[med-svn] [Git][med-team/obitools][master] Try to move packaging to Python3
Andreas Tille
gitlab at salsa.debian.org
Sun Jan 12 15:00:56 GMT 2020
Andreas Tille pushed to branch master at Debian Med / obitools
Commits:
998a81ee by Andreas Tille at 2020-01-12T16:00:26+01:00
Try to move packaging to Python3
- - - - -
6 changed files:
- debian/changelog
- debian/control
- debian/patches/2to3.patch
- debian/patches/fix_path_interpreter
- debian/patches/series
- debian/rules
Changes:
=====================================
debian/changelog
=====================================
@@ -1,3 +1,9 @@
+obitools (1.2.13+dfsg-3) UNRELEASED; urgency=medium
+
+ * Use 2to3 to port from Python2 to Python3
+
+ -- Andreas Tille <tille at debian.org> Sun, 12 Jan 2020 15:05:34 +0100
+
obitools (1.2.13+dfsg-2) unstable; urgency=medium
* Apply patch by Olivier Sallou to work around bug at cleanup
=====================================
debian/control
=====================================
@@ -6,12 +6,12 @@ Section: science
Priority: optional
Build-Depends: debhelper-compat (= 12),
dh-python,
- python-dev,
+ python3-dev,
python3-sphinx,
- cython,
- ipython,
- python-wheel,
- python-virtualenv
+ cython3,
+ ipython3,
+ python3-wheel,
+ python3-virtualenv
Standards-Version: 4.4.1
Vcs-Browser: https://salsa.debian.org/med-team/obitools
Vcs-Git: https://salsa.debian.org/med-team/obitools.git
@@ -20,7 +20,7 @@ Homepage: https://pypi.python.org/pypi/OBITools
Package: obitools
Architecture: amd64
Depends: ${misc:Depends},
- ${python:Depends},
+ ${python3:Depends},
${shlibs:Depends},
${sphinxdoc:Depends},
libjs-sphinxdoc
=====================================
debian/patches/2to3.patch
=====================================
@@ -477,12 +477,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
#
--- a/src/ali2consensus.py
+++ b/src/ali2consensus.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
-
- '''
- Created on 30 sept. 2011
@@ -63,7 +63,7 @@ if __name__=='__main__':
iupacDNA['B'] = ('C', 'G', 'T')
iupacDNA['N'] = ('A', 'C', 'G', 'T')
@@ -507,12 +501,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
sumCounts = 0
--- a/src/ecodbtaxstat.py
+++ b/src/ecodbtaxstat.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`ecodbtaxstat`: gives taxonomic rank frequency of a given ``ecopcr`` database
- =====================================================================================
@@ -65,12 +65,12 @@ if __name__=='__main__':
i+=1
stats[t]=stats.get(t,0)+1
@@ -534,12 +522,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
\ No newline at end of file
--- a/src/ecotag.py
+++ b/src/ecotag.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/OBITools-1.1.22/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`ecotag`: assigns sequences to taxa
- ===========================================
@@ -320,7 +320,7 @@ if __name__=='__main__':
taxonomy = loadTaxonomyDatabase(options)
writer = sequenceWriterGenerator(options)
@@ -587,12 +569,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
--- a/src/ecotaxspecificity.py
+++ b/src/ecotaxspecificity.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`ecotaxspecificity`: Evaluates barcode resolution
- =========================================================
@@ -112,7 +112,7 @@ if __name__=='__main__':
digit = int(math.ceil(math.log10(ldb)))
aligncount = ldb*(ldb+1)/2
@@ -660,12 +636,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
# print "Lost Sequences:"
--- a/src/ecotaxstat.py
+++ b/src/ecotaxstat.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`ecotaxstat` : getting the coverage of an ecoPCR output compared to the original ecoPCR database
- ========================================================================================================
@@ -24,6 +24,7 @@ from obitools.options import getOptionMa
from obitools.ecopcr.options import loadTaxonomyDatabase
@@ -704,7 +674,7 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
--- a/src/extractreads.py
+++ b/src/extractreads.py
-@@ -81,7 +81,7 @@ def cutQuality(s):
+@@ -82,7 +82,7 @@ def cutQuality(s):
def cumsum0(x):
if x[0] < 0: x[0]=0
@@ -713,7 +683,7 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
x[i]+=x[i-1]
if x[i]<0: x[i]=0
return x
-@@ -114,8 +114,8 @@ def cutQuality(s):
+@@ -115,8 +115,8 @@ def cutQuality(s):
def cutDirectReverse(entries):
first = []
@@ -724,7 +694,7 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
lens = [len(x) for x in first]
clen = {}
-@@ -137,7 +137,7 @@ def cutDirectReverse(entries):
+@@ -138,7 +138,7 @@ def cutDirectReverse(entries):
def seqPairs(direct,reverse):
for d in direct:
@@ -733,7 +703,7 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
yield(cutQuality(d),cutQuality(r))
-@@ -151,7 +151,7 @@ def seq2words(seqs,options):
+@@ -152,7 +152,7 @@ def seq2words(seqs,options):
ls = len(s) - options.length + 1
@@ -742,7 +712,7 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
w =minword(s[wp:wp+options.length])
if len(w)==options.length:
nw.add(w)
-@@ -186,23 +186,23 @@ if __name__ == '__main__':
+@@ -187,23 +187,23 @@ if __name__ == '__main__':
writer = sequenceWriterGenerator(options)
if options.rdump is None:
@@ -771,7 +741,7 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
while len(wordlist)>0:
w = wordlist.pop()
-@@ -224,17 +224,17 @@ if __name__ == '__main__':
+@@ -225,17 +225,17 @@ if __name__ == '__main__':
seqpair+=i
if i:
@@ -795,7 +765,7 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
--- a/src/extractreads2.py
+++ b/src/extractreads2.py
-@@ -47,8 +47,8 @@ def addWindowsOptions(optionManager):
+@@ -48,8 +48,8 @@ def addWindowsOptions(optionManager):
def cutDirectReverse(entries):
first = []
@@ -806,7 +776,7 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
lens = [len(x) for x in first]
clen = {}
-@@ -70,7 +70,7 @@ def cutDirectReverse(entries):
+@@ -71,7 +71,7 @@ def cutDirectReverse(entries):
def seqPairs(direct,reverse):
for d in direct:
@@ -815,7 +785,7 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
yield(d,r)
if __name__ == '__main__':
-@@ -99,7 +99,7 @@ if __name__ == '__main__':
+@@ -100,7 +100,7 @@ if __name__ == '__main__':
ft = ft + ft[0:options.length]
rt = rt + rt[0:options.length]
@@ -826,12 +796,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
words.enter(w)
--- a/src/illuminapairedend.py
+++ b/src/illuminapairedend.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`illuminapairedend`: aligns paired-end Illumina reads
- =============================================================
@@ -52,7 +52,7 @@ from obitools.format.options import addO
sequenceWriterGenerator
@@ -883,12 +847,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
writer(consensus)
--- a/src/ngsfilter.py
+++ b/src/ngsfilter.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`ngsfilter` : Assigns sequence records to the corresponding experiment/sample based on DNA tags and primers
- ===================================================================================================================
@@ -46,6 +46,7 @@ from obitools.options import getOptionMa
from obitools.utils import ColumnFile
from obitools.align import FreeEndGapFullMatch
@@ -958,12 +916,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
message = 'No reverse primer match'
--- a/src/obiaddtaxids.py
+++ b/src/obiaddtaxids.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obiaddtaxids`: adds *taxids* to sequence records using an ecopcr database
- ==================================================================================
@@ -369,7 +369,7 @@ if __name__=='__main__':
try:
taxid = getTaxid(tax, species_name, restricting_ancestor)
@@ -1018,22 +970,8 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
if options.unidentified is not None and not genusFound :
- print>>options.unidentified,formatFasta(s)
+ print(formatFasta(s), file=options.unidentified)
---- a/src/obiannotate.py
-+++ b/src/obiannotate.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
-
- '''
- :py:mod:`obiannotate`: adds/edits sequence record annotations
--- a/src/obiclean.py
+++ b/src/obiclean.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
-
- '''
- :py:mod:`obiclean`: tags a set of sequences for PCR/sequencing errors identification
@@ -165,7 +165,7 @@ if __name__ == '__main__':
digit = int(math.ceil(math.log10(ldb)))
aligncount = ldb*(ldb+1)/2
@@ -1115,22 +1053,8 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
---- a/src/obicomplement.py
-+++ b/src/obicomplement.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- """
- :py:mod:`obicomplement`: reverse-complements sequences
- ======================================================
--- a/src/obiconvert.py
+++ b/src/obiconvert.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obiconvert`: converts sequence files to different output formats
- =========================================================================
@@ -47,7 +47,7 @@ if __name__ == '__main__':
try:
writer(entry)
@@ -1142,12 +1066,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
--- a/src/obicount.py
+++ b/src/obicount.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obicount`: counts the number of sequence records
- =========================================================
@@ -51,9 +51,9 @@ if __name__ == '__main__':
count2+=1
@@ -1164,12 +1082,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
\ No newline at end of file
--- a/src/obicut.py
+++ b/src/obicut.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obicut`: trims sequences
- =================================
@@ -48,6 +48,6 @@ if __name__=='__main__': # @UndefinedVa
writer = sequenceWriterGenerator(options)
@@ -1181,12 +1093,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
\ No newline at end of file
--- a/src/obidistribute.py
+++ b/src/obidistribute.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obidistribute`: Distributes sequence records over several sequence records files
- =========================================================================================
@@ -26,6 +26,7 @@ from obitools.format.options import addI
import math
from obitools.fasta import formatFasta
@@ -1222,12 +1128,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
out[i](seq)
--- a/src/obiextract.py
+++ b/src/obiextract.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obiextract`: extract samples from a dataset
- ====================================================
@@ -56,7 +56,7 @@ def selectSamples(entry,key,samples):
entry['count']=s
entry[key]=newsamples
@@ -1237,22 +1137,8 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
else:
entry=None
---- a/src/obigrep.py
-+++ b/src/obigrep.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obigrep`: filters sequence file
- ========================================
--- a/src/obihead.py
+++ b/src/obihead.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obihead`: extracts the first sequence records
- ======================================================
@@ -50,7 +50,7 @@ if __name__ == '__main__':
writer(s)
i+=1
@@ -1264,12 +1150,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
--- a/src/obijoinpairedend.py
+++ b/src/obijoinpairedend.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obijoinpairedend`: Joins paired-end reads
- ==================================================
@@ -54,8 +54,8 @@ def addPairEndOptions(optionManager):
def cutDirectReverse(entries):
first = []
@@ -1292,12 +1172,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
--- a/src/obipr2.py
+++ b/src/obipr2.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obipr2`: converts silva database into an ecoPCR database
- =================================================================
@@ -35,7 +35,7 @@ from obitools.fasta import fastaIterator
import sys
from obitools.utils import universalOpen, ColumnFile
@@ -1391,12 +1265,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
\ No newline at end of file
--- a/src/obisample.py
+++ b/src/obisample.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obisample`: randomly resamples sequence records
- ========================================================
@@ -39,7 +39,7 @@ def addSampleOptions(optionManager):
)
@@ -1408,12 +1276,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
--- a/src/obiselect.py
+++ b/src/obiselect.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- """
- :py:mod:`obiselect` : selects representative sequence records
- =============================================================
@@ -18,6 +18,7 @@ from obitools.utils import progressBar
import math
import sys
@@ -1477,12 +1339,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
+ print(file=sys.stderr)
--- a/src/obisilva.py
+++ b/src/obisilva.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obisilva`: converts silva database into an ecoPCR database
- ===================================================================
@@ -24,7 +24,7 @@ from obitools.fasta import fastaIterator
import sys
from obitools.utils import universalOpen, ColumnFile
@@ -1582,22 +1438,8 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
ecoTaxonomyWriter(options.ecopcroutput,options.taxonomy,onlyLocal=True)
---- a/src/obisort.py
-+++ b/src/obisort.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obisort`: Sorts sequence records according to the value of a given attribute
- =====================================================================================
--- a/src/obisplit.py
+++ b/src/obisplit.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obisplit`: Splits a sequence file in a set of subfiles
- ===============================================================
@@ -30,6 +30,7 @@ from obitools.options import getOptionMa
from obitools.format.options import addInOutputOption
from obitools.fasta import formatFasta
@@ -1624,12 +1466,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
--- a/src/obistat.py
+++ b/src/obistat.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obistat`: computes basic statistics for attribute values
- =================================================================
@@ -24,6 +24,7 @@ from obitools.options import getOptionMa
from obitools.format.options import addInputFormatOption
from obitools.ecopcr.options import addTaxonomyDBOptions, loadTaxonomyDatabase
@@ -1679,12 +1515,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
================================================
--- a/src/obitab.py
+++ b/src/obitab.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obitab`: converts a sequence file to a tabular file
- ============================================================
@@ -75,7 +75,7 @@ if __name__=='__main__':
db = []
for seq in entries:
@@ -1712,22 +1542,8 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
---- a/src/obitail.py
-+++ b/src/obitail.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obitail`: extracts the last sequence records
- =====================================================
--- a/src/obitaxonomy.py
+++ b/src/obitaxonomy.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obitaxonomy`: manages taxonomic databases
- ==================================================
@@ -87,9 +87,9 @@ def addTaxonFromFile(name, rank, parent,
parent= options.taxonomy._taxonomy[taxon[2]]
@@ -2484,12 +2300,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
definition,info = parseFastaDescription(ds)
--- a/src/obitools/barcodecoverage/calcBc.py
+++ b/src/obitools/barcodecoverage/calcBc.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- Created on 24 nov. 2011
-
@@ -46,7 +46,7 @@ def main(amplifiedSeqs, seqsFromDB, kept
BcValues = {}
@@ -2501,12 +2311,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
if g in amplifiedtaxabygroup :
--- a/src/obitools/barcodecoverage/drawBcTree.py
+++ b/src/obitools/barcodecoverage/drawBcTree.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- Created on 25 nov. 2011
-
@@ -100,9 +100,9 @@ def label(node):
@@ -2519,30 +2323,8 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
+ cartoon=cartoonRankGenerator('family')))
#collapse=collapseBcGenerator(70))
---- a/src/obitools/barcodecoverage/findErrors.py
-+++ b/src/obitools/barcodecoverage/findErrors.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- Created on 24 nov. 2011
-
---- a/src/obitools/barcodecoverage/readFiles.py
-+++ b/src/obitools/barcodecoverage/readFiles.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- Created on 23 nov. 2011
-
--- a/src/obitools/barcodecoverage/writeBcTree.py
+++ b/src/obitools/barcodecoverage/writeBcTree.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- Created on 25 nov. 2011
-
@@ -32,7 +32,7 @@ def main(BcValues,errors,tax) :
for taxon in BcValues:
@@ -4190,12 +3972,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
data[5],
--- a/src/obitools/solexaPairEnd.py
+++ b/src/obitools/solexaPairEnd.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- Created on 30 dec. 2009
-
@@ -26,8 +26,8 @@ def addSolexaPairEndOptions(optionManage
def cutDirectReverse(entries):
first = []
@@ -5367,12 +5143,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
def addToZip(zf, path, zippath):
--- a/src/obiuniq.py
+++ b/src/obiuniq.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`obiuniq`: groups and dereplicates sequences
- ====================================================
@@ -104,4 +104,4 @@ if __name__=='__main__':
uniqSeq=usm(entries,taxonomy,options.merge,options.mergeids,options.categories)
@@ -5381,12 +5151,6 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
+ print(formatFasta(seq))
--- a/src/oligotag.py
+++ b/src/oligotag.py
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python3
- '''
- :py:mod:`oligotag`: Designs a set of oligonucleotides with specified properties
- ===============================================================================
@@ -47,13 +47,13 @@ def addOligoTagOptions(optionManager):
def edgeIterator(words,distmin=1,error=None):
words=[x for x in words]
@@ -5447,3 +5211,14 @@ src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx:31:19: undeclared name not builtin: reduc
+ print("-------------------------------------------", file=sys.stderr)
+ print(file=sys.stderr)
+--- a/src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx
++++ b/src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx
+@@ -1,7 +1,7 @@
+ # cython: profile=True
+
+ from obitools.options.taxonomyfilter import taxonomyFilterGenerator
+-
++from functools import reduce
+
+ def filterGenerator(options):
+ taxfilter = taxonomyFilterGenerator(options)
=====================================
debian/patches/fix_path_interpreter
=====================================
@@ -6,14 +6,14 @@ Forwarded: no
--- a/src/extractreads.py
+++ b/src/extractreads.py
@@ -1,3 +1,4 @@
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
Created on 9 juin 2012
--- a/src/extractreads2.py
+++ b/src/extractreads2.py
@@ -1,3 +1,4 @@
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
Created on 9 juin 2012
@@ -21,7 +21,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/ali2consensus.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
Created on 30 sept. 2011
@@ -29,7 +29,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/ecodbtaxstat.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`ecodbtaxstat`: gives taxonomic rank frequency of a given ``ecopcr`` database
=====================================================================================
@@ -37,7 +37,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/ecotaxspecificity.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`ecotaxspecificity`: Evaluates barcode resolution
=========================================================
@@ -45,7 +45,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/ecotaxstat.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`ecotaxstat` : getting the coverage of an ecoPCR output compared to the original ecoPCR database
========================================================================================================
@@ -53,7 +53,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/illuminapairedend.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`illuminapairedend`: aligns paired-end Illumina reads
=============================================================
@@ -61,7 +61,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/ngsfilter.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`ngsfilter` : Assigns sequence records to the corresponding experiment/sample based on DNA tags and primers
===================================================================================================================
@@ -69,7 +69,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obiaddtaxids.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obiaddtaxids`: adds *taxids* to sequence records using an ecopcr database
==================================================================================
@@ -77,7 +77,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obiannotate.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obiannotate`: adds/edits sequence record annotations
@@ -85,7 +85,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obiclean.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obiclean`: tags a set of sequences for PCR/sequencing errors identification
@@ -93,7 +93,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obicomplement.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
"""
:py:mod:`obicomplement`: reverse-complements sequences
======================================================
@@ -101,7 +101,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obiconvert.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obiconvert`: converts sequence files to different output formats
=========================================================================
@@ -109,7 +109,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obicount.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obicount`: counts the number of sequence records
=========================================================
@@ -117,7 +117,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obicut.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obicut`: trims sequences
=================================
@@ -125,7 +125,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obidistribute.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obidistribute`: Distributes sequence records over several sequence records files
=========================================================================================
@@ -133,7 +133,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obiextract.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obiextract`: extract samples from a dataset
====================================================
@@ -141,7 +141,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obigrep.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obigrep`: filters sequence file
========================================
@@ -149,7 +149,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obihead.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obihead`: extracts the first sequence records
======================================================
@@ -157,7 +157,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obijoinpairedend.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obijoinpairedend`: Joins paired-end reads
==================================================
@@ -165,7 +165,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obipr2.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obipr2`: converts silva database into an ecoPCR database
=================================================================
@@ -173,7 +173,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obisample.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obisample`: randomly resamples sequence records
========================================================
@@ -181,7 +181,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obiselect.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
"""
:py:mod:`obiselect` : selects representative sequence records
=============================================================
@@ -189,7 +189,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obisilva.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obisilva`: converts silva database into an ecoPCR database
===================================================================
@@ -197,7 +197,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obisort.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obisort`: Sorts sequence records according to the value of a given attribute
=====================================================================================
@@ -205,7 +205,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obisplit.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obisplit`: Splits a sequence file in a set of subfiles
===============================================================
@@ -213,7 +213,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obistat.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obistat`: computes basic statistics for attribute values
=================================================================
@@ -221,7 +221,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obitab.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obitab`: converts a sequence file to a tabular file
============================================================
@@ -229,7 +229,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obitail.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obitail`: extracts the last sequence records
=====================================================
@@ -237,7 +237,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obitaxonomy.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obitaxonomy`: manages taxonomic databases
==================================================
@@ -245,7 +245,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obiuniq.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`obiuniq`: groups and dereplicates sequences
====================================================
@@ -253,7 +253,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/oligotag.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`oligotag`: Designs a set of oligonucleotides with specified properties
===============================================================================
@@ -261,7 +261,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obitools/barcodecoverage/calcBc.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
Created on 24 nov. 2011
@@ -269,7 +269,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obitools/barcodecoverage/drawBcTree.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
Created on 25 nov. 2011
@@ -277,7 +277,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obitools/barcodecoverage/findErrors.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
Created on 24 nov. 2011
@@ -285,7 +285,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obitools/barcodecoverage/readFiles.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
Created on 23 nov. 2011
@@ -293,7 +293,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obitools/barcodecoverage/writeBcTree.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
Created on 25 nov. 2011
@@ -301,7 +301,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/obitools/solexaPairEnd.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
Created on 30 dec. 2009
@@ -309,7 +309,7 @@ Forwarded: no
+++ b/src/ecotag.py
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/OBITools-1.1.22/bin/python
-+#!/usr/bin/python
++#!/usr/bin/python3
'''
:py:mod:`ecotag`: assigns sequences to taxa
===========================================
=====================================
debian/patches/series
=====================================
@@ -1,3 +1,3 @@
use_debian_libs
fix_path_interpreter
-# 2to3.patch
+2to3.patch
=====================================
debian/rules
=====================================
@@ -12,7 +12,7 @@ export DEB_BUILD_MAINT_OPTIONS = hardening=+all
export PYBUILD_NAME=obitools
%:
- dh $@ --with python2 --buildsystem=pybuild
+ dh $@ --with python3 --buildsystem=pybuild
override_dh_clean:
dh_clean
View it on GitLab: https://salsa.debian.org/med-team/obitools/commit/998a81ee9b5b140798d241b3de8f9dcfc3b2c995
--
View it on GitLab: https://salsa.debian.org/med-team/obitools/commit/998a81ee9b5b140798d241b3de8f9dcfc3b2c995
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