<html><head><style>
p.MsoListParagraph, li.MsoListParagraph, div.MsoListParagraph {
margin-top:0in;
margin-right:0in;
margin-bottom:0in;
margin-left:.5in;
margin-bottom:.0001pt;
}

p.MsoListParagraphCxSpFirst, li.MsoListParagraphCxSpFirst, div.MsoListParagraphCxSpFirst, p.MsoListParagraphCxSpMiddle, li.MsoListParagraphCxSpMiddle, div.MsoListParagraphCxSpMiddle, p.MsoListParagraphCxSpLast, li.MsoListParagraphCxSpLast, div.MsoListParagraphCxSpLast {
margin-top:0in;
margin-right:0in;
margin-bottom:0in;
margin-left:.5in;
margin-bottom:.0001pt;
line-height:115%;
}
</style></head><body><div style="font-family:Calibri,'Segoe UI',Meiryo,'Microsoft YaHei UI','Microsoft JhengHei UI','Malgun Gothic','Khmer UI','Nirmala UI',Tunga,'Lao UI',Ebrima,sans-serif;font-size:16px">
<div> </div><div><div> </div><div>Hi,</div><div>it is strange because picard-tools is packaged and build on Debian (using snappy package).</div><div> </div><div>Looking at package content of libsnappy:</div><div><br>lrwxrwxrwx root/root         0 2013-01-04 10:10 ./usr/share/java/snappy1.0.3-java.jar -> ../maven-repo/org/xerial/snappy/snappy1.0.3-java/1.0.3-rc3/snappy1.0.3-java-1.0.3-rc3.jar<br>
</div><div> </div><div>/usr/share/java/snappy...  file is a symlink to file to maven-repo directory. Jar file is present in the maven-repo as you can see:</div><div> </div><div><a tabindex="-1" href="http://packages.debian.org/sid/all/libsnappy1.0.3-java/filelist">http://packages.debian.org/sid/all/libsnappy1.0.3-java/filelist</a></div>
<div> </div><div> </div><div>I have patched the build.xml for picard-tools to use the snappy jar file.  Maybe your picard-tools package is not correctly patched.</div><div> </div><div> </div><div>Here is an extract of my picard-tools build using my snappy package.</div>
<div> </div><div>init:</div><div> </div><div>compile-sam-jdk:<br>    [mkdir] Created dir: /home/osallou/DEBIAN-MED/picard-tools/picard-tools/classes<br>    [javac] /home/osallou/DEBIAN-MED/picard-tools/picard-tools/build.xml:101: warning: 'includeantruntime' was not set, defaulting to build.sysclasspath=last; set to false for repeatable builds<br>
    [javac] Compiling 112 source files to /home/osallou/DEBIAN-MED/picard-tools/picard-tools/classes<br>    [javac] Note: Some input files use or override a deprecated API.<br>    [javac] Note: Recompile with -Xlint:deprecation for details.<br>
    [javac] Note: Some input files use unchecked or unsafe operations.<br>    [javac] Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details.</div><div> </div><div>sam-jar:<br>    [mkdir] Created dir: /home/osallou/DEBIAN-MED/picard-tools/picard-tools/dist<br>
      [jar] Building jar: /home/osallou/DEBIAN-MED/picard-tools/picard-tools/dist/sam-1.82.jar</div><div> </div><div>compile-picard:<br>    [javac] /home/osallou/DEBIAN-MED/picard-tools/picard-tools/build.xml:113: warning: 'includeantruntime' was not set, defaulting to build.sysclasspath=last; set to false for repeatable builds<br>
</div><div>As you can see it is successful.</div><div> </div><div>Olivier</div></div></div></body></html>