[med-svn] [art-nextgen-simulation-tools] 01/03: Imported Upstream version 3.19.15+dfsg
Andreas Tille
tille at debian.org
Tue Feb 16 19:09:49 UTC 2016
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tille pushed a commit to branch master
in repository art-nextgen-simulation-tools.
commit 1423ac0f5b4bc2df07da1ad8bab95172c0b0b73c
Author: Andreas Tille <tille at debian.org>
Date: Tue Feb 16 17:02:46 2016 +0100
Imported Upstream version 3.19.15+dfsg
---
.../GS_FLX_Titanium_profile/indel_error_profile | 5 +
454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/length_dist | 8 +
.../GS_FLX_Titanium_profile/qual_1st_profile | 104 +
.../GS_FLX_Titanium_profile/qual_mc_profile | 28264 ++++++++++
454_profiles/GS_FLX_profile/indel_error_profile | 5 +
454_profiles/GS_FLX_profile/length_dist | 8 +
454_profiles/GS_FLX_profile/qual_1st_profile | 106 +
454_profiles/GS_FLX_profile/qual_mc_profile | 29138 +++++++++++
ART_profiler_454/README | 30 +
ART_profiler_454/art_profiler_454 | 190 +
ART_profiler_illumina/README | 33 +
ART_profiler_illumina/art_profiler_illumina | 119 +
ART_profiler_illumina/combinedAvg.pl | 109 +
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ART_profiler_illumina/summation.pl | 167 +
AUTHORS | 1 +
COPYING | 0
ChangeLog | 11 +
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Illumina_profiles/Emp100R2.txt | 1201 +
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Illumina_profiles/Emp44R2.txt | 528 +
Illumina_profiles/Emp50R1.txt | 636 +
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Illumina_profiles/EmpMiSeq250R2.txt | 3000 ++
Illumina_profiles/EmpR36R1.txt | 432 +
Illumina_profiles/EmpR36R2.txt | 432 +
Illumina_profiles/EmpR44R1.txt | 528 +
Illumina_profiles/EmpR44R2.txt | 528 +
Illumina_profiles/EmpR50R1.txt | 600 +
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Illumina_profiles/EmpR75R2.txt | 900 +
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Illumina_profiles/HiSeq2500L150R2.txt | 1800 +
Illumina_profiles/HiSeq2kL100R1.txt | 1200 +
Illumina_profiles/HiSeq2kL100R2.txt | 1200 +
Makefile.am | 17 +
NEWS | 2 +
README | 30 +
SOLiD_profiles/getPsuedoProfile.pl | 11 +
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aclocal.m4 | 1149 +
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art_454_src/read_profile.h | 111 +
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art_454_src/samRead.h | 73 +
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art_454_src/seqRead.h | 132 +
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art_SOLiD_src/samRead.h | 73 +
art_SOLiD_src/utility.hpp | 22 +
art_illumina_README | 325 +
art_illumina_src/art.h | 226 +
art_illumina_src/art_illumina.cpp | 1025 +
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art_illumina_src/empdist.h | 102 +
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art_illumina_src/readSeqFile.h | 29 +
art_illumina_src/samRead.cpp | 138 +
art_illumina_src/samRead.h | 73 +
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art_illumina_src/seqRead.h | 290 +
config.h.in | 82 +
configure | 6463 +++
configure.ac | 25 +
examples/amplicon_reference.fa | 50997 +++++++++++++++++++
examples/run_test_examples_454.sh | 36 +
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examples/run_test_examples_illumina.sh | 57 +
examples/testSeq.fa | 209 +
map2bed.pl | 58 +
98 files changed, 155863 insertions(+)
diff --git a/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/indel_error_profile b/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/indel_error_profile
new file mode 100644
index 0000000..bb7d85c
--- /dev/null
+++ b/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/indel_error_profile
@@ -0,0 +1,5 @@
+#the error rate profile of under-call and over-call of a homopolyer run
+#call_error_type error_rate_len_1_homopolyer error_rate_len_2_homopolyer error_rate_len_3_homopolyer ...
+UNDERCALL 0.0000000000 0.001096668 0.004562394 0.01875503 0.05466385 0.14088050 0.26817640 0.44392523 0.54782609 0.69696970
+OVERCALL 0.0005165388 0.000858758 0.003219707 0.01025744 0.01770155 0.01677149 0.02264601 0.01401869 0.02608696 0.03030303
+*this is the end of the profile
diff --git a/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/length_dist b/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/length_dist
new file mode 100644
index 0000000..e8298ac
--- /dev/null
+++ b/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/length_dist
@@ -0,0 +1,8 @@
+##454 read profile for ART 454 simulator
+##the empirical distribution of 454 read length
+##FORMAT
+##leng_1 leng_2 leng_3 ...
+##freq_1 freq_2 freq_3 ...
+30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 17 [...]
+700 912 1137 1351 1734 2128 2838 3821 5467 8007 11377 16193 22304 30225 39114 50103 60237 72153 82645 91673 101450 109305 116492 122119 127048 130193 132255 136020 136697 138179 139121 138594 138702 139265 138171 137302 137154 136353 136483 134967 134466 133672 133136 132402 131295 129383 128719 128514 127828 126528 125582 124647 124330 123256 122844 121008 119377 119213 117719 116997 115759 115031 113035 112862 111755 110406 110077 108773 107250 106843 105149 105077 104138 103365 102013 [...]
+*this is the end of the profile
\ No newline at end of file
diff --git a/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/qual_1st_profile b/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/qual_1st_profile
new file mode 100644
index 0000000..96b80d1
--- /dev/null
+++ b/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/qual_1st_profile
@@ -0,0 +1,104 @@
+##454 read profile for ART 454 simulator
+##homopolymer-length dependent quality score distribution of the 1st-base of homopolymer runs
+##FORMAT
+##lenth_of_homopolymer quality_score_1 quality_score_2 ...
+##lenth_of_homopolymer freq_of_score_1 freq_of_score_2 ...
+1 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40
+1 13010306 2202021 7457525 15429792 18264482 9921629 191545877 111688000 162567909 72231795 159598023 190036017 141905720 396100091 284914063 305016014 470333795 508496661 248783531 230527272 715592102 404842670 614045782 501523489 377729745 753550762 337098614 1649401335 316409388 1150631053 942395691 289247245 928414970 190626815 271911767 1800952348
+2 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40
+2 48788 1237619 3636845 6603856 8340026 4508782 86622632 53063586 87666781 23063561 63742348 75956545 63596834 100446987 81786118 86562180 139360458 118832282 87477934 54665360 177686959 113486820 150986704 124257681 108961378 167140920 93342327 405778610 88212442 286706668 239926292 71148154 217780514 53387466 66181159 411494631
+3 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40
+3 7143 713773 1995340 3431461 4913890 2801891 56829328 25523650 59554662 23946196 39194589 41605835 33980125 36754872 33071349 28153119 54755214 33495990 33492262 17873271 48577465 46792120 35660022 38532641 29545256 56543314 25545667 78533653 28599130 70334269 46922561 16797205 54908490 10989576 100401937 14747695
+4 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40
+4 1813 451810 1054157 1767214 2708572 1406959 28424339 13065176 33659207 12192355 13875089 16214154 14861857 14913303 13290538 13693669 20879161 10071383 6986519 10001301 12302577 16215767 8614663 14233349 9265271 17302314 11400438 20095575 8289110 29786593 11711436 2961940 3741183 907672 359509 3183360
+5 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40
+5 750 278620 508395 820899 1235661 670032 14963823 11045742 12339969 8593525 4025287 8419760 4996541 5516733 3533303 5997195 4386650 4914343 4113002 1379648 5707375 7004309 1830140 5288060 2027632 3371975 2953833 312030 783026 676896 2294305 616321 648620 180553 205608 652601
+6 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40
+6 374 186662 248402 367076 554726 282111 6005506 4198042 5081494 3652987 1760155 1933211 1934050 1257411 2623880 942978 2324927 1816141 677510 792813 791408 624247 325606 86149 167743 161937 220152 85508 88126 36935 95230 10143 5689 36256 10 22686
+7 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40
+7 205 117384 117019 170850 250053 133177 2667687 1607222 2203097 1306206 819701 1236981 939164 649708 239425 264309 708407 86723 202321 137430 108304 34075 68071 31605 72133 5551 18393 5381 5701 2938 16 3 4834 1 1 604
+8 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40
+8 154 69884 58215 82934 115413 65446 1181015 646062 877803 801335 648632 297254 48819 201821 89539 99234 100707 20109 13742 8764 13827 2547 23841 10852 829 1625 124 551 9 1161 21 16 658 3 4 12
+9 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 39 40
+9 93 43054 34438 48181 64425 37324 626773 644264 441337 199422 217578 295938 1920 18715 584 13906 53632 380 6308 17 274 246 52 161 36 55 226 14 3 3 12 1 258 3 15
+10 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40
+10 68 26755 22510 30937 40174 21556 387644 366466 264841 118330 185803 108992 1252 479 1210 13138 2612 294 230 53 312 115 33 59 18 60 78 25 2 6 23 8 114 4 2 23
+11 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 40
+11 60 16599 15171 20771 26172 12613 256990 227124 169545 71792 117739 60448 1310 561 1179 6834 1601 383 176 119 317 25 17 15 9 20 9 6 2 1 2 1 40 2
+12 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 35 37 38 40
+12 45 10503 11053 14825 17848 8147 188239 159488 118865 48987 82215 38293 1278 618 376 4136 1028 128 276 37 96 23 38 15 12 21 15 15 3 2 13 3 1
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+13 27 6824 8101 10912 12817 5174 140852 117526 87972 34213 61951 26211 1326 752 185 2480 840 68 367 25 56 37 19 28 12 9 27 12 1 6 4
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+14 18 4330 5972 8005 8888 3515 104902 85204 65517 24620 47183 16967 406 379 189 1447 608 38 103 9 26 7 17 19 12 6 13 3 1 7 1
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+44 1 1 2 7 4 5
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+46 1 1 1 1 1
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+47 1 2
+48 12 15
+48 2 2
+49 15
+49 1
+*this is the end of the profile
diff --git a/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/qual_mc_profile b/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/qual_mc_profile
new file mode 100644
index 0000000..be7596b
--- /dev/null
+++ b/454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile/qual_mc_profile
@@ -0,0 +1,28264 @@
+##454 read profile for ART 454 simulator
+##the empirical transition distribution of the homopolymer-length dependent 1st order Markov model of quality scores
+##FORMAT
+##homopolymer_length previous_base_position previous_base_quality_score next_base_quality_score_1 next_base_quality_score_2 ...
+##homopolymer_length previous_base_position previous_base_quality_score freq_next_base_qual_score_1 freq_next_base_qual_score_2 ...
+2 1 0 0
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+2 1 19 19 97 177 57074 813054 974793 190789 1244254 616583 2362444 1619659 63550140 2069347 2275462 1714621 1995989 681351 544679 251175 381982 154092 139530 33147 36335 45724 23856 2599 4912 1466 438 98 176 56
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+49 39 6 1
+49 40 6 6
+49 40 6 1
+49 41 6 6
+49 41 6 1
+49 42 6 6
+49 42 6 1
+49 43 6 6
+49 43 6 1
+49 44 6 6
+49 44 6 1
+49 45 6 6
+49 45 6 1
+49 46 6 6
+49 46 6 1
+49 47 6 6
+49 47 6 1
+49 48 6 6
+49 48 6 1
+*this is the end of the profile
diff --git a/454_profiles/GS_FLX_profile/indel_error_profile b/454_profiles/GS_FLX_profile/indel_error_profile
new file mode 100644
index 0000000..bb7d85c
--- /dev/null
+++ b/454_profiles/GS_FLX_profile/indel_error_profile
@@ -0,0 +1,5 @@
+#the error rate profile of under-call and over-call of a homopolyer run
+#call_error_type error_rate_len_1_homopolyer error_rate_len_2_homopolyer error_rate_len_3_homopolyer ...
+UNDERCALL 0.0000000000 0.001096668 0.004562394 0.01875503 0.05466385 0.14088050 0.26817640 0.44392523 0.54782609 0.69696970
+OVERCALL 0.0005165388 0.000858758 0.003219707 0.01025744 0.01770155 0.01677149 0.02264601 0.01401869 0.02608696 0.03030303
+*this is the end of the profile
diff --git a/454_profiles/GS_FLX_profile/length_dist b/454_profiles/GS_FLX_profile/length_dist
new file mode 100644
index 0000000..20c5dd5
--- /dev/null
+++ b/454_profiles/GS_FLX_profile/length_dist
@@ -0,0 +1,8 @@
+##454 read profile for ART 454 simulator
+##the empirical distribution of 454 read length
+##FORMAT
+##leng_1 leng_2 leng_3 ...
+##freq_1 freq_2 freq_3 ...
+30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 17 [...]
+301 356 388 447 532 725 997 1713 2888 5425 9587 16385 25875 37604 53211 69216 86832 103910 119680 133922 146714 157163 166344 173146 176666 180274 182592 184987 185711 186293 185138 185043 184661 182124 181045 180121 179069 176761 174350 172942 171871 169697 167853 165613 163594 161023 158780 157919 154281 153108 150722 148782 145914 143627 141882 139088 137067 135637 134825 132546 131945 130159 128551 128266 126896 127427 125725 125747 125807 126222 126305 126663 126277 126282 127600 12 [...]
+*this is the end of the profile
\ No newline at end of file
diff --git a/454_profiles/GS_FLX_profile/qual_1st_profile b/454_profiles/GS_FLX_profile/qual_1st_profile
new file mode 100644
index 0000000..cab2aea
--- /dev/null
+++ b/454_profiles/GS_FLX_profile/qual_1st_profile
@@ -0,0 +1,106 @@
+##454 read profile for ART 454 simulator
+##homopolymer-length dependent quality score distribution of the 1st-base of homopolymer runs
+##FORMAT
+##lenth_of_homopolymer quality_score_1 quality_score_2 ...
+##lenth_of_homopolymer freq_of_score_1 freq_of_score_2 ...
+1 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40
+1 11689246 1276516 3703034 7516682 10871020 6539842 102210424 73949791 108823539 60805916 104723650 114396380 107935410 251902802 214547676 186373847 297009042 315627399 196048526 217274586 476950371 257276609 453292291 402734594 269577304 596908406 332062327 1074973725 352219073 978107263 1235403596 509661119 1738987281 230222943 254146179 1573060404
+2 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40
+2 58970 774030 1829749 3387711 5147083 3152979 47377966 39671920 61988782 19584477 45144268 56802658 55818747 59944316 69475791 60677891 95078132 74797090 76000598 53346905 121661797 79530611 116653706 103893075 86121412 131877523 94817980 272466803 101597801 247313469 311431484 131928954 428355491 68870544 65677841 389745636
+3 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40
+3 7474 456631 968983 1769357 3024407 1963485 36076087 15425293 40373983 18579178 32438423 32900434 24761575 26239564 26902344 22024645 41611806 21913939 28611170 16603900 32240867 37018857 25287293 34276171 20865687 45030897 25556612 45687884 28047527 59979865 64996744 32989302 99359770 17875895 67382710 15127566
+4 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40
+4 1842 289930 498128 888138 1629892 964786 17244834 7666840 23847150 11128064 11669623 12144899 10920197 10214114 10878995 10392312 14625308 7995250 5195219 8492224 8045919 12403815 5874901 12267157 6479429 11658169 9361680 12325072 8201758 21447095 16488231 7970134 18344792 3651055 617994 3403963
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+6 316 125295 125679 208060 356452 244174 4593915 3107288 3314695 3931216 1732215 1158121 1412784 831417 1774032 1081135 1697761 1377186 527781 547875 631423 697603 411161 272376 272630 311908 762727 303218 227389 43565 359117 81742 33363 229140 9 212335
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+17 7 1111 1383 2167 3898 1963 30307 25129 24311 15944 18882 11268 291 93 27 1064 165 2 17 9 1 1 2 2 1 1 53 1
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+18 8 821 1082 1621 3072 1361 21631 17624 17513 10494 14127 7301 174 25 22 584 58 4 11 1 3 1 1 1 23 1
+19 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 25 26 27 28 30 37
+19 14 580 791 1339 2474 1033 15208 12120 12484 6798 10115 4643 110 19 5 345 25 1 14 1 1 1 1 2 17
+20 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 23 24 25 27 30 31 37 40
+20 7 429 561 954 1770 743 10469 8110 8712 4233 7145 2744 43 18 6 222 13 10 3 5 1 1 1 11 1
+21 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 23 25 28 37
+21 5 298 394 704 1314 474 6824 5169 5968 2571 4930 1597 40 11 9 148 23 4 2 1 5
+22 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 25 29 30 37
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+23 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 23 25 29 37
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+47 5
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+49 1 1
+50 13
+50 1
+*this is the end of the profile
diff --git a/454_profiles/GS_FLX_profile/qual_mc_profile b/454_profiles/GS_FLX_profile/qual_mc_profile
new file mode 100644
index 0000000..100b58f
--- /dev/null
+++ b/454_profiles/GS_FLX_profile/qual_mc_profile
@@ -0,0 +1,29138 @@
+##454 read profile for ART 454 simulator
+##the empirical transition distribution of the homopolymer-length dependent 1st order Markov model of quality scores
+##FORMAT
+##homopolymer_length previous_base_position previous_base_quality_score next_base_quality_score_1 next_base_quality_score_2 ...
+##homopolymer_length previous_base_position previous_base_quality_score freq_next_base_qual_score_1 freq_next_base_qual_score_2 ...
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+48 31 6 6
+48 31 6 4
+48 31 12 12
+48 31 12 1
+48 32 6 6
+48 32 6 4
+48 32 12 12
+48 32 12 1
+48 33 6 6
+48 33 6 4
+48 33 12 12
+48 33 12 1
+48 34 6 6
+48 34 6 4
+48 34 12 12
+48 34 12 1
+48 35 6 6
+48 35 6 4
+48 35 12 12
+48 35 12 1
+48 36 6 6
+48 36 6 4
+48 36 12 12
+48 36 12 1
+48 37 6 6
+48 37 6 4
+48 37 12 12
+48 37 12 1
+48 38 6 6
+48 38 6 4
+48 38 12 12
+48 38 12 1
+48 39 6 6
+48 39 6 4
+48 39 12 12
+48 39 12 1
+48 40 6 6
+48 40 6 4
+48 40 12 12
+48 40 12 1
+48 41 6 6
+48 41 6 4
+48 41 12 12
+48 41 12 1
+48 42 6 6
+48 42 6 4
+48 42 12 12
+48 42 12 1
+48 43 6 6
+48 43 6 4
+48 43 12 12
+48 43 12 1
+48 44 6 6
+48 44 6 4
+48 44 12 12
+48 44 12 1
+48 45 6 6
+48 45 6 4
+48 45 12 12
+48 45 12 1
+48 46 6 6
+48 46 6 4
+48 46 12 12
+48 46 12 1
+48 47 6 6
+48 47 6 4
+48 47 12 12
+48 47 12 1
+49 1 13 13
+49 1 13 1
+49 1 14 14
+49 1 14 1
+49 2 13 13
+49 2 13 1
+49 2 14 14
+49 2 14 1
+49 3 13 13
+49 3 13 1
+49 3 14 14
+49 3 14 1
+49 4 13 13
+49 4 13 1
+49 4 14 14
+49 4 14 1
+49 5 13 13
+49 5 13 1
+49 5 14 14
+49 5 14 1
+49 6 13 13
+49 6 13 1
+49 6 14 14
+49 6 14 1
+49 7 13 13
+49 7 13 1
+49 7 14 14
+49 7 14 1
+49 8 13 13
+49 8 13 1
+49 8 14 14
+49 8 14 1
+49 9 13 13
+49 9 13 1
+49 9 14 14
+49 9 14 1
+49 10 13 13
+49 10 13 1
+49 10 14 14
+49 10 14 1
+49 11 13 13
+49 11 13 1
+49 11 14 14
+49 11 14 1
+49 12 13 13
+49 12 13 1
+49 12 14 14
+49 12 14 1
+49 13 13 13
+49 13 13 1
+49 13 14 14
+49 13 14 1
+49 14 13 13
+49 14 13 1
+49 14 14 14
+49 14 14 1
+49 15 13 13
+49 15 13 1
+49 15 14 14
+49 15 14 1
+49 16 13 6
+49 16 13 1
+49 16 14 14
+49 16 14 1
+49 17 6 6
+49 17 6 1
+49 17 14 14
+49 17 14 1
+49 18 6 6
+49 18 6 1
+49 18 14 14
+49 18 14 1
+49 19 6 6
+49 19 6 1
+49 19 14 14
+49 19 14 1
+49 20 6 6
+49 20 6 1
+49 20 14 14
+49 20 14 1
+49 21 6 6
+49 21 6 1
+49 21 14 14
+49 21 14 1
+49 22 6 6
+49 22 6 1
+49 22 14 14
+49 22 14 1
+49 23 6 6
+49 23 6 1
+49 23 14 14
+49 23 14 1
+49 24 6 6
+49 24 6 1
+49 24 14 14
+49 24 14 1
+49 25 6 6
+49 25 6 1
+49 25 14 6
+49 25 14 1
+49 26 6 6
+49 26 6 2
+49 27 6 6
+49 27 6 2
+49 28 6 6
+49 28 6 2
+49 29 6 6
+49 29 6 2
+49 30 6 6
+49 30 6 2
+49 31 6 6
+49 31 6 2
+49 32 6 6
+49 32 6 2
+49 33 6 6
+49 33 6 2
+49 34 6 6
+49 34 6 2
+49 35 6 6
+49 35 6 2
+49 36 6 6
+49 36 6 2
+49 37 6 6
+49 37 6 2
+49 38 6 6
+49 38 6 2
+49 39 6 6
+49 39 6 2
+49 40 6 6
+49 40 6 2
+49 41 6 6
+49 41 6 2
+49 42 6 6
+49 42 6 2
+49 43 6 6
+49 43 6 2
+49 44 6 6
+49 44 6 2
+49 45 6 6
+49 45 6 2
+49 46 6 6
+49 46 6 2
+49 47 6 6
+49 47 6 2
+49 48 6 6
+49 48 6 2
+50 1 13 13
+50 1 13 1
+50 2 13 13
+50 2 13 1
+50 3 13 13
+50 3 13 1
+50 4 13 13
+50 4 13 1
+50 5 13 13
+50 5 13 1
+50 6 13 13
+50 6 13 1
+50 7 13 13
+50 7 13 1
+50 8 13 13
+50 8 13 1
+50 9 13 13
+50 9 13 1
+50 10 13 13
+50 10 13 1
+50 11 13 13
+50 11 13 1
+50 12 13 13
+50 12 13 1
+50 13 13 13
+50 13 13 1
+50 14 13 13
+50 14 13 1
+50 15 13 13
+50 15 13 1
+50 16 13 13
+50 16 13 1
+50 17 13 13
+50 17 13 1
+50 18 13 6
+50 18 13 1
+50 19 6 6
+50 19 6 1
+50 20 6 6
+50 20 6 1
+50 21 6 6
+50 21 6 1
+50 22 6 6
+50 22 6 1
+50 23 6 6
+50 23 6 1
+50 24 6 6
+50 24 6 1
+50 25 6 6
+50 25 6 1
+50 26 6 6
+50 26 6 1
+50 27 6 6
+50 27 6 1
+50 28 6 6
+50 28 6 1
+50 29 6 6
+50 29 6 1
+50 30 6 6
+50 30 6 1
+50 31 6 6
+50 31 6 1
+50 32 6 6
+50 32 6 1
+50 33 6 6
+50 33 6 1
+50 34 6 6
+50 34 6 1
+50 35 6 6
+50 35 6 1
+50 36 6 6
+50 36 6 1
+50 37 6 6
+50 37 6 1
+50 38 6 6
+50 38 6 1
+50 39 6 6
+50 39 6 1
+50 40 6 6
+50 40 6 1
+50 41 6 6
+50 41 6 1
+50 42 6 6
+50 42 6 1
+50 43 6 6
+50 43 6 1
+50 44 6 6
+50 44 6 1
+50 45 6 6
+50 45 6 1
+50 46 6 6
+50 46 6 1
+50 47 6 6
+50 47 6 1
+50 48 6 6
+50 48 6 1
+50 49 6 6
+50 49 6 1
+*this is the end of the profile
diff --git a/ART_profiler_454/README b/ART_profiler_454/README
new file mode 100644
index 0000000..61a5463
--- /dev/null
+++ b/ART_profiler_454/README
@@ -0,0 +1,30 @@
+art_profiler_454
+
+DESCRIPTION
+
+ art_profiler_454 is the tool to generate a 454 read profile from 454 sequencing data in the fastq format.
+
+USAGE:
+ ./art_profiler_454 input_fastq_files_dir output_profile_dir [fastq_filename_extension]
+
+ PARAMETERS
+
+ input_fastq_files_dir - directory containing all 454 read data files in the fastq format
+
+ output_profile_dir - directory to put read profile files generated by the program
+
+ fastq_filename_extension - the filename extension of input fastq files
+
+
+EXAMPLES:
+ perl art_profiler_454 454_dat_dir 454_profile_dir
+
+ perl art_profiler_454 454_dat_dir 454_profile_dir fastq
+
+NOTES:
+ 1) the default filename extension for fastq files is fq
+
+ 2) the program can read gzipped fastq data files with filename extension fq.gz
+
+CONTACT:
+ Weichun Huang at whduke at gmail.com
diff --git a/ART_profiler_454/art_profiler_454 b/ART_profiler_454/art_profiler_454
new file mode 100755
index 0000000..b28566f
--- /dev/null
+++ b/ART_profiler_454/art_profiler_454
@@ -0,0 +1,190 @@
+#!/usr/bin/perl
+##-----------------------------------------------------------------------------
+## PROGRAM: art_profiler_454
+## VERSION: 0.9.1
+## AUTHOR: Weichun Huang (whduke at gmail.com)
+## DATE: last updated on 08/09/2012
+## DESCRIPTION:
+## the program generates empirical 454 read profiles for ART 454 simulator
+## from 454 read data files in the fastq format
+##-----------------------------------------------------------------------------
+
+use strict;
+my $version="0.9.1";
+if(@ARGV!=2 and @ARGV!=3){
+ print "DESCRIPTION:\n\tart_profiler_454 is a program for generating empirical 454 read profiles\n";
+ print "\tfor ART 454 simulator from 454 read data files\n";
+ print "\tVersion: $version, Copyright (c) Weichun Huang 2012 (whduke\@gamil.com)\n";
+ print "USAGE:\n\t$0 input_fastq_files_dir output_profile_dir [fastq_filename_extension]\n";
+ print "Examples:\n";
+ print "\t$0 454_dat_dir 454_profile_dir\n";
+ print "\t$0 454_dat_dir 454_profile_dir fastq\n";
+ print "NOTES:\n";
+ print "\t1)the default filename extension for fastq files is fq\n";
+ print "\t2)the program can read gzipped fastq data files with filename extension fq.gz\n";
+ exit;
+}
+my ($inDIR, $outDIR, $ext)=@ARGV;
+if(@ARGV==2) { $ext="fq"; }
+
+my %read_length;
+my $with_fidx=0;
+my (%qdist, %qdiff,%qall);
+
+#foreach my $inDIR(@dirlst){
+ opendir(DIR, $inDIR) or die "cannot open dir $inDIR\n";
+ my @allf=readdir(DIR);
+ my @fs=grep { /\.$ext$/ } @allf;
+ if(@fs==0){
+ @fs=grep { /\.$ext\.gz$/ } @allf;
+ }
+ foreach my $ff(@fs){
+ $ff=~/(\S+)\.$ext/;
+ my $name=$1;
+
+ open(FQ, "zcat $inDIR/$ff|") if ($ff=~/\.gz$/);# or die "can't open $inDIR/$ff\n";
+ open(FQ, "$inDIR/$ff") if ($ff=~/\.$ext$/);# or die "can't open $inDIR/$ff\n";
+ my $fidx=$ff; $fidx=~s/\.gz$//;$fidx=~s/\.$ext$/\.idx/;
+ open(FIDX, "$inDIR/$fidx") or die "can't open $inDIR/$fidx\n" if($with_fidx);
+
+ while (<FQ>) {
+ chomp;
+ my ($id, $ss, $qq, $len);
+ if (/^\@(\S+)/) {
+ $id = $1;
+ $_= <FQ>;
+ $_=~s/\s+$//;
+ $len = length;
+ $read_length{$len}+=1;
+ $ss = $_;
+
+ $_ = <FQ>;
+ $_ = <FQ>;
+ $_=~s/\s+$//;
+ my $qlen = length;
+ die("The number of bases != the number of quals.") if($len!=$qlen);
+ my @base=split //,$ss;
+ my @qv;
+ my $i=0;
+ while (/(\S)/g) {
+ push @qv,ord($1)-33;
+ }
+ my @idx;
+ if($with_fidx){
+ my $fid=<FIDX>; $fid=~/^>(\S+)/; $fid=$1;
+ die "$fid!=$id not matched " if($fid ne $id);
+ $fid=<FIDX>; $fid=~s/\s+$//g; @idx=split /\t/,$fid;
+ }
+ else{
+ my $N=$base[0];
+ my $c=1;
+ foreach my $n (@base){
+ if($N eq $n){
+ push @idx, $c;
+ }
+ else{
+ $N = $n;
+ $c++;
+ push @idx, $c;
+ }
+ }
+ }
+ my $i=0;
+ while($i<@idx){
+ my $k=$idx[$i];
+ my @q;
+ my $cc=0;
+ while (($i<@idx) and ($k==$idx[$i])){
+ $cc+=1;
+ $i++;
+ }
+ $qdist{$cc}{$qv[$i-$cc]}+=1;
+ $qall{$cc}{0}{$qv[$i-$cc]}+=1;
+ foreach my $x(1..$cc-1){
+ my $d=$i-$cc+$x;
+ my @aa=@qv[$d-1,$d];
+ $qdiff{$cc}{$x}{$aa[0]}{$aa[1]}+=1;
+ $qall{$cc}{$x}{$aa[1]}+=1;
+ }
+ }
+ }
+ }
+ }
+#}
+
+#the qual distribution of first postion for different len
+open (QPROFILE, ">$outDIR/qual_1st_profile") or die "Can't open $outDIR/qual_1st_profile\n";
+print QPROFILE <<QPROFFORMAT;
+##454 read profile for ART 454 simulator
+##homopolymer-length dependent quality score distribution of the 1st-base of homopolymer runs
+##FORMAT
+##lenth_of_homopolymer quality_score_1 quality_score_2 ...
+##lenth_of_homopolymer freq_of_score_1 freq_of_score_2 ...
+QPROFFORMAT
+my $p=0;
+foreach my $len (sort {$a<=>$b} keys %qdist){
+ #ensure no break in length
+ last if($len!=$p+1); $p=$len;
+ print QPROFILE $len;
+ my $count="";
+ foreach my $q (sort {$a<=>$b} keys %{$qdist{$len}}){
+ print QPROFILE "\t$q";
+ $count.=sprintf "\t%d", $qdist{$len}{$q};
+ }
+ printf QPROFILE "\n%d%s\n",$len,$count;
+}
+print QPROFILE "*this is the end of the profile";
+close(QPROFILE);
+
+#1st order Markov model of qual distribution for different len
+open (QMC, ">$outDIR/qual_mc_profile") or die "Can't open $outDIR/qual_mc_profile\n";
+print QMC <<QMCFORMAT;
+##454 read profile for ART 454 simulator
+##the empirical transition distribution of the homopolymer-length dependent 1st order Markov model of quality scores
+##FORMAT
+##homopolymer_length previous_base_position previous_base_quality_score next_base_quality_score_1 next_base_quality_score_2 ...
+##homopolymer_length previous_base_position previous_base_quality_score freq_next_base_qual_score_1 freq_next_base_qual_score_2 ...
+QMCFORMAT
+foreach my $len (sort {$a<=>$b} keys %qdiff){
+ #ensure no break in length
+ last if($len>$p);
+ foreach my $x (sort {$a<=>$b} keys %{$qdiff{$len}}){
+ foreach my $q (sort {$a<=>$b} keys %{$qdiff{$len}{$x}}){
+ print QMC "$len\t$x\t$q";
+ my $count="";
+ foreach my $q2 (sort {$a<=>$b} keys %{$qdiff{$len}{$x}{$q}}){
+ print QMC "\t$q2";
+ $count.=sprintf "\t%d", $qdiff{$len}{$x}{$q}{$q2};
+ }
+ printf QMC "\n%d\t%d\t%d%s\n",$len,$x,$q,$count;
+ }
+ }
+}
+print QMC "*this is the end of the profile";
+close(QMC);
+
+#empirical distribution of read length
+open (FLEN, ">$outDIR/length_dist") or die "Can't open file $outDIR/length_dist\n";
+print FLEN <<FLENFORMAT;
+##454 read profile for ART 454 simulator
+##the empirical distribution of 454 read length
+##FORMAT
+##leng_1 leng_2 leng_3 ...
+##freq_1 freq_2 freq_3 ...
+FLENFORMAT
+my $cc;
+my $i=0;
+foreach my $L (sort {$a<=>$b} keys %read_length){
+ if($i==0){
+ print FLEN $L;
+ $cc=$read_length{$L};
+ $i=1;
+ next;
+ }
+ print FLEN "\t$L";
+ $cc.="\t".$read_length{$L};
+}
+print FLEN "\n$cc\n";
+print FLEN "*this is the end of the profile";
+close(FLEN);
+
diff --git a/ART_profiler_illumina/README b/ART_profiler_illumina/README
new file mode 100644
index 0000000..fcc2e7e
--- /dev/null
+++ b/ART_profiler_illumina/README
@@ -0,0 +1,33 @@
+ART_PROFILER_ILLUMINA, Weichun Huang @ whduke at gmail.com
+ABOUT
+
+ This tool is to create an ART illumina read quality profile from Illumina sequencing data
+ in multiple fastq or gzipped fastq files
+
+USAGE:
+ ./art_profiler_illumina out_profile_name input_fastq_dir [fastq_filename_extention (default: fq)]
+
+ or
+
+ bash art_profiler_illumina out_profile_name input_fastq_dir [fastq_filename_extention (default: fq)]
+
+PARAMETERS:
+
+ out_profile_name: the name of read quality profile
+ input_fastq_dir: the directory of input fastq or zipped fastq files
+ fastq_filename_extension: fastq or gzipped fastq filename extension (default: fq)
+
+EXAMPLES:
+
+ 1) create hiseq2k profiles from all *.fq.gz in the directory fastq_dat_dir
+ ./art_profiler_illumina hiseq2k fastq_dat_dir fq.gz
+
+ 2) create miseq2500 profiles from all *.fq in the directory fastq_dat_dir
+ ./art_profiler_illumina miseq250 fastq_dat_dir fq
+
+ 3) create hiseq1k profiles from all *.fq in the directory fastq_dat_dir
+ ./art_profiler_illumina hiseq1k fastq_dat_dir
+
+NOTES:
+ For paired-end fastq files, e.g., *.fq or *.fq.gz, the filenames of the 1st reads must be *_1.fq/*_1.fq.gz,
+ or *.1.fq/*.1.fq.gz, and those of the 2nd reads must be *_2.fq/*_2.fq.gz, or *.2.fq/*.2.fq.gz
diff --git a/ART_profiler_illumina/art_profiler_illumina b/ART_profiler_illumina/art_profiler_illumina
new file mode 100755
index 0000000..3ba62e5
--- /dev/null
+++ b/ART_profiler_illumina/art_profiler_illumina
@@ -0,0 +1,119 @@
+#!/bin/bash
+# this script is to create illumina read profile from multiple fastq or gzipped
+# fastq files
+#Weichun Huang at whduke at gmail.com
+
+pDIR=`dirname $0`
+ext=fq
+if [[ $# -eq 2 ]]; then
+ outFile=$1
+ iDIR=$2
+elif [[ $# -eq 3 ]];then
+ outFile=$1
+ iDIR=$2
+ ext=$3
+else
+ echo "This tool is to create an illumina read quality profile from multiple fastq or gzipped fastq files"
+ echo ""
+ echo "USAGE:"
+ echo " ./art_profiler_illumina out_profile_name input_fastq_dir [fastq_filename_extension (default: fq)]"
+ echo ""
+ echo "PARAMETERS:"
+ echo " out_profile_name: the name of read quality profile"
+ echo " input_fastq_dir: the directory of input fastq or zipped fastq files"
+ echo " fastq_filename_extension: fastq or gzipped fastq filename extension (default: fq)"
+ echo ""
+ echo "EXAMPLES:"
+ echo " 1) create hiseq2k profiles from all *.fq.gz in the directory fastq_dat_dir"
+ echo " ./art_profiler_illumina hiseq2k fastq_dat_dir fq.gz"
+ echo " 2) create miseq2500 profiles from all *.fq in the directory fastq_dat_dir"
+ echo " ./art_profiler_illumina miseq250 fastq_dat_dir fq"
+ echo " 3) create hiseq1k profiles from all *.fq in the directory fastq_dat_dir"
+ echo " ./art_profiler_illumina hiseq1k fastq_dat_dir"
+ echo ""
+ echo "NOTES: For paired-end fastq files, e.g., *.fq or *.fq.gz,"
+ echo " the filenames of the 1st reads must be *_1.fq/*_1.fq.gz, or *.1.fq/*.1.fq.gz"
+ echo " and those of the 2nd reads must be *_2.fq./*_2.fq.gz, or *.2.fq or *.2.fq.gz"
+ echo ""
+ echo "CONTACT: Weichun Huang at whduke at gmail.com"
+ exit
+fi
+
+oList=
+of1st=
+of2nd=
+i=0
+k1=0
+k2=0
+for fq in $iDIR/*.$ext
+do
+ $pDIR/fastqReadAvg.pl $fq &
+ t1=${fq%_1.$ext}
+ t1=${t1%.1.$ext}
+ t2=${fq%_2.$ext}
+ t2=${t2%.2.$ext}
+
+ if [[ $t1 != $fq ]];then
+ of1st="$of1st ${fq#$iDIR\/}.txt"
+ k1=$((k1+1))
+ elif [[ $t2 != $fq ]];then
+ of2nd="$of2nd ${fq#$iDIR\/}.txt"
+ k2=$((k2+1))
+ else
+ oList="$oList ${fq#$iDIR\/}.txt"
+ i=$((i+1))
+ fi
+done
+
+pid=$(ps -opid -C fastqReadAvg.pl)
+pid=${pid/PID}
+echo $pid
+for id in $pid
+do
+ while ps -p $id >/dev/null
+ do
+ sleep 30;
+ done
+done
+
+if [[ $i -ge 1 ]]; then
+ if [[ $i -eq 1 ]]; then
+ mv $oList $outFile.freq.txt
+ else
+ $pDIR/summation.pl $oList $outFile.freq.txt
+ fi
+ $pDIR/combinedAvg.pl $outFile.freq.txt
+ $pDIR/empDist.pl $outFile.freq.txt $outFile.txt
+ if [[ $? == 0 ]]; then
+ echo "The read profile file $outFile.txt has been created"
+ fi
+ rm -fr $oList $outFile.freq.txt
+fi
+
+if [[ $k1 -ge 1 ]]; then
+ if [[ $k1 -eq 1 ]]; then
+ mv $of1st ${outFile}R1.freq.txt
+ else
+ $pDIR/summation.pl $of1st ${outFile}R1.freq.txt
+ fi
+ $pDIR/combinedAvg.pl ${outFile}R1.freq.txt
+ $pDIR/empDist.pl ${outFile}R1.freq.txt ${outFile}R1.txt
+ if [[ $? == 0 ]]; then
+ echo "The read profile file ${outFile}R1.txt has been created"
+ fi
+ rm -fr $of1st ${outFile}R1.freq.txt
+fi
+
+if [[ $k2 -ge 1 ]]; then
+ if [[ $k2 -eq 1 ]]; then
+ mv $of2nd ${outFile}R2.freq.txt
+ else
+ $pDIR/summation.pl $of2nd ${outFile}R2.freq.txt
+ fi
+ $pDIR/combinedAvg.pl ${outFile}R2.freq.txt
+ $pDIR/empDist.pl ${outFile}R2.freq.txt ${outFile}R2.txt
+ if [[ $? == 0 ]]; then
+ echo "The read profile file ${outFile}R2.txt has been created"
+ fi
+ rm -fr $of1st ${outFile}R2.freq.txt
+fi
diff --git a/ART_profiler_illumina/combinedAvg.pl b/ART_profiler_illumina/combinedAvg.pl
new file mode 100755
index 0000000..b0810e0
--- /dev/null
+++ b/ART_profiler_illumina/combinedAvg.pl
@@ -0,0 +1,109 @@
+#!/usr/bin/perl
+# A perl program to compute the average from the frequencies generated by summation.pl amongst
+# multiple files for each position.
+# @author Jason Myers
+use strict;
+
+# Print an error message unless the a frequency file is specified
+my $numArgs = $#ARGV + 1;
+
+unless( $numArgs == 1){
+ print "Usage: perl combinedAvg.pl FreqFile\n";
+ exit;
+}
+
+# Open the input file
+my $infile = $ARGV[0];
+
+open INFILE, "$infile", or die $!;
+
+# deal with the header line
+my $header = <INFILE>;
+
+# An array to hold the average scores
+my @AVG_SCORE = ();
+
+# An array to temporarily hold the elements of a given line
+my @TEMP = ();
+
+# The variable that temporarily holds each line as a string
+my $line = '';
+
+# the number of all possible quality scores
+my $numScores = 71;
+
+# An array holding all of the possible quality scores
+my @ALL_SCORES = ();
+
+# Fill the possible quality scores array
+for(my $i = 0; $i < $numScores; $i++){
+ $ALL_SCORES[$i] = $i;
+}
+
+# a count variable to keep track of the line number being deal with
+my $count = 0;
+
+# Loop over the files contents
+while(<INFILE>){
+
+ # capture the line as a string
+ $line = $_;
+
+ # Store the elements of the line in the temp array
+ @TEMP = split('\t', $line);
+
+ # Loop over the elements of the line
+ foreach my $pos(0 .. $#TEMP){
+ # Aggregate the products of the frequency and quality score
+ $AVG_SCORE[0][$pos] += ($TEMP[$pos] * $ALL_SCORES[$count]);
+ # Sum all of the frequencies
+ $AVG_SCORE[1][$pos] += $TEMP[$pos];
+ }
+
+ # Increase the line number counter
+ $count++;
+
+}
+
+# close the infile
+close(INFILE);
+
+# open the output file
+my $outfile = $infile;
+
+# by appending
+open OUTFILE, ">>$outfile", or die $!;
+
+# Write out the numerators
+foreach my $pos1(0 .. ($#TEMP - 1)){
+ print OUTFILE $AVG_SCORE[0][$pos1], "\t";
+}
+
+print OUTFILE "\n";
+
+# Write out the denominators
+foreach my $pos2(0 .. ($#TEMP - 1)){
+ print OUTFILE $AVG_SCORE[1][$pos2], "\t";
+}
+
+print OUTFILE "\n";
+
+# Write out the average quality score for each position
+foreach my $pos3(0 .. ($#TEMP - 1)){
+
+ # If the numerator or the denominator is 0, avg quality is 0
+ if(($AVG_SCORE[0][$pos3] == 0) || ($AVG_SCORE[1][$pos3] == 0)){
+ print OUTFILE 0, "\t";
+ } else {
+ # If not, calculate the average quality score and write it
+ print OUTFILE ($AVG_SCORE[0][$pos3] / $AVG_SCORE[1][$pos3]), "\t";
+ }
+}
+
+print OUTFILE "\n";
+
+# close the output file
+close(OUTFILE);
+
+# end the program
+exit;
diff --git a/ART_profiler_illumina/empDist.pl b/ART_profiler_illumina/empDist.pl
new file mode 100755
index 0000000..da9c9ff
--- /dev/null
+++ b/ART_profiler_illumina/empDist.pl
@@ -0,0 +1,224 @@
+#!/usr/bin/perl
+# A perl program to create an empirical distribution from a frequency file
+# generated by the summation.pl program and modified by the combinedAvg.pl
+# program.
+#
+# @author Jason Myers
+# Date: July 2, 2010
+
+
+use strict;
+
+# Print an error message unless the atleast two fastqReadAvg files and an output file are specified
+my $numArgs = $#ARGV + 1;
+
+unless( $numArgs == 2){
+ print "Usage: perl empDist.pl freqFile outputFile \n";
+ exit;
+}
+
+# Possible nucleotidees
+my @NUCLEO = ('.', 'A', 'T', 'G', 'C', 'N');
+
+# Arrays specific to each nucleotide
+my @DATA_ALL = ();
+my @DATA_A = ();
+my @DATA_T = ();
+my @DATA_G = ();
+my @DATA_C = ();
+my @DATA_N = ();
+
+# Total variables associated to each nucleotide
+my $allTot = 0;
+my $aTot = 0;
+my $tTot = 0;
+my $gTot = 0;
+my $cTot = 0;
+my $nTot = 0;
+
+# Open the file in question
+my $infile = $ARGV[0];
+
+open INFILE, "$infile", or die $!;
+
+my $count = 0;
+
+# An array to temporarily store each files frequency lines
+my @TEMP = ();
+
+# A variable to hold the initial grab of the current line
+my $line = '';
+
+# variable corresponding to the current length
+my $curLength;
+
+# all possible quality scores
+my @SCORES = ();
+
+for(my $t = 0; $t < 71; $t++){
+ $SCORES[$t] = $t;
+}
+
+
+# Set the line counter to 0
+# Loop over each line of the file
+while(<INFILE>){
+
+ if( $count >= 1 && $count <= 72 ){
+ # get the line
+ $line = $_;
+
+ # split the line up into its elements
+ @TEMP = split('\t', $line);
+
+ # determine the current length being dealt with
+ $curLength = $#TEMP / 5;
+
+ # which nucleotide is being dealt with
+ my $flag = 0;
+ # which position of the read is being dealt with
+ my $position = 0;
+
+ # loop over the current line
+ foreach my $pos(0 .. $#TEMP){
+
+ # Distribute the frequency values to their respective arrays
+ if($flag == 0){
+ $DATA_ALL[$count - 1][$position] += $TEMP[$pos];
+ $DATA_A[$count - 1][$position] = $TEMP[$pos];
+ } elsif($flag == 1){
+ $DATA_ALL[$count - 1][$position] += $TEMP[$pos];
+ $DATA_T[$count - 1][$position] = $TEMP[$pos];
+ } elsif($flag == 2){
+ $DATA_ALL[$count - 1][$position] += $TEMP[$pos];
+ $DATA_G[$count - 1][$position] = $TEMP[$pos];
+ } elsif($flag == 3){
+ $DATA_ALL[$count - 1][$position] += $TEMP[$pos];
+ $DATA_C[$count - 1][$position] = $TEMP[$pos];
+ } elsif($flag == 4){
+ $DATA_ALL[$count - 1][$position] += $TEMP[$pos];
+ $DATA_N[$count - 1][$position] = $TEMP[$pos];
+ }
+
+ $position++;
+
+ # if the position being dealt with is the length of the read
+ if($position == $curLength){
+ # move to the next possible nucleotide
+ $flag++;
+
+ # reset the position to 0
+ $position = 0;
+ }
+ }
+
+ # set the temp variable back to null
+ @TEMP = ();
+ }
+
+ # increase the line counter
+ $count++;
+}
+
+# close the current infile
+close(INFILE);
+
+# open the outfile
+my $outfile = $ARGV[$numArgs - 1];
+
+open OUTFILE, ">>$outfile", or die $!;
+
+# loop over the possible nucleotides
+for(my $nuc = 0; $nuc < 6; $nuc++){
+ #loop over the possible positions
+ for(my $pos = 0; $pos < $curLength; $pos++){
+
+ print OUTFILE $NUCLEO[$nuc], "\t", $pos, "\t";
+ # loop over the possible quality scores
+ for(my $qual = 0; $qual < 71; $qual++){
+
+ # determine the quality scores that have non-zero frequencies
+ if($nuc == 0){
+ unless($DATA_ALL[$qual][$pos] == 0){
+ print OUTFILE $SCORES[$qual], "\t";
+ }
+ } elsif($nuc == 1){
+ unless($DATA_A[$qual][$pos] == 0){
+ print OUTFILE $SCORES[$qual], "\t";
+ }
+ } elsif($nuc == 2){
+ unless($DATA_T[$qual][$pos] == 0){
+ print OUTFILE $SCORES[$qual], "\t";
+ }
+ } elsif($nuc == 3){
+ unless($DATA_G[$qual][$pos] == 0){
+ print OUTFILE $SCORES[$qual], "\t";
+ }
+ } elsif($nuc == 4){
+ unless($DATA_C[$qual][$pos] == 0){
+ print OUTFILE $SCORES[$qual], "\t";
+ }
+ } elsif($nuc == 5){
+ unless($DATA_N[$qual][$pos] == 0){
+ print OUTFILE $SCORES[$qual], "\t";
+ }
+ }
+ }
+
+ print OUTFILE "\n", $NUCLEO[$nuc], "\t", $pos, "\t";
+
+ # loop over the quality scores again
+ for(my $qual = 0; $qual < 71; $qual++){
+
+ # display the cumulative frequency for each quality score
+ if($nuc == 0){
+ unless($DATA_ALL[$qual][$pos] == 0){
+ $allTot += $DATA_ALL[$qual][$pos];
+ print OUTFILE $allTot, "\t";
+ }
+ } elsif($nuc == 1){
+ unless($DATA_A[$qual][$pos] == 0){
+ $aTot += $DATA_A[$qual][$pos];
+ print OUTFILE $aTot, "\t";
+ }
+ } elsif($nuc == 2){
+ unless($DATA_T[$qual][$pos] == 0){
+ $tTot += $DATA_T[$qual][$pos];
+ print OUTFILE $tTot, "\t";
+ }
+ } elsif($nuc == 3){
+ unless($DATA_G[$qual][$pos] == 0){
+ $gTot += $DATA_G[$qual][$pos];
+ print OUTFILE $gTot, "\t";
+ }
+ } elsif($nuc == 4){
+ unless($DATA_C[$qual][$pos] == 0){
+ $cTot += $DATA_C[$qual][$pos];
+ print OUTFILE $cTot, "\t";
+ }
+ } elsif($nuc == 5){
+ unless($DATA_N[$qual][$pos] == 0){
+ $nTot += $DATA_N[$qual][$pos];
+ print OUTFILE $nTot, "\t";
+ }
+ }
+
+ }
+
+ print OUTFILE "\n";
+
+ # re-set all totals to 0
+ $allTot = 0;
+ $aTot = 0;
+ $tTot = 0;
+ $gTot = 0;
+ $cTot = 0;
+ $nTot = 0;
+ }
+}
+
+# close the output file
+close(OUTFILE);
+
+# end summation.pl
+exit;
diff --git a/ART_profiler_illumina/fastqReadAvg.pl b/ART_profiler_illumina/fastqReadAvg.pl
new file mode 100755
index 0000000..a0022d7
--- /dev/null
+++ b/ART_profiler_illumina/fastqReadAvg.pl
@@ -0,0 +1,252 @@
+#!/usr/bin/perl
+# A perl program to retrieve quality scores for each base at a given position
+# from a fastq file denoted by the user as a command-line argument.
+# @author Jason Myers
+
+use FileHandle;
+use strict;
+#use warnings;
+
+# Making sure that the correct number of arguments are given by the user and
+# that the program displays an accurate message in case the user does not.
+
+my $numArgs = $#ARGV + 1;
+
+unless( $numArgs == 1) {
+
+ print "Usage: perl fastqReadAvg.pl FastqFile\n";
+ exit;
+}
+
+
+# Getting the filename to the file of interest
+my $infile = $ARGV[0];
+my $fh = FileHandle->new;
+# Opening the file to be read into and the file to hold the programs output.
+#open INFILE, "$infile", or die $!;
+if($infile!~/\.gz$/){
+ $fh->open ("<$infile") or die $!;
+}
+else{
+ $fh->open("zcat $infile|") or die $!;
+}
+
+my $outFile = $infile . ".txt";
+$outFile =~s/^.*\///;
+
+open OUTFILE, ">>$outFile", or die $!;
+
+
+# Iterator to determine which line to take from the file.
+my $iter = 0;
+
+# variable to switch between the operations associated with the called bases and the quality scores
+my $whichLine = 1;
+
+# array to store the current line of called bases
+my @BASES = ();
+
+# array to store the current line of quality scores
+my @SCORES = ();
+
+# variable to hold initial read of the called bases
+my $line1 = '';
+
+# variable to hold initial read of quality scores
+my $line2 = '';
+
+# Initializing the main data array that is to be base call at a specific position
+# by quality score.
+my @data = ();
+
+# Variable holding the number of scores possible (0-39)
+my $numScores = 71;
+
+# Variable signifying the number of possible bases (ATGC)
+my $numBases = 5;
+
+# Variable holding the largest length of read that is in the file
+# initialy 0
+my $maxLength = 0;
+
+# The ascII value of '!' in decimal format. Used to normalize quality scores
+my $normal = 33;
+
+# Variable associated with the position of 'TGC' base scores in the output file
+my $Tpos = 1;
+my $Gpos = 2;
+my $Cpos = 3;
+my $Npos = 4;
+
+# Final data matrix
+my @finDat = ();
+
+# Matrix to hold the average scores
+my @avgScore = ();
+
+# Array holding the different quality scores
+my @allScores = ();
+
+# Fill the array.
+for(my $r = 0; $r < $numScores; $r++){
+ $allScores[$r] = $r;
+}
+
+# Main while loop that iterates over the fastq file
+#while(<INFILE>) {
+while(<$fh>) {
+
+ # The lines of interest are the odd lines
+ if( ($iter % 2) != 0 ) {
+ # If the current line is a called bases line
+ if($whichLine){
+ # read in the line
+ $line1 = $_;
+
+ # remove the new-line character
+ chomp $line1;
+
+ # split the string up into its individual characters
+ @BASES = split(//, $line1);
+
+ # record the longest read length to determine how large the data
+ # matrix has grown later
+ if($#BASES > $maxLength) {
+ # $maxLength = $#BASES;
+ $maxLength = scalar @BASES; # Thanks Thomas Hack for the bug fix 02/09/2014 //weichun
+ }
+
+ # Set the which flag to false because the next odd line will be a score line
+ $whichLine--;
+
+ } else {
+ # read in the line
+ $line2 = $_;
+
+ # remove the new-line character
+ chomp $line2;
+
+ # split the line up into individual characters
+ @SCORES = split(//, $line2);
+
+ # Iterate over the posiions in the score line
+ foreach my $pos1 (0 .. $#SCORES) {
+ # Determine which base has been called and it to determine which column of the data
+ # matrix needs to be manipulated. The ascII value of the score line associated with
+ # this base minus 32 is then used to determine which row of the data matrix needs
+ # manipulation. Finally the count is increased for that position in the matrix.
+ if( $BASES[$pos1] eq 'A'){
+ $data[(ord($SCORES[$pos1])-$normal)][($pos1*$numBases)] += 1;
+
+ } elsif( $BASES[$pos1] eq 'T'){
+ $data[(ord($SCORES[$pos1])-$normal)][(($pos1*$numBases)+$Tpos)] += 1;
+
+ } elsif( $BASES[$pos1] eq 'G'){
+ $data[(ord($SCORES[$pos1])-$normal)][(($pos1*$numBases)+$Gpos)] += 1;
+
+ } elsif( $BASES[$pos1] eq 'C'){
+ $data[(ord($SCORES[$pos1])-$normal)][(($pos1*$numBases)+$Cpos)] += 1;
+
+ } else {
+ $data[(ord($SCORES[$pos1])-$normal)][(($pos1*$numBases)+$Npos)] += 1;
+
+ }
+ }
+
+
+ # the next odd line will be a called bases line so set the which flag back to true
+ $whichLine++;
+ }
+ }
+
+
+ # Increment the iterator
+ $iter++;
+
+}
+
+# Write the longest length of read to the output file.
+print OUTFILE "Longest Length Read: $maxLength\n";
+
+# Put column headings on the file tab delimited
+foreach my $pos2 (0 .. ($maxLength - 1)) {
+ print OUTFILE "A$pos2\t";
+
+}
+
+foreach my $pos3(0 .. ($maxLength - 1)){
+ print OUTFILE "T$pos3\t";
+
+}
+
+foreach my $pos4(0 .. ($maxLength - 1)){
+ print OUTFILE "G$pos4\t";
+
+}
+
+foreach my $pos5(0 .. ($maxLength - 1)){
+ print OUTFILE "C$pos5\t";
+
+}
+
+foreach my $pos6(0 .. ($maxLength - 1)){
+ print OUTFILE "N$pos6\t";
+}
+
+print OUTFILE "\n";
+
+# Re-arrange the elements of the matrix and calculate the average quality score per position.
+for(my $h = 0; $h < $numBases; $h++){
+ for(my $t = 0; $t < $numScores; $t++) {
+ for(my $g = 0; $g < ($maxLength); $g++) {
+
+ # Set null elements to 0
+ if($data[$t][(($g*$numBases)+$h)] < 1){
+ $data[$t][(($g*$numBases)+$h)] = 0;
+ }
+
+ # Do the re-arranging
+ $finDat[$t][($g+(($maxLength)*$h))] = $data[$t][(($g*$numBases)+$h)];
+
+ # Do the summations needed to find avg quality scores
+ $avgScore[0][($g+(($maxLength)*$h))] += $allScores[$t]*$finDat[$t][($g+(($maxLength)*$h))];
+ $avgScore[1][($g+(($maxLength)*$h))] += $finDat[$t][($g+(($maxLength)*$h))];
+
+ }
+ }
+}
+
+
+# Write the data matrix to the output file tab delimited
+for(my $o = 0; $o < ($numScores + 1); $o++) {
+ for(my $p = 0; $p < ($maxLength * $numBases); $p++) {
+
+ if($o == $numScores){
+ # Make sure the numerators and denominators are not 0.
+ if(($avgScore[0][$p] != 0) && ($avgScore[1][$p] != 0)){
+ print OUTFILE ($avgScore[0][$p] / $avgScore[1][$p]), "\t";
+ } else {
+ print OUTFILE "0\t";
+ }
+ } else {
+ print OUTFILE "$finDat[$o][$p]\t";
+ }
+
+ }
+ print OUTFILE "\n";
+}
+
+# Write the average quality score information to the file
+for( my $n = 0; $n < 2; $n++){
+ for( my $m = 0; $m < ($maxLength *$numBases); $m++){
+ print OUTFILE $avgScore[$n][$m], "\t";
+ }
+ print OUTFILE "\n";
+}
+
+# Close the open files.
+close(OUTFILE);
+close(INFILE);
+
+# Exit the program
+exit;
diff --git a/ART_profiler_illumina/summation.pl b/ART_profiler_illumina/summation.pl
new file mode 100755
index 0000000..e7226f1
--- /dev/null
+++ b/ART_profiler_illumina/summation.pl
@@ -0,0 +1,167 @@
+#!/usr/bin/perl
+# A perl program to compute the summation of frequency amongst multiple files for each
+# quality score.
+# @author Jason Myers
+
+use strict;
+
+# Print an error message unless the atleast two fastqReadAvg files and an output file are specified
+my $numArgs = $#ARGV + 1;
+
+unless( $numArgs >= 3){
+ print "Usage: perl summation.pl fastqReadAvg_file1 fastqReadAvg_file2 [fastReadqAvg_fileN] outputFile \n";
+ exit;
+}
+
+
+# Arrays to hold the different quality score frequencies by base
+my @COMB_FREQA = ();
+my @COMB_FREQT = ();
+my @COMB_FREQG = ();
+my @COMB_FREQC = ();
+my @COMB_FREQN = ();
+
+# A variable to track the maximum length read seen
+my $maxLength = 0;
+
+# Loop over the input files
+for(my $iter = 0; $iter < ($numArgs - 1); $iter++){
+
+ # Open the file in question
+ my $infile = $ARGV[$iter];
+
+ open INFILE, "$infile", or die $!;
+
+ # Set the line counter to 0
+ my $count = 0;
+
+ # An array to temporarily store each files frequency lines
+ my @TEMP = ();
+
+ # A variable to hold the initial grab of the current line
+ my $line = '';
+
+ # variable corresponding to the current length
+ my $curLength;
+
+ # Loop over each line of the file
+ while(<INFILE>){
+
+ if( $count >= 2 && $count <= 73 ){
+
+ # get the line
+ $line = $_;
+
+ # set the current length to 0.
+ $curLength = 0;
+
+
+ # split the line up into its elements
+ @TEMP = split('\t', $line);
+
+ # calculate the current length of read being seen
+ $curLength = $#TEMP / 5;
+
+ # if the current length is longer than the current maximum length seen
+ # set the max length to the current length
+ if($curLength > $maxLength){
+ $maxLength = $curLength;
+ }
+
+ # iterate over the elements of the current line and add them to their corresponging positions
+ for(my $iter = 0; $iter < 5; $iter++){
+ for(my $k = 0; $k < $curLength; $k++){
+ if( $iter == 0){
+ $COMB_FREQA[($count - 2)][$k] += $TEMP[(($iter * $curLength) + $k)];
+
+ } elsif( $iter == 1){
+ $COMB_FREQT[($count - 2)][$k] += $TEMP[(($iter * $curLength) + $k)];
+
+ } elsif( $iter == 2){
+ $COMB_FREQG[($count - 2)][$k] += $TEMP[(($iter * $curLength) + $k)];
+
+ } elsif( $iter == 3){
+ $COMB_FREQC[($count - 2)][$k] += $TEMP[(($iter * $curLength) + $k)];
+
+ } else{
+ $COMB_FREQN[($count - 2)][$k] += $TEMP[(($iter * $curLength) + $k)];
+
+ }
+ }
+ }
+
+ # set the temp variable back to null
+ @TEMP = ();
+ }
+
+ # increase the line counter
+ $count++;
+ }
+
+ # close the current infile
+ close(INFILE);
+}
+
+# open the outfile
+my $outfile = $ARGV[$numArgs - 1];
+
+open OUTFILE, ">>$outfile", or die $!;
+
+
+# set the first base to 'A'
+my $base = 'A';
+
+# write the header out to the output file
+for( my $iter = 0; $iter < 5; $iter++){
+
+ if( $iter == 0){
+ } elsif( $iter == 1 ){
+ $base = 'T';
+ } elsif( $iter == 2 ){
+ $base = 'G';
+ } elsif( $iter == 3 ){
+ $base = 'C';
+ } else {
+ $base = 'N';
+ }
+
+ foreach my $pos1 (0 .. ($maxLength - 1)){
+
+ print OUTFILE $base, $pos1, "\t";
+
+ }
+}
+
+print OUTFILE "\n";
+
+# write the contents of each combined frequency array out to the output
+# file in the correct order
+for(my $i = 0; $i < 71; $i++){
+ for(my $u = 0; $u < 5; $u++){
+ for(my $j = 0; $j < $maxLength; $j++){
+ if($u == 0){
+ print OUTFILE $COMB_FREQA[$i][$j], "\t"
+
+ } elsif($u == 1){
+ print OUTFILE $COMB_FREQT[$i][$j], "\t"
+
+ } elsif($u == 2){
+ print OUTFILE $COMB_FREQG[$i][$j], "\t"
+
+ } elsif($u == 3){
+ print OUTFILE $COMB_FREQC[$i][$j], "\t"
+
+ } else{
+ print OUTFILE $COMB_FREQN[$i][$j], "\t"
+ }
+ }
+ }
+
+ print OUTFILE "\n";
+}
+
+# close the output file
+close(OUTFILE);
+
+# end summation.pl
+exit;
diff --git a/AUTHORS b/AUTHORS
new file mode 100644
index 0000000..86b7911
--- /dev/null
+++ b/AUTHORS
@@ -0,0 +1 @@
+Weichun Huang at whduke at gmail.com
diff --git a/COPYING b/COPYING
new file mode 100644
index 0000000..e69de29
diff --git a/ChangeLog b/ChangeLog
new file mode 100644
index 0000000..667a513
--- /dev/null
+++ b/ChangeLog
@@ -0,0 +1,11 @@
+The list of changes for Chocolate Cherries release are given below.
+
+art_illumina version 2.3.7
+ 1) corrected a typo of "SO" in the HQ tag of the SAM file generated
+ 2) added an option to use 'M' instead of '=/X' for alignment match/mismatch CIGAR in the SAM file generated
+art_454 version 2.6.0
+ 1) corrected a typo of "SO" in the HQ tag of the SAM file generated
+ 2) added an option to use 'M' instead of '=/X' for alignment match/mismatch CIGAR in the SAM file generated
+art_SOLiD version 1.3.3
+ 1) corrected a typo of "SO" in the HQ tag of the SAM file generated
+ 2) added an option to use 'M' instead of '=/X' for alignment match/mismatch CIGAR in the SAM file generated
diff --git a/Illumina_profiles/Emp100R1.txt b/Illumina_profiles/Emp100R1.txt
new file mode 100644
index 0000000..131dda2
--- /dev/null
+++ b/Illumina_profiles/Emp100R1.txt
@@ -0,0 +1,1201 @@
+. 0 0 2 7 10 12 15 16 18 19 20 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 33 34
+. 0 3905743 45345497 49158122 57009821 59025108 61049836 73186593 74775249 74919293 77067802 83794125 92125932 94625060 109130534 152157667 173621700 228617928 235434409 360506841 924229100 1050788673 1572984495
+. 1 0 2 7 10 12 15 16 18 19 20 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 33 34
+. 1 656238 42553987 46270739 59523316 60829670 63811399 85685424 87500618 87849582 90541237 98878279 107130755 109949995 122776265 161380042 203451500 250205648 255989649 353899708 831992900 886666997 1572984495
+. 2 0 2 7 10 12 15 16 18 19 20 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 33 34
+. 2 398051 42198059 46081160 69030791 70124368 72241217 102005717 103764268 103935340 106764469 116815033 126127923 128986547 144909255 182601025 232783825 279646973 284761753 374832749 802551304 837186800 1572984495
+. 3 0 2 7 10 12 16 17 18 19 20 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 35 37
+. 3 233992 42186073 45031477 59891489 60738132 68385901 73532113 74935981 90435769 92842607 98900996 101105449 103589380 111590841 125891324 136619749 165387764 167258376 202683922 215977480 282165857 332490950 664305828 1572984495
+. 4 0 2 7 10 12 16 17 18 19 20 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 35 37
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+. 5 0 2 6 7 8 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37
+. 5 2308141 54358972 54368148 56536501 62182007 71043174 73104452 73552194 74624903 74803255 77284668 79890318 91211746 94880815 98175788 98811633 100189860 104073514 110523737 111840685 122044929 133885125 144065046 160148133 169487295 201894254 217692686 280883267 328072243 328085528 671559644 695059501 1572984495
+. 6 0 2 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37
+. 6 2343210 57503283 57515587 57529057 59064267 63788418 63788423 72190975 74371775 74710403 75720876 75833198 77907433 80004254 90293240 93429345 96512870 96976494 98121717 101749098 107132200 108284885 117995099 129053872 139352076 154125712 162741556 192979900 208765790 269917593 317934881 317950844 666797141 693881253 1572984495
+. 7 0 2 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37
+. 7 2289285 60620873 60642287 60651516 62106112 66801085 66801112 75937828 78567863 78864927 79837932 79922506 81774921 83836250 93792921 97165286 100879787 101316410 102422960 106287054 112007578 113179372 123218210 135824305 146311554 159572617 169227118 201519632 214248689 273924284 322783252 322799197 665266299 691364145 1572984495
+. 8 0 2 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39
+. 8 2315891 62981765 62996344 63006885 64261910 68626756 68627059 77900897 80764275 81019227 81989734 82060082 83713289 85638583 95741355 99212799 103063375 103462166 104516367 108381023 113896723 114990495 125090439 130103063 149666497 161260094 170977766 203594035 214274858 257607411 295840732 324132511 440587032 440792639 628187808 724071165 1572984495
+. 9 0 2 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39
+. 9 2336294 65030544 65046841 65058727 66276725 70611820 70618393 80601532 84096931 84320663 85229854 85287068 86748666 88586031 98605525 102311188 106556603 106898836 107900556 111697231 117361109 118384004 128989490 134002798 155712096 165204961 175432282 209296210 218954921 262528939 303197733 329825973 448886954 449092272 637773090 745508314 1572984495
+. 10 0 2 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39
+. 10 2201277 66860209 66874293 66883707 67943683 72010932 72030455 81971088 85166314 85369826 86250555 86304325 87791766 89510926 99766834 103408782 107438622 107743963 108702243 112468333 117956566 118927726 129442630 134354671 158131788 165433878 175383532 208952598 218277501 261773785 301556707 328281602 445795781 445969789 631994304 738196593 1572984495
+. 11 0 2 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39
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+. 12 0 2 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39
+. 12 2330434 70185855 70202404 70216711 71275941 75432336 75481584 85795882 88553521 88745865 89500096 89566005 91298713 93280410 103300388 107164084 110805461 111124796 112195445 115974262 121746712 122683026 133342368 138577329 164742001 169870092 179748305 213868961 223063526 268754105 308011383 336021902 456714966 456888768 649248956 760051951 1572984495
+. 13 0 2 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41
+. 13 2222684 71562258 71583893 71607164 72618652 76744396 76822140 87408371 90282782 90473798 91189835 91257298 91696725 94475666 105090981 109026634 112815118 113115591 114184120 117968615 120421853 124716574 135627632 141001681 167327869 172395697 182266595 202126002 225117718 261484428 302029507 333532498 354558113 434413227 492396611 649271871 748179768 1053417455 1572984495
+. 14 0 2 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41
+. 14 2331232 72909434 72933989 72967538 73998857 78121267 78236692 89015703 91959848 92165228 92838793 92906609 93384478 96343285 106770951 110932753 114686639 115024717 116097415 119884413 122426583 126934376 137942009 143618126 169795016 174949224 184874662 204986375 228289028 264287572 305657357 336685167 358351212 438533705 496893239 656567795 755960704 1064606224 1572984495
+. 15 0 2 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41
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+C 7 6 8 10 11 12 13 14 18 20 22 24 25 27 28 29 30 31 32 33
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+C 8 6 7 8 10 11 12 13 14 18 19 20 22 24 27 28 29 30 31 32 33 35 36
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+C 9 21 26 49 54 19610 22881 118520 118521 118522 118527 173006 175264 175266 201924 201925 293946 299545 299584 354205 521799 548638 944094 2542244 2604883
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+C 10 12 23 43 48 19683 22903 121987 121992 121993 121999 173275 173276 175675 175676 205190 205191 205192 293479 299249 299344 353039 523566 549593 940306 2539759 2606707
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+C 11 34 49 92 117 21635 25220 141066 141072 141075 141076 141077 141081 195864 195865 198195 198197 226979 226980 317401 323251 323458 378040 550728 577697 970875 2593879 2669912
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+C 12 23 42 84 166 19961 23299 120235 120238 120243 120247 120250 120257 120268 173914 173915 175977 175979 200790 200792 200793 289437 295009 295446 345962 515091 541820 921985 2530305 2612158
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+C 13 28 55 103 202 21355 25092 118912 118916 118921 118923 118925 118926 118929 118936 170314 170317 172403 172406 198569 198570 198573 285302 291056 291860 341294 511892 538103 916958 2518742 2600536
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+N 14 2
+N 14 9614942
+N 15 2
+N 15 9758927
+N 16 2
+N 16 9780016
+N 17 2
+N 17 9584453
+N 18 2
+N 18 9782574
+N 19 2
+N 19 10053731
+N 20 2
+N 20 9697280
+N 21 2
+N 21 9502008
+N 22 2
+N 22 9543283
+N 23 2
+N 23 9910450
+N 24 2
+N 24 10044061
+N 25 2
+N 25 9991341
+N 26 2
+N 26 9833925
+N 27 2
+N 27 9904958
+N 28 2
+N 28 10113944
+N 29 2
+N 29 10089416
+N 30 2
+N 30 9844549
+N 31 2
+N 31 10026139
+N 32 2
+N 32 10307575
+N 33 2
+N 33 10060893
+N 34 2
+N 34 10033598
+N 35 2
+N 35 9926663
+N 36 2
+N 36 10156806
+N 37 2
+N 37 9942728
+N 38 2
+N 38 9858090
+N 39 2
+N 39 9694851
+N 40 2
+N 40 9865471
+N 41 2
+N 41 9716195
+N 42 2
+N 42 9649557
+N 43 2
+N 43 9635372
+N 44 2
+N 44 9920478
+N 45 2
+N 45 9935980
+N 46 2
+N 46 9694923
+N 47 2
+N 47 9682548
+N 48 2
+N 48 9771226
+N 49 2
+N 49 9809473
+N 50 2
+N 50 9501523
+N 51 2
+N 51 8818314
+N 52 2
+N 52 8982891
+N 53 2
+N 53 9268945
+N 54 2
+N 54 8898519
+N 55 2
+N 55 7796215
+N 56 2
+N 56 8014907
+N 57 2
+N 57 8730973
+N 58 2
+N 58 8967658
+N 59 2
+N 59 9069373
+N 60 2
+N 60 9021558
+N 61 2
+N 61 8875237
+N 62 2
+N 62 9027537
+N 63 2
+N 63 8995299
+N 64 2
+N 64 8925887
+N 65 2
+N 65 8736887
+N 66 2
+N 66 8823028
+N 67 2
+N 67 9220157
+N 68 2
+N 68 8364937
+N 69 2
+N 69 7984468
+N 70 2
+N 70 8865907
+N 71 2
+N 71 9029360
+N 72 2
+N 72 8143873
+N 73 2
+N 73 7840703
+N 74 2
+N 74 8820116
+N 75 2
+N 75 9133917
+N 76 2
+N 76 9493016
+N 77 2
+N 77 9467696
+N 78 2
+N 78 9350931
+N 79 2
+N 79 8969346
+N 80 2
+N 80 9593880
+N 81 2
+N 81 9636082
+N 82 2
+N 82 9878118
+N 83 2
+N 83 9903323
+N 84 2
+N 84 9632117
+N 85 2
+N 85 9759898
+N 86 2
+N 86 9936169
+N 87 2
+N 87 9773950
+N 88 2
+N 88 9427736
+N 89 2
+N 89 8924034
+N 90 2
+N 90 9292332
+N 91 2
+N 91 9459141
+N 92 2
+N 92 9458027
+N 93 2
+N 93 9383053
+N 94 2
+N 94 9483395
+N 95 2
+N 95 9473271
+N 96 2
+N 96 9113777
+N 97 2
+N 97 9138649
+N 98 2
+N 98 9475385
+N 99 2
+N 99 9900234
diff --git a/Makefile.am b/Makefile.am
new file mode 100644
index 0000000..a8336b9
--- /dev/null
+++ b/Makefile.am
@@ -0,0 +1,17 @@
+AUTOMAKE_OPTIONS = subdir-objects
+ACLOCAL_AMFLAGS = ${ACLOCAL_FLAGS}
+
+AM_CPPFLAGS = -O3
+
+bin_PROGRAMS = art_illumina art_454 art_SOLiD
+
+art_illumina_SOURCES = art_illumina_src/art.h art_illumina_src/empdist.h art_illumina_src/readSeqFile.h art_illumina_src/seqRead.h art_illumina_src/samRead.h \
+ art_illumina_src/art_illumina.cpp art_illumina_src/art_qual_scale.cpp art_illumina_src/empdist.cpp art_illumina_src/readSeqFile.cpp art_illumina_src/seqRead.cpp art_illumina_src/samRead.cpp
+art_454_SOURCES = art_454_src/art.h art_454_src/read_profile.h art_454_src/readSeqFile.h art_454_src/seqRead.h art_454_src/samRead.h \
+ art_454_src/art_454.cpp art_454_src/art.cpp art_454_src/read_profile.cpp art_454_src/readSeqFile.cpp art_454_src/seqRead.cpp art_454_src/samRead.cpp
+
+art_SOLiD_SOURCES= art_SOLiD_src/art.h art_SOLiD_src/readSeqFile.h art_SOLiD_src/read_SOLiD.h art_SOLiD_src/samRead.h art_SOLiD_src/utility.hpp \
+ art_SOLiD_src/art_SOLiD.cpp art_SOLiD_src/art.cpp art_SOLiD_src/readSeqFile.cpp art_SOLiD_src/read_SOLiD.cpp art_SOLiD_src/samRead.cpp
+
+dist_bin_SCRIPTS = aln2bed.pl map2bed.pl ART_profiler_454/art_profiler_454 ART_profiler_illumina/combinedAvg.pl ART_profiler_illumina/fastqReadAvg.pl ART_profiler_illumina/art_profiler_illumina ART_profiler_illumina/empDist.pl ART_profiler_illumina/summation.pl
+#dist_noinst_SCRIPTS = autogen.sh
diff --git a/NEWS b/NEWS
new file mode 100644
index 0000000..b0b5433
--- /dev/null
+++ b/NEWS
@@ -0,0 +1,2 @@
+1) corrected a typo of "SO" in the HQ tag of the SAM file generated
+2) added an option to use 'M' instead of '=/X' for alignment match/mismatch CIGAR in the SAM file generated
diff --git a/README b/README
new file mode 100644
index 0000000..5ad931d
--- /dev/null
+++ b/README
@@ -0,0 +1,30 @@
+README FILES
+
+ 1) art_illumina_README for art_illumina
+ 2) art_454_README for art_454
+ 3) art_SOLiD_README for art_SOLiD
+
+COMPILATION AND INSTALLATION
+
+ PREREQUISITES:
+
+ 1) GNU g++ 4.0 or above (http://gcc.gnu.org/install)
+ 2) GNU gsl library (http://www.gnu.org/s/gsl/)
+
+ COMPILATION & INSTALLATION
+ 1) add gsl library installation directory to compiler's search path
+
+ If your GSL library is not installed in system standard search path, your GSL installation
+ directory need to be added to gcc/g++ complier FLAGS. For example, gsl is typically installed
+ in /opt/local or /usr/local directory in MacOS X. You can add the directory to the search path
+ of gcc/g++ complier by run the following command:
+
+ export CFLAGS="$CFLAGS -I/opt/local/include" CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I/opt/local/include" LDFLAGS="$LDFLAGS -L/opt/local/lib"
+ export CFLAGS="$CFLAGS -I/usr/local/include" CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I/usr/local/include" LDFLAGS="$LDFLAGS -L/usr/local/lib"
+
+ 2) compile and install
+
+ ./configure --prefix=$HOME
+ make
+ make install
+
diff --git a/SOLiD_profiles/getPsuedoProfile.pl b/SOLiD_profiles/getPsuedoProfile.pl
new file mode 100644
index 0000000..7462a12
--- /dev/null
+++ b/SOLiD_profiles/getPsuedoProfile.pl
@@ -0,0 +1,11 @@
+open(F1, $ARGV[0]) or die $!;
+open(F2, $ARGV[1]) or die $!;
+while(<F1>){
+ chomp;
+ @aa=split /\s+/;
+ $aa[0]=($aa[0]-1)*2;
+ printf "%s\n", join "\t", @aa;
+ my $bf=<F2>;
+ chomp;
+ @aa=split /\s+/,$bf; $aa[0]=($aa[0]-1)*2+1; printf "%s\n", join "\t", @aa;
+}
diff --git a/SOLiD_profiles/profile_default b/SOLiD_profiles/profile_default
new file mode 100644
index 0000000..47c9ba1
--- /dev/null
+++ b/SOLiD_profiles/profile_default
@@ -0,0 +1,435 @@
+#abSOLiD_PROFILE
+#pos correct_base wrong_base error_rate_1st_read error_rate_2nd_read
+1 A C 0.001491472 0.003540099
+1 A G 0.0005228 0.001881661
+1 A T 0.003993545 0.001631635
+1 C A 0.00084175 0.001688864
+1 C G 0.00017073 0.001217646
+1 C T 0.001824878 0.001543672
+1 G A 0.011333555 0.018190343
+1 G C 0.014223573 0.00469467
+1 G T 0.041205956 0.004096364
+1 T A 0.000668773 0.001219377
+1 T C 0.000637655 0.00193854
+1 T G 0.000275589 0.000919703
+2 0 1 0.001041867 0.002030822
+2 0 2 0.013801504 0.007512114
+2 0 3 0.001716858 0.001620399
+2 1 0 0.001025594 0.001012225
+2 1 2 0.001958103 0.001926673
+2 1 3 0.002200878 0.000974162
+2 2 0 0.001186617 0.000826307
+2 2 1 0.001085001 0.00039359
+2 2 3 0.001379582 0.00027003
+2 3 0 0.001729502 0.001292348
+2 3 1 0.001947007 0.001208428
+2 3 2 0.002128902 0.001270821
+3 0 1 0.003767178 0.002369064
+3 0 2 0.008919924 0.005369102
+3 0 3 0.004002545 0.002143616
+3 1 0 0.002373642 0.001597904
+3 1 2 0.004043065 0.001959935
+3 1 3 0.003609029 0.001729237
+3 2 0 0.001638943 0.000773814
+3 2 1 0.001637496 0.000521091
+3 2 3 0.001722405 0.000415616
+3 3 0 0.00249707 0.001570381
+3 3 1 0.003223629 0.001747692
+3 3 2 0.002890741 0.00170472
+4 0 1 0.00242206 0.003091706
+4 0 2 0.008067071 0.010273032
+4 0 3 0.002305464 0.002419914
+4 1 0 0.002504384 0.003148652
+4 1 2 0.001224028 0.006520672
+4 1 3 0.001466355 0.002254776
+4 2 0 0.000906381 0.001734116
+4 2 1 0.000350519 0.001541696
+4 2 3 0.000305353 0.000933823
+4 3 0 0.003291258 0.002458903
+4 3 1 0.00175541 0.002347683
+4 3 2 0.000980982 0.003270988
+5 0 1 0.017850833 0.004637653
+5 0 2 0.026849994 0.013930076
+5 0 3 0.029268381 0.009409501
+5 1 0 0.015127277 0.000962739
+5 1 2 0.01739913 0.002763772
+5 1 3 0.024516513 0.006816143
+5 2 0 0.008188461 0.000626974
+5 2 1 0.007466146 0.000706229
+5 2 3 0.007082475 0.004595995
+5 3 0 0.01533887 0.002200836
+5 3 1 0.012920585 0.003033724
+5 3 2 0.013135876 0.01697158
+6 0 1 0.003788152 0.001344167
+6 0 2 0.017630872 0.006932129
+6 0 3 0.005370983 0.001574082
+6 1 0 0.007373256 0.00153208
+6 1 2 0.013704973 0.002124211
+6 1 3 0.005365139 0.00187296
+6 2 0 0.002400316 0.000739044
+6 2 1 0.000881295 0.000364362
+6 2 3 0.001901427 0.000538072
+6 3 0 0.007776124 0.001649305
+6 3 1 0.004594187 0.001563404
+6 3 2 0.014063692 0.002045306
+7 0 1 0.001865178 0.002333462
+7 0 2 0.007967004 0.007697349
+7 0 3 0.001853949 0.003304675
+7 1 0 0.002794012 0.002006424
+7 1 2 0.003260585 0.003151322
+7 1 3 0.002117373 0.002972201
+7 2 0 0.000731691 0.001049387
+7 2 1 0.000370263 0.000939867
+7 2 3 0.000574499 0.001585481
+7 3 0 0.002762492 0.002274554
+7 3 1 0.002032964 0.002494916
+7 3 2 0.002919379 0.004120229
+8 0 1 0.005930142 0.005623066
+8 0 2 0.01010612 0.014570263
+8 0 3 0.003455308 0.011459001
+8 1 0 0.005143442 0.004252315
+8 1 2 0.004929423 0.011475494
+8 1 3 0.003190774 0.010933003
+8 2 0 0.001954044 0.002792807
+8 2 1 0.002541183 0.003931656
+8 2 3 0.001093041 0.008027325
+8 3 0 0.005231296 0.006961648
+8 3 1 0.006426889 0.007784497
+8 3 2 0.004444038 0.017499418
+9 0 1 0.001559526 0.003717635
+9 0 2 0.005621092 0.006588571
+9 0 3 0.001161194 0.003271256
+9 1 0 0.003560365 0.003647662
+9 1 2 0.001677121 0.006641461
+9 1 3 0.001724583 0.003900949
+9 2 0 0.001216171 0.001795173
+9 2 1 0.000494798 0.002256553
+9 2 3 0.000357264 0.001943742
+9 3 0 0.003506091 0.00437619
+9 3 1 0.002098906 0.004236828
+9 3 2 0.00129883 0.003592505
+10 0 1 0.01044776 0.004734385
+10 0 2 0.023244366 0.010666868
+10 0 3 0.013030207 0.003081192
+10 1 0 0.013022946 0.002933192
+10 1 2 0.01234467 0.005751805
+10 1 3 0.012991932 0.002577506
+10 2 0 0.005268218 0.001253209
+10 2 1 0.0069256 0.002025459
+10 2 3 0.005069904 0.000884881
+10 3 0 0.012535258 0.003570298
+10 3 1 0.008369101 0.004937548
+10 3 2 0.017109833 0.005106681
+11 0 1 0.006698851 0.003955686
+11 0 2 0.014669725 0.01419508
+11 0 3 0.00636327 0.004574377
+11 1 0 0.004553384 0.00296863
+11 1 2 0.006899407 0.007200749
+11 1 3 0.005118771 0.004664393
+11 2 0 0.003009345 0.001066787
+11 2 1 0.003748755 0.001911522
+11 2 3 0.003183283 0.002191965
+11 3 0 0.004204934 0.004468819
+11 3 1 0.005030286 0.005356573
+11 3 2 0.006866735 0.011971879
+12 0 1 0.002623753 0.005925951
+12 0 2 0.010007541 0.013423631
+12 0 3 0.004243786 0.007558296
+12 1 0 0.003165271 0.003331065
+12 1 2 0.004632612 0.006387148
+12 1 3 0.003988635 0.006270652
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+*end_of_profile
diff --git a/SOLiD_profiles/profile_pseudo b/SOLiD_profiles/profile_pseudo
new file mode 100644
index 0000000..2d5b573
--- /dev/null
+++ b/SOLiD_profiles/profile_pseudo
@@ -0,0 +1,915 @@
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+60 3 0 0.03364225 0.05665753
+60 3 1 0.03938968 0.02219896
+60 3 2 0.04045391 0.06902374
+61 0 1 0.034439167 0.027372483
+61 0 2 0.042589846 0.056034032
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+61 2 1 0.020684018 0.014976889
+61 2 3 0.00842883 0.014536539
+61 3 0 0.033642255 0.056657532
+61 3 1 0.039389681 0.022198961
+61 3 2 0.040453911 0.069023743
+62 0 1 0.06265716 0.02920891
+62 0 2 0.07560083 0.06199076
+62 0 3 0.03627865 0.03632931
+62 1 0 0.03560780 0.04956789
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+62 1 3 0.03507984 0.02909063
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+62 2 3 0.02739656 0.01557630
+62 3 0 0.03787242 0.05197837
+62 3 1 0.06308371 0.03008153
+62 3 2 0.06873485 0.08222006
+63 0 1 0.062657166 0.029208916
+63 0 2 0.075600831 0.061990761
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+63 1 2 0.072620808 0.083202188
+63 1 3 0.03507984 0.02909063
+63 2 0 0.025805069 0.044151269
+63 2 1 0.033006774 0.015382894
+63 2 3 0.02739656 0.015576309
+63 3 0 0.037872425 0.051978373
+63 3 1 0.063083717 0.030081533
+63 3 2 0.068734859 0.08222006
+64 0 1 0.10011229 0.02257356
+64 0 2 0.11323839 0.08066579
+64 0 3 0.08882710 0.02211399
+64 1 0 0.08660070 0.04151958
+64 1 2 0.12020038 0.08292800
+64 1 3 0.08382342 0.01897563
+64 2 0 0.06291398 0.02716390
+64 2 1 0.09315125 0.01113954
+64 2 3 0.07255879 0.00674765
+64 3 0 0.09096955 0.04171335
+64 3 1 0.10329630 0.02320284
+64 3 2 0.11418309 0.08095648
+65 0 1 0.100112294 0.02257356
+65 0 2 0.113238397 0.080665794
+65 0 3 0.088827102 0.022113997
+65 1 0 0.086600704 0.041519588
+65 1 2 0.120200387 0.082928002
+65 1 3 0.083823424 0.018975636
+65 2 0 0.062913983 0.027163907
+65 2 1 0.093151256 0.011139543
+65 2 3 0.072558799 0.006747657
+65 3 0 0.090969551 0.041713352
+65 3 1 0.103296306 0.023202841
+65 3 2 0.11418309 0.080956489
+66 0 1 0.07107510 0.03051406
+66 0 2 0.07993595 0.08820733
+66 0 3 0.04088982 0.02451757
+66 1 0 0.03616155 0.03599495
+66 1 2 0.07413758 0.07172901
+66 1 3 0.03823059 0.02055788
+66 2 0 0.02482911 0.02851258
+66 2 1 0.04861861 0.02100989
+66 2 3 0.02615505 0.01200733
+66 3 0 0.04429404 0.04698350
+66 3 1 0.07261405 0.03932368
+66 3 2 0.07956130 0.10128651
+67 0 1 0.071075103 0.030514068
+67 0 2 0.079935956 0.088207334
+67 0 3 0.040889823 0.024517577
+67 1 0 0.036161556 0.035994955
+67 1 2 0.074137586 0.07172901
+67 1 3 0.038230596 0.02055788
+67 2 0 0.024829114 0.028512589
+67 2 1 0.048618619 0.021009897
+67 2 3 0.026155055 0.012007338
+67 3 0 0.044294048 0.046983506
+67 3 1 0.072614052 0.039323687
+67 3 2 0.079561304 0.10128651
+68 0 1 0.11159166 0.03040903
+68 0 2 0.13715948 0.08079773
+68 0 3 0.08507329 0.02162578
+68 1 0 0.09990246 0.03840348
+68 1 2 0.12375496 0.07190002
+68 1 3 0.07293125 0.01709070
+68 2 0 0.05962979 0.03470116
+68 2 1 0.07903131 0.02098971
+68 2 3 0.05894819 0.00970379
+68 3 0 0.09796394 0.05029246
+68 3 1 0.10651909 0.03874874
+68 3 2 0.13598815 0.08715701
+69 0 1 0.111591665 0.030409034
+69 0 2 0.137159484 0.080797736
+69 0 3 0.085073292 0.021625781
+69 1 0 0.099902469 0.03840348
+69 1 2 0.123754967 0.071900028
+69 1 3 0.072931258 0.017090703
+69 2 0 0.05962979 0.03470116
+69 2 1 0.079031315 0.02098971
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+69 3 1 0.106519093 0.038748743
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+70 0 1 0.111591665 0.030409034
+70 0 2 0.137159484 0.080797736
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+70 2 0 0.05962979 0.03470116
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+70 2 3 0.058948194 0.009703795
+70 3 0 0.097963949 0.050292462
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+70 3 2 0.135988156 0.087157018
+71 0 1 0.111591665 0.030409034
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+71 1 2 0.123754967 0.071900028
+71 1 3 0.072931258 0.017090703
+71 2 0 0.05962979 0.03470116
+71 2 1 0.079031315 0.02098971
+71 2 3 0.058948194 0.009703795
+71 3 0 0.097963949 0.050292462
+71 3 1 0.106519093 0.038748743
+71 3 2 0.135988156 0.087157018
+72 0 1 0.111591665 0.030409034
+72 0 2 0.137159484 0.080797736
+72 0 3 0.085073292 0.021625781
+72 1 0 0.099902469 0.03840348
+72 1 2 0.123754967 0.071900028
+72 1 3 0.072931258 0.017090703
+72 2 0 0.05962979 0.03470116
+72 2 1 0.079031315 0.02098971
+72 2 3 0.058948194 0.009703795
+72 3 0 0.097963949 0.050292462
+72 3 1 0.106519093 0.038748743
+72 3 2 0.135988156 0.087157018
+73 0 1 0.111591665 0.030409034
+73 0 2 0.137159484 0.080797736
+73 0 3 0.085073292 0.021625781
+73 1 0 0.099902469 0.03840348
+73 1 2 0.123754967 0.071900028
+73 1 3 0.072931258 0.017090703
+73 2 0 0.05962979 0.03470116
+73 2 1 0.079031315 0.02098971
+73 2 3 0.058948194 0.009703795
+73 3 0 0.097963949 0.050292462
+73 3 1 0.106519093 0.038748743
+73 3 2 0.135988156 0.087157018
+74 0 1 0.111591665 0.030409034
+74 0 2 0.137159484 0.080797736
+74 0 3 0.085073292 0.021625781
+74 1 0 0.099902469 0.03840348
+74 1 2 0.123754967 0.071900028
+74 1 3 0.072931258 0.017090703
+74 2 0 0.05962979 0.03470116
+74 2 1 0.079031315 0.02098971
+74 2 3 0.058948194 0.009703795
+74 3 0 0.097963949 0.050292462
+74 3 1 0.106519093 0.038748743
+74 3 2 0.135988156 0.087157018
+75 0 1 0.111591665 0.030409034
+75 0 2 0.137159484 0.080797736
+75 0 3 0.085073292 0.021625781
+75 1 0 0.099902469 0.03840348
+75 1 2 0.123754967 0.071900028
+75 1 3 0.072931258 0.017090703
+75 2 0 0.05962979 0.03470116
+75 2 1 0.079031315 0.02098971
+75 2 3 0.058948194 0.009703795
+75 3 0 0.097963949 0.050292462
+75 3 1 0.106519093 0.038748743
+75 3 2 0.135988156 0.087157018
+76 0 1 0.111591666 0.030409035
+76 0 2 0.137159485 0.080797737
+76 0 3 0.085073293 0.021625782
+76 1 0 0.099902470 0.03840349
+76 1 2 0.123754968 0.071900029
+76 1 3 0.072931259 0.017090704
+76 2 0 0.059629800 0.03470117
+76 2 1 0.079031316 0.02098972
+76 2 3 0.058948195 0.009703796
+76 3 0 0.097963950 0.050292463
+76 3 1 0.106519094 0.038748744
+76 3 2 0.135988157 0.087157019
+*end_of_profile
diff --git a/aclocal.m4 b/aclocal.m4
new file mode 100644
index 0000000..3a9a040
--- /dev/null
+++ b/aclocal.m4
@@ -0,0 +1,1149 @@
+# generated automatically by aclocal 1.14.1 -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 1996-2013 Free Software Foundation, Inc.
+
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# This program is distributed in the hope that it will be useful,
+# but WITHOUT ANY WARRANTY, to the extent permitted by law; without
+# even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
+# PARTICULAR PURPOSE.
+
+m4_ifndef([AC_CONFIG_MACRO_DIRS], [m4_defun([_AM_CONFIG_MACRO_DIRS], [])m4_defun([AC_CONFIG_MACRO_DIRS], [_AM_CONFIG_MACRO_DIRS($@)])])
+m4_ifndef([AC_AUTOCONF_VERSION],
+ [m4_copy([m4_PACKAGE_VERSION], [AC_AUTOCONF_VERSION])])dnl
+m4_if(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]), [2.69],,
+[m4_warning([this file was generated for autoconf 2.69.
+You have another version of autoconf. It may work, but is not guaranteed to.
+If you have problems, you may need to regenerate the build system entirely.
+To do so, use the procedure documented by the package, typically 'autoreconf'.])])
+
+# Copyright (C) 2002-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_AUTOMAKE_VERSION(VERSION)
+# ----------------------------
+# Automake X.Y traces this macro to ensure aclocal.m4 has been
+# generated from the m4 files accompanying Automake X.Y.
+# (This private macro should not be called outside this file.)
+AC_DEFUN([AM_AUTOMAKE_VERSION],
+[am__api_version='1.14'
+dnl Some users find AM_AUTOMAKE_VERSION and mistake it for a way to
+dnl require some minimum version. Point them to the right macro.
+m4_if([$1], [1.14.1], [],
+ [AC_FATAL([Do not call $0, use AM_INIT_AUTOMAKE([$1]).])])dnl
+])
+
+# _AM_AUTOCONF_VERSION(VERSION)
+# -----------------------------
+# aclocal traces this macro to find the Autoconf version.
+# This is a private macro too. Using m4_define simplifies
+# the logic in aclocal, which can simply ignore this definition.
+m4_define([_AM_AUTOCONF_VERSION], [])
+
+# AM_SET_CURRENT_AUTOMAKE_VERSION
+# -------------------------------
+# Call AM_AUTOMAKE_VERSION and AM_AUTOMAKE_VERSION so they can be traced.
+# This function is AC_REQUIREd by AM_INIT_AUTOMAKE.
+AC_DEFUN([AM_SET_CURRENT_AUTOMAKE_VERSION],
+[AM_AUTOMAKE_VERSION([1.14.1])dnl
+m4_ifndef([AC_AUTOCONF_VERSION],
+ [m4_copy([m4_PACKAGE_VERSION], [AC_AUTOCONF_VERSION])])dnl
+_AM_AUTOCONF_VERSION(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]))])
+
+# AM_AUX_DIR_EXPAND -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# For projects using AC_CONFIG_AUX_DIR([foo]), Autoconf sets
+# $ac_aux_dir to '$srcdir/foo'. In other projects, it is set to
+# '$srcdir', '$srcdir/..', or '$srcdir/../..'.
+#
+# Of course, Automake must honor this variable whenever it calls a
+# tool from the auxiliary directory. The problem is that $srcdir (and
+# therefore $ac_aux_dir as well) can be either absolute or relative,
+# depending on how configure is run. This is pretty annoying, since
+# it makes $ac_aux_dir quite unusable in subdirectories: in the top
+# source directory, any form will work fine, but in subdirectories a
+# relative path needs to be adjusted first.
+#
+# $ac_aux_dir/missing
+# fails when called from a subdirectory if $ac_aux_dir is relative
+# $top_srcdir/$ac_aux_dir/missing
+# fails if $ac_aux_dir is absolute,
+# fails when called from a subdirectory in a VPATH build with
+# a relative $ac_aux_dir
+#
+# The reason of the latter failure is that $top_srcdir and $ac_aux_dir
+# are both prefixed by $srcdir. In an in-source build this is usually
+# harmless because $srcdir is '.', but things will broke when you
+# start a VPATH build or use an absolute $srcdir.
+#
+# So we could use something similar to $top_srcdir/$ac_aux_dir/missing,
+# iff we strip the leading $srcdir from $ac_aux_dir. That would be:
+# am_aux_dir='\$(top_srcdir)/'`expr "$ac_aux_dir" : "$srcdir//*\(.*\)"`
+# and then we would define $MISSING as
+# MISSING="\${SHELL} $am_aux_dir/missing"
+# This will work as long as MISSING is not called from configure, because
+# unfortunately $(top_srcdir) has no meaning in configure.
+# However there are other variables, like CC, which are often used in
+# configure, and could therefore not use this "fixed" $ac_aux_dir.
+#
+# Another solution, used here, is to always expand $ac_aux_dir to an
+# absolute PATH. The drawback is that using absolute paths prevent a
+# configured tree to be moved without reconfiguration.
+
+AC_DEFUN([AM_AUX_DIR_EXPAND],
+[dnl Rely on autoconf to set up CDPATH properly.
+AC_PREREQ([2.50])dnl
+# expand $ac_aux_dir to an absolute path
+am_aux_dir=`cd $ac_aux_dir && pwd`
+])
+
+# AM_CONDITIONAL -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 1997-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_CONDITIONAL(NAME, SHELL-CONDITION)
+# -------------------------------------
+# Define a conditional.
+AC_DEFUN([AM_CONDITIONAL],
+[AC_PREREQ([2.52])dnl
+ m4_if([$1], [TRUE], [AC_FATAL([$0: invalid condition: $1])],
+ [$1], [FALSE], [AC_FATAL([$0: invalid condition: $1])])dnl
+AC_SUBST([$1_TRUE])dnl
+AC_SUBST([$1_FALSE])dnl
+_AM_SUBST_NOTMAKE([$1_TRUE])dnl
+_AM_SUBST_NOTMAKE([$1_FALSE])dnl
+m4_define([_AM_COND_VALUE_$1], [$2])dnl
+if $2; then
+ $1_TRUE=
+ $1_FALSE='#'
+else
+ $1_TRUE='#'
+ $1_FALSE=
+fi
+AC_CONFIG_COMMANDS_PRE(
+[if test -z "${$1_TRUE}" && test -z "${$1_FALSE}"; then
+ AC_MSG_ERROR([[conditional "$1" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally.]])
+fi])])
+
+# Copyright (C) 1999-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+
+# There are a few dirty hacks below to avoid letting 'AC_PROG_CC' be
+# written in clear, in which case automake, when reading aclocal.m4,
+# will think it sees a *use*, and therefore will trigger all it's
+# C support machinery. Also note that it means that autoscan, seeing
+# CC etc. in the Makefile, will ask for an AC_PROG_CC use...
+
+
+# _AM_DEPENDENCIES(NAME)
+# ----------------------
+# See how the compiler implements dependency checking.
+# NAME is "CC", "CXX", "OBJC", "OBJCXX", "UPC", or "GJC".
+# We try a few techniques and use that to set a single cache variable.
+#
+# We don't AC_REQUIRE the corresponding AC_PROG_CC since the latter was
+# modified to invoke _AM_DEPENDENCIES(CC); we would have a circular
+# dependency, and given that the user is not expected to run this macro,
+# just rely on AC_PROG_CC.
+AC_DEFUN([_AM_DEPENDENCIES],
+[AC_REQUIRE([AM_SET_DEPDIR])dnl
+AC_REQUIRE([AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS])dnl
+AC_REQUIRE([AM_MAKE_INCLUDE])dnl
+AC_REQUIRE([AM_DEP_TRACK])dnl
+
+m4_if([$1], [CC], [depcc="$CC" am_compiler_list=],
+ [$1], [CXX], [depcc="$CXX" am_compiler_list=],
+ [$1], [OBJC], [depcc="$OBJC" am_compiler_list='gcc3 gcc'],
+ [$1], [OBJCXX], [depcc="$OBJCXX" am_compiler_list='gcc3 gcc'],
+ [$1], [UPC], [depcc="$UPC" am_compiler_list=],
+ [$1], [GCJ], [depcc="$GCJ" am_compiler_list='gcc3 gcc'],
+ [depcc="$$1" am_compiler_list=])
+
+AC_CACHE_CHECK([dependency style of $depcc],
+ [am_cv_$1_dependencies_compiler_type],
+[if test -z "$AMDEP_TRUE" && test -f "$am_depcomp"; then
+ # We make a subdir and do the tests there. Otherwise we can end up
+ # making bogus files that we don't know about and never remove. For
+ # instance it was reported that on HP-UX the gcc test will end up
+ # making a dummy file named 'D' -- because '-MD' means "put the output
+ # in D".
+ rm -rf conftest.dir
+ mkdir conftest.dir
+ # Copy depcomp to subdir because otherwise we won't find it if we're
+ # using a relative directory.
+ cp "$am_depcomp" conftest.dir
+ cd conftest.dir
+ # We will build objects and dependencies in a subdirectory because
+ # it helps to detect inapplicable dependency modes. For instance
+ # both Tru64's cc and ICC support -MD to output dependencies as a
+ # side effect of compilation, but ICC will put the dependencies in
+ # the current directory while Tru64 will put them in the object
+ # directory.
+ mkdir sub
+
+ am_cv_$1_dependencies_compiler_type=none
+ if test "$am_compiler_list" = ""; then
+ am_compiler_list=`sed -n ['s/^#*\([a-zA-Z0-9]*\))$/\1/p'] < ./depcomp`
+ fi
+ am__universal=false
+ m4_case([$1], [CC],
+ [case " $depcc " in #(
+ *\ -arch\ *\ -arch\ *) am__universal=true ;;
+ esac],
+ [CXX],
+ [case " $depcc " in #(
+ *\ -arch\ *\ -arch\ *) am__universal=true ;;
+ esac])
+
+ for depmode in $am_compiler_list; do
+ # Setup a source with many dependencies, because some compilers
+ # like to wrap large dependency lists on column 80 (with \), and
+ # we should not choose a depcomp mode which is confused by this.
+ #
+ # We need to recreate these files for each test, as the compiler may
+ # overwrite some of them when testing with obscure command lines.
+ # This happens at least with the AIX C compiler.
+ : > sub/conftest.c
+ for i in 1 2 3 4 5 6; do
+ echo '#include "conftst'$i'.h"' >> sub/conftest.c
+ # Using ": > sub/conftst$i.h" creates only sub/conftst1.h with
+ # Solaris 10 /bin/sh.
+ echo '/* dummy */' > sub/conftst$i.h
+ done
+ echo "${am__include} ${am__quote}sub/conftest.Po${am__quote}" > confmf
+
+ # We check with '-c' and '-o' for the sake of the "dashmstdout"
+ # mode. It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
+ # handle '-M -o', and we need to detect this. Also, some Intel
+ # versions had trouble with output in subdirs.
+ am__obj=sub/conftest.${OBJEXT-o}
+ am__minus_obj="-o $am__obj"
+ case $depmode in
+ gcc)
+ # This depmode causes a compiler race in universal mode.
+ test "$am__universal" = false || continue
+ ;;
+ nosideeffect)
+ # After this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
+ # only be used when explicitly requested.
+ if test "x$enable_dependency_tracking" = xyes; then
+ continue
+ else
+ break
+ fi
+ ;;
+ msvc7 | msvc7msys | msvisualcpp | msvcmsys)
+ # This compiler won't grok '-c -o', but also, the minuso test has
+ # not run yet. These depmodes are late enough in the game, and
+ # so weak that their functioning should not be impacted.
+ am__obj=conftest.${OBJEXT-o}
+ am__minus_obj=
+ ;;
+ none) break ;;
+ esac
+ if depmode=$depmode \
+ source=sub/conftest.c object=$am__obj \
+ depfile=sub/conftest.Po tmpdepfile=sub/conftest.TPo \
+ $SHELL ./depcomp $depcc -c $am__minus_obj sub/conftest.c \
+ >/dev/null 2>conftest.err &&
+ grep sub/conftst1.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+ grep sub/conftst6.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+ grep $am__obj sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+ ${MAKE-make} -s -f confmf > /dev/null 2>&1; then
+ # icc doesn't choke on unknown options, it will just issue warnings
+ # or remarks (even with -Werror). So we grep stderr for any message
+ # that says an option was ignored or not supported.
+ # When given -MP, icc 7.0 and 7.1 complain thusly:
+ # icc: Command line warning: ignoring option '-M'; no argument required
+ # The diagnosis changed in icc 8.0:
+ # icc: Command line remark: option '-MP' not supported
+ if (grep 'ignoring option' conftest.err ||
+ grep 'not supported' conftest.err) >/dev/null 2>&1; then :; else
+ am_cv_$1_dependencies_compiler_type=$depmode
+ break
+ fi
+ fi
+ done
+
+ cd ..
+ rm -rf conftest.dir
+else
+ am_cv_$1_dependencies_compiler_type=none
+fi
+])
+AC_SUBST([$1DEPMODE], [depmode=$am_cv_$1_dependencies_compiler_type])
+AM_CONDITIONAL([am__fastdep$1], [
+ test "x$enable_dependency_tracking" != xno \
+ && test "$am_cv_$1_dependencies_compiler_type" = gcc3])
+])
+
+
+# AM_SET_DEPDIR
+# -------------
+# Choose a directory name for dependency files.
+# This macro is AC_REQUIREd in _AM_DEPENDENCIES.
+AC_DEFUN([AM_SET_DEPDIR],
+[AC_REQUIRE([AM_SET_LEADING_DOT])dnl
+AC_SUBST([DEPDIR], ["${am__leading_dot}deps"])dnl
+])
+
+
+# AM_DEP_TRACK
+# ------------
+AC_DEFUN([AM_DEP_TRACK],
+[AC_ARG_ENABLE([dependency-tracking], [dnl
+AS_HELP_STRING(
+ [--enable-dependency-tracking],
+ [do not reject slow dependency extractors])
+AS_HELP_STRING(
+ [--disable-dependency-tracking],
+ [speeds up one-time build])])
+if test "x$enable_dependency_tracking" != xno; then
+ am_depcomp="$ac_aux_dir/depcomp"
+ AMDEPBACKSLASH='\'
+ am__nodep='_no'
+fi
+AM_CONDITIONAL([AMDEP], [test "x$enable_dependency_tracking" != xno])
+AC_SUBST([AMDEPBACKSLASH])dnl
+_AM_SUBST_NOTMAKE([AMDEPBACKSLASH])dnl
+AC_SUBST([am__nodep])dnl
+_AM_SUBST_NOTMAKE([am__nodep])dnl
+])
+
+# Generate code to set up dependency tracking. -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 1999-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+
+# _AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS
+# ------------------------------
+AC_DEFUN([_AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS],
+[{
+ # Older Autoconf quotes --file arguments for eval, but not when files
+ # are listed without --file. Let's play safe and only enable the eval
+ # if we detect the quoting.
+ case $CONFIG_FILES in
+ *\'*) eval set x "$CONFIG_FILES" ;;
+ *) set x $CONFIG_FILES ;;
+ esac
+ shift
+ for mf
+ do
+ # Strip MF so we end up with the name of the file.
+ mf=`echo "$mf" | sed -e 's/:.*$//'`
+ # Check whether this is an Automake generated Makefile or not.
+ # We used to match only the files named 'Makefile.in', but
+ # some people rename them; so instead we look at the file content.
+ # Grep'ing the first line is not enough: some people post-process
+ # each Makefile.in and add a new line on top of each file to say so.
+ # Grep'ing the whole file is not good either: AIX grep has a line
+ # limit of 2048, but all sed's we know have understand at least 4000.
+ if sed -n 's,^#.*generated by automake.*,X,p' "$mf" | grep X >/dev/null 2>&1; then
+ dirpart=`AS_DIRNAME("$mf")`
+ else
+ continue
+ fi
+ # Extract the definition of DEPDIR, am__include, and am__quote
+ # from the Makefile without running 'make'.
+ DEPDIR=`sed -n 's/^DEPDIR = //p' < "$mf"`
+ test -z "$DEPDIR" && continue
+ am__include=`sed -n 's/^am__include = //p' < "$mf"`
+ test -z "$am__include" && continue
+ am__quote=`sed -n 's/^am__quote = //p' < "$mf"`
+ # Find all dependency output files, they are included files with
+ # $(DEPDIR) in their names. We invoke sed twice because it is the
+ # simplest approach to changing $(DEPDIR) to its actual value in the
+ # expansion.
+ for file in `sed -n "
+ s/^$am__include $am__quote\(.*(DEPDIR).*\)$am__quote"'$/\1/p' <"$mf" | \
+ sed -e 's/\$(DEPDIR)/'"$DEPDIR"'/g'`; do
+ # Make sure the directory exists.
+ test -f "$dirpart/$file" && continue
+ fdir=`AS_DIRNAME(["$file"])`
+ AS_MKDIR_P([$dirpart/$fdir])
+ # echo "creating $dirpart/$file"
+ echo '# dummy' > "$dirpart/$file"
+ done
+ done
+}
+])# _AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS
+
+
+# AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS
+# -----------------------------
+# This macro should only be invoked once -- use via AC_REQUIRE.
+#
+# This code is only required when automatic dependency tracking
+# is enabled. FIXME. This creates each '.P' file that we will
+# need in order to bootstrap the dependency handling code.
+AC_DEFUN([AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS],
+[AC_CONFIG_COMMANDS([depfiles],
+ [test x"$AMDEP_TRUE" != x"" || _AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS],
+ [AMDEP_TRUE="$AMDEP_TRUE" ac_aux_dir="$ac_aux_dir"])
+])
+
+# Do all the work for Automake. -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 1996-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# This macro actually does too much. Some checks are only needed if
+# your package does certain things. But this isn't really a big deal.
+
+dnl Redefine AC_PROG_CC to automatically invoke _AM_PROG_CC_C_O.
+m4_define([AC_PROG_CC],
+m4_defn([AC_PROG_CC])
+[_AM_PROG_CC_C_O
+])
+
+# AM_INIT_AUTOMAKE(PACKAGE, VERSION, [NO-DEFINE])
+# AM_INIT_AUTOMAKE([OPTIONS])
+# -----------------------------------------------
+# The call with PACKAGE and VERSION arguments is the old style
+# call (pre autoconf-2.50), which is being phased out. PACKAGE
+# and VERSION should now be passed to AC_INIT and removed from
+# the call to AM_INIT_AUTOMAKE.
+# We support both call styles for the transition. After
+# the next Automake release, Autoconf can make the AC_INIT
+# arguments mandatory, and then we can depend on a new Autoconf
+# release and drop the old call support.
+AC_DEFUN([AM_INIT_AUTOMAKE],
+[AC_PREREQ([2.65])dnl
+dnl Autoconf wants to disallow AM_ names. We explicitly allow
+dnl the ones we care about.
+m4_pattern_allow([^AM_[A-Z]+FLAGS$])dnl
+AC_REQUIRE([AM_SET_CURRENT_AUTOMAKE_VERSION])dnl
+AC_REQUIRE([AC_PROG_INSTALL])dnl
+if test "`cd $srcdir && pwd`" != "`pwd`"; then
+ # Use -I$(srcdir) only when $(srcdir) != ., so that make's output
+ # is not polluted with repeated "-I."
+ AC_SUBST([am__isrc], [' -I$(srcdir)'])_AM_SUBST_NOTMAKE([am__isrc])dnl
+ # test to see if srcdir already configured
+ if test -f $srcdir/config.status; then
+ AC_MSG_ERROR([source directory already configured; run "make distclean" there first])
+ fi
+fi
+
+# test whether we have cygpath
+if test -z "$CYGPATH_W"; then
+ if (cygpath --version) >/dev/null 2>/dev/null; then
+ CYGPATH_W='cygpath -w'
+ else
+ CYGPATH_W=echo
+ fi
+fi
+AC_SUBST([CYGPATH_W])
+
+# Define the identity of the package.
+dnl Distinguish between old-style and new-style calls.
+m4_ifval([$2],
+[AC_DIAGNOSE([obsolete],
+ [$0: two- and three-arguments forms are deprecated.])
+m4_ifval([$3], [_AM_SET_OPTION([no-define])])dnl
+ AC_SUBST([PACKAGE], [$1])dnl
+ AC_SUBST([VERSION], [$2])],
+[_AM_SET_OPTIONS([$1])dnl
+dnl Diagnose old-style AC_INIT with new-style AM_AUTOMAKE_INIT.
+m4_if(
+ m4_ifdef([AC_PACKAGE_NAME], [ok]):m4_ifdef([AC_PACKAGE_VERSION], [ok]),
+ [ok:ok],,
+ [m4_fatal([AC_INIT should be called with package and version arguments])])dnl
+ AC_SUBST([PACKAGE], ['AC_PACKAGE_TARNAME'])dnl
+ AC_SUBST([VERSION], ['AC_PACKAGE_VERSION'])])dnl
+
+_AM_IF_OPTION([no-define],,
+[AC_DEFINE_UNQUOTED([PACKAGE], ["$PACKAGE"], [Name of package])
+ AC_DEFINE_UNQUOTED([VERSION], ["$VERSION"], [Version number of package])])dnl
+
+# Some tools Automake needs.
+AC_REQUIRE([AM_SANITY_CHECK])dnl
+AC_REQUIRE([AC_ARG_PROGRAM])dnl
+AM_MISSING_PROG([ACLOCAL], [aclocal-${am__api_version}])
+AM_MISSING_PROG([AUTOCONF], [autoconf])
+AM_MISSING_PROG([AUTOMAKE], [automake-${am__api_version}])
+AM_MISSING_PROG([AUTOHEADER], [autoheader])
+AM_MISSING_PROG([MAKEINFO], [makeinfo])
+AC_REQUIRE([AM_PROG_INSTALL_SH])dnl
+AC_REQUIRE([AM_PROG_INSTALL_STRIP])dnl
+AC_REQUIRE([AC_PROG_MKDIR_P])dnl
+# For better backward compatibility. To be removed once Automake 1.9.x
+# dies out for good. For more background, see:
+# <http://lists.gnu.org/archive/html/automake/2012-07/msg00001.html>
+# <http://lists.gnu.org/archive/html/automake/2012-07/msg00014.html>
+AC_SUBST([mkdir_p], ['$(MKDIR_P)'])
+# We need awk for the "check" target. The system "awk" is bad on
+# some platforms.
+AC_REQUIRE([AC_PROG_AWK])dnl
+AC_REQUIRE([AC_PROG_MAKE_SET])dnl
+AC_REQUIRE([AM_SET_LEADING_DOT])dnl
+_AM_IF_OPTION([tar-ustar], [_AM_PROG_TAR([ustar])],
+ [_AM_IF_OPTION([tar-pax], [_AM_PROG_TAR([pax])],
+ [_AM_PROG_TAR([v7])])])
+_AM_IF_OPTION([no-dependencies],,
+[AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_CC],
+ [_AM_DEPENDENCIES([CC])],
+ [m4_define([AC_PROG_CC],
+ m4_defn([AC_PROG_CC])[_AM_DEPENDENCIES([CC])])])dnl
+AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_CXX],
+ [_AM_DEPENDENCIES([CXX])],
+ [m4_define([AC_PROG_CXX],
+ m4_defn([AC_PROG_CXX])[_AM_DEPENDENCIES([CXX])])])dnl
+AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_OBJC],
+ [_AM_DEPENDENCIES([OBJC])],
+ [m4_define([AC_PROG_OBJC],
+ m4_defn([AC_PROG_OBJC])[_AM_DEPENDENCIES([OBJC])])])dnl
+AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_OBJCXX],
+ [_AM_DEPENDENCIES([OBJCXX])],
+ [m4_define([AC_PROG_OBJCXX],
+ m4_defn([AC_PROG_OBJCXX])[_AM_DEPENDENCIES([OBJCXX])])])dnl
+])
+AC_REQUIRE([AM_SILENT_RULES])dnl
+dnl The testsuite driver may need to know about EXEEXT, so add the
+dnl 'am__EXEEXT' conditional if _AM_COMPILER_EXEEXT was seen. This
+dnl macro is hooked onto _AC_COMPILER_EXEEXT early, see below.
+AC_CONFIG_COMMANDS_PRE(dnl
+[m4_provide_if([_AM_COMPILER_EXEEXT],
+ [AM_CONDITIONAL([am__EXEEXT], [test -n "$EXEEXT"])])])dnl
+
+# POSIX will say in a future version that running "rm -f" with no argument
+# is OK; and we want to be able to make that assumption in our Makefile
+# recipes. So use an aggressive probe to check that the usage we want is
+# actually supported "in the wild" to an acceptable degree.
+# See automake bug#10828.
+# To make any issue more visible, cause the running configure to be aborted
+# by default if the 'rm' program in use doesn't match our expectations; the
+# user can still override this though.
+if rm -f && rm -fr && rm -rf; then : OK; else
+ cat >&2 <<'END'
+Oops!
+
+Your 'rm' program seems unable to run without file operands specified
+on the command line, even when the '-f' option is present. This is contrary
+to the behaviour of most rm programs out there, and not conforming with
+the upcoming POSIX standard: <http://austingroupbugs.net/view.php?id=542>
+
+Please tell bug-automake at gnu.org about your system, including the value
+of your $PATH and any error possibly output before this message. This
+can help us improve future automake versions.
+
+END
+ if test x"$ACCEPT_INFERIOR_RM_PROGRAM" = x"yes"; then
+ echo 'Configuration will proceed anyway, since you have set the' >&2
+ echo 'ACCEPT_INFERIOR_RM_PROGRAM variable to "yes"' >&2
+ echo >&2
+ else
+ cat >&2 <<'END'
+Aborting the configuration process, to ensure you take notice of the issue.
+
+You can download and install GNU coreutils to get an 'rm' implementation
+that behaves properly: <http://www.gnu.org/software/coreutils/>.
+
+If you want to complete the configuration process using your problematic
+'rm' anyway, export the environment variable ACCEPT_INFERIOR_RM_PROGRAM
+to "yes", and re-run configure.
+
+END
+ AC_MSG_ERROR([Your 'rm' program is bad, sorry.])
+ fi
+fi])
+
+dnl Hook into '_AC_COMPILER_EXEEXT' early to learn its expansion. Do not
+dnl add the conditional right here, as _AC_COMPILER_EXEEXT may be further
+dnl mangled by Autoconf and run in a shell conditional statement.
+m4_define([_AC_COMPILER_EXEEXT],
+m4_defn([_AC_COMPILER_EXEEXT])[m4_provide([_AM_COMPILER_EXEEXT])])
+
+# When config.status generates a header, we must update the stamp-h file.
+# This file resides in the same directory as the config header
+# that is generated. The stamp files are numbered to have different names.
+
+# Autoconf calls _AC_AM_CONFIG_HEADER_HOOK (when defined) in the
+# loop where config.status creates the headers, so we can generate
+# our stamp files there.
+AC_DEFUN([_AC_AM_CONFIG_HEADER_HOOK],
+[# Compute $1's index in $config_headers.
+_am_arg=$1
+_am_stamp_count=1
+for _am_header in $config_headers :; do
+ case $_am_header in
+ $_am_arg | $_am_arg:* )
+ break ;;
+ * )
+ _am_stamp_count=`expr $_am_stamp_count + 1` ;;
+ esac
+done
+echo "timestamp for $_am_arg" >`AS_DIRNAME(["$_am_arg"])`/stamp-h[]$_am_stamp_count])
+
+# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_PROG_INSTALL_SH
+# ------------------
+# Define $install_sh.
+AC_DEFUN([AM_PROG_INSTALL_SH],
+[AC_REQUIRE([AM_AUX_DIR_EXPAND])dnl
+if test x"${install_sh}" != xset; then
+ case $am_aux_dir in
+ *\ * | *\ *)
+ install_sh="\${SHELL} '$am_aux_dir/install-sh'" ;;
+ *)
+ install_sh="\${SHELL} $am_aux_dir/install-sh"
+ esac
+fi
+AC_SUBST([install_sh])])
+
+# Copyright (C) 2003-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# Check whether the underlying file-system supports filenames
+# with a leading dot. For instance MS-DOS doesn't.
+AC_DEFUN([AM_SET_LEADING_DOT],
+[rm -rf .tst 2>/dev/null
+mkdir .tst 2>/dev/null
+if test -d .tst; then
+ am__leading_dot=.
+else
+ am__leading_dot=_
+fi
+rmdir .tst 2>/dev/null
+AC_SUBST([am__leading_dot])])
+
+# Check to see how 'make' treats includes. -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_MAKE_INCLUDE()
+# -----------------
+# Check to see how make treats includes.
+AC_DEFUN([AM_MAKE_INCLUDE],
+[am_make=${MAKE-make}
+cat > confinc << 'END'
+am__doit:
+ @echo this is the am__doit target
+.PHONY: am__doit
+END
+# If we don't find an include directive, just comment out the code.
+AC_MSG_CHECKING([for style of include used by $am_make])
+am__include="#"
+am__quote=
+_am_result=none
+# First try GNU make style include.
+echo "include confinc" > confmf
+# Ignore all kinds of additional output from 'make'.
+case `$am_make -s -f confmf 2> /dev/null` in #(
+*the\ am__doit\ target*)
+ am__include=include
+ am__quote=
+ _am_result=GNU
+ ;;
+esac
+# Now try BSD make style include.
+if test "$am__include" = "#"; then
+ echo '.include "confinc"' > confmf
+ case `$am_make -s -f confmf 2> /dev/null` in #(
+ *the\ am__doit\ target*)
+ am__include=.include
+ am__quote="\""
+ _am_result=BSD
+ ;;
+ esac
+fi
+AC_SUBST([am__include])
+AC_SUBST([am__quote])
+AC_MSG_RESULT([$_am_result])
+rm -f confinc confmf
+])
+
+# Fake the existence of programs that GNU maintainers use. -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 1997-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_MISSING_PROG(NAME, PROGRAM)
+# ------------------------------
+AC_DEFUN([AM_MISSING_PROG],
+[AC_REQUIRE([AM_MISSING_HAS_RUN])
+$1=${$1-"${am_missing_run}$2"}
+AC_SUBST($1)])
+
+# AM_MISSING_HAS_RUN
+# ------------------
+# Define MISSING if not defined so far and test if it is modern enough.
+# If it is, set am_missing_run to use it, otherwise, to nothing.
+AC_DEFUN([AM_MISSING_HAS_RUN],
+[AC_REQUIRE([AM_AUX_DIR_EXPAND])dnl
+AC_REQUIRE_AUX_FILE([missing])dnl
+if test x"${MISSING+set}" != xset; then
+ case $am_aux_dir in
+ *\ * | *\ *)
+ MISSING="\${SHELL} \"$am_aux_dir/missing\"" ;;
+ *)
+ MISSING="\${SHELL} $am_aux_dir/missing" ;;
+ esac
+fi
+# Use eval to expand $SHELL
+if eval "$MISSING --is-lightweight"; then
+ am_missing_run="$MISSING "
+else
+ am_missing_run=
+ AC_MSG_WARN(['missing' script is too old or missing])
+fi
+])
+
+# Helper functions for option handling. -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# _AM_MANGLE_OPTION(NAME)
+# -----------------------
+AC_DEFUN([_AM_MANGLE_OPTION],
+[[_AM_OPTION_]m4_bpatsubst($1, [[^a-zA-Z0-9_]], [_])])
+
+# _AM_SET_OPTION(NAME)
+# --------------------
+# Set option NAME. Presently that only means defining a flag for this option.
+AC_DEFUN([_AM_SET_OPTION],
+[m4_define(_AM_MANGLE_OPTION([$1]), [1])])
+
+# _AM_SET_OPTIONS(OPTIONS)
+# ------------------------
+# OPTIONS is a space-separated list of Automake options.
+AC_DEFUN([_AM_SET_OPTIONS],
+[m4_foreach_w([_AM_Option], [$1], [_AM_SET_OPTION(_AM_Option)])])
+
+# _AM_IF_OPTION(OPTION, IF-SET, [IF-NOT-SET])
+# -------------------------------------------
+# Execute IF-SET if OPTION is set, IF-NOT-SET otherwise.
+AC_DEFUN([_AM_IF_OPTION],
+[m4_ifset(_AM_MANGLE_OPTION([$1]), [$2], [$3])])
+
+# Copyright (C) 1999-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# _AM_PROG_CC_C_O
+# ---------------
+# Like AC_PROG_CC_C_O, but changed for automake. We rewrite AC_PROG_CC
+# to automatically call this.
+AC_DEFUN([_AM_PROG_CC_C_O],
+[AC_REQUIRE([AM_AUX_DIR_EXPAND])dnl
+AC_REQUIRE_AUX_FILE([compile])dnl
+AC_LANG_PUSH([C])dnl
+AC_CACHE_CHECK(
+ [whether $CC understands -c and -o together],
+ [am_cv_prog_cc_c_o],
+ [AC_LANG_CONFTEST([AC_LANG_PROGRAM([])])
+ # Make sure it works both with $CC and with simple cc.
+ # Following AC_PROG_CC_C_O, we do the test twice because some
+ # compilers refuse to overwrite an existing .o file with -o,
+ # though they will create one.
+ am_cv_prog_cc_c_o=yes
+ for am_i in 1 2; do
+ if AM_RUN_LOG([$CC -c conftest.$ac_ext -o conftest2.$ac_objext]) \
+ && test -f conftest2.$ac_objext; then
+ : OK
+ else
+ am_cv_prog_cc_c_o=no
+ break
+ fi
+ done
+ rm -f core conftest*
+ unset am_i])
+if test "$am_cv_prog_cc_c_o" != yes; then
+ # Losing compiler, so override with the script.
+ # FIXME: It is wrong to rewrite CC.
+ # But if we don't then we get into trouble of one sort or another.
+ # A longer-term fix would be to have automake use am__CC in this case,
+ # and then we could set am__CC="\$(top_srcdir)/compile \$(CC)"
+ CC="$am_aux_dir/compile $CC"
+fi
+AC_LANG_POP([C])])
+
+# For backward compatibility.
+AC_DEFUN_ONCE([AM_PROG_CC_C_O], [AC_REQUIRE([AC_PROG_CC])])
+
+# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_RUN_LOG(COMMAND)
+# -------------------
+# Run COMMAND, save the exit status in ac_status, and log it.
+# (This has been adapted from Autoconf's _AC_RUN_LOG macro.)
+AC_DEFUN([AM_RUN_LOG],
+[{ echo "$as_me:$LINENO: $1" >&AS_MESSAGE_LOG_FD
+ ($1) >&AS_MESSAGE_LOG_FD 2>&AS_MESSAGE_LOG_FD
+ ac_status=$?
+ echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&AS_MESSAGE_LOG_FD
+ (exit $ac_status); }])
+
+# Check to make sure that the build environment is sane. -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 1996-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_SANITY_CHECK
+# ---------------
+AC_DEFUN([AM_SANITY_CHECK],
+[AC_MSG_CHECKING([whether build environment is sane])
+# Reject unsafe characters in $srcdir or the absolute working directory
+# name. Accept space and tab only in the latter.
+am_lf='
+'
+case `pwd` in
+ *[[\\\"\#\$\&\'\`$am_lf]]*)
+ AC_MSG_ERROR([unsafe absolute working directory name]);;
+esac
+case $srcdir in
+ *[[\\\"\#\$\&\'\`$am_lf\ \ ]]*)
+ AC_MSG_ERROR([unsafe srcdir value: '$srcdir']);;
+esac
+
+# Do 'set' in a subshell so we don't clobber the current shell's
+# arguments. Must try -L first in case configure is actually a
+# symlink; some systems play weird games with the mod time of symlinks
+# (eg FreeBSD returns the mod time of the symlink's containing
+# directory).
+if (
+ am_has_slept=no
+ for am_try in 1 2; do
+ echo "timestamp, slept: $am_has_slept" > conftest.file
+ set X `ls -Lt "$srcdir/configure" conftest.file 2> /dev/null`
+ if test "$[*]" = "X"; then
+ # -L didn't work.
+ set X `ls -t "$srcdir/configure" conftest.file`
+ fi
+ if test "$[*]" != "X $srcdir/configure conftest.file" \
+ && test "$[*]" != "X conftest.file $srcdir/configure"; then
+
+ # If neither matched, then we have a broken ls. This can happen
+ # if, for instance, CONFIG_SHELL is bash and it inherits a
+ # broken ls alias from the environment. This has actually
+ # happened. Such a system could not be considered "sane".
+ AC_MSG_ERROR([ls -t appears to fail. Make sure there is not a broken
+ alias in your environment])
+ fi
+ if test "$[2]" = conftest.file || test $am_try -eq 2; then
+ break
+ fi
+ # Just in case.
+ sleep 1
+ am_has_slept=yes
+ done
+ test "$[2]" = conftest.file
+ )
+then
+ # Ok.
+ :
+else
+ AC_MSG_ERROR([newly created file is older than distributed files!
+Check your system clock])
+fi
+AC_MSG_RESULT([yes])
+# If we didn't sleep, we still need to ensure time stamps of config.status and
+# generated files are strictly newer.
+am_sleep_pid=
+if grep 'slept: no' conftest.file >/dev/null 2>&1; then
+ ( sleep 1 ) &
+ am_sleep_pid=$!
+fi
+AC_CONFIG_COMMANDS_PRE(
+ [AC_MSG_CHECKING([that generated files are newer than configure])
+ if test -n "$am_sleep_pid"; then
+ # Hide warnings about reused PIDs.
+ wait $am_sleep_pid 2>/dev/null
+ fi
+ AC_MSG_RESULT([done])])
+rm -f conftest.file
+])
+
+# Copyright (C) 2009-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_SILENT_RULES([DEFAULT])
+# --------------------------
+# Enable less verbose build rules; with the default set to DEFAULT
+# ("yes" being less verbose, "no" or empty being verbose).
+AC_DEFUN([AM_SILENT_RULES],
+[AC_ARG_ENABLE([silent-rules], [dnl
+AS_HELP_STRING(
+ [--enable-silent-rules],
+ [less verbose build output (undo: "make V=1")])
+AS_HELP_STRING(
+ [--disable-silent-rules],
+ [verbose build output (undo: "make V=0")])dnl
+])
+case $enable_silent_rules in @%:@ (((
+ yes) AM_DEFAULT_VERBOSITY=0;;
+ no) AM_DEFAULT_VERBOSITY=1;;
+ *) AM_DEFAULT_VERBOSITY=m4_if([$1], [yes], [0], [1]);;
+esac
+dnl
+dnl A few 'make' implementations (e.g., NonStop OS and NextStep)
+dnl do not support nested variable expansions.
+dnl See automake bug#9928 and bug#10237.
+am_make=${MAKE-make}
+AC_CACHE_CHECK([whether $am_make supports nested variables],
+ [am_cv_make_support_nested_variables],
+ [if AS_ECHO([['TRUE=$(BAR$(V))
+BAR0=false
+BAR1=true
+V=1
+am__doit:
+ @$(TRUE)
+.PHONY: am__doit']]) | $am_make -f - >/dev/null 2>&1; then
+ am_cv_make_support_nested_variables=yes
+else
+ am_cv_make_support_nested_variables=no
+fi])
+if test $am_cv_make_support_nested_variables = yes; then
+ dnl Using '$V' instead of '$(V)' breaks IRIX make.
+ AM_V='$(V)'
+ AM_DEFAULT_V='$(AM_DEFAULT_VERBOSITY)'
+else
+ AM_V=$AM_DEFAULT_VERBOSITY
+ AM_DEFAULT_V=$AM_DEFAULT_VERBOSITY
+fi
+AC_SUBST([AM_V])dnl
+AM_SUBST_NOTMAKE([AM_V])dnl
+AC_SUBST([AM_DEFAULT_V])dnl
+AM_SUBST_NOTMAKE([AM_DEFAULT_V])dnl
+AC_SUBST([AM_DEFAULT_VERBOSITY])dnl
+AM_BACKSLASH='\'
+AC_SUBST([AM_BACKSLASH])dnl
+_AM_SUBST_NOTMAKE([AM_BACKSLASH])dnl
+])
+
+# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# AM_PROG_INSTALL_STRIP
+# ---------------------
+# One issue with vendor 'install' (even GNU) is that you can't
+# specify the program used to strip binaries. This is especially
+# annoying in cross-compiling environments, where the build's strip
+# is unlikely to handle the host's binaries.
+# Fortunately install-sh will honor a STRIPPROG variable, so we
+# always use install-sh in "make install-strip", and initialize
+# STRIPPROG with the value of the STRIP variable (set by the user).
+AC_DEFUN([AM_PROG_INSTALL_STRIP],
+[AC_REQUIRE([AM_PROG_INSTALL_SH])dnl
+# Installed binaries are usually stripped using 'strip' when the user
+# run "make install-strip". However 'strip' might not be the right
+# tool to use in cross-compilation environments, therefore Automake
+# will honor the 'STRIP' environment variable to overrule this program.
+dnl Don't test for $cross_compiling = yes, because it might be 'maybe'.
+if test "$cross_compiling" != no; then
+ AC_CHECK_TOOL([STRIP], [strip], :)
+fi
+INSTALL_STRIP_PROGRAM="\$(install_sh) -c -s"
+AC_SUBST([INSTALL_STRIP_PROGRAM])])
+
+# Copyright (C) 2006-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# _AM_SUBST_NOTMAKE(VARIABLE)
+# ---------------------------
+# Prevent Automake from outputting VARIABLE = @VARIABLE@ in Makefile.in.
+# This macro is traced by Automake.
+AC_DEFUN([_AM_SUBST_NOTMAKE])
+
+# AM_SUBST_NOTMAKE(VARIABLE)
+# --------------------------
+# Public sister of _AM_SUBST_NOTMAKE.
+AC_DEFUN([AM_SUBST_NOTMAKE], [_AM_SUBST_NOTMAKE($@)])
+
+# Check how to create a tarball. -*- Autoconf -*-
+
+# Copyright (C) 2004-2013 Free Software Foundation, Inc.
+#
+# This file is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
+# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
+
+# _AM_PROG_TAR(FORMAT)
+# --------------------
+# Check how to create a tarball in format FORMAT.
+# FORMAT should be one of 'v7', 'ustar', or 'pax'.
+#
+# Substitute a variable $(am__tar) that is a command
+# writing to stdout a FORMAT-tarball containing the directory
+# $tardir.
+# tardir=directory && $(am__tar) > result.tar
+#
+# Substitute a variable $(am__untar) that extract such
+# a tarball read from stdin.
+# $(am__untar) < result.tar
+#
+AC_DEFUN([_AM_PROG_TAR],
+[# Always define AMTAR for backward compatibility. Yes, it's still used
+# in the wild :-( We should find a proper way to deprecate it ...
+AC_SUBST([AMTAR], ['$${TAR-tar}'])
+
+# We'll loop over all known methods to create a tar archive until one works.
+_am_tools='gnutar m4_if([$1], [ustar], [plaintar]) pax cpio none'
+
+m4_if([$1], [v7],
+ [am__tar='$${TAR-tar} chof - "$$tardir"' am__untar='$${TAR-tar} xf -'],
+
+ [m4_case([$1],
+ [ustar],
+ [# The POSIX 1988 'ustar' format is defined with fixed-size fields.
+ # There is notably a 21 bits limit for the UID and the GID. In fact,
+ # the 'pax' utility can hang on bigger UID/GID (see automake bug#8343
+ # and bug#13588).
+ am_max_uid=2097151 # 2^21 - 1
+ am_max_gid=$am_max_uid
+ # The $UID and $GID variables are not portable, so we need to resort
+ # to the POSIX-mandated id(1) utility. Errors in the 'id' calls
+ # below are definitely unexpected, so allow the users to see them
+ # (that is, avoid stderr redirection).
+ am_uid=`id -u || echo unknown`
+ am_gid=`id -g || echo unknown`
+ AC_MSG_CHECKING([whether UID '$am_uid' is supported by ustar format])
+ if test $am_uid -le $am_max_uid; then
+ AC_MSG_RESULT([yes])
+ else
+ AC_MSG_RESULT([no])
+ _am_tools=none
+ fi
+ AC_MSG_CHECKING([whether GID '$am_gid' is supported by ustar format])
+ if test $am_gid -le $am_max_gid; then
+ AC_MSG_RESULT([yes])
+ else
+ AC_MSG_RESULT([no])
+ _am_tools=none
+ fi],
+
+ [pax],
+ [],
+
+ [m4_fatal([Unknown tar format])])
+
+ AC_MSG_CHECKING([how to create a $1 tar archive])
+
+ # Go ahead even if we have the value already cached. We do so because we
+ # need to set the values for the 'am__tar' and 'am__untar' variables.
+ _am_tools=${am_cv_prog_tar_$1-$_am_tools}
+
+ for _am_tool in $_am_tools; do
+ case $_am_tool in
+ gnutar)
+ for _am_tar in tar gnutar gtar; do
+ AM_RUN_LOG([$_am_tar --version]) && break
+ done
+ am__tar="$_am_tar --format=m4_if([$1], [pax], [posix], [$1]) -chf - "'"$$tardir"'
+ am__tar_="$_am_tar --format=m4_if([$1], [pax], [posix], [$1]) -chf - "'"$tardir"'
+ am__untar="$_am_tar -xf -"
+ ;;
+ plaintar)
+ # Must skip GNU tar: if it does not support --format= it doesn't create
+ # ustar tarball either.
+ (tar --version) >/dev/null 2>&1 && continue
+ am__tar='tar chf - "$$tardir"'
+ am__tar_='tar chf - "$tardir"'
+ am__untar='tar xf -'
+ ;;
+ pax)
+ am__tar='pax -L -x $1 -w "$$tardir"'
+ am__tar_='pax -L -x $1 -w "$tardir"'
+ am__untar='pax -r'
+ ;;
+ cpio)
+ am__tar='find "$$tardir" -print | cpio -o -H $1 -L'
+ am__tar_='find "$tardir" -print | cpio -o -H $1 -L'
+ am__untar='cpio -i -H $1 -d'
+ ;;
+ none)
+ am__tar=false
+ am__tar_=false
+ am__untar=false
+ ;;
+ esac
+
+ # If the value was cached, stop now. We just wanted to have am__tar
+ # and am__untar set.
+ test -n "${am_cv_prog_tar_$1}" && break
+
+ # tar/untar a dummy directory, and stop if the command works.
+ rm -rf conftest.dir
+ mkdir conftest.dir
+ echo GrepMe > conftest.dir/file
+ AM_RUN_LOG([tardir=conftest.dir && eval $am__tar_ >conftest.tar])
+ rm -rf conftest.dir
+ if test -s conftest.tar; then
+ AM_RUN_LOG([$am__untar <conftest.tar])
+ AM_RUN_LOG([cat conftest.dir/file])
+ grep GrepMe conftest.dir/file >/dev/null 2>&1 && break
+ fi
+ done
+ rm -rf conftest.dir
+
+ AC_CACHE_VAL([am_cv_prog_tar_$1], [am_cv_prog_tar_$1=$_am_tool])
+ AC_MSG_RESULT([$am_cv_prog_tar_$1])])
+
+AC_SUBST([am__tar])
+AC_SUBST([am__untar])
+]) # _AM_PROG_TAR
+
diff --git a/aln2bed.pl b/aln2bed.pl
new file mode 100755
index 0000000..63f491c
--- /dev/null
+++ b/aln2bed.pl
@@ -0,0 +1,66 @@
+#!/usr/bin/perl
+#convert Aln format to the UCSC BED format
+#weichun huang at whduke at gmail.com
+use strict;
+my @alnFile=@ARGV;
+if(@ARGV<2){
+ print "aln2bed converts ALN files to a BED file\n\n";
+ print "USAGE: ";
+ print "aln2bed out_bed_file.bed in_aln_file_1 [ in_aln_file_2 ...]\n\n";
+ exit(1);
+}
+
+my $score=500; #all scores are 500.
+#bed file: ref_id st_pos end_pos read_id 500 strand
+my $bedFile=shift @alnFile;
+open(BED, ">$bedFile") or die $!;
+my %reflen;
+foreach my $af (@alnFile){
+ open(ALN, "<$af") or die $!;
+ my $i=0;
+ #read header
+ while (<ALN>){
+ chomp;
+ if($i==0){
+ if(!/^##ART/){
+ print STDERR "File $af is not an ART ALN file.\n Exit ...\n";
+ exit(1);
+ }
+ $i=1;
+ }
+ elsif(/^\@SQ\t(\S+)\t(\d+)/){
+ $reflen{"$1"}=$2;
+ }
+ elsif(/^\@CM/){
+ next;
+ }
+ elsif(/^##Header\s+End/){
+ last;
+ }
+ }
+
+ #read aln records
+ while (<ALN>){
+ chomp;
+ if(s/^>//){
+ my ($ref_id, $read_id, $st_pos, $strand)=split /\t/;
+ my $len=0;
+ while (<ALN>){
+ chomp;
+ if(/^\w/){
+ s/-//g;
+ $len=length; #lenth of reference part
+ }
+ last;
+ }
+ if($strand eq "+"){
+ printf BED "%s\t%d\t%d\t%s\t%d\t%s\n", ($ref_id, $st_pos, $st_pos+$len, $read_id, $score, $strand);
+ }
+ else{
+ my $stop=$reflen{$ref_id}-$st_pos;
+ printf BED "%s\t%d\t%d\t%s\t%d\t%s\n", ($ref_id, $stop-$len, $stop, $read_id, $score, $strand);
+ }
+ }
+ }
+}
+
diff --git a/art_454_README b/art_454_README
new file mode 100644
index 0000000..8e946fc
--- /dev/null
+++ b/art_454_README
@@ -0,0 +1,217 @@
+ART_454 Version 2.6.0 README, last updated on 03/18/2015, Weichun Huang at whduke at gmail.com
+
+DESCRIPTION
+
+ ART_454 is a simulation program to generate sequence read data of Roche 454
+ Pyrosequencing sequencers. ART generates reads according to the empirical read quality profile
+ and the calibrated error profile of uncall/overcall homopolymers from real 454 read data. ART
+ has been using for testing or benchmarking a variety of method or tools for next-generation
+ sequencing data analysis, including read alignment, de novo assembly, detection of SNP, CNV, or
+ other structure variation.
+
+ art_454 can generate both single-end and paired-end of 454 sequencing platform. Besides for regular
+ genome DNA and cDNA sequencing simulation, art_454 also supports amplicon sequencing. The reference
+ sequences can be either DNA or RNA. ART outputs include FASTQ read, ALN alignment, STAT read coverage,
+ and optional SAM alignment files. ALN files can also be converted to UCSC BED files by using
+ aln2bed.pl program included.
+
+ art_454 comes with art_profiler_454, the tool for generating a art_454 read profile from 454 sequencing
+ data in the fastq format. The tool in the folder ART_profiler_454. Please see the README under in the
+ folder for details
+
+COMPILATION AND INSTALLATION:
+
+ PREREQUISITES:
+ 1) GNU g++ 4.0 or above (http://gcc.gnu.org/install)
+ 2) GNU gsl library (http://www.gnu.org/s/gsl/)
+
+ COMPILATION & INSTALLATION
+
+ 1) add gsl library installation directory to compiler's search path
+
+ If your GSL library is not installed in system standard search path, your GSL installation
+ directory need to be added to gcc/g++ complier FLAGS. For example, gsl is typically installed
+ in /opt/local directory in MacOS X. You can add the directory to the search path of gcc/g++
+ complier by run the following command:
+
+ export CFLAGS="$CFLAGS -I/opt/local/include" CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I/opt/local/include" LDFLAGS="$LDFLAGS -L/opt/local/lib"
+
+ 2) compile and install
+
+ ./configure --prefix=$HOME
+ make
+ make install
+
+EXAMPLES
+
+ In the "examples" subdirectory, the shell script "run_test_examples_454.sh" gives two examples of using
+ art_454 for read simulation. To test these two examples, just run the script "run_test_examples_454.sh"
+
+USAGES
+
+ SINGLE-END SIMULATION
+ art_454 [-s] [-a ] [-t] [-r rand_seed] [ -p read_profile ] [ -c num_flow_cycles ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <FOLD_COVERAGE>
+
+ PAIRED-END SIMULATION
+ art_454 [-s] [-a ] [-t] [-r rand_seed] [ -p read_profile ] [ -c num_flow_cycles ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <FOLD_COVERAGE> <MEAN_FRAG_LEN> <STD_DEV>
+
+ AMPLICON SEQUENCING SIMULATION
+ art_454 [-s] [-a ] [-t] [-r rand_seed] [ -p read_profile ] [ -c num_flow_cycles ] <-A|-B> <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <#_READS/#_READ_PAIRS_PER_AMPLICON>
+
+ ===== PARAMETERS =====
+
+ INPUT_SEQ_FILE - the filename of DNA/RNA reference sequences in FASTA format
+ OUTPUT_FILE_PREFIX - the prefix or directory of output read data file (*.fq) and read alignment file (*.aln)
+ FOLD_COVERAGE - the fold of read coverage over the reference sequences
+ MEAN_FRAG_LEN - the average DNA fragment size for paired-end read simulation
+ STD_DEV - the standard deviation of the DNA fragment size for paired-end read simulation
+ #READS_PER_AMPLICON - number of reads per amplicon (for 5'end amplicon sequencing)
+ #READ_PAIRS_PER_AMPLICON - number of read pairs per amplicon (for two-end amplicon sequencing)
+
+ ===== OPTIONAL PARAMETERS =====
+
+ -A indicate to perform single-end amplicon sequencing simulation
+ -B indicate to perform paired-end amplicon sequencing simulation
+ -M indicate to use CIGAR 'M' instead of '=/X' for alignment match/mismatch
+ -a indicate to output the ALN alignment file
+ -s indicate to output the SAM alignment file
+ -d print out warning messages for debugging
+ -t indicate to simulate reads from the built-in GS FLX Titanium profile [default: GS FLX profile]
+ -r specify a fixed random seed for the simulation (to generate two identical datasets from two different runs)
+ -c specify the number of flow cycles by the sequencer [ default: 100 for GS-FLX, and 200 for GS-FLX Titanium ]
+ -p specify user's own read profile for simulation
+ NOTE: the name of a read profile is the directory containing read profile data files.
+ please read the REAME file about the format of 454 read profile data files and.
+ and the default filenames of these data files.
+
+ ===== EXAMPLES =====
+
+ 1) singl-end simulation with 20X coverage
+ art_454 -s seq_reference.fa ./outdir/single_dat 20
+ 2) paired-end simulation with the mean fragment size 500 and STD 20 using GS FLX Titanium platform
+ art_454 -s -t seq_reference.fa ./outdir/paired_dat 10 1500 20
+ 3) paired-end simulation with a fixed random seed
+ art_454 -s -r 777 seq_reference.fa ./outdir/paired_fxSeed 10 2500 50
+ 4) single-end amplicon sequencing with 10 reads per amplicon
+ art_454 -A -s amplicon_ref.fa ./outdir/amp_single 10
+ 5) paired-end amplicon sequencing with 10 read pairs per amplicon
+ art_454 -B -s amplicon_ref.fa ./outdir/amp_paired 10
+
+READ PROFILE FILES
+
+ CREATE A NEW PROFILE
+ Please use the tool art_profiler_454 included in the distribution to generate new art_454 read profiles
+ from new 454 sequencing data in the fastq format. The tool in the folder ART_profiler_454. Please see
+ the README under in the folder for usage.
+
+ 454 READ PROFILE
+ The name of a read profile is the filename of directory containing read profile data files. a read profile
+ should consist of the three required profile files, and one optional profile file.
+
+ The three REQUIRED profiles are: qual_1st_profile, qual_mc_profile, length_dist.
+
+ 1) qual_1st_profile - the empirical homopolymer-length dependent quality distribution of the 1st base of DNA homopolymers
+
+ 2) qual_mc_profile - 1st order Markov Chain-based empirical quality distribution of the remaining bases of DNA homopolymers
+
+ 3) length_dist - the empirical distribution of 454 read length
+
+ The OPTIONAL profile is indel_erro_profile. When the profile is not given, the built-in indel_erro_profile will be used.
+
+ indel_erro_profile - undercall or overcall error profiles of DNA homopolymers
+
+ FILE FORMATS
+
+ all read profile files are tab-delimited text files. For detailed formats, please see the real examples the under
+ the folder "454_profiles/GS_FLX_profile" or "454_profiles/GS_FLX_Titanium_profile" for file formats of these four files.
+
+CREATION OF YOUR OWN 454 READ PROFILE
+
+ Users can use the program "454_readprofile_art" that comes with the software package to generate 454 read profile from
+ 454 sequencing data in the fastq format.
+
+ USAGE:
+ ./454_readprofile_art input_fastq_files_dir output_profile_dir [fastq_filename_extension]
+
+ PARAMETERS
+
+ 1) input_fastq_files_dir - directory containing all 454 read data files in the fastq format
+
+ 2) output_profile_dir - directory to put read profile files generated by the program
+
+ EXAMPLES:
+ perl 454_readprofile_art 454_dat_dir 454_profile_dir
+
+ perl 454_readprofile_art 454_dat_dir 454_profile_dir fastq
+
+ NOTES:
+ 1)the default filename extension for fastq files is fq
+
+ 2)the program can read gzipped fastq data files with filename extension fq.gz
+
+
+OUTPUT FILES
+
+ *.fq - FASTQ read data files. For paired-end read simulation, *1.fq contains data of the first reads, and *2.fq for the second reads.
+ *.aln - read alignment files. For paired-end read simulation, *1.aln has read alignments for the first reads and *2.aln for the second reads.
+ *.sam - SAM alignment file.
+ *.stat - read coverage files with the following three tab-delimited fields per lines:
+ (1)reference position
+ (2)number of reads starting at the position
+ (3)number of reads covering the position
+
+ FASTQ FILE format
+ A FASTQ file contains both sequence bases and quality scores of sequencing reads and is in the following format:
+ @read_id
+ sequence_read
+ +
+ base_quality_scores
+
+ A base quality score is coded by the ASCII code of a single character, where the quality score is equal to ASCII code of the
+ character minus 33.
+
+ Example:
+ @refid-4028550-1
+ caacgccactcagcaatgatcggtttattcacgat...
+ +
+ ????????????7?????<??>??=&?<<?-<?0?...
+
+ ALN format
+ An ALN file has a Header and main Body parts. The header part includes the command used to generate this file and reference
+ sequence id and length. The header @CM tag for command line, and @SQ for reference sequence. A header always starts with
+ "##ART" and ends with "##Header End".
+
+ HEADER EXAMPLE
+
+ ##ART_454
+ @CM ../../bin/MacOS64/art_454 -s ./testSeq.fa ./single_454_test 10
+ @SQ seq1 7207
+ @SQ seq2 3056
+ ##Header End
+
+ The body part contains all alignments in the following format
+
+ >ref_seq_id read_id aln_start_pos ref_seq_strand
+ ref_seq_aligned
+ read_seq_aligned
+
+ aln_start_pos is the alignment start position of reference sequence. aln_start_pos is always relative to the strand of reference
+ sequence. That is, aln_start_pos 10 in the plus (+) strand is different from aln_start_pos 10 in the minus (‐) stand.
+
+ ref_seq_aligned is the aligned region of reference sequence, which can be from plus strand or minus strand of the reference sequence.
+ read_seq_aligned is the aligned sequence read, which always in the same orientation of the same read in the corresponding fastq file.
+
+ SAM format
+
+ SAM is a standard format for next-gen sequencing read alignments. The details of the format and examples are available at the links below:
+ 1) http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf
+ 2) http://genome.sph.umich.edu/wiki/SAM
+
+
+ BED format
+
+ See the format at UCSC http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1
+
+ NOTE: both ALN and BED format files use 0-based coordinate system while SAM format uses 1-based coordinate system.
+
+
diff --git a/art_454_src/art.cpp b/art_454_src/art.cpp
new file mode 100644
index 0000000..a51aebb
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/art.cpp
@@ -0,0 +1,212 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART -- Artificial Read Transcriber
+Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+*/
+#include <iostream>
+#include <sstream>
+#include <string>
+#include <time.h>
+#include <algorithm>
+#include <iomanip>
+#include <ctime>
+#include "art.h"
+#include "read_profile.h"
+
+gsl_rng* art::gsl_R;
+int art::gaussain_mean;
+double art::gaussain_sigma;
+double read_profile::prob_err[HIGHEST_QUAL];
+
+bool art::next_read_indel(seqRead& a_read){
+ long pos=(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]
+ int slen =a_read.get_indel(read_len);
+ a_read.is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ a_read.is_plus_strand=false;
+ }
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len-slen);
+ }
+ else{
+ a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len-slen);
+ }
+ a_read.bpos=pos;
+ a_read.ref2read();
+ return true;
+}
+
+bool art::next_read(seqRead& a_read){
+ if(read_len>ref_seq.size()){
+ read_len=ref_seq.size()-10;
+ if(read_len<0) read_len=ref_seq.size();
+ valid_region=ref_seq.size()-read_len;
+ }
+
+ long pos=(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]
+ //string seq_ref;
+ a_read.is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ a_read.is_plus_strand=false;
+ }
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len);
+ }
+ else{
+ a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len);
+ }
+ a_read.bpos=pos;
+ //a_read.seq_read=a_read.seq_ref;
+ return true;
+}
+
+//454 paired-end reads
+//bool art::next_pair_read(seqRead& read_1, seqRead& read_2, int len_of_read){
+/*
+bool art::next_pair_read_old(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+ if(read_len <2*min_read_len) read_len=2*min_read_len;
+
+ int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ if (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()) return false;
+ int len_1st=(int) floor((read_len-2*min_read_len)*r_prob())+min_read_len;
+ int len_2nd=read_len-len_1st;
+ long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+ long pos_2=pos_1+fragment_len-len_2nd;
+ bool is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ is_plus_strand=false;
+ }
+ if(is_plus_strand){
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, len_1st);
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, len_2nd);
+ }
+ else{
+ read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, len_1st);
+ read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, len_2nd);
+ }
+ read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_2.bpos=pos_2;
+ //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+ return true;
+}
+*/
+
+//454 paired-end reads
+bool art::next_pair_read(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+// read_len=len_of_read;
+ //make sure each read has the minimum length
+ if(read_len <2*min_read_len) read_len=2*min_read_len;
+
+ int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ if (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()) return false;
+/* while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+ fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ }
+ */
+ int len_1st=(int) floor((read_len-2*min_read_len)*r_prob())+min_read_len;
+ int len_2nd=read_len-len_1st;
+ long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+ long pos_2=ref_seq.length()-pos_1-fragment_len;
+ bool is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ is_plus_strand=false;
+ }
+ if(is_plus_strand){
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, len_1st);
+ read_1.is_plus_strand=true;
+ read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, len_2nd);
+ read_2.is_plus_strand=false;
+ }
+ else{
+ read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, len_1st);
+ read_1.is_plus_strand=false;
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, len_2nd);
+ read_2.is_plus_strand=true;
+ }
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_2.bpos=pos_2;
+ //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+ return true;
+}
+
+bool art::next_pair_read_indel(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+ int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+ fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ }
+
+ long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+ long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+ int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+ int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);
+ bool is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ is_plus_strand=false;
+ }
+ if(is_plus_strand){
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ else{
+ read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_1.ref2read();
+ read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_2.bpos=pos_2;
+ read_2.ref2read();
+ //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+ return true;
+}
+
+//amplicon reads
+bool art::amp_read(seqRead& a_read){
+ if(read_len>ref_seq.size()){
+ read_len=ref_seq.size()-10;
+ if(read_len<0) read_len=ref_seq.size();
+ valid_region=ref_seq.size()-read_len;
+ }
+
+ long pos=(long) 0;
+ //string seq_ref;
+ a_read.is_plus_strand=true;
+ a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len);
+ a_read.bpos=pos;
+ //a_read.seq_read=a_read.seq_ref;
+ return true;
+}
+
+//454 amplicon paired-end reads
+//bool art::next_pair_read(seqRead& read_1, seqRead& read_2, int len_of_read){
+bool art::amp_pair_read(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+// read_len=len_of_read;
+ //make sure each read has the minimum length
+ if(read_len <2*min_read_len) read_len=2*min_read_len;
+ if (read_len>ref_seq.length()){
+ read_len=ref_seq.length();
+ if(read_len <2*min_read_len){
+ return false;
+ }
+ }
+
+ int len_1st=(int) floor((read_len-2*min_read_len)*r_prob())+min_read_len;
+ int len_2nd=read_len-len_1st;
+ long pos_1=(long) 0;
+ long pos_2=(long) 0;
+ bool is_plus_strand=true;
+ if(is_plus_strand){
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, len_1st);
+ read_1.is_plus_strand=true;
+ read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, len_2nd);
+ read_2.is_plus_strand=false;
+ }
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_2.bpos=pos_2;
+ //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+ return true;
+}
diff --git a/art_454_src/art.h b/art_454_src/art.h
new file mode 100644
index 0000000..43a15f8
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/art.h
@@ -0,0 +1,164 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_454 -- Artificial Read Transcriber
+//Copyright(c) 2008-2014 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#pragma once
+#include <gsl/gsl_rng.h>
+#include <gsl/gsl_randist.h>
+#include <gsl/gsl_sys.h>
+#include <gsl/gsl_machine.h>
+#include <gsl/gsl_precision.h>
+#include <gsl/gsl_nan.h>
+#include <gsl/gsl_pow_int.h>
+
+#include <cmath>
+#include <string>
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <iterator>
+#include <map>
+#include <cstdio>
+#include <set>
+
+
+#include "seqRead.h"
+
+
+using namespace std;
+
+class art{
+public:
+ //art();
+ static const int min_read_len=20;
+ string ref_seq;
+ string ref_seq_cmp;
+ vector<int> homo_plus;
+ vector<int> homo_minus;
+
+ int read_len;
+ long valid_region;
+ void ini_set(int readLen){
+ read_len=readLen;
+ valid_region=ref_seq.size()-readLen;
+ };
+ void init(){
+ ref_seq_cmp.resize(ref_seq.size());
+ size_t size=ref_seq.size();
+ for(size_t i=0; i<size; i++){
+ ref_seq[i]=toupper(ref_seq[i]);
+ size_t k=size-i-1;
+ switch(ref_seq[i]){
+ case 'A':
+ ref_seq_cmp[k]='T'; break;
+ case 'C':
+ ref_seq_cmp[k]='G'; break;
+ case 'G':
+ ref_seq_cmp[k]='C'; break;
+ case 'T':
+ ref_seq_cmp[k]='A'; break;
+ default:
+ ref_seq_cmp[k]='N';
+ }
+ }
+ };
+
+ //add initial homopolymer length vector
+ void init_fast(){
+ size_t size=ref_seq.size();
+ ref_seq_cmp.resize(size);
+ if (size==0) return;
+ homo_plus.resize(size);
+ homo_minus.resize(size);
+ ref_seq[0]=toupper(ref_seq[0]);
+ char aBase=ref_seq[0];
+ int polymer_len=1;
+ for(size_t i=1; i<=size; i++){
+ if(i==size){
+ int idx=0;
+ while(polymer_len>0){
+ homo_plus[i-polymer_len]=polymer_len;
+ homo_minus[size-i+idx]=polymer_len;
+ idx++;
+ polymer_len--;
+ }
+ }
+ else{
+ ref_seq[i]=toupper(ref_seq[i]);
+ if(aBase!=ref_seq[i]){
+ int idx=0;
+ while(polymer_len>0){
+ homo_plus[i-polymer_len]=polymer_len;
+ homo_minus[size-i+idx]=polymer_len;
+ idx++;
+ polymer_len--;
+ }
+ aBase=ref_seq[i];
+ polymer_len=1;
+ }
+ else{
+ polymer_len++;
+ }
+
+ }
+ }
+
+ for(size_t i=0; i<size; i++){
+ size_t k=size-i-1;
+ switch(ref_seq[i]){
+ case 'A':
+ ref_seq_cmp[k]='T'; break;
+ case 'C':
+ ref_seq_cmp[k]='G'; break;
+ case 'G':
+ ref_seq_cmp[k]='C'; break;
+ case 'T':
+ ref_seq_cmp[k]='A'; break;
+ default:
+ ref_seq_cmp[k]='N';
+ }
+ }
+/*
+cerr<<ref_seq<<endl;
+for(int kk=0; kk<homo_plus.size(); kk++){
+ cerr<<ref_seq[kk]<<"\t"<<homo_plus[kk]<<endl;
+}
+cerr<<ref_seq_cmp<<endl;
+for(int kk=0; kk<homo_minus.size(); kk++){
+ cerr<<ref_seq_cmp[kk]<<"\t"<<homo_minus[kk]<<endl;
+}
+*/
+
+ };
+
+ bool next_read_indel(seqRead& a_read);
+ bool next_pair_read_indel(seqRead& read_1, seqRead& read_2);
+ bool next_read(seqRead& a_read);
+ //bool next_pair_read(seqRead& read_1, seqRead& read_2, int full_len);
+ bool next_pair_read(seqRead& read_1, seqRead& read_2);
+
+ //amplicon sequencing
+ bool amp_read(seqRead& a_read);
+ bool amp_pair_read(seqRead& read_1, seqRead& read_2);
+
+ static gsl_rng* gsl_R;
+ static int gaussain_mean;
+ static double gaussain_sigma;
+
+ static void ini_read_pair_rand(int mean, double sigma){
+ gsl_rng_default_seed=(unsigned int)time(NULL);
+ const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+ gsl_R=gsl_rng_alloc(rndT);
+ gaussain_mean=mean;
+ gaussain_sigma=sigma;
+ };
+
+ static void ini_read_pair_rand(int mean, double sigma, unsigned int gseed){
+ gsl_rng_default_seed=gseed;
+ const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+ gsl_R=gsl_rng_alloc(rndT);
+ gaussain_mean=mean;
+ gaussain_sigma=sigma;
+ };
+};
+
+
diff --git a/art_454_src/art_454.cpp b/art_454_src/art_454.cpp
new file mode 100644
index 0000000..2c2e899
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/art_454.cpp
@@ -0,0 +1,667 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART_454 -- Artificial Read Transcriber
+Copyright(c) 2008-2014 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+_____________________________________________________________________________________________________________
+*/
+#include <iostream>
+#include <sstream>
+#include <string>
+#include <time.h>
+#include <algorithm>
+#include <iomanip>
+#include <ctime>
+#include "art.h"
+#include "samRead.h"
+#include "readSeqFile.h"
+
+using namespace std;
+
+#define PRGNAME "art_454"
+#define MINIMUM_FLAGMENT_SIZE 100
+
+int main(int argc, char* argv[]){
+ cout <<"==================================================================="<<endl;
+ cout <<" ART_454 (Version 2.6.0) "<<endl;
+ cout <<" Simulation of 454 Pyrosequencing "<<endl;
+ cout <<" Copyright (c) 2008-2015, Weichun Huang. All Rights Reserved. "<<endl;
+ cout <<"==================================================================="<<endl<<endl;
+
+ bool amplicon=false;
+ bool amplicon_pair=false;
+ bool debug=false;
+ bool fixed_seed = false;
+ unsigned int rand_seed = 0;
+ bool sam_out=false;
+ bool aln_out=false;
+ bool titanium=false;
+ bool user_cycle=false;
+ bool use_cigarM = false;
+ string profile_name = "";
+ int num_flow_cycles = 100;
+ int i=1;
+ for(;i<argc;++i){
+ char* pch = argv[i];
+ if( *pch != '-' || *(pch+1) == '\0') break;
+ while(*++pch){
+ switch(*pch){
+ case 'p':
+ case 'P':
+ if(i<argc) profile_name=argv[++i];
+ break;
+ case 'd':
+ debug=true;
+ break;
+ case 'a':
+ aln_out=true;
+ break;
+ case 'A':
+ amplicon=true;
+ break;
+ case 'B':
+ amplicon=true;
+ amplicon_pair=true;
+ break;
+ case 'M':
+ use_cigarM=true;
+ break;
+ case 's':
+ sam_out=true;
+ break;
+ case 't':
+ case 'T':
+ titanium=true;
+ break;
+ case 'c':
+ case 'C':
+ if(i<argc) num_flow_cycles = atoi(argv[++i]);
+ user_cycle=true;
+ break;
+ case 'r':
+ if(i<argc){
+ rand_seed =atoi(argv[++i]);
+ fixed_seed = true;
+ }
+ else {
+ cerr<<"Error: no random seed provided"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ break;
+ default:
+ cerr<<"Error: unreconized option \""<<*pch<< "\""<<endl;
+ break;
+ }
+ }
+ }
+
+ if(!user_cycle && titanium){
+ num_flow_cycles=200;
+ }
+
+ int k=argc-i+1;
+ if(k !=4 && k !=6){
+ cout<<"===== USAGE ===== "<<endl<<endl;
+ cout<<"SINGLE-END SIMULATION"<<endl;
+ cout<<"\t"<< PRGNAME <<" [-s] [-a ] [-t] [-r rand_seed] [ -p read_profile ] [ -c num_flow_cycles ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <FOLD_COVERAGE>"<<endl<<endl;
+ cout<<"PAIRED-END SIMULATION"<<endl;
+ cout<<"\t"<< PRGNAME <<" [-s] [-a ] [-t] [-r rand_seed] [ -p read_profile ] [ -c num_flow_cycles ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <FOLD_COVERAGE> <MEAN_FRAG_LEN> <STD_DEV>"<<endl<<endl;
+ cout<<"AMPLICON SEQUENCING SIMULATION"<<endl;
+ cout<<"\t"<< PRGNAME <<" [-s] [-a ] [-t] [-r rand_seed] [ -p read_profile ] [ -c num_flow_cycles ] <-A|-B> <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <#_READS/#_READ_PAIRS_PER_AMPLICON>"<<endl<<endl;
+ cout<<"===== PARAMETERS ====="<< endl<<endl;
+ cout<<"INPUT_SEQ_FILE - the filename of DNA/RNA reference sequences in FASTA format"<<endl;
+ cout<<"OUTPUT_FILE_PREFIX - the prefix or directory of output read data file (*.fq) and read alignment file (*.aln)"<<endl;
+ cout<<"FOLD_COVERAGE - the fold of read coverage over the reference sequences"<<endl;
+ cout<<"MEAN_FRAG_LEN - the average DNA fragment size for paired-end read simulation"<<endl;
+ cout<<"STD_DEV - the standard deviation of the DNA fragment size for paired-end read simulation"<<endl;
+ cout<<"#READS_PER_AMPLICON - number of reads per amplicon (for 5'end amplicon sequencing)"<<endl;
+ cout<<"#READ_PAIRS_PER_AMPLICON - number of read pairs per amplicon (for two-end amplicon sequencing)"<<endl<<endl;
+ cout<<"===== OPTIONAL PARAMETERS ====="<< endl<<endl;
+ cout<<"-A indicate to perform single-end amplicon sequencing simulation"<<endl;
+ cout<<"-B indicate to perform paired-end amplicon sequencing simulation"<<endl;
+ cout<<"-M indicate to use CIGAR 'M' instead of '=/X' for alignment match/mismatch"<<endl;
+ cout<<"-a indicate to output the ALN alignment file"<<endl;
+ cout<<"-s indicate to output the SAM alignment file"<<endl;
+ cout<<"-d print out warning messages for debugging"<<endl;
+ cout<<"-t indicate to simulate reads from the built-in GS FLX Titanium profile [default: GS FLX profile]"<<endl;
+ cout<<"-r specify a fixed random seed for the simulation (to generate two identical datasets from two different runs)"<<endl;
+ cout<<"-c specify the number of flow cycles by the sequencer [ default: 100 for GS-FLX, and 200 for GS-FLX Titanium ] "<<endl;
+ cout<<"-p specify user's own read profile for simulation"<<endl;
+ cout<<" NOTE: the name of a read profile is the directory containing read profile data files."<<endl;
+ cout<<" please read the REAME file about the format of 454 read profile data files and."<<endl;
+ cout<<" and the default filenames of these data files." <<endl<<endl;
+ cout<<"===== EXAMPLES ====="<< endl<<endl;
+ cout<<" 1) singl-end simulation with 20X coverage"<<endl;
+ cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -s seq_reference.fa ./outdir/single_dat 20"<<endl;
+ cout<<" 2) paired-end simulation with the mean fragment size 1500 and STD 20 using GS FLX Titanium platform"<<endl;
+ cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -s -t seq_reference.fa ./outdir/paired_dat 10 1500 20"<<endl;
+ cout<<" 3) paired-end simulation with a fixed random seed"<<endl;
+ cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -s -r 777 seq_reference.fa ./outdir/paired_fxSeed 10 2500 50"<<endl;
+ cout<<" 4) single-end amplicon sequencing with 10 reads per amplicon"<<endl;
+ cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -A -s amplicon_ref.fa ./outdir/amp_single 10"<<endl;
+ cout<<" 5) paired-end amplicon sequencing with 10 read pairs per amplicon"<<endl;
+ cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -B -s amplicon_ref.fa ./outdir/amp_paired 10"<<endl<<endl;
+
+ exit(0);
+ }
+
+ if(!fixed_seed){
+ rand_seed=(unsigned int) time(NULL);
+ }
+ srand(rand_seed);
+
+ bool is_pairend_read=false;
+ char* seq_file= argv[i]; //"w:/vmLinux/vsProjects/art/art/release/test.fa";
+ string out_file_prefix=argv[i+1];//"w:/vmLinux/vsProjects/art/art/release/test454";
+ double x_fold = atof(argv[i+2]);
+ string num="";
+ int fsize_mean=0;
+ double fsize_std=0;
+
+ if (k==6){
+ num="1";
+ is_pairend_read=true;
+// art::ini_read_pair_rand(abs(atoi(argv[i+3])),fabs(atof(argv[i+4])));
+
+ fsize_mean=abs(atoi(argv[i+3]));
+ fsize_std=fabs(atof(argv[i+4]));
+ art::ini_read_pair_rand(fsize_mean,fsize_std,rand_seed);
+
+ if(art::gaussain_mean <= MINIMUM_FLAGMENT_SIZE){
+ cerr<<"Error: the mean fragment length is shorter than the minimum fragment size defined ("<< MINIMUM_FLAGMENT_SIZE <<")"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ }
+
+ if(amplicon_pair){
+ is_pairend_read=true;
+// art::ini_read_pair_rand(500,20,rand_seed);
+ }
+
+ string alnfasta=out_file_prefix+num+".aln";
+ string fqfile=out_file_prefix+num+".fq";
+ string statfile=out_file_prefix+".stat";
+
+ string samfile=out_file_prefix+".sam";
+ ofstream SAMFILE;
+ if(sam_out) {
+ SAMFILE.open(samfile.c_str(),ios::binary);
+ if(!SAMFILE.is_open()) { cerr<<"Can not open output file: "<<samfile<<endl; exit(0); }
+ }
+
+ ofstream FQFILE(fqfile.c_str(),ios::binary);
+ if(!FQFILE.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<fqfile<<endl; exit(0); }
+
+ ofstream ALNFILE;
+ if(aln_out) {
+ ALNFILE.open(alnfasta.c_str(),ios::binary);
+ if(!ALNFILE.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<alnfasta<<endl; exit(0); }
+ ALNFILE<<"##ART_454"<<endl;
+ }
+
+ ofstream STATFILE(statfile.c_str(),ios::binary);
+ if(!STATFILE.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<statfile<<endl; exit(0); }
+
+ read_profile::set_err_prob();
+ read_profile qdist;
+ if(profile_name.empty()){
+ qdist.default_profile(titanium);
+ }
+ else{
+ qdist.user_profile(profile_name+"/qual_1st_profile", profile_name+"/qual_mc_profile", profile_name+"/indel_error_profile", profile_name+"/length_dist");
+ }
+
+
+ //caluate CPUT time
+ clock_t start, end;
+ double cpu_time_used;
+ start = clock();
+
+ samHeader sH;
+ sH.getRefseqID(seq_file);
+ sH.ID="02";
+ sH.PN="ART_454";
+ for(int j=0;j < argc; ++j) { sH.CL.append(argv[j]);sH.CL.append(" "); }
+ if(aln_out){
+ sH.printAlnHeader(ALNFILE);
+ }
+
+ if(sam_out){
+ sH.printHeader(SAMFILE);
+ }
+
+ samRead sR;
+ string srID;
+
+ int read_len = 0;
+ vector<short> qual;
+ readSeqFile seq_reader(seq_file);
+ string id;
+ art a_art;
+ seqRead a_read;
+ string aln_read,aln_ref;
+ ostringstream osID;
+ int num_seq=0;
+ string read_id;
+
+ unsigned long total_read_count=0;
+
+ string alnfasta2=out_file_prefix+"2.aln";
+ string fqfile2=out_file_prefix+"2.fq";
+
+ //paired-end reads simulaiton
+ if(is_pairend_read){
+ samRead sR2;
+ sR.rNext="=";
+ sR2.rNext="=";
+
+
+ ofstream FQFILE2(fqfile2.c_str(),ios::binary);
+ if(!FQFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<fqfile2<<endl; exit(0); }
+
+ ofstream ALNFILE2;
+ if(aln_out) {
+ ALNFILE2.open(alnfasta2.c_str(),ios::binary);
+ if(!ALNFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<alnfasta2<<endl; exit(0); }
+ ALNFILE2<<"##ART_454"<<endl;
+ sH.printAlnHeader(ALNFILE2);
+ }
+
+ seqRead a_read_2;
+ vector<short> qual_2;
+ string read_id_2;
+ string aln_read_2,aln_ref_2;
+
+ while(seq_reader.next_seq(id,a_art.ref_seq)){
+ std::replace( a_art.ref_seq.begin(), a_art.ref_seq.end(), 'U', 'T'); //replace U with T
+ num_seq++;
+ long t_num_base=(long) a_art.ref_seq.size();
+ vector<int> depth_coverage(t_num_base,0);
+ vector<int> start_coverage(t_num_base,0); //#read starting on the same position
+
+ long base_count=t_num_base;
+ int the_fold=x_fold;
+ a_art.init_fast();
+ while(the_fold>0){
+ a_read.clear();
+
+ int cc_try=0; //debug info
+ if(amplicon){
+ read_len=qdist.get_ran_read_len();
+ a_art.ini_set(read_len);
+ if(!a_art.amp_pair_read(a_read, a_read_2)){
+ cerr<<"Warning: skip the amplicon "<<id<<" as it is too short"<<endl;
+ break;
+ }
+ }
+ else{
+ do {
+ read_len=qdist.get_ran_read_len();
+ a_art.ini_set(read_len);
+ //debug info
+ if(cc_try>=100){
+ cerr<<" was failed"<<endl;
+ }
+ cc_try++;
+ if(cc_try>=100){ cerr<<"try "<<cc_try;}
+
+ }while(!a_art.next_pair_read(a_read, a_read_2));
+ }
+
+ if(a_read.seq_ref.find('n',0)!=string::npos || a_read_2.seq_ref.find('n',0)!=string::npos) {
+ base_count-=read_len;
+ continue;
+ }
+
+ //debug info
+ if(cc_try>=100){ cerr<<" was successed"<<endl; }
+
+ qual.clear();
+ qual_2.clear();
+ vector<string> aln, aln2;
+
+ short start_cyc=0; //reset start_cyc to zero
+ bool ok=true;
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ qdist.get_read_qual_fast(a_art.homo_plus, a_read.bpos, a_read.seq_ref, a_read.seq_read, aln, qual, start_cyc, num_flow_cycles);
+ ok=qdist.get_read_qual_fast(a_art.homo_minus, a_read_2.bpos, a_read_2.seq_ref, a_read_2.seq_read, aln2, qual_2, start_cyc, num_flow_cycles);
+ }
+ else{
+ qdist.get_read_qual_fast(a_art.homo_minus, a_read.bpos, a_read.seq_ref, a_read.seq_read, aln, qual, start_cyc, num_flow_cycles);
+ ok=qdist.get_read_qual_fast(a_art.homo_plus, a_read_2.bpos, a_read_2.seq_ref, a_read_2.seq_read, aln2, qual_2, start_cyc, num_flow_cycles);
+ }
+ if(!ok) {
+
+ if(debug){
+ cerr <<"Info: "<<id<<", 1st read used all flowcycles, retry ..."<<endl;
+ }
+ continue;
+ }
+
+ //statistics
+ start_coverage[a_read.bpos]+=1;
+ start_coverage[a_read_2.bpos]+=1;
+ for(int k=0; k<a_read.seq_ref.length(); k++){
+ depth_coverage[a_read.bpos+k]+=1;
+ }
+ for(int k=0; k<a_read_2.seq_ref.length(); k++){
+ depth_coverage[a_read_2.bpos+k]+=1;
+ }
+
+ //output
+ total_read_count++;
+ osID.str("");
+ osID<<id<<'_'<<total_read_count;
+ read_id = osID.str();
+
+ srID=read_id;
+ read_id_2=read_id+"-2";
+ read_id+="-1";
+ //print first read
+
+ FQFILE<<"@"<<read_id<<endl<<a_read.seq_read<<endl<<"+"<<endl;
+ for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+ FQFILE<<(char)(qual[k]+33);
+ }
+ FQFILE<<endl;
+
+ if(aln_out){
+ ALNFILE<<">"<<id<<"\t"<<read_id<<"\t"<<a_read.bpos;
+ if(a_read.is_plus_strand) ALNFILE<<"\t+\n";
+ else ALNFILE<<"\t-\n";
+ ALNFILE<<aln[0]<<endl<<aln[1]<<endl;
+ }
+ //print second read
+ FQFILE2<<"@"<<read_id_2<<endl<<a_read_2.seq_read<<endl<<"+"<<endl;
+ for(size_t k=0; k<qual_2.size(); k++){
+ FQFILE2<<(char)(qual_2[k]+33);
+ }
+ FQFILE2<<endl;
+
+ if(aln_out) {
+ ALNFILE2<<">"<<id<<"\t"<<read_id_2<<"\t"<<a_read_2.bpos;
+ if(a_read_2.is_plus_strand) ALNFILE2<<"\t+\n";
+ else ALNFILE2<<"\t-\n";
+ ALNFILE2<<aln2[0]<<endl<<aln2[1]<<endl;
+ }
+
+ if(sam_out){
+ sR.qname=srID;
+ sR.rname=id;
+
+ sR2.qname=srID;
+ sR2.rname=id;
+
+ sR.seq=a_read.seq_read;
+ sR.qual.resize(qual.size());
+ for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+ sR.qual[k]=(char)(qual[k]+33);
+ }
+
+ sR2.seq=a_read_2.seq_read;
+ sR2.qual.resize(qual_2.size());
+ for(size_t k=0; k<qual_2.size(); k++){
+ sR2.qual[k]=(char)(qual_2[k]+33);
+ }
+
+
+ sR.flag=0x01 | 0x02 | 0x40;
+ sR2.flag=0x01 | 0x02 | 0x80;
+
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ sR.pos=a_read.bpos+1;
+ sR.flag =sR.flag | 0x20;
+ sR2.flag =sR2.flag |0x10;
+ sR2.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read_2.bpos+a_read_2.seq_read.size()-1);
+ sR2.reverse_comp();
+ }
+ else{
+ sR.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read.bpos+a_read.seq_read.size()-1);
+ sR.reverse_comp();
+ sR2.pos=a_read_2.bpos+1;
+ sR.flag = sR.flag | 0x10;
+ sR2.flag = sR2.flag | 0x20;
+ }
+
+/*
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ sR.pos=a_read.bpos+1;
+ }
+ else{
+ sR.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read.bpos+a_read.seq_read.size()-1);
+ sR.flag =sR.flag | 0x10;
+ sR.reverse_comp();
+ sR2.flag =sR2.flag |0x20;
+ }
+
+ if(a_read_2.is_plus_strand){
+ sR2.pos=a_read_2.bpos+1;
+ }
+ else{
+ sR2.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read_2.bpos+a_read_2.seq_read.size()-1);
+ sR2.flag =sR2.flag |0x10;
+ sR2.reverse_comp();
+ sR.flag =sR.flag | 0x20;
+ }
+*/
+ sR.getCigar(aln[0],aln[1],use_cigarM);
+ sR2.getCigar(aln2[0],aln2[1],use_cigarM);
+
+ sR.pNext=sR2.pos;
+ sR2.pNext=sR.pos;
+ if(sR2.pos>sR.pos){
+ sR.tLen=sR2.pos+a_read_2.seq_read.size()-sR.pos;
+ sR2.tLen=-sR.tLen;
+ }
+ else{
+ sR2.tLen=sR.pos+a_read.seq_read.size()-sR2.pos;
+ sR.tLen=-sR2.tLen;
+ }
+ sR.printRead(SAMFILE);
+ sR2.printRead(SAMFILE);
+ }
+
+ if(amplicon){
+ the_fold-=1;
+ }
+ else{
+ base_count-=a_art.read_len;
+ if(base_count<=0){
+ the_fold-=1;
+ base_count=t_num_base;
+ }
+ }
+ }
+ //output stat
+ for (long k=0; k<t_num_base; k++){
+ STATFILE<<k<<"\t"<<start_coverage[k]<<"\t"<<depth_coverage[k]<<endl;
+ }
+ }
+ FQFILE2.close();
+ if(aln_out) { ALNFILE2.close();}
+ }
+ else{
+ //single-end reads simulaiton
+ while(seq_reader.next_seq(id,a_art.ref_seq)){
+ std::replace( a_art.ref_seq.begin(), a_art.ref_seq.end(), 'U', 'T'); //replace U with T
+ num_seq++;
+ long t_num_base=(long) a_art.ref_seq.size();
+ vector<int> depth_coverage(t_num_base,0);
+ vector<int> start_coverage(t_num_base,0); //#read starting on the same position
+ long base_count=t_num_base;
+ int the_fold=x_fold;
+ a_art.init_fast();
+
+ while(the_fold>0){
+ a_read.clear();
+ read_len=qdist.get_ran_read_len();
+ a_art.ini_set(read_len);
+ if(amplicon) a_art.amp_read(a_read);
+ else a_art.next_read(a_read);
+ read_len=a_read.seq_ref.size();
+ qual.clear();
+
+ vector<string> aln;
+ short start_cyc=0; //alway start with flow cycle zero for single-end reads
+
+ if(a_read.seq_ref.find('n',0)!=string::npos) {
+ base_count-=read_len;
+ continue;
+ }
+
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ qdist.get_read_qual_fast(a_art.homo_plus, a_read.bpos, a_read.seq_ref, a_read.seq_read, aln, qual,start_cyc, num_flow_cycles);
+ }
+ else{
+ qdist.get_read_qual_fast(a_art.homo_minus, a_read.bpos, a_read.seq_ref, a_read.seq_read, aln, qual,start_cyc, num_flow_cycles);
+ }
+
+ //statistics
+ start_coverage[a_read.bpos]+=1;
+ for(int k=0; k<read_len; k++){
+ depth_coverage[a_read.bpos+k]+=1;
+ }
+
+ //output
+ osID.str("");
+ osID<<id<<'-'<<a_read.bpos<<'-'<<start_coverage[a_read.bpos];
+ read_id = osID.str();
+
+ FQFILE<<"@"<<read_id<<endl<<a_read.seq_read<<endl<<"+"<<endl;
+ for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+ FQFILE<<(char)(qual[k]+33);
+ }
+ FQFILE<<endl;
+
+ if(aln_out){
+ ALNFILE<<">"<<id<<"\t"<<read_id<<"\t"<<a_read.bpos;
+ if(a_read.is_plus_strand) ALNFILE<<"\t+\n";
+ else ALNFILE<<"\t-\n";
+ ALNFILE<<aln[0]<<endl<<aln[1]<<endl;
+ }
+
+ if(sam_out){
+ sR.qname=read_id;
+ sR.rname=id;
+ sR.flag =0;
+
+ sR.seq=a_read.seq_read;
+ sR.qual.resize(qual.size());
+ for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+ sR.qual[k]=(char)(qual[k]+33);
+ }
+
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ sR.pos=a_read.bpos+1;
+ }
+ else{
+ sR.flag = 0x10;
+ sR.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read.bpos+a_read.seq_read.size()-1);
+ sR.reverse_comp();
+ }
+
+ sR.getCigar(aln[0],aln[1],use_cigarM);
+ sR.printRead(SAMFILE);
+ }
+
+ if(amplicon){
+ the_fold-=1;
+ }
+ else{
+ base_count-=read_len;
+ if(base_count<=0){
+ the_fold-=1;
+ base_count=t_num_base;
+ }
+ }
+ }
+ //output stat
+ for (long k=0; k<t_num_base; k++){
+ STATFILE<<k<<"\t"<<start_coverage[k]<<"\t"<<depth_coverage[k]<<endl;
+ }
+ }
+ }
+
+ FQFILE.close();
+ if(aln_out){ ALNFILE.close(); }
+ STATFILE.close();
+
+ if(sam_out){ SAMFILE.close(); }
+
+ end = clock();
+ cpu_time_used = ((double) (end - start)) / CLOCKS_PER_SEC;
+
+ if(!is_pairend_read){
+ if(amplicon){
+ cout << " Amplicon 5'-end sequencing with single-end reads" << endl << endl;
+ }
+ else{
+ cout << " Single-end simulation" << endl << endl;
+ }
+ } else {
+ if(amplicon){
+ cout << " Amplicon two-end sequencing with paired-end reads" << endl << endl;
+ }
+ else{
+ cout << " Paired-end simulation" << endl << endl;
+ }
+ }
+ cout<<"Total CPU time used: "<<cpu_time_used<<endl<<endl;
+ cout<<"The random seed for the run: "<<rand_seed<<endl<<endl;
+
+ cout << "Parameters Settings" << endl;
+ cout << "\tnumber of flow cycles: " <<num_flow_cycles << endl;
+ if(amplicon_pair){
+ cout << "\t# read pairs per amplion: " << x_fold << endl;
+ }
+ else if (amplicon){
+ cout << "\t# reads per amplion: " << x_fold << endl;
+ }
+ else{
+ cout << "\tfold of read coverage: " << x_fold << "X" << endl;
+ }
+ if(is_pairend_read && !amplicon){
+ cout << "\tfragment length"<<endl;
+ cout << "\t\tmean: " << fsize_mean << endl;
+ cout << "\t\tstd: " << fsize_std << endl;
+ }
+ cout <<endl<<"454 Profile for Simulation" << endl;
+ if(profile_name.empty()){
+ if(titanium) cout << "\tthe built-in GS-FLX Titanium profile"<<endl;
+ else cout << "\tthe built-in GS-FLX profile"<<endl;
+ }
+ else{
+ cout << "\tthe profile provided: "<<profile_name<<endl;
+ cout<<"\t\t"<<profile_name+"/qual_1st_profile"<<endl;
+ cout<<"\t\t"<<profile_name+"/qual_mc_profile"<<endl;
+ cout<<"\t\t"<<profile_name+"/indel_error_profile"<<endl;
+ cout<<"\t\t"<<profile_name+"/length_dist"<<endl;
+ }
+ cout <<endl<<"Output Files" << endl << endl;
+
+ if(is_pairend_read){
+ cout << " FASTQ Sequence Files:" << endl;
+ cout << "\t the 1st reads: " << fqfile << endl;
+ cout << "\t the 2nd reads: " << fqfile2 << endl << endl;
+ if(aln_out){
+ cout << " ALN Alignment Files:" << endl;
+ cout << "\t the 1st reads: " << alnfasta << endl;
+ cout << "\t the 2nd reads: " << alnfasta2 << endl << endl;;
+ }
+ } else {
+ cout << " FASTQ Sequence File:" << endl;
+ cout << "\t" << fqfile << endl << endl;
+ if (aln_out){
+ cout << " ALN Alignment File:" << endl;
+ cout << "\t" << alnfasta << endl << endl;
+ }
+ }
+ if(sam_out){
+ cout << " SAM Alignment File:" << endl;
+ cout << "\t" << samfile << endl << endl;
+ }
+
+ cout << " Read Coverage File:" << endl;
+ cout << "\t" << statfile<< endl << endl;
+}
+
+
diff --git a/art_454_src/readSeqFile.cpp b/art_454_src/readSeqFile.cpp
new file mode 100644
index 0000000..73dc429
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/readSeqFile.cpp
@@ -0,0 +1,136 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART -- Artificial Read Transcription
+//Copyright(c) 2008-2012 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <time.h>
+#include <math.h>
+#include <string>
+#include <vector>
+#include <algorithm>
+#include <functional>
+#include <iostream>
+#include <fstream>
+#include <sstream>
+
+using namespace std;
+
+
+#include "readSeqFile.h"
+
+readSeqFile::readSeqFile(){
+ fileName = (char*) "";
+}
+readSeqFile::readSeqFile(char* file_name){
+ fileName = file_name;
+ infile.open(fileName);
+ if(! infile.is_open()){
+ cerr<<"the file: "<<file_name<<" can not be opened"<<endl;
+ exit(0);
+ }
+}
+
+readSeqFile::~readSeqFile(){
+ if(infile.is_open()){
+ infile.close();
+ }
+}
+
+//read next num_next seq in fast format
+int readSeqFile::next_seq(vector<string>& nextid, vector<string>& nextseq, int num_next)
+{
+ if(!infile.is_open()){
+ cerr<<"There is not open file"<<endl;
+ return 0;
+ }
+ string geneID="";
+ string geneSEQ="",tmpString="";
+ char tempChar;
+ int numSeq=0;
+ while(!infile.eof() && numSeq<num_next){
+ tempChar = 'a';
+ while(tempChar!='>' && !infile.eof() ){
+ infile.get(tempChar);
+ }
+ if(tempChar!='>'){
+ continue;
+ }
+ getline(infile,geneID);
+ if(geneID.length()<1){
+ continue;
+ }
+ while((!infile.eof()) && (infile.peek()!='>')){
+ tmpString.clear();
+ getline(infile,tmpString);
+ if ((tmpString.size() > 0) && (tmpString[tmpString.size() - 1] == '\r')){ tmpString.resize(tmpString.size() - 1); }
+ geneSEQ.append(tmpString);
+ }
+ nextseq.push_back(geneSEQ);
+ nextid.push_back(geneID);
+ geneSEQ.clear();
+ geneID.clear();
+ numSeq++;
+ }
+ return numSeq;
+}
+
+int readSeqFile::next_seq(vector<string>& nextid,vector<string>& nextseq)
+{
+ return next_seq(nextid, nextseq,1);
+}
+//read in one seq
+int readSeqFile::next_seq(string& geneID,string& geneSEQ){
+ if(!infile.is_open()){
+ cerr<<"There is not open file"<<endl;
+ return 0;
+ }
+ geneSEQ.clear();
+ string tmpString="";
+ char tempChar;
+ int numSeq=0;
+ //stringstream tmpseq;
+ while(!infile.eof() && numSeq==0){
+ tempChar = 'a'; //tempChar is not '>'
+ while(tempChar!='>' && !infile.eof() ){
+ infile.get(tempChar);
+ }
+ if(tempChar!='>'){
+ continue;
+ }
+ getline(infile,geneID);
+ if(geneID.length()<1){
+ continue;
+ }
+ while((!infile.eof()) && (infile.peek()!='>')){
+ tmpString.clear();
+ getline(infile,tmpString);
+ if ((tmpString.size() > 0) && (tmpString[tmpString.size() - 1] == '\r')){ tmpString.resize(tmpString.size() - 1); }
+ geneSEQ.append(tmpString);//v1.1 change from "geneSEQ.append(tmpString)":
+ }
+ numSeq++;
+ }
+ return numSeq;
+}
+
+//close opened file and open another file
+bool readSeqFile::reSetFile(char* file_name){
+ if(infile.is_open()){
+ infile.close();
+ }
+ infile.open(file_name);
+ if(! infile.is_open()){
+ cerr<<"the file: "<<file_name<<" can not be opened";
+ return false;
+ }
+ return true;
+
+}
+
+//set pointer to begining
+bool readSeqFile::restart(){
+ infile.clear();
+ infile.seekg(0, ios::beg);
+ return true;
+}
diff --git a/art_454_src/readSeqFile.h b/art_454_src/readSeqFile.h
new file mode 100644
index 0000000..43621e6
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/readSeqFile.h
@@ -0,0 +1,29 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+#pragma once
+
+#include <vector>
+#include <fstream>
+#include <string>
+using namespace std;
+
+class readSeqFile{
+ private:
+ char* fileName;
+ ifstream infile;
+ public:
+ readSeqFile(char* file_name);
+ readSeqFile();
+ ~readSeqFile();
+ //close opened file and open another file
+ bool reSetFile(char* file_name);
+ //read next num_next seq in fasta format
+ int next_seq(vector<string>& nextid,vector<string>& nextseq, int num_next);
+ int next_seq(vector<string>& nextid,vector<string>& nextseq);
+ int next_seq(string& geneID,string& geneSEQ);
+ //set pointer to begining
+ bool restart();
+
+};
diff --git a/art_454_src/read_profile.cpp b/art_454_src/read_profile.cpp
new file mode 100644
index 0000000..5f0e73b
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/read_profile.cpp
@@ -0,0 +1,609 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_454 -- Artificial Read Transcriber
+//Copyright(c) 2008-2012 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#include <cmath>
+#include <cstdlib>
+#include <ctime>
+#include "read_profile.h"
+
+void read_profile::default_profile(bool is_titanium){
+ istringstream distss;
+ if(is_titanium){
+ distss.str(t_QUAL_DIST_1BASE);
+ read_emp_dist(distss,qual_1stbase_dist);
+ distss.clear();
+ distss.str(t_QUAL_DIST_MC);
+ read_emp_dist(distss,qual_dist_mc, 3);
+ distss.clear();
+ distss.str(t_READ_LEN_DIST);
+ read_emp_dist(distss,read_len_dist);
+ }
+ else{
+ distss.str(QUAL_DIST_1BASE);
+ read_emp_dist(distss,qual_1stbase_dist);
+ distss.clear();
+ distss.str(QUAL_DIST_MC);
+ read_emp_dist(distss,qual_dist_mc, 3);
+ distss.clear();
+ distss.str(READ_LEN_DIST);
+ read_emp_dist(distss,read_len_dist);
+ }
+ const int NUM=10;
+ double Undercall[10]={0.0000000000, 0.001096668, 0.004562394, 0.01875503, 0.05466385, 0.14088050, 0.26817640, 0.44392523, 0.54782609, 0.69696970};
+ double Overcall[]={0.0005165388, 0.000858758, 0.003219707, 0.01025744, 0.01770155, 0.01677149, 0.02264601, 0.01401869, 0.02608696, 0.03030303};
+ double OverErroRate[]={0.0005165388, 0.001955426, 0.007782101, 0.02901247, 0.07236540, 0.15765199, 0.29082241, 0.45794393, 0.57391304, 0.72727273};
+ under_call_error.assign(Undercall,Undercall+NUM);
+ over_call_error.assign(Overcall,Overcall+NUM);
+ total_error.assign(OverErroRate,OverErroRate+NUM);
+ cyc_base[0]='T'; cyc_base[1]='A'; cyc_base[2]='C'; cyc_base[3]='G';
+}
+
+void read_profile::user_profile(string qual_profile, string mc_qual_profile, string indel_erro_profile, string length_profile){
+ read_emp_dist(qual_profile,qual_1stbase_dist);
+ read_emp_dist(mc_qual_profile,qual_dist_mc, 3);
+ read_indel_error(indel_erro_profile);
+ read_emp_dist(length_profile,read_len_dist);
+ size_t k=under_call_error.size();
+ if(k>over_call_error.size()) k=over_call_error.size();
+ total_error.resize(k);
+ for(size_t i=0; i<k; i++){
+ total_error[i]=over_call_error[i]+under_call_error[i];
+ }
+ cyc_base[0]='T'; cyc_base[1]='A'; cyc_base[2]='C'; cyc_base[3]='G';
+}
+
+void read_profile::read_indel_error(string error_profile_file){
+ //if file is blank, use the default error profile
+ ifstream input(error_profile_file.c_str());
+ if(!input){
+ const int NUM=10;
+ double Undercall[10]={0.0000000000, 0.001096668, 0.004562394, 0.01875503, 0.05466385, 0.14088050, 0.26817640, 0.44392523, 0.54782609, 0.69696970};
+ double Overcall[]={0.0005165388, 0.000858758, 0.003219707, 0.01025744, 0.01770155, 0.01677149, 0.02264601, 0.01401869, 0.02608696, 0.03030303};
+ double OverErroRate[]={0.0005165388, 0.001955426, 0.007782101, 0.02901247, 0.07236540, 0.15765199, 0.29082241, 0.45794393, 0.57391304, 0.72727273};
+ under_call_error.assign(Undercall,Undercall+NUM);
+ over_call_error.assign(Overcall,Overcall+NUM);
+ total_error.assign(OverErroRate,OverErroRate+NUM);
+// cerr<<"Note: "<<error_profile_file<<" does not exist. The default built-in indel_error_profile is used for the simulation"<<endl;
+ return;
+ }
+ bool is_UC_profile=false;
+ bool is_OC_profile=false;
+ while(!input.eof()){
+ string profile;
+ string aLine;
+ getline(input, aLine);
+ if(aLine.length()==0) continue;
+ if(aLine[0]=='#') continue;
+ if(aLine[0]=='*') break;
+ istringstream ss(aLine);
+ ss>>profile;
+ if(profile=="UNDERCALL"){
+ double t_double;
+ while (ss >> t_double){ under_call_error.push_back(t_double); }
+ if(under_call_error.size()>0){ is_UC_profile=true; }
+ }
+ else if(profile =="OVERCALL"){
+ double t_double;
+ while (ss >> t_double){ over_call_error.push_back(t_double); }
+ if(over_call_error.size()>0){ is_OC_profile=true;}
+ }
+
+ }
+ if(!is_UC_profile){
+ cerr<<"Error: there is no the under-call error profile in the input file:"<<error_profile_file<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ if(!is_OC_profile){
+ cerr<<"Error: there is no the over-call error profile in the input file:"<<error_profile_file<<endl;
+ exit(1);
+ }
+
+}
+
+bool read_profile::get_read_qual_fast(vector<int>& lenVec, unsigned long b_pos, string& read_seq, string& seq, vector<string>&aln, vector<short>& qual, short& cyc, short cycle){
+ if(cyc>=cycle){
+ //cerr<<"initial flow cycle number is larger than maximum cycle number"<<endl;
+ return false;
+ //exit(1);
+ }
+ if(read_seq.length()==0){
+ //cerr<<"len of read ==0"<<endl;
+ return false;
+ }
+ if(qual_1stbase_dist.size()==0) return false;
+ aln.clear();
+ aln.resize(2);
+ aln[0].reserve(read_seq.size()+10);
+ aln[1].reserve(read_seq.size()+10);
+ seq.clear();
+ seq.reserve(read_seq.size()+10);
+ qual.reserve(read_seq.size()+10);
+ size_t len=read_seq.length();
+ char aBase, orgBase, cycB;
+ short polymer_len;
+ for(size_t i=0, k=0; i<len; k++){
+ if(k>3){ k=0; cyc++; }
+ //stop if max_cycle reached
+ if(cyc>cycle){
+ read_seq=read_seq.substr(0,i);
+ break;
+ }
+ cycB=cyc_base[k];
+ aBase=read_seq[i];
+ if(cycB!=aBase){ continue; }
+
+ orgBase=aBase;
+ polymer_len=lenVec[b_pos+i];
+ i+=polymer_len;
+ //last homolymer (trucated)
+ if(i>len){
+ int kk=i-len; i=len;
+ polymer_len-=kk;
+ }
+ //polymer length >that defined in distribution
+ short qvalue=60;
+ if(polymer_len>qual_1stbase_dist.size()){
+ short min_qvalue=30;
+ int org_len=polymer_len;
+ while(polymer_len>qual_1stbase_dist.size()){
+ qual.push_back(qvalue);
+ qvalue-=2;
+ if(qvalue<=min_qvalue) qvalue=min_qvalue;
+ polymer_len--;
+ }
+ aln[0].append(org_len-polymer_len, orgBase);
+ aln[1].append(org_len-polymer_len, aBase);
+ seq.append(org_len-polymer_len,aBase);
+ }
+
+ //assign qual of first base
+ unsigned int cumCC;
+ map <unsigned int, unsigned short>::iterator it;
+ cumCC=(unsigned int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+ it=qual_1stbase_dist[polymer_len-1].lower_bound(cumCC);
+ //qual.push_back(it->second);
+ qvalue=it->second;
+
+ //add substitution error for single base only
+ if(polymer_len==1){
+ if(r_prob()<prob_err[qvalue]){
+ char achar=aBase;
+ while(aBase==achar){ achar=rand_base(); }
+ aBase=achar;
+ }
+ }
+
+ //add indel error
+ short ins_len=0, del_len=0; //
+ double p_ran=r_prob();
+ if(polymer_len>total_error.size()){ //deal with undefined in error distribution
+ double p_del=total_error[total_error.size()-1];
+ p_del=p_del+(1-p_del)*polymer_len/(polymer_len+100); //p deletion p_del->1 as ploymer len ->larger
+ double p_ins=(1-p_del)/10; //p insetion
+ if(p_ran<(p_del+p_ins)){
+ if(p_ran<p_ins){
+ do{
+ ins_len+=1;
+ p_ins=p_ins*exp((double) -2*ins_len); //exponetial decay
+ } while(polymer_len>ins_len && r_prob()<p_ins);
+ }
+ else{
+ do{
+ del_len+=1;
+ p_del=p_del*exp((double) -2*del_len); //exponetial decay
+ } while(polymer_len>del_len && r_prob()<p_del);
+ }
+ }
+ }
+ else if(p_ran<total_error[polymer_len-1]){
+ double p_ins=under_call_error[polymer_len-1];
+ double p_del=over_call_error[polymer_len-1];
+ if(p_ran<p_ins){//insertion
+ do{
+ ins_len+=1;
+ p_ins=p_ins*exp((double) -2*ins_len); //exponetial decay
+ } while(polymer_len>ins_len && r_prob()<p_ins);
+ }
+ else{ //deletion
+ do{
+ del_len+=1;
+ p_del=p_del*exp((double) -2*del_len); //exponetial decay
+ } while(polymer_len>del_len && r_prob()<p_del);
+ }
+ }
+
+ if(ins_len>0){
+ aln[0].append(polymer_len, orgBase);
+ aln[0].append(ins_len, '-');
+ aln[1].append(polymer_len+ins_len, aBase);
+ seq.append(polymer_len+ins_len,aBase);
+ }
+ else if(del_len>0){
+ aln[0].append(polymer_len, orgBase);
+ aln[1].append(polymer_len-del_len, aBase);
+ aln[1].append(del_len, '-');
+ seq.append(polymer_len-del_len,aBase);
+ }
+ else{
+ aln[0].append(polymer_len, orgBase);
+ aln[1].append(polymer_len, aBase);
+ seq.append(polymer_len, aBase);
+ }
+
+ //the polymer_len after indel
+ polymer_len+=ins_len-del_len;
+ //check whether it is delete completely, otherwise add base quality
+ if(polymer_len>0) qual.push_back(qvalue);
+ for(short k=1; k<polymer_len; k++){
+ ostringstream osID;
+ osID<<polymer_len<<"-"<<k<<"-"<<qvalue;
+ string idd=osID.str();
+ cumCC=(unsigned int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+ if(qual_dist_mc.count(idd)>0){
+ it=qual_dist_mc[idd].lower_bound(cumCC);
+ //if(it!=qual_dist[i].end()){
+ qvalue=it->second;
+ }
+ else qvalue=1;
+ qual.push_back(qvalue);
+ }
+
+ }
+ return true;
+}
+
+
+
+bool read_profile::get_read_qual(string& read_seq, string& seq, vector<string>&aln, vector<short>& qual, short cycle){
+ if(read_seq.length()==0) return false;
+ if(qual_1stbase_dist.size()==0) return false;
+ aln.clear();
+ aln.resize(2);
+ aln[0].reserve(read_seq.size()+10);
+ aln[1].reserve(read_seq.size()+10);
+ seq.clear();
+ seq.reserve(read_seq.size()+10);
+ qual.reserve(read_seq.size()+10);
+ short cyc=0;
+ size_t len=read_seq.length();
+ char aBase, orgBase, cycB;
+ short polymer_len;
+ for(size_t i=0, k=0; i<len; k++){
+ if(k>3){ k=0; cyc++; }
+ //stop if max_cycle reached
+ if(cyc>cycle){
+ read_seq=read_seq.substr(0,i);
+ break;
+ }
+ cycB=cyc_base[k];
+ aBase=read_seq[i];
+ if(cycB!=aBase){ continue; }
+ orgBase=aBase;
+ polymer_len=0;
+ while(i<len && aBase==read_seq[i]){
+ i++;
+ polymer_len++;
+ }
+
+ //polymer length >that defined in distribution
+ short qvalue=60;
+ if(polymer_len>qual_1stbase_dist.size()){
+ short min_qvalue=30;
+ int org_len=polymer_len;
+ while(polymer_len>qual_1stbase_dist.size()){
+ qual.push_back(qvalue);
+ qvalue-=2;
+ if(qvalue<=min_qvalue) qvalue=min_qvalue;
+ polymer_len--;
+ }
+ aln[0].append(org_len-polymer_len, orgBase);
+ aln[1].append(org_len-polymer_len, aBase);
+ }
+
+ //assign qual of first base
+ unsigned int cumCC;
+ map <unsigned int, unsigned short>::iterator it;
+ cumCC=(unsigned int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+ it=qual_1stbase_dist[polymer_len-1].lower_bound(cumCC);
+ //qual.push_back(it->second);
+ qvalue=it->second;
+
+ //add substitution error for signal base only
+ if(polymer_len==1){
+ if(r_prob()<prob_err[qvalue]){
+ char achar=aBase;
+ while(aBase==achar){ achar=rand_base(); }
+ aBase=achar;
+ }
+ }
+
+ //add indel error
+ short ins_len=0, del_len=0; //
+ double p_ran=r_prob();
+ if(polymer_len>total_error.size()){ //deal with undefined in error distribution
+ double p_del=total_error[total_error.size()-1];
+ p_del=p_del+(1-p_del)*polymer_len/(polymer_len+100); //p deletion p_del->1 as ploymer len ->larger
+ double p_ins=(1-p_del)/10; //p insetion
+ if(p_ran<(p_del+p_ins)){
+ if(p_ran<p_ins){
+ do{
+ ins_len+=1;
+ p_ins=p_ins*exp((double) -2*ins_len); //exponetial decay
+ } while(polymer_len>ins_len && r_prob()<p_ins);
+ }
+ else{
+ do{
+ del_len+=1;
+ p_del=p_del*exp((double) -2*del_len); //exponetial decay
+ } while(polymer_len>del_len && r_prob()<p_del);
+ }
+ }
+ }
+ else if(p_ran<total_error[polymer_len-1]){
+ double p_ins=under_call_error[polymer_len-1];
+ double p_del=over_call_error[polymer_len-1];
+ if(p_ran<p_ins){//insertion
+ do{
+ ins_len+=1;
+ p_ins=p_ins*exp((double) -2*ins_len); //exponetial decay
+ } while(polymer_len>ins_len && r_prob()<p_ins);
+ }
+ else{ //deletion
+ do{
+ del_len+=1;
+ p_del=p_del*exp((double) -2*del_len); //exponetial decay
+ } while(polymer_len>del_len && r_prob()<p_del);
+ }
+ }
+
+ if(ins_len>0){
+ aln[0].append(polymer_len, orgBase);
+ aln[0].append(ins_len, '-');
+ aln[1].append(polymer_len+ins_len, aBase);
+ seq.append(polymer_len+ins_len,aBase);
+ }
+ else if(del_len>0){
+ aln[0].append(polymer_len, orgBase);
+ aln[1].append(polymer_len-del_len, aBase);
+ aln[1].append(del_len, '-');
+ seq.append(polymer_len-del_len,aBase);
+ }
+ else{
+ aln[0].append(polymer_len, orgBase);
+ aln[1].append(polymer_len, aBase);
+ seq.append(polymer_len, aBase);
+ }
+
+ //the polymer_len after indel
+ polymer_len+=ins_len-del_len;
+ //check whether it is delete completely, otherwise add base quality
+ if(polymer_len>0) qual.push_back(qvalue);
+ for(short k=1; k<polymer_len; k++){
+ ostringstream osID;
+ osID<<polymer_len<<"-"<<k<<"-"<<qvalue;
+ string idd=osID.str();
+ cumCC=(unsigned int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+ if(qual_dist_mc.count(idd)>0){
+ it=qual_dist_mc[idd].lower_bound(cumCC);
+ //if(it!=qual_dist[i].end()){
+ qvalue=it->second;
+ }
+ else qvalue=1;
+ qual.push_back(qvalue);
+ }
+
+ }
+ return true;
+}
+
+
+bool read_profile::get_read_qual(vector< map <unsigned int, unsigned short> >&qual_dist, vector<short>& read_qual, int len){
+ if((int)qual_dist.size()<len) return false;
+ unsigned int cumCC;
+ map <unsigned int, unsigned short>::iterator it;
+ for(int i=0; i<len; i++){
+ cumCC=(unsigned int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+ it=qual_dist[i].lower_bound(cumCC);
+ //if(it!=qual_dist[i].end()){
+ read_qual.push_back(it->second);
+ //}
+ }
+ return true;
+}
+
+read_profile::~read_profile(){
+ qual_1stbase_dist.clear();
+ qual_dist_mc.clear();
+}
+
+bool read_profile::read_emp_dist(string infile, vector< map <unsigned int, unsigned short> >& qual_dist){
+ ifstream distss(infile.c_str());
+ if(!distss){
+ cerr<<"Error: cannot open the profile file "<<infile<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ return read_emp_dist(distss, qual_dist);
+}
+
+
+bool read_profile::read_emp_dist(istream& input, vector< map <unsigned int, unsigned short> >& qual_dist){
+ int linenum=1; //one-based index
+ int read_pos;
+ while(!input.eof()){
+ string aLine;
+ getline(input, aLine);
+ if(aLine.length()==0) continue;
+ if(aLine[0]=='#') continue;
+ if(aLine[0]=='*') break;
+ istringstream ss(aLine);
+ ss>>read_pos;
+ if(read_pos!=linenum){
+ cerr<<read_pos<<"\t"<<linenum<<endl;
+ cerr<<"Fatal error (1): wrong format of input distribution at: "<<endl;
+ cerr<<aLine<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ unsigned short t_int;
+ vector<unsigned short> qual;
+ while (ss >> t_int){ qual.push_back(t_int); }
+ getline(input, aLine);
+ ss.clear();ss.str(aLine);
+ ss>>read_pos;
+ if(read_pos!=linenum){
+ cerr<<"Fatal error (2): wrong format of input distribution"<<endl;
+ exit(2);
+ }
+ unsigned long t_uint;
+ vector<unsigned long> count;
+ if(IS_CUM_DIST){ while (ss >> t_uint){ count.push_back(t_uint); } }
+ else {
+ int index=0;
+ while (ss >> t_uint){
+ count.push_back(t_uint);
+ if(index>0) count[index]+=count[index-1];
+ index++;
+ }
+ }
+ if(count.size()!=qual.size()){
+ cerr<<"Fatal error (3): wrong format of input distribution"<<endl;
+ exit(3);
+ }
+ double denom=count[count.size()-1]/(double)max_dist_number;
+ map<unsigned int, unsigned short> dist;
+ for(size_t i=0; i<count.size(); i++){
+ unsigned int cc=(unsigned int)ceil(count[i]/denom);
+ dist[cc]=qual[i];
+ }
+ if(dist.size()>0){
+ linenum++;
+ qual_dist.push_back(dist);
+ }
+ }
+ //max_len_read=linenum;
+ if(linenum==0) return false;
+ return true;
+}
+
+
+bool read_profile::read_emp_dist(string infile, map<string, map <unsigned int, unsigned short> >& qual_dist, short num_id_field){
+ ifstream distss(infile.c_str());
+ if(!distss){
+ cerr<<"Error: cannot open the distribution file "<<infile<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ return read_emp_dist(distss, qual_dist, num_id_field);
+}
+
+bool read_profile::read_emp_dist(istream& input, map<string, map <unsigned int, unsigned short> >& qual_dist, short num_id_field){
+ int linenum=0;
+ if(num_id_field<=0) return false;
+ while(!input.eof()){
+ string aLine;
+ string pos_id;
+ getline(input, aLine);
+ if(aLine.length()==0) continue;
+ if(aLine[0]=='#') continue;
+ if(aLine[0]=='*') break;
+ istringstream ss(aLine);
+ string tmp_id;
+ for(short cc=0; cc<num_id_field; cc++){
+ ss>>tmp_id;
+ if(cc==0) pos_id=tmp_id;
+ else pos_id+="-"+tmp_id;
+ }
+ //if(pos_id!=linenum){
+ // cerr<<"Fatal error (1): wrong format of input distribution"<<endl;
+ // exit(1);
+ //}
+ unsigned short t_int;
+ vector<unsigned short> qual;
+ while (ss >> t_int){ qual.push_back(t_int); }
+ getline(input, aLine);
+ ss.clear();ss.str(aLine);
+ string id2;
+ for(short cc=0; cc<num_id_field; cc++){
+ ss>>tmp_id;
+ if(cc==0) id2=tmp_id;
+ else id2+="-"+tmp_id;
+ }
+ if(id2!=pos_id){
+ cerr<<"Fatal error (2): wrong format of input distribution"<<endl;
+ exit(2);
+ }
+ unsigned long t_uint;
+ vector<unsigned long> count;
+ if(IS_CUM_DIST){ while (ss >> t_uint){ count.push_back(t_uint); } }
+ else {
+ int index=0;
+ while (ss >> t_uint){
+ count.push_back(t_uint);
+ if(index>0) count[index]+=count[index-1];
+ index++;
+ }
+ }
+ if(count.size()!=qual.size()){
+ cerr<<"Fatal error (3): wrong format of input distribution"<<endl;
+ exit(3);
+ }
+ double denom=count[count.size()-1]/(double)max_dist_number;
+ map<unsigned int, unsigned short> dist;
+ for(size_t i=0; i<count.size(); i++){
+ unsigned int cc=(unsigned int)ceil(count[i]/denom);
+ dist[cc]=qual[i];
+ }
+ if(dist.size()>0){
+ linenum++;
+ qual_dist[pos_id]=dist;
+ }
+ }
+ //max_len_read=linenum;
+ if(linenum==0) return false;
+ return true;
+}
+
+bool read_profile::read_emp_dist(istream& input, map <unsigned int, unsigned int>& dist){
+ while(!input.eof()){
+ string aLine;
+ getline(input, aLine);
+ if(aLine.length()==0) continue;
+ if(aLine[0]=='#') continue;
+ istringstream ss(aLine);
+ unsigned int t_int;
+ vector<unsigned int> value;
+ while (ss >> t_int){ value.push_back(t_int); }
+ getline(input, aLine);
+ ss.clear();ss.str(aLine);
+ vector<unsigned int> count;
+ if(IS_CUM_DIST){ while (ss >> t_int){ count.push_back(t_int); } }
+ else {
+ int index=0;
+ while (ss >> t_int){
+ count.push_back(t_int);
+ if(index>0) count[index]+=count[index-1];
+ index++;
+ }
+ }
+ if(count.size()!=value.size()){
+ cerr<<"Fatal error (3): wrong format of input distribution"<<endl;
+ exit(3);
+ }
+ double denom=count[count.size()-1]/(double)max_dist_number;
+ for(size_t i=0; i<count.size(); i++){
+ unsigned int cc=(unsigned int)ceil(count[i]/denom);
+ dist[cc]=value[i];
+ }
+ break;
+ }
+ if(dist.size()==0) return false;
+ return true;
+}
+
+bool read_profile::read_emp_dist(string infile, map <unsigned int, unsigned int>& dist){
+ ifstream distss(infile.c_str());
+ if(!distss){
+ cerr<<"Error: cannot open the distribution file "<<infile<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ return read_emp_dist(distss, dist);
+}
diff --git a/art_454_src/read_profile.h b/art_454_src/read_profile.h
new file mode 100644
index 0000000..4de0b0b
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/read_profile.h
@@ -0,0 +1,111 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_454 -- Artificial Read Transcriber
+//Copyright(c) 2008-2012 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#pragma once
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <sstream>
+#include <fstream>
+#include <string>
+#include <map>
+#include <cstdlib>
+#include <climits>
+
+#define IS_CUM_DIST false
+#define HIGHEST_QUAL 80
+//QUAL_DIST_ONE len
+//QUAL_DIST_TWO len pos pre_qual
+
+#define QUAL_DIST_1BASE "1 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40\n1 11689246 1276516 3703034 7516682 10871020 6539842 102210424 73949791 108823539 60805916 104723650 114396380 107935410 251902802 214547676 186373847 297009042 315627399 196048526 217274586 476950371 257276609 453292291 402734594 269577304 596908406 332062327 1074973725 352219073 978107263 1235403596 509661119 1738987281 230222943 254146179 1573060404\n2 0 6 [...]
+#define QUAL_DIST_MC "2 1 0 0\n2 1 0 58970\n2 1 6 6 9 11 12 13 15 16 17 18 20 22 24 26 30\n2 1 6 724672 49323 2 1 3 7 2 1 9 2 4 2 1 1\n2 1 7 7 8 9 10 11 12 13 15 18 20 21 22 23 24 25 26 28\n2 1 7 1661828 91071 68096 6760 19 1648 209 93 11 2 4 2 1 1 2 1 1\n2 1 8 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 25\n2 1 8 64706 3010648 68231 18128 125016 60947 32464 11 7500 9 2 33 9 3 2 1 1\n2 1 9 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 28 29 32 34 39 40\n2 1 9 17482 21622 40 [...]
+#define READ_LEN_DIST "30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 [...]
+
+#define t_QUAL_DIST_1BASE "1 0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40\n1 13010306 2202021 7457525 15429792 18264482 9921629 191545877 111688000 162567909 72231795 159598023 190036017 141905720 396100091 284914063 305016014 470333795 508496661 248783531 230527272 715592102 404842670 614045782 501523489 377729745 753550762 337098614 1649401335 316409388 1150631053 942395691 289247245 928414970 190626815 271911767 1800952348\n2 0 [...]
+#define t_QUAL_DIST_MC "2 1 0 0\n2 1 0 48788\n2 1 6 6 9 11 12 13 15 17 18 19 20 21 23 24 25 26 27 30 40\n2 1 6 1149377 88179 8 1 4 13 2 15 1 2 8 2 2 1 1 1 1 1\n2 1 7 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 26 27 30\n2 1 7 3290693 206617 122778 11793 39 4195 398 2 279 1 7 21 2 5 7 1 3 1 2 1\n2 1 8 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 27 28\n2 1 8 134979 5843591 111962 24314 259493 145729 63775 30 19831 48 3 52 35 2 3 1 3 2 2 1\n2 1 9 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 1 [...]
+#define t_READ_LEN_DIST "30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 1 [...]
+
+#define FLX_CYCLE_NUM 100
+using namespace std;
+
+inline double r_prob(){
+ return rand()/(double)RAND_MAX;
+};
+
+inline char rand_base(){
+ short base=(short)ceil(r_prob()*5);
+ switch(base){
+ case 1:
+ return 'a';
+ case 2:
+ return 'c';
+ case 3:
+ return 'g';
+ case 4:
+ return 't';
+ default:
+ return 'n';
+ }
+};
+
+class read_profile{
+public:
+ void default_profile(bool is_titanium=false);
+ void user_profile(string qual_profile, string mc_qual_profile, string indel_erro_profile, string length_profile);
+ static double prob_err[HIGHEST_QUAL];
+ static void set_err_prob(){
+ for(int i=0; i<HIGHEST_QUAL; i++){
+ prob_err[i]=pow(10,-i/(double)10);
+ }
+ };
+
+
+ static const unsigned int max_dist_number=1000000; //need >100000
+ bool read_emp_dist(string infile, vector< map <unsigned int, unsigned short> >& qual_dist);
+ bool read_emp_dist(istream& input,vector< map <unsigned int, unsigned short> >& qual_dist);
+ bool read_emp_dist(string infile, map <unsigned int, unsigned int>& dist);
+ bool read_emp_dist(istream& input, map <unsigned int, unsigned int> & dist);
+
+ bool read_emp_dist(string infile, map<string, map <unsigned int, unsigned short> >& qual_dist, short num_id_field);
+ bool read_emp_dist(istream& input, map<string, map<unsigned int, unsigned short> >& qual_dist, short num_id_field);
+
+ void read_indel_error(string error_profile_file);
+
+ //assign 454 read qual. the read_seq may change imposed by maxnum cycle FLX_CYCLE_NUM
+ bool get_read_qual(string& read_seq, string& seq, vector<string>&aln, vector<short>& qual, short cycle=FLX_CYCLE_NUM);
+ bool get_read_qual_fast(vector<int>& lenVec, unsigned long b_pos, string& read_seq, string& seq, vector<string>&aln, vector<short>& qual, short& start_cyc, short cycle=FLX_CYCLE_NUM);
+
+ bool get_read_qual(vector<short>& read_qual, bool first=true);
+ bool get_read_qual(vector<short>& read_qual, int len, bool first=true);
+ //TODO
+ //bool read_conti_dist();
+ ~read_profile();
+ vector< map <unsigned int, unsigned short> > qual_1stbase_dist; //first postion
+ map<string, map <unsigned int, unsigned short> > qual_dist_mc; //remaining positon in Markov chain
+ map<unsigned int, unsigned int> read_len_dist;
+ map<unsigned int, unsigned int> fragment_length;
+ int get_ran_flagment_len(){
+ if(fragment_length.size()==0) return 0;
+ int cc=(int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+ map<unsigned int, unsigned int>::iterator it=fragment_length.lower_bound(cc);
+ if(it==fragment_length.end()) return 0;
+ return it->second;
+ };
+ int get_ran_read_len(){
+ if(read_len_dist.size()==0) return 0;
+ int cc=(int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+ map<unsigned int, unsigned int>::iterator it=read_len_dist.lower_bound(cc);
+ if(it==read_len_dist.end()) return 0;
+ return it->second;
+ };
+ vector<double> under_call_error;
+ vector<double> over_call_error;
+ vector<double> total_error;
+ char cyc_base[4];
+// vector<double> under2total_ratio;
+private:
+ //int max_len_pair_first;
+ //int max_len_pair_second;
+ bool get_read_qual(vector< map <unsigned int, unsigned short> >&qual_dist, vector<short>& read_qual, int len);
+
+};
diff --git a/art_454_src/samRead.cpp b/art_454_src/samRead.cpp
new file mode 100644
index 0000000..9d94895
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/samRead.cpp
@@ -0,0 +1,138 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription
+Copyright(c) 2011-2015 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+_____________________________________________________________________________________________________________
+*/
+
+#include <sstream>
+#include "samRead.h"
+
+
+void samHeader::getRefseqID(char* seqfile){
+ SN.clear();
+ LN.clear();
+ readSeqFile seq_reader(seqfile);
+ string id, seq;
+ while(seq_reader.next_seq(id,seq)){
+ SN.push_back(id);
+ LN.push_back(seq.size());
+ seq.clear();
+ }
+ // seq_reader.~readSeqFile();
+}
+
+void samHeader::printHeader(ostream& fout){
+ if(SN.size()!=LN.size()){
+ cerr<<"fatal error in determining the number of sequences"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ fout<<"@HD\t"<<"VN:"<<VN<<"\tSO:"<<SO<<endl;
+ for(size_t i=0; i<SN.size(); i++){
+ fout<<"@SQ\t"<<"SN:"<<SN[i]<<"\tLN:"<<LN[i]<<endl;
+ }
+ fout<<"@PG\t"<<"ID:"<<ID<<"\tPN:"<<PN<<"\tCL:"<<CL<<endl;
+}
+
+void samHeader::printAlnHeader(ostream& fout){
+ if(SN.size()!=LN.size()){
+ cerr<<"fatal error in determining the number of sequences"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ fout<<"@CM\t"<<CL<<endl;
+ for(size_t i=0; i<SN.size(); i++){
+ fout<<"@SQ\t"<<SN[i]<<"\t"<<LN[i]<<endl;
+ }
+ fout<<"##Header End"<<endl;
+}
+
+//make sure flag set before call getCigar
+void samRead::getCigar(string & aln_ref, string& aln_read, bool use_M){
+ if(aln_ref.length()!=aln_read.length()){
+ cerr<<"fatal error: wrong alignment"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+// vector<char> cType;
+// vector<int> len;
+ cigar="";
+
+ char t, t2;
+ int k=0;
+ if(flag & 0x10){ //reverse complement SEQ
+ int ins_len=0, del_len=0;
+ for(int i=aln_ref.length()-1; i>=0; i--){
+ if(aln_ref[i]==aln_read[i]){
+ t='=';
+ if (use_M) t='M';
+ }
+ else if(aln_ref[i]=='-'){
+ t='I';
+ ins_len++;
+ }
+ else if(aln_read[i]=='-'){
+ t='D';
+ del_len++;
+ }
+ else{
+ t='X';
+ if (use_M) t='M';
+ }
+ if(t!=t2 && k>0){
+ // cType.push_back(t2);
+ // len.push_back(k);
+ ostringstream oss;
+ oss<<k<<t2;
+ cigar.append(oss.str());
+ k=0;
+ }
+ k++; t2=t;
+ }
+ pos-=del_len-ins_len; //adjust start position
+ }
+ else{
+ for(int i=0; i<aln_ref.length(); i++){
+ if(aln_ref[i]==aln_read[i]){
+ t='=';
+ if (use_M) t='M';
+ }
+ else if(aln_ref[i]=='-'){
+ t='I';
+ }
+ else if(aln_read[i]=='-'){
+ t='D';
+ }
+ else{
+ t='X';
+ if (use_M) t='M';
+ }
+ if(t!=t2 && k>0){
+ // cType.push_back(t2);
+ // len.push_back(k);
+ ostringstream oss;
+ oss<<k<<t2;
+ cigar.append(oss.str());
+ k=0;
+ }
+ k++; t2=t;
+ }
+ }
+ ostringstream oss;
+ oss<<k<<t2;
+ cigar.append(oss.str());
+}
+
+void samRead::reverse_comp(){
+ reverse(seq.begin(), seq.end());
+ reverse(qual.begin(), qual.end());
+ for(int i=0; i<seq.length(); i++){
+ if (seq[i] == 'A') seq[i] = 'T';
+ else if(seq[i] == 'T') seq[i] = 'A';
+ else if(seq[i] == 'C') seq[i] = 'G';
+ else if(seq[i] == 'G') seq[i] = 'C';
+ else seq[i] = 'N';
+ }
+}
+
+void samRead::printRead(ostream& fout){
+ fout<<qname<<"\t"<<flag<<"\t"<<rname<<"\t"<<pos<<"\t"<<mapQ<<"\t"<<cigar<<"\t"<<rNext<<"\t"<<pNext<<"\t"<<tLen<<"\t"<<seq<<"\t"<<qual<<endl;
+}
diff --git a/art_454_src/samRead.h b/art_454_src/samRead.h
new file mode 100644
index 0000000..09c59df
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/samRead.h
@@ -0,0 +1,73 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription
+Copyright(c) 2011 Weichun Huang All Rights Reserved.
+_____________________________________________________________________________________________________________
+*/
+#pragma once
+
+#include <cmath>
+#include <string>
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <iterator>
+#include <map>
+#include <cstdio>
+#include <set>
+#include <algorithm>
+#include "readSeqFile.h"
+
+using namespace std;
+
+
+
+class samHeader{
+ public:
+ samHeader(){
+ VN="1.4";
+ SO="unsorted";
+ }
+
+ //@HD
+ string VN; //=1.4
+ string SO; //=unsorted
+
+ //@SQ
+ vector<string> SN;
+ vector<long> LN;
+
+ //@PG
+ string ID;
+ string PN;
+ string CL;
+
+ void getRefseqID(char* seqfile);
+ void printHeader(ostream& fout);
+ void printAlnHeader(ostream& fout);
+};
+
+class samRead{
+
+ public:
+ samRead(){
+ flag=0;
+ mapQ=99;
+ rNext="*";
+ pNext=0;
+ tLen=0;
+ };
+ string qname;
+ int flag;
+ string rname;
+ long pos;
+ short mapQ;
+ string cigar;
+ string rNext;
+ long pNext;
+ int tLen;
+ string seq;
+ string qual;
+ void reverse_comp();
+ void getCigar(string & aln_ref, string& aln_read, bool use_M=false);
+ void printRead(ostream& fout);
+};
diff --git a/art_454_src/seqRead.cpp b/art_454_src/seqRead.cpp
new file mode 100644
index 0000000..d433534
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/seqRead.cpp
@@ -0,0 +1,76 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_454 -- Artificial Read Transcriber
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#include "seqRead.h"
+
+int seqRead::get_indel(int read_len){
+ //if(ins_rate.size()>=read_len) {cerr<<"fatal error\n"; exit(1)};
+ int ins_len=0, del_len=0;
+ //deletion
+ for(int i=(int)del_rate.size()-1; i>=0; i--){
+ if(del_rate[i]>=r_prob()){
+ del_len=i+1;
+ for(int j=i; j>=0;){
+ int pos=(int) floor((read_len-1)*r_prob()); //invalid deletion positions: 0 or read_len-1
+ if(pos==0) continue;
+ if(indel.count(pos)==0){
+ indel[pos]='-';
+ j--;
+ }
+ }
+ break;
+ }
+ }
+
+ for(int i=ins_rate.size()-1; i>=0; i--){
+ if(ins_rate[i]>=r_prob()){
+ ins_len=i+1;
+ for(int j=i; j>=0;){
+ int pos=(int) floor(r_prob()*read_len);
+ if(indel.count(pos)==0){
+ short base=(short)ceil(r_prob()*4);
+ switch(base){
+ case 1:
+ indel[pos]='a'; break;
+ case 2:
+ indel[pos]='c'; break;
+ case 3:
+ indel[pos]='g'; break;
+ case 4:
+ indel[pos]='t';
+ }
+ j--;
+ }
+ }
+ break;
+ }
+ }
+ return (ins_len-del_len);
+};
+
+void seqRead::ref2read(){
+ if(indel.size()==0){
+ seq_read=seq_ref;
+ return;
+ }
+ seq_read.clear();
+ int k=0;
+ for(size_t i=0; i<seq_ref.size();){
+ //cout<<i<<"\t"<<k<<endl;
+ if(indel.count(k)==0){
+ seq_read.push_back(seq_ref[i]); i++; k++;
+ }
+ else if(indel[k]=='-'){
+ i++;k++;
+ }
+ else{
+ seq_read.push_back(indel[k]); k++;
+ }
+ }
+ while(indel.count(k)>0){
+ seq_read.push_back(indel[k]);
+ k++;
+ }
+}
+
diff --git a/art_454_src/seqRead.h b/art_454_src/seqRead.h
new file mode 100644
index 0000000..7429fa5
--- /dev/null
+++ b/art_454_src/seqRead.h
@@ -0,0 +1,132 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_454 -- Artificial Read Transcriber
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#pragma once
+
+#include <cmath>
+#include <string>
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <iterator>
+#include <map>
+#include <cstdio>
+#include <set>
+//#include <gsl/gsl_rng.h>
+//#include <gsl/gsl_randist.h>
+//#include <gsl/gsl_sys.h>
+//#include <gsl/gsl_machine.h>
+//#include <gsl/gsl_precision.h>
+//#include <gsl/gsl_nan.h>
+//#include <gsl/gsl_pow_int.h>
+#include <gsl/gsl_cdf.h>
+
+#include "read_profile.h"
+
+using namespace std;
+
+class seqRead{
+public:
+ vector <double> ins_rate; //Bionomial cum_prob gsl_cdf_binomial_Q(unsigned int k, double p, unsigned int n)
+ vector <double> del_rate; //Binomial
+ vector<double> sub_rate; //Binomial
+ void set_rate(int read_len, double p, int max_num, vector <double>& rate){
+ rate.resize(max_num);
+ for(size_t i=1; i<=max_num; i++){
+ rate[i-1]= gsl_cdf_binomial_Q(i, p, read_len);
+ }
+ };
+ static char rand_base(){
+ short base=(short)ceil(r_prob()*4);
+ switch(base){
+ case 1:
+ return 'a';
+ case 2:
+ return 'c';
+ case 3:
+ return 'g';
+ case 4:
+ return 't';
+ default:
+ return 'a';
+ }
+ };
+ //static bool with_indel;
+
+ int get_indel(int read_len);
+ map<int,char,less<int> > indel;
+ map<int,char> substitution;
+ bool is_plus_strand;
+ unsigned long bpos; //parent
+ string seq_read;
+ string seq_ref;
+ void clear(){
+ indel.clear();
+ substitution.clear();
+ seq_read.clear();
+ seq_ref.clear();
+ }
+ //string aln_read;
+ //string aln_ref;
+ bool get_aln(string& aln_read, string& aln_ref){
+ if(indel.size()==0) return false;
+ map<int,char,less<int> >::iterator it;
+ aln_read=seq_read; aln_ref=seq_ref;
+ for(it=indel.begin(); it!=indel.end(); it++){
+ if(it->second!='-'){
+ aln_ref.insert(it->first,1,'-');
+ }
+ else{
+ aln_read.insert(it->first,1,'-');
+ }
+ }
+ return true;
+ };
+
+ void ref2read();
+
+ //based on empirical dist of quali scores
+ int add_error(vector<short>&qual){
+ if(qual.size()!=seq_read.size()){
+ cerr<<"error call in adding substitution\n";
+ //cerr<<qual.size()<<"\t"<<seq_read.size()<<endl;
+ return 0;
+ }
+ int num=0;
+ for(size_t i=0; i<qual.size(); i++){
+ if(r_prob()<read_profile::prob_err[qual[i]]){
+ char achar=seq_read[i];
+ while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+ seq_read[i]=achar;
+ substitution[i]=achar;
+ num++;
+ }
+ }
+ return num;
+ };
+
+ //base on bionomial error substitution rate
+ int add_error(int read_len){
+ int sub_num=0;
+ for(int i=(int)sub_rate.size()-1; i>=0; i--){
+ if(sub_rate[i]>=r_prob()){
+ sub_num=i+1;
+ for(int j=i; j>=0;){
+ int pos=(int) floor(read_len*r_prob());
+ if(substitution.count(pos)==0){
+ char achar=seq_read[pos];
+ while(seq_read[pos]==achar){ achar=rand_base(); }
+ substitution[pos]=achar;
+ seq_read[pos]=achar;
+ j--;
+ }
+ }
+ break;
+ }
+ }
+ return sub_num;
+ };
+
+ //vector<char> aln_read;
+ //vector<char> aln_ref;
+};
diff --git a/art_SOLiD_README b/art_SOLiD_README
new file mode 100644
index 0000000..3ea23b4
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_README
@@ -0,0 +1,184 @@
+ART_SOLiD (version 1.3.3) README (last updated on 03/19/2015) Weichun Huang at whduke at gmail.com
+
+DESCRIPTION:
+
+ ART_SOLiD is a simulation program to generate sequence read data of SOLiD sequencing reads.
+ ART generates reads according to a SOLiD read error profile. The built-in error profile is an
+ empiricial error profile summarized from large SOLiD sequencing data. ART has been using for
+ testing or benchmarking a variety of method or tools for next-generation sequencing data analysis,
+ including read alignment, de novo assembly, detection of SNP, CNV, or other structure variation.
+
+ art_SOLiD can generate both single-end, matepair, and paired-end of SOLiD sequencing platform.
+ art_SOLiD also support amplicon sequencing simulation with RNA references. Its outputs include
+ FASTQ read, MAP alignment, and optional SAM alignment files. The map2bed.pl tool included can
+ convert ART MAP alignment files to a UCSC BED file
+
+COMPILATION AND INSTALLATION:
+
+ PREREQUISITES:
+ 1) GNU g++ 4.0 or above (http://gcc.gnu.org/install)
+ 2) GNU gsl library (http://www.gnu.org/s/gsl/)
+
+ COMPILATION & INSTALLATION
+
+ 1) add gsl library installation directory to compiler's search path
+
+ If your GSL library is not installed in system standard search path, your GSL installation
+ directory need to be added to gcc/g++ complier FLAGS. For example, gsl is typically installed
+ in /opt/local directory in MacOS X. You can add the directory to the search path of gcc/g++
+ complier by run the following command:
+
+ export CFLAGS="$CFLAGS -I/opt/local/include" CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I/opt/local/include" LDFLAGS="$LDFLAGS -L/opt/local/lib"
+
+ 2) compile and install
+
+ ./configure --prefix=$HOME
+ make
+ make install
+
+EXAMPLES
+
+ In the "examples" subdirectory, the shell script "run_test_examples_SOLiD.sh" gives examples of using
+ art_SOLiD for read simulation. To test these two examples, just run the script "run_test_examples_SOLiD.sh"
+
+USAGES
+
+ SINGLE-END (F3 READ) SIMULATION
+ art_SOLiD [ options ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ> <FOLD_COVERAGE>
+
+ MATE-PAIR READS (F3-R3 PAIR) SIMULATION
+ art_SOLiD [ options ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ> <FOLD_COVERAGE> <MEAN_FRAG_LEN> <STD_DEV>
+
+ PAIRED-END READS (F3-F5 PAIR) SIMULATION
+ art_SOLiD [ options ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ_F3> <LEN_READ_F5> <FOLD_COVERAGE> <MEAN_FRAG_LEN> <STD_DEV>
+
+ AMPLICON SEQUENCING SIMULATION
+ art_SOLiD [ options ] -A s <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ> <READS_PER_AMPLICON>
+ art_SOLiD [ options ] -A m <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ> <READ_PAIRS_PER_AMPLICON>
+ art_SOLiD [ options ] -A p <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ_F3> <LEN_READ_F5> <READ_PAIRS_PER_AMPLICON>
+
+ ===== PARAMETERS =====
+
+ INPUT_SEQ_FILE - filename of DNA/RNA reference sequences in FASTA format
+ OUTPUT_FILE_PREFIX - prefix or directory for all output data files
+ FOLD_COVERAGE - fold of read coverage over the reference sequences
+ LEN_READ - length of F3/R3 reads
+ LEN_READ_F3 - length of F3 reads for paired-end read simulation
+ LEN_READ_F5 - length of F5 reads for paired-end read simulation
+ READS_PER_AMPLICON - number of reads per amplicon
+ READ_PAIRS_PER_AMPLICON - number of read pairs per amplicon
+ MEAN_FRAG_LEN - mean DNA/RNA fragment size for matepair/paired-end read simulation
+ STD_DEV - standard deviation of the DNA/RNA fragment sizes for matepair/paired-end read simulation
+
+ ===== OPTIONAL PARAMETERS =====
+
+ -A specify the read type for amplicon sequencing simulation (s:single-end, m: matepair, p: paired-end)
+ -M indicate to use CIGAR 'M' instead of '=/X' for alignment match/mismatch
+ -s indicate to generate a SAM alignment file
+ -r specify the random seed for the simulation
+ -f specify the scale factor adjusting error rate (e.g., -f 0 for zero-error rate simulation)
+ -p specify user's own read profile for simulation
+
+ ===== EXAMPLES =====
+ 1) singl-end 25bp reads simulation at 10X coverage
+ art_SOLiD -s seq_reference.fa ./outdir/single_dat 25 10
+ 2) singl-end 75bp reads simulation at 20X coverage with users' error profile
+ art_SOLiD -s -p ../SOLiD_profiles/pseudo_profile ./seq_reference.fa ./dat_userProfile 75 20
+ 3) matepair 35bp (F3-R3) reads simulation at 20X coverage with DNA MEAN fragment size 2000bp and STD 50
+ art_SOLiD -s seq_reference.fa ./outdir/matepair_dat 35 20 2000 50
+ 4) matepair reads simulation with a fixed random seed
+ art_SOLiD -r 777 -s seq_reference.fa ./outdir/matepair_fs 50 10 1500 50
+ 5) paired-end reads (75bp F3, 35bp F5) simulation with the MEAN fragment size 250 and STD 10 at 20X coverage
+ art_SOLiD -s seq_reference.fa ./outdir/paired_dat 75 35 50 250 10
+ 6) amplicon sequencing with 25bp single-end reads at 100 reads per amplicon
+ art_SOLiD -A s -s amp_reference.fa ./outdir/amp_single 25 100
+ 7) amplicon sequencing with 50bp matepair reads at 80 read pairs per amplicon
+ art_SOLiD -A m -s amp_reference.fa ./outdir/amp_matepair 50 80
+ 8) amplicon sequencing with paired-end reads (35bp F3, 25bp F5 reads) at 50 pairs per amplicon
+ art_SOLiD -A p -s amp_reference.fa ./outdir/amp_pair 35 25 50
+
+OUTPUT DATA FILES
+
+ *.fq - FASTQ read data files. For matepair/paired-end read simulation, *_R3.fq/*_F5.fq contains data of the first reads, and *_F3.fq for the second reads.
+ *.map - read alignment files. For matepair read simulation, *_R3/*_F5.map has read alignments for the first reads and *_F3.map for the second reads.
+ *.sam - SAM read alignment files
+
+ FASTQ file format
+
+ A FASTQ file contains both sequence bases and quality scores of sequencing reads and is in the following format:
+
+ @read_id
+ sequence_read
+ +
+ base_quality_scores
+
+ A base quality score is coded by the ASCII code of a single character, where the quality score is equal to ASCII code of the
+ character minus 33.
+
+ Example:
+ @1_1_1_F3
+ T10121011322000311302213102311132
+ +
+ 163=+48./48<347//,=/84-4)77(''-)
+ @1_1_2_F3
+ T01213000012110232021321303011332
+ +
+ 1>7<-653?01:55./.%3+'61-+40(*)#'
+
+ MAP file format
+ A MAP file has a Header and main Body parts. The header part includes the command used to generate this file and reference
+ sequence id and length. The header @CM tag for command line, and @SQ for reference sequence. A header always starts with
+ "##ART" and ends with "##Header End". ART MAP alignment files can be converted to a UCSC BED file by the map2bed.pl tool.
+
+ HEADER EXAMPLE
+
+ ##ART_SOLiD read_length 32
+ @CM ../../bin/MacOS64/art_SOLiD -s ./testSeq.fa ./single_SOLiD_test 32 10
+ @SQ seq1 7207
+ @SQ seq2 3056
+ ##Header End
+
+ The body part of a MAP file is a tab-delimited text alignment data where each line is the mapping information record of a read. The format of each line
+ is below:
+
+ ref_seq_id read_id ref_map_pos ref_seq_strand num_sequencing_errors err_pos_1 WrongCorrectColor_1 err_pos_2 WrongCorrectColor_2 ...
+
+ ref_map_pos - the alignment start position of reference sequence. ref_map_pos is always relative to the strand of reference
+ sequence. That is, ref_map_pos 10 in the plus (+) strand is different from ref_map_pos 10 in the minus (‐) stand.
+
+ num_sequencing_errors - number of sequencing call errors
+
+ err_pos_n - the zero-indexed read position of the n_th call error
+ WrongCorrectColor_n - the n_th call error representing by two digits number with the 1st number the wrong called color and the 2nd the correct color
+
+ Example:
+
+ seq1 1_1_1_F3 6028 + 4 18 31 22 03 25 32 27 23
+
+ SAM format
+
+ SAM is a standard format for next-gen sequencing read alignments. The details of the format and examples are available at the links below:
+ 1) http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf
+ 2) http://genome.sph.umich.edu/wiki/SAM
+
+ Read sequences in a SAM file are in the regular DNA base space. As one change in SOLiD reads in the color space can result multiple changes in base space,
+ so not all mismatches in base space between reads and its reference sequence are of SOLiD sequencing errors.
+
+ BED format
+
+ See the format at UCSC http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1
+
+ NOTE: both MAP and BED format files use 0-based coordinate system while SAM format uses 1-based coordinate system.
+
+ERROR PROFILE FILE FORMAT
+
+ An ART SOLiD read error profile has the following five columns:
+ 1) read position
+ 2) correct base
+ 3) wrong base called
+ 4) probability of calling the wrong base in the 1st read
+ 5) probability of calling the wrong base in the 2nd read
+
+ and an error profile end with "*end_of_profile".
+
+ Please see "profile_default" in the folder SOLiD_profiles for a real example
diff --git a/art_SOLiD_src/art.cpp b/art_SOLiD_src/art.cpp
new file mode 100644
index 0000000..d65f347
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/art.cpp
@@ -0,0 +1,210 @@
+// >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+// ART_SOLiD -- Artificial Read Transcriber
+// Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+// ________________________________________________________________________________
+#include "art.h"
+using namespace std;
+bool art::next_read_indel(SOLiDread& a_read){
+ long pos=(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]
+ int slen =a_read.get_indel(read_len);
+ a_read.is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ a_read.is_plus_strand=false;
+ }
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len-slen);
+ }
+ else{
+ a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len-slen);
+ }
+ a_read.bpos=pos;
+ a_read.ref2read();
+ return true;
+}
+//amplicon reads
+bool art::amp_read(SOLiDread& a_read){
+ long pos=(long)0; // floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]
+ //string seq_ref;
+ a_read.is_plus_strand=true;
+// if(r_prob()>0.5){
+// a_read.is_plus_strand=false;
+// }
+// if(a_read.is_plus_strand){
+ a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len);
+// }
+// else{
+// a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len);
+// }
+ a_read.bpos=pos;
+ a_read.seq_read=a_read.seq_ref;
+ return true;
+}
+
+//amplicon matepair-end read: the 1st and 2nd reads are the same strand
+bool art::amp_mate_read(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2){
+ long pos_1=(long) 0;
+ long pos_2=ref_seq.length()-read_len;
+ bool is_plus_strand=true;
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len);
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len);
+ read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_2.bpos=pos_2;
+ return true;
+}
+
+//amplicon pair-end read: the second read is the reverse complemenaty strand
+bool art::amp_PE_read(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2){
+ long pos_1=(long)0;
+ long pos_2=0;
+ bool is_plus_strand=true;
+ read_1.is_plus_strand=false;
+ read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len_F5);
+ read_2.is_plus_strand=true;
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len);
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_2.bpos=pos_2;
+ return true;
+}
+
+bool art::next_read(SOLiDread& a_read){
+ long pos=(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]
+ //string seq_ref;
+ a_read.is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ a_read.is_plus_strand=false;
+ }
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len);
+ }
+ else{
+ a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len);
+ }
+ a_read.bpos=pos;
+ a_read.seq_read=a_read.seq_ref;
+ return true;
+}
+
+//matepair-end read: the 1st and 2nd reads are the same strand
+bool art::next_pair_read(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2){
+ int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+ fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ }
+ long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+ long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+ bool is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ is_plus_strand=false;
+ }
+ if(is_plus_strand){
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len);
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len);
+ }
+ else{
+ read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len);
+ read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len);
+ }
+ read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_2.bpos=pos_2;
+ return true;
+}
+
+//pair-end read: the second read is the reverse complemenaty strand
+bool art::next_PE_read(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2){
+ int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+ fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ }
+ long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob())+fragment_len-read_len_F5;
+ long pos_2=ref_seq.length()-(pos_1+read_len+read_len_F5-fragment_len);
+ bool is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ is_plus_strand=false;
+ }
+ if(is_plus_strand){
+ read_1.is_plus_strand=false;
+ read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len_F5);
+ read_2.is_plus_strand=true;
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len);
+ }
+ else{
+ read_1.is_plus_strand=true;
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len_F5);
+ read_2.is_plus_strand=false;
+ read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len);
+ }
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_2.bpos=pos_2;
+ return true;
+}
+
+bool art::next_pair_read_indel(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2){
+ int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+ fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ }
+ long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+ long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+ int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+ int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);
+ bool is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ is_plus_strand=false;
+ }
+ if(is_plus_strand){
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ else{
+ read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_1.ref2read();
+ read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_2.bpos=pos_2;
+ read_2.ref2read();
+ //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+ return true;
+}
+//second read is reverse complemenaty strand
+bool art::next_pair_read_indel_cmp(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2){
+ int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+ fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ }
+ long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+ //long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+ long pos_2=ref_seq.length()-pos_1-fragment_len;
+ int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+ int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);
+ bool is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ is_plus_strand=false;
+ }
+ if(is_plus_strand){
+ read_1.is_plus_strand=true;
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.is_plus_strand=false;
+// pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+ read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ else{
+ read_1.is_plus_strand=false;
+ read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+// pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+ read_2.is_plus_strand=true;
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_1.ref2read();
+ read_2.bpos=pos_2;
+ read_2.ref2read();
+ //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+ return true;
+}
diff --git a/art_SOLiD_src/art.h b/art_SOLiD_src/art.h
new file mode 100644
index 0000000..56d49a7
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/art.h
@@ -0,0 +1,226 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_SOLiD -- Assembly Read Transcriber
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#pragma once
+#include <gsl/gsl_rng.h>
+#include <gsl/gsl_randist.h>
+#include <gsl/gsl_sys.h>
+#include <gsl/gsl_machine.h>
+#include <gsl/gsl_precision.h>
+#include <gsl/gsl_nan.h>
+#include <gsl/gsl_pow_int.h>
+
+#include <cmath>
+#include <string>
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <iterator>
+#include <map>
+#include <cstdio>
+#include <set>
+
+
+#include "read_SOLiD.h"
+
+
+using namespace std;
+
+class art{
+public:
+ //art();
+ string ref_seq;
+ string ref_seq_cmp;
+ int read_len;
+ int read_len_F5;
+ long valid_region;
+ void ini_set(int readLen, int len_F5=0){
+ read_len=readLen;
+ read_len_F5=len_F5;
+ valid_region=ref_seq.size()-readLen;
+ ref_seq_cmp.resize(ref_seq.size());
+ size_t size=ref_seq.size();
+ for(size_t i=0; i<size; i++){
+ ref_seq[i]=tolower(ref_seq[i]);
+ size_t k=size-i-1;
+ switch(ref_seq[i]){
+ case 'a':
+ ref_seq_cmp[k]='t'; break;
+ case 'c':
+ ref_seq_cmp[k]='g'; break;
+ case 'g':
+ ref_seq_cmp[k]='c'; break;
+ case 't':
+ ref_seq_cmp[k]='a'; break;
+ default:
+ ref_seq_cmp[k]='n';
+ }
+ }
+ }
+
+ bool next_PE_read(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2);
+ bool next_read_indel(SOLiDread& a_read);
+ bool next_pair_read(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2);
+ bool next_pair_read_indel(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2);
+ bool next_pair_read_indel_cmp(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2);
+ bool next_read(SOLiDread& a_read);
+ bool amp_read(SOLiDread& a_read);
+ bool amp_mate_read(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2);
+ bool amp_PE_read(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2);
+
+ set <size_t> masked_pos;
+ //region with n
+ void mask_n_region(int max_num_n){
+ masked_pos.clear(); //reset mask position
+ if(ref_seq.size()<read_len) return;
+ int num_n=0;
+ for(int i=0; i<read_len-1; i++){
+ if(ref_seq[i]=='n') num_n++;
+ }
+ for(size_t i=0; i<=ref_seq.size()-read_len; i++){
+ if(ref_seq[i+read_len-1]=='n') num_n++;
+ if(num_n>=max_num_n){ masked_pos.insert(i);
+ }
+ if(ref_seq[i]=='n') num_n--;
+ }
+ }
+
+ static gsl_rng* gsl_R;
+ static int gaussain_mean;
+ static double gaussain_sigma;
+
+ static void ini_read_pair_rand(int mean, double sigma){
+ gsl_rng_default_seed=(unsigned int)time(NULL);
+ const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+ gsl_R=gsl_rng_alloc(rndT);
+ gaussain_mean=mean;
+ gaussain_sigma=sigma;
+ };
+
+ static void ini_read_pair_rand(int mean, double sigma, unsigned int gseed){
+ gsl_rng_default_seed=gseed;
+ const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+ gsl_R=gsl_rng_alloc(rndT);
+ gaussain_mean=mean;
+ gaussain_sigma=sigma;
+ };
+
+ static gsl_rng* gsl_g;
+ static gsl_rng* gsl_p;
+ static void ini_bias_model(){
+ gsl_rng_default_seed=(unsigned int)time(NULL);
+ const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+ gsl_g=gsl_rng_alloc(rndT);
+ const gsl_rng_type *rndT2=gsl_rng_default;
+ gsl_p=gsl_rng_alloc(rndT2);
+ };
+
+ double ave_depth;
+ double para_x1;
+
+ int get_depth_cov(){
+ double depth_rate=ave_depth+para_x1*ave_depth*gsl_ran_gaussian(gsl_g,1);
+ if(depth_rate<0){ depth_rate=0; return 0; }
+ return gsl_ran_poisson (gsl_p, depth_rate);
+ };
+
+ static void free_gsl(){
+ gsl_rng_free(gsl_R);
+ gsl_rng_free(gsl_g);
+ gsl_rng_free(gsl_p);
+ };
+
+
+ bool next_read_indel_bias(SOLiDread& a_read){
+ long pos=a_read.bpos;//(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]
+ int slen=a_read.get_indel(read_len);
+ a_read.is_plus_strand=true;
+ if(pos+read_len>ref_seq.length()){
+ a_read.is_plus_strand=false;
+ pos=ref_seq.length()-pos-1;
+ }
+ else if(r_prob()>0.5){
+ a_read.is_plus_strand=false;
+ pos=ref_seq.length()-pos-read_len;
+ }
+
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len-slen);
+ }
+ else{
+ a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len-slen);
+ }
+ a_read.bpos=pos;
+ a_read.ref2read();
+ return true;
+ };
+
+
+ bool next_pair_read_indel_bias(SOLiDread& read_1, SOLiDread& read_2){
+ int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+ fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ }
+ long pos_1=read_1.bpos; //(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+ long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+ bool is_plus_strand=true;
+ int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+ int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);
+
+ if(pos_1+fragment_len>ref_seq.length()){
+ pos_2=pos_1-fragment_len+read_len;
+ pos_1=ref_seq.length()-pos_1-1;
+ pos_2=ref_seq.length()-pos_2-1;
+ is_plus_strand=false;
+ }
+ else if(r_prob()>0.5){
+ is_plus_strand=false;
+ pos_1=ref_seq.length()-pos_1-read_len;
+ pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+ long tm_pos=pos_1;
+ pos_1=pos_2;
+ pos_2=tm_pos;
+ }
+
+ if(is_plus_strand){
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ else{
+ read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_1.ref2read();
+ read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_2.bpos=pos_2;
+ read_2.ref2read();
+ //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+ return true;
+ };
+
+};
+//
+//class ngrs{
+//private:
+// static const unsigned int LargeNumber=10000;
+// unsigned int max_branch;
+// vector < node > tree;
+// unsigned int depth;
+// unsigned int time_lambda; //the mean time of between special event in thousand year
+// unsigned int branch_lambda;
+// double real_aveRate;
+// map <int, string> subtree;
+//public:
+// ngrs(int level, unsigned int tm, double rate, unsigned int branch);
+// ngrs(int level, unsigned int tm, double rate, unsigned int mean_bch, unsigned int max_bch);
+// string getTree();
+// string getSubTree(int root);
+// size_t node_count(){ return tree.size(); };
+// //~ngrs();
+// //void print(ostream& OUT);
+// //void addLevel(int );
+//};
+
+
diff --git a/art_SOLiD_src/art_SOLiD.cpp b/art_SOLiD_src/art_SOLiD.cpp
new file mode 100644
index 0000000..752637b
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/art_SOLiD.cpp
@@ -0,0 +1,905 @@
+// >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+// ART_SOLiD -- Artificial Read Transcriber
+// Copyright(c) 2008-2014 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+// ________________________________________________________________________________
+//
+#include <iostream>
+#include <sstream>
+#include <string>
+#include <time.h>
+#include <algorithm>
+#include <iomanip>
+#include <ctime>
+#include "readSeqFile.h"
+#include "samRead.h"
+#include "art.h"
+
+using namespace std;
+#define VERSION "1.3.2"
+#define PRGNAME "art_SOLiD"
+double SOLiDread::prob_err[max_qual_value];
+//bool parse_arg(int num, char* arg);
+//vector<double> SOLiDread::ins_rate;
+//vector<double> SOLiDread::del_rate;
+//vector<double> SOLiDread::sub_rate;
+gsl_rng* art::gsl_R;
+int art::gaussain_mean;
+double art::gaussain_sigma;
+
+int main(int argc, char* argv[]){
+ cout << "================================================================="<<endl;
+ cout << " ART_SOLiD (Version 1.3.3) "<<endl;
+ cout <<" Simulation of Applied Biosystems' SOLiD Sequencing "<<endl;
+ cout << " Copyright (c) 2008-2015, Weichun Huang. All Rights Reserved. "<<endl;
+ cout << "================================================================="<<endl<<endl;
+
+ bool amplicon=false;
+ char amp_read_type='s'; //type s:single-end, m:matepair, p: paired-end
+ bool is_pairend_read=false;
+ bool is_mate_pair=false;
+ bool use_cigarM = false;
+ bool sam_out=false;
+
+ long masked_reads_count=0;
+ bool fixed_seed = false;
+ unsigned int rand_seed = 0;
+
+ string profile_name = "";
+ double error_scale_factor=1;
+ int i=1;
+ for(;i<argc;++i){
+ char* pch = argv[i];
+ if( *pch != '-' || *(pch+1) == '\0') break;
+ while(*++pch){
+ switch(*pch){
+/*
+ case 'v':
+ case 'V':
+ cout << "================================================================="<<endl;
+ cout << " ART_SOLiD (Version 1.3.2) "<<endl;
+ cout <<" Simulation of Applied Biosystems' SOLiD Sequencing "<<endl;
+ cout << " Copyright (c) 2008-2014, Weichun Huang. All Rights Reserved. "<<endl;
+ cout << "================================================================="<<endl<<endl;
+ exit(1);
+ break;
+*/
+ case 'p':
+ case 'P':
+ if(i<argc) profile_name=argv[++i];
+ else {
+ cerr<<"Error: no profile provided"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ break;
+ case 'A':
+ amplicon=true;
+ if(i<argc) amp_read_type=argv[++i][0];
+ else {
+ cerr<<"Error: no amplicon sequencing read type provided "<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ switch(amp_read_type){
+ case 's':
+ case 'm':
+ case 'p':
+ break;
+ default:
+ cerr<<"Error: undefined amplicon read type: "<<amp_read_type<<endl;
+ cerr<<" Read type must be: s (single-end), m (matepair), or p (paired-end)"<<endl;
+ exit(1);
+
+ }
+ break;
+ case 'M':
+ use_cigarM=true;
+ break;
+ case 's':
+ case 'S':
+ sam_out=true;
+ break;
+ case 'f':
+ case 'F':
+ if(i<argc) error_scale_factor=atof(argv[++i]);
+ else {
+ cerr<<"Error: no scaling factor provided"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ break;
+ case 'r':
+ if(i<argc){
+ rand_seed =atoi(argv[++i]);
+ fixed_seed = true;
+ }
+ else {
+ cerr<<"Error: no random seed provided"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ break;
+
+ default:
+ cerr<<"Error: unreconized option \""<<*pch<< "\""<<endl;
+ break;
+ }
+ }
+ }
+
+ int k=argc-i+1;
+ if(k !=5 && k !=6 && k !=7 && k !=8){
+ cout<<"===== USAGES ====="<<endl<<endl;
+ cout<<"SINGLE-END (F3 READ) SIMULATION"<<endl;
+ cout<<"\t"<< PRGNAME <<" [ options ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ> <FOLD_COVERAGE>"<<endl<<endl;
+// cout<<" Example:"<<endl;
+// cout<<" "<<PRGNAME <<" -s seq_reference.fa ./outdir/single_dat 25 10"<<endl<<endl;
+ cout<<"MATE-PAIR READS (F3-R3 PAIR) SIMULATION"<<endl;
+ cout<<"\t"<< PRGNAME <<" [ options ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ> <FOLD_COVERAGE> <MEAN_FRAG_LEN> <STD_DEV>"<<endl<<endl;
+// cout<<" Example:"<<endl;
+// cout<<" 1) simulation of matepair reads"<<endl;
+// cout<<" "<<PRGNAME <<" -s seq_reference.fa ./outdir/matepair_dat 32 10 1000 50"<<endl<<endl;
+// cout<<" 2) simulation of matepair reads with a fixed random seed"<<endl;
+// cout<<" "<<PRGNAME <<" -r 777 -s seq_reference.fa ./outdir/matepair_fs 50 10 1000 50"<<endl<<endl;
+ cout<<"PAIRED-END READS (F3-F5 PAIR) SIMULATION"<<endl;
+ cout<<"\t"<< PRGNAME <<" [ options ] <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ_F3> <LEN_READ_F5> <FOLD_COVERAGE> <MEAN_FRAG_LEN> <STD_DEV>"<<endl<<endl;
+// cout<<" Example:"<<endl;
+// cout<<" "<<PRGNAME <<" -s seq_reference.fa ./outdir/paired_dat 33 25 10 250 10"<<endl<<endl;
+ cout<<"AMPLICON SEQUENCING SIMULATION"<<endl;
+ cout<<"\t"<< PRGNAME <<" [ options ] -A s <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ> <READS_PER_AMPLICON>"<<endl;
+ cout<<"\t"<< PRGNAME <<" [ options ] -A m <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ> <READ_PAIRS_PER_AMPLICON>"<<endl;
+ cout<<"\t"<< PRGNAME <<" [ options ] -A p <INPUT_SEQ_FILE> <OUTPUT_FILE_PREFIX> <LEN_READ_F3> <LEN_READ_F5> <READ_PAIRS_PER_AMPLICON>"<<endl<<endl;
+// cout<<" Examples:"<<endl;
+// cout<<" 1) amplicon sequencing with single-end reads"<<endl;
+// cout<<" "<<PRGNAME <<" -A s -s amp_reference.fa ./outdir/amp_single_end_dat 25 100"<<endl<<endl;
+// cout<<" 2) amplicon sequencing with matepair reads"<<endl;
+// cout<<" "<<PRGNAME <<" -A m -s amp_reference.fa ./outdir/amp_single_end_dat 50 50"<<endl<<endl;
+// cout<<" 3) amplicon sequencing with paired-end reads"<<endl;
+// cout<<" "<<PRGNAME <<" -A p -s amp_reference.fa ./outdir/amp_single_end_dat 35 25 50"<<endl<<endl;
+ cout<<"===== PARAMETERS ====="<<endl<<endl;
+ cout<<"INPUT_SEQ_FILE - filename of DNA/RNA reference sequences in FASTA format"<<endl;
+ cout<<"OUTPUT_FILE_PREFIX - prefix or directory for all output read data files"<<endl;
+ cout<<"FOLD_COVERAGE - fold of read coverage over the reference sequences "<<endl;
+ cout<<"LEN_READ - length of F3/R3 reads"<<endl;
+ cout<<"LEN_READ_F3 - length of F3 reads for paired-end read simulation"<<endl;
+ cout<<"LEN_READ_F5 - length of F5 reads for paired-end read simulation"<<endl;
+ cout<<"READS_PER_AMPLICON - number of reads per amplicon"<<endl;
+ cout<<"READ_PAIRS_PER_AMPLICON - number of read pairs per amplicon"<<endl;
+ cout<<"MEAN_FRAG_LEN - mean DNA/RNA fragment size for matepair/paired-end read simulation"<<endl;
+ cout<<"STD_DEV - standard deviation of the DNA/RNA fragment sizes for matepair/paired-end read simulation"<<endl<<endl;
+
+ cout<<"===== OPTIONAL PARAMETERS ====="<< endl<<endl;
+ cout<<"-A specify the read type for amplicon sequencing simulation (s:single-end, m: matepair, p: paired-end)"<<endl;
+ cout<<"-M indicate to use CIGAR 'M' instead of '=/X' for alignment match/mismatch"<<endl;
+ cout<<"-s indicate to generate a SAM alignment file"<<endl;
+ cout<<"-r specify the random seed for the simulation"<<endl;
+ cout<<"-f specify the scale factor adjusting error rate (e.g., -f 0 for zero-error rate simulation)"<<endl;
+ cout<<"-p specify user's own read profile for simulation"<<endl<<endl;
+ cout<<"===== EXAMPLES ====="<< endl<<endl;
+ cout<<" 1) singl-end 25bp reads simulation at 10X coverage"<<endl;
+ cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -s seq_reference.fa ./outdir/single_dat 25 10"<<endl;
+ cout<<" 2) singl-end 75bp reads simulation at 20X coverage with user's error profile"<<endl;
+ cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -s -p ../SOLiD_profiles/profile_pseudo ./seq_reference.fa ./dat_userProfile 75 20"<<endl;
+ cout<<" 3) matepair 35bp (F3-R3) reads simulation at 20X coverage with DNA/RNA MEAN fragment size 2000bp and STD 50"<<endl;
+ cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -s seq_reference.fa ./outdir/matepair_dat 35 20 2000 50"<<endl;
+ cout<<" 4) matepair reads simulation with a fixed random seed"<<endl;
+ cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -r 777 -s seq_reference.fa ./outdir/matepair_fs 50 10 1500 50"<<endl;
+ cout<<" 5) paired-end reads (75bp F3, 35bp F5) simulation with the MEAN fragment size 250 and STD 10 at 20X coverage"<<endl;
+ cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -s seq_reference.fa ./outdir/paired_dat 75 35 50 250 10"<<endl;
+ cout<<" 6) amplicon sequencing with 25bp single-end reads at 100 reads per amplicon"<<endl;
+ cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -A s -s amp_reference.fa ./outdir/amp_single 25 100"<<endl;
+ cout<<" 7) amplicon sequencing with 50bp matepair reads at 80 read pairs per amplicon"<<endl;
+ cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -A m -s amp_reference.fa ./outdir/amp_matepair 50 80"<<endl;
+ cout<<" 8) amplicon sequencing with paired-end reads (35bp F3, 25bp F5 reads) at 50 pairs per amplicon"<<endl;
+ cout<<"\t"<<PRGNAME <<" -A p -s amp_reference.fa ./outdir/amp_pair 35 25 50"<<endl<<endl;
+// cout<<"-v print out version information"<<endl;
+
+ exit(1);
+ }
+
+ if(!fixed_seed){
+ rand_seed=(unsigned int) time(NULL);
+ }
+ srand(rand_seed);
+
+ bool mask_n=true;
+ short max_num_n=1;
+ int len_ref_id=250;
+
+ //caluate CPUT time
+ clock_t start, end;
+ double cpu_time_used;
+ start = clock();
+
+ char* seq_file= argv[i];
+ string out_file_prefix=argv[i+1];
+ int read_len = atoi(argv[i+2]);
+ if(read_len<=0){ cerr<<"Error: read length must be > 0"<<endl; exit(1); }
+ int read_len_R3F5 =0;
+ double x_fold =0;
+ int fsize_mean=0;
+ double fsize_std=0;
+ string num="";
+
+ if (k==7 || k==8){
+ is_pairend_read=true;
+ if(k==7){
+ num="_R3";
+ is_mate_pair=true;
+ read_len_R3F5 =read_len;
+ x_fold = atof(argv[i+3]);
+ fsize_mean=abs(atoi(argv[i+4]));
+ fsize_std=fabs(atof(argv[i+5]));
+ }
+ else{
+ num="_F5";
+ is_mate_pair=false;
+ read_len_R3F5 =atoi(argv[i+3]);
+ if(read_len_R3F5<=0){
+ cerr<<"Error: read lenght must be > 0"<<endl; exit(1);
+ }
+ x_fold = atof(argv[i+4]);
+ fsize_mean=abs(atoi(argv[i+5]));
+ fsize_std=fabs(atof(argv[i+6]));
+ }
+// if(fixed_seed){
+ art::ini_read_pair_rand(fsize_mean,fsize_std, rand_seed);
+// }
+// else{
+// art::ini_read_pair_rand(abs(atoi(argv[i+4])),fabs(atof(argv[i+5])));
+// }
+ if(art::gaussain_mean<=read_len){
+ cerr<<"Error: the read length must be shorter than the mean flagment length specified"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ }
+ else{
+ is_pairend_read=false;
+ is_mate_pair=false;
+ if(k==6){
+ read_len_R3F5 =atoi(argv[i+3]);
+ x_fold = atof(argv[i+4]);
+ if(!amplicon){
+ cerr<<"Error: wrong usage"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ }
+ else{
+ x_fold = atof(argv[i+3]);
+ }
+ if(amplicon){
+ if(amp_read_type=='m'){
+ is_pairend_read=true;
+ is_mate_pair=true;
+ num="_R3";
+ read_len_R3F5 =read_len;
+ }
+ else if(amp_read_type=='p'){
+ num="_F5";
+ is_pairend_read=true;
+ }
+ }
+ }
+
+ if(read_len >35 || read_len_R3F5 >35){
+ if(profile_name.empty()){
+ if(read_len<=75 && read_len_R3F5 <=75){
+ profile_name="pseudo";
+ cerr<<"Warning: you are using the 75bp error profile for testing only."<<endl<<endl;
+ }
+ else{
+ cerr<<"Error: the read length exceeds the max length (75bp) with the built-in error profile"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ }
+ }
+
+ string seqfasta=out_file_prefix+num+".fa";
+ string qualfasta=out_file_prefix+num+".qual";
+ string alnfasta=out_file_prefix+num+".map";
+ string fqfile=out_file_prefix+num+".fq";
+
+ string samfile=out_file_prefix+".sam";
+ ofstream SAMFILE;
+ if(sam_out) {
+ SAMFILE.open(samfile.c_str(),ios::binary);
+ if(!SAMFILE.is_open()) { cerr<<"Can not open output file: "<<samfile<<endl; exit(0); }
+ }
+
+ ofstream FQFILE(fqfile.c_str(),ios::binary);
+ if(!FQFILE.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<fqfile<<endl; exit(0); }
+
+ ofstream ALNFILE(alnfasta.c_str(),ios::binary);
+ if(!ALNFILE.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<alnfasta<<endl; exit(0); }
+ ALNFILE<<"##ART_SOLiD\tread_length\t"<<read_len<<endl;
+
+ samHeader sH;
+ sH.getRefseqID(seq_file);
+ sH.ID="03";
+ sH.PN="ART_SOLiD";
+ for(int i=0;i < argc; ++i) { sH.CL.append(argv[i]);sH.CL.append(" "); }
+ sH.printAlnHeader(ALNFILE);
+
+ if(sam_out){
+ sH.printHeader(SAMFILE);
+ }
+
+ samRead sR;
+ string srID;
+
+ SOLiDread::set_err_prob();
+
+ vector<short> qual;
+ readSeqFile seq_reader(seq_file);
+ string id;
+ art a_art;
+ SOLiDread a_read(profile_name);
+ a_read.ini_ran_qual(rand_seed);
+
+ if(read_len>a_read.error_profile.size()){
+ cerr<<"Error: the read length "<<read_len<<" exceeds the max length "<<a_read.error_profile.size()<<endl;
+// cerr<<"Error: the read length "<<read_len<<" exceeds the max length "<<qdist.qual_dist_first.size()<<endl<<endl;
+ exit(1);
+ }
+
+ for(size_t i=0; i<a_read.cal_err_rate_1st.size(); i++){
+ a_read.cal_err_rate_1st[i]*=error_scale_factor;
+ }
+ for(size_t i=0; i<a_read.cal_err_rate_2nd.size(); i++){
+ a_read.cal_err_rate_2nd[i]*=error_scale_factor;
+ }
+
+/*
+ a_read.set_rate(read_len,0.0001,2,a_read.ins_rate);
+ a_read.set_rate(read_len,0.0001,2,a_read.del_rate);
+ a_read.set_rate(read_len,0.028,2,a_read.sub_rate);
+*/
+ string aln_read,aln_ref;
+ ostringstream osID;
+ int num_seq=0;
+ string read_id;
+
+ string seqfasta2=out_file_prefix+"_F3.fa";
+ string qualfasta2=out_file_prefix+"_F3.qual";
+ string alnfasta2=out_file_prefix+"_F3.map";
+ string fqfile2=out_file_prefix+"_F3.fq";
+
+ unsigned long cc_num_read=1;
+ if(is_pairend_read){
+ samRead sR2;
+ sR.rNext="=";
+ sR2.rNext="=";
+// ofstream SEQFILE2(seqfasta2.c_str(),ios::binary);
+// if(!SEQFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<seqfasta2<<endl; exit(0); }
+
+// ofstream QUALFILE2(qualfasta2.c_str(),ios::binary);
+// if(!QUALFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<qualfasta2<<endl; exit(0); }
+
+ ofstream FQFILE2(fqfile2.c_str(),ios::binary);
+ if(!FQFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<fqfile2<<endl; exit(0); }
+
+ ofstream ALNFILE2(alnfasta2.c_str(),ios::binary);
+ if(!ALNFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<alnfasta2<<endl; exit(0); }
+ ALNFILE2<<"##ART_SOLiD\tread_length\t"<<read_len<<endl;
+ sH.printAlnHeader(ALNFILE2);
+
+ SOLiDread a_read_2(profile_name);
+ a_read_2.ini_ran_qual(rand_seed);
+
+ for(size_t i=0; i<a_read_2.cal_err_rate_1st.size(); i++){
+ a_read_2.cal_err_rate_1st[i]*=error_scale_factor;
+ }
+ for(size_t i=0; i<a_read_2.cal_err_rate_2nd.size(); i++){
+ a_read_2.cal_err_rate_2nd[i]*=error_scale_factor;
+ }
+/*
+ a_read_2.set_rate(read_len,0.0001,2,a_read.ins_rate);
+ a_read_2.set_rate(read_len,0.0001,2,a_read.del_rate);
+ a_read_2.set_rate(read_len,0.036,2,a_read.sub_rate);
+*/
+ vector<short> qual_2;
+ string read_id_2;
+ string aln_read_2,aln_ref_2;
+ while(seq_reader.next_seq(id,a_art.ref_seq)){
+// size_t p1=id.find_first_of(' '); if(p1==string::npos) p1=10; size_t p2=id.find_first_of('\t'); if(p2==string::npos) p2=10; p1=p1<p2?p1:p2; id=id.substr(0,p1);
+ std::replace(a_art.ref_seq.begin(), a_art.ref_seq.end(), 'U', 'T'); //replace U with T
+
+ istringstream isID; isID.str(id); isID>>id; id=id.substr(0,len_ref_id);
+ num_seq++;
+ a_art.ini_set(read_len,read_len_R3F5);
+ if(mask_n){
+ a_art.mask_n_region(max_num_n);
+ }
+ long t_num_read=(long) a_art.ref_seq.size()/read_len*x_fold;
+ while(t_num_read>0){
+//generate SOLiD-like id
+ int num_3rd=cc_num_read / 1000000 + 1;
+ unsigned int num_3rd_rem=cc_num_read % 1000000;
+ int num_1st=num_3rd_rem % 1000;
+ int num_2nd=num_3rd_rem / 1000 + 1;
+ osID<<num_3rd<<'_'<<num_2nd<<'_'<<num_1st;
+ read_id = osID.str();
+ osID.str("");
+
+ a_read.clear();
+ a_read_2.clear();
+ //a_art.next_pair_read_indel(a_read, a_read_2); //need SOLiD profile with indel error rate
+
+ if(amplicon){
+ if(is_mate_pair){
+ a_art.amp_mate_read(a_read, a_read_2);
+ }
+ else{
+ a_art.amp_PE_read(a_read, a_read_2);
+ }
+ }
+ else{
+ if(is_mate_pair){
+ a_art.next_pair_read(a_read, a_read_2);
+ }
+ else{
+ a_art.next_PE_read(a_read, a_read_2);
+ }
+ }
+ if(mask_n){
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ if(a_art.masked_pos.count(a_read.bpos)>0){
+ t_num_read-=2;
+ masked_reads_count+=1;
+ continue;
+ }
+ }
+ else{
+ size_t bpos1=a_art.ref_seq.size()-a_read.bpos-read_len_R3F5;
+ if(a_art.masked_pos.count(bpos1)>0){
+ masked_reads_count+=1;
+ t_num_read-=2;
+ continue;
+ }
+ }
+
+ if(a_read_2.is_plus_strand){
+ if(a_art.masked_pos.count(a_read_2.bpos)>0){
+ t_num_read-=2;
+ masked_reads_count+=1;
+ continue;
+ }
+ }
+ else{
+ size_t bpos2=a_art.ref_seq.size()-a_read_2.bpos-read_len;
+ if(a_art.masked_pos.count(bpos2)>0){
+ masked_reads_count+=1;
+ t_num_read-=2;
+ continue;
+ }
+ }
+ }
+
+ string cs_seq_1st, cs_seq_2nd;
+ map<int,char> error_pos_1st, error_pos_2nd;
+ map<int,char>::iterator it;
+ //convert base-space to color space, and incorporate sequencing errors
+ //qual.clear();
+ //qual_2.clear();
+ a_read.convert_seq2cs(cs_seq_1st, qual, error_pos_1st, false) ; //the 1st is R3
+ a_read_2.convert_seq2cs(cs_seq_2nd, qual_2, error_pos_2nd) ; //the 2nd is F3
+// read_id_2=read_id+"-2";
+// read_id+="-1";
+ srID=read_id;
+ read_id_2=read_id+"_F3";
+ read_id+=num;
+//print first read
+// SEQFILE<<">"<<read_id<<endl<<a_read.seq_read<<endl; //<<a_read.seq_ref<<endl;
+// QUALFILE<<">"<<read_id<<endl;
+// copy(qual.begin(),qual.end(), ostream_iterator<short>(QUALFILE,"\t"));
+// QUALFILE<<endl;
+
+ FQFILE<<"@"<<read_id<<endl<<'G'<<cs_seq_1st<<endl<<"+"<<endl;
+ for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+ FQFILE<<(char)(qual[k]+33);
+ }
+ FQFILE<<endl;
+
+ ALNFILE<<id<<"\t"<<read_id<<"\t"<<a_read.bpos;
+ if(a_read.is_plus_strand) ALNFILE<<"\t+";
+ else ALNFILE<<"\t-";
+ ALNFILE<<"\t"<<error_pos_1st.size();
+ for(it=error_pos_1st.begin(); it!=error_pos_1st.end(); it++){
+ ALNFILE<<"\t"<<it->first<<"\t"<<it->second<<cs_seq_1st[it->first];
+ }
+ ALNFILE<<endl;
+
+ /*
+ if(a_read.get_aln(aln_read,aln_ref)){
+ ALNFILE<<aln_ref<<endl<<aln_read<<endl;
+ }
+ else{
+ ALNFILE<<a_read.seq_ref<<endl<<a_read.seq_read<<endl;
+ }
+ */
+//print second read
+// SEQFILE2<<">"<<read_id_2<<endl<<a_read_2.seq_read<<endl; //<<a_read.seq_ref<<endl;
+// QUALFILE2<<">"<<read_id_2<<endl;
+// copy(qual_2.begin(),qual_2.end(), ostream_iterator<short>(QUALFILE2,"\t"));
+// QUALFILE2<<endl;
+
+ FQFILE2<<"@"<<read_id_2<<endl<<'T'<<cs_seq_2nd<<endl<<"+"<<endl;
+ for(size_t k=0; k<qual_2.size(); k++){
+ FQFILE2<<(char)(qual_2[k]+33);
+ }
+ FQFILE2<<endl;
+
+ ALNFILE2<<id<<"\t"<<read_id_2<<"\t"<<a_read_2.bpos;
+ if(a_read_2.is_plus_strand) ALNFILE2<<"\t+";
+ else ALNFILE2<<"\t-";
+ ALNFILE2<<"\t"<<error_pos_2nd.size();
+ for(it=error_pos_2nd.begin(); it!=error_pos_2nd.end(); it++){
+ ALNFILE2<<"\t"<<it->first<<"\t"<<it->second<<cs_seq_2nd[it->first];
+ }
+ ALNFILE2<<endl;
+/*
+ if(a_read_2.get_aln(aln_read_2,aln_ref_2)){
+ ALNFILE2<<aln_ref_2<<endl<<aln_read_2<<endl;
+ }
+ else{
+ ALNFILE2<<a_read_2.seq_ref<<endl<<a_read_2.seq_read<<endl;
+ }
+*/
+ t_num_read-=2;
+ cc_num_read+=1;
+
+ if(sam_out){
+ sR.qname=srID;
+ sR.rname=id;
+
+ sR2.qname=srID;
+ sR2.rname=id;
+// sR.seq=a_read.seq_read;
+ a_read.convert_cs2seq(cs_seq_1st, aln_read, 'g');
+ sR.seq=aln_read;
+ sR.qual.resize(qual.size());
+ for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+ sR.qual[k]=(char)(qual[k]+33);
+ }
+
+// sR2.seq=a_read_2.seq_read;
+ a_read_2.convert_cs2seq(cs_seq_2nd, aln_read_2, 't');
+ sR2.seq=aln_read_2;
+ sR2.qual.resize(qual_2.size());
+ for(size_t k=0; k<qual_2.size(); k++){
+ sR2.qual[k]=(char)(qual_2[k]+33);
+ }
+
+ aln_ref=a_read.seq_ref;
+ aln_ref_2=a_read_2.seq_ref;
+
+ sR.flag=0x01 | 0x02 | 0x40;
+ sR2.flag=0x01 | 0x02 | 0x80;
+
+ if(is_mate_pair){
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ sR.pos=a_read.bpos+1;
+ }
+ else{
+ sR.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read.bpos+read_len-1);
+ sR.flag =sR.flag | 0x10;
+ sR.reverse_comp();
+ sR2.flag =sR2.flag |0x20;
+ }
+ if(a_read_2.is_plus_strand){
+ sR2.pos=a_read_2.bpos+1;
+ }
+ else{
+ sR2.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read_2.bpos+read_len-1);
+ sR2.flag =sR2.flag |0x10;
+ sR2.reverse_comp();
+ sR.flag =sR.flag | 0x20;
+ }
+ }
+ else{
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ sR.pos=a_read.bpos+1;
+ sR2.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read_2.bpos+read_len-1);
+ sR2.flag =sR2.flag |0x10;
+ sR2.reverse_comp();
+ sR.flag =sR.flag | 0x20;
+ }
+ else{
+ sR2.pos=a_read_2.bpos+1;
+ sR.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read.bpos+read_len_R3F5-1);
+ sR.flag =sR.flag | 0x10;
+ sR.reverse_comp();
+ sR2.flag =sR2.flag |0x20;
+ }
+ }
+
+ sR.getCigar(aln_ref,aln_read,use_cigarM);
+ sR2.getCigar(aln_ref_2,aln_read_2,use_cigarM);
+
+ sR.pNext=sR2.pos;
+ sR2.pNext=sR.pos;
+ if(sR2.pos>sR.pos){
+ sR.tLen=sR2.pos+a_read_2.seq_read.size()-sR.pos;
+ sR2.tLen=-sR.tLen;
+ }
+ else{
+ sR2.tLen=sR.pos+a_read.seq_read.size()-sR2.pos;
+ sR.tLen=-sR2.tLen;
+ }
+ sR.printRead(SAMFILE);
+ sR2.printRead(SAMFILE);
+ }
+
+ }
+ }
+ FQFILE2.close();
+ ALNFILE2.close();
+ }
+ else{
+ while(seq_reader.next_seq(id,a_art.ref_seq)){
+ std::replace(a_art.ref_seq.begin(), a_art.ref_seq.end(), 'U', 'T'); //replace U with T
+ istringstream isID; isID.str(id); isID>>id; id=id.substr(0,len_ref_id);
+ num_seq++;
+ a_art.ini_set(read_len);
+ if(mask_n){
+ a_art.mask_n_region(max_num_n);
+ }
+ long t_num_read=(long) a_art.ref_seq.size()/read_len*x_fold;
+ while(t_num_read>0){
+// osID<<num_seq<<fixed<<setfill('0')<< setw(10)<< t_num_read;
+/*
+ osID<<id<<'-'<<t_num_read;
+ read_id = osID.str();
+ osID.str("");
+*/
+
+//generate SOLiD-like id
+ int num_3rd=cc_num_read / 1000000 + 1;
+ unsigned int num_3rd_rem=cc_num_read % 1000000;
+ int num_1st=num_3rd_rem % 1000;
+ int num_2nd=num_3rd_rem / 1000 + 1;
+
+ osID<<num_3rd<<'_'<<num_2nd<<'_'<<num_1st;
+ read_id = osID.str();
+ osID.str("");
+ read_id +="_F3";
+
+ a_read.clear();
+ //a_art.next_read(a_read);
+ if(amplicon) a_art.amp_read(a_read);
+ else a_art.next_read(a_read);
+
+ if(mask_n){
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ if(a_art.masked_pos.count(a_read.bpos)>0){
+ t_num_read-=1;
+ masked_reads_count+=1;
+ continue;
+ }
+ }
+ else{
+ size_t bpos=a_art.ref_seq.size()-a_read.bpos-read_len;
+ if(a_art.masked_pos.count(bpos)>0){
+ t_num_read-=1;
+ masked_reads_count+=1;
+ continue;
+ }
+ }
+ }
+
+ string cs_seq_1st;
+ map<int,char> error_pos_1st;
+ map<int,char>::iterator it;
+ //qua.clear();
+ a_read.convert_seq2cs(cs_seq_1st, qual, error_pos_1st) ;
+ FQFILE<<"@"<<read_id<<endl<<'T'<<cs_seq_1st<<endl<<"+"<<endl;
+ for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+ FQFILE<<(char)(qual[k]+33);
+ }
+ FQFILE<<endl;
+
+ ALNFILE<<id<<"\t"<<read_id<<"\t"<<a_read.bpos;
+ if(a_read.is_plus_strand) ALNFILE<<"\t+";
+ else ALNFILE<<"\t-";
+ ALNFILE<<"\t"<<error_pos_1st.size();
+ for(it=error_pos_1st.begin(); it!=error_pos_1st.end(); it++){
+ ALNFILE<<"\t"<<it->first<<"\t"<<it->second<<cs_seq_1st[it->first];
+ }
+ ALNFILE<<endl;
+
+ t_num_read--;
+ cc_num_read+=1;
+
+ if(sam_out){
+ sR.qname=read_id;
+ sR.rname=id;
+
+ a_read.convert_cs2seq(cs_seq_1st, aln_read, 't');
+ aln_ref=a_read.seq_ref;
+ sR.seq=aln_read;
+ sR.qual.resize(qual.size());
+ for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+ sR.qual[k]=(char)(qual[k]+33);
+ }
+
+ sR.flag=0;
+
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ sR.pos=a_read.bpos+1;
+ }
+ else{
+ sR.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read.bpos+read_len-1);
+ sR.flag =0x10;
+ sR.reverse_comp();
+ }
+
+ sR.getCigar(aln_ref,aln_read,use_cigarM);
+ sR.printRead(SAMFILE);
+ }
+ }
+ }
+ }
+
+ FQFILE.close();
+ ALNFILE.close();
+ if(sam_out){ SAMFILE.close(); }
+ end = clock();
+ cpu_time_used = ((double) (end - start)) / CLOCKS_PER_SEC;
+
+ if(amplicon){
+ if(!is_pairend_read){
+ cout << " Amplicon single-end sequencing simulation" << endl << endl;
+ }
+ else if(is_mate_pair){
+ cout << " Amplicon matepair sequencing simulation" << endl << endl;
+ }
+ else{
+ cout << " Amplicon paired-end sequencing simulation" << endl << endl;
+ }
+ }
+ else{
+ if(!is_pairend_read){
+ cout << " Single-end simulation" << endl << endl;
+ }
+ else if(is_mate_pair){
+ cout << " Mate-Pair (F3-R3) simulation" << endl << endl;
+ }
+ else{
+ cout << " Paired-end (F3-F5) simulation" << endl << endl;
+ }
+ }
+ cout<<"Total CPU time used: "<<cpu_time_used<<endl<<endl;
+ cout<<"The random seed for the run: "<<rand_seed<<endl<<endl;
+
+ cout << "Parameters Settings" << endl;
+ if (amplicon){
+ if(is_pairend_read)
+ cout << "\t# read pairs per amplion:\t" << x_fold << endl;
+ else
+ cout << "\t# reads per amplion:\t" << x_fold << endl;
+ }
+ else{
+ cout << "\tfold of read coverage:\t" << x_fold << "X" << endl;
+ }
+ if(is_pairend_read){
+ cout << "\tF3 read length:\t"<<read_len<<endl;
+ if(is_mate_pair) cout << "\tR3 read length:\t"<<read_len_R3F5<<endl;
+ else cout << "\tF5 read length:\t"<<read_len_R3F5<<endl;
+ if(!amplicon){
+ cout << "\tfragment length"<<endl;
+ cout << "\t\tmean:\t" << fsize_mean << endl;
+ cout << "\t\tstd:\t" << fsize_std << endl;
+ }
+ }
+ else{
+ cout << "\tread length:\t"<<read_len<<endl;
+ }
+ cout <<endl<<"SOLiD Error Profile for Simulation" << endl;
+ if(profile_name.empty()){
+ cout << "\tthe built-in 35bp error profile"<<endl;
+ }
+ else if(profile_name=="pseudo"){
+ cout << "\tthe 75bp error profile for testing only"<<endl;
+ }
+ else{
+ cout << "\tthe profile provided: "<<profile_name<<endl;
+ }
+ cout <<endl<<"Output Files" << endl << endl;
+
+ if(is_pairend_read){
+ cout << " FASTQ Sequence Files:" << endl;
+ cout << "\t the 1st reads: " << fqfile << endl;
+ cout << "\t the 2nd reads: " << fqfile2 << endl << endl;
+// if(aln_out){
+ cout << " MAP Alignment Files:" << endl;
+ cout << "\t the 1st reads: " << alnfasta << endl;
+ cout << "\t the 2nd reads: " << alnfasta2 << endl << endl;;
+// }
+ } else {
+ cout << " FASTQ Sequence File:" << endl;
+ cout << "\t" << fqfile << endl << endl;
+// if (aln_out){
+ cout << " MAP Alignment File:" << endl;
+ cout << "\t" << alnfasta << endl << endl;
+// }
+ }
+ if(sam_out){
+ cout << " SAM Alignment File:" << endl;
+ cout << "\t" << samfile << endl << endl;
+ }
+
+ if(masked_reads_count){
+ cout << "NOTE: all genomic regions with 'N' were masked" << endl;
+ if(is_pairend_read){
+ cout << "# discarded pairs of reads mapped to the masked regions:\t" <<masked_reads_count<<endl<<endl;
+ }
+ else{
+ cout << "# discarded reads mapped to the masked regions:\t" <<masked_reads_count<<endl<<endl;
+ }
+ }
+
+}
+
+ // ofstream outGlobal(outFile.c_str());
+ // if(!outGlobal.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<outFile<<endl; exit(0); }
+ // ostream_iterator <char, char, char_traits <char> > os(outGlobal,"");
+
+//
+//bool parse_arg(int num, char* arg){
+// bool success=true;
+// int i=1;
+// for(;i<ARGC;++i){
+// char* pch = ARGV[i];
+// if( *pch != '-' || *(pch+1) == '\0') break;
+// while(*++pch && success){
+// switch(*pch){
+// // Version Information
+// case 'v':
+// case 'V':
+// prtVersion = true;
+// break;
+// // Help Information
+// case 'h':
+// case 'H':
+// prtVersion = true;
+// prtUsage = true;
+// break;
+// // Unbuffered Output
+// case 't':
+// case 'T':
+// html_out=false;
+// break;
+// case 'b':
+// case 'B':
+// if(i<ARGC) browser=ARGV[++i];
+// else success=PrintErr("Invalid value for option: \"%c\"", *pch);
+// break;
+// case 'o':
+// case 'O':
+// if(i<ARGC) outFile=ARGV[++i];
+// else success=PrintErr("Invalid value for option: \"%c\"", *pch);
+// break;
+// case 'c':
+// case 'C':
+// if(i<ARGC) cfgFile=ARGV[++i];
+// else success=PrintErr("Invalid value for option: \"%c\"", *pch);
+// break;
+// // Error Reporting
+// default:
+// success=PrintErr("Unreconized switch, \"%c\"", *pch);
+// prtUsage = true;
+// prtVersion = true;
+// break;
+// }
+// }
+// }
+//
+// // Print Version and/or Usage Information and exit
+// if(prtVersion || prtUsage){
+// if(prtUsage) printUsage();
+// if(prtVersion) printVer();
+// return false;
+// }
+//
+// if(i>ARGC){ printUsage(); return false;}
+//
+// aceFile=ARGV[i];
+// return success;;
+//}
+
diff --git a/art_SOLiD_src/art_SOLiD_jason.cpp b/art_SOLiD_src/art_SOLiD_jason.cpp
new file mode 100644
index 0000000..b81ab89
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/art_SOLiD_jason.cpp
@@ -0,0 +1,731 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART_SOLiD -- Assembly Read Transcriber
+Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+*/
+#include <iostream>
+#include <sstream>
+#include <string>
+#include <time.h>
+#include <algorithm>
+#include <iomanip>
+#include <ctime>
+#include "readSeqFile.h"
+#include "empdist.h"
+#include "art.h"
+
+using namespace std;
+#define MAJOR_VERSION "0.5"
+#define MINOR_VERSION "0"
+//bool parse_arg(int num, char* arg);
+double empdist::prob_err[HIGHEST_QUAL];
+//vector<double> seqRead::ins_rate;
+//vector<double> seqRead::del_rate;
+//vector<double> seqRead::sub_rate;
+gsl_rng* art::gsl_R;
+int art::gaussain_mean;
+double art::gaussain_sigma;
+
+int main(int argc, char* argv[]){
+ wcout << L"==========================================================================="<<endl;
+ wcout << L" ART (SOLiD version 0.6.2) "<<endl;
+ wcout << L" Copyright (c) 2008-2010, Weichun Huang, Jason Myers. All Rights Reserved. "<<endl;
+ wcout << L"==========================================================================="<<endl<<endl;
+
+ bool mask_n=true;
+ short max_num_n=5;
+ int len_ref_id=250;
+
+ //caluate CPUT time
+ clock_t start, end;
+ double cpu_time_used;
+ start = clock();
+
+ // Boolean flags showing the state of the run
+ bool arg_success = true;
+ bool is_pairend_read=false;
+ bool mean_flag = false;
+ bool sDev_flag = false;
+ bool in_flag = false;
+ bool out_flag = false;
+ bool len_flag = false;
+ bool fold_flag = false;
+ bool help_flag = false;
+ bool show_flag = false;
+ bool rate_flag = false;
+ bool first_qual = false;
+ bool second_qual = false;
+
+ // Command-line Arguments
+ string qual_file1 = "";
+ string qual_file2 = "";
+ char* seq_file = "";
+ string out_file_prefix = "";
+ int read_len = 0;
+ double x_fold = 0;
+ string num= "";
+ int mean = 0;
+ double std_dev = 0.0;
+ double insRate=0.0001;
+ double delRate=0.0001;
+ double subRate=0.028;
+ double insRate2 = 0.0001;
+ double delRate2 = 0.0001;
+ double subRate2 = 0.036;
+
+ // Get Command-line arguments
+ for(int i=1;i < argc;++i){
+ char* arg = argv[i];
+ if(!strcmp(arg, "--paired") || !strcmp(arg, "-p") ){
+ num="1";
+ is_pairend_read=true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--help") || !strcmp(arg, "-h")){
+ arg_success = false;
+ help_flag = true;
+ break;
+ } else if(!strcmp(arg, "--quiet") || !strcmp(arg, "-q")){
+ show_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--in") || !strcmp(arg, "-i")){
+ i++;
+ seq_file = argv[i];
+ in_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--out") || !strcmp(arg, "-o")){
+ i++;
+ out_file_prefix = argv[i];
+ out_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--len") || !strcmp(arg, "-l")){
+ i++;
+ read_len = atoi(argv[i]);
+ len_flag = true;
+ if(read_len < 0){
+ cerr << "Fatal Error: The read length must be a positive integer." << endl;
+ arg_success = false;
+ }
+ } else if(!strcmp(arg, "--insRate") || !strcmp(arg, "-ir")){
+ i++;
+ insRate = atof(argv[i]);
+ rate_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--delRate") || !strcmp(arg, "-dr")){
+ i++;
+ delRate = atof(argv[i]);
+ rate_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--subRate") || !strcmp(arg, "-sr")){
+ i++;
+ subRate = atof(argv[i]);
+ rate_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--insRate2") || !strcmp(arg, "-ir2")){
+ i++;
+ insRate2 = atof(argv[i]);
+ rate_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--delRate2") || !strcmp(arg, "-dr2")){
+ i++;
+ delRate2 = atof(argv[i]);
+ rate_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--subRate2") || !strcmp(arg, "-sr2")){
+ i++;
+ subRate2 = atof(argv[i]);
+ rate_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--fcov") || !strcmp(arg, "-f")){
+ i++;
+ x_fold = atof(argv[i]);
+ fold_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--mflen") || !strcmp(arg, "-m")){
+ i++;
+ mean = atoi(argv[i]);
+ mean_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--sdev") || !strcmp(arg, "-s")){
+ i++;
+ std_dev = atof(argv[i]);
+ sDev_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--qprof1") || !strcmp(arg, "-1")){
+ i++;
+ qual_file1 = argv[i];
+ first_qual = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--qprof2") || !strcmp(arg, "-2")){
+ i++;
+ qual_file2 = argv[i];
+ second_qual = true;
+ } else {
+ arg_success = false;
+ cerr << "Fatal Error: " << arg << ", is not a valid parameter." << endl;
+ break;
+ }
+
+ }
+
+
+ // Make sure the minimum requirements to run were met if the help tag was not given
+ if(help_flag){
+ } else if(!in_flag || !out_flag || !len_flag || !fold_flag){
+ arg_success = false;
+ cerr << "Fatal Error: An input-file, output-file prefix, read length, and fold coverage must be"
+ << " specified." << endl << endl;
+ }
+
+ if(mean_flag && sDev_flag){
+ is_pairend_read = true;
+ num = "1";
+ }
+
+ // Make sure the minimum requirements to run were given for a paired end simulation
+ if (is_pairend_read){
+ if(mean_flag && sDev_flag){
+ art::ini_read_pair_rand(abs(mean),fabs(std_dev));
+ if(art::gaussain_mean<=read_len){
+ cerr<<"Fatal Error: The read length must be shorter than the mean fragment length specified."
+ <<endl;
+ exit(1);
+ }
+ } else {
+ arg_success = false;
+ cerr << "Fatal Error: A mean fragment length and a standard deviation must be specified."
+ << endl << endl;
+ }
+ }
+
+ if(!arg_success){
+ wcout << L"------------------------------------USAGE------------------------------------" << endl << endl;
+ wcout << L" -p, --paired Specify a paired-end read simulation." << endl;
+ wcout << L" -q, --quiet Turn off end of run summary." << endl;
+ wcout << L" -h, --help Print out usage information for ART." << endl << endl;
+ wcout << L"Parameters should be entered preceeded by the following tags" << endl;
+ wcout << L"in any order." << endl << endl;
+ wcout << L" -i, --in Specify the input file name." << endl;
+ wcout << L" -o, --out Specify the output file prefix." << endl;
+ wcout << L" -l, --len Specify the read length to be simulated." << endl;
+ wcout << L" -f, --fcov Specify the fold coverage to be simulated." << endl;
+ wcout << L" -m, --mflen Specify the mean fragment length." << endl;
+ wcout << L" * Only for paired-end simulations." << endl;
+ wcout << L" -s, --sdev Specify the standard deviation." << endl;
+ wcout << L" * Only for paired-end simulations." << endl;
+ wcout << L" -ir, --insRate Specify the first-read insertion rate to be used." << endl;
+ wcout << L" * The default value is 0.0001." << endl;
+ wcout << L" -dr, --delRate Specify the first-read deletion rate to be used." << endl;
+ wcout << L" * The default value is 0.0001." << endl;
+ wcout << L" -sr, --subRate Specify the first-read substitution rate to be used." << endl;
+ wcout << L" * The default value is 0.028." << endl;
+ wcout << L" -ir2, --insRate2 Specify the second-read insertion rate to be used." << endl;
+ wcout << L" * The default value is 0.0001." << endl;
+ wcout << L" -dr2, --delRate2 Specify the second-read deletion rate to be used." << endl;
+ wcout << L" * The default value is 0.0001." << endl;
+ wcout << L" -sr2, --subRate2 Specify the second-read substitution rate to be used." << endl;
+ wcout << L" * The default value is 0.036." << endl;
+ wcout << L" -1, --qprof1 Specify the first-read quality profile to be used." << endl;
+ wcout << L" * If not specified a default profile will be used." << endl;
+ wcout << L" -2, --qprof2 Specify the second-read quality profile to be used." << endl;
+ wcout << L" * If not specified a default profile will be used." << endl;
+ wcout << L"****NOTES****" << endl;
+ wcout << L"* To simulate single-end reads one must provide the ART program" << endl;
+ wcout << L" with atleast an input file, output file prefix, the read length," << endl;
+ wcout << L" and the fold coverage." << endl << endl;;
+ wcout << L" Example: art --in reference_DNA.fa --out sim1 --len 35 --fcov 2" << endl << endl;;
+ wcout << L"* To simulate paired-end reads one must use the parameters above as" << endl;
+ wcout << L" well as the mean fragment length, standard deviation, and --paired tag." << endl << endl;
+ wcout << L" Example: art --paired --in reference_DNA.fa --out sim2 --len 35 --fcov 2" << endl;
+ wcout << L" --mflen 200 --sdev 3.5" << endl << endl;
+
+ exit(0);
+ }
+ string seqfasta=out_file_prefix;
+ string qualfasta=out_file_prefix;
+ string alnfasta=out_file_prefix;
+ string fqfile=out_file_prefix;
+
+ if(is_pairend_read){
+ seqfasta += "_R3.fa";
+ qualfasta += "_R3.qual";
+ alnfasta += "_R3.aln";
+ fqfile += "_R3.fq";
+ } else {
+ seqfasta += "_F3.fa";
+ qualfasta += "_F3.qual";
+ alnfasta += "_F3.aln";
+ fqfile += "_F3.fq";
+ }
+
+// ofstream SEQFILE(seqfasta.c_str(),ios::binary);
+// if(!SEQFILE.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<seqfasta<<endl; exit(0); }
+
+// ofstream QUALFILE(qualfasta.c_str(),ios::binary);
+// if(!QUALFILE.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<qualfasta<<endl; exit(0); }
+
+ ofstream FQFILE(fqfile.c_str(),ios::binary);
+ if(!FQFILE.is_open()) { cerr<<"Fatal Error: Can not open output file: "<<fqfile<<endl; exit(0); }
+
+ ofstream ALNFILE(alnfasta.c_str(),ios::binary);
+ if(!ALNFILE.is_open()) { cerr<<"Fatal Error: Can not open output file: "<<alnfasta<<endl; exit(0); }
+
+ empdist::set_err_prob();
+ empdist qdist;
+
+
+ vector<short> qual;
+ readSeqFile seq_reader(seq_file);
+ string id;
+ art a_art;
+ seqRead a_read(qual_file1, true);
+ a_read.ini_ran_qual();
+
+ if(read_len>a_read.error_profile.size()){
+ cerr<<"Error: The read length "<<read_len<<" exceeds the maximum read length:"<<a_read.error_profile.size()<<endl;
+ exit(1);
+ }
+/*
+ for(size_t i=0; i<a_read.cal_err_rate_1st.size(); i++){
+ a_read.cal_err_rate_1st[i]*=error_scale_factor;
+ }
+ for(size_t i=0; i<a_read.cal_err_rate_2nd.size(); i++){
+ a_read.cal_err_rate_2nd[i]*=error_scale_factor;
+ }
+*/
+ a_read.set_rate(read_len,insRate,2,a_read.ins_rate);
+ a_read.set_rate(read_len,delRate,2,a_read.del_rate);
+ a_read.set_rate(read_len,subRate,2,a_read.sub_rate);
+ string aln_read,aln_ref;
+ ostringstream osID;
+ int num_seq=0;
+ string read_id;
+
+ unsigned long cc_num_read=1;
+
+ string seqfasta2="";
+ string qualfasta2="";
+ string alnfasta2="";
+ string fqfile2="";
+ if(is_pairend_read){
+ seqfasta2=out_file_prefix+"_F3.fa";
+ qualfasta2=out_file_prefix+"_F3.qual";
+ alnfasta2=out_file_prefix+"_F3.aln";
+ fqfile2=out_file_prefix+"_F3.fq";
+// ofstream SEQFILE2(seqfasta2.c_str(),ios::binary);
+// if(!SEQFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<seqfasta2<<endl; exit(0); }
+
+// ofstream QUALFILE2(qualfasta2.c_str(),ios::binary);
+// if(!QUALFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<qualfasta2<<endl; exit(0); }
+
+ ofstream FQFILE2(fqfile2.c_str(),ios::binary);
+ if(!FQFILE2.is_open()) { cerr<<"Fatal Error: Can not open output file: "<<fqfile2<<endl; exit(0); }
+
+ ofstream ALNFILE2(alnfasta2.c_str(),ios::binary);
+ if(!ALNFILE2.is_open()) { cerr<<"Fatal Error: Can not open output file: "<<alnfasta2<<endl; exit(0); }
+ seqRead a_read_2(qual_file2, false);
+ a_read_2.ini_ran_qual();
+/*
+ for(size_t i=0; i<a_read_2.cal_err_rate_1st.size(); i++){
+ a_read_2.cal_err_rate_1st[i]*=error_scale_factor;
+ }
+ for(size_t i=0; i<a_read_2.cal_err_rate_2nd.size(); i++){
+ a_read_2.cal_err_rate_2nd[i]*=error_scale_factor;
+ }
+*/
+ a_read_2.set_rate(read_len,insRate2,2,a_read.ins_rate);
+ a_read_2.set_rate(read_len,delRate2,2,a_read.del_rate);
+ a_read_2.set_rate(read_len,subRate2,2,a_read.sub_rate);
+ vector<short> qual_2;
+ string read_id_2;
+ string aln_read_2,aln_ref_2;
+ while(seq_reader.next_seq(id,a_art.ref_seq)){
+// size_t p1=id.find_first_of(' '); if(p1==string::npos) p1=10; size_t p2=id.find_first_of('\t'); if(p2==string::npos) p2=10; p1=p1<p2?p1:p2; id=id.substr(0,p1);
+ istringstream isID; isID.str(id); isID>>id; id=id.substr(0,len_ref_id);
+ num_seq++;
+ a_art.ini_set(read_len);
+ if(mask_n){
+ a_art.mask_n_region(max_num_n);
+ }
+ long t_num_read=static_cast<unsigned long>(a_art.ref_seq.size()/read_len*x_fold);
+ while(t_num_read>0){
+// osID<<num_seq<<fixed<<setfill('0')<< setw(10)<< t_num_read;
+/*
+ osID<<id<<'-'<<t_num_read;
+ read_id = osID.str();
+ osID.str("");
+*/
+
+//generate SOLiD-like id
+ int num_3rd=cc_num_read / 1000000 + 1;
+ unsigned int num_3rd_rem=cc_num_read % 1000000;
+ int num_1st=num_3rd_rem % 1000;
+ int num_2nd=num_3rd_rem / 1000 + 1;
+ osID<<num_3rd<<'_'<<num_2nd<<'_'<<num_1st;
+ read_id = osID.str();
+ osID.str("");
+
+ a_read.clear();
+ a_read_2.clear();
+ //a_art.next_read(a_read);
+ //a_art.next_pair_read_indel(a_read, a_read_2);
+ a_art.next_pair_read(a_read, a_read_2);
+ if(mask_n){
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ if(a_art.masked_pos.count(a_read.bpos)>0 || a_art.masked_pos.count(a_read_2.bpos)>0){
+ t_num_read-=2;
+ continue;
+ }
+ }
+ else{
+ size_t bpos1=a_art.ref_seq.size()-a_read.bpos-read_len;
+ size_t bpos2=a_art.ref_seq.size()-a_read_2.bpos-read_len;
+ if(a_art.masked_pos.count(bpos1)>0 || a_art.masked_pos.count(bpos2)>0){
+ t_num_read-=2;
+ continue;
+ }
+ }
+ }
+
+ string cs_seq_1st, cs_seq_2nd;
+ map<int,char> error_pos_1st, error_pos_2nd;
+ map<int,char>::iterator it;
+ //convert base-space to color space, and incorporate sequencing errors
+ //qual.clear();
+ //qual_2.clear();
+ a_read.convert_seq2cs(cs_seq_1st, qual, error_pos_1st, false) ; //the 1st is R3
+ a_read_2.convert_seq2cs(cs_seq_2nd, qual_2, error_pos_2nd) ; //the 2nd is F3
+// read_id_2=read_id+"-2";
+// read_id+="-1";
+ read_id_2=read_id+"_F3";
+ read_id+="_R3";
+//print first read
+// SEQFILE<<">"<<read_id<<endl<<a_read.seq_read<<endl; //<<a_read.seq_ref<<endl;
+// QUALFILE<<">"<<read_id<<endl;
+// copy(qual.begin(),qual.end(), ostream_iterator<short>(QUALFILE,"\t"));
+// QUALFILE<<endl;
+
+ FQFILE<<"@"<<read_id<<endl<<'G'<<cs_seq_1st<<endl<<"+"<<endl;
+ FQFILE<<"!";
+ for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+ FQFILE<<(char)(qual[k]+33);
+ }
+ FQFILE<<endl;
+
+ ALNFILE<<id<<"\t"<<read_id<<"\t"<<a_read.bpos;
+ if(a_read.is_plus_strand) ALNFILE<<"\t+";
+ else ALNFILE<<"\t-";
+ ALNFILE<<"\t"<<error_pos_1st.size();
+ for(it=error_pos_1st.begin(); it!=error_pos_1st.end(); it++){
+ ALNFILE<<"\t"<<it->first<<"\t"<<it->second<<cs_seq_1st[it->first];
+ }
+ ALNFILE<<endl;
+
+ /*
+ if(a_read.get_aln(aln_read,aln_ref)){
+ ALNFILE<<aln_ref<<endl<<aln_read<<endl;
+ }
+ else{
+ ALNFILE<<a_read.seq_ref<<endl<<a_read.seq_read<<endl;
+ }
+ */
+//print second read
+// SEQFILE2<<">"<<read_id_2<<endl<<a_read_2.seq_read<<endl; //<<a_read.seq_ref<<endl;
+// QUALFILE2<<">"<<read_id_2<<endl;
+// copy(qual_2.begin(),qual_2.end(), ostream_iterator<short>(QUALFILE2,"\t"));
+// QUALFILE2<<endl;
+
+ FQFILE2<<"@"<<read_id_2<<endl<<'T'<<cs_seq_2nd<<endl<<"+"<<endl;
+ FQFILE2<<"!";
+ for(size_t k=0; k<qual_2.size(); k++){
+ FQFILE2<<(char)(qual_2[k]+33);
+ }
+ FQFILE2<<endl;
+
+ ALNFILE2<<id<<"\t"<<read_id_2<<"\t"<<a_read_2.bpos;
+ if(a_read_2.is_plus_strand) ALNFILE2<<"\t+";
+ else ALNFILE2<<"\t-";
+ ALNFILE2<<"\t"<<error_pos_2nd.size();
+ for(it=error_pos_2nd.begin(); it!=error_pos_2nd.end(); it++){
+ ALNFILE2<<"\t"<<it->first<<"\t"<<it->second<<cs_seq_2nd[it->first];
+ }
+ ALNFILE2<<endl;
+/*
+ if(a_read_2.get_aln(aln_read_2,aln_ref_2)){
+ ALNFILE2<<aln_ref_2<<endl<<aln_read_2<<endl;
+ }
+ else{
+ ALNFILE2<<a_read_2.seq_ref<<endl<<a_read_2.seq_read<<endl;
+ }
+*/
+ t_num_read-=2;
+ cc_num_read+=1;
+ }
+ }
+// SEQFILE2.close();
+// QUALFILE2.close();
+ FQFILE2.close();
+ ALNFILE2.close();
+ }
+ else{
+ while(seq_reader.next_seq(id,a_art.ref_seq)){
+ istringstream isID; isID.str(id); isID>>id; id=id.substr(0,len_ref_id);
+ num_seq++;
+ a_art.ini_set(read_len);
+ long t_num_read=static_cast<unsigned long>(a_art.ref_seq.size()/read_len*x_fold);
+ while(t_num_read>0){
+// osID<<num_seq<<fixed<<setfill('0')<< setw(10)<< t_num_read;
+/*
+ osID<<id<<'-'<<t_num_read;
+ read_id = osID.str();
+ osID.str("");
+*/
+
+//generate SOLiD-like id
+ int num_3rd=cc_num_read / 1000000 + 1;
+ unsigned int num_3rd_rem=cc_num_read % 1000000;
+ int num_1st=num_3rd_rem % 1000;
+ int num_2nd=num_3rd_rem / 1000 + 1;
+
+ osID<<num_3rd<<'_'<<num_2nd<<'_'<<num_1st;
+ read_id = osID.str();
+ osID.str("");
+ read_id +="_F3";
+
+ a_read.clear();
+ //a_art.next_read(a_read);
+ a_art.next_read(a_read);
+ if(mask_n){
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ if(a_art.masked_pos.count(a_read.bpos)>0){
+ t_num_read-=1;
+ continue;
+ }
+ }
+ else{
+ size_t bpos=a_art.ref_seq.size()-a_read.bpos-read_len;
+ if(a_art.masked_pos.count(bpos)>0){
+ t_num_read-=1;
+ continue;
+ }
+ }
+ }
+
+ string cs_seq_1st;
+ map<int,char> error_pos_1st;
+ map<int,char>::iterator it;
+ //qua.clear();
+ a_read.convert_seq2cs(cs_seq_1st, qual, error_pos_1st) ;
+ FQFILE<<"@"<<read_id<<endl<<'T'<<cs_seq_1st<<endl<<"+"<<endl;
+ FQFILE<<"!";
+ for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+ FQFILE<<(char)(qual[k]+33);
+ }
+ FQFILE<<endl;
+
+ ALNFILE<<id<<"\t"<<read_id<<"\t"<<a_read.bpos;
+ if(a_read.is_plus_strand) ALNFILE<<"\t+";
+ else ALNFILE<<"\t-";
+ ALNFILE<<"\t"<<error_pos_1st.size();
+ for(it=error_pos_1st.begin(); it!=error_pos_1st.end(); it++){
+ ALNFILE<<"\t"<<it->first<<"\t"<<it->second<<cs_seq_1st[it->first];
+ }
+ ALNFILE<<endl;
+
+ t_num_read--;
+ cc_num_read+=1;
+ }
+ }
+ }
+
+// SEQFILE.close();
+// QUALFILE.close();
+ FQFILE.close();
+ ALNFILE.close();
+
+ if(!is_pairend_read){
+ wcout << L" Single-end Simulation Complete" << endl << endl;
+ } else {
+ wcout << L" Paired-end Simulation Complete" << endl << endl;
+ }
+
+
+ end = clock();
+ cpu_time_used = ((double) (end - start)) / CLOCKS_PER_SEC;
+ wcout<< L"Total CPU time used: "<<cpu_time_used<<endl << endl;
+
+ if(!show_flag){
+
+ wcout << L"Parameters used during run:" << endl << endl;
+ wcout << L"\tRead Length: " << read_len << endl;
+ wcout << L"\tFold Coverage: " << x_fold << "X" << endl;
+ if(is_pairend_read){
+ wcout << L"\tMean Fragment Length: " << mean << endl;
+ wcout << L"\tStandard Deviation: " << std_dev << endl;
+ }
+ if(rate_flag){
+ wcout << L"\tFirst Insertion Rate: " << insRate << endl;
+ wcout << L"\tSecond Insertion Rate: " << insRate2 << endl;
+ wcout << L"\tFirst Deletion Rate: " << delRate << endl;
+ wcout << L"\tSecond Deletion Rate: " << delRate2 << endl;
+ wcout << L"\tFirst Substitution Rate: " << subRate << endl;
+ wcout << L"\tSecond Substitution Rate: " << subRate2 << endl;
+ }
+
+ wcout << endl << L"Quality Profile(s) Used:" << endl << endl;
+ if(is_pairend_read){
+ if(first_qual){
+ wcout << L"\tFirst Read: " << qual_file1.c_str()<< endl;
+ } else {
+ wcout << L"\tFirst Read: " << "DEFAULT" << endl;
+ }
+ if(second_qual){
+ wcout << L"\tSecond Read: " << qual_file2.c_str()<< endl<< endl;
+ } else {
+ wcout << L"\tSecond Read: " << "DEFAULT" << endl << endl;
+ }
+ } else {
+ if(first_qual){
+ wcout << L"\t" << qual_file1.c_str()<< endl << endl;
+ } else {
+ wcout << L"\tDEFAULT" << endl << endl;
+ }
+ }
+
+ wcout << L"Output files created:" << endl << endl;
+
+ if(is_pairend_read){
+ wcout << L" Sequence Files:" << endl;
+ wcout << L"\t" << fqfile.c_str() << endl;
+ wcout << L"\t" << fqfile2.c_str() << endl << endl;
+ wcout << L" Alignment Files:" << endl;
+ wcout << L"\t" << alnfasta.c_str() << endl;
+ wcout << L"\t" << alnfasta2.c_str() << endl << endl;;
+ } else {
+ wcout << L" Sequence File:" << endl;
+ wcout << L"\t" << fqfile.c_str() << endl << endl;
+ wcout << L" Alignment File:" << endl;
+ wcout << L"\t" << alnfasta.c_str() << endl << endl;
+ }
+ }
+
+ return 0;
+
+}
+
+bool art::next_read_indel(seqRead& a_read){
+ long pos=(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]
+ int slen =a_read.get_indel(read_len);
+ a_read.is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ a_read.is_plus_strand=false;
+ }
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len-slen);
+ }
+ else{
+ a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len-slen);
+ }
+ a_read.bpos=pos;
+ a_read.ref2read();
+ return true;
+}
+
+bool art::next_read(seqRead& a_read){
+ long pos=(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]
+ //string seq_ref;
+ a_read.is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ a_read.is_plus_strand=false;
+ }
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len);
+ }
+ else{
+ a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len);
+ }
+ a_read.bpos=pos;
+ a_read.seq_read=a_read.seq_ref;
+ return true;
+}
+
+bool art::next_pair_read(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+ int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+ fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ }
+ long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+ long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+ bool is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ is_plus_strand=false;
+ }
+ if(is_plus_strand){
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len);
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len);
+ }
+ else{
+ read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len);
+ read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len);
+ }
+ read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_2.bpos=pos_2;
+ return true;
+}
+
+bool art::next_pair_read_indel(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+ int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+ fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ }
+ long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+ long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+ int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+ int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);
+ bool is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ is_plus_strand=false;
+ }
+ if(is_plus_strand){
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ else{
+ read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_1.ref2read();
+ read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_2.bpos=pos_2;
+ read_2.ref2read();
+ //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+ return true;
+}
+//second read is reverse complemenaty strand
+bool art::next_pair_read_indel_cmp(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+ int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+ fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ }
+ long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+ //long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+ long pos_2=ref_seq.length()-pos_1-fragment_len;
+ int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+ int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);
+ bool is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ is_plus_strand=false;
+ }
+ if(is_plus_strand){
+ read_1.is_plus_strand=true;
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.is_plus_strand=false;
+// pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+ read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ else{
+ read_1.is_plus_strand=false;
+ read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+// pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+ read_2.is_plus_strand=true;
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_1.ref2read();
+ read_2.bpos=pos_2;
+ read_2.ref2read();
+ //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+ return true;
+}
+//
+
diff --git a/art_SOLiD_src/readSeqFile.cpp b/art_SOLiD_src/readSeqFile.cpp
new file mode 100644
index 0000000..b6d018b
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/readSeqFile.cpp
@@ -0,0 +1,134 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_SOLiD -- Artificial Read Transcriber
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <time.h>
+#include <math.h>
+#include <string>
+#include <vector>
+#include <algorithm>
+#include <functional>
+#include <iostream>
+#include <fstream>
+#include <sstream>
+
+using namespace std;
+
+
+#include "readSeqFile.h"
+
+readSeqFile::readSeqFile(){
+ fileName = (char*) "";
+}
+readSeqFile::readSeqFile(char* file_name){
+ fileName = file_name;
+ infile.open(fileName);
+ if(! infile.is_open()){
+ cerr<<"the file: "<<file_name<<" can not be opened"<<endl;
+ exit(0);
+ }
+}
+
+readSeqFile::~readSeqFile(){
+ if(infile.is_open()){
+ infile.close();
+ }
+}
+
+//read next num_next seq in fast format
+int readSeqFile::next_seq(vector<string>& nextid, vector<string>& nextseq, int num_next)
+{
+ if(!infile.is_open()){
+ cerr<<"There is not open file"<<endl;
+ return 0;
+ }
+ string geneID="";
+ string geneSEQ="",tmpString="";
+ char tempChar;
+ int numSeq=0;
+ while(!infile.eof() && numSeq<num_next){
+ tempChar = 'a';
+ while(tempChar!='>' && !infile.eof() ){
+ infile.get(tempChar);
+ }
+ if(tempChar!='>'){
+ continue;
+ }
+ getline(infile,geneID);
+ if(geneID.length()<1){
+ continue;
+ }
+ while((!infile.eof()) && (infile.peek()!='>')){
+ tmpString.clear();
+ getline(infile,tmpString);
+ geneSEQ.append(tmpString);
+ }
+ nextseq.push_back(geneSEQ);
+ nextid.push_back(geneID);
+ geneSEQ.clear();
+ geneID.clear();
+ numSeq++;
+ }
+ return numSeq;
+}
+
+int readSeqFile::next_seq(vector<string>& nextid,vector<string>& nextseq)
+{
+ return next_seq(nextid, nextseq,1);
+}
+//read in one seq
+int readSeqFile::next_seq(string& geneID,string& geneSEQ){
+ if(!infile.is_open()){
+ cerr<<"There is not open file"<<endl;
+ return 0;
+ }
+ geneSEQ.clear();
+ string tmpString="";
+ char tempChar;
+ int numSeq=0;
+ //stringstream tmpseq;
+ while(!infile.eof() && numSeq==0){
+ tempChar = 'a'; //tempChar is not '>'
+ while(tempChar!='>' && !infile.eof() ){
+ infile.get(tempChar);
+ }
+ if(tempChar!='>'){
+ continue;
+ }
+ getline(infile,geneID);
+ if(geneID.length()<1){
+ continue;
+ }
+ while((!infile.eof()) && (infile.peek()!='>')){
+ tmpString.clear();
+ getline(infile,tmpString);
+ geneSEQ.append(tmpString);//v1.1 change from "geneSEQ.append(tmpString)":
+ }
+ numSeq++;
+ }
+ return numSeq;
+}
+
+//close opened file and open another file
+bool readSeqFile::reSetFile(char* file_name){
+ if(infile.is_open()){
+ infile.close();
+ }
+ infile.open(file_name);
+ if(! infile.is_open()){
+ cerr<<"the file: "<<file_name<<" can not be opened";
+ return false;
+ }
+ return true;
+
+}
+
+//set pointer to begining
+bool readSeqFile::restart(){
+ infile.clear();
+ infile.seekg(0, ios::beg);
+ return true;
+}
diff --git a/art_SOLiD_src/readSeqFile.h b/art_SOLiD_src/readSeqFile.h
new file mode 100644
index 0000000..398613f
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/readSeqFile.h
@@ -0,0 +1,29 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_SOLiD -- Artificial Read Transcription
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+#pragma once
+
+#include <vector>
+#include <fstream>
+#include <string>
+using namespace std;
+
+class readSeqFile{
+ private:
+ char* fileName;
+ ifstream infile;
+ public:
+ readSeqFile(char* file_name);
+ readSeqFile();
+ ~readSeqFile();
+ //close opened file and open another file
+ bool reSetFile(char* file_name);
+ //read next num_next seq in fasta format
+ int next_seq(vector<string>& nextid,vector<string>& nextseq, int num_next);
+ int next_seq(vector<string>& nextid,vector<string>& nextseq);
+ int next_seq(string& geneID,string& geneSEQ);
+ //set pointer to begining
+ bool restart();
+
+};
diff --git a/art_SOLiD_src/read_SOLiD.cpp b/art_SOLiD_src/read_SOLiD.cpp
new file mode 100644
index 0000000..b4a3144
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/read_SOLiD.cpp
@@ -0,0 +1,530 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART -- Assembly Read Transcriber
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#include <algorithm>
+#include "read_SOLiD.h"
+
+SOLiDread::SOLiDread(string profile_file){
+ double error_1st []={};
+ double error_2nd[]={};
+ //color space to sequence
+ cs2seq['a']['0'] = 'a';
+ cs2seq['a']['1'] = 'c';
+ cs2seq['a']['2'] = 'g';
+ cs2seq['a']['3'] = 't';
+ cs2seq['c']['0'] = 'c';
+ cs2seq['c']['1'] = 'a';
+ cs2seq['c']['2'] = 't';
+ cs2seq['c']['3'] = 'g';
+ cs2seq['g']['0'] = 'g';
+ cs2seq['g']['1'] = 't';
+ cs2seq['g']['2'] = 'a';
+ cs2seq['g']['3'] = 'c';
+ cs2seq['t']['0'] = 't';
+ cs2seq['t']['1'] = 'g';
+ cs2seq['t']['2'] = 'c';
+ cs2seq['t']['3'] = 'a';
+ //sequence to color space
+ seq2cs['a']['a'] = '0';
+ seq2cs['a']['c'] = '1';
+ seq2cs['a']['g'] = '2';
+ seq2cs['a']['t'] = '3';
+ seq2cs['c']['c'] = '0';
+ seq2cs['c']['a'] = '1';
+ seq2cs['c']['t'] = '2';
+ seq2cs['c']['g'] = '3';
+ seq2cs['g']['g'] = '0';
+ seq2cs['g']['t'] = '1';
+ seq2cs['g']['a'] = '2';
+ seq2cs['g']['c'] = '3';
+ seq2cs['t']['t'] = '0';
+ seq2cs['t']['g'] = '1';
+ seq2cs['t']['c'] = '2';
+ seq2cs['t']['a'] = '3';
+ if(profile_file.empty()){
+ istringstream in_profile;
+ in_profile.str(abSOLiD_PROFILE);
+ read_error_profile(in_profile);
+ in_profile.clear();
+ }
+ else if(profile_file=="pseudo"){
+ istringstream in_profile;
+ in_profile.str(pseudo_PROFILE);
+ read_error_profile(in_profile);
+ in_profile.clear();
+ }
+ else{
+ read_error_profile(profile_file);
+ }
+};
+
+
+int SOLiDread::get_indel(int read_len){
+ //if(ins_rate.size()>=read_len) {cerr<<"fatal error\n"; exit(1)};
+ int ins_len=0, del_len=0;
+ //deletion
+// char base_type[4]={'a','c','g','t'};
+ char base_type[4]={'0','1','2','3'}; //color space
+ for(int i=(int)del_rate.size()-1; i>=0; i--){
+ if(del_rate[i]>=r_prob()){
+ del_len=i+1;
+ for(int j=i; j>=0;){
+ int pos=(int) floor((read_len-1)*r_prob()); //invalid deletion positions: 0 or read_len-1 as these deletions are not shown in reads
+ if(pos==0) continue;
+ if(indel.count(pos)==0){
+ indel[pos]='-';
+ j--;
+ }
+ }
+ break;
+ }
+ }
+
+ for(int i=ins_rate.size()-1; i>=0; i--){
+ if(ins_rate[i]>=r_prob()){
+ ins_len=i+1;
+ for(int j=i; j>=0;){
+ int pos=(int) floor(r_prob()*read_len);
+ if(indel.count(pos)==0){
+ short base=(short)ceil(r_prob()*4);
+ indel[pos]=base_type[base-1];
+// switch(base){
+// case 1:
+// indel[pos]='a'; break;
+// case 2:
+// indel[pos]='c'; break;
+// case 3:
+// indel[pos]='g'; break;
+// case 4:
+// indel[pos]='t';
+// }
+ j--;
+ }
+ }
+ break;
+ }
+ }
+ return (ins_len-del_len);
+};
+
+void SOLiDread::ref2read(){
+ if(indel.size()==0){
+ seq_read=seq_ref;
+ return;
+ }
+ seq_read.clear();
+ int k=0;
+ for(size_t i=0; i<seq_ref.size();){
+ //cout<<i<<"\t"<<k<<endl;
+ if(indel.count(k)==0){
+ seq_read.push_back(seq_ref[i]); i++; k++;
+ }
+ else if(indel[k]=='-'){
+ i++;k++;
+ }
+ else{
+ seq_read.push_back(indel[k]); k++;
+ }
+ }
+ while(indel.count(k)>0){
+ seq_read.push_back(indel[k]);
+ k++;
+ }
+}
+
+bool SOLiDread::read_error_profile(string infile_profile){
+ ifstream input(infile_profile.c_str(), ifstream::in);
+ if(!input) { cerr<<"can not open error profile file: "<<infile_profile<<endl; exit(1); }
+ else{
+ read_error_profile(input);
+ }
+ return false;
+};
+
+//read position and color dependent error profile for paired-end reads
+bool SOLiDread::read_error_profile(istream& input){
+ //1 A C 0.001491472 0.003540099
+ int last_read_pos=1;
+ int read_pos;
+ map <char, base_quality> aMAP;
+ short k=0;
+ base_quality bq;
+ char cur_base;
+ while(!input.eof()){
+ string aLine;
+ getline(input, aLine);
+ if(aLine.length()==0) continue;
+ if(aLine[0]=='#') continue;
+ if(aLine[0]=='*') break;
+ istringstream ss(aLine);
+ ss>>read_pos;
+ if(last_read_pos<read_pos){
+ error_profile.push_back(aMAP);
+ aMAP.clear();
+ last_read_pos=read_pos;
+ }
+//cerr<<read_pos<<"\t"<<error_profile.size()<<endl;
+ if(read_pos!=error_profile.size() && (read_pos-1)!=(int)error_profile.size()){
+ cerr<<"Fatal error (1): wrong format of error profile"<<endl;
+ cerr<<aLine<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ char right_b, wrong_b;
+ double error_rate[2]={0, 0}; //prob_error_1st, prob_error_2nd, quality_1st, quality_2nd,
+ ss >> right_b; right_b=tolower(right_b);
+ ss >> wrong_b; wrong_b=tolower(wrong_b);
+ ss >> error_rate[0];
+ if (! (ss >> error_rate[1])){
+ cerr<<"Fatal error (2): wrong format of error profile"<<endl;
+ cerr<<aLine<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ if(right_b == wrong_b){
+ cerr<<"Fatal error (3): wrong format input color base (correct color=wrong color)"<<endl;
+ cerr<<"\t"<<aLine<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ if(k==0){
+ cur_base=right_b;
+ }
+ else{
+ if(cur_base!=right_b){
+ cerr<<"Fatal error (3): number of error type is wrong"<<endl;
+ cerr<<"\t"<<aLine<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ //cumulative error rate;
+ error_rate[0]+=bq.error_prob[0][k-1];
+ error_rate[1]+=bq.error_prob[1][k-1];
+ }
+
+ bq.error_color[k] = wrong_b;
+ bq.error_prob[0][k]=error_rate[0];
+ bq.error_prob[1][k]=error_rate[1];
+
+ if(k==2){
+ aMAP[right_b]=bq;
+ aMAP[right_b].qual[0]=-10*log10(bq.error_prob[0][2]);
+ //aMAP[right_b][1].prob=bq[1].error_prob[2];
+ aMAP[right_b].qual[1]=-10*log10(bq.error_prob[1][2]);
+ k=0;
+ }
+ else{
+ k++;
+ }
+ }
+ if(error_profile.size()>0) return true;
+ else return false;
+}
+
+void SOLiDread::ini_ran_qual(unsigned int r_seed){
+ gsl_rng_default_seed=r_seed;
+ const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+ gsl_p_1st.push_back(gsl_rng_alloc(rndT));
+ gsl_p_1st.push_back(gsl_rng_alloc(rndT));
+}
+
+void SOLiDread::ini_ran_qual(){
+ gsl_rng_default_seed=(unsigned int)time(NULL);
+ const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+ gsl_p_1st.push_back(gsl_rng_alloc(rndT));
+ gsl_p_1st.push_back(gsl_rng_alloc(rndT));
+}
+
+void SOLiDread::set_rate(int read_len, double p, int max_num, vector <double>& rate){
+ rate.resize(max_num);
+ for(size_t i=1; i<=max_num; i++){
+ rate[i-1]= gsl_cdf_binomial_Q(i, p, read_len);
+ }
+}
+
+//convert base-space to color space, and incorporate sequencing errors
+void SOLiDread::convert_seq2cs(string& c_space, vector<short>& qual, map<int,char>& error_pos, bool is_F3){
+ int len=seq_ref.length();
+ if(len==0) return;
+ error_pos.clear();
+ short n=0;
+ if(!is_F3) n=1;
+ c_space.resize(len);
+ qual.resize(len);
+ //first reads always start with 'T', while 2nd reads start with 'G'
+ char lastchar='t';
+ if(!is_F3) lastchar='g';
+ char achar=tolower(seq_ref[0]);
+ char nchar=seq2cs[lastchar][achar];
+ qual[0]=gsl_ran_poisson(gsl_p_1st[n], error_profile[0][achar].qual[n]);
+ if(qual[0]>max_qual_value) qual[0]=max_qual_value;
+ double p=r_prob();
+ if(p < prob_err[qual[0]]){
+ p *= prob_err[qual[0]]/error_profile[0][achar].error_prob[n][2]; //scale p to match orignial error probability
+ if(p <error_profile[0][achar].error_prob[n][0]){
+ c_space[0]=error_profile[0][achar].error_color[0];
+ }
+ else if(p < error_profile[0][achar].error_prob[n][1]){
+ c_space[0]=error_profile[0][achar].error_color[1];
+ }
+ else{
+ c_space[0]=error_profile[0][achar].error_color[2];
+ }
+ c_space[0]=seq2cs[lastchar][c_space[0]];
+ error_pos[0]=nchar;
+ }
+ else{
+ c_space[0]=nchar;
+ }
+
+ for(int i=1; i<len; i++){
+ achar=tolower(seq_ref[i]);
+ //if(i>0) lastchar=tolower(seq_ref[i-1]);
+ lastchar=tolower(seq_ref[i-1]);
+ nchar=seq2cs[lastchar][achar];
+ qual[i]=gsl_ran_poisson(gsl_p_1st[n], error_profile[i][nchar].qual[n]);
+ if(qual[i]>max_qual_value) qual[i]=max_qual_value;
+ double p=r_prob();
+ if(p < prob_err[qual[i]]){
+ p *= prob_err[qual[i]]/error_profile[i][nchar].error_prob[n][2]; //scale p to match orignial error probability
+ if(p <error_profile[i][nchar].error_prob[n][0]){
+ c_space[i]=error_profile[i][nchar].error_color[0];
+ }
+ else if(p < error_profile[i][nchar].error_prob[n][1]){
+ c_space[i]=error_profile[i][nchar].error_color[1];
+ }
+ else{
+ c_space[i]=error_profile[i][nchar].error_color[2];
+ }
+ error_pos[i]=nchar;
+ }
+ else{
+ c_space[i]=nchar;
+ }
+ }
+}
+
+//convert base-space to color space
+void SOLiDread::convert_seq2cs(string& b_space, string& c_space){
+ int len=b_space.length();
+ if(len==0) return;
+ c_space.resize(len);
+ c_space[0]=seq2cs['t'][tolower(b_space[0])];
+ for(int i=1; i<len; i++){
+ c_space[i]=seq2cs[tolower(b_space[i-1])][tolower(b_space[i])];
+ }
+}
+
+//convert color space to base space
+void SOLiDread::convert_cs2seq(string& c_space, string& b_space, char base1st){
+ int len=c_space.length();
+ if(len==0) return;
+ b_space.resize(len);
+ b_space[0]=cs2seq[base1st][c_space[0]];
+ for(int i=1; i<len; i++){
+ b_space[i]=cs2seq[b_space[i-1]][c_space[i]];
+ }
+}
+
+char SOLiDread::rand_base(){
+ short base=(short)ceil(r_prob()*4);
+ switch(base){
+ case 1:
+ return 'a';
+ case 2:
+ return 'c';
+ case 3:
+ return 'g';
+ case 4:
+ return 't';
+ default:
+ cerr<<"system error.";
+ exit(1);
+ }
+}
+
+bool SOLiDread::get_aln(string& aln_read, string& aln_ref){
+ if(indel.size()==0) return false;
+ map<int,char,less<int> >::iterator it;
+ aln_read=seq_read; aln_ref=seq_ref;
+ for(it=indel.begin(); it!=indel.end(); it++){
+ if(it->second!='-'){
+ aln_ref.insert(it->first,1,'-');
+ }
+ else{
+ aln_read.insert(it->first,1,'-');
+ }
+ }
+ return true;
+}
+
+//based on based on calibrated position-depended error rates
+int SOLiDread::add_calib_error_1st(){
+ int num=0;
+ for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+ if(r_prob()<cal_err_rate_1st[i]){
+ char achar=seq_read[i];
+ while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+ seq_read[i]=achar;
+ substitution[i]=achar;
+ num++;
+ }
+ }
+ return num;
+}
+
+int SOLiDread::add_calib_error_2nd(){
+ int num=0;
+ for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+ if(r_prob()<cal_err_rate_2nd[i]){
+ char achar=seq_read[i];
+ while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+ seq_read[i]=achar;
+ substitution[i]=achar;
+ num++;
+ }
+ }
+ return num;
+}
+
+//based on calibrated position-depended error rates
+int SOLiDread::add_calib_error_1st(vector<short>&qual){
+ int num=0;
+ if(qual.size()<seq_read.size()) qual.resize(seq_read.size());
+ for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+ int q=gsl_ran_poisson(gsl_p_1st[i],cal_qual_1st[i]);
+ qual[i]=q;
+ if(r_prob()<prob_err[q]){
+ char achar=seq_read[i];
+ while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+ seq_read[i]=achar;
+ substitution[i]=achar;
+ num++;
+ }
+ }
+ return num;
+}
+
+int SOLiDread::add_calib_error_2nd(vector<short>&qual){
+ int num=0;
+ if(qual.size()<seq_read.size()) qual.resize(seq_read.size());
+ for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+ int q=gsl_ran_poisson(gsl_p_2nd[i],cal_qual_2nd[i]);
+ qual[i]=q;
+ if(r_prob()<prob_err[q]){
+ char achar=seq_read[i];
+ while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+ seq_read[i]=achar;
+ substitution[i]=achar;
+ num++;
+ }
+ }
+ return num;
+}
+
+
+int SOLiDread::add_calib_error_1st_stat(vector<short>&err_pos){
+ int num=0;
+ for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+ if(r_prob()<cal_err_rate_1st[i]){
+ err_pos[i]=1;
+ char achar=seq_read[i];
+ while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+ seq_read[i]=achar;
+ substitution[i]=achar;
+ num++;
+ }
+ }
+ return num;
+};
+
+int SOLiDread::add_calib_error_2nd_stat(vector<short>&err_pos){
+ int num=0;
+ for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+ if(r_prob()<cal_err_rate_2nd[i]){
+ err_pos[i]=1;
+ char achar=seq_read[i];
+ while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+ seq_read[i]=achar;
+ substitution[i]=achar;
+ num++;
+ }
+ }
+ return num;
+};
+
+
+//based on empirical dist of quali scores
+int SOLiDread::add_error(vector<short>&qual){
+ if(qual.size()!=seq_read.size()){
+ cerr<<"error call in adding substitution\n";
+ //cerr<<qual.size()<<"\t"<<seq_read.size()<<endl;
+ return 0;
+ }
+ int num=0;
+ for(size_t i=0; i<qual.size(); i++){
+ if(r_prob()<prob_err[qual[i]]){
+ char achar=seq_read[i];
+ while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+ seq_read[i]=achar;
+ substitution[i]=achar;
+ num++;
+ }
+ }
+ return num;
+};
+
+//based on empirical dist of quali scores
+int SOLiDread::add_error_stat(vector<short>&qual, vector<long>&err_pos){
+ if(qual.size()!=seq_read.size()){
+ cerr<<"error call in adding substitution\n";
+ //cerr<<qual.size()<<"\t"<<seq_read.size()<<endl;
+ return 0;
+ }
+ int num=0;
+ for(size_t i=0; i<qual.size(); i++){
+ if(r_prob()<prob_err[qual[i]]){
+ err_pos[i]+=1;
+ char achar=seq_read[i];
+ while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+ seq_read[i]=achar;
+ substitution[i]=achar;
+ num++;
+ }
+ }
+ return num;
+}
+
+//base on bionomial error substitution rate
+int SOLiDread::add_error(int read_len){
+ int sub_num=0;
+ for(int i=(int)sub_rate.size()-1; i>=0; i--){
+ if(sub_rate[i]>=r_prob()){
+ sub_num=i+1;
+ for(int j=i; j>=0;){
+ int pos=(int) floor(read_len*r_prob());
+ if(substitution.count(pos)==0){
+ char achar=seq_read[pos];
+ while(seq_read[pos]==achar){ achar=rand_base(); }
+ substitution[pos]=achar;
+ seq_read[pos]=achar;
+ j--;
+ }
+ }
+ break;
+ }
+ }
+ return sub_num;
+}
+
+
+string SOLiDread::reverse_comp(){
+ string seq=seq_ref;
+ reverse(seq.begin(), seq.end());
+ for(int i=0; i<seq.length(); i++){
+ if (seq[i] == 'a') seq[i] = 't';
+ else if(seq[i] == 't') seq[i] = 'a';
+ else if(seq[i] == 'c') seq[i] = 'g';
+ else if(seq[i] == 'g') seq[i] = 'c';
+ else seq[i] = 'n';
+ }
+ return seq;
+}
+
diff --git a/art_SOLiD_src/read_SOLiD.h b/art_SOLiD_src/read_SOLiD.h
new file mode 100644
index 0000000..f05ba19
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/read_SOLiD.h
@@ -0,0 +1,124 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_SOLiD -- Artificial Read Transcription
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#pragma once
+
+#include <cmath>
+#include <ctime>
+#include <string>
+#include <iostream>
+#include <fstream>
+#include <sstream>
+#include <vector>
+#include <iterator>
+#include <map>
+#include <cstdio>
+#include <set>
+#include <gsl/gsl_rng.h>
+#include <gsl/gsl_randist.h>
+//#include <gsl/gsl_sys.h>
+//#include <gsl/gsl_machine.h>
+//#include <gsl/gsl_precision.h>
+//#include <gsl/gsl_nan.h>
+//#include <gsl/gsl_pow_int.h>
+#include <gsl/gsl_cdf.h>
+
+//#include "empdist.h"
+#include "utility.hpp"
+
+using namespace std;
+#define max_qual_value 80
+
+class SOLiDread{
+public:
+ static char rand_base();
+ static double prob_err[max_qual_value];
+ static void set_err_prob(){
+ for(int i=0; i<max_qual_value; i++){
+ prob_err[i]=pow(10,-i/(double)10);
+ }
+ };
+
+ vector <double> cal_qual_1st;
+ vector <double> cal_qual_2nd;
+ vector<gsl_rng*> gsl_p_1st;
+ vector<gsl_rng*> gsl_p_2nd;
+
+ vector <double> cal_err_rate_1st;
+ vector <double> cal_err_rate_2nd;
+ vector <double> ins_rate; //Bionomial cum_prob gsl_cdf_binomial_Q(unsigned int k, double p, unsigned int n)
+ vector <double> del_rate; //Binomial
+ vector<double> sub_rate; //Binomial
+
+ //static bool with_indel;
+ int get_indel(int read_len);
+ map<int,char,less<int> > indel;
+ map<int,char> substitution;
+ bool is_plus_strand;
+ unsigned long bpos; //parent
+ string seq_read;
+ string seq_ref;
+
+ map<char, map<char, char> > cs2seq;
+ map<char, map<char, char> > seq2cs;
+ vector< map <char, base_quality> > error_profile;
+
+
+// SOLiDread();
+ SOLiDread(string profile);
+
+ bool read_error_profile(string infile_profile);
+
+ //read position and color dependent error profile for paired-end reads
+ bool read_error_profile(istream& input);
+ void ini_ran_qual();
+ void ini_ran_qual(unsigned int r_seed);
+ void set_rate(int read_len, double p, int max_num, vector <double>& rate);
+
+ //convert base-space to color space, and incorporate sequencing errors
+ void convert_seq2cs(string& c_space, vector<short>& qual, map<int,char>& error_pos, bool is_F3=true);
+
+ //convert base-space to color space
+ void convert_seq2cs(string& b_space, string& c_space);
+
+ //convert color space to base space
+// void convert_cs2seq(string& c_space, string& b_space);
+ void convert_cs2seq(string& c_space, string& b_space, char base1st);
+
+ //string aln_read;
+ //string aln_ref;
+ bool get_aln(string& aln_read, string& aln_ref);
+
+ void ref2read();
+
+ //based on based on calibrated position-depended error rates
+ int add_calib_error_1st();
+
+ int add_calib_error_2nd();
+
+ //based on calibrated position-depended error rates
+ int add_calib_error_1st(vector<short>&qual);
+ int add_calib_error_2nd(vector<short>&qual);
+
+ int add_calib_error_1st_stat(vector<short>&err_pos);
+ int add_calib_error_2nd_stat(vector<short>&err_pos);
+
+ //based on empirical dist of quali scores
+ int add_error(vector<short>&qual);
+
+ //based on empirical dist of quali scores
+ int add_error_stat(vector<short>&qual, vector<long>&err_pos);
+
+ //base on bionomial error substitution rate
+ int add_error(int read_len);
+ void clear(){
+ indel.clear();
+ substitution.clear();
+ seq_read.clear();
+ seq_ref.clear();
+ };
+
+ string reverse_comp();
+
+};
diff --git a/art_SOLiD_src/samRead.cpp b/art_SOLiD_src/samRead.cpp
new file mode 100644
index 0000000..501094c
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/samRead.cpp
@@ -0,0 +1,138 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription
+Copyright(c) 2015 Weichun Huang All Rights Reserved.
+_____________________________________________________________________________________________________________
+*/
+
+#include <sstream>
+#include "samRead.h"
+
+
+void samHeader::getRefseqID(char* seqfile){
+ SN.clear();
+ LN.clear();
+ readSeqFile seq_reader(seqfile);
+ string id, seq;
+ while(seq_reader.next_seq(id,seq)){
+ SN.push_back(id);
+ LN.push_back(seq.size());
+ seq.clear();
+ }
+// seq_reader.~readSeqFile();
+}
+
+void samHeader::printHeader(ostream& fout){
+ if(SN.size()!=LN.size()){
+ cerr<<"fatal error in determining the number of sequences"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ fout<<"@HD\t"<<"VN:"<<VN<<"\tSO:"<<SO<<endl;
+ for(size_t i=0; i<SN.size(); i++){
+ fout<<"@SQ\t"<<"SN:"<<SN[i]<<"\tLN:"<<LN[i]<<endl;
+ }
+ fout<<"@PG\t"<<"ID:"<<ID<<"\tPN:"<<PN<<"\tCL:"<<CL<<endl;
+}
+
+void samHeader::printAlnHeader(ostream& fout){
+ if(SN.size()!=LN.size()){
+ cerr<<"fatal error in determining the number of sequences"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ fout<<"@CM\t"<<CL<<endl;
+ for(size_t i=0; i<SN.size(); i++){
+ fout<<"@SQ\t"<<SN[i]<<"\t"<<LN[i]<<endl;
+ }
+ fout<<"##Header End"<<endl;
+}
+
+//make sure flag set before call getCigar
+void samRead::getCigar(string & aln_ref, string& aln_read, bool use_M){
+ if(aln_ref.length()!=aln_read.length()){
+ cerr<<"fatal error: wrong alignment"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+// vector<char> cType;
+// vector<int> len;
+ cigar="";
+
+ char t, t2;
+ int k=0;
+ if(flag & 0x10){ //reverse complement SEQ
+ int ins_len=0, del_len=0;
+ for(int i=aln_ref.length()-1; i>=0; i--){
+ if(aln_ref[i]==aln_read[i]){
+ t='=';
+ if (use_M) t='M';
+ }
+ else if(aln_ref[i]=='-'){
+ t='I';
+ ins_len++;
+ }
+ else if(aln_read[i]=='-'){
+ t='D';
+ del_len++;
+ }
+ else{
+ t='X';
+ if (use_M) t='M';
+ }
+ if(t!=t2 && k>0){
+ // cType.push_back(t2);
+ // len.push_back(k);
+ ostringstream oss;
+ oss<<k<<t2;
+ cigar.append(oss.str());
+ k=0;
+ }
+ k++; t2=t;
+ }
+ pos-=del_len-ins_len; //adjust start position
+ }
+ else{
+ for(int i=0; i<aln_ref.length(); i++){
+ if(aln_ref[i]==aln_read[i]){
+ t='=';
+ if (use_M) t='M';
+ }
+ else if(aln_ref[i]=='-'){
+ t='I';
+ }
+ else if(aln_read[i]=='-'){
+ t='D';
+ }
+ else{
+ t='X';
+ if (use_M) t='M';
+ }
+ if(t!=t2 && k>0){
+ // cType.push_back(t2);
+ // len.push_back(k);
+ ostringstream oss;
+ oss<<k<<t2;
+ cigar.append(oss.str());
+ k=0;
+ }
+ k++; t2=t;
+ }
+ }
+ ostringstream oss;
+ oss<<k<<t2;
+ cigar.append(oss.str());
+}
+
+void samRead::reverse_comp(){
+ reverse(seq.begin(), seq.end());
+ reverse(qual.begin(), qual.end());
+ for(int i=0; i<seq.length(); i++){
+ if (seq[i] == 'a') seq[i] = 't';
+ else if(seq[i] == 't') seq[i] = 'a';
+ else if(seq[i] == 'c') seq[i] = 'g';
+ else if(seq[i] == 'g') seq[i] = 'c';
+ else seq[i] = 'n';
+ }
+}
+
+void samRead::printRead(ostream& fout){
+ fout<<qname<<"\t"<<flag<<"\t"<<rname<<"\t"<<pos<<"\t"<<mapQ<<"\t"<<cigar<<"\t"<<rNext<<"\t"<<pNext<<"\t"<<tLen<<"\t"<<seq<<"\t"<<qual<<endl;
+}
diff --git a/art_SOLiD_src/samRead.h b/art_SOLiD_src/samRead.h
new file mode 100644
index 0000000..86bd8fb
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/samRead.h
@@ -0,0 +1,73 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription
+Copyright(c) 2015 Weichun Huang All Rights Reserved.
+_____________________________________________________________________________________________________________
+*/
+#pragma once
+
+#include <cmath>
+#include <string>
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <iterator>
+#include <map>
+#include <cstdio>
+#include <set>
+#include <algorithm>
+#include "readSeqFile.h"
+
+using namespace std;
+
+
+
+class samHeader{
+ public:
+ samHeader(){
+ VN="1.4";
+ SO="unsorted";
+ }
+
+ //@HD
+ string VN; //=1.4
+ string SO; //=unsorted
+
+ //@SQ
+ vector<string> SN;
+ vector<long> LN;
+
+ //@PG
+ string ID;
+ string PN;
+ string CL;
+
+ void getRefseqID(char* seqfile);
+ void printHeader(ostream& fout);
+ void printAlnHeader(ostream& fout);
+};
+
+class samRead{
+
+ public:
+ samRead(){
+ flag=0;
+ mapQ=99;
+ rNext="*";
+ pNext=0;
+ tLen=0;
+ };
+ string qname;
+ int flag;
+ string rname;
+ long pos;
+ short mapQ;
+ string cigar;
+ string rNext;
+ long pNext;
+ int tLen;
+ string seq;
+ string qual;
+ void reverse_comp();
+ void getCigar(string & aln_ref, string& aln_read, bool use_M=false);
+ void printRead(ostream& fout);
+};
diff --git a/art_SOLiD_src/utility.hpp b/art_SOLiD_src/utility.hpp
new file mode 100644
index 0000000..5c7da4f
--- /dev/null
+++ b/art_SOLiD_src/utility.hpp
@@ -0,0 +1,22 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_SOLiD -- Assembly Read Transcriber
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#include <cmath>
+#include <ctime>
+using namespace std;
+
+#define abSOLiD_PROFILE "1 A C 0.001491472 0.003540099\n1 A G 0.0005228 0.001881661\n1 A T 0.003993545 0.001631635\n1 C A 0.00084175 0.001688864\n1 C G 0.00017073 0.001217646\n1 C T 0.001824878 0.001543672\n1 G A 0.011333555 0.018190343\n1 G C 0.014223573 0.00469467\n1 G T 0.041205956 0.004096364\n1 T A 0.000668773 0.001219377\n1 T C 0.000637655 0.00193854\n1 T G 0.000275589 0.000919703\n2 0 1 0.001041867 0.002030822\n2 0 2 0.013801504 0.007512114\n2 0 3 0.001716858 0.001620399\n2 1 0 0. [...]
+#define pseudo_PROFILE "1 A C 0.001491472 0.003540099\n1 A G 0.0005228 0.001881661\n1 A T 0.003993545 0.001631635\n1 C A 0.00084175 0.001688864\n1 C G 0.00017073 0.001217646\n1 C T 0.001824878 0.001543672\n1 G A 0.011333555 0.018190343\n1 G C 0.014223573 0.00469467\n1 G T 0.041205956 0.004096364\n1 T A 0.000668773 0.001219377\n1 T C 0.000637655 0.00193854\n1 T G 0.000275589 0.000919703\n2 0 1 0.00104186 0.00203082\n2 0 2 0.01380150 0.00751211\n2 0 3 0.00171685 0.00162039\n2 1 0 0.0010255 [...]
+
+inline double r_prob(){
+ return rand()/(double)RAND_MAX;
+};
+
+struct base_quality{
+ double qual[2]; //quality score =-10log10(error_prob[2]) =-10log10(prob)
+ char error_color[3]; //error color
+ double error_prob[2][3]; //cumulative error probability
+};
+
+
diff --git a/art_illumina_README b/art_illumina_README
new file mode 100644
index 0000000..22dd725
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_README
@@ -0,0 +1,325 @@
+ART_ILLUMINA README (updated on 03/09/2015) Weichun Huang at whduke at gmail.com
+ART_Illumina (2008-2015), Q Version 2.3.6 (Mar 9, 2015)
+
+DESCRIPTION
+
+ ART (art_Illumina Q version) is a simulation program to generate sequence read data of Illumina
+ sequencers. ART generates reads according to the empirical read quality profile summarized from
+ large real read data. ART has been using for testing or benchmarking a variety of methods or tools
+ for next-generation sequencing data analysis, including read alignment, de novo assembly, detection
+ of SNP, CNV, or other structure variation.
+
+ art_Illumina can generate single-end, paired-end, mate-pair reads, and amplicon sequencing simulation
+ of Illumina sequencing platform. Its outputs include FASTQ read, ALN and/or SAM alignment files. ALN
+ files can also be converted to UCSC BED files by using aln2bed.pl program included.
+
+ art_Illumina comes with the tool art_profiler_illumina that can generate quality profiles from Illumina
+ sequencing data in the fastq format. The tool is in the folder ART_profiler_illumina. Please see README
+ in the folder for the details and usage.
+
+COMPILATION AND INSTALLATION
+
+ PREREQUISITES:
+
+ 1) GNU g++ 4.0 or above (http://gcc.gnu.org/install)
+ 2) GNU gsl library (http://www.gnu.org/s/gsl/)
+
+ COMPILATION & INSTALLATION
+ 1) add gsl library installation directory to compiler's search path
+
+ If your GSL library is not installed in system standard search path, your GSL installation
+ directory need to be added to gcc/g++ complier FLAGS. You can find your gsl installation path by
+ running the command "gsl-config —prefix” in your terminal window. gsl is typically installed under
+ path /usr/local or /opt/local in MacOS X. You can add your gsl installation path to g++ searching
+ path by running the following command:
+
+ export CFLAGS="$CFLAGS -I/opt/local/include" CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I/opt/local/include" LDFLAGS="$LDFLAGS -L/opt/local/lib"
+ export CFLAGS="$CFLAGS -I/usr/local/include" CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I/usr/local/include" LDFLAGS="$LDFLAGS -L/usr/local/lib"
+
+ 2) compile and install
+
+ ./configure --prefix=$HOME
+ make
+ make install
+
+EXAMPLES
+
+ In the "examples" subdirectory, the shell script "run_test_examples_illumina.sh" gives four examples of using
+ ART for read simulation. To test these four examples, just run the script "run_test_examples_illumina.sh"
+
+USAGE
+ RECOMMENDED USAGES (specifying a sequencing system, a new feature)
+ art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -f <fold_coverage> -ss <sequencing_system> -o <outfile_prefix>
+ art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -f <fold_coverage> -ss <sequencing_system> -m <mean_fragsize> -s <std_fragsize> -o <outfile_prefix>
+
+ OTHER USAGES
+ art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -f <fold_coverage> -o <outfile_prefix>
+ art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -c <total_num_reads> -o <outfile_prefix>
+ art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -f <fold_coverage> -m <mean_fragsize> -s <std_fragsize> -o <outfile_prefix>
+ art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -c <total_num_reads> -m <mean_fragsize> -s <std_fragsize> -o <outfile_prefix>
+
+ ===== PARAMETERS =====
+
+ -1 --qprof1 the first-read quality profile
+ -2 --qprof2 the second-read quality profile
+ -amp --amplicon amplicon sequencing simulation
+ -c --rcount total number of reads/read pairs to be generated [per amplicon if for amplicon simulation](not be used together with -f/--fcov)
+ -d --id the prefix identification tag for read ID
+ -ef --errfree indicate to generate the zero sequencing errors SAM file as well the regular one
+ NOTE: the reads in the zero-error SAM file have the same alignment positions
+ as those in the regular SAM file, but have no sequencing errors
+ -f --fcov the fold of read coverage to be simulated or number of reads/read pairs generated for each amplicon
+ -h --help print out usage information
+ -i --in the filename of input DNA/RNA reference
+ -ir --insRate the first-read insertion rate (default: 0.00009)
+ -ir2 --insRate2 the second-read insertion rate (default: 0.00015)
+ -dr --delRate the first-read deletion rate (default: 0.00011)
+ -dr2 --delRate2 the second-read deletion rate (default: 0.00023)
+ -l --len the length of reads to be simulated
+ -m --mflen the mean size of DNA/RNA fragments for paired-end simulations
+ -mp --matepair indicate a mate-pair read simulation
+ -nf --maskN the cutoff frequency of 'N' in a window size of the read length for masking genomic regions
+ NOTE: default: '-nf 1' to mask all regions with 'N'. Use '-nf 0' to turn off masking
+ -na --noALN do not output ALN alignment file
+ -o --out the prefix of output filename
+ -p --paired indicate a paired-end read simulation or to generate reads from both ends of amplicons
+ NOTE: art will automatically switch to a mate-pair simulation if the given mean fragment size >= 2000
+
+ -q --quiet turn off end of run summary
+ -qs --qShift the amount to shift every first-read quality score by
+ -qs2 --qShift2 the amount to shift every second-read quality score by
+ NOTE: For -qs/-qs2 option, a positive number will shift up quality scores (the max is 93)
+ that reduce substitution sequencing errors and a negative number will shift down
+ quality scores that increase sequencing errors. If shifting scores by x, the error
+ rate will be 1/(10^(x/10)) of the default profile.
+ -rs --rndSeed the seed for random number generator (default: system time in second)
+ NOTE: using a fixed seed to generate two identical datasets from different runs
+ -s --sdev the standard deviation of DNA/RNA fragment size for paired-end simulations.
+ -sam --samout indicate to generate SAM alignment file
+ -sp --sepProf indicate to use separate quality profiles for different bases (ATGC)
+ -ss --seqSys The name of Illumina sequencing system of the built-in profile used for simulation
+ NOTE: sequencing system id names are:
+ GA1 - Genome Analyzer I
+ GA2 - Genome Analyzer II
+ HS10 - HiSeq 1000
+ HS20 - HiSeq 2000
+ HS25 - HiSeq 2500
+ MS - MiSeq
+
+ ===== NOTES =====
+
+ * ART by default selects a built-in quality score profile according to the read length specified for the run.
+
+ * For single-end simulation, ART requires input sequence file, outputfile prefix, read length, and read count/fold coverage.
+
+ * For paired-end simulation (except for amplicon sequencing), ART also requires the parameter values of
+ the mean and standard deviation of DNA/RNA fragment lengths
+
+ ===== EXAMPLES =====
+
+ 1) single-end read simulation
+ art_illumina -sam -i reference.fa -l 150 -ss HS25 -f 10 -o single_dat
+
+ 2) paired-end read simulation
+ art_illumina -sam -i reference.fa -p -l 150 -ss HS25 -f 20 -m 200 -s 10 -o paired_dat
+
+ 3) mate-pair read simulation
+ art_illumina -sam -i reference.fa -mp -l 50 -f 20 -m 2500 -s 50 -o matepair_dat
+
+ 4) amplicon sequencing simulation with 5' end single-end reads
+ art_illumina -amp -sam -na -i amp_reference.fa -l 50 -f 10 -o amplicon_5end_dat
+
+ 5) amplicon sequencing simulation with paired-end reads
+ art_illumina -amp -p -sam -na -i amp_reference.fa -l 50 -f 10 -o amplicon_pair_dat
+
+ 6) amplicon sequencing simulation with matepair reads
+ art_illumina -amp -mp -sam -na -i amp_reference.fa -l 50 -f 10 -o amplicon_mate_dat
+
+ 7) generate an extra SAM file with zero-sequencing errors for a paired-end read simulation
+ art_illumina -ef -i reference.fa -p -l 50 -f 20 -m 200 -s 10 -o paired_twosam_dat
+
+ 8) reduce the substitution error rate to one 10th of the default profile
+ art_illumina -i reference.fa -qs 10 -qs2 10 -l 50 -f 10 -p -m 500 -s 10 -sam -o reduce_error
+
+ 9) turn off the masking of genomic regions with unknown nucleotides 'N'
+ art_illumina -nf 0 -sam -i reference.fa -p -l 50 -f 20 -m 200 -s 10 -o paired_nomask
+
+ 10) masking genomic regions with >=5 'N's within the read length 50
+ art_illumina -nf 5 -sam -i reference.fa -p -l 50 -f 20 -m 200 -s 10 -o paired_maskN5
+
+READ QUALITY PROFILE
+
+ TOOL FOR CREATING A NEW QUALITY PROFILE
+
+ art_profiler_illumina in the folder ART_profiler_illumina can generate quality profiles from Illumina
+ fastq data. Please see README in the folder for the usage.
+
+ FORMAT
+ A valid quality score profile is tab-delimited and has no specific header line. Headers can be included
+ if each line of extraneous information begins with a number sign(#). Each line of actual quality profile
+ information must begin with an identifier that indicates where the data comes from for the remainder of
+ the line. Identifiers include:
+
+ . The identifier for the combination of all base information.
+
+ A The identifier for quality scores associated with A calls only.
+
+ T The identifier for quality scores associated with T calls only.
+
+ G The identifier for quality scores associated with G calls only.
+
+ C The identifier for quality scores associated with C calls only.
+
+
+ Following the identifier on a given line must be the position number indicating where the rest of the
+ information on that line applies within a given fragment. The data must be arrayed in pairs such that each
+ line in the pair has the same identifier and position number. The first line in a pair is a list of quality
+ scores in ascending order and the second line are the corresponding cumulative frequencies of the quality scores.
+
+
+ EXAMPLE:
+
+
+ . 0 3 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
+ . 0 39375 355755 395136 415685 1227131 1338634 1522001 1851208 2165909 2436839 2608538
+ ...
+ . 35 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14
+ . 35 434262 1341151 1725690 2979293 3478620 3592624 3672807 3873754 4096922 4983957 6111261
+ A 0 3 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
+ A 0 560 99637 111485 119727 389899 412150 458066 572958 665153 745916 793532
+
+ BUILT-IN PROFILES
+
+ Under subfolder "Illumina_Profiles" are the read profiles of Illumina GAII sequencers including all
+ ART's built-in profiles as indicated below.
+
+ 1) Raw quality profiles
+ GA1 36bp reads
+ Emp36R1.txt
+ Emp36R2.txt
+
+ GA1 44bp reads
+ Emp44R1.txt
+ Emp44R2.txt
+
+ GA2 50bp reads
+ Emp50R1.txt
+ Emp50R2.txt
+
+ GA2 75bp reads
+ Emp75R1.txt
+ Emp75R2.txt
+
+ MiSeq 250bp reads (250bp reads)
+ EmpMiSeq250R1.txt
+ EmpMiSeq250R2.txt
+
+ HiSeq1000 100bp reads
+ Emp100R1.txt
+ Emp100R2.txt
+
+ HiSeq2000 100bp reads (the new default profile for 100bp reads)
+ HiSeq2kL100R1.txt
+ HiSeq2kL100R2.txt
+
+ HiSeq2500 125bp reads
+ HiSeq2500L125R1.txt
+ HiSeq2500L125R2.txt
+
+ HiSeq2500 150bp reads
+ HiSeq2500L150R1.txt
+ HiSeq2500L150R2.txt
+
+ 2) Recalibrated quality profiles (all these are ART's built-in profiles)
+
+ 36bp reads
+ 1st: EmpR36R1
+ 2nd: EmpR36R2
+
+ 44bp reads
+ 1st: EmpR44R1
+ 2nd: EmpR44R2
+
+ 50bp reads
+ 1st: EmpR50R1
+ 2nd: EmpR50R2
+
+ 75 reads
+ 1st: EmpR75R1
+ 2nd: EmpR75R2
+
+OUTPUT FILES
+
+ *.fq - FASTQ read data files. For paired‐read simulation, *1.fq contains data of the first reads, and *2.fq for the second reads.
+ *.aln - read alignment files. For paired‐read simulation, *1.aln has read alignments for the first reads and *2.aln for the second reads.
+
+ FASTQ FILE format
+ A FASTQ file contains both sequence bases and quality scores of sequencing reads and is in the following format:
+ @read_id
+ sequence_read
+ +
+ base_quality_scores
+
+ A base quality score is coded by the ASCII code of a single character, where the quality score is equal to ASCII code of the
+ character minus 33.
+
+ Example:
+ @refid-4028550-1
+ caacgccactcagcaatgatcggtttattcacgat...
+ +
+ ????????????7?????<??>??=&?<<?-<?0?...
+
+ ALN format
+ An ALN file has a Header and main Body parts. The header part includes the command used to generate this file and reference
+ sequence id and length. The header @CM tag for command line, and @SQ for reference sequence. A header always starts with
+ "##ART" and ends with "##Header End".
+
+ HEADER EXAMPLE
+
+ ##ART_Illumina read_length 35
+ @CM ../art_illumina -i ./testSeq.fa -o ./single_end_com -l 35 -f 10 -sam -rs 177
+ @SQ seq1 7207
+ @SQ seq2 3056
+ ##Header End
+
+ The body part contains all alignments in the following format
+
+ >ref_seq_id read_id aln_start_pos ref_seq_strand
+ ref_seq_aligned
+ read_seq_aligned
+
+ aln_start_pos is the alignment start position of reference sequence. aln_start_pos is always relative to the strand of reference
+ sequence. That is, aln_start_pos 10 in the plus (+) strand is different from aln_start_pos 10 in the minus (‐) stand.
+
+ ref_seq_aligned is the aligned region of reference sequence, which can be from plus strand or minus strand of the reference sequence.
+ read_seq_aligned is the aligned sequence read, which always in the same orientation of the same read in the corresponding fastq file.
+
+
+ SAM format
+
+ SAM is a standard format for next-gen sequencing read alignments. The details of the format and examples are available at the links below:
+ 1) http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf
+ 2) http://genome.sph.umich.edu/wiki/SAM
+
+ BED format
+
+ See the format at UCSC http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1
+
+ NOTE: both ALN and BED format files use 0-based coordinate system while SAM format uses 1-based coordinate system.
+
+ACKNOWLEDGEMENTS
+ I would like to thanks all ART users for their feedback and contributions, especially the users listed below.
+ Richard Nielson, DNASTAR
+ Bruno Nevado, CRAG in UAB
+
+
+
+=======================================ART======================================
+ ART_Illumina (2008-2015)
+ Q Version 2.3.6 (Mar 5, 2015)
+ Contact: Weichun Huang at whduke at gmail.com
+================================================================================
+
+===== USAGE =====
+
+
diff --git a/art_illumina_src/art.h b/art_illumina_src/art.h
new file mode 100644
index 0000000..3b2a006
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/art.h
@@ -0,0 +1,226 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART -- Assembly Read Tagger (Artificial Read Truncator)
+//Copyright(c) 2008-2014 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+//<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
+#pragma once
+#include <gsl/gsl_rng.h>
+#include <gsl/gsl_randist.h>
+#include <gsl/gsl_sys.h>
+#include <gsl/gsl_machine.h>
+#include <gsl/gsl_precision.h>
+#include <gsl/gsl_nan.h>
+#include <gsl/gsl_pow_int.h>
+
+#include <cmath>
+#include <string>
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <iterator>
+#include <map>
+#include <cstdio>
+#include <set>
+
+
+#include "seqRead.h"
+
+
+using namespace std;
+
+class art{
+public:
+ //art();
+ string ref_seq;
+ string ref_seq_cmp;
+ int read_len;
+ long valid_region;
+ void ini_set(int readLen){
+ read_len=readLen;
+ valid_region=ref_seq.size()-readLen;
+ ref_seq_cmp.resize(ref_seq.size());
+ size_t size=ref_seq.size();
+ for(size_t i=0; i<size; i++){
+// ref_seq[i]=tolower(ref_seq[i]);
+ ref_seq[i]=toupper(ref_seq[i]);
+ size_t k=size-i-1;
+ switch(ref_seq[i]){
+ case 'A':
+ ref_seq_cmp[k]='T'; break;
+ case 'C':
+ ref_seq_cmp[k]='G'; break;
+ case 'G':
+ ref_seq_cmp[k]='C'; break;
+ case 'T':
+ ref_seq_cmp[k]='A'; break;
+ default:
+ ref_seq_cmp[k]='N';
+ }
+ }
+ }
+ bool next_read_indel(seqRead& a_read);
+ bool next_pair_read_indel(seqRead& read_1, seqRead& read_2);
+ bool next_pair_read_indel_cmp(seqRead& read_1, seqRead& read_2);
+ bool next_pair_read_indel_mate(seqRead& read_1, seqRead& read_2);
+ bool next_read(seqRead& a_read);
+
+ bool next_ampread_indel(seqRead& a_read);
+ bool next_pair_ampread_indel_cmp(seqRead& read_1, seqRead& read_2);
+ bool next_matepair_ampread_indel_cmp(seqRead& read_1, seqRead& read_2);
+
+ set <size_t> masked_pos;
+ //region with n
+ void mask_n_region(int max_num_n){
+ masked_pos.clear(); //reset mask position
+ if(ref_seq.size()<read_len) return;
+ int num_n=0;
+ for(int i=0; i<read_len-1; i++){
+ if(ref_seq[i]=='N') num_n++;
+ }
+ for(size_t i=0; i<=ref_seq.size()-read_len; i++){
+ if(ref_seq[i+read_len-1]=='N') num_n++;
+ if(num_n>=max_num_n){ masked_pos.insert(i);
+ }
+ if(ref_seq[i]=='N') num_n--;
+ }
+ }
+
+ static gsl_rng* gsl_R;
+ static int gaussain_mean;
+ static double gaussain_sigma;
+
+ static void ini_read_pair_rand(int mean, double sigma){
+ gsl_rng_default_seed=(unsigned int)time(NULL);
+ const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+ gsl_R=gsl_rng_alloc(rndT);
+ gaussain_mean=mean;
+ gaussain_sigma=sigma;
+ };
+
+ static void ini_read_pair_rand(int mean, double sigma, unsigned int gseed){
+ gsl_rng_default_seed=gseed;
+ const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+ gsl_R=gsl_rng_alloc(rndT);
+ gaussain_mean=mean;
+ gaussain_sigma=sigma;
+ };
+
+
+
+ static gsl_rng* gsl_g;
+ static gsl_rng* gsl_p;
+ static void ini_bias_model(){
+ gsl_rng_default_seed=(unsigned int)time(NULL);
+ const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+ gsl_g=gsl_rng_alloc(rndT);
+ const gsl_rng_type *rndT2=gsl_rng_default;
+ gsl_p=gsl_rng_alloc(rndT2);
+ };
+
+ double ave_depth;
+ double para_x1;
+
+ int get_depth_cov(){
+ double depth_rate=ave_depth+para_x1*ave_depth*gsl_ran_gaussian(gsl_g,1);
+ if(depth_rate<0){ depth_rate=0; return 0; }
+ return gsl_ran_poisson (gsl_p, depth_rate);
+ };
+
+ static void free_gsl(){
+ gsl_rng_free(gsl_R);
+ gsl_rng_free(gsl_g);
+ gsl_rng_free(gsl_p);
+ };
+
+
+ bool next_read_indel_bias(seqRead& a_read){
+ long pos=a_read.bpos;//(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]
+ int slen=a_read.get_indel(read_len);
+ a_read.is_plus_strand=true;
+ if(pos+read_len>ref_seq.length()){
+ a_read.is_plus_strand=false;
+ pos=ref_seq.length()-pos-1;
+ }
+ else if(r_prob()>0.5){
+ a_read.is_plus_strand=false;
+ pos=ref_seq.length()-pos-read_len;
+ }
+
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len-slen);
+ }
+ else{
+ a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len-slen);
+ }
+ a_read.bpos=pos;
+ a_read.ref2read();
+ return true;
+ };
+
+
+ bool next_pair_read_indel_bias(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+ int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+ fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ }
+ long pos_1=read_1.bpos; //(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+ long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+ bool is_plus_strand=true;
+ int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+ int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);
+
+ if(pos_1+fragment_len>ref_seq.length()){
+ pos_2=pos_1-fragment_len+read_len;
+ pos_1=ref_seq.length()-pos_1-1;
+ pos_2=ref_seq.length()-pos_2-1;
+ is_plus_strand=false;
+ }
+ else if(r_prob()>0.5){
+ is_plus_strand=false;
+ pos_1=ref_seq.length()-pos_1-read_len;
+ pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+ long tm_pos=pos_1;
+ pos_1=pos_2;
+ pos_2=tm_pos;
+ }
+
+ if(is_plus_strand){
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ else{
+ read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_1.ref2read();
+ read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_2.bpos=pos_2;
+ read_2.ref2read();
+ //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+ return true;
+ };
+
+};
+//
+//class ngrs{
+//private:
+// static const unsigned int LargeNumber=10000;
+// unsigned int max_branch;
+// vector < node > tree;
+// unsigned int depth;
+// unsigned int time_lambda; //the mean time of between special event in thousand year
+// unsigned int branch_lambda;
+// double real_aveRate;
+// map <int, string> subtree;
+//public:
+// ngrs(int level, unsigned int tm, double rate, unsigned int branch);
+// ngrs(int level, unsigned int tm, double rate, unsigned int mean_bch, unsigned int max_bch);
+// string getTree();
+// string getSubTree(int root);
+// size_t node_count(){ return tree.size(); };
+// //~ngrs();
+// //void print(ostream& OUT);
+// //void addLevel(int );
+//};
+
+
diff --git a/art_illumina_src/art_illumina.cpp b/art_illumina_src/art_illumina.cpp
new file mode 100644
index 0000000..644c5fc
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/art_illumina.cpp
@@ -0,0 +1,1025 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription
+ at Copyright 2008-2015, All Rights Reserved.
+Authors: Weichun Huang
+Contributors: Jason Myers (2011)
+_____________________________________________________________________________________________________________
+*/
+#include <iostream>
+#include <sstream>
+#include <string>
+#include <cstring>
+#include <time.h>
+#include <algorithm>
+#include <iomanip>
+#include <ctime>
+#include "art.h"
+#include "empdist.h"
+#include "readSeqFile.h"
+#include "samRead.h"
+
+
+using namespace std;
+double empdist::prob_err[HIGHEST_QUAL];
+gsl_rng* art::gsl_R;
+int art::gaussain_mean;
+double art::gaussain_sigma;
+
+int main(int argc, char* argv[]){
+ cout << "=======================================ART======================================"<<endl;
+ cout << " ART_Illumina (2008-2015) "<<endl;
+ cout << " Q Version 2.3.7 (Mar 19, 2015) "<<endl;
+ cout << " Contact: Weichun Huang at whduke at gmail.com "<<endl;
+ cout << "================================================================================"<<endl<<endl;
+
+ short max_qual_s=93;
+ char max_q_c = (char)(max_qual_s+33);
+ bool mask_n=true;
+ short max_num_n=1;
+ long mask_read_count=0;
+ int len_ref_id=250;
+
+ //caluate CPUT time
+ clock_t start, end;
+ double cpu_time_used;
+ start = clock();
+
+ // Boolean flags showing the state of the run
+ bool err_free_sam=false;
+ bool sam_out=false;
+ bool is_matepair=false;
+ bool arg_success = true;
+ bool is_pairend_read=false;
+ bool sep_flag = false;
+ bool mean_flag = false;
+ bool sDev_flag = false;
+ bool in_flag = false;
+ bool out_flag = false;
+ bool len_flag = false;
+ bool fold_flag = false;
+ bool cc_flag = false;
+ bool help_flag = false;
+ bool show_flag = false;
+ bool qs_flag = false;
+ bool rate_flag = false;
+ bool first_qual = false;
+ bool second_qual = false;
+ bool no_ALN = false;
+ bool fixed_seed = false;
+ unsigned int rand_seed = 0;
+ bool amplicon = false;
+ bool use_cigarM = false;
+// bool use_org_qscore = false;
+
+ // Command-line Arguments
+ string suffID="";
+ string qual_file1 = "";
+ string qual_file2 = "";
+ string seqsys="";
+ char* seq_file = (char*) "";
+ string out_file_prefix = "";
+ int read_len = 0;
+ string p_cigar="";
+ double x_fold = 0;
+ long read_count = 0;
+ string num= "";
+ int mean = 0;
+ short q_shift_up=0;//2;
+ short q_shift_up_2=0;//4;
+ double std_dev = 0.0;
+ double insRate=0.00009;
+ double delRate=0.00011;
+ double insRate2 = 0.00015;
+ double delRate2 = 0.00023;
+
+ // Get Command-line arguments
+ for(int i=1;i < argc;++i){
+ char* arg = argv[i];
+ if(!strcmp(arg, "--matepair") || !strcmp(arg, "-mp") ){
+ num="1";
+ is_pairend_read=true;
+ is_matepair=true;
+ }
+ else if(!strcmp(arg, "--samout") || !strcmp(arg, "-sam") ){
+ sam_out=true;
+ }
+ else if(!strcmp(arg, "--cigarM") || !strcmp(arg, "-M") ){
+ use_cigarM=true;
+ }
+ else if(!strcmp(arg, "--errfree") || !strcmp(arg, "-ef") ){
+ err_free_sam=true;
+ sam_out=true;
+ }
+ else if(!strcmp(arg, "--maskN") || !strcmp(arg, "-nf") ){
+ i++;
+ max_num_n = atoi(argv[i]);
+ if(max_num_n>0){ mask_n=true; }
+ else{ mask_n=false; }
+ }
+ else if(!strcmp(arg, "--amplicon") || !strcmp(arg, "-amp") ){
+ amplicon=true;
+ }
+ else if(!strcmp(arg, "--paired") || !strcmp(arg, "-p") ){
+ num="1";
+ is_pairend_read=true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--help") || !strcmp(arg, "-h")){
+ arg_success = false;
+ help_flag = true;
+ break;
+ } else if(!strcmp(arg, "--quiet") || !strcmp(arg, "-q")){
+ show_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--in") || !strcmp(arg, "-i")){
+ i++;
+ seq_file = argv[i];
+ in_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--out") || !strcmp(arg, "-o")){
+ i++;
+ out_file_prefix = argv[i];
+ out_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--len") || !strcmp(arg, "-l")){
+ i++;
+ read_len = atoi(argv[i]);
+ p_cigar.append(argv[i]).append("=");
+ len_flag = true;
+ if(read_len <= 0){
+ cerr << "Fatal Error: The read length must be a positive integer." << endl;
+ arg_success = false;
+ }
+ } else if(!strcmp(arg, "--insRate") || !strcmp(arg, "-ir")){
+ i++;
+ insRate = atof(argv[i]);
+ rate_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--delRate") || !strcmp(arg, "-dr")){
+ i++;
+ delRate = atof(argv[i]);
+ rate_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--insRate2") || !strcmp(arg, "-ir2")){
+ i++;
+ insRate2 = atof(argv[i]);
+ rate_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--delRate2") || !strcmp(arg, "-dr2")){
+ i++;
+ delRate2 = atof(argv[i]);
+ rate_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--fcov") || !strcmp(arg, "-f")){
+ i++;
+ x_fold = atof(argv[i]);
+ fold_flag = true;
+ if(x_fold < 0){
+ cerr << "Fatal Error: The fold coverage must be a positive." << endl;
+ arg_success = false;
+ }
+ } else if(!strcmp(arg, "--rcount") || !strcmp(arg, "-c")){
+ i++;
+ read_count= atoi(argv[i]);
+ cc_flag = true;
+ if(read_count< 0){
+ cerr << "Fatal Error: the read count must be a positive integer." << endl;
+ arg_success = false;
+ }
+ } else if(!strcmp(arg, "--mflen") || !strcmp(arg, "-m")){
+ i++;
+ mean = atoi(argv[i]);
+ mean_flag = true;
+ if(mean < 0){
+ cerr << "Fatal Error: The mean fragment length must be a positive." << endl;
+ arg_success = false;
+ }
+ } else if(!strcmp(arg, "--qShift") || !strcmp(arg, "-qs")){
+ i++;
+ q_shift_up = atoi(argv[i]);
+ qs_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--qShift2") || !strcmp(arg, "-qs2")){
+ i++;
+ q_shift_up_2 = atoi(argv[i]);
+ qs_flag = true;
+// } else if(!strcmp(arg, "--qOrig") || !strcmp(arg, "-qo")){
+// use_org_qscore = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--sdev") || !strcmp(arg, "-s")){
+ i++;
+ std_dev = atof(argv[i]);
+ sDev_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--seqSys") || !strcmp(arg, "-ss")){
+ i++;
+ seqsys = argv[i];
+ } else if(!strcmp(arg, "--qprof1") || !strcmp(arg, "-1")){
+ i++;
+ qual_file1 = argv[i];
+ first_qual = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--qprof2") || !strcmp(arg, "-2")){
+ i++;
+ qual_file2 = argv[i];
+ second_qual = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--sepProf") || !strcmp(arg, "-sp")){
+// i++;
+ sep_flag = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--id") || !strcmp(arg, "-d")){
+ i++;
+ suffID = argv[i];
+ } else if(!strcmp(arg, "--noALN") || !strcmp(arg, "-na")){
+ no_ALN = true;
+ } else if(!strcmp(arg, "--rndSeed") || !strcmp(arg, "-rs")){
+ i++;
+ rand_seed = abs(atoi(argv[i]));
+ fixed_seed=true;
+ } else {
+ arg_success = false;
+ cerr << "Fatal Error: " << arg << ", is not a valid parameter." << endl;
+ break;
+ }
+
+ }
+
+ if(no_ALN && !sam_out){
+ cerr << "Warning: your simulation will not output any ALN or SAM file with your parameter settings!" << endl;
+ }
+
+ // Make sure the minimum requirements to run were met if the help tag was not given
+ if(help_flag){
+ arg_success = false;
+ }
+ else if (fold_flag && cc_flag){
+ cerr << "Error: please use only one of the two parameters: read count (-c) or fold coverage (-f)." << endl << endl;
+ exit(1);
+ }
+ else if(!in_flag || !out_flag || !len_flag || !(fold_flag || cc_flag)){
+ arg_success = false;
+// cerr << "Fatal Error: An input-file, output-file prefix, read length, and fold coverage must be specified." << endl << endl;
+ }
+
+ if(mean_flag && sDev_flag){
+ is_pairend_read = true;
+ if(mean>=2000){
+ is_matepair = true;
+ }
+ else if(is_matepair){
+ cerr<<"Warning: a mate-pair simulation may be not appropriate for DNA fragment size < 2000bp"<<endl;
+ }
+ num = "1";
+ }
+
+ // Make sure the minimum requirements to run were given for a paired end simulation
+ if (is_pairend_read){
+ //use the both default profiles or provide both profiles
+ if(qual_file1.empty() && !qual_file2.empty() ){
+ cerr<<"Please provide the quality profile of the first read" <<endl;
+ exit(1);
+ }
+ else if(!qual_file1.empty() && qual_file2.empty() ){
+ cerr<<"Please provide the quality profile of the second read" <<endl;
+ exit(1);
+ }
+
+ if(mean_flag && sDev_flag){
+// art::ini_read_pair_rand(abs(mean),fabs(std_dev));
+ art::ini_read_pair_rand(abs(mean),fabs(std_dev),rand_seed);
+ if(art::gaussain_mean<=read_len){
+ cerr<<"Fatal Error: The read length must be shorter than the mean fragment length specified." <<endl;
+ exit(1);
+ }
+ } else if (!amplicon){
+ cerr << "Fatal Error: A mean fragment length and a standard deviation must be specified." << endl << endl;
+ exit(1);
+ }
+ }
+
+ if(!arg_success){
+ cout << "===== USAGE ====="<<endl << endl;
+ cout << "art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -f <fold_coverage> -ss <sequencing_system> -o <outfile_prefix>"<<endl;
+ cout << "art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -f <fold_coverage> -o <outfile_prefix>"<<endl;
+ cout << "art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -c <total_num_reads> -o <outfile_prefix>"<<endl;
+ cout << "art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -f <fold_coverage> -m <mean_fragsize> -s <std_fragsize> -o <outfile_prefix>"<<endl;
+ cout << "art_illumina [options] -sam -i <seq_ref_file> -l <read_length> -c <total_num_reads> -m <mean_fragsize> -s <std_fragsize> -o <outfile_prefix>"<<endl<<endl;
+ cout << "===== PARAMETERS =====" << endl << endl;
+ cout << " -1 --qprof1 the first-read quality profile" << endl;
+ cout << " -2 --qprof2 the second-read quality profile" << endl;
+ cout << " -amp --amplicon amplicon sequencing simulation" << endl;
+ cout << " -c --rcount total number of reads/read pairs to be generated [per amplicon if for amplicon simulation](not be used together with -f/--fcov)" << endl;
+ cout << " -d --id the prefix identification tag for read ID" << endl;
+ cout << " -ef --errfree indicate to generate the zero sequencing errors SAM file as well the regular one" << endl;
+ cout << " NOTE: the reads in the zero-error SAM file have the same alignment positions"<<endl;
+ cout << " as those in the regular SAM file, but have no sequencing errors"<<endl;
+ cout << " -f --fcov the fold of read coverage to be simulated or number of reads/read pairs generated for each amplicon" << endl;
+ cout << " -h --help print out usage information"<<endl;
+ cout << " -i --in the filename of input DNA/RNA reference" << endl;
+ cout << " -ir --insRate the first-read insertion rate (default: 0.00009)"<< endl;
+ cout << " -ir2 --insRate2 the second-read insertion rate (default: 0.00015)" << endl;
+ cout << " -dr --delRate the first-read deletion rate (default: 0.00011)" << endl;
+ cout << " -dr2 --delRate2 the second-read deletion rate (default: 0.00023)" << endl;
+ cout << " -l --len the length of reads to be simulated" << endl;
+ cout << " -m --mflen the mean size of DNA/RNA fragments for paired-end simulations" << endl;
+ cout << " -mp --matepair indicate a mate-pair read simulation" << endl;
+ cout << " -nf --maskN the cutoff frequency of 'N' in a window size of the read length for masking genomic regions"<<endl;
+ cout << " NOTE: default: '-nf 1' to mask all regions with 'N'. Use '-nf 0' to turn off masking" <<endl;
+ cout << " -na --noALN do not output ALN alignment file" << endl;
+ cout << " -o --out the prefix of output filename" << endl;
+ cout << " -p --paired indicate a paired-end read simulation or to generate reads from both ends of amplicons" << endl;
+ cout << " NOTE: art will automatically switch to a mate-pair simulation if the given mean fragment size >= 2000"<<endl<<endl;
+ cout << " -q --quiet turn off end of run summary" << endl;
+ cout << " -qs --qShift the amount to shift every first-read quality score by " << endl;
+ cout << " -qs2 --qShift2 the amount to shift every second-read quality score by" << endl;
+ cout << " NOTE: For -qs/-qs2 option, a positive number will shift up quality scores (the max is 93) " <<endl;
+ cout << " that reduce substitution sequencing errors and a negative number will shift down " <<endl;
+ cout << " quality scores that increase sequencing errors. If shifting scores by x, the error"<<endl;
+ cout << " rate will be 1/(10^(x/10)) of the default profile." <<endl;
+// cout << " -qo --qOrig indicate to output the originial quality scores regardless the original scores were shifted or not" << endl;
+ cout << " -rs --rndSeed the seed for random number generator (default: system time in second)" << endl;
+ cout << " NOTE: using a fixed seed to generate two identical datasets from different runs"<<endl;
+ cout << " -s --sdev the standard deviation of DNA/RNA fragment size for paired-end simulations." << endl;
+ cout << " -sam --samout indicate to generate SAM alignment file" << endl;
+ cout << " -sp --sepProf indicate to use separate quality profiles for different bases (ATGC)" << endl;
+ cout << " -ss --seqSys The name of Illumina sequencing system of the built-in profile used for simulation" << endl;
+ cout << " NOTE: sequencing system id names are:"<<endl;
+ cout << " GA1 - Genome Analyzer I, GA2 - Genome Analyzer II"<<endl;
+ cout << " HS10 - HiSeq 1000, HS20 - HiSeq 2000, HS25 - HiSeq 2500, MS - MiSeq"<<endl;
+ cout << " -M --cigarM indicate to use CIGAR 'M' instead of '=/X' for alignment match/mismatch" << endl;
+
+ cout << "===== NOTES ====="<< endl<< endl;
+ cout << "* ART by default selects a built-in quality score profile according to the read length specified for the run." << endl << endl;
+ cout << "* For single-end simulation, ART requires input sequence file, outputfile prefix, read length, and read count/fold coverage." << endl << endl;;
+// cout << " Example: art --in reference_DNA.fa --out sim1 --len 35 --fcov 2 -sam" << endl << endl;;
+ cout << "* For paired-end simulation (except for amplicon sequencing), ART also requires the parameter values of" << endl;
+ cout << " the mean and standard deviation of DNA/RNA fragment lengths" << endl << endl;
+// cout << " Example: art --paired --in reference_DNA.fa --out sim2 --len 35 --fcov 2 --mflen 200 --sdev 3.5 -sam" << endl << endl;
+
+ cout << "===== EXAMPLES ====="<< endl <<endl;
+ cout << " 1) single-end read simulation" <<endl;
+ cout << " art_illumina -sam -i reference.fa -l 150 -ss HS25 -f 10 -o single_dat" <<endl<<endl;
+ cout << " 2) paired-end read simulation" <<endl;
+ cout << " art_illumina -sam -i reference.fa -p -l 150 -ss HS25 -f 20 -m 200 -s 10 -o paired_dat" <<endl<<endl;
+ cout << " 3) mate-pair read simulation" <<endl;
+ cout << " art_illumina -sam -i reference.fa -mp -l 50 -f 20 -m 2500 -s 50 -o matepair_dat" <<endl<<endl;
+ cout << " 4) amplicon sequencing simulation with 5' end single-end reads " <<endl;
+ cout << " art_illumina -amp -sam -na -i amp_reference.fa -l 50 -f 10 -o amplicon_5end_dat" <<endl<<endl;
+ cout << " 5) amplicon sequencing simulation with paired-end reads" <<endl;
+ cout << " art_illumina -amp -p -sam -na -i amp_reference.fa -l 50 -f 10 -o amplicon_pair_dat" <<endl<<endl;
+ cout << " 6) amplicon sequencing simulation with matepair reads" <<endl;
+ cout << " art_illumina -amp -mp -sam -na -i amp_reference.fa -l 50 -f 10 -o amplicon_mate_dat" <<endl<<endl;
+ cout << " 7) generate an extra SAM file with zero-sequencing errors for a paired-end read simulation" <<endl;
+ cout << " art_illumina -ef -i reference.fa -p -l 50 -f 20 -m 200 -s 10 -o paired_twosam_dat" <<endl<<endl;
+ cout << " 8) reduce the substitution error rate to one 10th of the default profile"<<endl;
+ cout << " art_illumina -i reference.fa -qs 10 -qs2 10 -l 50 -f 10 -p -m 500 -s 10 -sam -o reduce_error"<<endl<<endl;
+ cout << " 9) turn off the masking of genomic regions with unknown nucleotides 'N'"<<endl;
+ cout << " art_illumina -nf 0 -sam -i reference.fa -p -l 50 -f 20 -m 200 -s 10 -o paired_nomask" <<endl<<endl;
+ cout << " 10) masking genomic regions with >=5 'N's within the read length 50"<<endl;
+ cout << " art_illumina -nf 5 -sam -i reference.fa -p -l 50 -f 20 -m 200 -s 10 -o paired_maskN5" <<endl<<endl;
+
+ exit(1);
+ }
+
+ if(max_num_n>read_len){
+ cerr << "Error: the cutoff frequency of 'N' for maksing genome region: "<<max_num_n<<" > the read length (" <<read_len<<")"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ if(!fixed_seed){
+ rand_seed=(unsigned int) time(NULL);
+ }
+ srand (rand_seed);
+
+ string seqfasta=out_file_prefix+num+".fa";
+ string qualfasta=out_file_prefix+num+".qual";
+ string alnfasta=out_file_prefix+num+".aln";
+ string fqfile=out_file_prefix+num+".fq";
+
+ string samfile=out_file_prefix+".sam";
+ ofstream SAMFILE;
+ string samfile_ef=out_file_prefix+"_errFree.sam";
+ ofstream SAMFILE_EF;
+ if(sam_out) {
+ SAMFILE.open(samfile.c_str(),ios::binary);
+ if(!SAMFILE.is_open()) { cerr<<"Can not open output file: "<<samfile<<endl; exit(0); }
+ if(err_free_sam){
+ SAMFILE_EF.open(samfile_ef.c_str(),ios::binary);
+ if(!SAMFILE_EF.is_open()) { cerr<<"Can not open output file: "<<samfile_ef<<endl; exit(0); }
+ }
+ }
+
+ ofstream FQFILE(fqfile.c_str(),ios::binary);
+ if(!FQFILE.is_open()) { cerr<<"Can not open output file: "<<fqfile<<endl; exit(0); }
+ ofstream ALNFILE;
+ if (!no_ALN) {
+ ALNFILE.open(alnfasta.c_str(),ios::binary);
+ if(!ALNFILE.is_open()) { cerr<<"Can not open output file: "<<alnfasta<<endl; exit(0); }
+ ALNFILE<<"##ART_Illumina\tread_length\t"<<read_len<<endl;
+ }
+ empdist::set_err_prob();
+ empdist qdist;
+
+ if(qual_file1.empty() && !seqsys.empty()){
+ qdist.setdist(seqsys, sep_flag, read_len);
+ }
+ else {
+ qdist.setdist(qual_file1, qual_file2, sep_flag, read_len);
+ if (!seqsys.empty()){
+ cout<<"Warnning: ART ignores the specified sequencing system as a customized quality profile provided.";
+ }
+ }
+
+ int profile_size=qdist.qual_dist_first.size();
+ int profile_size_2=qdist.qual_dist_second.size();
+ if(sep_flag){
+ profile_size=qdist.a_qual_dist_first.size();
+ profile_size_2=qdist.a_qual_dist_second.size();
+ }
+
+ if(read_len > profile_size){
+ if(profile_size == 0){
+ cerr << "Fatal Error: " << qual_file1 << ", is not a valid profile." << endl << endl;
+ } else {
+ cerr<<"Fatal Error: The read length, "<<read_len<<", exceeds the maximum first read profile length, "<<profile_size<< "." <<endl<<endl;
+ }
+ exit(1);
+ }
+
+ if((read_len > profile_size_2) && is_pairend_read){
+ if(profile_size_2 == 0){
+ cerr << "Fatal Error: " << qual_file2 << ", is not a valid profile." << endl << endl;
+ } else {
+ cerr<<"Fatal Error: The read length, "<<read_len<<", exceeds the maximum second read profile length, " <<profile_size_2 <<"." <<endl<<endl;
+ }
+ exit(1);
+ }
+
+ if(is_pairend_read && profile_size != profile_size_2){
+ cerr<<"Fatal Error: The first profile read length, " << qdist.qual_dist_first.size()
+ << ", does not match the second profile read length, " << qdist.qual_dist_second.size() << "."
+ << endl << endl;
+ exit(1);
+ }
+
+ //increase overal base quality value
+ if(!sep_flag){
+ for(size_t i=0; i<qdist.qual_dist_first.size(); i++){
+ for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.qual_dist_first[i].begin(); it!=qdist.qual_dist_first[i].end(); it++){
+ if(q_shift_up<0 && (-q_shift_up>it->second)){ it->second=0; }
+// else{ it->second+=q_shift_up; }
+ else{ it->second+=q_shift_up; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+ }
+ }
+ for(size_t i=0; i<qdist.qual_dist_second.size(); i++){
+ for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.qual_dist_second[i].begin(); it!=qdist.qual_dist_second[i].end(); it++){
+ if(q_shift_up_2<0 && (-q_shift_up_2>it->second)){ it->second=0; }
+// else{ it->second+=q_shift_up_2; }
+ else{ it->second+=q_shift_up_2; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+ }
+ }
+
+ } else{
+ for(size_t i=0; i<qdist.a_qual_dist_first.size(); i++){
+ for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.a_qual_dist_first[i].begin(); it!=qdist.a_qual_dist_first[i].end(); it++){
+ if(q_shift_up<0 && (-q_shift_up>it->second)){ it->second=0; }
+// else{ it->second+=q_shift_up; }
+ else{ it->second+=q_shift_up; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+ }
+ }
+ for(size_t i=0; i<qdist.a_qual_dist_second.size(); i++){
+ for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.a_qual_dist_second[i].begin(); it!=qdist.a_qual_dist_second[i].end(); it++){
+ if(q_shift_up_2<0 && (-q_shift_up_2>it->second)){ it->second=0; }
+// else{ it->second+=q_shift_up_2; }
+ else{ it->second+=q_shift_up_2; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+ }
+ }
+
+ for(size_t i=0; i<qdist.c_qual_dist_first.size(); i++){
+ for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.c_qual_dist_first[i].begin(); it!=qdist.c_qual_dist_first[i].end(); it++){
+ if(q_shift_up<0 && (-q_shift_up>it->second)){ it->second=0; }
+// else{ it->second+=q_shift_up; }
+ else{ it->second+=q_shift_up; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+ }
+ }
+ for(size_t i=0; i<qdist.c_qual_dist_second.size(); i++){
+ for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.c_qual_dist_second[i].begin(); it!=qdist.c_qual_dist_second[i].end(); it++){
+ if(q_shift_up_2<0 && (-q_shift_up_2>it->second)){ it->second=0; }
+// else{ it->second+=q_shift_up_2; }
+ else{ it->second+=q_shift_up_2; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+ }
+ }
+
+ for(size_t i=0; i<qdist.g_qual_dist_first.size(); i++){
+ for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.g_qual_dist_first[i].begin(); it!=qdist.g_qual_dist_first[i].end(); it++){
+ if(q_shift_up<0 && (-q_shift_up>it->second)){ it->second=0; }
+// else{ it->second+=q_shift_up; }
+ else{ it->second+=q_shift_up; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+ }
+ }
+ for(size_t i=0; i<qdist.g_qual_dist_second.size(); i++){
+ for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.g_qual_dist_second[i].begin(); it!=qdist.g_qual_dist_second[i].end(); it++){
+ if(q_shift_up_2<0 && (-q_shift_up_2>it->second)){ it->second=0; }
+// else{ it->second+=q_shift_up_2; }
+ else{ it->second+=q_shift_up_2; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+ }
+ }
+
+ for(size_t i=0; i<qdist.t_qual_dist_first.size(); i++){
+ for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.t_qual_dist_first[i].begin(); it!=qdist.t_qual_dist_first[i].end(); it++){
+ if(q_shift_up<0 && (-q_shift_up>it->second)){ it->second=0; }
+// else{ it->second+=q_shift_up; }
+ else{ it->second+=q_shift_up; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+ }
+ }
+ for(size_t i=0; i<qdist.t_qual_dist_second.size(); i++){
+ for(map<unsigned int, unsigned short>::iterator it=qdist.t_qual_dist_second[i].begin(); it!=qdist.t_qual_dist_second[i].end(); it++){
+ if(q_shift_up_2<0 && (-q_shift_up_2>it->second)){ it->second=0; }
+// else{ it->second+=q_shift_up_2; }
+ else{ it->second+=q_shift_up_2; if(it->second>max_qual_s) it->second=max_qual_s; }
+ }
+ }
+ }
+
+ samHeader sH;
+ sH.getRefseqID(seq_file);
+ sH.ID="01";
+ sH.PN="ART_Illumina";
+ for(int i=0;i < argc; ++i) { sH.CL.append(argv[i]);sH.CL.append(" "); }
+ if(!fixed_seed){
+ stringstream tss;
+ tss<<"-rs "<<rand_seed;
+ sH.CL.append(tss.str());
+ }
+ if (!no_ALN){
+ sH.printAlnHeader(ALNFILE);
+ }
+
+ if(sam_out){
+ sH.printHeader(SAMFILE);
+ if(err_free_sam) sH.printHeader(SAMFILE_EF);
+ }
+
+ samRead sR;
+ string srID;
+
+ vector<short> qual;
+ readSeqFile seq_reader(seq_file);
+ string id;
+ art a_art;
+ seqRead a_read;
+
+ a_read.set_rate(read_len,insRate,2,a_read.ins_rate);
+ a_read.set_rate(read_len,delRate,2,a_read.del_rate);
+ string aln_read,aln_ref;
+ ostringstream osID;
+ int num_seq=0;
+ string read_id;
+ string seqfasta2="";
+ string qualfasta2="";
+ string alnfasta2="";
+ string fqfile2="";
+ if(is_pairend_read){
+ samRead sR2;
+ sR.rNext="=";
+ sR2.rNext="=";
+
+ seqfasta2=out_file_prefix+"2.fa";
+ qualfasta2=out_file_prefix+"2.qual";
+ alnfasta2=out_file_prefix+"2.aln";
+ fqfile2=out_file_prefix+"2.fq";
+// ofstream SEQFILE2(seqfasta2.c_str(),ios::binary);
+// if(!SEQFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<seqfasta2<<endl; exit(0); }
+
+// ofstream QUALFILE2(qualfasta2.c_str(),ios::binary);
+// if(!QUALFILE2.is_open()) { cout<<"can not open output file: "<<qualfasta2<<endl; exit(0); }
+
+ ofstream FQFILE2(fqfile2.c_str(),ios::binary);
+ if(!FQFILE2.is_open()) { cerr<<"Can not open output file: "<<fqfile2<<endl; exit(0); }
+ ofstream ALNFILE2;
+ if (!no_ALN) {
+ ALNFILE2.open(alnfasta2.c_str(),ios::binary);
+ if(!ALNFILE2.is_open()) { cerr<<"Can not open output file: "<<alnfasta2<<endl; exit(0); }
+ ALNFILE2<<"##ART_Illumina\tread_length\t"<<read_len<<endl;
+ sH.printAlnHeader(ALNFILE2);
+ }
+
+ seqRead a_read_2;
+ a_read_2.set_rate(read_len,insRate2,2,a_read.ins_rate);
+ a_read_2.set_rate(read_len,delRate2,2,a_read.del_rate);
+ vector<short> qual_2;
+ string read_id_2;
+ string aln_read_2,aln_ref_2;
+ while(seq_reader.next_seq(id,a_art.ref_seq)){
+ std::replace(a_art.ref_seq.begin(), a_art.ref_seq.end(), 'U', 'T'); //replace U with T
+// size_t p1=id.find_first_of(' '); if(p1==string::npos) p1=10; size_t p2=id.find_first_of('\t'); if(p2==string::npos) p2=10; p1=p1<p2?p1:p2; id=id.substr(0,p1);
+ istringstream isID; isID.str(id); isID>>id; id=id.substr(0,len_ref_id);
+ num_seq++;
+ a_art.ini_set(read_len);
+ if(mask_n){
+ a_art.mask_n_region(max_num_n);
+ }
+ //long t_num_read=(unsigned long) a_art.ref_seq.size()/read_len*x_fold;
+ long t_num_read= 0;
+ if(cc_flag){
+ t_num_read= 2*read_count;
+ }
+ else{
+ t_num_read= static_cast<unsigned long>(a_art.ref_seq.size()/read_len*x_fold);
+ if(amplicon){ t_num_read = 2*(long) x_fold; }
+ }
+ while(t_num_read>0){
+// osID<<num_seq<<fixed<<setfill('0')<< setw(10)<< t_num_read;
+ osID<<id<<'-'<<suffID<<t_num_read;
+ read_id = osID.str();
+ osID.str("");
+ a_read.clear();
+ a_read_2.clear();
+ //a_art.next_read(a_read);
+ bool has_reads=true;
+ if(is_matepair){
+ if(amplicon) has_reads=a_art.next_matepair_ampread_indel_cmp(a_read, a_read_2);
+ else has_reads=a_art.next_pair_read_indel_mate(a_read, a_read_2);
+ }
+ else{
+ if(amplicon) has_reads=a_art.next_pair_ampread_indel_cmp(a_read, a_read_2);
+ else has_reads=a_art.next_pair_read_indel_cmp(a_read, a_read_2);
+ }
+ if (!has_reads){
+ cerr<<"Warning: the reference sequence "<<id<< " (length "<<a_art.ref_seq.size()<<"bps ) is skipped as it < the defined read length ("<< read_len<<" bps)"<<endl;
+ break;
+ }
+ if(mask_n){
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ size_t bpos2=a_art.ref_seq.size()-a_read_2.bpos-read_len;
+ if(a_art.masked_pos.count(a_read.bpos)>0 || a_art.masked_pos.count(bpos2)>0){
+ t_num_read-=2;
+ continue;
+ }
+ }
+ else{
+ size_t bpos1=a_art.ref_seq.size()-a_read.bpos-read_len;
+ if(a_art.masked_pos.count(bpos1)>0 || a_art.masked_pos.count(a_read_2.bpos)>0){
+ t_num_read-=2;
+ continue;
+ }
+ }
+ }
+ qual.clear();
+ qual_2.clear();
+
+ if(!sep_flag){
+ qdist.get_read_qual(qual, read_len, true);
+ qdist.get_read_qual(qual_2,read_len, false);
+ }
+ else{
+ qdist.get_read_qual_1st(a_read.seq_read, qual);
+ qdist.get_read_qual_2nd(a_read_2.seq_read, qual_2);
+ }
+
+ a_read.add_error(qual);
+ a_read_2.add_error(qual_2);
+ srID=read_id;
+ read_id_2=read_id+"/2";
+ read_id+="/1";
+
+ FQFILE<<"@"<<read_id<<endl<<a_read.seq_read<<endl<<"+"<<endl;
+ for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+ FQFILE<<(char)(qual[k]+33);
+ }
+ FQFILE<<endl;
+
+ if(! a_read.get_aln(aln_read,aln_ref)){
+ aln_ref=a_read.seq_ref;
+ aln_read=a_read.seq_read;
+ }
+ if (!no_ALN) {
+ ALNFILE<<">"<<id<<"\t"<<read_id<<"-1\t"<<a_read.bpos;
+ if(a_read.is_plus_strand) ALNFILE<<"\t+\n";
+ else ALNFILE<<"\t-\n";
+ ALNFILE<<aln_ref<<endl<<aln_read<<endl;
+ }
+
+ FQFILE2<<"@"<<read_id_2<<endl<<a_read_2.seq_read<<endl<<"+"<<endl;
+ for(size_t k=0; k<qual_2.size(); k++){
+ FQFILE2<<(char)(qual_2[k]+33);
+ }
+ FQFILE2<<endl;
+ if(! a_read_2.get_aln(aln_read_2,aln_ref_2)){
+ aln_ref_2=a_read_2.seq_ref;
+ aln_read_2=a_read_2.seq_read;
+ }
+ if (!no_ALN) {
+ ALNFILE2<<">"<<id<<"\t"<<read_id_2<<"\t"<<a_read_2.bpos;
+ if(a_read_2.is_plus_strand) ALNFILE2<<"\t+\n";
+ else ALNFILE2<<"\t-\n";
+ ALNFILE2<<aln_ref_2<<endl<<aln_read_2<<endl;
+ }
+
+ if(sam_out){
+ sR.qname=srID;
+ sR.rname=id;
+
+ sR2.qname=srID;
+ sR2.rname=id;
+
+ sR.seq=a_read.seq_read;
+ sR.qual.resize(qual.size());
+ for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+ sR.qual[k]=(char)(qual[k]+33);
+ }
+
+ sR2.seq=a_read_2.seq_read;
+ sR2.qual.resize(qual_2.size());
+ for(size_t k=0; k<qual_2.size(); k++){
+ sR2.qual[k]=(char)(qual_2[k]+33);
+ }
+
+ sR.flag=0x01 | 0x02 | 0x40;
+ sR2.flag=0x01 | 0x02 | 0x80;
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ sR.pos=a_read.bpos+1;
+ sR.flag =sR.flag | 0x20;
+ sR2.flag =sR2.flag |0x10;
+ sR2.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read_2.bpos+read_len-1);
+ sR2.reverse_comp();
+ }
+ else{
+ sR.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read.bpos+read_len-1);
+ sR.reverse_comp();
+ sR2.pos=a_read_2.bpos+1;
+ sR.flag = sR.flag | 0x10;
+ sR2.flag = sR2.flag | 0x20;
+ }
+ sR.getCigar(aln_ref,aln_read,use_cigarM);
+ sR2.getCigar(aln_ref_2,aln_read_2,use_cigarM);
+ sR.pNext=sR2.pos;
+ sR2.pNext=sR.pos;
+ if(sR2.pos>sR.pos){
+ sR.tLen=sR2.pos+a_read_2.seq_read.size()-sR.pos;
+ sR2.tLen=-sR.tLen;
+ }
+ else{
+ sR2.tLen=sR.pos+a_read.seq_read.size()-sR2.pos;
+ sR.tLen=-sR2.tLen;
+ }
+ sR.printRead(SAMFILE);
+ sR2.printRead(SAMFILE);
+ if(err_free_sam){
+ sR.seq=a_read.seq_ref;
+ sR.cigar=p_cigar;
+ for(size_t k=0; k<sR.qual.size(); k++) sR.qual[k]=max_q_c;
+ sR2.seq=a_read_2.seq_ref;
+ sR2.cigar=p_cigar;
+ for(size_t k=0; k<sR2.qual.size(); k++) sR2.qual[k]=max_q_c;
+ if(a_read.is_plus_strand) sR2.reverse_comp();
+ else sR.reverse_comp();
+
+ //get new error free reads when the original reads having indels
+ if (sR.seq.length()!=read_len){
+ sR.seq=a_art.ref_seq.substr(sR.pos-1, read_len);
+ }
+ if (sR2.seq.length()!=read_len){
+ sR2.seq=a_art.ref_seq.substr(sR2.pos-1, read_len);
+ }
+
+ sR.printRead(SAMFILE_EF);
+ sR2.printRead(SAMFILE_EF);
+ }
+ }
+
+ t_num_read-=2;
+ }
+ }
+ FQFILE2.close();
+ if (!no_ALN) ALNFILE2.close();
+ }
+ else{
+ while(seq_reader.next_seq(id,a_art.ref_seq)){
+ std::replace(a_art.ref_seq.begin(), a_art.ref_seq.end(), 'U', 'T'); //replace U with T
+ istringstream isID; isID.str(id); isID>>id; id=id.substr(0,len_ref_id);
+ num_seq++;
+ a_art.ini_set(read_len);
+ long t_num_read= 0;
+ if(cc_flag){
+ t_num_read= read_count;
+ }
+ else{
+ t_num_read= static_cast<unsigned long>(a_art.ref_seq.size()/read_len*x_fold);
+ if(amplicon){ t_num_read = (long) x_fold; }
+ }
+ if(mask_n){
+ a_art.mask_n_region(max_num_n);
+ }
+ while(t_num_read>0){
+ osID<<id<<'-'<<suffID<<t_num_read;
+ read_id = osID.str();
+ osID.str("");
+ a_read.clear();
+ if(amplicon){
+ a_art.next_ampread_indel(a_read);
+ }
+ else{
+ a_art.next_read_indel(a_read);
+ }
+ if(mask_n){
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ if(a_art.masked_pos.count(a_read.bpos)>0){
+ t_num_read-=1;
+ continue;
+ }
+ }
+ else{
+ size_t bpos=a_art.ref_seq.size()-a_read.bpos-read_len;
+ if(a_art.masked_pos.count(bpos)>0){
+ t_num_read-=1;
+ continue;
+ }
+ }
+ }
+
+ qual.clear();
+ if(!sep_flag){
+ qdist.get_read_qual(qual, read_len, true);
+ }
+ else{
+ qdist.get_read_qual_1st(a_read.seq_read, qual);
+ }
+ a_read.add_error(qual);
+
+ FQFILE<<"@"<<read_id<<endl<<a_read.seq_read<<endl<<"+"<<endl;
+ for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+ FQFILE<<(char)(qual[k]+33);
+ }
+ FQFILE<<endl;
+ if(! a_read.get_aln(aln_read,aln_ref)){
+ aln_ref=a_read.seq_ref;
+ aln_read=a_read.seq_read;
+ }
+ if (!no_ALN) {
+ ALNFILE<<">"<<id<<"\t"<<read_id<<"\t"<<a_read.bpos;
+ if(a_read.is_plus_strand) ALNFILE<<"\t+\n";
+ else ALNFILE<<"\t-\n";
+
+ ALNFILE<<aln_ref<<endl<<aln_read<<endl;
+ }
+
+ if(sam_out){
+ sR.qname=read_id;
+ sR.rname=id;
+ sR.flag =0;
+
+ sR.seq=a_read.seq_read;
+ sR.qual.resize(qual.size());
+ for(size_t k=0; k<qual.size(); k++){
+ sR.qual[k]=(char)(qual[k]+33);
+ }
+
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ sR.pos=a_read.bpos+1;
+ }
+ else{
+ sR.flag = 0x10;
+ sR.pos=a_art.ref_seq.size()-(a_read.bpos+a_read.seq_read.size()-1);
+ sR.reverse_comp();
+ }
+ sR.getCigar(aln_ref,aln_read,use_cigarM);
+ sR.printRead(SAMFILE);
+
+ if(err_free_sam){
+ sR.seq=a_read.seq_ref;
+ if(!a_read.is_plus_strand) sR.reverse_comp();
+ sR.cigar=p_cigar;
+ for(size_t k=0; k<sR.qual.size(); k++) sR.qual[k]=max_q_c;
+ //get new error free reads when the original reads having indels
+ if (sR.seq.length()!=read_len){
+ sR.seq=a_art.ref_seq.substr(sR.pos-1, read_len);
+ }
+ sR.printRead(SAMFILE_EF);
+ }
+ }
+
+
+ t_num_read--;
+ }
+ }
+ }
+
+ FQFILE.close();
+ if (!no_ALN) { ALNFILE.close(); }
+ if(sam_out){ SAMFILE.close(); }
+ if(err_free_sam){ SAMFILE_EF.close(); }
+
+ if(!is_pairend_read){
+ if(amplicon){
+ cout << " Amplicon 5'-end sequencing simulation" << endl << endl;
+ }
+ else{
+ cout << " Single-end Simulation" << endl << endl;
+ }
+ } else if(is_matepair) {
+ if(amplicon){
+ cout << " Amplicon matepair sequencing simulation" << endl << endl;
+ }
+ else{
+ cout << " Matepair-end sequencing simulation" << endl << endl;
+ }
+ } else {
+ if(amplicon){
+ cout << " Amplicon paired-end sequencing simulation" << endl << endl;
+ }
+ else{
+ cout << " Paired-end sequencing simulation" << endl << endl;
+ }
+ }
+
+ end = clock();
+ cpu_time_used = ((double) (end - start)) / CLOCKS_PER_SEC;
+ cout<< "Total CPU time used: "<< cpu_time_used<<endl<<endl;
+ cout<< "The random seed for the run: "<< rand_seed<<endl<<endl;
+
+ if(!show_flag){
+
+ cout << "Parameters used during run" << endl;
+ cout << "\tRead Length:\t" << read_len << endl;
+ if(mask_n){
+ cout << "\tGenome masking 'N' cutoff frequency: \t" <<max_num_n<<" in "<< read_len<<endl;
+ }
+ else{
+ cout << "\t'N' genomic regions masking turned off"<< endl;
+ }
+ if (amplicon){
+ if(is_pairend_read)
+ cout << "\t# Read Pairs per Amplion: " << x_fold << endl;
+ else
+ cout << "\t# Reads per Amplion: " << x_fold << endl;
+ }
+ else{
+ cout << "\tFold Coverage: " << x_fold << "X" << endl;
+ }
+ if(is_pairend_read && !amplicon){
+ cout << "\tMean Fragment Length: " << mean << endl;
+ cout << "\tStandard Deviation: " << std_dev << endl;
+ }
+ if(rate_flag){
+ cout << "\tFirst Insertion Rate: " << insRate << endl;
+ cout << "\tSecond Insertion Rate: " << insRate2 << endl;
+ cout << "\tFirst Deletion Rate: " << delRate << endl;
+ cout << "\tSecond Deletion Rate: " << delRate2 << endl;
+ }
+ if(qs_flag){
+ cout << "\tFirst quality shift: " << q_shift_up << endl;
+ cout << "\tSecond quality shift: " << q_shift_up_2 << endl;
+ }
+ if(!sep_flag){
+ cout << "\tProfile Type: Combined" << endl;
+ } else {
+ cout << "\tProfile Type: Separated" << endl;
+ }
+ cout << "\tID Tag: " << suffID.c_str() << endl << endl;;
+ cout << "Quality Profile(s)" << endl;
+
+ if(is_pairend_read){
+ if(first_qual){
+ cout << "\tFirst Read: " << qual_file1.c_str() <<" (user's profile)" << endl;
+ } else if(!qdist.ssystem.empty()){
+ cout << "\tFirst Read: " <<qdist.ssystem<<" Length "<< profile_size <<" R1"<<" (built-in profile) "<<endl;
+ } else {
+ cout << "\tFirst Read: " <<" EMP" << profile_size <<"R1"<<" (built-in profile) "<<endl;
+ }
+ if(second_qual){
+ cout << "\tSecond Read: " << qual_file2.c_str()<<" (user's profile)"<< endl<< endl;
+ } else if(!qdist.ssystem.empty()){
+ cout << "\tFirst Read: " <<qdist.ssystem<<" Length "<< profile_size <<" R2"<<" (built-in profile) "<<endl;
+ } else {
+ cout << "\tSecond Read: " <<" EMP" << profile_size_2 <<"R2"<<" (built-in profile) "<<endl<<endl;
+ }
+ } else {
+ if(first_qual){
+ cout << "\t" << qual_file1.c_str()<<" (user's profile)"<< endl << endl;
+ } else if(!qdist.ssystem.empty()){
+ cout << "\tFirst Read: " <<qdist.ssystem<<" Length "<< profile_size <<" R1"<<" (built-in profile) "<<endl;
+ } else {
+ cout << "\t " <<" EMP" << profile_size <<"R1"<<" (built-in profile) "<<endl<<endl;
+ }
+ }
+
+ cout << "Output files" << endl << endl;
+
+ if(is_pairend_read){
+ cout << " FASTQ Sequence Files:" << endl;
+ cout << "\t the 1st reads: " << fqfile << endl;
+ cout << "\t the 2nd reads: " << fqfile2 << endl << endl;
+ if(!no_ALN){
+ cout << " ALN Alignment Files:" << endl;
+ cout << "\t the 1st reads: " << alnfasta << endl;
+ cout << "\t the 2nd reads: " << alnfasta2 << endl << endl;;
+ }
+ } else {
+ cout << " FASTQ Sequence File:" << endl;
+ cout << "\t" << fqfile << endl << endl;
+ if (!no_ALN){
+ cout << " ALN Alignment File:" << endl;
+ cout << "\t" << alnfasta << endl << endl;
+ }
+ }
+ if(sam_out){
+ cout << " SAM Alignment File:" << endl;
+ cout << "\t" << samfile << endl << endl;
+ }
+
+ if(err_free_sam){
+ cout << " Error Free SAM Alignment File:" << endl;
+ cout << "\t" << samfile_ef << endl << endl;
+ }
+ }
+
+ return 0;
+}
+
diff --git a/art_illumina_src/art_qual_scale.cpp b/art_illumina_src/art_qual_scale.cpp
new file mode 100644
index 0000000..b32b845
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/art_qual_scale.cpp
@@ -0,0 +1,474 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription
+Copyright(c) 2008-2014 Weichun Huang, All Rights Reserved.
+_____________________________________________________________________________________________________________
+*/
+#include <iostream>
+#include <sstream>
+#include <string>
+#include <time.h>
+#include <algorithm>
+#include <iomanip>
+#include <ctime>
+#include "art.h"
+#include "empdist.h"
+#include "readSeqFile.h"
+
+
+using namespace std;
+
+bool art::next_read_indel(seqRead& a_read){
+ long pos=(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]
+ int slen =a_read.get_indel(read_len);
+ a_read.is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ a_read.is_plus_strand=false;
+ }
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len-slen);
+ }
+ else{
+ a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len-slen);
+ }
+ a_read.bpos=pos;
+ a_read.ref2read();
+ return true;
+}
+
+bool art::next_read(seqRead& a_read){
+ long pos=(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]
+ //string seq_ref;
+ a_read.is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ a_read.is_plus_strand=false;
+ }
+ if(a_read.is_plus_strand){
+ a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len);
+ }
+ else{
+ a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len);
+ }
+ a_read.bpos=pos;
+ a_read.seq_read=a_read.seq_ref;
+ return true;
+}
+
+//on the same strand of two reads
+bool art::next_pair_read_indel(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+ int fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+ fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ }
+ long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+ long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+ int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+ int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);
+ bool is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ is_plus_strand=false;
+ }
+ if(is_plus_strand){
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ else{
+ read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ read_1.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_1.ref2read();
+ read_2.is_plus_strand=is_plus_strand;
+ read_2.bpos=pos_2;
+ read_2.ref2read();
+ return true;
+}
+
+//matepair-end read: the second read is reverse complemenaty strand
+bool art::next_pair_read_indel_mate(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+ if(read_len>ref_seq.length()){
+ return false; //ref_seq is too short.
+ }
+ int fragment_len=1;
+ if(gaussain_mean-2*gaussain_sigma>ref_seq.length()){
+ //when reference length < mean-2*std, fragment_len sets to be reference length
+ fragment_len=ref_seq.length();
+ }
+ else{
+ fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+ fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ }
+ }
+
+ long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob())+fragment_len-read_len;
+ long pos_2=ref_seq.length()-(pos_1+2*read_len-fragment_len);
+ int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+ int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);
+ bool is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ is_plus_strand=false;
+ }
+ if(is_plus_strand){
+ read_1.is_plus_strand=true;
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.is_plus_strand=false;
+ read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ else{
+ read_1.is_plus_strand=false;
+ read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.is_plus_strand=true;
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_1.ref2read();
+ read_2.bpos=pos_2;
+ read_2.ref2read();
+ return true;
+}
+
+
+//paired-end read: the second read is reverse complemenaty strand
+bool art::next_pair_read_indel_cmp(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+ if(read_len>ref_seq.length()){
+ return false; //ref_seq is too short.
+ }
+ int fragment_len=1;
+ if(gaussain_mean-2*gaussain_sigma>ref_seq.length()){
+ //when reference length < mean-2*std, fragment_len sets to be reference length
+ fragment_len=ref_seq.length();
+ }
+ else{
+ fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ while (fragment_len<read_len || fragment_len>ref_seq.length()){
+ fragment_len=gaussain_mean+ (int)floor(gsl_ran_gaussian(gsl_R, gaussain_sigma));
+ }
+ }
+ long pos_1=(long) floor((ref_seq.length()-fragment_len)*r_prob());
+ //long pos_2=pos_1+fragment_len-read_len;
+ long pos_2=ref_seq.length()-pos_1-fragment_len;
+ int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+ int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);
+ bool is_plus_strand=true;
+ if(r_prob()>0.5){
+ is_plus_strand=false;
+ }
+ if(is_plus_strand){
+ read_1.is_plus_strand=true;
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.is_plus_strand=false;
+// pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+ read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ else{
+ read_1.is_plus_strand=false;
+ read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+// pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+ read_2.is_plus_strand=true;
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_1.ref2read();
+ read_2.bpos=pos_2;
+ read_2.ref2read();
+ //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+ return true;
+}
+
+
+//for amplicon sequencing simulation
+// amplicon single end sequencing
+bool art::next_ampread_indel(seqRead& a_read){
+ if(read_len>ref_seq.length()){
+ return false; //ref_seq is too short.
+ }
+ long pos=(long) 0;
+ int slen =a_read.get_indel(read_len);
+ a_read.is_plus_strand=true;
+// if(r_prob()>0.5){
+// a_read.is_plus_strand=false;
+// }
+// if(a_read.is_plus_strand){
+ a_read.seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len-slen);
+// }
+// else{
+// a_read.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len-slen);
+// }
+ a_read.bpos=pos;
+ a_read.ref2read();
+ return true;
+}
+
+//amplicon paired-end reads: the second read is reverse complemenaty strand
+bool art::next_pair_ampread_indel_cmp(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+ if(read_len>ref_seq.length()){
+ return false; //ref_seq is too short.
+ }
+ long pos_1=(long) 0;
+ long pos_2=pos_1;
+ int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+ int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);
+ bool is_plus_strand=true;
+// if(r_prob()>0.5){
+// is_plus_strand=false;
+// }
+ if(is_plus_strand){
+ read_1.is_plus_strand=true;
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.is_plus_strand=false;
+// pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+ read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ else{
+ read_1.is_plus_strand=false;
+ read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+// pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+ read_2.is_plus_strand=true;
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_1.ref2read();
+ read_2.bpos=pos_2;
+ read_2.ref2read();
+ //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+ return true;
+}
+
+//amplicon matepaired reads: the second read is reverse complemenaty strand
+bool art::next_matepair_ampread_indel_cmp(seqRead& read_1, seqRead& read_2){
+ if(read_len>ref_seq.length()){
+ return false; //ref_seq is too short.
+ }
+ long pos_1=(long) ref_seq.length()-read_len;
+ long pos_2=pos_1;
+ int slen_1 =read_1.get_indel(read_len);
+ int slen_2 =read_2.get_indel(read_len);
+
+ pos_1=pos_1+slen_1;
+ pos_2=pos_2+slen_2;
+
+ bool is_plus_strand=true;
+// if(r_prob()>0.5){
+// is_plus_strand=false;
+// }
+ if(is_plus_strand){
+ read_1.is_plus_strand=true;
+ read_1.seq_ref=ref_seq.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+ read_2.is_plus_strand=false;
+// pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+ read_2.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ else{
+ read_1.is_plus_strand=false;
+ read_1.seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos_1, read_len-slen_1);
+// pos_2=ref_seq.length()-pos_2-read_len;
+ read_2.is_plus_strand=true;
+ read_2.seq_ref=ref_seq.substr(pos_2, read_len-slen_2);
+ }
+ read_1.bpos=pos_1;
+ read_1.ref2read();
+ read_2.bpos=pos_2;
+ read_2.ref2read();
+ //cout<<pos_1<<" a: "<<read_1.seq_read<<endl<<pos_2<<" b: "<<read_2.seq_read<<endl;
+ return true;
+}
+
+
+
+
+
+//bool parse_arg(int num, char* arg){
+// bool success=true;
+// int i=1;
+// for(;i<ARGC;++i){
+// char* pch = ARGV[i];
+// if( *pch != '-' || *(pch+1) == '\0') break;
+// while(*++pch && success){
+// switch(*pch){
+// // Version Information
+// case 'v':
+// case 'V':
+// prtVersion = true;
+// break;
+// // Help Information
+// case 'h':
+// case 'H':
+// prtVersion = true;
+// prtUsage = true;
+// break;
+// // Unbuffered Output
+// case 't':
+// case 'T':
+// html_out=false;
+// break;
+// case 'b':
+// case 'B':
+// if(i<ARGC) browser=ARGV[++i];
+// else success=PrintErr("Invalid value for option: \"%c\"", *pch);
+// break;
+// case 'o':
+// case 'O':
+// if(i<ARGC) outFile=ARGV[++i];
+// else success=PrintErr("Invalid value for option: \"%c\"", *pch);
+// break;
+// case 'c':
+// case 'C':
+// if(i<ARGC) cfgFile=ARGV[++i];
+// else success=PrintErr("Invalid value for option: \"%c\"", *pch);
+// break;
+// // Error Reporting
+// default:
+// success=PrintErr("Unreconized switch, \"%c\"", *pch);
+// prtUsage = true;
+// prtVersion = true;
+// break;
+// }
+// }
+// }
+//
+// // Print Version and/or Usage Information and exit
+// if(prtVersion || prtUsage){
+// if(prtUsage) printUsage();
+// if(prtVersion) printVer();
+// return false;
+// }
+//
+// if(i>ARGC){ printUsage(); return false;}
+//
+// aceFile=ARGV[i];
+// return success;;
+//}
+
+//
+//ngrs::ngrs(int level, unsigned int tm, double rate, unsigned int branch){
+// const gsl_rng_type *T1, *T2;
+// gsl_rng *r1, *r2;
+// gsl_rng_default_seed=(unsigned int) time(NULL);
+//// gsl_rng_env_setup();
+// T1 = gsl_rng_default;
+// T2 = gsl_rng_default;
+// r1 = gsl_rng_alloc(T1);
+// r2 = gsl_rng_alloc(T2);
+//
+// depth = level;
+// time_lambda= tm;
+// branch_lambda = branch;
+// max_branch = branch;;
+// real_aveRate = rate;
+//
+// node root(0,1,0,0);
+// tree.push_back(root);
+// size_t i = 0;
+// for (; i < tree.size(); i++) {
+// if(tree[i].level>=depth) break;
+// node newNode=tree[i];
+// newNode.parent = i;
+// newNode.level += 1;
+// double timepass = gsl_ran_exponential(r1, time_lambda);
+// newNode.time = timepass;
+// //gsl_ran_gaussian(const gsl_rng * r, double sigma);
+// for(size_t num=0; num<branch; num++){
+// double substitution = gsl_ran_poisson(r2, real_aveRate);
+// newNode.rate = substitution*timepass/time_lambda/LargeNumber;
+//// cout<<substitution<<"\t"<<timepass<<"\t"<<time_lambda<<endl;
+// tree.push_back(newNode);
+// }
+// }
+// gsl_rng_free (r1);
+// gsl_rng_free (r2);
+//}
+//
+//ngrs::ngrs(int level, unsigned int tm, double rate, unsigned int mean_bch, unsigned int max_bch) {
+// const gsl_rng_type *T1, *T2, *T3;
+// gsl_rng *r1, *r2, *r3;
+// gsl_rng_default_seed=(unsigned int)time(NULL);
+//// gsl_rng_env_setup();
+//
+// T1 = gsl_rng_default;
+// T2 = gsl_rng_default;
+// T3 = gsl_rng_default;
+// r1 = gsl_rng_alloc(T1);
+// r2 = gsl_rng_alloc(T2);
+// r3 = gsl_rng_alloc(T3);
+//
+// depth = level;
+// time_lambda= tm;
+// branch_lambda = mean_bch;
+// max_branch = max_bch;
+// real_aveRate = rate;
+//
+// size_t k = gsl_ran_poisson(r3, branch_lambda);
+// double timepass = gsl_ran_exponential(r1, time_lambda);
+// double substitution = gsl_ran_poisson(r2, real_aveRate);
+//
+// node root(0,1,0,0);
+// tree.push_back(root);
+// size_t i = 0;
+// for (; i < tree.size(); i++) {
+// if(tree[i].level>=depth) break;
+// size_t k = gsl_ran_poisson(r3, branch_lambda);
+// if(k==0) continue;
+// if(k>max_branch) k = max_branch;
+// node newNode=tree[i];
+// newNode.parent = i;
+// newNode.level += 1;
+// double timepass = gsl_ran_exponential(r1, time_lambda);
+// newNode.time = timepass;
+// //gsl_ran_gaussian(const gsl_rng * r, double sigma);
+// for(size_t num=0; num<k; num++){
+// double substitution = gsl_ran_poisson(r2, real_aveRate);
+// newNode.rate = substitution*timepass/time_lambda/LargeNumber;
+// tree.push_back(newNode);
+// }
+// }
+// gsl_rng_free (r1);
+// gsl_rng_free (r2);
+// gsl_rng_free (r3);
+//}
+
+//bool art::next_read_indel(seqRead& a_read){
+// long pos=(long) floor(r_prob()*valid_region); //pos in [0 ..len-1]
+// map<int,char,less<int> > indel;
+// int slen =a_read.get_indel(read_len, indel);
+// string seq_ref;
+// a_read.is_plus_strand=true;
+// if(r_prob()>0.5){
+// a_read.is_plus_strand=false;
+// }
+// if(is_plus_strand){
+// seq_ref=ref_seq.substr(pos, read_len-slen);
+// }
+// else{
+// seq_ref=ref_seq_cmp.substr(pos, read_len-slen);
+// }
+//
+// a_read.bpos=pos;
+//
+// //int del_len=(indel.size()-slen)/2;
+// int ins_len=(indel.size()+slen)/2;
+// int aln_len=seq_ref.size()+ins_len;
+//
+// string seq_read; seq_read.resize(read_len);
+// a_read.aln_ref.resize(aln_len);
+// a_read.aln_read.resize(aln_len);
+//
+// for(int i=0,j=0, k=0; i<aln_len; i++){
+// if(indel.count(i)==0){
+// a_read.aln_read[i]=seq_ref[k];
+// a_read.aln_ref[i]=seq_ref[k];
+// seq_read[j]=seq_ref[k]; j++; k++;
+// }
+// else if(indel[i]!='-'){
+// a_read.aln_ref[i]='-';
+// a_read.aln_read[i]=indel[i];
+// seq_read[j]=indel[i]; j++;
+// }
+// else {
+// a_read.aln_ref[i]=seq_ref[k]; k++;
+// a_read.aln_read[i]='-';
+// }
+// }
+//
+//}
diff --git a/art_illumina_src/empdist.cpp b/art_illumina_src/empdist.cpp
new file mode 100644
index 0000000..88e8f93
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/empdist.cpp
@@ -0,0 +1,502 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription
+//Copyright(c) 2008-2015 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+#include <cmath>
+#include <cstdlib>
+#include <ctime>
+#include "empdist.h"
+
+empdist::empdist(){
+ //map <string,string> mid2name;
+ mid2name["GA1"]="Genome Analyzer I";
+ mid2name["GA2"]="Genome Analyzer II";
+ mid2name["HS10"]="HiSeq 1000";
+ mid2name["HS20"]="HiSeq 2000";
+ mid2name["HS25"]="HiSeq 2500";
+ mid2name["MS"]="MiSeq";
+};
+
+bool empdist::setdist(string sequencer, bool sep_qual, int length){
+ map <string, map<int, string> > m2q1, m2q2;
+ map <string, map<int, string> >::iterator it1, it2;
+ map<int, string>::iterator qt1,qt2;
+
+ m2q1["GA1"][36]=QUAL_DIST_ONE36;
+ m2q2["GA1"][36]=QUAL_DIST_TWO36;
+ m2q1["GA1"][44]=QUAL_DIST_ONE44;
+ m2q2["GA1"][44]=QUAL_DIST_TWO44;
+ m2q1["GA2"][50]=QUAL_DIST_ONE50;
+ m2q2["GA2"][50]=QUAL_DIST_TWO50;
+ m2q1["GA2"][75]=QUAL_DIST_ONE75;
+ m2q2["GA2"][75]=QUAL_DIST_TWO75;
+ m2q1["HS10"][100]=QUAL_DIST_ONE100;
+ m2q2["HS10"][100]=QUAL_DIST_TWO100;
+ m2q1["MS"][250]=QUAL_DIST_ONE250;
+ m2q2["MS"][250]=QUAL_DIST_TWO250;
+ m2q1["HS20"][100]=HiSeq2000L100R1;
+ m2q2["HS20"][100]=HiSeq2000L100R2;
+ m2q1["HS25"][125]=HiSeq2500L125R1;
+ m2q2["HS25"][125]=HiSeq2500L125R2;
+ m2q1["HS25"][150]=HiSeq2500L150R1;
+ m2q2["HS25"][150]=HiSeq2500L150R2;
+ comb_sym = ".";
+ a_sym = "A";
+ t_sym = "T";
+ g_sym = "G";
+ c_sym = "C";
+ n_sym = "N";
+ sep_qual_flag = sep_qual;
+ it1=m2q1.find(sequencer);
+ it2=m2q2.find(sequencer);
+ if(it1==m2q1.end()){
+ cerr<<"ART has no built-in profile for the sequencing machine: "<<sequencer<<endl;
+ cerr<<"List of the built-in profiles are:"<<sequencer<<endl;
+ short i=0;
+ for (it1=m2q1.begin(); it1!=m2q1.end(); ++it1){
+ for (qt1=it1->second.begin(); qt1!=it1->second.end(); ++qt1){
+ i++;
+ cerr <<i<<") "<<it1->first<<":"<< mid2name[it1->first] <<" length: "<<qt1->first<<endl;
+ }
+ }
+ cerr<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ else if (it1->second.rbegin()->first < length){
+ cerr<<"Error: the requested read length > the max length ("<<it1->second.rbegin()->first<<"bp) of any built-in profile for "<<sequencer;
+ exit(1);
+ }
+ ssystem=mid2name[it1->first];
+
+ qt1=it1->second.lower_bound(length);
+ qt2=it2->second.lower_bound(length);
+
+ istringstream distss;
+ distss.str(qt1->second);
+ read_emp_dist(distss, true);
+ distss.clear();
+ distss.str(qt2->second);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ return true;
+}
+
+bool empdist::setdist(string file_name, string file_name1, bool sep_qual, int length){
+
+ comb_sym = ".";
+ a_sym = "A";
+ t_sym = "T";
+ g_sym = "G";
+ c_sym = "C";
+ n_sym = "N";
+
+ sep_qual_flag = sep_qual;
+
+ if(file_name.empty() && file_name1.empty()){
+ istringstream distss;
+ if(length <= 36){
+ distss.str(QUAL_DIST_ONE36);
+ read_emp_dist(distss, true);
+ distss.clear();
+ distss.str(QUAL_DIST_TWO36);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ ssystem=mid2name["GA1"];
+ } else if(length <= 44){
+ distss.str(QUAL_DIST_ONE44);
+ read_emp_dist(distss, true);
+ distss.clear();
+ distss.str(QUAL_DIST_TWO44);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ ssystem=mid2name["GA1"];
+ } else if(length <= 50){
+ distss.str(QUAL_DIST_ONE50);
+ read_emp_dist(distss, true);
+ distss.clear();
+ distss.str(QUAL_DIST_TWO50);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ ssystem=mid2name["GA2"];
+ } else if(length <= 75){
+ distss.str(QUAL_DIST_ONE75);
+ read_emp_dist(distss, true);
+ distss.clear();
+ distss.str(QUAL_DIST_TWO75);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ ssystem=mid2name["GA2"];
+ } else if(length <= 100){
+ distss.str(HiSeq2000L100R1);
+ read_emp_dist(distss, true);
+ distss.clear();
+ distss.str(HiSeq2000L100R2);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ ssystem=mid2name["HS20"];
+ } else if(length <= 125){
+ distss.str(HiSeq2500L125R1);
+ read_emp_dist(distss, true);
+ distss.clear();
+ distss.str(HiSeq2500L125R2);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ ssystem=mid2name["HS25"];
+ } else if(length <= 150){
+ distss.str(HiSeq2500L150R1);
+ read_emp_dist(distss, true);
+ distss.clear();
+ distss.str(HiSeq2500L150R2);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ ssystem=mid2name["HS25"];
+ } else if(length <= 250){
+ distss.str(QUAL_DIST_ONE250);
+ read_emp_dist(distss, true);
+ distss.clear();
+ distss.str(QUAL_DIST_TWO250);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ ssystem=mid2name["MS"];
+ }else {
+ cerr<<"No read quality profile can generate "<< length << "bp reads!"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ } else if(file_name.empty()){
+ istringstream distss;
+ if(length <= 36){
+ distss.str(QUAL_DIST_ONE36);
+ read_emp_dist(distss, true);
+ } else if(length <= 44){
+ distss.str(QUAL_DIST_ONE44);
+ read_emp_dist(distss, true);
+ } else if(length <= 50){
+ distss.str(QUAL_DIST_ONE50);
+ read_emp_dist(distss, true);
+ } else if(length <= 75){
+ distss.str(QUAL_DIST_ONE75);
+ read_emp_dist(distss, true);
+ } else if(length <= 100){
+ distss.str(HiSeq2000L100R1);
+ read_emp_dist(distss, true);
+ } else if(length <= 125){
+ distss.str(HiSeq2500L125R1);
+ read_emp_dist(distss, true);
+ distss.clear();
+ distss.str(HiSeq2500L125R2);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ } else if(length <= 150){
+ distss.str(HiSeq2500L150R1);
+ read_emp_dist(distss, true);
+ distss.clear();
+ distss.str(HiSeq2500L150R2);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ } else {
+ distss.str(QUAL_DIST_ONE250);
+ read_emp_dist(distss, true);
+ }
+
+ read_emp_dist(file_name1, false);
+ } else if(file_name1.empty()){
+ read_emp_dist(file_name, true);
+
+ istringstream distss;
+ if(length <= 36){
+ distss.str(QUAL_DIST_TWO36);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ } else if(length <= 44){
+ distss.str(QUAL_DIST_TWO44);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ } else if(length <= 50){
+ distss.str(QUAL_DIST_TWO50);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ } else if(length <= 75){
+ distss.str(QUAL_DIST_TWO75);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ } else if(length <= 100){
+ distss.str(HiSeq2000L100R2);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ } else if(length <= 125){
+ distss.str(HiSeq2500L125R2);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ } else if(length <= 150){
+ distss.str(HiSeq2500L150R2);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ } else {
+ distss.str(QUAL_DIST_TWO250);
+ read_emp_dist(distss, false);
+ }
+ } else {
+ read_emp_dist(file_name, true);
+ read_emp_dist(file_name1, false);
+ }
+// srand ( (unsigned int)time(NULL) );
+ return true;
+}
+
+//generate quali vector from dist of one read from pair-end [default first read]
+bool empdist::get_read_qual(vector<short>& read_qual, int len, bool first){
+ if(first){
+ if(len>(int)qual_dist_first.size()){
+ cerr<<"Fatal Error: Maximum read length allowed is:"<<qual_dist_first.size() << endl;
+ return false;
+ }
+ return get_read_qual(qual_dist_first, read_qual, len);
+ }
+ else{
+ if(len>(int)qual_dist_second.size()){
+ cerr<<"Fatal Error: Maximum length allowed for second read is:"<<qual_dist_first.size() << endl;
+ return false;
+ }
+ return get_read_qual(qual_dist_second, read_qual, len);
+ }
+}
+
+//generate quali vector from dist of first read from pair-end
+bool empdist::get_read_qual(vector<short>& read_qual, bool first){
+ if(first){
+ return get_read_qual(qual_dist_first, read_qual, (int)qual_dist_first.size());
+ }
+ else{
+ return get_read_qual(qual_dist_second, read_qual, (int)qual_dist_second.size());
+ }
+}
+
+bool empdist::get_read_qual(vector< map <unsigned int, unsigned short> >&qual_dist, vector<short>& read_qual, int len){
+ if((int)qual_dist.size()<len) return false;
+ unsigned int cumCC;
+ map <unsigned int, unsigned short>::iterator it;
+ for(int i=0; i<len; i++){
+ cumCC=(unsigned int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+ it=qual_dist[i].lower_bound(cumCC);
+ //if(it!=qual_dist[i].end()){
+ read_qual.push_back(it->second);
+ //}
+ }
+ return true;
+}
+
+bool empdist::get_read_qual_1st(string seq, vector<short>& read_qual){
+ int len=seq.size();
+ if(len==0) return false;
+ if(a_qual_dist_first.size()<len || t_qual_dist_first.size()<len || g_qual_dist_first.size()<len || c_qual_dist_first.size()<len ){
+ cerr<<"Error: The required read length exceeds the length of the read quality profile"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+
+ unsigned int cumCC;
+ map <unsigned int, unsigned short>::iterator it;
+ for(int i=0; i<len; i++){
+ cumCC=(unsigned int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+ if(seq[i]=='A'){
+ it=a_qual_dist_first[i].lower_bound(cumCC);
+ read_qual.push_back(it->second);
+ }
+ else if(seq[i]=='C'){
+ it=c_qual_dist_first[i].lower_bound(cumCC);
+ read_qual.push_back(it->second);
+ }
+ else if(seq[i]=='G'){
+ it=g_qual_dist_first[i].lower_bound(cumCC);
+ read_qual.push_back(it->second);
+ }
+ else if(seq[i]=='T'){
+ it=g_qual_dist_first[i].lower_bound(cumCC);
+ read_qual.push_back(it->second);
+ }
+ else{
+ //return random quality less than 10
+ read_qual.push_back((short) r_prob()*10);
+ }
+ }
+ return true;
+}
+
+bool empdist::get_read_qual_2nd(string seq, vector<short>& read_qual){
+ int len=seq.size();
+ if(len==0) return false;
+ if(a_qual_dist_second.size()<len || t_qual_dist_second.size()<len || g_qual_dist_second.size()<len || c_qual_dist_second.size()<len ){
+ cerr<<"Error: The required read length exceeds the length of the read quality profile"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+
+ unsigned int cumCC;
+ map <unsigned int, unsigned short>::iterator it;
+ for(int i=0; i<len; i++){
+ cumCC=(unsigned int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+ if(seq[i]=='A'){
+ it=a_qual_dist_second[i].lower_bound(cumCC);
+ read_qual.push_back(it->second);
+ }
+ else if(seq[i]=='C'){
+ it=c_qual_dist_second[i].lower_bound(cumCC);
+ read_qual.push_back(it->second);
+ }
+ else if(seq[i]=='G'){
+ it=g_qual_dist_second[i].lower_bound(cumCC);
+ read_qual.push_back(it->second);
+ }
+ else if(seq[i]=='T'){
+ it=g_qual_dist_second[i].lower_bound(cumCC);
+ read_qual.push_back(it->second);
+ }
+ else{
+ //return random quality less than 10
+ read_qual.push_back((short) r_prob()*10);
+ }
+ }
+ return true;
+}
+
+empdist::~empdist(){
+ qual_dist_first.clear();
+ qual_dist_second.clear();
+}
+
+bool empdist::read_emp_dist(string infile, bool is_first){
+ ifstream distss(infile.c_str());
+ if(!distss){
+ cerr<<"Fatal Error: Cannot open the distribution file: "<<infile<< endl;
+ return false;
+ }
+ return read_emp_dist(distss, is_first);
+}
+
+bool empdist::read_emp_dist(istream& input, bool is_first){
+ int linenum=0;
+ int read_pos;
+ char alt_read_pos;
+
+ while(!input.eof()){
+ bool a_flag = false;
+ bool t_flag = false;
+ bool g_flag = false;
+ bool c_flag = false;
+
+ string aLine;
+ getline(input, aLine);
+ if(aLine.length()==0) continue;
+ if(aLine[0]=='#') continue;
+
+ if( !sep_qual_flag && (aLine[0] != comb_sym[0])){
+ continue;
+ } else if( sep_qual_flag && (aLine[0] == a_sym[0])){
+ a_flag = true;
+ } else if( sep_qual_flag && (aLine[0] == t_sym[0])){
+ t_flag = true;
+ } else if( sep_qual_flag && (aLine[0] == g_sym[0])){
+ g_flag = true;
+ } else if( sep_qual_flag && (aLine[0] == c_sym[0])){
+ c_flag = true;
+ } else if( sep_qual_flag && (aLine[0] == n_sym[0])){
+ continue;
+ } else if( sep_qual_flag && (aLine[0] == comb_sym[0])){
+ continue;
+ }
+
+ istringstream ss(aLine);
+ ss>>alt_read_pos;
+ ss>>read_pos;
+
+ if(read_pos!=linenum){
+ linenum = 0;
+ if(read_pos!=linenum){
+ cerr<<"Fatal error (1): Wrong format of input distribution."<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ }
+
+ unsigned short t_int;
+ vector<unsigned short> qual;
+
+ while (ss >> t_int){ qual.push_back(t_int); }
+
+ getline(input, aLine);
+ ss.clear();ss.str(aLine);
+ ss>>alt_read_pos;
+ ss>>read_pos;
+
+ if(read_pos!=linenum){
+ cerr<<"Fatal error (2): Wrong format of input distribution."<<endl;
+ exit(2);
+ }
+
+ unsigned long t_uint;
+ vector<unsigned long> count;
+
+ while (ss >> t_uint){ count.push_back(t_uint); }
+
+ if(count.size()!=qual.size()){
+ cerr<<"Fatal error (3): Wrong format of input distribution."<<endl;
+ exit(3);
+ }
+
+ double denom=count[count.size()-1]/(double)max_dist_number;
+ map<unsigned int, unsigned short> dist;
+
+ for(size_t i=0; i<count.size(); i++){
+ unsigned int cc=(unsigned int)ceil(count[i]/denom);
+ dist[cc]=qual[i];
+ }
+ if(dist.size()>0){
+ linenum++;
+
+ if(!sep_qual_flag && is_first){
+ qual_dist_first.push_back(dist);
+ } else if(!sep_qual_flag && !is_first){
+ qual_dist_second.push_back(dist);
+ } else if(a_flag && is_first){
+ a_qual_dist_first.push_back(dist);
+ } else if(a_flag && !is_first){
+ a_qual_dist_second.push_back(dist);
+ } else if(t_flag && is_first){
+ t_qual_dist_first.push_back(dist);
+ } else if(t_flag && !is_first){
+ t_qual_dist_second.push_back(dist);
+ } else if(g_flag && is_first){
+ g_qual_dist_first.push_back(dist);
+ } else if(g_flag && !is_first){
+ g_qual_dist_second.push_back(dist);
+ } else if(c_flag && is_first){
+ c_qual_dist_first.push_back(dist);
+ } else if(c_flag && !is_first){
+ c_qual_dist_second.push_back(dist);
+ } else {
+ cerr << "Unexpected Error: Profile was not read in correctly." << endl;
+ exit(5);
+ }
+ }
+ }
+ //max_len_read=linenum;
+ if(linenum==0) return false;
+ return true;
+}
+
+bool empdist::read_emp_dist(istream& input, map <unsigned int, unsigned int>& dist){
+ while(!input.eof()){
+ string aLine;
+ getline(input, aLine);
+ if(aLine.length()==0) continue;
+ if(aLine[0]=='#') continue;
+ istringstream ss(aLine);
+ unsigned int t_int;
+ vector<unsigned int> value;
+ while (ss >> t_int){ value.push_back(t_int); }
+ getline(input, aLine);
+ ss.clear();ss.str(aLine);
+ vector<unsigned int> count;
+ while (ss >> t_int){ count.push_back(t_int); }
+ if(count.size()!=value.size()){
+ cerr<<"Fatal error (4): Wrong format of input distribution."<<endl;
+ exit(4);
+ }
+ double denom=count[count.size()-1]/(double)max_dist_number;
+ for(size_t i=0; i<count.size(); i++){
+ unsigned int cc=(unsigned int)ceil(count[i]/denom);
+ dist[cc]=value[i];
+ }
+ break;
+ }
+ if(dist.size()==0) return false;
+ return true;
+}
+
+bool empdist::read_emp_dist(string infile, map <unsigned int, unsigned int>& dist){
+ ifstream distss(infile.c_str());
+ if(!distss){
+ cerr<<"Cannot open the distribution file "<<infile<<endl;
+ return false;
+ }
+ return read_emp_dist(distss, dist);
+}
diff --git a/art_illumina_src/empdist.h b/art_illumina_src/empdist.h
new file mode 100644
index 0000000..65d04d6
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/empdist.h
@@ -0,0 +1,102 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+#pragma once
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <sstream>
+#include <fstream>
+#include <string>
+#include <map>
+#include <cmath>
+
+
+#define HIGHEST_QUAL 80
+
+#define QUAL_DIST_ONE36 ". 0 3 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 40\n. 0 39375 355755 395136 415685 1227131 1338634 1522001 1851208 2165909 2436839 2608538 3151544 3638628 4218935 4552017 4936868 6093912 6810203 7762413 8336676 9740769 11066722 13282828 16958345 28105900 72514851 93003507 107259823 112268937 122560993 138449311 148388962 183462055 192213544 212042638\n. 1 2 3 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 [...]
+#define QUAL_DIST_TWO36 ". 0 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35\n. 0 24169 108679 230878 432989 531637 687985 724072 757448 827457 1045400 1182089 1284825 1364606 1444283 1592857 1765902 2020367 2511428 3007139 3455841 4698345 6564440 7237939 26839079 54160047 75144180 75682608 82040869 82063067 82204505 82254207\n. 1 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35\n. 1 111162 206396 401928 63211 [...]
+#define QUAL_DIST_ONE44 ". 0 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36\n. 0 142168 225190 337248 610393 758015 1064016 1194136 1310320 1440508 1659231 1819983 1843960 1929737 2089621 2249375 2392228 2597911 2896726 3140627 3330665 3567790 3869834 4058388 4251364 4695430 4912779 5379557 23180714 33282826 43682286 62663081 71719322 72048535 72127610 72288600\n. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 [...]
+#define QUAL_DIST_TWO44 ". 0 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 26 27 28 29 30 31 32 34 35\n. 0 77034 90389 156882 216994 369038 421292 554772 561283 659949 729973 758421 880149 1103459 1122957 1165256 1190910 1281622 1361618 1621770 1657792 1923995 2049928 2143423 2432383 2538265 2852646 3230695 12876012 21669241 29964189 30096345 30226613\n. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 26 27 28 29 30 31 32 34 35\n. 1 74110 86563 156072 218376 [...]
+#define QUAL_DIST_ONE50 ". 0 7 8 12 14 15 16 19 20 22 25 26 27 28 29 31 33 34 36\n. 0 69185 652059 1060003 1270010 1534276 1755038 2458510 2468885 2724930 2974082 3554732 3862344 4412767 5570179 14766465 17123570 17724519 18909340\n. 1 7 8 12 14 15 16 19 20 22 25 26 27 28 29 31 33 34 36\n. 1 111009 931279 1502559 1792951 2151483 2451174 3379974 3393360 3718812 4040145 4693789 5034460 5707291 6971379 14570647 17050064 17647962 18909340\n. 2 5 8 9 11 13 15 16 20 21 24 26 27 29 30 31 33 34 [...]
+#define QUAL_DIST_TWO50 ". 0 2 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40\n. 0 760694 783617 1485449 1600097 1662316 1971976 2034444 2445582 2508624 2539770 3109145 3141712 3174655 3241687 3807595 3841661 9006619 9290988 11840973 14379434 17584568 18283898 18641549 18712479 19209942 19996643 20793620 22795440 23471373 34368792 34916488 35931130 37064566 37710799 37732732 37751977 37879391\n. 1 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 [...]
+#define QUAL_DIST_ONE75 ". 0 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 34\n. 0 150623 207501 514720 1898368 1934972 2866832 2899437 3573586 4098956 4739589 5004492 5518069 6459433 6721628 7053672 7592206 7952822 9240440 10116858 10410781 11220699 11871980 13597237 14982599 31972672 33118685 42285605 57915567 58204858 59144583 59576517\n. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 34\n. 1 191746 267031 682094 [...]
+#define QUAL_DIST_TWO75 ". 0 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36\n. 0 543307 818625 2509308 4992808 8438377 11672192 13296448 13736670 15917998 17676703 19592490 20442857 22430803 24139678 26624739 29745196 31244672 32704493 35166263 39642628 41752267 45293233 49605769 64252493 77494158 87717704 120721976 146901483 149393136 151625348 153347693 154937276 155953843 156397714 156913174\n. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 [...]
+#define QUAL_DIST_ONE100 ". 0 0 2 7 10 12 15 16 18 19 20 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 33 34\n. 0 3905743 45345497 49158122 57009821 59025108 61049836 73186593 74775249 74919293 77067802 83794125 92125932 94625060 109130534 152157667 173621700 228617928 235434409 360506841 924229100 1050788673 1572984495\n. 1 0 2 7 10 12 15 16 18 19 20 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 33 34\n. 1 656238 42553987 46270739 59523316 60829670 63811399 85685424 87500618 87849582 90541237 98878279 107130755 109949 [...]
+#define QUAL_DIST_TWO100 ". 0 0 2 10 16 19 22 23 25 26 27 28 30 31 33 34\n. 0 5726942 50897586 106615781 162540329 162873272 164608663 184363026 260851397 289604631 311827150 452561980 620808242 1038520111 1362591642 1572984495\n. 1 0 2 10 16 19 22 23 25 26 27 28 30 31 33 34\n. 1 9532963 51976520 96635108 145027167 145461997 148610729 167190515 208252097 240747149 271453040 332598623 474292066 972789484 1236406188 1572984495\n. 2 0 2 10 16 19 22 23 25 26 27 28 30 31 33 34\n. 2 17831088 6 [...]
+#define QUAL_DIST_ONE250 ". 0 2 11 20 24 27 28 30 32\n. 0 13217 326029 587055 708792 1381041 1845106 13112484 14888071\n. 1 2 11 20 24 27 28 30 32\n. 1 93 229789 451665 580153 1115716 1620727 12491490 14888071\n. 2 11 20 24 27 28 30 32\n. 2 198041 375236 502607 972605 1501297 12107561 14888071\n. 3 11 20 24 27 28 30 32\n. 3 158609 293540 405919 810973 1365260 11812381 14888071\n. 4 11 20 24 27 28 30 32\n. 4 220749 359387 506224 919813 1423088 11830897 14888071\n. 5 9 10 11 12 13 14 20 22 [...]
+#define QUAL_DIST_TWO250 ". 0 2 11 20 24 27 28 30 32\n. 0 3313 1156414 1827396 2059431 3121261 3818244 13834005 14888071\n. 1 2 11 20 24 27 28 30 32\n. 1 88 998973 1624742 1852098 2759930 3543128 13510174 14888071\n. 2 2 11 20 24 27 28 30 32\n. 2 1671 852737 1391294 1586856 2388532 3236153 13196381 14888071\n. 3 2 11 20 24 27 28 30 32\n. 3 183 874855 1330444 1558039 2285629 3148059 13032051 14888071\n. 4 2 11 20 24 27 28 30 32\n. 4 1 881496 1327755 1563973 2293341 3162832 13076266 148880 [...]
+#define HiSeq2000L100R1 ". 0 2 7 10 12 15 16 18 19 20 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 33 34\n. 0 2137709 9838260 25618196 30056408 46452641 87817886 89405617 90818663 93036650 101245685 111136694 113335648 138988235 180507123 203731089 255978114 261865733 371628676 895552331 1066899468 1729896175\n. 1 2 7 10 12 15 16 18 19 20 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 33 34\n. 1 297709 9841379 17922659 22333815 34094711 60443221 62746508 63830880 66853752 74476913 82484877 85573865 110307590 145308368 [...]
+#define HiSeq2000L100R2 ". 0 2 10 16 19 22 23 25 26 27 28 30 31 33 34\n. 0 10941304 61244299 114406586 114614601 115469561 130882307 173986676 200248235 224488282 285795240 399141889 912411817 1189580581 1729896175\n. 1 2 10 16 19 22 23 25 26 27 28 30 31 33 34\n. 1 9438355 54125988 99875129 100217282 102543772 117482677 155681551 181983973 211178295 261775379 362819480 851632029 1029488755 1729896175\n. 2 2 10 16 19 22 23 25 26 27 28 30 31 33 34\n. 2 9408189 54558743 96303206 96478634 99 [...]
+#define HiSeq2500L125R1 ". 0 2 18 25 27 28 30 31 32 33 34\n. 0 501540 14528493 21512178 27892666 30462569 34933739 39589167 76712990 205029125 499660772\n. 1 18 25 27 28 30 31 32 33 34\n. 1 14942133 20570845 26698655 30553444 35551769 43332862 74856672 188084794 499660772\n. 2 18 25 27 28 30 31 32 33 34\n. 2 15333830 20770770 26229231 30238008 35425235 44100550 74198843 182503127 499660772\n. 3 15 25 27 28 30 31 32 33 34\n. 3 14534463 19772180 24871325 28881657 34011574 43008899 73167369 [...]
+#define HiSeq2500L125R2 ". 0 2 18 25 27 28 30 31 32 33 34\n. 0 177451 20810026 27898809 36771253 40525806 44907069 53159377 95273993 297844157 499660772\n. 1 2 18 25 27 28 30 31 32 33 34\n. 1 216220 22399536 28311182 35913571 40229877 44623985 55493966 88427941 263707835 499660772\n. 2 2 18 25 27 28 30 31 32 33 34\n. 2 222710 22118233 27782533 34791403 39427222 43855338 55621347 86116153 249484110 499660772\n. 3 2 15 25 27 28 30 31 32 33 34\n. 3 228342 23116594 28669421 35250514 40358854 [...]
+#define HiSeq2500L150R1 ". 0 3 7 16 23 28 34\n. 0 40020 46153 309325 361402 1522200 12276056\n. 1 3 7 16 23 28 34\n. 1 30805 36524 201972 264270 1044420 12276056\n. 2 3 7 16 23 28 34\n. 2 31734 43659 1055152 1327317 2613680 12276056\n. 3 3 7 16 23 28 34 38\n. 3 34030 44415 914207 989928 1713012 3237441 12276056\n. 4 3 7 16 23 28 34 38\n. 4 36613 40611 294112 322927 747099 2146348 12276056\n. 5 3 7 16 23 28 34 38\n. 5 54984 77187 250614 301283 586618 1627879 12276056\n. 6 3 7 16 23 28 34 [...]
+#define HiSeq2500L150R2 ". 0 3 7 16 23 28 34\n. 0 149647 171970 547387 652225 1628189 12276056\n. 1 3 7 16 23 28 34\n. 1 148999 171919 524632 639547 1539986 12276056\n. 2 3 7 16 23 28 34\n. 2 149328 172293 498582 615981 1454218 12276056\n. 3 3 7 16 23 28 34 38\n. 3 149328 169720 477360 532732 874790 1815709 12276056\n. 4 3 7 16 23 28 34 38\n. 4 157402 175624 468025 522016 854779 1767380 12276056\n. 5 3 7 16 23 28 34 38\n. 5 166133 212701 475664 544700 872803 1814806 12276056\n. 6 3 7 16 [...]
+
+using namespace std;
+
+inline double r_prob(){
+ return rand()/(double)RAND_MAX;
+};
+
+class empdist{
+public:
+ empdist();
+ bool setdist(string file_name, string file_name1, bool sep_qual, int length);
+ bool setdist(string sequencer, bool sep_qual, int length);
+ static double prob_err[HIGHEST_QUAL];
+ static void set_err_prob(){
+ for(int i=0; i<HIGHEST_QUAL; i++){
+// prob_err[i]=10^(-i/10);
+ prob_err[i]=pow(10,-i/(double)10);
+ }
+ };
+ static const unsigned int max_dist_number=1000000; //need >100000
+ bool read_emp_dist(string infile, bool is_first);
+ bool read_emp_dist(istream& input, bool is_first);
+ bool read_emp_dist(string infile, map <unsigned int, unsigned int>& dist);
+ bool read_emp_dist(istream& input, map <unsigned int, unsigned int> & dist);
+
+ bool get_read_qual(vector<short>& read_qual, bool first=true);
+ bool get_read_qual(vector<short>& read_qual, int len, bool first=true);
+ bool get_read_qual_1st(string seq, vector<short>& read_qual);
+ bool get_read_qual_2nd(string seq, vector<short>& read_qual);
+ //TODO
+ //bool read_conti_dist();
+ ~empdist();
+
+ string ssystem;
+ map <string,string> mid2name;
+ vector< map <unsigned int, unsigned short> > qual_dist_first;
+ vector< map <unsigned int, unsigned short> > a_qual_dist_first;
+ vector< map <unsigned int, unsigned short> > t_qual_dist_first;
+ vector< map <unsigned int, unsigned short> > g_qual_dist_first;
+ vector< map <unsigned int, unsigned short> > c_qual_dist_first;
+ vector< map <unsigned int, unsigned short> > qual_dist_second;
+ vector< map <unsigned int, unsigned short> > a_qual_dist_second;
+ vector< map <unsigned int, unsigned short> > t_qual_dist_second;
+ vector< map <unsigned int, unsigned short> > g_qual_dist_second;
+ vector< map <unsigned int, unsigned short> > c_qual_dist_second;
+
+ map<unsigned int, unsigned int> fragment_length;
+ int get_ran_flagment_len(){
+ if(fragment_length.size()==0) return -1;
+ int cc=(int) ceil(r_prob()*max_dist_number);
+ map<unsigned int, unsigned int>::iterator it=fragment_length.lower_bound(cc);
+ if(it==fragment_length.end()) return -1;
+ return it->second;
+ };
+private:
+ //int max_len_pair_first;
+ //int max_len_pair_second;
+ bool get_read_qual(vector< map <unsigned int, unsigned short> >&qual_dist, vector<short>& read_qual, int len);
+
+ string machinetype;
+ string comb_sym;
+ string a_sym;
+ string t_sym;
+ string g_sym;
+ string c_sym;
+ string n_sym;
+ bool sep_qual_flag;
+};
diff --git a/art_illumina_src/readSeqFile.cpp b/art_illumina_src/readSeqFile.cpp
new file mode 100644
index 0000000..73dc429
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/readSeqFile.cpp
@@ -0,0 +1,136 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART -- Artificial Read Transcription
+//Copyright(c) 2008-2012 Weichun Huang All Rights Reserved.
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+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <time.h>
+#include <math.h>
+#include <string>
+#include <vector>
+#include <algorithm>
+#include <functional>
+#include <iostream>
+#include <fstream>
+#include <sstream>
+
+using namespace std;
+
+
+#include "readSeqFile.h"
+
+readSeqFile::readSeqFile(){
+ fileName = (char*) "";
+}
+readSeqFile::readSeqFile(char* file_name){
+ fileName = file_name;
+ infile.open(fileName);
+ if(! infile.is_open()){
+ cerr<<"the file: "<<file_name<<" can not be opened"<<endl;
+ exit(0);
+ }
+}
+
+readSeqFile::~readSeqFile(){
+ if(infile.is_open()){
+ infile.close();
+ }
+}
+
+//read next num_next seq in fast format
+int readSeqFile::next_seq(vector<string>& nextid, vector<string>& nextseq, int num_next)
+{
+ if(!infile.is_open()){
+ cerr<<"There is not open file"<<endl;
+ return 0;
+ }
+ string geneID="";
+ string geneSEQ="",tmpString="";
+ char tempChar;
+ int numSeq=0;
+ while(!infile.eof() && numSeq<num_next){
+ tempChar = 'a';
+ while(tempChar!='>' && !infile.eof() ){
+ infile.get(tempChar);
+ }
+ if(tempChar!='>'){
+ continue;
+ }
+ getline(infile,geneID);
+ if(geneID.length()<1){
+ continue;
+ }
+ while((!infile.eof()) && (infile.peek()!='>')){
+ tmpString.clear();
+ getline(infile,tmpString);
+ if ((tmpString.size() > 0) && (tmpString[tmpString.size() - 1] == '\r')){ tmpString.resize(tmpString.size() - 1); }
+ geneSEQ.append(tmpString);
+ }
+ nextseq.push_back(geneSEQ);
+ nextid.push_back(geneID);
+ geneSEQ.clear();
+ geneID.clear();
+ numSeq++;
+ }
+ return numSeq;
+}
+
+int readSeqFile::next_seq(vector<string>& nextid,vector<string>& nextseq)
+{
+ return next_seq(nextid, nextseq,1);
+}
+//read in one seq
+int readSeqFile::next_seq(string& geneID,string& geneSEQ){
+ if(!infile.is_open()){
+ cerr<<"There is not open file"<<endl;
+ return 0;
+ }
+ geneSEQ.clear();
+ string tmpString="";
+ char tempChar;
+ int numSeq=0;
+ //stringstream tmpseq;
+ while(!infile.eof() && numSeq==0){
+ tempChar = 'a'; //tempChar is not '>'
+ while(tempChar!='>' && !infile.eof() ){
+ infile.get(tempChar);
+ }
+ if(tempChar!='>'){
+ continue;
+ }
+ getline(infile,geneID);
+ if(geneID.length()<1){
+ continue;
+ }
+ while((!infile.eof()) && (infile.peek()!='>')){
+ tmpString.clear();
+ getline(infile,tmpString);
+ if ((tmpString.size() > 0) && (tmpString[tmpString.size() - 1] == '\r')){ tmpString.resize(tmpString.size() - 1); }
+ geneSEQ.append(tmpString);//v1.1 change from "geneSEQ.append(tmpString)":
+ }
+ numSeq++;
+ }
+ return numSeq;
+}
+
+//close opened file and open another file
+bool readSeqFile::reSetFile(char* file_name){
+ if(infile.is_open()){
+ infile.close();
+ }
+ infile.open(file_name);
+ if(! infile.is_open()){
+ cerr<<"the file: "<<file_name<<" can not be opened";
+ return false;
+ }
+ return true;
+
+}
+
+//set pointer to begining
+bool readSeqFile::restart(){
+ infile.clear();
+ infile.seekg(0, ios::beg);
+ return true;
+}
diff --git a/art_illumina_src/readSeqFile.h b/art_illumina_src/readSeqFile.h
new file mode 100644
index 0000000..43621e6
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/readSeqFile.h
@@ -0,0 +1,29 @@
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+//ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription
+//Copyright(c) 2008-2011 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+#pragma once
+
+#include <vector>
+#include <fstream>
+#include <string>
+using namespace std;
+
+class readSeqFile{
+ private:
+ char* fileName;
+ ifstream infile;
+ public:
+ readSeqFile(char* file_name);
+ readSeqFile();
+ ~readSeqFile();
+ //close opened file and open another file
+ bool reSetFile(char* file_name);
+ //read next num_next seq in fasta format
+ int next_seq(vector<string>& nextid,vector<string>& nextseq, int num_next);
+ int next_seq(vector<string>& nextid,vector<string>& nextseq);
+ int next_seq(string& geneID,string& geneSEQ);
+ //set pointer to begining
+ bool restart();
+
+};
diff --git a/art_illumina_src/samRead.cpp b/art_illumina_src/samRead.cpp
new file mode 100644
index 0000000..d769a14
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/samRead.cpp
@@ -0,0 +1,138 @@
+/*
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+ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription
+Copyright(c) 2011 Weichun Huang All Rights Reserved.
+_____________________________________________________________________________________________________________
+*/
+
+#include <sstream>
+#include "samRead.h"
+
+
+void samHeader::getRefseqID(char* seqfile){
+ SN.clear();
+ LN.clear();
+ readSeqFile seq_reader(seqfile);
+ string id, seq;
+ while(seq_reader.next_seq(id,seq)){
+ SN.push_back(id);
+ LN.push_back(seq.size());
+ seq.clear();
+ }
+// seq_reader.~readSeqFile();
+}
+
+void samHeader::printHeader(ostream& fout){
+ if(SN.size()!=LN.size()){
+ cerr<<"fatal error in determining the number of sequences"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ fout<<"@HD\t"<<"VN:"<<VN<<"\tSO:"<<SO<<endl;
+ for(size_t i=0; i<SN.size(); i++){
+ fout<<"@SQ\t"<<"SN:"<<SN[i]<<"\tLN:"<<LN[i]<<endl;
+ }
+ fout<<"@PG\t"<<"ID:"<<ID<<"\tPN:"<<PN<<"\tCL:"<<CL<<endl;
+}
+
+void samHeader::printAlnHeader(ostream& fout){
+ if(SN.size()!=LN.size()){
+ cerr<<"fatal error in determining the number of sequences"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+ fout<<"@CM\t"<<CL<<endl;
+ for(size_t i=0; i<SN.size(); i++){
+ fout<<"@SQ\t"<<SN[i]<<"\t"<<LN[i]<<endl;
+ }
+ fout<<"##Header End"<<endl;
+}
+
+//make sure flag set before call getCigar
+void samRead::getCigar(string & aln_ref, string& aln_read, bool use_M){
+ if(aln_ref.length()!=aln_read.length()){
+ cerr<<"fatal error: wrong alignment"<<endl;
+ exit(1);
+ }
+// vector<char> cType;
+// vector<int> len;
+ cigar="";
+
+ char t, t2;
+ int k=0;
+ if(flag & 0x10){ //reverse complement SEQ
+ int ins_len=0, del_len=0;
+ for(int i=aln_ref.length()-1; i>=0; i--){
+ if(aln_ref[i]==aln_read[i]){
+ t='=';
+ if (use_M) t='M';
+ }
+ else if(aln_ref[i]=='-'){
+ t='I';
+ ins_len++;
+ }
+ else if(aln_read[i]=='-'){
+ t='D';
+ del_len++;
+ }
+ else{
+ t='X';
+ if (use_M) t='M';
+ }
+ if(t!=t2 && k>0){
+ // cType.push_back(t2);
+ // len.push_back(k);
+ ostringstream oss;
+ oss<<k<<t2;
+ cigar.append(oss.str());
+ k=0;
+ }
+ k++; t2=t;
+ }
+ pos-=del_len-ins_len; //adjust start position
+ }
+ else{
+ for(int i=0; i<aln_ref.length(); i++){
+ if(aln_ref[i]==aln_read[i]){
+ t='=';
+ if (use_M) t='M';
+ }
+ else if(aln_ref[i]=='-'){
+ t='I';
+ }
+ else if(aln_read[i]=='-'){
+ t='D';
+ }
+ else{
+ t='X';
+ if (use_M) t='M';
+ }
+ if(t!=t2 && k>0){
+ // cType.push_back(t2);
+ // len.push_back(k);
+ ostringstream oss;
+ oss<<k<<t2;
+ cigar.append(oss.str());
+ k=0;
+ }
+ k++; t2=t;
+ }
+ }
+ ostringstream oss;
+ oss<<k<<t2;
+ cigar.append(oss.str());
+}
+
+void samRead::reverse_comp(){
+ reverse(seq.begin(), seq.end());
+ reverse(qual.begin(), qual.end());
+ for(int i=0; i<seq.length(); i++){
+ if (seq[i] == 'A') seq[i] = 'T';
+ else if(seq[i] == 'T') seq[i] = 'A';
+ else if(seq[i] == 'C') seq[i] = 'G';
+ else if(seq[i] == 'G') seq[i] = 'C';
+ else seq[i] = 'N';
+ }
+}
+
+void samRead::printRead(ostream& fout){
+ fout<<qname<<"\t"<<flag<<"\t"<<rname<<"\t"<<pos<<"\t"<<mapQ<<"\t"<<cigar<<"\t"<<rNext<<"\t"<<pNext<<"\t"<<tLen<<"\t"<<seq<<"\t"<<qual<<endl;
+}
diff --git a/art_illumina_src/samRead.h b/art_illumina_src/samRead.h
new file mode 100644
index 0000000..09c59df
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/samRead.h
@@ -0,0 +1,73 @@
+/*
+>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription
+Copyright(c) 2011 Weichun Huang All Rights Reserved.
+_____________________________________________________________________________________________________________
+*/
+#pragma once
+
+#include <cmath>
+#include <string>
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <iterator>
+#include <map>
+#include <cstdio>
+#include <set>
+#include <algorithm>
+#include "readSeqFile.h"
+
+using namespace std;
+
+
+
+class samHeader{
+ public:
+ samHeader(){
+ VN="1.4";
+ SO="unsorted";
+ }
+
+ //@HD
+ string VN; //=1.4
+ string SO; //=unsorted
+
+ //@SQ
+ vector<string> SN;
+ vector<long> LN;
+
+ //@PG
+ string ID;
+ string PN;
+ string CL;
+
+ void getRefseqID(char* seqfile);
+ void printHeader(ostream& fout);
+ void printAlnHeader(ostream& fout);
+};
+
+class samRead{
+
+ public:
+ samRead(){
+ flag=0;
+ mapQ=99;
+ rNext="*";
+ pNext=0;
+ tLen=0;
+ };
+ string qname;
+ int flag;
+ string rname;
+ long pos;
+ short mapQ;
+ string cigar;
+ string rNext;
+ long pNext;
+ int tLen;
+ string seq;
+ string qual;
+ void reverse_comp();
+ void getCigar(string & aln_ref, string& aln_read, bool use_M=false);
+ void printRead(ostream& fout);
+};
diff --git a/art_illumina_src/seqRead.cpp b/art_illumina_src/seqRead.cpp
new file mode 100644
index 0000000..9bf5bb0
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/seqRead.cpp
@@ -0,0 +1,76 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription
+//Copyright(c) 2008-2014 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+#include "seqRead.h"
+
+int seqRead::get_indel(int read_len){
+ //if(ins_rate.size()>=read_len) {cerr<<"fatal error\n"; exit(1)};
+ int ins_len=0, del_len=0;
+ //deletion
+ for(int i=(int)del_rate.size()-1; i>=0; i--){
+ if(del_rate[i]>=r_prob()){
+ del_len=i+1;
+ for(int j=i; j>=0;){
+ int pos=(int) floor((read_len-1)*r_prob()); //invalid deletion positions: 0 or read_len-1
+ if(pos==0) continue;
+ if(indel.count(pos)==0){
+ indel[pos]='-';
+ j--;
+ }
+ }
+ break;
+ }
+ }
+
+ for(int i=ins_rate.size()-1; i>=0; i--){
+ if(ins_rate[i]>=r_prob()){
+ ins_len=i+1;
+ for(int j=i; j>=0;){
+ int pos=(int) floor(r_prob()*read_len);
+ if(indel.count(pos)==0){
+ short base=(short)ceil(r_prob()*4);
+ switch(base){
+ case 1:
+ indel[pos]='A'; break;
+ case 2:
+ indel[pos]='C'; break;
+ case 3:
+ indel[pos]='G'; break;
+ case 4:
+ indel[pos]='T';
+ }
+ j--;
+ }
+ }
+ break;
+ }
+ }
+ return (ins_len-del_len);
+};
+
+void seqRead::ref2read(){
+ if(indel.size()==0){
+ seq_read=seq_ref;
+ return;
+ }
+ seq_read.clear();
+ int k=0;
+ for(size_t i=0; i<seq_ref.size();){
+ //cout<<i<<"\t"<<k<<endl;
+ if(indel.count(k)==0){
+ seq_read.push_back(seq_ref[i]); i++; k++;
+ }
+ else if(indel[k]=='-'){
+ i++;k++;
+ }
+ else{
+ seq_read.push_back(indel[k]); k++;
+ }
+ }
+ while(indel.count(k)>0){
+ seq_read.push_back(indel[k]);
+ k++;
+ }
+}
+
diff --git a/art_illumina_src/seqRead.h b/art_illumina_src/seqRead.h
new file mode 100644
index 0000000..41e6e91
--- /dev/null
+++ b/art_illumina_src/seqRead.h
@@ -0,0 +1,290 @@
+//>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
+//ART_ILLUMINA -- Artificial Read Transcription
+//Copyright(c) 2008-2014 Weichun Huang All Rights Reserved.
+//___________________________________________________________________________
+#pragma once
+
+#include <cmath>
+#include <ctime>
+#include <string>
+#include <iostream>
+#include <vector>
+#include <iterator>
+#include <map>
+#include <cstdio>
+#include <set>
+#include <gsl/gsl_rng.h>
+#include <gsl/gsl_randist.h>
+//#include <gsl/gsl_sys.h>
+//#include <gsl/gsl_machine.h>
+//#include <gsl/gsl_precision.h>
+//#include <gsl/gsl_nan.h>
+//#include <gsl/gsl_pow_int.h>
+#include <gsl/gsl_cdf.h>
+
+#include "empdist.h"
+
+using namespace std;
+
+class seqRead{
+public:
+ seqRead(){
+ int len=35;
+// double error_1st []={0.0021933, 0.0022350, 0.0022800, 0.0023540, 0.0023960, 0.0024700, 0.0024540, 0.0024000, 0.0022900, 0.0023000, 0.0029220, 0.0049160, 0.0070740, 0.0091220, 0.0119580, 0.0166400, 0.0223840, 0.0244940, 0.0266900, 0.0307500, 0.0325920, 0.0349900, 0.0380880, 0.0430380, 0.0470620, 0.0481820, 0.0505380, 0.0562680, 0.0572500, 0.0564340, 0.0599940, 0.0614700, 0.0733940, 0.0785200, 0.0870333};
+ //qual_1st=27, 27, 26, 26, 26, 26, 26, 26, 26, 26, 25, 23, 22, 20, 19, 18, 17, 16, 16, 15, 15, 15, 14, 14, 13, 13, 13, 12, 12, 12, 12, 12, 11, 11, 11
+// double error_2nd[]={0.00763, 0.0077725, 0.007898, 0.00779, 0.007644, 0.008728, 0.008476, 0.01096, 0.010886, 0.011398, 0.01085, 0.011326, 0.01012, 0.011252, 0.011654, 0.012712, 0.013806, 0.013734, 0.016438, 0.035104, 0.035396, 0.037918, 0.039818, 0.041352, 0.027216, 0.04486, 0.047014, 0.054538, 0.067542, 0.092088, 0.092308, 0.10725, 0.113132, 0.116895, 0.103563333};
+ //qual_2nd=21, 21, 21, 21, 21, 21, 21, 20, 20, 19, 20, 19, 20, 19, 19, 19, 19, 19, 18, 15, 15, 14, 14, 14, 16, 13, 13, 13, 12, 10, 10, 10, 9, 9, 10
+
+ double error_1st []={0.001195, 0.001195, 0.001235, 0.0013425, 0.00146, 0.0014975, 0.001485, 0.0014525, 0.0013275, 0.0011675, 0.0011675, 0.00215, 0.0055125, 0.0097875, 0.011615, 0.01253, 0.0176525, 0.0279425, 0.0326375, 0.026815, 0.0257325, 0.03285, 0.04062, 0.0448075, 0.043745, 0.04701, 0.0504975, 0.051395, 0.05926, 0.0622425, 0.0556075, 0.054135, 0.06112, 0.082305, 0.1124975};
+ //qual_1st=29, 29, 29, 29, 28, 28, 28, 28, 29, 29, 29, 27, 23, 20, 19, 19, 18, 16, 15, 16, 16, 15, 14, 13, 14, 13, 13, 13, 12, 12, 13, 13, 12, 11, 9
+ double error_2nd[]={0.006395, 0.00664, 0.0070175, 0.007225, 0.006895, 0.006125, 0.007495, 0.00923, 0.011055, 0.0126975, 0.009685, 0.0079975, 0.009095, 0.0100525, 0.0116925, 0.01151, 0.01174, 0.01361, 0.01402, 0.01626, 0.0415125, 0.06215, 0.040825, 0.023065, 0.02608, 0.0300525, 0.0507825, 0.0699575, 0.05991, 0.0638375, 0.10265, 0.1286775, 0.1198675, 0.1104025, 0.11194};
+ //qual_2nd=22, 22, 22, 21, 22, 22, 21, 20, 20, 19, 20, 21, 20, 20, 19, 19, 19, 19, 19, 18, 14, 12, 14, 16, 16, 15, 13, 12, 12, 12, 10, 9, 9, 10, 10
+
+ cal_err_rate_1st.assign(error_1st,error_1st+len);
+ cal_err_rate_2nd.assign(error_2nd,error_2nd+len);
+ }
+
+ vector <double> cal_qual_1st;
+ vector <double> cal_qual_2nd;
+ vector<gsl_rng*> gsl_p_1st;
+ vector<gsl_rng*> gsl_p_2nd;
+ void ini_ran_qual(){
+ gsl_rng_default_seed=(unsigned int)time(NULL);
+ const gsl_rng_type *rndT=gsl_rng_default;
+ for(size_t k=0; k<cal_err_rate_1st.size(); k++){
+ cal_qual_1st.push_back(-10*log10(cal_err_rate_1st[k]));
+ cal_qual_2nd.push_back(-10*log10(cal_err_rate_2nd[k]));
+ gsl_p_1st.push_back(gsl_rng_alloc(rndT));
+ gsl_p_2nd.push_back(gsl_rng_alloc(rndT));
+ }
+ };
+
+ static const int max_N_qual=10;
+ vector <double> cal_err_rate_1st;
+ vector <double> cal_err_rate_2nd;
+ vector <double> ins_rate; //Bionomial cum_prob gsl_cdf_binomial_Q(unsigned int k, double p, unsigned int n)
+ vector <double> del_rate; //Binomial
+ vector<double> sub_rate; //Binomial
+ void set_rate(int read_len, double p, int max_num, vector <double>& rate){
+ rate.resize(max_num);
+ for(size_t i=1; i<=max_num; i++){
+ rate[i-1]= gsl_cdf_binomial_Q(i, p, read_len);
+ }
+ };
+ static char rand_base(){
+ short base=(short)ceil(r_prob()*4);
+ switch(base){
+ case 1:
+ return 'A';
+ case 2:
+ return 'C';
+ case 3:
+ return 'G';
+ case 4:
+ return 'T';
+ default:
+ return 'N';
+ }
+ };
+
+ //static bool with_indel;
+ int get_indel(int read_len);
+ map<int,char,less<int> > indel;
+ map<int,char> substitution;
+ bool is_plus_strand;
+ unsigned long bpos; //parent
+ string seq_read;
+ string seq_ref;
+ void clear(){
+ indel.clear();
+ substitution.clear();
+ seq_read.clear();
+ seq_ref.clear();
+ }
+ //string aln_read;
+ //string aln_ref;
+ bool get_aln(string& aln_read, string& aln_ref){
+ if(indel.size()==0) return false;
+ map<int,char,less<int> >::iterator it;
+ aln_read=seq_read; aln_ref=seq_ref;
+ for(it=indel.begin(); it!=indel.end(); it++){
+ if(it->second!='-'){
+ aln_ref.insert(it->first,1,'-');
+ }
+ else{
+ aln_read.insert(it->first,1,'-');
+ }
+ }
+ return true;
+ };
+
+ void ref2read();
+
+ //based on based on calibrated position-depended error rates
+ int add_calib_error_1st(){
+ int num=0;
+ for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+ if(r_prob()<cal_err_rate_1st[i]){
+ char achar=seq_read[i];
+ while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+ seq_read[i]=achar;
+ substitution[i]=achar;
+ num++;
+ }
+ }
+ return num;
+ };
+
+ int add_calib_error_2nd(){
+ int num=0;
+ for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+ if(r_prob()<cal_err_rate_2nd[i]){
+ char achar=seq_read[i];
+ while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+ seq_read[i]=achar;
+ substitution[i]=achar;
+ num++;
+ }
+ }
+ return num;
+ };
+
+ //based on calibrated position-depended error rates
+ int add_calib_error_1st(vector<short>&qual){
+ int num=0;
+ if(qual.size()<seq_read.size()) qual.resize(seq_read.size());
+ for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+ int q=gsl_ran_poisson(gsl_p_1st[i],cal_qual_1st[i]);
+ qual[i]=q;
+ if(r_prob()<empdist::prob_err[q]){
+ char achar=seq_read[i];
+ while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+ seq_read[i]=achar;
+ substitution[i]=achar;
+ num++;
+ }
+ }
+ return num;
+ };
+
+ int add_calib_error_2nd(vector<short>&qual){
+ int num=0;
+ if(qual.size()<seq_read.size()) qual.resize(seq_read.size());
+ for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+ int q=gsl_ran_poisson(gsl_p_2nd[i],cal_qual_2nd[i]);
+ qual[i]=q;
+ if(r_prob()<empdist::prob_err[q]){
+ char achar=seq_read[i];
+ while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+ seq_read[i]=achar;
+ substitution[i]=achar;
+ num++;
+ }
+ }
+ return num;
+ };
+
+
+ int add_calib_error_1st_stat(vector<short>&err_pos){
+ int num=0;
+ for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+ if(r_prob()<cal_err_rate_1st[i]){
+ err_pos[i]=1;
+ char achar=seq_read[i];
+ while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+ seq_read[i]=achar;
+ substitution[i]=achar;
+ num++;
+ }
+ }
+ return num;
+ };
+
+ int add_calib_error_2nd_stat(vector<short>&err_pos){
+ int num=0;
+ for(size_t i=0; i<seq_read.size(); i++){
+ if(r_prob()<cal_err_rate_2nd[i]){
+ err_pos[i]=1;
+ char achar=seq_read[i];
+ while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+ seq_read[i]=achar;
+ substitution[i]=achar;
+ num++;
+ }
+ }
+ return num;
+ };
+
+
+ //based on empirical dist of quali scores
+ int add_error(vector<short>&qual){
+ if(qual.size()!=seq_read.size()){
+ cerr<<"Error: the number of bases is not equal to the number of quality scores!\n";
+ cerr<< "qual size: " << qual.size() << ", read len: " << seq_read.size() << endl;
+ exit(1);
+ return 0;
+ }
+ int num=0;
+ for(size_t i=0; i<qual.size(); i++){
+ if(seq_read[i]=='N'){
+ //qual[i]=(short) floor(max_N_qual*r_prob()); //reassign N base quality score < max_N_qual
+ qual[i]=(short)1;
+ continue;
+ }
+ if(r_prob()<empdist::prob_err[qual[i]]){
+ char achar=seq_read[i];
+ while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+ seq_read[i]=achar;
+ substitution[i]=achar;
+ num++;
+ }
+ }
+ return num;
+ };
+
+ //based on empirical dist of quali scores
+ int add_error_stat(vector<short>&qual, vector<long>&err_pos){
+ if(qual.size()!=seq_read.size()){
+ cerr<<qual.size()<<"\t"<<seq_read.size()<<endl;
+ cerr<<"Error: the number of bases is not equal to the number of quality score!\n";
+ exit(1);
+ }
+ int num=0;
+ for(size_t i=0; i<qual.size(); i++){
+ if(r_prob()<empdist::prob_err[qual[i]]){
+ err_pos[i]+=1;
+ char achar=seq_read[i];
+ while(seq_read[i]==achar){ achar=rand_base(); }
+ seq_read[i]=achar;
+ substitution[i]=achar;
+ num++;
+ }
+ }
+ return num;
+ };
+
+ //base on bionomial error substitution rate
+ int add_error(int read_len){
+ int sub_num=0;
+ for(int i=(int)sub_rate.size()-1; i>=0; i--){
+ if(sub_rate[i]>=r_prob()){
+ sub_num=i+1;
+ for(int j=i; j>=0;){
+ int pos=(int) floor(read_len*r_prob());
+ if(substitution.count(pos)==0){
+ char achar=seq_read[pos];
+ while(seq_read[pos]==achar){ achar=rand_base(); }
+ substitution[pos]=achar;
+ seq_read[pos]=achar;
+ j--;
+ }
+ }
+ break;
+ }
+ }
+ return sub_num;
+ };
+
+ //vector<char> aln_read;
+ //vector<char> aln_ref;
+};
diff --git a/config.h.in b/config.h.in
new file mode 100644
index 0000000..d662d66
--- /dev/null
+++ b/config.h.in
@@ -0,0 +1,82 @@
+/* config.h.in. Generated from configure.ac by autoheader. */
+
+/* Define to 1 if you have the `floor' function. */
+#undef HAVE_FLOOR
+
+/* Define to 1 if you have the <inttypes.h> header file. */
+#undef HAVE_INTTYPES_H
+
+/* Define to 1 if you have the `gsl' library (-lgsl). */
+#undef HAVE_LIBGSL
+
+/* Define to 1 if you have the `gslcblas' library (-lgslcblas). */
+#undef HAVE_LIBGSLCBLAS
+
+/* Define to 1 if you have the `m' library (-lm). */
+#undef HAVE_LIBM
+
+/* Define to 1 if you have the <memory.h> header file. */
+#undef HAVE_MEMORY_H
+
+/* Define to 1 if you have the `pow' function. */
+#undef HAVE_POW
+
+/* Define to 1 if you have the <stdint.h> header file. */
+#undef HAVE_STDINT_H
+
+/* Define to 1 if you have the <stdlib.h> header file. */
+#undef HAVE_STDLIB_H
+
+/* Define to 1 if you have the <strings.h> header file. */
+#undef HAVE_STRINGS_H
+
+/* Define to 1 if you have the <string.h> header file. */
+#undef HAVE_STRING_H
+
+/* Define to 1 if you have the <sys/stat.h> header file. */
+#undef HAVE_SYS_STAT_H
+
+/* Define to 1 if you have the <sys/types.h> header file. */
+#undef HAVE_SYS_TYPES_H
+
+/* Define to 1 if you have the <unistd.h> header file. */
+#undef HAVE_UNISTD_H
+
+/* Define to 1 if the system has the type `_Bool'. */
+#undef HAVE__BOOL
+
+/* Name of package */
+#undef PACKAGE
+
+/* Define to the address where bug reports for this package should be sent. */
+#undef PACKAGE_BUGREPORT
+
+/* Define to the full name of this package. */
+#undef PACKAGE_NAME
+
+/* Define to the full name and version of this package. */
+#undef PACKAGE_STRING
+
+/* Define to the one symbol short name of this package. */
+#undef PACKAGE_TARNAME
+
+/* Define to the home page for this package. */
+#undef PACKAGE_URL
+
+/* Define to the version of this package. */
+#undef PACKAGE_VERSION
+
+/* Define to 1 if you have the ANSI C header files. */
+#undef STDC_HEADERS
+
+/* Version number of package */
+#undef VERSION
+
+/* Define to `__inline__' or `__inline' if that's what the C compiler
+ calls it, or to nothing if 'inline' is not supported under any name. */
+#ifndef __cplusplus
+#undef inline
+#endif
+
+/* Define to `unsigned int' if <sys/types.h> does not define. */
+#undef size_t
diff --git a/configure b/configure
new file mode 100755
index 0000000..910bae9
--- /dev/null
+++ b/configure
@@ -0,0 +1,6463 @@
+#! /bin/sh
+# Guess values for system-dependent variables and create Makefiles.
+# Generated by GNU Autoconf 2.69 for art C++ VIC.03.09.2015.
+#
+# Report bugs to <whduke at gmail.com>.
+#
+#
+# Copyright (C) 1992-1996, 1998-2012 Free Software Foundation, Inc.
+#
+#
+# This configure script is free software; the Free Software Foundation
+# gives unlimited permission to copy, distribute and modify it.
+## -------------------- ##
+## M4sh Initialization. ##
+## -------------------- ##
+
+# Be more Bourne compatible
+DUALCASE=1; export DUALCASE # for MKS sh
+if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then :
+ emulate sh
+ NULLCMD=:
+ # Pre-4.2 versions of Zsh do word splitting on ${1+"$@"}, which
+ # is contrary to our usage. Disable this feature.
+ alias -g '${1+"$@"}'='"$@"'
+ setopt NO_GLOB_SUBST
+else
+ case `(set -o) 2>/dev/null` in #(
+ *posix*) :
+ set -o posix ;; #(
+ *) :
+ ;;
+esac
+fi
+
+
+as_nl='
+'
+export as_nl
+# Printing a long string crashes Solaris 7 /usr/bin/printf.
+as_echo='\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\'
+as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
+as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
+# Prefer a ksh shell builtin over an external printf program on Solaris,
+# but without wasting forks for bash or zsh.
+if test -z "$BASH_VERSION$ZSH_VERSION" \
+ && (test "X`print -r -- $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
+ as_echo='print -r --'
+ as_echo_n='print -rn --'
+elif (test "X`printf %s $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
+ as_echo='printf %s\n'
+ as_echo_n='printf %s'
+else
+ if test "X`(/usr/ucb/echo -n -n $as_echo) 2>/dev/null`" = "X-n $as_echo"; then
+ as_echo_body='eval /usr/ucb/echo -n "$1$as_nl"'
+ as_echo_n='/usr/ucb/echo -n'
+ else
+ as_echo_body='eval expr "X$1" : "X\\(.*\\)"'
+ as_echo_n_body='eval
+ arg=$1;
+ case $arg in #(
+ *"$as_nl"*)
+ expr "X$arg" : "X\\(.*\\)$as_nl";
+ arg=`expr "X$arg" : ".*$as_nl\\(.*\\)"`;;
+ esac;
+ expr "X$arg" : "X\\(.*\\)" | tr -d "$as_nl"
+ '
+ export as_echo_n_body
+ as_echo_n='sh -c $as_echo_n_body as_echo'
+ fi
+ export as_echo_body
+ as_echo='sh -c $as_echo_body as_echo'
+fi
+
+# The user is always right.
+if test "${PATH_SEPARATOR+set}" != set; then
+ PATH_SEPARATOR=:
+ (PATH='/bin;/bin'; FPATH=$PATH; sh -c :) >/dev/null 2>&1 && {
+ (PATH='/bin:/bin'; FPATH=$PATH; sh -c :) >/dev/null 2>&1 ||
+ PATH_SEPARATOR=';'
+ }
+fi
+
+
+# IFS
+# We need space, tab and new line, in precisely that order. Quoting is
+# there to prevent editors from complaining about space-tab.
+# (If _AS_PATH_WALK were called with IFS unset, it would disable word
+# splitting by setting IFS to empty value.)
+IFS=" "" $as_nl"
+
+# Find who we are. Look in the path if we contain no directory separator.
+as_myself=
+case $0 in #((
+ *[\\/]* ) as_myself=$0 ;;
+ *) as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ test -r "$as_dir/$0" && as_myself=$as_dir/$0 && break
+ done
+IFS=$as_save_IFS
+
+ ;;
+esac
+# We did not find ourselves, most probably we were run as `sh COMMAND'
+# in which case we are not to be found in the path.
+if test "x$as_myself" = x; then
+ as_myself=$0
+fi
+if test ! -f "$as_myself"; then
+ $as_echo "$as_myself: error: cannot find myself; rerun with an absolute file name" >&2
+ exit 1
+fi
+
+# Unset variables that we do not need and which cause bugs (e.g. in
+# pre-3.0 UWIN ksh). But do not cause bugs in bash 2.01; the "|| exit 1"
+# suppresses any "Segmentation fault" message there. '((' could
+# trigger a bug in pdksh 5.2.14.
+for as_var in BASH_ENV ENV MAIL MAILPATH
+do eval test x\${$as_var+set} = xset \
+ && ( (unset $as_var) || exit 1) >/dev/null 2>&1 && unset $as_var || :
+done
+PS1='$ '
+PS2='> '
+PS4='+ '
+
+# NLS nuisances.
+LC_ALL=C
+export LC_ALL
+LANGUAGE=C
+export LANGUAGE
+
+# CDPATH.
+(unset CDPATH) >/dev/null 2>&1 && unset CDPATH
+
+# Use a proper internal environment variable to ensure we don't fall
+ # into an infinite loop, continuously re-executing ourselves.
+ if test x"${_as_can_reexec}" != xno && test "x$CONFIG_SHELL" != x; then
+ _as_can_reexec=no; export _as_can_reexec;
+ # We cannot yet assume a decent shell, so we have to provide a
+# neutralization value for shells without unset; and this also
+# works around shells that cannot unset nonexistent variables.
+# Preserve -v and -x to the replacement shell.
+BASH_ENV=/dev/null
+ENV=/dev/null
+(unset BASH_ENV) >/dev/null 2>&1 && unset BASH_ENV ENV
+case $- in # ((((
+ *v*x* | *x*v* ) as_opts=-vx ;;
+ *v* ) as_opts=-v ;;
+ *x* ) as_opts=-x ;;
+ * ) as_opts= ;;
+esac
+exec $CONFIG_SHELL $as_opts "$as_myself" ${1+"$@"}
+# Admittedly, this is quite paranoid, since all the known shells bail
+# out after a failed `exec'.
+$as_echo "$0: could not re-execute with $CONFIG_SHELL" >&2
+as_fn_exit 255
+ fi
+ # We don't want this to propagate to other subprocesses.
+ { _as_can_reexec=; unset _as_can_reexec;}
+if test "x$CONFIG_SHELL" = x; then
+ as_bourne_compatible="if test -n \"\${ZSH_VERSION+set}\" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then :
+ emulate sh
+ NULLCMD=:
+ # Pre-4.2 versions of Zsh do word splitting on \${1+\"\$@\"}, which
+ # is contrary to our usage. Disable this feature.
+ alias -g '\${1+\"\$@\"}'='\"\$@\"'
+ setopt NO_GLOB_SUBST
+else
+ case \`(set -o) 2>/dev/null\` in #(
+ *posix*) :
+ set -o posix ;; #(
+ *) :
+ ;;
+esac
+fi
+"
+ as_required="as_fn_return () { (exit \$1); }
+as_fn_success () { as_fn_return 0; }
+as_fn_failure () { as_fn_return 1; }
+as_fn_ret_success () { return 0; }
+as_fn_ret_failure () { return 1; }
+
+exitcode=0
+as_fn_success || { exitcode=1; echo as_fn_success failed.; }
+as_fn_failure && { exitcode=1; echo as_fn_failure succeeded.; }
+as_fn_ret_success || { exitcode=1; echo as_fn_ret_success failed.; }
+as_fn_ret_failure && { exitcode=1; echo as_fn_ret_failure succeeded.; }
+if ( set x; as_fn_ret_success y && test x = \"\$1\" ); then :
+
+else
+ exitcode=1; echo positional parameters were not saved.
+fi
+test x\$exitcode = x0 || exit 1
+test -x / || exit 1"
+ as_suggested=" as_lineno_1=";as_suggested=$as_suggested$LINENO;as_suggested=$as_suggested" as_lineno_1a=\$LINENO
+ as_lineno_2=";as_suggested=$as_suggested$LINENO;as_suggested=$as_suggested" as_lineno_2a=\$LINENO
+ eval 'test \"x\$as_lineno_1'\$as_run'\" != \"x\$as_lineno_2'\$as_run'\" &&
+ test \"x\`expr \$as_lineno_1'\$as_run' + 1\`\" = \"x\$as_lineno_2'\$as_run'\"' || exit 1
+test \$(( 1 + 1 )) = 2 || exit 1"
+ if (eval "$as_required") 2>/dev/null; then :
+ as_have_required=yes
+else
+ as_have_required=no
+fi
+ if test x$as_have_required = xyes && (eval "$as_suggested") 2>/dev/null; then :
+
+else
+ as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+as_found=false
+for as_dir in /bin$PATH_SEPARATOR/usr/bin$PATH_SEPARATOR$PATH
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ as_found=:
+ case $as_dir in #(
+ /*)
+ for as_base in sh bash ksh sh5; do
+ # Try only shells that exist, to save several forks.
+ as_shell=$as_dir/$as_base
+ if { test -f "$as_shell" || test -f "$as_shell.exe"; } &&
+ { $as_echo "$as_bourne_compatible""$as_required" | as_run=a "$as_shell"; } 2>/dev/null; then :
+ CONFIG_SHELL=$as_shell as_have_required=yes
+ if { $as_echo "$as_bourne_compatible""$as_suggested" | as_run=a "$as_shell"; } 2>/dev/null; then :
+ break 2
+fi
+fi
+ done;;
+ esac
+ as_found=false
+done
+$as_found || { if { test -f "$SHELL" || test -f "$SHELL.exe"; } &&
+ { $as_echo "$as_bourne_compatible""$as_required" | as_run=a "$SHELL"; } 2>/dev/null; then :
+ CONFIG_SHELL=$SHELL as_have_required=yes
+fi; }
+IFS=$as_save_IFS
+
+
+ if test "x$CONFIG_SHELL" != x; then :
+ export CONFIG_SHELL
+ # We cannot yet assume a decent shell, so we have to provide a
+# neutralization value for shells without unset; and this also
+# works around shells that cannot unset nonexistent variables.
+# Preserve -v and -x to the replacement shell.
+BASH_ENV=/dev/null
+ENV=/dev/null
+(unset BASH_ENV) >/dev/null 2>&1 && unset BASH_ENV ENV
+case $- in # ((((
+ *v*x* | *x*v* ) as_opts=-vx ;;
+ *v* ) as_opts=-v ;;
+ *x* ) as_opts=-x ;;
+ * ) as_opts= ;;
+esac
+exec $CONFIG_SHELL $as_opts "$as_myself" ${1+"$@"}
+# Admittedly, this is quite paranoid, since all the known shells bail
+# out after a failed `exec'.
+$as_echo "$0: could not re-execute with $CONFIG_SHELL" >&2
+exit 255
+fi
+
+ if test x$as_have_required = xno; then :
+ $as_echo "$0: This script requires a shell more modern than all"
+ $as_echo "$0: the shells that I found on your system."
+ if test x${ZSH_VERSION+set} = xset ; then
+ $as_echo "$0: In particular, zsh $ZSH_VERSION has bugs and should"
+ $as_echo "$0: be upgraded to zsh 4.3.4 or later."
+ else
+ $as_echo "$0: Please tell bug-autoconf at gnu.org and whduke at gmail.com
+$0: about your system, including any error possibly output
+$0: before this message. Then install a modern shell, or
+$0: manually run the script under such a shell if you do
+$0: have one."
+ fi
+ exit 1
+fi
+fi
+fi
+SHELL=${CONFIG_SHELL-/bin/sh}
+export SHELL
+# Unset more variables known to interfere with behavior of common tools.
+CLICOLOR_FORCE= GREP_OPTIONS=
+unset CLICOLOR_FORCE GREP_OPTIONS
+
+## --------------------- ##
+## M4sh Shell Functions. ##
+## --------------------- ##
+# as_fn_unset VAR
+# ---------------
+# Portably unset VAR.
+as_fn_unset ()
+{
+ { eval $1=; unset $1;}
+}
+as_unset=as_fn_unset
+
+# as_fn_set_status STATUS
+# -----------------------
+# Set $? to STATUS, without forking.
+as_fn_set_status ()
+{
+ return $1
+} # as_fn_set_status
+
+# as_fn_exit STATUS
+# -----------------
+# Exit the shell with STATUS, even in a "trap 0" or "set -e" context.
+as_fn_exit ()
+{
+ set +e
+ as_fn_set_status $1
+ exit $1
+} # as_fn_exit
+
+# as_fn_mkdir_p
+# -------------
+# Create "$as_dir" as a directory, including parents if necessary.
+as_fn_mkdir_p ()
+{
+
+ case $as_dir in #(
+ -*) as_dir=./$as_dir;;
+ esac
+ test -d "$as_dir" || eval $as_mkdir_p || {
+ as_dirs=
+ while :; do
+ case $as_dir in #(
+ *\'*) as_qdir=`$as_echo "$as_dir" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; #'(
+ *) as_qdir=$as_dir;;
+ esac
+ as_dirs="'$as_qdir' $as_dirs"
+ as_dir=`$as_dirname -- "$as_dir" ||
+$as_expr X"$as_dir" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+ X"$as_dir" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+ X"$as_dir" : 'X\(//\)$' \| \
+ X"$as_dir" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$as_dir" |
+ sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\/\)$/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\).*/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ s/.*/./; q'`
+ test -d "$as_dir" && break
+ done
+ test -z "$as_dirs" || eval "mkdir $as_dirs"
+ } || test -d "$as_dir" || as_fn_error $? "cannot create directory $as_dir"
+
+
+} # as_fn_mkdir_p
+
+# as_fn_executable_p FILE
+# -----------------------
+# Test if FILE is an executable regular file.
+as_fn_executable_p ()
+{
+ test -f "$1" && test -x "$1"
+} # as_fn_executable_p
+# as_fn_append VAR VALUE
+# ----------------------
+# Append the text in VALUE to the end of the definition contained in VAR. Take
+# advantage of any shell optimizations that allow amortized linear growth over
+# repeated appends, instead of the typical quadratic growth present in naive
+# implementations.
+if (eval "as_var=1; as_var+=2; test x\$as_var = x12") 2>/dev/null; then :
+ eval 'as_fn_append ()
+ {
+ eval $1+=\$2
+ }'
+else
+ as_fn_append ()
+ {
+ eval $1=\$$1\$2
+ }
+fi # as_fn_append
+
+# as_fn_arith ARG...
+# ------------------
+# Perform arithmetic evaluation on the ARGs, and store the result in the
+# global $as_val. Take advantage of shells that can avoid forks. The arguments
+# must be portable across $(()) and expr.
+if (eval "test \$(( 1 + 1 )) = 2") 2>/dev/null; then :
+ eval 'as_fn_arith ()
+ {
+ as_val=$(( $* ))
+ }'
+else
+ as_fn_arith ()
+ {
+ as_val=`expr "$@" || test $? -eq 1`
+ }
+fi # as_fn_arith
+
+
+# as_fn_error STATUS ERROR [LINENO LOG_FD]
+# ----------------------------------------
+# Output "`basename $0`: error: ERROR" to stderr. If LINENO and LOG_FD are
+# provided, also output the error to LOG_FD, referencing LINENO. Then exit the
+# script with STATUS, using 1 if that was 0.
+as_fn_error ()
+{
+ as_status=$1; test $as_status -eq 0 && as_status=1
+ if test "$4"; then
+ as_lineno=${as_lineno-"$3"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: $2" >&$4
+ fi
+ $as_echo "$as_me: error: $2" >&2
+ as_fn_exit $as_status
+} # as_fn_error
+
+if expr a : '\(a\)' >/dev/null 2>&1 &&
+ test "X`expr 00001 : '.*\(...\)'`" = X001; then
+ as_expr=expr
+else
+ as_expr=false
+fi
+
+if (basename -- /) >/dev/null 2>&1 && test "X`basename -- / 2>&1`" = "X/"; then
+ as_basename=basename
+else
+ as_basename=false
+fi
+
+if (as_dir=`dirname -- /` && test "X$as_dir" = X/) >/dev/null 2>&1; then
+ as_dirname=dirname
+else
+ as_dirname=false
+fi
+
+as_me=`$as_basename -- "$0" ||
+$as_expr X/"$0" : '.*/\([^/][^/]*\)/*$' \| \
+ X"$0" : 'X\(//\)$' \| \
+ X"$0" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X/"$0" |
+ sed '/^.*\/\([^/][^/]*\)\/*$/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\/\(\/\/\)$/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\/\(\/\).*/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ s/.*/./; q'`
+
+# Avoid depending upon Character Ranges.
+as_cr_letters='abcdefghijklmnopqrstuvwxyz'
+as_cr_LETTERS='ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'
+as_cr_Letters=$as_cr_letters$as_cr_LETTERS
+as_cr_digits='0123456789'
+as_cr_alnum=$as_cr_Letters$as_cr_digits
+
+
+ as_lineno_1=$LINENO as_lineno_1a=$LINENO
+ as_lineno_2=$LINENO as_lineno_2a=$LINENO
+ eval 'test "x$as_lineno_1'$as_run'" != "x$as_lineno_2'$as_run'" &&
+ test "x`expr $as_lineno_1'$as_run' + 1`" = "x$as_lineno_2'$as_run'"' || {
+ # Blame Lee E. McMahon (1931-1989) for sed's syntax. :-)
+ sed -n '
+ p
+ /[$]LINENO/=
+ ' <$as_myself |
+ sed '
+ s/[$]LINENO.*/&-/
+ t lineno
+ b
+ :lineno
+ N
+ :loop
+ s/[$]LINENO\([^'$as_cr_alnum'_].*\n\)\(.*\)/\2\1\2/
+ t loop
+ s/-\n.*//
+ ' >$as_me.lineno &&
+ chmod +x "$as_me.lineno" ||
+ { $as_echo "$as_me: error: cannot create $as_me.lineno; rerun with a POSIX shell" >&2; as_fn_exit 1; }
+
+ # If we had to re-execute with $CONFIG_SHELL, we're ensured to have
+ # already done that, so ensure we don't try to do so again and fall
+ # in an infinite loop. This has already happened in practice.
+ _as_can_reexec=no; export _as_can_reexec
+ # Don't try to exec as it changes $[0], causing all sort of problems
+ # (the dirname of $[0] is not the place where we might find the
+ # original and so on. Autoconf is especially sensitive to this).
+ . "./$as_me.lineno"
+ # Exit status is that of the last command.
+ exit
+}
+
+ECHO_C= ECHO_N= ECHO_T=
+case `echo -n x` in #(((((
+-n*)
+ case `echo 'xy\c'` in
+ *c*) ECHO_T=' ';; # ECHO_T is single tab character.
+ xy) ECHO_C='\c';;
+ *) echo `echo ksh88 bug on AIX 6.1` > /dev/null
+ ECHO_T=' ';;
+ esac;;
+*)
+ ECHO_N='-n';;
+esac
+
+rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.file
+if test -d conf$$.dir; then
+ rm -f conf$$.dir/conf$$.file
+else
+ rm -f conf$$.dir
+ mkdir conf$$.dir 2>/dev/null
+fi
+if (echo >conf$$.file) 2>/dev/null; then
+ if ln -s conf$$.file conf$$ 2>/dev/null; then
+ as_ln_s='ln -s'
+ # ... but there are two gotchas:
+ # 1) On MSYS, both `ln -s file dir' and `ln file dir' fail.
+ # 2) DJGPP < 2.04 has no symlinks; `ln -s' creates a wrapper executable.
+ # In both cases, we have to default to `cp -pR'.
+ ln -s conf$$.file conf$$.dir 2>/dev/null && test ! -f conf$$.exe ||
+ as_ln_s='cp -pR'
+ elif ln conf$$.file conf$$ 2>/dev/null; then
+ as_ln_s=ln
+ else
+ as_ln_s='cp -pR'
+ fi
+else
+ as_ln_s='cp -pR'
+fi
+rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.dir/conf$$.file conf$$.file
+rmdir conf$$.dir 2>/dev/null
+
+if mkdir -p . 2>/dev/null; then
+ as_mkdir_p='mkdir -p "$as_dir"'
+else
+ test -d ./-p && rmdir ./-p
+ as_mkdir_p=false
+fi
+
+as_test_x='test -x'
+as_executable_p=as_fn_executable_p
+
+# Sed expression to map a string onto a valid CPP name.
+as_tr_cpp="eval sed 'y%*$as_cr_letters%P$as_cr_LETTERS%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
+
+# Sed expression to map a string onto a valid variable name.
+as_tr_sh="eval sed 'y%*+%pp%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
+
+
+test -n "$DJDIR" || exec 7<&0 </dev/null
+exec 6>&1
+
+# Name of the host.
+# hostname on some systems (SVR3.2, old GNU/Linux) returns a bogus exit status,
+# so uname gets run too.
+ac_hostname=`(hostname || uname -n) 2>/dev/null | sed 1q`
+
+#
+# Initializations.
+#
+ac_default_prefix=/usr/local
+ac_clean_files=
+ac_config_libobj_dir=.
+LIBOBJS=
+cross_compiling=no
+subdirs=
+MFLAGS=
+MAKEFLAGS=
+
+# Identity of this package.
+PACKAGE_NAME='art C++'
+PACKAGE_TARNAME='art'
+PACKAGE_VERSION='VIC.03.09.2015'
+PACKAGE_STRING='art C++ VIC.03.09.2015'
+PACKAGE_BUGREPORT='whduke at gmail.com'
+PACKAGE_URL='http://http://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art'
+
+ac_unique_file="config.h.in"
+# Factoring default headers for most tests.
+ac_includes_default="\
+#include <stdio.h>
+#ifdef HAVE_SYS_TYPES_H
+# include <sys/types.h>
+#endif
+#ifdef HAVE_SYS_STAT_H
+# include <sys/stat.h>
+#endif
+#ifdef STDC_HEADERS
+# include <stdlib.h>
+# include <stddef.h>
+#else
+# ifdef HAVE_STDLIB_H
+# include <stdlib.h>
+# endif
+#endif
+#ifdef HAVE_STRING_H
+# if !defined STDC_HEADERS && defined HAVE_MEMORY_H
+# include <memory.h>
+# endif
+# include <string.h>
+#endif
+#ifdef HAVE_STRINGS_H
+# include <strings.h>
+#endif
+#ifdef HAVE_INTTYPES_H
+# include <inttypes.h>
+#endif
+#ifdef HAVE_STDINT_H
+# include <stdint.h>
+#endif
+#ifdef HAVE_UNISTD_H
+# include <unistd.h>
+#endif"
+
+ac_subst_vars='am__EXEEXT_FALSE
+am__EXEEXT_TRUE
+LTLIBOBJS
+LIBOBJS
+EGREP
+GREP
+CPP
+am__fastdepCC_FALSE
+am__fastdepCC_TRUE
+CCDEPMODE
+ac_ct_CC
+CFLAGS
+CC
+am__fastdepCXX_FALSE
+am__fastdepCXX_TRUE
+CXXDEPMODE
+am__nodep
+AMDEPBACKSLASH
+AMDEP_FALSE
+AMDEP_TRUE
+am__quote
+am__include
+DEPDIR
+OBJEXT
+EXEEXT
+ac_ct_CXX
+CPPFLAGS
+LDFLAGS
+CXXFLAGS
+CXX
+AM_BACKSLASH
+AM_DEFAULT_VERBOSITY
+AM_DEFAULT_V
+AM_V
+am__untar
+am__tar
+AMTAR
+am__leading_dot
+SET_MAKE
+AWK
+mkdir_p
+MKDIR_P
+INSTALL_STRIP_PROGRAM
+STRIP
+install_sh
+MAKEINFO
+AUTOHEADER
+AUTOMAKE
+AUTOCONF
+ACLOCAL
+VERSION
+PACKAGE
+CYGPATH_W
+am__isrc
+INSTALL_DATA
+INSTALL_SCRIPT
+INSTALL_PROGRAM
+target_alias
+host_alias
+build_alias
+LIBS
+ECHO_T
+ECHO_N
+ECHO_C
+DEFS
+mandir
+localedir
+libdir
+psdir
+pdfdir
+dvidir
+htmldir
+infodir
+docdir
+oldincludedir
+includedir
+localstatedir
+sharedstatedir
+sysconfdir
+datadir
+datarootdir
+libexecdir
+sbindir
+bindir
+program_transform_name
+prefix
+exec_prefix
+PACKAGE_URL
+PACKAGE_BUGREPORT
+PACKAGE_STRING
+PACKAGE_VERSION
+PACKAGE_TARNAME
+PACKAGE_NAME
+PATH_SEPARATOR
+SHELL'
+ac_subst_files=''
+ac_user_opts='
+enable_option_checking
+enable_silent_rules
+enable_dependency_tracking
+'
+ ac_precious_vars='build_alias
+host_alias
+target_alias
+CXX
+CXXFLAGS
+LDFLAGS
+LIBS
+CPPFLAGS
+CCC
+CC
+CFLAGS
+CPP'
+
+
+# Initialize some variables set by options.
+ac_init_help=
+ac_init_version=false
+ac_unrecognized_opts=
+ac_unrecognized_sep=
+# The variables have the same names as the options, with
+# dashes changed to underlines.
+cache_file=/dev/null
+exec_prefix=NONE
+no_create=
+no_recursion=
+prefix=NONE
+program_prefix=NONE
+program_suffix=NONE
+program_transform_name=s,x,x,
+silent=
+site=
+srcdir=
+verbose=
+x_includes=NONE
+x_libraries=NONE
+
+# Installation directory options.
+# These are left unexpanded so users can "make install exec_prefix=/foo"
+# and all the variables that are supposed to be based on exec_prefix
+# by default will actually change.
+# Use braces instead of parens because sh, perl, etc. also accept them.
+# (The list follows the same order as the GNU Coding Standards.)
+bindir='${exec_prefix}/bin'
+sbindir='${exec_prefix}/sbin'
+libexecdir='${exec_prefix}/libexec'
+datarootdir='${prefix}/share'
+datadir='${datarootdir}'
+sysconfdir='${prefix}/etc'
+sharedstatedir='${prefix}/com'
+localstatedir='${prefix}/var'
+includedir='${prefix}/include'
+oldincludedir='/usr/include'
+docdir='${datarootdir}/doc/${PACKAGE_TARNAME}'
+infodir='${datarootdir}/info'
+htmldir='${docdir}'
+dvidir='${docdir}'
+pdfdir='${docdir}'
+psdir='${docdir}'
+libdir='${exec_prefix}/lib'
+localedir='${datarootdir}/locale'
+mandir='${datarootdir}/man'
+
+ac_prev=
+ac_dashdash=
+for ac_option
+do
+ # If the previous option needs an argument, assign it.
+ if test -n "$ac_prev"; then
+ eval $ac_prev=\$ac_option
+ ac_prev=
+ continue
+ fi
+
+ case $ac_option in
+ *=?*) ac_optarg=`expr "X$ac_option" : '[^=]*=\(.*\)'` ;;
+ *=) ac_optarg= ;;
+ *) ac_optarg=yes ;;
+ esac
+
+ # Accept the important Cygnus configure options, so we can diagnose typos.
+
+ case $ac_dashdash$ac_option in
+ --)
+ ac_dashdash=yes ;;
+
+ -bindir | --bindir | --bindi | --bind | --bin | --bi)
+ ac_prev=bindir ;;
+ -bindir=* | --bindir=* | --bindi=* | --bind=* | --bin=* | --bi=*)
+ bindir=$ac_optarg ;;
+
+ -build | --build | --buil | --bui | --bu)
+ ac_prev=build_alias ;;
+ -build=* | --build=* | --buil=* | --bui=* | --bu=*)
+ build_alias=$ac_optarg ;;
+
+ -cache-file | --cache-file | --cache-fil | --cache-fi \
+ | --cache-f | --cache- | --cache | --cach | --cac | --ca | --c)
+ ac_prev=cache_file ;;
+ -cache-file=* | --cache-file=* | --cache-fil=* | --cache-fi=* \
+ | --cache-f=* | --cache-=* | --cache=* | --cach=* | --cac=* | --ca=* | --c=*)
+ cache_file=$ac_optarg ;;
+
+ --config-cache | -C)
+ cache_file=config.cache ;;
+
+ -datadir | --datadir | --datadi | --datad)
+ ac_prev=datadir ;;
+ -datadir=* | --datadir=* | --datadi=* | --datad=*)
+ datadir=$ac_optarg ;;
+
+ -datarootdir | --datarootdir | --datarootdi | --datarootd | --dataroot \
+ | --dataroo | --dataro | --datar)
+ ac_prev=datarootdir ;;
+ -datarootdir=* | --datarootdir=* | --datarootdi=* | --datarootd=* \
+ | --dataroot=* | --dataroo=* | --dataro=* | --datar=*)
+ datarootdir=$ac_optarg ;;
+
+ -disable-* | --disable-*)
+ ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*disable-\(.*\)'`
+ # Reject names that are not valid shell variable names.
+ expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
+ as_fn_error $? "invalid feature name: $ac_useropt"
+ ac_useropt_orig=$ac_useropt
+ ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
+ case $ac_user_opts in
+ *"
+"enable_$ac_useropt"
+"*) ;;
+ *) ac_unrecognized_opts="$ac_unrecognized_opts$ac_unrecognized_sep--disable-$ac_useropt_orig"
+ ac_unrecognized_sep=', ';;
+ esac
+ eval enable_$ac_useropt=no ;;
+
+ -docdir | --docdir | --docdi | --doc | --do)
+ ac_prev=docdir ;;
+ -docdir=* | --docdir=* | --docdi=* | --doc=* | --do=*)
+ docdir=$ac_optarg ;;
+
+ -dvidir | --dvidir | --dvidi | --dvid | --dvi | --dv)
+ ac_prev=dvidir ;;
+ -dvidir=* | --dvidir=* | --dvidi=* | --dvid=* | --dvi=* | --dv=*)
+ dvidir=$ac_optarg ;;
+
+ -enable-* | --enable-*)
+ ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*enable-\([^=]*\)'`
+ # Reject names that are not valid shell variable names.
+ expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
+ as_fn_error $? "invalid feature name: $ac_useropt"
+ ac_useropt_orig=$ac_useropt
+ ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
+ case $ac_user_opts in
+ *"
+"enable_$ac_useropt"
+"*) ;;
+ *) ac_unrecognized_opts="$ac_unrecognized_opts$ac_unrecognized_sep--enable-$ac_useropt_orig"
+ ac_unrecognized_sep=', ';;
+ esac
+ eval enable_$ac_useropt=\$ac_optarg ;;
+
+ -exec-prefix | --exec_prefix | --exec-prefix | --exec-prefi \
+ | --exec-pref | --exec-pre | --exec-pr | --exec-p | --exec- \
+ | --exec | --exe | --ex)
+ ac_prev=exec_prefix ;;
+ -exec-prefix=* | --exec_prefix=* | --exec-prefix=* | --exec-prefi=* \
+ | --exec-pref=* | --exec-pre=* | --exec-pr=* | --exec-p=* | --exec-=* \
+ | --exec=* | --exe=* | --ex=*)
+ exec_prefix=$ac_optarg ;;
+
+ -gas | --gas | --ga | --g)
+ # Obsolete; use --with-gas.
+ with_gas=yes ;;
+
+ -help | --help | --hel | --he | -h)
+ ac_init_help=long ;;
+ -help=r* | --help=r* | --hel=r* | --he=r* | -hr*)
+ ac_init_help=recursive ;;
+ -help=s* | --help=s* | --hel=s* | --he=s* | -hs*)
+ ac_init_help=short ;;
+
+ -host | --host | --hos | --ho)
+ ac_prev=host_alias ;;
+ -host=* | --host=* | --hos=* | --ho=*)
+ host_alias=$ac_optarg ;;
+
+ -htmldir | --htmldir | --htmldi | --htmld | --html | --htm | --ht)
+ ac_prev=htmldir ;;
+ -htmldir=* | --htmldir=* | --htmldi=* | --htmld=* | --html=* | --htm=* \
+ | --ht=*)
+ htmldir=$ac_optarg ;;
+
+ -includedir | --includedir | --includedi | --included | --include \
+ | --includ | --inclu | --incl | --inc)
+ ac_prev=includedir ;;
+ -includedir=* | --includedir=* | --includedi=* | --included=* | --include=* \
+ | --includ=* | --inclu=* | --incl=* | --inc=*)
+ includedir=$ac_optarg ;;
+
+ -infodir | --infodir | --infodi | --infod | --info | --inf)
+ ac_prev=infodir ;;
+ -infodir=* | --infodir=* | --infodi=* | --infod=* | --info=* | --inf=*)
+ infodir=$ac_optarg ;;
+
+ -libdir | --libdir | --libdi | --libd)
+ ac_prev=libdir ;;
+ -libdir=* | --libdir=* | --libdi=* | --libd=*)
+ libdir=$ac_optarg ;;
+
+ -libexecdir | --libexecdir | --libexecdi | --libexecd | --libexec \
+ | --libexe | --libex | --libe)
+ ac_prev=libexecdir ;;
+ -libexecdir=* | --libexecdir=* | --libexecdi=* | --libexecd=* | --libexec=* \
+ | --libexe=* | --libex=* | --libe=*)
+ libexecdir=$ac_optarg ;;
+
+ -localedir | --localedir | --localedi | --localed | --locale)
+ ac_prev=localedir ;;
+ -localedir=* | --localedir=* | --localedi=* | --localed=* | --locale=*)
+ localedir=$ac_optarg ;;
+
+ -localstatedir | --localstatedir | --localstatedi | --localstated \
+ | --localstate | --localstat | --localsta | --localst | --locals)
+ ac_prev=localstatedir ;;
+ -localstatedir=* | --localstatedir=* | --localstatedi=* | --localstated=* \
+ | --localstate=* | --localstat=* | --localsta=* | --localst=* | --locals=*)
+ localstatedir=$ac_optarg ;;
+
+ -mandir | --mandir | --mandi | --mand | --man | --ma | --m)
+ ac_prev=mandir ;;
+ -mandir=* | --mandir=* | --mandi=* | --mand=* | --man=* | --ma=* | --m=*)
+ mandir=$ac_optarg ;;
+
+ -nfp | --nfp | --nf)
+ # Obsolete; use --without-fp.
+ with_fp=no ;;
+
+ -no-create | --no-create | --no-creat | --no-crea | --no-cre \
+ | --no-cr | --no-c | -n)
+ no_create=yes ;;
+
+ -no-recursion | --no-recursion | --no-recursio | --no-recursi \
+ | --no-recurs | --no-recur | --no-recu | --no-rec | --no-re | --no-r)
+ no_recursion=yes ;;
+
+ -oldincludedir | --oldincludedir | --oldincludedi | --oldincluded \
+ | --oldinclude | --oldinclud | --oldinclu | --oldincl | --oldinc \
+ | --oldin | --oldi | --old | --ol | --o)
+ ac_prev=oldincludedir ;;
+ -oldincludedir=* | --oldincludedir=* | --oldincludedi=* | --oldincluded=* \
+ | --oldinclude=* | --oldinclud=* | --oldinclu=* | --oldincl=* | --oldinc=* \
+ | --oldin=* | --oldi=* | --old=* | --ol=* | --o=*)
+ oldincludedir=$ac_optarg ;;
+
+ -prefix | --prefix | --prefi | --pref | --pre | --pr | --p)
+ ac_prev=prefix ;;
+ -prefix=* | --prefix=* | --prefi=* | --pref=* | --pre=* | --pr=* | --p=*)
+ prefix=$ac_optarg ;;
+
+ -program-prefix | --program-prefix | --program-prefi | --program-pref \
+ | --program-pre | --program-pr | --program-p)
+ ac_prev=program_prefix ;;
+ -program-prefix=* | --program-prefix=* | --program-prefi=* \
+ | --program-pref=* | --program-pre=* | --program-pr=* | --program-p=*)
+ program_prefix=$ac_optarg ;;
+
+ -program-suffix | --program-suffix | --program-suffi | --program-suff \
+ | --program-suf | --program-su | --program-s)
+ ac_prev=program_suffix ;;
+ -program-suffix=* | --program-suffix=* | --program-suffi=* \
+ | --program-suff=* | --program-suf=* | --program-su=* | --program-s=*)
+ program_suffix=$ac_optarg ;;
+
+ -program-transform-name | --program-transform-name \
+ | --program-transform-nam | --program-transform-na \
+ | --program-transform-n | --program-transform- \
+ | --program-transform | --program-transfor \
+ | --program-transfo | --program-transf \
+ | --program-trans | --program-tran \
+ | --progr-tra | --program-tr | --program-t)
+ ac_prev=program_transform_name ;;
+ -program-transform-name=* | --program-transform-name=* \
+ | --program-transform-nam=* | --program-transform-na=* \
+ | --program-transform-n=* | --program-transform-=* \
+ | --program-transform=* | --program-transfor=* \
+ | --program-transfo=* | --program-transf=* \
+ | --program-trans=* | --program-tran=* \
+ | --progr-tra=* | --program-tr=* | --program-t=*)
+ program_transform_name=$ac_optarg ;;
+
+ -pdfdir | --pdfdir | --pdfdi | --pdfd | --pdf | --pd)
+ ac_prev=pdfdir ;;
+ -pdfdir=* | --pdfdir=* | --pdfdi=* | --pdfd=* | --pdf=* | --pd=*)
+ pdfdir=$ac_optarg ;;
+
+ -psdir | --psdir | --psdi | --psd | --ps)
+ ac_prev=psdir ;;
+ -psdir=* | --psdir=* | --psdi=* | --psd=* | --ps=*)
+ psdir=$ac_optarg ;;
+
+ -q | -quiet | --quiet | --quie | --qui | --qu | --q \
+ | -silent | --silent | --silen | --sile | --sil)
+ silent=yes ;;
+
+ -sbindir | --sbindir | --sbindi | --sbind | --sbin | --sbi | --sb)
+ ac_prev=sbindir ;;
+ -sbindir=* | --sbindir=* | --sbindi=* | --sbind=* | --sbin=* \
+ | --sbi=* | --sb=*)
+ sbindir=$ac_optarg ;;
+
+ -sharedstatedir | --sharedstatedir | --sharedstatedi \
+ | --sharedstated | --sharedstate | --sharedstat | --sharedsta \
+ | --sharedst | --shareds | --shared | --share | --shar \
+ | --sha | --sh)
+ ac_prev=sharedstatedir ;;
+ -sharedstatedir=* | --sharedstatedir=* | --sharedstatedi=* \
+ | --sharedstated=* | --sharedstate=* | --sharedstat=* | --sharedsta=* \
+ | --sharedst=* | --shareds=* | --shared=* | --share=* | --shar=* \
+ | --sha=* | --sh=*)
+ sharedstatedir=$ac_optarg ;;
+
+ -site | --site | --sit)
+ ac_prev=site ;;
+ -site=* | --site=* | --sit=*)
+ site=$ac_optarg ;;
+
+ -srcdir | --srcdir | --srcdi | --srcd | --src | --sr)
+ ac_prev=srcdir ;;
+ -srcdir=* | --srcdir=* | --srcdi=* | --srcd=* | --src=* | --sr=*)
+ srcdir=$ac_optarg ;;
+
+ -sysconfdir | --sysconfdir | --sysconfdi | --sysconfd | --sysconf \
+ | --syscon | --sysco | --sysc | --sys | --sy)
+ ac_prev=sysconfdir ;;
+ -sysconfdir=* | --sysconfdir=* | --sysconfdi=* | --sysconfd=* | --sysconf=* \
+ | --syscon=* | --sysco=* | --sysc=* | --sys=* | --sy=*)
+ sysconfdir=$ac_optarg ;;
+
+ -target | --target | --targe | --targ | --tar | --ta | --t)
+ ac_prev=target_alias ;;
+ -target=* | --target=* | --targe=* | --targ=* | --tar=* | --ta=* | --t=*)
+ target_alias=$ac_optarg ;;
+
+ -v | -verbose | --verbose | --verbos | --verbo | --verb)
+ verbose=yes ;;
+
+ -version | --version | --versio | --versi | --vers | -V)
+ ac_init_version=: ;;
+
+ -with-* | --with-*)
+ ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*with-\([^=]*\)'`
+ # Reject names that are not valid shell variable names.
+ expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
+ as_fn_error $? "invalid package name: $ac_useropt"
+ ac_useropt_orig=$ac_useropt
+ ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
+ case $ac_user_opts in
+ *"
+"with_$ac_useropt"
+"*) ;;
+ *) ac_unrecognized_opts="$ac_unrecognized_opts$ac_unrecognized_sep--with-$ac_useropt_orig"
+ ac_unrecognized_sep=', ';;
+ esac
+ eval with_$ac_useropt=\$ac_optarg ;;
+
+ -without-* | --without-*)
+ ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*without-\(.*\)'`
+ # Reject names that are not valid shell variable names.
+ expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
+ as_fn_error $? "invalid package name: $ac_useropt"
+ ac_useropt_orig=$ac_useropt
+ ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
+ case $ac_user_opts in
+ *"
+"with_$ac_useropt"
+"*) ;;
+ *) ac_unrecognized_opts="$ac_unrecognized_opts$ac_unrecognized_sep--without-$ac_useropt_orig"
+ ac_unrecognized_sep=', ';;
+ esac
+ eval with_$ac_useropt=no ;;
+
+ --x)
+ # Obsolete; use --with-x.
+ with_x=yes ;;
+
+ -x-includes | --x-includes | --x-include | --x-includ | --x-inclu \
+ | --x-incl | --x-inc | --x-in | --x-i)
+ ac_prev=x_includes ;;
+ -x-includes=* | --x-includes=* | --x-include=* | --x-includ=* | --x-inclu=* \
+ | --x-incl=* | --x-inc=* | --x-in=* | --x-i=*)
+ x_includes=$ac_optarg ;;
+
+ -x-libraries | --x-libraries | --x-librarie | --x-librari \
+ | --x-librar | --x-libra | --x-libr | --x-lib | --x-li | --x-l)
+ ac_prev=x_libraries ;;
+ -x-libraries=* | --x-libraries=* | --x-librarie=* | --x-librari=* \
+ | --x-librar=* | --x-libra=* | --x-libr=* | --x-lib=* | --x-li=* | --x-l=*)
+ x_libraries=$ac_optarg ;;
+
+ -*) as_fn_error $? "unrecognized option: \`$ac_option'
+Try \`$0 --help' for more information"
+ ;;
+
+ *=*)
+ ac_envvar=`expr "x$ac_option" : 'x\([^=]*\)='`
+ # Reject names that are not valid shell variable names.
+ case $ac_envvar in #(
+ '' | [0-9]* | *[!_$as_cr_alnum]* )
+ as_fn_error $? "invalid variable name: \`$ac_envvar'" ;;
+ esac
+ eval $ac_envvar=\$ac_optarg
+ export $ac_envvar ;;
+
+ *)
+ # FIXME: should be removed in autoconf 3.0.
+ $as_echo "$as_me: WARNING: you should use --build, --host, --target" >&2
+ expr "x$ac_option" : ".*[^-._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
+ $as_echo "$as_me: WARNING: invalid host type: $ac_option" >&2
+ : "${build_alias=$ac_option} ${host_alias=$ac_option} ${target_alias=$ac_option}"
+ ;;
+
+ esac
+done
+
+if test -n "$ac_prev"; then
+ ac_option=--`echo $ac_prev | sed 's/_/-/g'`
+ as_fn_error $? "missing argument to $ac_option"
+fi
+
+if test -n "$ac_unrecognized_opts"; then
+ case $enable_option_checking in
+ no) ;;
+ fatal) as_fn_error $? "unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" ;;
+ *) $as_echo "$as_me: WARNING: unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" >&2 ;;
+ esac
+fi
+
+# Check all directory arguments for consistency.
+for ac_var in exec_prefix prefix bindir sbindir libexecdir datarootdir \
+ datadir sysconfdir sharedstatedir localstatedir includedir \
+ oldincludedir docdir infodir htmldir dvidir pdfdir psdir \
+ libdir localedir mandir
+do
+ eval ac_val=\$$ac_var
+ # Remove trailing slashes.
+ case $ac_val in
+ */ )
+ ac_val=`expr "X$ac_val" : 'X\(.*[^/]\)' \| "X$ac_val" : 'X\(.*\)'`
+ eval $ac_var=\$ac_val;;
+ esac
+ # Be sure to have absolute directory names.
+ case $ac_val in
+ [\\/$]* | ?:[\\/]* ) continue;;
+ NONE | '' ) case $ac_var in *prefix ) continue;; esac;;
+ esac
+ as_fn_error $? "expected an absolute directory name for --$ac_var: $ac_val"
+done
+
+# There might be people who depend on the old broken behavior: `$host'
+# used to hold the argument of --host etc.
+# FIXME: To remove some day.
+build=$build_alias
+host=$host_alias
+target=$target_alias
+
+# FIXME: To remove some day.
+if test "x$host_alias" != x; then
+ if test "x$build_alias" = x; then
+ cross_compiling=maybe
+ elif test "x$build_alias" != "x$host_alias"; then
+ cross_compiling=yes
+ fi
+fi
+
+ac_tool_prefix=
+test -n "$host_alias" && ac_tool_prefix=$host_alias-
+
+test "$silent" = yes && exec 6>/dev/null
+
+
+ac_pwd=`pwd` && test -n "$ac_pwd" &&
+ac_ls_di=`ls -di .` &&
+ac_pwd_ls_di=`cd "$ac_pwd" && ls -di .` ||
+ as_fn_error $? "working directory cannot be determined"
+test "X$ac_ls_di" = "X$ac_pwd_ls_di" ||
+ as_fn_error $? "pwd does not report name of working directory"
+
+
+# Find the source files, if location was not specified.
+if test -z "$srcdir"; then
+ ac_srcdir_defaulted=yes
+ # Try the directory containing this script, then the parent directory.
+ ac_confdir=`$as_dirname -- "$as_myself" ||
+$as_expr X"$as_myself" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+ X"$as_myself" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+ X"$as_myself" : 'X\(//\)$' \| \
+ X"$as_myself" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$as_myself" |
+ sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\/\)$/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\).*/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ s/.*/./; q'`
+ srcdir=$ac_confdir
+ if test ! -r "$srcdir/$ac_unique_file"; then
+ srcdir=..
+ fi
+else
+ ac_srcdir_defaulted=no
+fi
+if test ! -r "$srcdir/$ac_unique_file"; then
+ test "$ac_srcdir_defaulted" = yes && srcdir="$ac_confdir or .."
+ as_fn_error $? "cannot find sources ($ac_unique_file) in $srcdir"
+fi
+ac_msg="sources are in $srcdir, but \`cd $srcdir' does not work"
+ac_abs_confdir=`(
+ cd "$srcdir" && test -r "./$ac_unique_file" || as_fn_error $? "$ac_msg"
+ pwd)`
+# When building in place, set srcdir=.
+if test "$ac_abs_confdir" = "$ac_pwd"; then
+ srcdir=.
+fi
+# Remove unnecessary trailing slashes from srcdir.
+# Double slashes in file names in object file debugging info
+# mess up M-x gdb in Emacs.
+case $srcdir in
+*/) srcdir=`expr "X$srcdir" : 'X\(.*[^/]\)' \| "X$srcdir" : 'X\(.*\)'`;;
+esac
+for ac_var in $ac_precious_vars; do
+ eval ac_env_${ac_var}_set=\${${ac_var}+set}
+ eval ac_env_${ac_var}_value=\$${ac_var}
+ eval ac_cv_env_${ac_var}_set=\${${ac_var}+set}
+ eval ac_cv_env_${ac_var}_value=\$${ac_var}
+done
+
+#
+# Report the --help message.
+#
+if test "$ac_init_help" = "long"; then
+ # Omit some internal or obsolete options to make the list less imposing.
+ # This message is too long to be a string in the A/UX 3.1 sh.
+ cat <<_ACEOF
+\`configure' configures art C++ VIC.03.09.2015 to adapt to many kinds of systems.
+
+Usage: $0 [OPTION]... [VAR=VALUE]...
+
+To assign environment variables (e.g., CC, CFLAGS...), specify them as
+VAR=VALUE. See below for descriptions of some of the useful variables.
+
+Defaults for the options are specified in brackets.
+
+Configuration:
+ -h, --help display this help and exit
+ --help=short display options specific to this package
+ --help=recursive display the short help of all the included packages
+ -V, --version display version information and exit
+ -q, --quiet, --silent do not print \`checking ...' messages
+ --cache-file=FILE cache test results in FILE [disabled]
+ -C, --config-cache alias for \`--cache-file=config.cache'
+ -n, --no-create do not create output files
+ --srcdir=DIR find the sources in DIR [configure dir or \`..']
+
+Installation directories:
+ --prefix=PREFIX install architecture-independent files in PREFIX
+ [$ac_default_prefix]
+ --exec-prefix=EPREFIX install architecture-dependent files in EPREFIX
+ [PREFIX]
+
+By default, \`make install' will install all the files in
+\`$ac_default_prefix/bin', \`$ac_default_prefix/lib' etc. You can specify
+an installation prefix other than \`$ac_default_prefix' using \`--prefix',
+for instance \`--prefix=\$HOME'.
+
+For better control, use the options below.
+
+Fine tuning of the installation directories:
+ --bindir=DIR user executables [EPREFIX/bin]
+ --sbindir=DIR system admin executables [EPREFIX/sbin]
+ --libexecdir=DIR program executables [EPREFIX/libexec]
+ --sysconfdir=DIR read-only single-machine data [PREFIX/etc]
+ --sharedstatedir=DIR modifiable architecture-independent data [PREFIX/com]
+ --localstatedir=DIR modifiable single-machine data [PREFIX/var]
+ --libdir=DIR object code libraries [EPREFIX/lib]
+ --includedir=DIR C header files [PREFIX/include]
+ --oldincludedir=DIR C header files for non-gcc [/usr/include]
+ --datarootdir=DIR read-only arch.-independent data root [PREFIX/share]
+ --datadir=DIR read-only architecture-independent data [DATAROOTDIR]
+ --infodir=DIR info documentation [DATAROOTDIR/info]
+ --localedir=DIR locale-dependent data [DATAROOTDIR/locale]
+ --mandir=DIR man documentation [DATAROOTDIR/man]
+ --docdir=DIR documentation root [DATAROOTDIR/doc/art]
+ --htmldir=DIR html documentation [DOCDIR]
+ --dvidir=DIR dvi documentation [DOCDIR]
+ --pdfdir=DIR pdf documentation [DOCDIR]
+ --psdir=DIR ps documentation [DOCDIR]
+_ACEOF
+
+ cat <<\_ACEOF
+
+Program names:
+ --program-prefix=PREFIX prepend PREFIX to installed program names
+ --program-suffix=SUFFIX append SUFFIX to installed program names
+ --program-transform-name=PROGRAM run sed PROGRAM on installed program names
+_ACEOF
+fi
+
+if test -n "$ac_init_help"; then
+ case $ac_init_help in
+ short | recursive ) echo "Configuration of art C++ VIC.03.09.2015:";;
+ esac
+ cat <<\_ACEOF
+
+Optional Features:
+ --disable-option-checking ignore unrecognized --enable/--with options
+ --disable-FEATURE do not include FEATURE (same as --enable-FEATURE=no)
+ --enable-FEATURE[=ARG] include FEATURE [ARG=yes]
+ --enable-silent-rules less verbose build output (undo: "make V=1")
+ --disable-silent-rules verbose build output (undo: "make V=0")
+ --enable-dependency-tracking
+ do not reject slow dependency extractors
+ --disable-dependency-tracking
+ speeds up one-time build
+
+Some influential environment variables:
+ CXX C++ compiler command
+ CXXFLAGS C++ compiler flags
+ LDFLAGS linker flags, e.g. -L<lib dir> if you have libraries in a
+ nonstandard directory <lib dir>
+ LIBS libraries to pass to the linker, e.g. -l<library>
+ CPPFLAGS (Objective) C/C++ preprocessor flags, e.g. -I<include dir> if
+ you have headers in a nonstandard directory <include dir>
+ CC C compiler command
+ CFLAGS C compiler flags
+ CPP C preprocessor
+
+Use these variables to override the choices made by `configure' or to help
+it to find libraries and programs with nonstandard names/locations.
+
+Report bugs to <whduke at gmail.com>.
+art C++ home page: <http://http://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art>.
+_ACEOF
+ac_status=$?
+fi
+
+if test "$ac_init_help" = "recursive"; then
+ # If there are subdirs, report their specific --help.
+ for ac_dir in : $ac_subdirs_all; do test "x$ac_dir" = x: && continue
+ test -d "$ac_dir" ||
+ { cd "$srcdir" && ac_pwd=`pwd` && srcdir=. && test -d "$ac_dir"; } ||
+ continue
+ ac_builddir=.
+
+case "$ac_dir" in
+.) ac_dir_suffix= ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
+*)
+ ac_dir_suffix=/`$as_echo "$ac_dir" | sed 's|^\.[\\/]||'`
+ # A ".." for each directory in $ac_dir_suffix.
+ ac_top_builddir_sub=`$as_echo "$ac_dir_suffix" | sed 's|/[^\\/]*|/..|g;s|/||'`
+ case $ac_top_builddir_sub in
+ "") ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
+ *) ac_top_build_prefix=$ac_top_builddir_sub/ ;;
+ esac ;;
+esac
+ac_abs_top_builddir=$ac_pwd
+ac_abs_builddir=$ac_pwd$ac_dir_suffix
+# for backward compatibility:
+ac_top_builddir=$ac_top_build_prefix
+
+case $srcdir in
+ .) # We are building in place.
+ ac_srcdir=.
+ ac_top_srcdir=$ac_top_builddir_sub
+ ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd ;;
+ [\\/]* | ?:[\\/]* ) # Absolute name.
+ ac_srcdir=$srcdir$ac_dir_suffix;
+ ac_top_srcdir=$srcdir
+ ac_abs_top_srcdir=$srcdir ;;
+ *) # Relative name.
+ ac_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir$ac_dir_suffix
+ ac_top_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir
+ ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd/$srcdir ;;
+esac
+ac_abs_srcdir=$ac_abs_top_srcdir$ac_dir_suffix
+
+ cd "$ac_dir" || { ac_status=$?; continue; }
+ # Check for guested configure.
+ if test -f "$ac_srcdir/configure.gnu"; then
+ echo &&
+ $SHELL "$ac_srcdir/configure.gnu" --help=recursive
+ elif test -f "$ac_srcdir/configure"; then
+ echo &&
+ $SHELL "$ac_srcdir/configure" --help=recursive
+ else
+ $as_echo "$as_me: WARNING: no configuration information is in $ac_dir" >&2
+ fi || ac_status=$?
+ cd "$ac_pwd" || { ac_status=$?; break; }
+ done
+fi
+
+test -n "$ac_init_help" && exit $ac_status
+if $ac_init_version; then
+ cat <<\_ACEOF
+art C++ configure VIC.03.09.2015
+generated by GNU Autoconf 2.69
+
+Copyright (C) 2012 Free Software Foundation, Inc.
+This configure script is free software; the Free Software Foundation
+gives unlimited permission to copy, distribute and modify it.
+_ACEOF
+ exit
+fi
+
+## ------------------------ ##
+## Autoconf initialization. ##
+## ------------------------ ##
+
+# ac_fn_cxx_try_compile LINENO
+# ----------------------------
+# Try to compile conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded.
+ac_fn_cxx_try_compile ()
+{
+ as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+ rm -f conftest.$ac_objext
+ if { { ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+ *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+ *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+ (eval "$ac_compile") 2>conftest.err
+ ac_status=$?
+ if test -s conftest.err; then
+ grep -v '^ *+' conftest.err >conftest.er1
+ cat conftest.er1 >&5
+ mv -f conftest.er1 conftest.err
+ fi
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+ test $ac_status = 0; } && {
+ test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
+ test ! -s conftest.err
+ } && test -s conftest.$ac_objext; then :
+ ac_retval=0
+else
+ $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+ ac_retval=1
+fi
+ eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
+ as_fn_set_status $ac_retval
+
+} # ac_fn_cxx_try_compile
+
+# ac_fn_c_try_compile LINENO
+# --------------------------
+# Try to compile conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded.
+ac_fn_c_try_compile ()
+{
+ as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+ rm -f conftest.$ac_objext
+ if { { ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+ *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+ *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+ (eval "$ac_compile") 2>conftest.err
+ ac_status=$?
+ if test -s conftest.err; then
+ grep -v '^ *+' conftest.err >conftest.er1
+ cat conftest.er1 >&5
+ mv -f conftest.er1 conftest.err
+ fi
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+ test $ac_status = 0; } && {
+ test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+ test ! -s conftest.err
+ } && test -s conftest.$ac_objext; then :
+ ac_retval=0
+else
+ $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+ ac_retval=1
+fi
+ eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
+ as_fn_set_status $ac_retval
+
+} # ac_fn_c_try_compile
+
+# ac_fn_c_try_cpp LINENO
+# ----------------------
+# Try to preprocess conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded.
+ac_fn_c_try_cpp ()
+{
+ as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+ if { { ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
+case "(($ac_try" in
+ *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+ *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+ (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.err
+ ac_status=$?
+ if test -s conftest.err; then
+ grep -v '^ *+' conftest.err >conftest.er1
+ cat conftest.er1 >&5
+ mv -f conftest.er1 conftest.err
+ fi
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+ test $ac_status = 0; } > conftest.i && {
+ test -z "$ac_c_preproc_warn_flag$ac_c_werror_flag" ||
+ test ! -s conftest.err
+ }; then :
+ ac_retval=0
+else
+ $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+ ac_retval=1
+fi
+ eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
+ as_fn_set_status $ac_retval
+
+} # ac_fn_c_try_cpp
+
+# ac_fn_c_check_header_mongrel LINENO HEADER VAR INCLUDES
+# -------------------------------------------------------
+# Tests whether HEADER exists, giving a warning if it cannot be compiled using
+# the include files in INCLUDES and setting the cache variable VAR
+# accordingly.
+ac_fn_c_check_header_mongrel ()
+{
+ as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+ if eval \${$3+:} false; then :
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
+$as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
+if eval \${$3+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+fi
+eval ac_res=\$$3
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+else
+ # Is the header compilable?
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking $2 usability" >&5
+$as_echo_n "checking $2 usability... " >&6; }
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+$4
+#include <$2>
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+ ac_header_compiler=yes
+else
+ ac_header_compiler=no
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_header_compiler" >&5
+$as_echo "$ac_header_compiler" >&6; }
+
+# Is the header present?
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking $2 presence" >&5
+$as_echo_n "checking $2 presence... " >&6; }
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+#include <$2>
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_cpp "$LINENO"; then :
+ ac_header_preproc=yes
+else
+ ac_header_preproc=no
+fi
+rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_header_preproc" >&5
+$as_echo "$ac_header_preproc" >&6; }
+
+# So? What about this header?
+case $ac_header_compiler:$ac_header_preproc:$ac_c_preproc_warn_flag in #((
+ yes:no: )
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: accepted by the compiler, rejected by the preprocessor!" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2: accepted by the compiler, rejected by the preprocessor!" >&2;}
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: proceeding with the compiler's result" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2: proceeding with the compiler's result" >&2;}
+ ;;
+ no:yes:* )
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: present but cannot be compiled" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2: present but cannot be compiled" >&2;}
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: check for missing prerequisite headers?" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2: check for missing prerequisite headers?" >&2;}
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: see the Autoconf documentation" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2: see the Autoconf documentation" >&2;}
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: section \"Present But Cannot Be Compiled\"" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2: section \"Present But Cannot Be Compiled\"" >&2;}
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: proceeding with the compiler's result" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $2: proceeding with the compiler's result" >&2;}
+( $as_echo "## ------------------------------- ##
+## Report this to whduke at gmail.com ##
+## ------------------------------- ##"
+ ) | sed "s/^/$as_me: WARNING: /" >&2
+ ;;
+esac
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
+$as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
+if eval \${$3+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ eval "$3=\$ac_header_compiler"
+fi
+eval ac_res=\$$3
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+fi
+ eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
+
+} # ac_fn_c_check_header_mongrel
+
+# ac_fn_c_try_run LINENO
+# ----------------------
+# Try to link conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded. Assumes
+# that executables *can* be run.
+ac_fn_c_try_run ()
+{
+ as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+ if { { ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+ *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+ *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+ (eval "$ac_link") 2>&5
+ ac_status=$?
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+ test $ac_status = 0; } && { ac_try='./conftest$ac_exeext'
+ { { case "(($ac_try" in
+ *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+ *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+ (eval "$ac_try") 2>&5
+ ac_status=$?
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+ test $ac_status = 0; }; }; then :
+ ac_retval=0
+else
+ $as_echo "$as_me: program exited with status $ac_status" >&5
+ $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+ ac_retval=$ac_status
+fi
+ rm -rf conftest.dSYM conftest_ipa8_conftest.oo
+ eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
+ as_fn_set_status $ac_retval
+
+} # ac_fn_c_try_run
+
+# ac_fn_c_check_header_compile LINENO HEADER VAR INCLUDES
+# -------------------------------------------------------
+# Tests whether HEADER exists and can be compiled using the include files in
+# INCLUDES, setting the cache variable VAR accordingly.
+ac_fn_c_check_header_compile ()
+{
+ as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
+$as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
+if eval \${$3+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+$4
+#include <$2>
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+ eval "$3=yes"
+else
+ eval "$3=no"
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+eval ac_res=\$$3
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+ eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
+
+} # ac_fn_c_check_header_compile
+
+# ac_fn_c_try_link LINENO
+# -----------------------
+# Try to link conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded.
+ac_fn_c_try_link ()
+{
+ as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+ rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
+ if { { ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+ *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+ *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+ (eval "$ac_link") 2>conftest.err
+ ac_status=$?
+ if test -s conftest.err; then
+ grep -v '^ *+' conftest.err >conftest.er1
+ cat conftest.er1 >&5
+ mv -f conftest.er1 conftest.err
+ fi
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+ test $ac_status = 0; } && {
+ test -z "$ac_c_werror_flag" ||
+ test ! -s conftest.err
+ } && test -s conftest$ac_exeext && {
+ test "$cross_compiling" = yes ||
+ test -x conftest$ac_exeext
+ }; then :
+ ac_retval=0
+else
+ $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+ ac_retval=1
+fi
+ # Delete the IPA/IPO (Inter Procedural Analysis/Optimization) information
+ # created by the PGI compiler (conftest_ipa8_conftest.oo), as it would
+ # interfere with the next link command; also delete a directory that is
+ # left behind by Apple's compiler. We do this before executing the actions.
+ rm -rf conftest.dSYM conftest_ipa8_conftest.oo
+ eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
+ as_fn_set_status $ac_retval
+
+} # ac_fn_c_try_link
+
+# ac_fn_c_check_type LINENO TYPE VAR INCLUDES
+# -------------------------------------------
+# Tests whether TYPE exists after having included INCLUDES, setting cache
+# variable VAR accordingly.
+ac_fn_c_check_type ()
+{
+ as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
+$as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
+if eval \${$3+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ eval "$3=no"
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+$4
+int
+main ()
+{
+if (sizeof ($2))
+ return 0;
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+$4
+int
+main ()
+{
+if (sizeof (($2)))
+ return 0;
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+
+else
+ eval "$3=yes"
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+eval ac_res=\$$3
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+ eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
+
+} # ac_fn_c_check_type
+
+# ac_fn_c_check_func LINENO FUNC VAR
+# ----------------------------------
+# Tests whether FUNC exists, setting the cache variable VAR accordingly
+ac_fn_c_check_func ()
+{
+ as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
+$as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
+if eval \${$3+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+/* Define $2 to an innocuous variant, in case <limits.h> declares $2.
+ For example, HP-UX 11i <limits.h> declares gettimeofday. */
+#define $2 innocuous_$2
+
+/* System header to define __stub macros and hopefully few prototypes,
+ which can conflict with char $2 (); below.
+ Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+ <limits.h> exists even on freestanding compilers. */
+
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+
+#undef $2
+
+/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
+ Use char because int might match the return type of a GCC
+ builtin and then its argument prototype would still apply. */
+#ifdef __cplusplus
+extern "C"
+#endif
+char $2 ();
+/* The GNU C library defines this for functions which it implements
+ to always fail with ENOSYS. Some functions are actually named
+ something starting with __ and the normal name is an alias. */
+#if defined __stub_$2 || defined __stub___$2
+choke me
+#endif
+
+int
+main ()
+{
+return $2 ();
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_link "$LINENO"; then :
+ eval "$3=yes"
+else
+ eval "$3=no"
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext \
+ conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+fi
+eval ac_res=\$$3
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
+$as_echo "$ac_res" >&6; }
+ eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
+
+} # ac_fn_c_check_func
+cat >config.log <<_ACEOF
+This file contains any messages produced by compilers while
+running configure, to aid debugging if configure makes a mistake.
+
+It was created by art C++ $as_me VIC.03.09.2015, which was
+generated by GNU Autoconf 2.69. Invocation command line was
+
+ $ $0 $@
+
+_ACEOF
+exec 5>>config.log
+{
+cat <<_ASUNAME
+## --------- ##
+## Platform. ##
+## --------- ##
+
+hostname = `(hostname || uname -n) 2>/dev/null | sed 1q`
+uname -m = `(uname -m) 2>/dev/null || echo unknown`
+uname -r = `(uname -r) 2>/dev/null || echo unknown`
+uname -s = `(uname -s) 2>/dev/null || echo unknown`
+uname -v = `(uname -v) 2>/dev/null || echo unknown`
+
+/usr/bin/uname -p = `(/usr/bin/uname -p) 2>/dev/null || echo unknown`
+/bin/uname -X = `(/bin/uname -X) 2>/dev/null || echo unknown`
+
+/bin/arch = `(/bin/arch) 2>/dev/null || echo unknown`
+/usr/bin/arch -k = `(/usr/bin/arch -k) 2>/dev/null || echo unknown`
+/usr/convex/getsysinfo = `(/usr/convex/getsysinfo) 2>/dev/null || echo unknown`
+/usr/bin/hostinfo = `(/usr/bin/hostinfo) 2>/dev/null || echo unknown`
+/bin/machine = `(/bin/machine) 2>/dev/null || echo unknown`
+/usr/bin/oslevel = `(/usr/bin/oslevel) 2>/dev/null || echo unknown`
+/bin/universe = `(/bin/universe) 2>/dev/null || echo unknown`
+
+_ASUNAME
+
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ $as_echo "PATH: $as_dir"
+ done
+IFS=$as_save_IFS
+
+} >&5
+
+cat >&5 <<_ACEOF
+
+
+## ----------- ##
+## Core tests. ##
+## ----------- ##
+
+_ACEOF
+
+
+# Keep a trace of the command line.
+# Strip out --no-create and --no-recursion so they do not pile up.
+# Strip out --silent because we don't want to record it for future runs.
+# Also quote any args containing shell meta-characters.
+# Make two passes to allow for proper duplicate-argument suppression.
+ac_configure_args=
+ac_configure_args0=
+ac_configure_args1=
+ac_must_keep_next=false
+for ac_pass in 1 2
+do
+ for ac_arg
+ do
+ case $ac_arg in
+ -no-create | --no-c* | -n | -no-recursion | --no-r*) continue ;;
+ -q | -quiet | --quiet | --quie | --qui | --qu | --q \
+ | -silent | --silent | --silen | --sile | --sil)
+ continue ;;
+ *\'*)
+ ac_arg=`$as_echo "$ac_arg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
+ esac
+ case $ac_pass in
+ 1) as_fn_append ac_configure_args0 " '$ac_arg'" ;;
+ 2)
+ as_fn_append ac_configure_args1 " '$ac_arg'"
+ if test $ac_must_keep_next = true; then
+ ac_must_keep_next=false # Got value, back to normal.
+ else
+ case $ac_arg in
+ *=* | --config-cache | -C | -disable-* | --disable-* \
+ | -enable-* | --enable-* | -gas | --g* | -nfp | --nf* \
+ | -q | -quiet | --q* | -silent | --sil* | -v | -verb* \
+ | -with-* | --with-* | -without-* | --without-* | --x)
+ case "$ac_configure_args0 " in
+ "$ac_configure_args1"*" '$ac_arg' "* ) continue ;;
+ esac
+ ;;
+ -* ) ac_must_keep_next=true ;;
+ esac
+ fi
+ as_fn_append ac_configure_args " '$ac_arg'"
+ ;;
+ esac
+ done
+done
+{ ac_configure_args0=; unset ac_configure_args0;}
+{ ac_configure_args1=; unset ac_configure_args1;}
+
+# When interrupted or exit'd, cleanup temporary files, and complete
+# config.log. We remove comments because anyway the quotes in there
+# would cause problems or look ugly.
+# WARNING: Use '\'' to represent an apostrophe within the trap.
+# WARNING: Do not start the trap code with a newline, due to a FreeBSD 4.0 bug.
+trap 'exit_status=$?
+ # Save into config.log some information that might help in debugging.
+ {
+ echo
+
+ $as_echo "## ---------------- ##
+## Cache variables. ##
+## ---------------- ##"
+ echo
+ # The following way of writing the cache mishandles newlines in values,
+(
+ for ac_var in `(set) 2>&1 | sed -n '\''s/^\([a-zA-Z_][a-zA-Z0-9_]*\)=.*/\1/p'\''`; do
+ eval ac_val=\$$ac_var
+ case $ac_val in #(
+ *${as_nl}*)
+ case $ac_var in #(
+ *_cv_*) { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&2;} ;;
+ esac
+ case $ac_var in #(
+ _ | IFS | as_nl) ;; #(
+ BASH_ARGV | BASH_SOURCE) eval $ac_var= ;; #(
+ *) { eval $ac_var=; unset $ac_var;} ;;
+ esac ;;
+ esac
+ done
+ (set) 2>&1 |
+ case $as_nl`(ac_space='\'' '\''; set) 2>&1` in #(
+ *${as_nl}ac_space=\ *)
+ sed -n \
+ "s/'\''/'\''\\\\'\'''\''/g;
+ s/^\\([_$as_cr_alnum]*_cv_[_$as_cr_alnum]*\\)=\\(.*\\)/\\1='\''\\2'\''/p"
+ ;; #(
+ *)
+ sed -n "/^[_$as_cr_alnum]*_cv_[_$as_cr_alnum]*=/p"
+ ;;
+ esac |
+ sort
+)
+ echo
+
+ $as_echo "## ----------------- ##
+## Output variables. ##
+## ----------------- ##"
+ echo
+ for ac_var in $ac_subst_vars
+ do
+ eval ac_val=\$$ac_var
+ case $ac_val in
+ *\'\''*) ac_val=`$as_echo "$ac_val" | sed "s/'\''/'\''\\\\\\\\'\'''\''/g"`;;
+ esac
+ $as_echo "$ac_var='\''$ac_val'\''"
+ done | sort
+ echo
+
+ if test -n "$ac_subst_files"; then
+ $as_echo "## ------------------- ##
+## File substitutions. ##
+## ------------------- ##"
+ echo
+ for ac_var in $ac_subst_files
+ do
+ eval ac_val=\$$ac_var
+ case $ac_val in
+ *\'\''*) ac_val=`$as_echo "$ac_val" | sed "s/'\''/'\''\\\\\\\\'\'''\''/g"`;;
+ esac
+ $as_echo "$ac_var='\''$ac_val'\''"
+ done | sort
+ echo
+ fi
+
+ if test -s confdefs.h; then
+ $as_echo "## ----------- ##
+## confdefs.h. ##
+## ----------- ##"
+ echo
+ cat confdefs.h
+ echo
+ fi
+ test "$ac_signal" != 0 &&
+ $as_echo "$as_me: caught signal $ac_signal"
+ $as_echo "$as_me: exit $exit_status"
+ } >&5
+ rm -f core *.core core.conftest.* &&
+ rm -f -r conftest* confdefs* conf$$* $ac_clean_files &&
+ exit $exit_status
+' 0
+for ac_signal in 1 2 13 15; do
+ trap 'ac_signal='$ac_signal'; as_fn_exit 1' $ac_signal
+done
+ac_signal=0
+
+# confdefs.h avoids OS command line length limits that DEFS can exceed.
+rm -f -r conftest* confdefs.h
+
+$as_echo "/* confdefs.h */" > confdefs.h
+
+# Predefined preprocessor variables.
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_NAME "$PACKAGE_NAME"
+_ACEOF
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_TARNAME "$PACKAGE_TARNAME"
+_ACEOF
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_VERSION "$PACKAGE_VERSION"
+_ACEOF
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_STRING "$PACKAGE_STRING"
+_ACEOF
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_BUGREPORT "$PACKAGE_BUGREPORT"
+_ACEOF
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE_URL "$PACKAGE_URL"
+_ACEOF
+
+
+# Let the site file select an alternate cache file if it wants to.
+# Prefer an explicitly selected file to automatically selected ones.
+ac_site_file1=NONE
+ac_site_file2=NONE
+if test -n "$CONFIG_SITE"; then
+ # We do not want a PATH search for config.site.
+ case $CONFIG_SITE in #((
+ -*) ac_site_file1=./$CONFIG_SITE;;
+ */*) ac_site_file1=$CONFIG_SITE;;
+ *) ac_site_file1=./$CONFIG_SITE;;
+ esac
+elif test "x$prefix" != xNONE; then
+ ac_site_file1=$prefix/share/config.site
+ ac_site_file2=$prefix/etc/config.site
+else
+ ac_site_file1=$ac_default_prefix/share/config.site
+ ac_site_file2=$ac_default_prefix/etc/config.site
+fi
+for ac_site_file in "$ac_site_file1" "$ac_site_file2"
+do
+ test "x$ac_site_file" = xNONE && continue
+ if test /dev/null != "$ac_site_file" && test -r "$ac_site_file"; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: loading site script $ac_site_file" >&5
+$as_echo "$as_me: loading site script $ac_site_file" >&6;}
+ sed 's/^/| /' "$ac_site_file" >&5
+ . "$ac_site_file" \
+ || { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+as_fn_error $? "failed to load site script $ac_site_file
+See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
+ fi
+done
+
+if test -r "$cache_file"; then
+ # Some versions of bash will fail to source /dev/null (special files
+ # actually), so we avoid doing that. DJGPP emulates it as a regular file.
+ if test /dev/null != "$cache_file" && test -f "$cache_file"; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: loading cache $cache_file" >&5
+$as_echo "$as_me: loading cache $cache_file" >&6;}
+ case $cache_file in
+ [\\/]* | ?:[\\/]* ) . "$cache_file";;
+ *) . "./$cache_file";;
+ esac
+ fi
+else
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: creating cache $cache_file" >&5
+$as_echo "$as_me: creating cache $cache_file" >&6;}
+ >$cache_file
+fi
+
+# Check that the precious variables saved in the cache have kept the same
+# value.
+ac_cache_corrupted=false
+for ac_var in $ac_precious_vars; do
+ eval ac_old_set=\$ac_cv_env_${ac_var}_set
+ eval ac_new_set=\$ac_env_${ac_var}_set
+ eval ac_old_val=\$ac_cv_env_${ac_var}_value
+ eval ac_new_val=\$ac_env_${ac_var}_value
+ case $ac_old_set,$ac_new_set in
+ set,)
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: \`$ac_var' was set to \`$ac_old_val' in the previous run" >&5
+$as_echo "$as_me: error: \`$ac_var' was set to \`$ac_old_val' in the previous run" >&2;}
+ ac_cache_corrupted=: ;;
+ ,set)
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: \`$ac_var' was not set in the previous run" >&5
+$as_echo "$as_me: error: \`$ac_var' was not set in the previous run" >&2;}
+ ac_cache_corrupted=: ;;
+ ,);;
+ *)
+ if test "x$ac_old_val" != "x$ac_new_val"; then
+ # differences in whitespace do not lead to failure.
+ ac_old_val_w=`echo x $ac_old_val`
+ ac_new_val_w=`echo x $ac_new_val`
+ if test "$ac_old_val_w" != "$ac_new_val_w"; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: \`$ac_var' has changed since the previous run:" >&5
+$as_echo "$as_me: error: \`$ac_var' has changed since the previous run:" >&2;}
+ ac_cache_corrupted=:
+ else
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: warning: ignoring whitespace changes in \`$ac_var' since the previous run:" >&5
+$as_echo "$as_me: warning: ignoring whitespace changes in \`$ac_var' since the previous run:" >&2;}
+ eval $ac_var=\$ac_old_val
+ fi
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: former value: \`$ac_old_val'" >&5
+$as_echo "$as_me: former value: \`$ac_old_val'" >&2;}
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: current value: \`$ac_new_val'" >&5
+$as_echo "$as_me: current value: \`$ac_new_val'" >&2;}
+ fi;;
+ esac
+ # Pass precious variables to config.status.
+ if test "$ac_new_set" = set; then
+ case $ac_new_val in
+ *\'*) ac_arg=$ac_var=`$as_echo "$ac_new_val" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
+ *) ac_arg=$ac_var=$ac_new_val ;;
+ esac
+ case " $ac_configure_args " in
+ *" '$ac_arg' "*) ;; # Avoid dups. Use of quotes ensures accuracy.
+ *) as_fn_append ac_configure_args " '$ac_arg'" ;;
+ esac
+ fi
+done
+if $ac_cache_corrupted; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: changes in the environment can compromise the build" >&5
+$as_echo "$as_me: error: changes in the environment can compromise the build" >&2;}
+ as_fn_error $? "run \`make distclean' and/or \`rm $cache_file' and start over" "$LINENO" 5
+fi
+## -------------------- ##
+## Main body of script. ##
+## -------------------- ##
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+
+
+
+ac_config_headers="$ac_config_headers config.h"
+
+am__api_version='1.14'
+
+ac_aux_dir=
+for ac_dir in "$srcdir" "$srcdir/.." "$srcdir/../.."; do
+ if test -f "$ac_dir/install-sh"; then
+ ac_aux_dir=$ac_dir
+ ac_install_sh="$ac_aux_dir/install-sh -c"
+ break
+ elif test -f "$ac_dir/install.sh"; then
+ ac_aux_dir=$ac_dir
+ ac_install_sh="$ac_aux_dir/install.sh -c"
+ break
+ elif test -f "$ac_dir/shtool"; then
+ ac_aux_dir=$ac_dir
+ ac_install_sh="$ac_aux_dir/shtool install -c"
+ break
+ fi
+done
+if test -z "$ac_aux_dir"; then
+ as_fn_error $? "cannot find install-sh, install.sh, or shtool in \"$srcdir\" \"$srcdir/..\" \"$srcdir/../..\"" "$LINENO" 5
+fi
+
+# These three variables are undocumented and unsupported,
+# and are intended to be withdrawn in a future Autoconf release.
+# They can cause serious problems if a builder's source tree is in a directory
+# whose full name contains unusual characters.
+ac_config_guess="$SHELL $ac_aux_dir/config.guess" # Please don't use this var.
+ac_config_sub="$SHELL $ac_aux_dir/config.sub" # Please don't use this var.
+ac_configure="$SHELL $ac_aux_dir/configure" # Please don't use this var.
+
+
+# Find a good install program. We prefer a C program (faster),
+# so one script is as good as another. But avoid the broken or
+# incompatible versions:
+# SysV /etc/install, /usr/sbin/install
+# SunOS /usr/etc/install
+# IRIX /sbin/install
+# AIX /bin/install
+# AmigaOS /C/install, which installs bootblocks on floppy discs
+# AIX 4 /usr/bin/installbsd, which doesn't work without a -g flag
+# AFS /usr/afsws/bin/install, which mishandles nonexistent args
+# SVR4 /usr/ucb/install, which tries to use the nonexistent group "staff"
+# OS/2's system install, which has a completely different semantic
+# ./install, which can be erroneously created by make from ./install.sh.
+# Reject install programs that cannot install multiple files.
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for a BSD-compatible install" >&5
+$as_echo_n "checking for a BSD-compatible install... " >&6; }
+if test -z "$INSTALL"; then
+if ${ac_cv_path_install+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ # Account for people who put trailing slashes in PATH elements.
+case $as_dir/ in #((
+ ./ | .// | /[cC]/* | \
+ /etc/* | /usr/sbin/* | /usr/etc/* | /sbin/* | /usr/afsws/bin/* | \
+ ?:[\\/]os2[\\/]install[\\/]* | ?:[\\/]OS2[\\/]INSTALL[\\/]* | \
+ /usr/ucb/* ) ;;
+ *)
+ # OSF1 and SCO ODT 3.0 have their own names for install.
+ # Don't use installbsd from OSF since it installs stuff as root
+ # by default.
+ for ac_prog in ginstall scoinst install; do
+ for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+ if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"; then
+ if test $ac_prog = install &&
+ grep dspmsg "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" >/dev/null 2>&1; then
+ # AIX install. It has an incompatible calling convention.
+ :
+ elif test $ac_prog = install &&
+ grep pwplus "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" >/dev/null 2>&1; then
+ # program-specific install script used by HP pwplus--don't use.
+ :
+ else
+ rm -rf conftest.one conftest.two conftest.dir
+ echo one > conftest.one
+ echo two > conftest.two
+ mkdir conftest.dir
+ if "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" -c conftest.one conftest.two "`pwd`/conftest.dir" &&
+ test -s conftest.one && test -s conftest.two &&
+ test -s conftest.dir/conftest.one &&
+ test -s conftest.dir/conftest.two
+ then
+ ac_cv_path_install="$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext -c"
+ break 3
+ fi
+ fi
+ fi
+ done
+ done
+ ;;
+esac
+
+ done
+IFS=$as_save_IFS
+
+rm -rf conftest.one conftest.two conftest.dir
+
+fi
+ if test "${ac_cv_path_install+set}" = set; then
+ INSTALL=$ac_cv_path_install
+ else
+ # As a last resort, use the slow shell script. Don't cache a
+ # value for INSTALL within a source directory, because that will
+ # break other packages using the cache if that directory is
+ # removed, or if the value is a relative name.
+ INSTALL=$ac_install_sh
+ fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $INSTALL" >&5
+$as_echo "$INSTALL" >&6; }
+
+# Use test -z because SunOS4 sh mishandles braces in ${var-val}.
+# It thinks the first close brace ends the variable substitution.
+test -z "$INSTALL_PROGRAM" && INSTALL_PROGRAM='${INSTALL}'
+
+test -z "$INSTALL_SCRIPT" && INSTALL_SCRIPT='${INSTALL}'
+
+test -z "$INSTALL_DATA" && INSTALL_DATA='${INSTALL} -m 644'
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether build environment is sane" >&5
+$as_echo_n "checking whether build environment is sane... " >&6; }
+# Reject unsafe characters in $srcdir or the absolute working directory
+# name. Accept space and tab only in the latter.
+am_lf='
+'
+case `pwd` in
+ *[\\\"\#\$\&\'\`$am_lf]*)
+ as_fn_error $? "unsafe absolute working directory name" "$LINENO" 5;;
+esac
+case $srcdir in
+ *[\\\"\#\$\&\'\`$am_lf\ \ ]*)
+ as_fn_error $? "unsafe srcdir value: '$srcdir'" "$LINENO" 5;;
+esac
+
+# Do 'set' in a subshell so we don't clobber the current shell's
+# arguments. Must try -L first in case configure is actually a
+# symlink; some systems play weird games with the mod time of symlinks
+# (eg FreeBSD returns the mod time of the symlink's containing
+# directory).
+if (
+ am_has_slept=no
+ for am_try in 1 2; do
+ echo "timestamp, slept: $am_has_slept" > conftest.file
+ set X `ls -Lt "$srcdir/configure" conftest.file 2> /dev/null`
+ if test "$*" = "X"; then
+ # -L didn't work.
+ set X `ls -t "$srcdir/configure" conftest.file`
+ fi
+ if test "$*" != "X $srcdir/configure conftest.file" \
+ && test "$*" != "X conftest.file $srcdir/configure"; then
+
+ # If neither matched, then we have a broken ls. This can happen
+ # if, for instance, CONFIG_SHELL is bash and it inherits a
+ # broken ls alias from the environment. This has actually
+ # happened. Such a system could not be considered "sane".
+ as_fn_error $? "ls -t appears to fail. Make sure there is not a broken
+ alias in your environment" "$LINENO" 5
+ fi
+ if test "$2" = conftest.file || test $am_try -eq 2; then
+ break
+ fi
+ # Just in case.
+ sleep 1
+ am_has_slept=yes
+ done
+ test "$2" = conftest.file
+ )
+then
+ # Ok.
+ :
+else
+ as_fn_error $? "newly created file is older than distributed files!
+Check your system clock" "$LINENO" 5
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
+$as_echo "yes" >&6; }
+# If we didn't sleep, we still need to ensure time stamps of config.status and
+# generated files are strictly newer.
+am_sleep_pid=
+if grep 'slept: no' conftest.file >/dev/null 2>&1; then
+ ( sleep 1 ) &
+ am_sleep_pid=$!
+fi
+
+rm -f conftest.file
+
+test "$program_prefix" != NONE &&
+ program_transform_name="s&^&$program_prefix&;$program_transform_name"
+# Use a double $ so make ignores it.
+test "$program_suffix" != NONE &&
+ program_transform_name="s&\$&$program_suffix&;$program_transform_name"
+# Double any \ or $.
+# By default was `s,x,x', remove it if useless.
+ac_script='s/[\\$]/&&/g;s/;s,x,x,$//'
+program_transform_name=`$as_echo "$program_transform_name" | sed "$ac_script"`
+
+# expand $ac_aux_dir to an absolute path
+am_aux_dir=`cd $ac_aux_dir && pwd`
+
+if test x"${MISSING+set}" != xset; then
+ case $am_aux_dir in
+ *\ * | *\ *)
+ MISSING="\${SHELL} \"$am_aux_dir/missing\"" ;;
+ *)
+ MISSING="\${SHELL} $am_aux_dir/missing" ;;
+ esac
+fi
+# Use eval to expand $SHELL
+if eval "$MISSING --is-lightweight"; then
+ am_missing_run="$MISSING "
+else
+ am_missing_run=
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: 'missing' script is too old or missing" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: 'missing' script is too old or missing" >&2;}
+fi
+
+if test x"${install_sh}" != xset; then
+ case $am_aux_dir in
+ *\ * | *\ *)
+ install_sh="\${SHELL} '$am_aux_dir/install-sh'" ;;
+ *)
+ install_sh="\${SHELL} $am_aux_dir/install-sh"
+ esac
+fi
+
+# Installed binaries are usually stripped using 'strip' when the user
+# run "make install-strip". However 'strip' might not be the right
+# tool to use in cross-compilation environments, therefore Automake
+# will honor the 'STRIP' environment variable to overrule this program.
+if test "$cross_compiling" != no; then
+ if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+ # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}strip", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}strip; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_STRIP+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ if test -n "$STRIP"; then
+ ac_cv_prog_STRIP="$STRIP" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+ if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+ ac_cv_prog_STRIP="${ac_tool_prefix}strip"
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+ break 2
+ fi
+done
+ done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+STRIP=$ac_cv_prog_STRIP
+if test -n "$STRIP"; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $STRIP" >&5
+$as_echo "$STRIP" >&6; }
+else
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$ac_cv_prog_STRIP"; then
+ ac_ct_STRIP=$STRIP
+ # Extract the first word of "strip", so it can be a program name with args.
+set dummy strip; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_ac_ct_STRIP+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ if test -n "$ac_ct_STRIP"; then
+ ac_cv_prog_ac_ct_STRIP="$ac_ct_STRIP" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+ if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+ ac_cv_prog_ac_ct_STRIP="strip"
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+ break 2
+ fi
+done
+ done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_STRIP=$ac_cv_prog_ac_ct_STRIP
+if test -n "$ac_ct_STRIP"; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_ct_STRIP" >&5
+$as_echo "$ac_ct_STRIP" >&6; }
+else
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+ if test "x$ac_ct_STRIP" = x; then
+ STRIP=":"
+ else
+ case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+ STRIP=$ac_ct_STRIP
+ fi
+else
+ STRIP="$ac_cv_prog_STRIP"
+fi
+
+fi
+INSTALL_STRIP_PROGRAM="\$(install_sh) -c -s"
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for a thread-safe mkdir -p" >&5
+$as_echo_n "checking for a thread-safe mkdir -p... " >&6; }
+if test -z "$MKDIR_P"; then
+ if ${ac_cv_path_mkdir+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH$PATH_SEPARATOR/opt/sfw/bin
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ for ac_prog in mkdir gmkdir; do
+ for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+ as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" || continue
+ case `"$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" --version 2>&1` in #(
+ 'mkdir (GNU coreutils) '* | \
+ 'mkdir (coreutils) '* | \
+ 'mkdir (fileutils) '4.1*)
+ ac_cv_path_mkdir=$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext
+ break 3;;
+ esac
+ done
+ done
+ done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+
+ test -d ./--version && rmdir ./--version
+ if test "${ac_cv_path_mkdir+set}" = set; then
+ MKDIR_P="$ac_cv_path_mkdir -p"
+ else
+ # As a last resort, use the slow shell script. Don't cache a
+ # value for MKDIR_P within a source directory, because that will
+ # break other packages using the cache if that directory is
+ # removed, or if the value is a relative name.
+ MKDIR_P="$ac_install_sh -d"
+ fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $MKDIR_P" >&5
+$as_echo "$MKDIR_P" >&6; }
+
+for ac_prog in gawk mawk nawk awk
+do
+ # Extract the first word of "$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_AWK+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ if test -n "$AWK"; then
+ ac_cv_prog_AWK="$AWK" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+ if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+ ac_cv_prog_AWK="$ac_prog"
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+ break 2
+ fi
+done
+ done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+AWK=$ac_cv_prog_AWK
+if test -n "$AWK"; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $AWK" >&5
+$as_echo "$AWK" >&6; }
+else
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+ test -n "$AWK" && break
+done
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)" >&5
+$as_echo_n "checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)... " >&6; }
+set x ${MAKE-make}
+ac_make=`$as_echo "$2" | sed 's/+/p/g; s/[^a-zA-Z0-9_]/_/g'`
+if eval \${ac_cv_prog_make_${ac_make}_set+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ cat >conftest.make <<\_ACEOF
+SHELL = /bin/sh
+all:
+ @echo '@@@%%%=$(MAKE)=@@@%%%'
+_ACEOF
+# GNU make sometimes prints "make[1]: Entering ...", which would confuse us.
+case `${MAKE-make} -f conftest.make 2>/dev/null` in
+ *@@@%%%=?*=@@@%%%*)
+ eval ac_cv_prog_make_${ac_make}_set=yes;;
+ *)
+ eval ac_cv_prog_make_${ac_make}_set=no;;
+esac
+rm -f conftest.make
+fi
+if eval test \$ac_cv_prog_make_${ac_make}_set = yes; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
+$as_echo "yes" >&6; }
+ SET_MAKE=
+else
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+ SET_MAKE="MAKE=${MAKE-make}"
+fi
+
+rm -rf .tst 2>/dev/null
+mkdir .tst 2>/dev/null
+if test -d .tst; then
+ am__leading_dot=.
+else
+ am__leading_dot=_
+fi
+rmdir .tst 2>/dev/null
+
+# Check whether --enable-silent-rules was given.
+if test "${enable_silent_rules+set}" = set; then :
+ enableval=$enable_silent_rules;
+fi
+
+case $enable_silent_rules in # (((
+ yes) AM_DEFAULT_VERBOSITY=0;;
+ no) AM_DEFAULT_VERBOSITY=1;;
+ *) AM_DEFAULT_VERBOSITY=1;;
+esac
+am_make=${MAKE-make}
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether $am_make supports nested variables" >&5
+$as_echo_n "checking whether $am_make supports nested variables... " >&6; }
+if ${am_cv_make_support_nested_variables+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ if $as_echo 'TRUE=$(BAR$(V))
+BAR0=false
+BAR1=true
+V=1
+am__doit:
+ @$(TRUE)
+.PHONY: am__doit' | $am_make -f - >/dev/null 2>&1; then
+ am_cv_make_support_nested_variables=yes
+else
+ am_cv_make_support_nested_variables=no
+fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $am_cv_make_support_nested_variables" >&5
+$as_echo "$am_cv_make_support_nested_variables" >&6; }
+if test $am_cv_make_support_nested_variables = yes; then
+ AM_V='$(V)'
+ AM_DEFAULT_V='$(AM_DEFAULT_VERBOSITY)'
+else
+ AM_V=$AM_DEFAULT_VERBOSITY
+ AM_DEFAULT_V=$AM_DEFAULT_VERBOSITY
+fi
+AM_BACKSLASH='\'
+
+if test "`cd $srcdir && pwd`" != "`pwd`"; then
+ # Use -I$(srcdir) only when $(srcdir) != ., so that make's output
+ # is not polluted with repeated "-I."
+ am__isrc=' -I$(srcdir)'
+ # test to see if srcdir already configured
+ if test -f $srcdir/config.status; then
+ as_fn_error $? "source directory already configured; run \"make distclean\" there first" "$LINENO" 5
+ fi
+fi
+
+# test whether we have cygpath
+if test -z "$CYGPATH_W"; then
+ if (cygpath --version) >/dev/null 2>/dev/null; then
+ CYGPATH_W='cygpath -w'
+ else
+ CYGPATH_W=echo
+ fi
+fi
+
+
+# Define the identity of the package.
+ PACKAGE='art'
+ VERSION='VIC.03.09.2015'
+
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define PACKAGE "$PACKAGE"
+_ACEOF
+
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define VERSION "$VERSION"
+_ACEOF
+
+# Some tools Automake needs.
+
+ACLOCAL=${ACLOCAL-"${am_missing_run}aclocal-${am__api_version}"}
+
+
+AUTOCONF=${AUTOCONF-"${am_missing_run}autoconf"}
+
+
+AUTOMAKE=${AUTOMAKE-"${am_missing_run}automake-${am__api_version}"}
+
+
+AUTOHEADER=${AUTOHEADER-"${am_missing_run}autoheader"}
+
+
+MAKEINFO=${MAKEINFO-"${am_missing_run}makeinfo"}
+
+# For better backward compatibility. To be removed once Automake 1.9.x
+# dies out for good. For more background, see:
+# <http://lists.gnu.org/archive/html/automake/2012-07/msg00001.html>
+# <http://lists.gnu.org/archive/html/automake/2012-07/msg00014.html>
+mkdir_p='$(MKDIR_P)'
+
+# We need awk for the "check" target. The system "awk" is bad on
+# some platforms.
+# Always define AMTAR for backward compatibility. Yes, it's still used
+# in the wild :-( We should find a proper way to deprecate it ...
+AMTAR='$${TAR-tar}'
+
+
+# We'll loop over all known methods to create a tar archive until one works.
+_am_tools='gnutar pax cpio none'
+
+am__tar='$${TAR-tar} chof - "$$tardir"' am__untar='$${TAR-tar} xf -'
+
+
+
+
+
+
+# POSIX will say in a future version that running "rm -f" with no argument
+# is OK; and we want to be able to make that assumption in our Makefile
+# recipes. So use an aggressive probe to check that the usage we want is
+# actually supported "in the wild" to an acceptable degree.
+# See automake bug#10828.
+# To make any issue more visible, cause the running configure to be aborted
+# by default if the 'rm' program in use doesn't match our expectations; the
+# user can still override this though.
+if rm -f && rm -fr && rm -rf; then : OK; else
+ cat >&2 <<'END'
+Oops!
+
+Your 'rm' program seems unable to run without file operands specified
+on the command line, even when the '-f' option is present. This is contrary
+to the behaviour of most rm programs out there, and not conforming with
+the upcoming POSIX standard: <http://austingroupbugs.net/view.php?id=542>
+
+Please tell bug-automake at gnu.org about your system, including the value
+of your $PATH and any error possibly output before this message. This
+can help us improve future automake versions.
+
+END
+ if test x"$ACCEPT_INFERIOR_RM_PROGRAM" = x"yes"; then
+ echo 'Configuration will proceed anyway, since you have set the' >&2
+ echo 'ACCEPT_INFERIOR_RM_PROGRAM variable to "yes"' >&2
+ echo >&2
+ else
+ cat >&2 <<'END'
+Aborting the configuration process, to ensure you take notice of the issue.
+
+You can download and install GNU coreutils to get an 'rm' implementation
+that behaves properly: <http://www.gnu.org/software/coreutils/>.
+
+If you want to complete the configuration process using your problematic
+'rm' anyway, export the environment variable ACCEPT_INFERIOR_RM_PROGRAM
+to "yes", and re-run configure.
+
+END
+ as_fn_error $? "Your 'rm' program is bad, sorry." "$LINENO" 5
+ fi
+fi
+ac_ext=cpp
+ac_cpp='$CXXCPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CXX -c $CXXFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CXX -o conftest$ac_exeext $CXXFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_cxx_compiler_gnu
+if test -z "$CXX"; then
+ if test -n "$CCC"; then
+ CXX=$CCC
+ else
+ if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+ for ac_prog in g++ c++ gpp aCC CC cxx cc++ cl.exe FCC KCC RCC xlC_r xlC
+ do
+ # Extract the first word of "$ac_tool_prefix$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_tool_prefix$ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_CXX+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ if test -n "$CXX"; then
+ ac_cv_prog_CXX="$CXX" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+ if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+ ac_cv_prog_CXX="$ac_tool_prefix$ac_prog"
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+ break 2
+ fi
+done
+ done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+CXX=$ac_cv_prog_CXX
+if test -n "$CXX"; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CXX" >&5
+$as_echo "$CXX" >&6; }
+else
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+ test -n "$CXX" && break
+ done
+fi
+if test -z "$CXX"; then
+ ac_ct_CXX=$CXX
+ for ac_prog in g++ c++ gpp aCC CC cxx cc++ cl.exe FCC KCC RCC xlC_r xlC
+do
+ # Extract the first word of "$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_ac_ct_CXX+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ if test -n "$ac_ct_CXX"; then
+ ac_cv_prog_ac_ct_CXX="$ac_ct_CXX" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+ if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+ ac_cv_prog_ac_ct_CXX="$ac_prog"
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+ break 2
+ fi
+done
+ done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_CXX=$ac_cv_prog_ac_ct_CXX
+if test -n "$ac_ct_CXX"; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_ct_CXX" >&5
+$as_echo "$ac_ct_CXX" >&6; }
+else
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+ test -n "$ac_ct_CXX" && break
+done
+
+ if test "x$ac_ct_CXX" = x; then
+ CXX="g++"
+ else
+ case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+ CXX=$ac_ct_CXX
+ fi
+fi
+
+ fi
+fi
+# Provide some information about the compiler.
+$as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for C++ compiler version" >&5
+set X $ac_compile
+ac_compiler=$2
+for ac_option in --version -v -V -qversion; do
+ { { ac_try="$ac_compiler $ac_option >&5"
+case "(($ac_try" in
+ *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+ *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+ (eval "$ac_compiler $ac_option >&5") 2>conftest.err
+ ac_status=$?
+ if test -s conftest.err; then
+ sed '10a\
+... rest of stderr output deleted ...
+ 10q' conftest.err >conftest.er1
+ cat conftest.er1 >&5
+ fi
+ rm -f conftest.er1 conftest.err
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+ test $ac_status = 0; }
+done
+
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+
+int
+main ()
+{
+
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+ac_clean_files_save=$ac_clean_files
+ac_clean_files="$ac_clean_files a.out a.out.dSYM a.exe b.out"
+# Try to create an executable without -o first, disregard a.out.
+# It will help us diagnose broken compilers, and finding out an intuition
+# of exeext.
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether the C++ compiler works" >&5
+$as_echo_n "checking whether the C++ compiler works... " >&6; }
+ac_link_default=`$as_echo "$ac_link" | sed 's/ -o *conftest[^ ]*//'`
+
+# The possible output files:
+ac_files="a.out conftest.exe conftest a.exe a_out.exe b.out conftest.*"
+
+ac_rmfiles=
+for ac_file in $ac_files
+do
+ case $ac_file in
+ *.$ac_ext | *.xcoff | *.tds | *.d | *.pdb | *.xSYM | *.bb | *.bbg | *.map | *.inf | *.dSYM | *.o | *.obj ) ;;
+ * ) ac_rmfiles="$ac_rmfiles $ac_file";;
+ esac
+done
+rm -f $ac_rmfiles
+
+if { { ac_try="$ac_link_default"
+case "(($ac_try" in
+ *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+ *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+ (eval "$ac_link_default") 2>&5
+ ac_status=$?
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+ test $ac_status = 0; }; then :
+ # Autoconf-2.13 could set the ac_cv_exeext variable to `no'.
+# So ignore a value of `no', otherwise this would lead to `EXEEXT = no'
+# in a Makefile. We should not override ac_cv_exeext if it was cached,
+# so that the user can short-circuit this test for compilers unknown to
+# Autoconf.
+for ac_file in $ac_files ''
+do
+ test -f "$ac_file" || continue
+ case $ac_file in
+ *.$ac_ext | *.xcoff | *.tds | *.d | *.pdb | *.xSYM | *.bb | *.bbg | *.map | *.inf | *.dSYM | *.o | *.obj )
+ ;;
+ [ab].out )
+ # We found the default executable, but exeext='' is most
+ # certainly right.
+ break;;
+ *.* )
+ if test "${ac_cv_exeext+set}" = set && test "$ac_cv_exeext" != no;
+ then :; else
+ ac_cv_exeext=`expr "$ac_file" : '[^.]*\(\..*\)'`
+ fi
+ # We set ac_cv_exeext here because the later test for it is not
+ # safe: cross compilers may not add the suffix if given an `-o'
+ # argument, so we may need to know it at that point already.
+ # Even if this section looks crufty: it has the advantage of
+ # actually working.
+ break;;
+ * )
+ break;;
+ esac
+done
+test "$ac_cv_exeext" = no && ac_cv_exeext=
+
+else
+ ac_file=''
+fi
+if test -z "$ac_file"; then :
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+$as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+{ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+as_fn_error 77 "C++ compiler cannot create executables
+See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
+else
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
+$as_echo "yes" >&6; }
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for C++ compiler default output file name" >&5
+$as_echo_n "checking for C++ compiler default output file name... " >&6; }
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_file" >&5
+$as_echo "$ac_file" >&6; }
+ac_exeext=$ac_cv_exeext
+
+rm -f -r a.out a.out.dSYM a.exe conftest$ac_cv_exeext b.out
+ac_clean_files=$ac_clean_files_save
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for suffix of executables" >&5
+$as_echo_n "checking for suffix of executables... " >&6; }
+if { { ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+ *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+ *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+ (eval "$ac_link") 2>&5
+ ac_status=$?
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+ test $ac_status = 0; }; then :
+ # If both `conftest.exe' and `conftest' are `present' (well, observable)
+# catch `conftest.exe'. For instance with Cygwin, `ls conftest' will
+# work properly (i.e., refer to `conftest.exe'), while it won't with
+# `rm'.
+for ac_file in conftest.exe conftest conftest.*; do
+ test -f "$ac_file" || continue
+ case $ac_file in
+ *.$ac_ext | *.xcoff | *.tds | *.d | *.pdb | *.xSYM | *.bb | *.bbg | *.map | *.inf | *.dSYM | *.o | *.obj ) ;;
+ *.* ) ac_cv_exeext=`expr "$ac_file" : '[^.]*\(\..*\)'`
+ break;;
+ * ) break;;
+ esac
+done
+else
+ { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+as_fn_error $? "cannot compute suffix of executables: cannot compile and link
+See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
+fi
+rm -f conftest conftest$ac_cv_exeext
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_exeext" >&5
+$as_echo "$ac_cv_exeext" >&6; }
+
+rm -f conftest.$ac_ext
+EXEEXT=$ac_cv_exeext
+ac_exeext=$EXEEXT
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+#include <stdio.h>
+int
+main ()
+{
+FILE *f = fopen ("conftest.out", "w");
+ return ferror (f) || fclose (f) != 0;
+
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+ac_clean_files="$ac_clean_files conftest.out"
+# Check that the compiler produces executables we can run. If not, either
+# the compiler is broken, or we cross compile.
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether we are cross compiling" >&5
+$as_echo_n "checking whether we are cross compiling... " >&6; }
+if test "$cross_compiling" != yes; then
+ { { ac_try="$ac_link"
+case "(($ac_try" in
+ *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+ *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+ (eval "$ac_link") 2>&5
+ ac_status=$?
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+ test $ac_status = 0; }
+ if { ac_try='./conftest$ac_cv_exeext'
+ { { case "(($ac_try" in
+ *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+ *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+ (eval "$ac_try") 2>&5
+ ac_status=$?
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+ test $ac_status = 0; }; }; then
+ cross_compiling=no
+ else
+ if test "$cross_compiling" = maybe; then
+ cross_compiling=yes
+ else
+ { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+as_fn_error $? "cannot run C++ compiled programs.
+If you meant to cross compile, use \`--host'.
+See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
+ fi
+ fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $cross_compiling" >&5
+$as_echo "$cross_compiling" >&6; }
+
+rm -f conftest.$ac_ext conftest$ac_cv_exeext conftest.out
+ac_clean_files=$ac_clean_files_save
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for suffix of object files" >&5
+$as_echo_n "checking for suffix of object files... " >&6; }
+if ${ac_cv_objext+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+
+int
+main ()
+{
+
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+rm -f conftest.o conftest.obj
+if { { ac_try="$ac_compile"
+case "(($ac_try" in
+ *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+ *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+ (eval "$ac_compile") 2>&5
+ ac_status=$?
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+ test $ac_status = 0; }; then :
+ for ac_file in conftest.o conftest.obj conftest.*; do
+ test -f "$ac_file" || continue;
+ case $ac_file in
+ *.$ac_ext | *.xcoff | *.tds | *.d | *.pdb | *.xSYM | *.bb | *.bbg | *.map | *.inf | *.dSYM ) ;;
+ *) ac_cv_objext=`expr "$ac_file" : '.*\.\(.*\)'`
+ break;;
+ esac
+done
+else
+ $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
+sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
+
+{ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+as_fn_error $? "cannot compute suffix of object files: cannot compile
+See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
+fi
+rm -f conftest.$ac_cv_objext conftest.$ac_ext
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_objext" >&5
+$as_echo "$ac_cv_objext" >&6; }
+OBJEXT=$ac_cv_objext
+ac_objext=$OBJEXT
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether we are using the GNU C++ compiler" >&5
+$as_echo_n "checking whether we are using the GNU C++ compiler... " >&6; }
+if ${ac_cv_cxx_compiler_gnu+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+
+int
+main ()
+{
+#ifndef __GNUC__
+ choke me
+#endif
+
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
+ ac_compiler_gnu=yes
+else
+ ac_compiler_gnu=no
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+ac_cv_cxx_compiler_gnu=$ac_compiler_gnu
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_cxx_compiler_gnu" >&5
+$as_echo "$ac_cv_cxx_compiler_gnu" >&6; }
+if test $ac_compiler_gnu = yes; then
+ GXX=yes
+else
+ GXX=
+fi
+ac_test_CXXFLAGS=${CXXFLAGS+set}
+ac_save_CXXFLAGS=$CXXFLAGS
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether $CXX accepts -g" >&5
+$as_echo_n "checking whether $CXX accepts -g... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_cxx_g+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ ac_save_cxx_werror_flag=$ac_cxx_werror_flag
+ ac_cxx_werror_flag=yes
+ ac_cv_prog_cxx_g=no
+ CXXFLAGS="-g"
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+
+int
+main ()
+{
+
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
+ ac_cv_prog_cxx_g=yes
+else
+ CXXFLAGS=""
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+
+int
+main ()
+{
+
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
+
+else
+ ac_cxx_werror_flag=$ac_save_cxx_werror_flag
+ CXXFLAGS="-g"
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+
+int
+main ()
+{
+
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
+ ac_cv_prog_cxx_g=yes
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+ ac_cxx_werror_flag=$ac_save_cxx_werror_flag
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_prog_cxx_g" >&5
+$as_echo "$ac_cv_prog_cxx_g" >&6; }
+if test "$ac_test_CXXFLAGS" = set; then
+ CXXFLAGS=$ac_save_CXXFLAGS
+elif test $ac_cv_prog_cxx_g = yes; then
+ if test "$GXX" = yes; then
+ CXXFLAGS="-g -O2"
+ else
+ CXXFLAGS="-g"
+ fi
+else
+ if test "$GXX" = yes; then
+ CXXFLAGS="-O2"
+ else
+ CXXFLAGS=
+ fi
+fi
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+DEPDIR="${am__leading_dot}deps"
+
+ac_config_commands="$ac_config_commands depfiles"
+
+
+am_make=${MAKE-make}
+cat > confinc << 'END'
+am__doit:
+ @echo this is the am__doit target
+.PHONY: am__doit
+END
+# If we don't find an include directive, just comment out the code.
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for style of include used by $am_make" >&5
+$as_echo_n "checking for style of include used by $am_make... " >&6; }
+am__include="#"
+am__quote=
+_am_result=none
+# First try GNU make style include.
+echo "include confinc" > confmf
+# Ignore all kinds of additional output from 'make'.
+case `$am_make -s -f confmf 2> /dev/null` in #(
+*the\ am__doit\ target*)
+ am__include=include
+ am__quote=
+ _am_result=GNU
+ ;;
+esac
+# Now try BSD make style include.
+if test "$am__include" = "#"; then
+ echo '.include "confinc"' > confmf
+ case `$am_make -s -f confmf 2> /dev/null` in #(
+ *the\ am__doit\ target*)
+ am__include=.include
+ am__quote="\""
+ _am_result=BSD
+ ;;
+ esac
+fi
+
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $_am_result" >&5
+$as_echo "$_am_result" >&6; }
+rm -f confinc confmf
+
+# Check whether --enable-dependency-tracking was given.
+if test "${enable_dependency_tracking+set}" = set; then :
+ enableval=$enable_dependency_tracking;
+fi
+
+if test "x$enable_dependency_tracking" != xno; then
+ am_depcomp="$ac_aux_dir/depcomp"
+ AMDEPBACKSLASH='\'
+ am__nodep='_no'
+fi
+ if test "x$enable_dependency_tracking" != xno; then
+ AMDEP_TRUE=
+ AMDEP_FALSE='#'
+else
+ AMDEP_TRUE='#'
+ AMDEP_FALSE=
+fi
+
+
+
+depcc="$CXX" am_compiler_list=
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking dependency style of $depcc" >&5
+$as_echo_n "checking dependency style of $depcc... " >&6; }
+if ${am_cv_CXX_dependencies_compiler_type+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ if test -z "$AMDEP_TRUE" && test -f "$am_depcomp"; then
+ # We make a subdir and do the tests there. Otherwise we can end up
+ # making bogus files that we don't know about and never remove. For
+ # instance it was reported that on HP-UX the gcc test will end up
+ # making a dummy file named 'D' -- because '-MD' means "put the output
+ # in D".
+ rm -rf conftest.dir
+ mkdir conftest.dir
+ # Copy depcomp to subdir because otherwise we won't find it if we're
+ # using a relative directory.
+ cp "$am_depcomp" conftest.dir
+ cd conftest.dir
+ # We will build objects and dependencies in a subdirectory because
+ # it helps to detect inapplicable dependency modes. For instance
+ # both Tru64's cc and ICC support -MD to output dependencies as a
+ # side effect of compilation, but ICC will put the dependencies in
+ # the current directory while Tru64 will put them in the object
+ # directory.
+ mkdir sub
+
+ am_cv_CXX_dependencies_compiler_type=none
+ if test "$am_compiler_list" = ""; then
+ am_compiler_list=`sed -n 's/^#*\([a-zA-Z0-9]*\))$/\1/p' < ./depcomp`
+ fi
+ am__universal=false
+ case " $depcc " in #(
+ *\ -arch\ *\ -arch\ *) am__universal=true ;;
+ esac
+
+ for depmode in $am_compiler_list; do
+ # Setup a source with many dependencies, because some compilers
+ # like to wrap large dependency lists on column 80 (with \), and
+ # we should not choose a depcomp mode which is confused by this.
+ #
+ # We need to recreate these files for each test, as the compiler may
+ # overwrite some of them when testing with obscure command lines.
+ # This happens at least with the AIX C compiler.
+ : > sub/conftest.c
+ for i in 1 2 3 4 5 6; do
+ echo '#include "conftst'$i'.h"' >> sub/conftest.c
+ # Using ": > sub/conftst$i.h" creates only sub/conftst1.h with
+ # Solaris 10 /bin/sh.
+ echo '/* dummy */' > sub/conftst$i.h
+ done
+ echo "${am__include} ${am__quote}sub/conftest.Po${am__quote}" > confmf
+
+ # We check with '-c' and '-o' for the sake of the "dashmstdout"
+ # mode. It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
+ # handle '-M -o', and we need to detect this. Also, some Intel
+ # versions had trouble with output in subdirs.
+ am__obj=sub/conftest.${OBJEXT-o}
+ am__minus_obj="-o $am__obj"
+ case $depmode in
+ gcc)
+ # This depmode causes a compiler race in universal mode.
+ test "$am__universal" = false || continue
+ ;;
+ nosideeffect)
+ # After this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
+ # only be used when explicitly requested.
+ if test "x$enable_dependency_tracking" = xyes; then
+ continue
+ else
+ break
+ fi
+ ;;
+ msvc7 | msvc7msys | msvisualcpp | msvcmsys)
+ # This compiler won't grok '-c -o', but also, the minuso test has
+ # not run yet. These depmodes are late enough in the game, and
+ # so weak that their functioning should not be impacted.
+ am__obj=conftest.${OBJEXT-o}
+ am__minus_obj=
+ ;;
+ none) break ;;
+ esac
+ if depmode=$depmode \
+ source=sub/conftest.c object=$am__obj \
+ depfile=sub/conftest.Po tmpdepfile=sub/conftest.TPo \
+ $SHELL ./depcomp $depcc -c $am__minus_obj sub/conftest.c \
+ >/dev/null 2>conftest.err &&
+ grep sub/conftst1.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+ grep sub/conftst6.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+ grep $am__obj sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+ ${MAKE-make} -s -f confmf > /dev/null 2>&1; then
+ # icc doesn't choke on unknown options, it will just issue warnings
+ # or remarks (even with -Werror). So we grep stderr for any message
+ # that says an option was ignored or not supported.
+ # When given -MP, icc 7.0 and 7.1 complain thusly:
+ # icc: Command line warning: ignoring option '-M'; no argument required
+ # The diagnosis changed in icc 8.0:
+ # icc: Command line remark: option '-MP' not supported
+ if (grep 'ignoring option' conftest.err ||
+ grep 'not supported' conftest.err) >/dev/null 2>&1; then :; else
+ am_cv_CXX_dependencies_compiler_type=$depmode
+ break
+ fi
+ fi
+ done
+
+ cd ..
+ rm -rf conftest.dir
+else
+ am_cv_CXX_dependencies_compiler_type=none
+fi
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $am_cv_CXX_dependencies_compiler_type" >&5
+$as_echo "$am_cv_CXX_dependencies_compiler_type" >&6; }
+CXXDEPMODE=depmode=$am_cv_CXX_dependencies_compiler_type
+
+ if
+ test "x$enable_dependency_tracking" != xno \
+ && test "$am_cv_CXX_dependencies_compiler_type" = gcc3; then
+ am__fastdepCXX_TRUE=
+ am__fastdepCXX_FALSE='#'
+else
+ am__fastdepCXX_TRUE='#'
+ am__fastdepCXX_FALSE=
+fi
+
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+ # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}gcc", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}gcc; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_CC+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ if test -n "$CC"; then
+ ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+ if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+ ac_cv_prog_CC="${ac_tool_prefix}gcc"
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+ break 2
+ fi
+done
+ done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+CC=$ac_cv_prog_CC
+if test -n "$CC"; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CC" >&5
+$as_echo "$CC" >&6; }
+else
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$ac_cv_prog_CC"; then
+ ac_ct_CC=$CC
+ # Extract the first word of "gcc", so it can be a program name with args.
+set dummy gcc; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_ac_ct_CC+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ if test -n "$ac_ct_CC"; then
+ ac_cv_prog_ac_ct_CC="$ac_ct_CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+ if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+ ac_cv_prog_ac_ct_CC="gcc"
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+ break 2
+ fi
+done
+ done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_CC=$ac_cv_prog_ac_ct_CC
+if test -n "$ac_ct_CC"; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_ct_CC" >&5
+$as_echo "$ac_ct_CC" >&6; }
+else
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+ if test "x$ac_ct_CC" = x; then
+ CC=""
+ else
+ case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+ CC=$ac_ct_CC
+ fi
+else
+ CC="$ac_cv_prog_CC"
+fi
+
+if test -z "$CC"; then
+ if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+ # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}cc", so it can be a program name with args.
+set dummy ${ac_tool_prefix}cc; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_CC+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ if test -n "$CC"; then
+ ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+ if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+ ac_cv_prog_CC="${ac_tool_prefix}cc"
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+ break 2
+ fi
+done
+ done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+CC=$ac_cv_prog_CC
+if test -n "$CC"; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CC" >&5
+$as_echo "$CC" >&6; }
+else
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+ fi
+fi
+if test -z "$CC"; then
+ # Extract the first word of "cc", so it can be a program name with args.
+set dummy cc; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_CC+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ if test -n "$CC"; then
+ ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
+else
+ ac_prog_rejected=no
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+ if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+ if test "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" = "/usr/ucb/cc"; then
+ ac_prog_rejected=yes
+ continue
+ fi
+ ac_cv_prog_CC="cc"
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+ break 2
+ fi
+done
+ done
+IFS=$as_save_IFS
+
+if test $ac_prog_rejected = yes; then
+ # We found a bogon in the path, so make sure we never use it.
+ set dummy $ac_cv_prog_CC
+ shift
+ if test $# != 0; then
+ # We chose a different compiler from the bogus one.
+ # However, it has the same basename, so the bogon will be chosen
+ # first if we set CC to just the basename; use the full file name.
+ shift
+ ac_cv_prog_CC="$as_dir/$ac_word${1+' '}$@"
+ fi
+fi
+fi
+fi
+CC=$ac_cv_prog_CC
+if test -n "$CC"; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CC" >&5
+$as_echo "$CC" >&6; }
+else
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+fi
+if test -z "$CC"; then
+ if test -n "$ac_tool_prefix"; then
+ for ac_prog in cl.exe
+ do
+ # Extract the first word of "$ac_tool_prefix$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_tool_prefix$ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_CC+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ if test -n "$CC"; then
+ ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+ if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+ ac_cv_prog_CC="$ac_tool_prefix$ac_prog"
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+ break 2
+ fi
+done
+ done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+CC=$ac_cv_prog_CC
+if test -n "$CC"; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CC" >&5
+$as_echo "$CC" >&6; }
+else
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+ test -n "$CC" && break
+ done
+fi
+if test -z "$CC"; then
+ ac_ct_CC=$CC
+ for ac_prog in cl.exe
+do
+ # Extract the first word of "$ac_prog", so it can be a program name with args.
+set dummy $ac_prog; ac_word=$2
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
+$as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_ac_ct_CC+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ if test -n "$ac_ct_CC"; then
+ ac_cv_prog_ac_ct_CC="$ac_ct_CC" # Let the user override the test.
+else
+as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+ if as_fn_executable_p "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; then
+ ac_cv_prog_ac_ct_CC="$ac_prog"
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
+ break 2
+ fi
+done
+ done
+IFS=$as_save_IFS
+
+fi
+fi
+ac_ct_CC=$ac_cv_prog_ac_ct_CC
+if test -n "$ac_ct_CC"; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_ct_CC" >&5
+$as_echo "$ac_ct_CC" >&6; }
+else
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+fi
+
+
+ test -n "$ac_ct_CC" && break
+done
+
+ if test "x$ac_ct_CC" = x; then
+ CC=""
+ else
+ case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
+yes:)
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
+ac_tool_warned=yes ;;
+esac
+ CC=$ac_ct_CC
+ fi
+fi
+
+fi
+
+
+test -z "$CC" && { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+as_fn_error $? "no acceptable C compiler found in \$PATH
+See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
+
+# Provide some information about the compiler.
+$as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for C compiler version" >&5
+set X $ac_compile
+ac_compiler=$2
+for ac_option in --version -v -V -qversion; do
+ { { ac_try="$ac_compiler $ac_option >&5"
+case "(($ac_try" in
+ *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
+ *) ac_try_echo=$ac_try;;
+esac
+eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
+$as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
+ (eval "$ac_compiler $ac_option >&5") 2>conftest.err
+ ac_status=$?
+ if test -s conftest.err; then
+ sed '10a\
+... rest of stderr output deleted ...
+ 10q' conftest.err >conftest.er1
+ cat conftest.er1 >&5
+ fi
+ rm -f conftest.er1 conftest.err
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
+ test $ac_status = 0; }
+done
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether we are using the GNU C compiler" >&5
+$as_echo_n "checking whether we are using the GNU C compiler... " >&6; }
+if ${ac_cv_c_compiler_gnu+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+
+int
+main ()
+{
+#ifndef __GNUC__
+ choke me
+#endif
+
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+ ac_compiler_gnu=yes
+else
+ ac_compiler_gnu=no
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+ac_cv_c_compiler_gnu=$ac_compiler_gnu
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_c_compiler_gnu" >&5
+$as_echo "$ac_cv_c_compiler_gnu" >&6; }
+if test $ac_compiler_gnu = yes; then
+ GCC=yes
+else
+ GCC=
+fi
+ac_test_CFLAGS=${CFLAGS+set}
+ac_save_CFLAGS=$CFLAGS
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether $CC accepts -g" >&5
+$as_echo_n "checking whether $CC accepts -g... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_cc_g+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ ac_save_c_werror_flag=$ac_c_werror_flag
+ ac_c_werror_flag=yes
+ ac_cv_prog_cc_g=no
+ CFLAGS="-g"
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+
+int
+main ()
+{
+
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+ ac_cv_prog_cc_g=yes
+else
+ CFLAGS=""
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+
+int
+main ()
+{
+
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+
+else
+ ac_c_werror_flag=$ac_save_c_werror_flag
+ CFLAGS="-g"
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+
+int
+main ()
+{
+
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+ ac_cv_prog_cc_g=yes
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+ ac_c_werror_flag=$ac_save_c_werror_flag
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_prog_cc_g" >&5
+$as_echo "$ac_cv_prog_cc_g" >&6; }
+if test "$ac_test_CFLAGS" = set; then
+ CFLAGS=$ac_save_CFLAGS
+elif test $ac_cv_prog_cc_g = yes; then
+ if test "$GCC" = yes; then
+ CFLAGS="-g -O2"
+ else
+ CFLAGS="-g"
+ fi
+else
+ if test "$GCC" = yes; then
+ CFLAGS="-O2"
+ else
+ CFLAGS=
+ fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $CC option to accept ISO C89" >&5
+$as_echo_n "checking for $CC option to accept ISO C89... " >&6; }
+if ${ac_cv_prog_cc_c89+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ ac_cv_prog_cc_c89=no
+ac_save_CC=$CC
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+#include <stdarg.h>
+#include <stdio.h>
+struct stat;
+/* Most of the following tests are stolen from RCS 5.7's src/conf.sh. */
+struct buf { int x; };
+FILE * (*rcsopen) (struct buf *, struct stat *, int);
+static char *e (p, i)
+ char **p;
+ int i;
+{
+ return p[i];
+}
+static char *f (char * (*g) (char **, int), char **p, ...)
+{
+ char *s;
+ va_list v;
+ va_start (v,p);
+ s = g (p, va_arg (v,int));
+ va_end (v);
+ return s;
+}
+
+/* OSF 4.0 Compaq cc is some sort of almost-ANSI by default. It has
+ function prototypes and stuff, but not '\xHH' hex character constants.
+ These don't provoke an error unfortunately, instead are silently treated
+ as 'x'. The following induces an error, until -std is added to get
+ proper ANSI mode. Curiously '\x00'!='x' always comes out true, for an
+ array size at least. It's necessary to write '\x00'==0 to get something
+ that's true only with -std. */
+int osf4_cc_array ['\x00' == 0 ? 1 : -1];
+
+/* IBM C 6 for AIX is almost-ANSI by default, but it replaces macro parameters
+ inside strings and character constants. */
+#define FOO(x) 'x'
+int xlc6_cc_array[FOO(a) == 'x' ? 1 : -1];
+
+int test (int i, double x);
+struct s1 {int (*f) (int a);};
+struct s2 {int (*f) (double a);};
+int pairnames (int, char **, FILE *(*)(struct buf *, struct stat *, int), int, int);
+int argc;
+char **argv;
+int
+main ()
+{
+return f (e, argv, 0) != argv[0] || f (e, argv, 1) != argv[1];
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+for ac_arg in '' -qlanglvl=extc89 -qlanglvl=ansi -std \
+ -Ae "-Aa -D_HPUX_SOURCE" "-Xc -D__EXTENSIONS__"
+do
+ CC="$ac_save_CC $ac_arg"
+ if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+ ac_cv_prog_cc_c89=$ac_arg
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext
+ test "x$ac_cv_prog_cc_c89" != "xno" && break
+done
+rm -f conftest.$ac_ext
+CC=$ac_save_CC
+
+fi
+# AC_CACHE_VAL
+case "x$ac_cv_prog_cc_c89" in
+ x)
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: none needed" >&5
+$as_echo "none needed" >&6; } ;;
+ xno)
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: unsupported" >&5
+$as_echo "unsupported" >&6; } ;;
+ *)
+ CC="$CC $ac_cv_prog_cc_c89"
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_prog_cc_c89" >&5
+$as_echo "$ac_cv_prog_cc_c89" >&6; } ;;
+esac
+if test "x$ac_cv_prog_cc_c89" != xno; then :
+
+fi
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether $CC understands -c and -o together" >&5
+$as_echo_n "checking whether $CC understands -c and -o together... " >&6; }
+if ${am_cv_prog_cc_c_o+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+
+int
+main ()
+{
+
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+ # Make sure it works both with $CC and with simple cc.
+ # Following AC_PROG_CC_C_O, we do the test twice because some
+ # compilers refuse to overwrite an existing .o file with -o,
+ # though they will create one.
+ am_cv_prog_cc_c_o=yes
+ for am_i in 1 2; do
+ if { echo "$as_me:$LINENO: $CC -c conftest.$ac_ext -o conftest2.$ac_objext" >&5
+ ($CC -c conftest.$ac_ext -o conftest2.$ac_objext) >&5 2>&5
+ ac_status=$?
+ echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&5
+ (exit $ac_status); } \
+ && test -f conftest2.$ac_objext; then
+ : OK
+ else
+ am_cv_prog_cc_c_o=no
+ break
+ fi
+ done
+ rm -f core conftest*
+ unset am_i
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $am_cv_prog_cc_c_o" >&5
+$as_echo "$am_cv_prog_cc_c_o" >&6; }
+if test "$am_cv_prog_cc_c_o" != yes; then
+ # Losing compiler, so override with the script.
+ # FIXME: It is wrong to rewrite CC.
+ # But if we don't then we get into trouble of one sort or another.
+ # A longer-term fix would be to have automake use am__CC in this case,
+ # and then we could set am__CC="\$(top_srcdir)/compile \$(CC)"
+ CC="$am_aux_dir/compile $CC"
+fi
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+
+depcc="$CC" am_compiler_list=
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking dependency style of $depcc" >&5
+$as_echo_n "checking dependency style of $depcc... " >&6; }
+if ${am_cv_CC_dependencies_compiler_type+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ if test -z "$AMDEP_TRUE" && test -f "$am_depcomp"; then
+ # We make a subdir and do the tests there. Otherwise we can end up
+ # making bogus files that we don't know about and never remove. For
+ # instance it was reported that on HP-UX the gcc test will end up
+ # making a dummy file named 'D' -- because '-MD' means "put the output
+ # in D".
+ rm -rf conftest.dir
+ mkdir conftest.dir
+ # Copy depcomp to subdir because otherwise we won't find it if we're
+ # using a relative directory.
+ cp "$am_depcomp" conftest.dir
+ cd conftest.dir
+ # We will build objects and dependencies in a subdirectory because
+ # it helps to detect inapplicable dependency modes. For instance
+ # both Tru64's cc and ICC support -MD to output dependencies as a
+ # side effect of compilation, but ICC will put the dependencies in
+ # the current directory while Tru64 will put them in the object
+ # directory.
+ mkdir sub
+
+ am_cv_CC_dependencies_compiler_type=none
+ if test "$am_compiler_list" = ""; then
+ am_compiler_list=`sed -n 's/^#*\([a-zA-Z0-9]*\))$/\1/p' < ./depcomp`
+ fi
+ am__universal=false
+ case " $depcc " in #(
+ *\ -arch\ *\ -arch\ *) am__universal=true ;;
+ esac
+
+ for depmode in $am_compiler_list; do
+ # Setup a source with many dependencies, because some compilers
+ # like to wrap large dependency lists on column 80 (with \), and
+ # we should not choose a depcomp mode which is confused by this.
+ #
+ # We need to recreate these files for each test, as the compiler may
+ # overwrite some of them when testing with obscure command lines.
+ # This happens at least with the AIX C compiler.
+ : > sub/conftest.c
+ for i in 1 2 3 4 5 6; do
+ echo '#include "conftst'$i'.h"' >> sub/conftest.c
+ # Using ": > sub/conftst$i.h" creates only sub/conftst1.h with
+ # Solaris 10 /bin/sh.
+ echo '/* dummy */' > sub/conftst$i.h
+ done
+ echo "${am__include} ${am__quote}sub/conftest.Po${am__quote}" > confmf
+
+ # We check with '-c' and '-o' for the sake of the "dashmstdout"
+ # mode. It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
+ # handle '-M -o', and we need to detect this. Also, some Intel
+ # versions had trouble with output in subdirs.
+ am__obj=sub/conftest.${OBJEXT-o}
+ am__minus_obj="-o $am__obj"
+ case $depmode in
+ gcc)
+ # This depmode causes a compiler race in universal mode.
+ test "$am__universal" = false || continue
+ ;;
+ nosideeffect)
+ # After this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
+ # only be used when explicitly requested.
+ if test "x$enable_dependency_tracking" = xyes; then
+ continue
+ else
+ break
+ fi
+ ;;
+ msvc7 | msvc7msys | msvisualcpp | msvcmsys)
+ # This compiler won't grok '-c -o', but also, the minuso test has
+ # not run yet. These depmodes are late enough in the game, and
+ # so weak that their functioning should not be impacted.
+ am__obj=conftest.${OBJEXT-o}
+ am__minus_obj=
+ ;;
+ none) break ;;
+ esac
+ if depmode=$depmode \
+ source=sub/conftest.c object=$am__obj \
+ depfile=sub/conftest.Po tmpdepfile=sub/conftest.TPo \
+ $SHELL ./depcomp $depcc -c $am__minus_obj sub/conftest.c \
+ >/dev/null 2>conftest.err &&
+ grep sub/conftst1.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+ grep sub/conftst6.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+ grep $am__obj sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
+ ${MAKE-make} -s -f confmf > /dev/null 2>&1; then
+ # icc doesn't choke on unknown options, it will just issue warnings
+ # or remarks (even with -Werror). So we grep stderr for any message
+ # that says an option was ignored or not supported.
+ # When given -MP, icc 7.0 and 7.1 complain thusly:
+ # icc: Command line warning: ignoring option '-M'; no argument required
+ # The diagnosis changed in icc 8.0:
+ # icc: Command line remark: option '-MP' not supported
+ if (grep 'ignoring option' conftest.err ||
+ grep 'not supported' conftest.err) >/dev/null 2>&1; then :; else
+ am_cv_CC_dependencies_compiler_type=$depmode
+ break
+ fi
+ fi
+ done
+
+ cd ..
+ rm -rf conftest.dir
+else
+ am_cv_CC_dependencies_compiler_type=none
+fi
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $am_cv_CC_dependencies_compiler_type" >&5
+$as_echo "$am_cv_CC_dependencies_compiler_type" >&6; }
+CCDEPMODE=depmode=$am_cv_CC_dependencies_compiler_type
+
+ if
+ test "x$enable_dependency_tracking" != xno \
+ && test "$am_cv_CC_dependencies_compiler_type" = gcc3; then
+ am__fastdepCC_TRUE=
+ am__fastdepCC_FALSE='#'
+else
+ am__fastdepCC_TRUE='#'
+ am__fastdepCC_FALSE=
+fi
+
+
+# Checks for libraries.
+# Checks for header files.
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking how to run the C preprocessor" >&5
+$as_echo_n "checking how to run the C preprocessor... " >&6; }
+# On Suns, sometimes $CPP names a directory.
+if test -n "$CPP" && test -d "$CPP"; then
+ CPP=
+fi
+if test -z "$CPP"; then
+ if ${ac_cv_prog_CPP+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ # Double quotes because CPP needs to be expanded
+ for CPP in "$CC -E" "$CC -E -traditional-cpp" "/lib/cpp"
+ do
+ ac_preproc_ok=false
+for ac_c_preproc_warn_flag in '' yes
+do
+ # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
+ # with a fresh cross-compiler works.
+ # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+ # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
+ # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
+ # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+ Syntax error
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_cpp "$LINENO"; then :
+
+else
+ # Broken: fails on valid input.
+continue
+fi
+rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
+
+ # OK, works on sane cases. Now check whether nonexistent headers
+ # can be detected and how.
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+#include <ac_nonexistent.h>
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_cpp "$LINENO"; then :
+ # Broken: success on invalid input.
+continue
+else
+ # Passes both tests.
+ac_preproc_ok=:
+break
+fi
+rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
+
+done
+# Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
+rm -f conftest.i conftest.err conftest.$ac_ext
+if $ac_preproc_ok; then :
+ break
+fi
+
+ done
+ ac_cv_prog_CPP=$CPP
+
+fi
+ CPP=$ac_cv_prog_CPP
+else
+ ac_cv_prog_CPP=$CPP
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CPP" >&5
+$as_echo "$CPP" >&6; }
+ac_preproc_ok=false
+for ac_c_preproc_warn_flag in '' yes
+do
+ # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
+ # with a fresh cross-compiler works.
+ # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
+ # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
+ # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
+ # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+#ifdef __STDC__
+# include <limits.h>
+#else
+# include <assert.h>
+#endif
+ Syntax error
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_cpp "$LINENO"; then :
+
+else
+ # Broken: fails on valid input.
+continue
+fi
+rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
+
+ # OK, works on sane cases. Now check whether nonexistent headers
+ # can be detected and how.
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+#include <ac_nonexistent.h>
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_cpp "$LINENO"; then :
+ # Broken: success on invalid input.
+continue
+else
+ # Passes both tests.
+ac_preproc_ok=:
+break
+fi
+rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
+
+done
+# Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
+rm -f conftest.i conftest.err conftest.$ac_ext
+if $ac_preproc_ok; then :
+
+else
+ { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
+$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
+as_fn_error $? "C preprocessor \"$CPP\" fails sanity check
+See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
+fi
+
+ac_ext=c
+ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
+ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
+ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
+ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
+
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for grep that handles long lines and -e" >&5
+$as_echo_n "checking for grep that handles long lines and -e... " >&6; }
+if ${ac_cv_path_GREP+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ if test -z "$GREP"; then
+ ac_path_GREP_found=false
+ # Loop through the user's path and test for each of PROGNAME-LIST
+ as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ for ac_prog in grep ggrep; do
+ for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+ ac_path_GREP="$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"
+ as_fn_executable_p "$ac_path_GREP" || continue
+# Check for GNU ac_path_GREP and select it if it is found.
+ # Check for GNU $ac_path_GREP
+case `"$ac_path_GREP" --version 2>&1` in
+*GNU*)
+ ac_cv_path_GREP="$ac_path_GREP" ac_path_GREP_found=:;;
+*)
+ ac_count=0
+ $as_echo_n 0123456789 >"conftest.in"
+ while :
+ do
+ cat "conftest.in" "conftest.in" >"conftest.tmp"
+ mv "conftest.tmp" "conftest.in"
+ cp "conftest.in" "conftest.nl"
+ $as_echo 'GREP' >> "conftest.nl"
+ "$ac_path_GREP" -e 'GREP$' -e '-(cannot match)-' < "conftest.nl" >"conftest.out" 2>/dev/null || break
+ diff "conftest.out" "conftest.nl" >/dev/null 2>&1 || break
+ as_fn_arith $ac_count + 1 && ac_count=$as_val
+ if test $ac_count -gt ${ac_path_GREP_max-0}; then
+ # Best one so far, save it but keep looking for a better one
+ ac_cv_path_GREP="$ac_path_GREP"
+ ac_path_GREP_max=$ac_count
+ fi
+ # 10*(2^10) chars as input seems more than enough
+ test $ac_count -gt 10 && break
+ done
+ rm -f conftest.in conftest.tmp conftest.nl conftest.out;;
+esac
+
+ $ac_path_GREP_found && break 3
+ done
+ done
+ done
+IFS=$as_save_IFS
+ if test -z "$ac_cv_path_GREP"; then
+ as_fn_error $? "no acceptable grep could be found in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin" "$LINENO" 5
+ fi
+else
+ ac_cv_path_GREP=$GREP
+fi
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_path_GREP" >&5
+$as_echo "$ac_cv_path_GREP" >&6; }
+ GREP="$ac_cv_path_GREP"
+
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for egrep" >&5
+$as_echo_n "checking for egrep... " >&6; }
+if ${ac_cv_path_EGREP+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ if echo a | $GREP -E '(a|b)' >/dev/null 2>&1
+ then ac_cv_path_EGREP="$GREP -E"
+ else
+ if test -z "$EGREP"; then
+ ac_path_EGREP_found=false
+ # Loop through the user's path and test for each of PROGNAME-LIST
+ as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ for ac_prog in egrep; do
+ for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
+ ac_path_EGREP="$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"
+ as_fn_executable_p "$ac_path_EGREP" || continue
+# Check for GNU ac_path_EGREP and select it if it is found.
+ # Check for GNU $ac_path_EGREP
+case `"$ac_path_EGREP" --version 2>&1` in
+*GNU*)
+ ac_cv_path_EGREP="$ac_path_EGREP" ac_path_EGREP_found=:;;
+*)
+ ac_count=0
+ $as_echo_n 0123456789 >"conftest.in"
+ while :
+ do
+ cat "conftest.in" "conftest.in" >"conftest.tmp"
+ mv "conftest.tmp" "conftest.in"
+ cp "conftest.in" "conftest.nl"
+ $as_echo 'EGREP' >> "conftest.nl"
+ "$ac_path_EGREP" 'EGREP$' < "conftest.nl" >"conftest.out" 2>/dev/null || break
+ diff "conftest.out" "conftest.nl" >/dev/null 2>&1 || break
+ as_fn_arith $ac_count + 1 && ac_count=$as_val
+ if test $ac_count -gt ${ac_path_EGREP_max-0}; then
+ # Best one so far, save it but keep looking for a better one
+ ac_cv_path_EGREP="$ac_path_EGREP"
+ ac_path_EGREP_max=$ac_count
+ fi
+ # 10*(2^10) chars as input seems more than enough
+ test $ac_count -gt 10 && break
+ done
+ rm -f conftest.in conftest.tmp conftest.nl conftest.out;;
+esac
+
+ $ac_path_EGREP_found && break 3
+ done
+ done
+ done
+IFS=$as_save_IFS
+ if test -z "$ac_cv_path_EGREP"; then
+ as_fn_error $? "no acceptable egrep could be found in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin" "$LINENO" 5
+ fi
+else
+ ac_cv_path_EGREP=$EGREP
+fi
+
+ fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_path_EGREP" >&5
+$as_echo "$ac_cv_path_EGREP" >&6; }
+ EGREP="$ac_cv_path_EGREP"
+
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for ANSI C header files" >&5
+$as_echo_n "checking for ANSI C header files... " >&6; }
+if ${ac_cv_header_stdc+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+#include <stdlib.h>
+#include <stdarg.h>
+#include <string.h>
+#include <float.h>
+
+int
+main ()
+{
+
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+ ac_cv_header_stdc=yes
+else
+ ac_cv_header_stdc=no
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+
+if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
+ # SunOS 4.x string.h does not declare mem*, contrary to ANSI.
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+#include <string.h>
+
+_ACEOF
+if (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>&5 |
+ $EGREP "memchr" >/dev/null 2>&1; then :
+
+else
+ ac_cv_header_stdc=no
+fi
+rm -f conftest*
+
+fi
+
+if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
+ # ISC 2.0.2 stdlib.h does not declare free, contrary to ANSI.
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+#include <stdlib.h>
+
+_ACEOF
+if (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>&5 |
+ $EGREP "free" >/dev/null 2>&1; then :
+
+else
+ ac_cv_header_stdc=no
+fi
+rm -f conftest*
+
+fi
+
+if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
+ # /bin/cc in Irix-4.0.5 gets non-ANSI ctype macros unless using -ansi.
+ if test "$cross_compiling" = yes; then :
+ :
+else
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+#include <ctype.h>
+#include <stdlib.h>
+#if ((' ' & 0x0FF) == 0x020)
+# define ISLOWER(c) ('a' <= (c) && (c) <= 'z')
+# define TOUPPER(c) (ISLOWER(c) ? 'A' + ((c) - 'a') : (c))
+#else
+# define ISLOWER(c) \
+ (('a' <= (c) && (c) <= 'i') \
+ || ('j' <= (c) && (c) <= 'r') \
+ || ('s' <= (c) && (c) <= 'z'))
+# define TOUPPER(c) (ISLOWER(c) ? ((c) | 0x40) : (c))
+#endif
+
+#define XOR(e, f) (((e) && !(f)) || (!(e) && (f)))
+int
+main ()
+{
+ int i;
+ for (i = 0; i < 256; i++)
+ if (XOR (islower (i), ISLOWER (i))
+ || toupper (i) != TOUPPER (i))
+ return 2;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_run "$LINENO"; then :
+
+else
+ ac_cv_header_stdc=no
+fi
+rm -f core *.core core.conftest.* gmon.out bb.out conftest$ac_exeext \
+ conftest.$ac_objext conftest.beam conftest.$ac_ext
+fi
+
+fi
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_header_stdc" >&5
+$as_echo "$ac_cv_header_stdc" >&6; }
+if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
+
+$as_echo "#define STDC_HEADERS 1" >>confdefs.h
+
+fi
+
+# On IRIX 5.3, sys/types and inttypes.h are conflicting.
+for ac_header in sys/types.h sys/stat.h stdlib.h string.h memory.h strings.h \
+ inttypes.h stdint.h unistd.h
+do :
+ as_ac_Header=`$as_echo "ac_cv_header_$ac_header" | $as_tr_sh`
+ac_fn_c_check_header_compile "$LINENO" "$ac_header" "$as_ac_Header" "$ac_includes_default
+"
+if eval test \"x\$"$as_ac_Header"\" = x"yes"; then :
+ cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define `$as_echo "HAVE_$ac_header" | $as_tr_cpp` 1
+_ACEOF
+
+fi
+
+done
+
+
+for ac_header in stdlib.h
+do :
+ ac_fn_c_check_header_mongrel "$LINENO" "stdlib.h" "ac_cv_header_stdlib_h" "$ac_includes_default"
+if test "x$ac_cv_header_stdlib_h" = xyes; then :
+ cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define HAVE_STDLIB_H 1
+_ACEOF
+
+fi
+
+done
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for main in -lm" >&5
+$as_echo_n "checking for main in -lm... " >&6; }
+if ${ac_cv_lib_m_main+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ ac_check_lib_save_LIBS=$LIBS
+LIBS="-lm $LIBS"
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+
+
+int
+main ()
+{
+return main ();
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_link "$LINENO"; then :
+ ac_cv_lib_m_main=yes
+else
+ ac_cv_lib_m_main=no
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext \
+ conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+LIBS=$ac_check_lib_save_LIBS
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_lib_m_main" >&5
+$as_echo "$ac_cv_lib_m_main" >&6; }
+if test "x$ac_cv_lib_m_main" = xyes; then :
+ cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define HAVE_LIBM 1
+_ACEOF
+
+ LIBS="-lm $LIBS"
+
+fi
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for main in -lgslcblas" >&5
+$as_echo_n "checking for main in -lgslcblas... " >&6; }
+if ${ac_cv_lib_gslcblas_main+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ ac_check_lib_save_LIBS=$LIBS
+LIBS="-lgslcblas $LIBS"
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+
+
+int
+main ()
+{
+return main ();
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_link "$LINENO"; then :
+ ac_cv_lib_gslcblas_main=yes
+else
+ ac_cv_lib_gslcblas_main=no
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext \
+ conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+LIBS=$ac_check_lib_save_LIBS
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_lib_gslcblas_main" >&5
+$as_echo "$ac_cv_lib_gslcblas_main" >&6; }
+if test "x$ac_cv_lib_gslcblas_main" = xyes; then :
+ cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define HAVE_LIBGSLCBLAS 1
+_ACEOF
+
+ LIBS="-lgslcblas $LIBS"
+
+else
+ as_fn_error $? "gslcblas not found" "$LINENO" 5
+fi
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for main in -lgsl" >&5
+$as_echo_n "checking for main in -lgsl... " >&6; }
+if ${ac_cv_lib_gsl_main+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ ac_check_lib_save_LIBS=$LIBS
+LIBS="-lgsl $LIBS"
+cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+
+
+int
+main ()
+{
+return main ();
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_link "$LINENO"; then :
+ ac_cv_lib_gsl_main=yes
+else
+ ac_cv_lib_gsl_main=no
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext \
+ conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
+LIBS=$ac_check_lib_save_LIBS
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_lib_gsl_main" >&5
+$as_echo "$ac_cv_lib_gsl_main" >&6; }
+if test "x$ac_cv_lib_gsl_main" = xyes; then :
+ cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define HAVE_LIBGSL 1
+_ACEOF
+
+ LIBS="-lgsl $LIBS"
+
+else
+ as_fn_error $? "gsl library not found" "$LINENO" 5
+fi
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)" >&5
+$as_echo_n "checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)... " >&6; }
+set x ${MAKE-make}
+ac_make=`$as_echo "$2" | sed 's/+/p/g; s/[^a-zA-Z0-9_]/_/g'`
+if eval \${ac_cv_prog_make_${ac_make}_set+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ cat >conftest.make <<\_ACEOF
+SHELL = /bin/sh
+all:
+ @echo '@@@%%%=$(MAKE)=@@@%%%'
+_ACEOF
+# GNU make sometimes prints "make[1]: Entering ...", which would confuse us.
+case `${MAKE-make} -f conftest.make 2>/dev/null` in
+ *@@@%%%=?*=@@@%%%*)
+ eval ac_cv_prog_make_${ac_make}_set=yes;;
+ *)
+ eval ac_cv_prog_make_${ac_make}_set=no;;
+esac
+rm -f conftest.make
+fi
+if eval test \$ac_cv_prog_make_${ac_make}_set = yes; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
+$as_echo "yes" >&6; }
+ SET_MAKE=
+else
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+ SET_MAKE="MAKE=${MAKE-make}"
+fi
+
+
+# Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for stdbool.h that conforms to C99" >&5
+$as_echo_n "checking for stdbool.h that conforms to C99... " >&6; }
+if ${ac_cv_header_stdbool_h+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+
+ #include <stdbool.h>
+ #ifndef bool
+ "error: bool is not defined"
+ #endif
+ #ifndef false
+ "error: false is not defined"
+ #endif
+ #if false
+ "error: false is not 0"
+ #endif
+ #ifndef true
+ "error: true is not defined"
+ #endif
+ #if true != 1
+ "error: true is not 1"
+ #endif
+ #ifndef __bool_true_false_are_defined
+ "error: __bool_true_false_are_defined is not defined"
+ #endif
+
+ struct s { _Bool s: 1; _Bool t; } s;
+
+ char a[true == 1 ? 1 : -1];
+ char b[false == 0 ? 1 : -1];
+ char c[__bool_true_false_are_defined == 1 ? 1 : -1];
+ char d[(bool) 0.5 == true ? 1 : -1];
+ /* See body of main program for 'e'. */
+ char f[(_Bool) 0.0 == false ? 1 : -1];
+ char g[true];
+ char h[sizeof (_Bool)];
+ char i[sizeof s.t];
+ enum { j = false, k = true, l = false * true, m = true * 256 };
+ /* The following fails for
+ HP aC++/ANSI C B3910B A.05.55 [Dec 04 2003]. */
+ _Bool n[m];
+ char o[sizeof n == m * sizeof n[0] ? 1 : -1];
+ char p[-1 - (_Bool) 0 < 0 && -1 - (bool) 0 < 0 ? 1 : -1];
+ /* Catch a bug in an HP-UX C compiler. See
+ http://gcc.gnu.org/ml/gcc-patches/2003-12/msg02303.html
+ http://lists.gnu.org/archive/html/bug-coreutils/2005-11/msg00161.html
+ */
+ _Bool q = true;
+ _Bool *pq = &q;
+
+int
+main ()
+{
+
+ bool e = &s;
+ *pq |= q;
+ *pq |= ! q;
+ /* Refer to every declared value, to avoid compiler optimizations. */
+ return (!a + !b + !c + !d + !e + !f + !g + !h + !i + !!j + !k + !!l
+ + !m + !n + !o + !p + !q + !pq);
+
+ ;
+ return 0;
+}
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+ ac_cv_header_stdbool_h=yes
+else
+ ac_cv_header_stdbool_h=no
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_header_stdbool_h" >&5
+$as_echo "$ac_cv_header_stdbool_h" >&6; }
+ ac_fn_c_check_type "$LINENO" "_Bool" "ac_cv_type__Bool" "$ac_includes_default"
+if test "x$ac_cv_type__Bool" = xyes; then :
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define HAVE__BOOL 1
+_ACEOF
+
+
+fi
+
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for inline" >&5
+$as_echo_n "checking for inline... " >&6; }
+if ${ac_cv_c_inline+:} false; then :
+ $as_echo_n "(cached) " >&6
+else
+ ac_cv_c_inline=no
+for ac_kw in inline __inline__ __inline; do
+ cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
+/* end confdefs.h. */
+#ifndef __cplusplus
+typedef int foo_t;
+static $ac_kw foo_t static_foo () {return 0; }
+$ac_kw foo_t foo () {return 0; }
+#endif
+
+_ACEOF
+if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
+ ac_cv_c_inline=$ac_kw
+fi
+rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
+ test "$ac_cv_c_inline" != no && break
+done
+
+fi
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_c_inline" >&5
+$as_echo "$ac_cv_c_inline" >&6; }
+
+case $ac_cv_c_inline in
+ inline | yes) ;;
+ *)
+ case $ac_cv_c_inline in
+ no) ac_val=;;
+ *) ac_val=$ac_cv_c_inline;;
+ esac
+ cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#ifndef __cplusplus
+#define inline $ac_val
+#endif
+_ACEOF
+ ;;
+esac
+
+ac_fn_c_check_type "$LINENO" "size_t" "ac_cv_type_size_t" "$ac_includes_default"
+if test "x$ac_cv_type_size_t" = xyes; then :
+
+else
+
+cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define size_t unsigned int
+_ACEOF
+
+fi
+
+
+# Checks for library functions.
+for ac_func in floor pow
+do :
+ as_ac_var=`$as_echo "ac_cv_func_$ac_func" | $as_tr_sh`
+ac_fn_c_check_func "$LINENO" "$ac_func" "$as_ac_var"
+if eval test \"x\$"$as_ac_var"\" = x"yes"; then :
+ cat >>confdefs.h <<_ACEOF
+#define `$as_echo "HAVE_$ac_func" | $as_tr_cpp` 1
+_ACEOF
+
+fi
+done
+
+ac_config_files="$ac_config_files Makefile"
+
+cat >confcache <<\_ACEOF
+# This file is a shell script that caches the results of configure
+# tests run on this system so they can be shared between configure
+# scripts and configure runs, see configure's option --config-cache.
+# It is not useful on other systems. If it contains results you don't
+# want to keep, you may remove or edit it.
+#
+# config.status only pays attention to the cache file if you give it
+# the --recheck option to rerun configure.
+#
+# `ac_cv_env_foo' variables (set or unset) will be overridden when
+# loading this file, other *unset* `ac_cv_foo' will be assigned the
+# following values.
+
+_ACEOF
+
+# The following way of writing the cache mishandles newlines in values,
+# but we know of no workaround that is simple, portable, and efficient.
+# So, we kill variables containing newlines.
+# Ultrix sh set writes to stderr and can't be redirected directly,
+# and sets the high bit in the cache file unless we assign to the vars.
+(
+ for ac_var in `(set) 2>&1 | sed -n 's/^\([a-zA-Z_][a-zA-Z0-9_]*\)=.*/\1/p'`; do
+ eval ac_val=\$$ac_var
+ case $ac_val in #(
+ *${as_nl}*)
+ case $ac_var in #(
+ *_cv_*) { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&2;} ;;
+ esac
+ case $ac_var in #(
+ _ | IFS | as_nl) ;; #(
+ BASH_ARGV | BASH_SOURCE) eval $ac_var= ;; #(
+ *) { eval $ac_var=; unset $ac_var;} ;;
+ esac ;;
+ esac
+ done
+
+ (set) 2>&1 |
+ case $as_nl`(ac_space=' '; set) 2>&1` in #(
+ *${as_nl}ac_space=\ *)
+ # `set' does not quote correctly, so add quotes: double-quote
+ # substitution turns \\\\ into \\, and sed turns \\ into \.
+ sed -n \
+ "s/'/'\\\\''/g;
+ s/^\\([_$as_cr_alnum]*_cv_[_$as_cr_alnum]*\\)=\\(.*\\)/\\1='\\2'/p"
+ ;; #(
+ *)
+ # `set' quotes correctly as required by POSIX, so do not add quotes.
+ sed -n "/^[_$as_cr_alnum]*_cv_[_$as_cr_alnum]*=/p"
+ ;;
+ esac |
+ sort
+) |
+ sed '
+ /^ac_cv_env_/b end
+ t clear
+ :clear
+ s/^\([^=]*\)=\(.*[{}].*\)$/test "${\1+set}" = set || &/
+ t end
+ s/^\([^=]*\)=\(.*\)$/\1=${\1=\2}/
+ :end' >>confcache
+if diff "$cache_file" confcache >/dev/null 2>&1; then :; else
+ if test -w "$cache_file"; then
+ if test "x$cache_file" != "x/dev/null"; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: updating cache $cache_file" >&5
+$as_echo "$as_me: updating cache $cache_file" >&6;}
+ if test ! -f "$cache_file" || test -h "$cache_file"; then
+ cat confcache >"$cache_file"
+ else
+ case $cache_file in #(
+ */* | ?:*)
+ mv -f confcache "$cache_file"$$ &&
+ mv -f "$cache_file"$$ "$cache_file" ;; #(
+ *)
+ mv -f confcache "$cache_file" ;;
+ esac
+ fi
+ fi
+ else
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: not updating unwritable cache $cache_file" >&5
+$as_echo "$as_me: not updating unwritable cache $cache_file" >&6;}
+ fi
+fi
+rm -f confcache
+
+test "x$prefix" = xNONE && prefix=$ac_default_prefix
+# Let make expand exec_prefix.
+test "x$exec_prefix" = xNONE && exec_prefix='${prefix}'
+
+DEFS=-DHAVE_CONFIG_H
+
+ac_libobjs=
+ac_ltlibobjs=
+U=
+for ac_i in : $LIBOBJS; do test "x$ac_i" = x: && continue
+ # 1. Remove the extension, and $U if already installed.
+ ac_script='s/\$U\././;s/\.o$//;s/\.obj$//'
+ ac_i=`$as_echo "$ac_i" | sed "$ac_script"`
+ # 2. Prepend LIBOBJDIR. When used with automake>=1.10 LIBOBJDIR
+ # will be set to the directory where LIBOBJS objects are built.
+ as_fn_append ac_libobjs " \${LIBOBJDIR}$ac_i\$U.$ac_objext"
+ as_fn_append ac_ltlibobjs " \${LIBOBJDIR}$ac_i"'$U.lo'
+done
+LIBOBJS=$ac_libobjs
+
+LTLIBOBJS=$ac_ltlibobjs
+
+
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking that generated files are newer than configure" >&5
+$as_echo_n "checking that generated files are newer than configure... " >&6; }
+ if test -n "$am_sleep_pid"; then
+ # Hide warnings about reused PIDs.
+ wait $am_sleep_pid 2>/dev/null
+ fi
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: done" >&5
+$as_echo "done" >&6; }
+ if test -n "$EXEEXT"; then
+ am__EXEEXT_TRUE=
+ am__EXEEXT_FALSE='#'
+else
+ am__EXEEXT_TRUE='#'
+ am__EXEEXT_FALSE=
+fi
+
+if test -z "${AMDEP_TRUE}" && test -z "${AMDEP_FALSE}"; then
+ as_fn_error $? "conditional \"AMDEP\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
+fi
+if test -z "${am__fastdepCXX_TRUE}" && test -z "${am__fastdepCXX_FALSE}"; then
+ as_fn_error $? "conditional \"am__fastdepCXX\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
+fi
+if test -z "${am__fastdepCC_TRUE}" && test -z "${am__fastdepCC_FALSE}"; then
+ as_fn_error $? "conditional \"am__fastdepCC\" was never defined.
+Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
+fi
+
+: "${CONFIG_STATUS=./config.status}"
+ac_write_fail=0
+ac_clean_files_save=$ac_clean_files
+ac_clean_files="$ac_clean_files $CONFIG_STATUS"
+{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: creating $CONFIG_STATUS" >&5
+$as_echo "$as_me: creating $CONFIG_STATUS" >&6;}
+as_write_fail=0
+cat >$CONFIG_STATUS <<_ASEOF || as_write_fail=1
+#! $SHELL
+# Generated by $as_me.
+# Run this file to recreate the current configuration.
+# Compiler output produced by configure, useful for debugging
+# configure, is in config.log if it exists.
+
+debug=false
+ac_cs_recheck=false
+ac_cs_silent=false
+
+SHELL=\${CONFIG_SHELL-$SHELL}
+export SHELL
+_ASEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ASEOF || as_write_fail=1
+## -------------------- ##
+## M4sh Initialization. ##
+## -------------------- ##
+
+# Be more Bourne compatible
+DUALCASE=1; export DUALCASE # for MKS sh
+if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then :
+ emulate sh
+ NULLCMD=:
+ # Pre-4.2 versions of Zsh do word splitting on ${1+"$@"}, which
+ # is contrary to our usage. Disable this feature.
+ alias -g '${1+"$@"}'='"$@"'
+ setopt NO_GLOB_SUBST
+else
+ case `(set -o) 2>/dev/null` in #(
+ *posix*) :
+ set -o posix ;; #(
+ *) :
+ ;;
+esac
+fi
+
+
+as_nl='
+'
+export as_nl
+# Printing a long string crashes Solaris 7 /usr/bin/printf.
+as_echo='\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\'
+as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
+as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
+# Prefer a ksh shell builtin over an external printf program on Solaris,
+# but without wasting forks for bash or zsh.
+if test -z "$BASH_VERSION$ZSH_VERSION" \
+ && (test "X`print -r -- $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
+ as_echo='print -r --'
+ as_echo_n='print -rn --'
+elif (test "X`printf %s $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
+ as_echo='printf %s\n'
+ as_echo_n='printf %s'
+else
+ if test "X`(/usr/ucb/echo -n -n $as_echo) 2>/dev/null`" = "X-n $as_echo"; then
+ as_echo_body='eval /usr/ucb/echo -n "$1$as_nl"'
+ as_echo_n='/usr/ucb/echo -n'
+ else
+ as_echo_body='eval expr "X$1" : "X\\(.*\\)"'
+ as_echo_n_body='eval
+ arg=$1;
+ case $arg in #(
+ *"$as_nl"*)
+ expr "X$arg" : "X\\(.*\\)$as_nl";
+ arg=`expr "X$arg" : ".*$as_nl\\(.*\\)"`;;
+ esac;
+ expr "X$arg" : "X\\(.*\\)" | tr -d "$as_nl"
+ '
+ export as_echo_n_body
+ as_echo_n='sh -c $as_echo_n_body as_echo'
+ fi
+ export as_echo_body
+ as_echo='sh -c $as_echo_body as_echo'
+fi
+
+# The user is always right.
+if test "${PATH_SEPARATOR+set}" != set; then
+ PATH_SEPARATOR=:
+ (PATH='/bin;/bin'; FPATH=$PATH; sh -c :) >/dev/null 2>&1 && {
+ (PATH='/bin:/bin'; FPATH=$PATH; sh -c :) >/dev/null 2>&1 ||
+ PATH_SEPARATOR=';'
+ }
+fi
+
+
+# IFS
+# We need space, tab and new line, in precisely that order. Quoting is
+# there to prevent editors from complaining about space-tab.
+# (If _AS_PATH_WALK were called with IFS unset, it would disable word
+# splitting by setting IFS to empty value.)
+IFS=" "" $as_nl"
+
+# Find who we are. Look in the path if we contain no directory separator.
+as_myself=
+case $0 in #((
+ *[\\/]* ) as_myself=$0 ;;
+ *) as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
+for as_dir in $PATH
+do
+ IFS=$as_save_IFS
+ test -z "$as_dir" && as_dir=.
+ test -r "$as_dir/$0" && as_myself=$as_dir/$0 && break
+ done
+IFS=$as_save_IFS
+
+ ;;
+esac
+# We did not find ourselves, most probably we were run as `sh COMMAND'
+# in which case we are not to be found in the path.
+if test "x$as_myself" = x; then
+ as_myself=$0
+fi
+if test ! -f "$as_myself"; then
+ $as_echo "$as_myself: error: cannot find myself; rerun with an absolute file name" >&2
+ exit 1
+fi
+
+# Unset variables that we do not need and which cause bugs (e.g. in
+# pre-3.0 UWIN ksh). But do not cause bugs in bash 2.01; the "|| exit 1"
+# suppresses any "Segmentation fault" message there. '((' could
+# trigger a bug in pdksh 5.2.14.
+for as_var in BASH_ENV ENV MAIL MAILPATH
+do eval test x\${$as_var+set} = xset \
+ && ( (unset $as_var) || exit 1) >/dev/null 2>&1 && unset $as_var || :
+done
+PS1='$ '
+PS2='> '
+PS4='+ '
+
+# NLS nuisances.
+LC_ALL=C
+export LC_ALL
+LANGUAGE=C
+export LANGUAGE
+
+# CDPATH.
+(unset CDPATH) >/dev/null 2>&1 && unset CDPATH
+
+
+# as_fn_error STATUS ERROR [LINENO LOG_FD]
+# ----------------------------------------
+# Output "`basename $0`: error: ERROR" to stderr. If LINENO and LOG_FD are
+# provided, also output the error to LOG_FD, referencing LINENO. Then exit the
+# script with STATUS, using 1 if that was 0.
+as_fn_error ()
+{
+ as_status=$1; test $as_status -eq 0 && as_status=1
+ if test "$4"; then
+ as_lineno=${as_lineno-"$3"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
+ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: $2" >&$4
+ fi
+ $as_echo "$as_me: error: $2" >&2
+ as_fn_exit $as_status
+} # as_fn_error
+
+
+# as_fn_set_status STATUS
+# -----------------------
+# Set $? to STATUS, without forking.
+as_fn_set_status ()
+{
+ return $1
+} # as_fn_set_status
+
+# as_fn_exit STATUS
+# -----------------
+# Exit the shell with STATUS, even in a "trap 0" or "set -e" context.
+as_fn_exit ()
+{
+ set +e
+ as_fn_set_status $1
+ exit $1
+} # as_fn_exit
+
+# as_fn_unset VAR
+# ---------------
+# Portably unset VAR.
+as_fn_unset ()
+{
+ { eval $1=; unset $1;}
+}
+as_unset=as_fn_unset
+# as_fn_append VAR VALUE
+# ----------------------
+# Append the text in VALUE to the end of the definition contained in VAR. Take
+# advantage of any shell optimizations that allow amortized linear growth over
+# repeated appends, instead of the typical quadratic growth present in naive
+# implementations.
+if (eval "as_var=1; as_var+=2; test x\$as_var = x12") 2>/dev/null; then :
+ eval 'as_fn_append ()
+ {
+ eval $1+=\$2
+ }'
+else
+ as_fn_append ()
+ {
+ eval $1=\$$1\$2
+ }
+fi # as_fn_append
+
+# as_fn_arith ARG...
+# ------------------
+# Perform arithmetic evaluation on the ARGs, and store the result in the
+# global $as_val. Take advantage of shells that can avoid forks. The arguments
+# must be portable across $(()) and expr.
+if (eval "test \$(( 1 + 1 )) = 2") 2>/dev/null; then :
+ eval 'as_fn_arith ()
+ {
+ as_val=$(( $* ))
+ }'
+else
+ as_fn_arith ()
+ {
+ as_val=`expr "$@" || test $? -eq 1`
+ }
+fi # as_fn_arith
+
+
+if expr a : '\(a\)' >/dev/null 2>&1 &&
+ test "X`expr 00001 : '.*\(...\)'`" = X001; then
+ as_expr=expr
+else
+ as_expr=false
+fi
+
+if (basename -- /) >/dev/null 2>&1 && test "X`basename -- / 2>&1`" = "X/"; then
+ as_basename=basename
+else
+ as_basename=false
+fi
+
+if (as_dir=`dirname -- /` && test "X$as_dir" = X/) >/dev/null 2>&1; then
+ as_dirname=dirname
+else
+ as_dirname=false
+fi
+
+as_me=`$as_basename -- "$0" ||
+$as_expr X/"$0" : '.*/\([^/][^/]*\)/*$' \| \
+ X"$0" : 'X\(//\)$' \| \
+ X"$0" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X/"$0" |
+ sed '/^.*\/\([^/][^/]*\)\/*$/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\/\(\/\/\)$/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\/\(\/\).*/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ s/.*/./; q'`
+
+# Avoid depending upon Character Ranges.
+as_cr_letters='abcdefghijklmnopqrstuvwxyz'
+as_cr_LETTERS='ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'
+as_cr_Letters=$as_cr_letters$as_cr_LETTERS
+as_cr_digits='0123456789'
+as_cr_alnum=$as_cr_Letters$as_cr_digits
+
+ECHO_C= ECHO_N= ECHO_T=
+case `echo -n x` in #(((((
+-n*)
+ case `echo 'xy\c'` in
+ *c*) ECHO_T=' ';; # ECHO_T is single tab character.
+ xy) ECHO_C='\c';;
+ *) echo `echo ksh88 bug on AIX 6.1` > /dev/null
+ ECHO_T=' ';;
+ esac;;
+*)
+ ECHO_N='-n';;
+esac
+
+rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.file
+if test -d conf$$.dir; then
+ rm -f conf$$.dir/conf$$.file
+else
+ rm -f conf$$.dir
+ mkdir conf$$.dir 2>/dev/null
+fi
+if (echo >conf$$.file) 2>/dev/null; then
+ if ln -s conf$$.file conf$$ 2>/dev/null; then
+ as_ln_s='ln -s'
+ # ... but there are two gotchas:
+ # 1) On MSYS, both `ln -s file dir' and `ln file dir' fail.
+ # 2) DJGPP < 2.04 has no symlinks; `ln -s' creates a wrapper executable.
+ # In both cases, we have to default to `cp -pR'.
+ ln -s conf$$.file conf$$.dir 2>/dev/null && test ! -f conf$$.exe ||
+ as_ln_s='cp -pR'
+ elif ln conf$$.file conf$$ 2>/dev/null; then
+ as_ln_s=ln
+ else
+ as_ln_s='cp -pR'
+ fi
+else
+ as_ln_s='cp -pR'
+fi
+rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.dir/conf$$.file conf$$.file
+rmdir conf$$.dir 2>/dev/null
+
+
+# as_fn_mkdir_p
+# -------------
+# Create "$as_dir" as a directory, including parents if necessary.
+as_fn_mkdir_p ()
+{
+
+ case $as_dir in #(
+ -*) as_dir=./$as_dir;;
+ esac
+ test -d "$as_dir" || eval $as_mkdir_p || {
+ as_dirs=
+ while :; do
+ case $as_dir in #(
+ *\'*) as_qdir=`$as_echo "$as_dir" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; #'(
+ *) as_qdir=$as_dir;;
+ esac
+ as_dirs="'$as_qdir' $as_dirs"
+ as_dir=`$as_dirname -- "$as_dir" ||
+$as_expr X"$as_dir" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+ X"$as_dir" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+ X"$as_dir" : 'X\(//\)$' \| \
+ X"$as_dir" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$as_dir" |
+ sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\/\)$/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\).*/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ s/.*/./; q'`
+ test -d "$as_dir" && break
+ done
+ test -z "$as_dirs" || eval "mkdir $as_dirs"
+ } || test -d "$as_dir" || as_fn_error $? "cannot create directory $as_dir"
+
+
+} # as_fn_mkdir_p
+if mkdir -p . 2>/dev/null; then
+ as_mkdir_p='mkdir -p "$as_dir"'
+else
+ test -d ./-p && rmdir ./-p
+ as_mkdir_p=false
+fi
+
+
+# as_fn_executable_p FILE
+# -----------------------
+# Test if FILE is an executable regular file.
+as_fn_executable_p ()
+{
+ test -f "$1" && test -x "$1"
+} # as_fn_executable_p
+as_test_x='test -x'
+as_executable_p=as_fn_executable_p
+
+# Sed expression to map a string onto a valid CPP name.
+as_tr_cpp="eval sed 'y%*$as_cr_letters%P$as_cr_LETTERS%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
+
+# Sed expression to map a string onto a valid variable name.
+as_tr_sh="eval sed 'y%*+%pp%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
+
+
+exec 6>&1
+## ----------------------------------- ##
+## Main body of $CONFIG_STATUS script. ##
+## ----------------------------------- ##
+_ASEOF
+test $as_write_fail = 0 && chmod +x $CONFIG_STATUS || ac_write_fail=1
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+# Save the log message, to keep $0 and so on meaningful, and to
+# report actual input values of CONFIG_FILES etc. instead of their
+# values after options handling.
+ac_log="
+This file was extended by art C++ $as_me VIC.03.09.2015, which was
+generated by GNU Autoconf 2.69. Invocation command line was
+
+ CONFIG_FILES = $CONFIG_FILES
+ CONFIG_HEADERS = $CONFIG_HEADERS
+ CONFIG_LINKS = $CONFIG_LINKS
+ CONFIG_COMMANDS = $CONFIG_COMMANDS
+ $ $0 $@
+
+on `(hostname || uname -n) 2>/dev/null | sed 1q`
+"
+
+_ACEOF
+
+case $ac_config_files in *"
+"*) set x $ac_config_files; shift; ac_config_files=$*;;
+esac
+
+case $ac_config_headers in *"
+"*) set x $ac_config_headers; shift; ac_config_headers=$*;;
+esac
+
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+# Files that config.status was made for.
+config_files="$ac_config_files"
+config_headers="$ac_config_headers"
+config_commands="$ac_config_commands"
+
+_ACEOF
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+ac_cs_usage="\
+\`$as_me' instantiates files and other configuration actions
+from templates according to the current configuration. Unless the files
+and actions are specified as TAGs, all are instantiated by default.
+
+Usage: $0 [OPTION]... [TAG]...
+
+ -h, --help print this help, then exit
+ -V, --version print version number and configuration settings, then exit
+ --config print configuration, then exit
+ -q, --quiet, --silent
+ do not print progress messages
+ -d, --debug don't remove temporary files
+ --recheck update $as_me by reconfiguring in the same conditions
+ --file=FILE[:TEMPLATE]
+ instantiate the configuration file FILE
+ --header=FILE[:TEMPLATE]
+ instantiate the configuration header FILE
+
+Configuration files:
+$config_files
+
+Configuration headers:
+$config_headers
+
+Configuration commands:
+$config_commands
+
+Report bugs to <whduke at gmail.com>.
+art C++ home page: <http://http://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art>."
+
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+ac_cs_config="`$as_echo "$ac_configure_args" | sed 's/^ //; s/[\\""\`\$]/\\\\&/g'`"
+ac_cs_version="\\
+art C++ config.status VIC.03.09.2015
+configured by $0, generated by GNU Autoconf 2.69,
+ with options \\"\$ac_cs_config\\"
+
+Copyright (C) 2012 Free Software Foundation, Inc.
+This config.status script is free software; the Free Software Foundation
+gives unlimited permission to copy, distribute and modify it."
+
+ac_pwd='$ac_pwd'
+srcdir='$srcdir'
+INSTALL='$INSTALL'
+MKDIR_P='$MKDIR_P'
+AWK='$AWK'
+test -n "\$AWK" || AWK=awk
+_ACEOF
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+# The default lists apply if the user does not specify any file.
+ac_need_defaults=:
+while test $# != 0
+do
+ case $1 in
+ --*=?*)
+ ac_option=`expr "X$1" : 'X\([^=]*\)='`
+ ac_optarg=`expr "X$1" : 'X[^=]*=\(.*\)'`
+ ac_shift=:
+ ;;
+ --*=)
+ ac_option=`expr "X$1" : 'X\([^=]*\)='`
+ ac_optarg=
+ ac_shift=:
+ ;;
+ *)
+ ac_option=$1
+ ac_optarg=$2
+ ac_shift=shift
+ ;;
+ esac
+
+ case $ac_option in
+ # Handling of the options.
+ -recheck | --recheck | --rechec | --reche | --rech | --rec | --re | --r)
+ ac_cs_recheck=: ;;
+ --version | --versio | --versi | --vers | --ver | --ve | --v | -V )
+ $as_echo "$ac_cs_version"; exit ;;
+ --config | --confi | --conf | --con | --co | --c )
+ $as_echo "$ac_cs_config"; exit ;;
+ --debug | --debu | --deb | --de | --d | -d )
+ debug=: ;;
+ --file | --fil | --fi | --f )
+ $ac_shift
+ case $ac_optarg in
+ *\'*) ac_optarg=`$as_echo "$ac_optarg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
+ '') as_fn_error $? "missing file argument" ;;
+ esac
+ as_fn_append CONFIG_FILES " '$ac_optarg'"
+ ac_need_defaults=false;;
+ --header | --heade | --head | --hea )
+ $ac_shift
+ case $ac_optarg in
+ *\'*) ac_optarg=`$as_echo "$ac_optarg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
+ esac
+ as_fn_append CONFIG_HEADERS " '$ac_optarg'"
+ ac_need_defaults=false;;
+ --he | --h)
+ # Conflict between --help and --header
+ as_fn_error $? "ambiguous option: \`$1'
+Try \`$0 --help' for more information.";;
+ --help | --hel | -h )
+ $as_echo "$ac_cs_usage"; exit ;;
+ -q | -quiet | --quiet | --quie | --qui | --qu | --q \
+ | -silent | --silent | --silen | --sile | --sil | --si | --s)
+ ac_cs_silent=: ;;
+
+ # This is an error.
+ -*) as_fn_error $? "unrecognized option: \`$1'
+Try \`$0 --help' for more information." ;;
+
+ *) as_fn_append ac_config_targets " $1"
+ ac_need_defaults=false ;;
+
+ esac
+ shift
+done
+
+ac_configure_extra_args=
+
+if $ac_cs_silent; then
+ exec 6>/dev/null
+ ac_configure_extra_args="$ac_configure_extra_args --silent"
+fi
+
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+if \$ac_cs_recheck; then
+ set X $SHELL '$0' $ac_configure_args \$ac_configure_extra_args --no-create --no-recursion
+ shift
+ \$as_echo "running CONFIG_SHELL=$SHELL \$*" >&6
+ CONFIG_SHELL='$SHELL'
+ export CONFIG_SHELL
+ exec "\$@"
+fi
+
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+exec 5>>config.log
+{
+ echo
+ sed 'h;s/./-/g;s/^.../## /;s/...$/ ##/;p;x;p;x' <<_ASBOX
+## Running $as_me. ##
+_ASBOX
+ $as_echo "$ac_log"
+} >&5
+
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+#
+# INIT-COMMANDS
+#
+AMDEP_TRUE="$AMDEP_TRUE" ac_aux_dir="$ac_aux_dir"
+
+_ACEOF
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+
+# Handling of arguments.
+for ac_config_target in $ac_config_targets
+do
+ case $ac_config_target in
+ "config.h") CONFIG_HEADERS="$CONFIG_HEADERS config.h" ;;
+ "depfiles") CONFIG_COMMANDS="$CONFIG_COMMANDS depfiles" ;;
+ "Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES Makefile" ;;
+
+ *) as_fn_error $? "invalid argument: \`$ac_config_target'" "$LINENO" 5;;
+ esac
+done
+
+
+# If the user did not use the arguments to specify the items to instantiate,
+# then the envvar interface is used. Set only those that are not.
+# We use the long form for the default assignment because of an extremely
+# bizarre bug on SunOS 4.1.3.
+if $ac_need_defaults; then
+ test "${CONFIG_FILES+set}" = set || CONFIG_FILES=$config_files
+ test "${CONFIG_HEADERS+set}" = set || CONFIG_HEADERS=$config_headers
+ test "${CONFIG_COMMANDS+set}" = set || CONFIG_COMMANDS=$config_commands
+fi
+
+# Have a temporary directory for convenience. Make it in the build tree
+# simply because there is no reason against having it here, and in addition,
+# creating and moving files from /tmp can sometimes cause problems.
+# Hook for its removal unless debugging.
+# Note that there is a small window in which the directory will not be cleaned:
+# after its creation but before its name has been assigned to `$tmp'.
+$debug ||
+{
+ tmp= ac_tmp=
+ trap 'exit_status=$?
+ : "${ac_tmp:=$tmp}"
+ { test ! -d "$ac_tmp" || rm -fr "$ac_tmp"; } && exit $exit_status
+' 0
+ trap 'as_fn_exit 1' 1 2 13 15
+}
+# Create a (secure) tmp directory for tmp files.
+
+{
+ tmp=`(umask 077 && mktemp -d "./confXXXXXX") 2>/dev/null` &&
+ test -d "$tmp"
+} ||
+{
+ tmp=./conf$$-$RANDOM
+ (umask 077 && mkdir "$tmp")
+} || as_fn_error $? "cannot create a temporary directory in ." "$LINENO" 5
+ac_tmp=$tmp
+
+# Set up the scripts for CONFIG_FILES section.
+# No need to generate them if there are no CONFIG_FILES.
+# This happens for instance with `./config.status config.h'.
+if test -n "$CONFIG_FILES"; then
+
+
+ac_cr=`echo X | tr X '\015'`
+# On cygwin, bash can eat \r inside `` if the user requested igncr.
+# But we know of no other shell where ac_cr would be empty at this
+# point, so we can use a bashism as a fallback.
+if test "x$ac_cr" = x; then
+ eval ac_cr=\$\'\\r\'
+fi
+ac_cs_awk_cr=`$AWK 'BEGIN { print "a\rb" }' </dev/null 2>/dev/null`
+if test "$ac_cs_awk_cr" = "a${ac_cr}b"; then
+ ac_cs_awk_cr='\\r'
+else
+ ac_cs_awk_cr=$ac_cr
+fi
+
+echo 'BEGIN {' >"$ac_tmp/subs1.awk" &&
+_ACEOF
+
+
+{
+ echo "cat >conf$$subs.awk <<_ACEOF" &&
+ echo "$ac_subst_vars" | sed 's/.*/&!$&$ac_delim/' &&
+ echo "_ACEOF"
+} >conf$$subs.sh ||
+ as_fn_error $? "could not make $CONFIG_STATUS" "$LINENO" 5
+ac_delim_num=`echo "$ac_subst_vars" | grep -c '^'`
+ac_delim='%!_!# '
+for ac_last_try in false false false false false :; do
+ . ./conf$$subs.sh ||
+ as_fn_error $? "could not make $CONFIG_STATUS" "$LINENO" 5
+
+ ac_delim_n=`sed -n "s/.*$ac_delim\$/X/p" conf$$subs.awk | grep -c X`
+ if test $ac_delim_n = $ac_delim_num; then
+ break
+ elif $ac_last_try; then
+ as_fn_error $? "could not make $CONFIG_STATUS" "$LINENO" 5
+ else
+ ac_delim="$ac_delim!$ac_delim _$ac_delim!! "
+ fi
+done
+rm -f conf$$subs.sh
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+cat >>"\$ac_tmp/subs1.awk" <<\\_ACAWK &&
+_ACEOF
+sed -n '
+h
+s/^/S["/; s/!.*/"]=/
+p
+g
+s/^[^!]*!//
+:repl
+t repl
+s/'"$ac_delim"'$//
+t delim
+:nl
+h
+s/\(.\{148\}\)..*/\1/
+t more1
+s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/\\n"\\/
+p
+n
+b repl
+:more1
+s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/"\\/
+p
+g
+s/.\{148\}//
+t nl
+:delim
+h
+s/\(.\{148\}\)..*/\1/
+t more2
+s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/"/
+p
+b
+:more2
+s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/"\\/
+p
+g
+s/.\{148\}//
+t delim
+' <conf$$subs.awk | sed '
+/^[^""]/{
+ N
+ s/\n//
+}
+' >>$CONFIG_STATUS || ac_write_fail=1
+rm -f conf$$subs.awk
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+_ACAWK
+cat >>"\$ac_tmp/subs1.awk" <<_ACAWK &&
+ for (key in S) S_is_set[key] = 1
+ FS = ""
+
+}
+{
+ line = $ 0
+ nfields = split(line, field, "@")
+ substed = 0
+ len = length(field[1])
+ for (i = 2; i < nfields; i++) {
+ key = field[i]
+ keylen = length(key)
+ if (S_is_set[key]) {
+ value = S[key]
+ line = substr(line, 1, len) "" value "" substr(line, len + keylen + 3)
+ len += length(value) + length(field[++i])
+ substed = 1
+ } else
+ len += 1 + keylen
+ }
+
+ print line
+}
+
+_ACAWK
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+if sed "s/$ac_cr//" < /dev/null > /dev/null 2>&1; then
+ sed "s/$ac_cr\$//; s/$ac_cr/$ac_cs_awk_cr/g"
+else
+ cat
+fi < "$ac_tmp/subs1.awk" > "$ac_tmp/subs.awk" \
+ || as_fn_error $? "could not setup config files machinery" "$LINENO" 5
+_ACEOF
+
+# VPATH may cause trouble with some makes, so we remove sole $(srcdir),
+# ${srcdir} and @srcdir@ entries from VPATH if srcdir is ".", strip leading and
+# trailing colons and then remove the whole line if VPATH becomes empty
+# (actually we leave an empty line to preserve line numbers).
+if test "x$srcdir" = x.; then
+ ac_vpsub='/^[ ]*VPATH[ ]*=[ ]*/{
+h
+s///
+s/^/:/
+s/[ ]*$/:/
+s/:\$(srcdir):/:/g
+s/:\${srcdir}:/:/g
+s/:@srcdir@:/:/g
+s/^:*//
+s/:*$//
+x
+s/\(=[ ]*\).*/\1/
+G
+s/\n//
+s/^[^=]*=[ ]*$//
+}'
+fi
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+fi # test -n "$CONFIG_FILES"
+
+# Set up the scripts for CONFIG_HEADERS section.
+# No need to generate them if there are no CONFIG_HEADERS.
+# This happens for instance with `./config.status Makefile'.
+if test -n "$CONFIG_HEADERS"; then
+cat >"$ac_tmp/defines.awk" <<\_ACAWK ||
+BEGIN {
+_ACEOF
+
+# Transform confdefs.h into an awk script `defines.awk', embedded as
+# here-document in config.status, that substitutes the proper values into
+# config.h.in to produce config.h.
+
+# Create a delimiter string that does not exist in confdefs.h, to ease
+# handling of long lines.
+ac_delim='%!_!# '
+for ac_last_try in false false :; do
+ ac_tt=`sed -n "/$ac_delim/p" confdefs.h`
+ if test -z "$ac_tt"; then
+ break
+ elif $ac_last_try; then
+ as_fn_error $? "could not make $CONFIG_HEADERS" "$LINENO" 5
+ else
+ ac_delim="$ac_delim!$ac_delim _$ac_delim!! "
+ fi
+done
+
+# For the awk script, D is an array of macro values keyed by name,
+# likewise P contains macro parameters if any. Preserve backslash
+# newline sequences.
+
+ac_word_re=[_$as_cr_Letters][_$as_cr_alnum]*
+sed -n '
+s/.\{148\}/&'"$ac_delim"'/g
+t rset
+:rset
+s/^[ ]*#[ ]*define[ ][ ]*/ /
+t def
+d
+:def
+s/\\$//
+t bsnl
+s/["\\]/\\&/g
+s/^ \('"$ac_word_re"'\)\(([^()]*)\)[ ]*\(.*\)/P["\1"]="\2"\
+D["\1"]=" \3"/p
+s/^ \('"$ac_word_re"'\)[ ]*\(.*\)/D["\1"]=" \2"/p
+d
+:bsnl
+s/["\\]/\\&/g
+s/^ \('"$ac_word_re"'\)\(([^()]*)\)[ ]*\(.*\)/P["\1"]="\2"\
+D["\1"]=" \3\\\\\\n"\\/p
+t cont
+s/^ \('"$ac_word_re"'\)[ ]*\(.*\)/D["\1"]=" \2\\\\\\n"\\/p
+t cont
+d
+:cont
+n
+s/.\{148\}/&'"$ac_delim"'/g
+t clear
+:clear
+s/\\$//
+t bsnlc
+s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/"/p
+d
+:bsnlc
+s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/\\\\\\n"\\/p
+b cont
+' <confdefs.h | sed '
+s/'"$ac_delim"'/"\\\
+"/g' >>$CONFIG_STATUS || ac_write_fail=1
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+ for (key in D) D_is_set[key] = 1
+ FS = ""
+}
+/^[\t ]*#[\t ]*(define|undef)[\t ]+$ac_word_re([\t (]|\$)/ {
+ line = \$ 0
+ split(line, arg, " ")
+ if (arg[1] == "#") {
+ defundef = arg[2]
+ mac1 = arg[3]
+ } else {
+ defundef = substr(arg[1], 2)
+ mac1 = arg[2]
+ }
+ split(mac1, mac2, "(") #)
+ macro = mac2[1]
+ prefix = substr(line, 1, index(line, defundef) - 1)
+ if (D_is_set[macro]) {
+ # Preserve the white space surrounding the "#".
+ print prefix "define", macro P[macro] D[macro]
+ next
+ } else {
+ # Replace #undef with comments. This is necessary, for example,
+ # in the case of _POSIX_SOURCE, which is predefined and required
+ # on some systems where configure will not decide to define it.
+ if (defundef == "undef") {
+ print "/*", prefix defundef, macro, "*/"
+ next
+ }
+ }
+}
+{ print }
+_ACAWK
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+ as_fn_error $? "could not setup config headers machinery" "$LINENO" 5
+fi # test -n "$CONFIG_HEADERS"
+
+
+eval set X " :F $CONFIG_FILES :H $CONFIG_HEADERS :C $CONFIG_COMMANDS"
+shift
+for ac_tag
+do
+ case $ac_tag in
+ :[FHLC]) ac_mode=$ac_tag; continue;;
+ esac
+ case $ac_mode$ac_tag in
+ :[FHL]*:*);;
+ :L* | :C*:*) as_fn_error $? "invalid tag \`$ac_tag'" "$LINENO" 5;;
+ :[FH]-) ac_tag=-:-;;
+ :[FH]*) ac_tag=$ac_tag:$ac_tag.in;;
+ esac
+ ac_save_IFS=$IFS
+ IFS=:
+ set x $ac_tag
+ IFS=$ac_save_IFS
+ shift
+ ac_file=$1
+ shift
+
+ case $ac_mode in
+ :L) ac_source=$1;;
+ :[FH])
+ ac_file_inputs=
+ for ac_f
+ do
+ case $ac_f in
+ -) ac_f="$ac_tmp/stdin";;
+ *) # Look for the file first in the build tree, then in the source tree
+ # (if the path is not absolute). The absolute path cannot be DOS-style,
+ # because $ac_f cannot contain `:'.
+ test -f "$ac_f" ||
+ case $ac_f in
+ [\\/$]*) false;;
+ *) test -f "$srcdir/$ac_f" && ac_f="$srcdir/$ac_f";;
+ esac ||
+ as_fn_error 1 "cannot find input file: \`$ac_f'" "$LINENO" 5;;
+ esac
+ case $ac_f in *\'*) ac_f=`$as_echo "$ac_f" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; esac
+ as_fn_append ac_file_inputs " '$ac_f'"
+ done
+
+ # Let's still pretend it is `configure' which instantiates (i.e., don't
+ # use $as_me), people would be surprised to read:
+ # /* config.h. Generated by config.status. */
+ configure_input='Generated from '`
+ $as_echo "$*" | sed 's|^[^:]*/||;s|:[^:]*/|, |g'
+ `' by configure.'
+ if test x"$ac_file" != x-; then
+ configure_input="$ac_file. $configure_input"
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: creating $ac_file" >&5
+$as_echo "$as_me: creating $ac_file" >&6;}
+ fi
+ # Neutralize special characters interpreted by sed in replacement strings.
+ case $configure_input in #(
+ *\&* | *\|* | *\\* )
+ ac_sed_conf_input=`$as_echo "$configure_input" |
+ sed 's/[\\\\&|]/\\\\&/g'`;; #(
+ *) ac_sed_conf_input=$configure_input;;
+ esac
+
+ case $ac_tag in
+ *:-:* | *:-) cat >"$ac_tmp/stdin" \
+ || as_fn_error $? "could not create $ac_file" "$LINENO" 5 ;;
+ esac
+ ;;
+ esac
+
+ ac_dir=`$as_dirname -- "$ac_file" ||
+$as_expr X"$ac_file" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+ X"$ac_file" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+ X"$ac_file" : 'X\(//\)$' \| \
+ X"$ac_file" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$ac_file" |
+ sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\/\)$/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\).*/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ s/.*/./; q'`
+ as_dir="$ac_dir"; as_fn_mkdir_p
+ ac_builddir=.
+
+case "$ac_dir" in
+.) ac_dir_suffix= ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
+*)
+ ac_dir_suffix=/`$as_echo "$ac_dir" | sed 's|^\.[\\/]||'`
+ # A ".." for each directory in $ac_dir_suffix.
+ ac_top_builddir_sub=`$as_echo "$ac_dir_suffix" | sed 's|/[^\\/]*|/..|g;s|/||'`
+ case $ac_top_builddir_sub in
+ "") ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
+ *) ac_top_build_prefix=$ac_top_builddir_sub/ ;;
+ esac ;;
+esac
+ac_abs_top_builddir=$ac_pwd
+ac_abs_builddir=$ac_pwd$ac_dir_suffix
+# for backward compatibility:
+ac_top_builddir=$ac_top_build_prefix
+
+case $srcdir in
+ .) # We are building in place.
+ ac_srcdir=.
+ ac_top_srcdir=$ac_top_builddir_sub
+ ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd ;;
+ [\\/]* | ?:[\\/]* ) # Absolute name.
+ ac_srcdir=$srcdir$ac_dir_suffix;
+ ac_top_srcdir=$srcdir
+ ac_abs_top_srcdir=$srcdir ;;
+ *) # Relative name.
+ ac_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir$ac_dir_suffix
+ ac_top_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir
+ ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd/$srcdir ;;
+esac
+ac_abs_srcdir=$ac_abs_top_srcdir$ac_dir_suffix
+
+
+ case $ac_mode in
+ :F)
+ #
+ # CONFIG_FILE
+ #
+
+ case $INSTALL in
+ [\\/$]* | ?:[\\/]* ) ac_INSTALL=$INSTALL ;;
+ *) ac_INSTALL=$ac_top_build_prefix$INSTALL ;;
+ esac
+ ac_MKDIR_P=$MKDIR_P
+ case $MKDIR_P in
+ [\\/$]* | ?:[\\/]* ) ;;
+ */*) ac_MKDIR_P=$ac_top_build_prefix$MKDIR_P ;;
+ esac
+_ACEOF
+
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+# If the template does not know about datarootdir, expand it.
+# FIXME: This hack should be removed a few years after 2.60.
+ac_datarootdir_hack=; ac_datarootdir_seen=
+ac_sed_dataroot='
+/datarootdir/ {
+ p
+ q
+}
+/@datadir@/p
+/@docdir@/p
+/@infodir@/p
+/@localedir@/p
+/@mandir@/p'
+case `eval "sed -n \"\$ac_sed_dataroot\" $ac_file_inputs"` in
+*datarootdir*) ac_datarootdir_seen=yes;;
+*@datadir@*|*@docdir@*|*@infodir@*|*@localedir@*|*@mandir@*)
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $ac_file_inputs seems to ignore the --datarootdir setting" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_file_inputs seems to ignore the --datarootdir setting" >&2;}
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+ ac_datarootdir_hack='
+ s&@datadir@&$datadir&g
+ s&@docdir@&$docdir&g
+ s&@infodir@&$infodir&g
+ s&@localedir@&$localedir&g
+ s&@mandir@&$mandir&g
+ s&\\\${datarootdir}&$datarootdir&g' ;;
+esac
+_ACEOF
+
+# Neutralize VPATH when `$srcdir' = `.'.
+# Shell code in configure.ac might set extrasub.
+# FIXME: do we really want to maintain this feature?
+cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
+ac_sed_extra="$ac_vpsub
+$extrasub
+_ACEOF
+cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
+:t
+/@[a-zA-Z_][a-zA-Z_0-9]*@/!b
+s|@configure_input@|$ac_sed_conf_input|;t t
+s&@top_builddir@&$ac_top_builddir_sub&;t t
+s&@top_build_prefix@&$ac_top_build_prefix&;t t
+s&@srcdir@&$ac_srcdir&;t t
+s&@abs_srcdir@&$ac_abs_srcdir&;t t
+s&@top_srcdir@&$ac_top_srcdir&;t t
+s&@abs_top_srcdir@&$ac_abs_top_srcdir&;t t
+s&@builddir@&$ac_builddir&;t t
+s&@abs_builddir@&$ac_abs_builddir&;t t
+s&@abs_top_builddir@&$ac_abs_top_builddir&;t t
+s&@INSTALL@&$ac_INSTALL&;t t
+s&@MKDIR_P@&$ac_MKDIR_P&;t t
+$ac_datarootdir_hack
+"
+eval sed \"\$ac_sed_extra\" "$ac_file_inputs" | $AWK -f "$ac_tmp/subs.awk" \
+ >$ac_tmp/out || as_fn_error $? "could not create $ac_file" "$LINENO" 5
+
+test -z "$ac_datarootdir_hack$ac_datarootdir_seen" &&
+ { ac_out=`sed -n '/\${datarootdir}/p' "$ac_tmp/out"`; test -n "$ac_out"; } &&
+ { ac_out=`sed -n '/^[ ]*datarootdir[ ]*:*=/p' \
+ "$ac_tmp/out"`; test -z "$ac_out"; } &&
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $ac_file contains a reference to the variable \`datarootdir'
+which seems to be undefined. Please make sure it is defined" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: $ac_file contains a reference to the variable \`datarootdir'
+which seems to be undefined. Please make sure it is defined" >&2;}
+
+ rm -f "$ac_tmp/stdin"
+ case $ac_file in
+ -) cat "$ac_tmp/out" && rm -f "$ac_tmp/out";;
+ *) rm -f "$ac_file" && mv "$ac_tmp/out" "$ac_file";;
+ esac \
+ || as_fn_error $? "could not create $ac_file" "$LINENO" 5
+ ;;
+ :H)
+ #
+ # CONFIG_HEADER
+ #
+ if test x"$ac_file" != x-; then
+ {
+ $as_echo "/* $configure_input */" \
+ && eval '$AWK -f "$ac_tmp/defines.awk"' "$ac_file_inputs"
+ } >"$ac_tmp/config.h" \
+ || as_fn_error $? "could not create $ac_file" "$LINENO" 5
+ if diff "$ac_file" "$ac_tmp/config.h" >/dev/null 2>&1; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_file is unchanged" >&5
+$as_echo "$as_me: $ac_file is unchanged" >&6;}
+ else
+ rm -f "$ac_file"
+ mv "$ac_tmp/config.h" "$ac_file" \
+ || as_fn_error $? "could not create $ac_file" "$LINENO" 5
+ fi
+ else
+ $as_echo "/* $configure_input */" \
+ && eval '$AWK -f "$ac_tmp/defines.awk"' "$ac_file_inputs" \
+ || as_fn_error $? "could not create -" "$LINENO" 5
+ fi
+# Compute "$ac_file"'s index in $config_headers.
+_am_arg="$ac_file"
+_am_stamp_count=1
+for _am_header in $config_headers :; do
+ case $_am_header in
+ $_am_arg | $_am_arg:* )
+ break ;;
+ * )
+ _am_stamp_count=`expr $_am_stamp_count + 1` ;;
+ esac
+done
+echo "timestamp for $_am_arg" >`$as_dirname -- "$_am_arg" ||
+$as_expr X"$_am_arg" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+ X"$_am_arg" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+ X"$_am_arg" : 'X\(//\)$' \| \
+ X"$_am_arg" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$_am_arg" |
+ sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\/\)$/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\).*/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ s/.*/./; q'`/stamp-h$_am_stamp_count
+ ;;
+
+ :C) { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: executing $ac_file commands" >&5
+$as_echo "$as_me: executing $ac_file commands" >&6;}
+ ;;
+ esac
+
+
+ case $ac_file$ac_mode in
+ "depfiles":C) test x"$AMDEP_TRUE" != x"" || {
+ # Older Autoconf quotes --file arguments for eval, but not when files
+ # are listed without --file. Let's play safe and only enable the eval
+ # if we detect the quoting.
+ case $CONFIG_FILES in
+ *\'*) eval set x "$CONFIG_FILES" ;;
+ *) set x $CONFIG_FILES ;;
+ esac
+ shift
+ for mf
+ do
+ # Strip MF so we end up with the name of the file.
+ mf=`echo "$mf" | sed -e 's/:.*$//'`
+ # Check whether this is an Automake generated Makefile or not.
+ # We used to match only the files named 'Makefile.in', but
+ # some people rename them; so instead we look at the file content.
+ # Grep'ing the first line is not enough: some people post-process
+ # each Makefile.in and add a new line on top of each file to say so.
+ # Grep'ing the whole file is not good either: AIX grep has a line
+ # limit of 2048, but all sed's we know have understand at least 4000.
+ if sed -n 's,^#.*generated by automake.*,X,p' "$mf" | grep X >/dev/null 2>&1; then
+ dirpart=`$as_dirname -- "$mf" ||
+$as_expr X"$mf" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+ X"$mf" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+ X"$mf" : 'X\(//\)$' \| \
+ X"$mf" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$mf" |
+ sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\/\)$/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\).*/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ s/.*/./; q'`
+ else
+ continue
+ fi
+ # Extract the definition of DEPDIR, am__include, and am__quote
+ # from the Makefile without running 'make'.
+ DEPDIR=`sed -n 's/^DEPDIR = //p' < "$mf"`
+ test -z "$DEPDIR" && continue
+ am__include=`sed -n 's/^am__include = //p' < "$mf"`
+ test -z "$am__include" && continue
+ am__quote=`sed -n 's/^am__quote = //p' < "$mf"`
+ # Find all dependency output files, they are included files with
+ # $(DEPDIR) in their names. We invoke sed twice because it is the
+ # simplest approach to changing $(DEPDIR) to its actual value in the
+ # expansion.
+ for file in `sed -n "
+ s/^$am__include $am__quote\(.*(DEPDIR).*\)$am__quote"'$/\1/p' <"$mf" | \
+ sed -e 's/\$(DEPDIR)/'"$DEPDIR"'/g'`; do
+ # Make sure the directory exists.
+ test -f "$dirpart/$file" && continue
+ fdir=`$as_dirname -- "$file" ||
+$as_expr X"$file" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
+ X"$file" : 'X\(//\)[^/]' \| \
+ X"$file" : 'X\(//\)$' \| \
+ X"$file" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
+$as_echo X"$file" |
+ sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\/\)[^/].*/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\/\)$/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ /^X\(\/\).*/{
+ s//\1/
+ q
+ }
+ s/.*/./; q'`
+ as_dir=$dirpart/$fdir; as_fn_mkdir_p
+ # echo "creating $dirpart/$file"
+ echo '# dummy' > "$dirpart/$file"
+ done
+ done
+}
+ ;;
+
+ esac
+done # for ac_tag
+
+
+as_fn_exit 0
+_ACEOF
+ac_clean_files=$ac_clean_files_save
+
+test $ac_write_fail = 0 ||
+ as_fn_error $? "write failure creating $CONFIG_STATUS" "$LINENO" 5
+
+
+# configure is writing to config.log, and then calls config.status.
+# config.status does its own redirection, appending to config.log.
+# Unfortunately, on DOS this fails, as config.log is still kept open
+# by configure, so config.status won't be able to write to it; its
+# output is simply discarded. So we exec the FD to /dev/null,
+# effectively closing config.log, so it can be properly (re)opened and
+# appended to by config.status. When coming back to configure, we
+# need to make the FD available again.
+if test "$no_create" != yes; then
+ ac_cs_success=:
+ ac_config_status_args=
+ test "$silent" = yes &&
+ ac_config_status_args="$ac_config_status_args --quiet"
+ exec 5>/dev/null
+ $SHELL $CONFIG_STATUS $ac_config_status_args || ac_cs_success=false
+ exec 5>>config.log
+ # Use ||, not &&, to avoid exiting from the if with $? = 1, which
+ # would make configure fail if this is the last instruction.
+ $ac_cs_success || as_fn_exit 1
+fi
+if test -n "$ac_unrecognized_opts" && test "$enable_option_checking" != no; then
+ { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" >&2;}
+fi
+
+
diff --git a/configure.ac b/configure.ac
new file mode 100644
index 0000000..ffb554a
--- /dev/null
+++ b/configure.ac
@@ -0,0 +1,25 @@
+AC_INIT([art C++], [VIC.03.09.2015], [whduke at gmail.com], [art], [http://http://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art])
+AC_PREREQ([2.69])
+AC_CONFIG_SRCDIR([config.h.in])
+AC_CONFIG_HEADERS([config.h])
+AM_INIT_AUTOMAKE([subdir-objects])
+AC_PROG_CXX
+AC_PROG_CC
+# Checks for libraries.
+# Checks for header files.
+AC_CHECK_HEADERS([stdlib.h])
+AC_CHECK_LIB(m,main)
+AC_CHECK_LIB(gslcblas,main,,AC_MSG_ERROR([gslcblas not found]))
+AC_CHECK_LIB(gsl,main,,AC_MSG_ERROR([gsl library not found]))
+AC_PROG_MAKE_SET
+
+# Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
+AC_CHECK_HEADER_STDBOOL
+AC_C_INLINE
+AC_TYPE_SIZE_T
+
+# Checks for library functions.
+AC_CHECK_FUNCS([floor pow])
+AC_CONFIG_FILES([Makefile])
+AC_OUTPUT
+
diff --git a/examples/amplicon_reference.fa b/examples/amplicon_reference.fa
new file mode 100644
index 0000000..cd94175
--- /dev/null
+++ b/examples/amplicon_reference.fa
@@ -0,0 +1,50997 @@
+>1 reference=EF679180.1.1505 amplicon=1..529 position=1..529 description="Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Aeromonadales;Aeromonadaceae;Aeromonas;uncultured Aeromonas sp."
+AGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAGC
+GGCAGCGGGAAGUAGUUUACUACUUUGCCGGCGAGCGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGG
+GAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUGACCUCG
+CAAGAGCAAAGUGGGGGACCUUCGGGCCUCACGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAG
+CUAGUAGGUGGGGUAAUGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAC
+CAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAU
+UGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUGUGAAGAAGGCCUUCGGGUU
+GUAAAGCACUUUCAGCGAGGAGGAAGGCAGUCGUGUUAAUAGCACGAUUGAUUGACGUUA
+CUCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>2 reference=GQ903479.1.1528 amplicon=1..551 position=1..551 description="Bacteria;Firmicutes;Bacilli;Bacillales;Bacillaceae;Oceanobacillus;Oceanobacillus sp. XJSL10-10"
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAGC
+GCAGGAAGCAAGCAGAUCCCCUUCGGGGGUGACGCUUGUGGAAUGAGCGGCGGACGGGUG
+AGUAACACGUGGGCAACCUGCCUGUAAGACUGGGAUAACCCCGGGAAACCGGGGCUAAUA
+CCGGAUAAUACUUUUCUUUGCAUAAAGGAAAGUUGAAAGGCGGUUUCGGCUGCCACUUAC
+AGAUGGGCCCGCGGCGCAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAUAGCUCACCAAGGCGACGAUGC
+GUAGCCGACCUGAGAGGGUGAUCGGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCCAC
+GGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCCGCAAUGGACGAAAGUCUGACGGAGCAACGCCGCGU
+GAGUGAUGAAGGUUUUCGGAUCGUAAAACUCUGUUGUCAGGGAAGAACAAGUACGAUAGU
+AACUGAUCGUACCUUGACGGUACCUGACCAGAAAGCCACGGCUAACUACGUGCCAGCAGC
+CGCGGUAAUAC
+>3 reference=AB675718.1.1400 amplicon=1..529 position=1..529 description="Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Enterobacteriales;Enterobacteriaceae;Enterobacter asburiae"
+AGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAAC
+GGUAACAGGAAGCAGCUUGCUGCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGG
+GAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCG
+CAAGACCAAAGAGGGGGACCUUAGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAG
+CUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAC
+CAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAU
+UGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUU
+GUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGCGAUAAGGUUAAUAACCUUGUCGAUUGACGUUA
+CCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>4 reference=AB675718.1.1400 amplicon=1..529 position=1..529 description="Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Enterobacteriales;Enterobacteriaceae;Enterobacter asburiae"
+AGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAAC
+GGUAACAGGAAGCAGCUUGCUGCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGG
+GAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCG
+CAAGACCAAAGAGGGGGACCUUAGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAG
+CUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAC
+CAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAU
+UGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUU
+GUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGCGAUAAGGUUAAUAACCUUGUCGAUUGACGUUA
+CCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>5 reference=EU463666.1.1413 amplicon=1..539 position=1..539 description="Bacteria;Lentisphaerae;Lentisphaeria;RFP12 gut group;uncultured bacterium"
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUGGUAGCGUGGAUUAGGCAUGCAAGUCGAAC
+GGGAUCAACCGGUUAGCAAUAAUUGGUUGUGAGAGUGGCGGAUUGGGGAGGAACACGUGA
+ACAACCUGCCCUUGAGUUCGGGAAAACCAUUGGAAACGAUGGCUAAUACCGGAUGUGGCG
+UCUGAGGACAUCCUCGGAACGCUAAAGGGGGCCGCAAGGCUCCCGCUCAUCGAGGGGUUC
+GCGCACCAUCAGCUUGUUGGCGGGGUAACGGCCCACCAAGGCCUACGGUUAGCUGGUCUG
+AGAGGAUGACCAGCCCCACUGGGACUGAGAUACUGCCCAGACUCCUACGGGAGGCUGCAG
+UCGAGGAUCAUUUGCAAUGGGCGAAAGCCUGACAAUGCGACGCUGCGUGGAGGAUGAAGG
+CCUUCGGGUUGUAAACUCCUGUCAUAAGGGAACAGGCGAGGGUGCCCAACACGUACCCGA
+GUUGAGUGUACUUUAAGAGGAAGCGACGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>6 reference=EU463666.1.1413 amplicon=1..539 position=1..539 description="Bacteria;Lentisphaerae;Lentisphaeria;RFP12 gut group;uncultured bacterium"
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUGGUAGCGUGGAUUAGGCAUGCAAGUCGAAC
+GGGAUCAACCGGUUAGCAAUAAUUGGUUGUGAGAGUGGCGGAUUGGGGAGGAACACGUGA
+ACAACCUGCCCUUGAGUUCGGGAAAACCAUUGGAAACGAUGGCUAAUACCGGAUGUGGCG
+UCUGAGGACAUCCUCGGAACGCUAAAGGGGGCCGCAAGGCUCCCGCUCAUCGAGGGGUUC
+GCGCACCAUCAGCUUGUUGGCGGGGUAACGGCCCACCAAGGCCUACGGUUAGCUGGUCUG
+AGAGGAUGACCAGCCCCACUGGGACUGAGAUACUGCCCAGACUCCUACGGGAGGCUGCAG
+UCGAGGAUCAUUUGCAAUGGGCGAAAGCCUGACAAUGCGACGCUGCGUGGAGGAUGAAGG
+CCUUCGGGUUGUAAACUCCUGUCAUAAGGGAACAGGCGAGGGUGCCCAACACGUACCCGA
+GUUGAGUGUACUUUAAGAGGAAGCGACGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>7 reference=AB675718.1.1400,EF679180.1.1505 amplicon=1..529,1..529 position=1..529
+AGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAGC
+GGCAGCGGGAAGUAGUUUACUACUUUGCCGGCGAGCGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGG
+GAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUGACCUCG
+CAAGAGCAAAGUGGGGGACCUUCGGGCCUCACGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAG
+CUAGUAGGUGGGGUAAUGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAC
+CAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAU
+UGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUGUGAAGAAGGCCUUCGGGUU
+GUAAAGCACUUUCAGCGAGGAGGAAGGCAGUCGUGUUAAUAGCACGAUUGAUUGACGUUA
+CUCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>8 reference=AB675718.1.1400,EF679180.1.1505 amplicon=1..529,1..529 position=1..529
+AGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAAC
+GGUAACAGGAAGCAGCUUGCUGCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGG
+GAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCG
+CAAGACCAAAGAGGGGGACCUUAGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAG
+CUAGUAGGUGGGGUAAUGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAC
+CAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAU
+UGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUGUGAAGAAGGCCUUCGGGUU
+GUAAAGCACUUUCAGCGAGGAGGAAGGCAGUCGUGUUAAUAGCACGAUUGAUUGACGUUA
+CUCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>9 reference=GU454949.1.1497 amplicon=1..519 position=1..519 description="Bacteria;Planctomycetes;Planctomycetacia;Planctomycetales;Planctomycetaceae;Planctomyces;uncultured bacterium"
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAAUGAACGUUGGCGGCGUGGAUUAGGCAUGCAAGUCGCAC
+GAGAACCCCGCAAGGGGGGACAGUGGCAAACGGCGUAGUAAGGCGUAGGUGACGUACCCC
+GAGGACCGGGAUAGCCACGGGAAACUGUGGGUAAUACCGGAUAAUUCCCCUCUGCUUGAA
+AAGGAGGGGGCAAAGGUGAGAGUCCGUCUUGGGAGCGGCUUACGUAGUAUUAGCUAGUUG
+GUGAGGUGACGGCUCACCAAGGCGAUGAUGCUUAGGGGGUGUUAGCGCAUGACCCCCACG
+ACUGGGACUGAGAUACUGCCCAGACACCUACGGGUGGCUGCAGUCGAGAAUCUUCGGCAA
+UGGGCGCAAGCCUGACCGAGCGACGCCGCGUGCGGGAUGAAGGCCCUUGGGUUGUAAACC
+GCUGUCAGAGGGGAUGAAAUGUAUGUGGGCACUCCCAUGUAUUUGACAUAGCCUCAGAGG
+AAGCACGGGCUAAGUUCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>10 reference=HQ241973.1.1404,CP001252.489659.491195 amplicon=1..523,1..531 position=1..523
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGUAGGCUUAACACAUGCAAGUCGUGC
+GAGAAAGUAUCUUCGGAUAUGAGUAGAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUAGGAAUCUA
+CCUAGUAGAAGGGGAUAGCCCGGGGAAACCCGGAUUAAUACCGUAUACCUCCUUCGGGAG
+AAAGAAGGCCUCUCUUUGAAGCUUUCGCUACUAGAUGAGCCUGCGUAAGAUUAGCUAGUU
+GGUGAGGUAAUGGCUCACCAAGGCUACGAUCUUUAGCUGGUCUGAGAGGACGAUCAGCCA
+CACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACA
+AUGGGGGAAACCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUGUGAAGAAGGCCUUCGGGUUGUAAAG
+CACUUUCAGUAGGGAGGAAAGGUAGCAGCUUAAUACGCUGUUGCUGUGACGUUACCUACA
+GAAGAAGGACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>11 reference=EU463666.1.1413,GQ903479.1.1528 amplicon=1..539,1..551 position=1..539
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUGGUAGCGUGGAUUAGGCAUGCAAGUCGAAC
+GGGAUCAACCGGUUAGCAAUAAUUGGUUGUGAGAGUGGCGGAUUGGGGAGGAACACGUGA
+ACAACCUGCCCUUGAGUUCGGGAAAACCAUUGGAAACGAUGGCUAAUACCGGAUGUGGCG
+UCUGAGGACAUCCUCGGAACGCUAAAGGGGGCCGCAAGGCUCCCGCUCAUCGAGGGGUUC
+GCGCACCAUCAGCUUGUUGGCGGGGUAACGGCCCACCAAGGCCUACGGUUAGCUGGUCUG
+AGAGGAUGACCAGCCCCACUGGGACUGAGAUACUGCCCAGACUCCCACGGGAGGCAGCAG
+UAGGGAAUCUUCCGCAAUGGACGAAAGUCUGACGGAGCAACGCCGCGUGAGUGAUGAAGG
+UUUUCGGAUCGUAAAACUCUGUUGUCAGGGAAGAACAAGUACGAUAGUAACUGAUCGUAC
+CUUGACGGUACCUGACCAGAAAGCCACGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>12 reference=AB675718.1.1400 amplicon=1..529 position=1..529 description="Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Enterobacteriales;Enterobacteriaceae;Enterobacter asburiae"
+AGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAAC
+GGUAACAGGAAGCAGCUUGCUGCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGG
+GAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCG
+CAAGACCAAAGAGGGGGACCUUAGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAG
+CUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAC
+CAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAU
+UGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUU
+GUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGCGAUAAGGUUAAUAACCUUGUCGAUUGACGUUA
+CCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>13 reference=EU463666.1.1413 amplicon=1..539 position=1..539 description="Bacteria;Lentisphaerae;Lentisphaeria;RFP12 gut group;uncultured bacterium"
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUGGUAGCGUGGAUUAGGCAUGCAAGUCGAAC
+GGGAUCAACCGGUUAGCAAUAAUUGGUUGUGAGAGUGGCGGAUUGGGGAGGAACACGUGA
+ACAACCUGCCCUUGAGUUCGGGAAAACCAUUGGAAACGAUGGCUAAUACCGGAUGUGGCG
+UCUGAGGACAUCCUCGGAACGCUAAAGGGGGCCGCAAGGCUCCCGCUCAUCGAGGGGUUC
+GCGCACCAUCAGCUUGUUGGCGGGGUAACGGCCCACCAAGGCCUACGGUUAGCUGGUCUG
+AGAGGAUGACCAGCCCCACUGGGACUGAGAUACUGCCCAGACUCCUACGGGAGGCUGCAG
+UCGAGGAUCAUUUGCAAUGGGCGAAAGCCUGACAAUGCGACGCUGCGUGGAGGAUGAAGG
+CCUUCGGGUUGUAAACUCCUGUCAUAAGGGAACAGGCGAGGGUGCCCAACACGUACCCGA
+GUUGAGUGUACUUUAAGAGGAAGCGACGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>14 reference=AB675718.1.1400 amplicon=1..529 position=1..529 description="Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Enterobacteriales;Enterobacteriaceae;Enterobacter asburiae"
+AGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAAC
+GGUAACAGGAAGCAGCUUGCUGCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGG
+GAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCG
+CAAGACCAAAGAGGGGGACCUUAGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAG
+CUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAC
+CAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAU
+UGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUU
+GUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGCGAUAAGGUUAAUAACCUUGUCGAUUGACGUUA
+CCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>15 reference=D63871.1.1531,GQ903479.1.1528 amplicon=10..512,1..551 position=1..531
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGACGAACGCUGGCGGCGUGCUUAACACAUGCAAGUCGAAC
+GAUGAACCGCUUUCGGGCGGGGAUUAGUGGCGAACGGGUGAGUAACACGUGGGCAACCUG
+CCUGUAAGACUGGGAUAACCCCGGGAAACCGGGGCUAAUACCGGAUAAUACUUUUCUUUG
+CAUAAAGGAAAGUUGAAAGGCGGUUUCGGCUGCCACUUACAGAUGGGCCCGCGGCGCAUU
+AGCUAGUUGGUGAGGUAAUAGCUCACCAAGGCGACGAUGCGUAGCCGACCUGAGAGGGUG
+AUCGGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCCACGGGAGGCAGCAGUAGGGAAU
+CUUCCGCAAUGGACGAAAGUCUGACGGAGCAACGCCGCGUGAGUGAUGAAGGUUUUCGGA
+UCGUAAAACUCUGUUGUCAGGGAAGAACAAGUACGAUAGUAACUGAUCGUACCUUGACGG
+UACCUGACCAGAAAGCCACGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>16 reference=GQ903479.1.1528 amplicon=1..551 position=1..551 description="Bacteria;Firmicutes;Bacilli;Bacillales;Bacillaceae;Oceanobacillus;Oceanobacillus sp. XJSL10-10"
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAGC
+GCAGGAAGCAAGCAGAUCCCCUUCGGGGGUGACGCUUGUGGAAUGAGCGGCGGACGGGUG
+AGUAACACGUGGGCAACCUGCCUGUAAGACUGGGAUAACCCCGGGAAACCGGGGCUAAUA
+CCGGAUAAUACUUUUCUUUGCAUAAAGGAAAGUUGAAAGGCGGUUUCGGCUGCCACUUAC
+AGAUGGGCCCGCGGCGCAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAUAGCUCACCAAGGCGACGAUGC
+GUAGCCGACCUGAGAGGGUGAUCGGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCCAC
+GGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCCGCAAUGGACGAAAGUCUGACGGAGCAACGCCGCGU
+GAGUGAUGAAGGUUUUCGGAUCGUAAAACUCUGUUGUCAGGGAAGAACAAGUACGAUAGU
+AACUGAUCGUACCUUGACGGUACCUGACCAGAAAGCCACGGCUAACUACGUGCCAGCAGC
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+>651 reference=CP002336.1144216.1145722 amplicon=9..497 position=1..489 description="Bacteria;Proteobacteria;Epsilonproteobacteria;Campylobacterales;Helicobacteraceae;Helicobacter;Helicobacter pylori SouthAfrica7"
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+>2626 reference=AB675718.1.1400 amplicon=1..529 position=1..529 description="Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Enterobacteriales;Enterobacteriaceae;Enterobacter asburiae"
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+GGUAACAGGAAGCAGCUUGCUGCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGG
+GAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCG
+CAAGACCAAAGAGGGGGACCUUAGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAG
+CUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAC
+CAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAU
+UGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUU
+GUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGCGAUAAGGUUAAUAACCUUGUCGAUUGACGUUA
+CCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUAC
+>4999 reference=CP002336.1144216.1145722 amplicon=9..497 position=1..489 description="Bacteria;Proteobacteria;Epsilonproteobacteria;Campylobacterales;Helicobacteraceae;Helicobacter;Helicobacter pylori SouthAfrica7"
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAAC
+GAUGAAAUUUCUAGCUUGCUAGAAGUGGAUUAGUGGCGCACGGGUGAGUAACGCAUAGGU
+UAUGUGCCUCUUAGUUUGGGAUAGCCAUUGGAAACGAUGAUUAAUACCAGAUACUCCCUA
+CGGGGGAAAGAUUUAUCGCUAAGAGAUCAGCCUAUGUCCUAUCAGCUUGUUGGUAAGGUA
+AUGGCUUACCAAGGCUAUGACGGGUAUCCGGCCUGAGAGGGUGAACGGACACACUGGAAC
+UGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUAGGGAAUAUUGCUCAAUGGGGGAA
+ACCCUGAAGCAGCAACGCCGCGUGGAGGAUGAAGGUUUUAGGAUUGUAAACUCCUUUUGU
+UAGAGAAGAUAAUGACGGUAUCUAACGAAUAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCG
+CGGUAAUAC
+>5000 reference=GQ903479.1.1528 amplicon=1..551 position=1..551 description="Bacteria;Firmicutes;Bacilli;Bacillales;Bacillaceae;Oceanobacillus;Oceanobacillus sp. XJSL10-10"
+AGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAGC
+GCAGGAAGCAAGCAGAUCCCCUUCGGGGGUGACGCUUGUGGAAUGAGCGGCGGACGGGUG
+AGUAACACGUGGGCAACCUGCCUGUAAGACUGGGAUAACCCCGGGAAACCGGGGCUAAUA
+CCGGAUAAUACUUUUCUUUGCAUAAAGGAAAGUUGAAAGGCGGUUUCGGCUGCCACUUAC
+AGAUGGGCCCGCGGCGCAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAUAGCUCACCAAGGCGACGAUGC
+GUAGCCGACCUGAGAGGGUGAUCGGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCCAC
+GGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCCGCAAUGGACGAAAGUCUGACGGAGCAACGCCGCGU
+GAGUGAUGAAGGUUUUCGGAUCGUAAAACUCUGUUGUCAGGGAAGAACAAGUACGAUAGU
+AACUGAUCGUACCUUGACGGUACCUGACCAGAAAGCCACGGCUAACUACGUGCCAGCAGC
+CGCGGUAAUAC
diff --git a/examples/run_test_examples_454.sh b/examples/run_test_examples_454.sh
new file mode 100755
index 0000000..6a4d8bc
--- /dev/null
+++ b/examples/run_test_examples_454.sh
@@ -0,0 +1,36 @@
+#!/bin/bash
+#454 test examples
+art_454=../art_454
+#art_454=../../bin/MacOS64/art_454
+#art_454=../../bin/Linux64/art_454
+
+# 1) simulation of 454 single-end reads at 10X coverage using the built-in 454 FLX read profile
+$art_454 -a -s ./testSeq.fa ./single_454_flx 10
+# convert an aln file to a bed file
+../aln2bed.pl single_454_flx.bed single_454_flx.aln
+
+# 2) simulation of 454 paried-end reads at 5X coverage with the mean fragment size 500
+# and standard deviation 20 using the built-in 454 FLX read profile
+$art_454 -a -s ./testSeq.fa ./paired_454_flx 5 500 20
+# convert both aln files to a bed file
+../aln2bed.pl paired_454_flx.bed paired_454_flx1.aln paired_454_flx2.aln
+
+# 3) simulation of 454 paried-end reads at 6X coverage with the mean fragment size 500
+# and standard deviation 20 using the built-in 454 FLX Titanium read profile
+$art_454 -a -s -t ./testSeq.fa ./paired_454_flxTitan 6 500 20
+# convert both aln files to a bed file
+../aln2bed.pl paired_454_flxTitan.bed paired_454_flxTitan1.aln paired_454_flxTitan2.aln
+
+# 4) 5' end amplicon sequencing with 10 single-end reads per amplicon
+$art_454 -a -s -A ./amplicon_reference.fa ./amp_single_454 10
+
+# 5) both 5' and 3' ends amplicon sequencing with 5 read pairs per amplicon
+$art_454 -a -s -B ./amplicon_reference.fa ./amp_paired_454 5
+
+# 6) used a fixed random seed to generate identical datasets
+$art_454 -a -s -r 777 ./testSeq.fa ./single_454_t1 10
+$art_454 -a -s -r 777 ./testSeq.fa ./single_454_t2 10
+# compare difference
+echo "compare difference of two simulation datasets"
+diff single_454_t1.sam single_454_t2.sam
+
diff --git a/examples/run_test_examples_SOLiD.sh b/examples/run_test_examples_SOLiD.sh
new file mode 100755
index 0000000..8a188ec
--- /dev/null
+++ b/examples/run_test_examples_SOLiD.sh
@@ -0,0 +1,40 @@
+#!/bin/bash
+#SOLiD test examples
+
+art_SOLiD=../art_SOLiD
+map2bed=../map2bed.pl
+#art_SOLiD=../../bin/MacOS64/art_SOLiD
+
+# 1) singl-end 25bp reads simulation at 10X coverage
+$art_SOLiD -s testSeq.fa ./single_dat 25 10
+echo "convert a map file to a UCSC BED file"
+echo "$map2bed single_dat.bed single_dat.map"
+$map2bed single_dat.bed single_dat.map
+
+# 2) using user's read error profile for singl-end 75bp reads simulation at 20X coverage
+$art_SOLiD -s -p ../SOLiD_profiles/profile_pseudo ./testSeq.fa ./dat_userProfile 75 20
+# 3) matepair 35bp (F3-R3) reads simulation at 20X coverage with DNA MEAN fragment size 2000bp and STD 50
+$art_SOLiD -s testSeq.fa ./matepair_dat 35 20 2000 50
+echo "convert two map files to a UCSC BED file"
+echo "$map2bed maptepair.bed matepair_dat1.map matepair_dat2.map"
+$map2bed matepair.bed matepair_dat_R3.map matepair_dat_F3.map
+
+# 4) matepair reads simulation with a fixed random seed
+$art_SOLiD -r 777 -s testSeq.fa ./matepair_fs1 50 10 1500 50
+$art_SOLiD -r 777 -s testSeq.fa ./matepair_fs2 50 10 1500 50
+echo "compare two simulation datasets"
+diff matepair_fs1.sam matepair_fs2.sam
+
+# 5) paired-end reads (75bp F3, 35bp F5) simulation with the MEAN fragment size 250 and STD 10 at 20X coverage
+$art_SOLiD -s testSeq.fa ./paired_dat 75 35 50 250 10
+
+# 6) amplicon sequencing with 25bp single-end reads at 100 reads per amplicon
+$art_SOLiD -A s -s amplicon_reference.fa ./amp_single 25 100
+
+# 7) amplicon sequencing with 50bp matepair reads at 80 read pairs per amplicon
+$art_SOLiD -A m -s amplicon_reference.fa ./amp_matepair 50 80
+
+# 8) amplicon sequencing with paired-end reads (35bp F3, 25bp F5 reads) at 50 pairs per amplicon
+$art_SOLiD -A p -s amplicon_reference.fa ./amp_paired 35 25 50
+
+
diff --git a/examples/run_test_examples_illumina.sh b/examples/run_test_examples_illumina.sh
new file mode 100755
index 0000000..3a86f20
--- /dev/null
+++ b/examples/run_test_examples_illumina.sh
@@ -0,0 +1,57 @@
+#!/bin/bash
+#illumina test examples
+art=../art_illumina
+#art=../../bin/MacOS64/art_illumina
+
+# 1) simulation of single-end reads of 35bp with 10X using the built-in combined quality profile
+$art -i ./testSeq.fa -o ./single_end_com -l 35 -f 10 -sam
+#convert an aln file to a bed file
+../aln2bed.pl single_end_com.bed single_end_com.aln
+
+# 2) simulation of single-end reads of 35bp with 10X using the built-in seperated quality profiles for A, C, G, and T
+$art -i ./testSeq.fa -o ./single_end_sep -l 35 -f 10 -sp -sam
+#convert an aln file to a bed file
+../aln2bed.pl single_end_sep.bed single_end_sep.aln
+
+# 3) simulation of paired-end reads of 150bp with the mean fragment size 500 and standard deviation 10
+# using the built-in combined read quality profiles
+$art -i ./testSeq.fa -o ./paired_end_com -ss HS25 -l 150 -f 10 -p -m 500 -s 10 -sam
+#convert both aln files to a bed file
+../aln2bed.pl paired_end_com.bed paired_end_com1.aln paired_end_com2.aln
+
+# 4) simulation of paired-end reads of 100bp with the mean fragment size 500 and standard deviation 10
+# using the built-in seperated quality profiles for A, C, G, and T
+$art -i ./testSeq.fa -o ./paired_end_sep -ss HS20 -l 100 -f 10 -p -m 500 -s 10 -sp -sam
+#convert both aln files to a bed file
+../aln2bed.pl paired_end_sep.bed paired_end_sep1.aln paired_end_sep2.aln
+
+# 5) simulation of mate-pair reads of 100bp with the mean fragment size 2500 and standard deviation 50
+# using the built-in combined read quality profiles
+$art -i ./testSeq.fa -o ./matepair_com -ss HS20 -l 100 -f 10 -p -m 2500 -s 50 -sam
+#convert both aln files to a bed file
+../aln2bed.pl matepair_com.bed matepair_com1.aln matepair_com2.aln
+
+# 6) amplicaton read simulation: generate two 100bp single-end reads from 5' end for each amplicon reference
+$art -i ./amplicon_reference.fa -amp -o ./amp_5_end_com -l 100 -f 2 -sam
+#convert both aln files to a bed file
+../aln2bed.pl amp_5_end_com.bed amp_5_end_com.aln
+
+# 7) amplicaton read simulation: generate one 100bp paired-end reads from both ends for each amplicon reference
+$art -i ./amplicon_reference.fa -amp -o ./amp_pair -p -l 100 -f 1 -sam
+#convert both aln files to a bed file
+../aln2bed.pl amp_pair.bed amp_pair1.aln amp_pair2.aln
+
+# 8) amplicaton read simulation: generate one 100bp matepair reads from both ends for each amplicon reference
+$art -i ./amplicon_reference.fa -amp -o ./amp_matepair -mp -l 100 -f 1 -sam
+#convert both aln files to a bed file
+../aln2bed.pl amp_matepair.bed amp_matepair1.aln amp_matepair2.aln
+
+# 9) generate two identical simulation datasets with a fixed random seed
+$art -i ./testSeq.fa -rs 777 -o ./paired_end_com_f1 -l 100 -f 10 -p -m 500 -s 10 -sam
+$art -i ./testSeq.fa -rs 777 -o ./paired_end_com_f2 -l 100 -f 10 -p -m 500 -s 10 -sam
+
+# 10) reduce the sequencing error rate to one 10th of the default profile for a paired-end read simulation
+$art -i ./testSeq.fa -qs 10 -qs2 10 -o ./paired_end_com_f1 -l 100 -f 10 -p -m 500 -s 10 -sam
+
+# 11) turn off the masking of 'N' genomic regions
+$art -nf 0 -i ./testSeq.fa -o ./paired_nomask -l 100 -f 10 -p -m 500 -s 10 -sam
diff --git a/examples/testSeq.fa b/examples/testSeq.fa
new file mode 100644
index 0000000..da31b93
--- /dev/null
+++ b/examples/testSeq.fa
@@ -0,0 +1,209 @@
+>seq1
+gcaggcggatcacgaggttgggagatcgagaccatcctggctaacggtga
+aaccccgtctctactgaaaaatacaaaaaaaaattagccgggcgtggtgc
+tgggcacctgtagtcccagctactcgggaggctgaggaaggagaatggcg
+tgaacctgggcggtggagcttgcagtgagctgagatcacgccactgcact
+ccagcctgggcgacagagcgagattccatctcaaaaaaaaaaaaaaaagg
+cctcccctgcttgccacaggtctccccaaggcgcactggcctcatcttgg
+gcctgtgttatctcctaggttggctctgactgtaccaccatccactacaa
+ctacatgtgtaacagttcctgcatgggcggcatgaaccggaggcccatcc
+tcaccatcatcacactggaagactccaggtcaggagccacttgccaccct
+gcacactggcctgctgtgccccagcctctgcttgcctctgacccctgggc
+ccacctcttaccgatttcttccatactactacccatccacctctcatcac
+atccccggcggggaatctccttactgctcccactcagttttcttttctct
+ggctttgggacctcttaacctgtggcttctcctccacctacctggagctg
+gagcttaggctccagaaaggacaagggtggttgggagtagatggagcctg
+gttttttaaatgggacaggtaggacctgatttccttactgcctcttgctt
+ctcttttcctatcctgagtagtggtaatctactgggacggaacagctttg
+aggtgcgtgtttgtgcctgtcctgggagagaccggcgcacagaggaagag
+aatctccgcaagaaaggggagcctcaccacgagctgcccccagggagcac
+taagcgaggtaagcaagcaggacaagaagcggtggaggagaccaagggtg
+cagttatgcctcagattcacttttatcacctttccttgcctctttcctag
+cactgcccaacaacaccagctcctctccccagccaaagaagaaaccactg
+gatggagaatatttcacccttcaggtactaagtcttgggacctcttatca
+agtggaaagtttccagtctaacactcaaaatgccgttttcttcttgactg
+ttttacctgcaattggggcatttgccatcagggggcagtgatgcctcaaa
+gacaatggctcctggttgtagctaactaacttcagaacaccaacttatac
+cataatatatattttaaaggaccagaccagctttcaaaaagaaaattgtt
+aaagagagcatgaaaatggttctatgactttgcctgatacagatgctact
+tgacttacgatggtgttacttcctgataaactcgtcgtaagttgaaaata
+ttgtaagttgaaaatggatttaatacacctaatctaaggaacatcatagc
+ttagcctagcctgctttttttttttttttttttggagacagagtctcact
+ctgtcacccaggctggagtgcagtggcgggatctcggctcactgcaacct
+ccgccttctgggttcaagcgattctcctgcctcagcccactgagtagctg
+ggattacaggcacctgccccgacgcccagctaattttttgttatttattt
+atttttttttttagtagagatgaggtttcaccatgttggccaggctagtc
+tcgaactcctgaccttgtgatctgcctgccttggcctcccaaagtgctgg
+gattacaggcgtgagccaccgcacccggcctgcctagcctacttttattt
+tatttttaatggagacagcatcttgctctgttgcccaggctggattacag
+tgatgtgatcatagctcattataccctcctgggctcaagcaatcccccta
+actctgcctccccagtagctaggaccacaggcatacaccaccatacccag
+ctaatttttaaaattttttgtagatagatagagtctcactatgttgccca
+ggctggtctctagcctacttttttgagacaaggtcttgctctgtcaccca
+ggctggatagagtgcagtagtgcagtcacagctcactgcagcctccacct
+cccaggctccatccatcctcccagctcagcctcccaagttgcttcaacta
+caggcctgcaccaccatgcctggctaatttttatttatttatttttattt
+tattttattttatttttttgagactcagtctcactctgtcgcccaggctg
+gagtgcagtggcatgatctcggctcactgcaacctctgcctcctgggttc
+aagtgattctcctgcctcagcctcccgaatagctaggactacaagcgcct
+gctaccacgcccagctaatttttgtatttttagtagagacagggtttcac
+catgttggccaggctggtctcgaacttctgaccatgtgatccgcccgcct
+cggcctcccaaagtgctgggattacaggtgtgagccaccacgcccggcta
+atttttatttatttatttaaagacagagtctcactctgtcactcaggcta
+gagtgcagtggcaccatctcagctcactgcagccttgacctccctgggct
+ccggtgatttcaccctcccaagtagctaggactacaggcacatgccacga
+cacccagctaattttttattttctgtgaagtcaaggtcttgctacgttgc
+ccatgctggtatcaaacccctgggctcaatcaatccttccacctcagcct
+ccccaagtattggggttacaggcatgagctaccacactcagccctagcct
+acttgaaacgtgttcagagcatttaagttaccctacagttgggcaaagtc
+atctaacacaaagccctttttatagtaataaaatgttgtatatctcatgt
+gatttattgaatattgttactgaaagtgagaaacagcatggttgcatgaa
+aggaggcacagtcgagccaggcacagcctgggcgcagagcgagactcaaa
+aaaagaaaaggccaggcgcactggctcacgcctgtaatcccagcatttcg
+ggaggctgaggcgggtggatcacctgaggtcaggagttcaagaccagcct
+agccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaatacaaaaattaaccggg
+cgtgatggcaggtgcctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcagga
+gaatcgcttgaaccaggaggcggaggttgcagggagccaagatggcgcca
+ctgcactccagcctgggcgatagagtgagactccgtctcagaaaaaaaag
+aaaagaaacgaggcacagtcgcatgcacatgtagtcccagttacttgaga
+ggctaaggcaggaggatctcttgagcccaagagtttgagtccagcctgaa
+caacatagcaagacatcatctctaaaatttaaaaaagggccgggcacagt
+ggctcacacctgtaatcccagcactttgggaggtggaggtgggtagatca
+cctgacgtcaggagttggaaaccagcctggctaacatggtgaagccccat
+ctctactaaaaacacaaaaattagccaggtgtggtagcacacgcctgtag
+tcccagctactcgggaggctgaggcacaagaatcacttgaaccccagagg
+cggagattgcaatcagccaagattgcaccattgcactcccgcctgggcaa
+cagagtgagaccccatctcaaaataaataaataaatatttttaaaagtca
+gctgtataggtacttgaagtgcagtttctactaaatgcatgttgcttttg
+taccgtcataaagtcaaacaattgtaacttgaaccatcttttaactcagg
+tactgtgtatatacttacttctccccctcctctgttgctgcagatccgtg
+ggcgtgagcgcttcgagatgttccgagagctgaatgaggccttggaactc
+aaggatgcccaggctgggaaggagccaggggggagcagggctcactccag
+gtgagtgacctcagccccttcctggccctactcccctgccttcctaggtt
+ggaaagccataggattccattctcatcctgccttcatggtcaaaggcagc
+tgaccccatctcattgggtcccagccctgcacagacatttttttagtctt
+cctccggttgaatcctataaccacattcttgcctcagtgtatccacagaa
+catccaaacccagggacgagtgtggatacttctttgccattctccgcaac
+tcccagcccagagctggagggtctcaaggaggggcctaataattgtgtaa
+tactgaatacagccagagtttcaggtcatatactcagccctgccatgcac
+cggcaggtcctaggtgacccccgtcaaactcagtttccttatatataaaa
+tggggtaagggggccgggcgcagtggctcacgaatcccacactctgggag
+gccaaggcgagtggatcacctgaggtcgggagtttgagcccagcctgacc
+aacatggagaaaccccatctctactaaaaatacaaaagtagccgggcgtg
+gtgatgcatgcctgtaatcccagctacctactcgggaggctgaggcagga
+gaatcgcttgaacccgggaggcagaggttgcggtgagctgagatctcacc
+attacactccagcctgggcaacaagagtgaaactccgtctcaaaaaagat
+aaataaagtaaaatggggtaagggaagattacgagactaatacacactaa
+tactctgaggtgctcagtaaacatatttgcatggggtgtggccaccatct
+tgatttgaattcccgttgtcccagccttaggcccttcaaagcattggtca
+gggaaaaggggcacagaccctctcactcatgtgatgtcatctctcctccc
+tgcttctgtctcctacagccacctgaagtccaaaaagggtcagtctacct
+cccgccataaaaaactcatgttcaagacagaagggcctgactcagactga
+cattctccacttcttgttccccactgacagcctcccacccccatctctcc
+ctcccctgccattttgggttttgggtctttgaacccttgcttgcaatagg
+tgtgcgtcagaagcacccaggacttccatttgctttgtcccggggctcca
+ctgaacaagttggcctgcactggtgttttgttgtggggaggaggatgggg
+agtaggacataccagcttagattttaaggtttttactgtgagggatgttt
+gggagatgtaagaaatgttcttgcagttaagggttagtttacaatcagcc
+acattctaggtaggggcccacttcaccgtactaaccagggaagctgtccc
+tcactgttgaattttctctaacttcaaggcccatatctgtgaaatgctgg
+catttgcacctacctcacagagtgcattgtgagggttaatgaaataatgt
+acatctggccttgaaaccaccttttattacatggggtctagaacttgacc
+cccttgagggtgcttgttccctctccctgttggtcggtgggttggtagtt
+tctacagttgggcagctggttaggtagagggagttgtcaagtctctgctg
+gcccagccaaaccctgtctgacaacctcttggtgaaccttagtacctaaa
+aggaaatctcaccccatcccacaccctggaggatttcatctcttgtatat
+gatgatctggatccaccaagacttgttttatgctcagggtcaatttcttt
+tttcttttttttttttttttttctttttctttgagactgggtctcgcttt
+gttgcccaggctggagtggagtggcgtgatcttggcttactgcagccttt
+gcctccccggctcgagcagtcctgcctcagcctccggagtagctgggacc
+acaggttcatgccaccatggccagccaacttttgcatgttttgtagagat
+ggggtctcacagtgttgcccaggctggtctcaaactcctgggctcaggcg
+atccacctgtctcagcctcccagagtgctgggattacaattgtgagccac
+cacgtccagctggaagggtcaacatcttttacattctgcaagcacatctg
+cattttcaccccacccttcccctccttctccctttttatatcccattttt
+atatcgatctcttattttacaataaaactttgctgccacctgtgtgtctg
+aggggtgaacgccagtgcaggctactggggtcagcaggtgcaggggtgag
+tgaggaggtgctgggaagcagccacctgagtctgcaatgagtgtgggctg
+gggggcccagtgcccgggttccgggaggggaacaaaggctggagactggg
+tcagtctgcgggctgcatgacaacaagggagggggtggctccattcataa
+ctcaggaaccaaccgtccctcctcccctccggccacggctggcacaaggt
+tctctccctcccctgcttctaggactgggctgcttccccctcggcagcct
+ctcaccaaggattacgggatttaaatgtctgatttagcaaggctgagcct
+ccagggtggccatctgctccatcagaaagtggcaggatacctgggttccc
+aaggggaacaggggtgggtgctactggatggagagaggccagtgggaggc
+ctgctagccagggtcccaggaaagtgggggcagctaaggtaagagtaggg
+gtgtggggctaggtccttcccagcatcccctcatcctgggcctcatgcca
+ggtagctgaatgaattgaagctttaaactctgccaggaaaacctttcaaa
+gggcttcttgggatagggaggagagtcgggttgaggagctcagtactgcc
+tgcccatgctcctcagggctgctggctcccagggaggggggctgggagca
+ggcaggctcttccccatcacccactgctctcttggagccagtgcttgaag
+gggcagtcagacatggcttgcccttcctcctccctggtggtggagatggg
+tgttagggtccagtgggtgctactgtccaggggggcttctggggccacca
+gcctgtcagctcatcaaccaggctgaaggtgcaagcaggagccccttgcc
+ttgccccaaggatcccagacagctatgaagccaccagccttcctgacctc
+aagaccaccttttttttttctctttcttactagggaatgccaaacactct
+ccccagg
+>seq2
+ctgtccccggacgatattgaacaatggttcactgaagacccaggtccaga
+tgaagctcccagaatgccagaggctgctccccccgtggcccctgcaccag
+cagctcctacaccggcggcccctgcaccagccccctcctggcccctgtca
+tcttctgtcccttcccagaaaacctaccagggcagctacggtttccgtct
+gggcttcttgcattctgggacagccaagtctgtgacttgcacggtcagtt
+gccctgaggggctggcttccatgagacttcaatgcctggccgtatccccc
+tgcatttcttttgtttggaactttgggattcctcttcaccctttggcttc
+ctgtcagtgtttttttatagtttacccacttaatgtgtgatctctgactc
+ctgtcccaaagttgaatattccccccttgaatttgggcttttatccatcc
+catcacaccctcagcatctctcctggggatgcagaacttttctttttctt
+catccacgtgtattccttggcttttgaaaataagctcctgaccaggcttg
+gtggctcacacctgcaatcccagcactctcaaagaggccaaggcaggcag
+atcacctgagcccaggagttcaagaccagcctgggtaacatgatgaaacc
+tcgtctctacaaaaaaatacaaaaaattagccaggcatggtggtgcacac
+ctatagtcccagccacttaggaggctgaggtgggaagatcacttgaggcc
+aggagatggaggctgcagtgagctgtgatcacaccactgtgctccagcct
+gagtgacagagcaagaccctatctcaaaaaaaaaaaaaaaaaagaaaagc
+tcctgaggtgtagacgccaactctctctagctcgctagtgggttgcagga
+ggtgcttacgcatgtttgtttctttgctgccgtcttccagttgctttatc
+tgttcacttgtgccctgactttcaactctgtctccttcctcttcctacag
+tactcccctgccctcaacaagatgttttgccaactggccaagacctgccc
+tgtgcagctgtgggttgattccacacccccgcccggcacccgcgtccgcg
+ccatggccatctacaagcagtcacagcacatgacggaggttgtgaggcgc
+tgcccccaccatgagcgctgctcagatagcgatggtgagcagctggggct
+ggagagacgacagggctggttgcccagggtccccaggcctctgattcctc
+actgattgctcttaggtctggcccctcctcagcatcttatccgagtggaa
+ggaaatttgcgtgtggagtatttggatgacagaaacacttttcgacatag
+tgtggtggtgccctatgagccgcctgaggtctggtttgcaactggggtct
+ctgggaggaggggttaagggtggttgtcagtggccctccaggtgagcagt
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+tgccatcagggggcagtgatgcctcaaagacaatggctcctggttgtagc
+taactaacttcagaacaccaacttataccataatatatattttaaaggac
+cagaccagctttcaaaaagaaaattgttaaagagagcatgaaaatggttc
+tatgactttgcctgatacagatgctacttgacttacgatggtgttacttc
+ctgataaactcgtcgtaagttgaaaatattgtaagttgaaaatggattta
+atacac
diff --git a/map2bed.pl b/map2bed.pl
new file mode 100755
index 0000000..cf5338a
--- /dev/null
+++ b/map2bed.pl
@@ -0,0 +1,58 @@
+#!/usr/bin/perl
+#convert ART's MAP format to the UCSC BED format
+#weichun huang at whduke at gmail.com
+use strict;
+my @mapFile=@ARGV;
+if(@ARGV<2){
+ print "map2bed converts ART's map files to a BED file\n\n";
+ print "USAGE: ";
+ print "$0 out_bed_file.bed in_map_file_1 [ in_map_file_2 ...]\n\n";
+ exit(1);
+}
+
+my $score=500; #all scores are 500.
+#bed file: ref_id st_pos end_pos read_id 500 strand
+my $bedFile=shift @mapFile;
+open(BED, ">$bedFile") or die $!;
+my %reflen;
+my $readlen=0;
+foreach my $af (@mapFile){
+ open(MAP, "<$af") or die $!;
+ my $i=0;
+ #read header
+ while (<MAP>){
+ chomp;
+ if($i==0){
+ if(!/^##ART_SOLiD\t\S+\t(\d+)/){
+ print STDERR "File $af is not an ART_SOLiD MAP file.\n Exit ...\n";
+ exit(1);
+ }
+ $readlen=$1;
+ $i=1;
+ }
+ elsif(/^\@SQ\t(\S+)\t(\d+)/){
+ $reflen{"$1"}=$2;
+ }
+ elsif(/^\@CM/){
+ next;
+ }
+ elsif(/^##Header\s+End/){
+ last;
+ }
+ }
+
+ #read aln records
+ while (<MAP>){
+ chomp;
+ next if(!/^\w/);
+ my ($ref_id, $read_id, $st_pos, $strand, @aa)=split /\t/;
+ if($strand eq "+"){
+ printf BED "%s\t%d\t%d\t%s\t%d\t%s\n", ($ref_id, $st_pos, $st_pos+$readlen, $read_id, $score, $strand);
+ }
+ else{
+ my $stop=$reflen{$ref_id}-$st_pos;
+ printf BED "%s\t%d\t%d\t%s\t%d\t%s\n", ($ref_id, $stop-$readlen, $stop, $read_id, $score, $strand);
+ }
+ }
+}
+
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