<div dir="ltr">I consider this is a BioPerl element, copied in grinder. It should be removed from grinder and depend on bioperl (if not already the case).<div><br></div><div>Olivier</div></div><div class="gmail_extra"><br>
<br><div class="gmail_quote">2013/7/31 Andreas Tille <span dir="ltr"><<a href="mailto:tille@debian.org" target="_blank">tille@debian.org</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Andreas,<br>
<br>
thanks for your great QA work.<br>
<br>
On Wed, Jul 31, 2013 at 11:18:48AM +0200, Andreas Beckmann wrote:<br>
>   dpkg: error processing /var/cache/apt/archives/grinder_0.5.3-1_all.deb (--unpack):<br>
>    trying to overwrite '/usr/share/man/man3/Bio::SeqFeature::Primer.3pm.gz', which is also in package libbio-perl-perl 1.6.901-3<br>
>   dpkg-deb: error: subprocess paste was killed by signal (Broken pipe)<br>
>   Errors were encountered while processing:<br>
>    /var/cache/apt/archives/grinder_0.5.3-1_all.deb<br>
<br>
I've checked what files might be in common and here is a list:<br>
<br>
<br>
bioperl-1.6.901/usr/share/perl5/Bio:<br>
DB<br>
PrimarySeqI.pm<br>
PrimarySeq.pm<br>
Seq<br>
SeqFeature<br>
Tools<br>
<br>
bioperl-1.6.901/usr/share/perl5/Bio/DB:<br>
Fasta.pm<br>
<br>
bioperl-1.6.901/usr/share/perl5/Bio/Seq:<br>
SeqFastaSpeedFactory.pm<br>
<br>
bioperl-1.6.901/usr/share/perl5/Bio/SeqFeature:<br>
Primer.pm<br>
<br>
bioperl-1.6.901/usr/share/perl5/Bio/Tools:<br>
IUPAC.pm<br>
<br>
------------------------------------------------<br>
<br>
grinder-0.5.3/usr/share/perl5/Bio:<br>
DB<br>
PrimarySeqI.pm<br>
PrimarySeq.pm<br>
Seq<br>
SeqFeature<br>
Tools<br>
<br>
grinder-0.5.3/usr/share/perl5/Bio/DB:<br>
Fasta.pm<br>
<br>
grinder-0.5.3/usr/share/perl5/Bio/Seq:<br>
SeqFastaSpeedFactory.pm<br>
<br>
grinder-0.5.3/usr/share/perl5/Bio/SeqFeature:<br>
Primer.pm<br>
<br>
grinder-0.5.3/usr/share/perl5/Bio/Tools:<br>
IUPAC.pm<br>
<br>
<br>
<br>
I have also attached a diff<br>
<br>
   diff -ubrN grinder-0.5.3 bioperl-1.6.901<br>
<br>
to this mail were you can see the changes of the files that are shiped<br>
with grinder compeeting with potentially newer versions of bioperl.  I<br>
wonder what bioperl experts might suggest whether we could simply drop<br>
the old copies inside Grinder or whether we need to do some other means<br>
to fix this problem.  May be we should also contact the authors of<br>
Grinder but I'd ask for some internal opinions first.<br>
<br>
Kind regards<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
       Andreas.<br>
<br>
--<br>
<a href="http://fam-tille.de" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><pre cols="72">gpg key id: 4096R/326D8438  (<a href="http://keyring.debian.org/" target="_blank">keyring.debian.org</a>)</pre><pre cols="72">Key fingerprint = 5FB4 6F83 D3B9 5204 6335  D26D 78DC 68DB 326D 8438</pre>

</div>