<div dir="ltr">Hi Peter,<div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">I am glad you solved this and special thanks for posting the details!</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Michael</div>
<div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 24, 2013 at 3:28 PM, Kirsch, Peter <span dir="ltr"><<a href="mailto:Peter.Kirsch@zi-mannheim.de" target="_blank">Peter.Kirsch@zi-mannheim.de</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div lang="DE" link="blue" vlink="purple"><div><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1f497d">Hi again,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1f497d">I now found the reason for my problem.  (it always takes a long time until I find time to revisit such problems). I just post my finding for the case that anyone else experiences the same problem and searches for a solution. The crude behavior (wrong number of dicom files found) is only observable when the dicom files are stored on a samba share. When converting locals files, everything works on Ubuntu as fine as on other distributions. It’s independent of the dcm2nii version (true for NeuroDebian and Centos Version) . Seems that it’s neither a direct dcm2nii problem nor a NeurDebian version problem but an interaction between dcm2nii and Ubuntu. Both, dinifti and mriconvert find the correct number of files (and dinifti works with IMA).<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1f497d">Best, Peter<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><div style="border:none;border-top:solid #b5c4df 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">Von:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Michael Hanke [mailto:<a href="mailto:michael.hanke@gmail.com" target="_blank">michael.hanke@gmail.com</a>] <br>
<b>Gesendet:</b> Donnerstag, 28. März 2013 11:56<br><b>An:</b> Kirsch, Peter<br><b>Cc:</b> <a href="mailto:neurodebian-users@lists.alioth.debian.org" target="_blank">neurodebian-users@lists.alioth.debian.org</a><br><b>Betreff:</b> Re: [Neurodebian-users] Problem with dcm2nii<u></u><u></u></span></p>
</div><div><div class="h5"><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">Hi,<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">On Thu, Mar 28, 2013 at 11:39 AM, Kirsch, Peter <<a href="mailto:Peter.Kirsch@zi-mannheim.de" target="_blank">Peter.Kirsch@zi-mannheim.de</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
<div><div><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Sorry for not answering, I did not receive your replies (Anyway, thanks for the fast response). I now subscribed to the list…</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">
<span lang="EN-US">It might indeed be the case that I replaced the May 5 version with the December 12 version from my CentOS machine (I thought I did it the other way around) but in any case: the behavior did not differ at all.</span><u></u><u></u></p>
</div></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Does that mean you are seeing the problematic behavior with the NeuroDebian version from May _and_<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">
with a Centos version from December on the same Ubuntu machine, but it works on Centos?<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">This would be surprising, as dcm2nii is self-contained and doesn't use any system libs:<u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal">% ldd /usr/bin/dcm2nii<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">            not a dynamic executable<u></u><u></u></p></div><div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">If you can confirm this, we might need to look for reasons beyond the scope of dcm2nii.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal">As a sidenote: what happens if you run 'dinifti' from the 'dicomnifiti' package on the files?<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Not sure if it handles IMA files, but it should work fine for DICOMs<u></u><u></u></p>
</div></div></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Michael<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div><p class="MsoNormal">-- <u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal">Michael Hanke<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><a href="http://mih.voxindeserto.de" target="_blank">http://mih.voxindeserto.de</a><u></u><u></u></p>
</div><div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div></div></div></div></div></div></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div>Michael Hanke</div><div><a href="http://mih.voxindeserto.de" target="_blank">http://mih.voxindeserto.de</a></div>
<div><div><br></div></div></div>
</div></div>