[med-svn] [Git][med-team/freebayes][master] 3 commits: applied fix for :unnecessary greater-than versioned dependency
Michael R. Crusoe (@crusoe)
gitlab at salsa.debian.org
Mon Aug 21 12:21:46 BST 2023
Michael R. Crusoe pushed to branch master at Debian Med / freebayes
Commits:
aaf0e5b9 by Michael R. Crusoe at 2023-08-21T13:03:18+02:00
applied fix for :unnecessary greater-than versioned dependency
- - - - -
abce3d16 by Michael R. Crusoe at 2023-08-21T13:05:13+02:00
d/copyright: update path for ttmath
- - - - -
a740f9a3 by Michael R. Crusoe at 2023-08-21T13:21:04+02:00
autopkgtests pass for me
- - - - -
4 changed files:
- debian/changelog
- debian/control
- debian/copyright
- − test/regression/NA12878.chr22.tiny.vcf
Changes:
=====================================
debian/changelog
=====================================
@@ -1,14 +1,13 @@
freebayes (1.3.7-1) UNRELEASED; urgency=medium
+ [ Andreas Tille ]
* Bump versioned Build-Depends: libvcflib-dev (>= 1.0.9+dfsg-1~)
* Do not build on i386 on Salsa CI
- TODO: https://salsa.debian.org/med-team/freebayes/-/jobs/4088476
- stderr:
- [E::idx_find_and_load] Could not retrieve index file for '-'
- Random access with SetRegion not available for STDIN reading (no index file)
- ERROR(freebayes): Could not SetRegion to q:1..10000
- t/01_call_variants.t: line 107: 4400 Aborted
- (core dumped) freebayes -f tiny/q.fa.gz -@ tiny/q_spiked.vcf.gz -r q:1-10000 -l - < tiny/NA12878.chr22.tiny.bam > /dev/null 2> /dev/null
+
+ [ Michael R. Crusoe ]
+ * d/control: applied fix for :unnecessary greater-than versioned
+ dependency
+ * d/copyright: update path for ttmath
-- Andreas Tille <tille at debian.org> Mon, 27 Mar 2023 09:54:08 +0200
=====================================
debian/control
=====================================
@@ -12,7 +12,7 @@ Build-Depends: debhelper-compat (= 13),
libbamtools-dev,
libvcflib-dev (>= 1.0.9+dfsg-1~),
libtabixpp-dev,
- libseqlib-dev (>= 1.1.2+dfsg-5),
+ libseqlib-dev,
bc,
samtools,
parallel <!nocheck>,
=====================================
debian/copyright
=====================================
@@ -6,7 +6,7 @@ Files: *
Copyright: 2010-2014 Erik Garrison, Gabor Marth
License: MIT
-Files: ttmath/*
+Files: contrib/ttmath/*
Copyright: 2006-2012, Tomasz Sowa
License: BSD-3-clause
Redistribution and use in source and binary forms, with or without
=====================================
test/regression/NA12878.chr22.tiny.vcf deleted
=====================================
@@ -1,210 +0,0 @@
-##fileformat=VCFv4.2
-##reference=tiny/q.fa
-##contig=<ID=q,length=12356>
-##phasing=none
-##commandline="freebayes -f tiny/q.fa tiny/NA12878.chr22.tiny.bam"
-##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data">
-##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total read depth at the locus">
-##INFO=<ID=DPB,Number=1,Type=Float,Description="Total read depth per bp at the locus; bases in reads overlapping / bases in haplotype">
-##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Total number of alternate alleles in called genotypes">
-##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
-##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Estimated allele frequency in the range (0,1]">
-##INFO=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Count of full observations of the reference haplotype.">
-##INFO=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Count of full observations of this alternate haplotype.">
-##INFO=<ID=PRO,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele observation count, with partial observations recorded fractionally">
-##INFO=<ID=PAO,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele observations, with partial observations recorded fractionally">
-##INFO=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele quality sum in phred">
-##INFO=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele quality sum in phred">
-##INFO=<ID=PQR,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele quality sum in phred for partial observations">
-##INFO=<ID=PQA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele quality sum in phred for partial observations">
-##INFO=<ID=SRF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the forward strand">
-##INFO=<ID=SRR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the reverse strand">
-##INFO=<ID=SAF,Number=A,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the forward strand">
-##INFO=<ID=SAR,Number=A,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the reverse strand">
-##INFO=<ID=SRP,Number=1,Type=Float,Description="Strand balance probability for the reference allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SRF and SRR given E(SRF/SRR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=SAP,Number=A,Type=Float,Description="Strand balance probability for the alternate allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SAF and SAR given E(SAF/SAR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=AB,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance at heterozygous sites: a number between 0 and 1 representing the ratio of reads showing the reference allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
-##INFO=<ID=ABP,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance probability at heterozygous sites: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between ABR and ABA given E(ABR/ABA) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=RUN,Number=A,Type=Integer,Description="Run length: the number of consecutive repeats of the alternate allele in the reference genome">
-##INFO=<ID=RPP,Number=A,Type=Float,Description="Read Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=RPPR,Number=1,Type=Float,Description="Read Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=RPL,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Left: number of reads supporting the alternate balanced to the left (5') of the alternate allele">
-##INFO=<ID=RPR,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Right: number of reads supporting the alternate balanced to the right (3') of the alternate allele">
-##INFO=<ID=EPP,Number=A,Type=Float,Description="End Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=EPPR,Number=1,Type=Float,Description="End Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
-##INFO=<ID=DPRA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele depth ratio. Ratio between depth in samples with each called alternate allele and those without.">
-##INFO=<ID=ODDS,Number=1,Type=Float,Description="The log odds ratio of the best genotype combination to the second-best.">
-##INFO=<ID=GTI,Number=1,Type=Integer,Description="Number of genotyping iterations required to reach convergence or bailout.">
-##INFO=<ID=TYPE,Number=A,Type=String,Description="The type of allele, either snp, mnp, ins, del, or complex.">
-##INFO=<ID=CIGAR,Number=A,Type=String,Description="The extended CIGAR representation of each alternate allele, with the exception that '=' is replaced by 'M' to ease VCF parsing. Note that INDEL alleles do not have the first matched base (which is provided by default, per the spec) referred to by the CIGAR.">
-##INFO=<ID=NUMALT,Number=1,Type=Integer,Description="Number of unique non-reference alleles in called genotypes at this position.">
-##INFO=<ID=MEANALT,Number=A,Type=Float,Description="Mean number of unique non-reference allele observations per sample with the corresponding alternate alleles.">
-##INFO=<ID=LEN,Number=A,Type=Integer,Description="allele length">
-##INFO=<ID=MQM,Number=A,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed alternate alleles">
-##INFO=<ID=MQMR,Number=1,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed reference alleles">
-##INFO=<ID=PAIRED,Number=A,Type=Float,Description="Proportion of observed alternate alleles which are supported by properly paired read fragments">
-##INFO=<ID=PAIREDR,Number=1,Type=Float,Description="Proportion of observed reference alleles which are supported by properly paired read fragments">
-##INFO=<ID=MIN_DP,Number=1,Type=Integer,Description="Minimum depth in gVCF output block.">
-##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="Last position (inclusive) in gVCF output record.">
-##INFO=<ID=technology.ILLUMINA,Number=A,Type=Float,Description="Fraction of observations supporting the alternate observed in reads from ILLUMINA">
-##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
-##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality, the Phred-scaled marginal (or unconditional) probability of the called genotype">
-##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood, log10-scaled likelihoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy">
-##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
-##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Number of observation for each allele">
-##FORMAT=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count">
-##FORMAT=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Sum of quality of the reference observations">
-##FORMAT=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observation count">
-##FORMAT=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Sum of quality of the alternate observations">
-##FORMAT=<ID=MIN_DP,Number=1,Type=Integer,Description="Minimum depth in gVCF output block.">
-#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT 1
-q 186 . T C 343.484 . AB=0.390244;ABP=7.30028;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=16;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=3.55317;EPPR=7.26639;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=79.09;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=591;QR=953;RO=25;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=10.0459;RPR=12;RUN=1;SAF=11;SAP=7.89611;SAR=5;SRF=9;SRP=7.26639;SRR=16;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:25,16:25:953:16:591:-41.1681,0,-73.7281
-q 382 . C G 1.05177e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.65535;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.5524;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=73;QR=1275;RO=33;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=4.65535;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=21;SRP=8.34028;SRR=12;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:33,2:33:1275:2:73:0,-3.60598,-108.099
-q 910 . A C 1.9784e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=4.65535;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=40.0086;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45;QR=899;RO=33;RPL=2;RPP=3.73412;RPPR=17.8158;RPR=1;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=18;SRP=3.60252;SRR=15;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:33,3:33:899:3:45:0,-6.63712,-76.9532
-q 930 . T C 1.78554e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=4.76149;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=36.6019;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=841;RO=31;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=3.08035;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=18;SRP=4.76149;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:31,3:31:841:3:59:0,-4.7287,-70.4186
-q 934 . T C 2.98643e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=5.61607;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.1107;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=786;RO=30;RPL=2;RPP=3.73412;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=17;SRP=4.16842;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:30,3:30:786:3:59:0,-4.42767,-65.4606
-q 940 . T C 1.78476e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=3.08035;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=36.6019;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=945;RO=31;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=6.44263;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=18;SRP=4.76149;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:31,3:31:945:3:59:0,-4.7287,-79.7982
-q 948 . T C 1.46909e-16 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=45.6626;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1131;RO=34;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=12.2071;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=20;SRP=5.30951;SRR=14;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:34,2:34:1131:2:30:0,-7.9871,-99.2046
-q 952 . T C 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.9754;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=48.3256;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1097;RO=36;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=11.6962;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=20;SRP=3.9754;SRR=16;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:36,2:36:1097:2:30:0,-8.58916,-96.1236
-q 958 . T C 2.80771e-11 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=3.64073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.7647;PAIRED=1;PAIREDR=0.967742;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=109;QR=1021;RO=31;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=11.486;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=6.91895;SAR=1;SRF=16;SRP=3.08035;SRR=15;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:31,5:31:1021:5:109:0,-0.811201,-82.1297
-q 960 . T C 1.29659e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=3.56868;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=41.3251;PAIRED=1;PAIREDR=0.971429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51;QR=1022;RO=35;RPL=2;RPP=3.73412;RPPR=8.03571;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=3.73412;SAR=1;SRF=19;SRP=3.56868;SRR=16;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:35,3:35:1022:3:51:0,-6.67921,-87.46
-q 974 . T C 1.46909e-16 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=4.03217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=44.2763;PAIRED=1;PAIREDR=0.970588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1197;RO=34;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=15.5282;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=19;SRP=4.03217;SRR=15;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:34,2:34:1197:2:30:0,-7.9871,-105.144
-q 1008 . C T 493.294 . AB=0.564103;ABP=4.40227;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=22;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=4.58955;EPPR=3.13803;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=94.3914;PAIRED=0.954545;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=749;QR=648;RO=17;RPL=9;RPP=4.58955;RPPR=4.1599;RPR=13;RUN=1;SAF=16;SAP=12.8806;SAR=6;SRF=5;SRP=9.26925;SRR=12;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:17,22:17:648:22:749:-55.9636,0,-46.9124
-q 1299 . A C 4.45272e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=14.1309;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.303;NS=1;NUMALT=1;ODDS=42.9472;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1087;RO=33;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=4.65535;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=21;SRP=8.34028;SRR=12;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:33,2:33:1087:2:30:0,-7.68607,-94.6971
-q 1329 . A C 6.29097e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=12.9286;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=50;MQMR=57.9459;NS=1;NUMALT=1;ODDS=44.5082;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=48;QR=1269;RO=37;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=5.88603;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=20;SRP=3.5385;SRR=17;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:37,2:37:1269:2:48:0,-7.25521,-107.4
-q 1577 . T G 4.80352e-06 . AB=0.133333;ABP=20.5268;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.7147;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=48;QR=386;RO=12;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=9.52472;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=6;SRP=3.0103;SRR=6;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:12,2:12:386:2:48:-0.105334,0,-30.5764
-q 1703 . G T 1.36364e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=9.07545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=36.4103;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=1080;RO=29;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=4.88226;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=18;SRP=6.67934;SRR=11;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:29,2:29:1080:2:42:0,-5.34215,-93.5033
-q 1715 . G A 9.9451e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.16842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=36.857;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46;QR=1118;RO=30;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.0103;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=18;SRP=5.61607;SRR=12;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:30,2:30:1118:2:46:0,-5.26312,-96.5357
-q 1760 . C T 7.8055e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=35.9605;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=953;RO=27;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.09072;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=22;SRP=26.2531;SRR=5;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:30:27,2:27:953:2:34:0,-5.68991,-82.8126
-q 1781 . C A 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=8.68415;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=41.6804;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1113;RO=31;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.64073;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=23;SRP=18.771;SRR=8;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:31,2:31:1113:2:30:0,-7.08401,-97.6003
-q 1817 . GCCC ACCT 129.28 . AB=0.321429;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=9;CIGAR=1X2M1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=3.25157;EPPR=3.12459;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.7678;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=294;QR=697;RO=19;RPL=5;RPP=3.25157;RPPR=3.12459;RPR=4;RUN=1;SAF=5;SAP=3.25157;SAR=4;SRF=12;SRP=5.8675;SRR=7;TYPE=complex;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:19,9:19:697:9:294:-18.3443,0,-54.6217
-q 1887 . G A 1.23032e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=6.66752;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=41.3789;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=1375;RO=38;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.23888;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=19;SRP=3.0103;SRR=19;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:38,2:38:1375:2:74:0,-5.01532,-116.996
-q 1917 . A G 482.956 . AB=0.513514;ABP=3.06899;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=19;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=3.12459;EPPR=4.9405;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=94.6173;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=715;QR=638;RO=18;RPL=8;RPP=4.03889;RPPR=4.9405;RPR=11;RUN=1;SAF=10;SAP=3.12459;SAR=9;SRF=8;SRP=3.49285;SRR=10;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:18,19:18:638:19:715:-53.5355,0,-46.5916
-q 1989 . T G 2.66744e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.88603;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=49.6592;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1345;RO=37;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=5.88603;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=18;SRP=3.06899;SRR=19;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:37,2:37:1345:2:30:0,-8.89019,-118.477
-q 1991 . G T 2.66744e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.5385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=48.2729;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1384;RO=37;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=5.88603;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=18;SRP=3.06899;SRR=19;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:37,2:37:1384:2:30:0,-8.89019,-121.976
-q 2201 . C A 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.88603;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=50;MQMR=58.3784;NS=1;NUMALT=1;ODDS=47.8383;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=1296;RO=37;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.5385;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=16;SRP=4.47751;SRR=21;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:37,2:37:1296:2:32:0,-8.70145,-113.767
-q 2286 . G T 9.57594e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=48.5;MQMR=58.6429;NS=1;NUMALT=1;ODDS=37.7181;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=935;RO=28;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=5.80219;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=10;SRP=7.97367;SRR=18;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:30:28,2:28:935:2:30:0,-6.18219,-81.4476
-q 2310 . T C 1.0299e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=18.2106;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=52.3333;MQMR=56.8214;NS=1;NUMALT=1;ODDS=35.5251;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46;QR=897;RO=28;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=7.97367;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=11;SRP=5.80219;SRR=17;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:28,3:28:897:3:46:0,-5.03988,-76.1642
-q 2331 . A C 8.89066e-10 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=18.6449;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=52.3333;MQMR=56.35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.3094;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=50;QR=678;RO=20;RPL=1;RPP=3.73412;RPPR=4.74748;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=8;SRP=4.74748;SRR=12;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:20,3:20:678:3:50:0,-2.25835,-56.1925
-q 2348 . TCT CCC 1.98663e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X1M1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=7.18621;GTI=0;LEN=3;MEANALT=3;MQM=48.5;MQMR=54.3846;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.5976;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=43;QR=408;RO=13;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=7.18621;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=8;SRP=4.51363;SRR=5;TYPE=complex;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:13,2:13:408:2:43:0,-0.641287,-32.7873
-q 2354 . AG AA 1.18611e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1M1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.55317;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=54;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.7186;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41;QR=500;RO=16;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=29.6108;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=8;SRP=3.0103;SRR=8;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:18:16,2:16:500:2:41:0,-1.52363,-41.1703
-q 2366 . G A 3.83792e-10 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.49285;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=54.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=23.1495;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=531;RO=18;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=26.6552;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=10;SRP=3.49285;SRR=8;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:18,2:18:531:2:37:0,-2.50568,-44.1943
-q 2376 . T A 3.68154e-09 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.5;MQMR=54.8333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=20.8885;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41;QR=551;RO=18;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=20.3821;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=10;SRP=3.49285;SRR=8;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:18,2:18:551:2:41:0,-2.12579,-45.66
-q 2380 . T A 7.43946e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=3.13803;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=54.3529;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.5798;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64;QR=539;RO=17;RPL=1;RPP=3.73412;RPPR=24.5973;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=10;SRP=4.1599;SRR=7;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:17,3:17:539:3:64:0,-0.0475202,-42.3876
-q 2383 . T A 0.000106541 . AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=4.31318;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=55.1333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.6155;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=86;QR=479;RO=15;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=20.5268;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=8;SRP=3.15506;SRR=7;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:15,3:15:479:3:86:-2.60586,0,-37.6662
-q 2527 . A G 3.88672e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=17.6895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.3846;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=858;RO=25;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.09716;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=17;SRP=10.0459;SRR=8;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:25,2:25:858:2:30:0,-5.27783,-74.6618
-q 2528 . G T 5.24579e-13 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=17.6895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.7601;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=815;RO=25;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.09716;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=17;SRP=10.0459;SRR=8;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:25,2:25:815:2:42:0,-4.13803,-69.6411
-q 2537 . G A 1.43459e-13 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=12.0581;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31.0753;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=741;RO=24;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=17;SRP=12.0581;SRR=7;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:24,2:24:741:2:30:0,-4.9768,-64.1044
-q 2576 . T A 7.11377e-11 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=8.07707;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.835;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=47;QR=717;RO=21;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.94093;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=13;SRP=5.59539;SRR=8;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:21,2:21:717:2:47:0,-2.45894,-60.3627
-q 2631 . T G 2.35464e-09 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.1599;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.3354;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=538;RO=17;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=18.4661;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=13;SRP=13.3567;SRR=4;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:17,2:17:538:2:42:0,-1.97311,-44.6988
-q 2633 . CAAAAAAAAAAAAAAAACTGC AAAAAAAAAAAAAAAAACTGC 13.0542 . AB=0.214286;ABP=12.937;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=3;CIGAR=1X20M;DP=14;DPB=14.0476;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.93333;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=76;RO=2;RPL=1;RPP=3.73412;RPPR=3.0103;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:2,3:2:76:3:78:-5.5341,0,-5.36713
-q 2663 . T C 6.8196e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=6.26751;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.0548;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=776;RO=24;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=12.0581;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=12;SRP=3.0103;SRR=12;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:24,2:24:776:2:34:0,-4.80015,-66.8629
-q 3004 . A T 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.9754;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54.5;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=47.451;PAIRED=1;PAIREDR=0.972222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=1367;RO=36;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=17;SRP=3.25157;SRR=19;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:36,2:36:1367:2:34:0,-8.20933,-120.074
-q 3132 . G A 6.22716e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.08518;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=37.6485;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=971;RO=29;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=4.88226;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=13;SRP=3.68421;SRR=16;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:29,2:29:971:2:30:0,-6.48195,-84.8164
-q 3142 . T A 3.25958e-13 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=30.2515;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=736;RO=24;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=6.26751;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=11;SRP=3.37221;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:24,2:24:736:2:42:0,-4.01699,-62.5375
-q 3173 . T A 4.90556e-13 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.829;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=52;QR=942;RO=26;RPL=2;RPP=3.73412;RPPR=6.01695;RPR=1;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=13;SRP=3.0103;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:30:26,3:26:942:3:52:0,-4.03244,-80.2245
-q 3195 . T G 8.90953e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=13.5202;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31.5097;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=893;RO=25;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=13.5202;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=12;SRP=3.09716;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:25,2:25:893:2:34:0,-4.89785,-77.4368
-q 3244 . C G 1.88786e-12 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.58955;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.4661;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=614;RO=22;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=12.8806;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=9;SRP=4.58955;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:22,2:22:614:2:30:0,-4.37474,-51.7215
-q 3252 . T G 9.8693e-10 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=9.26925;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=57.5882;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.205;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45;QR=423;RO=17;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=6.20364;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=10;SRP=4.1599;SRR=7;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:17,3:17:423:3:45:0,-1.97054,-32.9038
-q 3262 . T A 1.20251e-05 . AB=0.176471;ABP=18.4661;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=8.59409;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=55.6429;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.7971;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=389;RO=14;RPL=1;RPP=3.73412;RPPR=5.49198;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=11;SRP=12.937;SRR=3;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:14,3:14:389:3:60:-0.482334,0,-29.2113
-q 3263 . C A 3.37764e-05 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.3333;MQMR=55.5833;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.7643;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64;QR=329;RO=12;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=9.52472;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=10;SRP=14.5915;SRR=2;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:12,3:12:329:3:64:-1.45754,0,-24.0037
-q 3283 . G A 6.9945e-11 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.8519;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41;QR=680;RO=20;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=18.6449;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=9;SRP=3.44459;SRR=11;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:20,2:20:680:2:41:0,-2.72784,-57.595
-q 3308 . T A 3.30116e-13 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=17.6895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=30.259;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=861;RO=25;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=28.1125;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=15;SRP=5.18177;SRR=10;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:25,2:25:861:2:42:0,-4.35469,-73.7788
-q 3317 . CAC AAA 1.41487e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X1M1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=26.4622;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=37.6579;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36;QR=1087;RO=30;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=26.4622;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=20;SRP=10.2485;SRR=10;TYPE=complex;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:30,2:30:1087:2:36:0,-6.21301,-94.6975
-q 3323 . AAT AAC,AAG 2.4839e-13 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=3,3;CIGAR=2M1X,2M1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0,0;EPP=3.73412,3.73412;EPPR=26.2531;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=60,60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=2;ODDS=30.7013;PAIRED=1,1;PAIREDR=1;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=54,45;QR=958;RO=27;RPL=0,1;RPP=9.52472,3.73412;RPPR=26.2531;RPR=3,2;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.73412,9.52472;SAR=2,3;SRF=19;SRP=12.7417;SRR=8;TYPE=snp,snp;technology.ILLUMINA=1,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:27,3,3:27:958:3,3:54,45:0,-4.15599,-81.4687,-4.99593,-79.2453,-82.2816
-q 3667 . G T 1.50676e-16 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.03217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=44.2763;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1222;RO=34;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.26577;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=13;SRP=7.09778;SRR=21;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:34,2:34:1222:2:30:0,-7.9871,-107.395
-q 4010 . C A,T 8.22739e-15 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0,0;EPP=7.35324,7.35324;EPPR=3.29983;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=60,60;MQMR=59.9667;NS=1;NUMALT=2;ODDS=38.8141;PAIRED=1,1;PAIREDR=1;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=35,39;QR=998;RO=30;RPL=0,0;RPP=7.35324,7.35324;RPPR=4.16842;RPR=2,2;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=7.35324,7.35324;SAR=2,2;SRF=19;SRP=7.64277;SRR=11;TYPE=snp,snp;technology.ILLUMINA=1,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:30,2,2:30:998:2,2:35,39:0,-6.49301,-86.7391,-6.11307,-84.4419,-86.3779
-q 4011 . TTA TTT 1.96858e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=2M1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.45321;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.5;MQMR=58.4062;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.5603;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=48;QR=1080;RO=32;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.0103;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=19;SRP=5.45321;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:32,2:32:1080:2:48:0,-5.88858,-91.2924
-q 4016 . C A 1.99425e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.25114;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=58.1429;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.1527;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=865;RO=28;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.32051;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=15;SRP=3.32051;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:28,2:28:865:2:30:0,-6.37092,-74.0393
-q 4018 . G T 3.19511e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=5.02092;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.0741;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.1633;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51;QR=940;RO=27;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=3.09072;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=14;SRP=3.09072;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:30:27,3:27:940:3:51:0,-4.27097,-78.4948
-q 4024 . A T 2.08536e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=6.95112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=58.1111;NS=1;NUMALT=1;ODDS=35.1163;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38;QR=849;RO=27;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.73412;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=14;SRP=3.09072;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:30:27,2:27:849:2:38:0,-5.32329,-72.4377
-q 4025 . GTACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGAC GTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGAC,GTCCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGAC 0.0160187 . AB=0.111111,0.111111;ABP=26.6552,26.6552;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=2,2;CIGAR=2M1X2M2D21M,2M1X25M;DP=18;DPB=23.1071;DPRA=0,0;EPP=3.0103,7.35324;EPPR=8.80089;GTI=0;LEN=26,1;MEANALT=10,10;MQM=60,60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=2;ODDS=5.60957;PAIRED=1,1;PAIREDR=1;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=332;PRO=9;QA=46,30;QR=205;RO=6;RPL=1,0;RPP=3.0103,7.35324;RPPR=16.0391;RPR=1,2;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=7.35324,7.35324;SAR=2,2;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=complex,snp;technology.ILLUMINA=1,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:6,2,2:6:205:2,2:46,30:-1.72899,0,-16.0548,-1.44829,-14.5701,-17.5011
-q 4058 . C T 4.35454e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=14.1309;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=58.303;NS=1;NUMALT=1;ODDS=43.2926;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=928;RO=33;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=22.0271;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=10;SRP=14.1309;SRR=23;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:33,2:33:928:2:30:0,-7.83607,-79.2782
-q 4061 . G T 1.81642e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=12.7819;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.25;NS=1;NUMALT=1;ODDS=37.42;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51;QR=1051;RO=32;RPL=2;RPP=3.73412;RPPR=20.3821;RPR=1;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=10;SRP=12.7819;SRR=22;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:32,3:32:1051:3:51:0,-5.77612,-87.923
-q 4066 . G T 6.08002e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.06748;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.5263;NS=1;NUMALT=1;ODDS=49.6079;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1146;RO=38;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=11.239;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=13;SRP=11.239;SRR=25;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:38,2:38:1146:2:30:0,-9.19122,-98.3686
-q 4073 . A C 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8684;NS=1;NUMALT=1;ODDS=49.4631;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=1250;RO=38;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=6.66752;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=14;SRP=8.7247;SRR=24;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:38,2:38:1250:2:37:0,-8.52628,-109.235
-q 4078 . A T 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.06899;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8649;NS=1;NUMALT=1;ODDS=48.1281;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=1259;RO=37;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=4.47751;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=13;SRP=10.1116;SRR=24;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:37,2:37:1259:2:37:0,-8.22525,-110.048
-q 4082 . C A 6.98431e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.56135;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=59.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=45.1005;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=1179;RO=35;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=6.05036;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=12;SRP=10.5174;SRR=23;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:35,2:35:1179:2:34:0,-8.06815,-103.137
-q 4090 . C G 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.56135;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=59.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=44.0081;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46;QR=1142;RO=35;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=8.03571;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=13;SRP=8.03571;SRR=22;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:35,2:35:1142:2:46:0,-6.99167,-98.6702
-q 4108 . C A 1.81047e-16 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=4.47751;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=45.4294;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=43;QR=1272;RO=37;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=4.47751;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=13;SRP=10.1116;SRR=24;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:37,2:37:1272:2:43:0,-7.65529,-110.648
-q 4123 . G T 2.00423e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=8.03571;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=44.407;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44;QR=1147;RO=35;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.07234;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=9;SRP=20.9405;SRR=26;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:35,2:35:1147:2:44:0,-7.16491,-99.3189
-q 4129 . A G 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=6.8707;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=45.6625;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44;QR=1134;RO=36;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.9754;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=12;SRP=11.6962;SRR=24;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:36,2:36:1134:2:44:0,-7.43261,-98.1493
-q 4142 . G T 1.1768e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.1875;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53;QR=1157;RO=32;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=9.79615;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=11;SRP=9.79615;SRR=21;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:32,3:32:1157:3:53:0,-5.58949,-99.466
-q 4144 . C A 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=4.65535;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=43.4154;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1133;RO=33;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=14.1309;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=14;SRP=4.65535;SRR=19;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:33,2:33:1133:2:30:0,-7.8894,-99.3648
-q 4189 . C G 1.387e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=6.01695;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.4025;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40;QR=886;RO=26;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=8.35546;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=15;SRP=4.34659;SRR=11;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:26,2:26:886:2:40:0,-4.84897,-76.2083
-q 4280 . T G 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=6.23461;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=44.3335;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1238;RO=33;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=6.23461;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=20;SRP=6.23461;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:33,2:33:1238:2:30:0,-7.68607,-108.85
-q 4449 . G A 298.354 . AB=0.419355;ABP=4.76149;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=7.18621;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=68.6986;PAIRED=1;PAIREDR=0.944444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=496;QR=688;RO=18;RPL=6;RPP=3.17734;RPPR=3.49285;RPR=7;RUN=1;SAF=9;SAP=7.18621;SAR=4;SRF=11;SRP=4.9405;SRR=7;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:18,13:18:688:13:496:-35.65,0,-52.9178
-q 4491 . T C 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.06748;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=44.5776;PAIRED=1;PAIREDR=0.973684;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53;QR=1336;RO=38;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.23888;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=24;SRP=8.7247;SRR=14;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:38,2:38:1336:2:53:0,-7.00657,-115.467
-q 4852 . C A,G 0 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=2,2;CIGAR=1X,1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0,0;EPP=7.35324,3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=60,60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=2;ODDS=45.391;PAIRED=1,1;PAIREDR=1;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=34,39;QR=1298;RO=36;RPL=1,1;RPP=3.0103,3.0103;RPPR=5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=3.0103,7.35324;SAR=1,2;SRF=17;SRP=3.25157;SRR=19;TYPE=snp,snp;technology.ILLUMINA=1,1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:36,2,2:36:1298:2,2:34,39:0,-8.39168,-113.838,-7.91675,-111.541,-113.387
-q 5009 . C T 762.203 . AB=0.652174;ABP=12.2627;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=30;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=10.2485;EPPR=3.63072;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=56.7052;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1079;QR=503;RO=14;RPL=18;RPP=5.61607;RPPR=5.49198;RPR=12;RUN=1;SAF=16;SAP=3.29983;SAR=14;SRF=11;SRP=12.937;SRR=3;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:14,30:14:503:30:1079:-83.9204,0,-32.1147
-q 5045 . C A 9.54557e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=5.61607;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.316;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45;QR=1067;RO=30;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=13.4334;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=19;SRP=7.64277;SRR=11;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:30,3:30:1067:3:45:0,-5.73403,-92.1056
-q 5056 . G A 2.06127e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=3.68421;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=34.6129;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46;QR=1076;RO=29;RPL=2;RPP=3.73412;RPPR=12.0706;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=20;SRP=12.0706;SRR=9;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:29,3:29:1076:3:46:0,-5.33967,-92.8325
-q 5073 . T A 9.64351e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.61607;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.9703;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1012;RO=30;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=13.4334;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=19;SRP=7.64277;SRR=11;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:30,2:30:1012:2:30:0,-6.78298,-88.4949
-q 5080 . A C 1.66123e-05 . AB=0.243243;ABP=24.1968;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.09072;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.4739;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=979;RO=27;RPL=3;RPP=5.18177;RPPR=5.02092;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=22;SRP=26.2531;SRR=5;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:27,9:27:979:9:164:-3.72519,0,-77.1618
-q 5088 . T C 2.15768e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=8.34028;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.7193;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51;QR=1057;RO=33;RPL=1;RPP=3.73412;RPPR=3.0761;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=21;SRP=8.34028;SRR=12;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:33,3:33:1057:3:51:0,-6.07715,-90.6182
-q 5090 . C G 1.81642e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=12.7819;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=37.42;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51;QR=944;RO=32;RPL=2;RPP=3.73412;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=20;SRP=7.35324;SRR=12;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:32,3:32:944:3:51:0,-5.77612,-80.4354
-q 5095 . A G 8.19916e-11 . AB=0.205882;ABP=28.557;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=7;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=3.09072;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.6931;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=124;QR=799;RO=27;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=9.52472;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=19;SRP=12.7417;SRR=8;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:27,7:27:799:7:124:-1.1018,0,-61.9305
-q 5101 . T G 2.56926e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=3.06899;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=45.229;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45;QR=922;RO=37;RPL=1;RPP=3.73412;RPPR=4.47751;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.73412;SAR=2;SRF=22;SRP=5.88603;SRR=15;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:37,3:37:922:3:45:0,-7.84124,-78.9956
-q 5489 . G A 5.18062e-13 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.3706;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.7826;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.769;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=823;RO=23;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=10.6577;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=11;SRP=3.10471;SRR=12;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:23,2:23:823:2:30:0,-4.67577,-71.5218
-q 5496 . C A 5.18062e-13 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.3706;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.4783;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.769;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=699;RO=23;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.86001;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=10;SRP=3.86001;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:23,2:23:699:2:30:0,-4.67577,-60.321
-q 5519 . A C 9.21529e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.49198;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.5;MQMR=59.6429;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.3658;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=43;QR=507;RO=14;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=8.59409;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=5;SRP=5.49198;SRR=9;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:14,2:14:507:2:43:0,-0.731857,-41.8613
-q 5546 . G C 1.51912e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=14.5915;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=59;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.8659;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=445;RO=12;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=21.1059;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=9;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:12,2:12:445:2:42:0,-0.394634,-36.3916
-q 5588 . C A 0.000104295 . AB=0.166667;ABP=14.5915;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=52.8;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.6368;PAIRED=1;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=321;RO=10;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=6.48466;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=5;SRP=3.0103;SRR=5;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:10,2:10:321:2:42:-0.377421,0,-25.0829
-q 5638 . CATA CA 282.392 . AB=0.566667;ABP=4.16842;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=17;CIGAR=1M2D1M;DP=30;DPB=21.5;DPRA=0;EPP=9.26925;EPPR=7.18621;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=65.0231;PAIRED=1;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=501;QR=488;RO=13;RPL=2;RPP=24.5973;RPPR=16.5402;RPR=15;RUN=1;SAF=10;SAP=4.1599;SAR=7;SRF=7;SRP=3.17734;SRR=6;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:13,17:13:488:17:501:-36.3303,0,-35.226
-q 6322 . T G 2.35377e-10 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=4.74748;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=23.6384;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=583;RO=20;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=11;SRP=3.44459;SRR=9;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:20,2:20:583:2:42:0,-2.80287,-48.7535
-q 6323 . G A 1.73015e-12 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.94093;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.5531;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=660;RO=21;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=8.07707;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=10;SRP=3.1137;SRR=11;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:21,2:21:660:2:30:0,-4.07371,-56.8259
-q 6353 . T A 1.25682e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=50;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.6607;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53;QR=564;RO=18;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.0103;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=10;SRP=3.49285;SRR=8;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:18,2:18:564:2:53:0,-0.990486,-46.0179
-q 6359 . T A 5.48879e-06 . AB=0.210526;ABP=16.8392;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=4.31318;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=55;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.5814;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65;QR=430;RO=15;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=6.62942;RPR=4;RUN=1;SAF=2;SAP=3.0103;SAR=2;SRF=10;SRP=6.62942;SRR=5;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:15,4:15:430:4:65:-0.288936,0,-33.2524
-q 6408 . T A 8.23642e-13 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=10.0459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.3161;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57;QR=889;RO=25;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=10.0459;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=19;SRP=17.6895;SRR=6;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:25,3:25:889:3:57:0,-3.10907,-74.9756
-q 6418 . G A 326.813 . AB=0.538462;ABP=3.34437;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=12.937;EPPR=5.9056;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=50.888;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=520;QR=401;RO=12;RPL=4;RPP=8.59409;RPPR=5.9056;RPR=10;RUN=1;SAF=9;SAP=5.49198;SAR=5;SRF=10;SRP=14.5915;SRR=2;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:12,14:12:401:14:520:-39.3034,0,-28.5706
-q 6460 . T A 6.50945e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=35.0855;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36;QR=981;RO=27;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=17;SRP=6.95112;SRR=10;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:27,2:27:981:2:36:0,-5.30993,-85.1583
-q 6668 . C A 2.46509e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.128;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=157;QR=1874;RO=50;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=9.26414;RPR=4;RUN=1;SAF=2;SAP=3.0103;SAR=2;SRF=32;SRP=11.5225;SRR=18;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:50,4:50:1874:4:157:0,-1.74712,-154.39
-q 7152 . C A 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.9754;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=47.2847;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1164;RO=36;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=9.04217;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=21;SRP=5.18177;SRR=15;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:36,2:36:1164:2:30:0,-8.73916,-102.158
-q 7159 . C A 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=8.7247;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=49.6079;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1240;RO=38;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=23;SRP=6.66752;SRR=15;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:38,2:38:1240:2:30:0,-9.19122,-109.004
-q 7161 . C A 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=9.04217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.9393;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1127;RO=36;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=22;SRP=6.8707;SRR=14;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:36,2:36:1127:2:30:0,-8.58916,-98.8317
-q 7169 . T A 2.59187e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=12.7819;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=42.7585;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=1060;RO=32;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=4.09604;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=18;SRP=4.09604;SRR=14;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:32,2:32:1060:2:33:0,-7.27755,-92.5168
-q 7182 . C A 1.29584e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=4.76149;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.6099;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45;QR=1005;RO=31;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=3.08035;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=18;SRP=4.76149;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:31,3:31:1005:3:45:0,-6.03506,-86.5187
-q 7201 . T G 1.46909e-16 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=9.39698;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=45.6626;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1039;RO=34;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=9.39698;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=18;SRP=3.26577;SRR=16;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:34,2:34:1039:2:30:0,-7.9871,-90.9104
-q 7207 . G A 7.48861e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=8.34028;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=42.365;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39;QR=1016;RO=33;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=10.9724;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=18;SRP=3.60252;SRR=15;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:33,2:33:1016:2:39:0,-6.83117,-87.9913
-q 7216 . G C 6.93087e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=6.23461;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=43.6773;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=1108;RO=33;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=14.1309;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=18;SRP=3.60252;SRR=15;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:33,2:33:1108:2:33:0,-7.40109,-96.862
-q 7239 . T G 3.55643e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.56135;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.4571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.9933;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1028;RO=35;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=4.56135;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=13;SRP=8.03571;SRR=22;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:35,2:35:1028:2:30:0,-8.28813,-89.1384
-q 7251 . T G 1.09014e-11 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=3.44459;EPPR=3.08518;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=58.1379;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.7111;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=733;RO=29;RPL=2;RPP=3.44459;RPPR=9.07545;RPR=3;RUN=1;SAF=1;SAP=6.91895;SAR=4;SRF=11;SRP=6.67934;SRR=18;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:29,5:29:733:5:81:0,-2.99345,-55.7544
-q 7263 . C A 1.9121e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=5.61607;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57;NS=1;NUMALT=1;ODDS=34.1906;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=829;RO=30;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=13.4334;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=11;SRP=7.64277;SRR=19;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:30,4:30:829:4:71:0,-3.66769,-65.1422
-q 7264 . AAG AAA 3.99445e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=4;CIGAR=2M1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.45321;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=55.9375;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.4606;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=1103;RO=32;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.45321;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=12;SRP=7.35324;SRR=20;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:32,4:32:1103:4:78:0,-3.6223,-88.6792
-q 7275 . TCAAAAAAAAAAAAAAAAAGACAAAGTAGT TCAAAAAAAAAAAAAAAGACAAAGTAGT 6.99873 . AB=0.142857;ABP=26.2761;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=3;CIGAR=2M2D26M;DP=21;DPB=20.6;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=12.7819;GTI=0;LEN=2;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.38881;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=97;QR=292;RO=8;RPL=2;RPP=3.73412;RPPR=12.7819;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.73412;SAR=2;SRF=0;SRP=20.3821;SRR=8;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:8,3:8:292:3:97:-5.45203,0,-23.0425
-q 7612 . G T 9.93756e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=36.6724;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=1368;RO=36;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=17;SRP=3.25157;SRR=19;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:36,2:36:1368:2:77:0,-4.13031,-116.079
-q 7812 . C A 8.75099e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.28173;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.4688;NS=1;NUMALT=1;ODDS=41.6197;PAIRED=1;PAIREDR=0.96875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1178;RO=32;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=5.45321;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=18;SRP=4.09604;SRR=14;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:32,2:32:1178:2:30:0,-7.38504,-103.367
-q 7844 . T C 8.35546e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.08035;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=59.3548;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.9203;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38;QR=1120;RO=31;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=4.76149;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=15;SRP=3.08035;SRR=16;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:31,2:31:1120:2:38:0,-6.48741,-97.4108
-q 7925 . A G 7.50367e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.56868;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.7714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=42.5449;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44;QR=1288;RO=35;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=4.56135;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=18;SRP=3.07234;SRR=17;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:35,2:35:1288:2:44:0,-6.95824,-112.016
-q 7974 . A C 3.55643e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.56868;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=45.6071;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1299;RO=35;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=10.5174;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=19;SRP=3.56868;SRR=16;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:35,2:35:1299:2:30:0,-8.28813,-114.331
-q 8106 . A C 1.81343e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=12.7819;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=37.8498;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=49;QR=1188;RO=32;RPL=1;RPP=3.73412;RPPR=9.79615;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.73412;SAR=2;SRF=21;SRP=9.79615;SRR=11;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:32,3:32:1188:3:49:0,-5.96277,-102.628
-q 8150 . G T 2.24887e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0761;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.5692;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=52;QR=1125;RO=33;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=10.9724;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=19;SRP=4.65535;SRR=14;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:33,2:33:1125:2:52:0,-5.78475,-96.6066
-q 8846 . T C 329.36 . AB=0.333333;ABP=13.8677;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=4.31318;EPPR=3.29983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=75.838;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=582;QR=1123;RO=30;RPL=7;RPP=3.15506;RPPR=3.29983;RPR=8;RUN=1;SAF=7;SAP=3.15506;SAR=8;SRF=16;SRP=3.29983;SRR=14;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:30,15:30:1123:15:582:-39.1746,0,-87.8095
-q 9251 . GTTCTTTCTTTTTCA GTTCTTTTTCA 362.086 . AB=0.486486;ABP=3.06899;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=18;CIGAR=1M4D10M;DP=37;DPB=31.9333;DPRA=0;EPP=10.7311;EPPR=4.1599;GTI=0;LEN=4;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=83.3734;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=586;QR=643;RO=17;RPL=7;RPP=4.9405;RPPR=6.20364;RPR=11;RUN=1;SAF=8;SAP=3.49285;SAR=10;SRF=6;SRP=6.20364;SRR=11;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:17,18:17:643:18:586:-42.2668,0,-47.4262
-q 9791 . A C 541.533 . AB=0.45098;ABP=4.07475;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=23;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=3.10471;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=124.693;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=833;QR=1018;RO=27;RPL=13;RPP=3.86001;RPPR=3.73412;RPR=10;RUN=1;SAF=8;SAP=7.63648;SAR=15;SRF=14;SRP=3.09072;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:27,23:27:1018:23:833:-60.0624,0,-76.7052
-q 10132 . A C 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=18.4519;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.9393;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1308;RO=36;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.9754;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=18;SRP=3.0103;SRR=18;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:36,2:36:1308:2:30:0,-8.58916,-115.138
-q 10153 . A C 1.39611e-16 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=12.2071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=45.6626;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1197;RO=34;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=5.30951;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=15;SRP=4.03217;SRR=19;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:34,2:34:1197:2:30:0,-7.9871,-105.156
-q 10284 . T A 1.23562e-13 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.86001;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31.2858;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=843;RO=23;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=5.3706;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=9;SRP=5.3706;SRR=14;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:23,2:23:843:2:31:0,-4.73244,-73.2227
-q 10302 . T A 1.35745e-13 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31.0753;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=671;RO=24;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=12;SRP=3.0103;SRR=12;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:24,2:24:671:2:30:0,-4.9768,-57.7866
-q 10380 . A C 1.48303e-13 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31;PAIRED=1;PAIREDR=0.964286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=997;RO=28;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=7.97367;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=15;SRP=3.32051;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:30:28,2:28:997:2:55:0,-3.8666,-84.8508
-q 10444 . C A 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.1111;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.9393;PAIRED=1;PAIREDR=0.972222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1267;RO=36;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=6.8707;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=17;SRP=3.25157;SRR=19;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:36,2:36:1267:2:30:0,-8.58916,-111.153
-q 10469 . T A 8.16735e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=13.4334;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=36.421;PAIRED=1;PAIREDR=0.966667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=48;QR=968;RO=30;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=5.61607;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=15;SRP=3.0103;SRR=15;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:30,2:30:968:2:48:0,-5.07379,-82.8316
-q 10494 . T A 8.37807e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=6.44263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.3256;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39;QR=980;RO=31;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.08035;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=13;SRP=4.76149;SRR=18;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:31,2:31:980:2:39:0,-6.22911,-84.7558
-q 10500 . C A 1.9505e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=9.79615;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.6512;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39;QR=967;RO=32;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.28173;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=14;SRP=4.09604;SRR=18;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:32,2:32:967:2:39:0,-6.53014,-83.5841
-q 10506 . G A 9.03704e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=7.64277;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=37.6579;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36;QR=895;RO=30;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=4.16842;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=12;SRP=5.61607;SRR=18;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:30,2:30:895:2:36:0,-6.21302,-77.38
-q 10508 . T A 6.41506e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=14.1779;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.0982;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=885;RO=28;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=3.32051;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=9;SRP=10.7656;SRR=19;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:28,4:28:885:4:69:0,-3.25056,-73.5337
-q 10529 . C A 1.24454e-12 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.8881;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40;QR=629;RO=24;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=12;SRP=3.0103;SRR=12;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:24,2:24:629:2:40:0,-4.02692,-53.0437
-q 10532 . C A 202.011 . AB=0.407407;ABP=5.02092;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=3.55317;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.5147;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=368;QR=484;RO=16;RPL=6;RPP=3.20771;RPPR=5.18177;RPR=5;RUN=1;SAF=4;SAP=4.78696;SAR=7;SRF=9;SRP=3.55317;SRR=7;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:16,11:16:484:11:368:-25.2999,0,-35.7067
-q 10541 . G A 7.7546e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.02092;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31.8062;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51;QR=924;RO=27;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.09072;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=12;SRP=3.73412;SRR=15;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:27,2:27:924:2:51:0,-3.88572,-78.5982
-q 10553 . C A 6.22293e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=9.07545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.0348;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=879;RO=29;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.08518;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=14;SRP=3.08518;SRR=15;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:29,2:29:879:2:30:0,-6.48195,-76.518
-q 10570 . T A 1.81416e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=22.8638;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.5399;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45;QR=854;RO=28;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=4.25114;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=3.73412;SAR=1;SRF=14;SRP=3.0103;SRR=14;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:28,3:28:854:3:45:0,-5.13197,-72.9214
-q 10638 . A G 8.01621e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=3.26577;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.1368;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=1247;RO=34;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=9.39698;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=24;SRP=15.5282;SRR=10;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:34,3:34:1247:3:70:0,-4.60566,-105.977
-q 11080 . A C 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.30951;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=41.6518;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=1270;RO=34;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=15.5282;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=24;SRP=15.5282;SRR=10;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:34,2:34:1270:2:42:0,-6.8473,-110.587
-q 11108 . A G 2.08161e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.29983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=37.0748;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41;QR=1060;RO=30;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=13.4334;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=21;SRP=13.4334;SRR=9;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:30,2:30:1060:2:41:0,-5.95976,-91.7692
-q 11247 . A C 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.23888;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=49.6079;PAIRED=1;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=1255;RO=38;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.23888;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=18;SRP=3.23888;SRR=20;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:38,2:38:1255:2:30:0,-9.19122,-110.355
-q 11261 . T C 466.929 . AB=0.571429;ABP=4.56135;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=20;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=4.31318;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=67.8739;PAIRED=0.95;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=696;QR=502;RO=15;RPL=7;RPP=6.91895;RPPR=4.31318;RPR=13;RUN=1;SAF=9;SAP=3.44459;SAR=11;SRF=6;SRP=4.31318;SRR=9;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:15,20:15:502:20:696:-52.3979,0,-34.9499
-q 11334 . G T 1.36138e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=3.06598;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.9619;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=92;QR=1347;RO=39;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=5.73856;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=17;SRP=4.40227;SRR=22;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:42:39,3:39:1347:3:92:0,-4.06266,-112.904
-q 11492 . C A 1.71924e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=21.5402;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=34.8974;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=1122;RO=30;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.29983;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=17;SRP=4.16842;SRR=13;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:30,2:30:1122:2:55:0,-4.41208,-96.0481
-q 11536 . T C 648.81 . AB=0.648649;ABP=10.1116;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=24;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=4.45795;EPPR=3.17734;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=53.8563;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=913;QR=444;RO=13;RPL=11;RPP=3.37221;RPPR=3.17734;RPR=13;RUN=1;SAF=15;SAP=6.26751;SAR=9;SRF=8;SRP=4.51363;SRR=5;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:13,24:13:444:24:913:-71.3353,0,-29.1374
-q 12125 . T C 270.342 . AB=0.4;ABP=5.61607;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=62.2486;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=467;QR=669;RO=18;RPL=5;RPP=3.73412;RPPR=7.35324;RPR=7;RUN=1;SAF=10;SAP=14.5915;SAR=2;SRF=6;SRP=7.35324;SRR=12;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:18,12:18:669:12:467:-33.3482,0,-51.4981
-q 12151 . T A 1.02389e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.61607;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=36.783;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40;QR=1108;RO=30;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=4.16842;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=13;SRP=4.16842;SRR=17;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:30,2:30:1108:2:40:0,-5.83305,-96.2041
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