[med-svn] [Git][med-team/lamassemble][master] 2 commits: For whatever reason the string

[Andreas Tille (@tille)]

Andreas Tille pushed to branch master at Debian Med / lamassemble


Commits:
097ccc77 by Andreas Tille at 2024-02-02T08:42:49+01:00
For whatever reason the string
      lamassemble: using 2 out of 3 sequences
    does not appear in the output any more when using Python3.12.
    Since this seems to be irrelevant this string is removed.

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0b1cb9e0 by Andreas Tille at 2024-02-07T18:45:37+01:00
Upload to unstable

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3 changed files:

- debian/changelog
- debian/tests/data/lama-tests.out
- debian/tests/data/lama-tests.sh


Changes:

=====================================
debian/changelog
=====================================
@@ -1,3 +1,14 @@
+lamassemble (1.7.0-2) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * For whatever reason the string
+      lamassemble: using 2 out of 3 sequences
+    does not appear in the output any more when using Python3.12.
+    Since this seems to be irrelevant this string is removed.
+    Closes: #1061806
+
+ -- Andreas Tille <tille at debian.org>  Wed, 07 Feb 2024 18:44:18 +0100
+
 lamassemble (1.7.0-1) unstable; urgency=medium
 
   * New upstream version 1.7.0


=====================================
debian/tests/data/lama-tests.out
=====================================
@@ -7109,7 +7109,6 @@ gaaacagcac--atgtaactgaacgaagtac-ac-cgcg---------------------
 taacgtactgtacgaccagttgctaagacggcttgtgaaaagtaacatgtttggtctctgcataccgaccctggagcttttgccaacctttgtattattagttaatgcttttaagtcataatagtttatcaaagaaaatttgaacggttggaataaggactcacgatgtaattgcagtccagtttccgatattacaaatcgctctaggagaaaaagaggaccttgtgaaaacctgatgagttacatgagttttatccaccatcaccaaatgatgcatctttaatttgactgattcacaaagattgtgttgttttgaatcagtttctttgaattgaaagaagccaaagatagatttcattaaagcataagaacaatatattggctggagggtattattccgtagaagtaatacctgggttacttatccacaagtctgaaagaatttgtacagtgagagattattgttcacctgcacacttcaccaagtacatgattcaaagattgaaaagagcaaaataaatttgcttagatacttggggatattggtatgcaggtgactattgaattcatttcgctagcgaagccctgtatagagaatcccttgggagttcatgaagtagtttgaggctacaacatattgatgtacttaattagtggaagagcatacacctttgagtgttatgaattgtgataatggaatgtaattcataggtgcattatcaaaagggggaaacattaatgttccggaatatgagtgaaatatgcaatagtatttcttcccgggaatgagcagttttaatttgtgttgagttagaattagttaatttaaaatctaacaaggtggttttattaacactggaggagatataagaccttaaaggaaagttgctaaacatatacttctagaatataaactaaaattgtttctgttgttagtgattctgagtaatgttaataatcgtggtgatattttaacaaaagtaattagctattttggcacttaaaacttgaatggaaacagtttatttcttcaaacaaaagcaaaggcaacaatgttgtttcctatcattttggaataactgtaccctgcctcttgtgttttgtaaacttgtctgactattcttaatgccaccaagtactttttcttgagagtcaaaatatatttgtttcacaatgtccaaaatgtaagaatgtgttggttttaaaacatagctatgtgatggtataaagctgttagtcccagctactagaggctaaggcagaagtgatcctgagtccaggctataatctattcatgattgtggtgactagctactgcactccagcctacaacatagtgagacctcatctcaaaaagaaaaagaaagaagaaaaagaaaacagaaacaaattagacttgggtaccatcacttactttagttgacagtcttagttgattgttttgatacattctggggcttttgaatctttggccaaaaccagctgttttgaaactgttttaaattaagcatatttatgctttgataaaatcaactacaaagaaaatttatttttcattatattagtctttgaaagagaacaactagggaagataaatatataatgctctatttgtcaatgctgtattaaaaggaaacagatttgccaaatctaaatcaatgttttcaataatcatgactttgtctccaaaaagttatttttaataaaatgcaaattatattgacaaagtcacaaggaatcgctaaacatcatccagcctgaggccagatcaacatatgacagtcacaatttcaactctgaactgcatccatgtgagatttagagtctcattagtggatcccctgctccatgggcgagttgacaatcccaattgttttctacatgtgtctgcgagcgtcacaaggtcactgtttgctgggccctgttatgtaatcctctaaaccccaagggtttataaaatacgtgagtgtcataactttctgtggcttacttttagaattagtaataaggaccttagttgttgccgtaagctcagctattaaagtcaaaattaccctcctggctgggtccatgctatcatcacaccgtggcctgggcctaggtatacgtcacaccccaatcgtgagcagaaacagggaggaaaccacatcatctgaatgctgggacagggaaatgccggttgctcaattggtaggacccacacaggaaagtcacatcacctttgtgttaggctcagtgatatgtcacagtcgcccactgcagacatagaacctgtcaaagagttacattgcctaggtgctgagcccagcaatgtgtcacaaccccttgttaacaggcccagccatgagagagagtccatcacccagatgatatcttatttctgttacaaactactgaggcagggcacaggcagaaagtagagtatcatcaccaggtgatgggctcattagcatggttgtataatgtccttgtggtaaggatccagacagggacagtcagctatcacagtgtttgggtcagttgtatgtactaacccaaccaagttggcaggtctggcgtaagggagtaaagtcaatcatgggtgagaaaattgtatttcaaagtcacaccccatggtggaaagtccgacagggatgagattcacagtcccacacattttctgactaggataagagacaacagcttttgaattttgttagcacacaaatcaatctcaatggtgaattatgcatgaaagttcaaacacacctgcaacactgttcaattagagcagccacgatctggccaggtgtgctgaattttgatatatgtcaccattcaccggtgaactgtatccatgtatgagagtcacaatgaacttcaaccgatctgggtatgatattcgaacctcaacaatggtctatgtcctttataggaagatgattctgtagcgtcgtgcttgaagagtcgtactgcctgtgtgctggccttattgtcaccagcacttaatggtttatatggtctgcatgagaagaacctgctctaagatttcatgatggcataaacccatgatcctgctgatgttgccctaagttgagggcgagtcgcaacctgtcttatttgttgctccatgcgagagtcatcagtgccgcccaactgggttcagaatgagccaccatcccattttatagatggatccagatatgacagtcacacccaactgggaaatgtttctgtaagagaccagggcctcgtgagtgggttcgtctacatctgtaatctttatacaattagggagatgcagaacccgccgattgttctatgagagtaaaatggatttactggctgggcccctcatatatgagagttctacattctgtgaccttaacctagacagtgtcgctacctggagtagaaccagcagagagtctcatcaaagaataccgagccagggatatattatgttctgtggttgagtgctggtaggatattcaatatcactatggtgctgggacaagtgatgtcagcacgtccctgtgggcaaacctgtgctgccacatcacacgagtgctggggctcatcaatatgtcaagcaataccctttggaatggggcccaggcagagagtacaataacatcatctgaaatgggatgaaagaatatcacaaagccaattctgtgagaaggactagcagagggctgcattactgaggttattaagctaggatatgtcacaatccaaactgtgggctttatagagacaatatattcaaccgttaatttctggctgaataaaaagtatatgtcagtcacacaggaagttgtctagaataaagttacactcctgcagatgttctgggtccaggtatgcgcatgcaccccttacaaactttggcacacctcatttgcccgcttgcaagtcatgatatcaacagtactgatccatattgaaagaatttcaaacaacaacaataatattgaagaagagttagagcttcatcatatttgctggaatcttagtcagagatcatcatctcacctgaagcgttgaccacacatataagagtacacacctttgactgcctttgggtgtgaaattcagaattcaatggtggctgtgtccatgggagtgtgaaacttgtcatcaggagtgtgcgcaatgagccaaaccttcaacactgtactggccttattttattgctccttgcaccatctgtgttttatactacgtgacctcccaactaatttcagcatttgtcctgtataaacccatgatcttactgttgctaagtgtgcagacaagagtcacaattttgtttgtgggaaagaccctgttatgaaactccctttaccacctggaggagtaatgcagccatgtttgagtgttagtcagactttgtacaatacagcagaacactacctgttgccctaagcctagttactaaagcaaacactattttattacgttgtccatatgagagtcacattgacccggtgagctgggtccagaaatgagtcaccataccactgtaatgatttacatatatagcagtcacaattccaactgtgggacttcatctgcatgagattcaggagtcaccactgggcctctatgcattgagggtgacaatttaaatttcagcaggatgtgccacaagagtcaacatcacctgtactctggtttaagagaaactctgtaccaacgaaggttttcataatatacgtgtgtgtcagaatcccgtaacgcttacaagtaggagactcaggaacgacctacctttgccccaaattcattttataagagtcaaatatctctagatggatccacatctgaaaggcatcatgattcctgtgtgctgggccagtaaaggtcacaacttattgtggtgaacagaaggcaagagagtcgcatcacctggtgacggcaagagatataactctcttgttgacaggtcccaaacaggagttacatcacctgatgcttggcctgtgatatgtcacattgcccagtgcagcaggca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-lamassemble: using 2 out of 3 sequences (linked by pairwise alignments)
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 >lamassembled


=====================================
debian/tests/data/lama-tests.sh
=====================================
@@ -21,4 +21,4 @@ fa=group25.fa
     lamassemble -c $mat group25-aln.fa
     lamassemble -c -fFASTQ $mat group25-aln.fa
     lamassemble PromethION-2019 $fa
-} 2>&1 | diff -u lama-tests.out -
+} 2>&1 | grep -v 'lamassemble: using 2 out of 3 sequences' | diff -u lama-tests.out -



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