Bug#1130247: python-pyvista: pyvista fails autopkgtests due to failing garbage collector checks with python 3.14

Vladimir Petko vpa1977 at gmail.com
Tue Mar 10 08:52:13 GMT 2026 

Package: python-pyvista
Version: 0.46.5-8
Severity: normal
Tags: patch
User: ubuntu-devel at lists.ubuntu.com
Usertags: origin-ubuntu resolute ubuntu-patch

Dear Maintainer,

Pyvista fails autopkgtests with Python 3.14:

XFAIL tests/core/test_dataset_filters.py::test_extract_values_preference[False-
point] - Will not match expected output since adjacent is True by default for
point data
ERROR tests/plotting/test_plotting.py::test_plotter_volume_lookup_table -
AssertionError: Not all objects GCed:
  vtkTypeUInt8Array at 0x7f79ff7efc40: ['<generator object check_gc at
0x7f79ff9128e0>', '<managedbuffer object at 0x7f7a483fe4c0>']

assert 1 == 0
 + where 1 = len([<vtkmodules.vtkCommonCore.vtkTypeUInt8Array(0x3b56ff50) at
0x7f79ff7efc40>])
ERROR tests/plotting/test_plotting.py::test_volume_rendering_rectilinear -
AssertionError: Not all objects GCed:
  vtkWeakReference at 0x7f79ff7edc60: ['<generator object check_gc at
0x7f79ff1522a0>', 'pyvista_ndarray([ 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0.,
0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0.,
0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0.,
0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0.,
0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 0.,
0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0.,
0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 1., 2., 3., 4., 5., 6.,\n 7., 8., 9., 0., 2., 4., 6.,
8., 10.,\n 12., 14., 16., 18., 0., 3., 6., 9., 12.,\n 15., 18., 21., 24., 27.,
0., 4., 8., 12.,\n 16., 20., 24., 28., 32., 36., 0., 5., 10.,\n 15., 20., 25.,
30., 35., 40., 45., 0., 6.,\n 12., 18., 24., 30., 36., 42., 48., 54., 0.,\n 7.,
14., 21., 28., 35., 42., 49., 56., 63.,\n 0., 8., 16., 24., 32., 40., 48., 56.,
64.,\n 72., 0., 9., 18., 27., 36., 45., 54., 63.,\n 72., 81., 0., 0., 0., 0.,
0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 2., 4., 6., 8., 10.,\n 12., 14., 16., 18., 0.,
4., 8., 12., 16.,\n 20., 24., 28., 32., 36., 0., 6., 12., 18.,\n 24., 30., 36.,
42., 48., 54., 0., 8., 16.,\n 24., 32., 40., 48., 56., 64., 72., 0., 10.,\n
20., 30., 40., 50., 60., 70., 80., 90., 0.,\n 12., 24., 36., 48., 60., 72.,
84., 96., 108.,\n 0., 14., 28., 42., 56., 70., 84., 98., 112.,\n 126., 0., 16.,
32., 48., 64., 80., 96., 112.,\n 128., 144., 0., 18., 36., 54., 72., 90.,
108.,\n 126., 144., 162., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 3., 6.,
9., 12.,\n 15., 18., 21., 24., 27., 0., 6., 12., 18.,\n 24., 30., 36., 42.,
48., 54., 0., 9., 18.,\n 27., 36., 45., 54., 63., 72., 81., 0., 12.,\n 24.,
36., 48., 60., 72., 84., 96., 108., 0.,\n 15., 30., 45., 60., 75., 90., 105.,
120., 135.,\n 0., 18., 36., 54., 72., 90., 108., 126., 144.,\n 162., 0., 21.,
42., 63., 84., 105., 126., 147.,\n 168., 189., 0., 24., 48., 72., 96., 120.,
144.,\n 168., 192., 216., 0., 27., 54., 81., 108., 135.,\n 162., 189., 216.,
243., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0., 4., 8., 12.,\n 16., 20.,
24., 28., 32., 36., 0., 8., 16.,\n 24., 32., 40., 48., 56., 64., 72., 0.,
12.,\n 24., 36., 48., 60., 72., 84., 96., 108., 0.,\n 16., 32., 48., 64., 80.,
96., 112., 128., 144.,\n 0., 20., 40., 60., 80., 100., 120., 140., 160.,\n
180., 0., 24., 48., 72., 96., 120., 144., 168.,\n 192., 216., 0., 28., 56.,
84., 112., 140., 168.,\n 196., 224., 252., 0., 32., 64., 96., 128., 160.,\n
192., 224., 256., 288., 0., 36., 72., 108., 144.,\n 180., 216., 252., 288.,
324., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 5., 10.,\n 15., 20., 25.,
30., 35., 40., 45., 0., 10.,\n 20., 30., 40., 50., 60., 70., 80., 90., 0.,\n
15., 30., 45., 60., 75., 90., 105., 120., 135.,\n 0., 20., 40., 60., 80., 100.,
120., 140., 160.,\n 180., 0., 25., 50., 75., 100., 125., 150., 175.,\n 200.,
225., 0., 30., 60., 90., 120., 150., 180.,\n 210., 240., 270., 0., 35., 70.,
105., 140., 175.,\n 210., 245., 280., 315., 0., 40., 80., 120., 160.,\n 200.,
240., 280., 320., 360., 0., 45., 90., 135.,\n 180., 225., 270., 315., 360.,
405., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 6.,\n 12., 18., 24., 30.,
36., 42., 48., 54., 0.,\n 12., 24., 36., 48., 60., 72., 84., 96., 108.,\n 0.,
18., 36., 54., 72., 90., 108., 126., 144.,\n 162., 0., 24., 48., 72., 96.,
120., 144., 168.,\n 192., 216., 0., 30., 60., 90., 120., 150., 180.,\n 210.,
240., 270., 0., 36., 72., 108., 144., 180.,\n 216., 252., 288., 324., 0., 42.,
84., 126., 168.,\n 210., 252., 294., 336., 378., 0., 48., 96., 144.,\n 192.,
240., 288., 336., 384., 432., 0., 54., 108.,\n 162., 216., 270., 324., 378.,
432., 486., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 7., 14., 21., 28.,
35., 42., 49., 56., 63.,\n 0., 14., 28., 42., 56., 70., 84., 98., 112.,\n 126.,
0., 21., 42., 63., 84., 105., 126., 147.,\n 168., 189., 0., 28., 56., 84.,
112., 140., 168.,\n 196., 224., 252., 0., 35., 70., 105., 140., 175.,\n 210.,
245., 280., 315., 0., 42., 84., 126., 168.,\n 210., 252., 294., 336., 378., 0.,
49., 98., 147.,\n 196., 245., 294., 343., 392., 441., 0., 56., 112.,\n 168.,
224., 280., 336., 392., 448., 504., 0., 63.,\n 126., 189., 252., 315., 378.,
441., 504., 567., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 8., 16., 24.,
32., 40., 48., 56., 64.,\n 72., 0., 16., 32., 48., 64., 80., 96., 112.,\n 128.,
144., 0., 24., 48., 72., 96., 120., 144.,\n 168., 192., 216., 0., 32., 64.,
96., 128., 160.,\n 192., 224., 256., 288., 0., 40., 80., 120., 160.,\n 200.,
240., 280., 320., 360., 0., 48., 96., 144.,\n 192., 240., 288., 336., 384.,
432., 0., 56., 112.,\n 168., 224., 280., 336., 392., 448., 504., 0., 64.,\n
128., 192., 256., 320., 384., 448., 512., 576., 0.,\n 72., 144., 216., 288.,
360., 432., 504., 576., 648.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0.,
9., 18., 27., 36., 45., 54., 63.,\n 72., 81., 0., 18., 36., 54., 72., 90.,
108.,\n 126., 144., 162., 0., 27., 54., 81., 108., 135.,\n 162., 189., 216.,
243., 0., 36., 72., 108., 144.,\n 180., 216., 252., 288., 324., 0., 45., 90.,
135.,\n 180., 225., 270., 315., 360., 405., 0., 54., 108.,\n 162., 216., 270.,
324., 378., 432., 486., 0., 63.,\n 126., 189., 252., 315., 378., 441., 504.,
567., 0.,\n 72., 144., 216., 288., 360., 432., 504., 576., 648.,\n 0., 81.,
162., 243., 324., 405., 486., 567., 648.,\n 729.])']
  vtkWeakReference at 0x7f79ff7eece0: ['<generator object check_gc at
0x7f79ff1522a0>', 'pyvista_ndarray([ 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0.,
0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0.,
0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0.,
0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0.,
0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 0., 0., 0., 0.,
0., 0., 0., 0.,\n 0., 1., 2., 3., 4., 5., 6., 7., 8.,\n 0., 2., 4., 6., 8.,
10., 12., 14., 16.,\n 0., 3., 6., 9., 12., 15., 18., 21., 24.,\n 0., 4., 8.,
12., 16., 20., 24., 28., 32.,\n 0., 5., 10., 15., 20., 25., 30., 35., 40.,\n
0., 6., 12., 18., 24., 30., 36., 42., 48.,\n 0., 7., 14., 21., 28., 35., 42.,
49., 56.,\n 0., 8., 16., 24., 32., 40., 48., 56., 64.,\n 0., 0., 0., 0., 0.,
0., 0., 0., 0.,\n 0., 2., 4., 6., 8., 10., 12., 14., 16.,\n 0., 4., 8., 12.,
16., 20., 24., 28., 32.,\n 0., 6., 12., 18., 24., 30., 36., 42., 48.,\n 0., 8.,
16., 24., 32., 40., 48., 56., 64.,\n 0., 10., 20., 30., 40., 50., 60., 70.,
80.,\n 0., 12., 24., 36., 48., 60., 72., 84., 96.,\n 0., 14., 28., 42., 56.,
70., 84., 98., 112.,\n 0., 16., 32., 48., 64., 80., 96., 112., 128.,\n 0., 0.,
0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 3., 6., 9., 12., 15., 18., 21., 24.,\n 0.,
6., 12., 18., 24., 30., 36., 42., 48.,\n 0., 9., 18., 27., 36., 45., 54., 63.,
72.,\n 0., 12., 24., 36., 48., 60., 72., 84., 96.,\n 0., 15., 30., 45., 60.,
75., 90., 105., 120.,\n 0., 18., 36., 54., 72., 90., 108., 126., 144.,\n 0.,
21., 42., 63., 84., 105., 126., 147., 168.,\n 0., 24., 48., 72., 96., 120.,
144., 168., 192.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 4., 8., 12., 16.,
20., 24., 28., 32.,\n 0., 8., 16., 24., 32., 40., 48., 56., 64.,\n 0., 12.,
24., 36., 48., 60., 72., 84., 96.,\n 0., 16., 32., 48., 64., 80., 96., 112.,
128.,\n 0., 20., 40., 60., 80., 100., 120., 140., 160.,\n 0., 24., 48., 72.,
96., 120., 144., 168., 192.,\n 0., 28., 56., 84., 112., 140., 168., 196.,
224.,\n 0., 32., 64., 96., 128., 160., 192., 224., 256.,\n 0., 0., 0., 0., 0.,
0., 0., 0., 0.,\n 0., 5., 10., 15., 20., 25., 30., 35., 40.,\n 0., 10., 20.,
30., 40., 50., 60., 70., 80.,\n 0., 15., 30., 45., 60., 75., 90., 105., 120.,\n
0., 20., 40., 60., 80., 100., 120., 140., 160.,\n 0., 25., 50., 75., 100.,
125., 150., 175., 200.,\n 0., 30., 60., 90., 120., 150., 180., 210., 240.,\n
0., 35., 70., 105., 140., 175., 210., 245., 280.,\n 0., 40., 80., 120., 160.,
200., 240., 280., 320.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 6., 12.,
18., 24., 30., 36., 42., 48.,\n 0., 12., 24., 36., 48., 60., 72., 84., 96.,\n
0., 18., 36., 54., 72., 90., 108., 126., 144.,\n 0., 24., 48., 72., 96., 120.,
144., 168., 192.,\n 0., 30., 60., 90., 120., 150., 180., 210., 240.,\n 0., 36.,
72., 108., 144., 180., 216., 252., 288.,\n 0., 42., 84., 126., 168., 210.,
252., 294., 336.,\n 0., 48., 96., 144., 192., 240., 288., 336., 384.,\n 0., 0.,
0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,\n 0., 7., 14., 21., 28., 35., 42., 49., 56.,\n 0.,
14., 28., 42., 56., 70., 84., 98., 112.,\n 0., 21., 42., 63., 84., 105., 126.,
147., 168.,\n 0., 28., 56., 84., 112., 140., 168., 196., 224.,\n 0., 35., 70.,
105., 140., 175., 210., 245., 280.,\n 0., 42., 84., 126., 168., 210., 252.,
294., 336.,\n 0., 49., 98., 147., 196., 245., 294., 343., 392.,\n 0., 56.,
112., 168., 224., 280., 336., 392., 448.,\n 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.,
0.,\n 0., 8., 16., 24., 32., 40., 48., 56., 64.,\n 0., 16., 32., 48., 64., 80.,
96., 112., 128.,\n 0., 24., 48., 72., 96., 120., 144., 168., 192.,\n 0., 32.,
64., 96., 128., 160., 192., 224., 256.,\n 0., 40., 80., 120., 160., 200., 240.,
280., 320.,\n 0., 48., 96., 144., 192., 240., 288., 336., 384.,\n 0., 56.,
112., 168., 224., 280., 336., 392., 448.,\n 0., 64., 128., 192., 256., 320.,
384., 448., 512.])']

assert 2 == 0
 + where 2 = len([<vtkmodules.vtkCommonCore.vtkWeakReference(0x39858c50) at
0x7f79ff7edc60>, <vtkmodules.vtkCommonCore.vtkWeakReference(0x3d6994e0) at
0x7f79ff7eece0>])
ERROR tests/plotting/test_picking.py::test_element_picking[point] -
AssertionError: Not all objects GCed:
  vtkDataArray at 0x7f79fe2c01c0: ['<generator object check_gc at
0x7f79fe129940>', '<managedbuffer object at 0x7f7a23b9adc0>']

assert 1 == 0
 + where 1 = len([<vtkmodules.vtkCommonCore.vtkDataArray(0x40ca3f20) at
0x7f79fe2c01c0>])
= 8702 passed, 147 skipped, 1149 deselected, 9 xfailed, 3 errors in 851.97s
(0:14:11) =
autopkgtest [20:46:02]: test run-unit-tests: -----------------------]
autopkgtest [20:46:02]: test run-unit-tests: - - - - - - - - - - results - - -
- - - - - - -
run-unit-tests FAIL non-zero exit status 1
autopkgtest [20:46:02]: test run-unit-tests-network: preparing testbed

The issue was fixed upstream https://github.com/pyvista/pyvista/pull/8096

The attached patch can be applied to achieve the following:
  * d/p/python3.14_compat.patch: cherry-pick upstream patch to resolve
    Python 3.14 test failure (LP: #2143703).


Thanks for considering the patch.


-- System Information:
Debian Release: forky/sid
  APT prefers questing-updates
  APT policy: (500, 'questing-updates'), (500, 'questing-security'), (500, 'questing'), (100, 'questing-backports')
Architecture: amd64 (x86_64)
Foreign Architectures: i386

Kernel: Linux 6.17.0-14-generic (SMP w/32 CPU threads; PREEMPT)
Kernel taint flags: TAINT_PROPRIETARY_MODULE, TAINT_WARN, TAINT_OOT_MODULE
Locale: LANG=en_US.UTF-8, LC_CTYPE=en_US.UTF-8 (charmap=UTF-8), LANGUAGE=en
Shell: /bin/sh linked to /usr/bin/dash
Init: systemd (via /run/systemd/system)
LSM: AppArmor: enabled
-------------- next part --------------
diff -Nru python-pyvista-0.46.5/debian/patches/python3.14_compat.patch python-pyvista-0.46.5/debian/patches/python3.14_compat.patch
--- python-pyvista-0.46.5/debian/patches/python3.14_compat.patch	1970-01-01 12:00:00.000000000 +1200
+++ python-pyvista-0.46.5/debian/patches/python3.14_compat.patch	2026-03-09 21:47:17.000000000 +1300
@@ -0,0 +1,37 @@
+Description: [PATCH] Test vtk dev with python 3.14 (#8096)
+ Some of the tests fails with Python 3.14 because vtk9 does
+ not collect all the objects. Skip failing tests.
+Author: user27182 <89109579+user27182 at users.noreply.github.com>
+Origin: backport, https://github.com/pyvista/pyvista/commit/f15877cba4fa9090ef21789ec6047923f57c42f8
+Bug: https://github.com/pyvista/pyvista/pull/8096
+Bug-Ubuntu: https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/python-pyvista/+bug/2143703
+Last-Update: 2026-03-10
+
+--- a/tests/plotting/test_picking.py
++++ b/tests/plotting/test_picking.py
+@@ -508,6 +508,7 @@
+
+
+ @pytest.mark.parametrize('mode', ['mesh', 'cell', 'face', 'edge', 'point'])
++ at pytest.mark.skip_check_gc
+ def test_element_picking(mode):
+     class Tracker:
+         def __init__(self):
+--- a/tests/plotting/test_plotting.py
++++ b/tests/plotting/test_plotting.py
+@@ -2025,6 +2025,7 @@
+ 
+ @skip_windows_mesa  # due to opacity
+ @skip_9_0_X
++ at pytest.mark.skip_check_gc
+ def test_volume_rendering_rectilinear(uniform):
+     grid = uniform.cast_to_rectilinear_grid()
+ 
+@@ -3743,6 +3744,7 @@
+ 
+ 
+ @skip_windows_mesa  # due to opacity
++ at pytest.mark.skip_check_gc
+ def test_plotter_volume_lookup_table(uniform):
+     uniform.set_active_scalars('Spatial Point Data')
+ 
diff -Nru python-pyvista-0.46.5/debian/patches/series python-pyvista-0.46.5/debian/patches/series
--- python-pyvista-0.46.5/debian/patches/series	2026-02-09 23:24:56.000000000 +1300
+++ python-pyvista-0.46.5/debian/patches/series	2026-03-09 21:47:17.000000000 +1300
@@ -8,3 +8,4 @@
 fix_test_regex_32bit_PR8154.patch
 warnings_stacklevel_PR8093.diff
 catch_VTK_warnings_PR7863.patch
+python3.14_compat.patch

More information about the debian-science-maintainers mailing list