<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif; "><div>Hi FSL and Neurodebian Lists,</div><div><br></div><div>I have found a bug in the Neurodebian version of fsl_sub (not sure if it is Neurodebian specific or present upstream in the FSL source as well).  </div><div><br></div><div>Inside of the -q case:</div><div><br></div><div><div>    -q)</div><div>      queue="-q $2"</div><div>      qconf -sql | grep ^$queue 2>&1 >/dev/null</div><div>      if [ $? -eq 1 ]; then</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">  </span>  echo "Invalid queue specified!"</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>  exit 127</div><div>      fi</div><div>      shift;;</div></div><div><br></div><div>the flag -q is specified in the $queue variable before the qconf -sql test, which causes the grep pipe to fail.  </div><div><br></div><div>This can be changed like this:</div><div><br></div><div><div>      qconf -sql | grep ^$2 2>&1 >/dev/null</div></div><div><br></div><div>Other points:</div><div><br></div><div>POSIXLY_CORRECT is set by fsl_sub, however it causes some scripts to have errors (FreeSurfer recon-all is one example, fsl_prepare_fieldmap that is distributed with FSL is another):</div><div>POSIXLY_CORRECT=1</div><div><div>export POSIXLY_CORRECT</div></div><div><br></div><div>This should probably be unset after the arguments are parsed with getopt:</div><div>unset POSIXLY_CORRECT</div><div><br></div><div>Finally, FSLPARALLEL appears not to be exported in the Neurodebian version of /etc/fsl/5.0/fsl.sh.  </div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Matt.</div></body></html>