<div dir="ltr">Hi Yaroslav,<div><br></div><div>Debian/rules the executable file? Will this configure the source FSL files for me? Because that would be fantastic.</div><div><br></div><div>$ <span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">apt-cache policy libgd2-noxpm-dev libgd2-noxpm</span><br>
</div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">returns</span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
</span></div><div><div><font face="arial, sans-serif">libgd2-noxpm-dev:</font></div><div><font face="arial, sans-serif">  Installed: (none)</font></div><div><font face="arial, sans-serif">  Candidate: 2.0.36~rc1~dfsg-6ubuntu2</font></div>
<div><font face="arial, sans-serif">  Version table:</font></div><div><font face="arial, sans-serif">     2.0.36~rc1~dfsg-6ubuntu2 0</font></div><div><font face="arial, sans-serif">        500 <a href="http://archive.ubuntu.com/ubuntu/">http://archive.ubuntu.com/ubuntu/</a> precise/main amd64 Packages</font></div>
<div><font face="arial, sans-serif">libgd2-noxpm:</font></div><div><font face="arial, sans-serif">  Installed: (none)</font></div><div><font face="arial, sans-serif">  Candidate: 2.0.36~rc1~dfsg-6ubuntu2</font></div><div>
<font face="arial, sans-serif">  Version table:</font></div><div><font face="arial, sans-serif">     2.0.36~rc1~dfsg-6ubuntu2 0</font></div><div><font face="arial, sans-serif">        500 <a href="http://archive.ubuntu.com/ubuntu/">http://archive.ubuntu.com/ubuntu/</a> precise/main amd64 Packages</font></div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Thanks,</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Dillon</div><div><br>
</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div dir="ltr"><font color="#666666" face="arial, helvetica, sans-serif">Dillon Niederhut</font><div><font color="#666666" face="arial, helvetica, sans-serif">Doctoral Candidate</font></div>
<div><font color="#666666" face="arial, helvetica, sans-serif">University of California, Berkeley</font></div><div><font color="#666666" face="arial, helvetica, sans-serif">Department of Anthropology</font></div><div><font color="#666666" face="arial, helvetica, sans-serif">232 Kroeber Hall</font></div>
<div><font color="#666666" face="arial, helvetica, sans-serif">Berkeley, CA 94720</font></div><div><font color="#666666" face="arial, helvetica, sans-serif"><a href="http://deniederhut.strikingly.com" target="_blank">deniederhut.strikingly.com</a></font></div>
</div></div>
<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 20, 2014 at 5:48 AM, Yaroslav Halchenko <span dir="ltr"><<a href="mailto:debian@onerussian.com" target="_blank">debian@onerussian.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class=""><br>
On Thu, 19 Jun 2014, Dillon Niederhut wrote:<br>
>    Thanks for the comments! Sorry for not being more precise. I installed FSL<br>
>    from the neurodebian repo, and all the normal stuff works fine. The good<br>
>    folks at FMRIB have sent me some experimental analysis tools that require<br>
>    setup and compiling. I could not get them to compile using the files and<br>
>    instructions they sent. The readme essentially says to untar the folder<br>
>    (which contains a makefile, dependencies, etc), run <br>
>    $ . setup.sh <br>
>    , then run <br>
>    $ make <br>
>    It seems that my installation is lacking "a compatible devel package",<br>
>    which has the default make, config, and include files that the setup<br>
>    scripts were expecting.<br>
>    I've been told that I have two options:<br>
>    1. Uninstall neurodebian FSL and try to build the source FSL myself<br>
<br>
</div>probably not even needed to uninstall neurodebian FSL since it is not in<br>
the way unless you source /etc/fsl/fsl.sh.<br>
<div class=""><br>
>    2. Download the source version of FSL, then customize those config files<br>
>    to match the neurodebian libraries and executables<br>
<br>
</div>I guess you could indeed<br>
<br>
a. fakeroot debian/rules install # should build and install under debian/<br>
b. and then build your custom tool using this freshly built fsl<br>
<div class=""><br>
<br>
>    My questions would more precisely have been stated as:<br>
>    1. Does neurodebian already have the FSL devel package? If so, how can I<br>
>    install it?<br>
<br>
</div>not that I am aware of, Michael would know better<br>
<div class=""><br>
>    2. If not, is there documentation on editing source FSL config files to<br>
>    work with neurodebian?<br>
<br>
</div>all the patches are under debian/patches and all the 'build' steps are<br>
within debian/rules -- but that one is quite "evolved" by now<br>
<div class=""><br>
>    I've attached the makefile, in case that will be of any help. <br>
>    Running:<br>
>    $ sudo apt-get build-dep fsl<br>
>    throws this dependency error:<br>
>    <The following packages have unmet dependencies:<br>
>     libgd2-noxpm-dev : Depends: libgd2-noxpm (= 2.0.36~rc1~dfsg-6ubuntu2) but<br>
>    it is not going to be installed<br>
<br>
</div>what is output of<br>
<br>
apt-cache policy libgd2-noxpm-dev libgd2-noxpm<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
?<br>
<br>
--<br>
Yaroslav O. Halchenko, Ph.D.<br>
<a href="http://neuro.debian.net" target="_blank">http://neuro.debian.net</a> <a href="http://www.pymvpa.org" target="_blank">http://www.pymvpa.org</a> <a href="http://www.fail2ban.org" target="_blank">http://www.fail2ban.org</a><br>

Research Scientist,            Psychological and Brain Sciences Dept.<br>
Dartmouth College, 419 Moore Hall, Hinman Box 6207, Hanover, NH 03755<br>
Phone: <a href="tel:%2B1%20%28603%29%20646-9834" value="+16036469834">+1 (603) 646-9834</a>                       Fax: <a href="tel:%2B1%20%28603%29%20646-1419" value="+16036461419">+1 (603) 646-1419</a><br>
WWW:   <a href="http://www.linkedin.com/in/yarik" target="_blank">http://www.linkedin.com/in/yarik</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Neurodebian-users mailing list<br>
<a href="mailto:Neurodebian-users@lists.alioth.debian.org">Neurodebian-users@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/neurodebian-users" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/neurodebian-users</a></div></div></blockquote></div><br></div>