[med-svn] [mothur] 01/01: add autopkgtest test-suite

Nadiya Sitdykova rovenskasa-guest at moszumanska.debian.org
Tue Jun 20 21:09:38 UTC 2017 

This is an automated email from the git hooks/post-receive script.

rovenskasa-guest pushed a commit to branch master
in repository mothur.

commit 740b98faf383d388cb459e52d2bb2ca0ccd33531
Author: Nadiya Sitdykova <rovenskasa at gmail.com>
Date:   Tue Jun 20 17:08:53 2017 -0400

    add autopkgtest test-suite
---
 debian/README.test         |     8 +
 debian/changelog           |     9 +
 debian/docs                |     4 +
 debian/tests/HA.fasta      | 17970 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 debian/tests/control       |     3 +
 debian/tests/run-unit-test |    16 +
 debian/tests/test.batch    |     6 +
 7 files changed, 18016 insertions(+)

diff --git a/debian/README.test b/debian/README.test
new file mode 100644
index 0000000..b1ec3b2
--- /dev/null
+++ b/debian/README.test
@@ -0,0 +1,8 @@
+Notes on how this package can be tested.
+________________________________________
+
+This package can be tested by executing
+
+	sh run-unit-test
+
+in order to confir its integrity. 
diff --git a/debian/changelog b/debian/changelog
index e551326..2849b7f 100644
--- a/debian/changelog
+++ b/debian/changelog
@@ -1,3 +1,12 @@
+mothur (1.39.5-2) UNRELEASED; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  
+  [ Nadiya Sitydykova ]
+  * Add simple autopkgtest test-suite 
+
+ -- Nadiya Sitdykova <rovenskasa at gmail.com>  Mon, 19 Jun 2017 22:00:56 -0400
+
 mothur (1.39.5-1) unstable; urgency=medium
 
   * New upstream version 1.39.5
diff --git a/debian/docs b/debian/docs
new file mode 100644
index 0000000..a3c0181
--- /dev/null
+++ b/debian/docs
@@ -0,0 +1,4 @@
+debian/README.test
+debian/tests/run-unit-test
+debian/tests/HA.fasta
+debian/tests/test.batch
diff --git a/debian/tests/HA.fasta b/debian/tests/HA.fasta
new file mode 100644
index 0000000..d74ae98
--- /dev/null
+++ b/debian/tests/HA.fasta
@@ -0,0 +1,17970 @@
+>A/Silver_Spring/SP509/2009
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+CTACAGTGTAGAATATGTATT
+>A/Singapore/TLL54/2009
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+TATGACTACCCAAAATACTCAGAGGAAGCAAAATTAAACAGAGAAGAAATAGATGGGGTA
+AAGCTGGAATCAACAAGGATTTACCAGATTTTGGCGATCTATTCAACTGTCGCCAGTTCA
+TTGGTACTGGTAGTCTCCCTGGGGGCAATCAGTTTCTGGATGTGCTCTAATGGGTCT---
+CTACAGTGTAGAATATGTATT
+>A/Sao_Paulo/43812/2009
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+CCCAATCATGACTCGAACAAAGGTGTAACGGCAGCATGTCCTCATGCTGGAGCAAAAAGC
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+ACTAGTGCTGACCAACAAAGTCTCTATCAGAATGCAGATGCATATGTTTTTGTGGGGTCA
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+TTGGTACTGGTAGTCTCCCTGGGGGCAATCAGTTTCTGGATGTGCTCTAATGGGTCT---
+CTACAGTGTAGAATATGTATT
+>A/Ancona/02/2009
+ATGAAGGCAATACTAGTAGTTCTGCTATATACATTTGCAACCGCAAATGCAGACACATTA
+TGTATAGGTTATCATGCGAACAATTCAACAGACACTGTAGACACAGTACTAGAAAAGAAT
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+CTACAGTGTAGAATATGTATT
+>A/Shanghai/143T/2009
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+CTACAGTGTAGAATATGTATT
+>A/New_York/4197/2009
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+CTACAGTGTAGAATATGTATT
+>A/New_York/3573/2009
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+AATCCAGAGTGTGAATCACTCTCCACAGCAAGCTCATGGTCCTACATTGTGGAAACATCT
+AGTTCAGACAATGGAACGTGTTACCCAGGAGATTTCATCGATTATGAGGAGCTAAGAGAG
+CAATTGAGCTCAGTGTCATCATTTGAAAGGTTTGAGATATTCCCCAAGACAAGTTCATGG
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+TCCTACATTAATGATAAAGGGAAAGAAGTCCTCGTGCTATGGGGCATTCACCATCCATCT
+ACTAGTGCTGACCAACAAAGTCTCTATCAGAATGCAGATGCATATGTTTTTGTGGGGTCA
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+GAAGGGAGAATGAACTATTACTGGACACTAGTAGAGCCGGGAGACAAAATAACATTCGAA
+GCAACTGGAAATCTAGTGGTACCGAGATATGCATTCGCAATGGAAAGAAATGCTGGATCT
+GGTATTATCATTTCAGATACACCAGTCCACGATTGCAATACAACTTGTCAGACACCCAAG
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+CCAAAATATGTAAAAAGCACAAAATTGAGACTGGCCACAGGATTGAGGAATGTCCCGTCT
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+TATGACTACCCAAAATACTCAGAGGAAGCAAAATTAAACAGAGAAGAAATAGATGGGGTA
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+CTACAGTGTAGAATATGTATT
+>A/Silver_Spring/SP510/2009
+ATGGAGGCAATACTAGTAGTTCTGCTATATACATTTGCAACCGCAAATGCAGACACATTA
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+CAATTGAGCTCAGTGTCATCATTTGAAAGGTTTGAGATATTCCCCAAGACAAGTTCATGG
+CCCAATCATGACTCGAACAAAGGTGTAACGGCAGCATGTCCTCATGCTGGAGCAAAAAGC
+TTCTACAAAAATTTAATATGGCTAGTTAAAAAAGGAAATTCATACCCAAAGCTCAGCAAA
+TCCTACATTAATGATAAAGGGAAAGAAGTCCTCGTGCTATGGGGCATTCACCATCCATCT
+ACTAGTGCTGACCAACAAAGTCTCTATCAGAATGCAGATGCATATGTTTTTGTGGGGTCA
+TCAAGATACAGCAAGAAGTTCAAGCCGGAAATAGCAATAAGACCCAAAGTGAGGGATCAA
+GAAGGGAGAATGAACTATTACTGGACACTAGTAGAGCCGGGAGACAAAATAACATTCGAA
+GCAACTGGAAATCTAGTGGTACCGAGATATGCATTCGCAATGGAAAGAAATGCTGGATCT
+GGTATTATCATTTCAGATACACCAGTCCACGATTGCAATACAACTTGTCAGACACCCAAG
+GGTGCTATAAACACCAGCCTCCCATTTCATAATATACATCCGATCACAATTGGAAAATGT
+CCAAAATATGTAAAAAGCACAAAATTGAGACTGGCCACAGGATTGAGGAATGTCCCGTCT
+ATTCAATCTAGAGGCCTATTTGGGGCCATTGCCGGTTTCATTGAAGGGGGGTGGACAGGG
+ATGGTAGATGGATGGTACGGTTATCACCATCAAAATGAGCAGGGGTCAGGATATGCAGCC
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+CTACAGTGTAGAATATGTATT
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new file mode 100644
index 0000000..d2aa55a
--- /dev/null
+++ b/debian/tests/control
@@ -0,0 +1,3 @@
+Tests: run-unit-test
+Depends: @
+Restrictions: allow-stderr
diff --git a/debian/tests/run-unit-test b/debian/tests/run-unit-test
new file mode 100644
index 0000000..4597e7e
--- /dev/null
+++ b/debian/tests/run-unit-test
@@ -0,0 +1,16 @@
+#!/bin/sh -e
+
+pkg=mothur
+
+if [ "$ADTTMP" = "" ] ; then
+  ADTTMP=$(mktemp -d /tmp/${pkg}-test.XXXXXX)
+  trap "rm -rf $ADTTMP" 0 INT QUIT ABRT PIPE TERM
+fi
+
+cd $ADTTMP
+
+cp -a /usr/share/doc/${pkg}/HA.fasta* .
+cp -a /usr/share/doc/${pkg}/test.batch* .
+gunzip -r *
+
+mothur test.batch
diff --git a/debian/tests/test.batch b/debian/tests/test.batch
new file mode 100644
index 0000000..41dac27
--- /dev/null
+++ b/debian/tests/test.batch
@@ -0,0 +1,6 @@
+unique.seqs(fasta=HA.fasta)
+dist.seqs(fasta=HA.unique.fasta, countends=F, cutoff=0.01)
+cluster(method=furthest, column=HA.unique.dist, name=HA.names, cutoff=0.01, precision=1000)
+summary.single(list=HA.unique.fn.list, calc=nseqs-sobs-chao, label=unique-0.001-0.003-0.005-0.008)
+heatmap.bin(scale=linear, label=unique-0.001-0.003)
+rarefaction.single(calc=sobs-chao, label=unique-0.001-0.003, freq=10)

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Alioth's /usr/local/bin/git-commit-notice on /srv/git.debian.org/git/debian-med/mothur.git

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