[med-svn] [Git][med-team/quorum][master] 3 commits: Add test data

Shruti Sridhar (@shruti_sridhar) gitlab at salsa.debian.org
Mon May 24 16:21:11 BST 2021 


Shruti Sridhar pushed to branch master at Debian Med / quorum


Commits:
32ddce84 by Shruti Sridhar at 2021-05-24T20:33:25+05:30
Add test data

- - - - -
2d1511b5 by Shruti Sridhar at 2021-05-24T20:38:42+05:30
Add autopkgtests

- - - - -
abb515ca by Shruti Sridhar at 2021-05-24T20:39:14+05:30
Install docs

- - - - -


7 changed files:

- + debian/README.test
- + debian/docs
- + debian/examples
- + debian/tests/control
- + debian/tests/data/sample_R1.fastq
- + debian/tests/data/sample_R2.fastq
- + debian/tests/run-unit-test


Changes:

=====================================
debian/README.test
=====================================
@@ -0,0 +1,14 @@
+Notes on how this package can be tested.
+────────────────────────────────────────
+
+This package can be tested by running the provided test:
+
+    sh run-unit-test
+
+in order to confirm its integrity.
+
+Notes on the files used for testing 
+────────────────────────────────────────
+Files: debian/tests/data/*
+Source: https://github.com/arvestad/jprime/tree/master/sample_data
+


=====================================
debian/docs
=====================================
@@ -0,0 +1,3 @@
+README
+debian/README*
+debian/tests/run-unit-test
\ No newline at end of file


=====================================
debian/examples
=====================================
@@ -0,0 +1 @@
+debian/tests/data/*
\ No newline at end of file


=====================================
debian/tests/control
=====================================
@@ -0,0 +1,3 @@
+Tests: run-unit-test
+Depends: @
+Restrictions: allow-stderr


=====================================
debian/tests/data/sample_R1.fastq
=====================================
@@ -0,0 +1,652 @@
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+GTCATATTTCGATCTTTTCCCAAACTCACCTTTCCATAGTAGAACTGCGGTACTTCTGGTTTCCGAGTTGTGAGGACCGAGGTCCTGACGGGGAGTGAGTGACTTTGGTCGAGGCGCAATGTTGGGTGGTAGCATCCTTCTGTCTCTTATA
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+ATGAATGGTTCATTACGGACCAGAGCTAGCTGGAATTGCCTCCAATTCTCAGTGGGTCCATTACCCCCGACTTTCTACGCCTATACTCAAAGGATCTAAAGAAACTCTGACAACTTGCGCTCCCCCGATACTGCGNAAGCAGGATCTGTTC
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+GAGCATCTCTTTTTAGATGCGGCGCCTAGATCTTTGGTTCCTTCGATTTCTTGTTGACTCCTCCTTGGAAGACAGCACGCGCCTGTATCCCGGATGTGGGAAGCCCTCTTATTGCTCCTAATAACCAGGAAAGAGGCACTGTCTCTTATAC
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+TCAGGGCGCGTTAAAAGAAACGGCTGGCGTCGGGGACTAACCAAAGGCCGGTAAGAGGTCACTTCACCGGATTGCATTATGGGTCGTAGGTCGCACACTGTGGAAAGTCATTAGCCCAAGGAGGACCAACGGAGGAGAGCATCACGGCGAA
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+ACGACTGTATGAGATGTTCCCGGTACGATTATCTATCGGGGATTCCGCAACGGGGCTCCGCGACTTTCCTTTGCGATGTAATCTTGTCCACAGGGGGTTCTGTACTCAACATGATATTTATTTCACGCAGTCGCCGCCTGTCTCTTATACA
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+ACAGATACCACTTTTATGTCTCTGGGTTGGGAATCTCGAGGCTGTCCATCCGCCCATAGTCGTGCCGCACGTCGCCTACCGTAGTAGTGCTACTCCAGTCCTTAACTCCTTACTATATGCCCCGGTCTTCGCAGAGGGATGACGTTATGTC
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+TTTGCTTACTCGAGCATACTATGGTAGGTCCTCCTGCGGTCTTTATCGCCGAGAATTTGACTGAAGAGTCTAATCGTTTTAGAATAGAATGCCTGCAACGAGTCACATCTGTGTCGGGCATGATGTTCGCACTACGCTGTCTCTTATACAC
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+AAGTACCTTGCGGGGTGTTGGCTTTCATTCGCTGACCGGCCACTTCTTCTTTCGAGGACACGTTGGCGCTACAAACATATAATTTTCATGAACCACTAGGATCACCCCTTCTCTGTCTCGATTGAGCGGTCAATTCTTAACTTGATGCCGT
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+GTCCGTGGGGTTCAGGGAGTGGCCCGCTAGACATAGTAATTTTCCATTGTACCCGGTAACGTGGTGACGGATGTCACGCTAATGATGATCCTGCCTTTGTGGACCTGTACACAATGTTCCCGCGCGAAAGTCGCCCTGTCTCTTATACACA
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+TCCGTTCGGCTTCGGAGAGGCACATGCTCCCCGATCTCTGGCTTAACGGGATCCCCCTGATTGCTCAACAGGAGCTGGCCACGGGTTACTTGGCGTAATATCGACCGTGATAACTTCAGAAACCGGGAAGCCGCCCACAATCCGACGCTGA
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+CTCGCAGCACTTTGGGTAAGTCTCAAAACCCAGCGTTCAATCATAGAGCATCCATACAAGCCTAGCGAATAACCAAAGCTCCTAGCGGAGGATGCACTGTGTTTGGTGAGCTGGAAATAACGATTTAAAGTGGTCTGTCTCTTATACACAT
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+GCTACTTTCCGGGGTCCCCTTTCACCTGCGAACGCGAAGACCTGAACGTGACCAATAATGCATATGGAAGAGATTCACAGTTTCCGCGAGTCCCAGGGGCTAATATCAAGTCAGGGGGAGTAGATCACATCGAACGAGTCGTATTCCCATA
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+TGGGCGGTGGCGTGCGTCACCGCGGTAACAGACGGACCGGACCGAAGGGATTTGAGTACTGATGTTGACAGTGTAACTCCCTCCAATGACCTTCAGAAAGCGGCCATAGACAGTCCACCTGCCTAGGGTGCGACTGTCTCTTATACACATC
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+CCCGCTATATATACCTGCATACACTGTGCGTACTGGAGACGTGCTGGGAATACCATTACGTGACGCCATGTAGGCGATTCGGCAGAGGTACTGAGTATTTACAAGACCAACCTTCGAACGCCCCCTCCACAAGGCTATTAATAGCATAAAC
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+TTACCCATACACTGTACGGTAATGCGACGCGCCTTCACATCTACAGCGCCAGGAAGGAGTAATTAGTGCAGTTTCGACATGGCCAGGACAAATTAGTGGTAGTAAAGGCTAACGATTATAGAATAGCCNGGTCTGTCTCTTATACACATCT
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+CCCATCAGGTGTTGCACTTTGCTTTAAGAGGGCTAGTGGGGCCAGGTATACGTTTTGCCATCGCTCGGCCGAATTCCTTGTCTCAATAGTGTGGAAGACTGCTAGCATGAGTCTACACCGAAACAAGGACTGGACGCGGCGAAACTATCTG
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+ATTCAACATTGCGGGTAATCACGAGGGAGGGAATAAGTTCTAGCGACACCGGTTTCAGCAATCGCCTGAACCGTCTTTCCTTGCTAAACGGGAAGATTTGTTCCCGCGTGGAGTGGGATACGACCGATACTCTGTCTCTTATACACATCTA
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+GCGTTGAACGTGCTTCGGACGTTGTTACTAATGCGGTGAAGACGGGTATAGAATGACACTAATCAGTCCAATACGTTAGGCTATGCGAGTGAGAACTGGTCATTGAACCTCATATGCTCGGAGGGAAGTTCGTGGTTCAACCGGGGGGCGG
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+CAGGGCGAGGAGGCGCAATACACAGTAGGCCCGAGAACCGCGGGCAATGAGTGTCCAGTCTGGAATATGCTTACTACCAACGCCAGACCACCGTGCTATGGCAGTGGAAGGACAGGGTACTCGTAACTTGCTGTCTCTTATACACATCTAG
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+TAATAAGATGTTTTTGGTACGGGGTCGCCCATGTGTTGGCGTAGGTTCCTCGACATACTTCGGGCGTCTCCGCAATGAGACACCACTACTGCCGGTAGTAGGCAAGGAGCAATCTGAACGTTTGCCCTAAAAGTTTGAGTAGAGAAATACA
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+AGGACCGACGACCGGGTTCCGTATCCTGACTGCCAAGCTTCCGCCCCTAGCGACTGCACGTGAAGACGGCACAATATCTTTGCGTGAAGTGAGGCCCTTTACCAAGCGGCTTCGGCATCGCTAAACCATCTGTCTCTTATACACATCTAGA
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+CTACCTAATGCTCCATTTTAATGGGCTCCAGTGTTCTAACGGCAAATCTACAAAGAGTATCGGACTTGCCGTCAAAAAAGGTTCGATAATACATAAGGAACGAAAGCAGCTTTGCAACCACTAACTGCTGTATCTTACGTCTTGTCTTGTC
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+CAGATGCACGGCCCGTCTCTATATGGTGTACCATCGCGTTTCAAATATATGACCACTTCCACCCAGCATATACTGTAGGTGATGTCGTGTCGAAAACTAGGCGTTTGGGGAACCGTACTGGATGCTAGCTGTCTCTTATACACATCTAGAT
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+TCGACCGCCTCGCGCTCAGCTCATCAAGGTTGGGACCTTCAAAAAGCCAGAGACTGGCGTCGCGTCTGGACCGAGACCAGATTGCGAGGCGCCGGTTAATACTCTGGAAACGCCCCTAAAGTCCAGCATTTGATATAAGAAACGGATCAAG
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+AGNTAACTGTACGGAATTCACGATACACTGCTGACCATAGCAGCCTTGTGTTTAGTTACGGAATATAGCACAACCACCACTCACCGNTATGAAGCTGTTGTTACAGACGGCCGCAGCTTGTGTCGTGCTGTCTCTTATACACATCTAGATG
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+TGGACGCATTTTTTCTTCTGGCGGGGCCCAGGTTAATGTTCATCAGCTACTAGCACGCAAGTCCCACGGAAGTTGGTGCTCCCCTGTTGTTTCCGCGCCTGGCACCAGCGGCCATGTTTGATGGGTCGAGTACATCGTCGCAAAAAGCATT
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+CGCTGGACTCGATAAATCAGTCCTATTCACCGAGGGTGTCGAGTTTCAGAACCTAGGCACAGCTCAGAGCTTGGCGTGAATGGCGATTTGGCAACTGAATATCCGCAGGAGCAAACTTCTTCCGTGCTGTCTCTTATACACATCTAGATGT
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+GCCCAATACGGTCGGTCCATCCGTTATAATTAGGGTCCTGTATCAATCCAGATAAAATGAGGCCAGGCCCCTGCGTATCCGATCGCTTGANAAAATCCTTGCAGGCACTTGCCGGTTTGACCGCAAACGCCTGGCCAGCGAACGTAGTCTA
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+CGTACTTCAACACTTATCTAGAGGATCCGTGCTTCTGCGTATGGGAGATAGTCAGACCATCTTCGGCCGGTTACGAGACCATATACGAACCCCCCCAAGAGACGAAGTGTTTGTGACCTGGCAGACTGTCTCTTATACACATCTAGATGTG
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+GACTTCATACTTCTAAGCGTCCCTGCATGCAGCTGCCTATTTGAGTCCTAGAAATTACCTCACAAGAGTCCGACCACTGTCAGATGTCAGTCCGGAGCTAGTCCACGNAACAGTTAAAGAAAGTCGGAATGTTGCCAAGCCTGGAAGACAA
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+GACGCCCAGATGACTTACGGTGACAATACCCATAACCACTAAGGGCGTTTCCCTCTGAATTACAATGAAAGGTGAATGCGGATGCCTTGAACGGGATAGCACGATTTGATAGCTGGGATCCGAGCTGTCTCTTATACACATCTAGATGTGT
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+ATCACATAAACTTCCTACGACACAACAGGGGACGGTTGTGGTAGGAGCCGGCGGATAATAACCTAAACATATTGTTAACGGAAGGAATCCAAGGGCACAGTTTGAGGGCTCCGCCTTACTCGTATCTCCGCGACCGCCCAGTGTGCGCGTG
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+TTGCCATGATTTCTTTGCTCCTAATCATACCCCGCAGTCCAGGGCGGCGCTCAGTTGCTACCATGGGAGGAATCTGTGGGAGATATACTAGATCATTAAGATTCATGGAATATTGGGTGCGTGCTGTCTCTTATACACATCTAGATGTGTA
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+CATGATCAATAAGCGTGCTCCCACAATGATCACGTCTTAGAAATTGAACCGGGACTGGATTGCGGATACGACGAATGCAGGAGAATGACGTGTAAGCGTCTATCCTGAATTACAATAGAGCCATAACCTCCACGGTCTACTTTAGAACTGG
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
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+TAAGCTTTGAAGTACATGAAGCACCAGGAGTTCGTGTGGGAAATGCCGTGGTAACGAGAGGCGTGTGTGGCCACCACCCTCTTTTACGATTCCACATTAGTGAACGTCTTTTAGAGTGGCAACTGTCTCTTATACACATCTAGATGTGTAT
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+ACCCTTAGTTTGCTCACATACCTCCGTCAGGAGAATGCTGTCTCGCCCACGGGGAAAAATGAAGGTTTGGCATTCCTCTCCCTGGACTCCCGCAGCCGCGATATACATGATCGGGATCACGGGTTGGGTAGAACAAAGACTTCCGCTATTC
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+CTAAAGAGCTAGTCTTGATGACTACTTTAAGATAACCACCGGCATCGGTGCGACAAGTAACTAGTGCGACATTTGTGCTACTTCTTGCCTCTAGTAAATAAGGGGGAAGTATGGTCTAGAACTGTCTCTTATACACATCTAGATGTGTATA
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+GTGTACCCGTGCAGCGCTGAATCCTGCTATCGTAGAACTTTTGTCTTCCAAGGACTTATCTTGCCATTTGCGGAATAGGCGTAACTTGAGGATTTTGCCAGGCCTCATACGCCATGGAGATGGTTAGCTTGCTAACTGCATCGATACAAAC
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+TAGGTAACGCGTGTCGGCTGGTAGGCGCACCATTCCCGCCAATTTACGATGTGTAACGTCAGGGAATTGCTTCGTACCCCCCCATAAGATTGCGTTTATGAGCGTACTGGCTACGACAGGCTGTCTCTTATACACATCTAGATGTGTATAA
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+ACCTCACTGGACGCTACAAATTACCATCCTGTTTTAAACTTTGTACGCGCGACTGAGGAACGGTCTGCGACGAAGCAAATAGCGTTTTCGGCGTCGAAGATTCCGTCGCCCGAGGCCAAGTGTTGAAAATATAGTAATGTAAAAAGAAGGG
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+CGCAATACAAGTGTTTCACTGGTGGTAAATCATATCTTTTGCGAGGTATTGTGCATGAGAATCATACTGNTACCAGCGCTCCGTCAATCAGAGGCATGGGCGCGGCCCCACTCAATAGACTGTCTCTTATACACATCTAGATGTGTATAAG
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+ACTTCTCTCCTGAGGGAACACCGTGGGGTACCATCCTCATGTCCTCGAACCATACCGCTTACCACGTCCTAAGCTCTTCAAATGCTAGAGCTGCTCTCTCGAATGCGAAGGTCGTGCTCATGGTNAATCCATGCAGGAAAAGCATACGAGG
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+CACTTTAACCGTCATTTGAGTCAACGTGACTCCACCTCTGCGGCGGCTCACCCTAATGTTCTCGGGTGTTAGTCCATCACGGATTGCAGCTTTTGTGATCAAGTTGGTGCACCTGGAACTGTCTCTTATACACATCTAGATGTGTATAAGA
++
+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
+ at M903:194:000000000-A5FBD:1:1108:18012:8206 1:N:0:CGATGT
+TCGTACTCAAGATTCTAGCCGGCCCTGTTGTTGAGAAGAAACATTAGGGCACAGTATTCAACGTTGGTGATTTGGATGCCCACGGACTCTAATTCCCGGTAACCGTGATTGATTACATCTTATGCAATGTAAGACTCATGGACATAGTATA
++
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+CCCDBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGHHGGGGGGGHGGGGGGGHHHHHHHHHGGGGGGHGEGGGHGGGGGGGGHGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHH
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=====================================
debian/tests/run-unit-test
=====================================
@@ -0,0 +1,25 @@
+#!/bin/bash
+set -e
+
+pkg=quorum
+
+export LC_ALL=C.UTF-8
+if [ "${AUTOPKGTEST_TMP}" = "" ] ; then
+  AUTOPKGTEST_TMP=$(mktemp -d /tmp/${pkg}-test.XXXXXX)
+  trap "rm -rf ${AUTOPKGTEST_TMP}" 0 INT QUIT ABRT PIPE TERM
+fi
+
+cp -a /usr/share/doc/${pkg}/examples/* "${AUTOPKGTEST_TMP}"
+
+cd "${AUTOPKGTEST_TMP}"
+
+quorum -s 50M sample_R1.fastq sample_R2.fastq > output
+if [ $(dpkg-architecture -qDEB_BUILD_ARCH) = "amd64" ]
+then
+	echo "d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e  output" > checksums
+    md5sum --check checksums
+	echo "Expected output and generated output are same: PASS Test"
+else
+	[ -s "output" ] || exit 1
+	echo "PASS Test"
+fi



View it on GitLab: https://salsa.debian.org/med-team/quorum/-/compare/0b428311bcc6b330843f6951cce1cfbcd740bb47...abb515ca96c2d07c2588b905689d08d777594490

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