<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<p>Dear Sir/Madam at the <span>libdivsufsort() maintenance team,</span></p>
<p><span><br>
</span></p>
<p><span>I am a PhD student at Edinburgh University, UK, researching predisposition to colorectal cancer.<br>
<br>
I wish to align some RNA-seq data to a Reference Transcriptome, and I am using the "Salmon" package to do that (<a href="https://github.com/COMBINE-lab/salmon" class="OWAAutoLink" id="LPlnk576688" previewremoved="true">https://github.com/COMBINE-lab/salmon</a>).
 I am using Salmon version "</span><span style="font-family: Menlo; font-size: 11px; font-variant-ligatures: no-common-ligatures; color: rgb(195, 55, 32);"><b>salmon</b></span><span style="font-family: Menlo; font-size: 11px; font-variant-ligatures: no-common-ligatures;">/v0.6.1-pre</span><span style="font-size: 12pt;">".</span><span><br>
<br>
Salmon makes use of a Burrows-Wheeler Transformation to index the reference Transcriptome, and when I run the package on my data I get this following error, which appears to be emanating from the <span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", NotoColorEmoji, "Segoe UI Symbol", "Android Emoji", EmojiSymbols; font-size: 16px;">libdivsufsort
 package.</span></span></p>
<p><span><br>
</span></p>
<p><span><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", NotoColorEmoji, "Segoe UI Symbol", "Android Emoji", EmojiSymbols; font-size: 16px;"></span>"</p>
<div>[info] Building 32-bit suffix array (length of generalized text is 0)</div>
<div>Building suffix array . . . FAILURE: return code from libdivsufsort() was -1</div>
"<br>
</span><br>
<p></p>
<p>I found your page for searching bug reports relating to <span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", NotoColorEmoji, "Segoe UI Symbol", "Android Emoji", EmojiSymbols; font-size: 16px;">libdivsufsort,
<a href="https://bugs.debian.org/cgi-bin/pkgreport.cgi?dist=unstable;include=subject%3Areturn+code+from+libdivsufsort()+was+-1;package=libdivsufsort" class="OWAAutoLink" id="LPlnk666681" previewremoved="true">
https://bugs.debian.org/cgi-bin/pkgreport.cgi?dist=unstable;include=subject%3Areturn+code+from+libdivsufsort()+was+-1;package=libdivsufsort</a>, however I was unfortunately unable to find anything relating to this particular issue.</span></p>
<p><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", NotoColorEmoji, "Segoe UI Symbol", "Android Emoji", EmojiSymbols; font-size: 16px;"><br>
</span></p>
<p><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", NotoColorEmoji, "Segoe UI Symbol", "Android Emoji", EmojiSymbols; font-size: 16px;">I was wondering if you would please be able to point me
 to the appropriate help page/documentation that could help me solve this problem?<br>
<br>
Many thanks for your time! I would be very grateful for any help you are able to give.<br>
<br>
Yours sincerely,<br>
<br>
Toby Gurran</span></p>
</div>
</body>
</html>