Thank you Ben for the update. Andreas is offline for a few weeks but we will swiftly update the Debian package once the release is ready.<br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">În Lun, 29 feb. 2016, 04:45 Ben Langmead, <<a href="mailto:langmea@cs.jhu.edu">langmea@cs.jhu.edu</a>> a scris:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Andreas,<br>
<br>
We spent some time this last week diagnosing and fixing this issue.  We hope to post a new release of Bowtie 2 very soon that both includes the parallel index-building feature, and compiles properly with TBB.<br>
<br>
Best,<br>
Ben<br>
<br>
> On Feb 18, 2016, at 3:09 AM, Andreas Tille <<a href="mailto:andreas@an3as.eu" target="_blank">andreas@an3as.eu</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi Ben,<br>
><br>
> when trying to build the latest version of Bowtie2 I was running into<br>
> some build errors I described here:<br>
><br>
>   <a href="https://lists.alioth.debian.org/pipermail/debian-med-packaging/2016-February/039567.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.alioth.debian.org/pipermail/debian-med-packaging/2016-February/039567.html</a><br>
><br>
> I've got this answer from a Debian Med team member:<br>
><br>
> On Thu, Feb 18, 2016 at 12:56:12AM +0100, Gert Wollny wrote:<br>
>>> could anybody with more C++ knowledge than me have a look at my last<br>
>>> bowtie2 commits of the new upstream version which throws the<br>
>>> following<br>
>>> problems:<br>
>><br>
>> without digging too deep into the code it seems that the TBB thread<br>
>> implementation is not working properly, i.e. the without TBB they use a<br>
>> thread implementation that resides withing the tthread namespace, and<br>
>> without TBB, they include the TBB headers, but don't take care of the<br>
>> fact that now all thread related classes reside in the tbb namespace.<br>
>><br>
>> If you remove the WITH_TBB=1 part from debian/rules than it builds.<br>
><br>
> Since using WITH_TBB is explicitly recommended inside the MANUAL I'd<br>
> like to discuss other options how to build Bowtie2 2.2.7 - and I guess<br>
> you are also interested to learn that building this code with gcc 5.3.1<br>
> causes trouble.<br>
><br>
> Kind regards and thanks for providing Bowtie2 as free software<br>
><br>
>    Andreas.<br>
><br>
> --<br>
> <a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Debian-med-packaging mailing list<br>
<a href="mailto:Debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org" target="_blank">Debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/debian-med-packaging" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/debian-med-packaging</a><br>
</blockquote></div>