<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi Andreas,<br><br></div>Could you please take a look at pymol?<br></div>I made almost everything possible, except solving this warnings (but I can fix them too):<br><br>   I: pymol: desktop-entry-lacks-keywords-entry usr/share/applications/pymol.desktop<br>   W: pymol: command-in-menu-file-and-desktop-file pymol usr/share/menu/pymol:7<br><br></div>I install examples/ to /usr/share/pymol (as a part of pymol-data package), because when pymol is installed from sourceforge sources, this directory is installed to the same place where scripts/ and data/ are installed. Some scripts from examples/ use files from test/data/, I also install these files. I also added patch to make these scripts callable from different directory to allow save results to current directory and not to lose test/data/ files (if they are used) at the same time.<br><br></div><div>Tanya.<br></div><br><div><div><div><div><div><br></div></div></div></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-08-01 18:47 GMT+03:00 Andreas Tille <span dir="ltr"><<a href="mailto:tille@debian.org" target="_blank">tille@debian.org</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
just to let you know:  I have moved pymol to<br>
<br>
   <a href="https://anonscm.debian.org/git/debichem/packages/pymol.git" rel="noreferrer" target="_blank">https://anonscm.debian.org/<wbr>git/debichem/packages/pymol.<wbr>git</a><br>
<br>
and I can care for stripping jquery.js later today.<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
      Andreas.<br>
<div><div class="h5"><br>
On Thu, Jul 28, 2016 at 09:54:15AM +0200, Andreas Tille wrote:<br>
> Hi once again,<br>
><br>
> it seems the upstream source needs to be repackaged due to the<br>
> compressed copy of jquery (modules/web/examples/<wbr>sample13/jquery.js).<br>
> The fact that a source tarball needs to be repackaged is IMHO a good<br>
> reason for moving the packaging to Git to make sure that all developers<br>
> are working on a md5sum identical orig.tar.xz.  I'd volunteer to do<br>
> the migration if nobody insists.<br>
><br>
> Kind regards<br>
><br>
>        Andreas.<br>
><br>
> On Wed, Jul 27, 2016 at 10:42:05PM +0200, Andreas Tille wrote:<br>
> > Hi again,<br>
> ><br>
> > I commited two changes to SVN (fix changelog, remove strange file<br>
> > monkeypatch_distutils.pyc no idea how to do this better).  When trying<br>
> > to build in pbuilder this (expectedly) failed due to the pinning to a<br>
> > certain libpng12-0 version which does not exist in debian unstable.  I<br>
> > stumbled upon this after sending my previous mail and now I'm wondering<br>
> > what might have been your motivation for this.<br>
> ><br>
> > Kind regards<br>
> ><br>
> >       Andreas.<br>
> ><br>
> > On Wed, Jul 27, 2016 at 09:57:29PM +0200, Andreas Tille wrote:<br>
> > > Hi Tanya,<br>
> > ><br>
> > > I noticed you have created changelog entries for 1.8.2.1 so you seem to<br>
> > > have managed to update the patches and build the new version, right?<br>
> > ><br>
> > > Could you please merge both entries for 1.8.2.1-1 (UNRELEASED) and<br>
> > > 1.8.2.1-2?<br>
> > ><br>
> > > On Wed, Jul 27, 2016 at 07:44:51PM +0300, merlettaia wrote:<br>
> > > > Hi Andreas,<br>
> > > ><br>
> > > > For now I wrote simple test which runs over all .py and .pml scripts inside<br>
> > > > specific directory and tries to run them with pymol with -c flag (for now<br>
> > > > this script doesn't care if python errors appear during run - it only<br>
> > > > checks that pymol closes as expected). This is made because some of these<br>
> > > > scripts (located in `data` and `examples` directories in upstream source<br>
> > > > tree) use data from other directories in relative paths and write to the<br>
> > > > folder where they are located in. I symlink them to temporary directory. I<br>
> > > > haven't solved usage of files from relative paths yet, that's why this<br>
> > > > leads to python exceptions, but pymol still closes as expected.<br>
> > > > Incorrect paths are present in installed example scripts, for example, in<br>
> > > > /usr/share/doc/pymol/examples/<wbr>generate_amber.py there is a line:<br>
> > > ><br>
> > > >     model= io.pdb.fromFile("../../test/<wbr>dat/pept.pdb")<br>
> > > ><br>
> > > > Since in installation this path is incorrect, this script also raises<br>
> > > > python exception (but pymol command line closes as expected).<br>
> > ><br>
> > > I admit I'm not fully sure if I understand all this but for me this<br>
> > > sounds like another quilt patch would be needed to fix the pathes.<br>
> > ><br>
> > > > I don't know<br>
> > > > how to deal with these relative files. I can fix as many examples as I<br>
> > > > could to make them find input parameters correctly when they are installed,<br>
> > > > or write several examples by myself. What is a better solution?<br>
> > ><br>
> > > Hard to say.  May be users might know some of these examples from<br>
> > > anywhere else than Debian and want to run these.  Moreover if you manage<br>
> > > to fix these examples this could be forwarded upstream which is in the<br>
> > > interest of all users.<br>
> > ><br>
> > > > I've updated patches 22 and 31 and fixed several lintian warnings.<br>
> > ><br>
> > > Very nice!<br>
> > ><br>
> > > > Is this bug in the same state as it was?<br>
> > > > <a href="https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=506202" rel="noreferrer" target="_blank">https://bugs.debian.org/cgi-<wbr>bin/bugreport.cgi?bug=506202</a> - I can fix it<br>
> > > > too, if no one fixed it yet.<br>
> > ><br>
> > > Cool, I filed a bug 8 years ago.  I do not even remember. :-)  If there<br>
> > > is nothing in the bug log and neither in the packaging it is probably<br>
> > > not fixed.  I would not really call it a show stoper for an upload but<br>
> > > if you would fix this it would be nice.<br>
> > ><br>
> > > > For now I'll add a testsuite for apbs (it will be very simple, but probably<br>
> > > > it would help make it work with pdb2pqr).<br>
> > ><br>
> > > Very good job so far.<br>
> > ><br>
> > > Thanks a lot for your work on this<br>
> > ><br>
> > >       Andreas.<br>
> > ><br>
> > > --<br>
> > > <a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
> > ><br>
> > ><br>
> ><br>
> > --<br>
> > <a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
> ><br>
> ><br>
><br>
> --<br>
> <a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
><br>
</div></div>> ______________________________<wbr>_________________<br>
> Debichem-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:Debichem-devel@lists.alioth.debian.org">Debichem-devel@lists.alioth.<wbr>debian.org</a><br>
> <a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/debichem-devel" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.alioth.debian.<wbr>org/cgi-bin/mailman/listinfo/<wbr>debichem-devel</a><br>
><br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
<a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Best wishes, <br></div><div>Tanya.<br></div></div></div></div>
</div>