<div dir="ltr"><div><div><div>On Sun, 27 Apr 2014 16:48:52 +0100 Michael Tautschnig <<a href="mailto:mt@debian.org">mt@debian.org</a>> wrote:<br>> Package: htslib<br>> Version: 0.2.0~rc3-1<br>> Usertags: goto-cc<br>> <br>> While compiling the package using our research compiler infrastructure the build<br>> failed with the following error:<br>> <br>> [...]<br>> gcc -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -I. -DSAMTOOLS=1 -D_FORTIFY_SOURCE=2 -c -o test/fieldarith.o test/fieldarith.c<br>> gcc -pthread -Wl,-z,relro -o test/fieldarith test/fieldarith.o libhts.a  -lz<br>> file vcf.c line 19: error: conflicting function declarations "ks_init"<br>> old definition in module hts file hts.c line 18<br>> struct __kstream_t * (struct BGZF *f)<br>> new definition in module vcf file vcf.c line 19<br>> struct __kstream_t * (struct gzFile_s *)<br>> make[2]: *** [test/fieldarith] Error 64<br>> <br>> Looking at the source, the define of KS_BGZF may the cause:<br>> <br>> <a href="http://sources.debian.net/src/htslib/0.2.0~rc3-1/hts.c?hl=15,16,17,18,19,20,21#L15">http://sources.debian.net/src/htslib/0.2.0~rc3-1/hts.c?hl=15,16,17,18,19,20,21#L15</a><br>> <br>> Note that the build does FTFBS with the standard compiler, as no type checking<br>> at link time would be performed. Yet the use of ks_init may be severely broken.<br>> <br>> Best,<br>> Michael<br>> <br><br></div>Hi Michael,<br><br></div><div>Does this still happen with htslib 1.1 ?<br></div></div><div>How can we reproduce this? Which compiler did you use? Which architecture?<br><br>Best<br></div><div>-Dominique<br></div><div><br></div></div>