[med-svn] [Git][med-team/lucy][master] 7 commits: Add autopkgtests

Nilesh Patra gitlab at salsa.debian.org
Sun Apr 19 14:02:03 BST 2020



Nilesh Patra pushed to branch master at Debian Med / lucy


Commits:
5a460503 by Nilesh Patra at 2020-04-19T17:51:47+05:30
Add autopkgtests

- - - - -
f3e48baa by Nilesh Patra at 2020-04-19T18:02:25+05:30
Remove unrecognized PU macro

- - - - -
449f4f2b by Nilesh Patra at 2020-04-19T18:04:44+05:30
Bump standards version to 4.5.0

- - - - -
1a6b9ef1 by Nilesh Patra at 2020-04-19T18:05:24+05:30
Drop compat, use debhelper-compat v12

- - - - -
3697db6b by Nilesh Patra at 2020-04-19T18:06:18+05:30
Add 'Rules-Requires-Root:no'

- - - - -
2d765c87 by Nilesh Patra at 2020-04-19T18:07:30+05:30
Fix with cme

- - - - -
feedc7f3 by Nilesh Patra at 2020-04-19T18:22:20+05:30
Add myself to uploaders

- - - - -


20 changed files:

- − debian/compat
- debian/control
- + debian/lucy.examples
- debian/patches/helpingMakefile.patch
- debian/rules
- + debian/tests/README
- + debian/tests/control
- + debian/tests/data/ARMTM40TR.qul
- + debian/tests/data/ARMTM40TR.seq
- + debian/tests/data/PUC19
- + debian/tests/data/PUC19splice
- + debian/tests/data/atie.2nd
- + debian/tests/data/atie.qul
- + debian/tests/data/atie.seq
- + debian/tests/data/lucy.info
- + debian/tests/data/lucy.qul
- + debian/tests/data/lucy.seq
- + debian/tests/data/pSPORT1splice
- + debian/tests/data/pSPORT1vector
- + debian/tests/run-unit-test


Changes:

=====================================
debian/compat deleted
=====================================
@@ -1 +0,0 @@
-11


=====================================
debian/control
=====================================
@@ -1,17 +1,19 @@
 Source: lucy
+Maintainer: Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging at lists.alioth.debian.org>
+Uploaders: Steffen Moeller <moeller at debian.org>, Nilesh Patra <npatra974 at gmail.com>
 Section: science
 Priority: optional
-Maintainer: Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging at lists.alioth.debian.org>
-Uploaders: Steffen Moeller <moeller at debian.org>
-Build-Depends: debhelper (>= 11)
-Standards-Version: 4.2.0
-Homepage: https://lucy.sourceforge.net
+Build-Depends: debhelper-compat (= 12)
+Standards-Version: 4.5.0
 Vcs-Browser: https://salsa.debian.org/med-team/lucy
 Vcs-Git: https://salsa.debian.org/med-team/lucy.git
+Homepage: https://lucy.sourceforge.net
+Rules-Requires-Root: no
 
 Package: lucy
 Architecture: any
-Depends: ${shlibs:Depends}, ${misc:Depends}
+Depends: ${shlibs:Depends},
+         ${misc:Depends}
 Description: DNA sequence quality and vector trimming tool
  Lucy is a utility that prepares raw DNA sequence fragments for sequence
  assembly, possibly using the TIGR Assembler. The cleanup process includes


=====================================
debian/lucy.examples
=====================================
@@ -0,0 +1 @@
+debian/tests/data/*


=====================================
debian/patches/helpingMakefile.patch
=====================================
@@ -1,3 +1,4 @@
+Description: HelpingMakefile
 Index: lucy-1.20/Makefile
 ===================================================================
 --- lucy-1.20.orig/Makefile


=====================================
debian/rules
=====================================
@@ -7,3 +7,7 @@ export DEB_LDFLAGS_MAINT_APPEND = -Wl,--as-needed
 
 %:
 	dh $@
+
+override_dh_installman:
+	sed 1d -i lucy.1
+	dh_installman


=====================================
debian/tests/README
=====================================
@@ -0,0 +1,4 @@
+Introduction
+
+In order to test lucy, data from Biological Research Computer Hierarchy is used:
+	http://home.cc.umanitoba.ca/~psgendb/birchdoc/program/lucy.html


=====================================
debian/tests/control
=====================================
@@ -0,0 +1,4 @@
+Tests: run-unit-test
+Depends: @
+Restrictions: allow-stderr
+


=====================================
debian/tests/data/ARMTM40TR.qul
=====================================
@@ -0,0 +1,59 @@
+>ARMTM40TR
+00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 
+00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 
+00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 
+00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 
+00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 
+00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 
+00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 
+00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 
+00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 
+00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 19 00 00 00 00 
+00 00 15 15 17 00 00 00 00 00 00 00 16 21 25 28 21 
+17 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 
+00 15 00 00 00 00 17 23 24 24 24 24 20 20 33 33 33 
+33 33 33 33 33 33 40 40 36 36 36 33 33 33 33 33 33 
+37 37 35 35 35 35 36 36 36 36 37 42 40 40 33 33 33 
+33 33 35 37 40 40 45 40 40 36 36 36 36 38 38 49 49 
+43 43 33 33 33 33 33 33 42 37 37 37 45 40 41 37 45 
+37 37 37 34 34 42 35 35 34 34 34 34 40 40 40 49 49 
+45 33 33 33 33 33 33 41 45 45 45 45 45 45 45 49 49 
+49 49 49 45 45 45 45 45 45 41 41 41 45 41 37 37 37 
+37 40 40 40 42 37 41 51 45 45 49 45 45 45 45 45 45 
+45 45 45 51 51 51 51 51 51 51 51 51 45 45 45 49 49 
+40 39 42 40 39 39 39 41 41 39 39 39 39 39 39 45 51 
+51 51 51 51 45 45 41 41 41 51 51 51 51 51 51 51 45 
+45 45 40 40 40 45 45 43 51 43 45 45 43 43 51 51 51 
+45 41 41 41 51 51 51 51 51 39 39 39 39 39 40 45 41 
+41 51 51 51 45 45 51 51 45 45 45 45 45 45 45 51 51 
+51 51 51 51 51 51 51 41 41 41 41 41 45 51 51 51 51 
+51 45 45 45 45 40 40 49 49 49 45 51 51 51 41 41 41 
+41 43 45 45 45 37 37 37 41 39 39 40 40 39 45 45 45 
+45 51 45 41 37 36 30 30 30 34 38 40 40 49 51 51 51 
+51 51 51 39 39 40 40 39 38 38 42 42 42 37 37 45 51 
+51 51 51 51 51 51 51 51 51 51 51 51 51 51 45 40 40 
+40 37 37 37 45 45 45 49 49 45 45 45 45 45 45 37 37 
+45 37 37 37 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 42 
+35 35 35 34 37 37 40 40 37 37 41 41 41 44 45 45 45 
+45 37 31 31 31 31 34 34 37 41 41 31 31 28 32 32 34 
+35 35 35 35 32 32 24 32 32 37 34 34 34 34 34 34 34 
+34 34 35 38 34 34 34 38 37 37 37 37 37 29 29 27 34 
+27 33 30 33 33 33 40 45 49 45 38 35 27 24 24 32 32 
+32 32 26 29 28 32 00 00 00 00 00 00 18 29 34 34 29 
+31 23 18 00 00 18 23 31 34 33 28 30 30 30 24 31 34 
+34 32 32 26 26 29 31 25 26 00 00 00 25 32 36 32 19 
+00 00 00 00 00 20 23 31 30 25 24 24 29 30 30 24 18 
+16 00 00 00 25 25 25 00 00 00 20 18 15 00 00 00 00 
+00 18 17 25 15 00 00 00 00 17 15 00 00 00 17 00 00 
+00 32 32 29 29 20 25 00 00 00 20 15 25 20 20 20 18 
+00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 16 18 15 
+00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 
+00 00 00 17 20 25 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 
+00 00 00 15 00 00 00 00 00 00 00 16 00 00 00 00 00 
+00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 
+00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 15 15 00 00 00 
+00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 
+00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 
+00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 
+00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 
+00 00 00 00 00 00 00 


=====================================
debian/tests/data/ARMTM40TR.seq
=====================================
@@ -0,0 +1,18 @@
+>ARMTM40TR
+TTAGTCTGAAGNTGTTGAACCCAATATCGTTGCGACGCAGCGGTGGCGTGGGGTCGNTAA
+TATTAAATGATTAGAATCATAATTTTGAAAAAGACTCTTATAAATAAGAAATTATGGTCA
+TAAAAAATAAATCCCCCTACGACACCNCTGCTCTAATACGANTCACTATAAGGAAAGCTC
+GTACGCCTGCAGGCTTAGGATACGCCAAGCTCTAATACGACTCACTATAGGGAAAGCTGG
+TACGCCTGCAGGTACCGGTCCGGAATTCCCGGGTCGACCCACGCGTCCGGGCGCACGCCG
+GTAGGATCTGCCTCCCGAGCTCTGGGGTGAAATGTGTGTGCCACCTCTTCCATCCCCAAA
+TGGTGTTCTTTTAAGGCCAGAGGGTGTGTTGTCATATAGAAATCCCACATTCCAGGTCTG
+ATGTTTCCTCCTTTAGCCCACCGGCTTTCAAGGGCAATTTTATATTTTGTGCTGATGTGG
+CATTTCCCTCCTGCCTGTAGTGTGCCTCCTTCCACTGCCACCTGAAGGGAGGGCCGAACC
+AGCTTGGAGGAGGGGAAGGGGCTCCCCAAAGAAGCAGCATCACATTGGATAGGGGCTGAG
+GGCTCTGGGTGGGATGGCCTGCTGGACTGACCATGGCAGGCCAGCCAGGCTGGGCACTGA
+GTTGTCAGAATAATTGTGCACAGCTTAGAGGAGCCGGGCTGCCCCATGCTAAGCATGGCA
+TCTGTCTTTCTCCATCTCTTTCCCTTTCTGTCTTTGTTTTGGTTTCCCTGCTTCTGTTCT
+GTGGGGTCTTCATTCTCTCGTTGGTCAATGTGCACTGGAGCAGAGACCAGACCTCAAGCT
+ATGACAGGGAGGGCTTTGACAGAAAAAGGCCCTCCTTTGGGCTGAGGTGTGAAAAGACTG
+GGTACAGGGGGTGGCCCACGGTAGTCTTCCTCCATAAAATGAGGGAGATGAAAGGTTTAA
+ATTGGGGTTTTCATCC


=====================================
debian/tests/data/PUC19
=====================================
@@ -0,0 +1,46 @@
+>PUC19 pUC-JK BstXI Cloning Vector (high copy number plasmid derived from pUC19)
+tcgcgcgtttcggtgatgacggtgaaaacctctgacacatgcagctcccggagacggtca
+cagcttgtctgtaagcggatgccgggagcagacaagcccgtcagggcgcgtcagcgggtg
+ttggcgggtgtcggggctggcttaactatgcggcatcagagcagattgtactgagagtgc
+accatatgcggtgtgaaataccgcacagatgcgtaaggagaaaataccgcatcaggcgcc
+attcgccattcaggctgcgcaactgttgggaagggcgatcggtgcgggcctcttcgctat
+tacgccagctggcgaaagggggatgtgctgcaaggcgattaagttgggtaacgccagggt
+tttcccagtcacgacgttgtaaaacgacggccagtgaattcccaatgtgctgggtacccg
+ggatcctgcaggtcgaccagcacactggcaagcttggcgtaatcatggtcatagctgttt
+cctgtgtgaaattgttatccgctcacaattccacacaacatacgagccggaagcataaag
+tgtaaagcctggggtgcctaatgagtgagctaactcacattaattgcgttgcgctcactg
+cccgctttccagtcgggaaacctgtcgtgccagctgcattaatgaatcggccaacgcgcg
+gggagaggcggtttgcgtattgggcgctcttccgcttcctcgctcactgactcgctgcgc
+tcggtcgttcggctgcggcgagcggtatcagctcactcaaaggcggtaatacggttatcc
+acagaatcaggggataacgcaggaaagaacatgtgagcaaaaggccagcaaaaggccagg
+aaccgtaaaaaggccgcgttgctggcgtttttccataggctccgcccccctgacgagcat
+cacaaaaatcgacgctcaagtcagaggtggcgaaacccgacaggactataaagataccag
+gcgtttccccctggaagctccctcgtgcgctctcctgttccgaccctgccgcttaccgga
+tacctgtccgcctttctcccttcgggaagcgtggcgctttctcaatgctcacgctgtagg
+tatctcagttcggtgtaggtcgttcgctccaagctgggctgtgtgcacgaaccccccgtt
+cagcccgaccgctgcgccttatccggtaactatcgtcttgagtccaacccggtaagacac
+gacttatcgccactggcagcagccactggtaacaggattagcagagcgaggtatgtaggc
+ggtgctacagagttcttgaagtggtggcctaactacggctacactagaaggacagtattt
+ggtatctgcgctctgctgaagccagttaccttcggaaaaagagttggtagctcttgatcc
+ggcaaacaaaccaccgctggtagcggtggtttttttgtttgcaagcagcagattacgcgc
+agaaaaaaaggatctcaagaagatcctttgatcttttctacggggtctgacgctcagtgg
+aacgaaaactcacgttaagggattttggtcatgagattatcaaaaaggatcttcacctag
+atccttttaaattaaaaatgaagttttaaatcaatctaaagtatatatgagtaaacttgg
+tctgacagttaccaatgcttaatcagtgaggcacctatctcagcgatctgtctatttcgt
+tcatccatagttgcctgactccccgtcgtgtagataactacgatacgggagggcttacca
+tctggccccagtgctgcaatgataccgcgagacccacgctcaccggctccagatttatca
+gcaataaaccagccagccggaagggccgagcgcagaagtggtcctgcaactttatccgcc
+tccatccagtctattaattgttgccgggaagctagagtaagtagttcgccagttaatagt
+ttgcgcaacgttgttgccattgctacaggcatcgtggtgtcacgctcgtcgtttggtatg
+gcttcattcagctccggttcccaacgatcaaggcgagttacatgatcccccatgttgtgc
+aaaaaagcggttagctccttcggtcctccgatcgttgtcagaagtaagttggccgcagtg
+ttatcactcatggttatggcagcactgcataattctcttactgtcatgccatccgtaaga
+tgcttttctgtgactggtgagtactcaaccaagtcattctgagaatagtgtatgcggcga
+ccgagttgctcttgcccggcgtcaatacgggataataccgcgccacatagcagaacttta
+aaagtgctcatcattggaaaacgttcttcggggcgaaaactctcaaggatcttaccgctg
+ttgagatccagttcgatgtaacccactcgtgcacccaactgatcttcagcatcttttact
+ttcaccagcgtttctgggtgagcaaaaacaggaaggcaaaatgccgcaaaaaagggaata
+agggcgacacggaaatgttgaatactcatactcttcctttttcaatattattgaagcatt
+tatcagggttattgtctcatgagcggatacatatttgaatgtatttagaaaaataaacaa
+ataggggttccgcgcacatttccccgaaaagtgccacctgacgtctaagaaaccattatt
+atcatgacattaacctataaaaataggcgtatcacgaggccctttcgtc


=====================================
debian/tests/data/PUC19splice
=====================================
@@ -0,0 +1,18 @@
+>PUC19.for.begin
+gcgtaaggagaaaataccgcatcaggcgccattcgccattcaggctgcgcaactgttgggaagggcgatc
+ggtgcgggcctcttcgctattacgccagctggcgaaagggggatgtgctgcaaggcgattaagttgggta
+acgccagggttttcccagtcacgacgttgtaaaacgacggccagtgaattcccaatgtgCTGGAAAGGG
+>PUC19.for.end
+CCCTTTCCAGCACActgggtacccgggatcctgcaggtcgaccagcacaCTGGcaagcttggcgtaatca
+tggtcatagctgtttcctgtgtgaaattgttatccgctcacaattccacacaacatacgagccggaagca
+taaagtgtaaagcctggggtgcctaatgagtgagctaactcacattaattgcgttgcgctcactgcccgc
+>PUC19.rev.begin
+gcgggcagtgagcgcaacgcaattaatgtgagttagctcactcattaggcaccccaggct
+ttacactttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcac
+acaggaaacagctatgaccatgattacgccaagcttgCCAGtgtgctggtcgacctgcag
+gatcccgggtacccagTGTGCTGGAAAGGG
+>PUC19.rev.end
+CCCTTTCCAGcacattgggaattcactggccgtcgttttacaacgtcgtgactgggaaaa
+ccctggcgttacccaacttaatcgccttgcagcacatccccctttcgccagctggcgtaa
+tagcgaagaggcccgcaccgatcgcccttcccaacagttgcgcagcctgaatggcgaatg
+gcgcctgatgcggtattttctccttacgc


=====================================
debian/tests/data/atie.2nd
=====================================
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debian/tests/data/atie.qul
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debian/tests/data/atie.seq
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=====================================
debian/tests/data/lucy.info
=====================================
@@ -0,0 +1,1582 @@
+ATIEA01TF	CLR	25	491	CLB	22	491	CLN	22	491	CLZ	0	0	CLV	25	0
+ATIEA03TF	CLR	0	0	CLB	0	0	CLN	0	0	CLZ	0	0	CLV	0	0
+ATIEA04TF	CLR	35	464	CLB	26	464	CLN	26	464	CLZ	0	0	CLV	35	0
+ATIEA06TF	CLR	39	493	CLB	39	493	CLN	39	493	CLZ	0	0	CLV	0	0
+ATIEA07TF	CLR	47	455	CLB	47	455	CLN	47	455	CLZ	0	0	CLV	0	0
+ATIEA09TF	CLR	9	434	CLB	9	434	CLN	9	434	CLZ	0	0	CLV	0	0
+ATIEA10TF	CLR	47	314	CLB	47	314	CLN	47	314	CLZ	0	0	CLV	0	0
+ATIEA12TF	CLR	33	495	CLB	23	495	CLN	23	495	CLZ	0	0	CLV	33	0
+ATIEA13TF	CLR	0	0	CLB	0	0	CLN	0	0	CLZ	0	0	CLV	0	0
+ATIEA14TF	CLR	39	488	CLB	39	488	CLN	39	488	CLZ	0	0	CLV	16	0
+ATIEA15TF	CLR	0	0	CLB	0	0	CLN	0	0	CLZ	0	0	CLV	0	0
+ATIEA16TF	CLR	22	460	CLB	22	460	CLN	22	460	CLZ	0	0	CLV	0	0
+ATIEA17TF	CLR	36	361	CLB	36	361	CLN	36	361	CLZ	0	0	CLV	0	0
+ATIEA18TF	CLR	43	505	CLB	43	505	CLN	43	505	CLZ	0	0	CLV	18	0
+ATIEA20TF	CLR	77	384	CLB	45	384	CLN	45	384	CLZ	0	0	CLV	77	0
+ATIEA21TF	CLR	26	229	CLB	26	229	CLN	26	229	CLZ	0	0	CLV	21	0
+ATIEA22TF	CLR	40	446	CLB	40	446	CLN	40	446	CLZ	0	0	CLV	0	0
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+ATIEP77TR	CLR	33	570	CLB	33	570	CLN	186	443	CLZ	33	570	CLV	0	0
+ATIEP78TF	CLR	7	368	CLB	7	368	CLN	14	328	CLZ	7	368	CLV	0	0
+ATIEP78TR	CLR	22	521	CLB	12	521	CLN	13	426	CLZ	12	521	CLV	22	0
+ATIEP79TF	CLR	19	686	CLB	5	686	CLN	47	532	CLZ	5	686	CLV	19	0
+ATIEP79TR	CLR	38	519	CLB	31	519	CLN	34	453	CLZ	31	519	CLV	38	0
+ATIEP80TF	CLR	15	582	CLB	15	582	CLN	16	435	CLZ	15	582	CLV	11	0
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+ATIEP82TF	CLR	18	611	CLB	4	611	CLN	14	469	CLZ	4	611	CLV	18	0
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+ATIEP90TF	CLR	28	697	CLB	24	697	CLN	30	579	CLZ	24	697	CLV	28	0
+ATIEP90TR	CLR	46	647	CLB	12	647	CLN	12	507	CLZ	12	647	CLV	46	0
+ATIEP91TF	CLR	25	647	CLB	25	647	CLN	28	511	CLZ	25	647	CLV	0	0
+ATIEP91TR	CLR	29	564	CLB	29	564	CLN	32	520	CLZ	29	564	CLV	0	0
+ATIEP92TF	CLR	34	631	CLB	29	631	CLN	98	559	CLZ	29	631	CLV	34	0
+ATIEP92TR	CLR	21	550	CLB	11	550	CLN	14	493	CLZ	11	550	CLV	21	0
+ATIEP93TF	CLR	97	608	CLB	32	608	CLN	33	465	CLZ	32	608	CLV	97	0
+ATIEP93TR	CLR	75	578	CLB	27	578	CLN	34	484	CLZ	27	578	CLV	75	0
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+ATIEP94TR	CLR	41	622	CLB	41	622	CLN	47	445	CLZ	41	622	CLV	0	0
+ATIEP95TF	CLR	20	617	CLB	20	617	CLN	31	558	CLZ	20	617	CLV	11	0
+ATIEP95TR	CLR	27	553	CLB	27	553	CLN	41	444	CLZ	27	553	CLV	0	0
+ATIEP96TF	CLR	7	555	CLB	7	555	CLN	16	513	CLZ	7	555	CLV	0	0
+ATIEP96TR	CLR	24	516	CLB	14	516	CLN	17	483	CLZ	14	516	CLV	24	0


=====================================
debian/tests/data/lucy.qul
=====================================
The diff for this file was not included because it is too large.

=====================================
debian/tests/data/lucy.seq
=====================================
The diff for this file was not included because it is too large.

=====================================
debian/tests/data/pSPORT1splice
=====================================
@@ -0,0 +1,22 @@
+>pSPORT1.for.begin
+CCATTCGCCATTCAGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCT
+ATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGG
+GTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGAATTTAGGTGACACTAT
+AGAAGAGCTATGACGTCGCATGCACGCGTACGTAAGCTTGGATCCTCTAGAGCTCGACCC
+ACGCGTCCG
+>pSPORT1.for.end
+TCGACCCACGCGTCCGGGCCGCCGACTAGTGAGCTCGTCGACCCGGGAATTCCGGACCGG
+TACCTGCAGGCGTACCAGCTTTCCCTATAGTGAGTCGTATTAGAGCTTGGCGTAATCATG
+GTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGC
+CGGAAGCATAAAGTGTAAAG
+>pSPORT1.rev.beg
+CTTTACACTTTATGCTTCCGGCTCGTATGTTGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTC
+ACACAGGAAACAGCTATGACCATGATTACGCCAAGCTCTAATACGACTCACTATAGGGAA
+AGCTGGTACGCCTGCAGGTACCGGTCCGGAATTCCCGGGTCGACGAGCTCACTAGTCGGC
+GGCCCGGACGCGTGGGTCGA
+>pSPORT1.rev.end
+CGGACGCGTGGGTCGAGCTCTAGAGGATCCAAGCTTACGTACGCGTGCATGCGACGTCAT
+AGCTCTTCTATAGTGTCACCTAAATTCAATTCACTGGCCGTCGTTTTACAACGTCGTGAC
+TGGGAAAACCCTGGCGTTACCCAACTTAATCGCCTTGCAGCACATCCCCCTTTCGCCAGC
+TGGCGTAATAGCGAAGAGGCCCGCACCGATCGCCCTTCCCAACAGTTGCGCAGCCTGAAT
+GGCGAATGG


=====================================
debian/tests/data/pSPORT1vector
=====================================
@@ -0,0 +1,70 @@
+>pSPORT1
+CCATTCGCCATTCAGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCT
+ATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGG
+GTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGAATTTAGGTGACACTAT
+AGAAGAGCTATGACGTCGCATGCACGCGTACGTAAGCTTGGATCCTCTAGAGCGGCCGCC
+GACTAGTGAGCTCGTCGACCCGGGAATTCCGGACCGGTACCTGCAGGCGTACCAGCTTTC
+CCTATAGTGAGTCGTATTAGAGCTTGGCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAA
+ATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCT
+GGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCC
+AGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCG
+GTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGCTGA
+TTGCCCTTCACCGCCTGGCCCTGAGAGAGTTGCAGCAAGCGGTCCACGCTGGTTTGCCCC
+AGCAGGCGAAAATCCTGTTTGATGGTGGTTAACGGCGGGATATAACATGAGCTGTCTTCG
+GTATCGTCGTATCCCACTACCGAGATATCCGCACCAACGCGCAGCCCGGACTCGGTAATG
+GCGCGCATTGCGCCCAGCGCCATCTGATCGTTGGCAACCAGCATCGCAGTGGGAACGATG
+CCCTCATTCAGCATTTGCATGGTTTGTTGAAAACCGGACATGGCACTCCAGTCGCCTTCC
+CGTTCCGCTATCGGCTGAATTTGATTGCGAGTGAGATATTTATGCCAGCCAGCCAGACGC
+AGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACAGCGCGATTTGCTGGTGACCCAAT
+GCGACCAGATGCTCCACGCCCAGTCGCGTACCGTCTTCATGGGAGAAAATAATACTGTTG
+ATGGGTGTCTGGTCAGAGACATCAAGAAATAACGCCGGAACATTAGTGCAGGCAGCTTCC
+ACAGCAATGGCATCCTGGTCATCCAGCGGATAGTTAATGATCAGCCCACTGACCCGTTGC
+GCGAGAAGATTGTGCACCGCCGCTTTACAGGCTTCGACGCCGCTTCGTTCTACCATCGAC
+ACCACCACGCTGGCACCCAGTTGATCGGCGCGAGATTTAATCGCCGCGACAATTTGCGAC
+GGCGCGTGCAGGGCCAGACTGGAGGTGGCAACGCCAATCAGCAACGACTGTTTGCCCGCC
+AGTTGTTGTGCCACGCGGTTGGGAATGTAATTCAGCTCCGCCATCGCCGCTTCCACTTTT
+TCCCGCGTTTTCGCAGAAACGTGGCTGGCCTGGTTCACCACGCGGGAAACGGTCTGATAA
+GAGACACCGGCATACTCTGCGACATCGTATAACGTTACTGGTTTCACATTCACCACCCTG
+AATTGACTCTCTTCCGGGCGCTATCATGCCATACCGCGAAAGGTTTTGCGCCATTCGATG
+GTGTCAACGTAAATGCCGCTTCGCCTTCGCGCGCGAATTGCAAGCTCTGCATTAATGAAT
+CGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCTCTTCCGCTTCCTCGCTCAC
+TGACTCGCTGCGCTCGGTCGTTCGGCTGCGGCGAGCGGTATCAGCTCACTCAAAGGCGGT
+AATACGGTTATCCACAGAATCAGGGGATAACGCAGGAAAGAACATGTGAGCAAAAGGCCA
+GCAAAAGGCCAGGAACCGTAAAAAGGCCGCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCC
+CCCTGACGAGCATCACAAAAATCGACGCTCAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACAGGACT
+ATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAAGCTCCCTCGTGCGCTCTCCTGTTCCGACCCT
+GCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGAAGCGTGGCGCTTTCTCAATG
+CTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTGGGCTGTGTGCA
+CGAACCCCCCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTGAGTCCAA
+CCCGGTAAGACACGACTTATCGCCACTGGCAGCAGCCACTGGTAACAGGATTAGCAGAGC
+GAGGTATGTAGGCGGTGCTACAGAGTTCTTGAAGTGGTGGCCTAACTACGGCTACACTAG
+AAGGACAGTATTTGGTATCTGCGCTCTGCTGAAGCCAGTTACCTTCGGAAAAAGAGTTGG
+TAGCTCTTGATCCGGCAAACAAACCACCGCTGGTAGCGGTGGTTTTTTTGTTTGCAAGCA
+GCAGATTACGCGCAGAAAAAAAGGATCTCAAGAAGATCCTTTGATCTTTTCTACGGGGTC
+TGACGCTCAGTGGAACGAAAACTCACGTTAAGGGATTTTGGTCATGAGATTATCAAAAAG
+GATCTTCACCTAGATCCTTTTAAATTAAAAATGAAGTTTTAAATCAATCTAAAGTATATA
+TGAGTAAACTTGGTCTGACAGTTACCAATGCTTAATCAGTGAGGCACCTATCTCAGCGAT
+CTGTCTATTTCGTTCATCCATAGTTGCCTGACTCCCCGTCGTGTAGATAACTACGATACG
+GGAGGGCTTACCATCTGGCCCCAGTGCTGCAATGATACCGCGAGACCCACGCTCACCGGC
+TCCAGATTTATCAGCAATAAACCAGCCAGCCGGAAGGGCCGAGCGCAGAAGTGGTCCTGC
+AACTTTATCCGCCTCCATCCAGTCTATTAATTGTTGCCGGGAAGCTAGAGTAAGTAGTTC
+GCCAGTTAATAGTTTGCGCAACGTTGTTGCCATTGCTACAGGCATCGTGGTGTCACGCTC
+GTCGTTTGGTATGGCTTCATTCAGCTCCGGTTCCCAACGATCAAGGCGAGTTACATGATC
+CCCCATGTTGTGCAAAAAAGCGGTTAGCTCCTTCGGTCCTCCGATCGTTGTCAGAAGTAA
+GTTGGCCGCAGTGTTATCACTCATGGTTATGGCAGCACTGCATAATTCTCTTACTGTCAT
+GCCATCCGTAAGATGCTTTTCTGTGACTGGTGAGTACTCAACCAAGTCATTCTGAGAATA
+GTGTATGCGGCGACCGAGTTGCTCTTGCCCGGCGTCAATACGGGATAATACCGCGCCACA
+TAGCAGAACTTTAAAAGTGCTCATCATTGGAAAACGTTCTTCGGGGCGAAAACTCTCAAG
+GATCTTACCGCTGTTGAGATCCAGTTCGATGTAACCCACTCGTGCACCCAACTGATCTTC
+AGCATCTTTTACTTTCACCAGCGTTTCTGGGTGAGCAAAAACAGGAAGGCAAAATGCCGC
+AAAAAAGGGAATAAGGGCGACACGGAAATGTTGAATACTCATACTCTTCCTTTTTCAATA
+TTATTGAAGCATTTATCAGGGTTATTGTCTCATGAGCGGATACATATTTGAATGTATTTA
+GAAAAATAAACAAATAGGGGTTCCGCGCACATTTCCCCGAAAAGTGCCACCTGAAATTGT
+AAACGTTAATATTTTGTTAAAATTCGCGTTAAATTTTTGTTAAATCAGCTCATTTTTTAA
+CCAATAGGCCGAAATCGGCAAAATCCCTTATAAATCAAAAGAATAGACCGAGATAGGGTT
+GAGTGTTGTTCCAGTTTGGAACAAGAGTCCACTATTAAAGAACGTGGACTCCAACGTCAA
+AGGGCGAAAAACCGTCTATCAGGGCGATGGCCCACTACGTGAACCATCACCCTAATCAAG
+TTTTTTGGGGTCGAGGTGCCGTAAAGCACTAAATCGGAACCCTAAAGGGAGCCCCCGATT
+TAGAGCTTGACGGGGAAAGCCGGCGAACGTGGCGAGAAAGGAAGGGAAGAAAGCGAAAGG
+AGCGGGCGCTAGGGCGCTGGCAAGTGTAGCGGTCACGCTGCGCGTAACCACCACACCCGC
+CGCGCTTAATGCGCCGCTACAGGGCGCGTC
\ No newline at end of file


=====================================
debian/tests/run-unit-test
=====================================
@@ -0,0 +1,29 @@
+#!/bin/bash
+set -e
+
+pkg=lucy
+
+if [ "${AUTOPKGTEST_TMP}" = "" ] ; then
+  AUTOPKGTEST_TMP=$(mktemp -d /tmp/${pkg}-test.XXXXXX)
+  trap "rm -rf ${AUTOPKGTEST_TMP}" 0 INT QUIT ABRT PIPE TERM
+fi
+
+cp /usr/share/doc/${pkg}/examples/* -a "${AUTOPKGTEST_TMP}"
+
+cd "${AUTOPKGTEST_TMP}"
+gunzip -r *
+
+echo 'Test - 1'
+lucy atie.seq atie.qul atie.2nd -output test1.seq test1.qul
+rm -f ./test1.*
+echo '---------------Passed!----------------------------'
+
+echo 'Test - 2'
+lucy ARMTM40TR.seq ARMTM40TR.qul -output test2.seq test2.qul
+rm -f ./test2.*
+echo '---------------Passed!----------------------------'
+
+echo 'Test - 3'
+lucy -v PUC19 PUC19splice atie.seq atie.qul atie.2nd -debug lucy.info -vector pSPORT1vector pSPORT1splice -output test3.seq test3.qul
+rm -f ./test3.*
+echo '---------------Passed!----------------------------'



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