<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Michael,<br><br></div>I updated the git repository on debichem with the new upstream v1.5:<br><a href="http://anonscm.debian.org/cgit/debichem/packages/libchemps2.git/">http://anonscm.debian.org/cgit/debichem/packages/libchemps2.git/</a><br><br></div><div>If there's anything else I can do, please let me know.<br></div><div><br></div>Best wishes,<br></div>Sebastian<br><div><div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-05-04 13:15 GMT-04:00 Sebastian Wouters <span dir="ltr"><<a href="mailto:sebastianwouters@gmail.com" target="_blank">sebastianwouters@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi Michael,<br><br></div>A little update:<br>I released v1.5 for psi4. chemps2 is going to be part of their alpha release.<br></div><br></div>Now that Jessie is released, would you or one of your colleagues have some time to help me with the packaging?<br><br></div>Best wishes,<br></div>Sebastian<br><br><div><div><div><div><div><br></div></div></div></div></div></div><div><br style="font-family:courier new,monospace"><span style="font-family:courier new,monospace"></span></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-11-30 0:02 GMT-05:00 Sebastian Wouters <span dir="ltr"><<a href="mailto:sebastianwouters@gmail.com" target="_blank">sebastianwouters@gmail.com</a>></span>:<div><div class="h5"><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi Michael,<br><br></div>The git repository is online: <a href="http://anonscm.debian.org/cgit/debichem/packages/libchemps2.git" target="_blank">http://anonscm.debian.org/cgit/debichem/packages/libchemps2.git</a><br><br></div>I discovered this afternoon that CMake provides an easy way to create a "make test" target (with CTest). I've added it upstream and to the debichem libchemps git repo.<br><br>And it's also possible now to use an entry in DEB_BUILD_OPTIONS {nocheck, partialcheck (actually anything that doesn't contain nocheck or fullcheck), fullcheck} to switch between test sets:<br><a href="http://anonscm.debian.org/cgit/debichem/packages/libchemps2.git/tree/debian/rules" target="_blank">http://anonscm.debian.org/cgit/debichem/packages/libchemps2.git/tree/debian/rules</a><br>The fullcheck takes 913 seconds on two cores, and the partialcheck 56 seconds.<br><br></div>Who do I best contact to inform about the python interface?<br><br></div>Thank you for your help so far!<br><br></div>Best regards,<br>Sebastian<br><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-11-29 16:23 GMT-05:00 Sebastian Wouters <span dir="ltr"><<a href="mailto:sebastianwouters@gmail.com" target="_blank">sebastianwouters@gmail.com</a>></span>:<div><div><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Michael,<br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-11-29 14:25 GMT-05:00 Michael Banck <span dir="ltr"><<a href="mailto:mbanck@debian.org" target="_blank">mbanck@debian.org</a>></span>:<span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Sebastian,<br>
<span><br>
On Sat, Nov 29, 2014 at 12:12:49AM -0500, Sebastian Wouters wrote:<br>
> In my last mail I forgot to CC the mailing list, so that's why part of<br>
> the mail will seem familiar.<br>
><br>
>  - My freshly created account on alioth is "sebwouters-guest".<br>
<br>
</span>Ok, I've added you to the project now, welcome!<br>
<span><br>
>  - Do I just need to provide the modified libchemps2-1.4 source (with<br>
> patches) and the debian/ folder (with patches) on the debichem git repo?<br>
<br>
</span>I have to admit I haven't been using git for packaging yet, so I hope<br>
somebody else can answer this.  I think most people are using<br>
pristine-tar for the handling of upstream code in git.<br></blockquote><div><br></div></span><div>I'll try to get the things for the C++ library uploaded today.<br></div><span><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<span><br>
>  - Thus far, I have only worked out the C++ shared library and development<br>
> files, but there's in fact also a python interface (PyCheMPS2) which would<br>
> be nice to have as a third library in the package.<br>
<br>
</span>Which one is used by the external packages you mentioned in your first<br>
mail?  In any case, exposing the python package does not make sense at<br>
some point IMO.  If you don't have a lot of experience with python<br>
packages, somebody else from the team can take a look at some point if<br>
you want.<br></blockquote><div><br></div></span><div>psi4 uses the C++ library directly, pyscf uses the python interface to the library, and I don't know about horton at this point, although I assume they also want to use the python interface.<br></div><div>I think it would be good to have the python bindings as a third part of the libchemps2 package.<br></div><div><div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<span><br>
>  - A second thing which I still need to figure out is how to run the tests<br>
> of the shared C++ / Python library. They're not intended for users to<br>
> install as an executable, but it might be good to run these tests after the<br>
> buildd deamon has finished.<br>
<br>
</span>In general (and I haven't looked at your package yet), there's two ways<br>
to runs tests: (i) as part of the package building process and (ii)<br>
after package installation using the autopkgtest framework[1].<br>
<br>
We have not done a lot with autopkgtest so far (but this is an important<br>
topic we should tackle after the jessie release), but we try to run<br>
testsuites during build whenever possible.<br>
<br>
I try to keep the following in mind when doing (i):<br>
<br>
1. If debhelper's dh is used, dh_auto_test should run tests<br>
automatically, but this is seldom the case for chemistry software. So we<br>
usually add an override_dh_auto_test target, which runs the testsuite.<br>
<br>
2. I honor DEB_BUILD_OPTIONS=nocheck - if that is set, tests are not<br>
run, see e.g. the mpqc package.<br>
<br>
3. In general, I make test suite failures non-fatal for the build, and<br>
review the build logs for problems instead, also done in the mpqc<br>
package.<br>
<br>
4. depending on how long the testsuite takes (some take a very long<br>
time, especially on lower-powered autobuilders), I only enable a couple<br>
of tests which cover the functionality users are most likely to require.<br>
This is either done via patch to upstream, or some Debian-specific<br>
test-configuration from debian/.<br>
<br>
5. If I do 4., then I try to add an option so that passing<br>
DEB_BUILD_OPTIONS=fullcheck runs the full testsuite optionally.  See<br>
the libint2 package (only in subversion so far) for that.<br>
<br>
Does that answer your question?<br>
<br></blockquote></div></div><div>That answers my question. I'll take a look at mpqc. Thanks!<br></div><span><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<br>
Michael<br>
<br>
[1] <a href="http://anonscm.debian.org/gitweb/?p=autopkgtest/autopkgtest.git;a=blob_plain;f=doc/README.package-tests.rst;hb=HEAD" target="_blank">http://anonscm.debian.org/gitweb/?p=autopkgtest/autopkgtest.git;a=blob_plain;f=doc/README.package-tests.rst;hb=HEAD</a><br>
</blockquote></span></div><span><font color="#888888"><br></font></span></div><span><font color="#888888"><div class="gmail_extra">Sebastian<br><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><br style="font-family:courier new,monospace"><span style="font-family:courier new,monospace"></span></div></div></div></div>
</div></font></span></div>
</blockquote></div></div></div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><br style="font-family:courier new,monospace"><span style="font-family:courier new,monospace"></span></div></div></div></div>
</div></div>
</blockquote></div></div></div><br clear="all"><span class=""></span></div></blockquote></div>
</div></div></div></div></div></div>