<div dir="ltr"><div><div>Hi Andreas, <br><br>For now I wrote simple test which runs over all .py and .pml scripts inside specific directory and tries to run them with pymol with -c flag (for now this script doesn't care if python errors appear during run - it only checks that pymol closes as expected). This is made because some of these scripts (located in `data` and `examples` directories in upstream source tree) use data from other directories in relative paths and write to the folder where they are located in. I symlink them to temporary directory. I haven't solved usage of files from relative paths yet, that's why this leads to python exceptions, but pymol still closes as expected.<br></div>Incorrect paths are present in installed example scripts, for example, in /usr/share/doc/pymol/examples/generate_amber.py there is a line:<br><br>    model= io.pdb.fromFile("../../test/dat/pept.pdb")<br></div><br>Since in installation this path is incorrect, this script also raises python exception (but pymol command line closes as expected). I don't know how to deal with these relative files. I can fix as many examples as I could to make them find input parameters correctly when they are installed, or write several examples by myself. What is a better solution?<br><div><div><br>I've updated patches 22 and 31 and fixed several lintian warnings.<br><br>Is this bug in the same state as it was? <a href="https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=506202">https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=506202</a> - I can fix it too, if no one fixed it yet.<br><br>For now I'll add a testsuite for apbs (it will be very simple, but probably it would help make it work with pdb2pqr).<br><br></div><div>Tanya.<br></div></div></div>