<html><head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252"></head><body>
<div style="">Hi Andreas, Steve,
<div><br>
</div>
<div>I had to follow the instructions on this post to build libgtest.a and libgtest_main.a:</div>
<div><a href="http://askubuntu.com/questions/145887/why-no-library-files-installed-for-google-test">http://askubuntu.com/questions/145887/why-no-library-files-installed-for-google-test</a></div>
<div><br>
</div>
<div>Then I also had to add a check for libgtest in order to include -lgtest when compiling the tests (see attached patch). I haven't had to do this when I compile the gtest library myself, but it's not a big deal to add.</div>
<div><br>
</div>
<div>Cheers,</div>
<div>Tony</div>
<div><br>
</div>
<div></div>
</div>
<div style="">
<div></div>
<div>
<div>
<div><br>
</div>
<div>On 2014-09-15, at 10:10 AM, Tony Raymond wrote:</div>
<br class="x_Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div>Hi Andreas,<br>
<br>
Thanks so much for working on this!<br>
<br>
I'll bring the matter of licensing up with my superiors, but I'm quite certain that the "for non-commercial use" clause is a hard requirement…<br>
<br>
I agree that it would be nice to run the unit tests. I'm pretty sure we are calling gtest in some non-standard way. I'll see about sending you a patch this week (if not today) that addresses this.<br>
<br>
Thanks!<br>
Tony<br>
<br>
<br>
On 2014-09-15, at 7:38 AM, Andreas Tille wrote:<br>
<br>
<blockquote type="cite">Hi Tony,<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">On Thu, Sep 11, 2014 at 11:39:20AM -0700, Anthony Raymond wrote:<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">
<blockquote type="cite">Hi,<br>
</blockquote>
</blockquote>
<blockquote type="cite">
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
</blockquote>
<blockquote type="cite">
<blockquote type="cite">The latest version of ABySS listed in the debian-med packages overview is 1.3.7. There is a release 1.5.2, which was released earlier this summer and is downloadable from here:<br>
</blockquote>
</blockquote>
<blockquote type="cite">
<blockquote type="cite"><a href="https://github.com/bcgsc/abyss/releases/download/1.5.2/abyss-1.5.2.tar.gz">https://github.com/bcgsc/abyss/releases/download/1.5.2/abyss-1.5.2.tar.gz</a><br>
</blockquote>
</blockquote>
<blockquote type="cite">
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
</blockquote>
<blockquote type="cite">
<blockquote type="cite">Let me know if there's anything I need to do to get the latest version of ABySS packaged in debian.<br>
</blockquote>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">I commited the packaging for abyss 1.5.2 into our packaging git[1].<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">Unfortunately it fails to run the unit tests since the build ended with<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">...<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">make[2]: Entering directory '/tmp/buildd/abyss-1.5.2/GapFiller'<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">make[2]: Nothing to be done for 'check'.<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">make[2]: Leaving directory '/tmp/buildd/abyss-1.5.2/GapFiller'<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">make[2]: Entering directory '/tmp/buildd/abyss-1.5.2'<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">make[2]: Nothing to be done for 'check-am'.<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">make[2]: Leaving directory '/tmp/buildd/abyss-1.5.2'<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">error: To use 'make check' command, please setup<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">     gtest header&library as shown on the Wiki<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">Makefile:860: recipe for target 'check' failed<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">make[1]: *** [check] Error 1<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">make[1]: Leaving directory '/tmp/buildd/abyss-1.5.2'<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">dh_auto_test: make -j1 check returned exit code 2<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">debian/rules:6: recipe for target 'build' failed<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">make: *** [build] Error 2<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">While I dadded libgtest-dev to the Build-Depends and the build log says:<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">...<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">checking for boost/unordered_set.hpp... yes<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">checking gtest/gtest.h usability... yes<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">checking gtest/gtest.h presence... yes<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">checking for gtest/gtest.h... yes<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">checking for pthread_create in -lpthread... yes<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">checking for main in -lgtest_main... no<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">checking for g++ option to support OpenMP... -fopenmp<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">checking that generated files are newer than configure... done<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">...<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">I think the gtest headers are reasonably installed but I wonder what<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">"-lgtest_main... no" might mean, whether this is connected to the<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">problem and how to fix this (Steve as maintainer of libgtest-dev in<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">CC).<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">While I could cowardly skip the unit tests I would really prefer to<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">run them.<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">BTW, since you asked what you can do to get abyss packaged for Debian:<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">while the package is technically packaged it does not belong to the<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">Debian distribution since it is regarded as non-free due to its<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">licensing restriction to non-commercial use.  I wonder whether you might<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">consider with the people in charge to use a non-restricted license.<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">This would be really appreciated and if you want me to be more verbose<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">about the advantages I could go more into details.<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">Kind regards<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">      Andreas.<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">[1] <a href="">git://anonscm.debian.org/debian-med/abyss.git</a><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">-- <br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><a href="http://fam-tille.de">http://fam-tille.de</a><br>
</blockquote>
<br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</body></html>