<div dir="ltr">Hi again,<div><br></div><div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font color="#000000">I'm having issues with saving searchlight maps back to NIFTI format... I've been using the mvpa2.datasets.mri.map2nifti module and I've tried both</font></div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font color="#000000"><br></font></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font color="#0000ff">map2nifti(res[1]) </font></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<font color="#0000ff">#and </font></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font color="#0000ff">map2nifti(res[1]).save('s1.nii.gz')</font></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<font color="#000000"><br></font></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font color="#000000">But both come back with the</font></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font color="#0000ff">AttributeError: 'DatasetAttributesCollection' object has no attribute 'mapper'</font></div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font color="#0000ff"><br></font></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font color="#000000">It seems that I have no mapper in my data set object - however, all I've done on the original data set is take out some samples, z-score them, and run an mvpa searchlight analysis with a NFoldPartitioner and Balancer (combined into a chainNode).  It seems that the dimensions of the output data set are essentially the same, minus the fact that the number of samples was reduced from 360 to 150 or so.</font></div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font color="#000000"><br></font></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font color="#000000">I have, been able to use the h5save() command for hdf5 files, but would like to get it into NIFTI format so I can view the statistical maps in AFNI.  </font></div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font color="#000000"><br></font></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font color="#000000">Please let me know if you have any insights! Your help is appreciated.</font></div>
<div>Taku</div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><font color="#666666">Takuya Ito</font></span><br><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><font color="#666666">Cognitive Control & Psychopathology Laboratory</font></span></div>
<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><font color="#666666">Washington University in St. Louis<br></font></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><font color="#666666"><br>
</font></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><font color="#666666">Cole Neuroscience Laboratory (</font></span><font color="#666666"><a href="http://www.mwcole.net/" target="_blank">http://www.mwcole.net/</a>)</font></div>
<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><font color="#666666">Center for Molecular and Behavioral Neuroscience (CMBN)</font></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><font color="#666666">Rutgers-Newark University</font></span></div>
</div>
</div></div>