<div dir="ltr">Dear Andreas,<div><br></div><div>Yes, should be. But I noticed some other problems... I have made a version 1.0.2 addressing them. Then I synchronized the upstream branch accordingly, and then merged the master branch and the upstream branch, is that the correct way to do? Version 1.0.2-1 should then normally build fine.</div><div><br></div><div>I also committed a patch for bppsuite on x32 arch. Will now work on maffilter.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Julien.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 19, 2017 at 6:15 PM, Andreas Tille <span dir="ltr"><<a href="mailto:andreas@fam-tille.de" target="_blank">andreas@fam-tille.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Julien,<br>
<br>
I guess this issue is connected to our latest changes in the library<br>
packages.<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
        Andreas.<br>
<br>
On Wed, Jul 19, 2017 at 05:52:18PM +0200, Lucas Nussbaum wrote:<br>
> Source: physamp<br>
> Version: 0.2.0-1<br>
> Severity: serious<br>
> Tags: buster sid<br>
> User: <a href="mailto:debian-qa@lists.debian.org">debian-qa@lists.debian.org</a><br>
> Usertags: qa-ftbfs-20170719 qa-ftbfs<br>
> Justification: FTBFS on amd64<br>
><br>
> Hi,<br>
><br>
> During a rebuild of all packages in sid, your package failed to build on<br>
> amd64.<br>
><br>
> Relevant part (hopefully):<br>
> > cd /<<PKGBUILDDIR>>/obj-x86_64-<wbr>linux-gnu/physamp && /usr/bin/c++     -Wall -Weffc++ -Wshadow -Wconversion   -o CMakeFiles/bppalnoptim.dir/<wbr>AlignmentOptimizer.cpp.o -c /<<PKGBUILDDIR>>/physamp/<wbr>AlignmentOptimizer.cpp<br>
> > /<<PKGBUILDDIR>>/physamp/<wbr>AlignmentOptimizer.cpp:39:32: fatal error: Bpp/Seq/Alphabet.all: No such file or directory<br>
> >  #include <Bpp/Seq/Alphabet.all><br>
> >                                 ^<br>
> > compilation terminated.<br>
> > physamp/CMakeFiles/<wbr>bppalnoptim.dir/build.make:65: recipe for target 'physamp/CMakeFiles/<wbr>bppalnoptim.dir/<wbr>AlignmentOptimizer.cpp.o' failed<br>
> > make[3]: *** [physamp/CMakeFiles/<wbr>bppalnoptim.dir/<wbr>AlignmentOptimizer.cpp.o] Error 1<br>
><br>
> The full build log is available from:<br>
>    <a href="http://aws-logs.debian.net/2017/07/19/physamp_0.2.0-1_unstable.log" rel="noreferrer" target="_blank">http://aws-logs.debian.net/<wbr>2017/07/19/physamp_0.2.0-1_<wbr>unstable.log</a><br>
><br>
> A list of current common problems and possible solutions is available at<br>
> <a href="http://wiki.debian.org/qa.debian.org/FTBFS" rel="noreferrer" target="_blank">http://wiki.debian.org/qa.<wbr>debian.org/FTBFS</a> . You're welcome to contribute!<br>
><br>
> About the archive rebuild: The rebuild was done on EC2 VM instances from<br>
> Amazon Web Services, using a clean, minimal and up-to-date chroot. Every<br>
> failed build was retried once to eliminate random failures.<br>
><br>
> ______________________________<wbr>_________________<br>
> Debian-med-packaging mailing list<br>
> <a href="mailto:Debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org">Debian-med-packaging@lists.<wbr>alioth.debian.org</a><br>
> <a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/debian-med-packaging" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.alioth.debian.<wbr>org/cgi-bin/mailman/listinfo/<wbr>debian-med-packaging</a><br>
><br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
<a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Julien Y. Dutheil, Ph-D<br>0 (+49) 6421 178 986<div><br>§ Max Planck Institute for Evolutionary Biology<div>Molecular Systems Evolution</div><div>Department of Evolutionary Genetics</div><div>Plön -- GERMANY<br></div><br>§ Institute of Evolutionary Sciences - Montpellier<br>University of Montpellier 2 -- FRANCE</div></div></div></div></div>
</div>