[med-svn] [Git][med-team/last-align][upstream] New upstream version 1407
Andreas Tille (@tille)
gitlab at salsa.debian.org
Tue Aug 23 16:02:06 BST 2022
Andreas Tille pushed to branch upstream at Debian Med / last-align
Commits:
e4599bc1 by Andreas Tille at 2022-08-23T16:53:19+02:00
New upstream version 1407
- - - - -
12 changed files:
- + data/RY16-11.seed
- data/RY16-8.seed
- data/RY32-10.seed
- + data/RY32-12.seed
- data/RY4-6.seed
- + data/RY4-9.seed
- + data/RY8-10.seed
- data/RY8-8.seed
- doc/last-seeds.rst
- makefile
- src/makefile
- test/last-test.out
Changes:
=====================================
data/RY16-11.seed
=====================================
@@ -0,0 +1,42 @@
+# This DNA seeding scheme reduces run time and memory use, by only
+# seeking seeds at ~1/16 of positions in each sequence.
+
+#abbreviation RY16
+
+#lastal -m2 -r6 -q18 -a21 -b9
+
+R A G
+Y C T
+
+RRYRYRRRRRR RRYRYRRRRYR RRYRYRRRYRR RRYRYRRYRRR
+RRYRYRRYRRY RRYRYRYRRRR RRYRYRYRRYR RRYRYRYRYRR
+RRYRYRYYRRR RRYRYRYYRRY RRYRYYRRRRR RRYRYYRRRYR
+RRYRYYRRYRR RRYRYYRYRRY RRYRYYYRRRR RRYRYYYRRYR
+RRYRYYYRYRR RRYRYYYYRRR RRYRYYYYRRY RRYYRRRRRRR
+RRYYRRRRRRY RRYYRRRRRYR RRYYRRRRYRR RRYYRRRYRRR
+RRYYRRRYRRY RRYYRRYRRRR RRYYRRYRRRY RRYYRRYRRYR
+RRYYRYRRRRR RRYYRYRRRRY RRYYRYRRRYR RRYYRYRRYRR
+RRYYRYRYRRR RRYYRYRYRRY RRYYRYRYYRR RRYYRYYRRRR
+RRYYRYYRRRY RRYYRYYRRYR RRYYRYYYRRR RRYYRYYYRRY
+RRYYRYYYYRR RRYYYRRRRRR RRYYYRRRRRY RRYYYRRRRYR
+RRYYYRRRYRR RRYYYRRYRRR RRYYYRRYRRY RRYYYRYRRRR
+RRYYYRYRRRY RRYYYRYRRYR RRYYYRYYRRR RRYYYRYYRRY
+RRYYYRYYYRR RRYYYYRRRRR RRYYYYRRRRY RRYYYYRRRYR
+RRYYYYRRYRR RRYYYYRYRRR RRYYYYRYRRY RRYYYYRYYRR
+RRYYYYYRRRR RRYYYYYRRRY RRYYYYYRRYR RRYYYYYRYRR
+RRYYYYYYRRY RYRYRYRYYRR RYRYRYYYRRR RYRYRYYYRRY
+RYRYRYYYYRR RYRYYRYRRRR RYRYYRYRRRY RYRYYRYRYRR
+RYRYYRYYRRR RYRYYRYYRRY RYRYYRYYYRR RYRYYYRYYRR
+RYRYYYYRYRR RYRYYYYYRRR RYRYYYYYRRY RYYRYYRYRRR
+RYYRYYRYRRY RYYRYYYRYRR RYYYRYRYRRR RYYYRYRYRRY
+RYYYRYRYYRR RYYYRYYRYRR RYYYYRYRYRR RYYYYYRYYRR
+RYYYYYYRRRR RYYYYYYRRRY RYYYYYYRYRR RYYYYYYYRRR
+RYYYYYYYRRY RYYYYYYYYRR YRYRYRYRYRR YRYRYYRYRRY
+YRYRYYYRYRR YRYYRYRYYRR YRYYRYYYYRR YRYYYRYYYRR
+YRYYYYRYYRR YRYYYYYRYRR YRYYYYYYRRY YYRYRYRYRRR
+YYRYRYRYRRY YYRYRYRYYRR YYRYRYYYRRR YYRYRYYYRRY
+YYRYRYYYYRR YYRYYRYRYRR YYRYYRYYRRR YYRYYRYYRRY
+YYRYYRYYYRR YYRYYYRYYRR YYRYYYYRYRR YYRYYYYYRRR
+YYRYYYYYRRY YYYRYYYRYRR YYYRYYYYRRR YYYRYYYYRRY
+YYYYRYRYYRR YYYYRYYRYRR YYYYRYYYRRR YYYYRYYYRRY
+YYYYYRYRYRR YYYYYYRYYRR YYYYYYYRYRR YYYYYYYYYRR
=====================================
data/RY16-8.seed
=====================================
@@ -1,8 +1,6 @@
# This DNA seeding scheme reduces run time and memory use, by only
# seeking seeds at ~1/16 of positions in each sequence.
-#abbreviation RY16
-
#lastal -m2 -r6 -q18 -a21 -b9
R A G
=====================================
data/RY32-10.seed
=====================================
@@ -1,8 +1,6 @@
# This DNA seeding scheme reduces run time and memory use, by only
# seeking seeds at ~1/32 of positions in each sequence.
-#abbreviation RY32
-
#lastal -m2 -r6 -q18 -a21 -b9
R A G
=====================================
data/RY32-12.seed
=====================================
@@ -0,0 +1,42 @@
+# This DNA seeding scheme reduces run time and memory use, by only
+# seeking seeds at ~1/32 of positions in each sequence.
+
+#abbreviation RY32
+
+#lastal -m2 -r6 -q18 -a21 -b9
+
+R A G
+Y C T
+
+RRRRRRRRYYYR RRRRRRRRYYYY RRRRRRYRRYYY RRRRRRYRYYYR
+RRRRRYRRRYYY RRRRRYRYYYYR RRRRRYRYYYYY RRRRRYYRYYYR
+RRRRRYYRYYYY RRRRYRYRRYYY RRRRYRYRYYYR RRRRYRYRYYYY
+RRRRYRYYRYYY RRRRYYRRYYYR RRRRYYRRYYYY RRRRYYRYRYYY
+RRRYRRRRYYYR RRRYRRRRYYYY RRRYRRYRYYYR RRRYRRYRYYYY
+RRRYYRRRRYYY RRRYYRRRYYYR RRRYYRYRRYYY RRRYYRYYRYYY
+RRYRRRRRRYYY RRYRRRRRYYYR RRYRRRYRYYYR RRYRRRYRYYYY
+RRYRRRYYRYYY RRYRRYRRRYYY RRYRRYRRYYYR RRYRRYRRYYYY
+RRYRRYYRRYYY RRYRRYYRYYYR RRYRRYYRYYYY RRYRYRRRRYYY
+RRYRYRRRYYYR RRYRYRRRYYYY RRYRYRRYRYYY RRYRYRYRRYYY
+RRYRYRYRYYYR RRYRYRYRYYYY RRYRYYRRRYYY RRYRYYRRYYYR
+RRYRYYRRYYYY RRYYRRRRRYYY RRYYRRRYRYYY RRYYRRRYYYYR
+RRYYRRRYYYYY RRYYRRYRYYYR RRYYRRYRYYYY RRYYRYRYRYYY
+RRYYRYYRRYYY RYRRRRRRRYYY RYRRRRRYYYYR RYRRRRRYYYYY
+RYRRRRYRRYYY RYRRRRYRYYYR RYRRRRYRYYYY RYRRRRYYRYYY
+RYRRRYRRRYYY RYRRRYRRYYYR RYRRRYRRYYYY RYRRRYRYRYYY
+RYRRRYYRRYYY RYRRYRRRRYYY RYRRYRRYRYYY RYRRYRYRRYYY
+RYRRYRYRYYYR RYRRYRYRYYYY RYRRYRYYRYYY RYRRYYRYRYYY
+RYRYRRRYRYYY RYRYRRYRRYYY RYRYRRYYRYYY RYRYRYRRRYYY
+RYRYRYRYRYYY RYRYRYYRRYYY RYRYRYYRYYYR RYRYRYYRYYYY
+RYRYYRRRRYYY RYRYYRRYRYYY RYRYYRYRRYYY RYRYYRYRYYYR
+RYRYYRYRYYYY RYRYYRYYRYYY RYYRRRRRRYYY RYYRRRRYRYYY
+RYYRRRYRRYYY RYYRRRYYRYYY RYYRRYRRRYYY RYYRRYRRYYYR
+RYYRRYRRYYYY RYYRRYRYRYYY RYYRRYYRRYYY RYYRRYYRYYYR
+RYYRRYYRYYYY RYYRYRRRRYYY RYYRYRRRYYYR RYYRYRRRYYYY
+RYYRYRRYRYYY RYYRYRYRRYYY RYYRYRYYRYYY RYYRYYRRRYYY
+RYYRYYRYRYYY YRRRRRYRRYYY YRRRRRYRYYYR YRRRRYRRRYYY
+YRRRYRYRRYYY YRRRYRYYRYYY YRRRYYRYRYYY YRRYYRRRRYYY
+YRRYYRRRYYYR YRRYYRYRRYYY YRRYYRYYRYYY YRYRRRRRRYYY
+YRYRRRRRYYYR YRYRRRYYRYYY YRYRRYRRRYYY YRYRRYYRRYYY
+YRYRYRRRRYYY YRYRYRRYRYYY YRYRYRYRRYYY YRYRYYRRRYYY
+YRYYRRRRRYYY YRYYRRRYRYYY YRYYRYRYRYYY YRYYRYYRRYYY
=====================================
data/RY4-6.seed
=====================================
@@ -2,8 +2,6 @@
# seeking seeds at ~1/4 of positions in each sequence [from Table 3 of
# MC Frith, L Noé, G Kucherov].
-#abbreviation RY4
-
#lastal -m2 -r6 -q18 -a21 -b9
R A G
=====================================
data/RY4-9.seed
=====================================
@@ -0,0 +1,42 @@
+# This DNA seeding scheme reduces run time and memory use, by only
+# seeking seeds at ~1/4 of positions in each sequence.
+
+#abbreviation RY4
+
+#lastal -m2 -r6 -q18 -a21 -b9
+
+R A G
+Y C T
+
+RRRRRRRRY RRRRRRYRY RRRRRYRRR RRRRRYRRY
+RRRRRYYRR RRRRRYYRY RRRRRYYYR RRRRRYYYY
+RRRYRYRRR RRRYRYRRY RRRYRYYRR RRRYRYYRY
+RRRYRYYYR RRRYRYYYY RRYRRRRRR RRYRRRRRY
+RRYRRRYRY RRYRRYRRR RRYRRYRRY RRYRRYRYR
+RRYRRYYRR RRYRRYYRY RRYRRYYYY RRYRYRYRY
+RRYYRYRRR RRYYRYRRY RRYYRYYRY RRYYRYYYY
+RRYYYYRRR RRYYYYRRY RRYYYYRYR RRYYYYYRR
+RYRRRRYRR RYRRRRYRY RYRRRRYYR RYRRRRYYY
+RYRRRYRRR RYRRRYRRY RYRRRYYRR RYRRRYYRY
+RYRRRYYYR RYRRRYYYY RYRRYRYYR RYRRYRYYY
+RYRRYYYRR RYRRYYYRY RYRYRYRRR RYRYRYRRY
+RYRYRYYRR RYRYRYYRY RYRYRYYYR RYRYRYYYY
+RYYRRRRRR RYYRRRRRY RYYRRRRYR RYYRRRYRR
+RYYRRRYRY RYYRRRYYR RYYRRRYYY RYYRRYRRR
+RYYRRYRRY RYYRRYRYR RYYRRYYRR RYYRRYYRY
+RYYRRYYYR RYYRRYYYY RYYRYRYRR RYYRYRYRY
+RYYRYRYYR RYYRYRYYY RYYRYYRRR RYYRYYRRY
+RYYRYYYRR RYYRYYYRY RYYYRYRRR RYYYRYRRY
+RYYYRYYRR RYYYRYYRY RYYYRYYYR RYYYRYYYY
+RYYYYRYYR RYYYYRYYY RYYYYYRYR RYYYYYYRR
+RYYYYYYYY YRYRRRRRR YRYRRRRRY YRYRRRYRY
+YRYRRYRRR YRYRRYRRY YRYRRYRYR YRYRRYYRR
+YRYRRYYRY YRYRRYYYY YRYYRYRRR YRYYRYRRY
+YRYYRYYRY YRYYRYYYY YRYYYYRRR YRYYYYRRY
+YRYYYYRYR YRYYYYYRR YYRRRRYYR YYRRRRYYY
+YYRRYRYYR YYRRYRYYY YYYRRRRRR YYYRRRRRY
+YYYRRRRYR YYYRRRYRR YYYRRRYRY YYYRRRYYR
+YYYRRRYYY YYYRRYRRR YYYRRYRRY YYYRRYRYR
+YYYRRYYRR YYYRRYYRY YYYRRYYYR YYYRRYYYY
+YYYRYRYRR YYYRYRYRY YYYRYRYYR YYYRYRYYY
+YYYYYRYYR YYYYYRYYY YYYYYYRYR YYYYYYYRR
=====================================
data/RY8-10.seed
=====================================
@@ -0,0 +1,42 @@
+# This DNA seeding scheme reduces run time and memory use, by only
+# seeking seeds at ~1/8 of positions in each sequence.
+
+#abbreviation RY8
+
+#lastal -m2 -r6 -q18 -a21 -b9
+
+R A G
+Y C T
+
+RRRRYRRRRY RRRRYRRRYR RRRRYRRRYY RRRRYRYRRY
+RRRRYRYRYY RRRRYYRRYY RRRRYYYRYY RRRYRRRRRR
+RRRYRRRRRY RRRYRRYRRY RRRYRRYRYY RRRYYRRRRY
+RRRYYRRRYR RRRYYRRRYY RRRYYRRYRY RRRYYRYRRY
+RRRYYRYRYY RRRYYYRRRR RRRYYYRRRY RRRYYYRRYY
+RRRYYYYRYY RRYRYRRRRR RRYRYRRRRY RRYRYRRRYR
+RRYRYRRRYY RRYRYRYRRR RRYRYRYRRY RRYRYRYRYR
+RRYRYRYRYY RRYRYYRRYY RRYRYYYRYY RRYYRRRRRY
+RRYYRRYRRR RRYYRRYRRY RRYYRYRRRR RRYYRYRRRY
+RRYYRYRYRR RRYYRYRYRY RRYYRYYRYY RRYYYRRYRR
+RRYYYRRYRY RRYYYRYRRY RRYYYRYRYY RRYYYYRRRR
+RRYYYYRRRY RRYYYYRRYR RRYYYYRRYY RRYYYYRYRR
+RRYYYYRYRY RRYYYYYRRY RRYYYYYRYY RRYYYYYYRY
+RYRRYRRRRR RYRRYRRRRY RYRRYRRRYR RYRRYRRRYY
+RYRRYRYRRY RYRRYRYRYY RYRRYYRRYY RYRRYYYRYY
+RYRYYRRRRY RYRYYRRRYR RYRYYRRRYY RYRYYRRYRY
+RYRYYRYRRY RYRYYRYRYY RYRYYYRRYY RYRYYYYRYY
+RYYRRRRRRR RYYRRRRRRY RYYRYYRRYY RYYRYYYRYY
+RYYYRYRRRR RYYYRYRRRY RYYYRYRYRR RYYYRYRYRY
+RYYYYYRRRR RYYYYYRRRY RYYYYYRYRR RYYYYYRYRY
+RYYYYYYRRR RYYYYYYRRY RYYYYYYYRY YRRYYRRRRY
+YRRYYRRRYR YRRYYRRRYY YRRYYRRYRY YRRYYRYRRY
+YRRYYRYRYY YRRYYYRRRR YRRYYYRRRY YRRYYYRRYY
+YRRYYYYRYY YRYYRRRRRY YRYYRRYRRR YRYYRRYRRY
+YRYYRYRRRR YRYYRYRRRY YRYYRYRYRR YRYYRYRYRY
+YRYYYRRRRR YRYYYRRRRY YRYYYRRRYR YRYYYRRRYY
+YRYYYRRYRR YRYYYRRYRY YRYYYRYRRY YRYYYRYRYY
+YRYYYYRRRR YRYYYYRRRY YRYYYYRRYR YRYYYYRRYY
+YRYYYYRYRR YRYYYYRYRY YRYYYYYRRY YRYYYYYRYY
+YRYYYYYYRY YYRYYRRRRY YYRYYRRRYR YYRYYRRRYY
+YYRYYRRYRY YYRYYRYRRY YYRYYRYRYY YYRYYYRRYY
+YYRYYYYRYY YYYYYYYRRR YYYYYYYRRY YYYYYYYYRY
=====================================
data/RY8-8.seed
=====================================
@@ -1,8 +1,6 @@
# This DNA seeding scheme reduces run time and memory use, by only
# seeking seeds at ~1/8 of positions in each sequence.
-#abbreviation RY8
-
#lastal -m2 -r6 -q18 -a21 -b9
R A G
=====================================
doc/last-seeds.rst
=====================================
@@ -175,12 +175,11 @@ And this pattern::
1T1001100101
-RY4-6 (abbreviation: RY4)
+RY4-9 (abbreviation: RY4)
-------------------------
This DNA seeding scheme reduces run time and memory use, by only
-seeking seeds at ~1/4 of positions in each sequence [from Table 3 of
-MC Frith, L Noé, G Kucherov].
+seeking seeds at ~1/4 of positions in each sequence.
It uses this seed alphabet::
R A G
@@ -188,28 +187,44 @@ It uses this seed alphabet::
And these patterns::
- RRRRRY
- RRYRRY
- RRYRYY
- RYRRRR
- RYRRRY
- RYRYRY
- RYYRRR
- RYYRRY
- RYYRYR
- RYYRYY
- RYYYRY
- RYYYYY
- YRYRRY
- YYYRRR
- YYYRRY
- YYYYRY
+ RRRRRRRRY RRRRRRYRY RRRRRYRRR RRRRRYRRY
+ RRRRRYYRR RRRRRYYRY RRRRRYYYR RRRRRYYYY
+ RRRYRYRRR RRRYRYRRY RRRYRYYRR RRRYRYYRY
+ RRRYRYYYR RRRYRYYYY RRYRRRRRR RRYRRRRRY
+ RRYRRRYRY RRYRRYRRR RRYRRYRRY RRYRRYRYR
+ RRYRRYYRR RRYRRYYRY RRYRRYYYY RRYRYRYRY
+ RRYYRYRRR RRYYRYRRY RRYYRYYRY RRYYRYYYY
+ RRYYYYRRR RRYYYYRRY RRYYYYRYR RRYYYYYRR
+ RYRRRRYRR RYRRRRYRY RYRRRRYYR RYRRRRYYY
+ RYRRRYRRR RYRRRYRRY RYRRRYYRR RYRRRYYRY
+ RYRRRYYYR RYRRRYYYY RYRRYRYYR RYRRYRYYY
+ RYRRYYYRR RYRRYYYRY RYRYRYRRR RYRYRYRRY
+ RYRYRYYRR RYRYRYYRY RYRYRYYYR RYRYRYYYY
+ RYYRRRRRR RYYRRRRRY RYYRRRRYR RYYRRRYRR
+ RYYRRRYRY RYYRRRYYR RYYRRRYYY RYYRRYRRR
+ RYYRRYRRY RYYRRYRYR RYYRRYYRR RYYRRYYRY
+ RYYRRYYYR RYYRRYYYY RYYRYRYRR RYYRYRYRY
+ RYYRYRYYR RYYRYRYYY RYYRYYRRR RYYRYYRRY
+ RYYRYYYRR RYYRYYYRY RYYYRYRRR RYYYRYRRY
+ RYYYRYYRR RYYYRYYRY RYYYRYYYR RYYYRYYYY
+ RYYYYRYYR RYYYYRYYY RYYYYYRYR RYYYYYYRR
+ RYYYYYYYY YRYRRRRRR YRYRRRRRY YRYRRRYRY
+ YRYRRYRRR YRYRRYRRY YRYRRYRYR YRYRRYYRR
+ YRYRRYYRY YRYRRYYYY YRYYRYRRR YRYYRYRRY
+ YRYYRYYRY YRYYRYYYY YRYYYYRRR YRYYYYRRY
+ YRYYYYRYR YRYYYYYRR YYRRRRYYR YYRRRRYYY
+ YYRRYRYYR YYRRYRYYY YYYRRRRRR YYYRRRRRY
+ YYYRRRRYR YYYRRRYRR YYYRRRYRY YYYRRRYYR
+ YYYRRRYYY YYYRRYRRR YYYRRYRRY YYYRRYRYR
+ YYYRRYYRR YYYRRYYRY YYYRRYYYR YYYRRYYYY
+ YYYRYRYRR YYYRYRYRY YYYRYRYYR YYYRYRYYY
+ YYYYYRYYR YYYYYRYYY YYYYYYRYR YYYYYYYRR
It sets this lastal default:
-m2 -r6 -q18 -a21 -b9
-RY8-8 (abbreviation: RY8)
--------------------------
+RY8-10 (abbreviation: RY8)
+--------------------------
This DNA seeding scheme reduces run time and memory use, by only
seeking seeds at ~1/8 of positions in each sequence.
@@ -220,44 +235,44 @@ It uses this seed alphabet::
And these patterns::
- RRRRRRRY
- RRYRRRYY
- RYRRRRYR
- RYRRRRYY
- RYRRRYRY
- YRRRRRRY
- YRRRRRYR
- YRRRRRYY
- YRRRYRRY
- YRRYRRYR
- YRRYRRYY
- YRYRRRYY
- YRYRRYRY
- YRYRRYYR
- YRYRRYYY
- YRYRYRYY
- YYRRRRYR
- YYRRRRYY
- YYRRRYRY
- YYRRRYYR
- YYRRRYYY
- YYRRYRYR
- YYRRYRYY
- YYRRYYRY
- YYRRYYYR
- YYRRYYYY
- YYRYRYYR
- YYRYRYYY
- YYRYYRYY
- YYYRYYYR
- YYYRYYYY
- YYYYYYYR
+ RRRRYRRRRY RRRRYRRRYR RRRRYRRRYY RRRRYRYRRY
+ RRRRYRYRYY RRRRYYRRYY RRRRYYYRYY RRRYRRRRRR
+ RRRYRRRRRY RRRYRRYRRY RRRYRRYRYY RRRYYRRRRY
+ RRRYYRRRYR RRRYYRRRYY RRRYYRRYRY RRRYYRYRRY
+ RRRYYRYRYY RRRYYYRRRR RRRYYYRRRY RRRYYYRRYY
+ RRRYYYYRYY RRYRYRRRRR RRYRYRRRRY RRYRYRRRYR
+ RRYRYRRRYY RRYRYRYRRR RRYRYRYRRY RRYRYRYRYR
+ RRYRYRYRYY RRYRYYRRYY RRYRYYYRYY RRYYRRRRRY
+ RRYYRRYRRR RRYYRRYRRY RRYYRYRRRR RRYYRYRRRY
+ RRYYRYRYRR RRYYRYRYRY RRYYRYYRYY RRYYYRRYRR
+ RRYYYRRYRY RRYYYRYRRY RRYYYRYRYY RRYYYYRRRR
+ RRYYYYRRRY RRYYYYRRYR RRYYYYRRYY RRYYYYRYRR
+ RRYYYYRYRY RRYYYYYRRY RRYYYYYRYY RRYYYYYYRY
+ RYRRYRRRRR RYRRYRRRRY RYRRYRRRYR RYRRYRRRYY
+ RYRRYRYRRY RYRRYRYRYY RYRRYYRRYY RYRRYYYRYY
+ RYRYYRRRRY RYRYYRRRYR RYRYYRRRYY RYRYYRRYRY
+ RYRYYRYRRY RYRYYRYRYY RYRYYYRRYY RYRYYYYRYY
+ RYYRRRRRRR RYYRRRRRRY RYYRYYRRYY RYYRYYYRYY
+ RYYYRYRRRR RYYYRYRRRY RYYYRYRYRR RYYYRYRYRY
+ RYYYYYRRRR RYYYYYRRRY RYYYYYRYRR RYYYYYRYRY
+ RYYYYYYRRR RYYYYYYRRY RYYYYYYYRY YRRYYRRRRY
+ YRRYYRRRYR YRRYYRRRYY YRRYYRRYRY YRRYYRYRRY
+ YRRYYRYRYY YRRYYYRRRR YRRYYYRRRY YRRYYYRRYY
+ YRRYYYYRYY YRYYRRRRRY YRYYRRYRRR YRYYRRYRRY
+ YRYYRYRRRR YRYYRYRRRY YRYYRYRYRR YRYYRYRYRY
+ YRYYYRRRRR YRYYYRRRRY YRYYYRRRYR YRYYYRRRYY
+ YRYYYRRYRR YRYYYRRYRY YRYYYRYRRY YRYYYRYRYY
+ YRYYYYRRRR YRYYYYRRRY YRYYYYRRYR YRYYYYRRYY
+ YRYYYYRYRR YRYYYYRYRY YRYYYYYRRY YRYYYYYRYY
+ YRYYYYYYRY YYRYYRRRRY YYRYYRRRYR YYRYYRRRYY
+ YYRYYRRYRY YYRYYRYRRY YYRYYRYRYY YYRYYYRRYY
+ YYRYYYYRYY YYYYYYYRRR YYYYYYYRRY YYYYYYYYRY
It sets this lastal default:
-m2 -r6 -q18 -a21 -b9
-RY16-8 (abbreviation: RY16)
----------------------------
+RY16-11 (abbreviation: RY16)
+----------------------------
This DNA seeding scheme reduces run time and memory use, by only
seeking seeds at ~1/16 of positions in each sequence.
@@ -268,27 +283,43 @@ It uses this seed alphabet::
And these patterns::
- RRRRRYRY
- RRRRYYRY
- RRRYYYRY
- RRRYYYYY
- RRYRRYRY
- RRYYYYRY
- YRRRRYRY
- YRRRYRYR
- YRRRYRYY
- YRRRYYRY
- YRRYYRYR
- YRRYYRYY
- YRRYYYRY
- YRRYYYYY
- YYRRYRYR
- YYRRYRYY
+ RRYRYRRRRRR RRYRYRRRRYR RRYRYRRRYRR RRYRYRRYRRR
+ RRYRYRRYRRY RRYRYRYRRRR RRYRYRYRRYR RRYRYRYRYRR
+ RRYRYRYYRRR RRYRYRYYRRY RRYRYYRRRRR RRYRYYRRRYR
+ RRYRYYRRYRR RRYRYYRYRRY RRYRYYYRRRR RRYRYYYRRYR
+ RRYRYYYRYRR RRYRYYYYRRR RRYRYYYYRRY RRYYRRRRRRR
+ RRYYRRRRRRY RRYYRRRRRYR RRYYRRRRYRR RRYYRRRYRRR
+ RRYYRRRYRRY RRYYRRYRRRR RRYYRRYRRRY RRYYRRYRRYR
+ RRYYRYRRRRR RRYYRYRRRRY RRYYRYRRRYR RRYYRYRRYRR
+ RRYYRYRYRRR RRYYRYRYRRY RRYYRYRYYRR RRYYRYYRRRR
+ RRYYRYYRRRY RRYYRYYRRYR RRYYRYYYRRR RRYYRYYYRRY
+ RRYYRYYYYRR RRYYYRRRRRR RRYYYRRRRRY RRYYYRRRRYR
+ RRYYYRRRYRR RRYYYRRYRRR RRYYYRRYRRY RRYYYRYRRRR
+ RRYYYRYRRRY RRYYYRYRRYR RRYYYRYYRRR RRYYYRYYRRY
+ RRYYYRYYYRR RRYYYYRRRRR RRYYYYRRRRY RRYYYYRRRYR
+ RRYYYYRRYRR RRYYYYRYRRR RRYYYYRYRRY RRYYYYRYYRR
+ RRYYYYYRRRR RRYYYYYRRRY RRYYYYYRRYR RRYYYYYRYRR
+ RRYYYYYYRRY RYRYRYRYYRR RYRYRYYYRRR RYRYRYYYRRY
+ RYRYRYYYYRR RYRYYRYRRRR RYRYYRYRRRY RYRYYRYRYRR
+ RYRYYRYYRRR RYRYYRYYRRY RYRYYRYYYRR RYRYYYRYYRR
+ RYRYYYYRYRR RYRYYYYYRRR RYRYYYYYRRY RYYRYYRYRRR
+ RYYRYYRYRRY RYYRYYYRYRR RYYYRYRYRRR RYYYRYRYRRY
+ RYYYRYRYYRR RYYYRYYRYRR RYYYYRYRYRR RYYYYYRYYRR
+ RYYYYYYRRRR RYYYYYYRRRY RYYYYYYRYRR RYYYYYYYRRR
+ RYYYYYYYRRY RYYYYYYYYRR YRYRYRYRYRR YRYRYYRYRRY
+ YRYRYYYRYRR YRYYRYRYYRR YRYYRYYYYRR YRYYYRYYYRR
+ YRYYYYRYYRR YRYYYYYRYRR YRYYYYYYRRY YYRYRYRYRRR
+ YYRYRYRYRRY YYRYRYRYYRR YYRYRYYYRRR YYRYRYYYRRY
+ YYRYRYYYYRR YYRYYRYRYRR YYRYYRYYRRR YYRYYRYYRRY
+ YYRYYRYYYRR YYRYYYRYYRR YYRYYYYRYRR YYRYYYYYRRR
+ YYRYYYYYRRY YYYRYYYRYRR YYYRYYYYRRR YYYRYYYYRRY
+ YYYYRYRYYRR YYYYRYYRYRR YYYYRYYYRRR YYYYRYYYRRY
+ YYYYYRYRYRR YYYYYYRYYRR YYYYYYYRYRR YYYYYYYYYRR
It sets this lastal default:
-m2 -r6 -q18 -a21 -b9
-RY32-10 (abbreviation: RY32)
+RY32-12 (abbreviation: RY32)
----------------------------
This DNA seeding scheme reduces run time and memory use, by only
@@ -300,38 +331,38 @@ It uses this seed alphabet::
And these patterns::
- YRRYRRYRRR
- YRRYRYYRRR
- YRRYYRYRRR
- YRRYYYRRRR
- YRRYYYRRRY
- YRRYYYYRRR
- YRYRRYRRRR
- YRYRRYRRRY
- YRYRRYYRRR
- YRYRYRYRRR
- YRYRYYRRRR
- YRYRYYRRRY
- YRYRYYYRRR
- YRYYRRYRRR
- YRYYRYYRRR
- YRYYYRYRRR
- YRYYYYRRRR
- YRYYYYRRRY
- YRYYYYYRRR
- YYRRYRYRRR
- YYRRYYRRRR
- YYRRYYRRRY
- YYRYRYRRRR
- YYRYYRYRRR
- YYRYYYRRRR
- YYRYYYRRRY
- YYYRYYRRRR
- YYYRYYRRRY
- YYYYRRYRRR
- YYYYYRYRRR
- YYYYYYRRRR
- YYYYYYRRRY
+ RRRRRRRRYYYR RRRRRRRRYYYY RRRRRRYRRYYY RRRRRRYRYYYR
+ RRRRRYRRRYYY RRRRRYRYYYYR RRRRRYRYYYYY RRRRRYYRYYYR
+ RRRRRYYRYYYY RRRRYRYRRYYY RRRRYRYRYYYR RRRRYRYRYYYY
+ RRRRYRYYRYYY RRRRYYRRYYYR RRRRYYRRYYYY RRRRYYRYRYYY
+ RRRYRRRRYYYR RRRYRRRRYYYY RRRYRRYRYYYR RRRYRRYRYYYY
+ RRRYYRRRRYYY RRRYYRRRYYYR RRRYYRYRRYYY RRRYYRYYRYYY
+ RRYRRRRRRYYY RRYRRRRRYYYR RRYRRRYRYYYR RRYRRRYRYYYY
+ RRYRRRYYRYYY RRYRRYRRRYYY RRYRRYRRYYYR RRYRRYRRYYYY
+ RRYRRYYRRYYY RRYRRYYRYYYR RRYRRYYRYYYY RRYRYRRRRYYY
+ RRYRYRRRYYYR RRYRYRRRYYYY RRYRYRRYRYYY RRYRYRYRRYYY
+ RRYRYRYRYYYR RRYRYRYRYYYY RRYRYYRRRYYY RRYRYYRRYYYR
+ RRYRYYRRYYYY RRYYRRRRRYYY RRYYRRRYRYYY RRYYRRRYYYYR
+ RRYYRRRYYYYY RRYYRRYRYYYR RRYYRRYRYYYY RRYYRYRYRYYY
+ RRYYRYYRRYYY RYRRRRRRRYYY RYRRRRRYYYYR RYRRRRRYYYYY
+ RYRRRRYRRYYY RYRRRRYRYYYR RYRRRRYRYYYY RYRRRRYYRYYY
+ RYRRRYRRRYYY RYRRRYRRYYYR RYRRRYRRYYYY RYRRRYRYRYYY
+ RYRRRYYRRYYY RYRRYRRRRYYY RYRRYRRYRYYY RYRRYRYRRYYY
+ RYRRYRYRYYYR RYRRYRYRYYYY RYRRYRYYRYYY RYRRYYRYRYYY
+ RYRYRRRYRYYY RYRYRRYRRYYY RYRYRRYYRYYY RYRYRYRRRYYY
+ RYRYRYRYRYYY RYRYRYYRRYYY RYRYRYYRYYYR RYRYRYYRYYYY
+ RYRYYRRRRYYY RYRYYRRYRYYY RYRYYRYRRYYY RYRYYRYRYYYR
+ RYRYYRYRYYYY RYRYYRYYRYYY RYYRRRRRRYYY RYYRRRRYRYYY
+ RYYRRRYRRYYY RYYRRRYYRYYY RYYRRYRRRYYY RYYRRYRRYYYR
+ RYYRRYRRYYYY RYYRRYRYRYYY RYYRRYYRRYYY RYYRRYYRYYYR
+ RYYRRYYRYYYY RYYRYRRRRYYY RYYRYRRRYYYR RYYRYRRRYYYY
+ RYYRYRRYRYYY RYYRYRYRRYYY RYYRYRYYRYYY RYYRYYRRRYYY
+ RYYRYYRYRYYY YRRRRRYRRYYY YRRRRRYRYYYR YRRRRYRRRYYY
+ YRRRYRYRRYYY YRRRYRYYRYYY YRRRYYRYRYYY YRRYYRRRRYYY
+ YRRYYRRRYYYR YRRYYRYRRYYY YRRYYRYYRYYY YRYRRRRRRYYY
+ YRYRRRRRYYYR YRYRRRYYRYYY YRYRRYRRRYYY YRYRRYYRRYYY
+ YRYRYRRRRYYY YRYRYRRYRYYY YRYRYRYRRYYY YRYRYYRRRYYY
+ YRYYRRRRRYYY YRYYRRRYRYYY YRYYRYRYRYYY YRYYRYYRRYYY
It sets this lastal default:
-m2 -r6 -q18 -a21 -b9
=====================================
makefile
=====================================
@@ -18,7 +18,7 @@ doc/last-matrices.rst: build/mat-doc.sh data/*.mat
./build/mat-doc.sh data/*.mat > $@
doc/last-seeds.rst: build/seed-doc.sh data/*.seed
- cd data && ../build/seed-doc.sh [!R]*d RY?-*d RY??-*d > ../$@
+ cd data && ../build/seed-doc.sh [!R]*d *4-9* *8-10* *-11* *-12* > ../$@
tag:
git tag -m "" `git rev-list HEAD | grep -c .`
=====================================
src/makefile
=====================================
@@ -144,7 +144,7 @@ ScoreMatrixData.hh: ../data/*.mat
../build/mat-inc.sh ../data/*.mat > $@
VERSION1 = git describe --dirty
-VERSION2 = echo ' (HEAD -> main, tag: 1406) ' | sed -e 's/.*tag: *//' -e 's/[,) ].*//'
+VERSION2 = echo ' (HEAD -> main, tag: 1407) ' | sed -e 's/.*tag: *//' -e 's/[,) ].*//'
VERSION = \"`test -e ../.git && $(VERSION1) || $(VERSION2)`\"
=====================================
test/last-test.out
=====================================
@@ -5108,10 +5108,8 @@ s LTR22C#LTR/ERVK 0 505 + 509 TGTAGGGGNTCGGTCAGGGTGGTGGGAGAAATTGTAAAAATAAATTATA
644 chrM 1742 311 + 16571 chrM 2432 326 + 16775 18,1:0,2,0:2,17,0:4,25,0:4,11,0:2,57,1:0,42,0:1,24,0:3,83,0:4,6,3:0,21 EG2=1e-39 E=5.5e-49
627 chrM 656 291 + 16571 chrM 1303 296 + 16775 78,0:3,35,0:2,6,2:0,20,0:1,19,0:1,55,1:0,57,0:1,18 EG2=3.1e-38 E=1.7e-47
587 chrM 5208 516 + 16571 chrM 5978 522 + 16775 74,0:2,17,2:0,88,0:3,19,3:0,5,5:0,14,0:5,6,3:0,21,0:3,14,1:0,12,2:0,29,0:1,6,0:4,30,0:2,9,0:1,13,1:0,73,0:1,2,0:1,67 EG2=1e-34 E=5.5e-44
-288 chrM 8638 216 + 16571 chrM 9353 216 + 16775 216 EG2=1.6e-08 E=9e-18
210 chrM 10518 77 + 16571 chrM 11243 77 + 16775 77 EG2=0.11 E=6.2e-11
-154 chrM 14425 84 + 16571 chrM 16456 84 + 16775 84 EG2=9.1e+03 E=5e-06
-137 chrM 3237 70 + 16571 chrM 3973 69 + 16775 38,1:0,31 EG2=2.8e+05 E=0.00016
+137 chrM 3237 70 + 16571 chrM 3973 69 + 16775 37,1:0,32 EG2=2.8e+05 E=0.00016
130 chrM 2807 38 + 16571 chrM 3520 38 + 16775 38 EG2=1.2e+06 E=0.00064
140 chrM 3279 28 + 16571 chrM 10177 28 - 16775 28 EG2=1.5e+05 E=8.5e-05
# Query sequences=2 normal letters=17803
View it on GitLab: https://salsa.debian.org/med-team/last-align/-/commit/e4599bc14ff5f72fcd4ba39ec476934c2e91a5e3
--
View it on GitLab: https://salsa.debian.org/med-team/last-align/-/commit/e4599bc14ff5f72fcd4ba39ec476934c2e91a5e3
You're receiving this email because of your account on salsa.debian.org.
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://alioth-lists.debian.net/pipermail/debian-med-commit/attachments/20220823/56111dcc/attachment-0001.htm>
More information about the debian-med-commit
mailing list