<div dir="ltr">Looks like SPARC is having a bus error, which almost always means unaligned data is being accessed. Running this test with gdb attached will break on the line where there is a problem and should give enough information to the original developer to resolve it.<div>
<br></div><div>Andreas -- can you send me (off-list) steps to reproduce this on my sparc/sid system?</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Aug 4, 2014 at 10:30 AM, Andreas Tille <span dir="ltr"><<a href="mailto:andreas@an3as.eu" target="_blank">andreas@an3as.eu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
I realised that the samtools package is not build for armel and sparc[1]<br>
in both cases since a test running at build time failed:<br>
<br>
armel:<br>
<br>
make[1]: Entering directory `/build/buildd-samtools_0.1.19-1-armel-DBqlzN/samtools-0.1.19/examples'<br>
../samtools faidx ex1.fa<br>
../samtools import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam<br>
[sam_header_read2] 2 sequences loaded.<br>
Line 2, sequence length 35 vs 8960 from CIGAR<br>
Parse error at line 2: CIGAR and sequence length are inconsistent<br>
<br>
<br>
sparc:<br>
<br>
make[1]: Entering directory `/build/buildd-samtools_0.1.19-1-sparc-XTmM23/samtools-0.1.19/examples'<br>
../samtools faidx ex1.fa<br>
../samtools import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam<br>
[sam_header_read2] 2 sequences loaded.<br>
make[1]: *** [ex1.bam] Bus error<br>
<br>
<br>
Any hint how to fix this would be welcome.<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
         Andreas.<br>
<br>
[1] <a href="https://buildd.debian.org/status/package.php?p=samtools" target="_blank">https://buildd.debian.org/status/package.php?p=samtools</a><br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
<a href="http://fam-tille.de" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
<br>
<br>
--<br>
To UNSUBSCRIBE, email to <a href="mailto:debian-mentors-REQUEST@lists.debian.org">debian-mentors-REQUEST@lists.debian.org</a><br>
with a subject of "unsubscribe". Trouble? Contact <a href="mailto:listmaster@lists.debian.org">listmaster@lists.debian.org</a><br>
Archive: <a href="https://lists.debian.org/20140804153032.GE10884@an3as.eu" target="_blank">https://lists.debian.org/20140804153032.GE10884@an3as.eu</a><br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br></div>