<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8"></head><body><div>Hi, Andreas,</div><div>I believe HTSLIB_MODE=external is already set in debian/rules.</div><div>As for the htslib 1.3.2 support, see the release notes for this version at http://github.com/pysam-developers/pysam/releases</div><div><br></div><div>I've worked around this multi-arch renaming issue a couple times before. For example, muliarch-module-path.patch in pbh5tools.</div><div><br></div><div>I will see when I get a chance.</div><div><br></div><div>Afif</div><div><br></div><div><br></div><div id="composer_signature"><div style="font-size:85%;color:#575757">Sent from my T-Mobile 4G LTE Device</div></div><div style="font-size:100%;color:#000000"><!-- originalMessage --><div>-------- Original message --------</div><div>From: Andreas Tille <andreas@an3as.eu> </div><div>Date: 1/25/2017  13:14  (GMT-08:00) </div><div>To: Afif Elghraoui <afif@debian.org>, Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> </div><div>Subject: [wrar@debian.org: Re: [Debian-med-packaging] Dynamic library inside
  Python module python-pysam not found] </div><div><br></div></div>Hi Afif,<br><br>may be this mail contains some helpful hint since it seems that the lib<br>libchtslib.so simly should not be created at all.  I tried my luck with<br>setting <br><br>   HTSLIB_MODE = "external"<br><br>but this did not lead to any sensible result.<br><br>Please also note that setup.py says<br><br>   The current version wraps htslib-1.3.1, samtools-1.3.1 and bcftools-1.3.1.<br>                                    ^^^^^<br><br>so I have no idea where you've git the information from that 1.3.2 is<br>supported.<br><br>I'll leave this now for others who might have a better clue than me.<br><br>Kind regards<br><br>       Andreas.<br><br>----- Forwarded message from Andrey Rahmatullin <wrar@debian.org> -----<br><br>Date: Wed, 25 Jan 2017 22:00:51 +0500<br>From: Andrey Rahmatullin <wrar@debian.org><br>To: debian-mentors@lists.debian.org<br>Subject: Re: [Debian-med-packaging] Dynamic library inside Python module python-pysam not found<br><br>On Wed, Jan 25, 2017 at 05:28:34PM +0100, Andreas Tille wrote:<br>> > > tests of python-pbcore failed with<br>> > ><br>> > >   ERROR: Failure: ImportError (libchtslib.so: cannot open shared object file: No such file or directory)<br>> > ><br>> > > When installing python-pysam 0.10.0+ds-1 I get<br>> > ><br>> > > $ ls -l /usr/lib/python2.7/dist-packages/pysam/libchtslib.*.so<br>> > > -rw-r--r-- 1 root root 103864 Jan 24 04:13 /usr/lib/python2.7/dist-packages/pysam/libchtslib.x86_64-linux-gnu.so<br>> > Certainly because at build time it compiles against libchtslib.so<br>> > provided by a -dev package and keeps this reference instead of using<br>> > "real" library file libchtslib.x86_64-linux-gnu.so<br>> <br>> I can confirm that there is a hack around this by simply doing<br>> <br>>    ln -s libchtslib.x86_64-linux-gnu.so /usr/lib/python2.7/dist-packages/pysam/libchtslib.so<br>> <br>> but what would be the "clean" solution for this problem?<br>First you need to find out if that lib is some useful code or a copy of<br>libhts that for some reason got built and used even with<br>HTSLIB_MODE=external.<br>If it should still be built, then it's either a shared lib and then it<br>doesn't belong in dist-packages, or a python module and then it shouldn't<br>ne linked against.<br><br>-- <br>WBR, wRAR<br><br><br><br>----- End forwarded message -----<br><br>-- <br>http://fam-tille.de<br></body></html>