<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Michael,<div><br></div><div>Thanks for the quick reply.</div><div><br></div><div><blockquote type="cite"><div>If you install the 'fsl' package, in addition to 'fsl-4.1' you'll have<br>that link as well, but you can also just source the versioned config<br>file directly with no side-effects.<br></div></blockquote></div><div><br></div><div>I'm fairly new to Linux, so please bare with me. </div><div>I did what you said, source the versioned config file. Or at least I think I did that.</div><div><br></div><div>To source I wrote on the terminal "$. /etc/fsl/4.1/fsl.sh", which is the correct path. Is there anything else I need to do to source the config file? </div><div>Perhaps this is the issue and I'm doing it wrong.</div><div><br></div><div><blockquote type="cite"><div>FSLPARALLEL should be set to 'condor'.<br><br>Is that the case?</div></blockquote></div><div><br></div><div>Inside the file "fsl.sh" there is a paragraph dedicated to parallel processing using SGE.</div><div>It says #FSLPARALLEL=1. My question is, do I have to modify the fsl.sh to say "FSLPARALLEL=condor" uncommented? </div><div>Or do I just write in terminal "$ export FSLPARALLEL=condor" to set the variable?</div><div><br></div><div>Thanks again</div><div><br></div><div>Best regards</div><div><br></div><div>Eduardo </div><div><br></div><div><br></div><div><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><br><br></div></span></div></span></div></span></div></span></span>
</div>
<br><div><div>On Aug 14, 2012, at 2:18 AM, Michael Hanke wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>On Mon, Aug 13, 2012 at 11:06:15AM -0500, Eduardo Garza wrote:<br><blockquote type="cite">Dear all,<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Thanks for the great tutorial Parallelizing FSL, however I have a problem.<br></blockquote><blockquote type="cite">I did all the steps and exported the variable before running fsl but it's<br></blockquote><blockquote type="cite">not working. I'm using Ubuntu 12.04 LTS 64 bit. Condor was easily<br></blockquote><blockquote type="cite">installed, and the exported variable is showing in env.<br></blockquote><blockquote type="cite">Do I have to redirect Condor? fsl.sh is not on /etc/fsl/fsl.sh but in<br></blockquote><blockquote type="cite">/etc/fsl/4.1/fsl.sh.<br></blockquote><br>If you install the 'fsl' package, in addition to 'fsl-4.1' you'll have<br>that link as well, but you can also just source the versioned config<br>file directly with no side-effects.<br><br><blockquote type="cite">Do I need to change anything in fsl.sh? Like the FSLPARALLEL=1?<br></blockquote><br>FSLPARALLEL should be set to 'condor'.<br><br>Is that the case?<br><br>Michael<br><br>-- <br>Michael Hanke<br><a href="http://mih.voxindeserto.de">http://mih.voxindeserto.de</a><br></div></blockquote></div><br></div></body></html>