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<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Package: python-pysam<br>
Version: 0.7.7-1<br>
Tags: sid patch<br>
Severity: important<br>
Justification: FTBFS<br>
User: debian-mips-dev-discuss@lists.alioth.debian.org<br>
Usertags: mips-patch<br>
Control: block -1 by 753485<br>
<br>
While trying to build python-pysam on mips/mipsel, build fails on testing.<br>
<br>
Build log for 'python-pysam' on mips:<br>
https://buildd.debian.org/status/fetch.php?pkg=python-pysam&arch=mips&ver=0.7.7-1&stamp=1397894446<br>
Build log for 'python-pysam' on mipsel:<br>
https://buildd.debian.org/status/fetch.php?pkg=python-pysam&arch=mipsel&ver=0.7.7-1&stamp=1397887877<br>
<br>
The cause of test failures are issues in both 'samtools' and 'python-pysam' packages.<br>
<br>
For python-pysam to work samtools has to be fixed first since output of<br>
samtools executable from samtools package is used as a reference <br>
during tests in python-pysam (its output is compared with output from<br>
pysam python module).<br>
<br>
python-pysam has unaligned memory access and system endianness related issues as well.<br>
I have attached patches that fix this. <br>
<br>
With samtools fixed (with solution proposed at<br>
https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=753485), and attached patches<br>
are applied to python-pysam, I have successfully built python-pysam on<br>
mips and mipsel.<br>
<br>
Could you consider including these patches?<br>
<br>
Best regards,<br>
Aleksandar Zlicic </div>
</body>
</html>