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<div>
<div>
<div>I submitted a bug report to bugs.debian.org</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="http://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=693373">http://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=693373</a></div>
<div><br>
</div>
<div>Philip</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: medium; "><font class="Apple-style-span" face="Consolas,monospace">Philip B. Chase</font></div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: medium; "><font class="Apple-style-span" face="Consolas,monospace">Assistant Director</font></div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: medium; "><font class="Apple-style-span" face="Consolas,monospace">Clinical and Translational Science IT</font></div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: medium; "><font class="Apple-style-span" face="Consolas,monospace">University of Florida</font></div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: medium; "><font class="Apple-style-span" face="Consolas,monospace">pbc@ufl.edu</font></div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Consolas, monospace; ">352-294-5164</span></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
<span id="OLK_SRC_BODY_SECTION">
<div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt">
<span style="font-weight:bold">From: </span><Chase>, Philip Chase <<a href="mailto:pbc@ufl.edu">pbc@ufl.edu</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Date: </span>Tuesday, November 6, 2012 3:03 PM<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span>"<a href="mailto:neurodebian-users@lists.alioth.debian.org">neurodebian-users@lists.alioth.debian.org</a>" <<a href="mailto:neurodebian-users@lists.alioth.debian.org">neurodebian-users@lists.alioth.debian.org</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Subject: </span>[Neurodebian-users] FSL randomise_parallel has a bashism that causes the defragmentation step to fail under dash<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<div>
<div>
<div>Where should I report a bug in FSL—neurodebian packaged fsl-5.0, 5.0.0-1~nd60+1 ?  </div>
<div><br>
</div>
<div>I found a bug in randomise_parallel that causes the defragmentation step to fail at the end of the randomise run.  The error  log of the defragment job shows </div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>./GM_mod_merg_s3.defragment: 15: Bad substitution</div>
<div>./GM_mod_merg_s3.defragment: 15: Bad substitution</div>
<div>...</div>
<div>./GM_mod_merg_s3.defragment: 15: Bad substitution</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>If the shell is changed from dash to bash the defragment jobs works fine.  This patch does the trick:</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>diff --git a/randomise_parallel b/randomise_parallel</div>
<div>index dc112c9..589033c 100755</div>
<div>--- a/randomise_parallel</div>
<div>+++ b/randomise_parallel</div>
<div>@@ -128,7 +128,7 @@ GENERATE_ID=`$FSLDIR/bin/fsl_sub -T ${REQUESTED_TIME} -N ${BASENAME}.generate -l</div>
<div> </div>
<div> #stage2:</div>
<div> cat <<combineScript > ${DIRNAME}/${BASENAME}.defragment</div>
<div>-#!/bin/sh</div>
<div>+#!/bin/bash</div>
<div> echo "Merging stat images"</div>
<div> for FIRSTSEED in ${ROOTNAME}_SEED1_*_p_*.nii.gz ${ROOTNAME}_SEED1_*_corrp_*.nii.gz ; do </div>
<div>   ADDCOMMAND=""</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Where do I report this?  FSL seems to have no bug reporting mechanism, while <a href="http://neuro.debian.net/pkgs/fsl.html">http://neuro.debian.net/pkgs/fsl.html</a> directs me to this list and not a bug reporting site.</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div>Philip</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: medium; "><font class="Apple-style-span" face="Consolas,monospace">Philip B. Chase</font></div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: medium; "><font class="Apple-style-span" face="Consolas,monospace">Assistant Director</font></div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: medium; "><font class="Apple-style-span" face="Consolas,monospace">Clinical and Translational Science IT</font></div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: medium; "><font class="Apple-style-span" face="Consolas,monospace">University of Florida</font></div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: medium; "><font class="Apple-style-span" face="Consolas,monospace"><a href="mailto:pbc@ufl.edu">pbc@ufl.edu</a></font></div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Consolas, monospace; ">352-294-5164</span></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</span>
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