echo 'TRUE=$(BAR$(V))
+BAR0=false
+BAR1=true
+V=1
+am__doit:
+	@$(TRUE)
+.PHONY: am__doit' | $am_make -f - >/dev/null 2>&1; then
+  am_cv_make_support_nested_variables=yes
+else
+  am_cv_make_support_nested_variables=no
+fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $am_cv_make_support_nested_variables" >&5
+$as_echo "$am_cv_make_support_nested_variables" >&6; }
+if test $am_cv_make_support_nested_variables = yes; then
+    AM_V='$(V)'
+  AM_DEFAULT_V='$(AM_DEFAULT_VERBOSITY)'
+else
+  AM_V=$AM_DEFAULT_VERBOSITY
+  AM_DEFAULT_V=$AM_DEFAULT_VERBOSITY
+fi
+AM_BACKSLASH='\'
+
+if test "`cd $srcdir && pwd`" != "`pwd`"; then
+  # Use -I$(srcdir) only when $(srcdir) != ., so that make's output
+  # is not polluted with repeated "-I."
+  am__isrc=' -I$(srcdir)'
+  # test to see if srcdir already configured
+  if test -f $srcdir/config.status; then
+    as_fn_error $? "source directory already configured; run \"make distclean\" there first" "$LINENO" 5
+  fi
+fi
+
+# test whether we have cygpath
+if test -z "$CYGPATH_W"; then
+  if (cygpath --version) >/dev/null 2>/dev/null; then
+    CYGPATH_W='cygpath -w'
+  else
+    CYGPATH_W=echo
+  fi
+fi
+
+
+# Define the identity of the package.
+ PACKAGE='art'
+ VERSION='VIC.03.09.2015'
+
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE "$PACKAGE"
+_ACEOF
+
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define VERSION "$VERSION"
+_ACEOF
+
+# Some tools Automake needs.
+
+ACLOCAL=${ACLOCAL-"${am_missing_run}aclocal-${am__api_version}"}
+
+
+AUTOCONF=${AUTOCONF-"${am_missing_run}autoconf"}
+
+
+AUTOMAKE=${AUTOMAKE-"${am_missing_run}automake-${am__api_version}"}
+
+
+AUTOHEADER=${AUTOHEADER-"${am_missing_run}autoheader"}
+
+
+MAKEINFO=${MAKEINFO-"${am_missing_run}makeinfo"}
+
+# For better backward compatibility.  To be removed once Automake 1.9.x
+# dies out for good.  For more background, see:
+# <http://lists.gnu.org/archive/html/automake/2012-07/msg00001.html>
+# <http://lists.gnu.org/archive/html/automake/2012-07/msg00014.html>
+mkdir_p='$(MKDIR_P)'
+
+# We need awk for the "check" target.  The system "awk" is bad on
+# some platforms.
+# Always define AMTAR for backward compatibility.  Yes, it's still used
+# in the wild :-(  We should find a proper way to deprecate it ...
+AMTAR='$${TAR-tar}'
+
+
+# We'll loop over all known methods to create a tar archive until one works.
+_am_tools='gnutar  pax cpio none'
+
+am__tar='$${TAR-tar} chof - "$$tardir"' am__untar='$${TAR-tar} xf -'
+
+
+
+
+
+
+# POSIX will say in a future version that running "rm -f" with no argument
+# is OK; and we want to be able to make that assumption in our Makefile
+# recipes.  So use an aggressive probe to check that the usage we want is
+# actually supported "in the wild" to an acceptable degree.
+# See automake bug#10828.
+# To make any issue more visible, cause the running configure to be aborted
+# by default if the 'rm' program in use doesn't match our expectations; the
+# user can still override this though.
+if rm -f && rm -fr && rm -rf; then : OK; else
+  cat >&2 <<'END'
+Oops!
+
+Your 'rm' program seems unable to run without file operands specified
+on the command line, even when the '-f' option is present.  This is contrary
+to the behaviour of most rm programs out there, and not conforming with
+the upcoming POSIX standard: <http://austingroupbugs.net/view.php?id=542>
+
+Please tell bug-automake at gnu.org about your system, including the value
+of your $PATH and any error possibly output before this message.  This
+can help us improve future automake versions.
+
+END
+  if test x"$ACCEPT_INFERIOR_RM_PROGRAM" = x"yes"; then
+    echo 'Configuration will proceed anyway, since you have set the' >&2
+    echo 'ACCEPT_INFERIOR_RM_PROGRAM variable to "yes"' >&2
+    echo >&2
+  else
+    cat >&2 <<'END'
+Aborting the configuration process, to ensure you take notice of the issue.
+
+You can download and install GNU coreutils to get an 'rm' implementation
+that behaves properly: <http://www.gnu.org/software/coreutils/>.
+
+If you want to complete the configuration process using your problematic
+'rm' anyway, export the environment variable ACCEPT_INFERIOR_RM_PROGRAM
+to "yes", and re-run configure.
+
+END
+    as_fn_error $? "Your 'rm' program is bad, sorry." "$LINENO" 5
+  fi
+fi
+ac_ext=cpp
+ac_cpp='$CXXCPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CXX -c $CXXFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CXX -o conftest$ac_exeext $CXXFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_cxx_compiler_gnu
+if test -z "$CXX"; then
+  if test -n "$CCC"; then
+    CXX=$CCC
+  else
+    if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  for ac_prog in g++ c++ gpp aCC CC cxx cc++ cl.exe FCC KCC RCC xlC_r xlC
+  do
+    # Extract the first word of "$ac_tool_prefix$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_tool_prefix$ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_CXX+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$CXX"; then
+  ac_cv_prog_CXX="$CXX" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+    ac_cv_prog_CXX="$ac_tool_prefix$ac_prog"
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+CXX=$ac_cv_prog_CXX
+if test -n "$CXX"; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CXX" >&5
+$as_echo "$CXX" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+    test -n "$CXX" && break
+  done
+fi
+if test -z "$CXX"; then
+  ac_ct_CXX=$CXX
+  for ac_prog in g++ c++ gpp aCC CC cxx cc++ cl.exe FCC KCC RCC xlC_r xlC
+do
+  # Extract the first word of "$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_ac_ct_CXX+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_CXX"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_CXX="$ac_ct_CXX" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_CXX="$ac_prog"
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_CXX=$ac_cv_prog_ac_ct_CXX
+if test -n "$ac_ct_CXX"; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_ct_CXX" >&5
+$as_echo "$ac_ct_CXX" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+  test -n "$ac_ct_CXX" && break
+done
+
+  if test "x$ac_ct_CXX" = x; then
+    CXX="g++"
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    CXX=$ac_ct_CXX
+  fi
+fi
+
+  fi
+fi
+# Provide some information about the compiler.
+$as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for C++ compiler version" >&5
+set X $ac_compile
+ac_compiler=$2
+for ac_option in --version -v -V -qversion; do
+  { { ac_try="$ac_compiler $ac_option >&5"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_compiler $ac_option >&5") 2>conftest.err
+  ac_status=$?
+  if test -s conftest.err; then
+    sed '10a\
+... rest of stderr output deleted ...
+         10q' conftest.err >conftest.er1
+    cat conftest.er1 >&5
+  fi
+  rm -f conftest.er1 conftest.err
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; }
+done
+
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+ac_clean_files_save=$ac_clean_files
+ac_clean_files="$ac_clean_files a.out a.out.dSYM a.exe b.out"
+# Try to create an executable without -o first, disregard a.out.
+# It will help us diagnose broken compilers, and finding out an intuition
+# of exeext.
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether the C++ compiler works" >&5
+$as_echo_n "checking whether the C++ compiler works... " >&6; }
+ac_link_default=`$as_echo "$ac_link" | sed 's/ -o *conftest[^ ]*//'`
+
+# The possible output files:
+ac_files="a.out conftest.exe conftest a.exe a_out.exe b.out conftest.*"
+
+ac_rmfiles=
+for ac_file in $ac_files
+do
+  case $ac_file in
+    *.$ac_ext | *.xcoff | *.tds | *.d | *.pdb | *.xSYM | *.bb | *.bbg | *.map | *.inf | *.dSYM | *.o | *.obj ) ;;
+    * ) ac_rmfiles="$ac_rmfiles $ac_file";;
+  esac
+done
+rm -f $ac_rmfiles
+
+if { { ac_try="$ac_link_default"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_link_default") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; }; then :
+  # Autoconf-2.13 could set the ac_cv_exeext variable to `no'.
+# So ignore a value of `no', otherwise this would lead to `EXEEXT = no'
+# in a Makefile.  We should not override ac_cv_exeext if it was cached,
+# so that the user can short-circuit this test for compilers unknown to
+# Autoconf.
+for ac_file in $ac_files ''
+do
+  test -f "$ac_file" || continue
+  case $ac_file in
+    *.$ac_ext | *.xcoff | *.tds | *.d | *.pdb | *.xSYM | *.bb | *.bbg | *.map | *.inf | *.dSYM | *.o | *.obj )
+	;;
+    [ab].out )
+	# We found the default executable, but exeext='' is most
+	# certainly right.
+	break;;
+    *.* )
+	if test "${ac_cv_exeext+set}" = set && test "$ac_cv_exeext" != no;
+	then :; else
+	   ac_cv_exeext=`expr "$ac_file" : '[^.]*\(\..*\)'`
+	fi
+	# We set ac_cv_exeext here because the later test for it is not
+	# safe: cross compilers may not add the suffix if given an `-o'
+	# argument, so we may need to know it at that point already.
+	# Even if this section looks crufty: it has the advantage of
+	# actually working.
+	break;;
+    * )
+	break;;
+  esac
+done
+test "$ac_cv_exeext" = no && ac_cv_exeext=
+
+else
+  ac_file=''
+fi
+if test -z "$ac_file"; then :
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+$as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+{ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+as_fn_error 77 "C++ compiler cannot create executables
+See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
+$as_echo "yes" >&6; }
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for C++ compiler default output file name" >&5
+$as_echo_n "checking for C++ compiler default output file name... " >&6; }
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_file" >&5
+$as_echo "$ac_file" >&6; }
+ac_exeext=$ac_cv_exeext
+
+rm -f -r a.out a.out.dSYM a.exe conftest$ac_cv_exeext b.out
+ac_clean_files=$ac_clean_files_save
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for suffix of executables" >&5
+$as_echo_n "checking for suffix of executables... " >&6; }
+if { { ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_link") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; }; then :
+  # If both `conftest.exe' and `conftest' are `present' (well, observable)
+# catch `conftest.exe'.  For instance with Cygwin, `ls conftest' will
+# work properly (i.e., refer to `conftest.exe'), while it won't with
+# `rm'.
+for ac_file in conftest.exe conftest conftest.*; do
+  test -f "$ac_file" || continue
+  case $ac_file in
+    *.$ac_ext | *.xcoff | *.tds | *.d | *.pdb | *.xSYM | *.bb | *.bbg | *.map | *.inf | *.dSYM | *.o | *.obj ) ;;
+    *.* ) ac_cv_exeext=`expr "$ac_file" : '[^.]*\(\..*\)'`
+	  break;;
+    * ) break;;
+  esac
+done
+else
+  { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+as_fn_error $? "cannot compute suffix of executables: cannot compile and link
+See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
+fi
+rm -f conftest conftest$ac_cv_exeext
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_exeext" >&5
+$as_echo "$ac_cv_exeext" >&6; }
+
+rm -f conftest.$ac_ext
+EXEEXT=$ac_cv_exeext
+ac_exeext=$EXEEXT
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+#include <stdio.h>
+int
+main ()
+{
+FILE *f = fopen ("conftest.out", "w");
+ return ferror (f) || fclose (f) != 0;
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+ac_clean_files="$ac_clean_files conftest.out"
+# Check that the compiler produces executables we can run.  If not, either
+# the compiler is broken, or we cross compile.
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether we are cross compiling" >&5
+$as_echo_n "checking whether we are cross compiling... " >&6; }
+if test "$cross_compiling" != yes; then
+  { { ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_link") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; }
+  if { ac_try='./conftest$ac_cv_exeext'
+  { { case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_try") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; }; }; then
+    cross_compiling=no
+  else
+    if test "$cross_compiling" = maybe; then
+	cross_compiling=yes
+    else
+	{ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+as_fn_error $? "cannot run C++ compiled programs.
+If you meant to cross compile, use \`--host'.
+See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
+    fi
+  fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $cross_compiling" >&5
+$as_echo "$cross_compiling" >&6; }
+
+rm -f conftest.$ac_ext conftest$ac_cv_exeext conftest.out
+ac_clean_files=$ac_clean_files_save
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for suffix of object files" >&5
+$as_echo_n "checking for suffix of object files... " >&6; }
+if ${ac_cv_objext+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.o conftest.obj
+if { { ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_compile") 2>&5
+  ac_status=$?
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; }; then :
+  for ac_file in conftest.o conftest.obj conftest.*; do
+  test -f "$ac_file" || continue;
+  case $ac_file in
+    *.$ac_ext | *.xcoff | *.tds | *.d | *.pdb | *.xSYM | *.bb | *.bbg | *.map | *.inf | *.dSYM ) ;;
+    *) ac_cv_objext=`expr "$ac_file" : '.*\.\(.*\)'`
+       break;;
+  esac
+done
+else
+  $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+{ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+as_fn_error $? "cannot compute suffix of object files: cannot compile
+See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
+fi
+rm -f conftest.$ac_cv_objext conftest.$ac_ext
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_objext" >&5
+$as_echo "$ac_cv_objext" >&6; }
+OBJEXT=$ac_cv_objext
+ac_objext=$OBJEXT
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether we are using the GNU C++ compiler" >&5
+$as_echo_n "checking whether we are using the GNU C++ compiler... " >&6; }
+if ${ac_cv_cxx_compiler_gnu+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+#ifndef __GNUC__
+       choke me
+#endif
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
+  ac_compiler_gnu=yes
+else
+  ac_compiler_gnu=no
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+ac_cv_cxx_compiler_gnu=$ac_compiler_gnu
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_cxx_compiler_gnu" >&5
+$as_echo "$ac_cv_cxx_compiler_gnu" >&6; }
+if test $ac_compiler_gnu = yes; then
+  GXX=yes
+else
+  GXX=
+fi
+ac_test_CXXFLAGS=${CXXFLAGS+set}
+ac_save_CXXFLAGS=$CXXFLAGS
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether $CXX accepts -g" >&5
+$as_echo_n "checking whether $CXX accepts -g... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_cxx_g+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_save_cxx_werror_flag=$ac_cxx_werror_flag
+   ac_cxx_werror_flag=yes
+   ac_cv_prog_cxx_g=no
+   CXXFLAGS="-g"
+   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
+  ac_cv_prog_cxx_g=yes
+else
+  CXXFLAGS=""
+      cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
+
+else
+  ac_cxx_werror_flag=$ac_save_cxx_werror_flag
+	 CXXFLAGS="-g"
+	 cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
+  ac_cv_prog_cxx_g=yes
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+   ac_cxx_werror_flag=$ac_save_cxx_werror_flag
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_prog_cxx_g" >&5
+$as_echo "$ac_cv_prog_cxx_g" >&6; }
+if test "$ac_test_CXXFLAGS" = set; then
+  CXXFLAGS=$ac_save_CXXFLAGS
+elif test $ac_cv_prog_cxx_g = yes; then
+  if test "$GXX" = yes; then
+    CXXFLAGS="-g -O2"
+  else
+    CXXFLAGS="-g"
+  fi
+else
+  if test "$GXX" = yes; then
+    CXXFLAGS="-O2"
+  else
+    CXXFLAGS=
+  fi
+fi
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+DEPDIR="${am__leading_dot}deps"
+
+ac_config_commands="$ac_config_commands depfiles"
+
+
+am_make=${MAKE-make}
+cat > confinc << 'END'
+am__doit:
+	@echo this is the am__doit target
+.PHONY: am__doit
+END
+# If we don't find an include directive, just comment out the code.
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for style of include used by $am_make" >&5
+$as_echo_n "checking for style of include used by $am_make... " >&6; }
+am__include="#"
+am__quote=
+_am_result=none
+# First try GNU make style include.
+echo "include confinc" > confmf
+# Ignore all kinds of additional output from 'make'.
+case `$am_make -s -f confmf 2> /dev/null` in #(
+*the\ am__doit\ target*)
+  am__include=include
+  am__quote=
+  _am_result=GNU
+  ;;
+esac
+# Now try BSD make style include.
+if test "$am__include" = "#"; then
+   echo '.include "confinc"' > confmf
+   case `$am_make -s -f confmf 2> /dev/null` in #(
+   *the\ am__doit\ target*)
+     am__include=.include
+     am__quote="\""
+     _am_result=BSD
+     ;;
+   esac
+fi
+
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $_am_result" >&5
+$as_echo "$_am_result" >&6; }
+rm -f confinc confmf
+
+# Check whether --enable-dependency-tracking was given.
+if test "${enable_dependency_tracking+set}" = set; then :
+  enableval=$enable_dependency_tracking;
+fi
+
+if test "x$enable_dependency_tracking" != xno; then
+  am_depcomp="$ac_aux_dir/depcomp"
+  AMDEPBACKSLASH='\'
+  am__nodep='_no'
+fi
+ if test "x$enable_dependency_tracking" != xno; then
+  AMDEP_TRUE=
+  AMDEP_FALSE='#'
+else
+  AMDEP_TRUE='#'
+  AMDEP_FALSE=
+fi
+
+
+
+depcc="$CXX"  am_compiler_list=
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking dependency style of $depcc" >&5
+$as_echo_n "checking dependency style of $depcc... " >&6; }
+if ${am_cv_CXX_dependencies_compiler_type+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -z "$AMDEP_TRUE" && test -f "$am_depcomp"; then
+  # We make a subdir and do the tests there.  Otherwise we can end up
+  # making bogus files that we don't know about and never remove.  For
+  # instance it was reported that on HP-UX the gcc test will end up
+  # making a dummy file named 'D' -- because '-MD' means "put the output
+  # in D".
+  rm -rf conftest.dir
+  mkdir conftest.dir
+  # Copy depcomp to subdir because otherwise we won't find it if we're
+  # using a relative directory.
+  cp "$am_depcomp" conftest.dir
+  cd conftest.dir
+  # We will build objects and dependencies in a subdirectory because
+  # it helps to detect inapplicable dependency modes.  For instance
+  # both Tru64's cc and ICC support -MD to output dependencies as a
+  # side effect of compilation, but ICC will put the dependencies in
+  # the current directory while Tru64 will put them in the object
+  # directory.
+  mkdir sub
+
+  am_cv_CXX_dependencies_compiler_type=none
+  if test "$am_compiler_list" = ""; then
+     am_compiler_list=`sed -n 's/^#*\([a-zA-Z0-9]*\))$/\1/p' < ./depcomp`
+  fi
+  am__universal=false
+  case " $depcc " in #(
+     *\ -arch\ *\ -arch\ *) am__universal=true ;;
+     esac
+
+  for depmode in $am_compiler_list; do
+    # Setup a source with many dependencies, because some compilers
+    # like to wrap large dependency lists on column 80 (with \), and
+    # we should not choose a depcomp mode which is confused by this.
+    #
+    # We need to recreate these files for each test, as the compiler may
+    # overwrite some of them when testing with obscure command lines.
+    # This happens at least with the AIX C compiler.
+    : > sub/conftest.c
+    for i in 1 2 3 4 5 6; do
+      echo '#include "conftst'$i'.h"' >> sub/conftest.c
+      # Using ": > sub/conftst$i.h" creates only sub/conftst1.h with
+      # Solaris 10 /bin/sh.
+      echo '/* dummy */' > sub/conftst$i.h
+    done
+    echo "${am__include} ${am__quote}sub/conftest.Po${am__quote}" > confmf
+
+    # We check with '-c' and '-o' for the sake of the "dashmstdout"
+    # mode.  It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
+    # handle '-M -o', and we need to detect this.  Also, some Intel
+    # versions had trouble with output in subdirs.
+    am__obj=sub/conftest.${OBJEXT-o}
+    am__minus_obj="-o $am__obj"
+    case $depmode in
+    gcc)
+      # This depmode causes a compiler race in universal mode.
+      test "$am__universal" = false || continue
+      ;;
+    nosideeffect)
+      # After this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
+      # only be used when explicitly requested.
+      if test "x$enable_dependency_tracking" = xyes; then
+	continue
+      else
+	break
+      fi
+      ;;
+    msvc7 | msvc7msys | msvisualcpp | msvcmsys)
+      # This compiler won't grok '-c -o', but also, the minuso test has
+      # not run yet.  These depmodes are late enough in the game, and
+      # so weak that their functioning should not be impacted.
+      am__obj=conftest.${OBJEXT-o}
+      am__minus_obj=
+      ;;
+    none) break ;;
+    esac
+    if depmode=$depmode \
+       source=sub/conftest.c object=$am__obj \
+       depfile=sub/conftest.Po tmpdepfile=sub/conftest.TPo \
+       $SHELL ./depcomp $depcc -c $am__minus_obj sub/conftest.c \
+         >/dev/null 2>conftest.err &&
+       grep sub/conftst1.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       grep sub/conftst6.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       grep $am__obj sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       ${MAKE-make} -s -f confmf > /dev/null 2>&1; then
+      # icc doesn't choke on unknown options, it will just issue warnings
+      # or remarks (even with -Werror).  So we grep stderr for any message
+      # that says an option was ignored or not supported.
+      # When given -MP, icc 7.0 and 7.1 complain thusly:
+      #   icc: Command line warning: ignoring option '-M'; no argument required
+      # The diagnosis changed in icc 8.0:
+      #   icc: Command line remark: option '-MP' not supported
+      if (grep 'ignoring option' conftest.err ||
+          grep 'not supported' conftest.err) >/dev/null 2>&1; then :; else
+        am_cv_CXX_dependencies_compiler_type=$depmode
+        break
+      fi
+    fi
+  done
+
+  cd ..
+  rm -rf conftest.dir
+else
+  am_cv_CXX_dependencies_compiler_type=none
+fi
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $am_cv_CXX_dependencies_compiler_type" >&5
+$as_echo "$am_cv_CXX_dependencies_compiler_type" >&6; }
+CXXDEPMODE=depmode=$am_cv_CXX_dependencies_compiler_type
+
+ if
+  test "x$enable_dependency_tracking" != xno \
+  && test "$am_cv_CXX_dependencies_compiler_type" = gcc3; then
+  am__fastdepCXX_TRUE=
+  am__fastdepCXX_FALSE='#'
+else
+  am__fastdepCXX_TRUE='#'
+  am__fastdepCXX_FALSE=
+fi
+
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}gcc", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}gcc; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_CC+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$CC"; then
+  ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+    ac_cv_prog_CC="${ac_tool_prefix}gcc"
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+CC=$ac_cv_prog_CC
+if test -n "$CC"; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CC" >&5
+$as_echo "$CC" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$ac_cv_prog_CC"; then
+  ac_ct_CC=$CC
+  # Extract the first word of "gcc", so it can be a program name with args.
+set dummy gcc; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_ac_ct_CC+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_CC"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_CC="$ac_ct_CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_CC="gcc"
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_CC=$ac_cv_prog_ac_ct_CC
+if test -n "$ac_ct_CC"; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_ct_CC" >&5
+$as_echo "$ac_ct_CC" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+  if test "x$ac_ct_CC" = x; then
+    CC=""
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    CC=$ac_ct_CC
+  fi
+else
+  CC="$ac_cv_prog_CC"
+fi
+
+if test -z "$CC"; then
+          if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+    # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}cc", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}cc; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_CC+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$CC"; then
+  ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+    ac_cv_prog_CC="${ac_tool_prefix}cc"
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+CC=$ac_cv_prog_CC
+if test -n "$CC"; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CC" >&5
+$as_echo "$CC" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+  fi
+fi
+if test -z "$CC"; then
+  # Extract the first word of "cc", so it can be a program name with args.
+set dummy cc; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_CC+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$CC"; then
+  ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
+else
+  ac_prog_rejected=no
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+    if test "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" = "/usr/ucb/cc"; then
+       ac_prog_rejected=yes
+       continue
+     fi
+    ac_cv_prog_CC="cc"
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+
+if test $ac_prog_rejected = yes; then
+  # We found a bogon in the path, so make sure we never use it.
+  set dummy $ac_cv_prog_CC
+  shift
+  if test $# != 0; then
+    # We chose a different compiler from the bogus one.
+    # However, it has the same basename, so the bogon will be chosen
+    # first if we set CC to just the basename; use the full file name.
+    shift
+    ac_cv_prog_CC="$as_dir/$ac_word${1+' '}$@"
+  fi
+fi
+fi
+fi
+CC=$ac_cv_prog_CC
+if test -n "$CC"; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CC" >&5
+$as_echo "$CC" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$CC"; then
+  if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+  for ac_prog in cl.exe
+  do
+    # Extract the first word of "$ac_tool_prefix$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_tool_prefix$ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_CC+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$CC"; then
+  ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+    ac_cv_prog_CC="$ac_tool_prefix$ac_prog"
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+CC=$ac_cv_prog_CC
+if test -n "$CC"; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CC" >&5
+$as_echo "$CC" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+    test -n "$CC" && break
+  done
+fi
+if test -z "$CC"; then
+  ac_ct_CC=$CC
+  for ac_prog in cl.exe
+do
+  # Extract the first word of "$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_ac_ct_CC+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -n "$ac_ct_CC"; then
+  ac_cv_prog_ac_ct_CC="$ac_ct_CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+  if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+    ac_cv_prog_ac_ct_CC="$ac_prog"
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+    break 2
+  fi
+done
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_CC=$ac_cv_prog_ac_ct_CC
+if test -n "$ac_ct_CC"; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_ct_CC" >&5
+$as_echo "$ac_ct_CC" >&6; }
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+  test -n "$ac_ct_CC" && break
+done
+
+  if test "x$ac_ct_CC" = x; then
+    CC=""
+  else
+    case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+    CC=$ac_ct_CC
+  fi
+fi
+
+fi
+
+
+test -z "$CC" && { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+as_fn_error $? "no acceptable C compiler found in \$PATH
+See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
+
+# Provide some information about the compiler.
+$as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for C compiler version" >&5
+set X $ac_compile
+ac_compiler=$2
+for ac_option in --version -v -V -qversion; do
+  { { ac_try="$ac_compiler $ac_option >&5"
+case "(($ac_try" in
+  *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+  *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+  (eval "$ac_compiler $ac_option >&5") 2>conftest.err
+  ac_status=$?
+  if test -s conftest.err; then
+    sed '10a\
+... rest of stderr output deleted ...
+         10q' conftest.err >conftest.er1
+    cat conftest.er1 >&5
+  fi
+  rm -f conftest.er1 conftest.err
+  $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+  test $ac_status = 0; }
+done
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether we are using the GNU C compiler" >&5
+$as_echo_n "checking whether we are using the GNU C compiler... " >&6; }
+if ${ac_cv_c_compiler_gnu+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+#ifndef __GNUC__
+       choke me
+#endif
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+  ac_compiler_gnu=yes
+else
+  ac_compiler_gnu=no
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+ac_cv_c_compiler_gnu=$ac_compiler_gnu
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_c_compiler_gnu" >&5
+$as_echo "$ac_cv_c_compiler_gnu" >&6; }
+if test $ac_compiler_gnu = yes; then
+  GCC=yes
+else
+  GCC=
+fi
+ac_test_CFLAGS=${CFLAGS+set}
+ac_save_CFLAGS=$CFLAGS
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether $CC accepts -g" >&5
+$as_echo_n "checking whether $CC accepts -g... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_cc_g+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_save_c_werror_flag=$ac_c_werror_flag
+   ac_c_werror_flag=yes
+   ac_cv_prog_cc_g=no
+   CFLAGS="-g"
+   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+  ac_cv_prog_cc_g=yes
+else
+  CFLAGS=""
+      cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+
+else
+  ac_c_werror_flag=$ac_save_c_werror_flag
+	 CFLAGS="-g"
+	 cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+  ac_cv_prog_cc_g=yes
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+   ac_c_werror_flag=$ac_save_c_werror_flag
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_prog_cc_g" >&5
+$as_echo "$ac_cv_prog_cc_g" >&6; }
+if test "$ac_test_CFLAGS" = set; then
+  CFLAGS=$ac_save_CFLAGS
+elif test $ac_cv_prog_cc_g = yes; then
+  if test "$GCC" = yes; then
+    CFLAGS="-g -O2"
+  else
+    CFLAGS="-g"
+  fi
+else
+  if test "$GCC" = yes; then
+    CFLAGS="-O2"
+  else
+    CFLAGS=
+  fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $CC option to accept ISO C89" >&5
+$as_echo_n "checking for $CC option to accept ISO C89... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_cc_c89+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_cv_prog_cc_c89=no
+ac_save_CC=$CC
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+#include <stdarg.h>
+#include <stdio.h>
+struct stat;
+/* Most of the following tests are stolen from RCS 5.7's src/conf.sh.  */
+struct buf { int x; };
+FILE * (*rcsopen) (struct buf *, struct stat *, int);
+static char *e (p, i)
+     char **p;
+     int i;
+{
+  return p[i];
+}
+static char *f (char * (*g) (char **, int), char **p, ...)
+{
+  char *s;
+  va_list v;
+  va_start (v,p);
+  s = g (p, va_arg (v,int));
+  va_end (v);
+  return s;
+}
+
+/* OSF 4.0 Compaq cc is some sort of almost-ANSI by default.  It has
+   function prototypes and stuff, but not '\xHH' hex character constants.
+   These don't provoke an error unfortunately, instead are silently treated
+   as 'x'.  The following induces an error, until -std is added to get
+   proper ANSI mode.  Curiously '\x00'!='x' always comes out true, for an
+   array size at least.  It's necessary to write '\x00'==0 to get something
+   that's true only with -std.  */
+int osf4_cc_array ['\x00' == 0 ? 1 : -1];
+
+/* IBM C 6 for AIX is almost-ANSI by default, but it replaces macro parameters
+   inside strings and character constants.  */
+#define FOO(x) 'x'
+int xlc6_cc_array[FOO(a) == 'x' ? 1 : -1];
+
+int test (int i, double x);
+struct s1 {int (*f) (int a);};
+struct s2 {int (*f) (double a);};
+int pairnames (int, char **, FILE *(*)(struct buf *, struct stat *, int), int, int);
+int argc;
+char **argv;
+int
+main ()
+{
+return f (e, argv, 0) != argv[0]  ||  f (e, argv, 1) != argv[1];
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+for ac_arg in '' -qlanglvl=extc89 -qlanglvl=ansi -std \
+	-Ae "-Aa -D_HPUX_SOURCE" "-Xc -D__EXTENSIONS__"
+do
+  CC="$ac_save_CC $ac_arg"
+  if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+  ac_cv_prog_cc_c89=$ac_arg
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext
+  test "x$ac_cv_prog_cc_c89" != "xno" && break
+done
+rm -f conftest.$ac_ext
+CC=$ac_save_CC
+
+fi
+# AC_CACHE_VAL
+case "x$ac_cv_prog_cc_c89" in
+  x)
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: none needed" >&5
+$as_echo "none needed" >&6; } ;;
+  xno)
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: unsupported" >&5
+$as_echo "unsupported" >&6; } ;;
+  *)
+    CC="$CC $ac_cv_prog_cc_c89"
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_prog_cc_c89" >&5
+$as_echo "$ac_cv_prog_cc_c89" >&6; } ;;
+esac
+if test "x$ac_cv_prog_cc_c89" != xno; then :
+
+fi
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether $CC understands -c and -o together" >&5
+$as_echo_n "checking whether $CC understands -c and -o together... " >&6; }
+if ${am_cv_prog_cc_c_o+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+  # Make sure it works both with $CC and with simple cc.
+  # Following AC_PROG_CC_C_O, we do the test twice because some
+  # compilers refuse to overwrite an existing .o file with -o,
+  # though they will create one.
+  am_cv_prog_cc_c_o=yes
+  for am_i in 1 2; do
+    if { echo "$as_me:$LINENO: $CC -c conftest.$ac_ext -o conftest2.$ac_objext" >&5
+   ($CC -c conftest.$ac_ext -o conftest2.$ac_objext) >&5 2>&5
+   ac_status=$?
+   echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+   (exit $ac_status); } \
+         && test -f conftest2.$ac_objext; then
+      : OK
+    else
+      am_cv_prog_cc_c_o=no
+      break
+    fi
+  done
+  rm -f core conftest*
+  unset am_i
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $am_cv_prog_cc_c_o" >&5
+$as_echo "$am_cv_prog_cc_c_o" >&6; }
+if test "$am_cv_prog_cc_c_o" != yes; then
+   # Losing compiler, so override with the script.
+   # FIXME: It is wrong to rewrite CC.
+   # But if we don't then we get into trouble of one sort or another.
+   # A longer-term fix would be to have automake use am__CC in this case,
+   # and then we could set am__CC="\$(top_srcdir)/compile \$(CC)"
+   CC="$am_aux_dir/compile $CC"
+fi
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+
+depcc="$CC"   am_compiler_list=
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking dependency style of $depcc" >&5
+$as_echo_n "checking dependency style of $depcc... " >&6; }
+if ${am_cv_CC_dependencies_compiler_type+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -z "$AMDEP_TRUE" && test -f "$am_depcomp"; then
+  # We make a subdir and do the tests there.  Otherwise we can end up
+  # making bogus files that we don't know about and never remove.  For
+  # instance it was reported that on HP-UX the gcc test will end up
+  # making a dummy file named 'D' -- because '-MD' means "put the output
+  # in D".
+  rm -rf conftest.dir
+  mkdir conftest.dir
+  # Copy depcomp to subdir because otherwise we won't find it if we're
+  # using a relative directory.
+  cp "$am_depcomp" conftest.dir
+  cd conftest.dir
+  # We will build objects and dependencies in a subdirectory because
+  # it helps to detect inapplicable dependency modes.  For instance
+  # both Tru64's cc and ICC support -MD to output dependencies as a
+  # side effect of compilation, but ICC will put the dependencies in
+  # the current directory while Tru64 will put them in the object
+  # directory.
+  mkdir sub
+
+  am_cv_CC_dependencies_compiler_type=none
+  if test "$am_compiler_list" = ""; then
+     am_compiler_list=`sed -n 's/^#*\([a-zA-Z0-9]*\))$/\1/p' < ./depcomp`
+  fi
+  am__universal=false
+  case " $depcc " in #(
+     *\ -arch\ *\ -arch\ *) am__universal=true ;;
+     esac
+
+  for depmode in $am_compiler_list; do
+    # Setup a source with many dependencies, because some compilers
+    # like to wrap large dependency lists on column 80 (with \), and
+    # we should not choose a depcomp mode which is confused by this.
+    #
+    # We need to recreate these files for each test, as the compiler may
+    # overwrite some of them when testing with obscure command lines.
+    # This happens at least with the AIX C compiler.
+    : > sub/conftest.c
+    for i in 1 2 3 4 5 6; do
+      echo '#include "conftst'$i'.h"' >> sub/conftest.c
+      # Using ": > sub/conftst$i.h" creates only sub/conftst1.h with
+      # Solaris 10 /bin/sh.
+      echo '/* dummy */' > sub/conftst$i.h
+    done
+    echo "${am__include} ${am__quote}sub/conftest.Po${am__quote}" > confmf
+
+    # We check with '-c' and '-o' for the sake of the "dashmstdout"
+    # mode.  It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
+    # handle '-M -o', and we need to detect this.  Also, some Intel
+    # versions had trouble with output in subdirs.
+    am__obj=sub/conftest.${OBJEXT-o}
+    am__minus_obj="-o $am__obj"
+    case $depmode in
+    gcc)
+      # This depmode causes a compiler race in universal mode.
+      test "$am__universal" = false || continue
+      ;;
+    nosideeffect)
+      # After this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
+      # only be used when explicitly requested.
+      if test "x$enable_dependency_tracking" = xyes; then
+	continue
+      else
+	break
+      fi
+      ;;
+    msvc7 | msvc7msys | msvisualcpp | msvcmsys)
+      # This compiler won't grok '-c -o', but also, the minuso test has
+      # not run yet.  These depmodes are late enough in the game, and
+      # so weak that their functioning should not be impacted.
+      am__obj=conftest.${OBJEXT-o}
+      am__minus_obj=
+      ;;
+    none) break ;;
+    esac
+    if depmode=$depmode \
+       source=sub/conftest.c object=$am__obj \
+       depfile=sub/conftest.Po tmpdepfile=sub/conftest.TPo \
+       $SHELL ./depcomp $depcc -c $am__minus_obj sub/conftest.c \
+         >/dev/null 2>conftest.err &&
+       grep sub/conftst1.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       grep sub/conftst6.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       grep $am__obj sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+       ${MAKE-make} -s -f confmf > /dev/null 2>&1; then
+      # icc doesn't choke on unknown options, it will just issue warnings
+      # or remarks (even with -Werror).  So we grep stderr for any message
+      # that says an option was ignored or not supported.
+      # When given -MP, icc 7.0 and 7.1 complain thusly:
+      #   icc: Command line warning: ignoring option '-M'; no argument required
+      # The diagnosis changed in icc 8.0:
+      #   icc: Command line remark: option '-MP' not supported
+      if (grep 'ignoring option' conftest.err ||
+          grep 'not supported' conftest.err) >/dev/null 2>&1; then :; else
+        am_cv_CC_dependencies_compiler_type=$depmode
+        break
+      fi
+    fi
+  done
+
+  cd ..
+  rm -rf conftest.dir
+else
+  am_cv_CC_dependencies_compiler_type=none
+fi
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $am_cv_CC_dependencies_compiler_type" >&5
+$as_echo "$am_cv_CC_dependencies_compiler_type" >&6; }
+CCDEPMODE=depmode=$am_cv_CC_dependencies_compiler_type
+
+ if
+  test "x$enable_dependency_tracking" != xno \
+  && test "$am_cv_CC_dependencies_compiler_type" = gcc3; then
+  am__fastdepCC_TRUE=
+  am__fastdepCC_FALSE='#'
+else
+  am__fastdepCC_TRUE='#'
+  am__fastdepCC_FALSE=
+fi
+
+
+# Checks for libraries.
+# Checks for header files.
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking how to run the C preprocessor" >&5
+$as_echo_n "checking how to run the C preprocessor... " >&6; }
+# On Suns, sometimes $CPP names a directory.
+if test -n "$CPP" && test -d "$CPP"; then
+  CPP=
+fi
+if test -z "$CPP"; then
+  if ${ac_cv_prog_CPP+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+      # Double quotes because CPP needs to be expanded
+    for CPP in "$CC -E" "$CC -E -traditional-cpp" "/lib/cpp"
+    do
+      ac_preproc_ok=false
+for ac_c_preproc_warn_flag in '' yes
+do
+  # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
+  # with a fresh cross-compiler works.
+  # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+  # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
+  # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
+  # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+		     Syntax error
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_cpp "$LINENO"; then :
+
+else
+  # Broken: fails on valid input.
+continue
+fi
+rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
+
+  # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
+  # can be detected and how.
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+#include <ac_nonexistent.h>
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_cpp "$LINENO"; then :
+  # Broken: success on invalid input.
+continue
+else
+  # Passes both tests.
+ac_preproc_ok=:
+break
+fi
+rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
+
+done
+# Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
+rm -f conftest.i conftest.err conftest.$ac_ext
+if $ac_preproc_ok; then :
+  break
+fi
+
+    done
+    ac_cv_prog_CPP=$CPP
+
+fi
+  CPP=$ac_cv_prog_CPP
+else
+  ac_cv_prog_CPP=$CPP
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CPP" >&5
+$as_echo "$CPP" >&6; }
+ac_preproc_ok=false
+for ac_c_preproc_warn_flag in '' yes
+do
+  # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
+  # with a fresh cross-compiler works.
+  # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+  # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
+  # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
+  # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+		     Syntax error
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_cpp "$LINENO"; then :
+
+else
+  # Broken: fails on valid input.
+continue
+fi
+rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
+
+  # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
+  # can be detected and how.
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+#include <ac_nonexistent.h>
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_cpp "$LINENO"; then :
+  # Broken: success on invalid input.
+continue
+else
+  # Passes both tests.
+ac_preproc_ok=:
+break
+fi
+rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
+
+done
+# Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
+rm -f conftest.i conftest.err conftest.$ac_ext
+if $ac_preproc_ok; then :
+
+else
+  { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+as_fn_error $? "C preprocessor \"$CPP\" fails sanity check
+See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
+fi
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for grep that handles long lines and -e" >&5
+$as_echo_n "checking for grep that handles long lines and -e... " >&6; }
+if ${ac_cv_path_GREP+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if test -z "$GREP"; then
+  ac_path_GREP_found=false
+  # Loop through the user's path and test for each of PROGNAME-LIST
+  as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    for ac_prog in grep ggrep; do
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+      ac_path_GREP="$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"
+      as_fn_executable_p "$ac_path_GREP" || continue
+# Check for GNU ac_path_GREP and select it if it is found.
+  # Check for GNU $ac_path_GREP
+case `"$ac_path_GREP" --version 2>&1` in
+*GNU*)
+  ac_cv_path_GREP="$ac_path_GREP" ac_path_GREP_found=:;;
+*)
+  ac_count=0
+  $as_echo_n 0123456789 >"conftest.in"
+  while :
+  do
+    cat "conftest.in" "conftest.in" >"conftest.tmp"
+    mv "conftest.tmp" "conftest.in"
+    cp "conftest.in" "conftest.nl"
+    $as_echo 'GREP' >> "conftest.nl"
+    "$ac_path_GREP" -e 'GREP$' -e '-(cannot match)-' < "conftest.nl" >"conftest.out" 2>/dev/null || break
+    diff "conftest.out" "conftest.nl" >/dev/null 2>&1 || break
+    as_fn_arith $ac_count + 1 && ac_count=$as_val
+    if test $ac_count -gt ${ac_path_GREP_max-0}; then
+      # Best one so far, save it but keep looking for a better one
+      ac_cv_path_GREP="$ac_path_GREP"
+      ac_path_GREP_max=$ac_count
+    fi
+    # 10*(2^10) chars as input seems more than enough
+    test $ac_count -gt 10 && break
+  done
+  rm -f conftest.in conftest.tmp conftest.nl conftest.out;;
+esac
+
+      $ac_path_GREP_found && break 3
+    done
+  done
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+  if test -z "$ac_cv_path_GREP"; then
+    as_fn_error $? "no acceptable grep could be found in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin" "$LINENO" 5
+  fi
+else
+  ac_cv_path_GREP=$GREP
+fi
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_path_GREP" >&5
+$as_echo "$ac_cv_path_GREP" >&6; }
+ GREP="$ac_cv_path_GREP"
+
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for egrep" >&5
+$as_echo_n "checking for egrep... " >&6; }
+if ${ac_cv_path_EGREP+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  if echo a | $GREP -E '(a|b)' >/dev/null 2>&1
+   then ac_cv_path_EGREP="$GREP -E"
+   else
+     if test -z "$EGREP"; then
+  ac_path_EGREP_found=false
+  # Loop through the user's path and test for each of PROGNAME-LIST
+  as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    for ac_prog in egrep; do
+    for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+      ac_path_EGREP="$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"
+      as_fn_executable_p "$ac_path_EGREP" || continue
+# Check for GNU ac_path_EGREP and select it if it is found.
+  # Check for GNU $ac_path_EGREP
+case `"$ac_path_EGREP" --version 2>&1` in
+*GNU*)
+  ac_cv_path_EGREP="$ac_path_EGREP" ac_path_EGREP_found=:;;
+*)
+  ac_count=0
+  $as_echo_n 0123456789 >"conftest.in"
+  while :
+  do
+    cat "conftest.in" "conftest.in" >"conftest.tmp"
+    mv "conftest.tmp" "conftest.in"
+    cp "conftest.in" "conftest.nl"
+    $as_echo 'EGREP' >> "conftest.nl"
+    "$ac_path_EGREP" 'EGREP$' < "conftest.nl" >"conftest.out" 2>/dev/null || break
+    diff "conftest.out" "conftest.nl" >/dev/null 2>&1 || break
+    as_fn_arith $ac_count + 1 && ac_count=$as_val
+    if test $ac_count -gt ${ac_path_EGREP_max-0}; then
+      # Best one so far, save it but keep looking for a better one
+      ac_cv_path_EGREP="$ac_path_EGREP"
+      ac_path_EGREP_max=$ac_count
+    fi
+    # 10*(2^10) chars as input seems more than enough
+    test $ac_count -gt 10 && break
+  done
+  rm -f conftest.in conftest.tmp conftest.nl conftest.out;;
+esac
+
+      $ac_path_EGREP_found && break 3
+    done
+  done
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+  if test -z "$ac_cv_path_EGREP"; then
+    as_fn_error $? "no acceptable egrep could be found in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin" "$LINENO" 5
+  fi
+else
+  ac_cv_path_EGREP=$EGREP
+fi
+
+   fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_path_EGREP" >&5
+$as_echo "$ac_cv_path_EGREP" >&6; }
+ EGREP="$ac_cv_path_EGREP"
+
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for ANSI C header files" >&5
+$as_echo_n "checking for ANSI C header files... " >&6; }
+if ${ac_cv_header_stdc+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+#include <stdlib.h>
+#include <stdarg.h>
+#include <string.h>
+#include <float.h>
+
+int
+main ()
+{
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+  ac_cv_header_stdc=yes
+else
+  ac_cv_header_stdc=no
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+
+if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
+  # SunOS 4.x string.h does not declare mem*, contrary to ANSI.
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+#include <string.h>
+
+_ACEOF
+if (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>&5 |
+  $EGREP "memchr" >/dev/null 2>&1; then :
+
+else
+  ac_cv_header_stdc=no
+fi
+rm -f conftest*
+
+fi
+
+if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
+  # ISC 2.0.2 stdlib.h does not declare free, contrary to ANSI.
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+#include <stdlib.h>
+
+_ACEOF
+if (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>&5 |
+  $EGREP "free" >/dev/null 2>&1; then :
+
+else
+  ac_cv_header_stdc=no
+fi
+rm -f conftest*
+
+fi
+
+if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
+  # /bin/cc in Irix-4.0.5 gets non-ANSI ctype macros unless using -ansi.
+  if test "$cross_compiling" = yes; then :
+  :
+else
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+#include <ctype.h>
+#include <stdlib.h>
+#if ((' ' & 0x0FF) == 0x020)
+# define ISLOWER(c) ('a' <= (c) && (c) <= 'z')
+# define TOUPPER(c) (ISLOWER(c) ? 'A' + ((c) - 'a') : (c))
+#else
+# define ISLOWER(c) \
+		   (('a' <= (c) && (c) <= 'i') \
+		     || ('j' <= (c) && (c) <= 'r') \
+		     || ('s' <= (c) && (c) <= 'z'))
+# define TOUPPER(c) (ISLOWER(c) ? ((c) | 0x40) : (c))
+#endif
+
+#define XOR(e, f) (((e) && !(f)) || (!(e) && (f)))
+int
+main ()
+{
+  int i;
+  for (i = 0; i < 256; i++)
+    if (XOR (islower (i), ISLOWER (i))
+	|| toupper (i) != TOUPPER (i))
+      return 2;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_run "$LINENO"; then :
+
+else
+  ac_cv_header_stdc=no
+fi
+rm -f core *.core core.conftest.* gmon.out bb.out conftest$ac_exeext \
+  conftest.$ac_objext conftest.beam conftest.$ac_ext
+fi
+
+fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_header_stdc" >&5
+$as_echo "$ac_cv_header_stdc" >&6; }
+if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
+
+$as_echo "#define STDC_HEADERS 1" >>confdefs.h
+
+fi
+
+# On IRIX 5.3, sys/types and inttypes.h are conflicting.
+for ac_header in sys/types.h sys/stat.h stdlib.h string.h memory.h strings.h \
+		  inttypes.h stdint.h unistd.h
+do :
+  as_ac_Header=`$as_echo "ac_cv_header_$ac_header" | $as_tr_sh`
+ac_fn_c_check_header_compile "$LINENO" "$ac_header" "$as_ac_Header" "$ac_includes_default
+"
+if eval test \"x\$"$as_ac_Header"\" = x"yes"; then :
+  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define `$as_echo "HAVE_$ac_header" | $as_tr_cpp` 1
+_ACEOF
+
+fi
+
+done
+
+
+for ac_header in stdlib.h
+do :
+  ac_fn_c_check_header_mongrel "$LINENO" "stdlib.h" "ac_cv_header_stdlib_h" "$ac_includes_default"
+if test "x$ac_cv_header_stdlib_h" = xyes; then :
+  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define HAVE_STDLIB_H 1
+_ACEOF
+
+fi
+
+done
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for main in -lm" >&5
+$as_echo_n "checking for main in -lm... " >&6; }
+if ${ac_cv_lib_m_main+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_check_lib_save_LIBS=$LIBS
+LIBS="-lm  $LIBS"
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+
+
+int
+main ()
+{
+return main ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_link "$LINENO"; then :
+  ac_cv_lib_m_main=yes
+else
+  ac_cv_lib_m_main=no
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext \
+    conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+LIBS=$ac_check_lib_save_LIBS
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_lib_m_main" >&5
+$as_echo "$ac_cv_lib_m_main" >&6; }
+if test "x$ac_cv_lib_m_main" = xyes; then :
+  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define HAVE_LIBM 1
+_ACEOF
+
+  LIBS="-lm $LIBS"
+
+fi
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for main in -lgslcblas" >&5
+$as_echo_n "checking for main in -lgslcblas... " >&6; }
+if ${ac_cv_lib_gslcblas_main+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_check_lib_save_LIBS=$LIBS
+LIBS="-lgslcblas  $LIBS"
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+
+
+int
+main ()
+{
+return main ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_link "$LINENO"; then :
+  ac_cv_lib_gslcblas_main=yes
+else
+  ac_cv_lib_gslcblas_main=no
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext \
+    conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+LIBS=$ac_check_lib_save_LIBS
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_lib_gslcblas_main" >&5
+$as_echo "$ac_cv_lib_gslcblas_main" >&6; }
+if test "x$ac_cv_lib_gslcblas_main" = xyes; then :
+  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define HAVE_LIBGSLCBLAS 1
+_ACEOF
+
+  LIBS="-lgslcblas $LIBS"
+
+else
+  as_fn_error $? "gslcblas not found" "$LINENO" 5
+fi
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for main in -lgsl" >&5
+$as_echo_n "checking for main in -lgsl... " >&6; }
+if ${ac_cv_lib_gsl_main+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_check_lib_save_LIBS=$LIBS
+LIBS="-lgsl  $LIBS"
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+
+
+int
+main ()
+{
+return main ();
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_link "$LINENO"; then :
+  ac_cv_lib_gsl_main=yes
+else
+  ac_cv_lib_gsl_main=no
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext \
+    conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+LIBS=$ac_check_lib_save_LIBS
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_lib_gsl_main" >&5
+$as_echo "$ac_cv_lib_gsl_main" >&6; }
+if test "x$ac_cv_lib_gsl_main" = xyes; then :
+  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define HAVE_LIBGSL 1
+_ACEOF
+
+  LIBS="-lgsl $LIBS"
+
+else
+  as_fn_error $? "gsl library not found" "$LINENO" 5
+fi
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)" >&5
+$as_echo_n "checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)... " >&6; }
+set x ${MAKE-make}
+ac_make=`$as_echo "$2" | sed 's/+/p/g; s/[^a-zA-Z0-9_]/_/g'`
+if eval \${ac_cv_prog_make_${ac_make}_set+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat >conftest.make <<\_ACEOF
+SHELL = /bin/sh
+all:
+	@echo '@@@%%%=$(MAKE)=@@@%%%'
+_ACEOF
+# GNU make sometimes prints "make[1]: Entering ...", which would confuse us.
+case `${MAKE-make} -f conftest.make 2>/dev/null` in
+  *@@@%%%=?*=@@@%%%*)
+    eval ac_cv_prog_make_${ac_make}_set=yes;;
+  *)
+    eval ac_cv_prog_make_${ac_make}_set=no;;
+esac
+rm -f conftest.make
+fi
+if eval test \$ac_cv_prog_make_${ac_make}_set = yes; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
+$as_echo "yes" >&6; }
+  SET_MAKE=
+else
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+  SET_MAKE="MAKE=${MAKE-make}"
+fi
+
+
+# Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for stdbool.h that conforms to C99" >&5
+$as_echo_n "checking for stdbool.h that conforms to C99... " >&6; }
+if ${ac_cv_header_stdbool_h+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+
+             #include <stdbool.h>
+             #ifndef bool
+              "error: bool is not defined"
+             #endif
+             #ifndef false
+              "error: false is not defined"
+             #endif
+             #if false
+              "error: false is not 0"
+             #endif
+             #ifndef true
+              "error: true is not defined"
+             #endif
+             #if true != 1
+              "error: true is not 1"
+             #endif
+             #ifndef __bool_true_false_are_defined
+              "error: __bool_true_false_are_defined is not defined"
+             #endif
+
+             struct s { _Bool s: 1; _Bool t; } s;
+
+             char a[true == 1 ? 1 : -1];
+             char b[false == 0 ? 1 : -1];
+             char c[__bool_true_false_are_defined == 1 ? 1 : -1];
+             char d[(bool) 0.5 == true ? 1 : -1];
+             /* See body of main program for 'e'.  */
+             char f[(_Bool) 0.0 == false ? 1 : -1];
+             char g[true];
+             char h[sizeof (_Bool)];
+             char i[sizeof s.t];
+             enum { j = false, k = true, l = false * true, m = true * 256 };
+             /* The following fails for
+                HP aC++/ANSI C B3910B A.05.55 [Dec 04 2003]. */
+             _Bool n[m];
+             char o[sizeof n == m * sizeof n[0] ? 1 : -1];
+             char p[-1 - (_Bool) 0 < 0 && -1 - (bool) 0 < 0 ? 1 : -1];
+             /* Catch a bug in an HP-UX C compiler.  See
+                http://gcc.gnu.org/ml/gcc-patches/2003-12/msg02303.html
+                http://lists.gnu.org/archive/html/bug-coreutils/2005-11/msg00161.html
+              */
+             _Bool q = true;
+             _Bool *pq = &q;
+
+int
+main ()
+{
+
+             bool e = &s;
+             *pq |= q;
+             *pq |= ! q;
+             /* Refer to every declared value, to avoid compiler optimizations.  */
+             return (!a + !b + !c + !d + !e + !f + !g + !h + !i + !!j + !k + !!l
+                     + !m + !n + !o + !p + !q + !pq);
+
+  ;
+  return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+  ac_cv_header_stdbool_h=yes
+else
+  ac_cv_header_stdbool_h=no
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_header_stdbool_h" >&5
+$as_echo "$ac_cv_header_stdbool_h" >&6; }
+   ac_fn_c_check_type "$LINENO" "_Bool" "ac_cv_type__Bool" "$ac_includes_default"
+if test "x$ac_cv_type__Bool" = xyes; then :
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define HAVE__BOOL 1
+_ACEOF
+
+
+fi
+
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for inline" >&5
+$as_echo_n "checking for inline... " >&6; }
+if ${ac_cv_c_inline+:} false; then :
+  $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+  ac_cv_c_inline=no
+for ac_kw in inline __inline__ __inline; do
+  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h.  */
+#ifndef __cplusplus
+typedef int foo_t;
+static $ac_kw foo_t static_foo () {return 0; }
+$ac_kw foo_t foo () {return 0; }
+#endif
+
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+  ac_cv_c_inline=$ac_kw
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+  test "$ac_cv_c_inline" != no && break
+done
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_c_inline" >&5
+$as_echo "$ac_cv_c_inline" >&6; }
+
+case $ac_cv_c_inline in
+  inline | yes) ;;
+  *)
+    case $ac_cv_c_inline in
+      no) ac_val=;;
+      *) ac_val=$ac_cv_c_inline;;
+    esac
+    cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#ifndef __cplusplus
+#define inline $ac_val
+#endif
+_ACEOF
+    ;;
+esac
+
+ac_fn_c_check_type "$LINENO" "size_t" "ac_cv_type_size_t" "$ac_includes_default"
+if test "x$ac_cv_type_size_t" = xyes; then :
+
+else
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define size_t unsigned int
+_ACEOF
+
+fi
+
+
+# Checks for library functions.
+for ac_func in floor pow
+do :
+  as_ac_var=`$as_echo "ac_cv_func_$ac_func" | $as_tr_sh`
+ac_fn_c_check_func "$LINENO" "$ac_func" "$as_ac_var"
+if eval test \"x\$"$as_ac_var"\" = x"yes"; then :
+  cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define `$as_echo "HAVE_$ac_func" | $as_tr_cpp` 1
+_ACEOF
+
+fi
+done
+
+ac_config_files="$ac_config_files Makefile"
+
+cat >confcache <<\_ACEOF
+# This file is a shell script that caches the results of configure
+# tests run on this system so they can be shared between configure
+# scripts and configure runs, see configure's option --config-cache.
+# It is not useful on other systems.  If it contains results you don't
+# want to keep, you may remove or edit it.
+#
+# config.status only pays attention to the cache file if you give it
+# the --recheck option to rerun configure.
+#
+# `ac_cv_env_foo' variables (set or unset) will be overridden when
+# loading this file, other *unset* `ac_cv_foo' will be assigned the
+# following values.
+
+_ACEOF
+
+# The following way of writing the cache mishandles newlines in values,
+# but we know of no workaround that is simple, portable, and efficient.
+# So, we kill variables containing newlines.
+# Ultrix sh set writes to stderr and can't be redirected directly,
+# and sets the high bit in the cache file unless we assign to the vars.
+(
+  for ac_var in `(set) 2>&1 | sed -n 's/^\([a-zA-Z_][a-zA-Z0-9_]*\)=.*/\1/p'`; do
+    eval ac_val=\$$ac_var
+    case $ac_val in #(
+    *${as_nl}*)
+      case $ac_var in #(
+      *_cv_*) { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&2;} ;;
+      esac
+      case $ac_var in #(
+      _ | IFS | as_nl) ;; #(
+      BASH_ARGV | BASH_SOURCE) eval $ac_var= ;; #(
+      *) { eval $ac_var=; unset $ac_var;} ;;
+      esac ;;
+    esac
+  done
+
+  (set) 2>&1 |
+    case $as_nl`(ac_space=' '; set) 2>&1` in #(
+    *${as_nl}ac_space=\ *)
+      # `set' does not quote correctly, so add quotes: double-quote
+      # substitution turns \\\\ into \\, and sed turns \\ into \.
+      sed -n \
+	"s/'/'\\\\''/g;
+	  s/^\\([_$as_cr_alnum]*_cv_[_$as_cr_alnum]*\\)=\\(.*\\)/\\1='\\2'/p"
+      ;; #(
+    *)
+      # `set' quotes correctly as required by POSIX, so do not add quotes.
+      sed -n "/^[_$as_cr_alnum]*_cv_[_$as_cr_alnum]*=/p"
+      ;;
+    esac |
+    sort
+) |
+  sed '
+     /^ac_cv_env_/b end
+     t clear
+     :clear
+     s/^\([^=]*\)=\(.*[{}].*\)$/test "${\1+set}" = set || &/
+     t end
+     s/^\([^=]*\)=\(.*\)$/\1=${\1=\2}/
+     :end' >>confcache
+if diff "$cache_file" confcache >/dev/null 2>&1; then :; else
+  if test -w "$cache_file"; then
+    if test "x$cache_file" != "x/dev/null"; then
+      { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: updating cache $cache_file" >&5
+$as_echo "$as_me: updating cache $cache_file" >&6;}
+      if test ! -f "$cache_file" || test -h "$cache_file"; then
+	cat confcache >"$cache_file"
+      else
+        case $cache_file in #(
+        */* | ?:*)
+	  mv -f confcache "$cache_file"$$ &&
+	  mv -f "$cache_file"$$ "$cache_file" ;; #(
+        *)
+	  mv -f confcache "$cache_file" ;;
+	esac
+      fi
+    fi
+  else
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: not updating unwritable cache $cache_file" >&5
+$as_echo "$as_me: not updating unwritable cache $cache_file" >&6;}
+  fi
+fi
+rm -f confcache
+
+test "x$prefix" = xNONE && prefix=$ac_default_prefix
+# Let make expand exec_prefix.
+test "x$exec_prefix" = xNONE && exec_prefix='${prefix}'
+
+DEFS=-DHAVE_CONFIG_H
+
+ac_libobjs=
+ac_ltlibobjs=
+U=
+for ac_i in : $LIBOBJS; do test "x$ac_i" = x: && continue
+  # 1. Remove the extension, and $U if already installed.
+  ac_script='s/\$U\././;s/\.o$//;s/\.obj$//'
+  ac_i=`$as_echo "$ac_i" | sed "$ac_script"`
+  # 2. Prepend LIBOBJDIR.  When used with automake>=1.10 LIBOBJDIR
+  #    will be set to the directory where LIBOBJS objects are built.
+  as_fn_append ac_libobjs " \${LIBOBJDIR}$ac_i\$U.$ac_objext"
+  as_fn_append ac_ltlibobjs " \${LIBOBJDIR}$ac_i"'$U.lo'
+done
+LIBOBJS=$ac_libobjs
+
+LTLIBOBJS=$ac_ltlibobjs
+
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking that generated files are newer than configure" >&5
+$as_echo_n "checking that generated files are newer than configure... " >&6; }
+   if test -n "$am_sleep_pid"; then
+     # Hide warnings about reused PIDs.
+     wait $am_sleep_pid 2>/dev/null
+   fi
+   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: done" >&5
+$as_echo "done" >&6; }
+ if test -n "$EXEEXT"; then
+  am__EXEEXT_TRUE=
+  am__EXEEXT_FALSE='#'
+else
+  am__EXEEXT_TRUE='#'
+  am__EXEEXT_FALSE=
+fi
+
+if test -z "${AMDEP_TRUE}" && test -z "${AMDEP_FALSE}"; then
+  as_fn_error $? "conditional \"AMDEP\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
+fi
+if test -z "${am__fastdepCXX_TRUE}" && test -z "${am__fastdepCXX_FALSE}"; then
+  as_fn_error $? "conditional \"am__fastdepCXX\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
+fi
+if test -z "${am__fastdepCC_TRUE}" && test -z "${am__fastdepCC_FALSE}"; then
+  as_fn_error $? "conditional \"am__fastdepCC\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
+fi
+
+: "${CONFIG_STATUS=./config.status}"
+ac_write_fail=0
+ac_clean_files_save=$ac_clean_files
+ac_clean_files="$ac_clean_files $CONFIG_STATUS"
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: creating $CONFIG_STATUS" >&5
+$as_echo "$as_me: creating $CONFIG_STATUS" >&6;}
+as_write_fail=0
+cat >$CONFIG_STATUS <<_ASEOF || as_write_fail=1
+#! $SHELL
+# Generated by $as_me.
+# Run this file to recreate the current configuration.
+# Compiler output produced by configure, useful for debugging
+# configure, is in config.log if it exists.
+
+debug=false
+ac_cs_recheck=false
+ac_cs_silent=false
+
+SHELL=\${CONFIG_SHELL-$SHELL}
+export SHELL
+_ASEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ASEOF || as_write_fail=1
+## -------------------- ##
+## M4sh Initialization. ##
+## -------------------- ##
+
+# Be more Bourne compatible
+DUALCASE=1; export DUALCASE # for MKS sh
+if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then :
+  emulate sh
+  NULLCMD=:
+  # Pre-4.2 versions of Zsh do word splitting on ${1+"$@"}, which
+  # is contrary to our usage.  Disable this feature.
+  alias -g '${1+"$@"}'='"$@"'
+  setopt NO_GLOB_SUBST
+else
+  case `(set -o) 2>/dev/null` in #(
+  *posix*) :
+    set -o posix ;; #(
+  *) :
+     ;;
+esac
+fi
+
+
+as_nl='
+'
+export as_nl
+# Printing a long string crashes Solaris 7 /usr/bin/printf.
+as_echo='\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\'
+as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
+as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
+# Prefer a ksh shell builtin over an external printf program on Solaris,
+# but without wasting forks for bash or zsh.
+if test -z "$BASH_VERSION$ZSH_VERSION" \
+    && (test "X`print -r -- $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
+  as_echo='print -r --'
+  as_echo_n='print -rn --'
+elif (test "X`printf %s $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
+  as_echo='printf %s\n'
+  as_echo_n='printf %s'
+else
+  if test "X`(/usr/ucb/echo -n -n $as_echo) 2>/dev/null`" = "X-n $as_echo"; then
+    as_echo_body='eval /usr/ucb/echo -n "$1$as_nl"'
+    as_echo_n='/usr/ucb/echo -n'
+  else
+    as_echo_body='eval expr "X$1" : "X\\(.*\\)"'
+    as_echo_n_body='eval
+      arg=$1;
+      case $arg in #(
+      *"$as_nl"*)
+	expr "X$arg" : "X\\(.*\\)$as_nl";
+	arg=`expr "X$arg" : ".*$as_nl\\(.*\\)"`;;
+      esac;
+      expr "X$arg" : "X\\(.*\\)" | tr -d "$as_nl"
+    '
+    export as_echo_n_body
+    as_echo_n='sh -c $as_echo_n_body as_echo'
+  fi
+  export as_echo_body
+  as_echo='sh -c $as_echo_body as_echo'
+fi
+
+# The user is always right.
+if test "${PATH_SEPARATOR+set}" != set; then
+  PATH_SEPARATOR=:
+  (PATH='/bin;/bin'; FPATH=$PATH; sh -c :) >/dev/null 2>&1 && {
+    (PATH='/bin:/bin'; FPATH=$PATH; sh -c :) >/dev/null 2>&1 ||
+      PATH_SEPARATOR=';'
+  }
+fi
+
+
+# IFS
+# We need space, tab and new line, in precisely that order.  Quoting is
+# there to prevent editors from complaining about space-tab.
+# (If _AS_PATH_WALK were called with IFS unset, it would disable word
+# splitting by setting IFS to empty value.)
+IFS=" ""	$as_nl"
+
+# Find who we are.  Look in the path if we contain no directory separator.
+as_myself=
+case $0 in #((
+  *[\\/]* ) as_myself=$0 ;;
+  *) as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+  IFS=$as_save_IFS
+  test -z "$as_dir" && as_dir=.
+    test -r "$as_dir/$0" && as_myself=$as_dir/$0 && break
+  done
+IFS=$as_save_IFS
+
+     ;;
+esac
+# We did not find ourselves, most probably we were run as `sh COMMAND'
+# in which case we are not to be found in the path.
+if test "x$as_myself" = x; then
+  as_myself=$0
+fi
+if test ! -f "$as_myself"; then
+  $as_echo "$as_myself: error: cannot find myself; rerun with an absolute file name" >&2
+  exit 1
+fi
+
+# Unset variables that we do not need and which cause bugs (e.g. in
+# pre-3.0 UWIN ksh).  But do not cause bugs in bash 2.01; the "|| exit 1"
+# suppresses any "Segmentation fault" message there.  '((' could
+# trigger a bug in pdksh 5.2.14.
+for as_var in BASH_ENV ENV MAIL MAILPATH
+do eval test x\${$as_var+set} = xset \
+  && ( (unset $as_var) || exit 1) >/dev/null 2>&1 && unset $as_var || :
+done
+PS1='$ '
+PS2='> '
+PS4='+ '
+
+# NLS nuisances.
+LC_ALL=C
+export LC_ALL
+LANGUAGE=C
+export LANGUAGE
+
+# CDPATH.
+(unset CDPATH) >/dev/null 2>&1 && unset CDPATH
+
+
+# as_fn_error STATUS ERROR [LINENO LOG_FD]
+# ----------------------------------------
+# Output "`basename $0`: error: ERROR" to stderr. If LINENO and LOG_FD are
+# provided, also output the error to LOG_FD, referencing LINENO. Then exit the
+# script with STATUS, using 1 if that was 0.
+as_fn_error ()
+{
+  as_status=$1; test $as_status -eq 0 && as_status=1
+  if test "$4"; then
+    as_lineno=${as_lineno-"$3"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+    $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: $2" >&$4
+  fi
+  $as_echo "$as_me: error: $2" >&2
+  as_fn_exit $as_status
+} # as_fn_error
+
+
+# as_fn_set_status STATUS
+# -----------------------
+# Set $? to STATUS, without forking.
+as_fn_set_status ()
+{
+  return $1
+} # as_fn_set_status
+
+# as_fn_exit STATUS
+# -----------------
+# Exit the shell with STATUS, even in a "trap 0" or "set -e" context.
+as_fn_exit ()
+{
+  set +e
+  as_fn_set_status $1
+  exit $1
+} # as_fn_exit
+
+# as_fn_unset VAR
+# ---------------
+# Portably unset VAR.
+as_fn_unset ()
+{
+  { eval $1=; unset $1;}
+}
+as_unset=as_fn_unset
+# as_fn_append VAR VALUE
+# ----------------------
+# Append the text in VALUE to the end of the definition contained in VAR. Take
+# advantage of any shell optimizations that allow amortized linear growth over
+# repeated appends, instead of the typical quadratic growth present in naive
+# implementations.
+if (eval "as_var=1; as_var+=2; test x\$as_var = x12") 2>/dev/null; then :
+  eval 'as_fn_append ()
+  {
+    eval $1+=\$2
+  }'
+else
+  as_fn_append ()
+  {
+    eval $1=\$$1\$2
+  }
+fi # as_fn_append
+
+# as_fn_arith ARG...
+# ------------------
+# Perform arithmetic evaluation on the ARGs, and store the result in the
+# global $as_val. Take advantage of shells that can avoid forks. The arguments
+# must be portable across $(()) and expr.
+if (eval "test \$(( 1 + 1 )) = 2") 2>/dev/null; then :
+  eval 'as_fn_arith ()
+  {
+    as_val=$(( $* ))
+  }'
+else
+  as_fn_arith ()
+  {
+    as_val=`expr "$@" || test $? -eq 1`
+  }
+fi # as_fn_arith
+
+
+if expr a : '\(a\)' >/dev/null 2>&1 &&
+   test "X`expr 00001 : '.*\(...\)'`" = X001; then
+  as_expr=expr
+else
+  as_expr=false
+fi
+
+if (basename -- /) >/dev/null 2>&1 && test "X`basename -- / 2>&1`" = "X/"; then
+  as_basename=basename
+else
+  as_basename=false
+fi
+
+if (as_dir=`dirname -- /` && test "X$as_dir" = X/) >/dev/null 2>&1; then
+  as_dirname=dirname
+else
+  as_dirname=false
+fi
+
+as_me=`$as_basename -- "$0" ||
+$as_expr X/"$0" : '.*/\([^/][^/]*\)/*$' \| \
+	 X"$0" : 'X\(//\)$' \| \
+	 X"$0" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X/"$0" |
+    sed '/^.*\/\([^/][^/]*\)\/*$/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\/\(\/\/\)$/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\/\(\/\).*/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  s/.*/./; q'`
+
+# Avoid depending upon Character Ranges.
+as_cr_letters='abcdefghijklmnopqrstuvwxyz'
+as_cr_LETTERS='ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'
+as_cr_Letters=$as_cr_letters$as_cr_LETTERS
+as_cr_digits='0123456789'
+as_cr_alnum=$as_cr_Letters$as_cr_digits
+
+ECHO_C= ECHO_N= ECHO_T=
+case `echo -n x` in #(((((
+-n*)
+  case `echo 'xy\c'` in
+  *c*) ECHO_T='	';;	# ECHO_T is single tab character.
+  xy)  ECHO_C='\c';;
+  *)   echo `echo ksh88 bug on AIX 6.1` > /dev/null
+       ECHO_T='	';;
+  esac;;
+*)
+  ECHO_N='-n';;
+esac
+
+rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.file
+if test -d conf$$.dir; then
+  rm -f conf$$.dir/conf$$.file
+else
+  rm -f conf$$.dir
+  mkdir conf$$.dir 2>/dev/null
+fi
+if (echo >conf$$.file) 2>/dev/null; then
+  if ln -s conf$$.file conf$$ 2>/dev/null; then
+    as_ln_s='ln -s'
+    # ... but there are two gotchas:
+    # 1) On MSYS, both `ln -s file dir' and `ln file dir' fail.
+    # 2) DJGPP < 2.04 has no symlinks; `ln -s' creates a wrapper executable.
+    # In both cases, we have to default to `cp -pR'.
+    ln -s conf$$.file conf$$.dir 2>/dev/null && test ! -f conf$$.exe ||
+      as_ln_s='cp -pR'
+  elif ln conf$$.file conf$$ 2>/dev/null; then
+    as_ln_s=ln
+  else
+    as_ln_s='cp -pR'
+  fi
+else
+  as_ln_s='cp -pR'
+fi
+rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.dir/conf$$.file conf$$.file
+rmdir conf$$.dir 2>/dev/null
+
+
+# as_fn_mkdir_p
+# -------------
+# Create "$as_dir" as a directory, including parents if necessary.
+as_fn_mkdir_p ()
+{
+
+  case $as_dir in #(
+  -*) as_dir=./$as_dir;;
+  esac
+  test -d "$as_dir" || eval $as_mkdir_p || {
+    as_dirs=
+    while :; do
+      case $as_dir in #(
+      *\'*) as_qdir=`$as_echo "$as_dir" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; #'(
+      *) as_qdir=$as_dir;;
+      esac
+      as_dirs="'$as_qdir' $as_dirs"
+      as_dir=`$as_dirname -- "$as_dir" ||
+$as_expr X"$as_dir" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+	 X"$as_dir" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+	 X"$as_dir" : 'X\(//\)$' \| \
+	 X"$as_dir" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$as_dir" |
+    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\/\)$/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\).*/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  s/.*/./; q'`
+      test -d "$as_dir" && break
+    done
+    test -z "$as_dirs" || eval "mkdir $as_dirs"
+  } || test -d "$as_dir" || as_fn_error $? "cannot create directory $as_dir"
+
+
+} # as_fn_mkdir_p
+if mkdir -p . 2>/dev/null; then
+  as_mkdir_p='mkdir -p "$as_dir"'
+else
+  test -d ./-p && rmdir ./-p
+  as_mkdir_p=false
+fi
+
+
+# as_fn_executable_p FILE
+# -----------------------
+# Test if FILE is an executable regular file.
+as_fn_executable_p ()
+{
+  test -f "$1" && test -x "$1"
+} # as_fn_executable_p
+as_test_x='test -x'
+as_executable_p=as_fn_executable_p
+
+# Sed expression to map a string onto a valid CPP name.
+as_tr_cpp="eval sed 'y%*$as_cr_letters%P$as_cr_LETTERS%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
+
+# Sed expression to map a string onto a valid variable name.
+as_tr_sh="eval sed 'y%*+%pp%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
+
+
+exec 6>&1
+## ----------------------------------- ##
+## Main body of $CONFIG_STATUS script. ##
+## ----------------------------------- ##
+_ASEOF
+test $as_write_fail = 0 && chmod +x $CONFIG_STATUS || ac_write_fail=1
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+# Save the log message, to keep $0 and so on meaningful, and to
+# report actual input values of CONFIG_FILES etc. instead of their
+# values after options handling.
+ac_log="
+This file was extended by art C++ $as_me VIC.03.09.2015, which was
+generated by GNU Autoconf 2.69.  Invocation command line was
+
+  CONFIG_FILES    = $CONFIG_FILES
+  CONFIG_HEADERS  = $CONFIG_HEADERS
+  CONFIG_LINKS    = $CONFIG_LINKS
+  CONFIG_COMMANDS = $CONFIG_COMMANDS
+  $ $0 $@
+
+on `(hostname || uname -n) 2>/dev/null | sed 1q`
+"
+
+_ACEOF
+
+case $ac_config_files in *"
+"*) set x $ac_config_files; shift; ac_config_files=$*;;
+esac
+
+case $ac_config_headers in *"
+"*) set x $ac_config_headers; shift; ac_config_headers=$*;;
+esac
+
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+# Files that config.status was made for.
+config_files="$ac_config_files"
+config_headers="$ac_config_headers"
+config_commands="$ac_config_commands"
+
+_ACEOF
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+ac_cs_usage="\
+\`$as_me' instantiates files and other configuration actions
+from templates according to the current configuration.  Unless the files
+and actions are specified as TAGs, all are instantiated by default.
+
+Usage: $0 [OPTION]... [TAG]...
+
+  -h, --help       print this help, then exit
+  -V, --version    print version number and configuration settings, then exit
+      --config     print configuration, then exit
+  -q, --quiet, --silent
+                   do not print progress messages
+  -d, --debug      don't remove temporary files
+      --recheck    update $as_me by reconfiguring in the same conditions
+      --file=FILE[:TEMPLATE]
+                   instantiate the configuration file FILE
+      --header=FILE[:TEMPLATE]
+                   instantiate the configuration header FILE
+
+Configuration files:
+$config_files
+
+Configuration headers:
+$config_headers
+
+Configuration commands:
+$config_commands
+
+Report bugs to <whduke at gmail.com>.
+art C++ home page: <http://http://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art>."
+
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+ac_cs_config="`$as_echo "$ac_configure_args" | sed 's/^ //; s/[\\""\`\$]/\\\\&/g'`"
+ac_cs_version="\\
+art C++ config.status VIC.03.09.2015
+configured by $0, generated by GNU Autoconf 2.69,
+  with options \\"\$ac_cs_config\\"
+
+Copyright (C) 2012 Free Software Foundation, Inc.
+This config.status script is free software; the Free Software Foundation
+gives unlimited permission to copy, distribute and modify it."
+
+ac_pwd='$ac_pwd'
+srcdir='$srcdir'
+INSTALL='$INSTALL'
+MKDIR_P='$MKDIR_P'
+AWK='$AWK'
+test -n "\$AWK" || AWK=awk
+_ACEOF
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+# The default lists apply if the user does not specify any file.
+ac_need_defaults=:
+while test $# != 0
+do
+  case $1 in
+  --*=?*)
+    ac_option=`expr "X$1" : 'X\([^=]*\)='`
+    ac_optarg=`expr "X$1" : 'X[^=]*=\(.*\)'`
+    ac_shift=:
+    ;;
+  --*=)
+    ac_option=`expr "X$1" : 'X\([^=]*\)='`
+    ac_optarg=
+    ac_shift=:
+    ;;
+  *)
+    ac_option=$1
+    ac_optarg=$2
+    ac_shift=shift
+    ;;
+  esac
+
+  case $ac_option in
+  # Handling of the options.
+  -recheck | --recheck | --rechec | --reche | --rech | --rec | --re | --r)
+    ac_cs_recheck=: ;;
+  --version | --versio | --versi | --vers | --ver | --ve | --v | -V )
+    $as_echo "$ac_cs_version"; exit ;;
+  --config | --confi | --conf | --con | --co | --c )
+    $as_echo "$ac_cs_config"; exit ;;
+  --debug | --debu | --deb | --de | --d | -d )
+    debug=: ;;
+  --file | --fil | --fi | --f )
+    $ac_shift
+    case $ac_optarg in
+    *\'*) ac_optarg=`$as_echo "$ac_optarg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
+    '') as_fn_error $? "missing file argument" ;;
+    esac
+    as_fn_append CONFIG_FILES " '$ac_optarg'"
+    ac_need_defaults=false;;
+  --header | --heade | --head | --hea )
+    $ac_shift
+    case $ac_optarg in
+    *\'*) ac_optarg=`$as_echo "$ac_optarg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
+    esac
+    as_fn_append CONFIG_HEADERS " '$ac_optarg'"
+    ac_need_defaults=false;;
+  --he | --h)
+    # Conflict between --help and --header
+    as_fn_error $? "ambiguous option: \`$1'
+Try \`$0 --help' for more information.";;
+  --help | --hel | -h )
+    $as_echo "$ac_cs_usage"; exit ;;
+  -q | -quiet | --quiet | --quie | --qui | --qu | --q \
+  | -silent | --silent | --silen | --sile | --sil | --si | --s)
+    ac_cs_silent=: ;;
+
+  # This is an error.
+  -*) as_fn_error $? "unrecognized option: \`$1'
+Try \`$0 --help' for more information." ;;
+
+  *) as_fn_append ac_config_targets " $1"
+     ac_need_defaults=false ;;
+
+  esac
+  shift
+done
+
+ac_configure_extra_args=
+
+if $ac_cs_silent; then
+  exec 6>/dev/null
+  ac_configure_extra_args="$ac_configure_extra_args --silent"
+fi
+
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+if \$ac_cs_recheck; then
+  set X $SHELL '$0' $ac_configure_args \$ac_configure_extra_args --no-create --no-recursion
+  shift
+  \$as_echo "running CONFIG_SHELL=$SHELL \$*" >&6
+  CONFIG_SHELL='$SHELL'
+  export CONFIG_SHELL
+  exec "\$@"
+fi
+
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+exec 5>>config.log
+{
+  echo
+  sed 'h;s/./-/g;s/^.../## /;s/...$/ ##/;p;x;p;x' <<_ASBOX
+## Running $as_me. ##
+_ASBOX
+  $as_echo "$ac_log"
+} >&5
+
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+#
+# INIT-COMMANDS
+#
+AMDEP_TRUE="$AMDEP_TRUE" ac_aux_dir="$ac_aux_dir"
+
+_ACEOF
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+
+# Handling of arguments.
+for ac_config_target in $ac_config_targets
+do
+  case $ac_config_target in
+    "config.h") CONFIG_HEADERS="$CONFIG_HEADERS config.h" ;;
+    "depfiles") CONFIG_COMMANDS="$CONFIG_COMMANDS depfiles" ;;
+    "Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES Makefile" ;;
+
+  *) as_fn_error $? "invalid argument: \`$ac_config_target'" "$LINENO" 5;;
+  esac
+done
+
+
+# If the user did not use the arguments to specify the items to instantiate,
+# then the envvar interface is used.  Set only those that are not.
+# We use the long form for the default assignment because of an extremely
+# bizarre bug on SunOS 4.1.3.
+if $ac_need_defaults; then
+  test "${CONFIG_FILES+set}" = set || CONFIG_FILES=$config_files
+  test "${CONFIG_HEADERS+set}" = set || CONFIG_HEADERS=$config_headers
+  test "${CONFIG_COMMANDS+set}" = set || CONFIG_COMMANDS=$config_commands
+fi
+
+# Have a temporary directory for convenience.  Make it in the build tree
+# simply because there is no reason against having it here, and in addition,
+# creating and moving files from /tmp can sometimes cause problems.
+# Hook for its removal unless debugging.
+# Note that there is a small window in which the directory will not be cleaned:
+# after its creation but before its name has been assigned to `$tmp'.
+$debug ||
+{
+  tmp= ac_tmp=
+  trap 'exit_status=$?
+  : "${ac_tmp:=$tmp}"
+  { test ! -d "$ac_tmp" || rm -fr "$ac_tmp"; } && exit $exit_status
+' 0
+  trap 'as_fn_exit 1' 1 2 13 15
+}
+# Create a (secure) tmp directory for tmp files.
+
+{
+  tmp=`(umask 077 && mktemp -d "./confXXXXXX") 2>/dev/null` &&
+  test -d "$tmp"
+}  ||
+{
+  tmp=./conf$$-$RANDOM
+  (umask 077 && mkdir "$tmp")
+} || as_fn_error $? "cannot create a temporary directory in ." "$LINENO" 5
+ac_tmp=$tmp
+
+# Set up the scripts for CONFIG_FILES section.
+# No need to generate them if there are no CONFIG_FILES.
+# This happens for instance with `./config.status config.h'.
+if test -n "$CONFIG_FILES"; then
+
+
+ac_cr=`echo X | tr X '\015'`
+# On cygwin, bash can eat \r inside `` if the user requested igncr.
+# But we know of no other shell where ac_cr would be empty at this
+# point, so we can use a bashism as a fallback.
+if test "x$ac_cr" = x; then
+  eval ac_cr=\$\'\\r\'
+fi
+ac_cs_awk_cr=`$AWK 'BEGIN { print "a\rb" }' </dev/null 2>/dev/null`
+if test "$ac_cs_awk_cr" = "a${ac_cr}b"; then
+  ac_cs_awk_cr='\\r'
+else
+  ac_cs_awk_cr=$ac_cr
+fi
+
+echo 'BEGIN {' >"$ac_tmp/subs1.awk" &&
+_ACEOF
+
+
+{
+  echo "cat >conf$$subs.awk <<_ACEOF" &&
+  echo "$ac_subst_vars" | sed 's/.*/&!$&$ac_delim/' &&
+  echo "_ACEOF"
+} >conf$$subs.sh ||
+  as_fn_error $? "could not make $CONFIG_STATUS" "$LINENO" 5
+ac_delim_num=`echo "$ac_subst_vars" | grep -c '^'`
+ac_delim='%!_!# '
+for ac_last_try in false false false false false :; do
+  . ./conf$$subs.sh ||
+    as_fn_error $? "could not make $CONFIG_STATUS" "$LINENO" 5
+
+  ac_delim_n=`sed -n "s/.*$ac_delim\$/X/p" conf$$subs.awk | grep -c X`
+  if test $ac_delim_n = $ac_delim_num; then
+    break
+  elif $ac_last_try; then
+    as_fn_error $? "could not make $CONFIG_STATUS" "$LINENO" 5
+  else
+    ac_delim="$ac_delim!$ac_delim _$ac_delim!! "
+  fi
+done
+rm -f conf$$subs.sh
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+cat >>"\$ac_tmp/subs1.awk" <<\\_ACAWK &&
+_ACEOF
+sed -n '
+h
+s/^/S["/; s/!.*/"]=/
+p
+g
+s/^[^!]*!//
+:repl
+t repl
+s/'"$ac_delim"'$//
+t delim
+:nl
+h
+s/\(.\{148\}\)..*/\1/
+t more1
+s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/\\n"\\/
+p
+n
+b repl
+:more1
+s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/"\\/
+p
+g
+s/.\{148\}//
+t nl
+:delim
+h
+s/\(.\{148\}\)..*/\1/
+t more2
+s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/"/
+p
+b
+:more2
+s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/"\\/
+p
+g
+s/.\{148\}//
+t delim
+' <conf$$subs.awk | sed '
+/^[^""]/{
+  N
+  s/\n//
+}
+' >>$CONFIG_STATUS || ac_write_fail=1
+rm -f conf$$subs.awk
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+_ACAWK
+cat >>"\$ac_tmp/subs1.awk" <<_ACAWK &&
+  for (key in S) S_is_set[key] = 1
+  FS = ""
+
+}
+{
+  line = $ 0
+  nfields = split(line, field, "@")
+  substed = 0
+  len = length(field[1])
+  for (i = 2; i < nfields; i++) {
+    key = field[i]
+    keylen = length(key)
+    if (S_is_set[key]) {
+      value = S[key]
+      line = substr(line, 1, len) "" value "" substr(line, len + keylen + 3)
+      len += length(value) + length(field[++i])
+      substed = 1
+    } else
+      len += 1 + keylen
+  }
+
+  print line
+}
+
+_ACAWK
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+if sed "s/$ac_cr//" < /dev/null > /dev/null 2>&1; then
+  sed "s/$ac_cr\$//; s/$ac_cr/$ac_cs_awk_cr/g"
+else
+  cat
+fi < "$ac_tmp/subs1.awk" > "$ac_tmp/subs.awk" \
+  || as_fn_error $? "could not setup config files machinery" "$LINENO" 5
+_ACEOF
+
+# VPATH may cause trouble with some makes, so we remove sole $(srcdir),
+# ${srcdir} and @srcdir@ entries from VPATH if srcdir is ".", strip leading and
+# trailing colons and then remove the whole line if VPATH becomes empty
+# (actually we leave an empty line to preserve line numbers).
+if test "x$srcdir" = x.; then
+  ac_vpsub='/^[	 ]*VPATH[	 ]*=[	 ]*/{
+h
+s///
+s/^/:/
+s/[	 ]*$/:/
+s/:\$(srcdir):/:/g
+s/:\${srcdir}:/:/g
+s/:@srcdir@:/:/g
+s/^:*//
+s/:*$//
+x
+s/\(=[	 ]*\).*/\1/
+G
+s/\n//
+s/^[^=]*=[	 ]*$//
+}'
+fi
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+fi # test -n "$CONFIG_FILES"
+
+# Set up the scripts for CONFIG_HEADERS section.
+# No need to generate them if there are no CONFIG_HEADERS.
+# This happens for instance with `./config.status Makefile'.
+if test -n "$CONFIG_HEADERS"; then
+cat >"$ac_tmp/defines.awk" <<\_ACAWK ||
+BEGIN {
+_ACEOF
+
+# Transform confdefs.h into an awk script `defines.awk', embedded as
+# here-document in config.status, that substitutes the proper values into
+# config.h.in to produce config.h.
+
+# Create a delimiter string that does not exist in confdefs.h, to ease
+# handling of long lines.
+ac_delim='%!_!# '
+for ac_last_try in false false :; do
+  ac_tt=`sed -n "/$ac_delim/p" confdefs.h`
+  if test -z "$ac_tt"; then
+    break
+  elif $ac_last_try; then
+    as_fn_error $? "could not make $CONFIG_HEADERS" "$LINENO" 5
+  else
+    ac_delim="$ac_delim!$ac_delim _$ac_delim!! "
+  fi
+done
+
+# For the awk script, D is an array of macro values keyed by name,
+# likewise P contains macro parameters if any.  Preserve backslash
+# newline sequences.
+
+ac_word_re=[_$as_cr_Letters][_$as_cr_alnum]*
+sed -n '
+s/.\{148\}/&'"$ac_delim"'/g
+t rset
+:rset
+s/^[	 ]*#[	 ]*define[	 ][	 ]*/ /
+t def
+d
+:def
+s/\\$//
+t bsnl
+s/["\\]/\\&/g
+s/^ \('"$ac_word_re"'\)\(([^()]*)\)[	 ]*\(.*\)/P["\1"]="\2"\
+D["\1"]=" \3"/p
+s/^ \('"$ac_word_re"'\)[	 ]*\(.*\)/D["\1"]=" \2"/p
+d
+:bsnl
+s/["\\]/\\&/g
+s/^ \('"$ac_word_re"'\)\(([^()]*)\)[	 ]*\(.*\)/P["\1"]="\2"\
+D["\1"]=" \3\\\\\\n"\\/p
+t cont
+s/^ \('"$ac_word_re"'\)[	 ]*\(.*\)/D["\1"]=" \2\\\\\\n"\\/p
+t cont
+d
+:cont
+n
+s/.\{148\}/&'"$ac_delim"'/g
+t clear
+:clear
+s/\\$//
+t bsnlc
+s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/"/p
+d
+:bsnlc
+s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/\\\\\\n"\\/p
+b cont
+' <confdefs.h | sed '
+s/'"$ac_delim"'/"\\\
+"/g' >>$CONFIG_STATUS || ac_write_fail=1
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+  for (key in D) D_is_set[key] = 1
+  FS = ""
+}
+/^[\t ]*#[\t ]*(define|undef)[\t ]+$ac_word_re([\t (]|\$)/ {
+  line = \$ 0
+  split(line, arg, " ")
+  if (arg[1] == "#") {
+    defundef = arg[2]
+    mac1 = arg[3]
+  } else {
+    defundef = substr(arg[1], 2)
+    mac1 = arg[2]
+  }
+  split(mac1, mac2, "(") #)
+  macro = mac2[1]
+  prefix = substr(line, 1, index(line, defundef) - 1)
+  if (D_is_set[macro]) {
+    # Preserve the white space surrounding the "#".
+    print prefix "define", macro P[macro] D[macro]
+    next
+  } else {
+    # Replace #undef with comments.  This is necessary, for example,
+    # in the case of _POSIX_SOURCE, which is predefined and required
+    # on some systems where configure will not decide to define it.
+    if (defundef == "undef") {
+      print "/*", prefix defundef, macro, "*/"
+      next
+    }
+  }
+}
+{ print }
+_ACAWK
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+  as_fn_error $? "could not setup config headers machinery" "$LINENO" 5
+fi # test -n "$CONFIG_HEADERS"
+
+
+eval set X "  :F $CONFIG_FILES  :H $CONFIG_HEADERS    :C $CONFIG_COMMANDS"
+shift
+for ac_tag
+do
+  case $ac_tag in
+  :[FHLC]) ac_mode=$ac_tag; continue;;
+  esac
+  case $ac_mode$ac_tag in
+  :[FHL]*:*);;
+  :L* | :C*:*) as_fn_error $? "invalid tag \`$ac_tag'" "$LINENO" 5;;
+  :[FH]-) ac_tag=-:-;;
+  :[FH]*) ac_tag=$ac_tag:$ac_tag.in;;
+  esac
+  ac_save_IFS=$IFS
+  IFS=:
+  set x $ac_tag
+  IFS=$ac_save_IFS
+  shift
+  ac_file=$1
+  shift
+
+  case $ac_mode in
+  :L) ac_source=$1;;
+  :[FH])
+    ac_file_inputs=
+    for ac_f
+    do
+      case $ac_f in
+      -) ac_f="$ac_tmp/stdin";;
+      *) # Look for the file first in the build tree, then in the source tree
+	 # (if the path is not absolute).  The absolute path cannot be DOS-style,
+	 # because $ac_f cannot contain `:'.
+	 test -f "$ac_f" ||
+	   case $ac_f in
+	   [\\/$]*) false;;
+	   *) test -f "$srcdir/$ac_f" && ac_f="$srcdir/$ac_f";;
+	   esac ||
+	   as_fn_error 1 "cannot find input file: \`$ac_f'" "$LINENO" 5;;
+      esac
+      case $ac_f in *\'*) ac_f=`$as_echo "$ac_f" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; esac
+      as_fn_append ac_file_inputs " '$ac_f'"
+    done
+
+    # Let's still pretend it is `configure' which instantiates (i.e., don't
+    # use $as_me), people would be surprised to read:
+    #    /* config.h.  Generated by config.status.  */
+    configure_input='Generated from '`
+	  $as_echo "$*" | sed 's|^[^:]*/||;s|:[^:]*/|, |g'
+	`' by configure.'
+    if test x"$ac_file" != x-; then
+      configure_input="$ac_file.  $configure_input"
+      { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: creating $ac_file" >&5
+$as_echo "$as_me: creating $ac_file" >&6;}
+    fi
+    # Neutralize special characters interpreted by sed in replacement strings.
+    case $configure_input in #(
+    *\&* | *\|* | *\\* )
+       ac_sed_conf_input=`$as_echo "$configure_input" |
+       sed 's/[\\\\&|]/\\\\&/g'`;; #(
+    *) ac_sed_conf_input=$configure_input;;
+    esac
+
+    case $ac_tag in
+    *:-:* | *:-) cat >"$ac_tmp/stdin" \
+      || as_fn_error $? "could not create $ac_file" "$LINENO" 5 ;;
+    esac
+    ;;
+  esac
+
+  ac_dir=`$as_dirname -- "$ac_file" ||
+$as_expr X"$ac_file" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+	 X"$ac_file" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+	 X"$ac_file" : 'X\(//\)$' \| \
+	 X"$ac_file" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$ac_file" |
+    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\/\)$/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\).*/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  s/.*/./; q'`
+  as_dir="$ac_dir"; as_fn_mkdir_p
+  ac_builddir=.
+
+case "$ac_dir" in
+.) ac_dir_suffix= ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
+*)
+  ac_dir_suffix=/`$as_echo "$ac_dir" | sed 's|^\.[\\/]||'`
+  # A ".." for each directory in $ac_dir_suffix.
+  ac_top_builddir_sub=`$as_echo "$ac_dir_suffix" | sed 's|/[^\\/]*|/..|g;s|/||'`
+  case $ac_top_builddir_sub in
+  "") ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
+  *)  ac_top_build_prefix=$ac_top_builddir_sub/ ;;
+  esac ;;
+esac
+ac_abs_top_builddir=$ac_pwd
+ac_abs_builddir=$ac_pwd$ac_dir_suffix
+# for backward compatibility:
+ac_top_builddir=$ac_top_build_prefix
+
+case $srcdir in
+  .)  # We are building in place.
+    ac_srcdir=.
+    ac_top_srcdir=$ac_top_builddir_sub
+    ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd ;;
+  [\\/]* | ?:[\\/]* )  # Absolute name.
+    ac_srcdir=$srcdir$ac_dir_suffix;
+    ac_top_srcdir=$srcdir
+    ac_abs_top_srcdir=$srcdir ;;
+  *) # Relative name.
+    ac_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir$ac_dir_suffix
+    ac_top_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir
+    ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd/$srcdir ;;
+esac
+ac_abs_srcdir=$ac_abs_top_srcdir$ac_dir_suffix
+
+
+  case $ac_mode in
+  :F)
+  #
+  # CONFIG_FILE
+  #
+
+  case $INSTALL in
+  [\\/$]* | ?:[\\/]* ) ac_INSTALL=$INSTALL ;;
+  *) ac_INSTALL=$ac_top_build_prefix$INSTALL ;;
+  esac
+  ac_MKDIR_P=$MKDIR_P
+  case $MKDIR_P in
+  [\\/$]* | ?:[\\/]* ) ;;
+  */*) ac_MKDIR_P=$ac_top_build_prefix$MKDIR_P ;;
+  esac
+_ACEOF
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+# If the template does not know about datarootdir, expand it.
+# FIXME: This hack should be removed a few years after 2.60.
+ac_datarootdir_hack=; ac_datarootdir_seen=
+ac_sed_dataroot='
+/datarootdir/ {
+  p
+  q
+}
+/@datadir@/p
+/@docdir@/p
+/@infodir@/p
+/@localedir@/p
+/@mandir@/p'
+case `eval "sed -n \"\$ac_sed_dataroot\" $ac_file_inputs"` in
+*datarootdir*) ac_datarootdir_seen=yes;;
+*@datadir@*|*@docdir@*|*@infodir@*|*@localedir@*|*@mandir@*)
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $ac_file_inputs seems to ignore the --datarootdir setting" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_file_inputs seems to ignore the --datarootdir setting" >&2;}
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+  ac_datarootdir_hack='
+  s&@datadir@&$datadir&g
+  s&@docdir@&$docdir&g
+  s&@infodir@&$infodir&g
+  s&@localedir@&$localedir&g
+  s&@mandir@&$mandir&g
+  s&\\\${datarootdir}&$datarootdir&g' ;;
+esac
+_ACEOF
+
+# Neutralize VPATH when `$srcdir' = `.'.
+# Shell code in configure.ac might set extrasub.
+# FIXME: do we really want to maintain this feature?
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+ac_sed_extra="$ac_vpsub
+$extrasub
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+:t
+/@[a-zA-Z_][a-zA-Z_0-9]*@/!b
+s|@configure_input@|$ac_sed_conf_input|;t t
+s&@top_builddir@&$ac_top_builddir_sub&;t t
+s&@top_build_prefix@&$ac_top_build_prefix&;t t
+s&@srcdir@&$ac_srcdir&;t t
+s&@abs_srcdir@&$ac_abs_srcdir&;t t
+s&@top_srcdir@&$ac_top_srcdir&;t t
+s&@abs_top_srcdir@&$ac_abs_top_srcdir&;t t
+s&@builddir@&$ac_builddir&;t t
+s&@abs_builddir@&$ac_abs_builddir&;t t
+s&@abs_top_builddir@&$ac_abs_top_builddir&;t t
+s&@INSTALL@&$ac_INSTALL&;t t
+s&@MKDIR_P@&$ac_MKDIR_P&;t t
+$ac_datarootdir_hack
+"
+eval sed \"\$ac_sed_extra\" "$ac_file_inputs" | $AWK -f "$ac_tmp/subs.awk" \
+  >$ac_tmp/out || as_fn_error $? "could not create $ac_file" "$LINENO" 5
+
+test -z "$ac_datarootdir_hack$ac_datarootdir_seen" &&
+  { ac_out=`sed -n '/\${datarootdir}/p' "$ac_tmp/out"`; test -n "$ac_out"; } &&
+  { ac_out=`sed -n '/^[	 ]*datarootdir[	 ]*:*=/p' \
+      "$ac_tmp/out"`; test -z "$ac_out"; } &&
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $ac_file contains a reference to the variable \`datarootdir'
+which seems to be undefined.  Please make sure it is defined" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_file contains a reference to the variable \`datarootdir'
+which seems to be undefined.  Please make sure it is defined" >&2;}
+
+  rm -f "$ac_tmp/stdin"
+  case $ac_file in
+  -) cat "$ac_tmp/out" && rm -f "$ac_tmp/out";;
+  *) rm -f "$ac_file" && mv "$ac_tmp/out" "$ac_file";;
+  esac \
+  || as_fn_error $? "could not create $ac_file" "$LINENO" 5
+ ;;
+  :H)
+  #
+  # CONFIG_HEADER
+  #
+  if test x"$ac_file" != x-; then
+    {
+      $as_echo "/* $configure_input  */" \
+      && eval '$AWK -f "$ac_tmp/defines.awk"' "$ac_file_inputs"
+    } >"$ac_tmp/config.h" \
+      || as_fn_error $? "could not create $ac_file" "$LINENO" 5
+    if diff "$ac_file" "$ac_tmp/config.h" >/dev/null 2>&1; then
+      { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_file is unchanged" >&5
+$as_echo "$as_me: $ac_file is unchanged" >&6;}
+    else
+      rm -f "$ac_file"
+      mv "$ac_tmp/config.h" "$ac_file" \
+	|| as_fn_error $? "could not create $ac_file" "$LINENO" 5
+    fi
+  else
+    $as_echo "/* $configure_input  */" \
+      && eval '$AWK -f "$ac_tmp/defines.awk"' "$ac_file_inputs" \
+      || as_fn_error $? "could not create -" "$LINENO" 5
+  fi
+# Compute "$ac_file"'s index in $config_headers.
+_am_arg="$ac_file"
+_am_stamp_count=1
+for _am_header in $config_headers :; do
+  case $_am_header in
+    $_am_arg | $_am_arg:* )
+      break ;;
+    * )
+      _am_stamp_count=`expr $_am_stamp_count + 1` ;;
+  esac
+done
+echo "timestamp for $_am_arg" >`$as_dirname -- "$_am_arg" ||
+$as_expr X"$_am_arg" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+	 X"$_am_arg" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+	 X"$_am_arg" : 'X\(//\)$' \| \
+	 X"$_am_arg" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$_am_arg" |
+    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\/\)$/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\).*/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  s/.*/./; q'`/stamp-h$_am_stamp_count
+ ;;
+
+  :C)  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: executing $ac_file commands" >&5
+$as_echo "$as_me: executing $ac_file commands" >&6;}
+ ;;
+  esac
+
+
+  case $ac_file$ac_mode in
+    "depfiles":C) test x"$AMDEP_TRUE" != x"" || {
+  # Older Autoconf quotes --file arguments for eval, but not when files
+  # are listed without --file.  Let's play safe and only enable the eval
+  # if we detect the quoting.
+  case $CONFIG_FILES in
+  *\'*) eval set x "$CONFIG_FILES" ;;
+  *)   set x $CONFIG_FILES ;;
+  esac
+  shift
+  for mf
+  do
+    # Strip MF so we end up with the name of the file.
+    mf=`echo "$mf" | sed -e 's/:.*$//'`
+    # Check whether this is an Automake generated Makefile or not.
+    # We used to match only the files named 'Makefile.in', but
+    # some people rename them; so instead we look at the file content.
+    # Grep'ing the first line is not enough: some people post-process
+    # each Makefile.in and add a new line on top of each file to say so.
+    # Grep'ing the whole file is not good either: AIX grep has a line
+    # limit of 2048, but all sed's we know have understand at least 4000.
+    if sed -n 's,^#.*generated by automake.*,X,p' "$mf" | grep X >/dev/null 2>&1; then
+      dirpart=`$as_dirname -- "$mf" ||
+$as_expr X"$mf" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+	 X"$mf" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+	 X"$mf" : 'X\(//\)$' \| \
+	 X"$mf" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$mf" |
+    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\/\)$/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\).*/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  s/.*/./; q'`
+    else
+      continue
+    fi
+    # Extract the definition of DEPDIR, am__include, and am__quote
+    # from the Makefile without running 'make'.
+    DEPDIR=`sed -n 's/^DEPDIR = //p' < "$mf"`
+    test -z "$DEPDIR" && continue
+    am__include=`sed -n 's/^am__include = //p' < "$mf"`
+    test -z "$am__include" && continue
+    am__quote=`sed -n 's/^am__quote = //p' < "$mf"`
+    # Find all dependency output files, they are included files with
+    # $(DEPDIR) in their names.  We invoke sed twice because it is the
+    # simplest approach to changing $(DEPDIR) to its actual value in the
+    # expansion.
+    for file in `sed -n "
+      s/^$am__include $am__quote\(.*(DEPDIR).*\)$am__quote"'$/\1/p' <"$mf" | \
+	 sed -e 's/\$(DEPDIR)/'"$DEPDIR"'/g'`; do
+      # Make sure the directory exists.
+      test -f "$dirpart/$file" && continue
+      fdir=`$as_dirname -- "$file" ||
+$as_expr X"$file" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+	 X"$file" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+	 X"$file" : 'X\(//\)$' \| \
+	 X"$file" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$file" |
+    sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\/\)$/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  /^X\(\/\).*/{
+	    s//\1/
+	    q
+	  }
+	  s/.*/./; q'`
+      as_dir=$dirpart/$fdir; as_fn_mkdir_p
+      # echo "creating $dirpart/$file"
+      echo '# dummy' > "$dirpart/$file"
+    done
+  done
+}
+ ;;
+
+  esac
+done # for ac_tag
+
+
+as_fn_exit 0
+_ACEOF
+ac_clean_files=$ac_clean_files_save
+
+test $ac_write_fail = 0 ||
+  as_fn_error $? "write failure creating $CONFIG_STATUS" "$LINENO" 5
+
+
+# configure is writing to config.log, and then calls config.status.
+# config.status does its own redirection, appending to config.log.
+# Unfortunately, on DOS this fails, as config.log is still kept open
+# by configure, so config.status won't be able to write to it; its
+# output is simply discarded.  So we exec the FD to /dev/null,
+# effectively closing config.log, so it can be properly (re)opened and
+# appended to by config.status.  When coming back to configure, we
+# need to make the FD available again.
+if test "$no_create" != yes; then
+  ac_cs_success=:
+  ac_config_status_args=
+  test "$silent" = yes &&
+    ac_config_status_args="$ac_config_status_args --quiet"
+  exec 5>/dev/null
+  $SHELL $CONFIG_STATUS $ac_config_status_args || ac_cs_success=false
+  exec 5>>config.log
+  # Use ||, not &&, to avoid exiting from the if with $? = 1, which
+  # would make configure fail if this is the last instruction.
+  $ac_cs_success || as_fn_exit 1
+fi
+if test -n "$ac_unrecognized_opts" && test "$enable_option_checking" != no; then
+  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" >&2;}
+fi
+
+
diff --git a/configure.ac b/configure.ac
new file mode 100644
index 0000000..ffb554a
--- /dev/null
+++ b/configure.ac
@@ -0,0 +1,25 @@
+AC_INIT([art C++], [VIC.03.09.2015], [whduke at gmail.com], [art], [http://http://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art])
+AC_PREREQ([2.69])
+AC_CONFIG_SRCDIR([config.h.in])
+AC_CONFIG_HEADERS([config.h])
+AM_INIT_AUTOMAKE([subdir-objects])
+AC_PROG_CXX
+AC_PROG_CC
+# Checks for libraries.
+# Checks for header files.
+AC_CHECK_HEADERS([stdlib.h])
+AC_CHECK_LIB(m,main)
+AC_CHECK_LIB(gslcblas,main,,AC_MSG_ERROR([gslcblas not found]))
+AC_CHECK_LIB(gsl,main,,AC_MSG_ERROR([gsl library not found]))
+AC_PROG_MAKE_SET
+
+# Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
+AC_CHECK_HEADER_STDBOOL
+AC_C_INLINE
+AC_TYPE_SIZE_T
+
+# Checks for library functions.
+AC_CHECK_FUNCS([floor pow])
+AC_CONFIG_FILES([Makefile])
+AC_OUTPUT
+
diff --git a/examples/amplicon_reference.fa b/examples/amplicon_reference.fa
new file mode 100644
index 0000000..cd94175
--- /dev/null
+++ b/examples/amplicon_reference.fa
@@ -0,0 +1,50997 @@
+>1 reference=EF679180.1.1505 amplicon=1..529 position=1..529 description="Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Aeromonadales;Aeromonadaceae;Aeromonas;uncultured Aeromonas sp."
+AGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAGC
+GGCAGCGGGAAGUAGUUUACUACUUUGCCGGCGAGCGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGG
+GAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUGACCUCG
+CAAGAGCAAAGUGGGGGACCUUCGGGCCUCACGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAG
+CUAGUAGGUGGGGUAAUGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAC
+CAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAU
+UGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUGUGAAGAAGGCCUUCGGGUU
+GUAAAGCACUUUCAGCGAGGAGGAAGGCAGUCGUGUUAAUAGCACGAUUGAUUGACGUUA
+CUCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>2 reference=GQ903479.1.1528 amplicon=1..551 position=1..551 description="Bacteria;Firmicutes;Bacilli;Bacillales;Bacillaceae;Oceanobacillus;Oceanobacillus sp. XJSL10-10"
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAGC
+GCAGGAAGCAAGCAGAUCCCCUUCGGGGGUGACGCUUGUGGAAUGAGCGGCGGACGGGUG
+AGUAACACGUGGGCAACCUGCCUGUAAGACUGGGAUAACCCCGGGAAACCGGGGCUAAUA
+CCGGAUAAUACUUUUCUUUGCAUAAAGGAAAGUUGAAAGGCGGUUUCGGCUGCCACUUAC
+AGAUGGGCCCGCGGCGCAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAUAGCUCACCAAGGCGACGAUGC
+GUAGCCGACCUGAGAGGGUGAUCGGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCCAC
+GGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCCGCAAUGGACGAAAGUCUGACGGAGCAACGCCGCGU
+GAGUGAUGAAGGUUUUCGGAUCGUAAAACUCUGUUGUCAGGGAAGAACAAGUACGAUAGU
+AACUGAUCGUACCUUGACGGUACCUGACCAGAAAGCCACGGCUAACUACGUGCCAGCAGC
+CGCGGUAAUAC
+>3 reference=AB675718.1.1400 amplicon=1..529 position=1..529 description="Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Enterobacteriales;Enterobacteriaceae;Enterobacter asburiae"
+AGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAAC
+GGUAACAGGAAGCAGCUUGCUGCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGG
+GAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCG
+CAAGACCAAAGAGGGGGACCUUAGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAG
+CUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAC
+CAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAU
+UGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUU
+GUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGCGAUAAGGUUAAUAACCUUGUCGAUUGACGUUA
+CCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>4 reference=AB675718.1.1400 amplicon=1..529 position=1..529 description="Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Enterobacteriales;Enterobacteriaceae;Enterobacter asburiae"
+AGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAAC
+GGUAACAGGAAGCAGCUUGCUGCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGG
+GAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCG
+CAAGACCAAAGAGGGGGACCUUAGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAG
+CUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAC
+CAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAU
+UGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUU
+GUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGCGAUAAGGUUAAUAACCUUGUCGAUUGACGUUA
+CCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>5 reference=EU463666.1.1413 amplicon=1..539 position=1..539 description="Bacteria;Lentisphaerae;Lentisphaeria;RFP12 gut group;uncultured bacterium"
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUGGUAGCGUGGAUUAGGCAUGCAAGUCGAAC
+GGGAUCAACCGGUUAGCAAUAAUUGGUUGUGAGAGUGGCGGAUUGGGGAGGAACACGUGA
+ACAACCUGCCCUUGAGUUCGGGAAAACCAUUGGAAACGAUGGCUAAUACCGGAUGUGGCG
+UCUGAGGACAUCCUCGGAACGCUAAAGGGGGCCGCAAGGCUCCCGCUCAUCGAGGGGUUC
+GCGCACCAUCAGCUUGUUGGCGGGGUAACGGCCCACCAAGGCCUACGGUUAGCUGGUCUG
+AGAGGAUGACCAGCCCCACUGGGACUGAGAUACUGCCCAGACUCCUACGGGAGGCUGCAG
+UCGAGGAUCAUUUGCAAUGGGCGAAAGCCUGACAAUGCGACGCUGCGUGGAGGAUGAAGG
+CCUUCGGGUUGUAAACUCCUGUCAUAAGGGAACAGGCGAGGGUGCCCAACACGUACCCGA
+GUUGAGUGUACUUUAAGAGGAAGCGACGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
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+GUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGGAGUAAAGUUAAUACCUUUGCUCAUUGACGUUA
+CCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>310 reference=EU463666.1.1413 amplicon=1..539 position=1..539 description="Bacteria;Lentisphaerae;Lentisphaeria;RFP12 gut group;uncultured bacterium"
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+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAGC
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+>4094 reference=HQ327166.1.1483 amplicon=1..521 position=1..521 description="Bacteria;Bacteroidetes;Sphingobacteriia;Sphingobacteriales;Sphingobacteriaceae;Pedobacter;uncultured bacterium"
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+AGAUGGGCCCGCGGCGCAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAUAGCUCACCAAGGCGACGAUGC
+GUAGCCGACCUGAGAGGGUGAUCGGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCCAC
+GGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCCGCAAUGGACGAAAGUCUGACGGAGCAACGCCGCGU
+GAGUGAUGAAGGUUUUCGGAUCGUAAAACUCUGUUGUCAGGGAAGAACAAGUACGAUAGU
+AACUGAUCGUACCUUGACGGUACCUGACCAGAAAGCCACGGCUAACUACGUGCCAGCAGC
+CGCGGUAAUAC
+>4987 reference=GQ903479.1.1528 amplicon=1..551 position=1..551 description="Bacteria;Firmicutes;Bacilli;Bacillales;Bacillaceae;Oceanobacillus;Oceanobacillus sp. XJSL10-10"
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAGC
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+AGAUGGGCCCGCGGCGCAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAUAGCUCACCAAGGCGACGAUGC
+GUAGCCGACCUGAGAGGGUGAUCGGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCCAC
+GGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCCGCAAUGGACGAAAGUCUGACGGAGCAACGCCGCGU
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+>4988 reference=AB675718.1.1400 amplicon=1..529 position=1..529 description="Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Enterobacteriales;Enterobacteriaceae;Enterobacter asburiae"
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+CUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAC
+CAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAU
+UGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUU
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+>4989 reference=GQ903479.1.1528 amplicon=1..551 position=1..551 description="Bacteria;Firmicutes;Bacilli;Bacillales;Bacillaceae;Oceanobacillus;Oceanobacillus sp. XJSL10-10"
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAGC
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+AGAUGGGCCCGCGGCGCAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAUAGCUCACCAAGGCGACGAUGC
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+>4990 reference=AB675718.1.1400 amplicon=1..529 position=1..529 description="Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Enterobacteriales;Enterobacteriaceae;Enterobacter asburiae"
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+CUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAC
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+UGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUU
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+>4991 reference=GQ903479.1.1528 amplicon=1..551 position=1..551 description="Bacteria;Firmicutes;Bacilli;Bacillales;Bacillaceae;Oceanobacillus;Oceanobacillus sp. XJSL10-10"
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+GGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCCGCAAUGGACGAAAGUCUGACGGAGCAACGCCGCGU
+GAGUGAUGAAGGUUUUCGGAUCGUAAAACUCUGUUGUCAGGGAAGAACAAGUACGAUAGU
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+CGCGGUAAUAC
+>4992 reference=GQ903479.1.1528 amplicon=1..551 position=1..551 description="Bacteria;Firmicutes;Bacilli;Bacillales;Bacillaceae;Oceanobacillus;Oceanobacillus sp. XJSL10-10"
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAGC
+GCAGGAAGCAAGCAGAUCCCCUUCGGGGGUGACGCUUGUGGAAUGAGCGGCGGACGGGUG
+AGUAACACGUGGGCAACCUGCCUGUAAGACUGGGAUAACCCCGGGAAACCGGGGCUAAUA
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+AGAUGGGCCCGCGGCGCAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAUAGCUCACCAAGGCGACGAUGC
+GUAGCCGACCUGAGAGGGUGAUCGGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCCAC
+GGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCCGCAAUGGACGAAAGUCUGACGGAGCAACGCCGCGU
+GAGUGAUGAAGGUUUUCGGAUCGUAAAACUCUGUUGUCAGGGAAGAACAAGUACGAUAGU
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+CGCGGUAAUAC
+>4993 reference=EU463666.1.1413 amplicon=1..539 position=1..539 description="Bacteria;Lentisphaerae;Lentisphaeria;RFP12 gut group;uncultured bacterium"
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUGGUAGCGUGGAUUAGGCAUGCAAGUCGAAC
+GGGAUCAACCGGUUAGCAAUAAUUGGUUGUGAGAGUGGCGGAUUGGGGAGGAACACGUGA
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+UCUGAGGACAUCCUCGGAACGCUAAAGGGGGCCGCAAGGCUCCCGCUCAUCGAGGGGUUC
+GCGCACCAUCAGCUUGUUGGCGGGGUAACGGCCCACCAAGGCCUACGGUUAGCUGGUCUG
+AGAGGAUGACCAGCCCCACUGGGACUGAGAUACUGCCCAGACUCCUACGGGAGGCUGCAG
+UCGAGGAUCAUUUGCAAUGGGCGAAAGCCUGACAAUGCGACGCUGCGUGGAGGAUGAAGG
+CCUUCGGGUUGUAAACUCCUGUCAUAAGGGAACAGGCGAGGGUGCCCAACACGUACCCGA
+GUUGAGUGUACUUUAAGAGGAAGCGACGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>4994 reference=EF679180.1.1505,AB675718.1.1400 amplicon=1..529,1..529 position=1..529
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+GGCAGCGGGAAGUAGUUUACUACUUUGCCGGCGAGCGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGG
+GAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCG
+CAAGACCAAAGAGGGGGACCUUAGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAG
+CUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAC
+CAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAU
+UGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUU
+GUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGCGAUAAGGUUAAUAACCUUGUCGAUUGACGUUA
+CCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>4995 reference=CP002336.1144216.1145722 amplicon=9..497 position=1..489 description="Bacteria;Proteobacteria;Epsilonproteobacteria;Campylobacterales;Helicobacteraceae;Helicobacter;Helicobacter pylori SouthAfrica7"
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAAC
+GAUGAAAUUUCUAGCUUGCUAGAAGUGGAUUAGUGGCGCACGGGUGAGUAACGCAUAGGU
+UAUGUGCCUCUUAGUUUGGGAUAGCCAUUGGAAACGAUGAUUAAUACCAGAUACUCCCUA
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+ACCCUGAAGCAGCAACGCCGCGUGGAGGAUGAAGGUUUUAGGAUUGUAAACUCCUUUUGU
+UAGAGAAGAUAAUGACGGUAUCUAACGAAUAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCG
+CGGUAAUAC
+>4996 reference=CP002336.1144216.1145722 amplicon=9..497 position=1..489 description="Bacteria;Proteobacteria;Epsilonproteobacteria;Campylobacterales;Helicobacteraceae;Helicobacter;Helicobacter pylori SouthAfrica7"
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAAC
+GAUGAAAUUUCUAGCUUGCUAGAAGUGGAUUAGUGGCGCACGGGUGAGUAACGCAUAGGU
+UAUGUGCCUCUUAGUUUGGGAUAGCCAUUGGAAACGAUGAUUAAUACCAGAUACUCCCUA
+CGGGGGAAAGAUUUAUCGCUAAGAGAUCAGCCUAUGUCCUAUCAGCUUGUUGGUAAGGUA
+AUGGCUUACCAAGGCUAUGACGGGUAUCCGGCCUGAGAGGGUGAACGGACACACUGGAAC
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+ACCCUGAAGCAGCAACGCCGCGUGGAGGAUGAAGGUUUUAGGAUUGUAAACUCCUUUUGU
+UAGAGAAGAUAAUGACGGUAUCUAACGAAUAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCG
+CGGUAAUAC
+>4997 reference=EF679180.1.1505,CP001252.489659.491195 amplicon=1..529,1..531 position=1..529
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+AAGGGGGAAAGGAGGGGACCUUCGGGCCUUCCGCGAUUGGAUGAACCUAGGUGGGAUUAG
+CUAGUUGGUGAGGUAAUGGCUCACCAAGGCGACGAUCCCUAGCUGUUCUGAGAGGAUGAU
+CAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAU
+UGCACAAUGGGGGAAACCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUGUGAAGAAGGCCUUCGGGUU
+GUAAAGCACUUUCAGUAGGGAGGAAAGGUAGCAGCUUAAUACGCUGUUGCUGUGACGUUA
+CCUACAGAAGAAGGACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>4998 reference=AB675718.1.1400 amplicon=1..529 position=1..529 description="Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Enterobacteriales;Enterobacteriaceae;Enterobacter asburiae"
+AGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAAC
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+GAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCG
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+>4999 reference=CP002336.1144216.1145722 amplicon=9..497 position=1..489 description="Bacteria;Proteobacteria;Epsilonproteobacteria;Campylobacterales;Helicobacteraceae;Helicobacter;Helicobacter pylori SouthAfrica7"
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAAC
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+AUGGCUUACCAAGGCUAUGACGGGUAUCCGGCCUGAGAGGGUGAACGGACACACUGGAAC
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+CGGUAAUAC
+>5000 reference=GQ903479.1.1528 amplicon=1..551 position=1..551 description="Bacteria;Firmicutes;Bacilli;Bacillales;Bacillaceae;Oceanobacillus;Oceanobacillus sp. XJSL10-10"
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAGC
+GCAGGAAGCAAGCAGAUCCCCUUCGGGGGUGACGCUUGUGGAAUGAGCGGCGGACGGGUG
+AGUAACACGUGGGCAACCUGCCUGUAAGACUGGGAUAACCCCGGGAAACCGGGGCUAAUA
+CCGGAUAAUACUUUUCUUUGCAUAAAGGAAAGUUGAAAGGCGGUUUCGGCUGCCACUUAC
+AGAUGGGCCCGCGGCGCAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAUAGCUCACCAAGGCGACGAUGC
+GUAGCCGACCUGAGAGGGUGAUCGGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCCAC
+GGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCCGCAAUGGACGAAAGUCUGACGGAGCAACGCCGCGU
+GAGUGAUGAAGGUUUUCGGAUCGUAAAACUCUGUUGUCAGGGAAGAACAAGUACGAUAGU
+AACUGAUCGUACCUUGACGGUACCUGACCAGAAAGCCACGGCUAACUACGUGCCAGCAGC
+CGCGGUAAUAC
diff --git a/examples/run_test_examples_454.sh b/examples/run_test_examples_454.sh
new file mode 100755
index 0000000..6a4d8bc
--- /dev/null
+++ b/examples/run_test_examples_454.sh
@@ -0,0 +1,36 @@
+#!/bin/bash
+#454 test examples
+art_454=../art_454
+#art_454=../../bin/MacOS64/art_454
+#art_454=../../bin/Linux64/art_454
+
+# 1) simulation of 454 single-end reads at 10X coverage using the built-in 454 FLX read  profile
+$art_454 -a -s ./testSeq.fa ./single_454_flx 10
+#   convert an aln file to a bed file
+../aln2bed.pl single_454_flx.bed single_454_flx.aln
+
+# 2) simulation of 454 paried-end reads at 5X coverage with the mean fragment size 500 
+#    and standard deviation 20 using the built-in 454 FLX read  profile
+$art_454 -a -s ./testSeq.fa ./paired_454_flx 5 500 20
+#    convert both aln files to a bed file
+../aln2bed.pl paired_454_flx.bed paired_454_flx1.aln paired_454_flx2.aln
+
+# 3) simulation of 454 paried-end reads at 6X coverage with the mean fragment size 500 
+#    and standard deviation 20 using the built-in 454 FLX Titanium read  profile
+$art_454 -a -s -t ./testSeq.fa ./paired_454_flxTitan 6 500 20
+#   convert both aln files to a bed file
+../aln2bed.pl paired_454_flxTitan.bed paired_454_flxTitan1.aln paired_454_flxTitan2.aln 
+
+# 4) 5' end amplicon sequencing with 10 single-end reads per amplicon   
+$art_454 -a -s -A ./amplicon_reference.fa ./amp_single_454 10
+
+# 5) both 5' and 3' ends amplicon sequencing with 5 read pairs per amplicon  
+$art_454 -a -s -B ./amplicon_reference.fa ./amp_paired_454 5 
+
+# 6) used a fixed random seed to generate identical datasets   
+$art_454 -a -s -r 777 ./testSeq.fa ./single_454_t1 10
+$art_454 -a -s -r 777 ./testSeq.fa ./single_454_t2 10
+# compare difference
+echo "compare difference of two simulation datasets"
+diff  single_454_t1.sam  single_454_t2.sam
+
diff --git a/examples/run_test_examples_SOLiD.sh b/examples/run_test_examples_SOLiD.sh
new file mode 100755
index 0000000..8a188ec
--- /dev/null
+++ b/examples/run_test_examples_SOLiD.sh
@@ -0,0 +1,40 @@
+#!/bin/bash
+#SOLiD test examples
+
+art_SOLiD=../art_SOLiD
+map2bed=../map2bed.pl
+#art_SOLiD=../../bin/MacOS64/art_SOLiD 
+
+# 1) singl-end 25bp reads simulation at 10X coverage 
+$art_SOLiD -s testSeq.fa ./single_dat 25 10
+echo "convert a map file to a UCSC BED file"
+echo "$map2bed single_dat.bed single_dat.map"
+$map2bed single_dat.bed single_dat.map
+
+# 2) using user's read error profile for singl-end 75bp reads simulation at 20X coverage 
+$art_SOLiD -s -p ../SOLiD_profiles/profile_pseudo ./testSeq.fa ./dat_userProfile 75 20
+# 3) matepair 35bp (F3-R3) reads simulation at 20X coverage with DNA MEAN fragment size 2000bp and STD 50
+$art_SOLiD -s testSeq.fa ./matepair_dat 35 20 2000 50
+echo "convert two map files to a UCSC BED file"
+echo "$map2bed maptepair.bed matepair_dat1.map matepair_dat2.map"
+$map2bed matepair.bed matepair_dat_R3.map matepair_dat_F3.map
+
+# 4) matepair reads simulation with a fixed random seed
+$art_SOLiD -r 777 -s testSeq.fa ./matepair_fs1 50 10 1500 50
+$art_SOLiD -r 777 -s testSeq.fa ./matepair_fs2 50 10 1500 50
+echo "compare two simulation datasets"
+diff matepair_fs1.sam matepair_fs2.sam
+
+# 5) paired-end reads (75bp F3, 35bp F5) simulation with the MEAN fragment size 250 and STD 10 at 20X coverage
+$art_SOLiD -s testSeq.fa ./paired_dat 75 35 50 250 10
+
+# 6) amplicon sequencing with 25bp single-end reads at 100 reads per amplicon
+$art_SOLiD -A s -s amplicon_reference.fa ./amp_single 25 100
+
+# 7) amplicon sequencing with 50bp matepair reads at 80 read pairs per amplicon
+$art_SOLiD -A m -s amplicon_reference.fa ./amp_matepair 50 80
+
+# 8) amplicon sequencing with paired-end reads (35bp F3, 25bp F5 reads) at 50 pairs per amplicon
+$art_SOLiD -A p -s amplicon_reference.fa ./amp_paired 35 25 50
+
+
diff --git a/examples/run_test_examples_illumina.sh b/examples/run_test_examples_illumina.sh
new file mode 100755
index 0000000..3a86f20
--- /dev/null
+++ b/examples/run_test_examples_illumina.sh
@@ -0,0 +1,57 @@
+#!/bin/bash
+#illumina test examples
+art=../art_illumina
+#art=../../bin/MacOS64/art_illumina
+
+# 1) simulation of single-end reads of 35bp with 10X using the built-in combined quality profile
+$art -i ./testSeq.fa -o ./single_end_com -l 35 -f 10 -sam
+#convert an aln file to a bed file
+../aln2bed.pl single_end_com.bed single_end_com.aln
+
+# 2) simulation of single-end reads of 35bp with 10X using the built-in seperated quality profiles for A, C, G, and T 
+$art -i ./testSeq.fa -o ./single_end_sep -l 35 -f 10 -sp -sam
+#convert an aln file to a bed file
+../aln2bed.pl single_end_sep.bed single_end_sep.aln
+
+# 3) simulation of paired-end reads of 150bp with the mean fragment size 500 and standard deviation 10
+#    using the built-in combined read quality profiles
+$art -i ./testSeq.fa -o ./paired_end_com -ss HS25 -l 150 -f 10 -p -m 500 -s 10 -sam
+#convert both aln files to a bed file
+../aln2bed.pl paired_end_com.bed paired_end_com1.aln paired_end_com2.aln
+
+# 4) simulation of paired-end reads of 100bp with the mean fragment size 500 and standard deviation 10
+#   using the built-in seperated quality profiles for A, C, G, and T 
+$art -i ./testSeq.fa -o ./paired_end_sep -ss HS20 -l 100 -f 10 -p -m 500 -s 10 -sp -sam
+#convert both aln files to a bed file
+../aln2bed.pl paired_end_sep.bed paired_end_sep1.aln paired_end_sep2.aln
+
+# 5) simulation of mate-pair reads of 100bp with the mean fragment size 2500 and standard deviation 50
+#    using the built-in combined read quality profiles
+$art -i ./testSeq.fa -o ./matepair_com -ss HS20 -l 100 -f 10 -p -m 2500 -s 50 -sam
+#convert both aln files to a bed file
+../aln2bed.pl matepair_com.bed matepair_com1.aln matepair_com2.aln
+
+# 6) amplicaton read simulation: generate two 100bp single-end reads from 5' end for each amplicon reference
+$art -i ./amplicon_reference.fa  -amp  -o ./amp_5_end_com -l 100 -f 2 -sam
+#convert both aln files to a bed file
+../aln2bed.pl amp_5_end_com.bed  amp_5_end_com.aln
+
+# 7) amplicaton read simulation: generate one 100bp paired-end reads from both ends for each amplicon reference
+$art -i ./amplicon_reference.fa  -amp  -o ./amp_pair -p -l 100 -f 1 -sam
+#convert both aln files to a bed file
+../aln2bed.pl amp_pair.bed amp_pair1.aln amp_pair2.aln
+
+# 8) amplicaton read simulation: generate one 100bp matepair reads from both ends for each amplicon reference
+$art -i ./amplicon_reference.fa  -amp  -o ./amp_matepair -mp -l 100 -f 1 -sam
+#convert both aln files to a bed file
+../aln2bed.pl amp_matepair.bed amp_matepair1.aln amp_matepair2.aln
+
+# 9) generate two identical simulation datasets with a fixed random seed
+$art -i ./testSeq.fa -rs 777 -o ./paired_end_com_f1 -l 100 -f 10 -p -m 500 -s 10 -sam
+$art -i ./testSeq.fa -rs 777 -o ./paired_end_com_f2 -l 100 -f 10 -p -m 500 -s 10 -sam
+
+# 10) reduce the sequencing error rate to one 10th of the default profile for a paired-end read simulation  
+$art -i ./testSeq.fa -qs 10 -qs2 10 -o ./paired_end_com_f1 -l 100 -f 10 -p -m 500 -s 10 -sam
+
+# 11) turn off the masking of 'N' genomic regions  
+$art -nf 0 -i ./testSeq.fa -o ./paired_nomask -l 100 -f 10 -p -m 500 -s 10 -sam
diff --git a/examples/testSeq.fa b/examples/testSeq.fa
new file mode 100644
index 0000000..da31b93
--- /dev/null
+++ b/examples/testSeq.fa
@@ -0,0 +1,209 @@
+>seq1
+gcaggcggatcacgaggttgggagatcgagaccatcctggctaacggtga
+aaccccgtctctactgaaaaatacaaaaaaaaattagccgggcgtggtgc
+tgggcacctgtagtcccagctactcgggaggctgaggaaggagaatggcg
+tgaacctgggcggtggagcttgcagtgagctgagatcacgccactgcact
+ccagcctgggcgacagagcgagattccatctcaaaaaaaaaaaaaaaagg
+cctcccctgcttgccacaggtctccccaaggcgcactggcctcatcttgg
+gcctgtgttatctcctaggttggctctgactgtaccaccatccactacaa
+ctacatgtgtaacagttcctgcatgggcggcatgaaccggaggcccatcc
+tcaccatcatcacactggaagactccaggtcaggagccacttgccaccct
+gcacactggcctgctgtgccccagcctctgcttgcctctgacccctgggc
+ccacctcttaccgatttcttccatactactacccatccacctctcatcac
+atccccggcggggaatctccttactgctcccactcagttttcttttctct
+ggctttgggacctcttaacctgtggcttctcctccacctacctggagctg
+gagcttaggctccagaaaggacaagggtggttgggagtagatggagcctg
+gttttttaaatgggacaggtaggacctgatttccttactgcctcttgctt
+ctcttttcctatcctgagtagtggtaatctactgggacggaacagctttg
+aggtgcgtgtttgtgcctgtcctgggagagaccggcgcacagaggaagag
+aatctccgcaagaaaggggagcctcaccacgagctgcccccagggagcac
+taagcgaggtaagcaagcaggacaagaagcggtggaggagaccaagggtg
+cagttatgcctcagattcacttttatcacctttccttgcctctttcctag
+cactgcccaacaacaccagctcctctccccagccaaagaagaaaccactg
+gatggagaatatttcacccttcaggtactaagtcttgggacctcttatca
+agtggaaagtttccagtctaacactcaaaatgccgttttcttcttgactg
+ttttacctgcaattggggcatttgccatcagggggcagtgatgcctcaaa
+gacaatggctcctggttgtagctaactaacttcagaacaccaacttatac
+cataatatatattttaaaggaccagaccagctttcaaaaagaaaattgtt
+aaagagagcatgaaaatggttctatgactttgcctgatacagatgctact
+tgacttacgatggtgttacttcctgataaactcgtcgtaagttgaaaata
+ttgtaagttgaaaatggatttaatacacctaatctaaggaacatcatagc
+ttagcctagcctgctttttttttttttttttttggagacagagtctcact
+ctgtcacccaggctggagtgcagtggcgggatctcggctcactgcaacct
+ccgccttctgggttcaagcgattctcctgcctcagcccactgagtagctg
+ggattacaggcacctgccccgacgcccagctaattttttgttatttattt
+atttttttttttagtagagatgaggtttcaccatgttggccaggctagtc
+tcgaactcctgaccttgtgatctgcctgccttggcctcccaaagtgctgg
+gattacaggcgtgagccaccgcacccggcctgcctagcctacttttattt
+tatttttaatggagacagcatcttgctctgttgcccaggctggattacag
+tgatgtgatcatagctcattataccctcctgggctcaagcaatcccccta
+actctgcctccccagtagctaggaccacaggcatacaccaccatacccag
+ctaatttttaaaattttttgtagatagatagagtctcactatgttgccca
+ggctggtctctagcctacttttttgagacaaggtcttgctctgtcaccca
+ggctggatagagtgcagtagtgcagtcacagctcactgcagcctccacct
+cccaggctccatccatcctcccagctcagcctcccaagttgcttcaacta
+caggcctgcaccaccatgcctggctaatttttatttatttatttttattt
+tattttattttatttttttgagactcagtctcactctgtcgcccaggctg
+gagtgcagtggcatgatctcggctcactgcaacctctgcctcctgggttc
+aagtgattctcctgcctcagcctcccgaatagctaggactacaagcgcct
+gctaccacgcccagctaatttttgtatttttagtagagacagggtttcac
+catgttggccaggctggtctcgaacttctgaccatgtgatccgcccgcct
+cggcctcccaaagtgctgggattacaggtgtgagccaccacgcccggcta
+atttttatttatttatttaaagacagagtctcactctgtcactcaggcta
+gagtgcagtggcaccatctcagctcactgcagccttgacctccctgggct
+ccggtgatttcaccctcccaagtagctaggactacaggcacatgccacga
+cacccagctaattttttattttctgtgaagtcaaggtcttgctacgttgc
+ccatgctggtatcaaacccctgggctcaatcaatccttccacctcagcct
+ccccaagtattggggttacaggcatgagctaccacactcagccctagcct
+acttgaaacgtgttcagagcatttaagttaccctacagttgggcaaagtc
+atctaacacaaagccctttttatagtaataaaatgttgtatatctcatgt
+gatttattgaatattgttactgaaagtgagaaacagcatggttgcatgaa
+aggaggcacagtcgagccaggcacagcctgggcgcagagcgagactcaaa
+aaaagaaaaggccaggcgcactggctcacgcctgtaatcccagcatttcg
+ggaggctgaggcgggtggatcacctgaggtcaggagttcaagaccagcct
+agccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaatacaaaaattaaccggg
+cgtgatggcaggtgcctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcagga
+gaatcgcttgaaccaggaggcggaggttgcagggagccaagatggcgcca
+ctgcactccagcctgggcgatagagtgagactccgtctcagaaaaaaaag
+aaaagaaacgaggcacagtcgcatgcacatgtagtcccagttacttgaga
+ggctaaggcaggaggatctcttgagcccaagagtttgagtccagcctgaa
+caacatagcaagacatcatctctaaaatttaaaaaagggccgggcacagt
+ggctcacacctgtaatcccagcactttgggaggtggaggtgggtagatca
+cctgacgtcaggagttggaaaccagcctggctaacatggtgaagccccat
+ctctactaaaaacacaaaaattagccaggtgtggtagcacacgcctgtag
+tcccagctactcgggaggctgaggcacaagaatcacttgaaccccagagg
+cggagattgcaatcagccaagattgcaccattgcactcccgcctgggcaa
+cagagtgagaccccatctcaaaataaataaataaatatttttaaaagtca
+gctgtataggtacttgaagtgcagtttctactaaatgcatgttgcttttg
+taccgtcataaagtcaaacaattgtaacttgaaccatcttttaactcagg
+tactgtgtatatacttacttctccccctcctctgttgctgcagatccgtg
+ggcgtgagcgcttcgagatgttccgagagctgaatgaggccttggaactc
+aaggatgcccaggctgggaaggagccaggggggagcagggctcactccag
+gtgagtgacctcagccccttcctggccctactcccctgccttcctaggtt
+ggaaagccataggattccattctcatcctgccttcatggtcaaaggcagc
+tgaccccatctcattgggtcccagccctgcacagacatttttttagtctt
+cctccggttgaatcctataaccacattcttgcctcagtgtatccacagaa
+catccaaacccagggacgagtgtggatacttctttgccattctccgcaac
+tcccagcccagagctggagggtctcaaggaggggcctaataattgtgtaa
+tactgaatacagccagagtttcaggtcatatactcagccctgccatgcac
+cggcaggtcctaggtgacccccgtcaaactcagtttccttatatataaaa
+tggggtaagggggccgggcgcagtggctcacgaatcccacactctgggag
+gccaaggcgagtggatcacctgaggtcgggagtttgagcccagcctgacc
+aacatggagaaaccccatctctactaaaaatacaaaagtagccgggcgtg
+gtgatgcatgcctgtaatcccagctacctactcgggaggctgaggcagga
+gaatcgcttgaacccgggaggcagaggttgcggtgagctgagatctcacc
+attacactccagcctgggcaacaagagtgaaactccgtctcaaaaaagat
+aaataaagtaaaatggggtaagggaagattacgagactaatacacactaa
+tactctgaggtgctcagtaaacatatttgcatggggtgtggccaccatct
+tgatttgaattcccgttgtcccagccttaggcccttcaaagcattggtca
+gggaaaaggggcacagaccctctcactcatgtgatgtcatctctcctccc
+tgcttctgtctcctacagccacctgaagtccaaaaagggtcagtctacct
+cccgccataaaaaactcatgttcaagacagaagggcctgactcagactga
+cattctccacttcttgttccccactgacagcctcccacccccatctctcc
+ctcccctgccattttgggttttgggtctttgaacccttgcttgcaatagg
+tgtgcgtcagaagcacccaggacttccatttgctttgtcccggggctcca
+ctgaacaagttggcctgcactggtgttttgttgtggggaggaggatgggg
+agtaggacataccagcttagattttaaggtttttactgtgagggatgttt
+gggagatgtaagaaatgttcttgcagttaagggttagtttacaatcagcc
+acattctaggtaggggcccacttcaccgtactaaccagggaagctgtccc
+tcactgttgaattttctctaacttcaaggcccatatctgtgaaatgctgg
+catttgcacctacctcacagagtgcattgtgagggttaatgaaataatgt
+acatctggccttgaaaccaccttttattacatggggtctagaacttgacc
+cccttgagggtgcttgttccctctccctgttggtcggtgggttggtagtt
+tctacagttgggcagctggttaggtagagggagttgtcaagtctctgctg
+gcccagccaaaccctgtctgacaacctcttggtgaaccttagtacctaaa
+aggaaatctcaccccatcccacaccctggaggatttcatctcttgtatat
+gatgatctggatccaccaagacttgttttatgctcagggtcaatttcttt
+tttcttttttttttttttttttctttttctttgagactgggtctcgcttt
+gttgcccaggctggagtggagtggcgtgatcttggcttactgcagccttt
+gcctccccggctcgagcagtcctgcctcagcctccggagtagctgggacc
+acaggttcatgccaccatggccagccaacttttgcatgttttgtagagat
+ggggtctcacagtgttgcccaggctggtctcaaactcctgggctcaggcg
+atccacctgtctcagcctcccagagtgctgggattacaattgtgagccac
+cacgtccagctggaagggtcaacatcttttacattctgcaagcacatctg
+cattttcaccccacccttcccctccttctccctttttatatcccattttt
+atatcgatctcttattttacaataaaactttgctgccacctgtgtgtctg
+aggggtgaacgccagtgcaggctactggggtcagcaggtgcaggggtgag
+tgaggaggtgctgggaagcagccacctgagtctgcaatgagtgtgggctg
+gggggcccagtgcccgggttccgggaggggaacaaaggctggagactggg
+tcagtctgcgggctgcatgacaacaagggagggggtggctccattcataa
+ctcaggaaccaaccgtccctcctcccctccggccacggctggcacaaggt
+tctctccctcccctgcttctaggactgggctgcttccccctcggcagcct
+ctcaccaaggattacgggatttaaatgtctgatttagcaaggctgagcct
+ccagggtggccatctgctccatcagaaagtggcaggatacctgggttccc
+aaggggaacaggggtgggtgctactggatggagagaggccagtgggaggc
+ctgctagccagggtcccaggaaagtgggggcagctaaggtaagagtaggg
+gtgtggggctaggtccttcccagcatcccctcatcctgggcctcatgcca
+ggtagctgaatgaattgaagctttaaactctgccaggaaaacctttcaaa
+gggcttcttgggatagggaggagagtcgggttgaggagctcagtactgcc
+tgcccatgctcctcagggctgctggctcccagggaggggggctgggagca
+ggcaggctcttccccatcacccactgctctcttggagccagtgcttgaag
+gggcagtcagacatggcttgcccttcctcctccctggtggtggagatggg
+tgttagggtccagtgggtgctactgtccaggggggcttctggggccacca
+gcctgtcagctcatcaaccaggctgaaggtgcaagcaggagccccttgcc
+ttgccccaaggatcccagacagctatgaagccaccagccttcctgacctc
+aagaccaccttttttttttctctttcttactagggaatgccaaacactct
+ccccagg
+>seq2
+ctgtccccggacgatattgaacaatggttcactgaagacccaggtccaga
+tgaagctcccagaatgccagaggctgctccccccgtggcccctgcaccag
+cagctcctacaccggcggcccctgcaccagccccctcctggcccctgtca
+tcttctgtcccttcccagaaaacctaccagggcagctacggtttccgtct
+gggcttcttgcattctgggacagccaagtctgtgacttgcacggtcagtt
+gccctgaggggctggcttccatgagacttcaatgcctggccgtatccccc
+tgcatttcttttgtttggaactttgggattcctcttcaccctttggcttc
+ctgtcagtgtttttttatagtttacccacttaatgtgtgatctctgactc
+ctgtcccaaagttgaatattccccccttgaatttgggcttttatccatcc
+catcacaccctcagcatctctcctggggatgcagaacttttctttttctt
+catccacgtgtattccttggcttttgaaaataagctcctgaccaggcttg
+gtggctcacacctgcaatcccagcactctcaaagaggccaaggcaggcag
+atcacctgagcccaggagttcaagaccagcctgggtaacatgatgaaacc
+tcgtctctacaaaaaaatacaaaaaattagccaggcatggtggtgcacac
+ctatagtcccagccacttaggaggctgaggtgggaagatcacttgaggcc
+aggagatggaggctgcagtgagctgtgatcacaccactgtgctccagcct
+gagtgacagagcaagaccctatctcaaaaaaaaaaaaaaaaaagaaaagc
+tcctgaggtgtagacgccaactctctctagctcgctagtgggttgcagga
+ggtgcttacgcatgtttgtttctttgctgccgtcttccagttgctttatc
+tgttcacttgtgccctgactttcaactctgtctccttcctcttcctacag
+tactcccctgccctcaacaagatgttttgccaactggccaagacctgccc
+tgtgcagctgtgggttgattccacacccccgcccggcacccgcgtccgcg
+ccatggccatctacaagcagtcacagcacatgacggaggttgtgaggcgc
+tgcccccaccatgagcgctgctcagatagcgatggtgagcagctggggct
+ggagagacgacagggctggttgcccagggtccccaggcctctgattcctc
+actgattgctcttaggtctggcccctcctcagcatcttatccgagtggaa
+ggaaatttgcgtgtggagtatttggatgacagaaacacttttcgacatag
+tgtggtggtgccctatgagccgcctgaggtctggtttgcaactggggtct
+ctgggaggaggggttaagggtggttgtcagtggccctccaggtgagcagt
+aggggggctttctcctgctgcttatttgacctccctataaccccatgaga
+tgtgcaaagtaaatgggtttaactattgcacagttgaaaaaactgaagct
+tacagaggctaagggcctcccctgcttggctgggcgcagtggctcatgcc
+tgtaatcccagcactttgggaggccaaggcaggcggatcacgaggttggg
+agatcgagaccatcctggctaacggtgaaaccccgtctctactgaaaaat
+acaaaaaaaaattagccgggcgtggtgctgggcacctgtagtcccagcta
+ctcgggaggctgaggaaggagaatggcgtgaacctgggcggtggagcttg
+cagtgagctgagatcacgccactgcactccagcctgggcgacagagcgag
+attccatctcaaaaaaaaaaaaaaaaggcctcccctgcttgccacaggtc
+tccccaaggcgcactggcctcatcttgggcctgtgttatctcctaggttg
+gctctgactgtaccaccatccactacaactacatgtgtaacagttcctgc
+atgggcggcatgaaccggaggcccatcctcaccatcatcacactggaaga
+ctccaggtcaggagccacttgccaccctgcacactggcctgctgtgcccc
+agcctctgcttgcctctgacccctgggcccacctcttaccgatttcttcc
+atactactacccatccacctctcatcacatccccggcggggaatctcctt
+actgctcccactcagttttcttttctctggctttgggacctcttaacctg
+tggcttctcctccacctacctggagctggagcttaggctccagaaaggac
+aagggtggttgggagtagatggagcctggttttttaaatgggacaggtag
+gacctgatttccttactgcctcttgcttctcttttcctatcctgagtagt
+ggtaatctactgggacggaacagctttgaggtgcgtgtttgtgcctgtcc
+tgggagagaccggcgcacagaggaagagaatctccgcaagaaaggggagc
+ctcaccacgagctgcccccagggagcactaagcgaggtaagcaagcagga
+caagaagcggtggaggagaccaagggtgcagttatgcctcagattcactt
+ttatcacctttccttgcctctttcctagcactgcccaacaacaccagctc
+ctctccccagccaaagaagaaaccactggatggagaatatttcacccttc
+aggtactaagtcttgggacctcttatcaagtggaaagtttccagtctaac
+actcaaaatgccgttttcttcttgactgttttacctgcaattggggcatt
+tgccatcagggggcagtgatgcctcaaagacaatggctcctggttgtagc
+taactaacttcagaacaccaacttataccataatatatattttaaaggac
+cagaccagctttcaaaaagaaaattgttaaagagagcatgaaaatggttc
+tatgactttgcctgatacagatgctacttgacttacgatggtgttacttc
+ctgataaactcgtcgtaagttgaaaatattgtaagttgaaaatggattta
+atacac
diff --git a/map2bed.pl b/map2bed.pl
new file mode 100755
index 0000000..cf5338a
--- /dev/null
+++ b/map2bed.pl
@@ -0,0 +1,58 @@
+#!/usr/bin/perl
+#convert ART's MAP format to the UCSC BED format
+#weichun huang at whduke at gmail.com
+use strict;
+my @mapFile=@ARGV;
+if(@ARGV<2){
+	print "map2bed converts ART's map files to a BED file\n\n";
+	print "USAGE: ";
+	print "$0 out_bed_file.bed in_map_file_1 [ in_map_file_2 ...]\n\n";
+	exit(1);
+}
+
+my $score=500; #all scores are 500.
+#bed file: ref_id st_pos end_pos read_id 500 strand
+my $bedFile=shift @mapFile;
+open(BED, ">$bedFile") or die $!;
+my %reflen;
+my $readlen=0;
+foreach my $af (@mapFile){
+	open(MAP, "<$af") or die $!;
+	my $i=0;
+	#read header
+	while (<MAP>){
+		chomp;
+		if($i==0){
+			if(!/^##ART_SOLiD\t\S+\t(\d+)/){
+				print STDERR "File $af is not an ART_SOLiD MAP file.\n Exit ...\n";
+				exit(1);
+			}
+			$readlen=$1;
+			$i=1;
+		}
+		elsif(/^\@SQ\t(\S+)\t(\d+)/){
+			$reflen{"$1"}=$2;
+		}
+		elsif(/^\@CM/){
+			next;
+		}
+		elsif(/^##Header\s+End/){
+			last;
+		}
+	}
+
+	#read aln records 
+	while (<MAP>){
+		chomp;
+		next if(!/^\w/);
+	       	my ($ref_id, $read_id, $st_pos, $strand, @aa)=split /\t/;
+	       	if($strand eq "+"){
+		       	printf BED "%s\t%d\t%d\t%s\t%d\t%s\n", ($ref_id,  $st_pos, $st_pos+$readlen, $read_id, $score, $strand); 
+		}
+	       	else{
+		       	my $stop=$reflen{$ref_id}-$st_pos;
+		       	printf BED "%s\t%d\t%d\t%s\t%d\t%s\n", ($ref_id,  $stop-$readlen, $stop, $read_id, $score, $strand); 
+		}
+       	} 
+}
+

-- 
Alioth's /usr/local/bin/git-commit-notice on /srv/git.debian.org/git/debian-med/art-nextgen-simulation-tools.git