<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Dear Andreas, Adrian,<br><br></div>Just to be sure I get everything right:<br></div>- The error you found before was due to building against a previous version of bpp-core<br></div>- This error actually revealed an interface breakdown (essentially due to our upgrade to c++11), and your suggestion is to reflect this change by increasing the interface number (which would result in a change in package name, such as libbpp-core2 -> libbpp-core3), am I correct?<br><br></div>Best,<br><br></div>Julien.<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 5, 2017 at 9:50 AM, Andreas Tille <span dir="ltr"><<a href="mailto:tille@debian.org" target="_blank">tille@debian.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Julien,<br>
<br>
while I made a mistake to upload libbpp-core to unstable rather than<br>
experimental as it was planed this has probably lead to spot a bug<br>
earlier.  The problem is that the soversion needs to be bumped due to<br>
the ABI change.<br>
<br>
   $ objdump -p ./libbpp-core.so.2.0.4   | sed -n 's/^.*SONAME *//p'<br>
   libbpp-core.so.2<br>
<br>
I think you should bump the SOVERSION to reflect that change.<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
     Andreas.<br>
<br>
On Mon, Jun 05, 2017 at 02:42:58AM +0300, Adrian Bunk wrote:<br>
> Package: libbpp-core2v5<br>
> Version: 2.3.0-1~exp1<br>
> Severity: serious<br>
> Control: affects -1 libbpp-seq9v5 src:libbpp-phyl<br>
><br>
> 2.3.0-1~exp1 in unstable (sic) removes symbols without changing soname,<br>
> causing the following FTBFS in libbpp-phyl:<br>
><br>
> <a href="https://tests.reproducible-builds.org/debian/rb-pkg/unstable/amd64/libbpp-phyl.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://tests.reproducible-<wbr>builds.org/debian/rb-pkg/<wbr>unstable/amd64/libbpp-phyl.<wbr>html</a><br>
><br>
> ...<br>
> [ 93%] Linking CXX executable test_bowker<br>
> cd /build/1st/libbpp-phyl-2.2.0/<wbr>obj-x86_64-linux-gnu/test && /usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/test_bowker.dir/<wbr>link.txt --verbose=1<br>
> /usr/bin/c++   -Wall -Wshadow -Weffc++ -Wconversion  -Wl,-z,relro CMakeFiles/test_bowker.dir/<wbr>test_bowker.cpp.o  -o test_bowker -rdynamic -lbpp-seq -lbpp-core -L../src -lbpp-phyl<br>
> /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/<wbr>6/../../../x86_64-linux-gnu/<wbr>libbpp-seq.so: undefined reference to `bpp::RandomTools::lnGamma(<wbr>double)'<br>
> /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/<wbr>6/../../../x86_64-linux-gnu/<wbr>libbpp-seq.so: undefined reference to `bpp::TextTools::startsWith(<wbr>std::__cxx11::basic_string<<wbr>char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, std::__cxx11::basic_string<<wbr>char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&)'<br>
> /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/<wbr>6/../../../x86_64-linux-gnu/<wbr>libbpp-seq.so: undefined reference to `bpp::ApplicationTools::<wbr>parameterExists(std::__cxx11::<wbr>basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, std::map<std::__cxx11::basic_<wbr>string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, std::__cxx11::basic_string<<wbr>char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, std::less<std::__cxx11::basic_<wbr>string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > >, std::allocator<std::pair<std::<wbr>__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const, std::__cxx11::basic_string<<wbr>char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > > > >&)'<br>
> /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/<wbr>6/../../../x86_64-linux-gnu/<wbr>libbpp-seq.so: undefined reference to `bpp::ApplicationTools::<wbr>getStringParameter(std::__<wbr>cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, std::map<std::__cxx11::basic_<wbr>string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, std::__cxx11::basic_string<<wbr>char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, std::less<std::__cxx11::basic_<wbr>string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > >, std::allocator<std::pair<std::<wbr>__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const, std::__cxx11::basic_string<<wbr>char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > > > >&, std::__cxx11::basic_string<<wbr>char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, std::__cxx11::basic_string<<wbr>char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, bool, int)'<br>
> collect2: error: ld returned 1 exit status<br>
> test/CMakeFiles/test_bowker.<wbr>dir/build.make:99: recipe for target 'test/test_bowker' failed<br>
> make[3]: *** [test/test_bowker] Error 1<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
<a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Julien Y. Dutheil, Ph-D<br><div>0 (+49) 4522 763 298<br><br>§ Max Planck Institute for Evolutionary Biology</div><div>Molecular Systems Evolution</div><div>Department of Evolutionary Genetics</div><div>Plön -- GERMANY<br></div><div><br>§ Institute of Evolutionary Sciences - Montpellier<br>University of Montpellier 2 -- FRANCE<br></div></div></div></div></div>
</div>