<div dir="ltr">Hi Steve,<div><br></div><div>Thanks for following up. As I understand it, this is an issue with either h5py or libhdf5. We have not modified the behavior of these libraries, and are using them in a very basic manner; endianness is outside of our control here. It is possible the issue is related to (<a href="https://github.com/h5py/h5py/issues/428">https://github.com/h5py/h5py/issues/428</a>) which appears to still be open.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Daniel</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 11, 2016 at 11:42 AM, Steve Langasek <span dir="ltr"><<a href="mailto:vorlon@debian.org" target="_blank">vorlon@debian.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi folks,<br>
<br>
Please keep me on Cc:, the Debian BTS does not automatically cc: bug<br>
submitters :)<br>
<br>
> Andreas, my read of the bug report suggests that the issue across<br>
> architectures is h5py or hdf5.  The access being made is to an attribute<br>
> of an h5py object which happens within python and is a valid API<br>
> operation; testing locally I'd expect a different KeyError to be thrown<br>
> under normal operation.<br>
<br>
> Looking closer at one of the failing tests (offending call linked below),<br>
> you can see that this is on read of a hdf5 table that ships with the<br>
> biom-format project.<br>
<br>
> <a href="https://github.com/biocore/biom-format/blob/master/tests/test_table.py#L527-528" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/biocore/biom-format/blob/master/tests/test_table.py#L527-528</a><br>
<br>
> The implication is that this is happening when reading a table that ships<br>
> as part of the test code, suggesting that h5py or hdf5 are unable to<br>
> interact with the file as expected.  My take is that the failure we're<br>
> observing is a manifestation of a bug at a lower level.<br>
<br>
So it sounds like your test data is written in a little-endian format, but<br>
hdf5 on big-endian architectures is trying to read it in a big-endian<br>
format.  Is it defined somewhere that hdf5 data should be in an<br>
architecture-independent format (always little-endian)?<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
Steve Langasek                   Give me a lever long enough and a Free OS<br>
Debian Developer                   to set it on, and I can move the world.<br>
Ubuntu Developer                                    <a href="http://www.debian.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.debian.org/</a><br>
<a href="mailto:slangasek@ubuntu.com">slangasek@ubuntu.com</a>                                     <a href="mailto:vorlon@debian.org">vorlon@debian.org</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>