[med-svn] [fsa] 01/03: add autopkgtest
Sascha Steinbiss
satta at debian.org
Mon Jan 9 11:18:13 UTC 2017
This is an automated email from the git hooks/post-receive script.
satta pushed a commit to branch master
in repository fsa.
commit 19155cccdf6fef5cf92e26cebcb6787793b74c19
Author: Sascha Steinbiss <satta at debian.org>
Date: Fri Dec 16 16:42:36 2016 +0000
add autopkgtest
---
debian/changelog | 8 ++
debian/tests/28s.small.fasta | 306 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
debian/tests/28s.small.pep | 124 ++++++++++++++++++
debian/tests/control | 3 +
debian/tests/test-nuc | 15 +++
debian/tests/test-prot | 14 ++
6 files changed, 470 insertions(+)
diff --git a/debian/changelog b/debian/changelog
index f8d4d22..2dc325c 100644
--- a/debian/changelog
+++ b/debian/changelog
@@ -1,3 +1,11 @@
+fsa (1.15.9+dfsg-3) unstable; urgency=medium
+
+ * Team upload.
+ * Add autopkgtests.
+ Closes: #848328
+
+ -- Sascha Steinbiss <satta at debian.org> Fri, 16 Dec 2016 16:41:29 +0000
+
fsa (1.15.9+dfsg-2) unstable; urgency=medium
* Fix build on mips*, arm* (thanks for the patch to Daniel Knezevic
diff --git a/debian/tests/28s.small.fasta b/debian/tests/28s.small.fasta
new file mode 100644
index 0000000..d093342
--- /dev/null
+++ b/debian/tests/28s.small.fasta
@@ -0,0 +1,306 @@
+>NR_133562.1 Drosophila melanogaster 28S ribosomal RNA (28SrRNA:CR45844), rRNA
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+
+>NR_133553.1 Drosophila melanogaster 28S ribosomal RNA (28SrRNA:CR45837), rRNA
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+AATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCTACT
+
+>XR_001989350.1 Fusarium verticillioides 7600 28S ribosomal RNA rRNA
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+
+>XR_001989348.1 Fusarium verticillioides 7600 28S ribosomal RNA rRNA
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+
+>XR_001989346.1 Fusarium verticillioides 7600 28S ribosomal RNA rRNA
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+AAATTTGAAATCTGGCTCTCGGGCCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATACTTTTGATGCGGTGCCTTCCGA
+GTTCCCTGGAACGGGACGCCATAGAGGGTGAGAGCCCCGTCTGGTTGGATGCCAAATCTCTGTAAAGTTC
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+GGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTTAAAAA
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+TGGGCATGGGGGCGAAAGACTAATCGAACCTTCTAGTAGCTGGTTTCCGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAG
+CAGTGTTGAACTCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGGGACTCGGGGGCGCTATTTAGCCTTCATC
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+++ b/debian/tests/28s.small.pep
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new file mode 100644
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--- /dev/null
+++ b/debian/tests/control
@@ -0,0 +1,3 @@
+Tests: test-example
+Depends: @
+Restrictions: allow-stderr
diff --git a/debian/tests/test-nuc b/debian/tests/test-nuc
new file mode 100755
index 0000000..495e90b
--- /dev/null
+++ b/debian/tests/test-nuc
@@ -0,0 +1,15 @@
+#!/bin/sh
+# autopkgtest check: Run FSA tests
+# Author: Sascha Steinbiss <satta at debian.org>
+set -e
+
+ORIGDIR=$(pwd)
+DATADIR=$ORIGDIR/debian/tests/
+WORKDIR=$(mktemp -d)
+
+trap "rm -rf $WORKDIR" 0 INT QUIT ABRT PIPE TERM
+cd $WORKDIR
+
+fsa $DATADIR/28s.small.fasta
+fsa --exonerate $DATADIR/28s.small.fasta
+fsa --anchored --translated $DATADIR/28s.small.fasta
diff --git a/debian/tests/test-prot b/debian/tests/test-prot
new file mode 100755
index 0000000..87fec69
--- /dev/null
+++ b/debian/tests/test-prot
@@ -0,0 +1,14 @@
+#!/bin/sh
+# autopkgtest check: Run FSA tests
+# Author: Sascha Steinbiss <satta at debian.org>
+set -e
+
+ORIGDIR=$(pwd)
+DATADIR=$ORIGDIR/debian/tests/
+WORKDIR=$(mktemp -d)
+
+trap "rm -rf $WORKDIR" 0 INT QUIT ABRT PIPE TERM
+cd $WORKDIR
+
+fsa $DATADIR/28s.small.pep
+fsa --nolearnemit-all --anchored $DATADIR/28s.small.pep
--
Alioth's /usr/local/bin/git-commit-notice on /srv/git.debian.org/git/debian-med/fsa.git
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mailing list