[med-svn] [Git][med-team/libvcflib][upstream] New upstream version 1.0.12+dfsg
Andreas Tille (@tille)
gitlab at salsa.debian.org
Sun Feb 16 13:58:45 GMT 2025
Andreas Tille pushed to branch upstream at Debian Med / libvcflib
Commits:
34b8ea52 by Andreas Tille at 2025-02-16T14:49:32+01:00
New upstream version 1.0.12+dfsg
- - - - -
15 changed files:
- .github/ISSUE_TEMPLATE/bug_report.md
- .github/workflows/ci_test.yml
- .gitignore
- README.md
- RELEASE_NOTES.md
- guix.scm
- src/Variant.cpp
- src/vcffilter.cpp
- src/vcfwave.cpp
- src/zig/build.zig
- src/zig/compile.sh
- src/zig/samples.zig
- src/zig/vcf.zig
- test/data/regression/vcfwave_4.vcf
- test/data/regression/vcfwave_5.vcf
Changes:
=====================================
.github/ISSUE_TEMPLATE/bug_report.md
=====================================
@@ -7,8 +7,7 @@ assignees: ''
---
**Only bug reports!**
-The C++ version of VCFLIB is in *maintenance* mode. Use the github issue
-tracker to report bugs *only*. For comments, questions and features,
+Use the github issue tracker to report bugs *only*. For comments, questions and features,
please use the google group mailing list as stated on the
[README](https://github.com/vcflib/vcflib/blob/master/README.md)!
=====================================
.github/workflows/ci_test.yml
=====================================
@@ -27,12 +27,12 @@ jobs:
python-version: ${{ matrix.python-version }}
- name: install zig using wget
run: |
- wget -q https://ziglang.org/builds/zig-linux-x86_64-0.11.0-dev.1313+bb15e4057.tar.xz
+ wget -q https://ziglang.org/download/0.13.0/zig-linux-x86_64-0.13.0.tar.xz
tar xf zig-linux-x86_64-*.tar.xz
./zig-linux-x86_64-*/zig version
pwd
ls -l zig-linux-*
- echo "$(pwd)/zig-linux-x86_64-0.11.0-dev.1313+bb15e4057" >> $GITHUB_PATH
+ echo "$(pwd)/zig-linux-x86_64-0.13.0" >> $GITHUB_PATH
# echo "$(pwd)/zig-linux-x86_64-*" >> $GITHUB_PATH
# echo "::add-path::./zig-linux*"
echo GITHUB_PATH=$GITHUB_PATH
@@ -43,7 +43,7 @@ jobs:
- name: Configure
run: |
echo $(pwd)/zig-linux-x86_64-* >> $GITHUB_PATH
- echo "$(pwd)/zig-linux-x86_64-0.11.0-dev.1313+bb15e4057" >> $GITHUB_PATH
+ echo "$(pwd)/zig-linux-x86_64-0.13.0" >> $GITHUB_PATH
echo GITHUB_PATH=$GITHUB_PATH
echo PATH=$PATH
zig version
=====================================
.gitignore
=====================================
@@ -130,3 +130,7 @@ test/tests/main
zig-cache
zig-out
hello
+paper/plos_latex_template.bbl
+paper/plos_latex_template.blg
+paper/plos_latex_template.out
+
=====================================
README.md
=====================================
@@ -2,7 +2,8 @@
### A C++ library for parsing and manipulating VCF files.
-[](https://github.com/vcflib/vcflib/actions?query=workflow%3ACI) [](https://anaconda.org/bioconda/vcflib) [](https://anaconda.org/bioconda/vcflib) [](https://github.com/brewsci/homebrew-bio) [](https://www.gnu.org/software/guix/packages/V/) [](https://packages.debian.org/testing/libvcflib-dev) [](https://www.cprogramming.com/c++11/what-is-c++0x.html) [](https://matrix.to/#/#vcflib:matrix.org)
+[](https://github.com/vcflib/vcflib/actions)
+[](https://anaconda.org/bioconda/vcflib) [](https://anaconda.org/bioconda/vcflib) [](https://github.com/brewsci/homebrew-bio) [](https://www.gnu.org/software/guix/packages/V/) [](https://packages.debian.org/testing/libvcflib-dev) [](https://www.cprogramming.com/c++11/what-is-c++0x.html) [](https://matrix.to/#/#vcflib:matrix.org)
Vcflib and related tools are the workhorses in bioinformatics for processing the VCF variant calling format. See
@@ -379,12 +380,23 @@ For include files add
And for some of the VCF executables
-- zig 0.10 (disable with cmake -DZIG=OFF)
+- zig 0.13 (disable with cmake -DZIG=OFF)
- python
- perl
-To use Zig compiled tools, such as vcfcreatemulti, make sure the `zig` compiler is in the `PATH`.
+To use Zig compiled tools, such as vcfcreatemulti, make sure a recent `zig` compiler is in the `PATH`.
The `zig` dependency is for the recently upgraded [vcfcreatemulti](./doc/vcfcreatemulti.md) that can be run after vcfwave to combine overlapping records. It is unfortunate that zig is not part of some large Linux distributions.
+
+Note you need to add the full path before running cmake and make. From the build dir this should work:
+
+```sh
+cd build
+export PATH=$(pwd)/../zig-linux-x86_64-0.13.0:$PATH
+zig version
+cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug -DWFA_GITMODULE=1 ..
+make VERBOSE=1
+```
+
More on `zig` can be found in the souce code [README](./src/zig/README.md).
### Using a recent C++ compiler
=====================================
RELEASE_NOTES.md
=====================================
@@ -17,6 +17,7 @@ and
+ Stopped vendoring wfa2lib by default - so now the Debian build command is
`cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=RelWithDebInfo -DZIG=OFF ..`
+
## ChangeLog v1.0.10 (20240420)
Vcflib maintenance release
=====================================
guix.scm
=====================================
@@ -58,7 +58,7 @@
(gnu packages ruby)
(gnu packages time)
(gnu packages tls)
- (gnu packages zig)
+ ;; (gnu packages zig)
(srfi srfi-1)
(ice-9 popen)
(ice-9 rdelim))
@@ -94,7 +94,7 @@
("time" ,time) ;; for tests
("wfa2-lib" ,wfa2-lib) ; optional
("xz" ,xz)
- ("zig" ,zig)
+ ;; ("zig" ,zig)
("zlib" ,zlib)))
(native-inputs
`(("pkg-config" ,pkg-config)))
=====================================
src/Variant.cpp
=====================================
@@ -13,6 +13,7 @@
#include "multichoose.h"
#include <SmithWatermanGotoh.h>
#include "ssw_cpp.hpp"
+#include <regex>
namespace vcflib {
@@ -1509,12 +1510,11 @@ bool VariantCallFile::setRegion(string region) {
cerr << "cannot setRegion on a non-tabix indexed file" << endl;
exit(1);
}
- size_t dots = region.find("..");
// convert between bamtools/freebayes style region string and tabix/samtools style
- if (dots != string::npos) {
- region.replace(dots, 2, "-");
- }
- if (tabixFile->setRegion(region)) {
+ regex txt_regex("(\\d+)\\.\\.(\\d+)$");
+ string tabix_region = regex_replace(region, txt_regex, "$1-$2");
+
+ if (tabixFile->setRegion(tabix_region)) {
if (tabixFile->getNextLine(line)) {
justSetRegion = true;
return true;
=====================================
src/vcffilter.cpp
=====================================
@@ -110,7 +110,7 @@ int main(int argc, char** argv) {
{"info-filter", required_argument, 0, 'f'},
{"genotype-filter", required_argument, 0, 'g'},
{"tag-pass", required_argument, 0, 't'},
- {"tag-pass", required_argument, 0, 'F'},
+ {"tag-fail", required_argument, 0, 'F'},
{"append-filter", no_argument, 0, 'A'},
{"allele-tag", required_argument, 0, 'a'},
{"invert", no_argument, 0, 'v'},
=====================================
src/vcfwave.cpp
=====================================
@@ -3,6 +3,7 @@
Copyright © 2010-2024 Erik Garrison
Copyright © 2020-2024 Pjotr Prins
+ Copyright © 2024 Andrea Guarracino
This software is published under the MIT License. See the LICENSE file.
*/
@@ -302,7 +303,7 @@ int main(int argc, char** argv) {
string AT;
double AF = -1;
string wftag = alt0+":"+to_string(wfpos)+":"+ref+"/"+aligned;
- if (var.ref != aligned) {
+ if (ref != aligned) {
auto index = [&](vector<string> v, string allele) {
//auto check = (is_inv ? reverse_complement(allele) : allele); DISABLED
auto check = allele;
@@ -448,7 +449,7 @@ int main(int argc, char** argv) {
auto overlap = [] (unsigned int pos,tuple<unsigned int, unsigned int> range) {
auto start = get<0>(range);
auto end = get<1>(range);
- return (pos >= start || pos <= end);
+ return (pos >= start && pos <= end);
};
if (overlap(pos1,check_range) || overlap(pos2,check_range)) {
int i = 0;
=====================================
src/zig/build.zig
=====================================
@@ -1,27 +1,45 @@
const zig_version = @import("builtin").zig_version;
const std = @import("std");
-pub fn build(b: *std.build.Builder) void {
+const test_targets = [_]std.Target.Query{
+ .{}, // native
+};
+
+pub fn build(b: *std.Build) void {
// Standard release options allow the person running `zig build` to select
// between Debug, ReleaseSafe, ReleaseFast, and ReleaseSmall.
- const mode = b.standardReleaseOptions();
+ const target = b.standardTargetOptions(.{});
+ const optimize = b.standardOptimizeOption(.{});
+ // const mode = b.standardReleaseOptions();
- const lib = b.addStaticLibrary("zig", "vcf.zig");
- lib.setBuildMode(mode);
+ const lib = b.addStaticLibrary(.{
+ .optimize = optimize,
+ .name = "zig",
+ .target = target,
+ .root_source_file = b.path("vcf.zig"),
+ .pic = true,
+ });
+ // lib.setBuildMode(optimize);
// lib.addObjectFile("../../build/libvcflib.a"); circular dependency
- switch (mode) {
+ switch (optimize) {
.Debug, .ReleaseSafe => lib.bundle_compiler_rt = true,
- .ReleaseFast, .ReleaseSmall => lib.disable_stack_probing = true,
+ .ReleaseFast, .ReleaseSmall => {},
}
- lib.force_pic = true;
+ // lib.force_pic = true;
// lib.emit_h = true; future version of zig?
- lib.install();
+ b.installArtifact(lib);
+ // lib.install();
+
+ const test_step = b.step("test", "Run unit tests");
- const main_tests = b.addTest("vcf.zig");
- main_tests.setBuildMode(mode);
- // main_tests.addLibraryPath("../../build");
- // main_tests.addObjectFile("../../build/libvcflib.a");
+ for (test_targets) |ttarget| {
+ const unit_tests = b.addTest(.{
+ .root_source_file = b.path("vcf.zig"),
+ .target = b.resolveTargetQuery(ttarget),
+ });
- const test_step = b.step("test", "Run library tests");
- test_step.dependOn(&main_tests.step);
+ const run_unit_tests = b.addRunArtifact(unit_tests);
+ test_step.dependOn(&run_unit_tests.step);
+ }
+
}
=====================================
src/zig/compile.sh
=====================================
@@ -2,6 +2,8 @@
# zig build test
# creates library in zig-out
+echo "ZIG PATH $PATH"
+zig version
zig build $*
exit $?
=====================================
src/zig/samples.zig
=====================================
@@ -96,12 +96,12 @@ const Genotypes = struct {
/// genotype is 0 (ref) or missing it is not changed.
fn renumber(self: *const Self, idx: usize) !void {
var list = self.genos;
- for (list.items) | g,i | {
+ for (list.items,0..) | g,i | {
list.items[i] =
switch (g) {
0 => 0,
GENOTYPE_MISSING => GENOTYPE_MISSING,
- else => g+ at intCast(i64,idx)
+ else => g+ at as(i64, at intCast(idx))
};
}
}
@@ -113,7 +113,7 @@ const Genotypes = struct {
var base = self.genos;
var g_err: VcfSampleError = error.None;
- for (genos2.genos.items) | g2,i | {
+ for (genos2.genos.items,0..) | g2,i | {
const current = base.items[i];
if (g2 == 0 or g2 == GENOTYPE_MISSING) continue; // no update
if (current>0) {
@@ -126,7 +126,7 @@ const Genotypes = struct {
}
fn to_s(self: *const Self) !ArrayList(u8) {
- var list = self.genos.items;
+ const list = self.genos.items;
const phase_repr = if (self.phased) "|" else "/";
var s = ArrayList(u8).init(allocator);
// concatenate genotypes with their phase separator
@@ -170,8 +170,8 @@ pub fn reduce_renumber_genotypes(comptime T: type, vs: ArrayList(T)) !ReturnGeno
//pub fn reduce_renumber_genotypes(comptime T: type, vs: ArrayList(T)) !ArrayList([] const u8) {
var samples = ArrayList(Genotypes).init(allocator); // result set
var g_err: VcfSampleError = error.None;
- for (vs.items) | v,i | { // Fetch the genotypes from each variant
- for (v.genotypes().items) | geno,j | {
+ for (vs.items, 0..) | v,i | { // Fetch the genotypes from each variant
+ for (v.genotypes().items, 0..) | geno,j | {
var geno2 = Genotypes.init(geno); // convert from string to number list
try geno2.renumber(i);
if (i==0) {
@@ -222,7 +222,7 @@ test "genotypes" {
try expectEqual(gs2.items[1],0);
const gs3 = Genotypes.init("1|.");
defer gs3.deinit();
- var list2 = gs3.genos.items;
+ const list2 = gs3.genos.items;
try expectEqual(list2.len,2);
try expectEqual(list2[1],GENOTYPE_MISSING);
try gs3.renumber(1);
=====================================
src/zig/vcf.zig
=====================================
@@ -79,7 +79,7 @@ const Variant = struct {
const Self = @This();
inline fn to_slice0(c_str: [*c] const u8) [:0] const u8 {
- return std.mem.span(@ptrCast([*:0]const u8, c_str));
+ return std.mem.span(@as([*:0]const u8, @ptrCast(c_str)));
}
inline fn to_slice(c_str: [*c] const u8) [] const u8 {
@@ -87,12 +87,12 @@ const Variant = struct {
}
inline fn to_cstr(str: [:0] const u8) [*c]const u8 {
- return @ptrCast([*c]const u8,str);
+ return @as([*c]const u8, at ptrCast(str));
}
inline fn to_cstr0(str: [] const u8) [*c]const u8 { // not sure this works because we need final zero
//var s0 = str.toOwnedSliceSentinel(0);
- return @ptrCast([*c]const u8,str);
+ return @as([*c]const u8, at ptrCast(str));
}
pub fn id(self: *const Self) [:0]const u8 {
@@ -119,9 +119,9 @@ const Variant = struct {
pub fn alt(self: *const Self) ArrayList([] const u8) {
var list = ArrayList([] const u8).init(allocator);
const altsize = var_alt_num(self.v);
- var buffer = allocator.alloc(*anyopaque, altsize) catch unreachable;
+ const buffer = allocator.alloc(*anyopaque, altsize) catch unreachable;
defer allocator.free(buffer);
- const res = var_alt(self.v, at ptrCast([*c]* anyopaque,buffer));
+ const res = var_alt(self.v, at as([*c]* anyopaque, at ptrCast(buffer)));
var i: usize = 0;
while (i < altsize) : (i += 1) {
const s = res[i];
@@ -133,12 +133,12 @@ const Variant = struct {
/// Get the C++ infos
pub fn info(self: *const Self, name: [] const u8) ArrayList([] const u8) {
- var c_name = to_cstr0(name);
+ const c_name = to_cstr0(name);
var list = ArrayList([] const u8).init(allocator);
const size = var_info_num(self.v,c_name);
- var buffer = allocator.alloc(*anyopaque, size) catch unreachable;
+ const buffer = allocator.alloc(*anyopaque, size) catch unreachable;
defer allocator.free(buffer);
- const res = var_info(self.v,c_name, at ptrCast([*c]* anyopaque,buffer));
+ const res = var_info(self.v,c_name, at as([*c]* anyopaque, at ptrCast(buffer)));
var i: usize = 0;
while (i < size) : (i += 1) {
// list.append(buffer[i]) catch unreachable;
@@ -158,9 +158,9 @@ const Variant = struct {
// p("Inside genotypes:\n",.{});
var list = ArrayList([] const u8).init(allocator);
const size = var_samples_num(self.v);
- var buffer = allocator.alloc(*anyopaque, size) catch unreachable;
+ const buffer = allocator.alloc(*anyopaque, size) catch unreachable;
defer allocator.free(buffer);
- const res = var_geno(self.v, at ptrCast([*c]* anyopaque,buffer));
+ const res = var_geno(self.v, at as([*c]* anyopaque, at ptrCast(buffer)));
var i: usize = 0;
while (i < size) : (i += 1) {
const s = res[i];
@@ -173,7 +173,7 @@ const Variant = struct {
/// Set C++ ref
pub fn set_ref(self: *const Self, nref: [:0] const u8) void {
- var_set_ref(self.v, at ptrCast([*c]const u8,nref));
+ var_set_ref(self.v, at as([*c]const u8, at ptrCast(nref)));
}
/// Set C++ alts
@@ -196,7 +196,7 @@ const Variant = struct {
/// Set C++ infos
pub fn set_info(self: *const Self, name: [] const u8, data: ArrayList([] const u8)) void {
- var c_name = to_cstr0(name);
+ const c_name = to_cstr0(name);
var_clear_info(self.v,c_name);
var i: usize = 0;
while (i < data.items.len) : (i += 1) {
@@ -208,11 +208,11 @@ const Variant = struct {
var i: usize = 0;
while (i < nsamples.items.len) : (i += 1) {
var_clear_sample(self.v,i);
- var s = nsamples.items[i];
+ const s = nsamples.items[i];
var buffer = allocator.alloc(u8, s.len + 1) catch unreachable;
defer allocator.free(buffer);
- for (s) | c,j | {
+ for (s, 0..) | c,j | {
buffer[j] = c;
}
buffer[s.len] = 0;
@@ -226,9 +226,9 @@ const Variant = struct {
// Obsolete test version of multi_allelic
export fn zig_create_multi_allelic2(variant: ?*anyopaque, varlist: [*c]?* anyopaque, size: usize) ?*anyopaque {
- var v1 = var_parse("TEST\t1\t2\t3\t4\tt5\t6",false);
+ const v1 = var_parse("TEST\t1\t2\t3\t4\tt5\t6",false);
_ = v1;
- var c_var = var_parse("a\t281\t>1>9\tAGCCGGGGCAGAAAGTTCTTCCTTGAATGTGGTCATCTGCATTTCAGCTCAGGAATCCTGCAAAAGACAG\tCTGTCTTTTGCAGGATTCCTGTGCTGAAATGCAGATGACCGCATTCAAGGAAGAACTATCTGCCCCGGCT\t60.0\t.\tAC=1;AF=1;AN=1;AT=>1>2>3>4>5>6>7>8>9,>1<8>10<6>11<4>12<2>9;NS=1;LV=0\tGT\t1",false);
+ const c_var = var_parse("a\t281\t>1>9\tAGCCGGGGCAGAAAGTTCTTCCTTGAATGTGGTCATCTGCATTTCAGCTCAGGAATCCTGCAAAAGACAG\tCTGTCTTTTGCAGGATTCCTGTGCTGAAATGCAGATGACCGCATTCAAGGAAGAACTATCTGCCCCGGCT\t60.0\t.\tAC=1;AF=1;AN=1;AT=>1>2>3>4>5>6>7>8>9,>1<8>10<6>11<4>12<2>9;NS=1;LV=0\tGT\t1",false);
var v2 = Variant{.v = c_var};
p("---->{s}\n",.{v2.id().ptr});
expect(mem.eql(u8, v2.id(), ">1>9")) catch unreachable;
@@ -236,10 +236,11 @@ export fn zig_create_multi_allelic2(variant: ?*anyopaque, varlist: [*c]?* anyopa
std.debug.print("{} <-> {s}\n", .{err,v2.id()});
};
const c_str = var_id(variant.?);
- const s = @ptrCast([*c]const u8, c_str);
+ // const s = @ptrCast([*c]const u8, c_str);
+ const s = @as([*c]const u8, at ptrCast(c_str));
p("And yes, we are back in zig: {s} -- {}\n\n",.{s,size});
- const p3 = @ptrCast(* anyopaque, varlist[3]);
+ const p3 = @as(* anyopaque, @ptrCast(varlist[3]));
const s3 = var_id(p3);
var v = Variant{.v = varlist[3].?};
p("id={s} !{s}! pos={d} ref={s}\n",.{s3,v.id(),v.pos(),v.ref()});
@@ -256,7 +257,7 @@ export fn zig_create_multi_allelic2(variant: ?*anyopaque, varlist: [*c]?* anyopa
var i:u64 = 0;
for (varlist[0..size]) |ptr| {
i = i + 1;
- const p2 = @ptrCast(* anyopaque, ptr);
+ const p2 = @as(* anyopaque, @ptrCast(ptr));
const s2 = var_id(p2);
p("num = {}",.{i});
p("id = {s}, pos = {d}\n",.{s2,var_pos(p2)});
@@ -281,7 +282,7 @@ export fn zig_create_multi_allelic(variant: ?*anyopaque, varlist: [*c]?* anyopaq
var i: usize = 0;
while (i < size) : (i += 1) { // use index to access *anyopaque
- var v = Variant{.v = varlist[i].?};
+ const v = Variant{.v = varlist[i].?};
vs.append(v) catch unreachable;
}
@@ -334,7 +335,7 @@ export fn zig_cleanup() void {
fn refs_maxpos(comptime T: type, list: ArrayList(T)) usize {
var mpos = list.items[0].pos();
for (list.items) |v| {
- var npos = v.pos() + v.ref().len;
+ const npos = v.pos() + v.ref().len;
if (npos > mpos)
mpos = npos;
}
@@ -439,11 +440,11 @@ fn expand_alt(comptime T: type, pos: usize, ref: [] const u8, list: ArrayList(T)
const right0 = pos + ref.len;
const right1 = v.pos() + v.ref().len;
- const p3diff:i64 = @intCast(i64,right0) - @intCast(i64,right1);
+ const p3diff:i64 = @as(i64, @intCast(right0)) - @as(i64, @intCast(right1));
var after: [] const u8 = undefined;
if (p3diff > 0 and p3diff < ref.len) {
- const last = ref.len - @intCast(usize,p3diff);
+ const last = ref.len - @as(usize, @intCast(p3diff));
after = ref[last..];
}
else after = "";
=====================================
test/data/regression/vcfwave_4.vcf
=====================================
@@ -273,7 +273,7 @@ grch38#chr8 36379502 >656>660_2 C CATAT 60 . AC=3;AF=0.033708;AN=89;AT=>656>657>
grch38#chr8 36379502 >656>660_3 C CAT 60 . AC=5;AF=0.056180;AN=89;AT=>656>660;NS=45;LV=0;ORIGIN=grch38#chr8:36379502;LEN=2;TYPE=ins GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0
grch38#chr8 36379785 >660>662 CCT C 60 . AC=6;AF=0.0674157;AN=89;AT=>660>661>662,>660>662;NS=45;LV=0 GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 1|1 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0
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