<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>
</head>
<body fpstyle="1" ocsi="0">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">
<div style="font-family: arial, sans-serif; font-size: medium; position: relative; min-height: 100%;">
<div class="nH" style="width: 1324px;">
<div class="nH" style="position: relative;">
<div class="nH">
<div class="no" style="float: left;">
<div class="nH nn" style="min-height: 1px; float: left; width: 1122px;">
<div class="nH">
<div class="nH">
<div class=" ar4 z">
<div id=":5" class="aeH"><br>
</div>
<div class="AO" style="position: relative;">
<div id=":4" class="Tm aeJ" style="background-image: none; overflow-y: scroll; padding-right: 14px; height: 779px; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;">
<div id=":2" class="aeF" style="padding: 0px; vertical-align: bottom; min-height: 353px;">
<div class="nH">
<div class="nH" role="main">
<div class="nH g" style="color: rgb(34, 34, 34);">
<div class="nH"></div>
<div class="nH">
<div class="nH">
<div class="mq" style="background-color: rgba(243, 243, 243, 0.85098); bottom: 0px; height: 27px; left: 0px; margin: 9px 0px; padding: 0px 7px 0px 0px; position: static; right: 0px; z-index: auto; border: 1px solid transparent; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;">
<table class="ae6" style="width: 1083px; border-spacing: 0px; border-collapse: collapse; white-space: nowrap; table-layout: fixed; overflow: hidden;">
<tbody>
<tr>
<td class="aBC" style="margin: 0px; padding: 0px;">
<div id=":2ku" class="mB" style="font-size: 11px; color: rgb(102, 102, 102); padding: 8px 1ex 0px 2px; float: right;">
Web Clip</div>
<div id=":2kt" class="mv" style="color: rgb(34, 34, 34); font-size: 13px; padding-left: 8px; padding-bottom: 2px; overflow: hidden;">
<div class="aBD" style="padding-top: 6px;">
<table class="Bs nH iY" cellpadding="0" role="presentation" style="position: static !important; border-spacing: 0px; padding: 0px; border-collapse: collapse; width: 1092px;">
<tbody>
<tr>
<td class="Bu" style="margin: 0px; vertical-align: top; padding: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
<div class="Bt" style="height: 0px; overflow: hidden; width: auto !important;"></div>
<div class="nH if" style="padding: 0px 0px 1px; margin: 0px 30px 8px 8px;">
<div class="nH">
<div class="hj" style="font-size: 13px; padding: 0px !important;">
<div class="ade" style="float: right;"><span class="hk J-J5-Ji" style="position: relative; display: inline-block; padding: 0px !important; float: none;">
<div id=":2ki" class="T-I J-J5-Ji T-I-JN L3" role="button" tabindex="0" data-tooltip="Print all" aria-label="Print all" style="position: relative; display: inline-block; border-top-left-radius: 0px; border-top-right-radius: 0px; border-bottom-right-radius: 0px; border-bottom-left-radius: 0px; cursor: default; text-align: center; white-space: nowrap; margin-right: 1px; height: 21px; line-height: 21px; min-width: 0px; outline: 0px; padding: 0px; border: 1px solid transparent; -webkit-user-select: none;">
<span class="SD"><img class="g1 T-I-J3" src="https://mail.google.com/mail/u/0/images/cleardot.gif" alt="Print all" style="background-image: url(https://ssl.gstatic.com/mail/sprites/general-51d583f1fd064eadd1975a8bdef3ef93.png); width: 21px; height: 21px; vertical-align: middle; margin-top: -3px; opacity: 0.55; background-position: 0px -104px; background-repeat: no-repeat no-repeat;" title="Click to Resize"></span></div>
</span><span class="hk J-J5-Ji" style="position: relative; display: inline-block; padding: 0px !important; float: none;">
<div id=":2kh" class="T-I J-J5-Ji T-I-JN L3" role="button" tabindex="0" data-tooltip="In new window" aria-label="In new window" style="position: relative; display: inline-block; border-top-left-radius: 0px; border-top-right-radius: 0px; border-bottom-right-radius: 0px; border-bottom-left-radius: 0px; cursor: default; text-align: center; white-space: nowrap; margin-right: 1px; height: 21px; line-height: 21px; min-width: 0px; outline: 0px; padding: 0px; border: 1px solid transparent; -webkit-user-select: none;">
<span class="SD"><img class="gZ T-I-J3" src="https://mail.google.com/mail/u/0/images/cleardot.gif" alt="In new window" style="background-image: url(https://ssl.gstatic.com/mail/sprites/general-51d583f1fd064eadd1975a8bdef3ef93.png); width: 21px; height: 21px; vertical-align: middle; margin-top: -3px; opacity: 0.55; background-position: 0px -242px; background-repeat: no-repeat no-repeat;"></span></div>
</span></div>
</div>
<div class="nH">
<div class="ha" style="color: rgb(34, 34, 34); background-image: inherit; background-size: inherit; background-attachment: inherit; background-origin: inherit; background-clip: inherit; background-color: transparent; border-right-width: inherit; border-right-style: inherit; border-right-color: inherit; font-size: 18px; margin: 12px 1px 9px 0px; padding: 0px 0px 0px 8px;">
</div>
</div>
</div>
<div class="nH aHU" style="position: relative;">
<div class="nH hx" style="background-color: transparent; color: rgb(34, 34, 34); padding: 4px 8px 4px 0px; min-width: 502px;">
<div class="nH">
<div class="h7  ie nH oy8Mbf" tabindex="-1" style="clear: both; padding-bottom: 0px; max-width: 100000px; outline-style: none;">
<div class="Bk" style="position: relative; margin-bottom: 0px; border-width: 0px; border-top-style: solid; border-top-color: rgb(239, 239, 239); border-top-left-radius: 0px; border-top-right-radius: 0px; border-bottom-right-radius: 0px; border-bottom-left-radius: 0px; float: none !important; width: 817px;">
<div class="G3 G2" style="padding-top: 0px; background-color: transparent; border-width: 1px 0px 0px; border-bottom-color: rgb(216, 216, 216); border-top-style: solid; border-top-color: rgb(216, 216, 216); border-top-left-radius: 0px; border-top-right-radius: 0px; border-bottom-right-radius: 0px; border-bottom-left-radius: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px;">
<div id=":2jx">
<div class="adn ads" style="border-left-width: 1px; border-left-style: solid; border-left-color: transparent; padding-bottom: 20px; padding-left: 4px;">
<div class="gs" style="margin-left: 30px;">
<div class="gE iv gt" style="padding: 10px 0px 3px; cursor: auto; font-size: 13px;">
Dear all,</div>
<div class="gE iv gt" style="padding: 10px 0px 3px; cursor: auto; font-size: 13px;">
I have been trying to narrow down the problem further. When I type condor_q -long <jobID> for one of the failed jobs, I get the information that Owner = brain and User= brain@neurodebian.</div>
<div class="gE iv gt" style="padding: 10px 0px 3px; cursor: auto; font-size: 13px;">
When I then go to the filer that produced the 'permission denied' message, and type ls-l it says: drwxrwx--- 1 root vboxsf 2042 Jan 21 12:53 FOLDERNAME.</div>
<div class="gE iv gt" style="padding: 10px 0px 3px; cursor: auto; font-size: 13px;">
Could this somehow explain the permission denied error?</div>
<div class="gE iv gt" style="padding: 10px 0px 3px; cursor: auto; font-size: 13px;">
Best wishes</div>
<div class="gE iv gt" style="padding: 10px 0px 3px; cursor: auto; font-size: 13px;">
Jacquie</div>
<div class="gE iv gt" style="padding: 10px 0px 3px; cursor: auto; font-size: 13px;">
<br>
</div>
<div class="gE iv gt" style="padding: 10px 0px 3px; cursor: auto; font-size: 13px;">
<br>
</div>
<div class="utdU2e"></div>
<div class="tx78Ic"></div>
<div class="aHl" style="margin-left: -30px;"></div>
<div id=":2kb" tabindex="-1"></div>
<div id=":2jz" class="ii gt m14b0d0f6a87fba2a adP adO" style="font-size: 13px; direction: ltr; margin: 5px 15px 0px 0px; padding-bottom: 5px; position: relative;">
<div id=":2jy" class="a3s" style="overflow: hidden;">
<div dir="ltr">Dear all,
<div><br>
<div>I have been trying to use neurodebian with condor on a mac machine to parallelise higher level FSL. Following the instructions form the neurodebian website, I managed without any problems to install virtual machine, neurodebian, fsl and condor. I then
 also followed the instructions in 'enjoy parallelized fsl' section, namely I typed in the neuordebian terminal:</div>
<div>. /etc/fsl/fsl.sh</div>
<div>export FSLPARALLEL=condor</div>
<div>then I opened feat and started a higher level analysis on first level analyses I had already run on the mac before. This seemed to work fine initially: typing condor_q showed me that many jobs had been created and where on 'running' or 'held'. Also, in
 the activity monitor, I saw a very high CPU and memory usage, which suggested to me it's running.</div>
<div><br>
</div>
<div>But I think now there has been some problem somewhere: since 10pm last night, no new outputs have been created (I started it at 4pm) and now it is 3pm the next day. And when I type condor_q -hold, I see that there are queues on hold because of 'Cannot
 access initial working directory /media/sf_host/gfeats/<wbr>design37_Debian/cope33.feat: Permission denied' where 'design37_Debian' is where the FSL output of the higher level analysis is stored. And so '.../design37_Debian/cope33.<wbr>feat' is a folder that
 has been created while running the analysis from within debian. When I go within neurodebian to the folders and click on 'properties>permission', it says 'Read & Write' for Owner:root and for Group:vboxsf. In the terminal, when I type ls -l, it tells me 'drwxrwx---'.
 The timing of this process on hold is about 5 min after I started the initial analysis. </div>
<div><br>
</div>
<div>For other processes it says 'submitted on hold at user's request' and the timing of this is the time when I started the initial analysis.</div>
<div><br>
</div>
<div>When I type condor_status, it tells me that all 5 processors are in state 'unclaimed' and activity 'idle'.</div>
<div><br>
</div>
<div>I would be very grateful for any advice I could get on this</div>
<div>Best wishes</div>
<div>Jacquie</div>
<div class="yj6qo"></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div class="hi" style="background-color: rgb(242, 242, 242); padding: 0px; margin: 0px; width: auto; border-bottom-left-radius: 1px; border-bottom-right-radius: 1px; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;">
</div>
</div>
<div class="ajx" style="clear: both;"></div>
</div>
<div class="gA gt acV" style="font-size: 13px; background-color: transparent; padding: 0px; width: auto; border-bottom-left-radius: 0px; border-bottom-right-radius: 0px; border-right-width: 0px; border-bottom-width: 0px; border-left-width: 0px; border-top-style: none; margin: 0px; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;">
<div class="gB xu" style="border-top-width: 0px; padding: 0px;">
<div class="ip iq" style="clear: both; margin: 0px 5px 0px 0px; padding: 8px 0px 0px 4px; border-top-width: 1px; border-top-style: solid; border-top-color: rgb(216, 216, 216);">
<div id=":2k0">
<table class="cf FVrZGe" role="presentation" style="border-collapse: collapse;">
<tbody>
<tr>
<td class="amq" style="margin: 0px; padding: 0px 8px 1px 1px; vertical-align: top; width: 44px;">
<img id=":0_35" name=":0" src="https://ssl.gstatic.com/ui/v1/icons/mail/no_photo.png" jid="jacquie.scholl@gmail.com" class="ajn bofPge" style="width: 24px; height: 24px; display: block;"></td>
<td class="amr" style="margin: 0px; padding: 0px; width: 775px;">
<div class="nr tMHS5d" style="color: rgb(34, 34, 34); padding: 0px; box-sizing: border-box; border-top-left-radius: 1px; border-top-right-radius: 1px; border-bottom-right-radius: 1px; border-bottom-left-radius: 1px; transition: none; -webkit-transition: none; border-width: 1px !important; border-style: solid !important; border-color: rgb(192, 192, 192) rgb(217, 217, 217) rgb(217, 217, 217) !important; margin: 0px 0px 0px -1px !important;">
<div class="amn" style="color: rgb(153, 153, 153); height: 64px; padding: 8px 0px 0px 12px;">
Click here to <span id=":2ju" class="ams" role="link" tabindex="0" style="cursor: pointer; text-decoration: underline;">Reply</span> or <span id=":2jw" class="ams" role="link" tabindex="0" style="cursor: pointer; text-decoration: underline;">Forward</span></div>
</div>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div class="nH"></div>
<div class="nH"></div>
</div>
</div>
<div class="nH Gn">
<div class="l2 ov" style="text-align: center; margin-top: -5px; padding-bottom: 0px; padding-top: 100px; text-shadow: none; margin-bottom: 20px; padding-left: 12px;">
<div id=":2kl"></div>
<div id=":2kp" class="aeV" style="float: left; width: 270px; text-align: left;">
<div class="md mj" style="font-size: 11px; font-weight: bold; color: rgb(34, 34, 34); padding-top: 0px; text-shadow: none;">
<div><span dir="ltr">7.15 GB</span> (47%) of <span dir="ltr">15 GB</span> used</div>
<div class="aeW" style="font-weight: normal;"><a target="_blank" href="https://accounts.google.com/b/0/ManageStorage?hl=en" class="l8" style="color: rgb(34, 34, 34); cursor: pointer; text-shadow: none;">Manage</a></div>
</div>
</div>
<div class="aeU" style="float: left; width: 270px;">
<div id=":2ko">
<div class="ma" style="font-size: 11px; color: rgb(34, 34, 34); padding-top: 0px; text-shadow: none;">
<span class="l3" style="text-shadow: none;"><span dir="ltr">©2015 Google</span></span> - <a href="https://www.google.com/intl/en/policies/terms/" target="_blank" class="l9" style="color: rgb(34, 34, 34); text-shadow: none;">Terms</a> - <a href="https://www.google.com/intl/en/policies/privacy/" target="_blank" class="l9" style="color: rgb(34, 34, 34); text-shadow: none;">Privacy</a></div>
</div>
</div>
<div id=":2km" class="ae3" style="float: left; width: 270px; text-align: right;">
<div class="l6" style="padding-top: 12px; font-size: 11px; color: rgb(34, 34, 34); text-shadow: none;">
<div>Last account activity: 44 minutes ago</div>
<span id=":2l0" class="l8 ou" tabindex="0" role="link" style="text-decoration: underline; cursor: pointer; text-shadow: none;">Details</span></div>
</div>
<div style="clear: both;"></div>
</div>
</div>
</div>
</td>
<td class="Bu yM" style="margin: 0px; vertical-align: top; padding: 0px; width: 1px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
<div class="Bt" style="height: 0px; overflow: hidden; width: auto !important;"></div>
<div class="nH" style="width: 0px;">
<div class="no" style="float: left;">
<div class="nH nn" style="min-height: 1px; float: left; width: 0px;">
<div style="height: 64ex;"></div>
</div>
</div>
<div class="dJ" style="height: 0px; overflow: hidden; clear: both;"></div>
</div>
</td>
<td class="Bu y3" style="margin: 0px; vertical-align: top; padding: 0px; width: 228px; height: 712px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
<div class="Bt" style="color: rgb(34, 34, 34); height: 0px; overflow: hidden; width: auto !important;">
</div>
<br>
<br>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
</div>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div class="dJ" style="height: 0px; overflow: hidden; clear: both;"></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div class="tq" style="position: absolute; padding: 0px; font-size: medium; font-family: arial, sans-serif; z-index: 11; left: 364px; top: -10000px;">
<iframe frameborder="0" hspace="0" marginheight="0" marginwidth="0" scrolling="no" tabindex="0" vspace="0" width="100%" allowtransparency="true" class="Gp" id="I1_1421919464488" name="I1_1421919464488" src="https://apis.google.com/u/0/_/streamwidgets/hovercard?origin=https%3A%2F%2Fmail.google.com&hl=en&jsh=m%3B%2F_%2Fscs%2Fabc-static%2F_%2Fjs%2Fk%3Dgapi.gapi.en.h5v9B2E0KyY.O%2Fm%3D__features__%2Frt%3Dj%2Fd%3D1%2Frs%3DAItRSTP2P7mJf2xyC4XCxGimNAESSljtZg#rpctoken=154056279&_methods=noContent%2Ckeystroke%2Cready%2CdispatchEvent%2C_event%2C_ready%2C_close%2C_open%2C_resizeMe%2C_renderstart&id=I1_1421919464488&parent=https%3A%2F%2Fmail.google.com&pfname=" style="-webkit-box-shadow: rgba(0, 0, 0, 0.298039) 0px 4px 16px; box-shadow: rgba(0, 0, 0, 0.298039) 0px 4px 16px; line-height: 0; position: fixed; width: 350px; height: 162px; top: -10000px;">
 </iframe>
</div>
<div class="vY nq" style="visibility: hidden; z-index: -2; position: absolute; left: 0px; top: 0px; width: 1324px; height: 887px; font-family: arial, sans-serif; font-size: medium;">
</div>
<iframe name="oauth2relay454507267" id="oauth2relay454507267" src="https://accounts.google.com/o/oauth2/postmessageRelay?parent=https%3A%2F%2Fmail.google.com#rpctoken=468521889&forcesecure=1" tabindex="-1" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: medium; width: 1px; height: 1px; position: absolute; top: -100px;">
 </iframe>
<iframe id="apiproxyfd0d34f37dd9f1f3c88ea947f17b2490565d4c290.9840618963353336" name="apiproxyfd0d34f37dd9f1f3c88ea947f17b2490565d4c290.9840618963353336" src="https://clients6.google.com/static/proxy.html?jsh=m%3B%2F_%2Fscs%2Fabc-static%2F_%2Fjs%2Fk%3Dgapi.gapi.en.h5v9B2E0KyY.O%2Fm%3D__features__%2Frt%3Dj%2Fd%3D1%2Frs%3DAItRSTP2P7mJf2xyC4XCxGimNAESSljtZg#parent=https%3A%2F%2Fmail.google.com&rpctoken=584548492" tabindex="-1" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: medium; width: 1px; height: 1px; position: absolute; top: -100px;">
 </iframe>
</div>
</body>
</html>