[med-svn] [Git][med-team/obitools][master] Try to move packaging to Python3

Andreas Tille gitlab at salsa.debian.org
Sun Jan 12 15:00:56 GMT 2020



Andreas Tille pushed to branch master at Debian Med / obitools


Commits:
998a81ee by Andreas Tille at 2020-01-12T16:00:26+01:00
Try to move packaging to Python3

- - - - -


6 changed files:

- debian/changelog
- debian/control
- debian/patches/2to3.patch
- debian/patches/fix_path_interpreter
- debian/patches/series
- debian/rules


Changes:

=====================================
debian/changelog
=====================================
@@ -1,3 +1,9 @@
+obitools (1.2.13+dfsg-3) UNRELEASED; urgency=medium
+
+  * Use 2to3 to port from Python2 to Python3
+
+ -- Andreas Tille <tille at debian.org>  Sun, 12 Jan 2020 15:05:34 +0100
+
 obitools (1.2.13+dfsg-2) unstable; urgency=medium
 
   * Apply patch by Olivier Sallou to work around bug at cleanup


=====================================
debian/control
=====================================
@@ -6,12 +6,12 @@ Section: science
 Priority: optional
 Build-Depends: debhelper-compat (= 12),
                dh-python,
-               python-dev,
+               python3-dev,
                python3-sphinx,
-               cython,
-               ipython,
-               python-wheel,
-               python-virtualenv
+               cython3,
+               ipython3,
+               python3-wheel,
+               python3-virtualenv
 Standards-Version: 4.4.1
 Vcs-Browser: https://salsa.debian.org/med-team/obitools
 Vcs-Git: https://salsa.debian.org/med-team/obitools.git
@@ -20,7 +20,7 @@ Homepage: https://pypi.python.org/pypi/OBITools
 Package: obitools
 Architecture: amd64
 Depends: ${misc:Depends},
-         ${python:Depends},
+         ${python3:Depends},
          ${shlibs:Depends},
          ${sphinxdoc:Depends},
          libjs-sphinxdoc


=====================================
debian/patches/2to3.patch
=====================================
@@ -477,12 +477,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
  #
 --- a/src/ali2consensus.py
 +++ b/src/ali2consensus.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- 
- '''
- Created on 30 sept. 2011
 @@ -63,7 +63,7 @@ if __name__=='__main__':
      iupacDNA['B'] = ('C', 'G', 'T')
      iupacDNA['N'] = ('A', 'C', 'G', 'T')
@@ -507,12 +501,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
          sumCounts = 0
 --- a/src/ecodbtaxstat.py
 +++ b/src/ecodbtaxstat.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`ecodbtaxstat`: gives taxonomic rank frequency of a given ``ecopcr`` database   
- =====================================================================================
 @@ -65,12 +65,12 @@ if __name__=='__main__':
              i+=1
              stats[t]=stats.get(t,0)+1
@@ -534,12 +522,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
 \ No newline at end of file
 --- a/src/ecotag.py
 +++ b/src/ecotag.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/OBITools-1.1.22/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`ecotag`: assigns sequences to taxa
- ===========================================
 @@ -320,7 +320,7 @@ if __name__=='__main__':
      taxonomy = loadTaxonomyDatabase(options)
      writer = sequenceWriterGenerator(options)
@@ -587,12 +569,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
                  
 --- a/src/ecotaxspecificity.py
 +++ b/src/ecotaxspecificity.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`ecotaxspecificity`: Evaluates barcode resolution
- =========================================================
 @@ -112,7 +112,7 @@ if __name__=='__main__':
      digit = int(math.ceil(math.log10(ldb)))
      aligncount = ldb*(ldb+1)/2
@@ -660,12 +636,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
       #   print "Lost Sequences:"
 --- a/src/ecotaxstat.py
 +++ b/src/ecotaxstat.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`ecotaxstat` : getting the coverage of an ecoPCR output compared to the original ecoPCR database
- ========================================================================================================
 @@ -24,6 +24,7 @@ from obitools.options import getOptionMa
  from obitools.ecopcr.options import loadTaxonomyDatabase
  
@@ -704,7 +674,7 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
  
 --- a/src/extractreads.py
 +++ b/src/extractreads.py
-@@ -81,7 +81,7 @@ def cutQuality(s):
+@@ -82,7 +82,7 @@ def cutQuality(s):
      
      def cumsum0(x):
          if x[0] < 0: x[0]=0
@@ -713,7 +683,7 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
              x[i]+=x[i-1]
              if x[i]<0: x[i]=0
          return x
-@@ -114,8 +114,8 @@ def cutQuality(s):
+@@ -115,8 +115,8 @@ def cutQuality(s):
  def cutDirectReverse(entries):
      first = []
      
@@ -724,7 +694,7 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
          
      lens = [len(x) for x in first]
      clen = {}
-@@ -137,7 +137,7 @@ def cutDirectReverse(entries):
+@@ -138,7 +138,7 @@ def cutDirectReverse(entries):
      
  def seqPairs(direct,reverse):
      for d in direct:
@@ -733,7 +703,7 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
          yield(cutQuality(d),cutQuality(r))
  
      
-@@ -151,7 +151,7 @@ def seq2words(seqs,options):
+@@ -152,7 +152,7 @@ def seq2words(seqs,options):
  
          ls = len(s) - options.length + 1
   
@@ -742,7 +712,7 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
              w =minword(s[wp:wp+options.length])
              if len(w)==options.length:
                  nw.add(w)              
-@@ -186,23 +186,23 @@ if __name__ == '__main__':
+@@ -187,23 +187,23 @@ if __name__ == '__main__':
      writer = sequenceWriterGenerator(options)
  
      if options.rdump is None:
@@ -771,7 +741,7 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
      
      while len(wordlist)>0:
          w = wordlist.pop()
-@@ -224,17 +224,17 @@ if __name__ == '__main__':
+@@ -225,17 +225,17 @@ if __name__ == '__main__':
          seqpair+=i
          
          if i:
@@ -795,7 +765,7 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
              
 --- a/src/extractreads2.py
 +++ b/src/extractreads2.py
-@@ -47,8 +47,8 @@ def addWindowsOptions(optionManager):
+@@ -48,8 +48,8 @@ def addWindowsOptions(optionManager):
  def cutDirectReverse(entries):
      first = []
      
@@ -806,7 +776,7 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
          
      lens = [len(x) for x in first]
      clen = {}
-@@ -70,7 +70,7 @@ def cutDirectReverse(entries):
+@@ -71,7 +71,7 @@ def cutDirectReverse(entries):
      
  def seqPairs(direct,reverse):
      for d in direct:
@@ -815,7 +785,7 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
          yield(d,r)
  
  if __name__ == '__main__':
-@@ -99,7 +99,7 @@ if __name__ == '__main__':
+@@ -100,7 +100,7 @@ if __name__ == '__main__':
              ft = ft + ft[0:options.length]
              rt = rt + rt[0:options.length]
          
@@ -826,12 +796,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
                  words.enter(w)
 --- a/src/illuminapairedend.py
 +++ b/src/illuminapairedend.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`illuminapairedend`: aligns paired-end Illumina reads
- =============================================================
 @@ -52,7 +52,7 @@ from obitools.format.options import addO
      sequenceWriterGenerator
  
@@ -883,12 +847,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
          writer(consensus)
 --- a/src/ngsfilter.py
 +++ b/src/ngsfilter.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`ngsfilter` : Assigns sequence records to the corresponding experiment/sample based on DNA tags and primers
- ===================================================================================================================
 @@ -46,6 +46,7 @@ from obitools.options import getOptionMa
  from obitools.utils import ColumnFile
  from obitools.align import FreeEndGapFullMatch
@@ -958,12 +916,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
              message = 'No reverse primer match'
 --- a/src/obiaddtaxids.py
 +++ b/src/obiaddtaxids.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obiaddtaxids`: adds *taxids* to sequence records using an ecopcr database
- ==================================================================================
 @@ -369,7 +369,7 @@ if __name__=='__main__':
                  try:
                      taxid = getTaxid(tax, species_name, restricting_ancestor)
@@ -1018,22 +970,8 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
                  if options.unidentified is not None and not genusFound :
 -                    print>>options.unidentified,formatFasta(s)
 +                    print(formatFasta(s), file=options.unidentified)
---- a/src/obiannotate.py
-+++ b/src/obiannotate.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- 
- '''
- :py:mod:`obiannotate`: adds/edits sequence record annotations
 --- a/src/obiclean.py
 +++ b/src/obiclean.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- 
- '''
- :py:mod:`obiclean`: tags a set of sequences for PCR/sequencing errors identification 
 @@ -165,7 +165,7 @@ if __name__ == '__main__':
      digit = int(math.ceil(math.log10(ldb)))
      aligncount = ldb*(ldb+1)/2
@@ -1115,22 +1053,8 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
              
              
              
---- a/src/obicomplement.py
-+++ b/src/obicomplement.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- """
- :py:mod:`obicomplement`: reverse-complements sequences
- ======================================================
 --- a/src/obiconvert.py
 +++ b/src/obiconvert.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obiconvert`: converts sequence files to different output formats
- =========================================================================
 @@ -47,7 +47,7 @@ if __name__ == '__main__':
              try:
                  writer(entry)
@@ -1142,12 +1066,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
              
 --- a/src/obicount.py
 +++ b/src/obicount.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obicount`: counts the number of sequence records 
- =========================================================
 @@ -51,9 +51,9 @@ if __name__ == '__main__':
              count2+=1
              
@@ -1164,12 +1082,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
 \ No newline at end of file
 --- a/src/obicut.py
 +++ b/src/obicut.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obicut`: trims sequences
- =================================
 @@ -48,6 +48,6 @@ if __name__=='__main__':  # @UndefinedVa
  
      writer = sequenceWriterGenerator(options)
@@ -1181,12 +1093,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
 \ No newline at end of file
 --- a/src/obidistribute.py
 +++ b/src/obidistribute.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obidistribute`: Distributes sequence records over several sequence records files 
- =========================================================================================
 @@ -26,6 +26,7 @@ from obitools.format.options import addI
  import math
  from obitools.fasta import formatFasta
@@ -1222,12 +1128,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
          out[i](seq)
 --- a/src/obiextract.py
 +++ b/src/obiextract.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obiextract`: extract samples from a dataset 
- ====================================================
 @@ -56,7 +56,7 @@ def selectSamples(entry,key,samples):
          entry['count']=s 
          entry[key]=newsamples
@@ -1237,22 +1137,8 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
      else:
          entry=None
          
---- a/src/obigrep.py
-+++ b/src/obigrep.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obigrep`: filters sequence file 
- ========================================
 --- a/src/obihead.py
 +++ b/src/obihead.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obihead`: extracts the first sequence records
- ======================================================
 @@ -50,7 +50,7 @@ if __name__ == '__main__':
              writer(s)
              i+=1
@@ -1264,12 +1150,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
          
 --- a/src/obijoinpairedend.py
 +++ b/src/obijoinpairedend.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obijoinpairedend`: Joins paired-end reads
- ==================================================
 @@ -54,8 +54,8 @@ def addPairEndOptions(optionManager):
  def cutDirectReverse(entries):
      first = []
@@ -1292,12 +1172,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
  
 --- a/src/obipr2.py
 +++ b/src/obipr2.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obipr2`: converts silva database into an ecoPCR database
- =================================================================
 @@ -35,7 +35,7 @@ from obitools.fasta import fastaIterator
  import sys
  from obitools.utils import universalOpen, ColumnFile
@@ -1391,12 +1265,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
 \ No newline at end of file
 --- a/src/obisample.py
 +++ b/src/obisample.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obisample`: randomly resamples sequence records
- ========================================================
 @@ -39,7 +39,7 @@ def addSampleOptions(optionManager):
                              )
   
@@ -1408,12 +1276,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
  
 --- a/src/obiselect.py
 +++ b/src/obiselect.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- """
- :py:mod:`obiselect` : selects representative sequence records
- =============================================================
 @@ -18,6 +18,7 @@ from obitools.utils import progressBar
  import math
  import sys
@@ -1477,12 +1339,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
 +    print(file=sys.stderr)
 --- a/src/obisilva.py
 +++ b/src/obisilva.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obisilva`: converts silva database into an ecoPCR database
- ===================================================================
 @@ -24,7 +24,7 @@ from obitools.fasta import fastaIterator
  import sys
  from obitools.utils import universalOpen, ColumnFile
@@ -1582,22 +1438,8 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
          
      ecoTaxonomyWriter(options.ecopcroutput,options.taxonomy,onlyLocal=True)
  
---- a/src/obisort.py
-+++ b/src/obisort.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obisort`: Sorts sequence records according to the value of a given attribute 
- =====================================================================================
 --- a/src/obisplit.py
 +++ b/src/obisplit.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obisplit`: Splits a sequence file in a set of subfiles
- ===============================================================
 @@ -30,6 +30,7 @@ from obitools.options import getOptionMa
  from obitools.format.options import addInOutputOption
  from obitools.fasta import formatFasta
@@ -1624,12 +1466,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
              
 --- a/src/obistat.py
 +++ b/src/obistat.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obistat`: computes basic statistics for attribute values 
- =================================================================
 @@ -24,6 +24,7 @@ from obitools.options import getOptionMa
  from obitools.format.options import addInputFormatOption
  from obitools.ecopcr.options import addTaxonomyDBOptions, loadTaxonomyDatabase
@@ -1679,12 +1515,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
  ================================================
 --- a/src/obitab.py
 +++ b/src/obitab.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obitab`: converts a sequence file to a tabular file
- ============================================================
 @@ -75,7 +75,7 @@ if __name__=='__main__':
      db = []
      for seq in entries: 
@@ -1712,22 +1542,8 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
          
      
              
---- a/src/obitail.py
-+++ b/src/obitail.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obitail`: extracts the last sequence records
- =====================================================
 --- a/src/obitaxonomy.py
 +++ b/src/obitaxonomy.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obitaxonomy`: manages taxonomic databases
- ==================================================
 @@ -87,9 +87,9 @@ def addTaxonFromFile(name, rank, parent,
      parent= options.taxonomy._taxonomy[taxon[2]]
      
@@ -2484,12 +2300,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
              definition,info = parseFastaDescription(ds)
 --- a/src/obitools/barcodecoverage/calcBc.py
 +++ b/src/obitools/barcodecoverage/calcBc.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- Created on 24 nov. 2011
- 
 @@ -46,7 +46,7 @@ def main(amplifiedSeqs, seqsFromDB, kept
      
      BcValues = {}
@@ -2501,12 +2311,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
          if g in amplifiedtaxabygroup :
 --- a/src/obitools/barcodecoverage/drawBcTree.py
 +++ b/src/obitools/barcodecoverage/drawBcTree.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- Created on 25 nov. 2011
- 
 @@ -100,9 +100,9 @@ def label(node):
  
  
@@ -2519,30 +2323,8 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
 +                      cartoon=cartoonRankGenerator('family')))
                        #collapse=collapseBcGenerator(70))
          
---- a/src/obitools/barcodecoverage/findErrors.py
-+++ b/src/obitools/barcodecoverage/findErrors.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- Created on 24 nov. 2011
- 
---- a/src/obitools/barcodecoverage/readFiles.py
-+++ b/src/obitools/barcodecoverage/readFiles.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- Created on 23 nov. 2011
- 
 --- a/src/obitools/barcodecoverage/writeBcTree.py
 +++ b/src/obitools/barcodecoverage/writeBcTree.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- Created on 25 nov. 2011
- 
 @@ -32,7 +32,7 @@ def main(BcValues,errors,tax) :
  
      for taxon in BcValues:
@@ -4190,12 +3972,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
                               data[5],
 --- a/src/obitools/solexaPairEnd.py
 +++ b/src/obitools/solexaPairEnd.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- Created on 30 dec. 2009
- 
 @@ -26,8 +26,8 @@ def addSolexaPairEndOptions(optionManage
  def cutDirectReverse(entries):
      first = []
@@ -5367,12 +5143,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
          def addToZip(zf, path, zippath):
 --- a/src/obiuniq.py
 +++ b/src/obiuniq.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obiuniq`: groups and dereplicates sequences  
- ====================================================
 @@ -104,4 +104,4 @@ if __name__=='__main__':
      uniqSeq=usm(entries,taxonomy,options.merge,options.mergeids,options.categories)
   
@@ -5381,12 +5151,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
 +        print(formatFasta(seq)) 
 --- a/src/oligotag.py
 +++ b/src/oligotag.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`oligotag`: Designs a set of oligonucleotides with specified properties
- ===============================================================================
 @@ -47,13 +47,13 @@ def addOligoTagOptions(optionManager):
  def edgeIterator(words,distmin=1,error=None):
      words=[x for x in words]
@@ -5447,3 +5211,14 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
 +        print("-------------------------------------------", file=sys.stderr)
 +        print(file=sys.stderr)
   
+--- a/src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx
++++ b/src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx
+@@ -1,7 +1,7 @@
+ # cython: profile=True
+ 
+ from obitools.options.taxonomyfilter import taxonomyFilterGenerator
+-
++from functools import reduce
+ 
+ def filterGenerator(options):
+     taxfilter = taxonomyFilterGenerator(options)


=====================================
debian/patches/fix_path_interpreter
=====================================
@@ -6,14 +6,14 @@ Forwarded: no
 --- a/src/extractreads.py
 +++ b/src/extractreads.py
 @@ -1,3 +1,4 @@
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  Created on 9 juin 2012
  
 --- a/src/extractreads2.py
 +++ b/src/extractreads2.py
 @@ -1,3 +1,4 @@
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  Created on 9 juin 2012
  
@@ -21,7 +21,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/ali2consensus.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  
  '''
  Created on 30 sept. 2011
@@ -29,7 +29,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/ecodbtaxstat.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`ecodbtaxstat`: gives taxonomic rank frequency of a given ``ecopcr`` database   
  =====================================================================================
@@ -37,7 +37,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/ecotaxspecificity.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`ecotaxspecificity`: Evaluates barcode resolution
  =========================================================
@@ -45,7 +45,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/ecotaxstat.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`ecotaxstat` : getting the coverage of an ecoPCR output compared to the original ecoPCR database
  ========================================================================================================
@@ -53,7 +53,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/illuminapairedend.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`illuminapairedend`: aligns paired-end Illumina reads
  =============================================================
@@ -61,7 +61,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/ngsfilter.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`ngsfilter` : Assigns sequence records to the corresponding experiment/sample based on DNA tags and primers
  ===================================================================================================================
@@ -69,7 +69,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obiaddtaxids.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obiaddtaxids`: adds *taxids* to sequence records using an ecopcr database
  ==================================================================================
@@ -77,7 +77,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obiannotate.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  
  '''
  :py:mod:`obiannotate`: adds/edits sequence record annotations
@@ -85,7 +85,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obiclean.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  
  '''
  :py:mod:`obiclean`: tags a set of sequences for PCR/sequencing errors identification 
@@ -93,7 +93,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obicomplement.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  """
  :py:mod:`obicomplement`: reverse-complements sequences
  ======================================================
@@ -101,7 +101,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obiconvert.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obiconvert`: converts sequence files to different output formats
  =========================================================================
@@ -109,7 +109,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obicount.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obicount`: counts the number of sequence records 
  =========================================================
@@ -117,7 +117,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obicut.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obicut`: trims sequences
  =================================
@@ -125,7 +125,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obidistribute.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obidistribute`: Distributes sequence records over several sequence records files 
  =========================================================================================
@@ -133,7 +133,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obiextract.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obiextract`: extract samples from a dataset 
  ====================================================
@@ -141,7 +141,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obigrep.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obigrep`: filters sequence file 
  ========================================
@@ -149,7 +149,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obihead.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obihead`: extracts the first sequence records
  ======================================================
@@ -157,7 +157,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obijoinpairedend.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obijoinpairedend`: Joins paired-end reads
  ==================================================
@@ -165,7 +165,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obipr2.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obipr2`: converts silva database into an ecoPCR database
  =================================================================
@@ -173,7 +173,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obisample.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obisample`: randomly resamples sequence records
  ========================================================
@@ -181,7 +181,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obiselect.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  """
  :py:mod:`obiselect` : selects representative sequence records
  =============================================================
@@ -189,7 +189,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obisilva.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obisilva`: converts silva database into an ecoPCR database
  ===================================================================
@@ -197,7 +197,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obisort.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obisort`: Sorts sequence records according to the value of a given attribute 
  =====================================================================================
@@ -205,7 +205,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obisplit.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obisplit`: Splits a sequence file in a set of subfiles
  ===============================================================
@@ -213,7 +213,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obistat.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obistat`: computes basic statistics for attribute values 
  =================================================================
@@ -221,7 +221,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obitab.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obitab`: converts a sequence file to a tabular file
  ============================================================
@@ -229,7 +229,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obitail.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obitail`: extracts the last sequence records
  =====================================================
@@ -237,7 +237,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obitaxonomy.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obitaxonomy`: manages taxonomic databases
  ==================================================
@@ -245,7 +245,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obiuniq.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`obiuniq`: groups and dereplicates sequences  
  ====================================================
@@ -253,7 +253,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/oligotag.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`oligotag`: Designs a set of oligonucleotides with specified properties
  ===============================================================================
@@ -261,7 +261,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obitools/barcodecoverage/calcBc.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  Created on 24 nov. 2011
  
@@ -269,7 +269,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obitools/barcodecoverage/drawBcTree.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  Created on 25 nov. 2011
  
@@ -277,7 +277,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obitools/barcodecoverage/findErrors.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  Created on 24 nov. 2011
  
@@ -285,7 +285,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obitools/barcodecoverage/readFiles.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  Created on 23 nov. 2011
  
@@ -293,7 +293,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obitools/barcodecoverage/writeBcTree.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  Created on 25 nov. 2011
  
@@ -301,7 +301,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/obitools/solexaPairEnd.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  Created on 30 dec. 2009
  
@@ -309,7 +309,7 @@ Forwarded: no
 +++ b/src/ecotag.py
 @@ -1,4 +1,4 @@
 -#!/usr/local/OBITools-1.1.22/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
  '''
  :py:mod:`ecotag`: assigns sequences to taxa
  ===========================================


=====================================
debian/patches/series
=====================================
@@ -1,3 +1,3 @@
 use_debian_libs
 fix_path_interpreter
-# 2to3.patch
+2to3.patch


=====================================
debian/rules
=====================================
@@ -12,7 +12,7 @@ export DEB_BUILD_MAINT_OPTIONS = hardening=+all
 export PYBUILD_NAME=obitools
 
 %:
-	dh $@  --with python2 --buildsystem=pybuild
+	dh $@  --with python3 --buildsystem=pybuild
 
 override_dh_clean:
 	dh_clean



View it on GitLab: https://salsa.debian.org/med-team/obitools/commit/998a81ee9b5b140798d241b3de8f9dcfc3b2c995

-- 
View it on GitLab: https://salsa.debian.org/med-team/obitools/commit/998a81ee9b5b140798d241b3de8f9dcfc3b2c995
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