<div dir="ltr"><div>Thanks a lot Yarik and Nick!</div><div><br></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
<div class="im">> I'm currently trying to convert my Freesurfer (FS) surfaces to afni; the provided scrip ``prep_afni_surf`` is very helpful.<br>
<br>
</div>I assume you refer to pymvpa2-prep-afni-surf wrapper script in the PyMVPA bin directory?<br>
<br>
(There is a module lib_prep_afni_surf in mvpa2/support/afni that provides the actual implementation, but it is preferred to use this through the wrapper script).<br>
<br>
Also please note that the most recent code is available here: <a href="https://github.com/nno/PyMVPA" target="_blank">https://github.com/nno/PyMVPA</a></blockquote><div><br></div><div><br></div><div>Thanks for the link to the most recent code! Yes indeed, I was referring to the ``pymvpa2-prep-afni-surf`` wrapper script.</div>
<div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div class="im">
> Q1: Do I understand correctly that the EPI image must be coregistered to the anatomical before running ``prep_afni_surf`` (i.e. afni is not doing that 'magically' otherwise)?<br>
<br>
</div>You can coregister surfaces to either an anatomical or EPI image ('-a' or '-e' options). If you have both, you should coregister them yourself, for example using AFNI's align_epi_anat.py.<br>
<br>
If you analyze data in original (not template) space, one option is to coregister anatomical files and surfaces to the EPI image. This reduces the amount of interpolation applied to the EPI image.</blockquote><div><br></div>
<div><br></div><div><div>Just to make sure I really understand the difference between the -e/-a options. In case I want to perform the SL analysis in the native EPI space I'd follow these steps:</div><div><br></div><div>
1. Freesurfer/recon-all based on the T1 anat</div><div>2. coregister T1 to the EPI using e.g ``align_epi_anat.py``</div><div>3. use the following command (using only "-e")</div><div><br></div><div>    pymvpa2-prep-afni-surf -s SUBJ_ID -d fs/surf/ -e func/func.nii.gz -r OUTPUT_DIR -l 4</div>
<div><br></div><div>whereas if I coregister my EPI to the T1, I would use this command (using "-e" and "-a")</div><div><br></div><div>    pymvpa2-prep-afni-surf -s SUBJ_ID -d fs/surf/ -a anat/anat.nii.gz -e func/func.nii.gz -r OUTPUT_DIR -l 4</div>
<div>    </div><div>Is that correct? If not what would be the correct command/sequence in that case?</div></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
<div class="im">
> Q2: How would one save/transform the results back to a volume format? E.g. the ``fn = 'ico%d-%d_%sh_%dvx.niml.dset' % (lowres_ld, highres_ld, hemi, radius)`` in the surface-based Searchlight example [3]. Afni seems to have "3dAFNItoNIFTI" but that doesn't seem to work with SUMA files; I'm a bit lost here.<br>

<br>
</div>AFNI provides 3dVol2Surf and 3dSurf2Vol to transform results between volume and surfaces.<br></blockquote><div><br></div><div>Ah, perfect. That does the trick.</div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks a lot! </div>
<div> Matthias</div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
best,<br>
Nick<br>
<div class=""><div class="h5">_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>