[med-svn] [trinityrnaseq] 02/04: Imported Upstream version 2.1.1+dfsg
Michael Crusoe
misterc-guest at moszumanska.debian.org
Fri Jan 29 21:54:41 UTC 2016
This is an automated email from the git hooks/post-receive script.
misterc-guest pushed a commit to branch master
in repository trinityrnaseq.
commit aa9701769e996ab02051e64bbca41ba2a7c5fe1c
Author: Michael R. Crusoe <crusoe at ucdavis.edu>
Date: Fri Jan 29 13:31:06 2016 -0800
Imported Upstream version 2.1.1+dfsg
---
.../deprecated/run_DESeq_all_vs_all.pl | 87 -
.../deprecated/run_DESeq_w_replicates.pl | 192 -
.../DifferentialExpression/deprecated/run_EdgeR.pl | 380 -
.../deprecated/run_EdgeR_wReplicates.pl | 157 -
.../deprecated/run_EdgeR_wReplicates_all_vs_all.pl | 87 -
.../summarize_stat_significant_results.pl | 74 -
Analysis/GenomeViewPlugin/test.html | 63 -
Analysis/GenomeViewPlugin/test_session.html | 63 -
.../GenomeViewPlugin/trinity_to_genomeview_html.pl | 124 -
Chrysalis/MakeDepend.dSYM/Contents/Info.plist | 20 -
.../Contents/Resources/DWARF/MakeDepend | Bin 960753 -> 0 bytes
galaxy-plugin/GauravGalaxy/analyze_diff_exp.xml~ | 41 -
hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.Trinity.conf | 7 -
hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.blast.conf | 7 -
hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.conf | 7 -
hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.regev.10.conf | 7 -
hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.regev.100.conf | 7 -
hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.regev.1000.conf | 7 -
hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.test.conf | 7 -
hpc_conf/deprecated/BroadInst_SGE.conf | 5 -
hpc_conf/deprecated/BroadInst_SGE.test.conf | 5 -
hpc_conf/deprecated/SLURM.FAS.conf | 7 -
.../example_DESeq2_analysis_pipeline/Makefile | 7 -
.../example_DESeq2_analysis_pipeline/cleanme.pl | 42 -
.../example_DESeq2_analysis_pipeline/counts.matrix | 80816 -------------------
.../example_DESeq2_analysis_pipeline/run_DESeq2.sh | 1 -
.../example_DESeq2_analysis_pipeline/samples.txt | 9 -
.../example_edgeR_analysis_pipeline/Makefile | 6 -
.../Trinity.fa.seqLens | 47999 -----------
.../__example_edgeR_output_dir/TMM_info.txt | 3 -
.../__example_edgeR_output_dir/__tmp_runTMM.R | 4 -
.../__tmp_run_edgeR.1820.R | 6 -
.../__tmp_targets.1820.dat | 3 -
.../__example_edgeR_output_dir/all_data_files.list | 3 -
.../__example_edgeR_output_dir/cysts.dat | 47999 -----------
.../example.matrix.normalized.FPKM | 48000 -----------
.../__example_edgeR_output_dir/myc.dat | 47999 -----------
.../__example_edgeR_output_dir/myc_vs_cysts.eps | 62775 --------------
.../myc_vs_cysts.results.txt | 12324 ---
.../example_edgeR_analysis_pipeline/cleanMe.sh | 2 -
.../example_edgeR_analysis_pipeline/example.matrix | 48000 -----------
.../example_edgeR_analysis_pipeline/runMe.sh | 1 -
.../deprecated/testEdgeRfuncs/Makefile | 6 -
.../deprecated/testEdgeRfuncs/cleanMe.sh | 1 -
.../deprecated/testEdgeRfuncs/dataA.dat | 47999 -----------
.../deprecated/testEdgeRfuncs/dataB.dat | 47999 -----------
.../deprecated/testEdgeRfuncs/runMe.sh | 1 -
.../testEdgeRfuncs/run_edgeR_on_sample_data.R | 7 -
.../deprecated/testEdgeRfuncs/targets.dat | 3 -
util/R/noiseq.r | 3312 -
util/deprecated/PairPathsToGraphDot.pl | 104 -
util/deprecated/RSEM_util/Nx_rsem_to_table.pl | 72 -
.../merge_RSEM_counts_and_labels_single_table.pl | 89 -
.../merge_RSEM_frag_counts_single_table.pl | 96 -
.../RSEM_util/merge_RSEM_output_to_matrix.pl | 142 -
.../RSEM_util/run_RSEM_align_n_estimate.pl | 318 -
util/deprecated/alignReads.pl | 1064 -
.../annot_genome_SAM_to_transcript_FPKM_simple.pl | 818 -
.../annot_genome_SAM_to_transcriptome_SAM.pl | 634 -
util/deprecated/blastn_illumina_to_SAM.pl | 199 -
util/deprecated/cigar_tweaker.pl | 92 -
util/deprecated/cmd_process_forker.pl | 222 -
util/deprecated/csfastX_to_defastA.pl | 191 -
util/deprecated/distribute_sam_aligned_reads.pl | 135 -
util/deprecated/eXpress_util/filter_contigs.py | 127 -
.../merge_eXpress_frag_counts_single_table.pl | 101 -
.../eXpress_util/run_eXpress_align_n_estimate.pl | 312 -
util/deprecated/eXpress_util/usage.txt | 48 -
util/deprecated/eXpress_util/use_express.py | 167 -
util/deprecated/fasta_to_deBruijn_graph.pl | 193 -
util/deprecated/purge_dir.pl | 36 -
util/deprecated/run_AllpathsLG_error_correction.pl | 170 -
util/deprecated/sort_fasta.sh | 16 -
util/deprecated/write_inchworm_cmds.pl | 36 -
74 files changed, 502063 deletions(-)
diff --git a/Analysis/DifferentialExpression/deprecated/run_DESeq_all_vs_all.pl b/Analysis/DifferentialExpression/deprecated/run_DESeq_all_vs_all.pl
deleted file mode 100755
index 1155c9a..0000000
--- a/Analysis/DifferentialExpression/deprecated/run_DESeq_all_vs_all.pl
+++ /dev/null
@@ -1,87 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env perl
-
-use strict;
-use warnings;
-
-use FindBin;
-
-my $usage = "usage: $0 samples_described.txt counts.matrix\n\n";
-
-my $samples_descr = $ARGV[0] or die $usage;
-my $counts_matrix = $ARGV[1] or die $usage;
-
-
-
-=example_samples_descr
-
-Adherent Adherent_1
-Adherent Adherent_2
-Adherent Adherent_3
-
-Aggregative Aggregative_1
-Aggregative Aggregative_2
-Aggregative Aggregative_3
-
-Floating Floating_1
-Floating Floating_2
-Floating Floating_3
-
-=cut
-
-
-main: {
-
-
- my %sample_name_to_reps;
-
- open (my $fh, $samples_descr) or die "Error, cannot open file $samples_descr";
- while (<$fh>) {
- chomp;
- unless (/\w/) { next; }
- my ($sample_name, $rep_name, @rest) = split(/\s+/);
- push (@{$sample_name_to_reps{$sample_name}}, $rep_name);
- }
- close $fh;
-
-
- my @samples = keys %sample_name_to_reps;
-
- for (my $i = 0; $i < $#samples; $i++) {
- my $sample_A = $samples[$i];
-
- my @reps_A = @{$sample_name_to_reps{$sample_A}};
-
- for (my $j = $i + 1; $j <= $#samples; $j++) {
- my $sample_B = $samples[$j];
-
- my @reps_B = @{$sample_name_to_reps{$sample_B}};
-
-
- ## run DESeq
- my $cmd = "$FindBin::Bin/run_DESeq_w_replicates.pl --counts_matrix $counts_matrix "
- . " --repA_name $sample_A --repA_list \"" . join(",", @reps_A) . "\" "
- . " --repB_name $sample_B --repB_list \"" . join(",", @reps_B) . "\" ";
-
- &process_cmd($cmd);
-
- }
- }
-
- exit(0);
-
-}
-
-####
-sub process_cmd {
- my ($cmd) = @_;
-
- print STDERR "CMD: $cmd\n";
- my $ret = system($cmd);
- if ($ret) {
- die "Error, cmd: $cmd died with ret $ret";
- }
-
- return;
-}
-
-
diff --git a/Analysis/DifferentialExpression/deprecated/run_DESeq_w_replicates.pl b/Analysis/DifferentialExpression/deprecated/run_DESeq_w_replicates.pl
deleted file mode 100755
index 5698f3e..0000000
--- a/Analysis/DifferentialExpression/deprecated/run_DESeq_w_replicates.pl
+++ /dev/null
@@ -1,192 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env perl
-
-use strict;
-use warnings;
-
-use Getopt::Long qw(:config no_ignore_case bundling pass_through);
-use File::Basename;
-
-use Data::Dumper;
-
-
-my $usage = <<_EOUSAGE_;
-
-#############################################################################################################
-#
-# --counts_matrix <string> fragment counts per feature (as estimated by RSEM)
-#
-# --repA_name <string> a name for condition A (anything will do)
-# --repA_list <string> comma-delmited list of column names corresponding to replicates of condition A
-#
-# --repB_name <string> a name for condition B
-# --repB_list <string> comma-delmited list of column names corresponding to replicates of condition B
-#
-#
-#
-##############################################################################################################
-
-
-
-_EOUSAGE_
-
- ;
-
-my $counts_matrix_file;
-
-my $repA_name;
-my $repA_list;
-
-my $repB_name;
-my $repB_list;
-
-
-&GetOptions ( 'counts_matrix=s' => \$counts_matrix_file,
-
- 'repA_name=s' => \$repA_name,
- 'repA_list=s' => \$repA_list,
-
- 'repB_name=s' => \$repB_name,
- 'repB_list=s' => \$repB_list,
-
- );
-
-
-unless ($counts_matrix_file
- && $repA_name && $repB_name
- && $repA_list && $repB_list) {
- die $usage;
-}
-
-unless ($repA_list =~ /,/) {
- die "Error, repA_list requires multiple column names";
-}
-unless ($repB_list =~ /,/) {
- die "Error, repB_list requires multiple column names";
-}
-
-
-main: {
-
- my @repA = split(/,/, $repA_list);
- my @repB = split(/,/, $repB_list);
- foreach my $rep (@repA, @repB) {
- $rep =~ s/\s+//g;
- }
-
- ## figure out column headers
- open (my $fh, $counts_matrix_file) or die "Error, cannot open file $counts_matrix_file";
- my $header = <$fh>;
- chomp $header;
- my @x = split(/\t/, $header);
- my %col_name_to_index;
- for (my $i = 1; $i <= $#x; $i++) {
- my $col_name = $x[$i];
- if (exists ($col_name_to_index{$col_name})) {
- die "Error, column headings must be unique";
- }
-
- $col_name_to_index{$col_name} = $i;
- }
- close $fh;
-
-
- ## verify column headings
- my @rep_indices;
- foreach my $rep (@repA, @repB) {
- if (my $col_no = $col_name_to_index{$rep}) {
- push (@rep_indices, $col_no);
- }
- else {
- die "Error, cannot locate heading \"$rep\" as a column header. Headers are: " . join(" ", keys %col_name_to_index) . " ";
- }
- }
-
-
- my $output_prefix = basename($counts_matrix_file) . "." . join("_vs_", sort ($repA_name, $repB_name));
-
- my $Rscript_name = "$output_prefix.DESeq.Rscript";
-
-
- my $num_rep_A = scalar(@repA);
- my $num_rep_B = scalar(@repB);
-
- ## write R-script to run DESeq
- open (my $ofh, ">$Rscript_name") or die "Error, cannot write to $Rscript_name";
-
- print $ofh "library(DESeq)\n";
- print $ofh "library(qvalue)\n";
- print $ofh "\n";
-
- ## write MA-plot function (got all this code from Zehua)
- print $ofh "# function: MA plot to show differential genes by a given q value cutoff\n";
- print $ofh "# genes meet the q value cutoff are in red;\n";
- print $ofh "# genes don't meet the q value cutoff but have log2(fold) greater than 2 are in blue;\n";
- print $ofh "# all other genes are in grey\n";
-
- # it's built-in now.
- print $ofh "plotMA <- function(res, qvalue) {\n";
- print $ofh "plot((log2(res\$baseMeanA)+log2(res\$baseMeanB))/2, res\$log2FoldChange, pch=20, cex=.4, xlab=\"A\", ylab=\"M\", col=ifelse(res\$padj<qvalue & (res\$log2FoldChange > 1 | res\$log2FoldChange < -1), \"red\", ifelse(res\$log2FoldChange > 2 | res\$log2FoldChange < -2, \"blue\", \"dark grey\")), main=title, cex.main=1.5, cex.lab=1.2)\n";
-
- print $ofh "points(c(-5,20), c(1,1), type=\"l\", col=\"dark grey\")\n";
- print $ofh "points(c(-5,20), c(-1,-1), type=\"l\", col=\"dark grey\")\n";
- print $ofh "points(c(-5,20), c(2,2), type=\"l\", col=\"dark grey\")\n";
- print $ofh "points(c(-5,20), c(-2,-2), type=\"l\", col=\"dark grey\")\n";
- print $ofh "}\n";
-
- print $ofh "data = read.table(\"$counts_matrix_file\", header=T, row.names=1)\n";
- print $ofh "col_ordering = c(" . join(",", @rep_indices) . ")\n";
- print $ofh "rnaseqMatrix = data[,col_ordering]\n";
- print $ofh "rnaseqMatrix = round(rnaseqMatrix)\n";
- print $ofh "conditions = factor(c(rep(\"$repA_name\", $num_rep_A), rep(\"$repB_name\", $num_rep_B)))\n";
- print $ofh "\n";
- print $ofh "exp_study = newCountDataSet(rnaseqMatrix, conditions)\n";
- print $ofh "exp_study = estimateSizeFactors(exp_study)\n";
- print $ofh "sizeFactors(exp_study)\n";
- #print $ofh "exp_study = estimateVarianceFunctions(exp_study)\n";
- print $ofh "exp_study = estimateDispersions(exp_study, sharingMode=\"gene-est-only\")\n";
- print $ofh "str(fitInfo(exp_study))\n";
- #print $ofh "plotDispEsts(exp_study)\n";
- print $ofh "\n";
- print $ofh "res = nbinomTest(exp_study, \"$repA_name\", \"$repB_name\")\n";
- print $ofh "\n";
-
- print $ofh "# Adding Qvalues\n";
- print $ofh "p = res\$pval\n";
- print $ofh "p[is.na(p)]=1\n";
- print $ofh "q = qvalue(p=p)\n";
- print $ofh "res = cbind(res, q\$qvalues)\n";
-
-
- ## output results
- print $ofh "write.table(res[order(res\$pval),], file=\'$output_prefix.DESeq.output\', sep='\t', quote=FALSE, row.names=FALSE)\n";
-
- ## make MA plot
- print $ofh "postscript(file=\"$output_prefix.DESeq.MAplot.eps\", horizontal=FALSE, width=7, height=7, paper=\"special\")\n";
- print $ofh "title=\"$repA_name vs. $repB_name\"\n";
- print $ofh "qvalue=0.05\n";
- print $ofh "plotMA(res, qvalue)\n";
- print $ofh "dev.off()\n";
-
- close $ofh;
-
- ## Run R-script
- my $cmd = "R --vanilla -q < $Rscript_name";
- &process_cmd($cmd);
-
- exit(0);
-}
-
-####
-sub process_cmd {
- my ($cmd) = @_;
-
- print STDERR "CMD: $cmd\n";
- my $ret = system($cmd);
- if ($ret) {
- die "Error, cmd: $cmd died with ret $ret";
- }
-
- return;
-}
-
-
diff --git a/Analysis/DifferentialExpression/deprecated/run_EdgeR.pl b/Analysis/DifferentialExpression/deprecated/run_EdgeR.pl
deleted file mode 100755
index 91115d3..0000000
--- a/Analysis/DifferentialExpression/deprecated/run_EdgeR.pl
+++ /dev/null
@@ -1,380 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env perl
-
-use strict;
-use warnings;
-use Carp;
-use Getopt::Long qw(:config no_ignore_case bundling);
-use Cwd;
-use FindBin;
-use File::Basename;
-use lib ("$FindBin::Bin/../../PerlLib");
-use Fasta_reader;
-
-my $usage = <<__EOUSAGE__;
-
-
-
-#################################################################################################
-#
-# Required:
-#
-# --matrix <string> matrix of raw read counts (not normalized!)
-# --transcript_lengths <string> extracted from RSEM.isoforms.results file like so: cat RSEM.isoforms.results | cut -f1,3,4 > lengths.txt
-#
-# Optional:
-#
-# --reference <string> specify a reference column to which the others should be compared.
-#
-# --output name of directory to place outputs (default: edgeR.\$pid.dir)
-#
-# --just_TMM just do the TMM normalization, don't run the edgeR comparisons.
-#
-# --dispersion edgeR dispersion value (default: 0.1) set to 0 for poisson (sometimes breaks...)
-#
-# --FDR false discovery rate (default: 0.05)
-#
-# --no_eff_length use total transcript length instead of effective transcript length.
-#
-################################################################################################
-
-
-
-
-__EOUSAGE__
-
-
- ;
-
-
-
-my $matrix_file;
-my $reference;
-my $help_flag;
-my $output_dir;
-my $JUST_TMM;
-my $transcript_lengths_file;
-my $NO_EFF_LENGTH;
-
-my $dispersion = 0.1;
-my $FDR = 0.05;
-
-&GetOptions ( 'h' => \$help_flag,
- 'matrix=s' => \$matrix_file,
- 'transcript_lengths=s' => \$transcript_lengths_file,
- 'reference=s' => \$reference,
- 'output=s' => \$output_dir,
- 'just_TMM' => \$JUST_TMM,
- 'dispersion=f' => \$dispersion,
- 'FDR=f' => \$FDR,
- 'no_eff_length' => \$NO_EFF_LENGTH,
- );
-
-
-if ($help_flag) {
- die $usage;
-}
-
-
-unless ($matrix_file && $transcript_lengths_file) {
- die $usage;
-}
-
-
-
-main: {
-
- my %trans_lengths = &get_transcript_lengths($transcript_lengths_file, $NO_EFF_LENGTH);
-
- #use Data::Dumper;
- #print Dumper(\%trans_lengths);
-
- if ($matrix_file !~ /^\//) {
- ## make full path
- $matrix_file = cwd() . "/$matrix_file";
- }
-
- my $edgeR_dir = $output_dir || "edgeR.$$.dir";
- mkdir($edgeR_dir) or die "Error, cannot mkdir $edgeR_dir";
- chdir $edgeR_dir or die "Error, cannot cd to $edgeR_dir";
-
-
-
- my %filenames = &prepare_edgeR_inputs($matrix_file);
- my @cols = keys %filenames;
-
- my $tmm_info_file = &run_TMM(\%filenames); ## compute effective library sizes, not used directly here, but will be used in other apps.
-
- my $fpkm_matrix_file = &write_normalized_fpkm_file($matrix_file, $tmm_info_file, \%trans_lengths);
-
- if ($JUST_TMM) {
- print STDERR "-only running TMM, not identifying diff. expressed genes. Stopping now.\n";
- exit(0);
- }
-
-
-
- my @comparisons;
-
- if ($reference) {
-
- my @comparators = grep { $_ ne $reference } @cols;
-
- foreach my $comparator (@comparators) {
- my $result_file = &run_edgeR($reference, $comparator, \%filenames);
- push (@comparisons, [$reference, $comparator, $result_file]);
- }
- }
- else {
- ## running all-vs-all
-
- for (my $i = 0; $i < $#cols; $i++) {
-
-
- for (my $j = $i + 1; $j <= $#cols; $j++) {
-
-
- my $result_file = &run_edgeR($cols[$i], $cols[$j], \%filenames);
- push (@comparisons, [$cols[$i], $cols[$j], $result_file]);
- }
- }
- }
-
-
- ## Summarize all results from the pairwise comparisons in a single output file.
-
- open (my $ofh, ">all_diff_expression_results.txt") or die $!;
-
- foreach my $comparison (@comparisons) {
- my ($sampleA, $sampleB, $result_file) = @$comparison;
- open (my $fh, $result_file) or die $!;
- my $header = <$fh>;
- print $ofh "#sampleA\tsampleB\ttranscript\t$header";
- while (<$fh>) {
- print $ofh join("\t", $sampleA, $sampleB, $_);
- }
- close $fh;
- }
- close $ofh;
-
- print STDERR "\n\nAll diff expressed results written to: all_diff_expression_results.txt\n\n";
-
- ## Generate diff expression report summary
-
-
- exit(0);
-}
-
-
-####
-sub prepare_edgeR_inputs {
- my ($matrix_file) = @_;
-
- open (my $fh, $matrix_file) or die $!;
- my $col_header = <$fh>;
- chomp $col_header;
-
- my @cols = split(/\t/, $col_header);
- shift @cols; # rid gene name
-
- my %fhs;
- my %filenames;
- foreach my $col (@cols) {
- my $colname = $col;
- $colname =~ s/\W/_/g;
- my $dat_file = "$colname.dat";
- open (my $ofh, ">$dat_file") or die "Error, cannot write to $dat_file";
- $fhs{$col} = $ofh;
- $filenames{$col} = $dat_file;
- }
-
- while (<$fh>) {
- chomp;
- my @x = split(/\t/);
- my $gene_name = shift @x;
- foreach my $col (@cols) {
- my $ofh = $fhs{$col};
- my $val = shift @x;
- print $ofh "$gene_name\t$val\n";
- }
- }
- close $fh;
-
- foreach my $ofh (values %fhs) {
- close $ofh;
- }
-
- return(%filenames);
-}
-
-
-
-####
-sub run_TMM {
- my ($filenames_href) = @_;
-
- my $data_file_list = "all_data_files.list";
- open (my $ofh, ">$data_file_list") or die $!;
- print $ofh "files\tgroup\tdescription\n";
-
- foreach my $col (keys %$filenames_href) {
- my $filename = $filenames_href->{$col};
-
- print $ofh join("\t", $filename, $col, "$col sample") . "\n";
- }
- close $ofh;
-
- my $tmm_norm_script = "__tmp_runTMM.R";
- open ($ofh, ">$tmm_norm_script") or die "Error, cannot write to $tmm_norm_script";
- print $ofh "source(\"$FindBin::Bin/R/edgeR_funcs.R\")\n";
- print $ofh "myDGEList = target_list_file_to_DGEList(\"$data_file_list\")\n";
- print $ofh "myDGEList\$samples\$eff.lib.size = myDGEList\$samples\$lib.size * myDGEList\$samples\$norm.factors\n";
- print $ofh "write.table(myDGEList\$samples, file=\"TMM_info.txt\", quote=F, sep=\"\\t\", row.names=F)\n";
-
- close $ofh;
-
- &process_cmd("R --vanilla -q < $tmm_norm_script");
-
- return("TMM_info.txt");
-
-}
-
-
-
-####
-sub run_edgeR {
- my ($col_A, $col_B, $filenames_href) = @_;
-
- my $R_script = "__tmp_run_edgeR.$$.R";
- my $target_file = "__tmp_targets.$$.dat";
-
- my $compare_name = "${col_A}_vs_${col_B}";
-
- open (my $ofh, ">$target_file") or die "Error, cannot write to $target_file";
- print $ofh "files\tgroup\tdescription\n";
- print $ofh join("\t", $filenames_href->{$col_A}, $col_A, "$col_A sample") . "\n";
- print $ofh join("\t", $filenames_href->{$col_B}, $col_B, "$col_B sample") . "\n";
- close $ofh;
-
- open ($ofh, ">$R_script") or die "Error, cannot write $R_script";
- print $ofh "source(\"$FindBin::Bin/R/edgeR_funcs.R\")\n";
- print $ofh "myDGEList = target_list_file_to_DGEList(\"$target_file\")\n";
- print $ofh "postscript(\"$compare_name.eps\")\n";
- print $ofh "top_entries_table = edgeR_DE_analysis(myDGEList, dispersion=$dispersion, FDR=$FDR); # set dispersion to zero for Poisson-equivalent results.\n";
- print $ofh "dev.off()\n";
- print $ofh "write.table(top_entries_table, quote=F, file=\"$compare_name.results.txt\", sep=\"\\t\")\n";
-
- close $ofh;
-
- my $cmd = "R --vanilla -q < $R_script";
- &process_cmd($cmd);
-
-
- return ("$compare_name.results.txt");
-}
-
-
-####
-sub process_cmd {
- my ($cmd) = @_;
-
- print "CMD: $cmd\n";
- my $ret = system($cmd);
-
- if ($ret) {
- die "Error, cmd: $cmd died with ret ($ret) ";
- }
-
- return;
-}
-
-####
-sub write_normalized_fpkm_file {
- my ($matrix_file, $tmm_info_file, $seq_lengths_href) = @_;
-
- my %col_to_eff_lib_size;
- open (my $fh, $tmm_info_file) or die "Error, cannot open file $tmm_info_file";
-
- my $header = <$fh>;
- while (<$fh>) {
- chomp;
- my @x = split(/\t/);
- my ($col, $eff_lib_size) = ($x[1], $x[5]);
- $col_to_eff_lib_size{$col} = $eff_lib_size;
- }
- close $fh;
-
- my $normalized_fpkm_file = "matrix.TMM_normalized.FPKM";
- open (my $ofh, ">$normalized_fpkm_file") or die "Error, cannot write to file $normalized_fpkm_file";
-
-
- open ($fh, $matrix_file);
- $header = <$fh>;
- print $ofh $header;
- chomp $header;
- my @pos_to_col = split(/\t/, $header);
-
- while (<$fh>) {
- chomp;
- my @x = split(/\t/);
- my $gene = $x[0];
- my $seq_len = $seq_lengths_href->{$gene} or die "Error, no seq length for $gene";
-
- print $ofh $gene;
- for (my $i = 1; $i <= $#x; $i++) {
- my $col = $pos_to_col[$i];
- my $eff_lib_size = $col_to_eff_lib_size{$col} or die "Error, no eff lib size for $col";
-
- my $read_count = $x[$i];
-
- #print STDERR "gene: $gene, read_count: $read_count, seq_len: $seq_len, eff_lib_size: $eff_lib_size\n";
- my $fpkm = ($seq_len > 0)
- ? $read_count / ($seq_len / 1e3) / ($eff_lib_size / 1e6)
- : 0;
-
- $fpkm = sprintf("%.2f", $fpkm);
-
- print $ofh "\t$fpkm";
- }
- print $ofh "\n";
- }
- close $ofh;
-
- return($normalized_fpkm_file);
-
-}
-
-####
-sub get_transcript_lengths {
- my ($file, $no_eff_len) = @_;
-
- my %trans_lengths;
-
- open (my $fh, $file) or die "Error, cannot open file $file";
- while (<$fh>) {
- chomp;
- my @x = split(/\t/);
- if ($x[2] !~ /^[\d\.]+$/) {
- print STDERR "Skipping line: $_\n";
- next;
- }
-
-
- unless (scalar @x == 3) {
- die "Error, unexpected format of file: $file, should contain format:\n"
- . "accession(tab)length(tab)effective_length\n";
- }
-
- my ($acc, $len, $eff_len) = @x;
-
- my $len_use = ($no_eff_len) ? $len : $eff_len;
-
- $trans_lengths{$acc} = $len_use;
-
- }
- close $fh;
-
- return(%trans_lengths);
-
-}
-
-
diff --git a/Analysis/DifferentialExpression/deprecated/run_EdgeR_wReplicates.pl b/Analysis/DifferentialExpression/deprecated/run_EdgeR_wReplicates.pl
deleted file mode 100755
index bd6f3d4..0000000
--- a/Analysis/DifferentialExpression/deprecated/run_EdgeR_wReplicates.pl
+++ /dev/null
@@ -1,157 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env perl
-
-use strict;
-use warnings;
-
-use Getopt::Long qw(:config no_ignore_case bundling pass_through);
-use File::Basename;
-
-use Data::Dumper;
-
-
-my $usage = <<_EOUSAGE_;
-
-#############################################################################################################
-#
-# --counts_matrix <string> fragment counts per feature (as estimated by RSEM)
-#
-# --repA_name <string> a name for condition A (anything will do)
-# --repA_list <string> comma-delmited list of column names corresponding to replicates of condition A
-#
-# --repB_name <string> a name for condition B
-# --repB_list <string> comma-delmited list of column names corresponding to replicates of condition B
-#
-#
-#
-##############################################################################################################
-
-
-
-_EOUSAGE_
-
- ;
-
-my $counts_matrix_file;
-
-my $repA_name;
-my $repA_list;
-
-my $repB_name;
-my $repB_list;
-
-
-&GetOptions ( 'counts_matrix=s' => \$counts_matrix_file,
-
- 'repA_name=s' => \$repA_name,
- 'repA_list=s' => \$repA_list,
-
- 'repB_name=s' => \$repB_name,
- 'repB_list=s' => \$repB_list,
-
- );
-
-
-unless ($counts_matrix_file
- && $repA_name && $repB_name
- && $repA_list && $repB_list) {
- die $usage;
-}
-
-unless ($repA_list =~ /,/) {
- die "Error, repA_list requires multiple column names";
-}
-unless ($repB_list =~ /,/) {
- die "Error, repB_list requires multiple column names";
-}
-
-
-main: {
-
- my @repA = split(/,/, $repA_list);
- my @repB = split(/,/, $repB_list);
- foreach my $rep (@repA, @repB) {
- $rep =~ s/\s+//g;
- }
-
- ## figure out column headers
- open (my $fh, $counts_matrix_file) or die "Error, cannot open file $counts_matrix_file";
- my $header = <$fh>;
- chomp $header;
- my @x = split(/\t/, $header);
- my %col_name_to_index;
- for (my $i = 1; $i <= $#x; $i++) {
- my $col_name = $x[$i];
- if (exists ($col_name_to_index{$col_name})) {
- die "Error, column headings must be unique";
- }
-
- $col_name_to_index{$col_name} = $i;
- }
- close $fh;
-
-
- ## verify column headings
- my @rep_indices;
- foreach my $rep (@repA, @repB) {
- if (my $col_no = $col_name_to_index{$rep}) {
- push (@rep_indices, $col_no);
- }
- else {
- die "Error, cannot locate heading \"$rep\" as a column header. Headers are: " . join(" ", keys %col_name_to_index) . " ";
- }
- }
-
-
- my $output_prefix = basename($counts_matrix_file) . "." . join("_vs_", sort ($repA_name, $repB_name));
-
- my $Rscript_name = "$output_prefix.EdgeR.Rscript";
-
-
- my $num_rep_A = scalar(@repA);
- my $num_rep_B = scalar(@repB);
-
- ## write R-script to run DESeq
- open (my $ofh, ">$Rscript_name") or die "Error, cannot write to $Rscript_name";
-
- print $ofh "library(edgeR)\n";
-
- print $ofh "\n";
-
- print $ofh "data = read.table(\"$counts_matrix_file\", header=T, row.names=1)\n";
- print $ofh "col_ordering = c(" . join(",", @rep_indices) . ")\n";
- print $ofh "rnaseqMatrix = data[,col_ordering]\n";
- print $ofh "rnaseqMatrix = round(rnaseqMatrix)\n";
- print $ofh "rnaseqMatrix = rnaseqMatrix[rowSums(rnaseqMatrix)>=5,]\n";
- print $ofh "conditions = factor(c(rep(\"$repA_name\", $num_rep_A), rep(\"$repB_name\", $num_rep_B)))\n";
- print $ofh "\n";
- print $ofh "exp_study = DGEList(counts=rnaseqMatrix, group=conditions)\n";
- print $ofh "exp_study = calcNormFactors(exp_study)\n";
- print $ofh "exp_study = estimateCommonDisp(exp_study)\n";
- print $ofh "exp_study = estimateTagwiseDisp(exp_study)\n";
- print $ofh "et = exactTest(exp_study)\n";
- print $ofh "tTags = topTags(et,n=NULL)\n";
- print $ofh "write.table(tTags[tTags\$table\$PValue <= 0.05,], file=\'$output_prefix.edgeR.output\', sep='\t', quote=F, row.names=T)\n";
-
- close $ofh;
-
- ## Run R-script
- my $cmd = "R --vanilla -q < $Rscript_name";
- &process_cmd($cmd);
-
- exit(0);
-}
-
-####
-sub process_cmd {
- my ($cmd) = @_;
-
- print STDERR "CMD: $cmd\n";
- my $ret = system($cmd);
- if ($ret) {
- die "Error, cmd: $cmd died with ret $ret";
- }
-
- return;
-}
-
-
diff --git a/Analysis/DifferentialExpression/deprecated/run_EdgeR_wReplicates_all_vs_all.pl b/Analysis/DifferentialExpression/deprecated/run_EdgeR_wReplicates_all_vs_all.pl
deleted file mode 100755
index d26be77..0000000
--- a/Analysis/DifferentialExpression/deprecated/run_EdgeR_wReplicates_all_vs_all.pl
+++ /dev/null
@@ -1,87 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env perl
-
-use strict;
-use warnings;
-
-use FindBin;
-
-my $usage = "usage: $0 samples_described.txt counts.matrix\n\n";
-
-my $samples_descr = $ARGV[0] or die $usage;
-my $counts_matrix = $ARGV[1] or die $usage;
-
-
-
-=example_samples_descr
-
-Adherent Adherent_1
-Adherent Adherent_2
-Adherent Adherent_3
-
-Aggregative Aggregative_1
-Aggregative Aggregative_2
-Aggregative Aggregative_3
-
-Floating Floating_1
-Floating Floating_2
-Floating Floating_3
-
-=cut
-
-
-main: {
-
-
- my %sample_name_to_reps;
-
- open (my $fh, $samples_descr) or die "Error, cannot open file $samples_descr";
- while (<$fh>) {
- chomp;
- unless (/\w/) { next; }
- my ($sample_name, $rep_name, @rest) = split(/\s+/);
- push (@{$sample_name_to_reps{$sample_name}}, $rep_name);
- }
- close $fh;
-
-
- my @samples = keys %sample_name_to_reps;
-
- for (my $i = 0; $i < $#samples; $i++) {
- my $sample_A = $samples[$i];
-
- my @reps_A = @{$sample_name_to_reps{$sample_A}};
-
- for (my $j = $i + 1; $j <= $#samples; $j++) {
- my $sample_B = $samples[$j];
-
- my @reps_B = @{$sample_name_to_reps{$sample_B}};
-
-
- ## run DESeq
- my $cmd = "$FindBin::Bin/run_EdgeR_wReplicates.pl --counts_matrix $counts_matrix "
- . " --repA_name $sample_A --repA_list \"" . join(",", @reps_A) . "\" "
- . " --repB_name $sample_B --repB_list \"" . join(",", @reps_B) . "\" ";
-
- &process_cmd($cmd);
-
- }
- }
-
- exit(0);
-
-}
-
-####
-sub process_cmd {
- my ($cmd) = @_;
-
- print STDERR "CMD: $cmd\n";
- my $ret = system($cmd);
- if ($ret) {
- die "Error, cmd: $cmd died with ret $ret";
- }
-
- return;
-}
-
-
diff --git a/Analysis/DifferentialExpression/deprecated/summarize_stat_significant_results.pl b/Analysis/DifferentialExpression/deprecated/summarize_stat_significant_results.pl
deleted file mode 100755
index 4d06f1e..0000000
--- a/Analysis/DifferentialExpression/deprecated/summarize_stat_significant_results.pl
+++ /dev/null
@@ -1,74 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env perl
-
-use strict;
-use warnings;
-
-use File::Basename;
-
-my $usage = "usage: $0 fileA.results.txt fileB.results.txt\n\n";
-
-
-my @files = @ARGV;
-unless (@files) {
- die $usage;
-}
-
-
-
-my %data;
-
-
-foreach my $file (@files) {
-
- open (my $fh, $file) or die $!;
- $file = basename($file);
- my $header = <$fh>;
- while (<$fh>) {
- chomp;
- my ($acc, $conc, $foldchange, $pval, $fdr) = split(/\t/);
-
- $data{$acc}->{$file} = { pval => sprintf("%.2e", $pval),
- fdr => sprintf("%.2e", $fdr),
- fc => sprintf("%.1f", $foldchange),
- };
- }
-
-}
-
-print "#acc";
-foreach my $file (@files) {
- print "\t" . basename($file);
-}
-print "\tmost_signif_P\tcorresp_FDR\n";
-
-
-
-foreach my $acc (keys %data) {
-
- print "$acc";
-
- my $most_signif_entry;
-
- foreach my $file (@files) {
- my $basefile = basename($file);
-
- if (my $struct = $data{$acc}->{$basefile}) {
- my $pval = $struct->{pval};
- my $fdr = $struct->{fdr};
- my $fc = $struct->{fc};
- print "\t(FC:$fc,P:$pval,FDR:$fdr)";
- if ( (! $most_signif_entry) || $most_signif_entry->{pval} > $pval) {
- $most_signif_entry = $struct;
- }
- }
- else {
- print "\tNA";
- }
- }
-
- print "\t" . $most_signif_entry->{pval} . "\t" . $most_signif_entry->{fdr} . "\n";
-}
-
-
-exit(0);
-
diff --git a/Analysis/GenomeViewPlugin/test.html b/Analysis/GenomeViewPlugin/test.html
deleted file mode 100644
index 742acf9..0000000
--- a/Analysis/GenomeViewPlugin/test.html
+++ /dev/null
@@ -1,63 +0,0 @@
-Content-Type: text/html; charset=ISO-8859-1
-
-<!DOCTYPE html
- PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN"
- "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
-<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" lang="en-US" xml:lang="en-US">
-<head>
-<title>RNA-Seq Sample Report</title>
-<link rel="stylesheet" type="text/css" href="CSS/common.css" />
-<script src="http://www.java.com/js/deployJava.js" type="text/javascript"></script>
-<script src="http://genomeview.org/start/genomeview.js" type="text/javascript"></script>
-<script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.7.1/jquery.min.js" type="text/javascript"></script>
-<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
-</head>
-<body>
-<script> <!-- needed for genomeview communication -->
- instanceID = 'ALL'
-</script>
-
-
- <script type="text/javascript">
- var instanceID="ALL";
- var gv_url= "http://www.broadinstitute.org/~bhaas/Trinity.fasta";
- var gv_config= "http://www.broadinstitute.org/~bhaas/gv_config.txt";
- var gv_location= null;
- var gv_extra = "http://www.broadinstitute.org/~bhaas/best_candidates.gff3"
- +" http://www.broadinstitute.org/~bhaas/bowtie_out.coordSorted.sam.plus.bam";
-
- var wsUrl = "http://genomeview.org/start/launch.jnlp? --config " + gv_config + " --url " + gv_url + " " + gv_extra;
-
-
- function launchGV () {
-
- // launch as applet, but tied to existing page
- //startGV(gv_url,gv_location,gv_config,gv_extra,500,500);
-
-
- // launch using webstart, remains active across multiple pages.
- jQuery('#frame1').attr("src", wsUrl);
-
- }
-
-
- </script>
-
-<iframe id="frame1" style="display:none"></iframe>
-<div id='toolbar' style="border:1px solid black; margin:auto; width:60%; background-color:#004242">
- <button id='GenomeViewBttn'>GenomeView</button>
-</div>
-
-<script>
-jQuery(function() {
- jQuery('#GenomeViewBttn').click( function() { launchGV(); });
-});
-</script>
-<ul>Example links:
-<li><a href='javascript:void(0);' onClick="javascript:positionGV('comp65_c1_seq6:1:100');" >comp65_c1_seq6</a>
-<li><a href='javascript:void(0);' onClick="javascript:positionGV('comp28_c0_seq1:1:100');" >comp28_c0_seq1</a>
-<li><a href='javascript:void(0);' onClick="javascript:positionGV('comp33_c0_seq1:1:100');" >comp33_c0_seq1</a>
-</ul>
-
-</body>
-</html>
\ No newline at end of file
diff --git a/Analysis/GenomeViewPlugin/test_session.html b/Analysis/GenomeViewPlugin/test_session.html
deleted file mode 100644
index 1de6d39..0000000
--- a/Analysis/GenomeViewPlugin/test_session.html
+++ /dev/null
@@ -1,63 +0,0 @@
-Content-Type: text/html; charset=ISO-8859-1
-
-<!DOCTYPE html
- PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN"
- "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
-<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" lang="en-US" xml:lang="en-US">
-<head>
-<title>RNA-Seq Sample Report</title>
-<link rel="stylesheet" type="text/css" href="CSS/common.css" />
-<script src="http://www.java.com/js/deployJava.js" type="text/javascript"></script>
-<script src="http://genomeview.org/start/genomeview.js" type="text/javascript"></script>
-<script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.7.1/jquery.min.js" type="text/javascript"></script>
-<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
-</head>
-<body>
-<script> <!-- needed for genomeview communication -->
- instanceID = 'ALL'
-</script>
-
-
- <script type="text/javascript">
- var instanceID="ALL";
- var gv_url= "http://www.broadinstitute.org/~bhaas/Trinity.fasta";
- var gv_config= "http://www.broadinstitute.org/~bhaas/gv_config.txt";
- var gv_location= null;
- var gv_extra = "http://www.broadinstitute.org/~bhaas/best_candidates.gff3"
- +" http://www.broadinstitute.org/~bhaas/bowtie_out.coordSorted.sam.plus.bam";
-
- // var wsUrl = "http://genomeview.org/start/launch.jnlp? --config " + gv_config + " --url " + gv_url + " " + gv_extra;
- wsUrl = "http://genomeview.org/start/launch.jnlp? --config http://www.broadinstitute.org/~bhaas/gv_config.txt --session http://www.broadinstitute.org/~bhaas/session.php";
-
- function launchGV () {
-
- // launch as applet, but tied to existing page
- //startGV(gv_url,gv_location,gv_config,gv_extra,500,500);
-
-
- // launch using webstart, remains active across multiple pages.
- jQuery('#frame1').attr("src", wsUrl);
-
- }
-
-
- </script>
-
-<iframe id="frame1" style="display:none"></iframe>
-<div id='toolbar' style="border:1px solid black; margin:auto; width:60%; background-color:#004242">
- <button id='GenomeViewBttn'>GenomeView</button>
-</div>
-
-<script>
-jQuery(function() {
- jQuery('#GenomeViewBttn').click( function() { launchGV(); });
-});
-</script>
-<ul>Example links:
-<li><a href='javascript:void(0);' onClick="javascript:positionGV('comp65_c1_seq6:1:100');" >comp65_c1_seq6</a>
-<li><a href='javascript:void(0);' onClick="javascript:positionGV('comp28_c0_seq1:1:100');" >comp28_c0_seq1</a>
-<li><a href='javascript:void(0);' onClick="javascript:positionGV('comp33_c0_seq1:1:100');" >comp33_c0_seq1</a>
-</ul>
-
-</body>
-</html>
diff --git a/Analysis/GenomeViewPlugin/trinity_to_genomeview_html.pl b/Analysis/GenomeViewPlugin/trinity_to_genomeview_html.pl
deleted file mode 100755
index f745013..0000000
--- a/Analysis/GenomeViewPlugin/trinity_to_genomeview_html.pl
+++ /dev/null
@@ -1,124 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env perl
-
-use strict;
-use warnings;
-
-use CGI;
-use CGI::Carp qw(fatalsToBrowser);
-use FindBin;
-use File::Basename;
-use POSIX;
-
-
-$|++;
-
-
-#my $BASE_URL = "ftp://ftp.broad.mit.edu/pub/users/bhaas/trinity_sample";
-my $BASE_URL = "http://www.broadinstitute.org/~bhaas";
-
-main: {
-
- my $cgi = new CGI();
- print $cgi->header();
-
- print $cgi->start_html(-title => "RNA-Seq Sample Report",
- -style => { -src => ['CSS/common.css',
- ]
- },
- -script => [
- { -type => 'text/javascript',
- -src => 'http://www.java.com/js/deployJava.js',
- },
- { -type => 'text/javascript',
- -src => 'http://genomeview.org/start/genomeview.js',
- },
- { -type => 'text/javascript',
- -src => 'http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.7.1/jquery.min.js',
- }
- ]
-
- );
-
- print "<script> <!-- needed for genomeview communication -->\n"
- . " instanceID = 'ALL'\n"
- . "</script>\n";
-
-
-
- my $genomeview_js = <<__EOJS__;
-
-
- <script type="text/javascript">
- var instanceID="ALL";
- var gv_url= "$BASE_URL/Trinity.fasta";
- var gv_config= "$BASE_URL/gv_config.txt";
- var gv_location= null;
- var gv_extra = __ANNOT_TRACKS__;
-
- var wsUrl = "http://genomeview.org/start/launch.jnlp? --config " + gv_config + " --url " + gv_url + " " + gv_extra;
-
-
- function launchGV () {
-
- // launch as applet, but tied to existing page
- //startGV(gv_url,gv_location,gv_config,gv_extra,500,500);
-
-
- // launch using webstart, remains active across multiple pages.
- jQuery('#frame1').attr("src", wsUrl);
-
- }
-
-
- </script>
-
-__EOJS__
-
-;
-
- my @rest_tracks = ("$BASE_URL/best_candidates.gff3", "$BASE_URL/bowtie_out.coordSorted.sam.plus.bam");
-
- my $annot_tracks_text = "\"" . join("\"\n +\" ", @rest_tracks) . "\"";
-
- $genomeview_js =~ s/__ANNOT_TRACKS__/$annot_tracks_text/;
-
- print $genomeview_js;
- print "<iframe id=\"frame1\" style=\"display:none\"></iframe>\n";
-
-
- ## toolbar buttons
- print "<div id='toolbar' style=\"border:1px solid black; margin:auto; width:60%; background-color:#004242\">\n"
- . " <button id='GenomeViewBttn'>GenomeView</button>\n"
- . "</div>\n\n";
-
- ## add action initialization code
-
- print "<script>\n"
- . "jQuery(function() { \n"
- . " jQuery('#GenomeViewBttn').click( function() { launchGV(); });\n"
- . "});\n"
- . "</script>\n";
-
-
-
-
- ## add some example links.
- my @accs = qw( comp65_c1_seq6
- comp28_c0_seq1
- comp33_c0_seq1 );
-
-
- print "<ul>Example links:\n";
- foreach my $acc (@accs){
- print "<li><a href='javascript:void(0);' onClick=\"javascript:positionGV(\'$acc:1:100\');\" >$acc</a>\n";
- }
- print "</ul>\n";
-
-
-
- print $cgi->end_html();
-
-
- exit(0);
-
-}
diff --git a/Chrysalis/MakeDepend.dSYM/Contents/Info.plist b/Chrysalis/MakeDepend.dSYM/Contents/Info.plist
deleted file mode 100644
index 3f4bd25..0000000
--- a/Chrysalis/MakeDepend.dSYM/Contents/Info.plist
+++ /dev/null
@@ -1,20 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple Computer//DTD PLIST 1.0//EN" "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
-<plist version="1.0">
- <dict>
- <key>CFBundleDevelopmentRegion</key>
- <string>English</string>
- <key>CFBundleIdentifier</key>
- <string>com.apple.xcode.dsym.MakeDepend</string>
- <key>CFBundleInfoDictionaryVersion</key>
- <string>6.0</string>
- <key>CFBundlePackageType</key>
- <string>dSYM</string>
- <key>CFBundleSignature</key>
- <string>????</string>
- <key>CFBundleShortVersionString</key>
- <string>1.0</string>
- <key>CFBundleVersion</key>
- <string>1</string>
- </dict>
-</plist>
diff --git a/Chrysalis/MakeDepend.dSYM/Contents/Resources/DWARF/MakeDepend b/Chrysalis/MakeDepend.dSYM/Contents/Resources/DWARF/MakeDepend
deleted file mode 100644
index 39c6a29..0000000
Binary files a/Chrysalis/MakeDepend.dSYM/Contents/Resources/DWARF/MakeDepend and /dev/null differ
diff --git a/galaxy-plugin/GauravGalaxy/analyze_diff_exp.xml~ b/galaxy-plugin/GauravGalaxy/analyze_diff_exp.xml~
deleted file mode 100644
index a28907f..0000000
--- a/galaxy-plugin/GauravGalaxy/analyze_diff_exp.xml~
+++ /dev/null
@@ -1,41 +0,0 @@
-<tool id="Analyze_Diff_Exp" name="Analyze_Differential_Expression" version="0.0.1">
-
- <description>Analyze differential expression</description>
- <requirements>
- <requirement type="package">trinity</requirement>
- </requirements>
- <command interpreter="python">
-
- analyze_diff_exp_wrapper.py $EdgeRTarGz $TMM_Matrix_FPKM $Pvalue $Cvalue
-
- </command>
- <inputs>
- <param name="EdgeRTarGz" label="EdgeR tar gz file" type="data" format="file"/>
- <param name="TMM_Matrix_FPKM" label="TMM Normalized FPKM matrix" type="data" format="file" />
- <param name="Pvalue" label="P-value" value="0.05" type="float" />
- <param name="Cvalue" label="C-value" value="0" type="float" />
-
- </inputs>
- <outputs>
- <data format="data" name="diffExpr_matrix" label="${tool.name} on ${on_string}: Diffexp" from_work_dir="diffExpr.matrix"/>
- <data format="data" name="diffExpr_correlation_matrix" label="${tool.name} on ${on_string}: Diffexp" from_work_dir="diffExpr.matrix.log2.sample_cor.dat"/>
- <data format="data" name="diffExpr_correlation_matrix_pdf" label="${tool.name} on ${on_string}: Diffexp" from_work_dir="diffExpr.matrix.log2.sample_cor_matrix.pdf"/>
- <data format="data" name="Heatmap" label="${tool.name} on ${on_string}: Diffexp" from_work_dir="diffExpr.matrix.log2.centered.genes_vs_samples_heatmap.pdf"/>
- </outputs>
- <tests>
-
-
- <test>
- <param name="target" value="trinity/Trinity.fasta" />
- <param name="aligner" value="bowtie" />
- <param name="paired_or_single" value="single" />
- <param name="library_type" value="None" />
- <param name="input" value="trinity/reads.left.fq" />
- </test>
-
-
- </tests>
- <help>
- .. _Trinity: http://trinityrnaseq.sourceforge.net
- </help>
-</tool>
diff --git a/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.Trinity.conf b/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.Trinity.conf
deleted file mode 100644
index ed151c7..0000000
--- a/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.Trinity.conf
+++ /dev/null
@@ -1,7 +0,0 @@
-grid=LSF
-queue=hour
-mount_test=T
-memory=10
-group=trinity
-max_nodes=500
-cmds_per_node=10
diff --git a/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.blast.conf b/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.blast.conf
deleted file mode 100644
index 81b8d18..0000000
--- a/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.blast.conf
+++ /dev/null
@@ -1,7 +0,0 @@
-grid=LSF
-queue=week
-mount_test=T
-memory=8
-group=htcblast
-max_nodes=500
-cmds_per_node=1
diff --git a/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.conf b/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.conf
deleted file mode 100644
index ed151c7..0000000
--- a/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.conf
+++ /dev/null
@@ -1,7 +0,0 @@
-grid=LSF
-queue=hour
-mount_test=T
-memory=10
-group=trinity
-max_nodes=500
-cmds_per_node=10
diff --git a/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.regev.10.conf b/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.regev.10.conf
deleted file mode 100644
index cf5cce8..0000000
--- a/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.regev.10.conf
+++ /dev/null
@@ -1,7 +0,0 @@
-grid=LSF
-queue=regevlab
-mount_test=T
-memory=10
-group=trinity
-max_nodes=500
-cmds_per_node=10
diff --git a/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.regev.100.conf b/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.regev.100.conf
deleted file mode 100644
index b166580..0000000
--- a/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.regev.100.conf
+++ /dev/null
@@ -1,7 +0,0 @@
-grid=LSF
-queue=regevlab
-mount_test=T
-memory=10
-group=trinity
-max_nodes=500
-cmds_per_node=100
diff --git a/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.regev.1000.conf b/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.regev.1000.conf
deleted file mode 100644
index 23e1eb4..0000000
--- a/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.regev.1000.conf
+++ /dev/null
@@ -1,7 +0,0 @@
-grid=LSF
-queue=regevlab
-mount_test=T
-memory=10
-group=trinity
-max_nodes=500
-cmds_per_node=1000
diff --git a/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.test.conf b/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.test.conf
deleted file mode 100644
index c0602bb..0000000
--- a/hpc_conf/deprecated/BroadInst_LSF.test.conf
+++ /dev/null
@@ -1,7 +0,0 @@
-grid=LSF
-queue=regevlab
-mount_test=T
-memory=2
-group=trinity
-max_nodes=500
-cmds_per_node=1
diff --git a/hpc_conf/deprecated/BroadInst_SGE.conf b/hpc_conf/deprecated/BroadInst_SGE.conf
deleted file mode 100644
index 89986b7..0000000
--- a/hpc_conf/deprecated/BroadInst_SGE.conf
+++ /dev/null
@@ -1,5 +0,0 @@
-grid=SGE
-queue=
-memory=
-max_nodes=500
-cmds_per_node=10
diff --git a/hpc_conf/deprecated/BroadInst_SGE.test.conf b/hpc_conf/deprecated/BroadInst_SGE.test.conf
deleted file mode 100644
index 7778de2..0000000
--- a/hpc_conf/deprecated/BroadInst_SGE.test.conf
+++ /dev/null
@@ -1,5 +0,0 @@
-grid=SGE
-queue=
-memory=
-max_nodes=500
-cmds_per_node=1
diff --git a/hpc_conf/deprecated/SLURM.FAS.conf b/hpc_conf/deprecated/SLURM.FAS.conf
deleted file mode 100644
index bdd6592..0000000
--- a/hpc_conf/deprecated/SLURM.FAS.conf
+++ /dev/null
@@ -1,7 +0,0 @@
-grid=SLURM
-partition=queue_name
-reservation=hoekstra_lab
-memory=10000
-time=02:00:00
-max_nodes=4000
-cmds_per_node=20
diff --git a/sample_data/test_DE_analysis/deprecated/example_DESeq2_analysis_pipeline/Makefile b/sample_data/test_DE_analysis/deprecated/example_DESeq2_analysis_pipeline/Makefile
deleted file mode 100644
index b7c87b2..0000000
--- a/sample_data/test_DE_analysis/deprecated/example_DESeq2_analysis_pipeline/Makefile
+++ /dev/null
@@ -1,7 +0,0 @@
-
-test:
- ./run_DESeq2.sh
-
-clean:
- ./cleanme.pl
-
diff --git a/sample_data/test_DE_analysis/deprecated/example_DESeq2_analysis_pipeline/cleanme.pl b/sample_data/test_DE_analysis/deprecated/example_DESeq2_analysis_pipeline/cleanme.pl
deleted file mode 100755
index 092e49b..0000000
--- a/sample_data/test_DE_analysis/deprecated/example_DESeq2_analysis_pipeline/cleanme.pl
+++ /dev/null
@@ -1,42 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env perl
-
-use strict;
-use warnings;
-
-use FindBin;
-
-
-## we delete all files we don't need in this directory. Be careful in case users try running it somewhere else, outside this dir.
-chdir $FindBin::Bin or die "error, cannot cd to $FindBin::Bin";
-
-
-
-my @files_to_keep = qw (cleanme.pl
-
- Makefile
-
- counts.matrix
-
- run_DESeq2.sh
- samples.txt
-
- );
-
-
-my %keep = map { + $_ => 1 } @files_to_keep;
-
-
-foreach my $file (<*>) {
-
- if (! $keep{$file}) {
- print STDERR "-removing file: $file\n";
- unlink($file);
- }
-}
-
-`rm -rf ./DESeq*`;
-`rm -rf ./edgeR*`;
-
-
-
-exit(0);
diff --git a/sample_data/test_DE_analysis/deprecated/example_DESeq2_analysis_pipeline/counts.matrix b/sample_data/test_DE_analysis/deprecated/example_DESeq2_analysis_pipeline/counts.matrix
deleted file mode 100644
index cafc2e4..0000000
--- a/sample_data/test_DE_analysis/deprecated/example_DESeq2_analysis_pipeline/counts.matrix
+++ /dev/null
@@ -1,80816 +0,0 @@
- A1 A2 A3 A4 A5 B1 B2 B3 B4
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-files group description lib.size norm.factors eff.lib.size
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@@ -1,4 +0,0 @@
-source("/seq/bhaas/SVN/trinityrnaseq/trunk/Analysis/DifferentialExpression/R/edgeR_funcs.R")
-myDGEList = target_list_file_to_DGEList("all_data_files.list")
-myDGEList$samples$eff.lib.size = myDGEList$samples$lib.size * myDGEList$samples$norm.factors
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deleted file mode 100644
index 6df077c..0000000
--- a/sample_data/test_DE_analysis/deprecated/example_edgeR_analysis_pipeline/__example_edgeR_output_dir/__tmp_run_edgeR.1820.R
+++ /dev/null
@@ -1,6 +0,0 @@
-source("/seq/bhaas/SVN/trinityrnaseq/trunk/Analysis/DifferentialExpression/R/edgeR_funcs.R")
-myDGEList = target_list_file_to_DGEList("__tmp_targets.1820.dat")
-postscript("myc_vs_cysts.eps")
-top_entries_table = edgeR_DE_analysis(myDGEList, dispersion=0.1, FDR=0.05); # set dispersion to zero for Poisson-equivalent results.
-dev.off()
-write.table(top_entries_table, quote=F, file="myc_vs_cysts.results.txt", sep="\t"