<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
</head>
<body ocsi="0" fpstyle="1">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Package: samtools<br>
Version: 0.1.19-1<br>
Tags: sid patch<br>
Severity: important<br>
User: debian-mips-dev-discuss@lists.alioth.debian.org<br>
Usertags: mips-patch<br>
<br>
'python-pysam' package FTBFS on mips/mipsel due to issues in 'samtools' package.<br>
<br>
Build log for 'python-pysam' on mips:<br>
https://buildd.debian.org/status/fetch.php?pkg=python-pysam&arch=mips&ver=0.7.7-1&stamp=1397894446<br>
Build log for 'python-pysam' on mipsel:<br>
https://buildd.debian.org/status/fetch.php?pkg=python-pysam&arch=mipsel&ver=0.7.7-1&stamp=1397887877<br>
<br>
Output of samtools executable from samtools package is used as a reference<br>
during tests in python-pysam (its output is compared with output from<br>
pysam python module), but samtools has both unaligned memory access<br>
and system endianness issues.<br>
<br>
I have attached patches that fix this. With these patches applied to samtools,<br>
python-pysam builds fine.<br>
<br>
Best Regards<br>
Aleksandar Zlicic<br>
</div>
</body>
</html>