[med-svn] [fermi-lite] 03/09: adjust tests

[Sascha Steinbiss]

This is an automated email from the git hooks/post-receive script.

satta pushed a commit to branch master
in repository fermi-lite.

commit 31093d1b292691961a178cc9d07e026358f572d0
Author: Sascha Steinbiss <satta at debian.org>
Date:   Thu Jul 28 21:57:22 2016 +0000

    adjust tests
---
 debian/tests/build-lib    |   14 +-
 debian/tests/query.fasta  | 1348 --------------
 debian/tests/target.fasta | 4485 ---------------------------------------------
 3 files changed, 7 insertions(+), 5840 deletions(-)

diff --git a/debian/tests/build-lib b/debian/tests/build-lib
index dd307c3..fa24cae 100755
--- a/debian/tests/build-lib
+++ b/debian/tests/build-lib
@@ -1,17 +1,17 @@
 #!/bin/sh
-# autopkgtest check: Build and run a program against libminimap
-# Author: Sascha Steinbiss <sascha at steinbiss.name>
+# autopkgtest check: Build and run a program against libfml
+# Author: Sascha Steinbiss <satta at debian.org>
 set -e
 
 SRC=$(pwd)/example.c
-DATADIR=$(pwd)/debian/tests
+DATADIR=$(pwd)/test
 WORKDIR=$(mktemp -d)
 trap "rm -rf $WORKDIR" 0 INT QUIT ABRT PIPE TERM
 cd $WORKDIR
-gcc -O2 -o minimap-lite $SRC -lminimap -lz
-[ -x minimap-lite ]
+gcc -O2 -o fermi-lite $SRC -lfml -lz -lm -lpthread
+[ -x fermi-lite ]
 echo "build: OK"
 
-./minimap-lite $DATADIR/target.fasta $DATADIR/query.fasta
-ldd minimap-lite
+./fermi-lite $DATADIR > out
+ldd fermi-lite
 echo "run: OK"
diff --git a/debian/tests/query.fasta b/debian/tests/query.fasta
deleted file mode 100644
index 3a7e418..0000000
--- a/debian/tests/query.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,1348 +0,0 @@
->q1
-taaccctaaccctaaccctgaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccagtacac
-ttttattagtgtacccgcctcttgcacgcatgccacagttcttcagcagaagaacacgca
-caatgctctttgataaacgtgcggacatgaaaaaaagggaaaaacgcagctacgtgtgct
-gtcgttggtttcacagcgtcaagccgcgtcggtgtaccaaagaggaggtgacccatcgag
-tactcgcaccctctagctctccttttctgcctcgtattatacacgttgatcggaaaacag
-ggtaggcactagccaccgataatcttcaatcgtacatctgtctgcgtaagcgcgtgcccc
-aaacgagcagtgagaaaaagggaagtctctcagactgggaagagatgagccgaggagata
-aatgcaccagatccgaggtaccgcggcacaagaggagccgggtgatattttttgttgttt
-tcagtgtttcctcgtgagacggcaaaacacgaggcagaaaaggtgcaagagatccaggtg
-gctggcgaagaggaggaacatgagaagagagacagtcaacattggcggggagtcgaactt
-tgtgcagctcatgtgtgcaggtgcaggtcgatggatagaaggctaagaggcgataggaca
-gggtcccttcacaccacaagcgtgagtgatggagttatatgcgcatggtcgaataggtat
-gcacatgtacggcagacaggaaagtagaagagaggaattcggagttgtggagaacgggaa
-gtcgatggggcagcagcagcagtcagagcagcagacgaaatgctacacggaacggcttca
-cggagagagcatatcagagaagcaggggagctgagaagtgcagtcgatgtgtcacgcttt
-gaagtgtgtgacatcaccgaaccgctaccgtgagcaccagaagctcgtctgtgacgaagg
-ctccaaagcagatggagaaggaagcaagaccagatggcatgaatcgctcgctttacttta
-ccttcgatacgcttactcagtctgttttccggcatcggctcaacaccgccacttgggcaa
-ctctctgcgacggcacctacgcgagaccatggcggggtattgttgctttgtttcggagat
-ctgcggtatgggtgctgatcatttcaaaacactccagcaatcaagacgaaggaaacacag
-accaaagagaagagagacgaagcacggtgagccacgctagccattcatcaacacacccac
-acggcaatcacgaaaggcgcaccgcgagagagagagagagagagaacaacggagcctatg
-ttgtgagcaaaacaaagtttctcctgatgcataaaacagcaagaaaaagaagagatagct
-aaaggacttcgaaagtggaacatcacaccgacgacacggtgtcaaggagaacgagacgga
-caaggacgacagaccacatgggagcacaagcgaaactatgacaggtgtgagcaagggcga
-atttcctgctgccttgcgactgctggctgatgagcgagtcttctttctttttctccagtt
-gtaactgcagcggttgcacgcacgcaagcatgtgaccaccctctcacggttgtcctccat
-tgttcgctttctattttttttgtttctcggctcttttagtttcgtcgtgtatctttgcca
-accgccgtcatgggttgttgtcttctgccggtatgcctatcgagcgtttttgttttcgtg
-cgtgcgtgtgtgtgctcggtgttgtcgttgctcacaaaaagttccccgcggtactgctga
->q2
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-ggtgtcgccacctctggcgcagtctttggcgtcgtcagctgctgttgttgcttcttgtga
-gcccgagccgcgatctcgtcccgcacaagccgcactttggagaagacgccatggtagcca
-cccgcgtccttgcgccggaaacggtggatctcctcctcggcctggtaggccttgtcggag
-cggtgagcctgctccacgttctttgtgtagtacgtgtcataggcggcggcgcgggcgtcg
-agctgcacgcaggcgacgtagagggtcatgtttgtcactttgtcccgcatgccgacgaag
-tgcgcaaagtggaagcgctggccgatatcgcggccaggcatcatgagcgggaaaaagcgg
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-gtccgcttcacctcgttcaagcaggcgatatcggggtcgtagcaccgaagcagctccacg
-aggtgcttgcgacggtgctccggcgtgaggaagggtgggaactccttgtcgatggagggg
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-cgcacccgcaccgcctctacgggggtggtgtgaccgggcccccaggcgtccgtcatcatg
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-ggcgccttcacccacttgcgcttcagcggaggctcgcgctccgcctccatcttctccgct
-tgcatctcgcgcgctagcaggctcgacatcttcacctccagcgcgctctgcgcgatctgc
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-gagagaggaggagtaggatagacggtcgtgaaggatgagagaaaaagtgcacaagacggc
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-gcacagtcggcaatcaacaacccgcgcgtctctctctctctctctgcagaacattgctac
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-caccgacctcacgtgaatacccccgtccacactggcctctacttgtccttctacgcgggg
-gacgaggtgactttgtgcgcatgtggcggttgccttctcgcttccccgtcttccgtgtgc
-ggaggaggggtcgagggcgcaaagacgtccgaaggagagtagaggagagggcgtagatgg
-caagggccttacaacaggcacacagacaaccacagatgcgccgtgttgggggttgagcga
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-ccacacgtccaatgcacaagagcaccgcccgaatcgatgaggccaagaaagaggaggagc
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-ctacgttggcggcaggtgctgctgaaaggcggtgatgtcggcgacctgctgcgcgatctt
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-cacctggtactcctccttgatacagttcatgtccgtctcgaggtaggcgttgtattggtc
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-tgggcgcccactcggccgcgctaccacttcgtcctcgccgcttctgtctgagtcgcgggg
-ccgcttagtgcacaccatgtccggagtccgatcgcgcgacggcggcttcggggtgacgag
->q3
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-ggacggcgaccggtcaaagaccgcggtgctcgatagagaggccgcggatggagctgaggc
-tgagacggtgctgtccgccgacggagaacgcgctcgcttcatgctgtgtgagacgccacg
-gacccacgcgcgcgtgatgtgtcgggggaaggagggagggagggaggggaggggaagggg
-accacgtggatgtgagcaacacgcctaacgcgtggcgcagatgaacgcaggaggaagacc
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-cggtgcgtgacagacccgtgagaaagagaaaactgagagcagcggtgcacggtgcggaga
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-gcgcacactcgcgcaggcagtcagtgcccgacgtcggggaggacagacatagagcacgac
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-tcctcacagcgtcgtgcgccatcatagccatcacaacgcgtcacttcgcgcggcagtgta
-tgtgccacgttcgcgacgcctatttcgtcacgtcttgtggcgtgtgtgccgccaccactg
-gaaagaatcgtgaaccatccatagacacacacgaggggaggggggtgcgtcggagagagg
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-cagtgcccatgtgatgaactcgttttactcaagctcgaccagcacctcgctatcctccac
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-gttgcgcatcttcatggcctccagcgtcagaagctcttcaccggcgaccaccgtctgccc
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-ccacgccatctccagcttcttgaacgggccgctcttcgacgcggcgacctcgaagtggga
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-gtgcatgcaggctgccgcctcatacatcagctgcgtctcctccgcggtcagctctgcctt
-cttgaagccgttcgggtactgctccggcaggtagttggtggtgaggttaccactctggta
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-gtactcgtccagcgccttctccatacgctcgatgcacgccgcgcggtcctttccccaggt
-ggacagcttgcagatgagcgggtcgtaataaaccgagatctgcgacccttcgatgatgcc
-agagtcgcagcgcacgccggggccggtcggctcctggtacatggtgaggcggccgatgga
-tgggaagtagttcttcatcgggtcctcggcgtacacgcgacactccgtggcatggccgtt
-aatcttgatgtcgtcctgcgtgatgctgagcggcaggtctgccgcggcacggagcatctg
-ctccacgagatcgatgccggtgatctcctccgtgatggggtgctccacctggaggcgggt
-gttcatctcgaggaagtagaactgcttctgcgggttgacgacgttctcgaccgtgccggc
-gctgacgtactgtacggctcgcgccatcgcgacagcctcctcgcccatggccttgcgggt
-ctttgcatccaacaggaccgacggcgcctcctcgatcaccttctggttgcggcgctgaat
-ggagcactcgcgctccggcaggtacagggtgttgcccctgcgatccgcgatcacctggat
-ctcgatgtgacgcgggttttcgatgaacttctcgacgagcatcttgtcgctgttgaaggc
-ggccttggcctcctccctgcacatgtcgtagtactccacgcactgactgtcattgtacgc
-tactcgcatgcccttgccaccaccaccgccggaagccttgatcatgaccgggtagccgac
-ctctctcgcaaacttcagcacgtcctcgtgcgtcttcacctcgccgatgaagccaggaat
-gcacgtcacgccagcactgtgtgcaagtcgcttcgactcgatcttgtcgcccatcgcctc
-gatagagtgcgcgtctgggccaacgaagataatgttattcttgtgcaaggctgcttgaaa
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-gcaggcatccacaatcttgtcaatacacaggtagctctccacggaggccggggggccaat
-gcagacgccctcgtccgccaccttcacgtgtttggcctgctcatcggcggtggagtagac
-agccaccgtcttgattcccaggcgctggcaggtcgccatcacacgacaggcgatctcgcc
-gcggttggcgacgagaaccttgtcgaaaatcggagcaggcatggtctgttggaaatcggt
-tctgtcggtgggtacgatggatgggcgcggggtggtcgagcagcggtgcaacgccacaca
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-agagtcccggggggggggggggggggggggggtcggtcggaggcgggcgtgtgtggtgtg
-tgggatgcgcacgagggcaacaaagggaaaaaaaaaaggagaagcgtaacggggaggctt
-ctcccacaccgctcgtccaaggcacaccgtcttccgtatccacccctcccccaccaccac
-ccccgcctgctcacaccttcgcgtgcttctgagcctgttgggccggtcgcgtcatcgccg
-cagtggtcggctgtgcgcttcctccctctttccgatttctctgtgttgtctttgcgtttc
-tgtgagagtcacatcaacgtcggttacggtcaaagagctctcaacctgtccacctcagat
-agcactgtcatggtggtttggtgaggtggcgctgctacgagggcgcagtaggggagacga
-gggacatgaacagcagaggcgccgtccgcagagaaggtcgacgagggaagggggagaagg
-ggcgcgggtacgtcattgtatgagctaagtactctcccagactttgcgcactctttcctc
-gcccattcccgctccctgttgcgaatccgctggcgccgtcgcacctctcggcctctgctg
-accttttccccgcacgcggcctctctccgtctctctttctctccccttgatgagcccacc
-gtcacagcacctctcagagagcaacgcacgtggacccgatgtccgcacacggaaacacgc
-acacacgcactccagcctacgcacgaggtgggttcccaccactcattcgatccacaatat
-tgcctacagcttcatcctccacagctgcctctgcggtccccctatgcgcctccgtcgacg
-cgctctccgaggccgctggtgtcgcctccccgtgctgctcgtccagcttcttacgcagcg
-ccgccttcttggcggcaacgctctcccgtagccgccgcagcgtctcctcacgcttgtcgc
-tcaccgtcgcccgctccctcgcaagcaactcgcgctgccgctccagctcacgcttcttgc
-gcagctccagaatgcgactctgcagctgcgactcaacaccgccgctaacctcgcgctgct
-tcagcggagtgattatggtgcgcgcgtgctcccagacaacgtccatcttcaggcagccct
-ccttgtacttgagctcgtcgacgcggtccgagtcgagctccgctacctgctcgatggtcc
-aaatattgcgctcgatcaacttcttggtggtgtgggtgccacaacagtcgagccacgaga
-cgaacgtgccgggtgtcacatccggcgcgcactcgaggtgcacgagccaccagcggcggt
-cctcgttcgtgacacgaccgctagtcgcaatgccgcgcgcggccaacaccaacaccgatg
-gcgctgccgaggcggcgaggacagcggcactgctgctgccgctgccgctagcagtggcgc
-cgcagcagcgactggggcgtctgcaaaagagtggcagtcgccgcatgcttctgcttttcc
-ttccgtgcgctccacgtctatgtgcactaccgcgagaaacggtgtggcgggtgtgggagg
-gcggacgagttggccaccgcctccaggcgggaagatggtttacagcgagaacagcctact
-gtccaacgacacgcacgcgcacccctctcgacggtgtgctgcgcgtacaggagatgaaga
-agcgctctactgagcggagaaagggaaaaggaggggcgggagagaggacagcagagggtg
-gacgcagaggcgcgaatgcagagcgagcgccgtgcacgatgcaacgcgttcgacagagag
-caggcgcgagcgccagtgagtcggcggagggagaagagatgtccgcagaggacgaggggg
-ggggggcatagcagagacccctccgccaggtgccaaaaaacgcgtgcacacgagcaccag
-gagaaagggagatggcgcgagaggtcctctcggtgcgcaccgtcgcatgggtcgggggag
-agagggtggagaactatcatctgcgtgatatagtgaggagaagagagaagagctgaggac
-taaagtaataagcatagcagcacgcacgcccaacgcgacaacacacaagacagagagaga
-agctgacatggtgtagaagaggcaagaagatagacgcacgcggtggatggggcagcacaa
-gcacacacagacaggtgcggtcgtgcactgccacgtgcgcgtacacgtccccttctacac
-gtgaacgtatccgcaggtgttccaacaaggccatattccccctccccaaggcgagtagga
-gcgtgcgaagacggcaggttgcgtacggaagtcgagttgatggcggtggtaccaggagaa
-gtgtgcgggggggctgcgtgtggggcattgaggaaaaaacgatatcgcgtcgacagtgca
-acgtgcacacgcacagatagaaagagtgaaagctcgaatgcggcaacagcacgcagtgat
-gccgtcgctaacacttcaccgccctagagtgctcccactccccggctcgcttgatgctct
-gctacatcagcccactgacaccacccactcctatacatcgtcctcctcctcccagggcat
-cttcataaacgcgacttggctgacgctccgcaagccgccgctggtgtcgtcgcggggcga
-tggtgtggccgtctccactgcagggggcacggcggcggccggggaggctgtgggagatgg
-ttctcgttgctgctgctgctgctgctgctgctgcctcggcggggtctgcgccttctccat
-ctgtagtggtgccgctgaagcagcagcggcggcggcggcgcccgtatcggcgtcgaggga
-cagagcaggcggatccgtgggcccttccagcgcattgccgtaccacagcaacaccttctc
-caagctggagagggtcgactcgacgtgcttacgtgtgttgggtgcaaggtcggtgcgttg
-cgacgcggtatctagtacgtttctgcagtggcgcgccgtctcagctgccacggtgcacca
-cggctcggcggcctcgccgcgcttgacgaagtcctccacgacagcggcggcctcctcgcc
-atcgaggatgtgcggcagcacctctacaggggtggagaggtttgcgtgaacagaccgtga
-aggcatgcacagtgccacaagcaccgccgccacctgccgctccgtcacacactggccgac
-gcagtgcaccttccagaagtagttggcccagaaggtcacctccttgaggcgggccggaac
-caggcgatagcgatgcgcccgcacctcagcagaggcgagaaggccctcctggacatcgcg
-gtcaaagtcgaacaggctgtgaagcgcccacaagtccgcctccacaaggccgacctccgc
-cagcagccccgcctcgtccggcgagagcgccttctctacaccatgtcgatacgtaccgcc
-cagcccaggcaaccgctcgctcacaagagagtgccactcagcgacgcggtcacgccactc
-ctccggcggctgctcccacggcggcagagtagctgccgtcgaagcagtggtcttcgttgg
-cgccgtcgcgacgtaggcaacagtcgcagacggcgaggacgtggtggtgttccaaagtgc
-ggaggggtgcgtcagcgccgacgcggcgggggcgagaatggcgctgctgatactctcgcg
-cccctcgtggtagagctgcgcggtattgccaagcaagtgacccaccgacgtcgccaggga
-ggaaaagaacgagaaggcggtcgtggcggcctggtgcagcggaacgctgatgcccgtctc
-gatagtgatctgcagcgtgaaggacttcggtgctcccctgacgtagcgcgtgttgtgtag
-cacttctgccggaatgaagtccgggaagctcacctgtgcgttgttcgcgtccagtactgc
-catcttggtggacgtgattgcctttctctgcgccgcatcagtcccgtcatcgcgcctgcg
-ctgtttttcctccgccgccgttggagtaaccgagtcgatggggagcacttcgcacgtcac
-ggcgcagccgcctgggcagccaccggaggacgaggaagacggcactgcgtccgatgctgc
-cggcacgttcgccgtcctcaccgccggcggaggaggcgcgataagctcgacgagtacgcc
-aaacgggtcgctggcgggggtcgcggtctgcaccaacccgcgcagcagcacgaccctgaa
-ctgatggtgtcgcgtcgtagaattcggaatccagaaagggagggaggagagcttgttctg
-gcggttcaactcgtccagccctgcagcctcccagcgatagatggtggtgcgcgcatctac
-gttgcgcagaaactcggcagaagacatgcgagcaaccgttggggtgggggacggagggaa
-gcgtgtaatggattaggagaggcggaaggagaggggagaagtggaaggcacaactacgac
-acacccacagacacacgtgcacaggcgtacgcgcgcgtgcgtctgcctctgcgaagtgcg
-atggaagagagagccgtgcgtgggtgtctgtatagacagcacagcgcgacggatgcccct
-gtgcgaatcaaaaaaaaaacgagcaacggagaacaccagcaagactggtatgcaacccgt
-ggtggtggtgacggtgacggtgacagtaatgatgacggtgagaggggaaggcgagggcga
-gggcgagggcgctgagggtgctctggcggacgaggagagaaaagaaagccgacgaggttg
-gtgggtaggcatggggcagaagggcggagggggtgaggggacatgcgaagccgcgcacgc
-ctctctctctcttggttgcggtaatgaaccacagagcgagcttggagcgtgagtgcggaa
-gggggctctccgcgttgccggtgagcacaacaccgccgttactcactacagggaactcga
-acgggaaggggagagcgtcatgcgcgtgggtgtgctcatgcgtgtgcaccagtgtgcggg
-cgctctcggcaggagagcatcccagatattacaggagaagaaagggctcagcggccacta
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