<div dir="ltr">I am devoting several days over the Christmas holidays to fixing the various outstanding bugs in gbrowse. Stay tuned!<div><br></div><div>Lincoln</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 21, 2016 at 5:23 PM, Fields, Christopher J <span dir="ltr"><<a href="mailto:cjfields@illinois.edu" target="_blank">cjfields@illinois.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">This may be something to pass by Lincoln or Scott Cain(CC'd).  Lincoln I did manage to get a new Bio-Graphics out (as well as BioPerl-Run), which seems to have addressed the latest, but I'm unable to look at gbrowse until well into the new year.<br>
<br>
Chris<br>
<br>
Chris<br>
<br>
Sent from my iPhone<br>
<br>
> On Dec 21, 2016, at 3:42 PM, Andreas Tille <<a href="mailto:andreas@an3as.eu">andreas@an3as.eu</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi,<br>
><br>
> here is an update and a cal for help with gbrowse since I'm not an<br>
> experienced Perl programmer.  My guess is that its not really hard to<br>
> solve for somebody familiar with Perl and specifically with Bioperl.<br>
><br>
> On Sat, Dec 17, 2016 at 11:15:30PM +0100, Andreas Tille wrote:<br>
>>>  bioperl-run<br>
>><br>
>> Works with patch, Test suite runs at Build time<br>
><br>
> Just uploaded 1.7.1 after activating as much as possible unittest<br>
> at package build time.  Hope that this will not fire back ...<br>
><br>
>>>  gbrowse<br>
>><br>
>> Fails - help is urgently needed:<br>
>><br>
>> ...<br>
>> syntax error at /home/andreas/debian-maintain/<wbr>alioth/debian-med_git/build-<wbr>area/gbrowse-2.54+dfsg/t/../<wbr>lib/Bio/Graphics/Browser2/<wbr>DataSource.pm line 963, near "$ENV\"<br>
>> syntax error at /home/andreas/debian-maintain/<wbr>alioth/debian-med_git/build-<wbr>area/gbrowse-2.54+dfsg/t/../<wbr>lib/Bio/Graphics/Browser2/<wbr>DataSource.pm line 963, near "''}"<br>
>> Global symbol "$self" requires explicit package name (did you forget to declare "my $self"?) at /home/andreas/debian-maintain/<wbr>alioth/debian-med_git/build-<wbr>area/gbrowse-2.54+dfsg/t/../<wbr>lib/Bio/Graphics/Browser2/<wbr>DataSource.pm line 971, <DATA> line 192.<br>
>> Global symbol "$symbolic_db_name" requires explicit package name (did you forget to declare "my $symbolic_db_name"?) at /home/andreas/debian-maintain/<wbr>alioth/debian-med_git/build-<wbr>area/gbrowse-2.54+dfsg/t/../<wbr>lib/Bio/Graphics/Browser2/<wbr>DataSource.pm line 971, <DATA> line 192.<br>
>> Global symbol "$length" requires explicit package name (did you forget to declare "my $length"?) at /home/andreas/debian-maintain/<wbr>alioth/debian-med_git/build-<wbr>area/gbrowse-2.54+dfsg/t/..<br>
>> ...<br>
><br>
> Any help?<br>
><br>
>> So as far as I can see if we can solve the gbrowse issue the migration<br>
>> to 1.7.1 seems possible.<br>
>><br>
>> What do you think?<br>
><br>
> I decided to go with version 1.7.1 for Stretch since all rdepends except<br>
> gbrowse are working and regarding popcon the other packages seem to be<br>
> more important.  Fixing gbrowse would be wanted for sure.<br>
><br>
> Kind regards<br>
><br>
>      Andreas.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888">><br>
> --<br>
> <a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><b><font color="#38761d">Lincoln Stein</font></b></div><div><span style="font-size:x-small"><br></span></div><div><span style="font-size:x-small">Scientific Director (Interim), Ontario Institute for Cancer Research</span><br></div><div><span style="font-size:x-small">Director, Informatics and Bio-computing Program, OICR</span></div><div><span style="font-size:x-small">Senior Principal Investigator, OICR</span><br></div><div><font size="1">Professor, Department of Molecular Genetics, University of Toronto</font></div><div><font size="1"><a href="http://goog_1828306398" target="_blank"><br></a></font></div><div><b style="color:rgb(56,118,29);font-size:small">Ontario Institute for Cancer Research</b><br></div><div><font size="1">MaRS Centre</font></div><div><font size="1">661 University Avenue</font></div><div><font size="1">Suite 510</font></div><div><font size="1">Toronto, Ontario</font></div><div><font size="1">Canada M5G 0A3</font></div><div><font size="1"><br></font></div><div><font size="1">Tel: 416-673-8514</font></div><div><font size="1">Mobile: 416-817-8240</font></div><div><font size="1">Email: <a href="mailto:lincoln.stein@gmail.com" target="_blank">lincoln.stein@gmail.com</a></font></div><div><font size="1">Toll-free: 1-866-678-6427</font></div><div><font size="1">Twitter: @OICR_news</font></div><div><br></div><div><b><font color="#38761d">Executive Assistant</font></b></div><div><b><font color="#38761d">Frances Dirnbeck</font></b></div><div><font size="1">Tel: 647-259-4253</font></div><div><font size="1">Email:frances.dirnbeck<a href="mailto:stacey.quinn@oicr.on.ca" target="_blank">@oicr.on.ca</a></font></div><div><font size="1"><a href="http://www.oicr.on.ca" target="_blank">www.oicr.on.ca</a><br></font></div><div><br></div><div><font size="1">This message and any attachments may contain confidential and/or privileged information for the sole use of the intended recipient. Any review or distribution by anyone other than the person for whom it was originally intended is strictly prohibited. If you have received this message in error, please contact the sender and delete all copies. Opinions, conclusions or other information contained in this message may not be that of the organization.</font></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>