<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    James,<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 28/02/13 11:09 AM, James Johnson
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:512EAE51.3010401@imb.uq.edu.au" type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
      <div class="moz-cite-prefix">Hi Tim,<br>
        <br>
        On 28/02/13 11:05, Timothy Bailey wrote:<br>
      </div>
      <blockquote cite="mid:512EAD57.9000604@imb.uq.edu.au" type="cite">
        David,<br>
        <br>
        I assume the most important thing is that the copyright and "for
        non-profit use only"<br>
        warning is included in the Debian repackaging.  If those are
        preserved, I'm happy.<br>
      </blockquote>
      If you refer to the original email, that's exactly what they were
      hoping to avoid. GLAM2 has a more permissive license than the MEME
      Suite. The reason they want to keep the 2 packages is so that
      people can use GLAM2 under the more permissive license... They
      were hoping to back-port any improvements to GLAM2 while keeping
      its original license.<br>
    </blockquote>
    <br>
    Sorry about the confusion I may have called.  I am completely happy
    to have them<br>
    back-port changes from MEME Suite Glam2 to stand-alone Glam2.  The
    Glam2<br>
    license can remain as before.<br>
    <br>
    My earlier comment referred to the Debian port of MEME Suite, not
    stand-alone Glam2.<br>
    <br>
    Cheers,<br>
    <br>
    Tim<br>
    <blockquote cite="mid:512EAE51.3010401@imb.uq.edu.au" type="cite"> <br>
      ~James<br>
      <blockquote cite="mid:512EAD57.9000604@imb.uq.edu.au" type="cite">
        <br>
        Cheers,<br>
        <br>
        Tim<br>
        <div class="moz-cite-prefix">On 28/02/13 2:07 AM, Gibbons, David
          wrote:<br>
        </div>
        <blockquote
cite="mid:61527729EB6A4B46993E9E5BE497AE8331265930@XMAIL-MBX-AH1.AD.UCSD.EDU"
          type="cite">
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            medium)">
          <style><!--
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          <div class="WordSection1">
            <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Hi


                Tim,<o:p></o:p></span></p>
            <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
            <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">My


                only concern would be that we not create any conflict
                with the arrangement we have between the University of
                Washington, UC San Diego and the University of
                Queensland regarding The Meme Suite.  The technical
                compatibilities of the various versions are outside of
                my scope, but as long as we are not deviating from the
                agreement between our institutions, I have no issues
                with the request.<o:p></o:p></span></p>
            <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><br>
                Thanks for copying me.<br>
                <br>
                Dave<o:p></o:p></span></p>
            <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
            <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">David G.
                Gibbons, PE, MBA<o:p></o:p></span></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Assistant
                Director<o:p></o:p></span></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Physical
                Sciences Licensing<o:p></o:p></span></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Technology
                Transfer Office, UC San Diego<o:p></o:p></span></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">9500 Gilman
                Drive, MC 0910<o:p></o:p></span></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">La Jolla,
                CA 92093-0910<o:p></o:p></span></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">(858)534-0175<o:p></o:p></span></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><a
                  moz-do-not-send="true"
                  class="moz-txt-link-abbreviated"
                  href="mailto:dgibbons@ucsd.edu">dgibbons@ucsd.edu</a><o:p></o:p></span></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><a
                  moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext"
                  href="http://invent.ucsd.edu">http://invent.ucsd.edu</a><o:p></o:p></span></p>
            <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
            <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
            <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
            <div>
              <div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF
                1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
                <p class="MsoNormal"><b><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext">From:</span></b><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext">
                    Timothy Bailey [<a moz-do-not-send="true"
                      class="moz-txt-link-freetext"
                      href="mailto:t.bailey@imb.uq.edu.au">mailto:t.bailey@imb.uq.edu.au</a>]
                    <br>
                    <b>Sent:</b> Wednesday, February 27, 2013 12:13 AM<br>
                    <b>To:</b> James Johnson<br>
                    <b>Cc:</b> Gibbons, David; Martin Frith; MEME
                    Support; Debian Med Packaging Team<br>
                    <b>Subject:</b> Re: Fwd: Re: [<a
                      moz-do-not-send="true"
                      class="moz-txt-link-abbreviated"
                      href="mailto:j.johnson@imb.uq.edu.au">j.johnson@imb.uq.edu.au</a>:
                    Re: Installation of binary tools inside MEME]<o:p></o:p></span></p>
              </div>
            </div>
            <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
            <p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">James,<o:p></o:p></p>
            <div>
              <p class="MsoNormal">On 18/02/13 11:51 AM, James Johnson
                wrote:<o:p></o:p></p>
            </div>
            <blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
              <p class="MsoNormal">Hi Tim, Dave,<br>
                <br>
                The Debian Med Packaging Team want to know if they can
                backport GLAM2 improvements (presuming there are any?)
                in the MEME Suite to the more permissively licensed
                GLAM2 repository?<o:p></o:p></p>
            </blockquote>
            <p class="MsoNormal">I have no problems with this as long as
              they do the work.<br>
              <br>
              However, that will mean that the Debian version of Glam2
              differs from the "standalone" version<br>
              Martin created.  It will match the "MEME Suite" version,
              though.<br>
              <br>
              Cheers,<br>
              <br>
              Tim<br>
              <br>
              <o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><br>
              ~James<o:p></o:p></p>
            <div>
              <p class="MsoNormal"><br>
                -------- Original Message -------- <o:p></o:p></p>
              <table class="MsoNormalTable" border="0" cellpadding="0"
                cellspacing="0">
                <tbody>
                  <tr>
                    <td style="padding:0in 0in 0in 0in" nowrap="nowrap"
                      valign="top">
                      <p class="MsoNormal" style="text-align:right"
                        align="right"><b>Subject: <o:p></o:p></b></p>
                    </td>
                    <td style="padding:0in 0in 0in 0in">
                      <p class="MsoNormal">Re: [<a
                          moz-do-not-send="true"
                          href="mailto:j.johnson@imb.uq.edu.au">j.johnson@imb.uq.edu.au</a>:
                        Re: Installation of binary tools inside MEME]<o:p></o:p></p>
                    </td>
                  </tr>
                  <tr>
                    <td style="padding:0in 0in 0in 0in" nowrap="nowrap"
                      valign="top">
                      <p class="MsoNormal" style="text-align:right"
                        align="right"><b>Date: <o:p></o:p></b></p>
                    </td>
                    <td style="padding:0in 0in 0in 0in">
                      <p class="MsoNormal">Fri, 15 Feb 2013 11:04:58
                        +0000<o:p></o:p></p>
                    </td>
                  </tr>
                  <tr>
                    <td style="padding:0in 0in 0in 0in" nowrap="nowrap"
                      valign="top">
                      <p class="MsoNormal" style="text-align:right"
                        align="right"><b>From: <o:p></o:p></b></p>
                    </td>
                    <td style="padding:0in 0in 0in 0in">
                      <p class="MsoNormal">Tim Booth <a
                          moz-do-not-send="true"
                          href="mailto:avarus@fastmail.fm"><avarus@fastmail.fm></a><o:p></o:p></p>
                    </td>
                  </tr>
                  <tr>
                    <td style="padding:0in 0in 0in 0in" nowrap="nowrap"
                      valign="top">
                      <p class="MsoNormal" style="text-align:right"
                        align="right"><b>To: <o:p></o:p></b></p>
                    </td>
                    <td style="padding:0in 0in 0in 0in">
                      <p class="MsoNormal">Andreas Tille <a
                          moz-do-not-send="true"
                          href="mailto:andreas@fam-tille.de"><andreas@fam-tille.de></a><o:p></o:p></p>
                    </td>
                  </tr>
                  <tr>
                    <td style="padding:0in 0in 0in 0in" nowrap="nowrap"
                      valign="top">
                      <p class="MsoNormal" style="text-align:right"
                        align="right"><b>CC: <o:p></o:p></b></p>
                    </td>
                    <td style="padding:0in 0in 0in 0in">
                      <p class="MsoNormal">Debian Med Packaging Team <a
                          moz-do-not-send="true"
                          href="mailto:debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org">
<debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org></a>, James Johnson
                        <a moz-do-not-send="true"
                          href="mailto:j.johnson@imb.uq.edu.au">
                          <j.johnson@imb.uq.edu.au></a><o:p></o:p></p>
                    </td>
                  </tr>
                </tbody>
              </table>
              <p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><o:p> </o:p></p>
              <pre>Hi,<o:p></o:p></pre>
              <pre><o:p> </o:p></pre>
              <pre>> On Thu, Feb 14, 2013 at 06:08:08PM +0000, Tim Booth wrote:<o:p></o:p></pre>
              <pre>> > Yes, I did start looking at Meme but quickly realised it was a lot more<o:p></o:p></pre>
              <pre>> > work than I thought to do a proper job on it.  I think all I wanted to<o:p></o:p></pre>
              <pre>> > do in the first instance was to get an updated glam2 binary package<o:p></o:p></pre>
              <pre>> > based upon the improved glam2 source within the meme code.  I guess this<o:p></o:p></pre>
              <pre>> > is now the definitive glam2 as the original standalone source hasn't<o:p></o:p></pre>
              <pre>> > been updated since 2008.<o:p></o:p></pre>
              <pre>> <o:p></o:p></pre>
              <pre>> We might try to do some comparison.  Charles previously mentioned that<o:p></o:p></pre>
              <pre>> we should keep the glam2 package from Debian which is free (PD) and meme<o:p></o:p></pre>
              <pre>> currently has a non-free license (according to DFSG).  So if glam2 inside<o:p></o:p></pre>
              <pre>> meme is basically unchanged it might be reasonable to ignore the code<o:p></o:p></pre>
              <pre>> inside meme (or asking upstream for permission to backport the changes.)<o:p></o:p></pre>
              <pre><o:p> </o:p></pre>
              <pre>A quick "diff" across the original glam2 vs. the meme glam2 suggests<o:p></o:p></pre>
              <pre>that several new options have been added for meme - see<o:p></o:p></pre>
              <pre>src/glam2_args.c.<o:p></o:p></pre>
              <pre><o:p> </o:p></pre>
              <pre>I would imagine that scripts within meme rely on these options.  In<o:p></o:p></pre>
              <pre>fact, a quick grepping shows that scripts/glam2_webservice.pl.in calls<o:p></o:p></pre>
              <pre>"glam2 -M" which is an option added for meme.  I've not looked for other<o:p></o:p></pre>
              <pre>examples.<o:p></o:p></pre>
              <pre><o:p> </o:p></pre>
              <pre>I hope that upstream can at least be persuaded to put their changes to<o:p></o:p></pre>
              <pre>glam2 under a free license like the original glam2.  They may not be<o:p></o:p></pre>
              <pre>legally bound to do so but it would be highly disingenuous  of them to<o:p></o:p></pre>
              <pre>refuse.<o:p></o:p></pre>
              <pre><o:p> </o:p></pre>
              <pre>Cheers,<o:p></o:p></pre>
              <pre><o:p> </o:p></pre>
              <pre>TIM<o:p></o:p></pre>
              <pre><o:p> </o:p></pre>
              <pre><o:p> </o:p></pre>
              <pre>-- <o:p></o:p></pre>
              <pre>If you can't find an apposite quote for your sig, just make one up.<o:p></o:p></pre>
              <pre>     - Anon<o:p></o:p></pre>
              <pre><o:p> </o:p></pre>
              <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
            </div>
            <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
            <div>
              <p class="MsoNormal">-- <o:p></o:p></p>
              <table class="MsoNormalTable" style="width:75.0%"
                border="0" cellpadding="0" width="75%">
                <tbody>
                  <tr>
                    <td style="padding:1.5pt 1.5pt 1.5pt 1.5pt"
                      valign="top">
                      <p class="MsoNormal">Timothy L. Bailey<o:p></o:p></p>
                    </td>
                    <td style="padding:1.5pt 1.5pt 1.5pt 1.5pt"
                      valign="top">
                      <p class="MsoNormal"><a moz-do-not-send="true"
                          href="mailto:t.bailey@imb.uq.edu.au">t.bailey@imb.uq.edu.au</a><o:p></o:p></p>
                    </td>
                  </tr>
                  <tr>
                    <td style="padding:1.5pt 1.5pt 1.5pt 1.5pt"
                      valign="top">
                      <p class="MsoNormal">Institute for Molecular
                        Bioscience<o:p></o:p></p>
                    </td>
                    <td style="padding:1.5pt 1.5pt 1.5pt 1.5pt"
                      valign="top">
                      <p class="MsoNormal">VOICE: (61)-(7)-3346-2614<o:p></o:p></p>
                    </td>
                  </tr>
                  <tr>
                    <td style="padding:1.5pt 1.5pt 1.5pt 1.5pt"
                      valign="top">
                      <p class="MsoNormal">The University of Queensland<o:p></o:p></p>
                    </td>
                    <td style="padding:1.5pt 1.5pt 1.5pt 1.5pt"
                      valign="top">
                      <p class="MsoNormal">FAX: (61)-(7)-3346-2101<o:p></o:p></p>
                    </td>
                  </tr>
                  <tr>
                    <td style="padding:1.5pt 1.5pt 1.5pt 1.5pt"
                      valign="top">
                      <p class="MsoNormal">Brisbane, Qld. 4072 Australia<o:p></o:p></p>
                    </td>
                    <td style="padding:1.5pt 1.5pt 1.5pt 1.5pt"
                      valign="top">
                      <p class="MsoNormal"><a moz-do-not-send="true"
                          href="http://research.imb.uq.edu.au/%7Etbailey">http://research.imb.uq.edu.au/~tbailey</a><o:p></o:p></p>
                    </td>
                  </tr>
                </tbody>
              </table>
              <p class="MsoNormal"><span style="color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
            </div>
          </div>
        </blockquote>
        <br>
        <div class="moz-signature">-- <br>
          <title></title>
          <table border="0" cellpadding="2" cellspacing="2" width="75%">
            <tbody>
              <tr>
                <td valign="top">Timothy L. Bailey<br>
                </td>
                <td valign="top"><a moz-do-not-send="true"
                    href="mailto:t.bailey@imb.uq.edu.au">t.bailey@imb.uq.edu.au</a><br>
                </td>
              </tr>
              <tr>
                <td valign="top">Institute for Molecular Bioscience<br>
                </td>
                <td valign="top">VOICE: (61)-(7)-3346-2614<br>
                </td>
              </tr>
              <tr>
                <td valign="top">The University of Queensland<br>
                </td>
                <td valign="top">FAX: (61)-(7)-3346-2101<br>
                </td>
              </tr>
              <tr>
                <td valign="top">Brisbane, Qld. 4072 Australia<br>
                </td>
                <td valign="top"><a moz-do-not-send="true"
                    class="moz-txt-link-freetext"
                    href="http://research.imb.uq.edu.au/%7Etbailey">http://research.imb.uq.edu.au/~tbailey</a></td>
              </tr>
            </tbody>
          </table>
        </div>
      </blockquote>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    <div class="moz-signature">-- <br>
      <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
      <title></title>
      <table border="0" cellpadding="2" cellspacing="2" width="75%">
        <tbody>
          <tr>
            <td valign="top">Timothy L. Bailey<br>
            </td>
            <td valign="top"><a href="mailto:t.bailey@imb.uq.edu.au">t.bailey@imb.uq.edu.au</a><br>
            </td>
          </tr>
          <tr>
            <td valign="top">Institute for Molecular Bioscience<br>
            </td>
            <td valign="top">VOICE: (61)-(7)-3346-2614<br>
            </td>
          </tr>
          <tr>
            <td valign="top">The University of Queensland<br>
            </td>
            <td valign="top">FAX: (61)-(7)-3346-2101<br>
            </td>
          </tr>
          <tr>
            <td valign="top">Brisbane, Qld. 4072 Australia<br>
            </td>
            <td valign="top"><a class="moz-txt-link-freetext"
                href="http://research.imb.uq.edu.au/%7Etbailey">http://research.imb.uq.edu.au/~tbailey</a></td>
          </tr>
        </tbody>
      </table>
    </div>
  </body>
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